Cll-1特异性的抗体的制作方法_3

文档序号:8417067阅读:来源:国知局
,即将非人CDR序列替换为人抗体中的相应序列,其可根 据以下文献中描述的方法来进行,例如,美国专利第5, 545, 806 ;5, 569, 825 ;5, 633, 425 ; 5,661,016 号;Riechmann 等,Nature 332:323-327(1988) ;Marks 等,Bio/Technology 10:779-783 (1992) ;Morrison, Nature 368:812-13 (1994) ;Fishwild 等,Nature Biotechnology 14:845-51 (1996)。如在美国专利第6, 673, 986号中所公开的,转基因小鼠 或其他生物例如其他哺乳动物,也可用于表达人源化的抗体或人抗体。
[0182] 术语"抗原"、"免疫原"、"抗体靶标"、"靶标分析物"以及类似的术语在本文中用 于指被抗体识别的,即,可被抗体特异性结合的分子、化合物或复合物。该术语可指可被抗 体特异性识别的任何分子,例如多肽、多核苷酸、碳水化合物、脂质、化学部分或其组合(例 如,磷酸化或糖基化的多肽等)。本领域技术人员将理解,该术语不表示在每一种环境中该 分子都具有免疫原性,而是简单地表示其可被抗体靶向。
[0183] 抗体与抗原上的"表位"结合。表位为抗原上的被抗体识别并结合的位点。表位 可包括一些氨基酸或一些氨基酸的一部分,例如,5个或6个或更多,例如20个或更多个氨 基酸,或这些氨基酸的一部分。在一些情况下,表位包含非蛋白质组分,例如,来自碳水化合 物、核酸或脂质。在一些情况下,表位是三维部分。因此,例如,在靶标是蛋白质的情况下, 表位可由连续的氨基酸或通过蛋白质折叠而邻近的蛋白质的不同部分组成(例如,不连续 的表位)。其他类型的形成三维结构的靶标分子亦如此。
[0184] 术语"对……具有特异性"、"特异性结合"以及相似术语是指这样的分子(例如抗 体或抗体片段),其对靶标的结合亲和力是其对非靶标化合物亲和力的至少2倍,例如至少 4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、25倍、50倍或100倍中的任意倍数。例如,特 异性结合第一抗体的抗体对第一抗体的结合亲和力通常是其对非第一抗体靶标(例如,来 自不同物种的抗体或不同同种型的抗体或非抗体靶标)的结合亲和力的至少2倍。
[0185] 术语相对于抗体靶标(例如,抗原、分析物、免疫复合物)的"结合"通常表示抗体 结合纯的群体(假定合适的摩尔比率)中的大部分抗体靶标。例如,结合指定抗体靶标的抗 体通常与溶液中至少2/3的抗体靶标结合(例如,至少75%、80%、85%、90%、91%、92%、 93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%中的任意百分比)。本领域技术人员认可, 根据确定结合的方法和/或阈值将产生一些变异性。
[0186] 术语相对于抗体的"交联"是指将抗体连接于固体基质或半固体基质(例如,琼脂 糖、珠子、培养板),或者连接于另一种蛋白质或抗体。例如,抗体可多聚化以形成具有多个 (大于2个)抗原结合位点的抗体复合物。可通过将抗体表达为高价同种型(例如,通常 分别形成2个或5个抗体的复合物的IgA或IgM)来将抗体多聚化。抗体多聚化还可通过 使用包含能够连接蛋白质的反应性基团的交联子(例如碳二亚胺、NHS酯等)来进行。用 于使抗体与基质交联的方法和组合物例如在Abcam和New England Biolab的产品目录和 网址(abeam, com和neb. com可用)中有描述。具有多个反应基团的交联子化合物在例如 Thermo Fisher Scientific的产品目录和网址(piercenet.com可用)中有描述。
