与早产发生相关的mmp-8基因多态性及其检测方法
【专利摘要】本发明公开了与早产发生相关的MMP?8基因多态性及其检测方法。本发明提供了检测新生儿基因组中MMP?8基因rs11225395位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定新生儿是否为自发性早产儿中的应用。本发明研究了基因MMP?8的多态性位点(rs11225395)与早产易感性的相关性，判明T等位型和TT基因型与发生SPTB的风险降低相关，是发生SPTB的保护性基因型。与之相对应的C等位基因及CT和CC基因型的个体对早产有更高的易感性。
【专利说明】
与早产发生相关的MMP-8基因多态性及其检测方法
技术领域
[0001 ]本发明涉及生物技术领域，尤其涉及与早产发生相关的MMP-8基因多态性及其检 测方法。
【背景技术】
[0002] 早产(Preterm Birth，PTB)是导致新生儿发病和死亡的重要原因，同时也是导致 婴幼儿发生诸如脑瘫、发育迟缓、早产儿视网膜病变、慢性肺部疾病以及听觉和视觉障碍等 并发症和后遗症的重要因素。75%的新生儿发病和死亡与早产有关。每年在全球约有1500 万的早产儿，而且这个数字在不断上升。据世界卫生组织发布数据显示，2011年我国早产儿 的发病率为7.8%，有近110万的早产儿出生，出生数量仅次于印度。早产已成为一个世界性 的卫生问题。已有的流行病学研究表明早产有明显的家族聚集现象。而且早产的发病率具 有种族和民族差异，在非洲裔的美国人群中早产的发病率是欧洲白种人的两倍。上述研究 表明遗传因素在自发性早产发病中起重要作用。因此，鉴定早产的易感基因有助于预测早 产发生的个体风险和群体风险，且有助于阐明与此疾病相关的发病机制。
[0003] 金属蛋白酶8(MMP-8)又称为胶原酶2或嗜中性粒细胞胶原酶，是MMPs家族中的一 员。它可由中性粒细胞表达，也可由其它类型的细胞产生，比如：纤维母细胞、平滑肌细胞、 角膜上皮细胞、内皮细胞、软骨细胞和绒毛膜滋养层细胞。MMPs属于蛋白水解酶家族，这种 锌依赖性蛋白酶可降解组成ECM的一种或多种胶原或非胶原成分，使胎膜的机械强度降低、 宫颈扩张，还可活化多种细胞因子和抗菌多肽。因此，在炎症、宫内感染、PPR0M和PTB的发病 机制中发挥决定性的作用。有研究显示：当发生宫内感染、PPR0M和PTB时，羊水和胎膜中 MMP-8和MMP-9的浓度显著升高。因此，MMP-8基因是研究早产易感性很好的候选基因。
[0004] MMP-8基因位于llq22.2-22.3，包含12个外显子，MMP-8基因的C-799T多态性位点 位于启动子上，上游200bp有一个P53的结合位点，其多态性可以影响启动子的转录活性，从 而影响疾病的发生和转归。关于嗜中性粒细胞胶原酶MMP-8的生物学功能的研究提示，内源 性MMP-8导致的胎膜ECM的降解是SPTB和PPR0M的发病机制之一，MMP-8表达水平的升高通常 伴随着SPTB和PPR0M患病风险的增加。所以，能够影响细胞因子表达的SNPs就可以影响SPTB 和PPR0M的遗传易感性。2004年，Wang Hong yan等，选取了位于MMP-8基因启动子上的三个 SNPs位点（C-799T、A-381G和C+17G)，以非洲裔美国人的新生儿为研究对象，进行病例（168 名PPR0M新生儿)-对照（216名足月新生儿)研究。首先，他们分别单独分析了三个位点的等 位基因在病例组和对照组之间的分布频率，发现MMP-8基因三个位点的次要等位基因（-799T/-381G/+17G)在病例组的分布频率要低于对照组，主要等位基因（-799C/-381A/+17C) 在病例组的分布频率要高于对照组。然后，分别单独研究了这3个SNPs位点与PPR0M的遗传 易感性之间的关联性，结果显示它们与PPR0M的患病风险无显著的遗传学关联。接下来用这 三个SNPs构建单体型，研究等位基因的功能，发现在类绒毛膜滋养层细胞（BeWo，HTR-8/ Svneo和JEG-3)中，由次要等位基因构成的启动子片段的转录活性是主要等位基因构成的 启动子片段以及其它由1到2个次要等位基因构成的启动子片段的2-3倍。电泳迀移率实验 结果也显示:在BeWo细胞中，MMP-8基因的C-799T和A-381G多态性位点与核蛋白和寡核苷酸 的绑定方面有所不同，提示这2个SNPs的次要等位基因对转录抑制因子的亲和力较低，与转 录抑制因子的绑定减少，从而具有更高的转录活性。最后，进一步通过病例一对照研究来探 讨由上述3个SNPs的次要等位基因构建的单体型与PPR0M的遗传易感性之间的关联性，研究 结果验证了上述功能实验的结果，说明携带-799T/-381G/+17G单体型的个体发生PPR0M的 风险显著升高(OR 4.63 ;P<0.0001)，而-799C/-381A/+17C单体型可显著降低PPR0M的患病 风险，是保护性单体型(OR 0.52;P<0.0002)。也就是说，次要等位基因单体型的携带者，体 内MMP-8基因启动子片段的转录活性最高，表达的MMP-8最多，因而，也最易发生PPR0M。
【发明内容】
[0005] 本发明一个目的是提供检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsl 1225395位点的多态性或 等位基因或基因型的物质的用途。
