_l.fastq str_2.fastq
[0036] 数据结果如下：原始结果一共有215,299对测序的读长，能够合并的读长为186， 815 对，占比 86.7%。
[0037] 7)利用STRait_razor软件2.0版本对9个STR基因座的分型进行统计，软件原始配 置文件共包括88个STR位点的分型结果，但是并没有完全包含此次的9个位点，因此首先修 改软件的配置文件，使配置文件中包含对9个STR基因座的分型统计，此文件定义为l 〇cus_ config.txt，然后运行程序：./STRaitRazor.pl-dir OUT-fastq STRmerge.fastq-sampleNum one-typeselection ALL
[0038] 9个STR得到分型的结果，分型结果如图1.此分型结果和样本自身的分型结果相 同，证明通过Miseq测序可以得到预期的结果。
[0039] 8)对于Amel位点，通过BLAST将测序的读长比对到模板序列，长度覆盖和比对的相 似度都设定与95 %。
[0040] 实施例2
[0041 ]以D3S1358为例说明实施例1试剂盒引物筛选，本领域公知STR分型检测中，在扩增 步骤的引物序列至关重要，合适的引物会极大地降低影子带的形成（即sutter带）。本发明 的研发过程中对引物进行了大量筛选，从而得到实施例1中引物混合物。具体方法是设计不 同引物对同一 DNA样本的D3S1358基因座进行扩增，扩增体系及扩增条件参见实施例1;然后 按照实施例1的方法对扩增产物进行分析，重复测定10次，具体结果如下：
[0042]
[0043] 对比例1和对比例2除下表引物序列外，其他均同实施例1，具体引物序列如下：
[0044]
[0045] 对比例3为引物序列及检测方法与实施例1相同，区别仅在于PCR扩增体系中没有 添加 BSA。
[0046] 需要说明的是，本发明对试剂盒中所有引物均进行了类似的筛选，在多次重复试 验中，实施例1的引物组合物均无明显影子带形成，并且不存在引物二聚体，数据在此不一 一列出。
[0047] 实施例3
[0048] 对来自10个家庭的父母和子女分别进行STR分析，检测试剂盒和检测方法参见实 施例1;结果表明：上述STR位点均符合孟德尔遗传定律，RCP值均大于99.9999%。还需要说 明的是，所检测的样本分别为唾液、头发和指甲，均得到了一致的分析结果。并且每个样本 经PCR扩增和软件分析后均无影子峰出现。
[0049] 实施例4
[0050] 对50个自然人分别取其头发、唾液、血液、皮肩和指甲样本，按照实施例1的方法进 行STR分析并进行个体鉴定，结果表明：来自同一人的不同样本均可以进行有效的PCR扩增， 在同一扩增体系中，10个STR位点均可以有效扩增;来自同一个体的不同样本之间的偶合率 低于 IX 10-18。
[0051] 本
【发明内容】
仅仅举例说明了要求保护的一些具体实施方案，其中一个或更多个技 术方案中所记载的技术特征可以与任意的一个或多个技术方案相组合，这些经组合而得到 的技术方案也在本申请保护范围内，就像这些经组合而得到的技术方案已经在本发明公开 内容中具体记载一样。
【主权项】
1. 一种基于高通量测序的10个STR位点的检测试剂盒，该试剂盒可同时扩增的10个基 因座为：D1S1656、D3S1358、D5S818、D6S477、D18S535、D19S433、DYS393、DYS460、DYS57(^P Amel〇2.根据权利要求1所述检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含扩增基因座的引物， 具体如下： D1S1656正向：AGTCAGAGAAATAGAATCACTAGGG， D1S1656反向：GCTGTGTTGCTCAAGGGTCAACTGCA; D3S1358正向：GCTAATGATTCCCCCACTGCAGTCC， D3S1358反向：ATGAAATCAACAGAGGCTTGCTTG; D5 S818正向：ACGGTGATTTTCCTCTTTGGTATCC， D5 S818反向：GTGCTTTTTAGCCAAGTGATTCCTG; D6S477正向：CAGAGGTGAAATATTTGCAAAACAAT， D6S477反向：CTCAAACAACCTCAACAACAACACGA; D18S535正向：GCGTTTGCAAACTTCATGTGACAAA， D18S535反向：GGCAGGCTAAGAGTTACCCATATG; D19S433正向：AGGTGCGAATAAGATTCTGTTGAAG， D19 S43 3反向：CCGAATAAAAATCTTCTCTCTTTCTG; DYS393正向：CAGTGGTCTTCTACTTGTGTCAATA， DYS393反向：AACTCAAGTCCAAAAAATGAGGCG; DYS460正向：GCAAGGAATCTGACACCTCTGACAT， DYS460反向：ATCTATCCTCTGCCTATCATTTATTGT; DYS570正向：TGATGAAACGTAAAATGAATGATGAC， DYS570反向：GAAACCAGACAACTGGTGGCATG; AMEL正向：GACCCTGGGCTCTGTAAAGAATAG， AMEL反向：CAGAGCTTAAACTGGGAAGCTGGT。3.根据权利要求1所述检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含Fast Start DNA Polymerase PCR bufTer(Roche)，dNTP(Roche)，FastSta;rt DNA Polymerase(Roche)和 BSA〇4.根据权利要求1-3任一项所述检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中，dNTP的浓度 为0 · 2mM;每条引物的浓度为0 · 2mM，FastStart DNA Polymerase的浓度为1U，BSA的浓度为 0·16mg/ml〇5. -种权利要求1-4任一项所述试剂盒的检测方法，所述检测方法仅用于个体鉴别；具 体步骤如下： 1)取人源DNA样本，加入到所述试剂盒中进行PCR混合扩增，扩增程序如下：95°C变性 5min; 94°C变性30s; 60°C退火lmin; 70°C延伸lmin; 60°C最后延伸60min;共28个循环； 2)用磁珠纯化上述PCR产物，洗脱； 3)建DNA文库并定量； 4. Miseq测序，软件分析结果。
【专利摘要】本发明属于基因检测领域，具体涉及一种基于高通量测序的10个STR位点的检测试剂盒。该试剂盒可同时扩增的10个基因座，具体为：D1S1656、D3S1358、D5S818、D6S477、D18S535、D19S433、DYS393、DYS460、DYS570和Amel。
【IPC分类】C12Q1/68
【公开号】CN105483262
【申请号】CN201610015185
【发明人】严江伟, 杨猛, 杨雅冉, 陈婧
【申请人】中国科学院北京基因组研究所
【公开日】2016年4月13日
【申请日】2016年1月11日