用于检测酵母和真菌物种的核酸探针的制作方法

专利名称：用于检测酵母和真菌物种的核酸探针的制作方法
技术领域：
本发明涉及核糖体蛋白基因、相应的mRNA和与其相关的特异性 探针、引物和寡核苷酸以及它们在检测和/或鉴别酵母和真菌物种的诊 断测定法中的用途。具体地，本发明涉及相应于核糖体蛋白RPS7的 基因和其相应的mRNA。
背景技术：
对作为感染的病因的酵母和真菌的检测和鉴定从未如此重要过。 处于酵母和真菌感染风险中的免疫受损患者的数目持续增加，引发疾 病的真菌因子(fungal agent)的群镨也同样在增加。真菌感染，特 别地侵入性真菌感染的死亡率在某些处于风险中的患者群体中为30% 或更大("Stakeholder Insight: Invasive fungal infections"， Datamonitor， Jan 2004)。可获得的抗真菌剂的成员阵容在不断扩大； 然而，对抗真菌药的固有和新出现抗性的识别也在不断增加。这些因 素促成了对实验室试验中成本控制的不断增加的需要并且已导致在试 验程序中实验室联合(laboratory consolidation)。
侵入性真菌感染正在增长。2003年，据估计900万处于风险的患 者中有120万发生感染。免疫受损患者(包括移植和手术患者、新生 儿、癌症患者、糖尿病患者和患有HIV/AID的患者)处于发生侵入性 真菌感染的高风险中(Datamonitor report: Stakeholder opinion-Invasive fungal infections, options outweigh replacements 2004)。每年报导了大量的严重败血病(sepsis)。尽 管其医学管理取得了提高，但败血病仍然构成了重症监护医学 (intensive care medicine)中的最大挑战之一。在医院实验室中， 负责引发败血症病的微生物体(细菌、真菌和酵母)传统地借助于非
5常耗时(通常花费2至5天的时间完成，对于真菌感染的诊断多达8 天)的灵敏度低(25-82%)的微生物体学培养方法来检测。最终的诊断 通常基于从临床样品中回收和鉴定特异性因子或具有独特形态学特征 的真菌的显微镜证实。然而，在许多情况下，这些方法不能提供关于 感染因子的结论性证据。在这些情况中，可使用特异性宿主抗体反应 的检测，虽然这再次可受到患者的免疫状态影响。在通常由细菌和真 菌引起的血流感染的检测和鉴定中，时间是关键。有效的治疗取决于 发现感染源以及快速和有效地对抗生素或抗真菌剂作出适当的决定。 只有在正确鉴定病原体后，才可开始使用特异性抗生素的靶向疗法
(targeted therapy) 。 i午多医生愿意看到用于酵母和真菌的早期i貪 断的更好的体外扩增和直接检测诊断技术的开发("Stakeholder Insight: Invasive fungal infections" ， Datamonitor， Jan 2004)。 最近Roche 推出了用于在临床样品中检测细菌、真菌和酵母DNA的基 于实时PCR的测定法(Septifast"。因此，存在对开发用于临床部门
(clinical sector)中生物体分析应用的针对具有临床意义的细菌和 真菌病原体的新型快速诊断试验的开发的明确需要。这已将我们引领 至搜寻和鉴定用于核酸诊断(NAD)试验的新的真菌和酵母核酸靼。
假丝酵母属物种(Ca/ 力Va 和曲霉属物种0^/7erg27/M
W/0现列为感染免疫受损患者的最主要病'原体。特别地，感染通常发 生在尿道、呼吸系统和血流中，在支架、导管和矫形关节(orthopaedic joint )插入的位置。大约10%的已知的假丝酵母属物种牵涉人的感染。 当假丝酵母进入血流时侵入性假丝酵母病发生，并且据估计其在美国 以8/100, 000人口的频率发生，死亡率为40%。白色假丝酵母(Ca/7&Va a/6/ca/ )是血流感染的第4位常见病因。曲霉病通常开始为在一些患 者中可发展成威胁生命的侵入性感染的肺部感染并且具有大于90%的 死亡率。新出现的霉菌病致病因子(mycoses agent)包括镰刀菌属
(尸睛r/'咖)、足放线病菌属(《ce(/o，W"迈)、接合菌类
(i)^o迈ycefes ) 和毛抱子菌属物种 (rr2'c力c^/ oro/2 577/ .) ("Stakeholder Insight:Invasive fungal infections ，，，Datamonitor， Jan 2004)。
基于真菌和酵母核酸的诊断大量集中在核糖体RNA (rRNA)基因、 RNA转录物和它们的相关DNA/RNA区域。rRNA基因在所有真菌物种中
高度保守并且它们还包含不同的和独特的基因间转录间隔体区域。核 糖体rRNA包括3个基因大亚基基因(28S)、小亚基基因(18S)和5. 8S 基因。28S和18S rRNA基因^皮5. 8S rRNA和两个内部转录的间隔体 (ITS1和ITS2)分隔。因为ITS区域包含大量的序列多态性，因而许多 研究者已将它们的努力集中将这些序列多态性作为靶标上(Atkins和 Clark， 2004)。 rRM基因也是多拷贝基因，在真菌基因组中具有10 个以上的拷贝。
许多研究小组正在进行开发用于真菌和酵母感染的新型测定法。 除其他方面以外，US2004044193涉及白色假丝酵母的转录因子 CaTECl;其抑制剂和用于诊断和治疗与假丝酵母感染相关联的疾病的 方法；和此外包含核苷酸序列、蛋白质、宿主细胞和/或抗体的诊断和 药物组合物。WO0183824涉及用于检测来自白色假丝酵母和/或都柏林 假丝酵母(^/6///3/e/^/s)的核糖体核酸的杂交测定探针和/ 或辅助寡核普酸(accessory oligonucleotide) 。 US6017699和 US5426026涉及可用于扩增的DNA引物组和来自5个医学上重要的假 丝酵母物种的物种形成DM。 US 6747137公开了用于假丝酵母感染的 诊断的序列。EP 0422872和US 5658726公开了基于18S rRNA基因的 探针，以及US 5958693公开了用于诊断一系列酵母和真菌物种的基于 28S rRNA的探针。US 6017366描述了用于针对一系列假丝酵母物种的 基于核酸的诊断的、基于几丁质合成酶基因的序列。
然而，很清楚，特别地鉴于由现代抗微生物体疗法引起的选择压 力下，需要开发更快、更精确的诊断方法，所述抗微生物体疗法产生 了增加的具有突变的基因组序列的抗性有毒菌林的群体。使得能够早 期诊断感染的微生物体病因的方法使得能够选择特异性狭镨抗生素或 抗真菌剂来治疗感染(Datamonitor report: Stakeholder opinion—Invasivefungal infections, options outweighreplacements 2004; Datamonitor report: StakeholderOpinion-Sepsis, under reaction to an overreaction， 2006)。
RPS7是70多个核糖体蛋白中的一个。其发现于原核生物体和真核生物体中并且于小核糖亚单位中、在形成小核糖体亚单位的头部的rRNA的折叠中起作用。r/^7基因编码在核糖体内具有保守功能的必需蛋白质。在酵母例3口酉良酒酵母(5^cc力arc /z7/ces cerer/ /ae)中，RPS7由在14个碱基对位点上相异的两个基因编码，每一个基因具有1个内含子。Synetos等人(1992)显示酵母属可在具有该基因的一个拷贝的情况下存活，但两个基因的缺失是致命的。Delbriick等人(1997)克隆和测序了白色4艮丝酵母中的r/^7基因(GenBank目录号U37009),确定白色假丝酵母中的r/7s7缺少内含子并且在氨基酸水平上与酿酒酵母中的RPS7蛋白共有83%的同源性。该研究小组还显示在菌丝形成过程中"^7基因上调，表达水平比rRNA高3-6倍。这表明该基因是临床相关的，因为从酵母形状至菌丝形成的形态发生在假丝酵母属物种感染中是非常重要的。在曲霉菌属物种特别是烟曲霉(A尸w2 /^3,wi )中，r/ s7基因包含3个外显子和2个内含子，从而该基因的结构与酵母中发现的基因结构不同。
因此，本发明的目的是提供可用于检测和鉴定一个或多个酵母或真菌物种的序列和/或诊断测定法。本发明人已探索了 7T^7基因的结构组织以设计假丝酵母和曲霉菌的基因特异性引物。这具有优于现有技术的优点，因为如果想要在包含假丝酵母作为共生物(commensal)的样品中鉴定真菌病原体，使用通用引物的方法可能是不成功的。假丝酵母将极可能在扩增过程中竟争过真菌病原体并且将优先扩增，从而导致不能检测致病病原体。此外，Delbriick等人1997已提出一个种中不同染色体上的i7^7基因的不同等位基因之间的差异可能甚至比不同的相关无性种中的基因之间的差异大。这可导致本领域技术人员不选择该基因作为用于分子诊断的革巴。同样，对于一些物种例如白色假丝酵母存在不同的序列类型，这也将导致人们不选择该基因作为用于分子诊断的靶基因。定义
如本文中所使用的，若非明确指出与之相反，否则下列术语具有约定的意义。
"合成的寡核苷酸，，是指非直接从基因组DM或活生物体来源的2个或更多个核苷酸碱基的核酸聚合物的分子。术语合成的寡核苷酸意欲包括化学制造的或体外酶促合成的DNA、RNA和DNA/RNA杂种分子。
"寡核苷酸"是具有2个或更多个共价连接在一起的核苷酸亚单位的核苷酸聚合物。寡核苷酸通常为大约IO至大约IOO个核苷酸。核苷酸亚单位的糖基可以是核糖、脱氧核糖或其经修饰的衍生物，例如OMe。核苷酸亚单位可通过不阻止寡核苷酸与其互补靶核苷酸序列杂交的键例如磷酸二酯键、经修饰的键或通过非核苷酸部分连接。经修饰的键包括其中用不同的键例如硫代磷酸酯键(phosphorothioatelinkage)、甲基膦酸酉旨键(methylphosphonate linkage)或中性肽键取代标准的磷酸二酯键的键。含氮碱基类似物也可以是根据本发明的寡核苷酸的组成部分。
"靶核酸"是包含靶核酸序列的核酸。"靶核酸序列"、"恕核苷酸序列，，或"靶序列，，是能够与互补寡核普酸杂交的特定脱氧核糖核酸或核糖核甘酸序列。
"寡核苷酸探针"是具有与其靶核酸序列充分互补从而能够在高严格度杂交条件下形成可检测的杂交体探针靶双链体的核苷酸序列的寡核苷酸。寡核苷酸探针是分离的化学物类并且可包括耙向区域外的其他核苷酸，只要这样的核苷酸不阻止在高严格度杂交条件下的杂交。非互补序列，例如启动子序列、限制性内切核酸酶识别位点或赋予期望的二级或三级结构(例如催化活性位)的序列可用于帮助使用发明的探针进行的检测。寡核苷酸探针任选地被可用于检测或确认探针与其靶序列的杂交的可检测部分(例如放射性同位素、荧光部分、化学发光部分、纳米颗粒部分、酶或配体)来进行标记。寡核苷酸探针优选在长度为大约10至500个核苷酸的大小范围内，虽然探针的长度可能多达或多于大约500个核苷酸，或少于10个核苷酸。
"杂交体，，或"双链体"是两个单链核酸序列之间通过互补碱基 之间的Watson—Crick ^&酉己对或4一常双^|酉己对(non—canonical base pairing)形成的复合物。"杂交，，是核酸的两个互补链通过其 来结合形成双链结构("杂交体"或"双链体")的过程。
"真菌"或"酵母"是指真菌界的任何生物体，并且优选，是指 子嚢菌门(phylum Ascomycota)的任何生物体和最优选指半子嚢菌纲 (class Hemiascomycete )的任何生物体。
"互补性"是由可通过各自链上Watson-Crick碱基对之间的氢 键形成杂交体或双链DNA: DNA或RM: RNA或DM: RNA的DNA或RNA的 单链的碱基序列赋予的性质。腺噤呤(A)通常与胸腺嘧。定(T)或尿嘧咬 (U)互补，而鸟嗥呤(G)通常与胞嘧啶(C)互补。
术语"严格度"用于描述杂交和随后的处理步骤期间存在的温度、 离子强度和溶剂组成。本领域技术人员将认识到，可通过个别地或一 起地改变这些参数来改变"严格度，，条件。在高严格度条件下，将只 形成高度互补的核酸杂交体；无足够互补程度的杂交体将不形成。因 此，测定条件的严格度决定形成杂交体的两个核酸链之间所需的互补 性的量。选择严格度条件以使与靶和与非靶核酸形成的杂交体之间的 稳定性的差弄最大化。
对于"高严格度"条件，核酸碱基配对将只在具有高频率的互补 碱基序列的核酸片段之间发生(例如，在"高严格度"条件下的杂交 可在具有大约85-100%的同一性，优选大约70-100%的同一性的同源物 之间发生)。对于中等严格度条件，核酸碱基配对将在具有中等频率的 互补序列的核酸之间发生(例如，在"中等严格度，，条件下的杂交可 在具有大约5(K70^的同一性的同源物之间发生)。因此，对于来源于 为遗传多样性的生物体的核酸，通常要求"弱"或"低，，严格度的条 件，因为互补序列的频率通常是较低的。
'高严格度，条件是相当于当使用长度为大约500个核苷酸的探 针时，在42。C下于由5xSSPE(43. 8g/1 NaCl， 6.9 g/1 NaH2P04H20和
101.85 g/1 EDTA，用NaOH调节pH至7.4)、 0.5% SDS、 5xDenhard1/s 试剂和100 jug/ml变性鲑精DM组成的溶液中结合或杂交，然后在 42。C下于包含0. lxSSPE、 1. 0%SDS的溶液中清洗的条件。
"中等严格度"条件是相当于当使用长度为大约500个核苷酸探 针时，在42。C下于由5xSSPE(43. 8g/l NaCl， 6.9 g/1 NaH2P04H20和 1.85 g/1 EDTA，用NaOH调节pH至7. 4) 、 0.5% SDS、 5xDenhard1/s 试剂和100 jug/ml变性鲑精DM组成的溶液中结合或杂交，然后在 42。C下于包含1. OxSSPE、 1. 0%SDS的溶液中清洗的条件。
'低严格度，条件是相当于当使用长度为大约500个核苷酸探针
时，在42。C下于由5xSSPE(43. 8g/l NaCl， 6. 9 g/1 NaH2P04H20和1. 85
g/1 EDTA，用NaOH调节pH至7. 4) 、 0. 1% SDS、 5xDenhardt' s试剂[每
500ml的50xDenhardt's 包含5g菲可(Ficoll) (Type 400，
Pharamcia)， 5 g BSA (组分V; Sigma)]和lOO ju g/ml变性鲑精DNA
组成的溶液中结合或杂交，然后在42。C下于包含5xSSPE、 0. 1。/。SDS的
溶液中清洗的条件。
在基于核酸体外扩增的技术的情况中，"严格度"通过使用对于 该体外扩增技术独有的温度条件和离子緩沖液条件来获得。例如，在
PCR和实时PCR的情况中，"严格度"通过使用对于寡核苷酸引物和 探针(对于实时PCR杂交)与靶核酸的杂交(以体外扩增靼核酸)的 特定温度和离子緩冲强度来获得。
"高严格度"，当用于指基于体外扩增的检测系统(例如用于PCR 和实时PCR)时，包括在包含浓度为1.5-8 mM的MgCh的緩冲液环境 中范围是55'C-65。C的杂交(退火)温度的条件。
"中等严格度"，当用于基于体外扩增的检测系统例如用于PCR 和实时PCR时，包括在包含浓度为l.5-8 mM的MgCl2的緩冲液环境中 范围是45。C-54。C的杂交(退火)温度的条件。
"低严格度"，当用于基于体外扩增的检测系统例如用于PCR和 实时PCR时，包括在包含浓度为1. 5-8 mM的MgCh的緩冲液环境中范 围是4(TC-44。C的杂交(退火)温度的条件。本领域技术人员将理解，本发明的大体上相应的探针可与所指
(ref erred-to )的序列不同并且仍然能与相同的靶核酸序列杂交。来 自核酸的该变异可以按照序列内相同碱基的百分数或探针与其靶序列 之间完全互补的碱基的百分数来表示。本发明的探针大体上相应于核 酸序列，如果这些百分数是大约100%至大约80%,或大约IO个核苷酸 的靶序列中存在0个错配的碱基至大约10个核苷酸的靶序列中存在大 约2个错配的碱基。在优选实施方案中，百分数是大约100%至大约85%。 在更优选实施方案中，该百分数是大约90%至大约100%;在其他优选 实施方案中，该百分数是大约95%至大约100%。
"充分互补"或"大体上互补"是指具有足够量的、在高严格度 杂交条件下形成对于检测是稳定的杂交体的连续互补核普酸的核酸。 "核酸杂交体"或"探针靶双链体"是指作为双链的、氢键键合的结 构，优选长度为大约IO至大约IOO个核苷酸、更优选长度为14至50 个核苷酸，尽管这将在一定程度上取决于寡核苷酸探针的总体长度的 结构。所述结构对于通过例如化学发光或荧光检测、放射自显著影法、 电化学分析或凝胶电泳的方法来检测是足够稳定的。这样的杂交体包 括匿RNA、匿DNA或DNA:DNA双链体分子。
"RNA和DNA等同物，，是指具有相同互补碱基对杂交性质的RNA 和DNA分子。RM和DNA等同物具有不同的糖基(即，核糖对脱氧核 糖)，并且不同在于在RNA中存在尿嗜咬而在DNA中存在胸腺嘧咬。 RNA和DNA等同物之间的差异不导致大体上相应的核酸序列中的差异， 因为等同物具有与特定序列的相同程度的互补性。
"优先杂交"是指在高严格度杂交条件下寡核苷酸探针可以杂交 它们的靶核酸，从而形成稳定的探针靶杂交体(从而表明耙核酸的存 在)而不形成稳定的探针非靶杂交体(这可表明来自其他生物体的非 靶核酸的存在)。因此，探针与靶核酸杂交的程度充分大于与非靶核 酸杂交的程度，从而使得本领域技术人员能够准确地检测到(例如假 丝酵母)的存在并将这些物种与其他生物体相区别。可使用本领域内 已知的和本文中描述的技术测量优先杂交。"治疗诊断学(theranostics )，，是指使用诊断试验以诊断疾病、 选择正确的治疗方案和监测患者对治疗的反应。本发明的治疗诊断学 可基于本发明的NAD测定对从患者收集的样品、拭子(swab)或样本
的应用。
发明概述
