抑制mmset的组合物和方法

专利名称：抑制mmset的组合物和方法
技术领域：
本发明涉及适用于治疗、处理和/或研究癌症的治疗剂。具体地讲，本发明涉及靶向癌症(例如，前列腺癌、乳腺癌、其他实体肿瘤、多发性骨髓瘤)中的MMSET表达的小分子和核酸。
发明背景
前列腺癌(PCA)折磨九分之一年龄超过65岁的男性，其为仅次于肺癌的男性癌症相关死亡的主要病因(Abate-Shen 和 Shen,Genes Devl4 2410[2000] ;Ruijter 等，Endocr Rev，20 :22[1999])。美国癌症学会估计约184，500名美国男性将被诊断有前列腺癌且 39，200名将于2001年死亡。
前列腺癌通常用数字直肠检查和/或前列腺特异性抗原(PSA)筛选诊断。血清PSA 水平升高可指示存在PCA。PSA用作前列腺癌的标记物，因为其仅由前列腺细胞分泌。健康前列腺将产生稳定量一通常每毫升低于4纳克，或PSA读数为“4”或“4”以下一而癌细胞会产生与癌症严重性对应的逐步升高量。介于4与10之间的水平可提升医生对患者患有前列腺癌的怀疑，而50以上的量可显示肿瘤已在体内其他地方散布。
当PSA或数字测试指示极有可能存在癌症时，经直肠超声(TRUS)用于对前列腺进行图谱分析且显示任何可疑区域。前列腺的各种区段的活组织检查用于确定是否存在前列腺癌。治疗选择取决于癌症阶段。Gleason数值较低且肿瘤尚未超出前列腺散布的预期寿命10年或10年以下的男性常用观察等待法(watchful waiting)治疗(无治疗)。用于侵袭性更大的癌症的治疗选择包括手术治疗，例如根治性前列腺切除术(RP)，其中完全移除(用或不用神经保留技术)前列腺；和通过将剂量自体外引向前列腺的外部光束或通过植入在前列腺内的低剂量放射性种子施用的辐射以局部杀死癌细胞。也单独或连同手术或辐射一起使用抗雄激素疗法。激素疗法使用促黄体生成激素释放激素(LH-RH)类似物，其阻断垂体产生刺激睾丸酮产生的激素。患者在其余生中必须注射LH-RH类似物。
尽管手术和激素治疗常对局部化PCA有效，但晚期疾病仍然基本上不可治愈。雄激素去除为用于晚期PCA的最常见疗法，其导致雄激素依赖性恶性细胞大量凋亡和肿瘤暂时消退。然而，在大多数情况下，肿瘤猛烈地再度出现并可不依赖雄激素信号进行增殖。
前列腺特异性抗原(PSA)筛选的出现已导致对PCA的较早检测且显著降低PCA 相关的死亡。然而，PSA筛选对癌症特异性死亡的影响仍然未知，从而使有希望的随机筛选研究的结果悬而未决(Etzioni 等，J. Natl. Cancer Inst. ,91 1033[1999] ；Maattanen 等，Br. J. Cancer 79 1210[1999] ；Schroder 等，J. Natl. Cancer Inst. ,90 1817[1998])。血清PSA测试的主要限制在于缺乏前列腺癌灵敏性和特异性，尤其在PSA检测的中间范围(4-10ng/ml)内。通常检测到患有诸如良性前列腺增生(BPH)和前列腺炎的非恶性病状的患者中的血清PSA水平升高，且提供少许关于所检测癌症的侵袭性的信息。与血清PSA增加的测试结果一致，所进行的前列腺针刺活组织检查的数目显著增加(Jacobsen等，JAMA 274 :1445[1995])。此已导致可疑前列腺针刺活组织检查激增(Epstein和PotterJ. Urol. , 166 :402[2001])。因此，需要开发新型治疗靶和药剂。发明概述本发明涉及适用于治疗、处理和/或研究癌症的治疗剂。具体地讲，本发明涉及靶向癌症(例如，前列腺癌、乳腺癌、其他实体肿瘤、多发性骨髓瘤)中的含多发性骨髓瘤SET域蛋白质(MMSET)表达的小分子和核酸。
MMSET (也称为Wolf-Hirschhorn综合征候选物I (WHSCl)或含核SET域蛋白质2(NSD2)为一种已知会使组蛋白H3在赖氨酸36处二甲基化(称为H3-K36-二甲基或H3-K36-Me2的修饰)的组蛋白(histone)甲基转移酶。MMSET有助于染色体完整性，且在多种癌症中异常表达。在多发性骨髓瘤中，丽SET牵涉于t(4 ;14) (pl6q32)染色体易位中的患者经历15%的复发率且相较于缺乏此易位的多发性骨髓瘤患者预后恶化(Intini等(2004)Brit.J. Haematol. 126 :437 ;以引用方式整体并入本文)。易位阳性多发性骨髓瘤细胞中的MMSET敲低会强烈影响此类细胞的增殖和致肿瘤能力(Brito等(2009)Haematologica94 78 ;以引用方式整体并入本文)。在开发本发明的一些实施方案的过程中进行的实验证明MMSET在转移性前列腺癌和乳腺癌中过表达(图8)。表达与另一组蛋白甲基转移酶EZH2的表达相关(图8)。此外，MMSET敲低导致侵袭性前列腺癌细胞系中的细胞增殖和侵袭降低(图5)，从而证实MMSET在癌细胞生长中起关键作用。因此，抑制此酶具有治疗影响。在一些实施方案中，MMSET的抑制剂(例如，小分子抑制剂、siRNA抑制剂、抗体抑制剂)适用于治疗MMSET相关病状和病症，包括但不限于前列腺癌、乳腺癌和多发性骨髓瘤。本发明的方法和组合物适用于受试者中的各种癌症类型。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物适用于治疗或预防前列腺癌。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物适用于治疗或预防乳腺癌。在一些实施方案中，本发明的方法和组合物适用于治疗或预防多发性骨髓瘤。受试者为可受益于施用如本文所述的化合物的任何动物。在一些实施方案中，受试者为哺乳动物，例如人、灵长类动物、狗、猫、马、母牛、猪、啮齿动物，例如大鼠或小鼠。受试者通常为人。本发明的方法不受限于关于丽SET活性剂(例如，丽SET抑制性)的给药、配制、施用途径或时间施用方案。在一些实施方案中，MMSET活性剂的剂量在每天约2mg直至约2，OOOmg的范围内，视疾病靶、患者和施用途径而定必定发生。在一些实施方案中，剂量以约0. 05mg/kg至约20mg/kg的范围、更优选约0. 05mg/kg至约2mg/kg的范围、最优选每天约0. 05mg/kg至每千克体重约0. 2mg的范围口服施用。施用途径包括但不限于口服、局部和非经肠(例如静脉内、肌肉内、腹膜内、皮下、鞘内、动脉内、经鼻或经肺施用)。本发明不受限于施用MMSET活性剂(例如，MMSET抑制剂)的时间方面。MMSET活性剂可单独或与一种或多种其他药剂，例如一种或多种其他化疗剂组合施用。若与另外药剂组合施用，则此施用可同时或依序进行而不考虑施用顺序。MMSET活性剂疗法可每天施用介于I次与50次之间，或以较小频率施用(例如，每隔一天一次、每三天一次、每4天一次、每5天一次、每6天一次、一周一次、一个月一次、每三个月一次)。MMSET活性剂疗法可持续I天、I周、I个月、I年、10年或10年以上。“治疗”在本发明的情形内是指完全或部分减轻与病症或疾病相关的症状，或减缓、抑制或制止那些症状进一步进展或恶化，或预防或防治处于形成该疾病或病症的风险中的受试者中的疾病或病症。因此，例如治疗转移性前列腺癌可包括抑制或防止癌症转移、降低转移的速度和/或数目、降低已转移前列腺癌的肿瘤体积、完全或部分缓解已转移前列腺癌或任何其他治疗益处。如本文所用，本发明化合物的“治疗有效量”是指完全或部分减轻与病症或疾病相关的症状，或减缓、抑制或制止那些症状进一步进展或恶化，或预防或提供防治处于形成该疾病或病症的风险中的受试者中的疾病或病症的化合物的量。本发明的实施 方案的方法和组合物不受限于其影响MMSET所用的机制。在一些实施方案中，MMSET mRNA表达受影响(例如，在癌细胞中的表达)(例如，在前列腺癌细胞或其前体中的表达、在乳腺癌细胞或其前体中的表达、在浆细胞或浆细胞前体中的表达)。在一些实施方案中，MMSET mRNA转录速率改变(例如，降低)。在一些实施方案中，MMSET mRNA转录物稳定性改变(例如，致使MMSET mRNA转录物不稳定或倾向于降解)。在一些实施方案中，MMSET蛋白质水平受影响(例如，降低)(例如，在前列腺癌细胞或其前体中降低、在乳腺癌细胞或其前体中降低、在浆细胞或其前体中降低)。在一些实施方案中，MMSET蛋白质分子稳定性改变(例如降低)。在一些实施方案中，MMSET蛋白质的一种或多种活性改变。在一些实施方案中，MMSET的甲基化活性受抑制。在一些实施方案中，MMSET与底物的相互作用受影响(例如，抑制、促进、使得不可逆、使得变弱、使得不具有特异性、使得更具有特异性)。在一些实施方案中，MMSET调节剂(例如，正调节剂、负调节剂)的活性受影响。在某些实施方案中，本发明提供抑制细胞生长的方法，所述方法包括使表达MMSET的细胞与抑制所述细胞中的MMSET的至少一种生物活性的药剂接触。在一些实施方案中，MMSET药剂为某一类型，如小分子、siRNA或抗体，但包括其他药剂。在一些实施方案中，小分子为3-肼基喹喔啉-2-硫醇。在一些实施方案中，细胞为癌细胞。在一些实施方案中，癌细胞具有某一类型，如前列腺癌细胞、前列腺癌细胞前体、乳腺癌细胞、乳腺癌细胞前体、浆细胞或浆细胞前体。在一些实施方案中，癌细胞为前列腺癌细胞。在某些实施方案中，本发明提供抑制细胞生长的方法，所述方法包括抑制组蛋白H3的赖氨酸36的甲基化。在一些实施方案中，组蛋白H3的赖氨酸36的甲基化由二甲基化组成。在一些实施方案中，组蛋白H3的赖氨酸36的甲基化由三甲基化组成。在一些实施方案中，抑制通过改变MMSET的至少一种活性来进行。例如，在一些实施方案中，MMSET活性为MMSET酶活性、MMSET转录物水平或MMSET蛋白质水平。在一些实施方案中，MMSET酶活性包括甲基化。在某些实施方案中，本发明提供一种包含抑制细胞中的MMSET的至少一种活性的药剂的药物组合物。在一些实施方案中，药剂为核酸。在一些实施方案中，药剂为小分子。在一些实施方案中，药剂为小分子。在一些实施方案中，药剂为3-肼基喹喔啉-2-硫醇。基于本文中包含的教导，其他实施方案对相关领域技术人员来说将显而易见。附图简述

