利用引物对ahf-ahr鉴定北京泛菌的方法
【技术领域】
[0001] 本发明设及生物技术领域中利用引物对AHF-AHR鉴定北京泛菌的方法。
【背景技术】
[0002] 我国从上世纪九十年代开始杏鲍茹规模化栽培。泛菌属包括作为植物促生菌、生 防菌或植物病原菌的几个种（Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the Enterobacteriaceae,FEMS Microbiology Reviews(2015)39:968-984)。由泛菌引起的杏鲍茹细菌性软腐病是近几年在国内外杏鲍茹工厂化生产中发生的严 重病害，报道于北京地区的杏鲍茹软腐病的病原菌被鉴定及定名为北京泛菌（Pantoea beijingensis sp.nov.,isol曰ted from the fruiting body of Pleurotus eryngii.Liu et al.Antonie van Leeuwenhoek(2013)104:1039-1047)。杏鲍茹细菌性软腐病在生产车 间一旦发生，就很难控制，给杏鲍茹工厂化生产造成严重的损失。北京泛菌也是北京地区发 生的白灵茹软腐病的致病细菌（First report of Pantoea beijingensis induced soft rot disease of Pleurotus nebrodensis in China.Xu et al.Plant Disease(2014)98 (7): 1000)。北京泛菌快速诊断技术的开发，对杏鲍茹软腐病和白灵茹软腐病的有效防控具 有重要意义。
【发明内容】
[000引本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定北京泛菌（Pantoea beijingensis)。
[0004]为解决上述技术问题，本发明提供了北京泛菌特异PCR引物对。
[000引本发明所提供的北京泛菌特异PCR引物对名称为AHF-AHR，由引物AHF和引物AHR组 成;所述引物AHF为SEQIDNo.l所示的单链DNA分子;所述引物AHR为SEQIDNo.2所示的单 链DNA分子。
[0006] 本发明还提供了包括北京泛菌特异引物对AHF-AHR的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的 试剂或试剂盒。
[0007] 上述鉴定或辅助鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒还包括进行PCR反应所需的除引物 外的其它试剂。
[000引本发明还提供了北京泛菌特异引物对AHF-AHR的制备方法，鉴定或辅助鉴定北京 泛菌的试剂或试剂盒的制备方法。
[0009] 本发明所提供的北京泛菌特异引物对AHF-AHR的制备方法包括将北京泛菌特异引 物对AHF-AHR的所述两条单链DNA分子分别单独包装的步骤。
[0010] 本发明所提供的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒的制备方法，包括将北 京泛菌特异引物对AHF-AHR的所述两条单链DNA分子分别单独包装的步骤。
[00川本发明还提供了沈Q ID No.3所示的DNA分子。
[0012] SEQ ID齡.3所示的0臟分子为北京泛菌的特异0臟片段。
[0013] 北京泛菌特异引物对AHF-A皿在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用、鉴定或辅助 鉴定北京泛菌的试剂或试剂盒在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用和SEQ ID No.3所示的 DM分子在鉴定或辅助鉴定北京泛菌中的应用也属于本发明的保护范围。
[0014] 上述应用均不包括疾病的诊断方法和/或治疗方法。
[0015] 本发明还提供了鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法。
[0016] 本发明所提供的鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法，包括W待测生物样品的基因组 DNA为模板，用北京泛菌特异引物对AHF-AHR进行PCR扩增得到PCR产物，检测所述PCR产物的 大小，如果所述PCR产物含有500-700bp的DNA片段（或所述PCR产物为500-700bp的DNA片 段），所述待测生物样品为北京泛菌或含有北京泛菌，或者所述待测生物样品候选为北京泛 菌或候选含有北京泛菌;如果所述PCR产物不含有500-70化P的DNA片段(或所述PCR产物不 为500-70化P的DNA片段），所述待测生物样品不为北京泛菌或不含有北京泛菌，或者所述待 测生物样品候选不为北京泛菌或候选不含有北京泛菌。
[0017] 上述鉴定或辅助鉴定北京泛菌的方法中，所述500-700bp的DNA片段具体可为 673bp的DNA片段。
[001引实验证明，北京泛菌特异引物对AHF-AHR只在北京泛菌的基因组DNA中扩增出了特 异条带，在其它菌株中均没有得到扩增产物，北京泛菌特异引物对AHF-AHR可用于快速鉴定 北京泛菌。本发明为及早地预防和及时地切断北京泛菌引起的杏鲍茹软腐病和白灵茹软腐 病的传染源及传播途径提供了技术支持，可实现对北京泛菌引起的杏鲍茹软腐病和白灵茹 软腐病进行早期预防和控制。
【附图说明】
[0019] 图1为引物对16spl-16sp2对泛菌的PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图。其中，M: Ikb plus DNA ladder;!.北京泛菌（Pantoea beijingensis sp.nov.)JZB212000lT; 2.Pantoea gaviniae DSM22758;3.F*antoea eucalypti DSM23077;4.Pantoea anthophila DSM23080;5.化ntoea agglomerans DSM30072;6Pantoea dispersa DSM30073;7.化ntoea agglomerans JCM1236；8.Pantoea agglomerans JCM20143；9.Pantoea pleuroti sp.nov.JZB21200 I5T。
[0020] 图2为北京泛菌特异引物对AHF-AHR特异性检测泛菌的PCR扩增产物的琼脂糖凝胶 电泳图。其中，M:化 b plus DNA ladder;!.北京泛菌（Pantoea beijingensis sp.nov.) JZB2120001^；2.Pantoea gaviniae DSM22758；3.Pantoea eucalypti DSM23077； 4.Pantoea anthophila DSM23080；5.Pantoea agglomerans DSM30072；6Pantoea dispersa DSM30073；7.Pantoea agglomerans JCM1236；8.Pantoea agglomerans JCM20143;9.F*antoea pleuroti sp.nov.JZB21200 I5T。
【具体实施方式】
[0021] 下面结合【具体实施方式】对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐 明本发明，而不是为了限制本发明的范围。
[0022] 下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
[0023] 下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0024]下述实施例中的北京泛菌（Pantoea bei jingensis sp.nov. )JZB212000lT(即LMG 27579T或KCTC 32406^)(Pantoea beijingensis sp.nov., isolated from the fruiting body of Pleurotus eryngii.Liu et al.Antonie van Leeuwenhoek(2013)104:1039-1047)公众可从北京市农林科学院植物保护环境保护研究所或比利时BCCM/LMG菌种保藏中 屯、或韩国KCTC菌种保藏中屯、获得该菌株。
[00巧]下述实施例中的化ntoea pleuroti sp.nov.JZB2120015T(Pantoea pleuroti sp.nov., Isolated from the Fruiting Bodies of Pleurotus eryngii.Ma et al .Qirrent Microbiology. 19November 2015)公众可从北京市农林科学院植物保护环境 保护研究所或比利时BCCM/LMG菌种保藏中屯、或中国CGMCC菌种保藏中屯、获得