一种胎儿染色体文库构建的试剂盒、方法及其应用_3

文档序号:9859872阅读:来源:国知局
10yL、IlyL、12yL、13yL、15yL、16yL、18 yL、20yL、2lyL、23yL、25yL、26yL、28yL、30yL、32yL、33yL、34yL或35yL;
[0083] 步骤(3)所述体积比例如可以是1:0·3、1:0·4、1:0·5、1 :0·6、1:0·8、1:1、1:1·2、1: 1.5、 1:1.6、1:1.8、1:2、1:2.2、1:2.5、1:2.6、1:2.8、1:3、1:3.2、1:3.5、1:3.8、1:4、1:4.2、 1:4·5、1:4·8或1:5;
[0084] 所述混勾时间例如可以是 lmin、2min、3min、4min、5min、6min、7min、8min、9minS lOmin;
[0085] 所述 PCR 扩增引物例如可以是 15yL、16yL、18yL、20yL、21yL、23yL、25yL、26yL、28y L、30yL、32yL、33yL、35yL、36yL、38yL或40yL;
[0086] 步骤(5)所述体积比例如可以是1:0·3、1:0·4、1:0·5、1 :0·6、1:0·8、1:1、1:1·2、1: 1.5、 1:1.6、1:1.8、1:2、1:2.2、1:2.5、1:2.6、1:2.8、1:3、1:3.2、1:3.5、1:3.8、1:4、1:4.2、 1:4·5、1:4·8或1:5 〇
[0087] 优选地,使用如第一方面所述的试剂盒用于构建胎儿染色体高通量测序文库的方 法包括如下步骤:
[0088] 1)提取待测样本的DNA:
[0089] (1)取300-500yL待测样品,加入500yL游离DNA提取试剂,56°C水浴保温lOmin; [0090] (2)加入500yL游离DNA沉淀试剂,室温孵育5min后转移至离心柱中;
[0091 ] (3) 12000r/min离心lmin弃废液,加入500yL游离DNA漂洗试剂,12000r/min离心 lmin弃废液,重复该步骤一次;
[0092] (4)取出离心柱,转移至干净的收集管中,打开离心柱管盖,室温晾干5min;
[0093] (5)加入40yL超纯水至离心柱中,12000r/min离心lmin收集游离DNA;
[0094] 2)将步骤(1)得到的DNA进行PCR构建高通量测序文库:
[0095] (1)取20ng提取的游离DNA,加入9yL DNA末端修复试剂进行末端修复,得到修复后 DNA;
[0096] (2)加入20yL连接修复DNA接头,与修复后DNA进行连接;
[0097] (3)按体积比1:1.1的比例加入磁珠悬浮液,充分混匀3分钟后置于磁力架上,待溶 液澄清后,弃上清液;
[0098] (4)加入28yL的超纯水,放置磁力架上,溶液澄清后,取上清液转移至干净的EP管 中;
[0099] (5)加入35yL PCR扩增引物,进行PCR扩增,按体积比1:1的比例加入磁珠悬浮液纯 化,得到最终的高通量测序文库。
[0100] 第三方面,本发明提供一种如第一方面所述的试剂盒、或如第二方面所述的方法 用于检测胎儿染色体是否为非整倍体的应用。
[0101] 与现有技术相比,本发明具有的有益效果:
[0102] (1)本发明试剂盒可用于检测胎儿染色体是否为非整倍体,不仅具有很好的准确 性和特异性,而且还提高了检测效率,减小了检验的操作时间和成本;
[0103] (2)本发明试剂盒相比于目前国内外市场上的其他游离DNA文库构建试剂盒,能直 接对孕妇血浆进行游离DNA提取,进行测序文库构建,无需使用单独的市售游离DNA提取试 剂盒,避免了 DNA样本的损失和污染;
[0104] (3)本发明试剂盒提取游离DNA需要的血浆样本量少,减少了孕妇外周血的采集 量,降低了成本;
[0105] (4)本发明试剂盒对游离DNA提取和文库构建流程进行了优化和改进,优化的文库 构建流程和方法,降低了文库构建过程中接头自连的残留,提高了测序文库的纯度和浓度, 操作简便,检测结果具有更好的特异性和准确性。
【附图说明】
[0106] 图1为本发明Agilent 2100检测游离DNA图;
[0107] 图2为本发明Agilent 2100检测文库图;
[0108] 图3为本发明荧光定量PCR扩增曲线图;
[0109] 图4为本发明荧光定量PCR恪解曲线图。
【具体实施方式】
[0110]为更进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果,以下结合本发明的优选实施 例来进一步说明本发明的技术方案,但本发明并非局限在实施例范围内。
[0111]实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件, 或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可通过正规渠道商购 获得的常规广品。
[0112] 实施例1无创产前筛查胎儿染色体非整倍体试剂盒的制备
[0113] 游离DNA提取试剂:其中Tris-HCl缓冲液配制终浓度为0.1M,蛋白酶K为500yg/mL, EDTA为0.02M,Triton-100为0.05%,混合后按25mL/支分装储存。
[0114] 游离DNA沉淀试剂:异丙醇,按25mL/支分装储存。
[0115] 游离DNA漂洗试剂:其中Tris-HCl缓冲液配制终浓度为0.1M,异硫氰酸胍为8M, NaCl为1.5M,混合后按50mL/支分装储存。
[0116] DNA末端修复试剂:其中Tris-HCl缓冲液配制终浓度0.2M,Taq DNA聚合酶为0.2U/ yL,MgCl2为20mM,KCl为lOOmM,混合后按450yL/支分装储存。
[0117] 连接修复DNA的接头:其中Tris-HCl缓冲液配制终浓度为100mM,T4DNA ligase为 0.05mM,连接接头adaptor为0.5μΜ,混合后按lmL/支分装储存。
[0118] PCR扩增引物:Index引物和通用引物,使用终浓度为0.2mM,分别按2mL/支分装储 存;
[0119] 通用引物 J'-AAT GAT ACG GCG ACC ACC GAG ATC TAC ACT CTT TCC CTA CAC GAC GCT CTT CCG ATC^T-37(SEQ ID N0.1);
[0120] Index引物:
[0121] Primer1:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGTGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.2);
[0122] Primer2:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATACATCGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-37(SEQ ID NO.3);
[0123] Primer3:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGCCTAAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-37(SEQ ID NO.4);
[0124] Primer4:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTGGTCAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.5);
[0125] Primer5:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCACTGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-37(SEQ ID NO.6);
[0126] Primer6:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATATTGGCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.7);
[0127] Primer7:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGATCTGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.8);
[0128] Primer8:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTCAAGTGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.9);
[0129] Primer9:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCTGATCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTC CGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.10);
[0130] Primer10:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAAGCTAGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.11);
[0131] Primerll:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTAGCCGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-s-T-3 7(SEQ ID NO.12);
[0132] Primerl2:57-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATTACAAGGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTT CCGATC-S-T-31SEQ ID N0.13)。
[0133] 收集提取DNA的离心柱和收集管各50支;用于洗脱DNA和文库的超纯水5mL/支;纯 化磁珠10mL/支。
[0134] 将上述试剂管分隔并合并包装于包装盒中。
[0135] 实施例2高通量文库的构建
[0136] 1)提取待测样本的DNA:
[0137] (1)取300-500yL孕妇外周血血浆,加入500yL游离DNA提取试剂,56°C水浴保温 10min;
[0138] (2)加入500yL游离DNA沉淀试剂,室温孵育5min后转移至离心柱中;
当前第3页1 2 3 4 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1