用于使基因表达沉默的组合物和方法_2

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NA之外。图18C-第3引物 组,其中引物介于Hap2e基因上的dsRNA分子以外。用所有引物组的结果是一致的,并得到 类似的定性数据。5株对照植物的Hap2e表达的平均倍数变化用作参比,并按具有1的值 作图。经处理的样品分别作图,相对于对照植物的表达,计算其各自的Hap2e目标基因的倍 数变化。与对照相比,9株dsRNA处理植物中5株显示Hap2e减量调节(5/9的处理植物, 55. 5%的效率)。
[0079] 图19显示在萌发后7天,使用上述图18C的第3引物组,通过对水稻苗叶片提取 的RNA的RT-PCR检出的Hap2e (miR169目标基因)最终的源于dsRNA的表达变化。4株 对照植物Hap2e表达的平均倍数变化用作阈值参比,并按具有1的值作图。经处理的样品 分别作图,相对于对照植物的表达,计算其各自Hap2e目标基因的倍数变化。从总共16株 植物中选择6株代表性处理植物,与对照植物一起作图,其4株处理植物显示与对照相比约 50%或更高的Hap2e减量调节(4/16等于25%效率),包括1株植物中的完全沉默。
[0080] 图20显示在萌发后18天,通过对水稻苗叶片提取的RNA的RT-PCR检出的Hap2e (miR169目标基因)的源于dsRNA的减量调节。4株对照植物的Hap2e表达的平均倍数变 化用作阈值参比,并按具有1的值作图(以红色条形柱显示)。经处理的样品分别作图,相 对于对照植物的表达,计算其各自Hap2e目标基因的倍数变化。16株处理植物中11株显 示一些Hap2e减量调节(以蓝色条形柱显示),其中8株显示与对照相比超过25%的Hap2e 减量调节(8/16等于50%效率)。
[0081] 图21显示在萌发后10天对从对照和NFY dsRNA处理玉米种子中提取的RNA的 RT-PCR的结果。对对照植物中NFY目标基因的表达水平取平均,并记作"1"用于dsRNA处 理植物中观察到的比较参比。图中出现的8株处理植物中4株显示50%或更多的NFY减量 调节(4/8, 50%的效率)。
[0082] 图22显示在萌发后3周,对自对照和NFY dsRNA处理番茄种子中提取的RNA的 RT-PCR的结果。对8株对照植物(以红色显示)中NFY目标基因的表达水平取平均,并记 作"1"用于dsRNA处理植物中所观察的(以蓝色条形柱显示)的比较参比。相对于对照植 物,以23%效率¢/26)成功实现处理植物中40%或更多的减量调节。
[0083] 图23A-B显示在接种后55天对照和NFY dsRNA处理番茄植物的高度分布。图23A 表示对照植物的高度分布(蓝色条形柱),图23B显示处理植物的高度分布(黄色条形柱)。
[0084] 图24显示在接种后55天对照和NFY dsRNA处理番茄植物的主要表型差异。对照 植物见于各照片的左边,处理植物在右边。与对照植物相比,在较矮的处理植物中发育迟缓 明显。上部照片是侧面图,下部照片是同一植物的顶视图。
[0085] 图25显示在萌发后10天自对照和NAC dsRNA处理玉米种子中提取的RNA的 RT-PCR结果。对对照植物中NAC目标基因的表达水平取平均,并记作"1"用于dsRNA处理 植物中所观察的比较参比。所有14株dsRNA处理植物显示NAC基因减量调节,其中1株植 物显示基因完全沉默(#8)。
[0086] 图26A-B显示在萌发后18天,使用用随机引物(图26A)或寡dT (图26B)制备 的cDNA,对自对照和ARF-8 dsRNA处理的水稻种子中提取的RNA的RT-PCR的结果。对9-10 株对照植物中ARF-8目标基因的表达水平取平均,并记作"1"用于dsRNA处理植物所观察 的比较参比。在图26A中,4株植物显示超过26%的ARF-8基因减量调节,在图26B中,7株 植物显示超过50%的ARF-8基因减量调节。
[0087] 图27显示在处理后5天,对照(上排)和SPL17 dsRNA处理(下排)的萌发水稻 种子的根发育中无表型差异。
[0088] 图28A-B显示在萌发后5天对自对照叶片和SPL17 (miR156目标基因)dsRNA处 理水稻苗叶片中提取的RNA测试的2种不同引物组的RT-PCR结果。图28A-使用第一引 物组的RT-PCR,其中两个引物位于dsRNA分子自身内。图28B-第二引物组,其中引物位于 dsRNA分子之外的SPL17 ORF上。5株对照植物SPL17表达的平均倍数变化用作阈值参比, 并按具有1的值作图。经处理的样品分别作图,相对于对照植物表达,计算其各自的SPL17 目标基因的倍数变化。表明了引物组# 1可扩增内源序列和引入植物的dsRNA分子两者, 而引物组# 2仅可扩增内源序列。
[0089] 图29显示在萌发后14周,自对照和SPL17 (miR156目标基因)dsRNA处理水稻 植物叶片中提取的RNA的RT-PCR结果。4株对照植物SPL17表达的平均倍数变化用作阈值 参比,并按具有1的值作图。经处理的样品分别作图,相对于对照植物表达,计算其各自的 SPL17目标基因的倍数变化。观察到高达90%的SPL17基因表达减量调节。10株dsRNA处 理植物中7株显示超过65%的SPL17减量调节(7/10, 70%的效率)。