本发明提供了用于检测酵母和/或真菌物种的诊断试剂盒，该试 剂盒包含能够结合RPS7基因或其相应的mRNA的至少部分的寡核苷酸 探针。寡核苷酸探针可以具有与RPS7基因或其相应的mRNA的至少部 分大体上同源或大体上互补的序列。因此其能够与互补DNA或RNA分 子结合或杂交。RPS7基因可以是真菌RPS7基因。RPS7基因可以是酵 母RPS7基因。核酸分子可以是合成的。试剂盒可以包含一个以上这样 的探针。特别地，试剂盒可包含许多此类探针。此外试剂盒可包含针 对其他生物体(例如细菌物种或病毒)的额外探针。
RPS7基因编码作为酵母和真菌中的小核糖体亚基的蛋白质组分 的核糖体蛋白S7。其是核糖体生物体发生所必需的，从而是蛋白质合 成所必需的。RPS7参与18S rRNA装配的起始。本发明已鉴定了用于 酵母和真菌诊断的高拷贝数目的mRNA。鉴定的序列不仅适合于基于体 外DNA/RNA扩增的检测系统，而且还适合于基于信号扩增的检测系统。 此外，鉴定为合适的靶的本发明的序列提供了在一些区域具有显著的 基因内序列异质性(heterogeneity)的优点，这是有利的并且使得本 发明的方面针对群体或物种特异性的靶，并且在一些区域内也具有显 著的序列同质性(homogeneity)的有点，这使得本发明的方面能够针 对用于属特异性酵母和真菌引物和探针，所述引物探针用于酵母和真 菌诊断的直接核酸检测技术、信号扩增核酸检测技术和核酸体外扩增 才支术。RPS7序列允i午i貪断测定的多次测试(multi-test)能力和自动 化。
本发明的序列的优点之一是密切相关的酵母和真菌物种之间的 基因内RPS7核苷酸序列多样性使得能够设计用于检测酵母和真菌的诊断测定法的特异性引物和探针。RPS7核苷酸序列(DNA和RNA)可 以与直接检测、信号扩增检测和体外扩增技术结合用于诊断测定法。 RPS7序列允许诊断测定法的多决检测能力和自动化。
高拷贝数的RPS7 mRNA为其与信号扩增检测技术结合用于诊断测 定法提供了有利条件。此外，RPS7转录物的易变性质允许该诊断靶用 于存活力诊断测定法。
试剂盒还可包含用于RPS7基因的至少部分的扩增的引物。适当 地，试剂盒包含用于RPS7基因的部分的正向或反向此物。RPS7基因 的部分可以是曲霉菌属RPS7基因的外显子3的部分。备选地，RPS7 基因的部分可以相当于来自白色假丝酵母RPS7基因的碱基对位点508 至碱基对位点711的基因区域的部分。特别优选的是包含针对曲霉菌 属RPS7基因的外显子3的部分的探针或针对相当于白色假丝酵母 RPS7基因的碱基对位点508至碱基对位点711的基因区域的部分的探 针的试剂盒。可在其他生物体(例如酵母属物种和新型隐球酵母 (C/77^ococcM /7eo尸077Z7a/7力)中发现碱基对位点508至碱基对位点 711的等同区域(但不必在位点508至711上)。试剂盒还可包含另 外的探针。
探针可具有选自如下的序列SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 7、 SEQ ID No 176至SEQ ID NO 189和SEQ ID NO 378至SEQ ID NO 413和 SEQ ID NO 419至SEQ ID NO 448或与这些序列大体上同源或大体上 互补的、也可用作RPS7基因的探针的序列。
试剂盒可包含至少一种正向体外扩增引物和至少一种反向体外 扩增引物，正向扩增引物具有选自如下的序列SEQ ID NO 8至SEQ 40、 SEQ ID NO 414、 SEQ ID NO 417、 SEQ ID NO 418或大体上与其同源 或互补的、也可用作正向扩增引物的序列，并且反向扩增引物具有选 自如下的序列SEQ ID NO 3、 SEQ ID NO 22至SEQ 49、 SEQ ID NO 415 和SEQ ID NO 416或大体上与其同源或互补的、也可用作反向扩增引 物的序列。诊断试剂盒可基于直接核酸检测技术，信号扩增核酸检测 技术，以及核酸体外扩增技术，选自聚合酶链式反应(PCR)、连接酶链式反应(LCR)、基于核酸序列的扩增(MSBA)、链置换扩增(SDA)、转录 介导的扩增(TMA)、分支DM技术(bDM)和滚环扩增技术(RCAT)或其他 体外酶促扩增技术的一种或多种。
本发明还提供了选自SEQ ID NO l至SEQ ID NO 466和大体上与 其同源或大体上与其部分互补且在基于RPS7基因的诊断中具有功能 的序列的核酸分子。核酸分子可包括具有与SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 466的核酸分子的部分大体上同源或大体上互补的序列的寡核苷酸。
本发明还提供了检测测试样品中的靶生物体的方法，该方法包括
步骤
(i)在适当的条件下将测试样品与至少一种上面定义的寡核苷 酸探针混合；和
(i i)在高严格度条件下将可存在于测试样品中的任何核酸与所 述寡核苷酸杂交从而形成探针靶双链体；和
(iii)确定探针靶双链体是否存在；双链体的存在明确地确认 了所述靶生物体在测试样品中的存在。
探针可具有选自如下的序列SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 49、 SEQ ID NO 176至SEQ ID NO 189和SEQ ID NO 378至SEQ ID NO 448或 与这些序列大体上同源或大体上互补的、也可用作RPS7基因的探针的 序列。
本发明的核酸分子和试剂盒可用于诊断测定法以检测一种或多 种酵母和/或真菌物种的存在、测量患者中的酵母和/或真菌滴度或用 于评估经设计以减少患者中的酵母和/或真菌滴度的治疗方案的功效 的方法或测量环境中酵母和/或真菌污染。所述环境可以是医院，或其 可以是要求生物体负载或质量评估的食物样品、环境样品例如水、工 业样品例如半制品样品或成品。
本发明的试剂盒和核酸分子可用于鉴定和/或表征一种或多种可 用于石皮坏RPS7基因功能的石皮坏剂(disruptive agent)。石皮坏剂可选 自反义RNA、 PM和siRNA。
在一些实施方案中，rps7基因是a ^ ^ 7/7j7的基因。在一些这样的实施方案中，RPS7基因可选自SEQ ID NO 54、 SEQ ID NO 194、 SEQ ID NO 212或它们各自的raRNA等同物、SEQ ID NO 55、 SEQ ID NO 195、 SEQ ID NO 213或其部分、或大体上与其同源的序列或大体上与 一个或多个序列的部分互补的序列。在一些实施方案中，RPS7基因是乳酸克鲁维酵母U. /ac〃s)的 基因。在一些这样的实施方案中，RPS7基因可选自SEQ ID NO 56、 SEQ ID NO 196、 SEQ ID NO 210或它们各自的mRM等同物、SEQ ID NO 57、 SEQ ID NO 197、 SEQ ID NO 211或其部分、或大体上与其同源 的序列或大体上与一个或多个序列的部分互补的序列。在一些实施方案中，RPS7基因是汉逊得巴利酵母(A化/7se/7/7) 的基因。在一些这样的实施方案中，RPS7基因可选自SEQIDN0 60、 SEQ ID NO 200、 SEQ ID NO 214或它们各自的mRNA等同物、SEQ ID NO 61、 SEQ ID NO 201、 SEQ ID NO 215或其部分、或大体上与其同源的 序列或大体上与一个或多个序列的部分互补的序列。在本发明的一些实施方案中，包含物种特异性探针的核酸分子可 用于区别相同属的物种。例如，白色假丝酵母物种特异性探针可包含含有序列SEQ ID NO 6、 SEQ ID NO 7和SEQ ID NO 378至SEQ ID NO 385或其部分、或大 体上与其同源的序列或大体上与一个或多个序列的部分互补的序列的 寡核普酸。可在用于检测酵母和真菌靶生物体的核酸的组合物中提供本发 明的寡核苷酸。视组合物的期望的用途而定，这样的组合物还可包含 緩冲剂、酶、去垢剂、盐等。还可预期，本发明的组合物、试剂盒和 方法虽然在本文中描述为包含至少一种合成的寡核苷酸，还可包含具 有与合成的核苷酸片段基本上相同的序列的天然寡核苷酸，替代合成 的寡核苷酸或在合成的寡核苷酸旁边。本发明还提供了用于靶酵母和/或真菌生物体的体外扩增诊断试 剂盒，该试剂盒包含至少一种正向体外扩增引物和至少一种反向体外 扩增引物，正向扩增引物选自SEQ ID NO 8-40、 SEQ ID NO 414、 SEQ16ID NO 417、 SEQ ID NO 418或与其大体上同源或互补的、也可用作正向扩增引物的序列中的一种或多种，反向扩增引物选自SEQ ID NO 3、SEQ ID NO 22至SEQ ID NO 49、 SEQ ID NO 415和SEQ ID NO 416或与其大体上同源或互补的、也可用作反向扩增引物的序列中的一种或多种。
本发明还提供了用于检测候选酵母和/或真菌物种的存在的诊断试剂盒，其包含一种或多种含有与候选酵母和/或真菌物种的RPS7基因的序列大体上互补或大体上同源的序列的DM探针。本发明还提供了 一种或多种合成的寡核苷酸，所述寡核苷酸具有与一种或多种选自RPS7基因或其mRNA转录物、酵母和/或真菌RPS7基因或其mRNA转录物、酵母RPS7基因或其mRNA转录物、SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 466中的一种或多种大体上同源或大体上互补的核苷酸序列。核苷酸可包括DNA。核苷酸可包括RNA。核苷酸可包括DNA、 RNA和PNA的混合物。核苷酸可包括合成的核苷酸。本发明的序列(和与本发明的方法、试剂盒组合物和测定法相关的序列)可以经选择与RPS7基因的编码区的部分大体上同源。基因可以是来自靶酵母或真菌生物体的基因。本发明的序列优选足以能够与序列的部分形成探针耙双链体。
本发明还提供了用于靶酵母或真菌生物体的诊断试剂盒，其包含与本发明的寡核苷酸(其可以是合成的)大体上同源或大体上互补的寡核苷酸探针。将认识到，适合用作体外扩增引物的序列也可适合于用作寡核苷酸探针虽然优选地扩增引物可具有大约15个核苷酸至大约30个核苷酸(更优选大约15至23个，最优选大约20至大约23个)的互补部分，但本发明的寡核苷酸探针可以是任何合适的长度。本领域技术人员将认识到，取决于选择的寡核苷酸探针的长度、性质及结构(例如用于LightCycler的杂交探针对、Taqman 核酸外切酶探针、发夹环结构等)和序列，需要不同的杂交和/或退火条件。还可提供本发明的试剂盒和测定法，其中寡核苷酸探针被固定在表面上。这样的表面可以是珠粒、膜、柱、浸渍片(dipstick)、納米颗粒、反应室(例如诊断平板的孔)的内表面或反应试管、毛细管或容器的内侧等。
靶酵母或真菌生物体可选自白色假丝酵母、光滑假丝酵母(G
《/Wra")、热带假丝酵母(G "o/ /c^/50、克柔假丝酵母(dT7A e/) 近平滑假丝酵母(C. ; ara;^27ay/i0 、都柏林假丝酵母、高里假丝酵 母(C ^////e磨油7)、挪威假丝酵母(C縦F^/e脂、)、葡 萄牙假丝酵母(C /"s/"77/ae)、解脂假丝酵母(C //> //〃？<2)、 铍褶假丝酵母(C. r〃^ ^3) 链状假丝酵母(G cafe/7w/a")、西 弗假丝酵母(C c/ZTer/)、无名假丝酵母(C. /a鹏")、黑马朗斯 假丝酵母(C力ae/z/"/o/2/'/)、铁红假丝酵母(C /w/c力err/迈a)、产 朊假丝酵母(C 〃〃hV)、乳酒假丝酵母(G 、维斯假丝酵
母(C. r/i 附/^力//) 、 i延》末4艮丝酵母(C. zea/a/K /dejO 、酉良酒酵 母、新型隐球菌、A ^ ^7/7/7、乳酸克鲁维酵母"c〃s)、汉 逊得巴利酵母、构巢曲霉(^y/ er^7/^ "iWa/^)、烟曲霉、土曲 霉M，r《/"、杂色曲霉"7em.co/o力、黄曲霉(丄 /7anAy)、黑曲霉(A / 2>er)、白曲霉(A ca/^/cTi^)、棒曲霉(A c/aMto)、灰绿曲霉(j. g/a"c〃"、 费氏曲霉(/Vl o5^"o， /7"力eW)和费氏曲霉(丄/7"力er/)。
靶酵母生物体可以是给定的引物组已通过实验证明的假丝酵母 物种，更优选，选自白色假丝酵母、光滑假丝酵母、热带假丝酵母、 克柔假丝酵母、近平滑假丝酵母、都柏林假丝酵母、高里假丝酵母， 挪威假丝酵母、葡萄牙假丝酵母、解脂假丝酵母、皱褶假丝酵母、链 状假丝酵母、西弗假丝酵母、无名假丝酵母、黑马朗斯假丝酵母、铁 红假丝酵母、产朊假丝酵母、乳酒假丝酵母、维斯假丝酵母> 诞沫假 丝酵母。在这些情况下，可针对基因特异性或属特异性区域设计本发 明的扩增引物和寡核苷酸探针，从而使其能够鉴定乾酵母生物体组群 的一种或多种、或大部分或基本上所有期望的生物体。合适的正向扩 增引物可选自CanlF: 5'- AGC TGG TTT CAT GGA TGT -3' (SEQ ID NO 40)、 SEQ ID NO 36和SEQ ID NO 37，和/或，SEQ ID NO 38和 39的混合物。合适的反向扩增引物可选自Can2R:- TCT GGG TAT CTGAT(A/G) GTT CT -3' (SEQ ID NO 3)、 SEQ ID NO 2和/或SEQ ID NO 4与5的混合物，或确实地，与SEQ ID NO 41、 SEQ ID NO 42、 SEQ ID NO 46、 SEQ ID NO 47中的一种或多种大体上互补的寡核苷酸和/或SEQ ID NO 43-45的混合物和/或SEQ ID NO 48-49的混合物。合适的属特 异性寡核苷酸探针是CASP: - TAA CAT CGT AGG CTA ATC -3' (SEQ ID NO. 1)、 SEQ ID NO 6或SEQ ID NO 7。假丝酵母物种特异性探针 可选自SEQ ID NO 378至SEQ ID NO 413。
靼真菌生物体可以是给定的引物组已通过实验证明的曲霉菌物 种，和更优选，选自构巢曲霉、烟曲霉土曲霉、杂色曲霉、黄曲霉、 黑曲霉、白曲霉、棒曲霉、灰绿曲霉、费氏曲霉和费氏曲霉。适合的 正向扩增引物可以是SEQ ID NO 414、 SEQ ID NO 417和SEQ ID NO 418， 选择的反向引物可以是SEQ ID NO 415或SEQ ID NO 416。曲霉属物 种特异性探针可选自SEQ ID NO 419至SEQ ID NO 448。
测试样品可含靶酵母和/或真菌生物体的细胞。方法还可包括用 于从可能存在于所述测试样品中的靶酵母或真菌生物体的任何细胞释 放核酸的步骤。理想的情况是，测试样品是从患者获得的样品(例如 拭子或血液、尿、唾液、支气管灌洗物、牙齿样本、皮肤样本、头皮 样本、移植器官活检组织、粪便、粘液或排泄物样品)的裂解物。测试 样品可以是食物样品、水样品和环境样品、成品、成品或半制品工业
样品o
本发明还提供了 SEQ ID NO: 1-466的任一种用于一种或多种酵 母或真菌物种的存在的诊断测定的用途。所述物种可选自白色假丝酵 母、光滑假丝酵母、热带假丝酵母、克柔假丝酵母、近平滑假丝酵母、 都柏林假丝酵母、高里假丝酵母、挪威假丝酵母、葡萄牙假丝酵母、 解脂假丝酵母、皱褶假丝酵母、链状假丝酵母、西弗假丝酵母、无名 假丝酵母、黑马朗斯假丝酵母、铁红假丝酵母、产朊假丝酵母、乳酒 假丝酵母、维斯假丝酵母、诞沫假丝酵母、酿酒酵母、新型隐球菌、 ^ ^ wy/7//、乳酸克鲁维酵母、汉逊得巴利酵母、构巢曲霉、烟曲霉 土曲霉、杂色曲霹、黄曲霉、黑曲霉、白曲霉、棒曲霉、灰绿曲霉、费氏曲霉和费氏曲霉。
本发明还提供了用于治疗诊断、食品安全诊断、工业微生物体诊 断、环境监控、兽医诊断、生物体恐怖诊断的试剂盒，其包含一种或 多种本发明的合成的寡核苷酸。试剂盒还可包含选自适当的样品收集 装置、试剂容器、緩沖剂、标签部分、溶液、去垢剂和补充液的一种 或多种物品。本发明还提供了本发明的序列、组合物、核苷酸片段、 测定法和试剂盒在治疗诊断、食品安全诊断、工业微生物体诊断、环 境监控、兽医诊断、生物体恐怖诊断中的用途。
核酸分子、组合物、试剂盒或方法可用于针对检测酵母和/或真 菌物种的基于诊断核普酸的测定法。
核酸分子、组合物、试剂盒或方法可用于测量患者中酵母和/或 真菌滴度的诊断测定法。滴度可以体外测量。核酸分子、组合物、试 剂盒或方法可用于评估经设计用于减少患者中的酵母和/或真菌滴度 的治疗方案的功效的方法，其包括在治疗方案的一种或多种关键阶段 评估患者中的酵母和/或真菌滴度(通过体内方法或体外方法)。合适 的关键阶段可包括治疗前、治疗期间和治疗后。治疗方案可包括抗真 菌剂，例力。药物。
核酸分子、组合物、试剂盒或方法可用于测量例如医院内的潜在 的酵母和/或真菌污染的诊断测定法。
核酸分子、组合物、试剂盒或方法可用于鉴定和/或表征一种或
多种可用于破坏RPS7基因功能的破坏剂。合适的破坏剂可选自反义 RNA、 PNA、 siRNA。
附图概述


图1: a:使用引物CanlF和Can2R扩增的假丝酵母物种RT-PCR 部分RPS7序列的凝胶电泳；b:显示白色假丝酵母物种特异性探针 CASP. A和B的特异性的放射自显影照片；泳道l:标记物XIV; 2:白 色假丝酵母部分RPS7的RT-PCR产物；3:热带假丝酵母的部分RPS7 的RT-PCR产物；4:近平滑假丝酵母的部分RPS7的RT-PCR产物；5:光滑假丝酵母的部分RPS7的RT-PCR产物；6:都柏林假丝酵母的部分 RPS7的RT-PCR产物。使用假丝酵母属特异性引物CanlF: y-AGCTGG TTT CAT GGA TGT -3': SEQ ID NO: 40和Can2R: 5'- TCT GGG TAT CTG AT(A/G) GTT CT -3。 SEQ ID NO: 3产生这些体外扩增的产物。
图2:针对白色念球菌的基于r/^7基因和整合引物SEQ ID No 40 和SEQ ID NO 3以及TaqMan探针SEQ ID NO 384的实时PCR测定法 的包含性(Inclusivity )试验-检测到所有20个白色假丝酵母林系。
