用于检测cyp2c19基因分型的引物对、荧光探针、试剂盒及方法_3

文档序号:9745115阅读:来源:国知局
>[0067] 图10本发明实施例1中第5个PCR管肥X通道检测结果,681GG型烙解峰,Tm为49.61 °C。
[006引图11本发明实施例1中第6个PCR管FAM通道检测结果,636GA型烙解峰,Tm分别为 46.86。(3和58.83。(3。
[0069] 图12本发明实施例1中第6个PCR管皿X通道检测结果,681GA型烙解峰,Tm分别为 48.7化和57.化。
[0070] 图13本发明实施例1中阳性对照管FAM通道检测结果,Tm分别为46.74°C和58.48 °C。
[0071] 图14本发明实施例1中阳性对照管HEX通道检测结果,Tm分别为48.74°C和57.45 °C。
[0072] 图15本发明实施例1中阴性对照管FAM通道检测结果,未出现任何目标烙解峰。
[0073] 图16本发明实施例1中阴性对照管HEX通道检测结果,未出现任何目标烙解峰。
[0074] 本发明中图1-16为烙解曲线图,其中,横坐标为溫度,单位为°0;纵坐标为-d (RFU)/dT,R即为原始巧光值。
【具体实施方式】
[0075] 为进一步说明本发明的技术内容、构造特征、所实现目的及效果,W下结合如下具 体实施例(但非限制)并配合附图进行说明,所述实施例阐述本发明几个优选的实施方案, 本发明的其它实施例在不背离本发明的核屯、的前提下为本领域技术人员所预见。
[0076] 实施例1 CYP2C19基因分型检测
[0077] 1.基因组DNA的提取
[0078] ①取10化全血加入2. OmL离屯、管中,向离屯、管中加入50化L灭菌双蒸水,剧烈振荡, 室溫下放置15min。
[00巧]②1300化pm离屯、3min,去上清,收集沉淀,洗涂沉淀直至无色或血色素很少。
[0080]③沉淀中加入10化L充分混匀的核酸提取液,在振荡器上反复振荡,在56°C下保溫 SOminW 上。
[0081 ] ④取出后振荡,100°C保溫8min,振荡后,13000离屯、3min,上清用于PCR扩增。
[0082] 本发明所适用的样本还可包括体液、组织样品或脱落细胞中的一种,例如血滤纸 片、带毛囊的毛发、口腔黏膜刮片或唾液样本等,血液样本于-20°CW下保存不超过一年。根 据取样方式W及被测样本的不同,对样本进行相应的预处理。
[0083] 2. CYP2C19基因分型引物和巧光探针的设计
[0084] 根据美国国立生物技术信息中屯、NCBI的化SNP数据库公开的CYP2C19基因的 CYP2C19*2(681G/A,rs4244285)和CYP2C19*3(636G/A,rs4986893)SNP位点信息,应用 Primer 5(也可采用oligo 6.0等)软件设计引物对及巧光探针,引物设计在所检测的突变 位点两端,探针覆盖突变位点。引物对和探针序列如下表1所示:
[0085] 表 1
[0086]
[0087]
[0088] 引物和探针由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。引物、探针定量后-20°C避 光保存。
[0089] 3.PCR扩增试验
[0090] PCR扩增所用的模板为携带CYP2C19*1/*1野生纯合基因型(636GG和681GG)、 CYP2C19*l/*2突变杂合基因型(636GG和681GA)、CYP2C19*2/*2突变纯合基因型(636GG和 681AA)、CYP2C19*l/*3突变杂合基因型(636GA和681GG)、CYP2C19*3/*3突变纯合基因型 (636AA和681GG)和CYP2C19*2/*3突变杂合基因型(636GA和681GA)的人基因组DNA。
[0091] PCR反应液如表2所示:
[0092] 表 2
[0093]
[0094]