[0090] 图30A-B显示在植物中在萌发后3周和8周(分别为图30A和30B),自对照和 ARF8 (miR167目标基因)dsRNA处理番茄种子叶片中提取的RNA的RT-PCR结果。对8或 20株对照植物(分别为图30A和30)中ARF-8目标基因的表达水平取平均,并记作"1"用 于dsRNA处理植物所观察的比较参比。图30A-对每个个别的植物在萌发后3周对照(以 红色条形柱显示)和dsRNA处理(以蓝色条形柱显示)番茄植物中ARF8表达的倍数变化作 图,以表明dsRNA处理植物中ARF-8表达的大的变异。图中显示的8株处理植物中5株显 示超过40%的ARF-8减量调节(5/8,62. 5%的效率),图30B-与图30A中发芽后8周的番 茄植物相同。图中显示的9株处理植物中6株显示超过30%的ARF-8减量调节(6/9,66. 7% 的效率)。
[0091] 图31A-D显示在处理后55 (图31A)、62 (图31B)和72天(图31C),对照(蓝色 条形柱)和ARF8 dsRNA处理的(栗色条形柱)番茄植物中高度的具体分布。图31D显示 在处理后62天与处理植物相比的对照植物的平均高度。
[0092] 图32A-B显示在种子处理后55 (图32A)和72天(图32B),对照和ARF8 dsRNA 处理植物的表型差异。对照植物见于各照片的左边,处理植物见于右边。在图32A中,上部 照片是侧面图,下部照片是同一植物的顶视图。与同龄对照植物相比,处理植物较矮,分枝 较多。
[0093] 图33A-B显示在萌发后9周自对照和FW2. 2 dsRNA处理番茄植物的叶中提取的 RNA的RT-PCR结果。图33A显示对照(以红色条形柱显示)和dsRNA处理(以蓝色条形柱 显示)植物中FW2. 2表达的倍数变化,对每个个别的植物作图以表明2个植物组中FW2. 2基 因表达水平的变异。图33B显示与处理植物(蓝色条形柱)相比,对照(红色条形柱)中 FW2. 2的平均表达。与对照植物相比,处理植物中FW2. 2基因表达水平的减量调节明显。
[0094] 图34显示在处理后72天对照和FW2. 2 dsRNA处理植物之间无表型差异。对照植 物(在左边)和dsRNA处理植物(在右边)两者平均起来具有相同高度,并显示类似的物 理性质。
[0095] 图35A-B显示与对照植物(图35A)相比,自针对Delia基因处理的水稻种子生长 的水稻苗(图35B)中根系较长和较发达。
[0096] 图36A-B显示当苗在无氮生长培养基中生长时,与对照植物(图36A)相比,在自 针对NRR基因处理的水稻种子生长的水稻苗(图36B)中根系和茎轴系较长和较发达。
[0097] 图37A-C显示在萌发后18天,自对照水稻种子和用含有用于减量调节3种内源 基因 Hap2e、Delia和SQS的dsRNA分子的混合物处理的种子的叶片提取的RNA的RT-PCR 结果(使用寡dT)。每个个别基因的表达水平以8株对照植物(以红色条形柱显示)取平 均,并用作阈值参比(取1的值)用于处理植物的表达。对经处理的样品(以蓝色条形柱 显示)分别作图,相对于对照植物的表达,计算其各自的各个目标基因表达水平的倍数变 化。图37A - Hap2e基因的RT-PCR表达结果,图37B - Delia基因的RT-PCR表达结果,图 37C - SQS基因的RT-PCR表达结果。在dsRNA处理植物中所有基因的减量调节明显,其范 围为30%-100% (完全沉默)表达降低。
[0098] 图38A-D是显示荧光siRNA分子(红色,siGlo)渗透入番茄种子中的共焦图像。 细胞核用Hoechst 33342 (蓝色)染色。图38A和38C中显示用荧光siRNA处理的种子, 而图38B和38D中显示未处理对照种子。图38A-B是荧光图像,而图38C-D显示透射光图 像。在种子用终浓度为1 μΜ的SiRNA处理24小时时拍摄图像。
[0099] 图39A-D在种子处理之前(图39Α和C)和之后(图B和D)、SPL (SEQ ID NO: 126,图39A和B)和⑶S (SEQ ID NO: 21,图39C和D) dsRNA的HPLC分析的曲线图。箭头 标明 ssRNA 和 dsRNA。
[0100] 图40A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理24小时的种子萌发的17日龄番茄植 物中SPLmRNA表达的实时PCR分析的柱状图。图40A显示在用SPL (蓝色条形柱,SEQ ID NO: 126)、⑶S (红色条形柱,SEQ ID NO: 21)和 FW2. 2 (绿色条形柱,SEQ ID NO: 114) dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化。每个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表 达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的表达中位值。图40B显示图40A中所示数据 的中位值。对于相对于GUS的对照SPL表达水平的差异,p值=0. 02,和对于相对于FW2. 2 对照SPL表达水平的差异,p值=0. 07。误差条表示数据的标准差。