[0006] 本发明提供的检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因 或基因型的物质在预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状中的应用；
[0007] 或本发明提供的或检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位 基因或基因型的物质在制备预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状产品中的 应用。
[0008] 本发明另一个目的是提供检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性 或等位基因或基因型的物质的用途。
[0009] 本发明提供了检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因 或基因型的物质在评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状中的应用；
[0010]或本发明提供了检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基 因或基因型的物质在制备评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状产品中的 应用。
[0011] 本发明第三个目的是提供检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态 性或等位基因或基因型的物质的用途。
[0012] 本发明提供的检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基 因或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状中的应用；
[0013] 或本发明提供的检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位 基因或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状产品中的应 用。
[0014] 上述应用中，所述rsll225395位点的基因型为CC或CT或TT;
[0015] 所述rsl 1225395位点的等位基因为C或T;所述rsl 1225395位点位于人基因组第第 11号染色体的MMP-8基因的5 '侧翼序列的启动子区第-799位。
[0016]和/或，所述MMP-8基因的核苷酸序列具体为序列1。
[0017] 本发明第四个目的是提供一种预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性 状的方法。
[0018] 本发明提供的方法，为如下A或B，
[0019] A包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT 或TT，CC基因型的待测胎儿为早产易发个体概率大于或候选大于CT基因型的待测胎儿或ττ 基因型的待测胎儿；
[0020] Β包括如下步骤:检测待测胎儿的ΜΜΡ-8基因的rsll225395位点的等位基因为C还 是T，C等位基因的待测胎儿为早产易发个体概率大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。 [0021 ]本发明第五个目的是提供一种评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险 性状的方法。
[0022]本发明提供的方法，为A或B，
[0023] A包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT 或TT，CC基因型待测胎儿发生自发性早产的风险性大于或候选大于CT基因型待测胎儿或TT 基因型待测胎儿；
[0024] B包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的等位基因为C或 T，C等位基因的待测胎儿发生自发性早产的风险性大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。
[0025] 本发明第6个目的是提供一种定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状的方 法。
[0026]本发明提供的方法，为如下A或B，
[0027] A包括如下步骤:检测待测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的基因型是 CC、CT或TT，CC基因型的待测新生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于CT基因型的待测 新生儿或TT基因型的待测新生儿；
[0028] B包括如下步骤:检测待测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的等位基因 为C或T，C等位基因的待测新生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于T等位基因的待测新 生儿。