[0187] 如本文所用,当相比第一抗体不存在下的第二抗体与靶标的结合,第一抗体存在 下的第二抗体与靶标的结合可检测地降低时,第一抗体或其抗原结合部分与第二抗体或其 抗原结合部分"竞争"结合靶标。可选地,所述情况可为但不一定为,其中第二抗体存在下的 第一抗体与靶标的结合也可检测地降低。换言之,第二抗体可抑制第一抗体与靶标的结合, 而第一抗体无需抑制第二抗体与靶标的结合。然而,在每种抗体都可检测地抑制另一种抗 体与其同源表位或配体的结合的情况下,无论这种抑制是相同程度、更大程度或更小程度, 即认为这两种抗体彼此"相互竞争"结合其各自的表位。竞争和相互竞争抗体都涵盖于本发 明中。术语"竞争剂"抗体可适用于第一抗体或第二抗体,其可由本领域技术人员确定。在 一些情况下,竞争剂抗体(例如第一抗体)的存在使第二抗体与靶标的结合降低至少10%, 例如至少20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%中的任意百分比或更高百分比,例如使得 第一(竞争剂)抗体的存在下的第二抗体与靶标的结合检测不到。
[0188] 术语"标记"、"可检测部分"和相似术语是指能够通过光谱学、光化学、生化、免疫 化学、化学或其他物理学方法来检测的组合物。例如,可用的标记包括荧光染料、冷光剂、放 射性同位素(例如, 32P、3H)、高电子密度试剂、酶(例如,在ELISA中常用的)、生物素、地高 辛或半抗原和蛋白质或者其他能够使得可被检测到的实体,例如通过将放射性标记掺入与 靶标分析物特异性反应的肽或抗体中。可使用任何本领域已知的用于将抗体与标记缀合 的方法,例如使用 Hermanson, Bioconjugate Techniques 1996, Academic Press, Inc. , San Diego中描述的方法。术语"标签"可与术语"标记"同义使用,但一般是指基于亲和力的部 分,例如用于纯化的"His标签"或与生物素相互作用的"链霉亲和素标签"。
[0189] "经标记"的分子(例如核酸、蛋白质或抗体)是通过连接子或化学键与标记共价 结合的分子,或通过离子力、范德华力、静电力或氢键与标记非共价结合的分子,使得可通 过检测结合于该分子的标记的存在来检测该分子的存在。
[0190] 术语"差异化表达"或"差异化调控"一般是指在一个样品中比在至少另一个样品 中过表达(上调)或低表达(下调)的蛋白质或核酸生物标记。在本公开内容的上下文中, 该术语一般指相比正常、非癌细胞,癌细胞(例如AML细胞或AML CSC)上CLL-I的过表达。
[0191] 例如,术语"过表达的"或"上调的"可互换地表示一般作为生物标记的蛋白质或 核酸的转录或翻译可检测地比对照水平高。该术语包括由于转录、转录后加工、翻译、翻译 后加工、细胞定位(例如细胞器、细胞质、细胞核、细胞表面)以及RNA和蛋白质稳定性而导 致的过表达。可使用检测生物标记的常规技术来检测过表达,无论是mRNA(即,RT-PCR、杂 交)或蛋白质(即,流式细胞术、成像、ELISA、免疫组化技术)。过表达可比正常细胞高至 少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%中的任意百分比或更高百分比。
[0192] 术语"促效剂"、"活化剂"、"诱导剂"和相似术语是指相比对照能提高活性或表达 的分子。促效剂是例如结合、刺激、提高、活化、增强活化、敏化或上调靶标活性的试剂。该 表达或活性可比对照提高至少 10 %、20 %、30 %、40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、100 % 中的任意百分比或更高百分比。在某些情况下,活化是对照的1. 5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、 10倍中的任意倍数或更高倍数。