[0101] 图41A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理6小时的种子萌发的18日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图41A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图41B显示图41A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的 (p值=0.012)。误差条表示数据的标准差。
[0102] 图42A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理2小时的种子萌发的18日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图42A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图42B显示图42A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的 (p值=0.0015)。误差条表示数据的标准差。
[0103] 图43A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理10分钟的种子萌发的18日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图43A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图43B显示图43A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的 (p值=0.0035)。误差条表示数据的标准差。
[0104] 图44A-B是显示自浸入50 μ g/ml dsRNA溶液中的种子萌发的13日龄番茄植物 中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图44A显示在用 SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个条 形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的表 达中位值。图44B显示图44A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的(p 值=0. 017)。误差条表示数据的标准差。
[0105] 图45A-B是显示自用25 μ g/ml dsRNA处理24小时的种子萌发的17日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图45A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图45B显示图45A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的 (p值=0.049)。误差条表示数据的标准差。
[0106] 图46A-B是显示自用25 μ g/ml dsRNA处理2小时的种子萌发的18日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图46A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图46B显示图46A中所示数据的中位值。表达相对于对照组的变化是显著的 (p值=0.0062)。误差条表示数据的标准差。
[0107] 图47A-B是显示自用25 μ g/ml dsRNA处理10分钟的种子中萌发的18日龄番茄 植物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图47A显示 在用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每 个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物 的表达中位值。图47B显示图47A中所示数据的中位值。误差条表示数据的标准差。
[0108] 图48A-B是显示自用1 μ g/ml dsRNA处理24小时的种子萌发的17日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图48A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图48B显示图48A中所示数据的中位值。误差条表示数据的标准差。
[0109] 图49A-B是显示自用1 μ g/ml dsRNA处理2小时的种子萌发的18日龄番茄植物 中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图49A显示在用 SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个条 形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的表 达中位值。图49B显示图49A中所示数据的中位值。误差条表示数据的标准差。
