专利名称：肾损伤的生物标记物的制作方法
技术领域：
本发明涉及肾脏疾病的预防和治疗领域。可以根据长期透析的需要或期望调整肾脏疾病的治疗。例如，可以通过监测与慢性肾脏疾病的发展相关的尿生物标记物确定长期透析治疗的预后。例如，测量透明质酸、死亡受体5和/或转化生长因子β I的大约14日标准时间过程可以用来建立患者已经患有急性肾损伤时恢复与不恢复的风险。背景慢性肾脏疾病(CKD)据信是发达国家面临的最大和增长最快的健康顾虑之一。单在美国，两千六百万人患有CKD并且另外两千多万人存在增加的风险。CKD导致透析和心脏病，从而相关的医疗成本总计达10亿美元。CKD的一个主要病因是急性肾损伤(AKI)，这也与大幅度增加的护理成本相关，尤其如果需要透析(或相关的肾支持技术)的话。慢性肾脏疾病可以因许多不同因素而形成，但最值得注意地是，遗传素质和/或急性肾损伤。肾损伤的程度也与长期死亡率的递增性增加相关。例如，对于患有需要透析的严重AKI的患者，在出院后一年内发生的死亡可以高达64%。另外，目前使用的肾功能标记物如血清肌酸酐水平在区分肾脏疾病的长期转归方面表现不良。无论引发因素是什么，慢性肾脏疾病致使高比例的患者需要长期透析(即，例如，肾替代疗法或RRT)。这种治疗昂贵、费时且可能导致不利的副作用，包括但不限于，血管狭窄和/或血栓形成。因此，允许早期鉴定AKI患者并随后对其分级并且还预测肾功能恢复的生物标记物的开发是本领域内具有巨大需要的临床工具。概述本发明涉及肾脏疾病的预防和治疗领域。可以根据长期透析的需要或期望调整肾脏疾病的治疗。例如，可以通过监测与慢性肾脏疾病的发展相关的尿生物标记物确定长期透析治疗的预后。例如，测量透明质酸、死亡受体5和/或转化生长因子β I的大约14日标准时间过程可以用来建立患者已经患有急性肾损伤时恢复与不恢复的风险。在一个实施方案中，本发明构思了通过测量本发明的一种或多种肾损伤标记物诊断受试者、区别诊断受试者、对受试者进行风险分级、监测受试者、对受试者分类和确定受试者中治疗方案的方法和组合物，其中所述受试者患有肾功能损伤、肾功能降低和/或急性肾衰竭或存在这种风险。在一个实施方案中，本发明构思一种方法，所述方法包括:a)提供；i)显示急性肾损伤的至少一种症状的患者；和ii)从该患者获得的生物流体样品，其中所述样品包含至少一种肾生物标记物；b)测量样品中包含至少一种肾生物标记物值的患者值；和(3)基于所述患者值，预测患者的肾恢复概率。在一个实施方案中，预测的肾恢复在距急性肾损伤发作的至少60日内发生。在一个实施方案中，样品在距肾损伤发作的至少14日内获得。在一个实施方案中，样品在距肾损伤发作的I日内获得。在一个实施方案中，预测包括使患者值与阈值相关联。在一个实施方案中，预测性阈值包括尿透明质酸值。在一个实施方案中，尿透明质酸预测性阈值是大约12μ g/mg肌酸酐。在一个实施方案中，尿透明质酸值的预测性阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC ROC)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括透明质酸值和至少一种临床指标值。在一个实施方案中，尿透明质酸值和至少一种临床指标值的预测性阈值包括至少0.75的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括尿转化生长因子β 值。在一个实施方案中，尿转化生长因子β 值的预测性阈值是大约274pg/mg肌酸酐。在一个实施方案中，转化生长因子β I值的预测性阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括尿转化生长因子β I值和至少一种临床指标值。在一个实施方案中，尿转化生长因子β I和至少一种临床指标值的预测性阈值包括至少0.74的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括尿死亡受体5值。在一个实施方案中，尿死亡受体5值的预测性阈值是大约2.7ng/mg肌酸酐。在一个实施方案中，尿死亡受体5值的预测性阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括尿死亡受体5值和临床指标值。在一个实施方案中，尿死亡受体5值和所述至少一种临床指标值的预测性阈值包括至少0.76的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，这种预测性阈值包括至少一种临床指标值。在一个实施方案中，这种临床指标值选自年龄、SOFA评分、查尔森合并症指数或APACHE II评分。在一个实施方案中，至少一种临床指标值包括至少0.71的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，患者值包括至少两种临床指标值。在一个实施方案中，至少两种临床指标值包括至少0.74的联合接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。在一个实施方案中，至少两种临床指标值包括年龄和查尔森合并症指数。