图3:针对白色念球菌的基于i77s7基因和整合引物SEQ IDNo 40
和SEQ ID NO 3以及TaqMan探针SEQ ID NO 384的实时PCR测定法 的特异性。与病理学相关的其他假丝酵母物种包括黑马朗斯假丝酵母、
乳酒假丝酵母、铁红假丝酵母、产朊假丝酵母、维斯假丝酵母、诞沫 假丝酵母和人DNA的交叉核对-未观察到交叉反应。
图4:针对白色念球菌的基于/77i"7基因和整合引物SEQ ID No 40 和SEQ ID NO 3以及TaqMan探针SEQ ID NO 384和包括白色4艮丝酵 母基因组DNA的系列稀释(106-1个细胞等同物)的实时PCR测定法的检 出限(Limit of detection)-检出限为IO个细胞。
图5:针对烟曲霉的基于r/^7基因和整合引物SEQ ID No 418 和SEQ ID NO 415以及TaqMan探针SEQ ID NO 419和包括烟曲霉基 因组DM5062的系列稀释(106-1个细胞等同物)的实时PCR测定法的检 出限-检出限为1个细胞等同物。
图6:针对烟曲霉(烟曲霉的20个林系)的基于r/^7基因和整 合引物SEQ ID No 418和SEQ ID NO 415以及TaqMan探针SEQ ID NO 419的实时PCR测定法的包含性试验-检测到所有烟曲霉林系。
图7:针对烟曲霉的基于/7 s7基因和整合引物SEQ ID No 418 和SEQ ID NO 415以及TaqMan探针SEQ ID NO 419的实时PCR测定 法的特异性试验。交叉反应性试验板包括一 系列曲霉菌物种-未检测到
交叉反应o发明详述 材料和方法
生物体和生长条件将假丝酵母物种(CBS S6"在3rC和180rpm 下培养在Sabouraud琼脂(4。/。wt/vo1葡萄糖、1。/。wt/vol蛋白胨、1.5% 琼脂糖)上过夜。单个菌落用于接种10 ml Sabouraud肉汤(0xoidTM) 并且在37。C下培养过夜。将1 ml过夜培养物用于接种100 ml Sabouraud肉汤(0xoidTM)并且让其生长至指数期和稳定期，分别为8 小时和16小时。将黑曲霉在30。C下培养在Sabouraud琼脂上进行48 小时。使用皮下注射针刺入琼脂，然后转移至100 ml Sabouraud肉汤 中，并且让其生长48小时。还将来自倾斜培养的或干燥的储备物 (stock )的曲霉菌物种于25°C下在Sabouraud琼脂中培养1至7天。
总RNA分离在培养至指数期后使用RNeasyTMMini试剂盒"* (QiagenTM)从白色假丝酵母提取RNA。以10,000 rpm离心1 ml培养 物，将沉淀重悬浮于100 /i 1 YI裂解緩冲液(O. 1M EDTA， 1M山梨醇， 0.1% P-巯基乙醇手1000 U裂解酶)并且在3(TC下温育20分钟。通 过在1. 2% MOPS变性凝胶上进行凝胶电泳来评估总RM的量并且使用 TBS-380 迷你荧光计(minif lurometer ) (Turner Systems 7")来对 其进4于定量。
RPS7真菌/酵母属特异性体外扩增引物的设计使用Ambion"酵 母总RNA分离试剂盒从5个假丝酵母物种白色假丝酵母、光滑假丝 酵母、热带假丝酵母、近平滑假丝酵母和都柏林假丝酵母分离总RNA 并且按照厂商说明书来进行该提取。然后对所有5种分离的总RNA进 行体外RT-PCR扩增以证实CanlF (SEQ ID NO. 40)和Can2R (SEQ ID NO. 3)用于从未表征的酵母物种(热带假丝酵母、近平滑假丝酵母和都 柏林假丝酵母)产生序列的用途。使用体外扩增引物SEQ ID NO. 3和 SEQ ID NO. 40，按照厂商说明书4吏用Titan One Tube RT-PCR系统 (Roche)对检查的所有假丝酵母物种的分离的总RNA进行RT-PCR扩增。 然后在1. 2%的琼脂糖凝胶上对所得的RT-PCR体外扩增的产物进行电 泳以确定体外扩增的成功并随后Southern印迹(图1A)。然后按照厂
22商说明书使用Roche High Pure PCR产物纯化试剂盒纯化来自未表 征的假丝酵母RPS7序列的RT-PCR体外扩增产物的剩余物，随后使用 SEQ ID NO. 40作为测序引物对其进行测序以产生这些生物体的新的 RPS7部分序列数据(SEQ ID 64和65、 66和67、 68和69、 70和71)。 0&111 :5,— AGC TGG TTT CAT GGA TGT -3': SEQ ID NO: 40。 Can2R: 5'- TCT GGG TAT CTG AT (A/G) GTT CT -: SEQ ID NO: 3. 使用体外PCR扩增-引物CanFl(SEQNO: 40)和CanR2 (SEQ ID NO: 3 )进行的假丝酵母、酿酒酵母和新型隐球菌物种的部分RPS7序列的 确定为了确定和扩大假丝酵母物种的部分RPS7序列的核苷酸序列数 据库以及还为了进一步证明体外PCR扩增引物CanFl (SEQ ID NO 40) 和Can2R(SEQ ID NO 3)的广泛用途，对下列假丝酵母林系进行一系列 PCR体外扩增，白色假丝酵母林系178、 180、 320、 369、 765、 16733、 1560、 9559、 4154、 2700、 562、 3822、 3156、 3345、 3328，都柏林 假丝酵母3949、光滑假丝酵母林系9087、 4692、 205444、 10269、 9556、 5563、 3959、 138、 3605、 3897、 8018、 3863、 3902、 604、近平滑假 丝酵母林系3902、 604、 2194、 2196、 1001、 1716、 9557、 5579、克 柔4艮丝酵母抹系5579、 9560、 6055、 17518、 573、 3165、 3922、 3847 和热带假丝酵母林系3895、 94、 4225、 5557、 15902、 4139、 3873、 3870、 8157、 2311。使用Edge Biosystems Genomic DNA纯化试剂盒 从这些林系的每一个林系分离总基因组DNA，然后通过在1.2%琼脂糖 凝胶上对每一种分离的DNA样品进行电泳来确定纯化的DNA的完整性。 然后按照厂商说明书使用Taq DM聚合酶(Roche)和CanFl及CanR2 将各DNA样品经历体外PCR扩增。然后使用Roche High Pure PCR产 物纯化试剂盒纯化从各假丝酵母林系的基因组DNA扩增的PCR产物。 然后使用CanFl作为测序引物对纯化的PCR产物进行核苷酸测序列。 这导致产生所有测试假丝酵母林系的新的部分RPS7核苷酸序列。由 SEQ ID 6卩至SEQ ID NO. 175代表的序列代表了产生的测试的假丝酵 母抹系和上述的假丝酵母林系的部分RPS7核苷酸序列。此外，使用 PCR扩增引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3扩增从假丝酵母物种(n=20个物种n-120个林系)提取的DNA。这些引物扩增相当于白色假丝酵母 中的r/7s7基因的位点508至711 (目录号U37009)的204 bp的rps7 基因的区域。在用裂解酶预处理假丝酵母物种细胞后，使用MagNA pure 酵母和细菌分离试剂盒III在MagNA Pure系统(Roche Molecular Systems)上提取DNA。使用EasyMag系统(BioMerieux)获得一些DM 提取物。使用表1中概述的试剂和条件进行PCR扩增。使用ExoSAP-IT 试剂盒(USB)或High Pure PCR纯化试剂盒(Roche)清除PCR产物以用 于DM测序。使用SEQ ID NO 40引物通过外界序列服务提供商， Sequiserve (Germany)进4亍假丝酵母物种的PCR产物的DNA测序。此 外，使用PCR引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3扩增来自新型隐球菌 和酿酒酵母物种的DNA。也^f吏用SEQ ID NO 40引物，通过外界序列提 供商，Sequiserve (Germany)测定PCR产物的序列。序列ID NO 222 至SEQ ID NO 325代表假丝酵母物质r/^y 7基因(204 bp)的序列。SEQ ID NO 449代表酿酒酵母iT^ 7基因(204 bp)的序列，SEQ ID NO 451 代表新型隐球菌rps 7基因的序列。
表1:用于扩增假丝酵母酿酒酵母和新型隐球菌中的/77s7基因的PCR 试剂和条件。
PCRM: AJI* 循环M:
Icycler (50jjL) 1mL各引物⑥17uM
941C l树 5pl 10x緩沖液(Roche) - 30 x 45TC 1 [lOOmM Tris-HCL， 15mM MgCl2, 1 ^4中
500mM KCL， pH8. 3]。
72TC 7转
lnl咖Taq聚合酶 (Roche)lpl储备dNTP齡物 (lOmM的各dNTP)
2-5 pl DNA模板
LightCycler (20 p 1) 1 p 1各引物(^10iiM
2 iul FastStart Mix (HybProbe lx 40t: 1 0^4f
试剂盒) lx 95X: 1 0^4中 2. 4^1歸)MgCl2
0. 5m1 (iu) LightCycler ung 95'c-10秒 2M1 DNA^tl 45 x 551C-30秒
72T-l树 冷却401C
曲霉物种的RPS7基因外显子3的序列信息的产生。 PCR引物(正向引物SEQ ID NO 414和反向引物SEQ ID NO SEQ 415 ) 经设计用于扩增来自于曲霉属物种中烟曲霉的RPS7(GenBank目录号 XM—749453中)的位点664-980的外显子3 ( 317 bp)。使用这些引物 对来自8个物种(n-67个林系-表2)的DNA进行PCR扩增，并且成功 地获得这些株系的外显子3片段的序列信息。设计独立的引物组(正 向引物SEQ ID NO 417和反向引物SEQ ID NO 416)并且将其用于扩 增黑曲霉林系(n-10-表2)中的RPS7基因(外显子3-317 bp)。使用表 3中描述的条件，在iCycler (BioRad)上使用这些引物进行曲霉属物 种中的RPS7外显子3 317bp的PCR扩增。使用High Pure PCR纯化 试剂盒(Roche)清除PCR产物以用于DNA测序。使用SEQ ID NO 414 和SEQ ID NO 417 (正向)引物通过外界序列服务提供商，Sequiserve(Germany)进行歸测序。
表2:对其RPS7基因的外显子3进行测序的曲霉属物种和林系。
种名测序的林系的数目
烟曲霉20
土曲霉10
杂色曲霉5
构巢曲霉7
黄曲霉10
黑曲霉10
白曲霉5
棒曲霉5
灰绿曲霉 5
表3: PCR扩增用于DNA测序的曲霉属物种中的RPS7基因的外显子3 的317 bp区域的PCR试剂和PCR条件。
PCR^fr: 循环M:
Icycler (50 jaL) lpL各引物,jaM
941c l钱
5pL 10x緩冲液(Roche) - 30 x 50/52X: 1 ^4中 [lOOmM Tris-HCL， 15mM 72'C 1赠
MgCL2， 500mM KCL, pH8. 3]。
72X: 7赠
1jjL咖Taq聚合酶(Roche)
liaL !8i存的dNTP';a^ (10mM的各dNTP)
2-5 |aL DM模板
基于RPS7基因序列的原型物种特异性白色假丝酵母核酸诊断
(NAD )测定法的开发然后检查新的和已存在的RPS7序列数据(SEQ ID NO 62至SEQ ID NO 175)，并且鉴定白色假丝酵母物种特异性寡核苷 酸探针(CASP， SEQ ID NO. 1),然后合成所述探针以用于与上述 Southern印迹杂交。使用T4多核普酸激酶(Roche)用yP"在5'末端 对CASP (SEQ ID NO. 1)寡核苷酸探针进行放射性标记，然后将其在 55'C下与Southern印迹杂交，进行2小时。移走杂交液，然后在室温 下于6 X SSC， 0. 1% SDS中清洗2次(每次10分钟)，然后在55。C 下于6XSSC， 0. 1% SDS中进行高严格度清洗1分钟。将印迹暴露于X 光片，在-70'C下进行放射自显影2小时。图1B显示CASP物种特异性 寡核苷酸探针只与白色假丝酵母的RT-PCR体外扩增产物杂交，从而证 明RPS7核酸序列作为用于检测目的酵母物种的乾的用途和潜能。
CASP: 5'- TAA CAT CGT AGG CTA ATC -3。
SEQ ID NO. 1
用于假丝酵母属物种的寡核苷酸探针的设计。
使用生物体信息学工具(包括Clustal W和BLAST程序)对获得 的假丝酵母属物种中的r/^7基因204 bp靶区域的序列信息(其代表 获得的各个物种的不同序列类型(SEQ ID NO 222至SEQ ID NO 325)) 进行比对和分析，然后设计用于鉴定不同假丝酵母属物种的寡核苷酸 探针。对于白色假丝酵母的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 378 至SEQ ID NO 385。对于克柔假丝酵母的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 386至SEQ ID NO 389。对于近平滑假丝酵母的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 390至SEQ ID NO 393。对于热带假丝酵母的鉴 定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 394至SEQ ID NO 405。对于光滑 假丝酵母的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 406至SEQ ID NO 413。 使用引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及寡核苷酸探针SEQ ID NO 378-SEQ ID NO 413设计针对假丝酵母属物种的核酸诊断测定法。 开发的测定法的实例包括针对5个假丝酵母属物种(包括白色假丝酵 母、克柔假丝酵母、热带假丝酵母、光滑假丝酵母和近平滑假丝酵母) 的实时PCR TaqMan测定法。针对白色假丝酵母的测定法的实例包括引 物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及寡核苷酸探针SEQ ID NO 384 (图 2)。针对克柔假丝酵母的测定法的实例包括引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及探针SEQ ID NO 386。针对光滑假丝酵母的测定法的实例 包括引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及探针SEQ ID NO 412。针 对热带^f艮丝酵母的测定法的实例包括引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及探针SEQ ID NO 400。针对近平滑假丝酵母的测定法的实例包括 引物SEQ ID NO 40和SEQ ID NO 3以及探针SEQ ID NO 392。在 LightCycler实时PCR机器上设定在这些物种特异性测定法，使用表4 中描述的条件和试剂进行所述测定法。使用物种的20个抹系试验每一 个物种测定法的包含性，并且对于每一个物种测定法，检测相关林系 (n=20)。就抗包括假丝酵母的19个种、其他酵母和皮肤藓菌 (dermatophytes )的24个种、曲霉属的9个种、15个细菌种和人DNA (表5)的种的组群的交叉反应性试验每一个物种测定法。每一个种 测定法只检测其设计用于检测的物种的林系，并且不存在与来自其他 假丝酵母属物种、曲霉属物种种、其他酵母、皮肤藓菌、细菌的DNA 或人DNA的交叉反应。图3显示使用白色假丝酵母物种特异性测定法 的特异性研究的实例。使用来自相关物种的基因组DNA的IO倍系列稀 释(106-1个细胞等同物)来确定测定法的检出限(LOD)或灵敏度。对 于每一个物种测定法确定了为IO个细胞等同物的检出限。图4显示获 得的白色假丝酵母测定法的检出限。表4: PCR试剂和热循环条件:
PCR试剂
FastStart ;^^2)aL(Roche LightCycler醒 Master HybProbe试剂盒Cat no 12239272001) MgCl2 3. 2
探针2 nL (终浓度0.2 uM) 引物l (终浓度O. 5nM) 引物l mL 跳0. 5 iliL (4础
H20 8. 3 (8.8 yL,如果未^J^ UNG)
腿模板2 juL
热循环4Hf
40TC 600秒-1个循环
95TC 600秒-l个循环
95'C 10秒
45个循环
621C 60秒
4(TC -IO秒-I个循环
用于假丝酵母属物种和烟曲霉测定法中交叉反应性试验中包括的物种 的组群。
烟曲霉 土曲霉 白曲霉
杂色曲霉 构巢曲霉 黄曲霉白色M酵母
近平滑似酵母
吉勒莫地，酵母
挪威躯酵母
西弗m酵母
乳酒^酵母
黑曲霉
光滑條酵母 热带假丝酵母 解脂艇酵母 铍褶做酵母 无名條酵母 铁红做酵母 诞沫條酵母
棒曲霉 克柔他酵母 都柏林躯酵母 葡萄牙M酵母 链状條酵母 黑马朗斯^酵母 产朊躯酵母 新型隐球菌
维斯健酵母
酿酒酵母 阿萨希4^包子菌(7: asa力//)粘质酵母(A /ZM/c/7ag/"0M)
翻比孢子菌OK尸"r/Ur) 头状芽生裂殖酵母(A ca/ "af";y)
顶孑fe^属物种Ucre迈。/ /咖卿.)
