聚糖聚合物及其相关方法与流程

本申请要求于2016年12月6日提交的美国序列号：62/430895、于2017年1月13日提交的美国序列号：62/446316和于2016年12月6日提交的美国序列号：62/430849的优先权，这些专利的整个内容通过引用并入本文。
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：：人的微生物群是复杂的，并且根据遗传学、年龄、性别、应激、营养和饮食而因个体而变化。微生物群执行许多活动并且可能影响宿主的生理学。调节肠道微生物群可以改变群落功能和与宿主的相互作用。本领域中已知有限数量的益生菌，并且有文件证明了当益生菌被人服用时的与健康益处的一些关联。一些食物被认为是‘益生元’食物，这些食物含有可以促进某些被认为对人宿主有益的细菌的生长的物质。这些物质的临床试验结果与其功效相矛盾，并且它们对人健康的影响通常被描述为是不太大的。因此，需要可以调节微生物群并且改善人健康的新颖输入物。发明概述本文描述了用聚糖聚合物制剂及其组合物治疗患有疾病或障碍的受试者的方法。因此，在一个方面，本发明涉及一种治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)(例如丙酸盐或丁酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、脂多糖(LPS)或胆汁酸(例如次级胆汁酸))的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的方法，该方法包括：任选地，基于以下选择聚糖聚合物制剂：该聚糖聚合物制剂调节该代谢物的产生或水平，并且给予一定量的该聚糖聚合物制剂以有效地引起该代谢物水平的调节，从而治疗该疾病或障碍。在另一个方面，本发明涉及治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)(例如丙酸盐或丁酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、脂多糖(LPS)或胆汁酸(例如次级胆汁酸))的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的方法，该方法包括：任选地，获取聚糖聚合物制剂调节该代谢物的产生或水平的知识，并且给予一定量的该聚糖聚合物制剂以有效地引起该代谢物水平的调节，从而治疗该疾病或障碍。在另一个方面，本发明涉及一种调节受试者的体内(例如，肠道(结肠、肠)、血液、尿液、器官(例如肝、肾)、脑中)的产物(例如短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质或胆汁酸)的产生或水平的方法，该方法包括：向该受试者给予(例如口服或直肠地)足以调节产物的产生或水平的有效量的聚糖聚合物制剂，任选地，其中该聚糖聚合物是结肠或肠的微生物成分的底物。在另一个方面，本发明涉及一种选择聚糖聚合物制剂用作预选的人肠道微生物(例如由于其糖苷酶谱而选择)的糖苷酶(例如CAZy家族)的底物的方法，该方法包括：a)获取针对微生物的该糖苷酶(例如CAZy家族)谱的值，b)基于该糖苷酶(例如CAZy家族)谱鉴定、设计或选择能够是该微生物的底物的聚糖聚合物，c)任选地，i.聚集一组人肠道微生物(例如，包含感兴趣的微生物的单一菌株、设计的菌株群落、或离体群落，例如来自粪便样品)ii.使该组微生物与测试的聚糖制剂接触，iii.评估该(感兴趣的)人肠道微生物的生长d)选择该聚糖聚合物制剂。在另一个方面，本发明涉及一种通过本文所述的方法制备或选择的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，例如，其中该制剂包含至少.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族，ii)GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13、GH13亚家族9、GH13亚家族31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族，iii)GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族，或iv)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少约0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族，或ii)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族，或ii)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：阿拉伯糖、半乳糖、木糖或葡萄糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH30亚家族2、GH30亚家族5、GH43亚家族22、GH43亚家族8或GH84CAZy家族，或ii)GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：葡萄糖和至少一个α糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族，或ii)GH23、GH24或GH33CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖或木糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖或木糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族，或ii)GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：葡萄糖、木糖、阿拉伯糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族，或ii)GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种单位剂型，该单位剂型包含本文所述的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一种药物组合物，该药物组合物包含本文所述的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一组药物组合物，每种药物组合物包含本文所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。在另一个方面，本发明涉及一种医疗食物，该医疗食物包含本文所述的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一组医疗食物部分，每个医疗食物部分包含本文所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。在另一个方面，本发明涉及一种膳食补充剂，该膳食补充剂包含本文所述的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一组膳食补充剂部分，每个膳食补充剂部分包含本文所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。在另一个方面，本发明涉及一种食物成分，该食物成分包含本文所述的聚糖制剂。在另一个方面，本发明涉及一组食物成分部分，每个食物成分部分包含本文所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。在另一个方面，本发明涉及一种制备共制剂的方法，该方法包括：提供人肠道微生物的制剂，提供本文所述的聚糖聚合物制剂，其中该聚糖聚合物是该人肠道微生物的底物，并且将该人肠道微生物与该聚糖聚合物合并。在另一个方面，本发明涉及一种合生元共制剂，该合生元共制剂包含人肠道微生物的制剂和本文所述的聚糖聚合物的制剂。在另一个方面，本发明涉及一种将人肠道微生物移植在有需要的人受试者的结肠或大肠中的方法，该方法包括：以有效地移植该人肠道微生物的量和时间向该受试者给予本文所述的合生元共制剂。在另一个方面，本发明涉及一种治疗患有菌群失调的受试者的方法，该方法包括：以有效地治疗该菌群失调的量给予包含本文所述的聚糖聚合物制剂和微生物的制剂的组合物。在另一个方面，本发明涉及一种本文所述的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物是形成孢子的微生物(例如形成孢子的细菌分类群)的人肠道微生物糖苷酶的底物。在另一个方面，本发明涉及一种聚糖聚合物制剂，任选地，例如，其中该制剂包含至少约0.5、1、2、5、10、50或100kg，和/或进一步任选地，例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：a.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，b.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，c.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，d.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，e.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，f.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，g.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，h.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，或者其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是以下之一的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT5、GT35、GT3、GH97、GH95、GH92、GH89、GH88、GH78、GH77、GH57、GH51、GH43亚家族34、GH43亚家族24、GH43亚家族10、GH42、GH36、GH35、GH33、GH32、GH31、GH3、GH29、GH28、GH27、GH24、GH20、GH2、GH16、GH133、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族38、GH13亚家族14、GH13、GH123、GH115、GH109或GH105CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备共制剂的方法，该方法包括：提供形成孢子的微生物(例如形成孢子的人肠道微生物)的制剂，提供(本文所述的)聚糖聚合物制剂，其中该聚糖聚合物是该形成孢子的微生物的底物，并且将该形成孢子的微生物的制剂与该聚糖聚合物制剂合并。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物，例如是人肠道微生物中存在的糖苷酶的底物的聚糖聚合物的制剂的方法，该方法包括：提供适用于生产该聚糖聚合物的多个聚糖亚基，例如糖单体或糖二聚体；并且使该多个聚糖亚基中的这些聚糖亚基与例如衍生自人肠道微生物的糖苷酶分子在使得例如通过缩合反应将这些聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件下接触，从而制备是人肠道微生物的底物的聚糖聚合物制剂，任选地其中：i)该聚糖聚合物制剂包含至少约0.25、0.5、1、5、10、20、50、100、200、300、400或500千克的聚糖聚合物，和/或ii)该聚糖聚合物制剂以至少约15％、30％、45％、60％或约75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的百分比所确定)的产率生产。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触；这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13.0、GH13.9、GH13.31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13.0、GH13.9、GH13.31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77、GH94CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、半乳糖和/或葡萄糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13家族3、GH13家族30、GH30家族2、GH30家族5、GH43家族22、GH43家族8或GH84CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13家族3、GH13家族30、GH30家族2、GH30家族5、GH43家族22、GH43家族8或GH84CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、半乳糖和/或葡萄糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或唾液酸的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或唾液酸的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH23、GH24或GH33CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH23、GH24或GH33CAZ家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、甘露糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、甘露糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖和/或鼠李糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供表23的E列的底物的多个聚糖亚基，例如单体或二聚体；使该底物的多个聚糖亚基与与该底物相同的行的A列的糖苷酶在如下条件下接触；这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，例如与该底物和糖苷酶相同的行的F、G、H、I、J、K和/或L列的条件。在另一个方面，本发明涉及制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖和/或鼠李糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族。在另一个方面，本发明涉及一种通过本文披露的方法，例如通过本文所述的方法制备、可生产或可制备的聚糖聚合物制剂。在另一个方面，本发明涉及通过本文披露的方法，例如通过本文所述的方法选择或可选择的聚糖聚合物制剂。在另一个方面，本发明涉及一种治疗性营养产品，该治疗性营养产品包含本文所述的聚糖聚合物制剂。在另一个方面，本发明涉及一种例如通过本文所述的任一种方法产生的本文所述的反应混合物，该反应混合物以一定量和/或一定条件包含：适用于生产该聚糖聚合物的多个聚糖亚基，例如糖单体或糖二聚体；以及糖苷酶分子(例如表4(第2列)、表23(A列)、表24(A列)或表22(第1列)；或一种或多种与糖分类群(glycotaxa)1类、2类、3类、4类、5类、6类或7类相关联的糖苷酶)，所述量适于生产包含至少0.25、0.5、1、5、10、20、50、100、200、300、400或500千克聚糖聚合物的聚糖聚合物制剂和/或所述条件适于获得至少约15％、30％、45％、60％或约75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的％计所确定)的产率。在另一个方面，本发明涉及一种制备药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分或治疗性营养产品的方法，该方法包括将本文所述的制剂配制成药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分或治疗性营养产品。在另一个方面，本发明涉及一种本文所述的聚糖聚合物制剂的级分，例如分子量级分。在另一个方面，本发明涉及一种制备、评价、选择、分类、或提供通过本文所述的方法制备或可制备的聚糖聚合物的制剂的方法，该方法包括获取候选制剂；例如通过执行测定获取针对与该制剂相关的参数的值或与生物特性相关的参数的值，所述与该制剂相关的参数例如物理参数，例如分子量，例如平均分子量或分子量分布、聚糖亚基组成或纯度，所述与生物特性相关的参数例如，例如在离体测定中调节人肠道微生物的能力、调节由微生物产生的微生物代谢物的能力、或例如在人受试者中调节生物标记物例如炎性或免疫生物标记物、毒性或废物化合物、细菌化合物的能力；以及将该值与参考值进行比较；从而制备、评价、选择、分类、或提供聚糖聚合物的制剂。在另一个方面，本发明涉及一种制备调节目标人肠道微生物的药物组合物的方法，该方法包括提供多个聚糖亚基；使该多个聚糖亚基中的这些聚糖亚基与具有存在于该目标肠道微生物中的糖苷酶活性的糖苷酶组合物在使得将这些聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件下接触，任选地纯化该聚糖聚合物，并且将该聚糖聚合物配制为用于给予至肠道并调节该肠道微生物的药物组合物，从而制备调节该目标人肠道微生物的药物组合物。在另一个方面，本发明涉及一种糖苷酶分子的纯化制剂，该纯化制剂包含由与选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列编码的糖苷酶，其中该糖苷酶存在于人肠道微生物中。在另一个方面，本发明涉及一种载体，该载体包含与选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列，其中该核酸编码存在于人肠道微生物中的糖苷酶，并且其中该载体能够用于表达该糖苷酶。在另一个方面，本发明涉及一种反应混合物，该反应混合物包含：由选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列编码的糖苷酶，和该糖苷酶的底物，例如聚糖亚基，例如单体或二聚体，其中该底物以足以例如通过缩合形成聚糖聚合物的量存在。附图说明图1是glu100样品在16与20.5分钟之间的代表性SEC曲线，示出了平均MW和该曲线的前缘和后缘上10％最大吸收时的MW。图2是glu100样品的1H-13CHSQC光谱的代表性异头区，示出了α和β糖苷键的信号分布。图3A-3C是glu50gal50(图3A)、glu100(图3B)和gal100(图3C)样品的1H-13CHSQC光谱的代表性异头区，展示了指纹峰的累加效应。图4A-4C是三种代表性全甲基化且水解聚糖，glu50gal50(图4A)、man52glu29gal19(图4B)和glu100(图4C)的代表性GC色谱图，示出了如通过与已知标准品比较分配的区域化学的分布。图5是示出了经处理的SEC迹线的图，该图将乳糖(灰色，β-半乳-1,4-葡萄糖)与如实例2中所述通过用β-半乳糖苷酶处理乳糖制成的聚糖(黑色)进行比较。图6是示出了经处理的SEC迹线的图，该图将纤维二糖(灰色，β-葡萄-1,4-葡萄糖)与如实例4中所述通过用β-葡糖苷酶处理纤维二糖制成的聚糖(黑色)进行比较。DP2材料的最大峰强度的偏移是由别位纤维二糖(例如β-葡萄-1,6-葡萄糖)的形成引起的，这导致DP2材料的平均表观Mw略微偏移。图7A-7B是示出了经处理的SEC迹线的图，该图将(图7A)麦芽二糖(灰色，α-葡萄-1,4-葡萄糖)与如实例5中所述通过用α-葡糖苷酶处理麦芽二糖制成的聚糖(黑色)，并且将(图7B)麦芽二糖(灰色)与如实例9中所述通过酵母发酵纯化的来自实例18的聚糖(黑色)进行比较。虽然麦芽糖可被酵母消化，但由于转糖基化，其中麦芽糖(α-葡萄-1,4-葡萄糖)转化为酵母消化效率较低的别位麦芽糖(例如α-葡萄-1,6-葡萄糖；α-葡萄-1,3-葡萄糖)，因此一些DP2材料仍然存在。图8是示出了经处理的SEC迹线的图，该图将蜜二糖(灰色，α-半乳-1,6-葡萄糖)与如实例3中所述通过用α-半乳糖苷酶处理蜜二糖制成的聚糖(黑色)进行比较。DP2材料的最大峰强度的偏移是由别位蜜二糖(例如α-半乳-1,4-葡萄糖)的形成引起的，这导致DP2材料的平均表观Mw略微偏移。图9是示出了对来自β-葡糖苷酶逆水解葡萄糖的反应混合物的荧光团辅助的碳水化合物电泳(FACE)分析的图像。泳道1是纯蛋白质，并且泳道2-4分别是磷酸三甲酯、二乙二醇二甲醚和四乙二醇二甲醚中的反应，如实例7中所述。图10是示出了如实例8中所述通过在300分钟后用β-半乳糖苷酶处理乳糖制成的聚糖与通过在1200分钟后(即，在至DP≥3的最大转化率时)在d-半乳糖存在下用β-半乳糖苷酶处理乳糖制成的聚糖的原始数据SEC比较的图。迹线显示D-半乳糖的加入显著减缓了反应，但也使产物分布向DP≥3寡糖量的增加偏移。图11是示出了与炭分级分离聚糖以意图在无需进一步分级分离的情况下从样品中去除单体的结果有关的经处理的SEC数据的图。三条曲线代表母体聚糖、通过1％EtOH洗脱从母体中去除的单体级分(表观峰m.w.约200)、以及通过50％EtOH洗脱分离剩余级分。图12是如实施例6中所述经由底物选择性转糖基化进行寡糖合成的示意图。在每个反应中，针对非还原端单体的转糖基化的酶选择性导致产物的不连续混合物。在该图解中，“A”和“B”可代表不同的单体、糖苷键的不同立体化学、糖苷键的不同区域化学、或其任何组合。图13是示出了如实例11-18中所述通过在300分钟后用β-半乳糖苷酶处理乳糖制成的聚糖的SEC曲线的图。图14是示出了如实例11-18中所述通过在300分钟后用β-葡糖苷酶处理乳糖制成的聚糖的SEC曲线的图。图15是示出了在来自人微生物组计划的基因组分析中注释和使用的总基因组以及编码每种所指示代谢物的按属计的基因组百分比的图表。图16A-16B是示出了编码丁酸盐产生者中显著富集的CAZy家族的基因组的百分比的图表(P<0.001，Wilcox秩和，FDR校正，并且在>10％的丁酸盐产生者中鉴定到)。(图16A)编码来自所指示家族的至少1种酶的丁酸盐产生者和非丁酸盐产生者的百分比。(图16B)编码在丁酸盐产生者中单独显著富集的任何CAZy酶的丁酸盐产生者和非丁酸盐产生者的百分比。图17是示出了丁酸盐产生者中丰度最高的家族的图表，按平均基因计数排序。图表表示平均值+/-s.d.。图18A-18B是示出了编码TMA-裂解酶阳性基因组中显著耗尽的CAZy家族的基因组的百分比的图表(P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。(图18A)编码来自所指示家族的至少1种酶的TMA-裂解酶阳性基因组和阴性基因组的百分比。(图18B)编码TMA-裂解酶阳性基因组中显著耗尽的任何CAZy酶的TMA-裂解酶阳性基因组和阴性基因组的百分比。图19是示出了TMA-裂解酶阴性基因组中的丰度最高的家族的图表，按平均基因计数排序。图表表示平均值+/-s.d.。图20A-20B是示出了编码脲酶阳性基因组中显著耗尽的CAZy家族的基因组百分比的图表(P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。(图20A)编码来自所指示家族的至少1种酶的脲酶阳性基因组和阴性基因组的百分比。(图20B)编码脲酶阳性基因组中显著耗尽的任何CAZy酶的脲酶阳性基因组和阴性基因组的百分比。图21是示出了脲酶阴性基因组中的丰度最高的家族的图表，按平均基因计数排序。图表表示平均值+/-s.d.。图22A-22B是示出了作为聚糖组成的函数的SCFA产生的LASSO线性回归模型的结果的图，该模型允许所有二阶相互作用项。(图22A)离体模型中的和来自(图22B)限定的群落的SCFA产生。