专利名称：用于评估b细胞淋巴瘤对抗cd40抗体治疗的响应性的方法
技术领域：
一般而言，本发明涉及预测、评估、帮助评估具有B细胞淋巴瘤的或者对抗CD40抗体治疗的响应性的领域，及用于治疗鉴定为抗CD40抗体治疗候选者的个体的方法。
背景技术：
⑶40是肿瘤坏死受体超家族的I型跨膜蛋白质。⑶40是涉及B细胞增殖和分化、 免疫球蛋白同种型转换、及细胞存活力的重要分子。受体信号传导由CD40结合CD40配体 (⑶40L或⑶154)来启动，⑶40配体主要在活化的⑶4+T细胞上表达。在正常细胞上，⑶40在具有高度增殖潜力的细胞上表达，包括造血祖细胞、上皮和内皮细胞，及所有抗原呈递细胞(树突细胞、活化的B淋巴细胞、和活化的单核细胞)。CD40 在数种类型的B细胞血液学恶性肿瘤上高度表达，包括多发性骨髓瘤、非何杰金氏淋巴瘤 (NHL)、和慢性淋巴细胞性白血病(CLL)。CD40在B细胞恶性肿瘤上的高表达使之成为基于抗体的癌症疗法的诱人的潜在靶物。CD40还在大多数膀胱癌、显著比例的其它实体瘤(包括头颈癌、肾细胞癌、卵巢和肺癌)上表达。抗⑶40抗体及其用于治疗B细胞血液学恶性肿瘤的用途已有记载。参见例如美国专利 6，946，129 ；6，843，989 ；6，838，261 ；WO 2000/075348 ；US-2002-0197256 ；WO 2006/U8103 ；和WO 2007/075326。已经显示了人源化抗CD40抗体经由直接信号转导在血液学肿瘤细胞的一个子集中诱导⑶40阳性细胞的生长抑制和凋亡。WO 2006/128103 ； WO 2007/075326。另外，人源化抗⑶40抗体经免疫效应器功能杀死肿瘤细胞，包括抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和抗体依赖性细胞的吞噬(ADCP)。在体内，使用多发性骨髓瘤(MM)和非何杰金氏淋巴瘤(NHL)的异种移植物模型，抗⑶40抗体在重度联合免疫缺陷 (SCID)小鼠中遏制肿瘤生长并改善存活。在数种模型中比较抗CD40抗体与利妥昔单抗 (Genentech,Inc.)揭示了抗⑶40抗体的抗肿瘤活性至少像利妥昔单抗一样有效。启动了临床试验在具有复发性和顽固性多发性骨髓瘤(MM)、复发性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)Jg 性淋巴细胞性淋巴瘤(CLL)、或复发性弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的患者中测试人源化抗⑶40抗体。虽然已经显示了抗⑶40抗体能诱导⑶40阳性细胞的生长抑制和凋亡，而且在多种类型的B细胞淋巴瘤患者中可具有抗肿瘤活性，但是并非所有B淋巴瘤细胞都对由抗 CD40抗体介导的细胞死亡敏感。仍然需要为B细胞淋巴瘤患者对抗CD40抗体疗法的响应性鉴定一种或多种预测标志物。通过述及完整收录本文中所引用的所有参考文献(包括专利申请和出版物)。发明概述本发明提供了用于预测、评估或帮助评估具有某种类型的B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的方法和组合物。一方面，本发明提供了用于评估或帮助评估具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40 抗体治疗的响应性的方法，包括与参照水平比较来自所述受试者的B细胞淋巴瘤样品中选自下组的至少一种标志物基因的测量表达水平UAP1、BTG2、⑶40、VNN2、RGS13、⑶22、LM02、 IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本发明提供了用于在具有B细胞淋巴瘤的受试者中预测抗CD40抗体治疗的响应性或监测治疗/对抗CD40抗体治疗的响应性的方法，包括与参照水平比较来自所述受试者的B细胞淋巴瘤样品中选自下组的至少一种标志物基因的测量表达水平 UAP1、BTG2、CD40、VNN2、RGS13、CD22、LM02、IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本发明提供了用于预测、评估或帮助评估具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的方法，包括下述步骤(a)测量自所述受试者获得的包含B 淋巴瘤细胞的样品中选自下组的一种或多种标志物基因的表达水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRU UAPU PUS7、和 BCL6 ；并(b)基于来自步骤(a)的一种或多种标志物基因的测量表达水平预测所述受试者是否有可能响应抗CD40抗体治疗。在一些实施方案中，测量来自该组的至少两种、至少三种、至少四种、 至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少i^一种、至少十二种、 至少十三种、至少十四种、或十五种标志物基因的表达水平并用于预测、评估、或帮助评估。 