澳大利亚离蠕孢Cff sw/rah'e/wh)夏威夷离蠕孢Cff /Wfw7e/w/5) 新月弯孢菌(C /朋a")
巻曲W/V i!K7/jj/孤J1)
黄青霉(户e/7/ci7/y咖cA/y)
犬小孢子菌(/K cs/7/s)
茄病镰孢(尸《o/a77力 4^支^$( Vc/'/rj7/ei7oAfey)
多变拟青霉(户.ra/7'0〃/) 淡紫拟青霉菌(户////￡ //7"5)
拟^# (A orjzae) 尖端赛多孢子菌(5fced Jp/os/7or咖) 多育赛多孢子菌(^ce《 jwo7//7cs/^, 5toj . 5reWcaw//s ^M组织胞浆菌(〃.ca/ww/a fuad
Z《〃/ci"ea刀咖 红色>€/3薛菌(r, ruftraad t貧色葡萄球菌(51 fl"re"s)
奇异变形杆菌(,./27/>a6/'7/<f) ;t^杆菌 粘质沙雷氏菌(il迈arcejce/ j)
铜绿^f^单胞菌(；7. aer昭/"ow) 阴沟肠杆菌(E. cloacae) 弗^ 檬酸杆菌(C /ye如力'/)
粪肠球菌尸aeca//51) 肺炎M^菌(51 A;e咖o/7/ae)
嗜麦寡养食单胞菌(<￡咖〃o/7A/7/a) 肺A^雷4白菌(^ /wewaww/se,产^M杆菌(五sero^e/2es) 产^Jt雷伯菌ojt7foca乂 ^M球菌(￡尸aec/咖)
鲍氏不动杆菌(爿，6a咖s"/) 人DM
针对曲霉属物种的寡核苷酸引物和探针的设计 在DNA测序后，使用生物体信息学工具(包括Clustal W和BLAST 程序)对外显子3 RPS7 317 bp，获得的从曲霉属物种扩增的PCR产
30物的序列信息(代表获得的各个物种的不同序列类型(SEQ ID NO 326 至SEQ ID NO 377)))进行比对和分析。然后^L计用于扩增烟曲霉和 其他曲霉属物种中的RPS7基因的125 bp区域的PCR引物SEQ ID NO 418 和PCR引物SEQ ID NO 415。对于烟曲霉的鉴定，设计寡核苷酸探针 SEQ ID NO 419至SEQ ID NO 424。对于白曲霉的鉴定，设计寡核普酸 探针SEQ ID NO 425至SEQ ID NO 428。对于土曲霉的鉴定，设计寡 核苷酸探针SEQ ID NO 429至SEQ ID NO 432。对于杂色曲霉的鉴定， 设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 433至SEQ ID NO 436。对于构巢曲霉 的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 437至SEQ ID NO 440。对于 黄曲霉的鉴定，设计寡核苷酸探针SEQ ID NO 441至SEQ ID NO 442。 设计用于棒曲霉的鉴定的寡核苷酸探针SEQ ID NO 443至SEQ ID NO 448。
针对曲霉属物种，烟曲霉的基于核酸的诊断测定法 使用引物SEQ ID NO 414至SEQ ID NO 418和寡核吝酸探针SEQ ID 419至SEQ ID NO 448设计针对曲霉属物种的核酸诊断测定法。开 发的测定法的一个实例是针对烟曲霉的包括引物序列SEQ ID NO 418 和SEQ ID NO 415以及DM寡核苷酸探针SEQ ID NO 419的实时PCR TaqMan测定法。在LightCycler实时PCR机器上i殳定该测定法，使用 表4中描述的条件和试剂进行所述测定法。使用来自烟曲霉林系编号 5062的基因组DNA的10倍系列稀释(106-1个细胞等同物)来确定测定 法的检出限(LOD)或灵敏度。图5显示烟曲霉测定法的LOD为l个基 因組等同物。通过使用烟曲霉的20个林系试验烟曲霉测定法的包含性 来确认烟曲霉测定法的特异性。在测定法中检测所有20个林系(图6)。 就抗包括念林菌属的20个种、皮肤藓菌的24个种、曲霉属物种的8 个种、15个细菌种和人DNA的组群在检查烟曲霉测定法。在烟曲霉测 定法中不存在这些抹系/物种或人DNA (表5)的交叉反应。图7显示 使用曲霉属物种DNA组进行的交叉反应性研究的实例。
在本文中^^开的任何序列与Patentln3. 3软件中所附的序列表中 的其对应物(counterpart)不同的情况下，该_说明书中的序列祐j人为是正确的形式。
单词"包含/含有，，和单词"具有/包括，，，当在本文中参照本发 明使用时，用于明确说明所述特征、整体、步骤或组分的存在但不排 除一种或多种其他特征、整体、步骤、组分或其组群的存在或添加。
要认识到，本发明的某些特征(为了清楚起见在分开的实施方案 的上下文中描述的)也可以组合在单个实施方案中提供。相反，本发 明的不同特征(为了简明起见，在单个实施方案的上下文中描述的) 也可以分开地或以任4可合适的亚组合提供。
SEQ ID
以粗体和下划线显示探针、寡核苷酸等的位置。 N或x-任何核脊酸；w=a/t、 m=a/c、 r=a/g、 k=g/t、 s=c/g、 y=c/t、 h=a/t/c、 v=a/g/c、 d=a/g/t、 b=g/t/c。
在一些情况下，特定的简并选项标示于括号中例如(a/g)是A或G。IDNO1TAACATCGTAGGCTAATCCASP
SEQIDNO2TCTGGGTATCTGATGTTCTCan2R-nl5
SEQIDNO3TCTGGGTATCTGAT(a/g)GTTCTCan2R-dl5:
SEQIDNO4TCTGGGTATCTGATAGTTCTCau2R-Al5:
SEQIDNO5TCTGGGTATCTGATGGTTCTCan2R-G15:
SEQIDNO6TAACATCGTAGGCTAATCantisense probe
SEQIDNO7GATTAGCCTACGATGTTAC. albicansspecific probe
RPS7 primei: (i》
SEQIDNO8ATGGnTAGAGGnCCAAAGAAnCA
SEQID NO 9ATGG(c/g)TAGAGG(a/t)CCAAAGAA(g/a)CA
SEQIDNO10ATGGCTAGAGGnCCAAAGAAGCA
SEQIDNO11ATGGCTAGAGGnCCAAAGAAACA
SEQIDNO12ATGGGTAGAGGnCCAAAGAAGCA
SEQIDNO13ATGGGTAGAGGnCCAAAGAAACA
SEQIDNO14ATGGCTAGAGGACCAAAGAAGCA
SEQIDNO15ATGGCTAGAGGACCAAAGAAACA
SEQIDNO16ATGGCTAGAGGTCCAAAGAAGCA
SEQIDNO17ATGGCTAGAGGTCCAAAGAAACA
SEQIDNO18M"GGGTAGAGGACCAAAGAAGCA
SEQIDNO19ATGGGTAGAGGACCAAAGAAACA
SEQIDNO20ATGGGTAGAGGTCCAAAGAAGCA
SEQIDNO21ATGGGTAGAGGTCCAAAGAAACA
RPS7 primer (ii)
SEQIDNO22GCnCCAAGACCATCnGCTGGTCCnCACA
SEQIDNO23GC(c/t/a)CCAAGACCATC(t/c)GCTGGTCC(a/t》CACA
SEQIDNO24GCCCCAAGACCATCTGCTGGTCCACACA
SEQIDMO25GCTCCAAGACCATCTGCTGGTCCACACA
SEQIDNO26GCACCAAGACCATCTGCTGGTCCACACA
SEQIDNO27GCCCCAAGACCATCCGCTGGTCCACACA
SEQIDNO28GCTCCAAGACCATCCGCTGGTCCACACASEQIDNO29GCACCAAGACCATCCGCTGGTCCACACA
SEQIDNO30GCCCCAAGACCATCTGCTGGTCCTCACA
SEQIDNO31GCTCCAAGACCATCTGCTGGTCCTCACA
SEQIDNO32GCACCAAGACCATCTGCTGGTCCTCACA
SEQIDNO33GCCCCAAGACCATCCGCTGGTCCTCACA
SEQIDNO34GCTCCAAGACCATCCGCTGGTCCTCACA
SEQIDNO35GCACCAAGACCATCCGCTGGTCCTCACA
RPS7 pri鹏i:SEQIDNO36
SEQIDNO37
SEQIDNO38
SEQ工DNO39
SEQIDNO40
CCAGCTGGTTTCATGGATGTnATCA CCCAGCTGGTTTCATGGATGT(c/t)ATCA CCCAGCTGGTTTCATGGATGTCATCA CCCAGCTGGTTTCATGGATGTTATCA
AGCTGGTTTCATGGATGT CanlF genus specific priiaer
RPS7 primer (iv)
S迈G工PNO41AGAACnATCAGATACCCAGAnCCA
SEQIDNO42AGAAC(c/1》ATCAGATACCCAGA(c/t 〉 CCA
SEQIDNO43AGAACTATCAGATACCCAGACCCA
SEQ工DNO44AGAACTATCAGATACCCAGATCCA
s卯IDNO45AGAACCATCAGATACCCAGACCCA
SEQIDNO46AGAACnATCAGATACCCAGA
SEQIDNO47AGAAC (c/1》ATCAGATACCCAGA degen. 3'
SEGIDNO48AGAACCATCAGATACCCAGA
SEQIDNO49AGAACTATCAGATACCCAGA
SEQ ID NO: 50 : S.cerevisise
AGCTGGTTTC ATGGATGTCT AGATGCCACC AATGAAAACT TCAGATTGGT CTACGATGTC AAGGOTAGM TCGCTGTCCA CCGTATCACC GATGAAGAAG CTTCTTACAA GTTGGGTAAG GTCAAGAAGG TTCAATTAGG TAAGAAGGGT GTTCCATACG TTGTTACCCA CGATGGTAGA ACTATCAGAT ACCCAGA
SEQ ID NO: 51
AGCUGGUOTC AUGGAUGUOJ AGAUGCCACC AAUGAAAACU UCAGAUUGGU CUACGAUGUC AAGGGUAGAU UCGCUGUCCA CCGUAUCACC GAUGAAGAAG CUUCUUACAA GUUGGGUAAG GUCAAGAAGG UUCAAUUAGG UAAGAAGGGU GUUCCAUACG UUGUUACCCA CGAUGGUAGA ACUAUCAGAU ACCCAGA
SEQ工D NO: 52^C, gaajbrata
AGCTGGTTTC ATGGATGTTT GGAAGCTACC AACGAAAACT TCAGMTGGT CTACGACGTC AAGGOTAGAT TCGCTGTCCA CCGTATCACT GACGAAGAAG CTTCCTACAA GTTGGGTAAG GTCAAGAAGG TCCAATTGGG TAAGAAGGGT GTTCCATACG TTGTCACTGA CGATGGTAGA ACTATCAGAT ACCCAGA
SEQ ID NO: 53/C. glabrats
34AGCUGGUUUC AUGGAUGUUU GGAAGCUACC AACGAAAAOT UCAGAUUGGU CUACGACGUC AAGGGUAGAU UCGCUGUCCA CCGUAUCAOT GACGAAGAAG CUUCCUACAA GUUGGGUAAG GUCAAGAAGG UCCAATOGGG UAAGAAGGGU GUUCCAUACG UUGUCACUGA CGAUGGUAGA ACUAUCAGAU ACCCAG^
^GCTGGTTTC ATGGATGTCT AGAGGCTACC AACGAGAACT TCAGATTGGT ATACGATGTC AAGGGCAGAT TTGCTGTCCA CCGTATCACC GATGAGGAGG CTACTTACAA GTTGGGTAAG GTTAAGCGCG TTCAGCTAGG TAAGAAGGGT GTCCCATACG TGCTCACTCA CGACGGCAGA ACCATCAGM1 ACCCAGA
SEQ工D NO: 55,'^, gossypii
AGCUGGUTOC AUGGAUGUCU AGAGGCUACC AACGAGAACU 。CAGAUUGGU AUACGAUGUC AAGGGCAGAU TOGCUGCJCCA CCGUAUCACC GAUGAGGAGG CUAOTUACAA GUUGGOTAAG GOTAAGCGCG UUCAGOTAGG UAAGAAGGGU GUCCCAUACG UGGUCAOTCA CGACGGCAGA ACCAUCAGAU ACCCAGA
SEQ工D NO: 56,Usctis
AGCTGGTTTC ATGGATGTTT GGAAGCTACC AACGAAAACT TCAGATTGGT CTACGATGTT AAGGGTAGAT TCGCTGTCCA CCGTATCACT GATGAAGAAG CTTCCTACAA GTTGGCTAAG GTCAAGAAGG TTCAACTAGG TAAGAAGGGT ATTCCATACG TCGTTACCCA CGACGGTAGA ACCATCAGAT ACCCAGA
SEQ工D NO:
AGCUGGUUUC AUGGAUGUUU GGAAGCUACC AACGAAAACU UCAGAUUGGU CUACGAUGUU AAGGGUAGAU UCGCUGUCCA CCGUAUCACU GAUGAAGAAG CUUCCUACAA GUUGGOTAAG GUCAAGAAGG UUCAACUAGG UAAGAAGGGU AUUCCAUACG UCGUUACCCA CGACGGUAGA ACCAUCAGAU ACCCAGA
SEQ工D NO: 58,'C.aJ:jbicansi^S7
AGCTGGTTTC ATGGATGTCT GGAAGCTACC AACGAACATT TCAGATTAGC CTACGATGTT AAAGGTAAAT TCGCCGTTCA CAGAATTTCT GCTGAAGAAG CTGTCTACAA ATTGGGTAAA GTCAAGAAAG TCCAATTAGG TAAGAAAGGT GTTCCM"ACG TTGTTACCCA CGACGGTAGA ACTATCAGAT ACCCAGA
SEQ工D NO: aJLbicansi PS7
AGOTGGUUUC AUGGAUGUCU GGAAGCUACC AACGAACAUU UCAGAUUAGC CUACGAUGUU AAAGGUAAAU UCGCCGTOCA CAGAAUUTCCJ GCUGAAGAAG CUGUCUACAA AUUGGGUAAA GUCAAGAAAG UCCAAUUAGG UAAGAAAGGD GUUCCAUACG UUGUUACCCA CGACGGUAGA j^UAUCAGAU ACCCAGA
SEQ ID MO: 60/Z ./7snsenii
AGCTGGTTTC ATGGATGTCT AGAAGCTACC AACGAACACT TCAGATTAAT CTATGATGTC AAGGGTAGM1 TCACTGTCCA CAGAATCACT GCTGAAGAAG CTTCTTACAA GTTAGCTAAG GTCAAGAAGG TCCAATTAGG TAAGAGAGGT ATTCCATACG TTGTCACCCA CGACGGTAGA ACTATCAGAT ACCCAGA
SEQ工D NO: ^Z/仏hansenii^GCUGG,C AUGGAUGUCU AGAAGCUACC AACGAACACU UCAGAUUAAU OTAUGA,C AAGGG咖AU UCAOTGUCCA CAGAAUCACU GOTGAAGAAG CUUCUUACAA GUUAGCUAAG GUCAAGAAGG UCCAAU鹏G
uaagagaggu auuccauacg otgucaccca cgacgg口aga acuaucagau acccaga
SEQ工D NO: 62; C, s22 icans
ACCTACCCAGCTGGTTTCATGGATGTCATCACCTTGGAAGCTACCAACGAACATTTCAGA 300 TTAGCCTACGATGTTAAAGGTAAATTCGCCGTTCACAGAATTTCTGCTGAAGAAGCTGTC 3 60 TACAAATTGGGTAAAGTCAAGAAAGTCCAATTAGGTAAGAAAGGTGTTCCATACGTTGTT 420 ACCCACGACGGTAGAACTMCAGATACCCAGATCCATTGATCAGAGCTAACGATACCGTT 480
SEQ ID NO: 63,'C. a_Lbicans
ACCUACCCAGCUGGCJCJUCAUGGAUGUCAUCACCTOGGAAGOTACCAACGAACAUUUCA经300 UaAGCCPACGAUGUaAAAGGUAAAUUCGCCGUUCACAGAAUUUCUGCUGAAGAAGCUGUC 360 UACAAAUUGGOTAAAGUCAAGAAAGUCCAAUUAGGUAAGAAAGGCJGTOCCAUACGCJUGUCJ 420 ACCCACGACGGUAGAAOTAUCAGAUACCCAGAUCCAUU咖CAGAGCUAACGAUACCGUU 480
SEQ ID NO: 64C. glabra ts
ACCTACCCAGCTGGTTTCATGGATGTTATCACCTTGGAAGCTACCAACGAAAACTTCAGA 300 TTGGTCTACGACGTCAAGGGTAGMTCGCTGTCCACCG窗CACTGACGAAGAAGCTTCC 3 60 TACAAGTTGGGTAAGGTCAAGAAGGTCCAATTGGGTAAGAAGGGTGTTCCATACCTTGTC 420 ACTGACGATGGTAGAACTATCAGATACCCAGACCCAAACATCAAGGTCAATGACACCGTC 480
SEQ工D MO: gJajbraf:a
ACCUACCCAGCUGGUUUCAUGGAUGUUAUCACCUUGGA;AGCUACCAACGAAAACUUCAGA 300 鹏GUCUACGACGUCAAGGGUAGAUUCGCUGUCCACCGUAUCACUGACGAAGAAGCUUCC 3 60 UACAAGUUGGGUAAGGUCAAGAAGGUCCAAUUGGGUAAGAAGGGUGUUCCAUACGUUGUC 420 AC口GACGAUGGUAGAACUAUCAGAUACCCAGACCCAAACAUCAAGGUCAAUGACACCGUC 480
SEQ工D NO: tiropica2is
-----------------------------------GGAAGCTACCAACGAACACTTCAGA 25
TT6ATTTACGATGTTAAAGGTAAATTCGCTGTTCACAGAATTTCTGOTGAAGAAGCTTCT 8 5 TACAAATTAGGTAAAGTCAAGAAGGTTCAATTAGGTAAAAAAGGTGTTCCATACGTTGTC 145 ACCCACGATGGTAGAACCATCAGATACCCAGA----------------------------177
seq id no: 67,'c, ITrppicaJLis
-----------------------------------GGAAGCUACCAACGAACACUUCAGA 25
UUGAUUUACGAUGUUAAAGGUAAAUUCGCUGUUCACAGAAUUUCUGCUGAAGAAGCUUCU 85 UACAAAUUAGGUAAAGUCAAGAAGGUUCAAUUAGGUAAAAAAGGUGUUCCAUACGUUGtJC 14 5 ACCCACGAUGGUAGAACCAUCAGAUACCCAGA----------------------------177
SEQ ID NO: 68,'C.psrspsiJosis
-----------------------------------GGAAGCCACCAATGAAAACTTTAGA 25TT6ATTTACGATGTCAAAGGTAGATTTGCTGTCCACAGAATCTCAGCTGAAGAAGCCACT 8 5 TACAAMTGGGTAAAGTCAAGAGAGTCCAATTGGGTAAGAAGGGAATCCCATACGTTGTC 145 ACCCACGATGGTAGAACCATCAGATACCCAGA----------------------------177
SEQ工D NO: 69/C,p arapsiJLosis
■-----------------------------------GGAAGCCACCAAUGAAAACUUUAGA 25
UUGATOUACGAUGUCAAAGGUAGAUUUGCUGUCCACAGAAUCUCAGCUGAAGAAGCCACU 85
UACAAAUUGGGUAAAGUCAAGAGAGUCCAAUUGGGUAAGAAGGGAAUCCCAUACGUUGUC 145
ACCCACGAUGGCJAGAACCAUCAGAUACCCAGA---------------------------- 177
SEQ工D NO: 70/C.duWiniensis
---------------■--------------------GGAAGCTACCAACGAAAACTTCAGA 25