图23A-23B是示出了在由15种菌株组成的限定群落中的解纤维拟杆菌(Bacteroidescellulolyticus)菌株的相对丰度的图，该限定群落在碳水化合物存在下生长48小时(图23A，和图23B黑圈)，或在所指示碳水化合物存在下并在18小时处加入聚糖聚合物制剂(例如，Glu100)的情况下生长(图23B，灰色三角形)。示出的是平均相对丰度±st.dev.。图24A-24B是示出了由14种菌株组成的限定群落中的解纤维拟杆菌菌株的相对丰度的图。图24A显示了在各种碳水化合物存在下生长48小时(黑色圆圈)，或在所指示碳水化合物存在下并在18小时处加入解纤维素拟杆菌的情况下生长(灰色三角形)的解纤维拟杆菌的相对丰度。图24B示出了在各种碳水化合物存在下并且在18小时处加入解纤维素拟杆菌(黑色圆圈)，或者在所指示碳水化合物存在下并在18小时处加入解纤维素拟杆菌并且加入聚糖聚合物制剂(Glu，灰色三角形)的情况下在由14种菌株组成的相同限定的群落中生长的解纤维素拟杆菌的相对丰度。示出的是平均相对丰度±st.dev.。图25A-25D是示出了针对实例23中筛选的细菌组的16SrRNA测序分析结果和与丁酸盐产生的相关性的图。如图所示，若干个分类群与丁酸盐水平高度相关。(图25A)梭菌科(Clostridiaceae)(rho＝0.406p.值0.003)、(图25B)毛螺菌科罗斯氏菌属(Lachnospiraceaeroseburia)(rho＝0.333p.值0.018)、(图25C)脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)(rho＝0.483p.值0)、(图25D)苏黎世杆科苏黎世杆属(Turicibacteraceaeturicibacter)(rho＝0.554p.值＝0)。图26A-26F是示出了针对实例23中筛选的细菌组的16SrRNA测序分析结果和与乙酸盐产生的相关性的图。在离体测定中，若干个分类群与乙酸盐水平高度相关。如图所示，若干个分类群与乙酸盐水平高度相关。(图26A)梭菌科(rho＝0.428p.值＝0.002)、(图26B)单形拟杆菌(Bacteroidesuniformis)(rho＝0.525p.值＝0)、(图26C)瘤胃菌科颤螺菌属(RuminococcaceaeOscillospira)(rho＝-0.791p.值＝0)、(图26D)卵形拟杆菌(Bacteroidesovatus)(rho＝0.405p.值0.004)、(图26E)拟杆菌目理研菌科(BacteroidalesRikenellaceae)(rho＝-0.739p.值＝0)、(图26F)梭菌目瘤胃菌科(ClostridialesRuminococcaceae)(rho＝-0.83p.值＝0)。图27A-27D是示出了针对实例23中筛选的细菌组的16SrRNA测序分析结果和与丙酸盐产生的相关性的图。如图所示，若干个分类群与丙酸盐水平高度相关。(图27A)卵形拟杆菌(rho＝0.678p.值0)、(图27B)双歧杆菌属(rho＝-0.781p.值＝0)、(图27C)布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)(rho＝-0.72p.值0)、(图27D)单形拟杆菌(rho＝0.559p.值＝0)。图28.对于每个CAZy酶家族和亚家族，在形成孢子的细菌和非形成孢子的细菌中检测到的CAZy酶基因的数量(平均值)。仅示出了基因显著富集在形成孢子的细菌中并且在>10％的形成孢子的细菌基因组中检测到的家族(P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。图29.编码在产孢菌相对于非形成孢子的细菌的基因组中显著富集的CAZy家族的基因组的百分比(P<0.001，Wilcox秩和，FDR校正并且在>10％的产孢菌中鉴定到)。(A)编码来自所指示家族的至少1种酶的形成孢子的细菌和非形成孢子的细菌的百分比。(B)编码形成孢子的细菌中单独显著富集的任何CAZy酶家族或亚家族的形成孢子的细菌和非形成孢子的细菌的百分比。图30A-30H是示出了编码代谢物转化者基因组中显著富集的CAZy家族的基因组的百分比的图(图30A、30C、30E、30G)和示出了代谢物转化者基因组中丰度最高的家族的图表，按平均基因计数排序(图30B、30D、30F、30H)。绘示了以下的百分比：二级胆汁酸转化者和非转化者基因组(图30A)、编码仅在非吲哚产生细菌中编码的CAZy家族的基因组(图30C)、编码对甲酚产生基因组中显著耗尽的CAZy家族的基因组(图30E)、以及编码丙酸盐产生基因组中显著耗尽的CAZy家族的基因组(图30G)。绘示了示出以下中的丰度最高的家族的图表：二级胆汁酸转化者基因组(图30B)、吲哚阴性基因组(图30D)、对甲酚阴性基因组(图30F)、以及丙酸盐阴性基因组(图30H)。图表表示平均值+/-s.e.。图31A和31B是示出了当在蜜二糖(例如，蜜二糖-1)(图31A)或棉子糖(例如，棉子糖-1)(图31B)存在下生长(其中经由α-半乳糖苷酶和蜜二糖或棉子糖合成α-半乳寡糖)时，离体群落中毛螺菌科细菌相对丰度的生长的图。图31A绘示出：酶19和20是在来自毛螺菌科的细菌基因组中编码的α-半乳糖苷酶并且与源自其他物种的α-半乳糖苷酶(蜜二糖-酶16-1和蜜二糖-酶17-1)相比显示出对那些分类群的特异性富集(蜜二糖-酶19-1和蜜二糖-酶20-1)，这些源自其他物种的α-半乳糖苷酶未显示出相同的对毛螺菌科细菌的特异性富集。图31B绘示出：酶19是在来自毛螺菌科的细菌基因组中编码的α-半乳糖苷酶并且与源于不同物种中的α-半乳糖苷酶(棉子糖-酶16-1)相比显示出对那些分类群的特异性富集(棉子糖-酶19-1)，这些源于不同物种中的α-半乳糖苷酶未显示出相同的对毛螺菌科细菌的特异性富集。图32A-32D是示出了当在乳果糖(乳果糖-1)和经由GH42β-半乳糖苷酶(酶23)和乳果糖(乳果糖-酶23-1)合成的β-半乳寡糖存在下生长时的离体群落中双歧杆菌属(图32A)、拟杆菌属(图32B)和罗斯氏菌属(图32C)细菌相对丰度的生长的图。酶23是在来自双歧杆菌物种的细菌基因组中编码的β-半乳糖苷酶并且使用该酶(乳果糖-酶23-1)合成的β-半乳寡糖与单独的乳果糖相比显示出双歧杆菌属、罗斯氏菌属和拟杆菌属的富集。GH42β-半乳寡糖显示了常见的肠道微生物组共生体拟杆菌属和厚壁菌门(Firmicute)基因组中的GH42糖苷酶富集(图32D)。具体实施方式本发明的特征至少部分地在于用聚糖聚合物制剂治疗患有疾病或障碍(例如，如本文所述的)的方法。在实施例中，聚糖聚合物制剂是基于它调节代谢物(例如，短链脂肪酸(SFCA)(例如丙酸盐或丁酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、脂多糖(LPS)或胆汁酸(例如次级胆汁酸))的产生或水平(例如不希望水平)而选择的。代谢物的不希望水平可能是太高或太低。在一些实施例中，代谢物与对受试者的健康的期望(例如有益)影响相关。在其他实施例中，代谢物与对受试者健康的不希望的(例如有害的)影响相关。在一些实施例中，本文描述的方法包括增加代谢物。在其他实施例中，这些方法包括减少代谢物。在一些实施例中，代谢物是微生物(例如细菌)代谢物。在一些实施例中，调节第一代谢物(例如由分类群A产生)以调节第二代谢物(例如由分类群B产生)。在一些实施例中，第二代谢物与疾病或障碍相关。不希望的代谢物水平可能发生在受试者体内的任何地方(例如胃肠道，包括结肠和肠、粪便物质、血液、大脑、神经系统、器官(包括心脏、肝脏和肾脏)、尿液和别处)。在一些实施例中，微生物群(例如在肠道中)的代谢物产生经调节并且对代谢物的水平具有局部影响(例如代谢物局部减少或增加)。在一些实施例中，微生物群(例如在肠道中)的代谢物产生经调节并且对代谢物的水平具有全身性影响(例如代谢物全身性减少或增加)。在一些实施例中，对第一代谢物(例如代谢物A，例如在肠道中)的调节导致对第二代谢物(例如代谢物B，例如在身体的非肠道部位)的调节。在一些实施例中，将聚糖聚合物制剂给予至有需要的受试者，其中聚糖聚合物是一类微生物代谢物产生者的特定糖苷酶机构的底物(例如优选的底物)。在一些实施例中，将聚糖聚合物制剂给予至有需要的受试者，其中聚糖聚合物是一类微生物代谢物非产生者的特定糖苷酶机构的底物(例如优选的底物)。在一些实施例中，调节代谢物产生者与代谢物非产生者的平衡(例如，身体部位例如像肠道中的微生物分类群的相对丰度)以调节该部位产生的代谢物水平。在一些实施例中，调节产生者与非产生者的平衡以调节代谢物水平治疗与代谢物失调相关的疾病或障碍。在一些实施例中，受试者患有部位，诸如肠道的菌群失调。本文进一步提供了聚糖聚合物制剂，这些聚糖聚合物制剂是微生物代谢物产生者或非产生者的底物(例如，优选的底物)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂针对微生物分类群或分别代谢物产生者或非产生者的糖苷酶谱进行定制，即聚糖聚合物是存在于产生者或非产生者的基因组中的糖苷酶的底物(例如，优选的底物)。在一些实施例中，糖苷酶是相对于另一类(例如，非产生者)为一类(例如代谢物产生者)富集或独有的。本文进一步提供了定制的聚糖聚合物和具有能够(优先)使用聚糖聚合物作为底物的糖苷酶库(糖苷酶谱)的微生物分类群的共配制品(例如，合生元)。在一些实施例中，共配制品用于增加微生物分类群在微生物部位，例如肠道中的移植。本文所述的聚糖聚合物可以定制成靶向特定肠道微生物，例如人肠道微生物。在一些实施例中，选择糖苷水解酶(糖苷酶)以针对特定微生物定制聚糖聚合物。在一些实施例中，测定微生物的糖苷水解酶(糖苷酶)谱并且针对该谱定制聚糖聚合物，例如，使用如此鉴定的(例如，体外)一种或多种糖苷水解酶(糖苷酶)来在适于产生聚糖聚合物的条件下产生聚糖聚合物制剂。可以分离糖苷水解酶(并且任选地固定在例如合适的底物上)。在一些实施例中，可以从微生物中提取糖苷水解酶(例如包含糖苷水解酶的微生物提取物)。在一些实施例中，可以使用在其表面和/或细胞内包含糖苷水解酶的微生物细胞(例如细菌)。在一些实施例中，可以使用包含糖苷水解酶(例如来自微生物培养物)的上清液。在一些实施例中，特定微生物的糖苷水解酶(糖苷酶)谱是未知的或尚未确定的，但使用衍生自微生物的酶(例如以分离的、提取的、全细胞、上清液形式等)来在本文所述方法中生产聚糖聚合物。在一些实施例中，如本文所述生产的聚糖聚合物制剂是特定微生物(或一群微生物，例如具有相当或相似糖苷酶谱的一群微生物)及其糖苷酶机构的特异性底物。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂例如在人受试者的胃肠道中通过微生物或微生物群特异性发酵(例如，当与例如具有不同糖苷酶谱的另一种微生物(或微生物群)相比时，聚糖聚合物以更快的速率或更高的程度发酵)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂赋予特定微生物生长优势。在一些实施例中，聚糖聚合物可以用于调节微生物代谢物，例如，由特定微生物产生的代谢物，或不由特定微生物产生的微生物代谢物的产生。在后一种情况下，特定微生物可能与另一种微生物(一种产生不期望的微生物代谢物的微生物)竞争，并且特定微生物的成功竞争可能导致较低水平的微生物代谢物。在一些实施例中，聚糖聚合物可以用于促进给予至需要移植的受试者的特定微生物移植到受试者的微生物群(例如肠道微生物群，例如结肠微生物群)中。在一些实施例中，聚糖聚合物赋予特定微生物生长优势，使它成功竞争例如空间和营养物，以更成功地移植在移植部位(例如肠道)的现有微生物群中。定义本发明将相对于具体实施例并参考某些附图来说明，但本发明并不受限于此而只受权利要求限制。除非另有说明，否则下文所述的术语通常应以其常见意义理解。如本文所用，微生物分类群的“丰度”是相对术语并且是指在限定微生物生态位(诸如胃肠道)中或在整个宿主生物体(例如，人或实验室动物疾病模型)中的群落中一种微生物分类群对其他分类群的相对存在性。如本文所用，术语“获取”(“acquire”或“acquiring”)是指通过“直接获取”或“间接获取”值或物理实体来获得值(例如，数值)或图像或物理实体(例如，样品)。“直接获取”意指执行一个过程(例如，执行合成或分析方法或方案)来获得值或物理实体。“间接获取”是指从另一方或来源(例如，直接获得物理实体或值的第三方实验室)接收值或物理实体。直接获取值或物理实体包括执行包括实物的物理变化的过程或使用机器或装置。直接获取值的实例包括从人受试者获得样品。直接获取值包括执行使用机器或装置(例如，NMR光谱仪)的方法以获得NMR光谱。如本文所用，“不同的”，例如，关于聚糖聚合物中的种类，意在表示在化学和/或结构上与另一种不同。例如，如果两种糖在化学上不同，例如岩藻糖和木糖，或在结构上不同，例如环状与无环、L型与D型，则它们是“不同的”。如果两种二聚体由相同的两个单体组成，但一对含有α-1,4键而另一对含有β-1,6键，则它们是不同的。不同的实体可具有任何其他合适的区分特征或特性，该区分特征或特性可以通过本领域已知的和/或本文描述的方法检测。如本文所用，“剂量方案”、“给药方案”或“治疗方案”是实现治疗目标的药物给予模式。剂量方案包括以下中的一个、两个、三个或四个的定义：给药途径、单位剂量、剂量频率和治疗长度。“菌群失调”是指例如在胃肠道内微生物群的不平衡状态，其中正常多样性、第一细菌分类群与第二细菌分类群的比例和/或生态网络的功能(例如，代谢物的产生)受到破坏或扰乱。这种不期望的，例如不健康的状态可能是由于许多因素，包括但不限于微生物群(例如，细菌分类群)的多样性的减少或增加、一种或多种病原体或致病有机体(pathobiont)的过度生长、或转移到不再为宿主受试者提供必需功能的生态微生物群落，并且在一个实施例中，因此不再促进健康、或者与受试者中的不希望的症状相关。在一个实施例中，调节代谢物的产生以有助于疾病或障碍的发展。术语组合物(例如像药物组合物)或药物试剂的“有效量”和“治疗有效量”意指足以提供所期望效果的组合物或试剂的量。在一些实施例中，医师或其他健康专家决定适当的量和剂量方案。有效量还是指组合物(例如像药物组合物)或药物试剂预防医学病症发展或复发的量。“微生物移植”或简称“移植”是指微生物分类群在目标生态位(例如人肠道，诸如结肠或肠)中的建立(例如生长)，这些微生物分类群在移植(例如通过向受试者给予微生物分类群，例如以本文所述的合生元的形式)之前在人受试者中是代表性不足的(例如，相对于健康参考受试者)或不存在的(例如不可检测的)。移植的微生物分类群可以建立短暂的时段，或者在微生物分类群移植后，在居住于受试者的微生物群中展示出长期稳定性。在一些实施例中，移植的微生物类群可以诱导目标生态位中的环境转变，从而表现出从菌群失调至健康状态的转变。如本文所用，术语“果寡糖”或“FOS”是指以下序列的果糖聚合物，任选地包含末端葡萄糖：(Fru)n-Glc，该序列由以下中的一个或多个组成：β2,1、β2,6、α1,2和β-1,2糖苷键，其中n典型地为3-10。变体包括主链中果糖基单元之间的菊粉型β-1,2和左聚糖型β-2,6键联。在一个实施例中，FOS通过以下文献中描述的方法制备：Meyer,BiotechnologicalProductionofOligosaccharides-ApplicationsintheFoodIndustry[寡糖的生物技术产生-在食品工业中的应用],第2章,FoodtechnologyandIndustry[食品技术和工业],2015(Meyer2015)的参考文献8、24、25、61、67、69、72、170、或176-186、或21、29、170、176、或222中的任一个，将Meyer2015与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，FOS是以下文献中所述的，或通过以下文献中所述的方法制备的FOS：Diez-Municio等人,2014,Synthesisofnovelbioactivelactose-derivedoligosaccharidesbymicrobialglycosidehydrolases[通过微生物糖苷水解酶合成新颖生物活性乳糖衍生的寡糖],2014,MicrobialBiotecnhology[微生物生物技术],7:315-313(Diez-Municio等人2014)中出现的Sangeetha等人2005、2014，将Diez-Municio等人2014与其引用至本文中的其每一个参考文献一起通过引用并入本文。在实施例中，FOS由来自以下的酶制备：浸麻芽孢杆菌(B.macerans)、运动发酵单胞菌(Z.mobilis)、罗伊氏乳杆菌(L.reutri)、黑曲霉(A.niger)、日本曲霉(A.japonicas)、臭曲霉(A.foetidus)、萨氏曲霉(A.sydowi)、黑色枪丝霉(bA.Pullans)、紫麦角菌(C.purpurea)、尖孢镰刀菌(F.oxysporum)、桔青霉(P.citrinum)、常现青霉(P.frequentans)、小刺青霉(P.spinulosum)、皱褶青霉(P.rigulosum)、寄生霜霉(P.parasitica)、短帚霉(S.brevicaulis)、酿酒酵母(S.cerevisiae)或马克斯克鲁维酵母(K.marxianus)。在实施例中、FOS通过果糖基转移酶、β-呋喃果糖苷酶(EC3.2.1.26)、菊粉蔗糖酶(EC2.4.1.9)、左聚糖蔗糖酶(EC2.4.1.10)或内切菊粉酶的酶促作用产生。如本文所用，术语“半乳寡糖”或“GOS”是指由乳糖产生的物质的混合物，具有两至八个糖单元，其中一个单元是末端葡萄糖并且剩余单元是半乳糖和包含两个半乳糖单元的二糖。在一个实施例中，GOS是主要由β-(1,4)或β-(1,6)键连接的吡喃半乳糖基寡聚物(DP＝3-8)的混合物，但是可以存在低比例的β(1,2)或β-(1,3)键联。末端葡糖基残基通过β-(1,4)键连接至半乳糖基单元。GOS通过在相对高浓度的乳糖下β-半乳糖苷酶(EC3.2.1.23)对乳糖的逆向作用合成的。在一个实施例中，GOS通过来自以下的β-半乳糖苷酶的酶作用合成：双歧杆菌属，例如长双歧杆菌(Bifidobacteriumlongum)、克鲁维酵母属物种(Kluyveromycessp.)，马克斯克鲁维酵母(Kluyveromycesmarxianus)、曲霉属物种(Aspergillussp.)，例如米曲霉(Aspergillusoryzae)、大肠杆菌K-12、环状芽孢杆菌(Bacilluscirculans)、保加利亚乳杆菌(Lactobacillusbulgaricus)、独特掷孢酵母(S.singularis)、嗜热链球菌(S.thermophiles)、或罗伦隐球酵母(C.laurentii)。在一个实施例中，GOS是以下文献中披露的、或通过以下文献中所述的方法制备的GOS：Meyer2015的参考文献8、105、或196-206或105、120、198、202-205、或223-227中的任一个，将Meyer2015与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，GOS是以下文献中所述的、或通过以下文献中所述的方法制备的GOS：Diez-Municio等人2014中出现的Panesar等人2006或Torres等人2010、2014，将Diez-Municio等人2014与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。如本文所用，术语“葡寡糖”或“GLOS”是指葡萄糖亚基的聚合物。GLOS中的主要键联是(Glc)n[α(1→2)、α(1→3)、α(1→4)和α(1→6)]。在一个实施例中，GLOS用右旋糖酐蔗糖酶(EC2.4.1.5)制备。在一个实施例中，可以使用来自细菌(肠膜明串珠菌(L.mesenteroides)；嗜柠檬酸明串珠菌(L.citreum))的酶产生GLOS。在一个实施例中，GLOS是以下文献中所述的，或通过以下文献中所述的方法制备的GLOS：Diez-Municio等人,2014,Synthesisofnovelbioactivelactose-derivedoligosaccharidesbymicrobialglycosidehydrolases[通过微生物糖苷水解酶合成新颖生物活性乳糖衍生的寡糖],2014,MicrobialBiotecnhology[微生物生物技术],7:315-313中出现的参考文献Remaud等人,1992、Chung和Day,2002或Kim等人,2014中的任一个，将Diez-Municio等人,2014与其引用至本文中的其每一个参考文献一起通过引用并入本文。如本文所用，“聚糖聚合物制剂”(也称为“聚糖聚合物的制剂”、“聚糖制剂”或“聚糖聚合物”)是包含表现出期望效果(例如治疗效果)的聚糖聚合物的制剂。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂不包含一种或多种天然存在的寡糖，包括：葡寡糖、甘露寡糖、菊粉、剪秋罗糖、麦芽四糖、黑曲四糖、耐斯糖、赛斯糖(sesemose)、水苏糖、异麦芽三糖、黑曲三糖、麦芽三糖、松三糖、麦芽三酮糖(maltotriulose)、棉子糖、蔗果三糖、果寡糖、2'-岩藻糖基乳糖、半乳寡糖、糖基、依达肝素、异麦芽寡糖、麦芽糖糊精、木寡糖、琼脂、琼脂糖、海藻酸、多糖酸(alguronicacid)、α葡聚糖、支链淀粉、直链淀粉、阿拉伯木聚糖、β-葡聚糖、胼胝质、卡苏兰(capsulan)、卡拉胶、纤维糊精、动物纤维素、纤维素、几丁质、几丁质纳米纤维、几丁质-葡聚糖复合物、壳聚糖、金藻昆布多糖、凝胶多糖、环糊精、α-环糊精、右旋糖酐、糊精、双醛淀粉、聚蔗糖、果聚糖、岩藻多糖、半乳葡甘露聚糖、半乳甘露聚糖、半乳糖胺半乳糖(galactosamineogalactan)、结冷胶、葡聚糖、葡甘露聚糖、葡糖醛酸木聚糖(glucoronoxyland)、糖萼、糖原、半纤维素、羟丙甲纤维素、艾考糊精、开菲尔多糖(kefiran)、海带多糖、香菇多糖、左聚糖多糖、地衣淀粉、甘露聚糖、粘液、天然胶、裸藻淀粉、果胶酸、果胶、喷他淀粉(pentastarch)、植物糖原、皮鲁兰(pleuran)、降解型卡拉胶(poligeenan)、聚右旋糖、紫菜聚糖、普鲁兰多糖、裂裥菌素、琼脂糖凝胶、海葱糖、西佐喃、舒更葡糖、韦兰胶、黄原胶、木聚糖、木葡聚糖、酵母聚糖等。在一些实施例中，聚糖聚合物作为盐(例如，药学上可接受的盐)存在。如本文所用，“聚糖亚基”是指本文披露的聚糖种类的单个单元，例如，制备聚糖种类的构建块。在一个实施例中，聚糖亚基是单体。在一个实施例中，聚糖亚基是二聚体。在一个实施例中，聚糖亚基是单糖。在一个实施例中，聚糖亚基是二糖。在一些实施例中，聚糖亚基是碳水化合物，并且可以选自糖醇、短链脂肪酸、糖酸、亚氨基糖、脱氧糖和氨基糖。在一些实施例中，聚糖亚基是赤藓糖、苏阿糖、赤藓酮糖(erythulose)、阿拉伯糖、来苏糖、核糖、木糖、核酮糖、木酮糖、阿洛糖、阿卓糖、半乳糖、葡萄糖、古洛糖、艾杜糖、甘露糖、塔罗糖、果糖、阿洛酮糖、山梨糖、塔格糖、岩藻糖、墨角藻糖、鼠李糖、甘露庚酮糖、景天庚酮糖等。在一些实施例中，聚糖亚基是葡萄糖、半乳糖、阿拉伯糖、甘露糖、果糖、木糖、岩藻糖或鼠李糖。在实施例中，聚糖包含不同聚糖亚基，例如，第一单糖和第二单糖、或第一二糖和第二二糖。在实施例中，聚糖包含不同聚糖亚基，例如，第一、第二、第三、第四和/或第五不同聚糖亚基。如本文所用，“糖苷酶分子”包括保留或具有糖苷酶的活性的多肽，例如它保留或具有糖苷酶的转换率的至少约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约95％、约99％、约99.9％，或者它保留或具有糖苷酶的特异性的至少约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约95％、约99％、约99.9％，或者它保留或具有糖苷酶对聚糖亚基的亲和力的至少约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％、约95％、约99％、约99.9％。在一些实施例中，糖苷酶分子包括具有为糖苷酶的转换率的至少约110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％、200％、300％、400％、或500％的糖苷酶活性的多肽，或者它具有糖苷酶对聚糖亚基的亲和力的至少110％、120％、130％、140％、150％、160％、170％、180％、190％、200％、300％、400％、或500％。在一些实施例中，糖苷酶分子是糖苷酶的片段(例如，活性片段)。在一些实施例中，糖苷酶分子与糖苷酶相比至少1、2、3、4、5、10、25、50、75、100或更多个氨基酸残基不同。