图1示出前列腺癌中的Whscl(MMSET)的过表达。使用公开可用数据(Oncomine)考察表达水平(Varambally 等(2008) Science322 1695-1699 ;Yu 等(2007) Neoplasia 9 292-303 ；Lapointe 等(2007)Cancer Res. 67 :8504_8510 ；Lapointe 等(2004)PNAS 101 811-816 ;各自均以引用方式整体并入本文)。图2示出各前列腺样品之间的丽SET表达。图3示出一组前列腺细胞系中的丽SET表达。图4示出丽SET敲低会特异性降低H3K36的二甲基化。图5示出丽SET敲低会降低DU145细胞增殖。图6示出丽SET敲低对PC3细胞的影响。 图7示出MCTP39对DU145细胞增殖和侵袭的影响。图8示出WHSCl (MMSET)和Ezh2在切除的前列腺mets组织中过表达。进行TaqMan实时PCR以测定丽SETl和Ezh2 mRNA的表达。图9示出在用MCTP39(3_肼基喹喔啉-2-硫醇)处理的DU145细胞中的指定位置处的组蛋白H3甲基化修饰的水平。图10示出MCTP39 (3_肼基喹喔啉_2_硫醇)的化学结构。图11示出对作为EZH2的靶的H3K36me2标记物的鉴定。图12示出EZH2通过调节MMSET来间接影响H3K36me2。图13示出EZH2诱导正常细胞中的MMSET表达。图14示出EZH2阻遏的miRNA靶向MMSET。图15示出MMSET敲低影响前列腺癌增殖、侵袭和迁移。图16示出丽SET降低会减弱CAM模型中的基底膜产生和转移。图17示出MMSET过表达诱导H3K36me2标记和较高细胞增殖和侵袭。图18示出MMEST敲低减弱EZH2介导的细胞侵袭。图19示出丽SET在多种癌症中高表达。图20示出前列腺癌样品中的EZH2与丽SET的表达相关性。图21示出对前列腺癌中的EZH2和MMSET的表达的qPCR验证。图22示出多个癌症细胞系和前列腺组织中的EZH2和MMSET表达。图23示出MCTP39对MMSET活性的影响。图24示出MCTP39对H3K甲基化以及癌细胞增殖和侵袭的影响。图25示出MCTP39对易位阳性丽细胞系显现特异性。图26示出MCTP39会降低异种移植肿瘤中的肿瘤体积。定义为了有助于理解本发明，下面定义许多术语和短语 如本文所用，术语“抑制MMSET的至少一种生物活性”是指任何试剂通过直接接触丽SET蛋白、接触丽SET mRNA或基因组DNA、导致丽SET多肽的构象变化、降低丽SET蛋白水平、或干扰与信号转导伴侣的丽SET相互作用和影响丽SET靶基因的表达来降低丽SET的任何活性(例如包括但不限于本文所述活性)。抑制剂也包括通过阻断上游或下游信号转导分子来间接调节MMSET生物活性的分子。如本文所用，术语“受试者”是指将为特定治疗的接受者的任何动物(例如，哺乳动物)，包括但不限于人、非人灵长类动物、啮齿动物等。术语“受试者”与“患者”通常在本文中可关于人受试者互换使用。如本文所用，术语“癌症标记物基因”是指单独或与其他基因组合的表达水平与癌症或癌症预后相关的基因。相关性可涉及基因表达增加或降低。例如，基因表达可指不癌症，或基因表达缺乏可与癌症患者中的不良预后相关。在一些实施方案中，癌症标记物基因充当抗癌治疗剂的靶。在一些实施方案中，癌症标记物基因充当癌症侵袭性(例如，侵袭力)的指示剂。如本文所用，术语“经诊断患有癌症的受试者”是指已加以测试且发现具有癌细胞的受试者。可使用任何适合方法，包括但不限于活组织检查、X射线、血液测试和本发明的诊断方法诊断癌症。如本文所用，术语“非人动物”是指所有非人动物，包括但不限于脊椎动物( 如啮齿动物)、非人灵长类动物、羊、牛、反刍动物、兔类动物、猪、山羊、马、犬、猫、鸟类动物等。如本文所用，术语“基因转移系统”是指将包含核酸序列的组合物递送至细胞或组织的任意工具。例如，基因转移系统包括但不限于载体(例如，逆转录病毒递送系统、腺病毒递送系统、腺相关病毒递送系统和其他基于核酸的递送系统)，裸核酸的显微注射，基于聚合物的递送系统(例如基于脂质体的系统和基于金属颗粒的系统)，基因枪注射等。如本文所用，术语“病毒基因转移系统”是指包含用于促进样品向期望细胞或组织递送的病毒元件(例如，完整病毒、改变的病毒和病毒组分，例如核酸或蛋白质)的基因转移系统。如本文所用，术语“腺病毒基因转移系统”是指包含属于腺病毒科家族的完整或改变的病毒的基因转移系统。如本文所用，术语“核酸分子”指任意含有核酸的分子，包括但不限于DNA或RNA。该术语包括含有DNA和RNA的任意已知碱基类似物的序列，所述碱基类似物包括但不限于
4-乙酰胞嘧啶、8-羟基-N6-甲基腺苷、吖丙啶基胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-(羧基羟基甲基)尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-羧基甲基氨基甲基-2-硫尿嘧啶、5-羧基甲基-氨基甲基尿嘧啶、二氢尿嘧啶、肌苷、N6-异戊烯基腺嘌呤、1-甲基腺嘌呤、1-甲基假尿嘧啶、1-甲基鸟嘌呤、1-甲基肌苷、2，2-二甲基鸟嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-甲基腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基氨基甲基尿嘧啶、5-甲氧基氨基甲基-2-硫尿喃唳、β-D甘露糖基辫苷(β-D-mannosylqueosine)、5' _甲氧基羰基甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲硫基-N6-异戊烯基腺嘌呤、尿嘧啶-5-乙醇酸甲酯、尿嘧唳-5-乙醇酸、oxybutoxosine、假尿卩密唳、辫苷(queosine)、2_硫胞卩密唳、5-甲基_2_硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、N-尿嘧啶-5-乙醇酸甲酯、尿嘧啶-5-乙醇酸、假尿嘧啶、辫苷、2-硫胞嘧啶和2，6- 二氨基嘌呤。术语“基因”是指包含用于产生多肽、前体或RNA(例如，rRNA、tRNA)所必需的编码序列的核酸(例如DNA)序列。多肽可由全长编码序列或所述编码序列的任何部分编码，只要全长或片段的所需活性或功能特征(例如酶活性、配体结合性、信号转导、免疫原性等)得以保留。所述术语也包括结构基因的编码区和与编码区5'和3'两个末端相邻的序列，所述序列距离任一端大约为Ikb或更长，使得所述基因相应于全长mRNA的长度。位于编码区5'并存在于mRNA上的序列被称作5'非翻译序列。位于编码区3'或下游并存在于mRNA上的序列被称作3'非翻译序列。术语“基因”包括cDNA和基因的基因组形式的基因。基因的基因组形式或克隆包含由称作“内含子”或“间插区”或“间插序列”的非编码序列打断的编码区。内含子是转录成核RNA(hnRNA)的基因片段；内含子可含有调控元件例如增强子。内含子被从细胞核或初级转录物中除去或“剪接掉”；因此内含子不存在于信使RNA (mRNA)转录物中。在翻译期间，mRNA起规定新生多肽中的氨基酸的序列或顺序的作用。如本文所用，“基因表达”是指将基因中编码的遗传信息通过基因“转录”(即通过RNA聚合酶的酶促作用)转化成RNA (例如mRNA、rRNA、tRNA或snRNA)的过程，且对于蛋白质编码基因而言，是指通过mRNA“翻译”转化成蛋白质的过程。基因表达可在过程中的许多阶段加以调节。“上调”或“活化”是指增加基因表达产物(即RNA或蛋白质)产生的调节，而“下调”或“阻遏”是指降低产生的调节。上调或下调中涉及的分子(例如，转录因子)常分别称为“活化剂”和“阻遏剂”。除含有内含子之外，基因的基因组形式也可包括位于存在于RNA转录物上的序列的5'端与3'端两者的序列。这些序列称为“侧接”序列或区域(这些侧接序列位于存在于mRNA转录物上的非翻译序列的5'或3' )。5'侧接区域可含有控制或影响基因转录的
调节序列，例如启动子和增强子。3'侧接区域可含有指导转录终止、转录后裂解和聚腺苷酸化的序列。术语“野生型”是指自从天然存在的来源分离的基因或基因产物。野生型基因是在群体中最常观察到且因此任意指定为基因的“正常”或“野生型”形式的基因。相反，术语“修饰”或“突变”是指基因或基因产物在相较于野生型基因或基因产物时，显示序列和/或功能性质改变(即特征改变)。应注意的是可分离天然存在的突变体；这些突变体是根据其在相较于野生型基因或基因产物时，具有改变的特征(包括改变的核酸序列)的事实来鉴定。如本文所用，术语“核酸分子编码”、“DNA序列编码”和“DNA编码”是指沿一条脱氧核糖核酸链的脱氧核糖核苷酸的顺序或序列。这些脱氧核糖核苷酸的顺序决定沿多肽(蛋白质)链的氨基酸的顺序。因此，DNA序列编码氨基酸序列。如本文所用，术语“寡核苷酸”是指较短长度的单链多核苷酸链。寡核苷酸的长度通常小于200个残基(例如在15与100之间)，然而，如本文所用，该术语也意在包括更长的多核苷酸链。寡核苷酸经常用它们的长度来表不。例如，24个残基的寡核苷酸称作“24-mer”。通过自杂交或通过与其他多核苷酸杂交，寡核苷酸可以形成二级和三级结构。这样的结构可以包括但不限于双链体、发夹、十字形、弯曲和三链体。如本文所用，术语“互补的”或“互补”用来指通过碱基配对规则相关联的多核苷酸(即核苷酸序列)。例如，序列“5' -A-G-T-3' ”与序列“3' -T-C-A-5' ”互补。互补可以是“部分的”，其中仅仅某些核酸的碱基根据碱基配对规则匹配。或者，核酸之间可以存在“完全”或“全部”的互补。核酸链之间的互补程度对于核酸链间杂交的效率和强度具有重大影响。这在扩增反应以及依赖于核酸之间的结合的检测方法中尤为重要。术语“同源”是指互补程度。可存在部分同源或完全同源(即相同)。部分互补的序列是至少部分地抑制完全互补的核酸分子与“基本上同源的”祀核酸杂交的核酸分子。完全互补的序列与靶序列的杂交的抑制可使用杂交测定(DNA或RNA印迹、溶液杂交等)，在低严格性条件下进行检查。在低严格性条件下，基本上同源的序列或探针将竞争并抑制完全同源的核酸分子与靶的结合(即杂交)。这并不是说低严格性条件是允许非特异性结合的条件；低严格性条件要求两序列彼此之间的结合是特异性(即选择性)的相互作用。非特异性结合的不存在可通过使用基本上不互补(如小于约30%同一性)的第二靶进行检验；在非特异性结合不存在时，探针将不会与不互补的第二靶杂交。当用于指双链核酸序列如cDNA或基因组克隆时，术语“基本上同源”是指在如上文所述的低严格性条件下能与所述双链核酸序列的一条或两条链杂交的任何探针。基因可产生多种RNA种类，它们是通过初级RNA转录物的差异性剪接产生的。作为同一基因剪接变体的cDNA将含有序列相同或完全同源的区域(代表两cDNA上存在同一外显子或同一外显子的一部分)，以及完全不同的区域(例如代表cDNAl上存在外显子“A”，而CDNA2含有外显子“B”)。由于两cDNA含有序列相同的区域，它们都将与源自完整基因或含有见于两cDNA上的序列的基因部分的探针杂交；这两个剪接变体因此与此探针基本上同源并且彼此之间基本上同源。如本文所用，术语“杂交”用来指互补核酸的配对。杂交 和杂交强度(即核酸之间的缔合强度)受到诸如核酸之间互补程度、涉及的条件的严格性、形成的杂交链的Tm、以及核酸内G C比等因素的影响。