TTGCTCTACGACGTCAAGGGTAGATTCGCTCTCCACCGTATCACTGACGAAGAAGCTTCC 85 TACAAGTTGGGTAAGGTCAAGAAGGTCCAATTGGGTAAGAAGGGTGTTCCATACGTTGTC 145 ACTGACGATGGTA6AACTATCAGATACCCAGA----------------------------177
SEQ ID NO: 7J,，dWi/ iansis
-----------------------------------GGAAGOTACCAACGAAAACUUCAGA 25
UUGGUOTACGACGUCAAGGGCJAGATOCGCUOTCCACCGUAUCACUGACGAAGAAGOTUCC 85 UACAAGOTGGGUAAGGUCAAGAAGGUCCAAUUGGGUAAGAAGGGUGUUCCAUACGUUGUC 145 ACUGACGAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA----------------------------177
SEQ工D NO: 72/>C. albicans369
SEQ ID NO: 73'->C. albicans369
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 74/>C. alt)icans178
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 75;>C. albicans178
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGSEQ工D NO: 76; >C. albicans180
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO:化'>C. albicans，
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 78; >C. albicans320
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 79,' >C. albicans320
GACGGUAGAACYACJCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 80; >C, albicans765
SEQ ID歐8:U >C, albicans765
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 82,'>C, albicans16733
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 83/>C. albica3as16733
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 84/>C. albicans15640GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 85',>C. albicans15640
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 86,'>C. albicans9559
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 87;>C， albicans9559
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 88,.>C. aliDicans4154
SEQ工D NO: 89,'>C. albicans4154
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 90/>C, albicans2700
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID MO: 9;U'>C, albicans2700
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ工D NO: 92/>C. albicans562SEQ ID MO: 93;>C. albicans562
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 94,'>C. albicans3822
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID歐95;>C. albicans3822
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 9。>C, alb丄cans3156
GACGGTAGAACYATCAGATACC'CAG
SEQ ID NO: 97,'>C. albicans3156
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 98/>C. albicans3345
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID MO: 99/>C, albicans3345
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID餘100;>C. albicans3328
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 10!U>C, albicans3328GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D MO: 102/>C. glab:cata90876
GATGGTAGAAC，CAGATACCCAG
SEQ ID NO: 103, >C. glabrata90876
GAUGGUAGAACYAUCAOAUACCCAG
SEQ工D NO: 104,' >C. glab3:ata4 692
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 105,' >C. glabrata楊2
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D MO: 106,， >C. glabrata205444
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 107/ >C. glat)rata205444
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO:環PC. glabi:ata10269
GATGGTAGAACYMCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 109/>C. glabrata10269GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ 10 NO: 110/>C, glabrata9556
SEQ工D NO: lllpC- glabrata9556
GACJGGUAGAACYAUCAGACJACCCAG
SEQ ID NO: 112,'>C， glabrata5563
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: U3,'>C. glabrata5563
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 114;>C, glabrata3959
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 115;>C* glabrata3959
GMJGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 116,' >C. glabrata138
GATGGTAGAACYATCAGMACCCAG
SEQ工D NO: 117, >C. glabrata138
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
42SEQ ID NO: 118;>C. glabrata3605
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 119,->C, glabrata3605
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 120,->C. glabrata網7
GATGGTAGAACTMCAGMACCCAG
SEQ ID NO: 121/>C. glabrata3897
GAUGGUAGAACYAU CAGAUACCC AG
SEQ ID NO: 122,->C. glabrata8018
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 123,'>C. glabrata8018
SEQ ID NO: 124/>C. glabrata3863
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 125,'>C， glabrata3863
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGSEQ ID NO: 126;>C. parapsilosis3902
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 127/>C. pairapsilosis3902
GACJGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 128,' >C. psrapsilosis604
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: parapsilosis604
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 130,' >C， pa;rapsilosis2194
GATGGTAGAACYM"CAGATACCCAG
SEQ ID NO: 131/ >C. parapsilosis2194
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 132,' >C, parapsilosis2196
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 133/ >C. parapsilosis2196
SEQ ID NO; 134/>C. parapsilosis100GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 135,'>C. parapsilosisl00工
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID歐136-
>C, parapsi;Losis1716
GATGGTAGAACYMCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 137/ >C. pa:capsilosis1716
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 138,'>C. paraps土losis9557
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 139/>C. parapsilosis9557
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ ID NO: 140,->C. ki:usei5579
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 141; >C， kmsei5579
45SEQ ID NO: 142;>C. krusei9560
GATGGTAGAACYATCAGMACCCAG SEQ ID NO: 143;>C, krusei9560
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ ID NO: 1",'>C. krusei6055
GMGGTAGAACYATCAGATACCCAG SEQ ID NO: 145;>C. krusei6055
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 146;>C. kruseil7518
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 147j>C. kruseil7518
GAUGGUAGAACYMJCAGAUACCCAG SEQ ID NO: 148z>C. krusei573
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG SEQ ID NO: 149,'>C, krusei573
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ ID NO: 150z>C. krusei3165GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG SEQ ID NO: 151,'>C. ki:usei3165
GAUGGUA(3AACYAUCAGMJACCCAG SEQ工D NO: 152,->C. k:rusei3922
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG SEQ工D NO: 153PC. )c:rusei3922
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ工D NO: 154PC. k:rusei3847
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG SEQ ID歐155,.>C. k:cusei3847
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 156^>C. tropicalis3895
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 157;>C. tropicalis3895
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 158'->C. tropicalis94
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAGSEQ ID歐159/>C, tropicalis94
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 160/>C. tropica;Lis4225
GMGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ 10 NO: 161,'>C. tropicalis4225
GAUGGUAGAACTA口CAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 162->C. tropicalis5557
GMGGTAGAACYM"CAGATACCCAG
SEQ工D , 163;>C. ti:op:lcalis5557
SEQ ID NO: 164;>C, tropicalis15902
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ ID NO: 165,'>C. tropicalis15902
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 166',>C. tropicalis4139
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAGSEQ ID NO: 167/>C. tropicalis4139
GAUGGUAGAACTAUCAGMACCCAG
SEQ工D NO: 168,'>C， tropicalis3873
SEQ工D NO: 169;>C. tropicalis3873
SEQ ID NO: 170/>C, tropicalis3870
GATGGTAGAACVATCAGATACCCAG
SEQ工D NO: 171f'>C. tropicalis3870
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ工D NO: 172/>C， tropicalis8157
SEQ ID NO: 173/>C, tropicalis8157
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID歐174,'>C. tropicalis2311
GATGGTAGAACTATCAGATACCCAG
SSQ ID NO: 175,'>C. tropicalis2311
49GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ ID NO: 17。Saccharomyces cerevisiaeSaccharomyces cerevisiae probe 1GATTGGTCTACGATGTCA
SEQ ID NO 177;Saccharomyces cerevisiaeSaccharomyces cerevisiae probe 2TGACATCGTAGACCAATC
SEQ ID NO: 178,'Eremothecium gossyp丄iEremothec丄um gossypii probe 1GATTGGTATACGATGTCA
SEQ ID NO: 179,-Eremothecium gossypiiEremotheci咖gossypii probe 2TGACATCGTATACCAATC
SEQ工D NO 180,-Kluyveromyces lactisKluyveromyces lactis probe 1GATTGGTCTACGATGTTA
SEQ ID NO: 181/Kluyveromyces lactisKluyveroniyces lactis probe 2TAACATCGTAGACCAATC
SEQ工D MO 182/C.dublirLiensis and Candida glabrataC,dubliniensis and Candida glabrata probe 1GATTGGTCTACGACGTCA
SEQ ID MO 183,'C，dubliniens丄s and Candida glabrataC,dubliniensis and Candida glabrata probe 2TGACGTCGTAGACCAATC
SEQ ID NO 184 Debaryomyces hanseniiDebaryomyces hansenii probe 1GATTGATCTATGACGTCA
SEQ ID NO: 185f,Deba;ryomyces hanseniiDebaryomyces hansenii probe 2TGACGTCATAGATCAATC
SEQ ID NO 186,'C.ti:opicalis C.tropicalis probe 1 GATTGATTTACGATGTTA
SEQ ID NO 187,'C.tropicalis C.tropicalis probe 2 TAACM"CGTAAATCAATC
SEQ ID NO 188;C.parapsllosis C.parapsilosis probe 1 GATTGATTTACGATGTCA
SEQ ID NO 189''C.parapsilosis probe 2
C.parapsilosis
TGACATCGTAAATCAATC
SEQ工D NO 190,'Saccharonvyces cerevisiae
ATGGCTAGAGGACCAAAGAAGCATCTAAAAAGATTAGCAGCTCCACACCACTGGTTATTG60
GACAAGTTGTCCGGTTGTTACGCCCCAAGACCATCTGCTGGTCCACACAAATTGCGTGAA120
TCCTTGCCATTGATTGTCTTTCTAAGAAACAGATTAAAGTATGCTTTGAACGGCCGTGAA180
GTCAAGGCTATCTTGATGCAACGTCACGTTAAAGTGGACGGTAAGGTTAGAACCGACACT240
ACCTACCCAGACTCTAGATGCCACCAATGAAAACTTCAGA300
TTGCTCTACGATGTCAAGGGTAGATTCGCTGTCCACCGTATCACCGATGAAGAAGCTTCT360