[0193] 术语"抑制剂"、"阻遏剂"或"拮抗剂"或"下调剂"可互换地表示相比对照能引起可 检测的更低表达或活性水平的物质。该受抑制的表达或活性可为对照的10%、20%、30%、 40 %、50 %、60 %、70 %、80 %、90 %中的任意百分比或更小。在某些情况下,抑制与对照之间 的倍数为1. 5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍中的任意倍数或更高倍数。
[0194] "对照"样品或"对照"值是指为了比较测试样品而充当参照物的样品,通常是已知 的参照物。例如,测试样品可采自测试条件(例如,在存在测试化合物的情况下),并且与 来自已知条件一一例如,不存在测试化合物的情况下(阴性对照)或存在已知化合物的情 况下(阳性对照)一一的样品进行比较。在本公开内容的上下文中,阴性对照的实例为来 自已知为健康(非癌症)个体的生物样品,并且阳性对照的实例为来自已知的AML患者的 生物样品。对照还可表示由众多测试或结果收集的平均值或范围。本领域技术人员认可, 可设计对照用于评估任何数量的参数。例如,对照可设计成比较基于药学数据(例如半衰 期)或治疗性量度(例如,益处和/或副作用的比较)的治疗性益处。可设计对照用于体 外应用。本领域技术人员将理解,在给定的情况下那些对照是有价值的,并且能够基于与对 照值的比较来分析数据。对照对确定数据的显著性也是有价值的。例如,如果对照中给定 参数的值存在广泛变异,则测试样品中的变异将不被视为具有显著性。
[0195] 术语"诊断"是指对象患有诸如癌症等疾病的相对可能性。类似地,术语"预后" 是指对象中某些未来的结果可能发生的相对可能性。例如,在本公开内容的上下文中,预后 可指个体将发展癌症、具有复发的可能性,或者疾病可能的严重程度(例如,症状的严重程 度、功能下降的比率、存活等)。如医学诊断学领域技术人员将理解的,该术语不意图绝对 化。
[0196] 本文所用的"组织活检样品"或"来自患者的生物样品"是指获自患有或疑似患有 CLL-I相关疾病的患者的样品。所述样品还可为血液样品或血液级分,例如白细胞级分、血 清或血浆。在一些实施方案中,所述样品可为组织活检样品,例如针吸活组织检查样品、细 针吸活组织检查样品、手术组织活检样品等。所述样品可包括含有损伤或疑似损伤的组织 样品,尽管所述生物样品还可来源于另一部位,例如疑似转移部位、淋巴结或来自血液。在 一些情况下,生物样品还可来自损伤或疑似损伤旁边的区域。
[0197] "生物样品"可获自患者(例如组织活检)、获自动物(例如动物模型)或获自培 养的细胞(例如从患者移除并在培养物中生长用于观察的细胞系或细胞)。生物样品包括 组织和体液,例如血液、血液级分、淋巴、唾液、尿、粪便等。
[0198] 术语"治疗"、"处理"和"改善"是指在症状严重程度方面的任何减轻。在治疗癌 症(例如AML)的情况下,治疗可指例如,减小肿瘤大小、癌细胞数量、生长速率、转移活性、 减少非癌细胞的细胞死亡、减轻恶心及其他化疗或放疗的副作用等。术语"治疗"和"预 防"不意图作为绝对化的术语。治疗和预防可指发病的任何延迟、症状的改善、患者存活的 改善、存活时间或存活率的增加等。治疗和预防可为完全的(肿瘤细胞处于检测不到的水 平)或部分的,以使在患者中发现比不使用本发明的情况下将出现的肿瘤细胞更少的肿瘤 细胞。可将治疗的效果与未接受治疗的个体或个体群进行比较,或与治疗前或治疗期间的 不同时间的相同患者进行比较。在一些方面,与例如给药前的个体或与未进行治疗的对照 个体相比,疾病的严重程度减轻至少10%。在一些方面,疾病的严重程度减轻至少25%、 50 %、75 %、80 %或90 %,或在一些情况下,使用标准诊断技术再也检测不到。
