用于检测cyp2c19基因分型的引物对、荧光探针、试剂盒及方法_2

文档序号:9745115阅读:来源:国知局
>[0029] 本发明所述试剂盒还可包括核酸DNA提取试剂。
[0030] 本发明所述DNA提取试剂可为本领域常规的用于DNA提取的试剂。优选的,所述提 取试剂按W:V比包含5~10%化elex-100,其中,本发明所述化elex-100是一种由苯乙締、二 乙締苯共聚体组成的化学馨合树脂,含有成对的亚氨基二乙酸盐离子。
[0031 ] 本发明所述试剂盒还可包括PCR反应所需的化q聚合酶、dNTP等,此外,还可包括说 明书。
[0032] 本发明还一方面提供了一种用于检测CYP2C19基因分型的PC时式剂,所述PC时式剂 包括本发明所述的引物对、巧光探针W及PCR缓冲液。
[0033] 在本发明【具体实施方式】中,所述引物对中各引物和探针在PC时式剂中的浓度为:正 向引物CYP2C19*2-F和/或正向引物CYP2C19*3-F的终浓度为0.08-0.15μΜ,反向引物 CYP2C19*2-R和/或反向引物CYP2C19*3-R的终浓度为0.72-1.5541,和/或,巧光探针 CYP2C19巧-P和/或巧光探针CYP2C19*3-P的终浓度为0.12-0.25μΜ。
[0034] 在本发明【具体实施方式】中,所述PCR试剂还可包括化q酶、dNTP等。本发明PCR试剂 中化q酶、dNTP的浓度的确定对于本领域技术人员来说可W根据所掌握的普通技术知识确 认,本发明对此不作限定。
[0035] 本发明另一方面提供了一种检测CYP2C19基因分型的方法,包括如下步骤:
[0036] (1)提供用于扩增CYP2C19*2基因的特异性引物对和/或用于扩增CYP2C19*3的特 异性引物对;
[0037] 其中,所述用于扩增CYP2C19*2基因的特异性引物对包括一条正向引物CYP2C19* 2-F和一条反向引物CYP2C19*2-R,所述正向引物CYP2C19*2-F具有序列表中SEQ ID NO: 1所 示的核巧酸序列,所述反向引物〔¥口2(:19巧-1?具有序列表中的56〇10^:2所示的核巧酸序 列;
[003引所述用于扩增CYP2C19*3基因的特异性引物对包括一条正向引物CYP2C19*3-F和 一条反向引物CYP2C19*3-R,所述正向引物CYP2C19*3-F具有序列表中SEQ ID N0:3所示的 核巧酸序列,所述反向引物〔¥口2(:19*3-1?具有序列表中的56010^:4所示的核巧酸序列;
[0039] (2)提供用于检测CYP2C19*2基因的巧光探针CYP2C19*2-P和/或用于检测 CYP2C19*3基因的巧光探针CYP2C19*3-P;
[0040] 其中,所述巧光探针〔¥口2(:19*2斗具有序列表中的569 10^):5所示的核巧酸序 列;
[0041 ] 所述巧光探针〔¥?2(:19*3斗具有序列表中的569 10^:6所示的核巧酸序列;
[0042] 所述巧光探针为在5'末端区域具有巧光基团,在3'末端区域具有泽灭基团的双标 记探针;
[0043] (3)加入待检测样品和步骤(1)所述的引物对及步骤(2)所述的巧光探针进行巧光 PCR扩增反应,对PCR产物进行烙解曲线分析,通过有无特定的烙解峰来判断样品的基因型。
[0044] 在本发明【具体实施方式】中,所述巧光PCR扩增反应的条件为:37°C1~10min,90~ 95°C3~lOmin,95°C10~20s,59~68°C40~60s,30~40个循环;所述烙解曲线分析的条件 为:95°C10s,40°Clmin,80°C10s。
[0045] 本发明所述检测CYP2C19基因分型的方法可包括疾病诊断或治疗目的,也包括非 疾病诊断或治疗目的。
[0046] 在本发明一【具体实施方式】中,所述引物对包括用于扩增CYP2C19*2基因的特异性 引物对和用于扩增CYP2C19*3的特异性引物对,所述巧光探针同时包括用于检测CYP2C19*2 基因的巧光探针CYP2C19巧-P和用于检测CYP2C19*3基因的巧光探针CYP2C19*3-P; CYP2C19 基因分型结果判定的具体方法为:
[0047] (1)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在 47.5- 52°C之间(681GG),在另一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在46-48.8°C之间 (636GG),样本基因型判断为CYP2C19*1/*1;