在其结构内包含互补核酸配对的单个分子被表述为“自杂交的”。如本文所用，术语“Tm”用于提及“解链温度”。解链温度为一组双链核酸分子的半数解离成单链所处的温度。计算核酸Tm的方程是本领域众所周知的。如由标准参考文献所指示，当核酸在IM NaCl水溶液中时，Tm值的简单估计值可用方程Tm = 81. 5+0. 41(%G+C)计算(参见例如 Anderson 和 Young, Quantitative Filter Hybridization, NucleicAcid Hybridization [1985])。其他参考文献包括考虑结构以及序列特征来计算Tm的更精细计算法。如本文所用，术语“严格性”用于指进行核酸杂交的有关温度、离子强度、以及其他化合物如有机溶剂的存在情况的条件。在“低严格性条件”下，目标核酸序列将与其精确互补物、具有单碱基错配的序列、密切相关的序列(如具有90%或更高同源性的序列)、以及仅有部分同源性的序列(如具有50-90%同源性的序列)杂交。在“中严格性条件”下，目标核酸序列将仅与其精确互补物、具有单碱基错配的序列、以及密切相关的序列(如90%或更高同源性)杂交。在“高严格性条件”下，目标核酸序列将仅与其精确互补物以及(取决于条件如温度)具有单碱基错配的序列杂交。换言之，在高严格性条件下，可提高温度从而排除与具有单碱基错配序列的杂交。如本文所用，术语“部分”在提及核苷酸序列时(如在“给定核苷酸序列的一部分”中)是指那个序列的片段。片段的大小可在四个核苷酸至整个核苷酸序列减去一个核苷酸(10个核苷酸、20、30、40、50、100、200等)的范围内。如本文所用，术语“载体(vector)”用于提及将DNA区段自一个细胞转移至另一细胞的核酸分子。术语“媒介物(vehicle)”有时可与“载体”互换使用。载体常源于质粒、噬菌体或植物或动物病毒。如本文所用的术语“表达载体”是指含有期望编码序列和为可操作地连接的编码序列在特定宿主生物体中表达所需的适当核酸序列的重组DNA分子。为在原核生物中表达所需的核酸序列通常包括启动子、操纵子(任选)和核糖体结合位点，常连同其他序列一起。已知真核细胞利用启动子、增强子以及终止和聚腺苷酸化信号。术语“过表达(overexpression) ”和“过表达(overexpressing) ”在语法上等效，用于提及mRNA水平以指示表达水平比对照或非转基因动物中的给定组织中的表达水平高(或多)约3倍。mRNA水平是使用本领域技术人员已知的许多技术(包括但不限于RNA印迹分析)的任一者加以测量。在RNA印迹上包括适当对照以控制自各分析组织装载的RNA量的差异(例如各样品中存在的28S rRNA(—种基本上以相同量存在于所有组织中的富集RNA转录物)的量可用作归一化或标准化在RNA印迹上观察到的mRNA特异性信号的手段)。定量条带中存在的大小对应于正确剪接转基因RNA的mRNA的量；与转基因探针杂交的其他次要RNA种类在定量转基因mRNA的表达时不被考虑。如本文所用的术语“转染”是指将外来DNA引入真核细胞中。转染可通过本领域已知的多种手段实现，包括磷酸钙DNA共沉淀、DEAE-葡聚糖介导的转染、聚凝胺介导的转染、电穿孔、显微注射、脂质体融合、脂质转染、原生质体融合、逆转录病毒感染和基因枪。术语“稳定转染”或“稳定转染的”是指将外源DNA引入并整合入所转染细胞的基因组中。术语“稳定转染子”是指外源DNA已稳定整合入基因组DNA中的细胞。 术语“瞬时转染”或“瞬时转染的”是指将外源DNA引入细胞中，其中所述外源DNA未能整合入所转染细胞的基因组中。外源DNA持续数天存在于所转染细胞的核中。在此期间，外源DNA经历支配染色体中内源基因的表达的调节控制。术语“瞬时转染子”是指已吸收外源DNA但未能整合此DNA的细胞。如本文所用，术语“细胞培养物”是指细胞的任何体外培养物。此术语内包括连续细胞系(例如具有永生表型)、初级细胞培养物、转化的细胞系、有限细胞系(例如未转化细胞)和体外维持的任何其他细胞群体。如所用，术语“真核生物”是指区别于“原核生物”的生物体。该术语意欲包括具有展现真核生物的常见特征的细胞的所有生物体，所述特征例如存在由核膜束缚的真实核，核内存在染色体，存在膜结合的细胞器和在真核生物体中通常所观察到的其他特征。因此，该术语包括但不限于诸如真菌、原虫和动物(例如人)的生物体。如本文所用，术语“体外”是指人工环境和发生在人工环境内的过程或反应。体外环境可包括但不限于试管和细胞培养物。术语“体内”是指自然环境(例如动物或细胞)和发生在自然环境内的过程或反应。术语“测试化合物”和“候选化合物”是指候选用于治疗或预防身体功能的疾病、病况、病患或病症(例如癌症)的任何化学实体、医药、药物等。测试化合物包含已知治疗化合物与潜在治疗化合物两者。测试化合物可通过使用本发明的筛选方法进行筛选来确定为治疗剂。在本发明的一些实施方案中，测试化合物包括反义化合物。如本文所用，术语“样品”以其最广泛意义使用。在一种意义上，其意欲包括自任何来源获得的标本或培养物以及生物和环境样品。生物样品可自动物(包括人)获得且包括流体、固体、组织和气体。生物样品包括血液制品，例如如血浆、血清等。然而，所述实例不应解释为限制可适用于本发明的样品类型。术语“化学部分”是指含有至少一个碳原子的任何化合物。化学部分的实例包括但不限于芳族化学部分、包含硫的化学部分、包含氮的化学部分、亲水性化学部分和疏水性化学部分。如本文所用，术语“脂族”表示包括但不限于烷基、烯基、炔基、脂环族的基团。如本文所用，术语“芳基”表示单个芳族环，例如苯基环；或两个或两个以上芳族环(例如双苯基、萘、蒽)；或一个芳族环和一个或多个非芳族环。芳基可任选经低级脂族基团(例如烷基、烯基、炔基或脂环族)取代。另外，脂族和芳基可进一步经一个或多个包括但不限于-順2、-順(0013、-0!1、低级烷氧基(C1-C4)、齒基(-F、-Cl、-Br或-1)的官能基取代。如本文所用，术语“取代的脂族”是指以下烷、烯、炔或脂环族部分其中至少一个脂族氢原子已经例如卤素、氨基、羟基、硝基、硫基、酮、醛、酯、酰胺、低级脂族、取代的低级脂族、或环(芳基、取代的芳基、环脂族或取代的环脂族等)置换。此实例包括但不限于1-氣乙基等。如本文所用，术语“取代的芳基”是指以下芳族环或稠合芳族环系统由至少一个芳族环组成，且其中环碳上的至少一个氢原子已经例如卤素、氨基、羟基、硝基、硫基、酮、醛、酯、酰胺、低级脂族、取代的低级脂族、或环(芳基、取代的芳基、环脂族或取代的环脂族)置换。此实例包括但不限于羟苯基等。如本文所用，术语“环脂族”是指含有稠合环系统的脂族结构。此实例包括但不限 于十氢化萘等。如本文所用，术语“取代的环脂族”是指以下环脂族结构其中至少一个脂族氢原子已经卤素、硝基、硫基、氨基、羟基、酮、醛、酯、酰胺、低级脂族、取代的低级脂族、或环(芳基、取代的芳基、环脂族或取代的环脂族)置换。此实例包括但不限于1-氯癸烷基(1-chlorodecalyl)、双环庚烷、双环辛烷和双环壬烷(例如降冰片基)等。如本文所用，术语“杂环”表示例如含有一个或多个杂原子的芳族或非芳族环。杂原子可相同或彼此不同。杂原子的实例包括但不限于氮、氧和硫。芳族和非芳族杂环是本领域众所周知的。芳族杂环的一些非限制性实例包括吡啶、嘧啶、吲哚、嘌呤、喹啉和异喹啉。非芳族杂环化合物的非限制性实例包括哌啶、哌嗪、吗啉、吡咯烷和吡唑烷。含氧杂环的实例包括但不限于呋喃、环氧乙烧、2H-吡喃、4H-吡喃、2H-色烯和苯并呋喃。含硫杂环的实例包括但不限于噻吩、苯并噻吩和对噻嗪。含氮环的实例包括但不限于吡咯、吡咯烷、吡唑、吡唑烷、咪唑、咪唑啉、咪唑烷、批啶、哌啶、吡嗪、哌嗪、嘧啶、喷哚、嘌呤、苯并咪唑、喹啉、异喹啉、三唑和三嗪。含有两个不同杂原子的杂环的实例包括但不限于啡噻嗪、吗啉、对噻嗪、恶嗪、恶唑、噻嗪和噻唑。杂环任选进一步经一个或多个选自脂族、硝基、乙酰基(即-c( =O)-CH3)或芳基的基团取代。如本文所用，术语“取代的杂环”是指以下杂环结构其中至少一个环碳原子经氧、氮或硫置换，且其中至少一个脂族氢原子已经卤素、羟基、硫基、硝基、氨基、酮、醛、酯、酰胺、低级脂族、取代的低级脂族、或环(芳基、取代的芳基、环脂族或取代的环脂族)置换。此实例包括但不限于2-氯吡喃基。如本文所用，术语“连接基”是指含有多达八个且包括八个连续原子的连接两个不同结构部分的链，其中所述原子为例如碳、氮、氧或硫。乙二醇为一个非限制性实例。如本文所用，术语“低级烷基取代的氨基”是指含有多达八个且包括八个碳原子的任何烷基单元，其中一个脂族氢原子经氨基置换。此实例包括但不限于乙氨基等。如本文所用，术语“低级烷基取代的卤素”是指含有多达八个且包括八个碳原子的任何烷基链，其中一个脂族氢原子经卤素置换。此实例包括但不限于氯乙基等。如本文所用，术语“乙酰氨基”应指任何乙酰化的一级或二级氨基。此实例包括但不限于乙酰胺等。
如本文所用，术语“参与氢键结的部分”或如本文所用的“参与氢键结的化学部分”表示可接受或贡献质子从而形成氢键的基团。参与氢键结的部分的一些特定非限制性实例包括本领域众所周知的氟基、含氧基团和含氮基团。参与氢键结的含氧基团的一些实例包括羟基、低级烷氧基、低级羰基、低级羧基、低级醚和酚基。如本文所用的限定词“低级”是指各别含氧官能基所连接的低级脂族基团(C1-C4)15因此，例如，术语“低级羰基”尤其是指甲醒、乙醒。参与氢键形成的含氮基团的一些非限制性实例包括氨基和酰胺基。另外，含有氧原子与氮原子两者的基团也可参与氢键形成。所述基团的实例包括硝基、N-羟基和含氮基团。也有可能本发明中的氢键接受体可为芳族环的η电子。如本文所用的术语化合物的“衍生物”是指化学修饰化合物，其中化学修饰发生在化合物的官能基或骨架处。所述衍生物包括但不限于含醇化合物的酯、含羧基化合物的酯、含胺化合物的酰胺、含羧基化合物的酰胺、含氨基化合物的亚胺、含醛化合物的缩醛、含羰基化合物的缩酮等。如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指本发明化合物的任何药学上可接受的 盐(例如酸盐或碱盐)，其在向受试者施用后能够提供本发明化合物或其活性代谢物或残余物。如本领域技术人员所知，本发明化合物的“盐”可由无机或有机酸和碱获得。酸的实例包括但不限于盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、高氯酸、反丁烯二酸、顺丁烯二酸、磷酸、乙二醇酸、乳酸、水杨酸、丁二酸、甲苯对磺酸、酒石酸、乙酸、柠檬酸、甲磺酸、乙磺酸、甲酸、苯甲酸、丙二酸、萘-2-磺酸、苯磺酸等。诸如草酸的其他酸尽管本身不为药学上可接受的，但其可用于制备在获得本发明化合物和其药学上可接受的酸加成盐时适用作中间物的盐。碱的实例包括但不限于碱金属(例如，钠)氢氧化物、碱土金属(例如，镁)、氢氧化物、氨和式NW4+化合物，其中W为CV4烷基等。