在一些实施方案中，所述预测、评估、或帮助评估是通过与参照水平比较一种或多种标志物基因的测量表达水平来确定的。在一些实施方案中，参照水平是基于如下样品中相应标志物基因的测量表达水平而确定的值或范围，所述样品包含B淋巴瘤细胞且来自在抗CD40抗体治疗后肿瘤体积增大或缩小的受试者。在一些实施方案中，来自用于确定参照水平的受试者的样品与来自对抗CD40抗体治疗的响应性预测的受试者的样品包含相同类型的B淋巴瘤细胞。在一些实施方案中，使用基于一种或多种标志物基因的测量表达水平确定的敏感指数值来预测或评估响应性。在一些实施方案中，通过使用本文所述K-最近邻居分析 (nearest neighbors analysis)对受试者归类来预测或评估响应性。另一方面，本发明提供了用于为具有B细胞淋巴瘤的受试者制备个性化基因型序型(personalized genomics profile)的方法，包括下述步骤(a)测定自所述受试者获得的包含B淋巴瘤细胞的样品中选自下组的一种或多种标志物基因的表达水平IFITM1、 CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAP1、PUS7、和 BCL6 ； 并(b)生成总结步骤(a)中获得的一种或多种标志物基因的表达水平的报告。在一些实施方案中，测量来自该组的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、 至少八种、至少九种、至少十种、至少i^一种、至少十二种、至少十三种、至少十四种、或至少十五种标志物基因的表达水平并用于生成个性化基因组序型的报告。在一些实施方案中， 所述报告包括对所述受试者推荐抗CD40抗体治疗。在一些实施方案中，所述推荐是通过与参照水平比较标志物基因的测量表达水平而确定的。在一些实施方案中，参照水平是基于如下样品中相应标志物基因的测量表达水平而确定的值或范围，所述样品来自在抗CD40 抗体治疗后肿瘤体积增大或缩小的受试者且包含B淋巴瘤细胞。在一些实施方案中，由基于标志物基因的测量表达水平确定的敏感指数值来确定所述推荐。在一些实施方案中，通过使用本文所述K-最近邻居分析对受试者归类来确定所述推荐。另一方面，本发明提供了用于预测、评估或帮助评估具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的方法，包括下述步骤(a)测量自所述受试者获得的包含B 淋巴瘤细胞的样品中选自下组的至少两种标志物基因的表达水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAPl、PUS7、和 BCL6 ； (b)基于步骤(a)中的标志物基因的测量表达水平通过下述方程计算敏感指数值(Si)
权利要求
1.一种用于预测具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的方法，包括下述步骤(a)测量自所述受试者获得的包含B细胞淋巴瘤细胞的样品中选自下组的一种或多种标志物基因的表达水平BCL6、IFITMl、CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、 CD44、CTSC、EPDRl、UAPUP PUS7 ；并(b)使用K-最近邻居分析基于来自受试者的样品和类别已知的参照样品中一种或多种标志物基因的表达水平将受试者归为响应或不响应受试者。
2.权利要求1的方法，其中所述测量表达水平是标准化的。
3.权利要求1的方法，其中所述参照样品是自已经测试了对抗CD40抗体治疗的响应性的受试者获得的包含B淋巴瘤细胞的样品。
4.权利要求3的方法，其中所述参照样品与所述来自预测对抗CD40抗体治疗的响应性的受试者的样品包含相同类型的B淋巴瘤细胞。
5.权利要求1-4任一项的方法，其中在对受试者归类时测量并使用至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、至少i^一种、 至少十二种、至少十三种、至少十四种、或所有十五种标志物基因的表达水平。
6.权利要求5的方法，其中在对受试者归类时测量并使用BCL6、IFITM1、CD22、IGF1R、 CD44、EPDRUP UAPl 的表达水平。
7.权利要求1的方法，其中步骤(b)中对受试者归类如下进行(1)确定参数K； (2)计算来自受试者的样品中标志物基因的测量表达水平与每一参照样品中相应标志物基因的表达水平之间的差异；C3)通过选择那些来自受试者的样品和参照样品之间绝对差异加权平均值(WAAD)最小的样品来确定最近参照样品；(4)基于K最近参照样品的已知类别来确定受试者的类别。
8.权利要求7的方法，其中K-最近邻居分析中的参数K为4、5、6、7、8、9、10、11、12、或13。
9.权利要求1-8任一项的方法，其中所述抗CD40抗体治疗是用激动性抗CD40抗体进行的治疗。
10.权利要求9的方法，其中所述激动性抗⑶40抗体刺激⑶40且增强⑶40和⑶40配体之间的相互作用。