在一些实施例中，糖苷酶分子与糖苷酶相比包含至少1、2、3、4、5、10、25、50、75、100个氨基酸突变(例如，缺失、添加或取代)。如本文所用，“糖苷酶(Glycosidaseenzyme)”包括糖苷酶(glycosidase)(也称为“糖苷水解酶”(GH))、糖基转移酶(GT)和裂解酶。如本文所用，“糖分类群”是指根据代谢(例如，酶促)功能的存在或不存在(例如，缺乏)分组的细菌微生物(例如，人肠道微生物)。在一些实施例中，分类群可以根据CAZy糖苷酶/糖水解酶(GH)或CAZy糖基转移酶(GT)的酶功能进行分组。在一些实施例中，细菌分类群可以属于糖分类群1类、糖分类群2类、糖分类群3类、糖分类群4类、糖分类群5类、糖分类群6类、或糖分类群7类中的任一个。在一些实施例中，糖分类群1类包括含but和/或buk基因的细菌分类群。在一些实施例中，糖分类群2类包括cutC基因阴性细菌分类群。在一些实施例中，糖分类群3类包括脲酶基因阴性细菌分类群。在一些实施例中，糖分类群4类不包含选自以下的一种或多种丙酸盐产生相关酶：丙酸激酶、丙酸辅酶A转移酶、丙酸辅酶A连接酶、丙酰辅酶A羧化酶、甲基丙二酰辅酶A羧基转移酶、(S)-甲基丙二酰辅酶A脱羧酶、甲基丙二酸-半醛脱氢酶和丙醛脱氢酶。在一些实施例中，糖分类群5类包含选自以下的胆汁酸产生(例如，次级胆汁酸产生)相关酶：7α-羟基类固醇脱氢酶、12α-羟基类固醇脱氢酶、7β-羟基类固醇脱氢酶(NADP+)、2β-羟基类固醇脱氢酶、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NAD+)、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NADP+)、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NADP+)、3α-羟基胆汁酸辅酶A酯3-脱氢酶、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NAD+)、胆汁酸辅酶A转移酶、胆汁酸7α-脱水酶和胆汁酸辅酶A连接酶。在一些实施例中，糖分类群6类不包含一种或多种吲哚产生相关酶(例如，色氨酸酶)。在一些实施例中，糖分类群7类不包含选自4-羟基苯乙酸脱羧酶和醛铁氧还蛋白氧化还原酶的一种或多种对甲酚产生相关酶。如本文所用，术语“异麦芽寡糖”或“IMOS”是指具有主要为α-(1,6)-连接的葡萄糖残基、聚合度(DP)范围为从2-6的寡糖，和具有α-(1,6)和偶尔α-(1,4)糖苷键的混合物的寡糖如潘糖的混合物。在一个实施例中，IMOS包含通过α-(1,6)糖苷键与麦芽糖或异麦芽糖连接的葡糖基残基。在一个实施例中，使用淀粉作为原料生产IMOS。在一个实施例中，它由玉米淀粉产生并且由异麦芽糖、异麦芽三糖和潘糖组成。在一个实施例中，IMOS是酶促转移反应的产物，该酶促转移反应使用固定化酶的组合，其中淀粉使用α-淀粉酶(EC3.2.1.1)和普鲁兰酶(EC3.2.1.41)液化，并且在第二阶段中，中间产物由β-淀粉酶(EC3.2.1.2)和α-葡糖苷酶(EC3.2.1.20)两者加工。β-淀粉酶首先将液化淀粉水解成麦芽糖。然后α-葡糖苷酶的转葡糖苷酶活性产生异麦芽寡糖混合物，这些混合物含有具有α-(1,6)和α-(1,4)连接的葡萄糖残基的寡糖。在一个实施例中，IMOS是以下文献中描述的、或通过以下文献中所述的方法制备的IMOS：Meyer2015的参考文献2、或217-219或12、152、159、或236中的任一个，将Meyer2015与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，IMOS是以下文献中所述的、或通过以下文献中所述的方法制备的IMOS：Diez-Municio等人2014中出现的Panesar等人2006或Torres等人2010、2014，将Diez-Municio等人2014与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，IMOS是通过α-淀粉酶或普鲁兰酶，或β-淀粉酶和α-葡糖苷酶依序对淀粉的酶促水解合成的。在一个实施例中，IMOS是通过来自以下的酶合成的：黑曲霉、芽孢杆菌属物种，枯草芽孢杆菌(B.subtilis)、嗜热脂肪芽孢杆菌(B.stearothermophilus)、海栖热袍菌(T.maritime)、炭黑曲霉(A.carbonarious)或肠膜明串珠菌。如本文所用，“分离的”或“纯化的”聚糖聚合物制剂基本上是纯的且不含污染物，例如病原体、酶或其他不希望的生物材料，或毒素或其他不希望的有机或无机化合物。在一些实施例中，纯的或分离的化合物、组合物或制剂可包含痕量溶剂和/或盐(诸如少于10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、少于0.5％或0.1％，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计)。纯化的化合物是或制剂包含至少约60％(以w/w、w/v、v/v或摩尔％计)、至少约75％、至少约90％、至少约95％、至少约97％、至少约98％或至少约99％(以w/w、w/v、v/v或摩尔％计)的感兴趣的一种或多种化合物。例如，聚糖聚合物的纯化的(基本上纯的)或分离的制剂是至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、98％、99％、99.5％、99.8％、99.9％或100％的聚糖聚合物，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计(例如，不包括聚糖聚合物制剂可以溶解于其中的任何溶剂，例如像水)，并且在例如制造、提取/纯化和/或加工期间与伴随它的组分分离(例如使得聚糖聚合物基本上不含非期望的化合物)。可以通过任何适当的标准方法测量纯度，例如，通过柱色谱法(例如，尺寸排阻色谱法(SEC))、薄层色谱法(TLC)、气相色谱法(GC)、高效液相色谱法(HPLC)或核磁共振(NMR)光谱法。纯化的或纯度也可以限定对给予至人受试者安全的无菌程度，例如缺少有生活力的感染剂或毒性剂。如本文所用，“微生物组”是指持续和暂时居住在受试者(例如人受试者)中和上的微生物群落(“微生物群”)的遗传内容物，这些微生物群落包括真核生物、古生菌、细菌和病毒(包括细菌病毒(例如，噬菌体))，其中“遗传内容物”包括基因组DNA、RNA(诸如核糖体RNA和信使RNA)、表观基因组、质粒和所有其他类型的遗传信息。在一些实施例中，微生物组具体是指生态位中微生物群落的遗传内容物。如本文所用，“微生物群”是指出现(持续或暂时)在受试者(例如，人受试者)中和上的微生物群落，包括真核生物、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒，例如噬菌体)。在一些实施例中，微生物群具体是指生态位上的微生物群落。如本文所用，“致病有机体”或“(伺机性)病原体”是指仅当在受试者(例如人受试者)中存在某些遗传和/或环境条件时能够引起疾病的共栖生物体。如本文所用，术语“致病性的”(例如“致病菌”)是指能够引起疾病的物质、微生物或条件。在某些情境下，病原体还包括与疾病或病症相关，但尚未建立或尚待建立(直接)因果关系的微生物(例如细菌)。如本文所用，术语“病原体”是指可以在受试者，例如人中引起感染的病毒、寄生生物和细菌或其他病原体。如本文所用，“药物组合物”是对减轻、治疗或预防疾病具有药理学活性或其他直接效果的组合物或制剂，和/或其最终剂型或配制品，并且是供人使用。药物组合物典型地在良好生产规范(GMP)条件下生产。药物组合物可以是无菌或非无菌的。如果是非无菌的，此类药物组合物典型地满足如美国药典(USP)或欧洲药典(EP)中所述的非无菌药学产品的微生物指标和标准。药物组合物可以进一步包含另外的活性剂(例如像另外的治疗剂)，或可以与这些另外的活性剂共同给予。药物组合物还可包含例如另外的治疗剂、多酚、益生元物质、益生菌、药学上可接受的赋形剂、溶剂、载剂或其任何组合。本文提供的任何聚糖聚合物制剂都可以配制为药物组合物。如本文所用，术语“受试者”(在一些情况下“患者”)是指任何人受试者。该术语不指示任何特定的年龄或性别。受试者可包括怀孕妇女。受试者可包括新生儿(早产新生儿、足月新生儿)、最多一岁的婴儿、幼儿(例如，1岁至12岁)、青少年(例如，13-19岁)、成人(例如，20-64岁)和老年人(65岁和以上)。受试者不包括农业动物，例如，农场动物或牲畜，例如，牛、马、绵羊、猪、鸡等。如本文所用(例如关于生物标记物或代谢物)，“大幅减少”是减少5％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、98％、99％、99.9％或100％。如本文所用(例如关于生物标记物或代谢物)，“大幅增加”是增加10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、100％、150％、200％、250％、300％、350％、400％、450％、500％、550％、600％、650％、700％、750％、800％、850％、900％、950％、1000％、或超过1000％。术语“底物”在本文中与术语糖苷酶和/或糖苷酶分子结合使用时是指是聚糖聚合物，该聚糖聚合物是糖苷酶分子的产物，或具有由糖苷酶分子制备的聚糖聚合物的结构；并且是糖苷酶，例如在人肠道微生物中表达的糖苷酶的底物。在实施例中，糖苷酶分子在适当的反应条件下催化聚糖亚基的聚合以形成底物，并且糖苷酶在适当的反应条件下裂解底物的聚糖亚基之间的键(在实施例中，由糖苷酶分子形成的相同键)。在一个实施例中，糖苷酶分子和糖苷酶具有相同的一级氨基酸序列，例如，是相同的酶。在实施例中，底物具有以下特性中的一种或多种：i)它与天然存在的糖苷酶底物足够相似：底物和糖苷酶的转换率为至少一种天然存在的糖苷酶底物的转换率的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％。转换率可以例如根据每单位时间例如每分钟或每小时裂解的糖苷键，或每单位时间例如每小时或每分钟的聚糖聚合物的解聚速率进行表示；ii)其对糖苷酶的结合常数是至少一种天然存在的糖苷酶底物对糖苷酶的结合常数的至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％，并且在实施例中不超过至少一种天然存在的糖苷酶底物对糖苷酶的结合常数的1、2、3、4、5、10、50或100倍；并且iii)其针对糖苷酶的结合基序、其针对糖苷酶分子的结合基序、以及至少一种天然存在的糖苷酶底物共享一个或多个特异性聚糖亚基，例如特异性糖二聚体、特异性糖分支点、特异性α或β构型、特异性区域化学，例如1,2-、1,3-、1,4-、1,5-或1,6-键联；并且iv)底物促进表达酶分子的人肠道微生物的生长或代谢。如本文所用，“合成的”是指并非天然存在的人造化合物或制剂，诸如聚糖聚合物制剂。在一个实施例中，在合适的反应条件下例如通过由加入反应中的单个聚糖亚基产生寡聚物的聚合反应，使用本文所述的非酶聚合催化剂合成制剂的聚糖。在一些实施例中，非酶聚合催化剂充当水解剂且可断裂糖苷键。在其他实施例中，非酶聚合催化剂可以形成糖苷键。在一个实施例中，在合适的反应条件下例如通过由加入反应中的单个聚糖亚基产生寡聚物的聚合反应，使用本文所述的糖苷酶分子合成制剂的聚糖。在一些实施例中，糖苷酶分子充当水解剂且可断裂糖苷键。在其他实施例中，糖苷酶分子可以形成糖苷键。在一个实施例中，在合适的反应条件下例如通过由加入反应中的单个聚糖亚基产生寡聚物的聚合反应，使用固相寡糖合成法合成制剂的聚糖。合成聚糖聚合物制剂也可以包括不是从天然寡糖或多糖源分离的聚糖聚合物。应当理解，虽然聚糖聚合物制剂不是从天然寡糖或多糖源分离，但组成聚糖聚合物的聚糖亚基可以且通常是从天然寡糖或多糖源(包括本文列出的那些)分离，或者从头合成。如本文所用，术语“治疗”(“treating”和“treatment”)是指将试剂或组合物给予至受试者(例如，受不利病症、障碍或疾病困扰的有症状受试者)，以减轻症状的严重程度和/或频率，消除症状和/或其根本病因，和/或促进损伤改善或修复，和/或预防无症状受试者(例如人受试者)中的不利病症、障碍或疾病，该无症状受试者易受特定不利病症、障碍或疾病的影响或疑似发展该病症、障碍或疾病或处于发展该病症、障碍或疾病的风险下。“治疗性营养产品”是一种食物产品，该食物产品在单独地或与第二疗法(例如药物疗法)组合给予时提供治疗效果，在这种情况下，该食物产品提供累加或协同治疗效果或减轻或减少第二疗法的负面影响(例如减少副作用)。治疗性营养产品形成推荐饮食(例如，由医师或饮食学家或饮食学、人营养学方面的其他专家推荐的)和饮食调节(例如，基于受试者的医学状况和个体需要)的一部分。如本文所用，术语“木寡糖”或“XOS”是指通过β-(1,4)连接的木糖单元的糖寡聚物。木糖残基的数量从2至10变化，但主要由木二糖、木三糖和木四糖组成。还可以存在阿拉伯呋喃糖基、吡喃葡糖基糖醛酸或其4-O-甲基衍生物(2-或3-乙酰基或酚取代基)并且产生支化的XOS。在一个实施例中，XOS是主要的线性β-(1,4)连接的XOS(主要是木二糖、木三糖和木四糖)以及一些具有分支阿拉伯糖残基的寡糖。在一个实施例中，XOS用来自木质纤维素材料的β-木聚糖酶制备。在一个实施例中，木聚糖通过内切-β-1,4-木聚糖酶(EC3.2.1.8)或通过β-木糖苷酶(EC3.2.1.9)酶促水解成木寡糖。在一个实施例中，XOS通过例如由内切-β-1,4-木聚糖酶、外切-β-1,4-木糖苷酶、α-葡糖醛酸糖苷酶、α-L-阿拉伯呋喃糖苷酶、乙酰木聚糖酯酶、阿魏酸酯酶或对香豆酸酯酶酶促降解木聚糖来制备。在一个实施例中，XOS是以下文献中披露的、或通过以下文献中所述的方法制备的XOS：Meyer2015的参考文献152、159、162、179、214-216、或232中的任一个，将Meyer2015与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，XOS是以下文献中所述的、或通过以下文献中所述的方法制备的XOS：Diez-Municio等人2014中出现的Casci和Rostal,2006，将Diez-Municio等人2014与其引用至本文中的每一个参考文献一起通过引用并入本文。在一个实施例中，XOS通过来自以下的木聚糖酶合成：里氏木霉(T.reesei)、哈茨木霉(T.harzianu)、绿色木霉(T.viride)、康氏木霉(T.koningii)、长枝木霉(T.longibrachiatum)、黄孢原毛平革菌(P.chyrosporium)、密褐褶菌(G.trabeum)、或米曲霉(A.oryzae)。在本说明书和权利要求书中使用术语“包含”时，它并不排除其他要素。出于本发明的目的，术语“由......组成”被认为是术语“包含......”的优选实施例。如果在下文中将组定义为包含至少一定数量的实施例，则还应理解为这披露了优选仅由这些实施例组成的组。当提及单数名词时使用不定冠词或定冠词，例如“一种/一个(a/an)”、“该(the)”时，这包括那个名词的复数，除非另外确切指明。关于治疗或诊断方法的权利要求和披露内容被认为是“用于在......中使用的化合物、组合物、产品等”或“化合物、组合物、产品等在制造用于......的药物、药物组合物、诊断组合物等中的用途”的实施例和权利要求的等同公开内容，并且指明此类化合物、组合物、产品等用于可在人体或动物体上实践的诊断或治疗方法。如果实施例或权利要求因此提及“通过将化合物给予至怀疑罹患疾病的人或动物的治疗方法”，则认为这也是“化合物在制造用于治疗怀疑罹患疾病的人或动物的药物中的用途”或“用于在治疗怀疑罹患疾病的人或动物中使用的化合物”的披露内容。举例来说：对通过给予一定量的聚糖聚合物制剂来治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质、脂多糖(LPS)或胆汁酸)水平相关的疾病或障碍的受试者的方法的提及被认为是以下的披露内容：(i)用于在治疗患有与不希望的代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质、脂多糖(LPS)或胆汁酸)水平相关的疾病或障碍的受试者中使用的聚糖聚合物制剂，或(ii)聚糖组合物在制造用于治疗患有与不希望的代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质、脂多糖(LPS)或胆汁酸)的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的药物中的用途。无论何处提及通过例如给予聚糖组合物来治疗个体或个体群体的方法，这种提及在一个优选的实施例中设想在这种治疗过程中的可以帮助确定例如个体或群体由于其微生物组组成而是否易受某种治疗、是否成功等的分析诊断步骤等。以举例的方式：对通过给予一定量的聚糖聚合物制剂来治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质、脂多糖(LPS)或胆汁酸)的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的方法的提及也被认为是这种方法的披露内容，其中在优选的实施例中，受试者例如(i)在开始治疗之前将首先测试代谢物的性质和水平，(ii)将测试其微生物组的组成，以使聚糖组合物的给予适应肠道中的微生物糖苷酶组合物，(iii)将在治疗过程中进行测试，以监测聚糖组合物给予对代谢物水平的影响，等等。术语“通过......可获得”、“通过......可生产”等用于指明权利要求或实施例是指化合物、组合物、产品等本身，即化合物、组合物、产品等可通过针对化合物、组合物、产品等的制造所述的方法获得或生产，但化合物、组合物、产品等也可以通过除了所描述的方法之外的其他方法获得或生产。术语“通过......获得”、“通过......生产”等指明化合物、组合物、产品通过所述具体方法获得或生产。应理解，术语“通过......可获得”、“通过......可生产”等也披露了术语“通过......获得”、“通过......生产”等，以作为“通过......可获得”、“通过......可生产”等的优选实施例。应进一步理解，作为优选实施例，本披露还披露了如何组合本文描述的各个方面和实施例。例如，表3披露了代谢物与种族和菌株之间的关联，而表5披露了代谢物与疾病之间的关联。因此，本领域技术人员将一起考虑该信息并理解必须影响哪些微生物以例如降低代谢物的水平以便治疗某种疾病。如本文所用，“同源性”和“序列同一性”(在本文中可互换使用)是序列(例如，氨基酸序列或核酸序列)与另一序列的相似程度的量度。两个序列之间的“同源性”或“序列同一性”(这些术语在本文中可互换使用)的计算如下进行。出于最佳比较的目的将序列比对(例如，在第一氨基酸或核酸序列和第二氨基酸或核酸序列的一个或两个中引入空位以用于最佳比对，并且出于比较目的，非同源序列可以忽略)。使用GCG软件包中的GAP程序将最佳比对确定为最佳评分，使用Blossum62评分矩阵，空位罚分为12，空位延伸罚分为4，并且移码空位罚分为5。然后比较相应的氨基酸位置或核苷酸位置处的氨基酸残基或核苷酸。当第一序列中的位置被与第二序列中的相应位置相同的氨基酸残基或核苷酸占据时，则这些分子在该位置是相同的(如本文所用，氨基酸或核酸“同一性”等同于氨基酸或核酸“同源性”)。两个序列之间的同一性百分比是这些序列共享的相同位置数的函数。制备聚糖聚合物的方法可以使用本领域已知的任何方法生产聚糖聚合物制剂。聚糖聚合物组合物可包含本文所述的聚糖、膳食纤维(例如像FOS(果寡糖))、其他糖(例如，单体、二聚体，例如像乳果糖)和糖醇、以及任选的其他组分(例如像，多酚、脂肪酸、肽、微量营养素等，诸如WO2016/172658，“MICROBIOMEREGULATORSANDRELATEDUSESTHEREOF[微生物组调节剂及其相关用途]”中描述的那些)、以及微生物，诸如细菌。WO2016/122889，“GLYCANTHERAPEUTICSANDRELATEDMETHODSTHEREOF[聚糖治疗剂及其相关方法]”和WO2016/172657，“GLYCANTHERAPEUTICSANDMETHODSOFTREATMENT[聚糖治疗剂和治疗方法]”(这些文献以其全文通过引用并入本文)中描述的聚糖制剂适用于本文所述的方法和组合物。包含聚糖聚合物的制剂可以利用非酶催化剂(例如，WO2012/118767，“POLYMERICACIDCATALYSTSANDUSESTHEREOF[聚合酸催化剂及其用途]”中所述的聚合催化剂)或通过其他合适方法生成。可以使用其他酸催化剂(例如固体催化剂)。制备本文所述的聚合和固体负载型催化剂的方法可以在WO2014/031956，“POLYMERICANDSOLID-SUPPORTEDCATALYSTS,ANDMETHODSOFDIGESTINGCELLULOSICMATERIALSUSINGSUCHCATALYSTS[聚合和固体负载型催化剂以及使用此类催化剂消化纤维素材料的方法]”中找到。例如通过使用催化剂(例如如WO2016/007778，“OLIGOSACCHARIDECOMPOSITIONSANDMETHODSFORPRODUCINGTHEREOF[寡糖组合物及其制备方法]”中所述的)生成的聚糖适用于本文所述的方法和组合物。所有专利申请以其全文通过引用并入本文。在一些实施例中，使用固相寡糖合成制备聚糖聚合物，例如使用多种保护基团来实现聚糖合成。示例性方法描述于“Solid-PhaseOligosaccharideSynthesisandCombinatorialCarbohydrateLibraries[固相寡糖合成和组合性碳水化合物文库]”,PeterH.Seeberger和Wilm-ChristianHaase,AmericanChemicalSociety[美国化学会志],2000；和“Opportunitiesandchallengesinsyntheticoligosaccharideandglycoconjugateresearch[合成性寡糖和糖缀合物研究]”,ThomasJ.Boltje等人,NatChem.[自然化学]2009年11月1日；1(8):611-622。在一些实施例中，聚糖聚合物可以使用酶催化剂(例如，在细菌中分离或表达的糖苷酶或糖基转移酶)(诸如本文所述的)合成，以通过由加入至反应物中的单个聚糖亚基产生寡聚物的聚合反应合成聚糖。示例性方法描述于“SynthesisandPurificationofGalacto-Oligosaccharides:StateoftheArt[半乳寡糖的合成和纯化：现有技术]”,CarlosVera等人,WorldJ.MicrobiolBiotechnol.[世界微生物学与生物技术杂志]2016；32:197；“SynthesisofNovelBioactiveLactose-DerivedOligosaccharidesbyMicrobialGlycosideHydrolases[通过微生物糖苷水解酶合成新颖的生物活性乳糖衍生的寡糖]”,MarinaDiez-Municio等人,MicrobialBiotechnol.[微生物生物技术]2014；7(4),315-331；和“MethodsofImprovingEnzymaticTrans-GlycosylationforSynthesisofHumanMilkOligosaccharideBiomimetics[改善用于合成人乳寡糖仿生制品的酶促转糖基化的方法]”,BirgitteZeuner等人,J.Agric.FoodChem.[农业与食品化学杂志]2014,62,9615-9631；WO2005/003329“NOVELGALACTOOLIGOSACCHARIDECOMPOSITIONANDTHEPREPARATIONTHEREOF[新颖的半乳寡糖组合物及其制备]”，所有文献通过引用并入本文。在一些实施例中，聚糖制剂可以使用聚糖聚合物，诸如淀粉和其他纤维，诸如膳食纤维(诸如本文所述的)制备，并且使它们经受催化剂(例如，酸催化剂、固体或聚合催化剂、酶催化剂)以改变一种或多种聚糖(或纤维)特性，例如聚合度(例如解聚度)、支化度(例如脱支度)或糖苷键分布(例如，通过加入新型糖苷键或去除现有键)。玉米糖浆的示例性方法描述于美国专利公开号2016/0007642，实例101中，将该专利通过引用并入。可使用其他方法，诸如用于制备抗性淀粉的那些方法(例如，描述于M.G.Sajilata等人,“ResistantStarch-AReview[抗性淀粉-综述],”ComprehensiveReviewsinFoodScienceandFoodSafety[食品科学与食品安全的综合性评论]-第5卷,2006，美国专利公开号2006/0257977，“Slowlydigestiblestarch[可缓慢消化的淀粉]”)，例如像热处理、酶处理、化学处理或其组合来产生本文所述的聚糖制剂。