用于小鼠近交系鉴定的snp标记、引物对及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及利用全基因组生物信息分析技术优势，并用PCR扩增及sanger测序验 证SNP标记，并采用质谱技术和SNP标记对生产单位小鼠近交系进行检测鉴定的应用，特别 涉及用于小鼠近交系鉴定的SNP标记、引物对及其应用。
【背景技术】
[0002] 目前国内生物医药产业迅猛发展，实验动物作为生物医药产业的重要支撑条件及 生命科学研宄的重要材料，其质量直接关系到实验结果的可靠性和真实性。实验动物的遗 传质量是实验动物质量好坏的重要因素之一，只有应用遗传特性稳定的实验动物才能保证 生物医学研宄结果具有可比性及实验结果的可靠性。因此，实验动物质量标准化，尤其遗传 质量的标准化将直接影响生物医药的研发水平。但由于缺乏统一的、标准化的遗传质量控 制标准，实验动物的遗传质量监控也渐渐成为其生产应用中较突出的问题。就目前情况而 言，筛查到国内外广泛认可的有效遗传标记是实现实验动物遗传质量监测技术突破的有途 径之一。
[0003] 目前，我国实验动物遗传监测主要推行国家标准（GB 14923-2010)，主要采取形态 学（毛色基因测试法）、数量遗传学（下颁骨测定法）、免疫标记基因检测法（皮肤移植法） 以及生化标记基因检测法等。这些方法各有优势，而且在实验动物的繁殖生产和日常监测 管理工作中仍有至关重要的使用价值，但随着实验动物科学和分子生物学的飞速发展，传 统的检测方法包括国标力推的生化标记基因检测法、皮肤移植法和免疫学检测法已不能完 全适应多种品系实验动物的遗传监测工作。
[0004] 随着DNA指纹技术、随机扩增多态性（RAPD)、微卫星和单核苷酸多态性（SNP)等一 系列分子遗传标记的发现，微卫星和SNP脱颖而出已经大量应用于实验动物的遗传检测。 SNP标记是继生化标记和RAPD遗传标记之后的第三代DNA分子标记。具有以下显著的优 点：1)相对于生化法和免疫学方法能够鉴别那些本身很难鉴别的一些同基因型和同源品 系；2) SNP检测方法比生化法方便的重要优点是不需处死动物，所有基因纯度在其生产下 一代之前就得到了保证；3) SNP检测法可达到高通量、低成本及自动化，能够满足大规模的 检测需求。因此，实验动物SNP标记在国内拥有较大的研宄潜质和应用价值。
[0005] 2002年，国际小鼠基因组测序联盟完成了经典的实验室品系C57BL/6J(B6)的全 测序。同年，Celera公司也完成了另外三个近交系的全序列草图。由于SNP与微卫星数量 庞大，高通量的基因分型能降低成本，故著名的实验动物公司都已使用SNP进行遗传检测。 对于遗传质量检测并没有统一的标准，其位点组合和数量是根据需要和各公司的实际情况 决定的。国际上知名实验动物供应商，Jackson Laboratory (JAX)，提供2000个SNP评估芯 片，并采用28个SNP位点对几十种小鼠近交系进行遗传检测。
【发明内容】
[0006] 为了克服现有技术的缺点与不足，本发明的目的在于提供一种用于小鼠近交系鉴 定的SNP标记。检测SNP位点多则成本高，并且国内常用小鼠品系大约10来种，因此，本发 明旨在利用已有近交系小鼠 SNP数据库筛出少数几个能分离鉴定国内常用小鼠近交系的 SNP标记，以达到快速初筛和降低检测成本的目的。
[0007] 本发明的另一目的在于提供用于小鼠近交系鉴定的引物对。提供的引物对共7 对；且每对引物扩增出的序列都含有一个特定的SNP标记。引物的应用可达到快速初筛和 降低检测成本的目的，从而促进近交系小鼠遗传质量监测标准化进程。
[0008] 本发明的另一目的在于提供所述的SNP标记的应用。
[0009] 本发明的再一目的在于提供所述的引物对的应用。
[0010] 本发明的目的通过下述技术方案实现：
[0011] 本发明首先对NCBI小鼠近交系SNP数据库进行筛查，筛出7个SNP位点，并设计 引物，用设计的7对引物PCR扩增129、C3H、BALB、C57BL、CBA、DBA、FVB和ICR这8个小鼠 近交系的基因组序列，然后sanger测序，得到DNA片段序列，并验证7个SNP位点，最后采 用质谱的方法对国内常用的小鼠近交系这7个位点进行检测，确定7个SNP的可应用性。
