一种胎儿染色体文库构建的试剂盒、方法及其应用_2

文档序号:9859872阅读:来源:国知局
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[0038] Primer1:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGTGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.2);
[0039] Primer2:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACATCGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.3);
[0040] Primer3:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGCCTAAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.4);
[0041 ] Primer4:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTGGTCAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-37(SEQ ID NO.5);
[0042] Primer5:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCACTGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.6);
[0043] Primer6:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATATTGGCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.7);
[0044] Primer7:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGATCTGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-37(SEQ ID NO.8);
[0045] Primer8:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCAAGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.9);
[0046] Primer9:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCTGATCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.10);
[0047] Primer10:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.11);
[0048] Primerll:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTAGCCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.12);
[0049] Primerl2:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACAAGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-S-T-31SEQ ID N0.13)。
[0050] 优选地,所述PCR扩增引物的浓度为0.02-0.5mM,例如可以是0.02mM、0.03mM、 0·04mM、0·05mM、0·06mM、0·07mM、0·08mM、0·lmM、0·15mM、0·2mM、0·25mM、0·3mM、0·35mM、 0·4mM、0·45mM或0·5mM。
[0051 ]优选地,所述纯化文库的试剂为磁珠悬浮液。
[0052]第二方面,本发明提供一种使用如第一方面所述的试剂盒用于构建胎儿染色体高 通量测序文库的方法,包括如下步骤:
[0053] 1)提取待测样本的DNA;
[0054] 2)将步骤(1)得到的DNA进行PCR构建高通量测序文库。
[0055] 优选地,所述待测样本为母体外周血、尿液、脑脊液、血清、唾液或是宫颈灌洗液中 的任意一种或至少两种的混合。
[0056] 优选地,所述待测样本的母体的孕周为12-24周,例如可以是12周、13周、14周、15 周、16周、17周、18周、19周、20周、21周、22周、23周或24周。
[0057]优选地,步骤(1)所述提取待测样本的DNA包括如下步骤:
[0058] (1)取300-500yL待测样品,加入300-600yL,优选400-550yL游离DNA提取试剂,45-65 °C,优选50-60 °C 水浴保温5-20min,优选8-15min;
[0059] (2)加入300-600yL,优选400-550yL游离DNA沉淀试剂,室温孵育l-10min,优选3-8min后转移至离心柱中;
[0060] (3)离心弃废液,加入300-600yL,优选400-550yL游离DNA漂洗试剂,离心弃废液, 重复该步骤一次;
[0061] (4)取出离心柱,转移至干净的收集管中,打开离心柱管盖,室温晾干l-10min,优 选3_8min;
[0062] (5)加入10-100yL,优选20-50yL超纯水至离心柱中,离心收集游离DNA。
[0063] 本发明中,试剂盒提取游离DNA需要的血浆样本量少,减少了孕妇外周血的采集 量,降低了成本;且本发明优化了 DNA提取过程,漂洗剂进行了改进,只需加入本发明漂洗剂 清洗两次便可,相比于现有技术中麻烦的漂洗步骤,不仅简化了漂洗步骤,而且得到的DNA 纯度更高。
[0064] 所述游离DNA提取试剂的体积例如可以是300yL、310yL、320yL、330yL、350yL、360y L、380yL、400yL、420yL、450yL、480yL、500yL、520yL、550yL、580y]^K600yL;
[0065] 所述水浴保温的温度例如可以是45°C、46°C、47 °C、48°C、49 °C、50°C、51°C、52°C、 53。(:、54。(:、55。(:、56。(:、57。(:、58。(:、59。(:、60。(:、61。(:、62。(:、63。(:、64。(:或65。(: ;
[0066] 所述水浴保温的时间例如可以是5111;[11、6111;[11、7111;[11、8111;[11、9111;[11、10111;[11、11111;[11、 12min、14min、15min、16min、17min、18min、19min或20min;
[0067] 所述游离DNA沉淀试剂的体积例如可以是300yL、310yL、320yL、330yL、350yL、360y L、380yL、400yL、420yL、450yL、480yL、500yL、520yL、550yL、580y]^K600yL ;
[0068] 所述室温孵育的时间例如可以是 lmin、2min、3min、4min、5min、6min、7min、8min、 9min或lOmin;
[0069] 所述游离DNA漂洗试剂的体积例如可以是300yL、310yL、320yL、330yL、350yL、360y L、380yL、400yL、420yL、450yL、480yL、500yL、520yL、550yL、580y]^K600yL ;
[0070] 所述室温瞭干时间例如可以是 lmin、2min、3min、4min、5min、6min、7min、8min、 9min或10min〇
[0071] 优选地,步骤(3)和步骤(5)所述离心的转速为8000-15000r/min,例如可以是 8000r/min、8100r/min、8200;r/min、8500;r/min、9000;r/min、9500;r/min、10000r/min、 11000r/min、12000r/min、13000r/min、14000r/min 或 15000r/min,优选为 1000-13000r/ min,进一步优选为 12000r/min。
[0072] 优选地,步骤(3)和步骤(5)所述离心的时间为20-120S,例如可以是20s、21s、22s、 23s、25s、26s、28s、30s、35s、40s、45s、50s、55s、60s、65s、70s、75s、80s、85s、90s、95s、100s、 105s、110s、115s、118s 或 120s,优选为 30-100s,进一步优选为 60s。
[0073] 优选地,步骤(2)所述构建高通量测序文库包括如下步骤:
[0074] (1)取5-50ng,优选10-25ng提取的游离DNA,加入l-30yL,优选5-15yL DNA末端修 复试剂进行末端修复,得到修复后DNA;
[0075] (2)加入8-35yL,优选12-25yL连接修复DNA接头,与修复后DNA进行连接;
[0076] (3)按体积比1: (0.3-5),优选1: (0.8-3)的比例加入磁珠悬浮液,充分混匀1 - lOmin,优选2-6min后置于磁力架上,待溶液澄清后,弃上清液;
[0077] (4)加入10-50yL,优选15-40yL的超纯水,放置磁力架上,溶液澄清后,取上清液转 移至干净的EP管中;
[0078] (5)加入15-60yL,优选25-45yL PCR扩增引物,进行PCR扩增,按体积比1: (0 · 3-5), 优选1:(0.8-3)的比例加入磁珠悬浮液纯化,得到最终的高通量测序文库。
[0079] 本发明中,优化了文库构建的步骤,将磁珠悬浮液的加入比例进行了优化,使得纯 化后的DNA纯度更高,且缩短了混匀的时间,简化了步骤,还降低了文库构建过程中接头自 连的残留,提高了测序文库的纯度和浓度。
[0080] 所述游离0财例如可以是5叫、6叫、7即、8叫、1〇1^、15即、20叫、25叫、3〇1^、35叫、 40ng、45ng或50ng;
[0081 ]所述 DNA 末端修复试剂例如可以是 lyL、2yL、3yL、5yL、8yL、1 OyL、12yL、15yL、18yL、 20yL、23yL、25yL、28yL或30yL;
[0082] 所述连接修复 DNA 接头例如可以是8yL、9yL、
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