[0199] 术语"有效量"、"有效剂量"、"治疗有效量"等是指足以如上文所述改善疾病的治 疗剂的量。例如,对于给定参数,治疗有效量将示出治疗效果至少5%、10%、15%、20%、 25%、40%、50%、60%、75%、80%、90%或至少100%中任意百分比的升高或降低。治疗功 效还可用"倍数"升高或降低来表示。例如,治疗有效量可比对照具有至少1. 2倍、1. 5倍、 2倍、5倍中任意倍数或更高倍数的效果。
[0200] 本文所用术语"药学可接受的"与生理学可接受的和药理学可接受的同义使用。药 物组合物一般包含用于缓冲以及在储存期间保存的试剂,并且可根据给药途径包含适于递 送的缓冲剂和载体。
[0201] 在本文中,术语"剂量(dose) "和"用量(dosage) "可互换使用。剂量是指每次给 药时向个体给予的活性成分的量。对于本发明,剂量可指抗体或相关组分的浓度,例如治疗 剂的量或放射标记的剂量。剂量将根据一些因素而变化,包括给药频率;个体尺寸和耐受 度;病况的严重程度;副作用的风险;给药途径;以及可检测部分(如果存在的话)的成像 模式。本领域技术人员认可,可根据上述因素或基于治疗进展来改变剂量。术语"剂型"是 指具体的药物形式,并且其依赖于给药途径。例如,剂型可为液体,例如注射用盐水溶液。
[0202] "对象"、"患者"、"个体"以及类似术语可互换使用,并且除非另有说明,否则都指 哺乳动物,例如人和非人灵长类,以及兔、大鼠、小鼠、山羊、猪以及其他哺乳动物物种。本术 语并非一定指对象已被诊断出患有特定的疾病,而一般是指处于医疗监测下的个体。患者 可为寻求治疗、监测、调节或改变现有治疗方案等的个体。"癌症患者"或"AML患者"可指 已被诊断出患有癌症、目前正在接受治疗方案或处于复发风险(例如在通过手术去除肿瘤 后)的个体。在一些实施方案中,癌症患者已被诊断出患有癌症,并且是治疗的候选者。癌 症患者可包括未接受治疗、目前正在接受治疗、已经进行了手术的患者,以及已经中断了治 疗的患者。
[0203] 在治疗癌症的上下文中,需要治疗的对象可指患有癌症或癌前病况、患过癌症并 处于复发的风险中、疑似患有癌症、正接受癌症标准治疗(例如放疗或化疗)等的个体。
[0204] "癌"、"肿瘤"、"转化的"以及类似术语包括癌前的、肿瘤性的、转化的和癌细胞, 并且可指实体瘤或非实体瘤(参见例如,Edge等,AJCC Cancer Staging Manual (第 7 版,2009) ;Cibas and Ducatman Cytology:Diagnostic principles and clinical correlates (第3版,2009))。癌症包括良性肿瘤和恶性肿瘤(异常生长)。"转化"是指 自发或诱导的表型变化,例如,细胞的不灭化、形态学变化、细胞生长异常、接触抑制和锚 定降低,和 / 或恶性化(参见 Freshney, Culture of Animal Cells a Manual of Basic Technique (第3版,1994))。虽然转化可起因于转化型病毒的感染和新基因组DNA的掺入 或外源DNA的摄取,但是其还可自发产生或在暴露于致癌物后产生。
[0205] 术语"癌症"可指白血病、肿瘤、肉瘤、腺癌、淋巴瘤、实体瘤和淋巴样癌症等。不 同类型的癌症实例包括但不限于急性骨髓性白血病(AML)、慢性骨髓性白血病(CML)、B 细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、小细胞淋巴瘤、大细胞淋巴瘤、单核细胞性 白血病、骨髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、多发性骨髓瘤、肺癌(例如非小细胞肺癌或 NSCLC)、卵巢癌、前列腺癌、结肠直肠癌、肝癌(即,肝癌(hepatocarcinoma))、肾癌(即,肾 细胞癌)、膀胱癌、乳腺癌、甲状腺癌、肋膜癌、胰腺癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、肛门癌、胰腺 癌、胆管癌、胃肠道类癌肿瘤、食管癌、胆囊癌、阑尾癌、小肠癌、胃(胃部)癌、中枢神经系统 的癌症、皮肤癌、绒毛膜癌;头颈癌、骨原性肉瘤、纤维肉瘤、神经母细胞瘤、胶质瘤和黑色素 瘤。