TACAAGTTGGGTAAGGTCAAGAAGGTTCAATTAGGTAAGAAGGGTGTTCCATACGTTGTT420
ACCCACGATGGTAsaaczarCftGaiacccaGACCCAAACATCAAGGTCAATGACACTGTT480
AAGATCGACTTGGCCTCTGGTAAGATTACTGATTTCATCAAGTTCGATGCCGGTAAGTTG540
GTTTACGTTACTGGTGGTCGTAACTTGGGTCGTATCGGTACTATCGTTCACAAGGAAAGA600
CACGATGGTGGTTTCGATTTAGTTCACATCAAGGACTCCTTGGACAACACTTTCGTCACT660
AGATTGAACAATGTCTTCGTCATCGGTGAACAAGGTAAGCCTTACATTTCTTTGCCAGGT720
AAGGGTAAGGGTATCAAGTTGTCTATTGCTGAAGAACGTGACAGAAGAAGAGCTCAACAA780
TTMAA---786
SEQ ID NO 191,'RNA,'Saccha;corayces cerevisiae
AUGGCUAGAGGACCAAAGAAGCAUOTAAAAAG如UAGCAGCUCCACACCACUGGUUAUUG60
GACAAGUDGUCCGGUUGUUACGCCCCAAGACCAUCUGCUGGUCCACACAAATOGCGUGAA120
UC簡GCCAUUGAUUGUCUUUCUAAGAAACAGAUUAAAGUAUGCUUUGAACGGCCGUGAA180
GUCAAGGCUAUCUUGAUGCAACGUCACGUUAAAGUGGACGGUAAGG口UAGAACCGACACU240
ACCUACCGSGACUCUAGAUGCCACCAAUGAAAAOTUCAGA300
OUGGUCUACGA口G口CAAGGGUAGAUOCGOTGUCCACCGUAUCACCGAUGAAGAAGCUUCU360
UACAAGUUGGGUAAGGUCAAGAAGGUUCAAUUAGGUAAGAAGGGUGTOCCAUACGUOGUU420ACCCACGAUGcasaoacccaGaCCCAAACAUCAAGGCJCAAUGACACUGUU480
AAGAUCGACUUGGCCUCUGGUAAGAUUACUGAUUUCAUCAAGUUCGAUGCCGGUAAGUUG540
GUOTACGOTACUGGUGGUCGUAACTOGGGUCGUAUCGGUACUAUCGUUCACAAGGAAAGA600
CACGAUGGTOGCJUUCGAUUUAGUUCACAUCAAGGAC口CCUUGGACAACACUUUCGUCACU660
AGAUUGAACAAUGUCUUCGUCAUCGGDGAACAAGGUAAGCCUUACA,CUUUGCCAGGU720
AAGGGUAAGGGUAUCAAGUUGUCUAUUGCUGAAGAACGUGACAGAAGAAGAGCUCAACAA780
UUAUAA---'786
SEQ ID NO :192,, Candidaglabrata
ATGGCTAGAGGACCAAAGAAGCATCTAAAGAGATTAGCAGCTCCACACCACTGGTTGTTG60
GACAAGTTGTCCGGCTGTTACGCCCCAAGACCATCCGCTGGTCCACACAAGTTGCGTGAA120
TCCCTACCATTGATCGTTTTCTTGAGAAACAGATTAAAGTACGCTTTGAACGGTCGTGAA180
GTTAAGGCTATCATGTVTGCAACGTCATGTTAAGGTTGACGGTAAGGTCAGAACTGACGCT240
ACCTACCCAGGGftrGTTATCACCTTGGAAGCTACCAACGAAAACTTCAGA300
TTGGTCTACGACGTCAAGGGTAGATTCGCTGTCCACCGTATCACTGACGAAGAAGCTTCC360
TACAAGTTGGGTAAGGTCAAGAAGGTCCAATTGGGTAAGAAGGGTGTTCCATACGTTGTC420
ACTGACGATGGSCCCAAACATCAAGGTCAATGACACCGTC480
AAGGTCGACTTGGCTTCCGGTAAGATCACTGACTACATCAAGTTCGACATTGGTAAGTTG540
GTCTACATCACCGGTGGTCGTAACTTGGGTCGTATCGGTACCATCGTTCACAAGGAAAGA600
CACGATGGTGGTTTCGACTTGGTTCACGTCAAGGACTCCTTGGACAACACTTTCGTCACC660
AGATTGAACAACGTTTTCGTTATCGGTGAACAAGGTAAGCCATACATCTCCTTGCCAAAG720
GGTAAGGGTATCAAGTTGACCATTGCTGAAGAACGTGACAGAAGAAGAGCTCAACAAGGT780
TTATAA---78 6
SEQ ID NO 193卿A^ Candida glabrata
AUGGCUAGAGGACCAAAGAAGCAUCUfiAAGAGATOAGCAGCUCCACACCACUGGUUGUUG60
GACAAGUUGUCCGGOTGUUACGCCCCAAGACCAUCCGCUGGUCCACACAAGOTGCGUGAA120
UCCCOACCAUUGAUCGUUUUCUUGAGAAACAGAUUAAAGUACGOTUUGAACGGUCGUGAA180
GTOAAGGCUAUCAUGAUGCAACGUCAUGUUAAGGUUGACGGUAAGGUCAGAACUGACGCU240
ACCUACCCSGACCOTGGAAGCUACCAACGAAAACUUCASA300
ODGG口CUACGACGUCAAGGGUAGAUUCGCUGUCCACCGUAUCACUGACGAAGAAGCUUCC360
UACAAGUUGGGUAAGGUCAAGAAGGUCCAAUUGGGUAAGAAGGGUGUUCCAUACGUUGUC420
ACUGACGAUGGflCCCAAACAUCAAGGUCAAUGACACCGUC■
AAGGUCGACUUGGCUUCCGGUAAGAUCACUGACUACAUCAAGUUCGACAUUGGUAAGUUG540
GUCUACMCACCGGUGGUCGUAACUUGGGUCGUAUCGGUACCAUCGUUCACAAGGAAAGA600
CACGAUGGUGGUUUCGACUUGGUUCACGUCAAGGACUCCUUGGACAACACUUUCGUCACC660
AGAUUGAACAACGUUUUCGUUAUCGGUGAACAAGGUAAGCCA口ACAUCUCCUUGCCAAAG720
GGUAAGGGUAUCAAGUUGACCAOTGCUGAAGAACGUGACAGAAGAAGAGCGTCAACAAGGU780
UUAUAA---786
SEQ ID NO 194,'E2:emotheci咖gossypii
ATGGCTAGAG GACCAAAGAA GCACCTGAAG AGATTGGCAG CTCCACACCA CTGGTTGTTG 60
52GACAAGCTATCCGGCTGTTACGCTCCAAGACCATCCGCTGGTCCACACAAGTTGCGCGAG120
TCTTTGCCATTGATCGTCTTCTTGAGAAACAGATTAAAGTATGCTTl'GAACGGTCGCGAG180
GTCAAGGCCATCCTAATGCAGCGTCATGTTAAGGTTGACGGTAAGGTCAGAACTGACACT240
ACCTACCCAG CrGGIHTcar GGATSTCATCACTCTAGAGGCTACCAACGAGAACTTCAGA300
CAGATTTGCTGTCCACCGTATCACCGATGAGGAGGCTACT360
TACAAGTTGGGTAAGGTTAAGCGCGTTCAGCTAGGTAAGAAGGGTGTCCCATACGTGGTC420
ACTCACGACG叙CCCAAACATCAAGGTTAACGACACCGTC480
AAGGTTGACCTTGCTACTGGTAAGATTACCGACTTCATCAAGTTCGACACTGGTAAGTTG540
GTGTACGTCACCGGTGGCCGTAACTTGGGCCGTATTGGTGTCATCACCCACAGAGAGAGA600
CACGAGGGTGGCTTTGACTTGGTTCACATCAAGGACTCCTTGGAGAACACTTTCGTCACC660
AGATTGAACAACGTTTTCGTCATCGGTGAGCAAGGTAGACCATGGATCTCCTTGCCAAGG720
GGTAAGGGTATTAAGTTGTCCATTGCTGAGGAGCGTGACCGTAGAAGAGCTCAACAAGGT780
TTGTAA---786
SEQ ID NO 195;RNA;Eremothecium gossypii
ACJGGCUAGAGGACCAAAGAAGCACCUGAAGAGA口UGGCAGCUCCACACCACUGGUUGUUG60
GACAAGCUAUCCGGCUGUUACGCUCCAAGACCAUCCGCUGGUCCACACAAGCfUGCGCGAG120
UCUUUGCCAUUGAUCGUCUUCUUGAGAAACAGAUUAAAGUAUGCUUUGAACGGUCGCGAG180
GUCAAGGCCAUCCUAAUGCAGCGUCAUGUUAAGGUUGACGGUAAGGUCAGAACUGACACU240
ACCUACCCAGGGACTGOCAUCACUCUAGAGGCUACCAACGAgaaotucaga300
UUGGUAUACGA口GUCAAGGGCAGAUUUGCUGUCCACCGUAUCACCGAUGAGGAGGCUACU360
UACAAGUUGGGUAAGGUUAAGCGCGUUCAGCUAGGUAAGAAGGGOGUCCCAUACGUGGUC420
ACUCACGACGGCAoaaccacjcaGaaacccaGaCCCAAACAUCAAGGUUAACGACACCGUC480
AAGGUCJGACCUUGCUACUGGUAAGAUUACCGACUUCAUCAAGUUCGACACUGGUAAGUUG540
GUGUACGUCACCGGUGGCCGUAACUUGGGCCGUAUUGGUGUCAUCACCCACAGAGAGAGA600
CACGAGGGUGGCUUUGACUUGGUUCACAUCAAGGACUCCUUGGAGAACACUUUCGUCACC660
AGAUCJGAACAACGUOTUCGUCAUCGGUGAGCAAGGUAGACCAUGGAUCUCCUUGCCAAGG720
GGUAAGGGUAUUAAGUUGUCCAUCIGCUGAGGAGCGUGACCGUAGAAGAGCUCAACAAGGU780
UOGUAA——— 786
SEQ ID NO 196;Kluyveromyces lactis
ATGGCTAGAG gaccaaagaa GCATCTAAAG AGATTAGCAG CTCCACATCA TTGGATGTTG 60 GACAAGTTGT CCGGTTGTTA CGCACCAAGA CCATCTGCTG GTCCACACRA GTTGCGTGAA 120 TCCTTGCCM TGATCGTTTT CTTGAGAAAC AGATTAAAGT ATGCTTTGAA CGGTCGTGAA 180 GTCAAGGCCA TCTTGATGCA ACGTCATGTC AAGGTTGACG GTAAGGTCAG AACCGACACT 240
ACTTTcccag crggrrrcar gsargirrATC accttggaag ctaccaacga aaacttcasa 3。o
TTGGTCTACG ATCTTAAGGG TAGATTCGCT GTCCACCGTA TCACTGATGA AGAAGCTTCC 360 TACAAGTTGG CTAAGGTCAA GAAGGTTCAA CTAGGTAAGA AGGGTATTCC ATACGTCGTT 420 ACCCACGACG GTAGaACCar CaGaiaCCCa GaCCCARACA TCAAGGTTAA CGACACCGTT 480 AAGGTTGATT TGGCTACTGG TACTATCACC GATTTCATCA AATTCGACAC TGGTAAGTTG 540 GTTTATGTTA CCGGTGGTCG TAACTTGGGT AGAGTTGGTA CCATCGTCCA CAGAGAAAGA 600 CACGAAGGTG GTTTCGATTT GGTTCACATC AAGGATTCTT TGGAAAACAC TTTCGTCACC 660
53AGATTGAACA ACGTTTTCGTCATCGGTGAACCAGGTAGACCATGGATCTCCTTGCCAAAG717
GGTAAGGGTATCAAGTTGACCATCTCTGAAGAACGTGACCGTAGAAGAGCTCAACATGGT777
ttgtaa---786
SEQ ID NO197,. RNA,. Kluyveromyces .lsctis
AUGGCUAGAGGACCAAAGAAGCAUCUAAAGAGAUUAGCAGCUCCACAUCAUUGGAUGUUG60
GACAAGUUGUCCGGUUGUUACGCACCAAGACCAUCUGCUGGUCCACACAAGUUGCGUGAA120
UCCUUGCCAUUGAUCGUUUUCUUGAGAAACAGAUUAAAGUAUGCUUUGAACGGUCGUGAA180
GUCAAGGCCAUCUUGAUGCAACGUCAUGUCAAGGUUGACGGUAAGGUCAGAACCGACACU240
ACUUUCCCAGACCUUGGAAGCUACCAAC'GAAAACUOCAGA300
UUGGUCUACGAUGUOAAGGGUAGAUUCGCUGUCCACCGUAUCACUGAUGAAGAAGCUUCC360
UACAAGUUGGCUAAGGUCAAGAAGGUUCAACUAGGUAAGAAGGGUAUUCCAUACGUCGUU420
ACCCACGACGcaGAuacccaGACCCAAACAUCAAGG口UAACGACACCGUU480
AAGGUUGAUUUGGCUACUGGUACUAUCACCGAUUUCAUCAAAUUCGACACUGGUAAGUUG540
GUUUAUGUUACCGGUGGUCGUAACUUGGGUAGAGUUGGUACCAUCGUCCACAGAGAAAGA600
CACGAAGGUGGUUOCGAUUUGGUUCACAUCAAGGAUUCUUUGGAAAACACUUUCGUCACC660
AGAUUGAACAACGUUUUCGUCAUCGGUGAACCAGGUAGACCAUGGAUCUCCUUGCCAAAG717
GGUAAGGGUAUCAAGUUGACCAUCUCUGAAGAACGUGACCGUAGAAGAGCUCAACAUGGU777
UUGUAA---786
SEQ ID NO 198,'Candidaalbicans
ATGGGTAGAGGTCCAAAGAAACACTTGAAAAGATTAGCAGCTCCATCTCACTGGATGTTG60
GNCAAATTGTCCGGTACTTATGCTCCAAGACCATCTGCTGGTCCACACANATTGAGAGAA120
TCATTACCATTGGNTGTCTTTTTAAGAAACAGATTGNAGTATGCTTTGTGCGGTAGAGAA180
GTCAAAGCCATCATGATGCAACAACACGTTCAAGTTGTCGGTAAAGTCAGAACTGATACC240
ACCTACCCAGACCTTGGAAGCTACCAACGAACATTTCAGA300
TTAGCCTACGATOTTAAAGGTAAATTCGCCGTTCACAGAATTTCTGCTGAAGAAGCTGTC360
TACAAATTGGGTAAAGTCAAGAAAGTCCAATTAGGTAAGAAAGGTGTTCCATACGTTGTT420
acccacgacggatccattgatcagAgctaacgataccgtt480
AAAATCGATTTGGCTACCGGTAAGATCGRTAGTTTCATCAAATTCGACACTGGTAGATTA540
GTTATGGTTACTGGTGGTAGAAATTTGGGTAGAGTTGGTGTTATTGTCCACAGAGAAAAA600
CTCGAAGGAGGTTTCGATTTGGTCCACATCAAAGATGCTTTGGAAAACACTTTCGTTACC660
AGATTGTCTAACGTTTTTGTTATTGGTACTGAAGCCGGTAAACCATGGGTCTCATTACCA720
AAGGGTAAAGGTATCAAATTGTCTATTTCTGAAGAAAGAGACAGAAGAANAGCTCAACAA780
ggtttgtaa—,-789
SEQ ID NO 199,'RNA;Candida albicans
AUGGGUAGAGGUCCAAAGAAACACUUGAAAAGAUUAGCAGCUCCMCUCACUGGAUGUUG60
GNCAAAUUGUCCGGUACUUAUGCUCCAAGACCAUCUGCUGGUCCACACANAUUGAGAGAA120
UCAOTACCAUUGGNOGUCUUUUUAAGAAACAGAUUG船GUAUGCUUUGUGCGGUAGAGAA180
GUCAAAGCCAUCAUGAUGCAACAACACGUUCAAGUUGUCGGUAAAGUCAGAACUGA口ACC240
ACCUACCCAGGGaCTGUCAUCACCUUGGAAGCUACCAACGAACAUUUCAGA300UUAGCCUACGAUGUUAAAGGUAAAUUCGCCGUUCACAGAAUUUCUGCUGAAGAAGCUGUC360
UACAAAUUGGGUAAAGUCAAGAAAGDCCAAUUAGGUAAGAAAGGUGUUCCAUACGU口GUU420
ACCCACGACGeauccAUUGAUCAGAGCUAACGAUACCGUU480
AAAAUCGA口UUGGCUACCGGUAAGAUCGRUAGUUUCAUCAAAUUCGACACUGGUAGAUUA540
GUUAUGG口UACUGGUGGUAGAAAUUUGGGUAGAGUUGGUGUUAUUGUCCACAGAGAAAAA600
CUCGAAGGAGGUUUCGAUUUGGUCCACAUCAAAGAUGOTUUGGAAAACACUUUCGUUACC660
AGAUUGUCUAACGUUUUUGUUAUUGGUACUGAAGCCGGUAAACCAUGGGUCUCAUUACCA720
AAGGGUAAAGGUA口CAAAUUGUCUAUUUCUGAAGAAAGAGACAGAAGAANAGOTCAACAA780
GGUUUGUAA——789
SEQ ID NO 200,'Debaryomyces hansenii
ATGGGTAGAGGTCCAAAGAAGCACTTGAAGAGATTAGCAGCACCATCCCACTGGATGTTG60
GACAAATTGTCCGGTACTTACGCACCAAGACCATCTGCTGGTCCTCACAAATTGAGAGAA120
TCTTTACCATTGGTTATCTTCTTAAGAAACAGACTTAAGTATGCCTTAAACGGTAGAGAA180
GTCAAGGCCATCTTGATGCAAGAACACGTCAAGGTTGATGGTAAAGTTAGAACCGATGCT240
ACTTTCCCAGACTTTAGAAGCTACCAACGAACACTTCAGA300
ATGTCAAGGGTAGATTCACTGTCCACAGAATCACTGCTGAAGAAGCTTCT360
TACAAGTTAGCTAAGGTCAAGAAGGTCCAATTAGGTAAGAGAGGTATTCCATACGTTGTC420
ACCCACGACGGTAGflACiarcasarAcccaG&TCCATTGATCAGAGCCAACGATTCCGTT備
AAGGTTGACTTAGCTACCGGTAAGATCACTGACTTTATCAGCTTTGACACTGGTAGATTA540
GTCATGGTTACTGGTGGTCGTAACATGGGTAGAGTTGGTGTTATCACCCACAGAGAAAAG600
CACGAGGGTGGTTTCGATTTAGTCCACATCAAGGATTCTTTGGAAAACACTTTCGTTACC660
AGATTAACTAACGTCTTCATCGTCGGTACTGAAGCTGGTAAGCCACACATTTCTTTACCA720
AAGGGTAAGGGTATTAAGTTATCCATCTCTGAAGAACGTGACAGAAGAAGAAACCAACAA780
CTTATCAACTAA 792
SEQ工D NO 201,-RNA,.Deba:ryomyces hansenii
AUGGGUAGAGGUCCAAAGAAGCACUUGAAGAGAUUAGCAGCACCAUCCCACUGGAUGUUG60
GACAAAUUGUCCGGUACUUACGCACCAAGACCAUCUGCUGGUCCUCACAAACJOGAGAGAA120
UCUUUACCAUUGGUUAUCUUCUUAAGAAACAGACUUAAGUAUGCCUUAAS;CGGUAGAGAA扁
GUCAAGGCCAUCUUGAUGCAAGAACACGUCAAGGUUGAUGGUAAAGUUAGAACCGAUGCU240.