[004引(2)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现两个烙解峰,且Tm值分别在 47.5- 52°C之间和55.9-59.3°C之间(681GA),在另一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值 在46-48.8°C之间(636GG),样本基因型判断为CYP2C19*l/*2;
[0049] (3)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在 55.9-59.3°C之间(681AA),在另一个巧光通道出现一个烙解峰,且Tm值在46-48.8°C之间 (636GG),样本基因型判断为CYP2C19巧/*2;
[0050] (4)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在 47.5- 52°C之间(681GG),在另一个巧光通道内出现两个烙解峰,且化值分别在46-48.8°C之 间与56.8-60.3°C之间(636GA),样本基因型判断为CYP2C19*l/*3;
[0051] (5)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在 47.5- 52°C之间(681GG),在另一个巧光通道内出现一个烙解峰,且Tm值在56.8-60.3°C之间 (636AA),样本基因型判断为CYP2C19*3/*3;
[0052] (6)样本检测烙解曲线中,如果在一个巧光通道内出现两个烙解峰,且Tm值分别在 47.5- 52°C之间与55.9-59.3°C之间(681GA),在另一个巧光通道内出现两个烙解峰,Tm值分 别在46-48.8°C与56.8-60.3°C之间(636GA),样本基因型判断为CYP2C19巧/*3。
[0053] 在本发明【具体实施方式】中,在进行PCR扩增反应前还包括基因组DM的提取,所述 基因组DNA的提取样品选择全血、体液、组织样品或脱落细胞中的一种,优选为全血。
[0054] 本发明所述基因组DNA的提取的具体方法可采用化eler法、酪氯仿抽提法或磁珠 提取法中的一种或多种。
[0055] 本发明的有益效果包括W下内容:
[0056] 本发明所述检测CYP2C19基因分型的试剂盒及方法,同一突变位点的野生型及突 变型烙解峰的化差值在4°CW上,只需根据烙解峰的化值不同即可有效区分不同基因型。
[0057] 本发明所述的检测CYP2C19基因分型的试剂盒及方法,根据特异性巧光探针结合 不同PCR产物的烙解峰Tm值不同,可在单管中实现CYP2C19基因两个位点的基因分型,操作 简单、耗时短,提高了检测效率,且不需进行PCR产物的后续分析,降低了 PCR产物污染引起 的假阳性风险。
【附图说明】
[0化引图1本发明实施例1中第1个PCR管FAM通道检测结果,636GG型烙解峰,Tm为47.34 °C。
[0化9]图2本发明实施例1中第1个PCR管皿X通道检测结果,681GG型烙解峰,Tm为49.63 °C。
[0060] 图3本发明实施例1中第2个PCR管FAM通道检测结果,636GG型烙解峰,化为46.7°C。
[0061] 图4本发明实施例1中第2个PCR管皿X通道检测结果,681GA型烙解峰,Tm分别为 49.2°C 和 57.33°C。
[0062] 图5本发明实施例1中第3个PCR管FAM通道检测结果,636GG型烙解峰,化为47.2°C。
[0063] 图6本发明实施例1中第3个PCR管HEX通道检测结果,681AA型烙解峰,Tm为56.98 °C。
[0064] 图7本发明实施例1中第4个PCR管FAM通道检测结果,636GA型烙解峰,Tm分别为 46.7化和58.2。(3。
[00化]图8本发明实施例1中第4个PCR管皿X通道检测结果,681GG型烙解峰,Tm为49.62 °C。
[0066] 图9本发明实施例1中第5个PCR管FAM通道检测结果,636AA型烙解峰,Tm为57.77 °C。
当前第2页1 2 3 4 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1