[0110] 图50A-B是显示自用1 μ g/ml dsRNA处理10分钟的种子萌发的18日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图50A显示在 用SPL dsRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。每个 条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植物的 表达中位值。图50B显示图50A中所示数据的中位值。误差条表示数据的标准差。
[0111] 图51A-B是显示自用50 μ g/ml siRNA处理2小时的种子萌发的13日龄番茄植 物中SPL mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图40A-B中一样)。图51A显示用 SPL siRNA处理后SPL mRNA表达的倍数变化,为此⑶S siRNA处理用作对照基线。将每个 个别植物的表达值归一化至用⑶S siRNA处理的所有植物的表达中位值。图51B显示图 51A中所示数据的中位值。相对于对照组的表达变化的p值为0.12。误差条表示数据的标 准差。
[0112] 图 52 是显示处理前 FW2. 2 ssRNA/dsRNA (SEQ ID NO: 114)混合物的 HPLC 分析 的曲线图。箭头标明ssRNA和dsRNA级分。
[0113] 图53A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理24小时的种子萌发的17日龄番茄植 物中FW2. 2 mRNA表达的实时PCR分析的柱状图。图53A显示在用FW2. 2 dsRNA (SEQ ID NO: 114)处理后FW2. 2 mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA (SEQ ID NO: 21)处理用作 对照基线。每个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处 理的所有植物的表达中位值。图53B显示图53A中所示数据的中位值。FW2. 2表达相对于 对照组的变化是显著的(P值=0.024)。误差条表示数据的标准差。
[0114] 图54A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理6小时的种子萌发的18日龄番茄植 物中FW2. 2 mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图53A-B中一样)。图54A显示 在用FW2. 2 dsRNA处理后FW2. 2 mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。 每个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植 物的表达中位值。图54B显示图54A中所示数据的中位值。FW2. 2表达相对于对照组的变 化的P值为〇. 1。误差条表示数据的标准差。
[0115] 图55A-B是显示自用50 μ g/ml dsRNA处理2小时的种子萌发的18日龄番茄植 物中FW2. 2 mRNA表达的实时PCR分析的柱状图(dsRNA与图53A-B中一样)。图55A显示 在用FW2. 2 dsRNA处理后FW2. 2 mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA处理用作对照基线。 每个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植 物的表达中位值。图55B显示图55A中所示数据的中位值。FW2. 2表达相对于对照组的变 化是显著的(P值=0.049)。误差条表示数据的标准差。
[0116] 图56A-B是显示自用142 μ g/ml dsRNA处理24小时的13日龄水稻植物中DELLA mRNA表达的实时PCR分析的柱状图。图56A显示在用DELLA dsRNA (SEQ ID NO: 123)处 理后DELLA mRNA表达的倍数变化,为此⑶S dsRNA (SEQ ID NO: 21)处理用作对照基线。 每个条形柱表示1株植物。将每个个别植物的表达值归一化至用⑶S dsRNA处理的所有植 物的表达中位值。图56B显示图56A中所示数据的中位值。DELLA表达相对于对照组的变 化是显著的(P值=6.28X10,。误差条表示数据的标准差。
[0117] 图57是显示在处理后3天萌发小麦种子的图像。上一用0,1mM EDTA处理的对 照种子,中一用⑶S dsRNA (SEQ ID NO: 21)处理的对照种子,下一用PDS dsRNA (SEQ ID NO: 44和45)处理的种子。
[0118] 图58A-B是
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