聚糖亚基本发明的特征在于聚糖聚合物的制剂的制备方法或制造方法，该聚糖聚合物是肠道微生物(例如人肠道微生物)的底物。所述方法的起始材料是聚糖亚基，这些聚糖亚基包括糖单体(例如单糖)、糖二聚体(例如二糖)、糖三聚体(例如三糖)、或其组合。起始材料可以包括呋喃糖或吡喃糖。在一些实施例中，起始材料包括四糖、戊糖、己糖或庚糖。在一些实施例中，起始材料包括葡萄糖、半乳糖、阿拉伯糖、甘露糖、果糖、木糖、岩藻糖和鼠李糖。聚糖亚基起始材料可以是呈它们的L-或D-形式、α或β构型、和/或适用时的脱氧形式、以及其任何组合。本文所述方法中使用的聚糖亚基可以包括单糖，诸如C5单糖或C6单糖。在一些实施例中，单糖是C5单糖。在一些实施例中，单糖是C6单糖。聚糖亚基可以包括二糖，诸如包含C5单糖或C6单糖的二糖。在一些实施例中，二糖包含C5单糖。在一些实施例中，二糖包含两个C5单糖。在一些实施例中，二糖包含C6单糖。在一些实施例中，二糖包含两个C6单糖。在一些实施例中，二糖包含一个C5单糖和一个C6单糖。本文使用的聚糖亚基起始材料可以是选自以下的单糖：乙醇醛、甘油醛、二羟丙酮、赤藓糖、苏阿糖、赤藓酮糖、阿拉伯糖、来苏糖、核糖、木糖、核酮糖、木酮糖、阿洛糖、阿卓糖、半乳糖、葡萄糖、古洛糖、艾杜糖、甘露糖、塔罗糖、果糖、阿洛酮糖、山梨糖、塔格糖、岩藻糖、墨角藻糖、鼠李糖、甘露庚酮糖、景天庚酮糖、神经氨酸、N-乙酰神经氨酸、N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、果糖胺、半乳糖胺、葡糖胺、山梨糖醇、甘油、赤藓糖醇、苏糖醇、阿糖醇、木糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、半乳糖醇、岩藻糖醇和乳酸。本文使用的聚糖亚基起始材料可以选自以下的二糖或较大亚基：acarviosin、N-乙酰乳糖胺、异乳糖、纤维二糖、壳二糖、半乳糖-α-1,3-半乳糖、龙胆二糖、异麦芽、异麦芽糖、异麦芽酮糖、曲二糖、乳糖醇、乳糖酸、乳糖、乳果糖、昆布二糖、麦芽糖醇、麦芽糖、甘露二糖、蜜二糖、蜜二酮糖、新橙皮糖、黑曲霉糖、刺槐糖、芸香糖、山布双糖、槐糖、三氯蔗糖、蔗糖、乙酸异丁酸蔗糖酯、蔗糖八乙酸酯、海藻糖、松二糖、荚豆二糖和木二糖。在一些实施例中，聚糖亚基是未活化的聚糖亚基。在一些实施例中，聚糖亚基是活化的聚糖亚基，例如，用核苷、核苷酸(例如，UTP、UDP、UMP、GTP、GDP、GMP、ATP、ADP、AMP、CTP、CDP、CMP)、或磷酸基团活化。在一些实施例中，聚糖亚基是UDP糖或UMP糖。在一些实施例中，聚糖亚基经乙酰基基团、乙酸酯、硫酸半酯、磷酸酯或丙酮酸环缩醛基团取代或衍生化，或已经以其他方式在例如一个或多个羟基基团或胺基团处衍生化。在一些实施例中，聚糖亚基包括氨基糖、脱氧糖、亚氨基糖、糖酸或糖醇。示例性氨基糖包括阿卡波糖、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰胞壁酸、N-乙酰神经氨酸、N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸(N-acetyletalosaminuronicacid)、阿拉伯吡喃糖基-N-甲基-N-亚硝基脲、D-果糖-L-组氨酸、N-羟乙酰神经氨酸、酮胺、贵田霉素、甘露糖胺、1B-甲基硒基-N-乙酰-D-半乳糖胺、胞壁酸、胞壁酰二肽、磷酸核糖胺、PUGNAc、唾液酰-路易斯A、唾液酰-路易斯X、有效霉素、伏格列波糖、N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、天门冬氨酰葡糖胺、巴利硫醇(bacillithiol)、六碳氨糖、红霉脱氧糖胺、果糖胺、半乳糖胺、葡糖胺、葡甲胺和过骨胺(perosamine)。示例性脱氧糖包括1-5-脱水葡萄糖醇、克拉定糖、可立糖、2-脱氧-D-葡萄糖、3-脱氧葡糖醛酮、脱氧核糖、双脱氧核苷酸、毛地黄糖、氟脱氧葡萄糖、箭毒羊角拗糖(sarmentose)和磺基鸡纳糖。示例性亚氨基糖包括栗树精胺、1-脱氧野尻霉素、亚氨基糖、米格列醇、美格鲁特和苦马豆素。示例性糖酸包括N-乙酰神经氨酸、N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸(N-acetyltalosamnuronicacid)、醛糖二酸、醛糖酸、3-脱氧-D-甘露-辛-2-酮糖酸、葡糖醛酸、葡糖胺糖醛酸、甘油酸、N-羟乙酰神经氨酸、艾杜糖醛酸、异糖精酸、潘氨酸、唾液酸、苏糖酸、酮糖酸、糖醛酸、木糖酸、葡糖酸、抗坏血酸、酮脱氧辛酮糖酸、半乳糖醛酸、半乳糖胺糖醛酸、甘露糖醛酸、甘露糖胺糖醛酸、酒石酸、粘酸、葡糖二酸、乳酸、草酸、琥珀酸、己酸、富马酸、马来酸、丁酸、柠檬酸、氨基葡萄糖酸、苹果酸、琥珀酰胺酸、癸二酸和癸酸。示例性糖醇包括甲醇、乙二醇、甘油、赤藓糖醇、苏糖醇、阿糖醇、核糖醇、木糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、半乳糖醇、艾杜醇、庚七醇、岩藻糖醇、肌醇、麦芽三糖醇、麦芽四糖醇和聚葡糖醇。在一些实施例中，聚糖亚基起始材料是盐(例如，药学上可接受的盐)，例如像盐酸盐、氢碘酸盐、氢溴酸盐、磷酸盐、硫酸盐、甲烷磺酸盐、乙酸盐、甲酸盐、酒石酸盐、苹果酸盐、柠檬酸盐、琥珀酸盐、乳酸盐、葡糖酸盐、丙酮酸盐、富马酸盐、丙酸盐、天冬氨酸盐、谷氨酸盐、苯甲酸盐、抗坏血酸盐。用于本文所述方法中的聚糖亚基可以从任何商业上已知的来源获得，或者根据本领域已知的任何方法生产。在一些实施例中，可以利用水解产生适于生产本文所述的聚糖的组成单糖或寡糖。聚糖单元，例如像单糖可以以许多不同形式存在，例如，构象异构体、环形式、无环形式、立体异构体、互变异构体、端基差向异构体和异构体。使用非酶聚合催化剂制备聚糖聚合物反应条件在一些实施例中，使聚糖单元和催化剂(例如，聚合催化剂或固体负载型催化剂)反应至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少6小时、至少8小时、至少16小时、至少24小时、至少36小时或至少48小时；或1-24小时之间、2-12小时之间、3-6小时之间、1-96小时之间、12-72小时之间、或12-48小时之间。在一些实施例中，根据本文所述的方法生产的一种或多种寡糖的聚合度(DP)可以通过反应时间来调节。例如，在一些实施例中，一种或多种寡糖的聚合度通过增加反应时间而增加，而在其他实施例中，一种或多种寡糖的聚合度通过减少反应时间而减小。反应温度在一些实施例中，将反应温度维持在约25℃至约150℃的范围内。在某些实施例中，该温度是从约30℃至约125℃、约60℃至约120℃、约80℃至约115℃、约90℃至约110℃、约95℃至约105℃或约100℃至110℃。聚糖单元的量用于本文所述方法中的聚糖单元相对于使用的溶剂量的量可以影响反应速率和产率。使用的聚糖单元的量可以通过干固体含量来表征。在某些实施例中，干固体含量是指基于干重以百分比计的浆液的总固体。在一些实施例中，聚糖单元的干固体含量在约5wt％至约95wt％之间、在约10wt％至约80wt％之间、在约15wt％至约75wt％之间、或在约15wt％至约50wt％之间。催化剂的量用于本文所述方法中的催化剂的量可取决于若干种因素，包括例如，选择聚糖单元的类型、聚糖单元的浓度和反应条件(例如，温度、时间和pH)。在一些实施例中，催化剂与聚糖单元的重量比是约0.01g/g至约50g/g、约0.01g/g至约5g/g、约0.05g/g至约1.0g/g、约0.05g/g至约0.5g/g、约0.05g/g至约0.2g/g或约0.1g/g至约0.2g/g。溶剂在某些实施例中，使用催化剂的方法在水性环境中进行。一种合适的水性溶剂是水，它可以从各种来源获得。通常，具有较低浓度的离子物质(例如，钠、磷、铵或镁的盐)的水源是优选的，因为这种离子物质可能降低催化剂的效力。在水性溶剂是水的一些实施例中，水有至少0.1兆欧-厘米、至少1兆欧-厘米、至少2兆欧-厘米、至少5兆欧-厘米或至少10兆欧-厘米的电阻率。水含量此外，随着方法的脱水反应的进行，在一个或多个聚糖单元的每次偶联时产生水。在某些实施例中，本文所述的方法可以进一步包括监测一段时间内反应混合物中存在的水量和/或水与单体或催化剂的比率。在一些实施例中，该方法进一步包括去除反应混合物中产生的至少一部分水(例如，如通过真空过滤去除至少约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、99％、或100％中的任一者)。然而，应理解，可以基于反应条件和使用的特定催化剂调整水相对于单体的量。可以使用本领域已知的任何方法去除反应混合物中的水，包括例如通过真空过滤、真空蒸馏、加热和/或蒸发。在一些实施例中，该方法包括在反应混合物中包含水。在一些方面，本文提供了生产寡糖组合物的方法，通过：将聚糖单元和具有酸性部分和离子部分的催化剂合并以形成反应混合物，其中在反应混合物中产生水；并且去除反应混合物中产生的至少一部分水。在某些变型中，去除至少一部分水，以将反应混合物中的水含量维持在按重量计少于99％、少于90％、少于80％、少于70％、少于60％、少于50％、少于40％、少于30％、少于20％、少于10％、少于5％、或少于1％。在一些实施例中，根据本文所述的方法生产的一种或多种寡糖的聚合度(DP)可以通过调整或控制反应混合物中存在的水浓度来调节。例如，在一些实施例中，一种或多种寡糖的聚合度通过减小水浓度而增加，而在其他实施例中，一种或多种寡糖的聚合度通过增加水浓度而减小。在一些实施例中，在反应期间调整反应的水含量来调整生产的一种或多种寡糖的聚合度。在一个实例中，向配备有顶置式搅拌器和夹套式短路冷凝器的圆底烧瓶中加入一种或多种单-、二聚体-、三聚体或其他寡糖以及按干重计1％-50％(1％-10％、1％-20％、1％-30％、1％-40％、1％-60％、1％-70％)的一种或多种本文所述的催化剂。可以将水或另一种相容性溶剂(0.1-5当量、1-5当量、1-4当量、0.1-4当量)加入干混合物中，并且可以使用大小匹配尽可能接近所选圆底烧瓶的轮廓的桨，以缓慢速度(例如10-100rpm、50-200rpm、100-200rpm)将浆液合并。在10-1000毫巴真空压力下将混合物加热至70℃-180℃(70℃-160℃、75℃-165℃、80℃-160℃)。搅拌该反应30分钟至6小时，持续从反应中去除水。可以通过HPLC监测反应进程。可以将通过该工艺获得的固体物质溶解在体积足以产生约50Brix(克糖/100g溶液)的溶液的水中。溶解完成后，通过过滤去除固体催化剂，并可以例如通过旋转蒸发将寡聚物溶液浓缩至大约50-75Brix。任选地，可以使用有机溶剂，并且可以通过双相萃取去除与水不混溶的溶剂，且可以在浓缩步骤的同时例如通过旋转蒸发去除水混溶性溶剂。使用糖苷酶分子制备聚糖聚合物反应条件使用本文所述的方法生产的聚糖聚合物可以通过糖苷酶分子(例如水解酶、转移酶或裂解酶)催化的糖苷键的缩合(例如，逆水解)和/或转糖基化来产生。在一些实施例中，根据本文所述的方法生产的聚糖聚合物的特征可以通过反应条件，例如反应时间、反应温度、聚糖亚基的浓度或量、糖苷酶分子的浓度或量、溶剂或另外的加工步骤(例如，如本文所述)来调节。在一些实施例中，本文所述的方法的反应条件反映了生理条件，例如在5与7.5之间的pH和在35℃与60℃之间的温度。在一些实施例中，本文所述的方法的反应条件偏离生理条件。反应时间在一些实施例中，使糖苷酶分子和起始材料(例如聚糖亚基)反应至少5分钟、至少10分钟、至少15分钟、至少30分钟、至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少6小时、至少8小时、至少16小时、至少24小时、至少36小时或至少48小时。在一些实施例中，使糖苷酶分子和起始材料(例如聚糖亚基)反应1-24小时之间、2-12小时之间、3-6小时之间、1-96小时之间、12-72小时之间或12-48小时。在一些实施例中，根据本文所述的方法生产的聚糖聚合物的聚合度(DP)可以通过反应时间来调节。例如，在一些实施例中，聚糖聚合物的聚合度通过增加反应时间而增加，而在其他实施例中，聚糖聚合物的聚合度通过减少反应时间而减小。反应温度在一些实施例中，将反应温度维持在约4℃至约150℃的范围内。在某些实施例中，该温度是从约4℃至约30℃、约4℃至约125℃、从约30℃至约125℃、约60℃至约120℃、约80℃至约115℃、约90℃至约110℃、约95℃至约105℃或约100℃至110℃。在一些实施例中，反应温度是室温(例如，约25℃)。在一些实施例中，反应温度是生理温度(例如，约30℃)。在一些实施例中，反应温度是约60℃。在一些实施例中，在一段时间后通过增加温度，例如通过酶的变性，使反应减慢或基本上停止。在一些实施例中，通过将温度增加至大于约45℃、约50℃、约60℃、约70℃、约80℃、约90℃、约100℃、约110℃或更大使反应减慢或基本上停止。聚糖亚基的浓度或量用于本文所述方法中的聚糖亚基相对于使用的溶剂量的浓度或量可以影响反应速率和产率。在一些实施例中，聚糖亚基的浓度或量是约10mg/mL、约25mg/mL、约50mg/mL、约75mg/mL、约100mg/mL、约200mg/mL、约300mg/mL、约400mg/mL、约500mg/mL、约750mg/mL、约1g/mL或更多。使用的聚糖亚基的量可以通过干固体含量来表征。在某些实施例中，干固体含量是指基于干重以百分比计的浆液的总固体。在一些实施例中，聚糖亚基的干固体含量在约5wt％至约95wt％之间、在约10wt％至约80wt％之间、在约15wt％至约75wt％之间、或在约15wt％至约50wt％之间。糖苷酶分子的浓度或量用于本文所述方法中的糖苷酶分子的浓度或量可取决于若干种因素，包括例如，选择聚糖亚基的类型、聚糖亚基的浓度和反应条件(例如，温度、时间和pH)。在一些实施例中，糖苷酶分子的浓度或量是约0.1U/mL、约0.5U/mL、约1U/mL、约5U/mL、约10U/mL、约25U/mL、约50U/mL或更高。在一些实施例中，糖苷酶分子的浓度或量在0.1-5U/mL之间、在1-25U/mL之间或是1-50U/mL。在一些实施例中，糖苷酶分子与聚糖亚基的重量比是约0.01g/g至约50g/g、约0.01g/g至约5g/g、约0.05g/g至约1.0g/g、约0.05g/g至约0.5g/g、约0.05g/g至约0.2g/g或约0.1g/g至约0.2g/g。溶剂在一些实施例中，反应的溶剂是生物相容性溶剂。在某些实施例中，反应的溶剂是水性溶剂，例如水或水混合物。在一些实施例中，反应的溶剂是水或水与可混溶溶剂，诸如丙酮、乙醇、异丙醇、聚乙二醇、叔丁醇或另一种溶剂的混合物。在一些实施例中，反应的溶剂是有机溶剂(例如纯有机溶剂)。可以向反应混合物中加入溶剂以例如通过增加糖苷酶分子对聚糖亚基的可及性来增加反应速率或总反应产率。示例性溶剂包括有机溶剂诸如DMSO和甲苯。另外的反应组分反应混合物可以包含另外的组分，诸如盐、去污剂、金属、螯合剂、酸、碱、辅因子、辅酶、维生素、氨基酸、辅基、核苷、核苷酸或其任何组合。在一些实施例中，反应混合物包含辅因子或辅酶，诸如NAD+、NADH、NADP+、NADPH、FAD、FADH、辅酶A、生物素、磷酸吡哆醛或甲基钴胺素。在一些实施例中，包含另外的组分改善了反应产率、酶转换率、酶稳定性、聚糖亚基稳定性、聚糖聚合物稳定性或其任何组合。糖苷酶本文描述了制备聚糖聚合物的制剂的方法，这些聚糖聚合物是糖苷酶，例如存在于人肠道微生物中的糖苷酶的底物。在它们的天然环境中(例如，由受试者肠道中的肠道细菌表达的)，糖苷酶使用聚糖聚合物作为底物，例如，它们识别特定的聚糖聚合物并且水解聚糖聚合物中的糖苷键。该水解可导致单体或二聚体从聚糖聚合物中释放、聚糖聚合物缩短、和/或脱支(例如除去聚糖聚合物的糖苷分支点)。糖苷酶作用为微生物提供了可以转化为能量的聚糖分解产物。该过程称之为聚糖发酵。许多糖苷酶是特异性的，例如，它们具有在聚糖链末端(例如外切糖苷酶)或内部(例如内切糖苷酶)的识别基序，它们可以识别特定的糖或糖组合(例如glu-glu或glu-gal)，并且可以进一步在立体和/或区域化学方面具有选择性(例如识别α相对于β糖苷键、和/或1->2相对于1->3相对于1->6键联)。一些糖苷酶更具混杂性，具有更广泛种类的聚糖聚合物底物。在人工环境中和在合适的条件下，糖苷酶可以例如通过缩合反应和/或转糖基化反应产生聚糖聚合物。产生的聚糖聚合物可以具有比输入物更高的聚合度，可以表现出支化，以及立体和/或区域化学变化(相对于α-β糖苷键和键联)。示例性糖苷酶包括水解酶、转移酶或裂解酶。糖苷酶可以以多种方式，诸如通过其序列、大小或功能进行表征。在一些实施例中，糖苷酶与来自特定分类群的细菌相关。在一些实施例中，糖苷酶具有基于对基因组、结构和生化信息的分析的CAZy家族名称(即，由碳水化合物活性酶数据库(http://www.cazy.org/)提供的家族名称)，例如，糖基水解酶(GH)家族或糖基转移酶(GT)家族。在一些实施例中，糖苷酶(例如天然存在的糖苷酶，例如由肠道微生物表达的)是糖苷酶分子(例如，在本文所述的制备聚糖聚合物的方法中使用的糖苷酶)。在一些实施例中，糖苷酶分子与糖苷酶80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％或100％相同(例如根据DNA序列、RNA序列或氨基酸序列)。在其他实施例中，与糖苷酶相比，糖苷酶分子包含缺失、附加序列、点突变、保守或非保守氨基酸改变、密码子优化、纯化标签、折叠/稳定性促进突变等。在一些实施例中，糖苷酶是GHCAZY家族的成员。在一些实施例中，糖苷酶是GTCAZY家族的成员。在一些实施例中，糖苷酶分子与具有一个或多个序列(例如DNA、RNA或氨基酸序列)修饰(诸如本文所述的那些)的糖苷酶相关(或衍生自该糖苷酶)。在一些实施例中，糖苷酶或糖苷酶分子存在于人肠道微生物中。糖苷酶可以从微生物中分离。在一些实施例中，糖苷酶存在于微生物上清液中、存在于微生物提取物中、存在于微生物细胞团中、或分离至基本纯度(例如基本上纯的酶级分)。在一些实施例中，糖苷酶源自人肠道微生物。在一些实施例中，糖苷酶源自酵母、真菌或细菌。在一个实施例中，糖苷酶源自细菌，诸如人肠道细菌。在一些实施例中，细菌分类群是放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、互养菌门(Synergistetes)、软壁菌门(Tenericutes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、广古菌门(Euroarchaeota)之一，例如表2中描述的细菌分类群。在一些实施例中，人肠道微生物是具有细菌分类群放线菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群拟杆菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群厚壁菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群梭杆菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群螺旋体门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群互养菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群软壁菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群变形菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群疣微菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物是细菌分类群广古菌门的物种。在一些实施例中，人肠道微生物不是双歧杆菌属或乳杆菌属。在一些实施例中，聚糖聚合物(例如，通过本文所述的方法生产的)是来自某些CAZy家族(例如，糖基水解酶(GH)家族或糖基转移酶(GT)家族)的人肠道微生物糖苷酶的底物。在一些实施例中，聚糖聚合物是来自某些糖基水解酶(GH)家族(例如GH1至GH135之一)或糖基转移酶(GT)家族(例如GT1至GT101之一)的人肠道微生物糖苷酶的底物。在一些实施例中，选择聚糖聚合物制剂以作为具有特定糖苷酶谱的人肠道微生物的底物(例如，它表达(或在其基因组中具有)一种或多种糖苷酶基因，例如来自一个或多个CAZy家族)。在一些实施例中，将糖苷酶分子用于本文所述的方法中以生产聚糖聚合物，这些糖苷酶分子包含存在于特定微生物(或微生物群)中的那些糖苷酶中的一种或多种的功能。在一些实施例中，糖苷酶分子包含与糖苷酶(例如，存在于肠道微生物中的酶)相同的功能。在一些实施例中，糖苷酶分子与糖苷酶具有结构相似性或一定程度的序列相似性。糖苷酶分子可以通过本领域已知的任何方法，例如，使用标准克隆、遗传学、蛋白质表达、蛋白质纯化或蛋白质加工技术产生。适用于本文所述的制备聚糖聚合物的方法的糖苷酶分子可以基于其存在于微生物中的糖苷酶对应物进行选择，并且因此聚糖聚合物或其制剂可以针对微生物的糖苷酶(糖苷酶谱)进行定制以作为定制底物。在一些实施例中，聚糖聚合物(例如，通过本文所述的方法生产的)是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT5、GH94、GH13.9、GH13.39、GH13.36、GH113.0和GH112CAZy家族。在一些实施例中，聚糖聚合物是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13、GH13亚家族9、GH13亚家族31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77和GH94CAZy家族。在一些实施例中，聚糖聚合物是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8和GH13亚家族14CAZy家族。在一些实施例中，聚糖聚合物是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH51、GT10和GH77CAZy家族。在一些实施例中，聚糖聚合物是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8和GH13CAZy家族。在一些实施例中，聚糖聚合物是选自以下的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、GH28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族。在一些实施例中，糖苷酶或糖苷酶分子不是以下之一：GH1、GH2、GH3、GH4、GH5、GH8、GH9、GH10、GH11、GH12、GH13、GH14、GH16、GH26、GH28、GH30、GH31、GH32、GH35、GH42、GH43、GH44、GH50、GH51、GH57、GH62、GH63、GH68、GH70、GH97、GH100、GH116、GH119或GH122CAZy家族。在一些实施例中，本文所述的方法进一步包括经由计算机模拟鉴定特定微生物的糖苷酶谱(例如，CAZy家族(例如，GT家族或GH家族)的)。在一些实施例中，对糖苷酶谱的鉴定根据实例11-15的方法进行。例如，来自从健康人肠道微生物组分离的一批共生菌物种的测序基因组例如作为人微生物组计划的一部分可以预测它们调节代谢物，例如产生丁酸盐、通过脲酶将尿素转化为氨，或将胆碱转化为TMA的能力。在一些实施例中，聚糖聚合物是存在于调节微生物代谢物的水平(例如产生微生物代谢物)的微生物(例如人肠道微生物)中的糖苷酶的底物。示例性代谢物包括甲酸、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸、抗坏血酸、乳酸、色氨酸、血清素、吲哚、琥珀酸、三甲胺(TMA)、TMAO(三甲胺N-氧化物)、脱氧胆酸、乙基苯基硫酸盐、乙酰醛、过氧化氢、氨、胆汁酸、脂多糖(LPS)和/或丁二酮。在一些实施例中，代谢物是丁酸(例如丁酸盐)、三甲胺(TMA)或氨。在一些实施例中，代谢物是丁酸(例如丁酸盐)。在一些实施例中，代谢物是乙酸(例如乙酸盐)。在一些实施例中，代谢物是丙酸(例如丙酸盐)。在一些实施例中，代谢物是三甲胺(TMA)。在一些实施例中，代谢物是氨。在一些实施例中，代谢物是脂多糖(LPS)。在一些实施例中，代谢物是胆汁酸(例如次级胆汁酸)。在一些实施例中，可以检测代谢物的大幅增加或减少。