11.权利要求9的方法，其中所述激动性抗⑶40抗体包含SEQID NO :1所示重链氨基酸序列和SEQ ID NO 2所示轻链氨基酸序列。
12.权利要求9的方法，其中所述激动性抗CD40抗体刺激CD40且不增强或抑制CD40 和⑶40配体之间的相互作用。
13.权利要求1-12任一项的方法，其中所述B细胞淋巴瘤是弥漫性大B细胞淋巴瘤 (DLBCL)。
14.权利要求1-12任一项的方法，其中所述B细胞淋巴瘤是非何杰金氏淋巴瘤。
15.权利要求14的方法，其中所述非何杰金氏淋巴瘤是滤泡性淋巴瘤、套细胞性淋巴瘤、边缘区淋巴瘤、或小淋巴细胞性淋巴瘤。
16.权利要求1-15任一项的方法，其中所述样品是福尔马林固定、石蜡包埋的活检样品。
17.权利要求1-16任一项的方法，其中所述一种或多种标志物基因的表达水平是通过所述一种或多种标志物基因的RNA转录物水平测量的。
18.权利要求17的方法，其中所述RNA转录物是通过qRT-PCR测量的。
19.权利要求17的方法，其中所述RNA转录物是通过微阵列测量的。
20.权利要求1-16任一项的方法，其中所述一种或多种标志物基因的表达水平是通过所述一种或多种标志物基因的蛋白质表达水平测量的。
21.一种用于预测具有B细胞淋巴瘤的受试者对抗CD40抗体治疗的响应性的试剂盒， 包括用于测量来自受试者的包含B淋巴瘤细胞的样品中选自下组的一种或多种标志物基因的表达水平的试剂BCL6，IFITMl，CD40, RGS13, VNN2, LM02, CD79B, CD22, BTG2, IGF1R, ⑶44，CTSC，EPDRl，UAPl和PUS7，及关于使用K-最近邻居分析基于来自受试者的样品和类别已知的参照样品中所述一种或多种标志物基因的表达水平将受试者归为响应或不响应受试者的说明书。
22.权利要求21的试剂盒，其中所述试剂包括用于通过qRT-PCR检测所述一种或多种标志物基因的表达水平的至少一对引物和至少一种探针。
23.权利要求22的试剂盒，其中所述引物对和探针选自下组SEQID N0:102、103和 104 ；SEQ ID NO :108、109 和 110 ;SEQ ID NO :27、28 和 29 ;SEQ ID NO :60、61、和 62 ;SEQ ID NO :93、94、和 95 ;SEQ ID NO :24、25、和 26 ;SEQ ID NO :57、58、和 59 ;SEQ ID NO :90、91 禾口 92 ；SEQID NO :114、115、禾口 116 ；SEQ ID NO :126、127、禾口 128 ；SEQ ID NO :30、31、禾口 32 ；SEQ ID NO :63、64、禾口 65 ；SEQ ID NO :96、97、禾口 98 ；SEQID NO :12、13、禾口 14 ；SEQ ID NO :45、46、 和 47 ；SEQ ID NO :78、79、禾口 80 ；SEQ ID NO :141、142、禾口 143 ；SEQ ID NO :150、151、和 152 ； SEQ ID NO :159、160、禾口161 ;SEQ ID NO 15、16、和17 ;SEQ ID NO :48、49、和50 ;SEQ ID NO: 81、82、和 83 ;SEQ ID NO :9、10、和 11 ;SEQ ID NO :42、43、和 44 ;SEQ ID NO :75、76、和 77 ； SEQ ID NO :6、7、和 8 ;SEQ ID NO :39、40、和 41 ;SEQ ID NO :72、73、和 74 ;SEQ IDNO :174、 175、和176;SEQ ID NO :180、181、和182 ;SEQ ID NO 186、187、和188 ;SEQ ID NO :165,166, ^P 167 ；SEQ ID NO 168、169、和 170 ;SEQ ID NO :171、172、和 173 ;SEQ ID NO :21、22、和23 ； SEQID NO:54、55、和56 ;SEQ ID NO :87、88、和89 ;SEQ ID NO 129、130、和131 ;SEQ ID NO: 132、133、和 134 ;SEQ ID NO 135、136、禾口 137 ;SEQ ID NO :138、139、禾口 140 ;SEQ ID NO :147、 148、和 149;SEQ ID NO 156、157、和158 ;SEQ ID NO 177、178、和179 ;SEQ IDNO :183、184、 和 185 ；及 SEQ ID NO 189、190、和 191。
全文摘要
本发明提供了对于预测或评估具有B细胞淋巴瘤的患者对抗CD40抗体治疗的响应性有用的方法和试剂盒。
文档编号C12Q1/68GK102459639SQ201080027267
公开日2012年5月16日 申请日期2010年4月17日 优先权日2009年4月18日
发明者B.伯林顿, D.多南 申请人:健泰科生物技术公司