GTAATTGGGATCTGTTTTGAACAAGATTTGAAAGGGAGAGAGGTGTTTGCAAGTGGGAAATGCCAT[A/G]AGGTTCAAGAAATTTCTMarker25102:
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GCAGGTCTCAGTTTCGAGACCCTGCGTAGCCAGCTGCCCCT[A/G]TTGCCCATGACGTGTCATGACTAGTCATCCCATGTAGCAAAACTCCAC本发明的具体步骤是:
(I)黄麻重组自交系群体构建:利用优良栽培品种“黄麻179”与野生品系“爱店野黄麻”为亲本构建F1，通过连续自交，得到89份株系的重组自交系群体。
[0010](2)基因组DNA提取:采用CTAB法提取黄麻重组自交系群体89份株系及其亲本的基因组DNA。
[0011](3) SNP分子标记的开发:SNP标记分型按照北京百迈客生物科技有限公司公司SLAF标记操作说明进行(CN103088120 A)。完成多态性标记开发后，首先对亲本编码基因型，一个字母代表一种基因型，确定分离类型后，再检测子代基因型，用相应字母表示。假设双亲均为杂合且没有公共基因型，分离类型定义为abXcd，父本基因型为ab，母本基因型为Cd，子代检测到a和c两个基因型即定位ac。
[0012](4)黄麻SNP遗传连锁图谱构建:用Joinmap软件进行两点连锁分析，获得一张包含913个SLAF标记的遗传连锁图，包含11个连锁群，图谱总长1621 cM，标记间平均图距
1.6cM0
[0013](5)黄麻重组自交系群体炭疽病抗性性状鉴定:2014年夏于福建农林大学试验田播种89个重组自交系及亲本。采用单因素随机区组设计，3次重复，单行区，行长1.2m,株行距0.1mX0.3m。每个株系30株，重复3次。待黄麻长到50cm左右时，将准备好的最强致病力的FJ2菌株菌饼采用伤口接种。接种15d后进行病斑测量。
[0014](6)分子标记与抗病基因的连锁分析:采用软件MapQTL 5.0多QTL模型(MQM)作图法，进行黄麻炭疽病抗性的QTL定位和检测。
[0015]本发明的积极效果如下:
(I)分离并鉴定了 26个黄麻的SNP分子标记，经在国际基因数据库中检索，证明为新的DNA标记。
[0016](2)利用上述开发的SNP分子标记用于144份黄麻品系的抗性种质筛选，发现18份抗病株系。进一步利用大田接种鉴定其抗性，发现鉴定结果与田间抗病吻合率达97.3%。
【附图说明】
[0017]图1黄麻重组自交系群体炭疽病抗性病斑长度频率分布图。
[0018]图2黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记局部连锁图。
[0019]图3黄麻炭疽病抗性QTL W.AlO检测。左边纵轴为LOD值，右边纵轴为解释的表型变异，横轴为标记名称。
【具体实施方式】
[0020]下面通过实施例对本发明作进一步的说明，其目的仅在于更好理解本发明的内容而非限制本发明的保护范围。
[0021]实施例1:开发了 26个与炭疽病抗性基因连锁的SNP分子标记，如图2所示。
[0022]实施例2:利用上述开发的SNP分子标记用于黄麻抗性种质筛选。供试材料为144份黄麻品系。筛选出编号为98、45、76、122、124、20、101、27等18份抗病株系，占总数的12.5%。说明不同的黄麻株系间对炭疽病的抗性有明显差异。为了进一步确认大田接种的准确性，选取不同抗性的7个株系，在温室内进行接种鉴定。调查其发病情况，发现与大田接种差异不大。
[0023]以上所述仅为本发明的较佳实施例，凡依本发明申请专利范围所做的均等变化与修饰，皆应属本发明的涵盖范围。
【主权项】
1.一种黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记，其特征在于:所述黄麻的SNP分子标记编号为 Markerl0514，Marker 15132? Marker 15713? Marker23360，Markerl9857，Markerl3539? Markerl9482? Markerl6051? Marker27006? Markerl7579? Marker35896?Markerl9650? Marker35678? Marker27385? Marker28811? Marker32863? Marker23852?Marker25102? Marker33314? Marker28047? Marker35589? Marker32497? Marker27955?Marker26827，Marker30248，Marker32758，各编号所对应的黄麻微卫星DNA分子标记序列为 SEQ ID N0.1-26 所示。2.权利要求1所述的黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记在黄麻不同材料的炭疽病抗性鉴定中的应用。
【专利摘要】本发明属于黄麻的育种技术领域，涉及一种黄麻炭疽病抗性基因区段的SNP分子标记。其步骤为：通过黄麻重组自交系群体基因组DNA的提取，酶切，产物纯化测序、SNP筛查分析确定其基因型；采用单因素随机区组设计鉴定黄麻重组自交系群体炭疽病抗性性状；对该重组自交系群体进行遗传连锁图谱构建和QTL定位；根据QTL定位结果，发现QTL？<i>qAR</i>.N10解释的表型变异为20.13%，表现为主效QTL。其区段包含26个SNP分子标记，其核苷酸序列及变异位点如序列表SEQ？ID？NO.1-26所示。本发明为黄麻炭疽病抗性育种提供了新的分子标记，可用于黄麻抗炭疽病分子标记辅助选择育种。
【IPC分类】C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105063233
【申请号】CN201510607272
【发明人】张立武, 祁建民, 高红, 陶爱芬, 徐建堂, 林荔辉, 方平平, 林培清
【申请人】福建农林大学
【公开日】2015年11月18日
【申请日】2015年9月23日