基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP7及其应用的制作方法

文档序号:18145661发布日期:2019-07-10 11:47

技术特征:

1.分离的多核苷酸,其特征在于,包括:

(a)SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的多核苷酸;

(b)(a)的多核苷酸的片段,且其中存在至少1个修饰的CpG位点;和/或

(c)与上述(a)或(b)的多核苷酸或片段互补的核酸。

2.如权利要求1所述的分离的多核苷酸,其特征在于,所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。

3.如权利要求1所述的分离的多核苷酸,其特征在于,(b)中,所述的多核苷酸的片段中存在:

SEQ ID NO:1中第281~309位或第282~308位碱基;

SEQ ID NO:1中第1~389位碱基;或

SEQ ID NO:1中第418~970位碱基。

4.分离的多核苷酸,其特征在于,其由权利要求1、2或3所述的多核苷酸转变而来,对应于权利要求1或3的序列,其修饰的CpG位点的胞嘧啶C不变,非修饰的胞嘧啶转为T或U。

5.如权利要求4所述的多核苷酸,其特征在于,包括:

(d)SEQ ID NO:2或SEQ ID NO:4所示核苷酸序列的多核苷酸;

(e)上述(d)的多核苷酸的片段,且其中存在至少1个修饰的CpG位点。

6.如权利要求5所述的多核苷酸,其特征在于,(e)中,所述的多核苷酸的片段中存在:

SEQ ID NO:2中第281~309位或第282~308位碱基;

SEQ ID NO:2中第1~389位碱基;

SEQ ID NO:2中第418~970位碱基;

SEQ ID NO:4中第662~690位或第663~689位碱基;

SEQ ID NO:4中第582~970位碱基;

SEQ ID NO:4中第1~553位碱基。

7.权利要求1~6任一所述的多核苷酸的用途,其特征在于,用于制备肿瘤的检测试剂或试剂盒。

8.如权利要求7所述的用途,其特征在于,所述肿瘤包括:血液系统肿瘤如白血病,淋巴瘤,多发性骨髓瘤;妇科及生殖系统肿瘤如乳腺癌,卵巢癌,宫颈癌,外阴癌,睾丸癌,前列腺癌,阴茎癌;消化系统肿瘤如食道癌,胃癌,结直肠癌,肝癌,胰腺癌,胆管及胆囊癌;呼吸系统肿瘤如肺癌,胸膜瘤;神经系统肿瘤如胶质瘤,神经母细胞瘤,脑膜瘤;头颈部肿瘤如口腔癌,舌癌,喉癌,鼻咽癌;泌尿系统肿瘤如肾癌,膀胱癌,皮肤及其他系统如皮肤癌、黑色素瘤、骨肉瘤,脂肪肉瘤,甲状腺癌。

9.如权利要求7或8所述的用途,其特征在于,所述肿瘤的样本包括:组织样本、石蜡包埋样本、血液样本、胸腔积液样本以及肺泡灌洗液样本、腹水及灌洗液样本、胆汁样本、粪便样本、尿液样本、唾液样本、痰液样本、脑脊液样本、细胞涂片样本、宫颈刮片或刷片样本、组织及细胞活检样本。

10.一种制备肿瘤检测试剂的方法,其特征在于,所述方法包括:提供权利要求1~6任一所述的多核苷酸,以所述多核苷酸全长或片段作为靶序列,设计特异性检测该靶序列的CpG位点修饰情况的检测试剂;其中,所述的靶序列中存在至少1个修饰的CpG位点;较佳地,所述的检测试剂包括:引物,探针。

11.试剂或组合的试剂,其特征在于,其特异性检测靶序列的CpG位点修饰情况,所述的靶序列是权利要求1~6任一所述的多核苷酸的全长或片段,其中存在至少1个修饰的CpG位点。

12.如权利要求11所述的试剂或组合的试剂,其特征在于,所述的试剂或组合的试剂针对包含所述靶序列的基因序列,所述的基因序列包括基因Panel或基因群组。

13.如权利要求11所述的试剂或组合的试剂,其特征在于,所述的试剂或组合的试剂包括:引物或探针;较佳地,所述的引物为:

SEQ ID NO:5和6所示的引物;

SEQ ID NO:7和8所示的引物;或

SEQ ID NO:9和10所示的引物。

14.权利要求11~13任一所述的试剂或组合的试剂的用途,用于制备检测肿瘤的试剂盒;较佳地,所述的肿瘤包括:血液系统肿瘤如白血病,淋巴瘤,多发性骨髓瘤;妇科及生殖系统肿瘤如乳腺癌,卵巢癌,宫颈癌,外阴癌,睾丸癌,前列腺癌,阴茎癌;消化系统肿瘤如食道癌,胃癌,结直肠癌,肝癌,胰腺癌,胆管及胆囊癌;呼吸系统肿瘤如肺癌,胸膜瘤;神经系统肿瘤如胶质瘤,神经母细胞瘤,脑膜瘤;头颈部肿瘤如口腔癌,舌癌,喉癌,鼻咽癌;泌尿系统肿瘤如肾癌,膀胱癌,皮肤及其他系统如皮肤癌、黑色素瘤、骨肉瘤,脂肪肉瘤,甲状腺癌。

15.一种检测试剂盒,其特征在于,其包括:

容器,以及位于容器中的权利要求11~13任一所述的试剂或试剂组合。

16.一种体外检测样品的甲基化谱式的方法,其特征在于,包括:

(i)提供样品,提取核酸;

(ii)检测(i)的核酸中靶序列的CpG位点修饰情况,所述的靶序列是权利要求1~3任一所述的多核苷酸或由其转变而来的权利要求3~6任一所述的多核苷酸。

17.如权利要求16所述的方法,其特征在于,步骤(3)中,分析的方法包括:焦磷酸测序法、重亚硫酸盐转化测序法、甲基化芯片法、qPCR法、数字PCR法、二代测序法、三代测序法、全基因组甲基化测序法、DNA富集检测法、简化亚硫酸氢盐测序技术、HPLC法、MassArray、甲基化特异PCR、或它们的组合以及SEQ ID NO:1所示序列中部分或全部甲基化位点的组合基因群组体外检测方法及体内示踪检测方法。

18.如权利要求16所述的方法,其特征在于,步骤(ii)包括:

(1)对(i)的产物进行处理,使其中未发生修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶;较佳地,所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰;较佳地,利用亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理步骤(i)所述的核酸;

(2)分析经(1)处理的核酸中所述的靶序列的修饰情况。

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