1.一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：包括以下步骤：
(1)在pBAV1K-T5-GFP质粒的EcoR I和Apa I位点插入多克隆位点片段，并且通过同义突变，删除其中的NdeI酶切位点，得质粒pBTS；
(2)在多克隆位点的左端的酶切位点插入500-800bp的同源重组片段A，右侧酶切位点插入500-800bp的同源重组片段B，中间插入突变片段、目的片段或不插入任何片段，既两个同源重组区域之间需要改造的片段，得质粒pBTS-X；
(3)通过电转化将pBTS-X转入芽孢杆菌中，得阳性转化菌株；
(4)挑取(3)中的阳性转化菌落进入液体培养基中进行培养，培养温度为45℃，培养时间大于24h；
(5)取步骤(4)中菌液100ul—500ul，涂布到含30mg/L卡那霉素的LB平板上，培养温度为45℃，进行过夜培养；
(6)挑取步骤(5)中的菌落进入液体培养基中进行培养，每8—16h传代一次，直到筛选到无抗菌株；
(7)取步骤(6)中的菌液进行稀释涂板，稀释105-106倍，过夜培养；
(8)挑取步骤(7)中的菌落进行抗性鉴定，直到获得5-10株无抗菌株；
(9)将无抗菌株接种到液体培养基中，过夜培养，抽提细菌基因组，进行PCR鉴定；阳性菌株继续进行测序鉴定，测序鉴定结果为阳性菌株即得芽孢杆菌菌株。
2.根据权利要求1所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：所述步骤(3)中芽孢杆菌为枯草芽孢杆菌168、Z12菌株、解淀粉芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌或其它pBTS质粒具有温度敏感复制特性的革兰氏阳性菌。
3.根据权利要求2所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：所述革兰氏阳性菌为肺炎链球菌、乳酸乳球菌或类芽孢杆菌菌株。
4.根据权利要求1所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：所述pBTS核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
5.根据权利要求1所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)在pBTS的多克隆位点左侧端插入400-800bp的同源重组片段A，右侧端插入400-800bp的同源重组片段B，中间插入突变片段或目的片段或不插入片段，再在B与中间的改造片段或者A与中间的改造片段之间插入具有H霉素抗性片段，H霉素抗性片段两端含有cre重组酶识别的lox71和lox72片段，该质粒命名为pBTS-X-Z；
(2)通过电转化将pBTS-X-Z质粒转化进入芽孢杆菌中，得阳性转化菌株；
(3)挑取步骤(2)中的阳性转化菌落进入液体培养基中进行培养，培养温度为45℃，培养时间大于24h；
(4)取步骤中(3)中菌液100ul—500ul，涂布到含有卡那霉素或H霉素的平板上，培养温度45℃，过夜培养；
(5)挑取(4)中的菌落进入含有H霉素抗性的液体LB培养基中进行培养，每8—16h传代一次，直到筛选到只具有H霉素抗性的菌落；
(6)取(5)中的菌液进行稀释涂板，平板含有H霉素抗性，稀释105-106倍，过夜培养；
(7)挑取(6)中的菌落进行抗性鉴定，直到获得5-10株只具有H霉素抗性，不具有卡那霉素抗性的菌株；
(8)取单抗菌株接种到液体培养基中，过夜培养，抽提细菌基因组，进行PCR鉴定，阳性菌株继续进行测序鉴定，测序鉴定为阳性的菌株进入下一步；
(9)转化pBTS-IC质粒进入(8)中鉴定为阳性的单抗菌株，IC为乳糖操作子调控cre重组酶表达的片段，cre重组酶可特性识别lox71和lox66位点，进行重组，在基因组中留下不能被cre重组酶识别的loxP位点，切割下片段含有更容易识别的lox72位点；
(10)挑取(9)中的阳性转化菌株，接菌进行培养，利用IPTG诱导表达或者渗漏表达的cre重组酶切割H霉素抗性片段；
(11)取(10)中的菌液，接种到液体培养基中，培养温度为45℃，培养时间大于24h；
(12)取(11)中培养的菌液，稀释105-106涂板到无抗的平板上，培养温度为45℃，过夜培养；
(13)取(12)中的单菌落，进行抗性鉴定，直到筛选到2-5株无抗菌株；
(14)取(13)中的无抗菌株，接种到培养基中，过夜培养，抽提基因组，进行PCR鉴定，阳性菌株再进行测序鉴定，仍然鉴定为阳性的菌株即为完成基因组改造的菌株。
6.根据权利要求5所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：所述H霉素为博来霉素、四环素、氯霉素和壮观霉素中的任一一种。
7.根据权利要求1所述的一种改造芽孢杆菌基因组的方法，其特征在于：所述pBTS-IC核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。