在一个实施方案中，本发明构思一种用于评价肾状态的方法，所述肾状态确定受试者的风险分级，所述方法包括:a)提供；i)显示急性肾损伤的至少一种症状的患者；ii)从该患者获得的生物流体样品，其中所述样品包含至少一种肾生物标记物山)测量样品中包含至少一种肾生物标记物值的患者值；并且c)使所述患者值与阈生物标记物值相关联，其中确定风险分级。在一个实施方案中，这种相关联还确定正向肾生物标记物值。在一个实施方案中，这种相关联还确定负向肾生物标记物值。在一个实施方案中，患者值包括透明质酸值和至少一种临床指标值。在一个实施方案中，患者值包括转化生长因子β 值。在一个实施方案中，患者值包括死亡受体5值。在一个实施方案中，患者值还包括至少一种临床指标值。在一个实施方案中，样品在距急性肾损伤发作的至少14日内获得。在一个实施方案中，风险分级包括修正(modified)的风险、损伤、衰竭、丧失(RIFLE)标准,所述标准选自包含I期、II期或III期的组。在一个实施方案中，I期包括风险类别。在一个实施方案中，II期包括损伤类别。在一个实施方案中，III期包括衰竭类别。在一个实施方案中，风险分级包括分配肾恢复可能性。在一个实施方案中，肾恢复可能性包括具有高于大约0.70的阈值的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)的生物标记物值。在一个实施方案中，风险分级包括分配肾不恢复可能性。在一个实施方案中，肾不恢复可能性包括具有低于大约0.70的阈值的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)的所述生物标记物值。在一个实施方案中，风险分级包括确定患者临床转归风险。在一个实施方案中，临床转归风险包括肾功能改善。在一个实施方案中，临床转归风险包括降低的肾功能。在一个实施方案中，降低的肾功能包括肾损伤。在一个实施方案中，肾损伤是进行性的。在一个实施方案中，临床转归风险包括丧失类别。在一个实施方案中，临床转归风险包括终末期肾衰竭类别。在一个实施方案中，临床转归风险发生的可能性与患者的接受者操作特征曲线下面积(AUC ROC)值相关。在一个实施方案中，丧失类别的可能性在大约0.5-0.3之间的AUC ROC值内增加。在一个实施方案中，丧失类别的可能性在0.5的AUC ROC值以上减少。在一个实施方案中，终末期肾衰竭类别的可能性在0.3的AUC ROC值以下增加。在一个实施方案中，终末期肾衰竭类别的可能性在大约0.3的AUC ROC值以上减少。在一个实施方案中，风险分级包括确定肾功能未来降低的受试者风险。在一个实施方案中，受试者未来肾功能降低的风险在AUCROC值0.5以下增加。在一个实施方案中，受试者未来肾功能降低的风险在AUC ROC值0.5以上减少。在一个实施方案中，未来降低的肾功能可能在体液样品从受试者获得的时间的180日内发生。在一个实施方案中，未来降低的肾功能可能在选自18个月、120日、90日、60曰、45日、30日、21日、14日、7日、5日、96小时、72小时、48小时、36小时、24小时、12小时或更短的时间段内发生。在一个实施方案中，降低的肾功能在体液样品从受试者获得的时间O小时处发生，从而提供当前状况的诊断。在一个实施方案中，本发明构思一种方法，所述方法包括:a)提供受试者，所述受试者包含至少一种先前存在的肾病风险因子；和《基于至少一种先前存在的肾病风险因子，选择所述受试者用于风险分级。在一个实施方案中，先前存在的风险因子包含肾生物标记物。在一个实施方案中，肾生物标记物选自尿透明质酸、尿转化生长因子I β或尿死亡受体5。在一个实施方案中，风险分级包括修正的风险、损伤、衰竭、丧失(RIFLE)标准，所述标准选自包含I期、II期、或III期的组。在一个实施方案中，I期包括风险类别。在一个实施方案中，II期包括损伤类别。在一个实施方案中，III期包括衰竭类别。在一个实施方案中，风险分级包括衰竭类别。在一个实施方案中，风险分级包括终末期肾病类别。在一个实施方案中，风险类别包括大约0.6-0.7之间的AUC ROC值。在一个实施方案中，损伤类别包括大约0.5-0.6之间的AUC ROC值。在一个实施方案中，衰竭类别包括大约0.4-0.5之间的AUC ROC值。在一个实施方案中，丧失类别包括大约0.3-0.4之间的AUC ROC值。在一个实施方案中，终末期肾病类别包括低于0.3的AUC ROC值。在一个实施方案中，肾病选自肾前性疾病、内在性肾病或肾后性急性肾衰竭疾病。在一个实施方案中，受试者进一步包含至少一种医学状况，所述医学状况选自正在接受或已经接受过大血管手术、冠状动脉搭桥或其他心脏手术；受试者患有先前存在的充血性心力衰竭、先兆子痫、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉病、蛋白尿、肾功能不全、低于正常范围的肾小球滤过、肝硬化、高于正常范围的血清肌酸酐或败血症。在一个实施方案中，受试者进一步包含暴露于至少一种化合物，所述化合物选自非留体抗炎药、环孢菌素、他克莫司、氨基糖苷类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线性造影剂或链佐星。在一个实施方案中，基于对选自肾功能、肾功能降低或急性肾衰竭的损伤的现有诊断，就风险分级选择所述受试者。在一个实施方案中，本发明构思一种用于诊断受试者中肾损伤的方法。在一个实施方案中，该方法还包括评价肾状态以评估受试是不是已经患有肾功能损伤、降低的肾功能或ARF。在这些实施方案中，分析量值(例如，HA、DR5、和TGFP I的测量浓度)与肾状态变化的出现或不出现相关。在一个实施方案中，诊断方法包括诊断肾功能损伤的出现或不出现。在一个实施方案中，分析量值与这种损伤的出现或不出现相关联。在一个实施方案中，诊断方法包括诊断肾功能降低的出现或不出现。在一个实施方案中，分析量值与造成肾功能降低的损伤出现或不出现相关。在一个实施方案中，诊断方法包括诊断ARF的出现或不出现。在一个实施方案中，分析量值与造成ARF的损伤出现或不出现相关联。在一个实施方案中，诊断方法包括诊断受试者为需要肾替代疗法。在一个实施方案中，分析量值与需要肾替代疗法相关联。在一个实施方案中，诊断方法包括诊断受试者为需要肾移植。在一个实施方案中，分析量值与需要肾移植相关联。在一个实施方案中，测量浓度的每一个可以与阈值比较。在一个实施方案中，测量的浓度可以各自与阈值比较，其中鉴定到“正向肾损伤标记物”，或“负向肾损伤标记物”。在一个实施方案中，本发明构思一种包括监测受试者中肾状态的方法。在一个实施方案中，这种监测与受试者中肾状态变化的出现或不出现相关联。在一个实施方案中，肾状态降低。在一个实施方案中，受试者正患有肾功能损伤。在一个实施方案中，受试者正患有急性肾衰竭。