GWSatTGDCAUCACUUUAGAAGCUACCAACGAACACUUCAGA300
UOAAUC口AUGAUGUCAAGGGUAGAUUCACUGUCCACAGAAUCACUGO)GAAGAAGCUUCU360
UACAAGUUAGCUAAGGUCAAGAAGOTCCAA口UAGGUAAGAGAGGUAUUCCAUACGUUGUC420
ACCCACGACGcaGflcacccaCaUCCAUUGAUCAGAGCCAACGAUUCCGUU480
AAGGUUGACUUAGCUACCGGUAAGAUCACUGACUU,CAGCUUUGACACUGGUAGAUUA540
GUCAUGGUOACUGGUGGUCGUAACAUGGGUAGAGUUGGUGUUAUCACCCACAGAGAAAAG600
CACGAGGGUGGUUUCGAUUUAGUCCACAUCAAGGATOCUUUGGAAAACACUUUCGUUACC660
AGAUUAACUAACGUCUUCAUCGUCGGUACUGAAGCUGGUAAGCCACACAUTOCUCJUACCA720
AAGGGUAAGGGUAUUAAGOTAUCCAUCUCUGAAGAACGUGACAGAAGAAGAAACCAACAA780
CU口AUCAACU AA 792SEQ ID NO 202;U3"7009.1 Candida albicans SGY—243
TTGCTAACCTTCAATAAGTTGTT
SEQ ID NO 203湖A,' Candida albicans SGY—243
AGGGUAAAGGUAUCAAATOGUCUAUUUCUGAAGAAAGAGACAGAAGAANAGCUCAACAAGGUUUGCJAAGU UUUAUUCGCACUACAAAAAAAAAAA口RU,RUGAAAAUGAAAAAAACCAACGUAAAUAAUGUACAUUAA UUGCUAACCUUCAAUAAGUUGUU
SEQ ID NO 204,'XM_"6360.1 Candiida glabrata CBS138, partial niRNA ATGGCTAGAGGACCAAAGAAGCATCTAAAGAGATTAGCAGCTCCACACCACTGGTTGTTGGACAAGTTGTTCAACAAGGTTTATAA
SEQ ID NO 205;R船Candida glabrata CBS138, partial mRNA
UCAACAAGGUUUAUAA
SEQ ID NO 206,'M64293. S. cerevisiae ribosomal protein S7 gene, exons 1 and 2
CTGGCAAGTCCTGTTCTGTGTGGTAGTATTGAAATTTCAGAGATTGTCGGCAATACTAGTATATTAAAAA
AGAATCAATACGCAAAGATGGCTAGAGGACCGTATGTTTGACTATAGACTTTGATTATAATTACGCAAGG ATGAGAAGAATGATAGACAAGAAACAAGTGGAGTCTTAACCAAACGAATAGGAACAACAATGAACCAGTTSEQ ID NO 207,'RNA S. cerevisiae ribosomal protein S7 gene, exons 1 and 2
AUGAGAAGAAUGAUAGACAAGAAACAAGUGGAGUCUUAACCAAACGAAUAGGAACAACAAUGAACCAGUU UA口GUCCAOUUAAUUUUAGAUCAUCCUGGGAUUGUACAAAUAUTOUACGAGUAAUGAUUUACUAACGAGC
AACAGAUUAAAGUAUGCUUUGAACGGCCGUGAAGUCAAGGCUAUCUUGAUGCAACGUCACGUUAAAGtIGG
UCUUACAAGTOGGGUAAGGUCAAGAAGGUUCAAUUAGGUAAGAAGGGUGUUCCAUACGCJCJGUUACCCACG
UGGUAAGAUUACUGATOUCAUCAAGUUCGAUGCCGG口AAGUUGGUUUACGUUACUGGUGGUCGUAACUUG GGUCG,CGGUACOAUCGUUCACAAGGAAAGACACGAUGGUGGUUUCGAUUUAGUUCACAUCAAGGACU CCUUGGACAACACUUUCGUCACUAGAUUGAACAAUGU国CGUCAUCGGUGAACAAGGUAAGCCUUACAU UUCUUUGCCAAAGGGUAAGGGUAUCAAGUUGUCUAUUGCUGAAGAACGUGACAGAAGAAGAGCUCAACAACCGAGAUC
SEQ ID NO 208,-M64294. A S.ce"visiae ribosoraal protein S7 gene, exons 1 and 2
GGTTTGTAAACATTTTAAATATTGTTATCTGCCCTCTCTTCGTCTTTTG
SEQ ID NO 209,'RNA A S.cerevisiae ribosomal protein S7 gene, exons 1 and 2 GUAAGAUUUAGAftbAGUUUCUUUUCAUAUAACGUCGACUAAGUAUAACAAUAGAUACACCACUAUUGAGG
AAGAAAGAAUAUAAGAAGUUGUGUUUAUOTAUCGGAAGAUAGAAUUCUGAUGAGAAAACUU。AUCCOTGU UAAGAACAGAUAAGCAUUGCGGGAUAUUUUUAOTAACAAGAGUACGUUUAAUAAUGU口AAUACGAUUUUU CAUAUAGAAAGAAGCAUCUAAAGAGAUUAGCAGCUCCACACCAUUGGUUAUUGGACAAGUUG口CCGGUUG UUACGCCCCAAGACCAUCTOCUGGUCCACACAAATOGCGUGAAUCCUUGCCAUUGAUUGUCUUUCUAAGA AACAGAUUAAAGUAUGCUTOGAACGGCCGUGAAGUCAAGGCUADCUUGAUGCAACGUCACGUCAAAGUUG
UGAAAACOTCAGAUUGGUCUACGAUGUCAAGGGUAGAUUCGCUGUCCACCGUAUCACCGAUGAAGAAGCC CJCUUACAAAUUGGGUAAGGUCAAGAAGGUUCAAUUAGGUAAGAAGGGUGUUCCAUACG(JUGUUACCCACG AUGGUAGAACUAUCAGAUACCCAGACCCAAACAUCAAGGUCAAUGACAOTGUUAAGA口UGATOUGGCCUC CJGGUAAGAUUACUGAOTUCAUCAAGUUCGAUGCCGGOAAGOUGGUUUACGUUACUGGUGGUCGDAACUUGGGUUUGUAAACAUUUUAAAUAUUGUUAUCUGCCCUOTCUUCGUCUUUUG
SEQ ID NO 210
XM—451697.1 Kluyveromyces lactis NRRL Y-U40, KL雄B03652g predicted mRNA
TCAACATGGTTTGTAA
SEQ ID MO 2U
RNA Kluyveromyces lactis NRRL Y—1140, KL固B03652g predicted mRNA
UAACUUGGGUAGAGUUGGUACCAUCGUCCACAGAGAAAGACACGAAGGUGGUUUCGAUUUGGUUCACAUC
CAUGGAUCUCCUUGCCAAAGGGUAAGGGUAUCAAGUUGACCAUCUCUGAAGAACGUGACCGUAGAAGAGC UCAACAUGGUUUGUAA
SEQ ID NO 212'.鹏一209058.1| Eremothecium gossypii ADK391Cp (AD!L391C) , mR船
CTACCAACGAGAACTTCAGATTGGTATACGATGTCAAGGGCAGATTTGCTGTCCACCGTATCACCGATGA GGAGGCTACTTACAAGTTGGGTAAGGTTAAGCGCGTTCAGCTAGGTAAGAAGGGTGTCCCATACGTGGTC
60TCAACAAGGTTTGTAA
SEQ ID NO 213,'RNA Eremotheci咖gossypii AD!L391Cp (ADIj391C) , mRNA
UCAACAAGGUUUGUAA
SEQ ID NO 214,'XM—4 60509.1 Debaryomyces hansenii CBS7 67 hypothetical protein (DEHA0F03674g) partial mRNA
AAACCAACAACTT AT C AACT AA
SEQ工D NO 215,'RNA Debaryomyces hansenii CBS7 67 hypothetical protein (DEHA0F03674g) partial mRMA
AUGGGUAGAGGUCCAAAGAAGCACUUGAAGAGAUUAGCAGCACCAUCCCACUGGAUGUUGGACAAAUUGU CCGGUACUUACGCACCAAGACCAUCUGCUGGUCCCJCACAAAUUGAGAGAAUCUUUACCAUUGGUUAUCUU CUUAAGAAACAGACUUAAGUAUGCCUUAAACGGUAGAGAAGUCAAGGCCAUCUUGAUGCAAGAACACGUC AAGGUUGAUGGUAAAGUUAGAACCGAUGCtJACUUUCCCAGCUGGUUUCAUGGAUGUCMICACUUUAGAAG
61AAACCAACAACUUAUCAACUAA
SEQ ID NO 216'.XM_657428，1 Aspergillus nidulans FGSC A4 40S ribosomal protein S7 (AN4916.2), mRNA
TGCTGTCGTTTTCGAGTTCCCCCAGGGTGGTGCTTCTGAGTTTTAA
SEQ ID NO 217，A Aspergillus nidulans FGSC A4 40S ribosomal protein S7 (AN4916.2), mRNA
UGCUGUCGUUUUCGAGUUCCCCCAGGGUGGUGCUUCUGAGUUUUAA
SEQ ID NO 218,'>XM—74 9453.1 Aspergillus fumigatus Af293 ribosorttal protein S7e (Afu3gl0730) partial mRNA
GTCGAGATCGTCGGCAAGCGTATCCGCACCAAGGAGGACGGCAGCAAGACTCTCAAGGTCATCCTGGACGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGCGGTGCCGCCGAGTACTAG
SEQ工D NO 219,，A Aspergillus f咖igatus Af293 ribosonial protein S7e (Afu3gl0730) partial mRNA
CUCUG,UCUUCGAGUUCCCCCAGAGCGGUGCCGCCGAGUACUAG
SEQ ID NO 220: >XM—001213780.1 Aspergillus terreus NIH2624 40S ribosoiaal protein S7 (ATEG—04602) mR船,complete cds
tgccgtcgtcttcgagttcccccagagcggtgctgctgactactAa
SEQ工D NO 221溯A Aspergillus terreus N工H2624 40S ribosomal protein S7 (AUEG—04 602〉 mKNA, coinplete cds
CUCCAGGGCUUCCACAAGAUCCAGCAGCG口CUGACCCGUGAGOTCGAGAAGAAGUUCUCCGACCGCCACG
AGAAGGAGCGCGGCGGUGUCGACCACCGCCUCGAUGCCUACGGCGAGGUCUACCGUCGUOTCACCGGCCG UGCCGUCGUCUUCGAGUUCCCCCAGAGCGGUGCUGCUGACUAOTAA
SEQ NO 222: C, albicans 1899
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ NO 223: C. albicans 1899GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ NO 224 C, albicans 2738
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ NO 225 C, albicans 2738
GACGG口AGAACYACJCAGAUACCCAGA
SEQ NO 226 C. albicans 1912
SEQ NO 227 C, albicans 1912
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ NO 228 C. parapsilosis 6318
SEQ NO 229 C. parapsilosis 6318
GACTGGUAGAACYATCAGAUACCCAGA SEQ NO 230 C, parapsilosis 6395
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ NO 231: C. parapsilosis 6395
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG
SEQ NO 232: C, parapsilosis 96141
GATGGYAGAACYATCAGMACCCAG
SEQ NO 233 C* parapsilosis 96141
GAUGGYAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ 234: C, parapsilosis 96137
GATGGTAGAACCATCAGATACCCAG SEQ 235: C. parapsilosis 96137SEQ 236: C.parapsilosis 96143r印
GMGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ 237: C,parapsilosis 96143rep
GAUGG(JAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ 238: C.psrapsilosis 109
GATGGTAGAACTATCAGATACCCAGA SEQ 239: C.parapsilosis 109
GAUGGUAGAAC口AUCAGAUACCCAGA SEQ 240: C. parapsilosis2195
GATGGTAGAACYATCAGMACCCAGA SEQ 241: C. parapsilosis2195
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ 242: C，parapsilosis 2315
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ 243: C,parapsilosis 2315
GAUGGUAGAACYA口CAGAUACCCAGA SEQ 2": C* krusei 6199
GATGGTAGAACTATCAGMACCCAG SEQ 245: C. krusei 6199
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ 246: C. tropicaJLis 8072
GATGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ 247: C, tropicalis 8072
GAUGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA
65SEQ 248: C， tropicalis 2316
GAYGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ 249: C. tropicalis 2316
GAYGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ 250: C. dubliniensis 16971
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAG
SEQ 251: C. dubliniensis 16971
SEQ 252: C, dublininesis 16721
GACGGTAGAACYMCAGATACCCAG
SEQ 253: C. ciublininesis 16721
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ 254: C.dubliniensis 16197
GACGGTAGAACYMCAGATACCCAGA SEQ 255: C.dubliniensis 16197
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ 256: C,norvegenesis 2145
GACGGTAGAACYATCAGATACCCAGA SEQ 257- C.norvegenesis 2145
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ 258: C，guilliermondii 23
GACGGTAGAACTATCAGATACCCAGA SEQ 259: C.guilliermondii 23
GACGOTAGAACUAUCAGAUACCCAGA SEQ 260: C.guilliexmondii 8167
66ACGGTMAACCMCAGATACCCAG
SSQ 261: C.guilliermondii 8167
ACGGUAGAACCAUCA咖ACCCAGSEQ 262: C.lusitaniae 64
GGTAGAACTATCAGATACCCAGSEQ 263: C.lusitaniae 64
GGUAGAAOTAUCAGAUACCCAGSEQ 264: C.lipolytica 112
SEQ 265: C，lipolytica 112
SEQ 266: C.lipolytica 31
GAYGGTAGAACTATCAGATACCCAGASEQ 267: C.lipolytica 31
GAYGGUAGAAOTAUCAGAUACCCAGASEQ 268: C.lipolytica 113
SEQ 269: C.lipolytica 113
SEQ 270: C.mgosa 85
AACTATCAGATACCCAGASEQ 271: C,rugosa 85
SEQ 272: C,rugosa 613
TAGAACYATCAGMACCCAGASEQ 273: C,:rugo3a 613UAGAACYAUCAGAUACCCAGA SEQ 274: C.rugosa 41
GACGGTAGAACTAYCAGATACCCAG SEQ 2*75: C,rugosa 41
GACGGUAGAACUAYCAGAUACCCAG SEQ 276: C.rugosa 44
TAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 277: C.rugosa 44
UAGAACUA口CAGAUACCCAG SEQ 27 8: C.rugosa 46
TAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 27 9: C.rugosa 4 6
UAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 280: C.famata 1
GATGGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 281: C.famata 1
GAUGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 282: C.famata 2
GAYGGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 283: C.famata 2
SEQ 284: C.famata 3
GATGGTAGAACTATCAGATACCCAG SJEQ 285: C,famata 3SEQ 286: C.famata 4
GAYGGTAGAACTATCAGATACCCAG
SEQ 287: C,famata 4
GAYGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 288: C.famata 5
GAYGGTAGAACTATCAG SEQ 289: C.famata 5
GAYGGUAGAACUAUCAG SEQ 290: C-haemuloni 52
SEQ 291: C.haemuloni 52
GGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 292: C.haemulonii 53
SEQ 293: C,haemulonii 53
SEQ 294: C.pulcherrima 36
GACGGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ'295: C,pulcherri随36
GACGGDAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 296: C,pulcherriraa 37
GACGGTAGAACTMCAGATACCCAG SEQ 297: C,pulcherrima 37
GACGGUAGAAOTAUCAGAUACCCAG SEQ 298:C,pulcherri加38
69GACGGTAGAACTATCAGMACCCAG SEQ 299:C,pulcherriraa 38
GACGGCJAGAACUACJCAGAUACCCAG 卿300: C.pulcherriiria 39
GACGGTAGAACTMCAGATACCCAG SEQ 301: C.pulcherrima 39
GACGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 302: C.pulcherriina 40
GACGGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 303: C.pulcherrima 40
GACGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 304: C.utilis 50
AGAACTATCAGMACCCAG SEQ 305: C.utilis 50
AGAACUM)CAGAUACCCAG SEQ 306: C-utilis 51
AGAACTATCAGMACCCAG SEQ 307: C.utilis 51
SEQ 308: C.kefyr 59
GGTAGAACTMCAGATACCCAG SEQ 309: C,kefyr 59
GGUAGAAC,CAGAUACCCAG SEQ 310: C.kefyr 3898SEQ 311: C.kefyr 3898
GACGGUAGAACYAUCAGAUACCCAG SEQ 312: C，viswanathii 92
GACGGTAGAACTATCAGATACCCAGA SEQ 313: C，viswanathii 92
GACGGUAGAAOTAUCAGAUACCCAGA SEQ 314: C.viswanathii 93
SEQ 315: C.viswanathii 93
GAUGOTAGAAOTAUCAGAUACCCAGA SEQ 316: C.zeylanoides 74
AGAACTM"CAGATACCCAGA
SEQ 317: C，zeylanoides 74
AGAACUAUCAGAUACCCAGA
SEQ 318: C.2eylan0ides 67
SEQ 319: C,zeylanoides 67
GGYAGAACCAGAUACCCAG SEQ 320: C.zeylanoides 69
GGYAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 321: C.zeylanoides 69
SEQ 322: C,zeylanoides 68
GGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 323: C.zeylanoides 68
G c
A c
G G
A G
c A
c c
u G
u G
G A
c u
u c
G G
G A
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如
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論
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c
G
G
G
G
c
c
G
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隱
c
G
G
c
c
cGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 324: C.zeylanoides 70
CAGATACCCAG
SEQ 325: C.zeylanoides 70 SEQ 326:A. fumigatus2204
TACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 327:A. f咖igatus2204
UACGGCGAGGUTOACCGCCGACUAACCGGCCGCUCUGTOGUUUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 328: A. fumigatus5062
CTACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 329: A. fumigatus5062
OTACGGCGAGGUUUACCGCCGAOTAACCGGCCGCUCUGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 330:A. fumigatus133.61
CTACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 331:A， fumigatus133.61
OTACGGCGAGGUUUACCGCC(5ACUAACCGGCCGOTCUGUUGUOTTCGAOTUCCCCCAGAG SEQ 332:A. fumigatus419.64
CTACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTATCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 333:A, f咖igatus419. 64
CUACGGCGAGGOTUACCGCCGACUAACCGGCCGOTCUAUCOTCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 334: A. terireus2729
A
G
c
c
c
c
c
c
c
c A
T ^
G S
.G
c c
T A
u 5
u u
G u
c G
u A
c c
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c A c
Tec
c G G
G c T
c c a:
c A c
T G c
G c a:
c G G
A A c
G G c
A G c
CCA
ACT
u c c
c G G
G c u
CCA
u u G
u G c
G c A
c G G
G G c
a; G c
CCA
& c u
c
G
c
c
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c
G
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G G
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c c A
G T G
G T G
u c c
c G G
G c u
CCA
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c n> r=>
G c A
c G G
A A c
G G c
A G c
CCA
G u G
G u G
T c
c G
c c
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G G
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CCA
:u lu G
c A c
u G c
G c A
G G a
A G c
CCA
G u G
i=5 G u
.5 c u
CD u G
72CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTCTCACCGGCCGTGCCGTCGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 335: A. terreus2729
咖CGGCGAGGUCUACCGUCGUCUCACCGGCCGUGCCGUCGUCUUCGAGOTCCCCCAGAG SEQ 336: A， flavusl08.30
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGTTTGACCGGCCGCAACGTCGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 337: A. flavusl08.30
CUACGGCGAGGUCUACCGCCGUUUGACCGGCCGCAACGUCGTCTOCGAGTOCCCCCAGAG SEQ 338: A. flavusl17,62