[0029] 上述方法中，所述检测各样本基因型包括如下步骤：
[0030] A、用序列1所示的单链DNA和序列2所示的单链DNA分子组成的引物对对各样本基 因组DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；
[0031] B、以序列3所示的单链DNA分子对所述PCR扩增产物进行单碱基延伸，得到延伸产 物；
[0032] C、质谱检测所述延伸产物中的rsll225395位点的基因型或等位基因。
[0033]本发明第5个目的是提供产品A或BSC。
[0034] 本发明提供的产品A或B或C，包括检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点 的多态性或等位基因或基因型的物质；
[0035] A、鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状的产品；
[0036] B、预测或辅助预测胎儿为早产易发个体概率性状产品；
[0037] C、评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状。
[0038] 上述产品中，所述检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或基 因型的物质具体包括序列1所示的单链DNA和序列2所示的单链DNA分子组成的引物对和序 列3所示的单链DNA。
[0039] 和/或，所述产品还包括如下1)-6)至少一种条件的可读载体：
[0040] 1)ΜΜΡ-8基因的rsl 1225395位点的基因型是CC基因型的待测胎儿为早产易发个体 概率大于或候选大于CT基因型的待测胎儿或TT基因型的待测胎儿；
[0041] 2)MMP-8基因的rsl 1225395位点的等位基因为C等位基因的待测胎儿为早产易发 个体概率大于或候选大于T等位基因的待测胎儿；
[0042] 3)MMP-8基因的rsl 1225395位点的基因型是CC基因型待测胎儿发生自发性早产的 风险性大于或候选大于CT基因型待测胎儿或TT基因型待测胎儿；
[0043] 4)MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是C等位基因的待测胎儿发生自发性早 产的风险性大于或候选大于T等位基因的待测胎儿；
[0044] 5)MMP-8基因 rsll225395位点的基因型为CC基因型的待测新生儿为自发性早产儿 概率大于或候选大于CT基因型的待测新生儿或TT基因型的待测新生儿；
[0045] 6)MMP-8基因 rsl 1225395位点的等位基因为C等位基因的待测新生儿为自发性早 产儿概率大于或候选大于T等位基因的待测新生儿；
[0046] 和/或，所述产品具体为试剂盒。
[0047] 上述的应用或上述的产品中，胎儿或新生儿为中国人。
[0048] 本发明的实验证明，本发明研究了基因 MMP-8的多态性位点C-799T(rsll225395) 与早产易感性的相关性。通过基于医院的病例对照研究，进行了大量的临床和实验室实验 和大样本的统计分析，判明MMP-8基因的C-799T多态性位点的T等位基因与发生SPTB的风险 降低相关，是发生SPTB的保护性等位基因，且具有剂量效应;T等位型和TT基因型与发生 SPTB的风险降低相关，是发生SPTB的保护性基因型。与之相对应的C等位基因及CT和CC基因 型的个体对早产有更高的易感性。因此本发明鉴定了早产发生的一种新的易感基因和基因 型。
【具体实施方式】
[0049] 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
[0050] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0051 ] 实施例1、检测MMP-8基因的rsll225395位点基因型
[0052] 一、检测MMP-8基因的rsll225395位点基因型的相关引物的设计合成 [0053]使用Sequenom公司Genotyping Tools及MassARRAY Assay Design软件设计待测 SNP位点的PCR扩增引物及单碱基延伸引物，并交由生物公司合成。检测MMP-8基因的 rsll225395位点(MMP-8基因的5'侧翼序列的启动子区第799位，NG_012101.1:g.4206T>C; MMP-8基因的核苷酸序列为序列1，该位点在该序列第第1206位；）基因型的特异性引物对的 序列为:正向引物5 ' -ACGTTGGATGAGAGCTGCTGCTCCACTATG-3 '（序列表中的序列1);反向引物 5 ' -ACGTTGGATGGTTTAGAGAGACTGAGCTGG-3 '（序列表中的序列2)。用于单碱基扩增反应的延 伸引物序列为5 ' -AGACTACCATGCAGAGC-3 '（序列表中的序列3)。
[0054] 二、单碱基延伸反应检测MMP-8基因的rsll225395位点基因型 [0055] 1、基因组DNA的提取
[0056] 提取待测样品基因组DNA。
[0057] 2、单碱基延伸反应
[0058] 1)PCR 扩增