在一个实施方案中，受试者因预先存在一种或多种已知的肾前性、内在性肾或肾后性ARF风险因子而存在肾功能损伤的风险。在一个实施方案中，测量的浓度可以与阈值比较。在一个实施方案中，测量的浓度可以各自与阈值比较，其中鉴定到“正向肾损伤标记物”，或“负向肾损伤标记物”。在一个实施方案中，本发明构思一种用于对受试者中的肾损伤分类的方法。在一个实施方案中，这种方法包括评价受试者中的肾状态。在一个实施方案中，肾状态决定选自肾前性损伤、内在性肾损伤或肾后性损伤的肾损伤。在一个实施方案中，肾状态决定选自急性肾小管损伤、急性肾小球肾炎、急性肾小管间质性肾炎、急性血管性肾病或浸润疾病的肾损伤。在一个实施方案中，肾状态赋予受试者将进展至特定RIFLE期的可能性。在一个实施方案中，分析量值(例如，HA、DR5和TGFii I的测量浓度)。在一个实施方案中，测量的浓度与特定的损伤分级和/或损伤子分类相关。在一个实施方案中，测量的浓度可以与阈值比较。在一个实施方案中，测量的浓度高于阈值，其中分配特定的分级。在一个实施方案中，测量的浓度低于阈值，其中可以分配不同的分级。在一个实施方案中，本发明构思一种方法，所述方法包括a)提供；i)患者，其中所述患者显示急性肾损伤；ii)源自该患者的至少两份尿样；b)检测到尿样中持续性升高的的透明质酸；c)预测该患者需要长期透析。在一个实施方案中，样品在因严重肾损伤后启动替换疗法后的第I和第14日收集。在一个实施方案中，该方法还包括诊断患有慢性肾脏疾病的患者。在一个实施方案中，诊断在肾损伤后至少60日。在一个实施方案中，该方法还包括将患者纳入慢性肾脏疾病预防计划。在一个实施方案中，本发明构思一种方法，所述方法包括a)提供；i)患者，其中所述患者显示急性肾损伤，其中所述患者存在形成慢性肾脏疾病的风险；ii)源自该患者的至少两份尿样山)检测到尿样中持续性升高的的透明质酸；c)治疗该患者以防止慢性肾脏疾病。在一个实施方案中，治疗在肾脏疾病后第14日启动。在一个实施方案中，本发明构思一种方法，所述方法包括a)提供；i)已经患有急性肾损伤的患者；ii)从患者获得多个尿透明质酸水平和肌酸酐水平，其中所述水平随时间推移获得山)构建尿透明质酸水平的时间过程，其中将时间过程针对尿肌酸酐水平归一化；和C)预测慢性肾脏疾病形成。在一个实施方案中，其中预测包括长期肾替代疗法(即，例如，透析)。定义
如本文所用，“肾功能损伤”是肾功能计量的骤然(即，例如，在14日内、优选地在7日内、更优选地在72小时内并且仍更优选地在48小时内)可测量降低。可以例如通过肾小球滤过率(GFR)或估计的GFR(eGFR)下降、尿排出量减少、血清肌酸酐增加、血清半胱氨酸蛋白酶抑制物C增、需要肾替代疗法(即，例如，透析)等鉴定这种肾功能损伤。如本文所用，“肾功能改善”是肾功能计量的骤然(即，例如，在14日内、优选地在7日内、更优选地在72小时内并且仍更优选地在48小时内)可测量增加。用于测量和/或估计GFR的优选方法在下文描述。如本文所用，“降低的肾功能”是肾功能的骤然(SM列如，在14日内、优选地在7日内、更优选地在72小时内并且仍更优选地在48小时内)降低，所述突然降低由血清肌酸酐绝对增大于或等于0.lmg/dL(彡8.8 μ mol/L)、血清肌酸酐增加百分比大于或等于20%(距基线1.2倍)或尿排出量减少(记录的小于每小时0.5mL/kg的少尿症)确定。如本文所用，“急性肾衰竭”或“ARF”是肾功能的骤然(即，例如，在14日内、优选地在7日内、更优选地在72小时内并且仍更优选地在48小时内)降低，所述突然降低由血清肌酸酐绝对增加大于或等于0.3mg/dl (彡26.4 μ mol/1)、血清肌酸酐增加百分比大于或等于50%(距基线1.5倍)或尿排出量减少(记录的小于每小时0.5mL/kg的少尿症，持续至少6小时)确定。此术语与“急性肾损伤”或“AKI”同义。如本文所用，术语“使信号与分析物的存在或量相关”指使用以已知浓度的目的分析物所计算的标准曲线进行的分析测量。技术人员将理解，从某种测定法获得的信号经常是例如在一种或多种抗体和靶生物分子(即，例如，分析物)和/或含有与例如抗体结合的表位的多肽之间所形成的复合物的直接结果。尽管此类测定法可以检测全长生物标记物并且分析结果可以表述为目的生物标记物的浓度，但是来自测定法的信号实际上是样品中存在的全部这类“免疫反应性”多肽的结果。当本术语在本文使用时，如果某种测定法可以产生表示有生理意义浓度的分析物存在或其量的可检测信号，将这种测定法“设置成检测”这种分析物。例如，抗体表位通常为8个氨基酸级别，从而免疫测定法可以设置成检测目的标记物，所述免疫测定法也将检测与这种标记物序列结合的多肽，只要这些多肽含有与这种测定法中所用的抗体或多种抗结合必需的表位。如本文所用，术语“相关的标记物”是相对于生物标记物如本文所述的肾生物标记物(即，例如，肾损伤标记物)之一而言的。相关的标记物也可以指具体标记物或其生物合成亲本的一个或多个片段、变体等，它们可以作为标记物本身的替代物或作为独立生物标记物被检测到。该术语也指生物学样品中存在的一种或多种多肽，所述多肽源自与额外种类(如结合蛋白、受体、肝素、脂类、糖等)复合的生物标记物前体。如本文所用，术语“受试者”或“患者”指人或非人生物。因此，本文所述的方法和组合物同等地适用于人类和兽类疾病。另外，尽管受试者或患者优选地是活生物，但是本文所述的发明也可以用于死后分析。优选的受试者或患者是人，如本文所用，所述人指因疾病或病状而接受医疗护理的活人。