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGTTTGACCGGCCGCAACGTCCTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 339: A. flavusl17.62
CUACGGCGAGOTCUACCGCCGUUUGACCGGCCGCAACGUCGUCTOCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 340: A, nidulans5231
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTCTGACGGGTCGTGCTGTCGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 341: A， nidulans5231
COACGGCGAGGUCUACCGUCGUCUGACGGGUCGUGOTGUCGUUUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 342: A. niciulans4環
CTACGGCGA(3GTCTACCGTCGTCTGACGGGTCGTGCTGTCGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 343: A. nidu工ans4190
OTACGGCGAGGUCUACCGUCGUCUGACGGGUCGUGOTOTCGUUCJUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 344: A, nidulans100,2
G c
c A
c c
c G
G A
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c c
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A c
G T
G
G
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G ^ c
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G G
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c c
A c
c c
c A
G T
c G
T c
G c
c cCTACGGCGAGGTCTACCGTCGTCTGACGGGTCGTGCTGTCGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 345: A. nidulanslOO.2
CUACGGCGAGGUCUACCGUCGUCUGACGGGUCGUGCUGUCGTOUUCGAGUUCCC( CAGAG SEQ 346: A. versicolor1323
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTTTGACCGGTCGTGCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 347: A. versicolor1323
CUACGGCGAGGUCUACCGUCGUUUGACCGGUCGUGCUGTOGUUTOCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 348: A. versicolor2196
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTTTGACCGGTCGTGCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 3化'A. versicolor2196
CUACGGCGAGGUCUACCGUCGUUUGACCGGUCGTOCUGUUGUUCJUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 350: A* versicolor5058
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTTTGACTGGTCGTGCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG
SEQ 352: A, versicolor6898
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGTTTGACTGGTCGTGCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 353: A, versicolor6898
CUACGGCGAGGUOTACCGUCGUOTGACUGGUCGUGCaGUUGUTOUCGAGUTCCCCCAGAG
CUACGGCGAGGUOTACCGUCGTOUGAOTGGUCGUGCUGCJUGTOUUCGAGUUCCCCCAGAG
SEQ 354:
ve2Tsicolo:i:111,32
CTACGGCGAGOTCTACCGTCGTTTGACTGGTCGTGCTGTTGTTTTCGAGTTCCCCCAGAG
c
c
c
c
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G
G
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G c G
c c -A
c T G
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G G c
ACT
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c c c
CCA
G G c
COG
c c G
G A c
C3 T G
A c G
T G A
Tec
G c c
c c as
74SEQ 355: A. versicolorlll，32
CUACGGCGAGGUOTACCGUCGUUUGACUGGUCGUGOTGUUGTOUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 356: A. clavatus7944
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGTTTAACCGGCCGCTCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 357: A. clavatus7944
CUACGGCGAGGCJOTACCGCCGUTOAACCGGCCGOTCCGTOGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 358: A， clavatus2391
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGCTTAACCGGCCGCTCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG
SE<2 360: A. candidus9695
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGACTGACGGGCCGCAACGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEC2 361: A, candidus9695
CUACGGCGAGGUCUACCGCCGACUGACGGGCCGCAACGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 362: A, candidus567,65
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGACTGACGGGCCGCAACGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 363: A， candidus567.65
C口ACGGCGAGGUCUACCGCCGACUGACGGGCCGCAACGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 364: A. caruiidus225. 80
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGACTCACCGGCCGCAACGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 365: A， candidus225.80
SEQ 359:
clavatus2391
OTACGGCGAGGCfCUACCGCCGCUUAACCGGCCGCUCCGOTGUOTUCGAGU口CCCCCAGAG
CCA
IA G u
c G G
c G u
u c G
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G c G
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CCA
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G G c
c c G
c c G
G a; c
G 。 G
Ju c G
c A G
G c c
CCACUACGGCGAGGUCCJACCGCCGACUCACCGGCCGCAACGTOGUCUUCGAGUUCCCCCAGAGSEQ 366: A, glaucus2425
CTACGGCGAGGTCTACCGCAGACTGACCGGCCGTGCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGSEQ 367: A. glaucus2425
CUACGGCGAGGUCUACCGCAGACUGACCGGCCGUGCCGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAGSEQ 368: A. glaucusMA542
CTACGGCGAGGTCTACCGCAGACTGACCGGCCGTGCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGSEQ 369: A. giaucusMA542
CUACGGCGAGGUCUACCGCAGACUGACCGGCCGUGCCGUUGUCUUCGAGTOCCCCCAGAGSEQ 370:A, glaucusMA5279
CTACGGCGAGGTCTACCGCAGACTGACCGGCCGTGCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGSEQ 371:A, glaucusMA5279
OTACGGCGAGGUCUACCGCAGACUGACCGGCCGUGCCGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAGSEQ 372', A, glaucus117314
CGGCGAGGTCTACCGCAGACTGACCGGCCGTGCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGSEQ 373孓A. glaucusll73:U
CGGCGAGGUCUACCGCAGACUGACCGGCCGUGCCGUUOTC口UCGAGUUCCCCCAGAGSEQ 374: A. glaucus297,71
CGGCGAGGTCTACCGCAGACTGACCGGCCGTGCCGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAGSEQ 375: A. glaucus297,71
CGGCGAGGUCUACCGCAGACUGACCGGCCGUGCCGOTGUOTUCGAGTOCCCCCAGAG
c
G
c
c
c
G
c
c
c
G
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u
G
Tec
G c T
c c A
CAT
c c T
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c G G
3 c A
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G T G
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pC G c
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c G G
G G c
A G
c T CD
c A
c u
A c
c c
u G
G c
G c
G c
u G
76SEQ 376: A, nigrerl24,49
CTACGGCGAGGTCTACCGTCGGTTGACTGGCCGTGCTGTTGTCTTTGAATTCCCCCAGGG
SEQ 377: A, nigrerl24 . 49
CUACGGCGAGOTOTACCGUCGGUUGACUGGCCGUGCUGUUGUCUUUGAAUUCCCCCAGGG
SEQ 378: Albl
5' attgtctacgatgttaaaggtaaattc 3' SEQ 379: Albl
5' gaatttaccttt貼catcgtagacaat 3' SSQ 380 Alb2
5' agaatttctgctgaagaagctgcct 3' SEQ 381: Alb2
5' aggcagcttcttcagcsgsaattct 3' SEQ 382: Alb3a
5' tcagattagtctacgatgtteiaaggtaaa3 ， SEQ 383: Alb3a
5' tttacctttaacatcgtagactaatctga 3' SEQ 384: Alb3
5' tcagattagtctacgatgttaaaggtaaattc 3 SEQ 385: Alb3
5' gaatttacctttaacatcgtagactaatctga 3 SEQ 386:kru2
5' agctgcatacaagttatgtaaggtc 3， SEQ 387-ki:u2
5' gaccttacataacttgtatgcagct 3' SEQ 388: Krul
5' tcaccccagaagaagctgcat 3' SEQ 389: Krul
5f atgcagcttcttctggggtga 3f
SEQ 390: Parap!l
aaagtagatttgcttgccac 3'
SEQ 391: Parapl
5' gtggcaagcaaatctacttt 3f
SEQ 392'.Pa;r:SLp2
5' aagggaatcccatacgttgtca 3' SEQ 393:Parap2
5' tgacaacgtatgggeittccctt 3' SEQ 394:Tropl
5' taccaacgaacacttcagattgattta 3'SEQ 395:T:ropl
5' taaatcaatctgaagtgttcgttggta 3' SEQ 396: Trop2
5' ttctgctgaagaagcttcttacaa 3'
SEQ 397: Ti:op2
5' ttgtaagaagcttcttcagcagaa
SEQ 398 : Trop3
acagaatttctgctgaagaagcttcttacaa 3'
SEQ 399 : Trop3
5' ttgtaagaagcttcttcagcagaaattctgt 3' SEQ權Trop4
5' cgaacacttcagattgatttacgatgttaaa 3' SEQ 401:Trop4
5' tttaacatcgtaaatcaatctgaagtgttcg 3' SEQ 402: T:rop6
5' tttaacatcgtaaatcaatctgaagtgttcg3' SEQ 403: Trop6
5' cgaacacttc3g3ttg3tttacgatgttaaa 3， SEQ 404: Trop9
5' ttacctttaacatcgtaaatcaatctgaagtgttcgttggt 3 SEQ 405: T:cop9
5' accaacgaac3Cttcagattgatttacgatgttaasggtaa 3
SEQ楊Glabl
5' tatcactgacgaagaagcttc 3'
SEQ 407: Glabl
5' gaagcttcttcgtcagtgata 3'
SEQ 408.'Glab2
5' ttgggtaaggtcaagaaggtccaatt 3f SEQ 409:Glab2
5' aattggaccttcttgaccttacccaa 37 SEQ 410: Glab3
5' tatcactgacgaagaagcttcctacaa 3' SEQ 411: Glab3
5， ttgtaggaagcttcttcgtcagtgata 3'
SEQ 412:Glab 5
5'atacgttgtcactgacgatggt 3'
SEQ 413:Glab 5
5' accatcgtcagtgacaacgtat 3'
SEQ 414'. MycoSEQ AF1F 5' GACCGCCACGTCCTCTT 3'
SEQ 415: MycoSEQ AF1R 5' CTCTGGGGGAACTCGAA 3'
78SEQ 416: MycoSEQ NIG1R 5' CCCTGGGGGAATTCAAA 3'
SEQ MycoSEQ N工G1F
5' GACCGCCACGTTCTCTT 37
SEQ 418:AF6 FOW
5， AGCAAGACTCTCAAGGTC 3'
SEQ 419:ASP2
5' AGGTTTACCGCCGACTAACC 3' SEQ 420.-ASP2
5' GGTTAGTCGGCGGTAAACCT 3' SEQ 421: AFUM1
5' CGCTGTCCACGACGCCATCCTCA 3' SEQ 422: AHJM1
5' TGAGGATGGCGTCGTGGACAGCG 3' SEQ 423:AFUM2
5' CCGACTAACCGGCCGCTCTG 3f SEQ 424:AFUM2
5f CAGAGCGGCCGGTTAGTCGG 3' SEQ 425: ACANl
5， CGTGCACGACAACATCCTGACCGA 3' SEQ 426: ACAN1
5' TCGGTCAGGATGTTGTCGTGCACG 3' SEQ 427:ACAN2
5' CGGCGGCGTTGACCACCGCCTGGAC 3' SEQ 428:ACAN2
5' GTCCAGGCGGTGGTCAACGCCGCCG 3' SEQ 429:ATERR1
5' CGGCGGTGTCGACCACCGCCTC 3' SEQ 430:ATERR1
5' GAGGCGGTGGTCGACACCGCCG 3'
SEQ 431:ATERR2
CGTCTCACCGGCCGTGCCGTCGTC 3'
SEQ 432:ATERR2
5, GACGACGGCACGGCCGGTGAGACG 3' SEQ 433:AVER1
5, CTTGACGACCTCGTCTACCCCGTTG 3' SEQ 434:AVER1
5f CAACGGGGTAGACGAGGTCGTCAAG 3' SEQ 435:AVER2
5' CTACCGTCGTTTGACCGGTCGTGCTGTTG 3' SEQ 436:AVER2
5' CAACAGCACGACCGGTCAAACGACGGTAG 3'
79SEQ 437:AN工D1
5' GTACCCTCACTGCTGTTCACGATGC 3'
SEQ 438:ANID1
GCATCGTGAACAGCAGTGAGGGTAC 3'
卿439:ANID2
5' GTCGTCTGACGGGTCGTGCTGTC 3' SEQ "0:AN工D2
5' GACAGCACGACCCGTCAGACGAC 3' SEQ 441: AFLAV1
5'GCCGTTTGACCGGCCGCAACGTCGTC 3' SEQ 4 42: AFLAV1
5' GACGACGTTGCGGCCGGTCAAACGGC 3'
SEQ 4 43: AC、LAV1
5' CGAGMCG、TCGGCAAGCGCAC 3'
SEQ 4化ACLAV1
5' GTGCGCTTGCCGACGATCTCG
SEQ "5:ACLAV2 CGGCCGCTCCGTTGTCTTCGAG
SEQ "6:ACLAV2
5' CTCGAAGACAACGGAGCGGCCG 3' SEQ 447: ACLAV3
5' CGCCGTTTAACCGGCCGCTCCGTTGTC 3' SEQ "8: ACIAV3
5' GACAACGGAGCGGCCGGTTAAACGGCG 3' SEQ 449: S.cerevisiae 33
GATGGTAGAACTATCAGATACCCAG SEQ 450: S.cerevisiae 33
GAUGGUAGAACUAUCAGAUACCCAG SEQ 451: C.neoformans114
SEQ 452: C.neoformansl14 AGR口CSMKUUGGGYAAGAGRRGUROTCCMUACGYYGUCASCCACGACGGUAGAACUAUCAGAUACCCAGA
SEQ 454:A.fischeri 131700
SEQ 453:A,f:Lscheri 131700
CTACGGCGAGGTCTACCGCCGACTGACCGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG
a: G c
CCA
CP T G
c A G
3 c G
c T G
c G T
A c G
c c c
c A G
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G A c
c c T
c T G
c A G
c c *5
c a: c
c c c
T c G
CCA
lc T A
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c c A
G G c
c G
c G A
G T G
c c 3
T y G
Tec
G T c
CCA
80CUACGGCGAGGUCUACCGCCGACUGACCGGCCGCUOTGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 455: A.fischeri 211390CTACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACTGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 456: A.fischeri 211390CUACGGCGAGGUUUACCGCCGACUAACUGGCCGCUCUGUUGUCTOCGAGCJUCCCCCAGAG SEQ 457: A.fischeri 214525CTACGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACTGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 458: A.fischeri 214525CUACGGCGAGG(JUUACCGCCGACUAAOTGGCCGCUCUGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 459: N.fischeri 1085CGGCGAGGTTTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 460: N.fischeri 1085CGGCGAGGUUUACCGCCGACUAACCGGCCGOTCUGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 461: N.f丄scher丄—14726CGGCGAGGTCTACCGCCGACTAACCGGCCGCTCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 462: N.fischeri 14726GGGCGAGGUCUACCGCCGACUAACCGGCCGCUCUGTOGCJCTOCGAGUUCCCCCAGAG SEQ 463: N,fischeri 19426CGGCGAGGTCTACCGCCGACTAACCGGCCGTGCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 464: N.fischeri 19426CGGCGAGGUCUACCGCCGACUAACCGGCCGUGCUGTOGUOTUCGAGUUCCCCCAGAG81SEQ 465: N.fischeri 20179
CGGCGAGGTCTACCGCCGACTAACCGGCCGTGCTGTTGTCTTCGAGTTCCCCCAGAG SEQ 466: N.fischeri 20179
CGGCGAGGUCUACCGCCGACUAACCGGCCGUGCUGUUGUCUUCGAGUUCCCCCAGAG
参考文献
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权利要求
1.用于酵母或真菌物种的诊断试剂盒，其包含能够结合RPS7基因或其相应mRNA的至少部分的寡核苷酸探针。
2. 权利要求l中所述的试剂盒，其还包含用于扩增RPS7基因的 至少部分的引物。
3. 权利要求2中所述的试剂盒，其包含用于RPS7基因的部分的 正向和反向引物。
4. 权利要求1至3的任一项中所述的试剂盒，其中RPS7基因的 所述部分是曲霉属的RPS7基因的外显子3的部分。
5. 权利要求1至3的任一项中所述的试剂盒，其中RPS7基因的 所述部分相当于白色假丝酵母的RPS7基因的碱基对位点508至碱基对 位点711的这一部分。
6. 任何前述权利要求中所述的试剂盒，其包含针对曲霉属的 RPS7基因的外显子3的部分的探针和针对相当于白假丝酵母的RPS7 基因的位点508至711这一部分部分的探针。
7. 任何前述权利要求中所述的诊断试剂盒，其中探针选自SEQ ID N0 1至SEQ ID NO 7、 SEQ ID No 176至SEQ ID NO 189和SEQ ID NO 378至SEQ ID NO 413以及SEQ ID NO 419至SEQ ID NO 448或与 其大体上相似或互补的、也可用作探针的序列。
8. 任何前述权利要求中所述的试剂盒，其包含至少一种正向体 外扩增引物和至少一种反向体外扩增引物，正向扩增引物选自SEQ ID NO 8至SEQ 40、 SEQ ID NO 414、 SEQ ID NO 417、 SEQ ID NO 418或 与其大体上相似或互补的、也可用作正向扩增引物的序列，反向扩增 引物选自SEQ ID NO 3、 SEQ ID NO 22至SEQ ID NO 49、 SEQ ID NO 415 和SEQ ID NO 416或与其大体上相似或互补的、也可用作反向扩增引 物的序列。
9. 权利要求8中所述的诊断试剂盒，其基于直接核酸检测技术， 信号扩增核酸检测技术，以及核酸体外扩增技术，选自聚合酶链式反应(PCR)、连接酶链式反应(LCR)、基于核酸序列的扩增(NASBA)、链置 换扩增(SDA)、转录介导的扩增(TMA)、分支DNA技术(bDM)和滚环扩 增技术(RCAT)或其他基于酶促体外扩增的技术中的 一种或多种。
10. 核酸分子，其选自SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 466和与其 或其部分大体上同源或大体上互补、并且在基于RPS7基因的诊断中具 有功能的序列。
11. 核酸分子，其包含具有与权利要求10中所述的核酸分子的部 分大体上同源或大体上互补的序列的寡核苷酸。
12. 检测测试样品中的耙生物体的方法，该方法包括步骤(i) 在适当的条件下将测试样品与至少一种能够结合RPS7 基因或其相应mRNA的至少部分的寡核苷酸探针混合；(ii) 在高严格度条件下将可能存在于测试样品中的任何核 酸与所述寡核苷酸杂交从而形成探针靶双链体；和(iii) 确定探针靶双链体是否存在；双链体的存在明确地 确认了测试样品中所述乾生物体的存在。
13. 权利要求12中所述的方法，其中探针选自SEQ ID N0 1至 SEQ ID NO 49、 SEQ ID NO 176至SEQ ID NO 189和SEQ ID NO 378 至SEQ ID NO 448或与其大体上同源或大体上互补的、也能够用作RPS7 基因的探针的序列。
14. 权利要求IO或11的任一项中所述的核酸分子在检测一种或 多种酵母和/或真菌物种的存在的诊断测定法中的用途。
15. 权利要求1至9的任一项中所述的试剂盒或权利要求10或 11的任一项中所述的核酸分子在测量患者中酵母和/或真菌滴度的诊 断测定法中的用途。
16. 评估经设计以减少患者中酵母和/或真菌滴度的治疗方案的 功效的方法，该方法包括在治疗方案的一种或多种关键阶段使用权利 要求1至9的任一项中所述的试剂盒或权利要求10或11的任一项中 所述的核酸分子。
17. 权利要求1至9的任一项中所述的试剂盒或权利要求10或11的任一项中所述的核酸分子在测量环境中酵母和/或真菌污染的诊 断测定法中的用途。
18. 权利要求17中所述的用途，其中所述环境是医院，需要生 物体负载或质量评估的食物样品、环境样品例如水、工业样品例如半 成品4羊品或成品。
19. 权利要求1至9的任一项中所述的试剂盒或权利要求10或 11的任一项中所述的核酸分子在鉴定和/或表征一种或多种能够用于 破坏RPS7基因功能的破坏剂中的用途。
20. 权利要求19中所述的用途，其中所述破坏剂选自反义RNA、 PNA、 si跳
全文摘要
本发明涉及RPS7基因的部分或其相应的mRNA在用于真菌和酵母物种的诊断测定法中的用途和用于此类测定法和方法的序列。
文档编号C12Q1/68GK101636507SQ200780046241
公开日2010年1月27日 申请日期2007年12月14日 优先权日2006年12月15日
发明者M·玛赫尔, T·G·巴里, T·J·史密斯 申请人:高尔韦爱尔兰国立大学