[0059] PCR扩增在384孔板中进行，每个反应体系总体积为5yL，按表1配制PCR反应体系。 [0060] 表1每个PCR反应体系的组分
[0063] 取出上述1制备好的基因组DNA样品，调整加样体积为lu 1，每个5ulPCR反应体系中 包含模板DNA20-50ng，Hotstar Tag 0.5U，每条扩增引物0.5pmol，0.1ul的25mM dNTPs。
[0064] PCR反应程序为:94°C 4分钟；94°C 20秒，56°C 30秒，72°C 1 分钟，45个循环;72°C 3分钟;4 °C保持。
[0065] 得到PCR产物。
[0066] 2)、PCR产物碱性磷酸酶处理：
[0067] 在PCR反应结束后，将上述1 )得到的PCR产物用SAP(shrimp alkaline phosphatase，4下碱性磷酸酶)处理，以去除体系中游离的dNTPs，按表2配制SAP反应体系。 [0068] 表2 SAP反应体系
[0070] 反应条件为:37 °C 40分钟;85 °C 5分钟;4 °C维持。
[0071]得到碱性磷酸酶处理后产物。
[0072] 3)单碱基延伸
[0073]在碱性磷酸酶处理结束后进行单碱基延伸反应，反应体系总体积9yL，按表3配制 单碱基延伸反应体系。
[0074]表3单碱基延伸反应体系
[0077] 反应条件为：
[0078] Ι·94Γ 30秒
[0079] II·94Γ 5秒
[0080] III · 52Γ 5秒
[0081] IV· 80Γ 5秒
[0082] V.回到111，4次循环
[0083] VI.回到II，39次循环
[0084] VII · 72Γ 3分钟
[0085] VII.4°C
[0086] 得到单碱基延伸产物。
[0087] 3、树脂纯化
[0088] 将Clean Resin树脂(美国Sequenom公司）平铺到6mg的树脂板中；加16μ1水到上述 2得到的单碱基延伸产物的对应孔内；将干燥后的树脂倒入延伸产物板中，封膜，低速垂直 旋转30分钟，使树脂与反应物充分接触;离心使树脂沉入孔底部，得到树脂纯化后的延伸产 物。
[0089] 4、质谱检测
[0090] 启动MassARRAY Nanodispenser RS1000点样仪（SEQUENOM公司），将上述3得到的 树脂纯化后的延伸产物移至384孔SpectroCHIP(Sequenom)芯片（SEQUENOM公司）上。将点样 后的SpectroCHIP芯片使用MALDI-T0F分析，检测结果使用TYPER 4.0软件（sequenom)分型 并输出结果。可以看出，MMP-8基因的rsll225395位点的基因型为CC或TT或CT。
[0091] 实施例2、MMP-8基因的多态位点rsll225395基因型与早产易感性的研究
[0092] 按照实施例1的二的方法对如下研究对象进行检测：
[0093] 1、基因组DNA的提取
[0094] 提取中国汉族人群(728例早产儿，662例足月儿)离体血清样本的基因组DNA。
[0095] 上述离体血清来自北京军区总医院附属八一儿童医院2009年2月至2011年5月和 2014年3月至2014年9月收治的新生儿。所有的个体均是居住于北京市及周边地区的血缘上 无关的中国汉族人。
[0096] 病例组为自发性早产儿，按照出生时孕周分为3组：中早产(33-36孕周，479例）；极 早产(〈32孕周，187例）；超早产(〈28孕周，61例）；
[0097] 正常对照组是随机选取的没有胎膜早破和早产史的孕母生产的单胎673例足月 儿。
[0098] 新生儿选择标准为排除患有胎儿畸形、外伤、多脏器疾病、子痫前期、宫内生长迟 缓、胎儿危象、分娩前出血或者其他临床疾病导致的早产等疾病的新生儿。每个参与者的监 护人均签署知情同意书，本研究得到中国人民解放军北京军区总医院医学伦理委员会的批 准。
[0099] 2、单碱基延伸反应
[0100] 按照实施例1的二的方法检测上述1获得的每个离体血清样本中rsll225395基因 型。
[0101] 病例组和对照组基因型分布均符合哈-温遗传平衡定律(P>0.05)，具有良好的群 体代表性。
[0102] 结果如表4所示，在所有样本中，与对照组比较，T等位基因在病例组的分布频率要 显著低于对照组(x2 = 6.64，P = 0.01，df = 1)，病例组和对照组之间CC、CT、TT基因型的分布 频率有显著性差异(％2 = 6.63，？ = 0.034，(^ = 2)。通过1^^18丨化回归分析校正母亲年龄和 胎儿性别后，我们分析共显性(CT vs.CC;TT vs.CC)遗传模式，相对于CC基因型，TT基因型 与发生SPTB的风险降低相关（0R 0.65;95%(：1，0.47-0.92;? = 0.015);分析显性（(^+17 vs . CC)遗传模式，发现相对于CC基因型来说，T等位型（CT+TT基因型）与发生SPTB的风险降 低相关(0R 〇 ·79;95%CI，0 ·63-0 ·9;Ρ = 0·027);分析隐性(TT vs ·CC+CT)遗传模式，发现相 对于C等位型（CC+CT基因型），ΤΤ基因型与SPTB的风险降低相关(01?0.72;95%(：1，0.53-0.99; Ρ = 0.044);分析超显性(CT vs. CC+TT)遗传模式，发现相对于CC+TT联合基因型，CT基 因型与SPTB的遗传易感性不相关(0R 0.91;95%(：1，0.74-1.13;? = 0.41)。用加性模式进行 T等位剂量分析，发现T等位基因递增与SPTB的风险降低相关(0R 0.81; 95%CI，0.70-0.95; P = 0.10)，说明MMP-8基因的rsll225395多态性位点的T等位基因与发生SPTB的风险降低相 关，是发生SPTB的保护性等位基因，且具有剂量效应;T等位型和TT基因型与发生SPTB的风 险降低相关，是发生SPTB的保护性基因型。