如本文所用，术语“分析物”指任何测量的化合物或分子。优选地，测量样品(即，例如，体液样品)中的分析物。这种样品可以从受试者或患者获得或可以从意在向受试者或患者提供的生物材料获得。例如，样品可以从就可能移植入受试者而受到评价的肾获得，从而分析物量值可以用来评价肾的事先存在的损伤。如本文所用，术语“体液样品”指出于目的受试者(如患者或移植供体)的诊断、预后、分级或评价目的所获得的体液的任何样品。在某些实施方案中，可以出于以下目的获得这种样品:确定持续存在的医学状况的转归或治疗方案对医学状况的影响。优选的体液样品包括但不限于血清、血浆、脑脊液、尿、唾液、痰或胸腔积液。此外，某些体液样品可以在分级或纯化过程(例如将全血分离成血清或血浆组分)后更容易地进行分析。如本文所用，术语“诊断”指一种方法，其中训练有素的医疗人员可以借以所述方法估计和/或确定患者是不是患有给定疾病或病状的概率(即，例如，可能性)。在本发明的情况下，“诊断”包括使针对本发明肾生物标记物的测定法(即，例如，免疫测定法)的结果，任选地连同他临床指标相关联，以确定样品从中获得并且验定的受试者或患者出现或不出现急性肾损伤或急性肾衰竭。这种诊断是“确定”不暗示这种诊断是100%精确的。因此，例如，低于预定诊断 阈值的所测量的生物标记物水平可以指示疾病在受试者中发生的较大可能性，而高于预定诊断阈值的所测量的生物标记物水平可以指示相同疾病发生的较小可能性。如本文所用，术语“预后”指特定临床转归将发生的概率(即，例如，可能性)。例如，预后指示物的水平或其水平的变化(其转而与增加的病态概率(例如，肾功能恶化、未来的ARF或死亡)相关)称作“表示患者中增加的不利转归可能性”。如本文所用，术语“RIFLE”标准指对肾状态的任何定量性临床评价，其用来基于急性肾损伤(AKI)的统一定义，建立风险、损伤、衰竭、丧失和终末期肾病的肾分级。Kellum，Crit.Care Med.36: S141-45 (2008);和 Ricci 等人，Kidney Int.73，538-546 (2008)，每篇文献因而通过引用方式完整地并入。如本文所用，术语“修正的RIFLE标准”提供替代性分类用于将AKI患者分层，并且可以包括I期、II期和/或III期。Mehta等人，Crit.Carel1:R31 (2007)，因而通过引用方式完整地并入。如本文所用，术语“I期”指包括RIFLE风险类别的风险分级，以血清肌酸酐增加多于或等于0.3mg/dL(^26.4ymol/L)和/或距基线增加多于或等于150%(1.5倍)为特征。可选地，该类别可以由每小时尿排出量小于0.5mL/kg持续超过6小时来定义。如本文所用，术语“II期”指包括RIFLE损伤类别的风险分级，以血清肌酸酐距基线增加超过200%(>2倍)为特征。可选地,该类别可以由每小时尿排出量小于0.5mL/kg持续超过12小时来定义。如本文所用，术语“III期”指包括RIFLE衰竭类别的风险分级，以血清肌酸酐距基线增加超过300% (>3倍)和/或血清肌酸酐彡354 μ mol/L伴随急性增加至少44 μ mol/L为特征。可选地，该类别可以由每小时尿排出量小于0.3mL/kg持续24小时或无尿12小时来定义。如本文所用，术语“风险类别”指RIFLE分级，其中就血清肌酸酐而言，意指距基线至少1.5倍的任何增加，或尿产生量〈0.5mL/kg体重/hr持续大约6小时。
如本文所用，术语“损伤类别”指RIFLE分级，其中就血清肌酸酐而言，意指距基线至少2.0倍的任何增加，或尿产生量〈0.5ml/kg/hr持续12小时。如本文所用，术语“衰竭类别”指RIFLE分级，其中就血清肌酸酐而言，意指距基线至少3.0倍的任何增加，或尿肌酸酐>355 μ mol/Ι (同时增量>44)或尿排出量低于0.3ml/kg/hr持续24小时或无尿至少12小时。如本文所用，术语“丧失类别”指临床转归风险和/或RIFLE分级，其中临床转归风险以持续需要肾替代疗法多于4周为特征。如本文所用，术语“终末期肾病类别”或“ESRD类别”指以需要透析多于3个月为特征的临床转归风险和/或RIFLE分级。如本文所用，术语“临床转归风险”指涉及肾恢复或肾不恢复的医学预后。如本文所用，术语“肾生物标记物”指与慢性肾脏疾病进展性形成相关的任何生物学化合物。具体而言，肾生物标记物可以是肾损伤标记物。例如，肾生物标记物可以包括透明质酸、死亡受体5、转化生长因子β I或它们的代谢物和/或衍生物的任一种。如本文中使用时，术语“正向生物标记物”指经确定在患有疾病或病状的受试者中与未患有这种疾病或病状的受试者相比升高的任何生物标记物。如本文中使用时，术语“负向生物标记物”指经确定在患有疾病或病状的受试者中与未患有这种疾病或病状的受试者相比降低的任何生物标记物。如本文所用，术语“正向肾生物标记物值”指相对于测量的生物标记物浓度低于指定阈值时所分配的可能性，当测量的生物标记物浓度高于指定阈值时，分配受试者的任何增加的遭受未来肾功能损伤的可能性(即，例如，增加的概率)。可选地，相对于测量的生物标记物浓度高于指定阈值时所分配的可能性，当测量的生物标记物浓度低于指定阈值时，可以将增加的不发生肾功能损伤的可能性赋予受试者。可选地，当测量的生物标记物浓度低于该阈值时，可以将肾功能改善赋予受试者。正向肾损伤标记物可以包括但是不限于以下一种或多种增加的可能性:急性肾损伤、AKI恶化期进展、死亡、需要肾替代疗法、需要排出肾毒素、终末期肾病、心力衰竭、中风、心肌梗死、慢性肾脏疾病进展等。如本文所用，术语“负向肾生物标记物值”指相对于测量的生物标记物浓度高于阈值时所赋予的可能性，当测量的生物标记物浓度低于指定阈值时，赋予受试者的任何增加的遭受未来肾功能损伤的可能性(即，例如，增加的概率)。可选地，相对于测量的生物标记物浓度低于阈值时所赋予的可能性，当测量的生物标记物浓度高于指定阈值时，可以将增加的不发生肾功能损伤的可能性赋予受试者。可选地，当测量的生物标记物浓度高于该阈值时，可以将肾功能改善赋予受试者。负向肾损伤标记物可以包括但是不限于以下一种或多种增加的可能性:急性肾损伤、AKI恶化期进展、死亡、需要肾替代疗法、需要排出肾毒素、终末期肾病、心力衰竭、中风、心肌梗死、慢性肾脏疾病进展等。如本文所用的术语“先前存在的”和“预先存在”意指从受试者获得体液样品时存在的任何风险因子(即，例如，肾生物标记物)。如本文所用，术语“预测”指形成预后和/或分级风险指派的方法，其中受过医学训练的人分析生物标记物信息并且任选地采用相关的临床指标和/或人口统计的信息分析。