[0206] "癌症革El标"或"癌症标记"是指在癌症中(例如在癌细胞上或在癌症环境中)差异 化表达或加工的分子。示例性的癌症祀标有,细胞表面蛋白例如CLL-I (还有例如,细胞粘 着分子和受体);细胞内的受体、激素和分子,例如由细胞分泌至癌症环境中的蛋白酶。特 定癌症的标记是本领域已知的,例如,AML的⑶45、AML CSC的⑶34+⑶38-、结肠癌和结肠直 肠癌上的MUCl表达、肺癌中的蛙皮素受体以及前列腺癌上的前列腺特异性膜抗原(PSMA)。
[0207] 在一些实施方案中,癌症靶标可与某些癌细胞类型相关,例如,AML、白血病、骨髓 瘤、淋巴瘤、非小细胞肺癌细胞、前列腺癌、结肠直肠癌、乳腺癌或卵巢癌。细胞类型特异性 靶标在该细胞类型中的的表达水平通常是参照细胞群体中的至少2倍。在一些实施方案 中,细胞类型特异性标记以其参照群体中的平均表达的3、4、5、6、7、8、9、10、20、50、100或 1000倍中任意倍数的水平存在。因此,可检测或测量该靶标以将目的细胞类型与其他细胞 区分开来。例如,AML癌症靶标包括Ly86、LILRAl和CD180。
[0208] 癌干细胞(CSC)是在肿瘤和血癌中发现的可产生组成癌块的细胞。CSC还可自我 再生,与正常(非癌)干细胞相似。因此,CSC可通过转移至个体的非肿瘤组织中并起始 "新"肿瘤来介导转移。CSC根据检测到的癌症阶段占任何指定癌症的非常小的百分比。例 如,AML细胞样品中CSC的平均频率被认为是约1:10,000。造血CSC可鉴定为⑶34+,这与 正常造血干细胞(HSC)相似。
[0209] 术语"使……内化"、"内化"、"内吞"、"内吞作用"、"吞噬"以及类似术语是指由细 胞进行的物质摄取,例如,通过抗体(或受体)介导的内吞作用或吞噬作用来进行。实施例 5中ADC测定的结果指示,当前公开的CLL-I抗体可被内化。
[0210] 术语"进行移植"或"移植"是指在引入至个体或组织中后细胞存活、增殖和/或 适当定位的能力。在癌症干细胞(CSC)的情况下,该术语可指CSC重新生成肿瘤或散布至 不同部位的能力。该术语通常用于描述细胞群体在异种移植模型(例如人细胞在小鼠中的 移植)中的存活和发挥功能的能力。造血细胞的移植可按照例如W02006/047569中所描述 的来确定。肿瘤细胞的移植可按照例如Beckhove等,(2003) Int. J. Cancer 105:444中所 描述的来确定。
[0211] 术语"核酸"是指单链形式或双链形式的脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸及其聚合 物,以及其互补物。术语"多核苷酸"是指核酸的线性序列。术语"核苷酸"通常是指多核 苷酸的单一单元,即,单体。核苷酸可为天然存在的核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸,或其合 成版本或改造版本。本文涉及的多核苷酸的实施例包括单链DNA和双链DNA、单链RNA和双 链RNA (包含siRNA),以及具有单链和双链DNA和RNA的混合物的杂合分子。
[0212] 词语"互补"或"互补性"是指多核苷酸中的核酸与第二多核苷酸中的另一个核酸 形成碱基对的能力。例如,序列A-G-T与序列T-C-A是互补的。互补可为部分的,其中仅一 些核酸根据碱基配原则匹配;或者可为完全的,其中所有核酸都根据碱基配对原则匹配。
[0213] 使用核酸杂交技术的多种特异性DNA和RNA测量方法是本领域技术人员已知的 (参见Sambrook, Id.)。一些方法包括电泳分离(例如,用于检测DNA的Southern印迹和 用于检测RNA的Northern印迹),但是DNA和RNA的测量也可在不进行电泳分离的情况下 进行(例如,定量PCR、点印迹或阵列)。
