1.一种与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的SNP位点,其特征在于,所述的SNP位点位于玉米基因组bin8.03区域的抗病候选基因GRMZM2G047152的开放阅读框中的第3169位,当该位点为G时,表现为抗病,当该位点为A时表现为感病。
2.如权利要求1所述的SNP位点,其特征在于,所述的GRMZM2G047152的开放阅读框的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
3.一种基于权利要求1所述的SNP位点开发dCAPS分子标记的方法,其特征在于以含有与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的SNP位点的序列为基础序列,设计dCAPS引物对,以玉米总DNA为模板进行PCR扩增,使SNP位点有效的转化为dCAPS标记;其中所述的含有与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的SNP位点的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示。
4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述的dCAPS引物对的序列如下所示:
上游引物:5’AGCTCAACGCAATTCATTGTGC 3’
下游引物:5’CGCTCACTGCCAAGTTTTGC 3’。
5.按照权利要求3或4所述的方法得到的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的dCAPS分子标记,命名为DNdCAPS8.03-1,该分子标记的内切酶为BsiHKAI,酶切位点为GWGCWC。
6.获得权利要求5所述的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的dCAPS分子标记的引物对。
7.如权利要求6所述的引物对,其特征在于,所述的引物对的序列如下所示:
上游引物:5’AGCTCAACGCAATTCATTGTGC 3’
下游引物:5’CGCTCACTGCCAAGTTTTGC 3’。
8.权利要求1所述的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的SNP位点在玉米抗丝黑穗病分子标记辅助育种中的用途,优选的,所述的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的SNP位点与位于bin2.09主效抗病位点区域的分子标记MZA6393和LSdCAP2联合使用。
9.权利要求5所述的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的dCAPS分子标记在玉米抗丝黑穗病分子标记辅助育种中的用途,优选的,所述的与玉米抗丝黑穗病次主效位点连锁的dCAPS分子标记与位于bin2.09主效抗病位点区域的分子标记MZA6393和LSdCAP2联合使用。
10.权利要求5或6所述的引物对在玉米抗丝黑穗病分子标记辅助育种中的用途,优选的,所述的引物对与位于bin2.09主效抗病位点区域的分子标记MZA6393和LSdCAP2联合使用。