如本文所用，术语“急性肾病/衰竭/损伤”指肾功能在数小时至数日内的任何进展性恶化，导致含氮废物(如尿素氮)和肌酸酐在血液中滞留。这些物质的滞留也可以称作氮质血症。引自:Current Medical Diagnosis&Treatment2008,第47版，McGraw Hill, NewYork,第785-815页，所述文献通过引用的方式完整并入本文。如本文所用，术语“慢性肾病/衰竭/损伤”指一种医学状况，其中示例性症状可以包括但不限于高磷血症(即，例如，>4.6mg/dl)或低肾小球滤过率(S卩，例如，每1.73m2体表面<90ml/分钟)。然而，许多CKD患者可以具有正常的血清磷酸盐水平合并肾小球滤过率持久降低3个或更多个月，或正常的GFR合并结构性肾畸形的持久证据。在一些情况下，将诊断患有慢性肾脏疾病的患者进行血液透析以维持正常的血液稳态(即，例如，脲或磷酸盐水平)。可选地，“慢性肾脏疾病”指一种医学状况，其中患者存在i)每1.73m2体表面<60mi/分钟的GFR持久降低持续3个或更多个月；或ii)在没有GFR降低的情况下结构性或功能性肾功能异常。肾的结构或解剖异常可以定义为，但不限于持续性微量蛋白尿或蛋白尿或血尿或存在肾囊肿。慢性肾衰竭(慢性肾脏疾病)也可以因肾功能异常丧失数月至数年而引起。引自:Current Medical Diagnosis&Treatment2008,第 47 版，McGrawHill1New York,第785-815页，所述文献通过引用的方式完整并入本文。如本文所用，术语“约” 在任何分析量值的情境下指给定量值的+/_5%。如本文所用，术语“无症状的”指不患有肾病和/或损伤的患者和/或受试者，其中肾病和/或损伤症状可以包括，但不限于，具有降低的肾小球滤过率(即，例如，在每1.73m2体表面大约70-89ml/分钟之间)持续少于3个月。如本文所用，术语“肾小球滤过率”指能够确定肾功能的任何量值。通常，正常的肾小球滤过率在每1.73m2体表面大约120-90ml/分钟之间。当时肾小球滤过率小于每1.73m2体表面90ml/分钟时，假定肾功能受损。当时肾小球滤过率下降低于每1.73m2体表面大约30ml/分钟时，很可能是肾衰竭。当时肾小球滤过率下降低于每1.73m2体表面大约15ml/分时，经常开始透析。如本文所用，术语“肾衰竭”指肾移除废物并浓缩尿而不丢失电解质的能力的任何急性、突然和/或慢性丧失。如本文所用，术语“生物学样品”指源自活生物的任何物质。例如，样品可以源自血液作为尿样、血清样品、血浆样品和或全血样品。可选地，样品可以源自(例如通过活组织检查)收集的组织。这种组织样品可以例如包括肾组织、血管组织和/或心脏组织。生物学样品也可以包含体液，其包括但不限于尿、唾液或汗。如本文所用，术语“试剂”指用来产生化学反应从而检测、测量、产生等其他物质的任何物质。如本文所用的术语“抗体”指能够特异性结合抗原或表位的任何肽或多肽或其片段，所述肽或多肽源自一个免疫球蛋白基因或多个免疫球蛋白基因、以其为模型或基本上由其编码。见，例如，引自!Fundamental Immunology,第 3 版，W.Ε.Paul 编著，Raven Press,N.Y.(1993) ;Wilson 等人，J.1mmunol.Methodsl75:267-273 (1994);和 Yarmush 等人，J.Biochem.Biophys.Methods25:85-97 (1992)。术语抗体包括但不限于抗原结合部分，即由保留结合抗原能力的片段、子序列和/或互补性决定区(CDR)例举的“抗原结合位点”，其包括但不限于:(i)Fab片段，一种包含VL、VH、CL或CH1结构域的单价片段；(ii)F(ab’)2片段，一种包含由二硫键在铰链区连接的两个Fab片段的双价片段；(iii)包含V1^P Chi结构域的Fd片段；(iv)包含抗体单臂的\和Vh结构域的Fv片段；(V)包含Vh结构域的dAb片段(Ward等人，Nature341:544-546 (1989));或(vi)分离的互补性决定区(CDR)。通过提到术语“抗体”，也包括单链抗体。如本文所用，术语“表位”指能够与抗特异性结合的任何抗原决定簇。表位通常显示化学活跃的表面分子如氨基酸或糖侧链并且通常具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。可以区分构象型和非构象型表位，在于变性溶剂存在的情况下，与前者的结合可能丧失，而与后者的结合作用可以不丧失。如本文所用，在提到生物标记物的用途，术语“相关联”指将患者中任何生物标记物的存在和/或量与所述生物标记物在已知患有给定病状或已知存在这种病状风险的人中或在已知不存在给定病状的人中的存在和/或量比较。经常，这种采取将生物标记物浓度形式的分析结果与预定阈值比较的形式，其中选择所述预定阈值以指示疾病的发生或不发生或未来某种转归的可能性。附图简述
图1提出示例性数据，其显示针对表现急性肾损伤的患者中的尿肌酸酐尿归一化的透明质酸排泄量。样品在因严重急性肾损伤而启动替代疗法后1-14日之间(即，D1、D7和D14)取得。所示数据代表在肾损伤后28日正在恢复或不恢复的患者中的数据(分别是R28 和 NR28)。图2提出示例性数据，其显示在D1、D7和/或D14从肾损伤后28日正在恢复或不恢复的患者中取得的尿样之间的绝对差值(分别是R28和NR28)。图3提出示例性数据，其显示在D1、D7和/或D14从肾损伤后60日正在恢复或不恢复的患者中取得的尿样之间的绝对差值(分别是R60和NR60)。图4提出示例性数据，其显示在D1、D7和/或D14从肾损伤后28日正在恢复或不恢复的患者中取得的尿样之间的相对差值(分别是R28和NR28)。图5提出示例性数据，其显示在D1、D7和/或D14从肾损伤后60日正在恢复或不恢复的患者中取得的尿样之间的相对差值(分别是R60和NR60)。图6提出示例性数据，其显示当HA排泄在Dl和D14之间持续性升高时，预测性透析在肾损伤后60日的患者中的高灵敏度。图7提出示例性数据，其显示在AKI发作后前21日期间尿TGF-β I/肌酸酐比数据。