盐的实例包括但不限于乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、硫酸氢盐、丁酸盐、柠檬酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烧基硫酸盐、乙磺酸盐、反丁烯二酸盐、果糖庚酸盐(f Iucoheptanoate)、甘油磷酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘酸盐、2-羟基乙磺酸盐、乳酸盐、顺丁烯二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、草酸盐、双羟萘酸盐(palmoate)、果胶酸盐(pectinate)、过硫酸盐、苯基丙酸盐、苦味酸盐、特戊酸盐、丙酸盐、丁二酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、甲苯磺酸盐、十一酸盐等。盐的其他实例包括本发明化合物的阴离子与诸如Na+、NH4+和NW4+(其中W为Cy烷基)等的适合阳离子化合所得的盐。对于治疗用途，预期本发明化合物的盐为药学上可接受的。然而，非药学上可接受的酸和碱的盐也可适用于例如制备或纯化药学上可接受的化合物。如本文所用，术语“siRNA”是指小干扰RNA。在一些实施方案中，siRNA包含长约18-25个核苷酸的双链体或双链区域；siRNA常在各链的3'端处含有约两个至四个未配对核苷酸。siRNA的双链体或双链区域的至少一条链与靶RNA分子基本上同源或基本上互补。与靶RNA分子互补的链为“反义链”;与靶RNA分子同源的链为“有义链”且也与siRNA反义链互补。siRNA也可含有其他序列；所述序列的非限制性实例包括连接序列或环以及茎和其他折叠结构。siRNA似乎在无脊椎动物和脊椎动物中在引发RNA干扰中和在植物中在转录后基因沉默期间触发序列特异性RNA降解中充当关键中间物。术语“RNA干扰”或“RNAi”是指由siRNA使基因表达沉默或降低。动物和植物中的序列特异性转录后基因沉默的过程是由在双链体区域中与所沉默基因的序列同源的siRNA引发的。基因可为生物体的内源或外源基因，整合入染色体中存在或存在于未整合入基因组中的转染载体中。基因的表达受完全或部分抑制。也可认为RNAi抑制靶RNA的功能；靶RNA的功能可为完全或部分的。发明详述本发明涉及适用于治疗、处理和/或研究癌症的药剂。具体地讲，本发明涉及靶向癌症(例如，前列腺癌、乳腺癌、其他实体肿瘤、多发性骨髓瘤)中的MMSET表达的小分子和核酸。多发性骨髓瘤SET 域(MMSET)(也称为 FLJ23286、KIAA1090、MGC176638、NSD2、含核 SET 域蛋白质 2、蛋白质 trithorax-5、REIIBP、TRX5、WHS、Wolf-Hirschhorn 综合征候选物I蛋白质、NSD2和WHSC1)是根据其与t (4 ；14)相关的多发性骨髓瘤(MM)中的IgH基因座的融合来鉴定且具有见于染色质调节剂内的域，包括SET域。MMSET在Wolf-Hirschhorn综合征中缺失且为一种组蛋白甲基转移酶。其底物特异性不同。已报导H3K36 二甲基化活性与H3K36三甲基化活性两者。MMSET通过其HMG域与雄激素受体(AR)相互作用且增强受体介导的转录。丽SET与HDACl和HDAC2、mSin3a和LSDl形成复合物，且基于在丽细胞中进行的功能研究，其为一种细胞周期正调节剂。在开发本发明的实施方案的过程中进行的实验鉴定出丽SET在前列腺组织样品(包括转移性组织)和细胞系中显著较高表达(图1、图2、图3、图8)。敲低MMSET导致转移性前列腺癌细胞系DU145和PC3的增殖和侵袭降低。敲低MMSET特异性降低H3K36 二甲基化，且相同影响也可在Ezh2 (zeste 2的增强子)敲低后观察到(图4)。敲低MMSET也降低DU145细胞的增殖能力和侵袭力(图5)和PC3细胞的侵袭力(图6)。也称为MCTP39的N39 ( 一种MMSET抑制剂)即使在极低浓度下也影响DU145细胞的增殖和侵袭(图7)。N39降低DU145细胞中的H3K27三甲基化、H3K36三甲基化和H3K36 二甲基化(图9)。1.丽SET靶向癌症疗法在一些实施方案中，本发明提供用于癌症(例如，前列腺癌、乳腺癌、其他实体肿 瘤、多发性骨髓瘤)的疗法。在一些实施方案中，疗法靶向丽SET、丽SET的调节剂、丽SET相互作用蛋白质和/或丽SET的靶。A.小分子疗法在一些实施方案中，本发明提供MMSET表达或活性的小分子抑制剂。示例性小分子化合物包括但不限于本文公开的化合物(例如MCTP39 (3-肼基喹喔啉-2-硫醇)和其衍生物)。在一些实施方案中，这些化合物适用于单独或与本文所述的其他治疗剂组合抑制丽SET (例如，作为癌症治疗剂)。B. RNA干扰和反义疗法在一些实施方案中，本发明靶向丽SET的表达。例如，在一些实施方案中，本发明使用包含寡聚反义或RNAi化合物特别是寡核苷酸(例如本文所述的那些)的组合物，用于调节编码MMSET的核酸分子的功能，从而最终调节表达的MMSET的量。1. RNA 干扰(RNAi)在一些实施方案中，RNAi用于抑制丽SET蛋白功能。RNAi代表用于在大多数真核生物包括人体内控制外源基因表达的进化保守的细胞防御。RNAi通常通过双链RNA(dsRNA)引发并导致响应dsRNA的单链靶RNA同源物的序列特异性mRNA降解。mRNA降解的介质是小的干扰性RNA双链体(siRNA)，其通常在细胞中通过酶裂解长的dsRNA产生。siRNA通常在长度上为大约21个核苷酸(例如长度为21-23个核苷酸)，并且具有特征在于两个核苷酸3'突出端的碱基配对的结构。在将小RNA或RNAi引入细胞后，据信所述序列被递送至称作RISC(RNA诱导的沉默复合物)的酶复合物。RISC识别靶并且用内切核酸酶将其裂解。要指出的是如果更大的RNA序列被递送到细胞，则RNA酶III (Dicer)将更长的dsRNA转化成21-23nt的双链siRNA片段。化学合成的siRNA已成为用于在培养的体细胞中进行基因组范围的哺乳动物基因功能分析的强有力的试剂。除了其用于确认基因功能的价值之外，siRNA也具有作为基因特异性治疗剂的巨大潜能(Tuschl 和 Borkhardt, Molecular Intervent. 2002 ；2 (3)158-67，以引用方式并入本文)。 将siRNA转染入动物细胞导致有效的、长效的特定基因的转录后沉默(Caplen等，Proc Natl Acad Sci U. S. A. 2001 ；98 :9742_7 ；Elbashir 等，Nature. 2001 ；411 :494_8 ；Elbashi 等，Genes Dev. 2001 ；15 188-200 ;和 Elbashir 等，EMBO J. 2001 ；20 :6877_88，所有这些均以引用方式并入本文)。用于使用siRNA进行RNAi的方法和组合物描述于例如美国专利6，506，559 (以引用方式并入本文)中。siRNA在降低被靶向的RNA的量上非常有效，并且通过伸展蛋白(extensionprotein)，常常降低至不可检测的水平。所述沉默效应可持续数月，并且具有极高的特异性，因为靶RNA和siRNA中心区域之间的一个核苷酸错配通常足以阻止沉默(Brummelkamp等，Science2002 ；296 :550_3 ;和 Holen 等，Nucleic Acids Res. 2002 ；30 :1757-66，两者均以引用方式并入本文)。在设计siRNA时的一个重要因素是，存在siRNA结合的易接近位点。Bahoia等(J. Biol. Chem.，2003 ；278 :15991_15997 ;以引用方式并入本文)描述了称作扫描阵列的一类DNA阵列用于发现mRNA中的易接近位点以设计有效siRNA的用途。这些阵列包括大小为从单体至特定最大值(通常是Comer)的寡核苷酸，它们使用物理屏障(掩蔽物)来合成，其中逐步添加序列中的每个碱基。因而，所述阵列代表着靶基因区域的完整寡核苷酸补体。靶mRNA与这些阵列的杂交，会提供靶mRNA该区域的完全可接近性描述。这样的数据可以用于设计反义寡核苷酸(从7mer至25mer)，其中重要的是达到寡核苷酸长度和结合亲合力之间的折衷，以保留功效和祀物特异性(Sohail等，Nucleic Acids Res. , 2001 ；29(10) =2041-2045) 选择siRNA的其他方法和关心的方面描述在例如WO 05054270、W005038054A1、W003070966A2、J Mol Biol. 2005 年 5 月 13 日；348(4) :883_93，J MolBiol. 2005 年 5 月 13 日；348 (4) :871_81 和 Nucleic Acids Res. 2003 年 8 月 I 日；31 (15)4417-24，其中每一个均以引用方式整体并入本文。另外，软件(例如MWG在线siMAX siRNA设计工具)是可商业上或公开得到的，用于选择siRNA。在一些实施方案中，本发明利用siRNA，包括平端(参见例如US20080200420，以引用方式整体并入本文)、突出端(参见例如US20080269147A1，以引用方式整体并入本文)、锁核酸(参见例如W02008/006369、W02008/043753和W02008/051306，其中的每一个均以引用方式整体并入本文)。在一些实施方案中，siRNA通过基因表达或使用细菌递送(参见例如Xiang等，Nature 24 6(2006)和W006066048，其中的每一个均以引用方式整体并入本文)。在其他实施方案中，利用shRNA技术(参见例如20080025958，以引用方式整体并入本文)。小发夹RNA或短发夹RNA (shRNA)为形成紧密发夹环的RNA序列，所述紧密发夹环可用于通过RNA干扰沉默基因表达。shRNA使用引入细胞的载体并利用U6启动子来确保shRNA不断被表达。该载体通常被递送给子代细胞，从而使基因沉默被遗传。shRNA发夹结构通过细胞机制裂解成siRNA，siRNA随后结合RNA诱导沉默复合体(RISC)。该复合体结合mRNA并将其裂解，所述mRNA与和其结合的siRNA匹配。shRNA由RNA聚合酶III转录。在优选实施方案中，如下所述将基于siRNA的治疗剂配制成药物组合物。在优选实施方案中，施用本发明的siRNA组合物导致癌症可量测的减小(例如肿瘤减小或消除、浆细胞的过度增殖降低)。 2.反义在其他实施方案中，使用特异性地与一种或多种编码MMSET的核酸杂交的反义化合物，调节MMSET蛋白表达。寡聚化合物与其靶核酸的特异性杂交干扰了所述核酸的正常功能。