在一些实施例中，糖苷酶或糖苷酶分子不是α-或β-半乳糖苷酶、α-或β-葡糖苷酶、α-或β-木糖苷酶、α-或β-甘露糖苷酶或α-或β-呋喃果糖苷酶。在一些实施例中，糖苷酶或糖苷酶分子不是α-或β-半乳糖苷酶。产生糖苷酶分子的方法糖苷酶分子可以通过在重组宿主细胞中表达产生，也可以通过其他方法，诸如体外转录和翻译以及化学合成产生。对于细胞表达，可以将编码糖苷酶分子的一种或多种核酸(例如cDNA或基因组DNA)插入到可复制载体中用于克隆或表达。载体可以是，例如，质粒、粘粒、病毒基因组、噬菌粒、噬菌体基因组或其他自主复制序列。可以通过多种程序将适当的编码核酸序列插入到载体中。例如，可以工程化适当的限制性内切核酸酶位点(例如，使用PCR)。然后可以使用限制性消化和连接将编码核酸序列插入在适当的位置。载体组分通常包括复制起点、一个或多个标记基因、增强子元件、启动子和转录终止序列中的一种或多种。糖苷酶分子可以任选地通过与一种或多种其他组分(诸如信号序列、表位或纯化部分或标记)融合而重组产生。对于细菌表达，可以在有或没有信号序列的情况下产生糖苷酶分子。例如，它可以在细胞内产生，使得它在包涵体或可溶性级分中累积。它也可以通过例如添加原核信号序列(例如适当的前导序列)来分泌。用于表达的示例性细菌宿主细胞包括任何可转化的大肠杆菌K-12菌株(诸如大肠杆菌BL21、C600、ATCC23724；大肠杆菌HB101NRRLB-11371、ATCC-33694；大肠杆菌MM294ATCC-33625；大肠杆菌W3110ATCC-27325)、枯草芽孢杆菌、假单胞菌属和其他芽孢杆菌的菌株。在一些实施例中，细菌宿主细胞选自蛋白水解分类群，例如表达很少或不表达内源性糖苷酶的分类群。糖苷酶分子可以在酵母宿主细胞中表达，该酵母宿主细胞例如酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)、粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomycespombe)、汉逊酵母(Hanseula)或巴斯德毕赤酵母(Pichiapastoris)。对于酵母表达，糖苷酶分子也可以在细胞内产生或通过分泌产生，例如，使用酵母转化酶前导序列或α因子前导序列(包括酵母属和克鲁维酵母属形式)、或酸性磷酸酶前导序列、或白色念珠菌(C.albicans)葡糖淀粉酶前导序列(公开于1990年4月4日的EP362,179)。表达和克隆载体均含有使载体能够在一种或多种选择的宿主细胞中复制的核酸序列。此类序列对于多种细菌、酵母和病毒是众所周知的。来自质粒pBR322的复制起点适用于大多数革兰氏阴性细菌；2μ质粒起点适用于酵母。表达和克隆载体典型地含有选择基因或标记物。典型的选择基因编码蛋白质，这些蛋白质(a)赋予对抗生素或其他毒素(例如氨苄青霉素、新霉素、甲氨蝶呤或四环素)的抗性，(b)补充营养缺陷型不足(诸如酵母属中的URA3标记物)，或(c)提供复合培养基不能得到的关键性营养素，例如编码芽孢杆菌的D-丙氨酸消旋酶的基因。表达和克隆载体通常含有与编码糖苷酶分子的核酸序列可操作地连接的启动子，以指导mRNA合成。适合与原核宿主一起使用的示例性启动子包括β-内酰胺酶和乳糖启动子系统(Chang等人,Nature[自然],275:615(1978)；Goeddel等人,Nature[自然],281:544(1979))；碱性磷酸酶、色氨酸(trp)启动子系统(Goeddel,NucleicAcidsRes.[核酸研究],8:4057(1980)；EP36,776)；和杂合启动子，诸如tac启动子(deBoer等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA[美国国家科学院院刊],80:21-25(1983))。用于细菌系统的启动子也可含有适当定位的Shine-Dalgarno序列。T7聚合酶系统也可用于驱动置于T7启动子控制下的核酸编码序列的表达。适于在重组细胞中合成糖苷酶分子的其他方法、载体和宿主细胞描述于MolecularCloning:ALaboratoryManual[分子克隆：实验室手册],第三版,Sambrook等人(编辑),ColdSpringHarborPress[冷泉港实验室出版社],(2001)(ISBN：0879695773)中。一旦在细胞中表达，就可以从培养基、包涵体或细胞裂解物中回收糖苷酶分子。细胞可以通过各种物理或化学手段破坏，这些手段诸如冻融循环、超声处理、机械破碎或细胞裂解剂(例如洗涤剂)。糖苷酶分子可以从可以在细胞裂解物中或在细胞培养基中发现的其他细胞蛋白质或多肽中纯化。可以采用各种蛋白质纯化方法并且此类方法是本领域已知的并且描述于例如Deutscher,MethodsinEnzymology[酶学方法],182(1990)；和Scopes,ProteinPurification:PrinciplesandPractice[蛋白质纯化：原理与实践],Springer-Verlag[施普林格出版社],纽约(2010)(ISBN：1441928332)中。示例性的纯化程序包括：通过在离子交换柱上分级分离；乙醇沉淀；反相HPLC；硅胶上或阳离子交换树脂诸如DEAE上的色谱法；色谱聚焦；SDS-PAGE；硫酸铵沉淀；使用例如SephadexG-75进行凝胶过滤；蛋白质A琼脂糖柱去除污染物诸如IgG；以及亲和柱(例如，结合表位标记形式的蛋白质的金属螯合柱和具有各种配体以结合与糖苷酶相关的任何纯化部分的柱)。纯化方法可包括两种不同离子交换色谱法步骤的组合，例如阳离子交换色谱法，随后是阴离子交换色谱法，或反之亦然。糖苷酶分子可以通过多种方法从离子交换树脂上洗脱，这些方法包括盐和/或pH梯度或阶梯。在一些实施例中，糖苷酶分子包括纯化部分(诸如表位标签和亲和柄)。此类部分可以用于亲和色谱法，并且可以任选地通过蛋白水解裂解去除。阴离子或阳离子取代基可以连接到基体上，以形成用于色谱法的阴离子或阳离子支持物。阴离子交换取代基包括二乙基氨基乙基(DEAE)、季氨基乙基(QAE)和季胺(Q)基团。阳离子取代基包括羧甲基(CM)、磺乙基(SE)、磺丙基(SP)、磷酸根(P)和磺酸根(S)。纤维素离子交换树脂诸如DE23、DE32、DE52、CM-23、CM-32和CM-52可从沃特曼有限公司(WhatmanLtd.)(英国肯特州梅德斯通(Maidstone,Kent))获得。SEPHADEXTM和其他交联离子交换剂也是已知的。例如，DEAE-、QAE-、CM-和SP-SEPHADEXTM和DEAE-、Q-、CM-和S-SEPHAROSETM和SEPHAROSETMFastFlow可从法玛西亚公司(PharmaciaAB)获得。DEAE和CM衍生的乙二醇-甲基丙烯酸酯共聚物诸如TOYOPEARLDEAE-650S或M和TOYOPEARLCM-650S或M可从TosoHaas公司(美国宾夕法尼亚州费城(Philadelphia,PA))获得。阳离子交换表面是具有共价结合的带负电荷的配体的离子交换表面，并且从而具有游离阳离子以与溶液中与表面接触的阳离子交换。示例性表面包括阳离子交换树脂，诸如其中共价结合的基团是羧酸根或磺酸根的那些阳离子交换树脂。可商购获得的阳离子交换树脂包括CMC-纤维素、SP-SephadexTM和FastS-SepharoseTM(法玛西亚公司)。阴离子交换表面是具有共价结合的带正电荷基团诸如季氨基基团的离子交换表面。示例性的阴离子交换表面是阴离子交换树脂，诸如DEAE纤维素、TMAE、QAESephadexTM和FastQSepharoseTM(法玛西亚公司)。糖苷酶分子的示例性纯化方案包括在裂解缓冲液中裂解大肠杆菌，随后进行深度过滤。然后使材料经历阳离子交换色谱法(CEX)。然后将CEX洗脱液在阴离子交换色谱法(AEX)步骤中在阴离子交换介质上方流过。可以使AEXFT经历抛光步骤。然后可以通过超滤/渗滤处理材料，例如，使材料浓缩或脱盐。可以基于标称分子量截留值(“NMWCO”)选择超滤/渗滤膜，以便将蛋白质保留在渗余物中，同时允许低分子量物质诸如盐进入滤液。在最终的缓冲液交换步骤过程中可以使用任何缓冲溶液或无菌水，例如，这取决于产物的期望最终pH和电导率。糖苷酶分子可以包含一个或多个保守序列修饰。此类保守修饰包括氨基酸取代、添加和缺失。可以通过本领域已知的标准技术(诸如定点诱变和PCR介导的诱变)引入修饰。保守氨基酸取代是其中的氨基酸残基被具有类似侧链的氨基酸残基替代的取代。在本领域中已经定义了具有类似侧链的氨基酸残基家族。这些家族包括具有以下侧链的氨基酸：碱性侧链(例如赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、酸性侧链(例如天冬氨酸、谷氨酸)、不带电极性侧链(例如甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、色氨酸)、非极性侧链(例如丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸)、β-分支侧链(例如苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸)以及芳香族侧链(例如酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、组氨酸)。因此，糖苷酶内的一个或多个氨基酸残基可以用来自相同侧链家族的其他氨基酸残基替代，并且可以使用本文所述的功能测定测试改变的糖苷酶分子。另外的加工步骤任选地，制剂可以经历另外的加工步骤。另外的加工步骤可以包括例如纯化步骤。纯化步骤可以包括例如分离、稀释、浓缩、过滤、脱盐或离子交换、色谱分离或脱色或其任何组合。脱色在一些实施例中，本文所述的方法还包括脱色步骤。生产的聚糖聚合物可以利用本领域已知的任何方法经历脱色步骤，该方法包括例如，用吸收剂、活性碳处理、色谱法(例如，利用离子交换树脂)、氢化和/或过滤(例如，微滤)。在某些实施例中，使生产的聚糖聚合物与颜色吸收材料在特定温度下、在特定浓度下接触和/或持续特定持续时间。在一些实施例中，与聚糖聚合物接触的颜色吸收物质的质量小于聚糖聚合物质量的50％、小于聚糖聚合物质量的35％、小于聚糖聚合物质量的20％、小于聚糖聚合物质量的10％、小于聚糖聚合物质量的5％、小于聚糖聚合物质量的2％、或小于聚糖聚合物质量的1％。在一些实施例中，使聚糖聚合物与颜色吸收材料接触。在某些实施例中，使聚糖聚合物与颜色吸收材料接触少于10小时、少于5小时、少于1小时或少于30分钟。在一个特定实施例中，使聚糖聚合物与颜色吸收材料接触1小时。在某些实施例中，使聚糖聚合物与颜色吸收材料在从20℃至100℃、30℃至80℃、40℃至80℃、或40℃至65℃的温度下接触。在一个特定实施例中，使聚糖聚合物与颜色吸收材料在50℃的温度下接触。在某些实施例中，颜色吸收材料是活性碳。在一个实施例中，颜色吸收材料是粉末状活性碳。在其他实施例中，颜色吸收材料是离子交换树脂。在一个实施例中，颜色吸收材料是氯化物形式的强碱性阳离子交换树脂。在另一个实施例中，颜色吸收材料是交联聚苯乙烯。在又另一个实施例中，颜色吸收材料是交联聚丙烯酸酯。在某些实施例中，颜色吸收材料是AmberliteFPA91、AmberliteFPA98、Dowex22、DowexMarathonMSA或DowexOptiporeSD-2。离子交换/脱盐(脱矿质)在一些实施例中，使生产的聚糖聚合物与材料接触以去除盐、矿物质和/或其他离子物质。在某些实施例中，使聚糖聚合物流过阴离子/阳离子交换柱对。在一个实施例中，阴离子交换柱含有氢氧化物形式的弱碱性交换树脂，并且阳离子交换柱含有质子化形式的强酸性交换树脂。分离和浓缩在一些实施例中，本文所述的方法还包括分离生产的聚糖聚合物。在某些变型中，分离聚糖聚合物包括使用本领域已知的任何方法使至少一部分聚糖聚合物与至少一部分糖苷酶分子分离，该方法包括例如，离心、过滤(例如，真空过滤、膜过滤)和重力沉降。在一些实施例中，分离聚糖聚合物包括使用本领域已知的任何方法使至少一部分聚糖聚合物与至少一部分任何未反应的糖分离，该方法包括例如，过滤(例如，膜过滤)、色谱法(例如，色谱分级分离)、差示溶解度法和离心(例如，差速离心)。在一些实施例中，本文所述的方法进一步包括浓缩步骤。例如，在一些实施例中，使分离的聚糖聚合物经历蒸发(例如，真空蒸发)，以产生浓缩聚糖聚合物制剂。在其他实施例中，使分离的聚糖聚合物经历喷雾干燥步骤，以产生寡糖粉末。在某些实施例中，使分离的聚糖聚合物经历蒸发步骤和喷雾干燥步骤两者。分级分离在一些实施例中，本文所述的方法进一步包括分级分离步骤。制备且纯化的聚糖聚合物随后可以按分子量，使用本领域已知的任何方法分离，该方法包括例如，高效液相色谱法、吸附/解吸(例如低压活性碳色谱法)或过滤(例如，超滤或渗滤)。在某些实施例中，通过吸附到碳质材料上，且随后通过用有机溶剂在水中的混合物以1％、5％、10％、20％、50％或100％的浓度清洗材料使级分解吸而将生产的聚糖聚合物分级分离。在一个实施例中，吸附材料是活性炭。在另一个实施例中，吸附材料是活性炭与增量剂(诸如硅藻土或Celite545，以5％、10％、20％、30％、40％、或50％体积或重量份)的混合物。在另外的实施例中，通过高效液相色谱系统分离生产的聚糖聚合物。在某些变型中，通过离子亲和色谱法、亲水作用色谱法、或尺寸排阻色谱法(包括凝胶渗透和凝胶过滤)分离生产的聚糖聚合物。在其他实施例中，通过过滤方法去除低分子量材料。在某些变型中，通过透析、超滤、渗滤或切向流过滤去除低分子量材料。在某些实施例中，在静态透析管装置中进行过滤。在其他实施例中，在动态流过滤系统中进行过滤。在其他实施例中，在离心力驱动滤筒中进行过滤。其他加工步骤可包括本文实例中描述的那些中的任何一种。在一些实施例中，将酵母发酵用于去除未反应的成分(例如糖单体或二聚体)，或反应副产物(诸如糖单体)。聚糖制剂特性聚糖可具有WO2016/122889、WO2016/172657、WO2016/007778和WO2016/172658(其中的每一个以其全文通过引用并入本文)中披露的特征和特性中的任何一种或多种，以及本文披露的任何特征和特性。通过本文所述的方法生产的聚糖可包括寡糖。在一些实施例中，聚糖包含均寡糖(或均聚糖)，其中聚合物中的所有单糖属于相同的类型。在一些实施例中，聚糖包含杂寡糖(或杂聚糖)，其中聚合物中存在多于一种类型的单糖。在一些实施例中，聚糖具有本文所述的一个或多个特性。在一些实施例中，聚糖制剂具有本文所述的一个或多个体特性。聚合度(DP)在一些实施例中，例如使用本文所述的方法产生具有多分散性(即表现出一系列聚合度)的聚糖聚合物制剂。任选地，可将制剂分级分离，例如代表60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或大于98％的短(约DP1-2)、中等(约DP3-10)、长(约DP11-18)或极长(约DP>18)种类。在一个实施例中，提供了多分散性、分级分离的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包括至少85％、90％、或至少95％的DP为约3-10的中等长度的种类。在一个实施例中，提供了多分散性、分级分离的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包括至少85％、90％、或至少95％的DP为约11-18的长长度的种类。在一个实施例中，提供了多分散性、分级分离的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包括至少85％、90％、或至少95％的DP为约18-30的极长长度的种类。任选地，可将制剂分级分离，例如代表制剂中60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、或大于98％的短(约DP1-2)或中等(约DP3-10)聚糖。替代性地，或除分级分离之外，将小DP级分(例如单体和二聚体)进行酶促发酵，例如使用合适的酵母，以分解这些糖。在一个实施例中，使用本文所述的方法制备多分散性、分级分离的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包括至少85％、90％、或至少95％的DP为约3-10的聚糖。在一些实施例中，聚糖制剂的约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物具有至少DP3、DP4、DP5、DP6或DP7的DP。在一些实施例中，聚糖制剂的约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或约97％的聚糖聚合物具有约DP3至约DP10、约DP3至约DP8、约DP3至约DP6、约DP3至约DP5、约DP3至约DP4、约DP2至约DP4、约DP2至约DP5、约DP2至约DP6、约DP2至约DP8、或约DP2至约DP10的DP。在一些实施例中，聚糖制剂的少于1％、2％、3％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、40％或少于50％的聚糖聚合物具有DP2或更小的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有在2与25之间、在3与25之间、在4与25之间、在5与25之间、在6与25之间、在7与25之间、在8与25之间、在9与25之间、在10与25之间、在2与30之间、在3与30之间、在4与30之间、在5与30之间、在6与30之间、在7与30之间、在8与30之间、在9与30之间、或在10与30之间的DP。在一个实施例中，聚糖聚合物制剂具有至少3个且少于30个聚糖单元的聚合度(DP)。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有至少5个且少于30个聚糖单元的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有至少8个且少于30个聚糖单元的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有至少10个且少于30个聚糖单元的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有在3、4、5、6、7、8与10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个聚糖单元之间的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有在10、11、12、13、14、15、16、17、18、19与20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30个聚糖单元之间的DP。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有在3、4、5、6、7、8、9、10与20、21、22、23、24、25、26、27、28个聚糖单元之间的DP。本文所述方法中的一种或多种聚糖单元(例如糖)的转化产率可以通过本领域已知的任何合适方法测定，包括例如，高效液相色谱法(HPLC)。平均转化产率可通过本领域技术人员已知的方法测定，这些方法例如尺寸排阻、离子亲和力、亲水或疏水化学。这些方法通常依赖于配备有适当柱化学的HPLC系统对材料的色谱分离。然后，从产物中对起始材料进行色谱分离允许直接比较这些材料的曲线下面积，然后可以将该曲线下面积转化为转化产率百分比。实例15描述了可用于测定转化产率的特定IAC和SEC方法。在一个优选的实施例中，如本文所提及的转化率通过实例15的SEC方法测定。在一些实施例中，在将一种或多种聚糖亚基与糖苷酶分子合并后，转化为具有DP大于DP1(DP>1)的聚糖聚合物的聚糖聚合物制剂的产率大于或等于约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的百分比计所确定)。在一些实施例中，在将一种或多种聚糖亚基与糖苷酶分子合并后，转化为具有DP为至少DP2的聚糖聚合物的聚糖聚合物制剂的产率大于或等于约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的百分比计所确定)。在一些实施例中，在将一种或多种聚糖亚基与糖苷酶分子合并后，转化为具有DP为至少DP3的聚糖聚合物的聚糖聚合物制剂的产率大于或等于约1％、2％、3％、4％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的百分比计所确定)。在一些实施例中，在将一种或多种聚糖单元与催化剂合并后(例如，在将一种或多种聚糖单元与催化剂合并2、3、4、8、12、24或48小时后)转化为DP>1的聚糖聚合物制剂的产率大于约50％(例如，大于约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)。在一些实施例中，在将一种或多种聚糖单元与催化剂合并后(例如，在将一种或多种聚糖单元与催化剂合并2、3、4、8、12、24或48小时后)转化为>DP2的聚糖聚合物制剂的产率大于30％(例如，大于35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或98％)。在一个实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有至少2的DP。在一个实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有至少3的DP。平均DP在一些实施例中，聚糖聚合物制剂具有约DP2、DP3、DP4、DP5、DP6、DP7、DP8或DP9的平均聚合度(DP均值)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂具有在约2与约10之间、在约2与约8之间、在约2与约6之间、在约2与约4之间、在约3与约10之间、在约3与约8之间、在约3与约6之间、或在约3与约4之间的平均聚合度(DP均值)。在一些实施例中，约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物制剂具有约DP5、DP6、DP7、DP8、DP9、DP10、DP11、或DP12的平均聚合度(DP)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的平均DP在约DP5与DP10之间、在约DP6与DP10之间、在约DP6与DP12之间、在约DP6与DP14之间、在约DP8与DP12之间、在约DP8与DP14之间、在约DP8与DP16之间、在约DP10与DP16之间、在约DP10与DP18之间、在约DP4与DP18之间、在约DP6与DP18之间、或在约DP8与DP18之间。聚糖聚合物制剂的(或平均)聚合度(DP)的分布可以通过本领域技术人员已知的方法测定，例如使用离子亲和色谱法(IAC)或尺寸排阻色谱法(SEC)测量分子量(MW)，随后数学转换为平均DP。这些方法通常依赖于基于配备有质量敏感性柱化学(诸如尺寸排阻或离子亲和柱)的HPLC系统对材料的色谱分离，随后通过与一组已知MW的标准品比较将该分布计算转换为平均MW。一旦确定了平均MW，将该值除以聚糖重复单元的平均重量就允许计算平均DP。实例15描述了可用于测定如本文所提及的平均DP的特定IAC和SEC方法。在一个优选的实施例中，如本文所提及的平均DP通过实例15的SEC方法测定。平均分子量在一些实施例中，制剂的约55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、或约97％的聚糖聚合物具有约200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550、1600、1650、1700、1750、1800g/mol且小于400、500、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、2000、2100、2200、2300、2400、2500、2600、2700、2800、2900、3000、3100、3200、3300、3400、3500、3600、3700、3800、3900、4000、4100、4200、4300、4400、4500、4600、4700、4800、4900、以及5000g/mol的平均分子量。平均分子量(MW)可通过本领域技术人员已知的方法测定，这些方法例如离子亲和色谱法(IAC)或尺寸排阻色谱法(SEC)。这些方法通常依赖于基于配备有质量敏感性柱化学(诸如尺寸排阻或离子亲和柱)的HPLC系统对材料的色谱分离，随后通过与一组已知MW的标准品比较将该分布计算转换为平均MW。实例15描述了可用于测定如本文所提及的平均MW的特定IAC和SEC方法。