在第7日和第14日上，在不恢复的患者中比率显著较高。本发明的具体实施方案本发明涉及肾脏疾病的预防和治疗领域。可以根据长期透析的需要或期望调整肾脏疾病的治疗。例如，可以通过监测与慢性肾脏疾病的发展相关的尿生物标记物确定长期透析治疗的预后。例如，测量透明质酸、死亡受体5和/或转化生长因子β I的大约14日标准时间过程可以用来建立患者已经患有急性肾损伤时恢复与不恢复的风险。本领域迫切需要的是，如果可以根据长期预后调整治疗AKI并预防CKD的研究努力，则可能实施更有效的临床策略。使用这种方法，可以向被预测无法恢复肾功能的患者选择性地提供激进疗法。相反，具有有利预后的患者将免于激进介入治疗及其潜在副作用。本文中提出的多种实施方案已经解决本领域中的多种问题，所述问题此前阻碍临床医生精确预测哪些患者将从肾病和/或损伤中恢复以及哪些患者将无法恢复的能力。
1.肾损伤和/或疾病肾负责水和溶质从身体中排泄。它的功能包括维持酸碱平衡、调节电解质浓度、控制血液容积和调节血压。就这一点而论，肾功能因损伤和/或疾病的丧失导致严重的发病和死亡。肾损伤的详细讨论在 Harrison’s Principles of Internal Medicine,第 17 版，McGraw Hill, New York，第741-1830页中提供，所述文献因而通过引用的方式完整并入。肾位于腹侧(脊柱任一侧处的上腹部后背)。它们存在腹内深处并受脊柱、下肋骨护架和背部强壮肌肉保护。这个位置保护肾免遭许多外力影响。它们受到良好衬垫，原因在于肾是具有大量血管的器官，这意味它们具有巨大的血液供应量。如果损伤发生，严重出血可以出现。肾可以因供应或流出肾的血管的损伤受损。这种损伤可以是以下形式:动脉瘤、动静脉瘘、动脉阻塞或肾静脉血栓形成。出血的程度取决于损伤的位置和程度。如果肾在中心受损(在内侧)，它们也可以大量出血-这是致命性损伤。幸运地是，由钝伤引起的大部分肾损伤在外周发生，仅造成肾淤紫(通常是一个自限性过程)。存在未诊断的肾病状如错构瘤(良性肿瘤)、输尿管肾盂连接处梗阻(先天性或获得性UPJ梗阻)和其他病症一的人易感发生肾损伤并且如这些损伤发生，则更可能具有严重的并发症。肾损伤和出血的其他原因是医疗过程。肾活组织检查样品、肾造瘘管放置或其他手术可能造成动脉和静脉之间的异常连接(动静脉瘘)。这通常是个自限性问题，但是通常需要密切结果。肾损伤也可以破坏尿路，造成尿从肾中泄漏。每只肾每天过滤约1700升血液并且每天将流体和废物浓缩成约I升尿。因为这一点，肾比几乎任何其他器官接受身体内更多的有毒质暴露。因此，它们因有毒质而高度易发生损伤。无痛性肾病是最常见类型的肾中毒性损伤之一。暴露于铅、清洁产品、溶剂、燃料或其他肾毒性化学品(可能对肾有毒的那些化学品)可能损伤肾。身体废物(如尿酸(其可以伴随痛风或伴随治疗骨髓、淋巴结，或其他病症出现))的过多积累也可以损伤肾。由药物的免疫反应引起的炎症(刺激，伴随肿胀和存在外部免疫细胞)、感染或其他病症也可以损伤肾的结构，通常造成多种类型的肾小球肾炎或急性肾小管坏死(组织死亡)。自身免疫紊乱也可以损伤肾。肾的损伤可以导致伴有最小症状或无症状的短期损伤。或者，它可以因出血和相关的休克而是致命的，或它可以导致急性肾衰竭或慢性肾衰竭。输尿管损伤(从肾至膀胱携带尿的管道的损伤)也可以由创伤(钝伤或穿透伤)、来自医疗过程的并发症和腹膜后腔中的其他疾病如腹膜后纤维化(RPF)、腹膜后肉瘤或转移性淋巴结阳性癌引起。医学疗法(如0B/GYN手术、先前放疗或化疗和既往腹盆腔手术)增加输尿管损伤的风险。A.急性肾衰竭急性(突发)肾衰竭是肾移除废物并浓缩尿而不丢失电解质的能力的突然丧失。存在肾损伤的许多可能原因，它们包括但不限于血流量下降(这可以随创伤引起的极低血压发生)、手术、严重疾病、脓毒性休克、出血、烧伤或脱水、急性肾小管坏死(ATN)、直接损伤肾的感染如急性肾盂肾炎或败血症、尿路梗阻(梗阻性尿路病)、自身免疫肾脏如间质性肾炎或急性肾病综合征、造成肾小血管内凝血的病症、特发性血栓性血小板减少性紫癜(ITTP)、输血反应、恶性高血压、硬皮病、溶血尿毒综合征、分娩病症如出血性胎盘剥离或前置胎盘。
急性肾衰竭的症状可以包括但不限于:尿量下降(少尿症)、排尿停止(无尿)、夜尿频多、踝、足和腿肿胀、全身浮肿、流体滞留、感觉减退、尤其在手掌和脚掌、食欲下降、口中味觉障碍、持续呃逆、精神状态或情绪变化、激动、嗜睡、倦怠、谵妄或意识模糊、昏迷、情绪变化、注意力不集中、幻觉、运动迟缓、呆滞、发作、手颤栗(震颤)、恶心或呕吐(可以持续数日)、易于淤紫、出血时间延长、鼻出血、血便、胁腹痛(在肋和髋之间)、乏力、呼气异味或高血压。急性肾衰竭(ARF)也可以称作急性肾损伤(AKI)并且可以以肾小球滤过率(GFR)骤降(即，例如，一般在约48小时至I周内地检测到)为特征。这种过滤能力丧失导致正常情况下由肾排泄的含氮废物(脲和肌酸酐)和非含氮废物滞留、排尿量下降或这两种情况。据报道ARF卷入约5%的入院、4-15%的心肺转流术和至多到30%的重症监护。ARF可以按因果关系归类为肾前性疾病、内在性肾病或肾后性疾病。内在性肾病可以进一步划分成肾小球异常、肾小管异常、间质异常和血管异常。下文总结与其相应风险因子相关描述的ARF主要病因。见，表I ;引自:Merck Manual，第17版，第222章，并且所述文献因而通过引用的方式完整并入。表1.代表性急性肾衰竭风险因子
权利要求
1.一种方法，其包括: a)提供: i)显示急性肾损伤的至少一种症状的患者；和 ii)从所述患者获得的生物流体样品，其中所述样品包含至少一种肾生物标记； b)测量患者值，所述患者值包括所述样品中所述至少一种肾生物标记值；和 c)基于所述患者值预测所述患者的所述肾恢复概率。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述预测的肾恢复概率在距所述急性肾损伤发作的至少60日内发生。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品在距所述肾损伤发作的至少14日内获得。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品在距所述肾损伤发作的I日内获得。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述预测包括使所述患者值与阈值相关联。