这种通过特异性地与靶核酸杂交的化合物对靶核酸的功能的调节通常称作“反义”。被干扰的DNA的功能包括复制和转录。被干扰的RNA的功能包括所有重要的功能，例如将RNA转移到蛋白翻译的位点，从RNA翻译蛋白，剪接RNA以产生一种或多种mRNA种类，和可由RNA参与或促进的催化活性。这种干扰靶核酸功能的总效应是调节MMSET的表达。在本发明的上下文中，“调节”表示增加(刺激)或减少(抑制)基因的表达。例如，可抑制表达以预防肿瘤增殖。优选地，靶向特异性核酸以进行反义。将反义化合物“靶向”特定核酸，在本发明的上下文中是个多步骤过程。该过程通常从鉴定其功能要被调节的核酸序列开始。其可以是例如细胞基因(或从所述基因转录的mRNA)或来自感染剂的核酸分子，所述基因的表达与特定的病症或疾病状态相关。在本发明中，所述靶是编码MMSET的核酸分子。所述靶向过程也包括确定该基因内反义相互作用发生的位点以获得期望的效果，例如检测或调节所述蛋白的表达。在本发明的上下文中，优选的基因内位点是包含所述基因的开放阅读框(ORF)的翻译起始或终止密码子的区域。因为翻译起始密码子通常是5' -AUG (在转录的mRNA分子中;5, -ATG在相应的DNA分子中)，所以翻译起始密码子也称为“AUG密码子”、“起始密码子”或“AUG起始密码子”。少数基因具有含有RNA序列5 ’ -GUG、5' -UUG或5 ’ -CUG的翻译起始密码子，并且Y _AUA、5' -ACG和Y -CUG已显示在体内发挥功能。因此，术语“翻译起始密码子”和“起始密码子”可包括许多密码子序列，尽管在每种情况下起始氨基酸通常是甲硫氨酸(在真核生物中)或甲酰甲硫氨酸(在原核生物中)。真核生物和原核生物基因可具有两种或更多种可替换的起始密码子，其中任何一种可优先地在特定的细胞类型或组织中或在一组特定的条件下用于翻译起始。在本发明的上下文中，“起始密码子”和“翻译起始密码子”是指在体内用于启动mRNA分子的翻译的密码子,所述mRNA分子转录自编码本发明的肿瘤抗原的基因，而不论所述密码子的序列如何。基因的翻译终止密码子(或“终止密码子”)可具有三种序列(即5' -UAA、5' -UAG和5' -UGA ;对应的DNA序列分别是5' -TAA、5' -TAG和5' -TGA)中的一种。术语“起始密码子区域”和“翻译起始密码子区域”是指从翻译起始密码子开始在任一方向上(即Y或V )包含大约25至大约50个连续核苷酸的mRNA或基因的部分。类似地，术语“终止密码子区域”和“翻译终止密码子区域”是指从翻译终止密码子开始在任一方向上(即Y或:V )包含大约25至大约50个连续核苷酸的mRNA或基因的部分。表示翻译起始密码子和翻译终止子之间的区域的开放阅读框(ORF)或“编码区”也是可被有效靶向的区域。其他靶区域包括5'非翻译区(5' UTR)和3'非翻译区(3; UTR), 5;非翻译区是指从翻译起始密码子开始在Y方向上的mRNA的部分，因此包括mRNA的5'加帽位点和翻译起始密码子之间的核苷酸或基因上对应的核苷酸，3'非翻译区是指从翻译终止密码子开始在V方向上的mRNA的部分，因此包括mRNA的翻译终止密码子和:V末端之间的核苷酸或基因上对应的核苷酸。mRNA的Y帽子包含通过Y -5'三磷酸键合连接至mRNA的最5'的残基上的N7-甲基化的鸟苷残基。mRNA的5'帽子区域被认为包括5'帽子结构自身和与帽子相邻的前50个核苷酸。帽子区域也可以是优选的靶区域。
尽管一些真核生物mRNA转录物被直接翻译，但许多包含一个或多个在转录物翻译前被从转录物中切除的区域，称作“内含子”。剩下的(因此被翻译的)区域称作“外显子”，其被剪接在一起形成连续的mRNA序列。mRNA剪接位点(即内含子-外显子接头)也可是优选的靶区域，并且特别可用于疾病牵涉异常的剪接或疾病牵涉特定mRNA剪接产物的过量产生的状况。由于重排或缺失而产生的异常融合连接也是优选的靶。还发现内含子也可以是有效的从而优选反义化合物的靶区域靶向例如DNA或前mRNA。在一些实施方案中，使用可商购的软件程序(例如Biognostik, Gottingen,Germany ；SysArris Software，Bangalore，India ;Antisense Research Group,Universityof Liverpool,Liverpool,England ；GeneTrove,Carlsbad,CA)鉴定反义抑制的革巴位点。在其他实施方案中，使用描述于PCT公开No. W00198537A2 (以引用方式并入本文)的可及位点(accessible site)方法鉴定用于反义抑制的祀位点。一旦鉴定了一个或多个靶位点，就选择与靶充分互补(即十分良好地杂交和具有足够的特异性)的寡核苷酸以产生期望的效应。例如，在本发明优选的实施方案中，将反义寡核苷酸靶向至或接近起始密码子。在本发明的上下文中，对于反义组合物和方法，“杂交”表示互补的核苷或核苷酸碱基之间的氢键，其可以是Watson-Crick、Hoogsteen或反向Hoogsteen氢键合。例如，腺嘌呤和胸腺嘧啶是通过形成氢键而配对的互补核碱基。应当理解反义化合物的序列不必100%地与其靶核酸序列互补才可特异性杂交。当反义化合物与靶DNA或RNA分子的结合干扰所述靶DNA或RNA的正常功能从而导致功效丧失，并且存在足够的互补程度以避免在期望特异性结合的条件下(即在体内测定或治疗处理的情况下是在生理学条件下而在体外测定的情况下是处于进行测定的条件下)所述反义化合物与非靶序列形成非特异性结合时，反义化合物就是可特异性杂交的。反义化合物通常用作研究试剂和用于诊断学。例如，能够特异性抑制基因表达的反义寡核苷酸可用于阐明特定基因的功能。反义化合物也用于例如区别生物学途径的各种成员的功能。反义的特异性和灵敏性也用于治疗用途。例如，反义寡核苷酸在动物和人的疾病状态的治疗中已用作治疗部分。已安全和有效地将反义寡核苷酸施用给人，并且目前正进行大量临床试验。因此确定寡核苷酸是可被设定成在治疗细胞、组织和动物特别是人的治疗方案中使用的有用治疗形式。虽然反义寡核苷酸是优选的反义化合物的形式，但本发明还包括其他寡聚反义化合物，包括但不限于寡核苷酸模拟物，例如下面描述的模拟物。根据本发明的反义化合物优选地包含大约8至大约30个核碱基(即大约8至大约30个连接的碱基)，但更长和更短的序列都可用于本发明。特别优选的反义化合物是反义寡核苷酸，更优选的是包含大约12至25个核碱基的寡核苷酸。用于本发明的优选的反义化合物的具体实例包括含有经修饰的主链或非天然的核苷间键合的寡核苷酸。如本说明书中所定义的，具有经修饰的主链的寡核苷酸包括在主链上保留磷原子和在主链上不具有磷原子的寡核苷酸。对于本说明书的目的，在其核苷间主链中不具有磷原子的经修饰的寡核苷酸也可被认为是寡核苷。优选的经修饰的寡核苷酸主链包括例如硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷
酸酯、磷酸三酯、氨烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯包括3'-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯、次膦酸酯、氨基磷酸酯包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨烷基氨基磷酸酯、硫羰基氨基磷酸酯、硫羰基烷基膦酸酯、硫羰基烷基磷酸三酯和具有正常3' -5'连接的硼磷酸酯(boranophosphate)、其2' ~5/连接的类似物和其具有反向极性的类似物(其中，相邻的核苷单位对以Y -5^至Y -3^或W -5^至Y -21连接)。也包括各种盐、混合盐和游离酸形式。优选的经修饰的其中不包含磷原子的寡核苷酸主链具有由短链烷基或环烷基核苷间键合、混合的杂原子与烷基或环烷基核苷间键合、或一个或多个短链杂原子或杂环核苷间键合形成的主链。这些包括具有吗啉代键合(部分形成于核苷的糖部分)；硅氧烷主链；硫化物、亚砜和砜主链；甲酰基和硫代甲酰基主链；亚甲基甲酰基和硫代甲酰基主链；包含烯烃的主链；氨基磺酸酯主链；亚甲基亚氨基和亚甲基肼基主链；磺酸酯和氨磺酰主链；酰胺主链；和其他具有混合的N、O、S和CH2组分部分的寡核苷酸主链。在其他优选的寡核苷酸模拟物中，用新的基团取代核苷酸单位的糖和核苷间键合(即主链)。保留碱基单位以用于与适合的核酸靶化合物杂交。一种这样的寡聚化合物，即已显示具有优良的杂交特性的寡核苷酸模拟物，被称作肽核酸(PNA)。在PNA化合物中，寡核苷酸的糖主链被包含酰胺的主链特别是氨基乙基甘氨酸主链取代。保留核碱基并直接或间接地与主链的酰胺部分的氮杂氮原子结合。教导PNA化合物制备的代表性的美国专利包括但不限于美国专利No. 5，539，082、5，714，331和5，719，262，其中的每一个均以引用方式并入本文。其他的PNA化合物的教导可见于Nielsen等，Science 254:1497(1991)中。本发明最优选的实施方案是具有硫代磷酸酯主链的寡核苷酸和具有杂原子主链的寡核苷酸，特别是上面提到的美国专利No. 5，489，677的-012、-順-0_012、-0124(013)-0-CH2-[称作亚甲基(甲基亚氨基)或 MMI 主链]、-CH2-0-N(CH3)-CH2-、-CH2-N(CH3)-N(CH3)-CH2-和-O-N (CH3) -CH2-CH2-[其中天然的磷酸二酯主链表示为-0-P0-CH2-]和上述美国专利No. 5，602，240的酰胺主链的寡核苷。同样优选的是具有上述美国专利No. 5，034，506的吗啉代主链结构的寡核苷酸。经修饰的寡核苷酸也可包含一个或多个被取代的糖部分。优选的寡核苷酸在2'位置包含一个下列基团0H ；F ;0-、S-或N-烷基；0-、S-或N-烯基；0-、S-或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中烷基、烯基和炔基可以是取代的或非取代的Cl至ClO烷基或C2至ClO 烯基和炔基。特别优选的是 O[ (CH2) nO]mCH3、O (CH2) nOCH3、O (CH2) nNH2、O (CH2) nCH3、0(012)110順2和0(012)110叫(012)11013)]2，其中11和111为I至约10。其他优选的寡核苷酸在2'位点包含一个下列基团=C1至Cltl低级烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或 O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、CUr、CN、CF3、OCF3、SOCH3、S02CH3、0N02、N02、N3、NH2、杂环烧基、杂环烧芳基、氣基烧基氣基、多烧基氣基、取代的甲娃烧基、RNA裂解基团、报告基团、插入子(intercalator)、用于提高寡核苷酸的药物动力学特征的基团、或用于提高寡核苷酸的药效动力学特征的基团，以及其他具有类似性质的取代基。