专利名称：检测Angelman综合征的基因芯片及使用方法、试剂盒的制作方法
技术领域：
本发明涉及一种生物技术领域的基因芯片及使用方法、试剂盒，具体涉及一种检测Angelman综合征的基因芯片及使用方法、试剂盒。
背景技术：
Angelman综合征(Angelman syndrome，AS)，又名快乐木偶综合征，是一种基因组印记性疾病，最早由Hurry Angelman在1965年报道。该病在临床上表现为复杂的多系统异常，主要I临床症状包括小头畸形、快乐木偶样的共济失调步态、癫痫、EEG异常、 过度兴奋和发作性大笑等。母源15号染色体qll-13区域的异常是导致该病发生的主要原因，目前已明确有4种分子病理机制会导致AS的发生。国外报道AS的发病率约为 2.5/100000-10/100000。目前的研究表明4种明确的机制会导致Angleman综合征的发生(1)母源染色体15qll. 2-13关键区域发生4 6Mb的大片段缺失(占患儿的70% )， UBE3A基因位于这一区域痰，因此母源UBE3A基因表达缺失；(2) 15号染色体父源单亲二体性(uniparental disomy, UPD,5% )，即患儿的两条15号染色体都来自父源，缺乏母源 15号染色体，因此缺乏母源的UBE3A基因，而父源UBE3A基因不具有表达活性；C3)印记缺损(imprinting defect, ID，5% )，母源15qll. 2_13区域呈现异常的印记状态，从而引起 UBE3A基因表达出现异常；(4)母源UBE3A基因发生突变(10% )，无法正常表达。这4种机制都会间接或直接引起UBE3A基因的低表达或不表达，从而使患者产生AS特征性的临床表现。另有约10%的AS患者其致病机制尚未明确。基于AS的发病机制不同，已建立了多种实验室诊断方法，其中MS-PCR是最主要和最常用的诊断方法。由于在AS的分子机制中，15qll_13缺失、父源单亲二倍体和印记缺陷均表现为甲基化状态的异常，涉及这3种机制的病例均可应用MS-PCR进行诊断，并且这3 种机制的病例共占AS的80%，因此可首先应用MS-PCR方法对病例进行初步诊断。此外，还可以使用FISH的方法，检出率为70%。然而尚无一种快速、低成本、大通量和自动化检测 Angelman综合征基因突变的方法。比较基因组杂交(CGH)芯片分析技术是一种突破性技术，能够支持研究人员通过微阵列准确研究与疾病有关的染色体的变化。比较基因组杂交(CGH)芯片分析的原理是在一张芯片上用两份标记不同荧光素的样品(检测样品和对照样品)同时进行杂交，从而快速而又直观地检测实验样品和对照样品之间基因组DNA的拷贝数量的差异。CGH应用于疾病遗传学的研究，可以提供一个全基因组的扫描图，提示样本DNA在整个染色体组的哪个特定位置存在扩增或缺失，那些发生扩增的区域，极有可能存在致病基因，而缺失区域即可能包含一些抑制基因。因此，需要一种新的技术方案来克服现有技术的上述缺陷和不足。
发明内容
本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供一种检测Angelman综合征的基因芯片及使用方法、试剂盒。本发明的基因芯片操作步骤简单，检测特异性高，稳定性好，时间短，成本低。本发明还提供了一种检测Angelman综合征的基因芯片的使用方法及试剂盒。本发明的目的是通过以下技术方案实现第一方面，本发明提供一种检测Angelman综合征的基因芯片，包括固相载体和固定在该固相载体上的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针为SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列。优选地，所述固相载体选自载玻片、硅片、硝酸纤维素膜、尼龙膜或聚苯乙烯。第二方面，本发明还涉及前述检测检测Angelman综合征的基因芯片的使用方法， 包括以下步骤(a)制备样品DNA片段；
