一种检测人egfr、kras、braf基因突变的引物组合及其试剂盒的制作方法_2

文档序号:9804653阅读:来源:国知局
xon-18样本测序结果图;
[0052] 图14:EGFR Exon-19阳性样本测序结果图;
[0053] 图15:EGFR Exon-20样本测序结果图;
[0054] 图16:EGFR Exon-21样本测序结果图;
[0055] 图17:KRAS Exon-2阳性样本测序结果图;
[0056] 图18:KRAS Exon-3样本测序结果图;
[0057] 图19:KRAS Exon-4样本测序结果图;
[0058] 图20:BRAF Exon-15样本测序结果图;
[0059] 上述荧光定量扩增曲线图中,纵坐标为荧光值(dR),横坐标为循环数(cycles)。
【具体实施方式】
[0060]结合实施例对本发明作进一步的说明,应该说明的是,下述说明仅是为了解释本 发明,并不对其内容进行限定。
[0061 ] 实施例1:用于检测人EGFR、KRAS、BRAF基因突变的ARMS引物的设计与筛选
[0062]本发明在进行ARMS引物设计时,利用Taq酶缺乏3'_5'外切酶活性,当引物的3'端 不能与模板完全配对,则PCR扩增不能进行。将引物的3'端设计为仅与突变模板匹配,而与 正常模板不匹配,该引物只能扩增突变模板,而对正常模板不扩增,从而达到分型的目的。 [0063] 本发明同时还设计了用于扩增人EGFR、KRAS、BRAF基因对应突变位点的正常基因 位点的引物序列,以其扩增得到的正常基因位点作为第二内参。
[0064] 本实施例经优化筛选设计了人EGFR、KRAS、BRAF基因突变的ARMS引物。其序列分别 如下:
[0065] EGFR Exon-18-F-WT-ARMS:5'-CTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGG-3'(SEQ ID N0.1);
[0066] EGFR Exon-18-F-ARMS:5'-CTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGA-3'(SEQ ID N0.2);
[0067] EGFR Exon-18-R-ARMS:5,-CGGGATCCCAGACCATGAGAGGCCCTG-3,(SEQ ID N0.3);
[0068] EGFR Exon-19-R-WT-ARMS:5'-TGGCTTTCGGAGATGTTGC-3'(SEQ ID N0.4);
[0069] EGFR Exon-19-R-ARMS:5'-GTTGGCTTTCGGAGATGTTTTG-3'(SEQ ID N0.5);
[0070] EGFR Exon-19-F-ARMS:5'-GCCAGTTAACGTCTTCCTTCTC-3'(SEQ ID N0.6);
[0071] EGFR Exon-20-F-WT-ARMS:5 '-CACCGTGCAGCTCATCAC-3 '(SEQ ID NO·7);
[0072] EGFR Exon-20-F-ARMS:5,-CACCGTGCAGCTCATCAT-3,(SEQ ID N0.8);
[0073] EGFR Exon-20-R-ARMS:5'-CCTGATTACCTTTGCGATCTGC-3'(SEQ ID N0.9);
[0074] EGFR Exon-21-F-WT-ARMS:5'-GTCAAGATCACAGATTTTGGGCT-3'(SEQ ID N0.10);
[0075] EGFR Exon-21-F-ARMS:5 '-GTCAAGATCACAGATTTTGGGCG-3 '(SEQ ID NO·11);
[0076] EGFR Exon-21-R-ARMS:5,-CAATACAGCTAGTGGGAAGGC-3,(SEQ ID N0.12);
[0077] KRAS Exon-2-WT-F-ARMS:5'-TGGTAGTTGGAGCTGGTGG-3'(SEQ ID N0.13);
[0078] KRAS Exon-2-34A-F-ARMS:5 ,-AACTTGTGGTAGTTGGAGCTA-3,(SEQ ID NO.14);
[0079] KRAS Exon-2-34T-F-ARMS:5,-AACTTGTGGTAGTTGGAGCTT-3,(SEQ ID N0.15);
[0080] KRAS Exon-2-34C-F-ARMS:5,-AACTTGTGGTAGTTGGAGCTC-3,(SEQ ID N0.16);