优选的修饰包括2'-甲氧基乙氧基(2' _0_CH2CH20CH3，也称作'—O-(2—甲氧基乙基)或2' —MOE) (Martin等，Helv. Chim. Acta 78 :486[1995])即，烷氧基烷氧基基团。其他优选的修饰包括V -二甲基氨基氧基乙氧基(即0(CH2)20N(CH3)2基团)，也称作Y -DMAOE和Y -二甲基氨基乙氧基乙氧基(在本领域也称作V -O-二甲基氨基乙氧基乙基或V -DMAE0E)，即2' -0-CH2-0-CH2-N(CH2)2。 其他优选的修饰包括2'-甲氧基(2' -0_CH3)、2'-氨基丙氧基(.2' -0CH2CH2CH2NH2)和V -氟(2 ' -F)。也可在寡核苷酸的其他位置上进行类似的修饰，特别是在3'末端核苷酸上或在2' -5'连接的寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。寡核苷酸也可以用糖模拟物例如环丁基部分替代五呋喃糖基(pentofuranosyl)糖。寡核苷酸也可包括核碱基(通常在本领域简单地称作“碱基”)修饰或取代。如本文所用，“未修饰的”或“天然的”核碱基包括嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，和嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。经修饰的核碱基包括其他合成的和天然的核碱基，例如5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、
2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-卤尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4_硫尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-巯基、8-硫代烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代特别是5-溴、
5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮杂鸟嘌呤和7-脱氮杂腺嘌呤和3-脱氮杂鸟嘌呤和3-脱氮杂腺嘌呤。其他核碱基包括公开于美国专利No. 3，687，808中的那些。这些核碱基中的某些特别地可用于增加本发明的寡聚化合物的结合亲和力。这些核碱基包括5-取代的嘧啶、
6-氮杂嘧啶和N-2、N-6和0-6取代的嘌呤，包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5_丙炔基胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶取代物已显示增加核酸双链体稳定性O. 6-1. 2°C并且是目前优选的碱基取代物，尤其当与2' -O-甲氧基乙基糖修饰物组合时更加优选。本发明的寡核苷酸的另一种修饰包括通过化学方法将一个或多个增强寡核苷酸的活性、细胞分布和细胞吸收的部分或缀合物连接至寡核苷酸。这些部分包括但不限于脂质部分例如胆固醇部分、胆酸、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)、硫胆固醇(thiocholesterol)、脂肪族链(例如十二烷二醇或i^一烷基残基)、磷脂(例如二十六烷基-rac-甘油或1，2- 二 -O-十六烷基-rac-甘油基-3-H-磷酸三乙基铵)、多胺或聚乙二醇或金刚烷乙酸、棕榈基部分、或十八烷基胺或己基氨基-羰基-氧基胆固醇部分。
相关领域技术人员熟知如何产生含有上述修饰的寡核苷酸。本发明不限于上述的反义寡核苷酸。可使用任何适合的修饰或取代。不必在给定化合物中对所有位置进行统一的修饰，事实上超过一个的前面提到的修饰可被并入入单个化合物中或甚至在寡核苷酸内的单个核苷上。本发明也包括作为嵌合化合物的反义化合物。“嵌合的”反义化合物或“嵌合物”在本发明的上下文中是反义化合物，特别是寡核苷酸，其包含两个或更多个化学上不同的区域，各区域由至少一个单体单位(即在寡核苷酸化合物的情况下为核苷酸)构成。这些寡核苷酸通常包含至少一个这样的区域，其中所述寡核苷酸经修饰以赋予寡核苷酸增加的对核酸酶降解的抗性、增加的细胞吸收、和/或增加的对靶核酸的结合亲和力。寡核苷酸的另一区域可用作能够裂解RNA = DNA或RNA = RNA杂交物的酶的底物。作为示例，RNaseH是裂解RNA = DNA双链体的RNA链的细胞内切核酸酶。因此RNaseH的作用导致RNA靶的裂解，从而大大增强了寡核苷酸抑制基因表达的有效性。因此，与和相同靶区域杂交的硫代磷酸酯脱氧寡核苷酸相比，当使用嵌合寡核苷酸时，通常可用更短的寡核苷酸获得相当的结果。可通过凝胶电泳结合(如果需要)本 领域已知的相关核酸杂交技术常规地检测RNA靶物的裂解。可以两种或更多种上述的寡核苷酸、经修饰的寡核苷酸、寡核苷和/或寡核苷酸模拟物的复合结构来形成本发明的嵌合反义化合物。本发明还包括包含如下所述的本发明的反义化合物的药物组合物和制剂。C.基因疗法本发明包括用于调节MMSET表达的任何基因操作的用途。基因操作的实例包括但不限于基因敲除(例如使用例如重组从染色体中除去MMSET基因)、有或无可诱导启动子的反义构建体的表达等。可通过使用任何适合的方法在体外或体内将核酸构建体递送至细胞中。适合的方法是将核酸构建体引入细胞以使期望的事件发生(例如表达反义构建体)的方法。基因治疗也可以用于递送siRNA或体内表达的其他干扰分子(例如在诱导型启动子(例如雄激素-响应性启动子)刺激后)。通过各种方法中的任一种实现将携带遗传信息的分子引入细胞中，所述方法包括但不限于定向注射裸露的DNA构建体，用载有所述构建体的金颗粒轰击，和使用例如脂质体、生物聚合体等进行的大分子介导的基因转移。优选的方法使用来源于病毒的基因递送载体，所述病毒包括但不限于腺病毒、逆转录病毒、痘苗病毒和腺伴随病毒。因为与逆转录病毒相比具有更高的效率，来源于腺病毒的载体是优选的用于在体内将核酸分子转移入宿主细胞中的基因递送媒介物。已显示腺病毒载体在体内非常有效地将基因转入动物模型的多种实体瘤中和转入免疫缺陷小鼠的人实体瘤异种移植体中。用于基因转移的腺病毒载体和方法的实例描述于PCT公开WO 00/12738和W000/09675、以及美国专利申请 No. 6，033，908,6, 019，978,6, 001，557,5, 994，132,5, 994，128,5, 994，106,5, 981，225、5,885,808,5,872, 154,5,830, 730和5，824，544中，其中的每一个均以引用方式整体并入本文。可以多种方法将载体施用给受试者。例如，在本发明的一些实施方案中，使用直接注射将载体施用至肿瘤或与肿瘤相关的组织中。在其他实施方案中，通过血液或淋巴循环进行施用(参见例如PCT公开99/02685，其以引用方式整体并入本文)。示例性的腺病毒载体的剂量水平优选地是添加到灌流液中的IO8至IO11个载体颗粒。
D.抗体疗法在一些实施方案中，本发明提供靶向表达MMSET的肿瘤或细胞(例如前列腺肿瘤、乳腺癌肿瘤、浆细胞)的抗体。任何适合的抗体(例如单克隆抗体、多克隆抗体或合成的抗体)可用于本文公开的治疗方法中。在优选的实施方案中，用于癌症疗法的抗体是人源化的抗体。使抗体人源化的方法是本领域众所周知的(参见例如美国专利No. 6，180，370、5，585，089,6, 054，297和5，565，332 ;其中的每一个均以引用方式并入本文)。在一些实施方案中，治疗性抗体包括针对丽SET产生的抗体，其中所述抗体被缀合至细胞毒素剂。在这些实施方案中，产生不靶向正常细胞的肿瘤特异性治疗剂，从而减少了许多常规化学疗法的有害副作用。对于某些 应用，可预期这些治疗剂是这样的药理学试齐U，即所述药理学试剂用作用于附着至抗体的有用试剂，特别是细胞毒素剂或其他具有杀死内皮细胞或抑制内皮细胞生长或细胞分裂的能力的抗细胞试剂。本发明包括任何可缀合至抗体和以活性形式被递送的药理学试剂的用途。示例性地抗细胞试剂包括化疗剂、放射性同位素和细胞毒素。本发明的治疗性抗体可包括多种细胞毒性部分，包括但不限于放射性同位素(例如碘-131、碘-123、锝(technicium)-99m、铟-111、铼-188、铼-186、镓-67、铜-67、钇-90、碘-125或砹-211)，激素例如类固醇，抗代谢物例如胞嘧啶(例如阿拉伯糖苷、氟尿嘧啶、氨甲蝶呤或氨基蝶呤；蒽环霉素；丝裂霉素C)，长春花生物碱(例如秋水仙胺；鬼白亚乙苷；光神霉素)和抗肿瘤烷化剂例如苯丁酸氮芥或美法仑。其他实施方案可包括诸如促凝剂、细胞因子、生长因子、细菌内毒素或细菌内毒素的脂质A部分的试剂。例如，在一些实施方案中，治疗剂包括植物、真菌或细菌来源的毒素例如A链毒素、核糖体失活蛋白、α -八叠球菌、曲霉菌素、局限曲菌素、核糖核酸酶、白喉毒素或假单胞菌外毒素，仅举少量实例。在一些优选的实施方案中，使用去糖基化的蓖麻毒蛋白A链。在任何情况下建议，如果期望，可通过使用已知的缀合技术(参见例如Ghose等，Methods Enzymol. ,93 280[1983]),以使其按要求在被祀向的肿瘤细胞的位点上祀向、内化、释放或提供到血液组分中的方式，将试剂例如这些试剂成功地缀合到抗体上。例如，在一些实施方案中，本发明提供靶向MMSET的免疫毒素。免疫毒素是特异性靶向剂(通常是针对肿瘤的抗体或片段)与细胞毒素剂例如毒素部分的缀合物。所述靶向剂使毒素指向携带被靶向的抗原的细胞从而选择性地杀死这些细胞。在一些实施方案中，治疗抗体使用提供高度体内稳定性的交联剂(Thorpe等，Cancer Res. ,48 :6396 [1988])。在其他实施方案中，特别是涉及实体瘤治疗的实施方案中，设计具有抗肿瘤血管系统(通过抑制血管内皮细胞生长或细胞分裂)的细胞毒性作用或抗细胞作用的抗体。该攻击是意图导致局限于肿瘤的血管崩溃，剥夺肿瘤细胞特别是血管系统末梢的肿瘤细胞的氧气和营养，最终导致细胞死亡和肿瘤坏死。在优选的实施方案中，将基于抗体的治疗剂配制成如下所述的药物组合物。在优选的实施方案中，施用本发明的抗体组合物导致可测量的癌减小(例如肿瘤减小或消除、浆细胞的过度增殖降低)。E.药物组合物化合物优选与适合药物载体组合用于治疗用途。此类组合物包含有效量的化合物和药学上可接受的载体或赋形剂。使制剂适合施用模式。