在一个优选的实施例中，如本文所提及的平均MW通过实例15的SEC方法测定。支化度(DB)在一些实施例中，聚糖制剂的结构从线性跨度到支化。支化聚糖可含有至少一个经由α或β糖苷键连接以形成分支的聚糖亚基。支化率或支化度(DB)可以不同，使得制剂的聚糖聚合物在聚糖聚合物中包括至少1个、至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、或至少约6个分支点。在一些实施例中，聚糖制剂的聚糖聚合物是非支化的(DB＝0)。在一些实施例中，聚糖制剂(例如寡糖或多糖)的结构从线性跨度到高度支化。非支化聚糖可仅含α键联或仅含β键联。非支化聚糖可含有至少一个α键联和至少一个β键联。支化聚糖可含有至少一个通过α或β糖苷键连接以形成分支的聚糖单元。支化率或支化度(DB)可以不同，使得约每第2个、第3个、第4个、第5个、第6个、第7个、第8个、第9个、第10个、第15个、第20个、第25个、第30个、第35个、第40个、第45个、第50个、第60个、或第70个单元包括至少一个分支点。例如，动物糖原约每10个单元含有一个分支点。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中该制剂包括支化聚糖的混合物，其中平均支化度(DB，每个残基的分支点)是0、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、0.95、0.99、1或2。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度是至少0.01、0.05、0.1、0.2、0.3或至少0.4。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度在约0.01与0.1之间、在0.01与0.2之间、在0.01与0.3之间、在0.01与0.4之间、在0.01与0.5之间、在0.01与0.6之间、或在约0.01与0.7之间。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度在约0.05与0.1之间、在0.05与0.2之间、在0.05与0.3之间、在0.05与0.4之间、在0.05与0.5之间、在0.05与0.6之间、或在约0.05与0.7之间。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度不是0。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度不在至少0.1与小于0.4之间或至少0.2与小于0.4之间。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含线性聚糖。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含表现出支化或分支上分支(branch-on-branch)结构的聚糖。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中平均支化度(DB)不是0，而是至少0.01、0.05、0.1或至少0.2、或范围在约0.01与约0.2之间或在约0.05与0.1之间。聚糖聚合物制剂的支化度(DB)可以通过本领域技术人员已知的方法，例如全甲基化分析测定。这些方法通常依赖于化学官能化聚糖的游离羟基基团，然后进行总酸水解和对分离的单体的GC-MS分析。因此，具有多个未官能化羟基基团的单体分数可以解释为等于与多于一个其他单元键合的聚合物单元的分数(例如支化分数)。实例15描述了可用于测定如本文所提及的DB的特定全甲基化方法。在一个优选的实施例中，如本文所提及的DB通过实例15的全甲基化测定。糖苷键和键联存在于聚糖聚合物的制剂中的单个聚糖亚基之间的键联可包括α1->2、α1->3、α1->4、α1->5、α1->6、α2->1、α2->3、α2->4、α2->6、β1->2、β1->3、β1->4、β1->5、β1->6、β2->1、β2->3、β2->4、以及β2->6。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂仅包含α键联。在一些实施例中，聚糖聚合物仅包含β键联。在一些实施例中，聚糖聚合物包含α键联和β键联的混合物。在一些实施例中，制剂中α:β糖苷键比率为约1:1、2:1、3:1、4:1或5:1。.在一些实施例中，制剂中β:α糖苷键比率为约1:1、2:1、3:1、4:1或5:1。在一些实施例中，制剂中α:β糖苷键比率为约0.1:1、0.2:1、0.3:1、0.4:1、0.5:1、0.6:1、0.7:1、0.8:1、0.9:1、1:1、1.2:1、1.5:1、1.7:1、2:1、2.2:1、2.5:1、2.7:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、或约10:1。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的聚糖聚合物包含选自下组的α-和β-糖苷键，该组由以下组成：1->2糖苷键、1->3糖苷键、1->4糖苷键的、1->5糖苷键和1->6糖苷键。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂包含至少两个或至少三个α和β1->2糖苷键、α和β1->3糖苷键、α和β1->4糖苷键、α和β1->5糖苷键、和/或α和β1->6糖苷键。在一些实施例中，聚糖制剂的聚糖聚合物包含基本上所有α-或β-构型的聚糖亚基，任选地包含约1％、2％、3％、4％5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、或20％的对应的另一构型。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、至少99.9％或甚至100％的具有α糖苷键的聚糖。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、至少99.9％或甚至100％的具有β糖苷键的聚糖。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、或至少85％的聚糖具有为α糖苷键的糖苷键，至少10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、或至少85％的聚糖具有为β糖苷键的糖苷键，并且其中α和β糖苷键的百分比不超过100％。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％、98％、99％、至少99.9％或甚至100％的聚糖糖苷键是以下中的一种或多种：1->2糖苷键、1->3糖苷键、1->4糖苷键和1->6糖苷键。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、至少20％、或25％的聚糖糖苷键各自是1->2、1->3、1->4和1->6糖苷键。任选地，聚糖聚合物的制剂还包含至少1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％或至少85％的选自下组的聚糖糖苷键，该组由以下组成：α2->1、α2->3、α2->4、α2->6、β2->1、β2->3、β2->4、以及β2->6糖苷键。在一些实施例中，聚糖制剂的聚糖聚合物包含选自下组的至少两个糖苷键，该组由以下组成：α1->2和α1->3、α1->2和α1->4、α1->2和α1->6、α1->2和β1->2、α1->2和β1->3、α1->2和β1->4、α1->2和β1->6、α1->3和α1->4、α1->3和α1->6、α1->3和β1->2、α1->3和β1->3、α1->3和β1->4、α1->3和β1->6、α1->4和α1->6、α1->4和β1->2、α1->4和β1->3、α1->4和β1->4、α1->4和β1->6、α1->6和β1->2、α1->6和β1->3、α1->6和β1->4、α1->6和β1->6、β1->2和β1->3、β1->2和β1->4、β1->2和β1->6、β1->3和β1->4、β1->3和β1->6、以及β1->4和β1->6。糖苷键和键联的分布可以通过本领域技术人员已知的方法，例如二维核磁共振光谱法(2DNMR)测定。这些方法通常依赖于对给定键联类型诊断的峰的曲线下面积(AUC)定量。实例15描述了可用于测定如本文所提及的糖苷键和键联的特定2DNMR方法。在一个优选的实施例中，糖苷键和键联使用实例15的2DNMR方法测定。L型和D型在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少一个聚糖亚基是L型糖。在一些实施例中，提供了聚糖的制剂，其中至少一个聚糖亚基是D型糖。在一些实施例中，提供了聚糖的制剂，其中聚糖亚基是L型或D型糖，因为它们是天然存在的或更常见(例如D-葡萄糖、D-木糖、L-阿拉伯糖)。在一些实施例中，聚糖聚合物(例如寡糖和多糖)的制剂包含期望比率的L型和D型聚糖亚基的期望混合物，该比率为诸如：1:1、1:2、1:3、1:4、1:5的L型比D型或D型比L型。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含例如期望比率的L型和D型聚糖单元的期望混合物，该比率为诸如：1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:12、1:14、1:16、1:18、1:20、1:25、1:30、1:35、1:40、1:45、1:50、1:55、1:60、1:65、1:70、1:75、1:80、1:85、1:90、1:100、1:150的L型比D型或D型比L型。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含具有基本上所有L型或D型聚糖亚基的聚糖，任选地包括约1％、2％、3％、4％5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、或20％的对应的另一形式。聚糖单元含量在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少一个聚糖亚基是四糖、戊糖、己糖或庚糖。任选地，参与形成聚糖聚合物制剂的聚糖的聚糖亚基是不同的。单糖聚糖亚基的实例包括己糖，诸如葡萄糖、半乳糖和果糖，以及戊糖，诸如木糖。单糖通常具有以下化学式：Cx(H2O)y，其中常规地x≥3。单糖可以按它们含有的碳原子数x分类，例如：二糖(2)三糖(3)四糖(4)、戊糖(5)、己糖(6)和庚糖(7)。单糖聚糖亚基可以无环(开链)形式存在。具有相同分子图的开链单糖可作为两种或更多种立体异构体存在。单糖也可通过羰基基团与同一分子中的一个羟基之间的亲核加成反应以环状形式存在。该反应产生由一个桥联氧原子封闭的碳原子的环。在这些环状形式中，该环通常具有5(呋喃糖)或6个原子(吡喃糖)。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含不同单糖聚糖亚基的期望混合物，诸如二糖(2)、三糖(3)、四糖(4)、戊糖(5)、己糖(6)或庚糖(7)的混合物。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的聚糖聚合物包含戊糖(5)和己糖(6)的期望混合物。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含两种、三种、四种或五种不同聚糖亚基的期望混合物，诸如以下的混合物，例如，i)一种或多种选自单糖的聚糖单元，这些单糖选自葡萄糖、半乳糖、阿拉伯糖、甘露糖、果糖、木糖、岩藻糖和鼠李糖；ii)一种或多种选自二糖的聚糖亚基，这些二糖选自acarviosin、n-乙酰乳糖胺、异乳糖、纤维二糖、壳二糖、半乳糖-α-1,3-半乳糖、龙胆二糖、异麦芽、异麦芽糖、异麦芽酮糖、曲二糖、乳糖醇、乳糖酸、乳糖、乳果糖、昆布二糖、麦芽糖醇、麦芽糖、甘露二糖、蜜二糖、蜜二酮糖、新橙皮糖、黑曲霉糖、刺槐糖、芸香糖、山布双糖、槐糖、三氯蔗糖、蔗糖、乙酸异丁酸蔗糖酯、蔗糖八乙酸酯、海藻糖、松二糖、荚豆二糖和木二糖；iii)一种或多种选自氨基糖的聚糖亚基，这些氨基糖选自阿卡波糖、N-乙酰甘露糖胺、N-乙酰胞壁酸、N-乙酰神经氨酸、N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸、阿拉伯吡喃糖基-N-甲基-N-亚硝基脲、D-果糖-L-组氨酸、N-羟乙酰神经氨酸、酮胺、贵田霉素、甘露糖胺、1B-甲基硒基-N-乙酰-D-半乳糖胺、胞壁酸、胞壁酰二肽、磷酸核糖胺、PUGNAc、唾液酰-路易斯A、唾液酰-路易斯X、有效霉素、伏格列波糖、N-乙酰半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、天门冬氨酰葡糖胺、巴利硫醇、六碳氨糖、红霉脱氧糖胺、果糖胺、半乳糖胺、葡糖胺、葡甲胺和过骨胺；iv)一种或多种选自脱氧糖的聚糖亚基，这些脱氧糖选自1-5-脱水葡萄糖醇、克拉定糖、可立糖、2-脱氧-D-葡萄糖、3-脱氧葡糖醛酮、脱氧核糖、双脱氧核苷酸、毛地黄糖、氟脱氧葡萄糖、箭毒羊角拗糖和磺基鸡纳糖；v)一种或多种选自亚氨基糖的聚糖亚基，这些亚胺糖选自粟树精胺、1-脱氧野尻霉素、亚氨基糖、米格列醇、美格鲁特和苦马豆素；一种或多种选自糖酸的聚糖亚基，这些糖酸选自N-乙酰神经氨酸、N-乙酰塔罗糖胺糖醛酸、醛糖二酸、醛糖酸、3-脱氧-D-甘露-辛-2-酮糖酸、葡糖醛酸、葡糖胺糖醛酸、甘油酸、N-羟乙酰神经氨酸、艾杜糖醛酸、异糖精酸、潘氨酸、唾液酸、苏糖酸、酮糖酸、糖醛酸、木糖酸、葡糖酸、抗坏血酸、酮脱氧辛酮糖酸、半乳糖醛酸、半乳糖胺糖醛酸、甘露糖醛酸、甘露糖胺糖醛酸、酒石酸、粘酸、葡糖二酸、乳酸、草酸、琥珀酸、己酸、富马酸、马来酸、丁酸、柠檬酸、氨基葡萄糖酸、苹果酸、琥珀酰胺酸、癸二酸和癸酸；vi)一种或多种选自短链脂肪酸的聚糖亚基，这些短链脂肪酸选自甲酸、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸和异戊酸；以及vii)一种或多种选自糖醇的聚糖亚基，这些糖醇选自甲醇、乙二醇、甘油、赤藓糖醇、苏糖醇、阿糖醇、核糖醇、木糖醇、甘露糖醇、山梨糖醇、半乳糖醇、艾杜醇、庚七醇、岩藻糖醇、肌醇、麦芽三糖醇、麦芽四糖醇和聚葡糖醇。示例性聚糖通过代表单体糖组分的三字母代码随后是反映单体构成的材料的百分比的百分数来描述。因此，‘glu100’归于由100％D-葡萄糖(聚糖单元)输入产生的聚糖，并且‘glu50gal50’归于由50％D-葡萄糖和50％D-半乳糖(聚糖单元)输入或替代性地乳糖二聚体(聚糖单元)输入产生的聚糖。如本文所用：xyl＝D-木糖；ara＝L-阿拉伯糖；gal＝D-半乳糖；glu＝D-葡萄糖；rha＝L-鼠李糖；fuc＝L-岩藻糖；man＝D-甘露糖；sor＝D-山梨糖醇；gly＝D-甘油；neu＝NAc-神经氨酸。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含一种选自以上i)至vii)的聚糖单元A，其中聚糖单元A包括100％的聚糖单元输入。例如，在一些实施例中，聚糖聚合物制剂选自均聚糖xyl100、rha100、ara100、gal100、glu100和man100。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂选自均聚糖fuc100和fru100。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含两种独立地选自以上i)至vii)的聚糖单元A和B的混合物，其中A和B可以选自相同或不同的组i)至vii)，并且其中可以选择任何期望比率的A和B(例如1％-99％A和99％-1％B，不超过100％)。例如，在一些实施例中，聚糖聚合物制剂选自杂聚糖ara50gal50、ara50gal50、xyl75gal25、ara80xyl20、ara60xyl40、ara50xyl50、glu80man20、glu60man40、man80glu20、man60glu40、xyl75ara25、gal75xyl25、Man80gal20、gal75xyl25、Man66gal33、Man75gal25、glu80gal20、glu60gal40、glu40gal60、glu20gal80、gal80man20、gal60man40、gal40man60、glu80xyl20、glu60xyl40、glu40xyl60、glu20xyl80、glu80ara20、glu60ara40、glu40ara60、glu20ara80、gal80xyl20、gal60xyl40、gal40xyl60、gal20xyl80、gal80ara20、gal60ara40、gal40ara60、gal20ara80、man80xyl20、man60xyl40、man40xyl60、man20xyl80、man80ara20、man60ara40、man40ara60、man20ara80、xyl80ara20、xyl60ara40、glu50gal50、以及man62glu38。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含三种独立地选自以上i)至vii)的聚糖单元A、B和C的混合物，其中A、B和C可以选自相同或不同的组i)至vii)，并且其中可以选择任何期望比率的A、B和C(例如1％-99％A、1％-99％B、1％-99％C，不超过100％)。例如，在一些实施例中，聚糖聚合物制剂选自杂聚糖xyl75glu12gal12、xyl33glu33gal33、xyl75glu12gal12、glu33gal33fuc33、glu33gal33nman33、glu33gal33xyl33、glu33gal33ara33、gal33man33xyl33、gal33man33ara33、man52glu29gal19、Glu33Man33Xyl33、Glu33Man33Ara33、Glu33Xyl33Ara33、Gal33Man33Xyl33、Gal33Man33Ara33、Gal33Xyl33Ara33、Man33Xyl33Ara33、Glu90Gal5Man5、Glu80Gal10Man10、Glu60Gal20Man20、Glu40Gal30Man30、Glu20Gal40Man40、Glu10Gal45Man45、Glu5Gal90Man5、Glu10Gal80Man10、Glu20Gal60Man20、Glu30Gal40Man30、Glu40Gal20Man40、Glu45Gal10Man45、Glu5Gal5Man90、Glu10Gal10Man80、Glu20Gal20Man60、Glu30Gal30Man40、Glu40Gal40Man20、以及Glu45Gal45Man10。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含四种独立地选自以上i)至vii)的聚糖单元A、B、C和D的混合物，其中A、B、C和D可以选自相同或不同的组i)至vii)，并且其中可以选择任何期望比率的A、B、C和D(例如1％-99％A、1％-99％B、1％-99％C、1％-99％D，不超过100％)。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含五种独立地选自以上i)至vii)的聚糖单元A、B、C、D和E的混合物，其中A、B、C、D和E可以选自相同或不同的组i)至vii)，并且其中可以选择任何期望比率的A、B、C、D和E(例如1％-99％A、1％-99％B、1％-99％C、1％-99％D、1％-99％E，不超过100％)。在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少一种聚糖亚基选自下组，该组由以下组成：葡萄糖、半乳糖、阿拉伯糖、甘露糖、果糖、木糖、岩藻糖、和鼠李糖。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含两种不同单糖聚糖亚基的期望混合物，诸如以下的混合物，例如，葡萄糖和半乳糖、葡萄糖和阿拉伯糖、葡萄糖和甘露糖、葡萄糖和果糖、葡萄糖和木糖、葡萄糖和岩藻糖、葡萄糖和鼠李糖、半乳糖和阿拉伯糖、半乳糖和甘露糖、半乳糖和果糖、半乳糖和木糖、半乳糖和岩藻糖、以及半乳糖和鼠李糖、阿拉伯糖和甘露糖、阿拉伯糖和果糖、阿拉伯糖和木糖、阿拉伯糖和岩藻糖、以及阿拉伯糖和鼠李糖、甘露糖和果糖、甘露糖和木糖、甘露糖和岩藻糖、以及甘露糖和鼠李糖、果糖和木糖、果糖和岩藻糖、以及果糖和鼠李糖、木糖和岩藻糖、木糖和鼠李糖、以及岩藻糖和鼠李糖，例如比率为1:1、1:2、1:3、1:4或1:5或其反比，或比率为1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:12、1:14、1:16、1:18、1:20、1:25、1:30、1:35、1:40、1:45、1:50、1:55、1:60、1:65、1:70、1:75、1:80、1:85、1:90或1:100或其反比。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含三种不同的单糖聚糖亚基的期望混合物，诸如以下的混合物，例如对于含葡萄糖的聚糖制剂，葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖；葡萄糖、半乳糖和甘露糖；葡萄糖、半乳糖和果糖；葡萄糖、半乳糖和木糖；葡萄糖、半乳糖和岩藻糖；葡萄糖、半乳糖和鼠李糖；葡萄糖、阿拉伯糖和甘露糖；葡萄糖、阿拉伯糖和果糖；葡萄糖、阿拉伯糖和木糖；葡萄糖、阿拉伯糖和岩藻糖；葡萄糖、阿拉伯糖和鼠李糖；葡萄糖、甘露糖和果糖；葡萄糖、甘露糖和木糖；葡萄糖、甘露糖和岩藻糖；葡萄糖、甘露糖、鼠李糖；葡萄糖、果糖和木糖；葡萄糖、果糖和岩藻糖；葡萄糖、果糖和鼠李糖；葡萄糖、岩藻糖和鼠李糖，例如比率为1:1:1、1:2:1、1:3:1、1:4:1、1:5:1、1:1:2、1:2:2、1:3:2、1:4:2、1:1:3、1:2:3、1:3:3、1:1:4、1:2:4、1:1:5、1:2:5等，或比率为1:1:1、1:2:1、1:3:1、1:4:1、1:5:1、1:6:1、1:7:1、1:8:1、1:9:1、1:10:1、1:12:1、1:14:1、1:16:1、1:18:1、1:20:1、1:1:2、1:2:2、1:3:2、1:4:2、1:5:2、1:6:2、1:7:2、1:8:2、1:9:2、1:10:2、1:1:3、1:2:3、1:3:3、1:4:3、1:5:3、1:6:3、1:7:3、1:8:3、1:9:3、1:10:3、1:1:4、1:2:4、1:3:4、1:4:4、1:5:4、1:6:4、1:7:4、1:8:4、1:9:4、1:10:4、1:1:5、1:2:5、1:3:5、1:4:5、1:5:5、1:6:5、1:7:5、1:8:5、1:9:5、1:10:5等。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂不包含N-乙酰半乳糖胺或N-乙酰葡糖胺。在一些实施例中，聚糖的制剂不包含唾液酸。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂不包含脂质和脂肪酸。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂不包含氨基酸。呋喃糖:吡喃糖在一些实施例中，提供了聚糖聚合物的制剂，其中至少一种聚糖亚基是呋喃糖。在一些实施例中，提供了聚糖的制剂，其中至少一种聚糖亚基是吡喃糖。在一些实施例中，聚糖聚合物包含呋喃糖和吡喃糖的混合物。在一些实施例中，制剂中呋喃糖:吡喃糖比率为约0.1:1、0.2:1、0.3:1、0.4:1、0.5:1、0.6:1、0.7:1、0.8:1、0.9:1、1:1、1.2:1、1.5:1、1.7:1、2:1、2.2:1、2.5:1、2.7:1、3:1、4:1、5:1、或约6:1，或制剂中的呋喃糖:吡喃糖比率为约7:1、8:1、9:1、或约10:1。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含基本上全部呋喃糖或吡喃糖，任选地包含1％、2％、3％、4％5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、或20％的对应的另一种糖。