[0103] 表4为病例组和对照组MMP-8基因的rsll225395多态性位点的基因型和等位基因 频率
[0104]
[0106] 注:0R:比值比CI:置信区间ΝΑ:未计算
[0107] a OR值和Ρ值由CT基因型和CC+TT基因型比较得来
[0108] 上述结果表明，MMP-8基因的rsll225395位点的基因型或等位基因与早产发生相 关，可以用来鉴定或辅助鉴定待测新生儿为自发性早产儿概率性状;也可以预测或辅助预 测待测胎儿为早产易发个体概率性状;也可以评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的 风险；
[0109]上述鉴定或辅助鉴定待测新生儿为自发性早产儿概率性状的方法包括如下步骤： 检测待测新生儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT或TT，CC基因型的待测新 生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于CT基因型的待测新生儿或TT基因型的待测新生 儿。
[0110]或，上述鉴定或辅助鉴定待测新生儿为自发性早产儿概率性状的方法包括如下步 骤:检测待测新生儿的MMP-8基因的rsll225395位点的等位基因为C还是T，C等位基因的待 测新生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于T等位基因的待测新生儿。
[0111] 上述预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状的方法包括如下步骤:检 测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT或TT，CC基因型的待测胎儿为 早产易发个体概率大于或候选大于CT基因型的待测新生儿或TT基因型的待测胎儿。
[0112] 或上述预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状的方法包括如下步骤： 检测待测胎儿的MMP-8基因的rs 11225395位点的等位基因为C还是T，C等位基因的待测胎儿 为早产易发个体概率大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。
[0113] 上述评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状的方法包括如下步骤： 检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT或TT，CC基因型的待测胎儿 发生自发性早产风险性大于或候选大于CT基因型的待测胎儿或TT基因型的待测胎儿。
[0114] 或上述评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状的方法包括如下步 骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的等位基因为C还是T，C等位基因的待测 胎儿发生自发性早产的风险性大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。
[0115] 在检测胎儿时，可以取胎儿的脐带血或所处羊水提取基因组DNA。
【主权项】
1. 检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物质 在预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状中的应用； 或检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物质 在制备预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状产品中的应用。2. 检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物质 在评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状中的应用； 或检测胎儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物质 在制备评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状产品中的应用。3. 检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物 质在鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状中的应用； 或检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位基因或基因型的物 质在制备鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状产品中的应用。