数字PCR检测基因点突变方法及装置与流程

文档序号:12779121阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一种数字PCR检测基因点突变的方法,其特征在于,所述方法包括:

获取数字PCR芯片阅读仪下机的扩增数据;

从所述扩增数据中筛选荧光点的数据;

根据阈值使用所述荧光点的数据绘制荧光图形;

根据所述荧光图形进行突变分析。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取所述扩增数据包括:

通过界面显示第一控件,其中,所述第一控件中列举了预定文件夹下所有预定格式的文件;

通过所述第一控件从所述所有预定格式的文件中选择一个文件作为所述扩增数据。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在根据阈值使用所述荧光点的数据绘制荧光图形之前,所述方法还包括:

使用预先配置的数值作为所述阈值。

4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,在无法使用预先配置的数值作为所述阈值的情况下,所述方法还包括:

通过界面显示第二控件,其中,所述第二控件包括至少一个输入框;

通过所述至少一个输入框接收用户输入的数值作为所述阈值。

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在根据所述荧光图形进行突变分析之后,所述方法还包括:

存储进行所述突变分析之后得到的结果;

根据所述结果生成报告。

6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,

所述荧光点的数据包括:VIC和FAM荧光点的数据;

所述荧光图形包括:VIC-FAM荧光图形。

7.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述突变分析包括以下至少之一:计算阴阳性点个数、计算突变频率、判断阴阳性结果。

8.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述扩增数据通过将目的基因的PCR反应体系置于微反应器中进行数字PCR得到。

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述目的基因为EGFR基因,所述EGFR基因的PCR反应体系包括用于检测所述EGFR基因第20号外显子突变的引物及探针。

10.根据权利要求9所述的方法,其特征在于,所述引物包括:

第一上游引物SEQ ID NO:1:CCTCACCTCCACCGTGC,

第一下游引物SEQ ID NO:2:ACCAGTTGAGCAGGTACTGG;

第二上游引物SEQ ID NO:3:TGCCTCACCTCCACCG,

第二下游引物SEQ ID NO:4:ACCAGTTGAGCAGGTACTGG;

第三上游引物SEQ ID NO:5:GCATCTGCCTCACCTCCACC,

第三下游引物SEQ ID NO:6:ACCAGTTGAGCAGGTACTGGGAGC;

第四上游引物SEQ ID NO:7:GGGCATCTGCCTCACCTCCAC,

第四下游引物SEQ ID NO:8:ACACCAGTTGAGCAGGTACTGGGAG;

所述探针包括:

第一探针FAM SEQ ID NO:9:AGCTCATCATGCAGCTCAT,

第二探针VIC SEQ ID NO:10:AGCTCATCACGCAGCTCAT。

11.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在根据所述阈值使用所述荧光点的数据绘制荧光图形之前,所述方法还包括:

获取所述阈值,其中,所述阈值包括以下至少之一:VIC阈值、FAM阈值。

12.根据权利要求11所述的方法,其特征在于,获取所述VIC阈值包括:

对所述荧光点的数据进行排序得到第一数据集;

从所述第一数据集中获取包括预定数量荧光点的多个子集并获取每个子集的标准差;

将最大标准差集合作为阈值划分子集;

选取子集中间数值+1作为所述VIC阈值。

13.根据权利要求12所述的方法,其特征在于,获取所述FAM阈值包括:

获取同一荧光值下荧光点数目最大的第一数值作为第一峰值;

获取在所述荧光值大于所述第一峰值的所述荧光值的情况下,所述荧光点数目仅次于所述第一数值的第二数值作为第二峰值;

获取第一阈值包括:获取所述第一峰值与所述第二峰值之间相邻所述荧光点数目之差最大的两个荧光值集合,将其中较小的所述荧光值作为第一阈值;

获取第二阈值包括:获取所述第一峰值与所述第二峰值之间相邻所述荧光点数目之差第二大的两个荧光值集合,将其中较小的所述荧光值作为第二阈值;

获取第三阈值包括:设定所述第一峰值序号为a,最大荧光值序号为b,最小荧光值序号为c;若b-a>a-c则选取a~c为第一计算子集;若b-a<a-c则选取a~b为第二计算子集,根据所述第一计算子集和所述第二计算子集计算标准差;所述第三阈值为所述第一峰值+6倍的所述标准差;

基于所述第一阈值、所述第二阈值、以及所述第三阈值,判断所述FAM阈值。

14.根据权利要求13所述的方法,其特征在于,基于所述第一阈值、所述第二阈值、以及所述第三阈值,判断所述FAM阈值包括:

在所述第一阈值-所述第二阈值>(所述最大荧光值-所述最小荧光值)x0.09的情况下,确定所述第二阈值作为最佳阈值;否则确定所述第一阈值作为所述最佳阈值。

15.根据权利要求14所述的方法,其特征在于,在确定所述最佳阈值之后,所述方法还包括:

建立荧光点的数据的VIC-FAM坐标图;

根据所述VIC阈值和所述最佳阈值将所述VIC-FAM坐标图划分4个象限,

若第一象限点数量在3-10之间,并且所述最佳阈值-所述第三阈值>所述第三阈值x0.15,则取所述第三阈值+1作为所述FAM阈值;

若所述第一象限点数量小于2,则取所述第二阈值+1作为所述FAM阈值;

否则将所述最佳阈值+1作为所述FAM阈值。

16.根据权利要求13或15所述的方法,其特征在于,判断所述FAM阈值还包括:

以所述VIC阈值和所述FAM阈值划分4点团,若第一象限点数量为0,则将所述FAM最大荧光值+1作为所述FAM阈值。

17.一种数字PCR检测基因点突变装置,其特征在于,包括:

获取单元,用于获取数字PCR芯片阅读仪下机的扩增数据;

筛选单元,用于从所述扩增数据中筛选荧光点的数据;

绘制单元,用于根据阈值使用所述荧光点的数据绘制荧光图形;

突变分析单元,用于根据所述荧光图形进行突变分析。

18.根据权利要求17所述的装置,其特征在于,所述获取单元包括:

第一显示模块,用于通过界面显示第一控件,其中,所述第一控件中列举了预定文件夹下所有预定格式的文件;

选择模块,用于通过所述第一控件从所述所有预定格式的文件中选择一个文件作为所述扩增数据。

19.根据权利要求17所述的装置,其特征在于,所述绘制单元包括:

第二显示模块,用于通过界面显示第二控件,其中,所述第二控件包括至少一个输入框;

接收模块,用于通过所述至少一个输入框接收用户输入的数值作为所述阈值。

20.一种存储介质,其特征在于,所述存储介质包括存储的程序,其中,在所述程序运行时控制所述存储介质所在的设备执行权利要求1至16中任意一项所述的方法。

21.一种处理器,其特征在于,所述处理器用于运行程序,其中,所述程序运行时执行权利要求1至16中任意一项所述的方法。

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