[0081] KRAS Exon-2-35A-F-ARMS:5'-CTTGTGGTAGTTGGAGCTGA-3'(SEQ ID N0.17);
[0082] KRAS Exon-2-35T-F-ARMS:5'-CTTGTGGTAGTTGGAGCTGT-3'(SEQ ID N0.18);
[0083] KRAS Exon-2-35C-F-ARMS:5,-CTTGTGGTAGTTGGAGCTGC-3,(SEQ ID N0.19);
[0084] KRAS Exon-2-37-F-ARMS:5'-TGTGGTAGTTGGAGCTGGTT-3'(SEQ ID N0.20);
[0085] KRAS Exon-2-38-F-ARMS:5'-TGGTAGTTGGAGCTGGTGA-3'(SEQ ID N0.21);
[0086] KRAS Exon-2-R-ARMS:5,-CTGTATCAAAGAATGGTCCTGCAC-3,(SEQ ID N0.22);
[0087] KRAS Exon-3-F-ARMS:5,-CAGACTGTGTTTCTCCCTTCTC-3,(SEQ ID N0.23);
[0088] KRAS Exon-3-R-ARMS:5'-CTCATTGCACTGTACTCCTCG-3'(SEQ ID N0.24);
[0089] KRAS Exon-3-R-WT-ARMS:5,-CCTCATTGCACTGTACTCCTCT-3,(SEQ ID N0.25);
[0090] KRAS Exon-4-F-ARMS:5,-GGACTCTGAAGATGTACCTATGGTC-3,(SEQ ID N0.26);
[0091] KRAS Exon-4-R-ARMS:5'-GTGTTACTTACCTGTCTTGTCTTTCT-3'(SEQ ID N0.27);
[0092] KRAS Exon-4-R-WT-ARMS:5'-TGTTACTTACCTGTCTTGTCTTTGC-3'(SEQ ID N0.28);
[0093] BRAF Exon-15-F-WT-ARMS:5,-TAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGT-3,(SEQ ID N0.29);
[0094] BRAF Exon-15-F-ARMS:5'-TAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGA-3'(SEQ ID N0.30);
[0095] BRAF Exon-15-R-ARMS:5'-AGTAACTCAGCAGCATCTCAGG-3'(SEQ ID NO.31)〇
[0096] 上述ARMS引物中,WT-ARMS表示用于扩增正常位点的引物。
[0097] 用于扩增第一内参(内参-1)的引物序列如下:
[0098] 内参-GAPDH-F-ARMS:5,-CTCCTCCACCTTTGACGCTG-3,(SEQ ID N0.32);
[0099] 内参-GAPDH-R-ARMS:5,-TTTCTGAGCCAGCCACCAG-3,(SEQ ID N0.33)。
[0100] 实施例2:用于检测人EGFR、KRAS、BRAF基因突变的ARMS引物的特异性考察
[0101]分别以含有EGFR、KRAS、BRAF基因突变的阳性样本为检测对象,分别采用实施例1 筛选的ARMS引物进行检测。
[0102] 检测的反应体系为:Taq HS DNA聚合酶(lunit);
[0103] Taq HS DNA聚合酶10 X缓冲液;
[0104] SYBR-Green-I(1:30000);
[0105] ARMS引物(0·卜0.5uM);
[0106] 模板 DNA(l-lOng);
[0107] 4 种 dNTP 混合物(0.2mM);
[0108] 高纯水。
[0109] PCR反应条件:
[011 0] 选取SYBR荧光通道模式,荧光定量PCR反应程序如下:
[0111]
-
[0112] 注:*,此步收集荧光。
[0113] 结果为:用于检测EGFR基因突变的引物ARMS引物仅能特异性扩增含EGFR基因突变 的阳性样本,而对于含有其他类型基因突变的阳性样本无扩增曲线。以含EGFR Exon-19突 变的阳性样本为例,其实时荧光定量扩增曲线图如图1所示。
[0114] 同样的,用于检测KRAS基因突变的ARMS引物也仅能特异性扩增所对应的含KRAS基 因
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