4. 根据权利要求1-3中任一所述的应用，其特征在于:所述rsll225395位点的基因型为 CC 或 CT 或 TT; 所述rsll225395位点的等位基因为C或T;所述rsll225395位点位于人基因组第第11号 染色体的MMP-8基因的5 '侧翼序列的启动子区第799位； 和/或，所述MMP-8基因的核苷酸序列具体为序列1。5. -种预测或辅助预测待测胎儿为早产易发个体概率性状的方法，为如下A或B， A包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT或TT， CC基因型的待测胎儿为早产易发个体概率大于或候选大于CT基因型的待测胎儿或TT基因 型的待测胎儿； B包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsl 1225395位点的等位基因为C还是T，C 等位基因的待测胎儿为早产易发个体概率大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。6. -种评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状的方法，为A或B， A包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC、CT或TT， CC基因型待测胎儿发生自发性早产的风险性大于或候选大于CT基因型待测胎儿或TT基因 型待测胎儿； B包括如下步骤:检测待测胎儿的MMP-8基因的rsll225395位点的等位基因为C或T，C等 位基因的待测胎儿发生自发性早产的风险性大于或候选大于T等位基因的待测胎儿。7. -种鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状的方法，为如下A或B， A包括如下步骤:检测待测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的基因型是CC、 CT或TT，CC基因型的待测新生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于CT基因型的待测新生 儿或TT基因型的待测新生儿； B包括如下步骤:检测待测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的等位基因为C 或T，C等位基因的待测新生儿为自发性早产儿概率大于或候选大于T等位基因的待测新生 儿。8. 根据权利要求5-7中任一所述的方法，其特征在于： 所述方法中，所述检测各样本基因型包括如下步骤： A、用序列1所示的单链DNA和序列2所示的单链DNA分子组成的引物对对各样本基因组 DNA进行PCR扩增，得到PCR扩增产物； B、 以序列3所示的单链DNA分子对所述PCR扩增产物进行单碱基延伸，得到延伸产物； C、 质谱检测所述延伸产物中的rsll225395位点的基因型或等位基因。9. 产品A或B或C，包括检测新生儿基因组中MMP-8基因 rsll225395位点的多态性或等位 基因或基因型的物质； A、 鉴定或辅助鉴定新生儿为自发性早产儿概率性状的产品； B、 预测或辅助预测胎儿为早产易发个体概率性状产品； C、 评估或辅助评估待测胎儿发生自发性早产的风险性状。10. 根据权利要求9所述的产品，其特征在于：所述检测新生儿基因组中MMP-8基因 rs 11225395位点的多态性或基因型的物质包括序列1所示的单链DNA和序列2所示的单链 DNA分子组成的引物对和序列3所示的单链DNA; 和/或，所述产品还包括如下1)_6)至少一种条件的可读载体： 1) ΜΜΡ-8基因的rsll225395位点的基因型是CC基因型的待测胎儿为早产易发个体概率 大于或候选大于CT基因型的待测胎儿或TT基因型的待测胎儿； 2. MMP-8基因的rsll225395位点的等位基因为C等位基因的待测胎儿为早产易发个体 概率大于或候选大于T等位基因的待测胎儿； 3. MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是CC基因型待测胎儿发生自发性早产的风险 性大于或候选大于CT基因型待测胎儿或TT基因型待测胎儿； 4. MMP-8基因的rsll225395位点的基因型是C等位基因的待测胎儿发生自发性早产的 风险性大于或候选大于T等位基因的待测胎儿； 5. MMP-8基因 rsll225395位点的基因型为CC基因型的待测新生儿为自发性早产儿概率 大于或候选大于CT基因型的待测新生儿或TT基因型的待测新生儿； 6. MMP-8基因 rsll225395位点的等位基因为C等位基因的待测新生儿为自发性早产儿 概率大于或候选大于T等位基因的待测新生儿； 和/或，所述产品具体为试剂盒。
【文档编号】C12Q1/68GK105969863SQ201610329919
【公开日】2016年9月28日
【申请日】2016年5月18日
【发明人】王艳, 封志纯, 彭薇
【申请人】中国人民解放军陆军总医院