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂在制剂中包含基本上全部吡喃糖以及不超过约0.1％、02％、0.5％、1％、2％、3％、4％、或不超过5％呋喃糖形式的聚糖单元。在一些实施例中，制剂中不超过3％、2％或不超过1％的单体聚糖单元处于呋喃糖形式。盐类在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂包含以盐形式(例如，药学上可接受的盐形式)存在的一种聚糖亚基或多种聚糖亚基，例如，盐酸盐、氢碘酸盐、氢溴酸盐、磷酸盐、硫酸盐、甲烷磺酸盐、乙酸盐、甲酸盐、酒石酸盐、苹果酸盐、柠檬酸盐、琥珀酸盐、乳酸盐、葡糖酸盐、丙酮酸盐、富马酸盐、丙酸盐、天冬氨酸盐、谷氨酸盐、苯甲酸盐、抗坏血酸盐。衍生化如果期望，聚糖的单糖或寡糖聚糖亚基被进一步取代或衍生化，例如，羟基基团可以被醚化或酯化。例如，聚糖(例如寡糖或多糖)可以含有修饰的糖单元，诸如其中的羟基基团被去除的2'-脱氧核糖、其中的羟基基团被氟替代的2'-氟核糖、或N-乙酰葡糖胺(葡萄糖的含氮形式)(例如，2'-氟核糖、脱氧核糖和己糖)。取代度(DS，每个糖基单元的平均羟基基团数目)可以是1、2或3或另一个合适的DS。在一些实施例中，1％、2％、3％、4％5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％的聚糖亚基被取代或衍生化。在一些实施例中，亚基之间的取代度有所差异，例如，某一百分比未衍生化，表现出1的DS，表现出2的DS，或表现出3的DS。可以产生任何期望的混合物，例如0-99％的亚基未衍生化，0-99％的亚基表现出1的DS，0-99％的亚基表现出2的DS，并且0-99％的亚基表现出3的DS，总体构成100％。可以通过调整添加到糖基部分中的取代基的平均摩尔数来控制取代度(摩尔取代度(MS))。可以通过调整反应条件、试剂类型和取代程度来控制取代基沿着聚糖寡糖或多糖链长度的分布。在一些实施例中，单体亚基被乙酸酯、硫酸半酯、磷酸酯或丙酮酸环缩醛基团中的一个或多个取代。溶解度在一些实施例中，制剂中的聚糖聚合物是高度可溶的。在一些实施例中，可以在23℃下将聚糖聚合物制剂浓缩到至少55Brix、65Brix、60Brix、65Brix、70Brix、75Brix、80Brix、或至少85Brix，而不会观察到明显固化或结晶(最终溶解度极限)。在一些实施例中，可以在23℃下将聚糖聚合物制剂浓缩到至少约0.5g/ml、1g/ml、1.5g/ml、2g/ml、2.5g/ml、3g/ml、3.5g/ml或至少4g/ml，而不会观察到明显固化或结晶(最终溶解度极限)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂(例如寡糖)具有分支，例如具有至少0.01、0.05或0.1的平均DB，且在23℃下在水中具有至少约70Brix、75Brix、80Brix或至少约85Brix的最终溶解度极限，或最终溶解度极限是至少约1g/ml、2g/ml或至少约3g/ml。在一些实施例中，在去离子水中，或在合适的缓冲液(例如，磷酸盐缓冲盐水，pH7.4或类似生理pH)中并且在20℃下，聚糖聚合物的制剂具有至少0.001g/L、0.005g/L、0.01g/L、0.05g/L、0.1g/L、0.2g/L、0.3g/L、0.4g/L、0.5g/L、0.6g/L、0.7g/L、0.8g/L、0.9g/L、1g/L、5g/L、10g/L、20g/L、30g/L、40g/L、50g/L、100g/L、200g/L、300g/L、400g/L、500g/L、600g/L、700g/L、800g/L、900g/L、1000g/L的最终溶解度极限。在一些实施例中，在去离子水中，或在合适的缓冲液(例如，磷酸盐缓冲盐水，pH7.4或类似生理pH)中并且在20℃下，聚糖聚合物的制剂的溶解度大于50％、大于60％、大于70％、大于80％、大于90％、大于95％、大于96％、大于97％、大于98％、大于99％、或大于99.5％，并且在大于0.001g/L、0.005g/L、0.01g/L、0.05g/L、0.1g/L、0.2g/L、0.3g/L、0.4g/L、0.5g/L、0.6g/L、0.7g/L、0.8g/L、0.9g/L、1g/L、5g/L、10g/L、20g/L、30g/L、40g/L、50g/L、100g/L、200g/L、300g/L、400g/L、500g/L、600g/L、700g/L、800g/L、900g/L、1000g/L的浓度下未观察到沉淀。甜度在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂具有期望的甜度。例如，蔗糖(调味糖)是甜味物质的标准。蔗糖在溶液中具有1的甜味感知评级，并且其他物质相对于此进行评级(例如，果糖被评定为蔗糖甜度的1.7倍)。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂的甜度相对于蔗糖在0.1至500,000的范围内。在一些实施例中，相对于蔗糖(蔗糖评分为一)，相对甜度为0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、2000、3000、4000、5000、6000、7000、8000、9000、10000、25000、50000、75000、100000、150000、200000、250000、300000、350000、40000、450000、500000或大于500,000。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂具有中等甜度，或同时具有甜味和苦味。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂，例如基本上为DP2+或DP3+的制剂(例如至少80％、90％、或至少95％，或DP2+或DP3+的分级制剂)基本上无法感知到甜味，并且相对于蔗糖(蔗糖评分为一)，相对甜度为约0、0.0001、0.001、0.005、0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、或约0.8。可发酵性在一些实施例中，筛选本文披露的聚糖聚合物制剂以评估其可发酵性。聚糖聚合物的可发酵性是制剂的聚糖种类中可水解糖苷键的数量或表示的函数。在一些实施例中，使用本文所述的糖苷酶或糖苷酶分子测试可发酵性。据信通过本文所述方法(例如通过利用糖苷酶分子)生产的聚糖聚合物是与糖苷酶分子密切相关的糖苷酶(例如人肠道微生物的糖苷酶)(例如，它们具有高度相关的序列同源性，糖苷酶分子是糖苷酶的衍生物，它们具有相同的起源(例如，微生物来源)，它们具有相同的糖苷功能，它们是糖苷水解酶或糖苷转移酶CAZy家族的成员等)的底物。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的可发酵程度是30分钟或更短、20分钟或更短、15分钟或更短、10分钟或更短、5分钟或更短、4分钟或更短、3分钟或更短、2分钟或更短或1分钟或更短。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的可消化性是30分钟或更长、45分钟或更长、1小时或更长、2小时或更长、3小时或更长、4小时或更长、5小时或更长、或10小时或更长，其中制剂的5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、70％、80％、90％、95％、97％、99％的聚糖已经发酵，例如分解，使得制剂的聚糖聚合物表现出平均DP的降低(例如DP＝5至DP＝4)和/或小分子量级分(例如单体、二聚体、三聚体)的增加(或损失)，通过标准方法(例如尺寸排阻色谱法)测定的。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的聚糖聚合物包含少于1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、12％、14％、16％、18％、20％、30％、40％或少于50％的可被哺乳动物酶(例如淀粉酶)水解的键。合适的测定可用于评估比较性可发酵性(例如，相对于基准聚糖)或评估绝对可消化性。对聚糖聚合物的鉴定和分析如果需要，可以表征聚糖聚合物制剂。例如，单体构建块(例如单糖或聚糖亚基组成)、侧链的异头构型、取代基基团的存在和位置、聚合度/分子量和连接模式可以通过本领域已知的标准方法鉴定，例如像甲基化分析、还原裂解、水解、GC-MS(气相色谱-质谱法)、MALDI-MS(基质辅助激光解吸/电离-质谱法)、ESI-MS(电喷雾电离-质谱法)、HPLC(高效液相色谱法-紫外或折射率检测)、HPAEC-PAD(高效阴离子交换色谱法-脉冲安培检测)、CE(毛细管电泳)、IR(红外)/拉曼光谱法和NMR(核磁共振)光谱技术。对于结晶一致性的聚合物，晶体结构可以利用例如固态NMR、FT-IR(傅里叶变换红外光谱法)和WAXS(广角X射线散射)解析。DP、DP分布和多分散性可以通过例如粘度测量法和SEC(SEC-HPLC、高效尺寸排阻色谱法)测定。外来基团、末端基团和取代基可以例如利用SEC-标记、水相分析法、MALDI-MS、FT-IR和NMR鉴定。为鉴定聚糖的单体组分，可以使用例如像酸催化水解、HPLC(高效液相色谱法)或GLC(气液色谱法)(转化为多羟糖醇乙酸酯之后)等方法。为测定聚糖中存在的键，在一个实例中，用碘甲烷和强碱在DMSO中使多糖甲基化，进行水解，还原为部分甲基化的糖醇，使甲基化多羟糖醇乙酸酯乙酰化，并通过GLC/MS(气液色谱法外加质谱法)进行分析。在一些实施例中，为测定多糖序列，用酸或酶进行部分解聚，以测定结构。将多糖的可能结构与水解寡聚物的那些进行比较，并测定可能的结构中哪一种可以产生这些寡聚物。为鉴定异头构型，在一个实例中，使完整的多糖或寡糖的制剂经历酶促分析，例如使它们与对特定类型键具有特异性的酶(例如，β-半乳糖苷酶或α-葡糖苷酶等)接触，并且可以使用NMR来分析产物。例如，聚糖聚合物制剂的(或平均)聚合度(DP)的分布可以通过将浓度为例如10-100mg/mL的样品注射到配备有7.8×300mmBioRadAminexHPX-42A柱(或类似柱)和RI检测器的安捷伦(Agilent)1260BioPureHPLC(或类似仪器)上来测定，如例如Gómez等人(Purification,Characterization,andPrebioticPropertiesofPecticOligosaccharidesfromOrangePeelWastes[来自橙皮废料的果胶聚糖的纯化、表征和益生特性],JAgricFoodChem[农业与食品化学杂志],2014,62:9769)中所述。可替代地，可以将一定浓度的样品注射到配备有4×250mmDionexCarboPacPA1柱(或类似柱)和PAD检测器的DionexICS5000HPLC(或类似仪器)中，如例如Holck等人(Feruloylatedandnonferuloylatedarabino-oligosaccharidesfromsugarbeetpectinselectivelystimulatethegrowthofbifidobacteriumspp.inhumanfecalinvitrofermentations[来自甜菜果胶的阿魏酰基化和非阿魏酰基化阿拉伯糖寡糖选择性刺激人体粪便体外发酵中的双歧杆菌属的生长],JournalofAgriculturalandFoodChemistry[农业与食品化学杂志],2011,59(12),6511-6519)中所述。相比于寡聚物的标准溶液，所得光谱的整合允许测定平均DP。可以例如通过MALDI质谱法测定分子量的分布。可以用Mettler-Toledo糖折射计(或类似仪器)测定寡糖浓度，最终值针对标准曲线进行调整，以解释单体与寡聚物之间的折射差异。糖苷区域化学的分布可以通过例如各种2D-NMR技术(包括COSY、HMBC、HSQC、DEPT和TOCSY分析)，使用标准脉冲序列和Bruker500MHz光谱仪表征。可以使天然存在的多糖的光谱与已知区域化学相关联来分配峰。寡聚物的单体组成可以例如通过竞争性水解方法测量，其中在升高的温度下将已知量的寡聚物溶解在强酸中，并允许有足够时间发生完全水解。然后可以通过本文所述的和本领域已知的HPLC或GC方法测量个别单体的浓度，以实现相对丰度测量，如在Holck等人中。可以通过给HPLC样品添加已知量的检测器活性标准品测量绝对量，该检测器活性标准品经选择以防止与任何关键信号重合。任何给定群体的支化度可以通过例如Hakomori(J.Biochem.[生物化学杂志](东京),1964,55,205)建立的甲基化分析方法来测量。利用这些数据，可以通过组合来自完全水解、平均DP和甲基化分析的数据，并且将它们与DEPTNMR光谱比较来鉴定潜在重复单元。异头碳信号的数量与这些数据的相关性指示是否需要常规重复单元来满足收集的数据，如例如Harding等人(Carbohydr.Res.[碳水化合物研究]2005,340,1107)所展示的。群体内聚合度(DP)为n(这里表示为DP(n))的种类的摩尔百分比是通过高效液相色谱法(HPLC)，例如在安捷伦1260BioInert系列仪器上测定，该仪器配备有折射率(RI)检测器和各种本领域技术人员熟悉的柱，使用水作为流动相。根据最佳地分离感兴趣的种类的化学方法(包括但不限于HILIC、金属配位和水性尺寸排阻色谱法)选择柱。摩尔％DP(n)是通过以下公式测算：％DP(n)＝100*AUC[DP(n)]/AUC[DP(总)]，其中将AUC定义为感兴趣种类的曲线下面积，如通过针对已知标准品进行校准来测定。糖苷键异构体的摩尔百分比(％α和％β)是通过核磁共振(NMR)光谱法，使用本领域技术人员熟悉的各种2D技术测定。α-异构体和β-异构体可以例如通过NMR光谱上的不同位移加以区分，且摩尔百分比是通过以下公式测算：％(糖苷异构体n)的糖苷键＝100*AUC[位移(异构体n)]/AUC[位移(异构体α+异构体β)]，其中将AUC定义为已知代表期望异构体n的特定位移值下的曲线下面积。区域化学异构体的摩尔百分比是以类似方式，用以下公式测算：％(区域异构体n)的区域异构体＝100*AUC[位移(区域异构体n)]/AUC[位移(所有区域异构体)]。构成寡聚群体的单体糖的相对百分比是通过例如寡聚样品的总酸消化，随后转化为多羟糖醇乙酸酯，随后以气相色谱(GC)分析所得单体溶液，与已知标准品的GC相比来测定。单体(n)(其中n可以是任何糖)的摩尔百分比通过以下公式测算：％(糖n)＝100*AUC[糖n]/AUC[所有单体糖全部]。在一些实施例中，聚糖聚合物的制剂的溶解度可以通过例如选择聚糖单元的电荷、结构(例如DP、支化度)和/或衍生化来控制。由在直链中均匀连接的一种类型的糖单元组成的聚糖聚合物的制剂通常在23℃下是水不溶性的，即使当聚糖具有低分子量且聚合度(DP)在20与30之间时也是如此。聚糖聚合物的溶解度可以例如通过在聚糖中引入(1->6)-键联和交替的糖苷键来调整。由围绕C-5到C-6键的旋转提供的额外自由度给出了更高的溶解熵值。具有两种类型的糖键联的均聚糖或由两种类型的糖组成的异聚糖通常比均相聚合物更易溶。线性均聚糖的电离可以增加溶解度，例如，增加至凝胶的溶解度。溶液的粘度通常取决于聚糖的三级结构。聚糖聚合物的配制品和剂量本文还提供了生产组合物(例如，药物组合物)的方法，这些组合物包含满足本文所述制剂的特征(包括以上标准(i)-(v))中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个或四个或更多个的聚糖聚合物制剂。具体地，这些方法包括提供聚糖聚合物制剂并且获得针对制剂的一个或多个、两个或更多个、或三个或更多个特征的值，这些特征包括例如i)聚合度(DP)，ii)平均支化度(DB，每个残基的分支点)，iii)α-糖苷键与β-糖苷键的比率，iv)聚糖亚基的身份，和v)聚糖亚基的比率，以及如果在所期望的偏差范围内满足制剂的所期望或预定标准，则产生包含聚糖聚合物制剂的药物组合物。用于将聚糖聚合物制剂配制成药物组合物、医疗食物或膳食补充剂的方法是本领域已知的，并且可以包括以下步骤中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、或四个或更多个：(i)将制剂配制成药物产品，(ii)包装制剂，(iii)标记经包装的制剂，以及(iv)出售或供应以销售经包装的且经标记的制剂。将聚糖聚合物制剂配制成药物产品是本领域已知的，并且可以包括以下步骤中的一个或多个、两个或更多个、三个或更多个、或四个或更多个：(i)从制剂中去除不希望的成分，(ii)减小制剂的体积，(iii)将制剂灭菌，(iv)将制剂与药学上可接受的赋形剂或载剂混合，(v)将制剂与第二药物或药剂混合，(vi)将制剂配制成合适的稠度，例如像水性稀释溶液、糖浆或固体，(vii)将制剂配制成合适的剂型，例如配制成片剂、丸剂或胶囊。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂经历进一步加工以产生聚糖聚合物糖浆或粉末。例如，在一个变型中，将聚糖聚合物制剂浓缩以形成糖浆。可以使用本领域已知的任何合适的浓缩溶液的方法，诸如使用真空蒸发器。在另一个变型中，将聚糖聚合物制剂喷雾干燥以形成粉末。可以使用本领域已知的任何合适的喷雾干燥溶液以形成粉末的方法。本文提供了包含聚糖聚合物制剂的药物组合物、医疗食物和膳食补充剂。任选地，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物、医疗食物和膳食补充剂进一步包含第二药剂，例如益生元物质和/或益生菌。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂进一步包含微量营养素。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂不含有益生元物质。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂不含有益生菌。此外，任选地，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂包含一种或多种赋形剂或载剂，包括稀释剂、粘合剂、崩解剂、分散剂、润滑剂、助流剂、稳定剂、表面活性剂、调味剂和着色剂。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂(和包括聚糖聚合物制剂的套盒)包含一种或多种微量营养素。在一些实施例中，微量营养素选自下组，该组由以下组成：微量矿物质、胆碱、维生素和多酚。在一些实施例中，微量营养素是微量金属。适合作为微量营养素的微量矿物质包括但不限于硼、钴、铬、钙、铜、氟、碘、铁、镁、锰、钼、硒和锌。在一些实施例中，微量营养素是维生素。在一些实施例中，微量营养素是多酚。此外，如果需要，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂可以包含治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌。可替代地或除此之外，治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌可以分开给予(例如，在给予聚糖聚合物之前、同时或之后)，并且不作为聚糖聚合物的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂的一部分(例如作为共配制品)。在一些实施例中，包含聚糖聚合物的制剂的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂与推荐或处方饮食(例如富含含益生菌和/或益生元的食物的饮食，诸如它可以通过医师或其他健康专业人士判定)组合给予。可以给予治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌以调节受试者的肠道微生物组。在一些实施例中，组合效应(例如对微生物、基因组或功能性转变的数量或强度)是累加的。在其他实施例中，组合效应(例如对微生物、基因组或功能性转变的数量或强度)是协同的。在一些实施例中，包含本文所述的聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂进一步包含益生元物质或其制剂。在一些实施例中，可以将益生元给予至接受包含本文所述的聚糖聚合物制剂的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂的受试者。益生元是不可消化的物质，当食用时，这些益生元可通过选择性地刺激肠道中有限数量的固有细菌的有利生长或活性而对宿主产生有益的生理作用(GibsonGR,RoberfroidMB.Dietarymodulationofthehumancolonicmicrobiota:introducingtheconceptofprebiotics[对人结肠微生物群的调节：引入益生元的概念].JNutr.[营养学杂志]1995年6月；125(6):1401-12.)。益生元诸如膳食纤维或益生元寡糖(例如结晶纤维素、麦麸、燕麦麸、玉米纤维、大豆纤维、甜菜纤维等)可以通过向细菌提供可发酵剂量的碳水化合物而进一步促进肠道中益生菌和/或共生菌的生长并提高胃肠道中那些微生物群体(例如乳杆菌和双歧杆菌)的水平。益生元包括但不限于各种基于半乳聚糖和碳水化合物的树胶，诸如欧车前、瓜尔胶、卡拉胶、结冷胶、乳果糖和魔芋。在一些实施例中，益生元是以下中的一种或多种：半乳寡糖(GOS)、乳果糖、棉子糖、水苏糖、乳蔗糖、果寡糖(FOS，例如低聚果糖或寡果聚糖)、菊粉、异麦芽寡糖、木寡糖(XOS)、帕拉金糖寡糖、异麦芽糖寡糖(IMOS)、反式半乳糖苷化寡糖(例如反式半乳寡糖)、反式半乳糖苷化二糖、大豆寡糖(例如大豆寡糖)、壳聚糖寡糖(chioses)、龙胆寡糖、大豆和果胶寡糖、葡寡糖、果胶寡糖、帕拉金糖缩聚物、二果糖酐III、山梨糖醇、麦芽糖醇、乳糖醇、多元醇、聚右旋糖、线性和支化右旋糖酐、普鲁兰(pullalan)、半纤维素、还原帕拉金糖、纤维素、β-葡萄糖、β-半乳糖、β-果糖、毛蕊花糖、甜菜苷、木聚糖、菊粉、壳聚糖、β-葡聚糖、瓜尔胶、阿拉伯胶、果胶、高海藻酸钠、以及λ卡拉胶或其混合物。合适的益生菌的实例包括但不限于分类为以下属的生物体：拟杆菌属、劳特氏菌属(Blautia)、梭菌属、梭杆菌属(Fusobacterium)、真杆菌属(Eubacterium)、瘤胃球菌属、消化球菌属(Peptococcus)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗斯氏菌属、普氏菌属(Prevotella)、双歧杆菌属、乳杆菌属、芽孢杆菌属、肠球菌属(Enterococcus)、埃希氏菌属(Escherichia)、链球菌属(Streptococcus)、酵母属、链霉菌属(Streptomyces)、以及克氏菌科(Christensenellaceae)。可用于本文所述的方法和组合物中的益生菌的非排他实例包括嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)，乳杆菌属物种，诸如卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌(L.casei)、鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus)、罗伊氏乳杆菌、发酵乳杆菌(L.fermentum)、植物乳杆菌(L.plantarum)、孢子乳杆菌(L.sporogenes)和保加利亚乳杆菌(L.bulgaricus)，以及双歧杆菌属物种，诸如乳双歧杆菌(B.lactis)、动物双歧杆菌(B.animalis)、两歧双歧杆菌(B.bifidum)、长双歧杆菌(B.longum)、青春双歧杆菌(B.adolescentis)和婴儿双岐杆菌(B.infantis)。酵母，诸如布拉氏酵母菌(Saccharomycesboulardii)也适合作为益生菌用于给予至肠道，例如经由口服剂型或食物。在一些实施例中，益生菌分类群不是双歧杆菌属。在一些实施例中，益生菌分类群不是乳杆菌属。用于调节胃肠微生物群的有益细菌可包括产生有机酸(乳酸和乙酸)或产生细胞毒性剂或细胞抑制剂(以抑制致病性生长)(例如像过氧化氢(H2O2)和细菌素)的细菌。细菌素是小的抗微生物肽，这些肽可杀死密切相关的细菌，或表现出更广谱的活性(例如乳酸链球菌肽)。