[0012] 所述的 7 个 SNP 位点为 SNPI、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6 和 SNP7。
[0013] 所述的SNPl表示该SNP位点位于SEQ ID NO : 15所示的核苷酸序列的第91位，并 且该位置处核苷酸序列为简并碱基K (G/T);
[0014] 所述的SNP2表示该SNP位点位于SEQ ID NO : 16所示的核苷酸序列的第196位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基M(A/C);
[0015] 所述的SNP3表示该SNP位点位于SEQ ID NO :17所示的核苷酸序列的第112位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(A/G);
[0016] 所述的SNP4表示该SNP位点位于SEQ ID NO :18所示的核苷酸序列的第294位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基Y (C/T);
[0017] 所述的SNP5表示该SNP位点位于SEQ ID NO : 19所示的核苷酸序列的第188位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基R(A/G);
[0018] 所述的SNP6表示该SNP位点位于SEQ ID NO :20所示的核苷酸序列的第244位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基Y (C/T);
[0019] 所述的SNP7表示该SNP位点位于SEQ ID NO :21所示的核苷酸序列的第217位， 并且该位置处核苷酸序列为简并碱基Y (C/T);
[0020] 所述的引物对共7对，序列如SEQ ID NO :1~SEQ ID NO :14所示。
[0021] 所述的DNA片段，序列如SEQ ID NO : 15~SEQ ID NO :21所示。
[0022] 所述的7个SNP位点可应用于国内常用小鼠近交系的鉴定。
[0023] 所述的引物对可应用于国内常用小鼠近交系的鉴定。
[0024] 所述的7个SNP位点在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法 的用途为小鼠近交系鉴定或物种鉴定。
[0025] 所述的引物对在制备试剂盒或检测方法中的应用；所述试剂盒或检测方法的用途 为小鼠近交系鉴定或物种鉴定。
[0026] 所述的DNA片段在辅助进行小鼠近交系或物种鉴定中的应用。
[0027] 本发明相对于现有技术，具有如下的优点及效果：
[0028] (1)本发明采用生物信息技术优势开发出少数几个能用于国内常用近交系小鼠鉴 定SNP标记，SNP标记的应用可大大降低近交系小鼠鉴定的成本和简化操作，促进近交系小 鼠遗传质量监测标准化和进程化。
[0029] (2)本发明提供的7对引物对，每对引物扩增出的序列都含有一个特定的SNP标 记；引物的应用可达到快速初筛和降低检测成本的目的，从而促进近交系小鼠遗传质量监 测标准化进程。
【具体实施方式】
[0030] 下面结合实施例对本发明作进一步详细的描述，但本发明的实施方式不限于此。
[0031] 实施例1
[0032] 1、实验动物样本
[0033] 小鼠近交系：129、C3H、BALB、C57BL、CBA、DBA、FVB、ICR。
[0034] 2、动物组织来源：广东省实验动物监测所、暨南大学和南方医科大学等。
[0035] 3、目标SNP的筛选
[0036] 利用 https://www. ncbi. nlm. nih. gov/snp/ ? term = mouse 数据库结合相关文 献报道，筛出7个SNP位点。详细见表1。
[0037] 表1 SNP标记及在每个小鼠近交系中的基因型
[0038]
[0039] 4、引物设计
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