1.一种基于高通量测序技术的小麦病原微生物检测方法，其特征在于：包括以下步骤，
1)提取待检小麦样品或小麦筛下物样品的基因组DNA；
2)采用真菌ITS区通用引物对步骤1)的基因组DNA进行PCR扩增建库；
3)对步骤2)的PCR扩增产物进行高通量测序；
4)将高通量测序结果根据97％以上相似性进行聚类分析，根据获得的分类单元分析取待检小麦样品或小麦筛下物样品的病原微生物群落。
2.根据权利要求1所述的小麦病原微生物检测方法，其特征在于：还包括将步骤4)分析获得的所述病原微生物群落在目或属的分类水平上，将其分为优势类群、常见类群、次常见类群和稀有类群四大类；
所述优势类群为比例大于或等于总病原微生物群落10％的真菌群落；
所述常见类群为比例大于或等于总病原微生物群落1％，并小于10％的真菌群落；
所述次常见类群为比例大于或等于总病原微生物群落0.5％，并小于1％的真菌群落；
所述稀有类群为比例小于总病原微生物群落0.5％的真菌群落。
3.根据权利要求1或2所述的小麦病原微生物检测方法在进境小麦样品检测中的应用。
4.高通量测序技术在进境澳大利亚小麦病原微生物检测中的应用，包括采用权利要求1或2所述的小麦病原微生物检测方法对进境澳大利亚小麦或其筛下物中所携带的病原微生物群落进行全面分析和检测。