[OOM]反应体系包含8个PCR反应管,PCR反应液组成如表2所示,其中各反应管中模板如 表3所示。在第1个PCR反应管中,放置有CYP2C19*1/*1野生纯合基因型(636GG和681GG);第2 个PCR反应管中,放置有CYP2C19*l/*2突变杂合基因型(636GG和681GA);第3个PCR反应管 中,放置有CYP2C19*2/*2突变纯合基因型(636GG和681AA);第4个PCR反应管中,放置有 CYP2C19*l/*3型突变杂合基因型(636GA和681GG);第5个PCR反应管中,放置有CYP2C19*3/* 3突变纯合基因型(636AA和681GG);第6个PCR反应管中,放置有CYP2C19*2/*3突变杂合基因 型(636GA和681GA);第7个PCR反应管中,放置有阳性对照品作为模板,CYP2C19*2/*3突变杂 合基因型(636GA和681GA)(为携带CYP2C19*2(681G〉A)纯合野生型基因片段的载体、携带 CYP2C19*2(681G〉A)纯合突变型基因片段的载体,W及携带CYP2C19*3(636G〉A)纯合野生型 基因片段的载体和携带CYP2C19*3(636G〉A)纯合突变型基因片段的载体的混合物);第8个 PCR反应管为NTC,W双蒸水为模板作为阴性对照。各个PCR反应管中模板浓度相同。
[0096] 表 3
[0097] _
[0098] 在Roche 480检测仪上进行扩增反应,反应程序如下:
[0099] 扩增过程:37°C5min,95°C5min;然后 95°C20s,60°Clmin 川欠集巧光),40 个循环;
[0100] 烙解曲线过程:40°C2min,40~80°C川欠集巧光),巧光通道选用FAM(465-510皿)和 肥X(533-580nm)。
[0101] 4.检测结果分析
[0102] 本实施例8个PCR反应管的烙解曲线分别参见附图1-16,结果表明,含有模板的各 反应管均出现特异性扩增,各PCR产物的化值之间均能够很好地进行区分。
[0103] 参见附图1-2,第1个PCR管在FAM通道出现Tm为47.34°C的636GG型烙解峰,在肥X通 道出现化为49.63°C的681GG型烙解峰,样本基因型判断为CYP2C19*1/*1。
[0104] 参见附图3-4,第2个PCR管在FAM通道出现Tm为46.7°C的636GG型烙解峰,在皿X通 道出现化为49.2°C和化为57.33°C的681GA型烙解峰,样本基因型判断为CYP2C19*l/*2。
[0105] 参见附图5-6,第3个PCR管在FAM通道出现Tm为47.2°C的636GG型烙解峰,在皿X通 道出现化为56.98°C的681AA型烙解峰,样本基因型判断为CYP2C19巧/*2。
[0106] 参见附图7-8,第4个PCR管在FAM通道出现Tm为46.74°C和Tm为58.2°C的636GA型烙 解峰,在肥X通道出现化为49.62°C的681GG型烙解峰,样本基因型判断为CYP2C19*l/*3。
[0107] 参见附图9-10,第5个PCR管在FAM通道出现Tm为57.77°C的636AA型烙解峰,在皿X 通道出现Tm为49. ere的681GG型烙解峰,样本基因型判断为CYP2C19*3/*3。
[0108] 参见附图11-12,第6个PCR管在FAM通道出现Tm为46.86°C和Tm为58.83°C的636GA 型烙解峰,在皿X通道出现Tm为48.74°C和Tm为57.12°C的681GA型烙解峰,样本基因型判断 为CYP2C19巧/*3。
[0109] 参见附图13-14,CYP2C19*2/*3型阳性对照管中在FAM通道出现Tm为46.74°C和Tm 为58.48°C的636GA型烙解峰,在皿X通道出现Tm为48.74°C和Tm为57.45°C的681GA型烙解 峰。
[0110] 参见附图15-16,阴性对照管在FAM通道(图15)与皿X通道(图16)均无任何烙解峰 出现。
[0111] 结果表明,反应各管中的样本基因型均能很好地进行判断,所有检测结果均与所 测样本的DNA测序结果相一致,从而验证了本方法是准确有效的。
[0112] 实施例2 CYP2C19基因分型检测验证
[0113] 利用本发明实施例1引物对及巧光探针检测477例基因样本进行验证试验,所有样 本均采用金标准测序法进行测序验证。检
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