药学上可接受的载体部分由所施用的特定组合物决定，而且由用于施用组合物的特定方法决定。因此，存在多种含有其中一些为本文所述的核酸的药物组合物的适合制剂。对于miRNA治疗剂的使用，本领域一般技术人员应了解体内施用的核酸被吸收且分布至细胞和组织(Huang,等,FEBSLett. 558 (1-3) :69_73 (2004))。例如，Nyce等已显示反义寡聚脱氧核苷酸(ODN)在吸入时与内源表面活化剂(由肺细胞产生的脂质)结合且由肺细胞吸收而无需其他载体脂质(Nyce和Metzger，Nature, 385 :721_725 (1997))。小核酸易于吸收入T24膀胱癌组织培养细胞中(Ma,等,Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 8 415-426(1998)。siRNA已用于通过全身施用来对内源基因进行治疗性沉默(Soutschek，等，Nature 432，173-178 (2004))。化合物可于适合药 物载体中呈用于局部(topically)、局部(locally)或全身施用的制剂形式。由 E. W. Martin 所编著的 Remington' s Pharmaceutical Sciences,第 15版(Mark Publishing Company, 1975)公开典型载体和制备方法。化合物也可囊封在由革巴向细胞的生物可降解性或非生物可降解性聚合物或蛋白质或脂质体形成的适合生物相容性微胶囊、微粒或微球中。所述系统是本领域技术人员众所周知的且可最优化以与适当核酸一起使用。例如在Sambrook 等，1989, Molecular Cloning A Laboratory Manual, ColdSpring Harbor Laboratory, New York ；和 Ausubel 等，1994, Current Protocols inMolecular Biology, John Wiley & Sons, New York中描述了用于核酸递送的各种方法。此类核酸递送系统包含期望的核酸，例如且不限于呈“裸露”形式的“裸”核酸，或配制于适于递送的载体中，例如与阳离子分子或脂质体形成脂质一起呈复合物形式，或呈载体的组分或药物组合物的组分形式。可诸如通过使核酸递送系统与细胞接触来直接、或诸如通过任何生物过程的作用来间接向细胞提供核酸递送系统。举例且不限制地来说，可通过胞吞作用、受体靶向、与天然或合成细胞膜片段偶联、诸如电穿孔的物理手段、使核酸递送系统与诸如控制释放薄膜或纳米粒子或微粒的聚合载体组合、使用载体、将核酸递送系统注射入组织或围绕细胞的流体中、使核酸递送系统跨过细胞膜简单扩散、或通过跨过细胞膜的任何主动或被动转运机制来向细胞提供核酸递送系统。另外，可使用诸如抗体相关靶向和抗体介导的病毒载体固定的技术来向细胞提供核酸递送系统。用于局部施用的制剂可包括软膏剂、洗剂、乳膏剂、凝胶剂、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体和粉末。常规药物载体、水性、粉末状或油性基质或增稠剂可根据需要加以使用。适于诸如通过关节内(在关节中)、静脉内、肌肉内、皮内、腹膜内和皮下途径进行非经肠施用的制剂包括水性和非水性等张无菌注射溶液，其可含有抗氧化剂、缓冲剂、制菌剂和致使制剂与预定接受者的血液等张的溶质；及水性和非水性无菌悬浮液、溶液或乳液，其可包括悬浮剂、增溶剂、增稠剂、分散剂、稳定剂和防腐剂。注射用制剂可以例如于安瓿或多剂量容器中的添加有防腐剂的单位剂型存在。组合物可采用所述形式。制剂包括无菌水性或非水性溶液、悬浮液和乳液，在某些实施方案中，其可与受试者的血液等张。非水性溶剂的实例为聚丙二醇、聚乙二醇、植物油(例如橄榄油、芝麻油、椰子油、花生油(arachis oil)、花生油(peanut oil)、矿物油、可注射有机酯(例如油酸乙酯)或包括合成单酸甘油酯或二酸甘油酯的不挥发性油。水性载体包括水、醇/水溶液、乳液或悬浮液，包括生理盐水和缓冲介质。非经肠媒介物包括氯化钠溶液、1，3-丁二醇、林格氏右旋糖(Ringer' s dextrose)、右旋糖和氯化钠、乳酸化林格氏液或不挥发性油。静脉内媒介物包括流体和营养补充剂、电解质补充剂(例如基于林格氏右旋糖的那些)等。也可存在防腐剂和其他添加剂，例如抗微生物剂、抗氧化剂、螯合剂和惰性气体等。此外，无菌不挥发性油常规上用作溶剂或悬浮介质。出于此目的，可采用任何温和不挥发性油，包括合成单酸甘油酯或二酸甘油酯。此外，诸如油酸的脂肪酸可用于制备可注射剂。载体配制可见于 Remington' s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co. ,Easton,Pa 中。本领域技术人员可易于确定制备和配制组合物的各种参数而不依靠过度实验。单独或与其他适合组分组合的化合物也可制备成气雾剂制剂(即其可“雾化”)以通过吸入施用。气雾剂制剂可置放入加压可接受的推进剂(例如二氯二氟甲烷、丙烷、氮气等)中。对于通过吸入进行的施用，化合物宜在使用适合推进剂下以气雾剂喷雾呈现形式由加压包或喷雾器递送。在一些实施方案中，上述化合物可包括药学上可接受的载体和制剂成分，例如盐、载体、缓冲剂、乳化剂、稀释剂、赋形剂、螯合剂、填充剂、干燥剂、抗氧化剂、抗微生物剂、防腐剂、粘合剂、增积剂、二氧化硅、增溶剂或稳定剂。在一个实施方案中，化合物与如胆固醇 和具有C32官能性的月桂酸及石胆酸衍生物的亲脂性基团缀合以提高细胞摄取。例如，已证明胆固醇会在体外(Lorenz,等，Bioorg. Med. Chen1. Lett. 14(19) :4975_4977 (2004))和在体内(Soutschek，等，Nature432 (7014) 173-178 (2004))增强 siRNA 的摄取和血清稳定性。此外，已显示类固醇缀合的寡核苷酸与血流中的不同脂蛋白(例如LDL)结合会保护完整性且促进生物分布(Rump,等，Biochem. Pharmacol. 59 (11) : 1407-1416 (2000))。可与上述化合物连接或缀合以增加细胞摄取的其他基团包括吖啶衍生物；交叉连接基，例如补骨脂素(psoralen)衍生物、叠氮苯甲酰甲基、原黄素(proflavin)和叠氮基原黄素；人造内切核酸酶；金属复合物，例如EDTA-Fe(II)和卟啉-Fe(II);烷基化部分；核酸酶，例如碱性磷酸酶；末端转移酶；抗体酶；胆固醇基部分；亲脂性载体；肽缀合物；长链醇；磷酸酯；放射性标记物；非放射性标记物；碳水化合物；和聚赖氨酸或其他聚胺。以引用方式并入本文中的Levy等的美国专利No. 6，919，208也描述用于增强递送的方法。这些药物制剂可以自身已知的方式制造，例如借助于常规混合、溶解、粒化、磨细、乳化、囊封、包埋或冻干制程。本文所述的核酸制剂包括核酸融合物或核酸修饰物，其中核酸与另外一个或多个部分(例如靶向部分)或另一治疗剂融合。所述类似物可展现提高的性质，例如活性和/或稳定性。可与核酸连接或不连接的部分的实例包括例如提供向特定细胞递送核酸的靶向部分，例如针对胰脏细胞、免疫细胞、肺细胞或任何其他优选细胞类型的抗体、以及在优选细胞类型上表达的受体及配体。优选地，部分靶向癌细胞或肿瘤细胞。例如，因为癌细胞消耗葡萄糖增加，所以核酸可与葡萄糖分子连接。靶向癌细胞或肿瘤细胞的单克隆人源化抗体为优选部分且可与核酸连接或不连接。在癌症治疗剂的情况下，靶抗原通常为肿瘤细胞所特有和/或所必需的蛋白质(例如受体蛋白HER-2/neu)。一般说来，施用化合物(包括核酸)的方法是本领域众所周知的。具体地讲，已用于核酸治疗剂的施用途径以及当前使用的制剂提供用于上述核酸的优选施用途径和制剂。组合物可通过许多途径施用，所述途径包括但不限于经口、静脉内、腹膜内、肌肉内、经皮、皮下、表面、舌下或经直肠手段。化合物也可通过脂质体施用。所述施用途径和适当制剂通常为本领域技术人员所知。
本文所述的制剂的施用可通过使化合物(例如miRNA或编码miRNA的核酸或分子(例如小分子))到达其靶的任何可接受的方法实现。所选特定模式将当然视诸如特定制剂、所治疗受试者的状态的严重性、和达成治疗功效所需的剂量的因素而定。如本文通常所用，“有效量”是相较于未接受化合物的匹配受试者，在制剂所施用的受试者中能够治疗MMSET调节病状的一种或多种症状、逆转MMSET调节病状的一种或多种症状的进展、使MMSET调节病状的一种或多种症状的进展停止、或预防MMSET调节病状的一种或多种症状出现的量。化合物的实际有效量可根据所用特定化合物或其组合、配制的特定组合物、施用模式、和个体的年龄、重量、状况、以及所治疗症状或病状的严重性而变化。为本领域一般技术人员所知的任何可接受的方法都可用于向受试者施用制剂。视所治疗病状而定，施用可为局部的(即向特定区域、生理系统、组织、器官或细胞类型施用)或全身的。
注射可为例如静脉内、皮内、皮下、肌肉内或腹膜内注射。组合物可皮内注射以治疗或预防例如年龄相关的病症。在一些实施方案中，可在多个部位进行注射。植入包括插入性可植入药物递送系统，例如微球、水凝胶、聚合储集囊、胆固醇基质、聚合系统(例如基质侵蚀和/或扩散系统)和非聚合系统(例如压制、熔融或部分熔融丸粒)。吸入包括用在吸入器中的气雾剂施用单独或与可被吸收的载体连接的组合物。对于全身施用，可优选的是组合物囊封于脂质体中。化合物可以使得组织能够特异性摄取药剂的方式递送。在化合物为核酸的一些实施方案中，可使用核酸递送系统。技术包括使用组织或器官定位装置，例如伤口敷料或经皮递送系统；使用侵袭装置，例如血管或尿导管；和使用介入装置，例如具有药物递送能力且配置成扩张性装置或展伸移植物的支架。制剂可通过扩散方式或通过聚合基质降解来使用生物可侵蚀性植入物加以递送。在某些实施方案中，制剂的施用可经设计以导致历经某一时期(例如数小时、数天、数周、数月或数年)依序暴露于化合物。这可例如通过重复施用制剂或通过化合物历经延长时期递送而无需重复施用的持续或控制释放递送系统实现。使用所述递送系统施用制剂可例如通过经口剂型、推注注射、经皮贴片或皮下植入物达成。在一些情况下，维持基本上恒定组合物浓度可为优选的。其他适合递送系统包括时间释放、延迟释放、持续释放或控制释放递送系统。在许多情况下，所述系统可避免重复施用，从而增加受试者和医师的便利性。许多类型的释放递送系统是可用的且为本领域一般技术人员所知。其包括例如聚合物基系统，例如聚乳酸和/或聚乙醇酸、聚酐、聚己内酯、共聚草酸酯、聚酯酰胺、聚原酸酯、聚羟基丁酸和/或这些物质的组合。在例如美国专利No. 5，075，109中描述含有核酸的上述聚合物的微胶囊，该专利以引用方式并入本文。其他实例包括脂质基非聚合物系统，包括固醇，例如胆固醇、胆固醇酯和脂肪酸或中性脂肪，例如单酸甘油酯、二酸甘油酯和三酸甘油酯；水凝胶释放系统；脂质体基系统；磷脂基系统；硅橡胶系统；肽基系统；蜡质涂层；使用常规粘合剂和赋形剂的压制片；或部分熔融植入物。