一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法与流程

技术特征：

1.一种基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于包括以下步骤：

(1)构建黄酮类化合物和雄激素受体的配体-受体复合物分子结构；

(2)对分子配体-受体复合物分子结构进行动力学模拟；

(3)建立模拟结果区分模型；

(4)对模拟结果根据模型进行判断：如果化合物位于有活性区域，则判断化合物为有抗雄活性；如果化合物位于无活性区域，则判断化合物为无抗雄活性；如果化合物位于模糊区域，则进行步骤五和六；

(5)模拟结果中配体在A环有甲氧基且受体于配体形成的氢键数量少于设定值时，判断判断化合物为无抗雄活性；

(6)观察受体和配体运动轨迹，如果配体的运动轨迹已经脱离了雄激素受体的结合口袋，判定化合物无抗雄活性；如果受体在模拟过程结束后出现“mousetrap”现象，判定化合物有抗雄活性；

(7)如化合物经步骤五和六均判断为无抗雄活性，则判断化合物为无抗雄活性，否则判断化合物为有抗雄活性；

(8)对判断有抗雄活性的化合物建立CoMSIA预测模型，预测具有抗雄活性黄酮化合物的活性大小。

2.根据权利要求1所述的基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于：所述步骤1中配体-受体复合物分子结构的构建采用以下步骤：构建黄酮类化合物的分子结构和雄激素受体初始态结构，进行能量优化，并赋予Gasteiger-Huckel电荷；利用Sybyl7.3的软件将配体对接入受体文件，范围阈值和膨胀系数分别为0.5和0，选取对接得分最高的构象作为初始构象，将之与受体合并，组成复合物。

3.根据权利要求2中所述的基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于：所述雄激素受体的初始态结构采用雄激素受体的氨基酸序列文件，导入Swiss-Model网络服务器中，然后以ERα初始态的蛋白晶体结构为模板进行同源模建。

4.根据权利要求1所述基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于：所述步骤2中进行动力学模拟，采用GROMACS软件进行，对配体和受体都赋予CHARMM27力场，其中受体的力场参数为软件自带，而配体的力场参数由Swiss-Param赋予；将整个系统放入被TIP3P水分子占据的模型立方体盒子中，复合物距离盒子边界的最短距离为1纳米，加入钠离子或氯离子保证系统的电性平衡；用最陡下降法和共轭梯度法实现整个系统的能量收敛，然后系统升温至300K并一直维持，并赋予1个标准大气压；约束受体蛋白后进行50ps的分子动力学模拟，最后撤销约束进行模拟。

5.根据权利要求4所述的基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于：所述动力学模拟中电相互作用使用particle mesh Ewald算法，范德华力以1纳米截断半径，模拟的步长2fs，一个体系进行20ns的模拟。

6.根据权利要求1所述的基于分子动力学模拟筛分黄酮类化合物抗雄活性方法，其特征在于：所述模拟结果区分模型建立采用以下步骤：选取48种典型的黄酮类作为筛选集，构建48个黄酮-雄激素受体复合物，体系经过预处理后使用Gromacs进行分子动力学模拟，体系维持在1atm，截断半径设为动力学模拟步长为2fs，每2ps保存一个构象，每个体系进行20ns的动力学模拟；然后对H12进行均方根偏差分析，有抗雄活性的化合物的H12在8ns保持稳定，而其他体系的H12一直保持波动；将H12在8～20ns的均方根偏差导入R语言，获得区分模型。