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述阈值包括尿透明质酸值。
7.根据权利要求5所述的方法，其中所述尿透明质酸阈值是大约12yg/mg肌酸酐。
8.根据权利要求5所述的方法，其中所述尿透明质酸值的所述阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC ROC)值。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括透明质酸值和至少一种临床指标值。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述尿透明质酸值和所述至少一种临床指标值的所述阈值包括至少0.75的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括尿转化生长因子βI值。
12.根据权利要求11所述的方法，其中所述尿转化生长因子βI值的所述阈值是大约274pg/mg肌酸酐。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述尿转化生长因子βI值的所述阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括所述尿转化生长因子βI值和至少一种临床指标值。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述尿转化生长因子βI和所述至少一种临床指标值的所述阈值包括至少0.74的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括尿死亡受体5值。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述尿死亡受体5值的所述阈值是大约2.7ng/mg肌酸酐。
18.根据权利要求16所述的方法，其中所述尿死亡受体5值的所述阈值包括至少0.70的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
19.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括所述尿死亡受体5值和临床指标值。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述尿死亡受体5值和所述至少一种临床指标值的所述阈值包括至少0.76的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
21.根据权利要求1所述的方法，其中所述阈值包括至少一种临床指标值。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述临床指标值选自年龄、SOFA评分、查尔森合并症指数和APACHE II评分。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述至少一种临床指标值包括至少0.71的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
24.根据权利要求1所述的方法，其中所述患者值包括至少两种临床指标值。
25.根据权利要求24所述的方法，其中所述至少两种临床指标值包括至少0.74的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)值。
26.根据权利要求24所述的方法，其中所述至少两种临床指标值包括年龄和查尔森合并症指数。
27.—种方法,包括: a)提供: i)显示急性肾损伤的至少一种症状的患者； )从所述患者获得的生物流体样品，其中所述样品包含至少一种肾生物标记； b)测量患者值，所述患者值包括所述样品中所述至少一种肾生物标记值；和 c)使所述患者值与阈生物标记值相关联，其中确定风险分级。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述相关联还确定正向肾生物标记值。
29.根据权利要求27所述的方法，其中所述相关联还确定负向肾生物标记值。
30.根据权利要求27所述的方法，其中所述患者值包括尿透明质酸值和至少一种临床指标值。
31.根据权利要求27所述的方法，其中所述患者值包括转化生长因子β 值。
32.根据权利要求27所述的方法，其中所述患者值包括死亡受体5值。
33.根据权利要求27所述的方法，其中所述患者值还包括至少一种临床指标值。
34.根据权利要求27所述的方法，其中所述样品在距所述急性肾损伤发作的至少14日内获得。
35.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括风险类别。
36.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括损伤类别。
37.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括衰竭类别。
38.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括分配肾恢复可能性。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述的肾恢复可能性包括具有高于大约0.70阈值的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)的所述生物标记值。