[0214] 词语"蛋白质"、"肽"和"多肽"可互换使用,表示氨基酸聚合物或一系列两个或更 多个相互作用或键合的氨基酸聚合物。该术语适用于其中一个或多个氨基酸残基是相应的 天然存在氨基酸的人工化学模拟物的氨基酸聚合物,还适用于天然存在的氨基酸聚合物、 包含经改造的残基的氨基酸聚合物以及非天然存在的氨基酸聚合物。
[0215] 术语"氨基酸"是指天然存在的氨基酸、经改造的氨基酸或合成氨基酸,以及与天 然存在的氨基酸具有相似功能的氨基酸类似物和氨基酸模拟物。天然存在的氨基酸是由遗 传密码子编码的氨基酸。经改造的氨基酸包括例如羟脯氨酸、γ -羟基谷氨酸和〇-磷酸丝 氨酸。氨基酸类似物是指具有与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构的化合物,例如其 α碳原子与氢原子、羧基、氨基以及R基团结合,例如,高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、 甲硫氨酸甲基硫鑰。这样的类似物可具有经改造的R基团(例如正亮氨酸)或经改造的肽 骨架,但是保留了与天然存在的氨基酸相同的基本化学结构。氨基酸模拟物是指具有与氨 基酸的整体化学结构不同的结构,但是功能与天然存在的氨基酸相似的化合物。
[0216] 本文可通过氨基酸的公知的三字母符号或通过IUPAC-IUB生物化学命名委员会 建议的一字母符号来引用氨基酸。类似的,可通过核苷酸的普遍接受的单字母密码子来引 用核苷酸。
[0217] "保守改造的变体"适用于氨基酸序列和核酸序列。针对特定的核酸序列,保守改 造的变体是指编码相同或基本相同的氨基酸序列的那些核酸,或者在核酸不编码氨基酸序 列的情况下,是指基本相同或相关(例如天然连续的)的序列。由于遗传密码子的简并性, 许多功能相同的核酸编码大多数蛋白质。例如,密码子GCA、GCC、GCG和GCU都编码氨基 酸一一丙氨酸。因此,在丙氨酸由密码子确定的每个位置处,该密码子可改变为所述的相应 密码子的另一个而不改变所编码的多肽。这样的核酸变体是"沉默变体",其为保守改造变 体的一种。本文中的每个编码多肽的核酸序列还都描述了该核酸的沉默变体。本领域技术 人员认可,在某些情况下,可改造核酸中的每个密码子(通常作为甲硫氨酸的唯一密码子 的AUG和通常作为色氨酸的唯一密码子的TGG除外),以得到功能相同的分子。因此,编码 多肽的核酸的沉默变体隐含在针对表达产物所描述的序列中,但是不隐含在针对实际的探 针序列所描述的序列中。
[0218] 对于氨基酸序列,本领域技术人员认可,对核酸、肽、多肽或蛋白质序列进行的单 个替换、缺失或添加从而改变、添加或缺失所编码序列中的单个氨基酸或小百分比氨基酸 是"保守改造变体",其中该改变导致氨基酸被化学相似的氨基酸所替换。提供功能相似的 氨基酸的保守替换表是本领域公知的。这样的保守改造变体补充了并且不排除本发明的 多态性变体、种间同源物和等位基因。以下氨基酸对于彼此通常是保守替换的:1)丙氨酸 (A),甘氨酸(G) ;2)天冬氨酸(D),谷氨酸(E) ;3)天冬酰胺(N),谷氨酰胺(Q) ;4)精氨酸 (R),赖氨酸(K) ;5)异亮氨酸(I),亮氨酸(L),甲硫氨酸(M),缬氨酸(V) ;6)苯丙氨酸(F), 酪氨酸(Y),色氨酸(W) ;7)丝氨酸(S),苏氨酸(T);以及8)半胱氨酸(C),甲硫氨酸(M) (参见例如,Creighton, Proteins (1984))。
[0219] 在两种或更多种核酸或两种或更多种多肽的上下文中,术语"相同"或"百分比同 一性"是指如通过使用BLAST或BLAST 2. 0序列比对算法以默认参数或通过手动对齐并进 行目测所测量的,相同
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