特定实例包括侵蚀系统，其中化合物以制剂形式含于基质内(例如如美国专利 No. 4，452，775,4, 675，189,5, 736，152,4, 667，013,4, 748，034 和5，239，660中所述，所述专利以引用方式并入本文)；或扩散系统，其中活性组分控制释放速率(例如如美国专利No. 3，832，253,3, 854，480,5, 133，974和5，407，686中所述)。制剂可呈例如微球、水凝胶、聚合储集囊、胆固醇基质或聚合系统形式。在一些实施方案中，系统可允许组合物进行持续或控制释放，例如通过控制含有化合物的制剂的扩散或侵蚀/降解速率。此外，基于泵的硬件递送系统可用于递送一个或多个实施方案。以爆发方式进行释放的系统的实例包括例如组合物包埋于囊封在聚合物基质中的脂质体中的系统，其中脂质体对特定刺激(例如温度、pH、光或降解酶)敏感；和组合物由具有微胶囊核心降解酶的离子涂布的微胶囊囊封的系统。抑制剂的释放为渐进和连续的系统的实例包括例如侵蚀系统，其中组合物以某一形式含于基质内；和流出系统，其中组合物例如通过聚合物在控制速率下渗透。所述持续释放系统可例如呈丸粒或胶囊形式。在一些实施方案中，使用长期释放植入物可特别适合。如本文 所用的“长期释放”是指构建并设置含有组合物的植入物以持续至少30或45天、且优选至少60或90天、或在一些情况下甚至更长时间来递送治疗有效含量的组合物。长期释放植入物是本领域一般技术人员众所周知的，且包括一些上述释放系统。用于特定个体的剂量可由本领域一般技术人员使用常规考虑事项(例如借助于适当常规药理学方案)加以确定。医师可例如首先指定相对较低剂量、随后递增剂量直至获得适当响应。视应用而定，向个体施用的剂量应足以随时间在个体中实现有益治疗响应或例如应足以减轻症状或实现其他适当活性。剂量由特定制剂的功效、和所用化合物的活性、稳定性或血清半衰期及个体的病状、以及欲治疗个体的体重或表面积决定。剂量大小也由特定个体中伴随施用特定载体、制剂等的任何不利副作用的存在、性质和程度决定。包含一种或多种核酸的治疗组合物任选根据本领域众所周知的方法在一种或多种适当体外和/或体内动物疾病模型中加以测试以确认功效、组织代谢并估计剂量。具体地讲，剂量可最初由治疗剂相对非治疗剂在相关分析中的活性、稳定性或其他适合量度确定(例如比较治疗与未治疗细胞或动物模型)。制剂在由相关制剂的LD50和/或在例如如针对个体的质量和总体健康状况应用的各种浓度下核酸的任何副作用的观察结果确定的速率下施用。施用可通过单次剂量或分次剂量实现。体外模型可用于确定核酸作为潜在年龄相关病症治疗剂的有效剂量，如实施例中所述。在确定在治疗或防治疾病中待施用的化合物的有效量时，医师应评估循环血浆水平、制剂毒性和疾病进展。在一限制性实例中，对于核酸而言，向70千克个体施用的剂量通常在等效于当前所用治疗反义寡核苷酸(例如Vitraveiie (福米韦生(fomivirsen)钠注射液)，其由FDA核准用于处理巨细胞病毒RNA)的剂量的范围内，相对于相关组合物的活性或血清半衰期改变进行调整。本文所述的制剂可对通过任何已知常规疗法达成的治疗条件进行补充，所述疗法包括但不限于抗体施用、疫苗施用、施用细胞毒性剂、天然氨基酸多肽、核酸、核苷酸类似物和生物响应调节剂。两种或更多种组合化合物可一起或依序使用。例如，核酸也可作为抗年龄相关病症混合物的一部分以治疗有效量施用。本发明的某些实施方案提供药物组合物，其含有(a) —种或多种MMSET靶向核酸或小分子化合物和(b) —种或多种其他化疗剂。所述化疗剂的实例包括但不限于抗癌药物例如正定霉素、放线菌素D、多柔比星、博来霉素、丝裂霉素、氮芥、苯丁酸氮芥、美法仑、环磷酰胺、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、阿糖胞苷(CA)、5_氟尿嘧啶(5-FU)、氟尿苷(5_FUdR)、氨甲喋呤(MTX)、秋水仙碱、长春花新碱、长春花碱、鬼臼亚乙苷、替尼泊苷、顺钼和己烯雌酚(DES)。抗炎药物，包括但不限于非类固醇抗炎药和皮质类固醇，和抗病毒药物，包括但不限于利巴韦林(ribivirin)、阿糖腺苷、阿昔洛韦和更昔洛韦，也可以与本发明的组合物组合。其他非反义化疗剂也在本发明的范围内。两种或更多种组合的化合物可一起使用或依序使用。F.组合疗法在一些实施方案中，本发明提供包括本文所述的一种或多种组合物组合其他试剂(例如化疗剂)的治疗方法。本发明并不限于具体的化学疗法剂。很多类抗肿瘤(例如抗癌)剂被预期用于本发明的某些实施方案。适合与本发明的实施方案一起使用的抗癌剂包括(但不限于)诱导细胞凋亡的试剂、抑制腺苷脱氨酶功能、抑制嘧啶生物合成、抑制嘌呤环生物合成、抑制核苷酸互变、抑制核糖核苷酸还原酶、抑制胸腺嘧啶核苷单磷酸(TMP)合成、抑制二氢叶酸还原、抑制DNA合成、与DNA形成加合物、损坏DNA、抑制DNA修复、插入DNA、脱氨基天冬酰胺、抑制RNA合成、抑制蛋白质合成或稳定、抑制微管合成或功能等的试剂。在一些实施方案中，适用于本发明的实施方案的组合物和方法的示例性抗癌剂包括(但不限于)1)生物碱，包括微管抑制剂(例如长春新碱、长春碱和长春地辛等)、微管稳定剂(例如紫杉醇(TAXOL)和多西紫杉醇等)，和染色质功能抑制剂，包括拓扑异构酶抑制剂，例如表鬼臼毒素(例如依托泊苷(VP-16)和替尼泊苷(VM-26)等)，和靶向拓扑异构酶I的试剂(例如喜树碱和伊立替康(isirinotecan) (CPT-1l)等)；2)共价DNA结合剂(烷化剂)，包括氮芥(例如双氯乙基甲胺、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、异环磷酰胺和白消安(MYLERAN)等)、亚硝基脲(例如卡莫司汀、洛莫司汀和司莫司汀等)，以及其他烷化剂(例如达卡巴嗪、羟甲基三聚氰胺、噻替哌和丝裂霉素等)；3)非共价DNA结合剂(抗肿瘤抗生素)，包括核酸抑制剂(例如更生霉素(放线菌素D)等)、蒽环类抗生素(例如柔红霉素(道诺霉素和司比定)、多柔比星(亚德里亚霉素)和伊达比星(伊达米星)等)、蒽醌(例如蒽环霉素类似物，例如米托蒽醌等)、博来霉素(BLEN0XANE)等，和普卡霉素(光辉霉素)等；4)抗代谢物，包括抗叶酸剂(例如甲氨蝶呤、FOLEX和MEXATE等)、嘌呤抗代谢物(例如6-巯嘌呤(6-MP、PURINETH0L))、6_硫鸟嘌呤(6-TG)、硫唑嘌呤、阿昔洛韦、更昔洛韦、氯脱氧腺苷、2-氯脱氧腺苷(CdA)和2'-脱氧柯福霉素(喷司他丁 )等)、嘧啶拮抗剂(例如氟嘧啶(例如5-氟尿嘧啶(ADRUCIL)、5_氟脱氧尿苷(FdUrd)(氟尿苷))等)、和胞嘧啶阿拉伯糖苷(例如CYT0SAR(阿糖胞苷)和氟达拉滨等)；5)酶，包括L-天冬酰胺酶和羟基脲等；6)激素，包括糖皮质素、抗雌激素(例如它莫西芬等)、非留体类抗雄激素(例如氟他胺等)、和芳香化酶抑制剂(例如阿那曲唑(ARIMIDEX)等)；7)钼化合物(例如顺钼和卡钼等)；8)与抗癌药物、毒素和/或放射性核素等偶联的单克隆抗体；9)生物应答调节剂(例如干扰素(如IFN-α等)和白介素(如IL-2等)等)；10)过继性免疫疗法；11)造血生长因子；12)诱导肿瘤细胞分化的试剂(例如全反式维甲酸等)；13)基因疗法技术；14)反义疗法技术；15)肿瘤疫苗；16)针对肿瘤转移的疗法(如巴马司他等)；17)血管生成抑制剂；18)蛋白酶体抑制剂(如VELCADE) ；19)乙酰化和/ 或甲基化抑制剂(例如HDAC抑制齐[J) ；20)NF K B的调节剂；21)细胞周期调节的抑制剂(例如CDK抑制剂)；22)p53蛋白功能的调节剂；和23)辐射。任何常规用于癌症疗法背景的溶瘤细胞剂可用于本发明的实施方案的组合物和方法中。例如，美国食品和药物管理局维护批准用于美国的溶瘤细胞剂的处方集。U. S. F. D. A.的国际同行机构维护类似的处方集。下表提供批准用于美国的示例性抗肿瘤剂
的列表。本领域的技术人员将理解所有美国批准的化疗剂上必需的“产品标签”说明示例性试剂的批准指示、剂量信息、毒性数据等。
权利要求
1.一种抑制细胞生长的方法，所述方法包括使表达MMSET的细胞与抑制所述细胞中的MMSET的至少一种活性的药剂接触。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述药剂选自由小分子、SiRNA和抗体组成的组。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述小分子为3-肼基喹喔啉-2-硫醇。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述细胞为癌细胞。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述癌细胞具有选自由以下组成的组的类型前列腺癌细胞、前列腺癌细胞前体、乳腺癌细胞、乳腺癌细胞前体、浆细胞和浆细胞前体。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述癌细胞为前列腺癌细胞。
7.一种抑制细胞生长的方法，所述方法包括抑制组蛋白H3的赖氨酸36的甲基化。
8.如权利要求7所述的方法，其中组蛋白H3的赖氨酸36的所述甲基化由二甲基化组成。
9.如权利要求7所述的方法，其中组蛋白H3的赖氨酸36的所述甲基化由三甲基化组成。
10.如权利要求7所述的方法，其中所述抑制通过改变MMSET的至少一种活性来进行。
11.如权利要求10所述的方法，其中丽SET的所述活性选自由以下组成的组丽SET酶活性、丽SET转录物水平和丽SET蛋白质水平。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述MMSET酶活性包括甲基化。
13.一种药物组合物，所述药物组合物包含抑制细胞中的MMSET的至少一种活性的药剂。
14.如权利要求13所述的药物化合物，其中所述药剂为核酸。
15.如权利要求13所述的药物化合物，其中所述药剂为抗体。
16.如权利要求13所述的药物化合物，其中所述药剂为小分子。
17.如权利要求13所述的药物化合物，其中所述药剂为3-肼基喹喔啉-2-硫醇。
全文摘要
本发明涉及适用于治疗、处理和/或研究癌症的药剂。具体地讲，本发明涉及影响MMSET表达或活性的药剂(例如，小分子、核酸)。
文档编号A61K31/495GK103002914SQ201180018764
公开日2013年3月27日 申请日期2011年2月11日 优先权日2010年2月19日
发明者A.M.钦奈延, S.努, 曹圻, I.阿桑加尼 申请人:密执安大学评议会