40.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括分配所述肾不恢复可能性。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述肾不恢复可能性包括具有低于大约0.70的阈值的接受者操作特征曲线下面积(AUC R0C)的所述生物标记值。
42.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括确定患者临床转归风险。
43.根据权利要求42所述的方法，其中所述临床转归风险包括肾功能改善。
44.根据权利要求42所述的方法，其中所述临床转归风险包括降低的肾功能。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述降低的肾功能包括肾损伤。
46.根据权利要求45所述的方法，其中所述肾损伤是进行性的。
47.根据权利要求42所述的方法，其中所述临床转归风险包括丧失类别。
48.根据权利要求42所述的方法，其中所述临床转归风险包括终末期肾衰竭类别。
49.根据权利要求42所述的方法，其中将所述临床转归风险发生的可能性与患者的接受者操作特征曲线下面积(AUC ROC)值相关联。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述丧失类别的所述可能性在大约0.5-0.3之间的AUC ROC值之内增加。
51.根据权利要求49所述的方法，其中所述丧失类别的所述可能性在0.5的AUC ROC值以上减少。
52.根据权利要求49所述的方法，其中所述终末期肾衰竭类别的所述可能性在0.3的AUC ROC值以下增加。
53.根据权利要求49所述的方法，其中所述终末期肾衰竭类别的所述可能性在大约0.3的AUC ROC值以上减少。
54.根据权利要求27所述的方法，其中所述风险分级包括确定肾功能未来降低的受试者风险。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述受试者未来肾功能降低的风险在AUCROC值0.5以下增加。
56.根据权利要求54所述的方法，其中所述受试者未来肾功能降低的风险在AUCROC值0.5以上减少。
57.根据权利要求54所述的方法，其中所述未来肾功能降低的可能在体液样品从受试者获得的时间的180日内发生。
58.根据权利要求54所述的方法，其中所述未来肾功能降低的可能在选自18个月、120曰、90日、60日、45日、30日、21日、14日、7日、5日、96小时、72小时、48小时、36小时、24小时、12小时和更短的时间段内发生。
59.根据权利要求54所述的方法，其中所述肾功能降低在所述体液样品从所述受试者获得的时间O小时处发生，从而提供当前状况的诊断。
60.—种方法,包括: a)提供受试者，所述受试者包含至少一种先前存在的肾病风险因子；和 b)基于所述至少一种先前存在的肾病风险因子，选择所述受试者用于风险分级。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述先前存在的风险因子包含肾生物标记。
62.根据权利要求61所述的方法，其中所述肾生物标记选自尿透明质酸、尿转化生长因子I β和尿死亡受体5。
63.根据权利要求61所述的方法，其中所述风险分级包括风险类别。
64.根据权利要求61所述的方法，其中所述风险分级包括损伤类别。
65.根据权利要 求61所述的方法，其中所述风险分级包括衰竭类别。
66.根据权利要求61所述的方法，其中所述风险分级包括丧失类别。
67.根据权利要求61所述的方法，其中所述风险分级包括终末期肾病类别。
68.根据权利要求63所述的方法，其中所述风险类别包括大约0.6-0.7之间的AUC ROC值。
69.根据权利要求64所述的方法，其中所述损伤类别包括大约0.5-0.6之间的AUC ROC值。
70.根据权利要求65所述的方法，其中所述衰竭类别包括大约0.4-0.5之间的AUC ROC值。
71.根据权利要求66所述的方法，其中所述丧失类别包括大约0.3-0.4之间的AUC ROC值。
72.根据权利要求67所述的方法，其中所述终末期肾病类别包括低于0.3的AUC ROC值。
73.根据权利要求60所述的方法，其中所述肾病选自肾前性疾病、内在性肾病和肾后性急性肾衰竭疾病。
74.根据权利要求60所述的方法，其中所述受试者进一步包含至少一种医学状况，所述医学状况选自正在接受或已经接受过大血管手术、冠状动脉搭桥或其他心脏手术；受试者患有先前存在的充血性心力衰竭、先兆子痫、子痫、糖尿病、高血压、冠状动脉病、蛋白尿、肾功能不全、低于正常范围的肾小球滤过、肝硬化、高于正常范围的血清肌酸酐和败血症。
75.根据权利要求60所述的方法，其中所述受试者进一步包含暴露于至少一种化合物，所述化合物选自非留体抗炎药、环孢菌素、他克莫司、氨基糖苷类、膦甲酸、乙二醇、血红蛋白、肌红蛋白、异环磷酰胺、重金属、甲氨蝶呤、不透射线性造影剂或链佐星。
76.根据权利要求60所述的方法，其中基于对选自肾功能、肾功能降低和急性肾衰竭的损伤的现有诊断，进一步选择所述`受试`者用于风险分级。
全文摘要
本发明涉及肾脏疾病的预防和治疗领域。可以根据长期透析的需要或期望调整肾脏疾病的治疗。例如，可以通过监测与慢性肾脏疾病的发展相关的尿生物标记物确定长期透析治疗的预后。例如，测量透明质酸、死亡受体5和/或转化生长因子β1的大约14日标准时间过程可以用来建立患者已经患有急性肾损伤时恢复与不恢复的风险。
文档编号G01N33/50GK103189745SQ201180053315
公开日2013年7月3日 申请日期2011年9月19日 优先权日2010年9月24日
发明者K·辛格巴特尔, J·A·科勒姆 申请人:匹兹堡大学高等教育联邦体系