(b)荧光标记上述DNA片段；(c)洗脱上述标记产物；(d)将标记产物与所述基因芯片杂交；(e)扫描检测基因芯片的杂交信号，获得结果。第三方面，本发明还涉及一种用于检测Angelman综合征的试剂盒，所述试剂盒包括权利要求1所述的基因芯片。优选地，所述试剂盒还包括标记物，所述标记物为Cy3_dUTP。优选地，该试剂盒还包括标记物，所述标记物为Cy5_dUTP。本发明具有如下的有益效果本发明的基因芯片操作步骤简单，检测特异性高，稳定性好，该芯片多次试验重复性高；时间短，从样本抽提到得到扫描结果可在一天内完成。
具体实施例方式下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解为这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等分子克隆实验室手册见New York Cold Spring Harbor Laboratory出版社1989年版中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。实施例本实施例的基因芯片由固相载体和固定在该固相载体上的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针为SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列，所述固相载体为玻片。本实施例基因芯片的固相载也可选用硝酸纤维素膜、硅片、尼龙膜或聚本乙烯。本实施例的寡核苷酸探针由安捷伦公司生产，同时本实施例的基因芯片也由安捷伦公司按照常规方法生产。本实施例基因芯片的使用方法，步骤如下(1)样品DNA片段的制备取患者、正常人血液，采用常规方法抽提全基因组DNA(gDNA)。将水浴锅温度调到371和651，溶化10\8吐作『C (见下表)，短暂涡旋震荡后离心数秒。对每个反应来说，将gDNA加入到适当的无核酸酶的PCR管中，并加入无核酸酶的水使反应体积达到10. 1 μ L0在冰上准备酶切混合母液，按顺序加入以下试剂
权利要求
1.一种检测Angelman综合征的基因芯片，包括固相载体和固定在该固相载体上的寡核苷酸探针，其特征在于，所述寡核苷酸探针为SEQ ID NO. 1 50所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的检测Angelman综合征的的基因芯片，其特征在于，所述固相载体选自载玻片、硅片、硝酸纤维素膜、尼龙膜或聚苯乙烯。
3.—种如权利要求1所述检测Angelman综合征的基因芯片的使用方法，其特征在于， 包括以下步骤(a)制备样品DNA片段；(b)荧光标记上述DNA片段；(c)洗脱上述标记产物；(d)将标记产物与所述基因芯片杂交；(e)扫描检测基因芯片的杂交信号，获得结果。
4.一种用于检测Angelman综合征的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1 所述的基因芯片。
5.根据权利要求4所述的用于检测Angelman综合征的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括标记物，所述标记物为Cy3-dUTP。
6.根据权利要求4所述的用于检测Angelman综合征的试剂盒，其特征在于，该试剂盒还包括标记物，所述标记物为Cy5-dUTP。
全文摘要
本发明涉及一种检测Angelman综合征的基因芯片及使用方法、试剂盒，所述基因芯片包括固相载体和固定在该固相载体上的探针，所述寡核苷酸探针为SEQ ID NO.1-50所示的核苷酸序列；所述使用方法包括如下步骤(a)制备样品DNA片段；(b)荧光标记上述DNA片段；(c)洗脱上述标记产物；(d)将标记产物与所述基因芯片杂交；(e)扫描检测基因芯片的杂交信号，获得结果；本发明还涉及包含前述基因芯片的试剂盒。本发明的基因芯片操作步骤简单，检测特异性高，稳定性好，从样本抽提到得到扫描结果可在一个工作日内完成，成本低，适用于临床患者基因突变检测、产前诊断和正常人杂合子携带者检测。
文档编号C12Q1/68GK102559872SQ201110410178
公开日2012年7月11日 申请日期2011年12月9日 优先权日2011年12月9日
发明者吴茜, 李笑天, 秦胜营, 贺林, 郭奇桑, 龚小会 申请人:上海交通大学, 复旦大学附属妇产科医院