有益细菌可以包括以下属中的一种或多种：阿克曼氏菌属、厌氧细杆菌属(Anaerofilum)、拟杆菌属、布劳特氏菌属、双歧杆菌属、丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、梭菌属、粪球菌属(Coprococcus)、小类杆菌属(Dialister)、多尔氏菌属(Dorea)、梭杆菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、乳杆菌属、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、消化球菌属、消化链球菌属、普氏菌属、罗斯氏菌属、瘤胃球菌属和链球菌属，和/或以下物种中的一种或多种：嗜粘蛋白阿克曼氏菌(Akkermansiamuniciphilia)、小克里斯滕森氏菌(Christensenellaceaeminuta)、球形梭菌(Clostridiumcoccoides)、柔嫩梭菌(Clostridiumleptum)、闪烁梭菌(Clostridiumscindens)、隐蔽小杆菌(Dialisterinvisus)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectal)、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)、普拉粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、唾液链球菌(Streptococcussalivarius)和嗜热链球菌(Streptococcusthermophilus)。在一些实施例中，益生菌或共生菌包括表2中所列细菌中的一种或多种。可以与本文所述的聚糖聚合物组合生产组合物或套盒的益生元物质和益生菌菌株可以通过标准方法以任何纯度水平分离，并且可以通过本领域技术人员已知的常规方式(诸如蒸馏、重结晶和色谱法)进行纯化。可以使用任何方法(包括但不限于离心、过滤或倾析)从培养液中分离出待用于组合物中的培养细菌。从发酵液中分离出的细胞任选地用水、盐水(0.9％NaCl)或任何合适的缓冲液清洗。所得湿的细胞群可以通过任何合适的方法(例如通过冻干)干燥。在一些实施例中，益生菌是冻干的营养细胞。在一些实施例中，使用来自孢子生殖益生菌的孢子制剂。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂进一步包含益生元和益生菌。在一个实施例中，药物组合物包含活力已经部分减弱的益生菌(例如包含10％、20％、30％、40％、50％或更多无活力细菌的混合物)或仅由无活力微生物组成的益生菌。这些组合物可以进一步包含已经从杀死的微生物中分离和纯化的微生物膜和/或细胞壁。如果需要，益生菌生物体可以作为在水或另一液体或半固体培养基中的培养物掺入到聚糖聚合物制剂中，在该液体或半固体培养基中，益生菌保持活力。在另一技术中，可以通过混合或共混将含有益生菌生物体的冻干粉末掺入到颗粒材料或液体或半固体材料中。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂进一步包含第二治疗剂或其制剂。在一些实施例中，治疗剂是抗生素、抗真菌剂、抗病毒剂、或抗炎剂(例如细胞因子、激素等)。本文所述的聚糖聚合物制剂、其他治疗活性剂、益生元物质、微量营养素和益生菌可以合并或混合在单一药物组合物或医疗食物或膳食补充剂中。在其他实施例中，可以将它们容纳在独立的容器中(和/或各种合适的单位剂型中)，但一起包装在一个或多个套盒中。在一些实施例中，这些制剂或组合物未包装或放置在一起。然后，医师可以将这些制剂或组合物一起给予，例如，在另一个之前、同时或之后。在一些实施例中，这些制剂或组合物协同作用于调节受试者(例如胃肠道)中的微生物群。在一些实施例中，聚糖聚合物组合物包含0.1％与100％之间的聚糖聚合物制剂，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计。在另一个实施例中，聚糖聚合物组合物包含约1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、31％、32％、33％、34％、35％、36％、37％、38％、39％、40％、41％、42％、43％、44％、45％、46％、47％、48％、49％、50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或100％的聚糖聚合物制剂，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计。在一个实施例中，聚糖聚合物组合物包括约1％-90％、约10％-90％、约20％-90％、约30％-90％、约40％-90％、约40％-80％、约40％-70％、约40％-60％、约40％-50％、约50％-90％、约50％-80％、约50％-70％、约50％-60％、约60％-90％、约60％-80％、约60％-70％、约70％-90％、约70％-80％、约70％-90％、约70％-80％、约80％-90％、约90％-96％、约93％-96％、约93％-95％、约94％-98％、约93％-99％或约90％％-100％的聚糖聚合物制剂，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计。包含聚糖聚合物制剂的组合物可以任选包含一种或多种赋形剂或载剂。聚糖聚合物组合物可以包含从约1％至约90％的一种或多种赋形剂或载剂，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计。例如，聚糖聚合物组合物可以包含1％-90％、1％-75％、1％-60％、1％-55％、1％-50％、1％-45％、1％-40％、1％-25％、1％-15％、1％-10％、10％-90％、10％-75％、10％-60％、10％-55％、10％-50％、10％-45％、10％-40％、10％-25％、10％-15％、15％-90％、15％-75％、15％-60％、15％-55％、15％-50％、15％-45％、15％-40％、15％-25％、25％-90％、25％-75％、25％-60％、25％-55％、25％-50％、25％-45％、25％-40％、40％-90％、40％-75％、40％-60％、40％-55％、40％-50％、40％-45％、45％-90％、45％-75％、45％-60％、45％-55％、45％-50％、50％-90％、50％-75％、50％-60％、50％-55％、55％-90％、55％-75％、55％-60％、60％-90％、60％-75％、75％-90％的一种或多种赋形剂或载剂，以w/w、w/v、v/v或摩尔％计。医疗食物本文还提供了被配制为医疗食物的聚糖聚合物的制剂。本文所述的任何聚糖聚合物制剂可以被配制为医疗食物以及包含聚糖聚合物制剂的药物组合物。医疗食物在OrphanDrugAct[孤儿药法案]的第5(b)(3)章节(21U.S.C.360ee(b)(3))中有定义。医疗食物被配制成在例如医师的医务监督下食用(口服摄入)或经肠给予(例如饲管/鼻胃管)。预期将它用于疾病或病症(诸如，菌群失调或胃肠道疾病)的特定膳食管理。如本文所用，医疗食物不包括医师所推荐的仅作为用于管理疾病或病症的症状或降低疾病或病症的风险的整体饮食的一部分的食物。包含聚糖聚合物的制剂的医疗食物是合成的(例如，经过配制和/或加工的产品，诸如被配制用于使患者通过口服摄入或用管肠内喂饲进行部分喂饲或唯一喂饲)并且不是以天然状态使用的天然存在的食品的食物。在一些实施例中，受试者摄入、消化、吸收或代谢普通食品或某些营养素的能力有限或受损。在其他实施例中，受试者具有其他特殊的医学上确定的营养需求，其膳食管理不可仅通过正常饮食的改变实现。包含聚糖聚合物的制剂的医疗食物在医务监督(可以是主动的和持续的)下给予至有需要的受试者，并且受试者通常会收到医疗食物的使用说明书。医疗食物可包含一种或多种食物添加剂、着色添加剂、GRAS赋形剂以及适合于医疗食物的其他试剂或物质。医疗食物制剂可以是营养学上完全或不完全的配方。膳食补充剂本文所述的任何聚糖聚合物制剂可被配制为膳食补充剂，例如以用于在本文所述的方法中使用。根据1994年的DietarySupplementHealthandEducationAct[膳食补充剂健康与教育法案](DSHEA)管理膳食补充剂。膳食补充剂是口服产品，含有旨在用于补充饮食的“膳食成分”。除了本文所述的聚糖聚合物制剂之外，这些产品中的“膳食成分”可以包括以下中的一种或多种：维生素、矿物质、药草或其他植物萃取类、氨基酸和诸如酶、器官组织、腺体和代谢物等的物质。膳食补充剂还可以是提取物或浓缩物，并且可以许多形式存在，诸如片剂、胶囊、软凝胶、胶囊锭、液体或粉末剂。它们还可以处于其他形式，诸如条状物，但是如果是其他形式，则其标签上的信息不得表示产品是常规食物或餐食或饮食的唯一项目。DSHEA要求每种补充剂都贴上膳食补充剂而不是通用食物的标记。食物成分本文所述的任何聚糖聚合物制剂可被配制为食物成分或食物添加剂，例如以用于在本文所述的方法中使用。食物成分可以是普遍认为安全的(GRAS)或可需要FDA批准。可以将聚糖聚合物制剂添加到任何希望的食物中，例如，饮料(包括例如果汁)、乳制品(例如，牛奶、酸奶、奶酪)、谷类(任何谷粒产品)、面包、涂抹酱等。本文所述的聚糖聚合物制剂可配制成任何合适的剂型，例如，用于鼻腔、口服、直肠或胃部给予。在一些实施例中，本文所述的聚糖聚合物制剂可配制用于肠内给予。在一些实施例中，本文所述的聚糖聚合物制剂可配制用于管饲(例如鼻-胃、口-胃或胃饲)。本文所述的剂型可以用本领域技术人员已知的方法制造。剂型可以是小包，诸如任何单个容纳聚糖聚合物制剂的容器，该聚糖聚合物制剂的形式是例如液体(洗剂/冲洗剂)、凝胶、乳膏、软膏、粉末剂、片剂、丸剂、胶囊、储存剂(depository)、一次性涂药器或医疗装置(例如注射器)。例如，还提供了一种制品，诸如包括聚糖聚合物制剂的单位剂型的容器，以及含有此类聚糖聚合物的使用说明书的标签。可经口使用的组合物的形式包括片剂、由明胶制成的插接式胶囊类(push-fitcapsule)、连同由明胶和增塑剂(诸如甘油或山梨糖醇)制成的密封式软胶囊类。片剂可以通过任选地与一种或多种辅助成分一起压制或模制而制备。可通过在合适的机器中压缩呈自由流动形式的活性成分(诸如粉末或颗粒)来制备压缩片剂，该活性成分任选地与粘合剂(例如，聚维酮、明胶、羟丙甲基纤维素)、惰性稀释剂、防腐剂、抗氧化剂、崩解剂(例如，淀粉乙醇酸钠、交联聚维酮、交联羧甲基纤维素钠)、或润滑性表面活性剂或分散剂相混合。模制型片剂可以通过在合适的机器中模制用惰性液体稀释剂润湿的粉状化合物的混合物而制备。片剂可以任选地被包衣或刻痕，并且可以配制以便提供其中的活性成分的缓慢或控制释放。片剂可以任选地提供有肠溶包衣，以提供在肠道(例如，结肠、下肠)而不是胃的部分中的释放。用于口服给予的所有配制品可以处于适用于这种给予的剂量。插接式胶囊可以包含与填充剂(诸如乳糖)、粘合剂(诸如淀粉)和/或润滑剂(诸如滑石或硬脂酸镁)以及任选地稳定剂相混合的活性成分。在软胶囊中，活性化合物和/或其他试剂(例如，益生元或益生菌)可以溶解或悬浮在合适的液体，诸如脂肪油、液体石蜡、或液体聚乙二醇中。此外，可以添加稳定剂。糖衣片核心提供有合适的包衣。为了这个目的，可以使用浓缩的糖溶液，其中这些糖溶液可以任选地包含阿拉伯树胶、云母、聚乙烯吡咯烷酮、卡波姆凝胶、聚乙二醇、或二氧化钛、漆溶液、以及合适的有机溶剂或溶剂混合物。可以将染料或颜料添加到片剂或糖衣片包衣中，以用于标识或表征活性化合物剂量的不同组合。口服使用的配制品还可以以硬明胶胶囊的形式呈现，其中活性成分与惰性固体稀释剂(例如碳酸钙、磷酸钙或高岭土)混合，或以软明胶胶囊的形式呈现，其中活性成分与水溶性载剂(诸如聚乙二醇)或油介质(例如花生油、液体石蜡或橄榄油)混合。在一个实施例中，提供的聚糖聚合物制剂包括软凝胶配制品。软凝胶可以包含基于明胶的壳，该壳包围着液体填充物。壳可以由明胶、增塑剂(例如，甘油和/或山梨糖醇)、改性剂、水、颜料、抗氧化剂或调味剂制成。壳可以用淀粉或卡拉胶制成。外层可以包肠溶包衣。在一个实施例中，软凝胶配制品可以包括水溶性或油溶性填充溶液、或由明胶层包覆的组合物的悬浮液。用于口服使用的固体配制品可包括肠溶包衣，该肠溶包衣可控制消化系统中吸收聚糖聚合物制剂的位置。例如，肠溶包衣可以被设计成使得聚糖聚合物制剂不在胃中溶解，而是行进到小肠中进行溶解。肠溶包衣在低pH下(诸如在胃中)可以是稳定的，而在较高pH下(例如在小肠中)可以溶解。可用于肠溶包衣的材料包括例如海藻酸、邻苯二甲酸乙酸纤维素、塑料、蜡、紫胶、以及脂肪酸(例如，硬脂酸、棕榈酸)。用于口服使用的配制品还可以液体剂型呈现。液体制剂可以呈例如水性或油性混悬液、溶液、乳液、糖浆或酏剂形式，或可以在使用前用水或其他合适的媒介物重构的干燥产品的形式呈现。此类液体制剂可以含有常规添加剂，诸如悬浮剂，例如山梨糖醇、甲基纤维素、葡萄糖浆、明胶、羟乙基纤维素、羧甲基纤维素、硬脂酸铝凝胶或氢化食用脂肪、乳化剂例如卵磷脂、脱水山梨糖醇单油酸酯、阿拉伯胶；非水性媒介物(可以包括食用油)，例如杏仁油、油性酯诸如甘油、丙二醇或乙醇；防腐剂，例如对羟基苯甲酸甲酯或对羟基苯甲酸丙酯或山梨酸，以及常规调味剂或着色剂(如果需要)。在一些实施例中，液体配制品可包含例如呈溶液包水和/或悬浮液形式的药剂；和媒介物，该媒介物包括聚乙氧基化蓖麻油、醇和/或聚氧乙基化脱水山梨糖醇单油酸酯，具有或不具有调味剂。每种剂型可包含有效量的聚糖聚合物并且可以任选地包含药学上惰性试剂，诸如常规赋形剂、媒介物、填充剂、粘合剂、崩解剂、pH调节物质、缓冲剂、溶剂、增溶剂、甜味剂、着色剂、以及用于施用的药物剂型中可以包括的任何其他无活性试剂。此类媒介物和添加剂的实例可见于Remington'sPharmaceuticalSciences[雷明顿药物科学]，第17版(1985)。本文提供的药物组合物可以呈单位剂型或多剂型。如本文所用，单位剂型是指适合给予至有需要的人的物理离散单位。在一个实施例中，以包装件提供单位剂型。每个单位剂量可以含有预定量的足以与其他药物载剂或赋形剂结合产生期望治疗效果的一种或多种活性成分。单位剂型的实例包括但不限于安瓿、注射器以及单独包装的片剂和胶囊。单位剂型可以按其分数或倍数施用。多剂型是包装在单个容器中的多个相同单位剂型，它们可以分开的单位剂型给予。多剂型的实例包括但不限于片剂或胶囊的小瓶、瓶，或品脱或加仑的瓶。在另一个实施例中，多剂型包括不同药物活性剂。例如，可以提供多单位剂型，该多单位剂型包含第一剂量元素和第二剂量元素，该第一剂量元素包含有包含聚糖聚合物的组合物，该第二剂量元素包含益生元、治疗剂和/或益生菌，这些剂量元素可以呈修改的释放形式。在这个实例中，一对剂量元素可以构成单个单位剂量。在一个实施例中，提供了一种套盒，该套盒包括多个单位剂量，其中每个单位包含第一剂量元素和第二剂量元素，该第一剂量元素包含有包含聚糖聚合物制剂的组合物，该第二剂量元素包含益生菌、药剂、益生元或其组合，这些剂量元素可以呈修改的释放形式。在另一个实施例中，套盒进一步包括一套说明书。在一些实施例中，单位剂型包含在约1mg至约100g之间的聚糖聚合物制剂(例如，本文披露的聚糖聚合物)。例如，单位剂型可包含约50mg至约50g、约500mg至约50g、约5g至约50g、约100mg至约100g、约1g至约100g、约10g至约100g、约1g至约10g、约1g至约20g、约1g至约30g、约1g至约40g、约1g至约50g、约1g至约60g、约1g至约70g、约1g至约80g、约1g至约90g、约1g至约100g、约1g至约150g、约1g至约200g的聚糖聚合物。在其他实施例中，单位剂型包含在约0.001mL至约1000mL之间的聚糖聚合物(例如，本文披露的聚糖聚合物)。例如，单位剂型可包含约0.001mL至约950mL、约0.005mL至约900mL、约0.01mL至约850mL、约0.05mL至约800mL、约0.075mL至约750mL、约0.1mL至约700mL、约0.25mL至约650mL、约0.5mL至约600mL、约0.75mL至约550mL、约1mL至约500mL、约2.5mL至约450mL、约5mL至约400mL、约7.5mL至约350mL、约10mL至约300mL、约12.5mL至约250mL、约15mL至约200mL、约17.5mL至约150mL、约20mL至约100mL、或约25mL至约75mL的聚糖聚合物。在某些实施例中，单位剂型包含约0.001mL至约10mL、约0.005mL至约7.5mL、约0.01mL至约5mL、约0.05mL至约2.5mL、约0.1mL至约1mL、约0.25mL至约1mL、或约0.5mL至约1mL的聚糖聚合物。在其他实施例中，单位剂型包含约0.01mL至约10mL、约0.025mL至约7.5mL、约0.05mL至约5mL、或约0.1mL至约2.5mL的聚糖聚合物。在其他实施例中，单位剂型包含约0.1mL至约10mL、约0.25mL至约7.5mL、约0.5mL至约5mL、约0.5mL至约2.5mL、或约0.5mL至约1mL的聚糖聚合物。在一些实施例中，单位剂型，例如片剂、胶囊(例如，硬胶囊、插接式胶囊、或软胶囊)或软凝胶，具有在约0.1英寸至约1.5英寸之间(例如，在约0.5英寸与约1英寸之间)或约5mm至约50mm(例如，约10mm至约25mm)的主体长度。在一些实施例中，单位剂型，例如片剂、胶囊(例如，硬胶囊、插接式胶囊、或软胶囊)、或软明胶，具有约0.05英寸至约1英寸(例如，约0.1英寸至约0.5英寸)、或约1mm至约25mm(例如，约5mm至约10mm)的外径。聚糖聚合物的每个单位剂型可具有在约0.01kcal至约1000kcal之间的热量值。例如，单位剂型可具有约0.01kcal至约100kcal、约0.05kcal至约50kcal、约0.1kcal至约10kcal、约0.25kcal至约2.5kcal、约0.5kcal至约5kcal、约0.75kcal至约7.5kcal、约1kcal至10kcal、约5kcal至约50kcal、或约10kcal至约100kcal的热量值。在某些实施例中，聚糖聚合物的单位剂型具有在10kcal至约500kcal之间的热量值。.在某些实施例中，聚糖聚合物的单位剂型具有在1kcal至约100kcal之间的热量值。在某些实施例中，聚糖聚合物的单位剂型具有在0.1kcal至约10kcal之间的热量值。在其他实施例中，单位剂型可具有约0.001kcal至约10kcal、约0.005kcal至约10kcal、约0.01kcal至约10kcal、约0.025kcal至约25kcal、约0.05kcal至约50kcal、约0.075kcal至约75kcal、约0.1kcal至100kcal、约0.25kcal至约10kcal、约0.5kcal至约5kcal、约0.25kcal至约25kcal、或约0.1kcal至约1kcal的热量值。聚糖聚合物的单位剂型可配制成溶解于水溶液(例如，水、牛奶、果汁等)中并且按饮料、糖浆、溶液或悬浮液形式口服给予。例如，聚糖聚合物的单位剂型可包含被配制成在口服给予前溶解成水溶液的立方体、小包、锭剂、丸剂、片剂、胶囊、糖果、粉末剂、酏剂或浓缩糖浆。在其他实施例中，聚糖聚合物的单位剂型可包含被配制成在口服给予时在受试者(例如人受试者)体内(例如，在口、胃、肠或结肠中)溶解的立方体、小包、锭剂、丸剂、片剂、胶囊、糖果、粉末剂、酏剂或浓缩糖浆。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂经肠给予。这优选包括口服给予、或通过口管或鼻管(包括鼻胃管、鼻空肠管、口胃管或口空肠管)。在其他实施例中，给予包括经直肠给予(包括灌肠剂、栓剂或结肠镜检查)。本文所述的剂型可以用本领域技术人员已知的方法制造。例如，为了制造片剂，可以使用例如高剪切造粒、低剪切造粒、流化床造粒或通过共混进行直接压缩，将有效量的益生元均匀分散在一种或多种赋形剂或添加剂中。赋形剂和添加剂包括稀释剂、粘合剂、崩解剂、分散剂、润滑剂、助流剂、稳定剂、表面活性剂、抗粘剂、吸附剂、甜味剂和着色剂或其组合。稀释剂，也称为填充剂，可以用于增加片剂的体积，从而提供实用尺寸供压缩。稀释剂的非限制性实例包括乳糖、纤维素、微晶纤维素、甘露糖醇、干淀粉、水解淀粉、粉末状糖、滑石、氯化钠、二氧化硅、氧化钛、二水合磷酸二钙、硫酸钙、碳酸钙、氧化铝和高岭土。粘合剂可以赋予片剂配制品粘着性质，并且可以用于帮助片剂在压缩后保持完整。合适的粘合剂的非限制性实例包括淀粉(包括玉米淀粉和预胶化淀粉)、明胶、糖(例如，葡萄糖、右旋糖、蔗糖、乳糖和山梨糖醇)、纤维素、聚乙二醇、海藻酸、糊精、酪蛋白、甲基纤维素、蜡、天然和合成胶(例如，阿拉伯胶、黄蓍胶、海藻酸钠、阿拉伯树胶、黄原胶)以及合成聚合物(诸如聚甲基丙烯酸酯、聚乙烯醇、羟丙基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮)。润滑剂也可以有利于片剂制造；其非限制性实例包括硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸、山嵛酸甘油酯和聚乙二醇。崩解剂可以有利于片剂在给予后崩解，并且其非限制性实例包括淀粉、海藻酸、交联聚合物例如交联聚乙烯吡咯烷酮、交联羧甲纤维素钠、羟基乙酸淀粉钾或羟基乙酸淀粉钠、粘土、纤维素(例如，羧甲基纤维素(例如羧甲基纤维素(CMC)、CMC-Na、CMC-Ca))、淀粉、树胶等等。合适的助流剂的非限制性实例包括二氧化硅、滑石等。稳定剂可以抑制或延迟药物分解反应，包括氧化反应。表面活性剂还可以包括且可以是阴离子的、阳离子的、两性的或非离子的。示例性甜味剂可包括甜叶菊提取物、天冬甜素、蔗糖、阿力甜、糖精等。如果需要，这些片剂也可以包括无毒性辅助物质，诸如pH缓冲剂、防腐剂(例如，抗氧化剂)、润湿剂或乳化剂、增溶剂、包衣剂、调味剂(例如薄荷、樱桃、茴芹、桃、杏、甘草、覆盆子、香草)等。另外的赋形剂和添加剂可以包括乙酸铝、苯甲醇、对羟基苯甲酸丁酯、丁基化羟基甲苯、乙二胺四乙酸二钠钙、二水磷酸氢钙、磷酸氢钙、磷酸三钙、小烛树蜡、巴西棕榈蜡(carnubawax)、氢化蓖麻油、氯化十六烷基吡啶、柠檬酸、胶体二氧化硅、共聚维酮、玉米淀粉、半胱氨酸盐酸盐、聚二甲基硅氧烷、磷酸氢二钠、赤藓红钠、乙基纤维素、明胶、甘油、甘油单油酸酯、甘油单硬脂酸酯、甘氨酸、HPMC邻苯二甲酸酯、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、氧化铁红或氧化铁、氧化铁黄、四氧化三铁或三氧化二铁、碳酸镁、氧化镁、硬脂酸镁、甲硫氨酸、甲基丙烯酸共聚物、对羟基苯甲酸甲酯、硅化微晶纤维素、矿物油、磷酸、纯磷酸钙、无水磷酸钙、泊洛沙姆407、泊洛沙姆188、纯泊洛沙姆、聚氧乙烯、聚氧140硬脂酸酯、聚山梨糖醇酯80、碳酸氢钾、山梨酸钾、马铃薯淀粉、聚维酮、丙二醇、对羟基苯甲酸亚丙酯、对羟基苯甲酸丙酯、棕榈酸视黄酯、糖精钠、硒、二氧化硅、硅胶、煅制二氧化硅、苯甲酸钠、碳酸钠、柠檬酸钠二水合物、交联甲基纤维素钠、月桂基硫酸钠、焦亚硫酸钠、丙酸钠、淀粉钠、羟乙酸淀粉钠、硬脂酰富马酸钠、山梨酸、山梨糖醇、失水山梨糖醇单油酸酯、预胶化淀粉、琥珀酸、三乙酸甘油酯、柠檬酸三乙酯、植物脂、维生素A、维生素E、维生素C或其组合。可以基于与其他组分的关系和制剂特性以及生产方法适当选择这些赋形剂和添加剂的量。有效量的聚糖聚合物制剂的立即释放配制品可包含允许药物活性剂的快速释放(诸如在给予后从1分钟至1小时)的赋形剂一种或多种组合。控制释放配制品(也称为持续释放(SR)、延长释放(ER、XR或XL)、时间释放或定时释放、控制释放(CR)或连续释放)是指在将剂型给予至受试者(例如，人受试者)后，在特定的期望时间点从剂型中释放聚糖聚合物制剂。在一个实施例中，控制释放剂型开始释放，并在延长时间段内持续释放。释放可以差不多立即开始或可以持续。释放可以是恒定的，可以随时间推移增加或减少，可以脉冲化，可以连续或间歇等。在一个实施例中，控制释放剂型是指从组合物或剂型释放试剂，其中该试剂根据期望曲线在延长时间段内释放。在一个方面，控制释放是指延迟从组合物或剂型释放试剂，其中该试剂根据期望曲线释放，其中释放在一定时间段后发生。适用于给予本文提供的化合物的药物载剂或媒介物包括本领域技术人员已知适合特定给予模式的所有此类载剂。此外，这些组合物可以包含一种或多种不削弱期望作用的组分，或补充期望作用的组分，或具有另一种作用的组分。在另一方面，剂型可以是泡腾剂剂型。泡腾剂意指在与液体(包括水和唾液)混合时产生气体的剂型。一些泡腾剂(或泡腾剂对)通过化学反应产生气体，该化学反应在泡腾剂崩解剂暴露于水或口中唾液时发生。这个反应可以是可溶性酸源与碱性一元碳酸盐或碳酸盐源反应的结果。这两种一般化合物在接触水或唾液时反应产生二氧化碳气体。泡腾对(或分别是各自的酸和碱)可以包有溶剂保护或肠溶包衣以防过早反应。这样的对还可以与预先冻干的颗粒(诸如聚糖聚合物)混合。酸源可以是对人食用来说安全的任何酸，并且一般可以包括食物酸、酸和水解抗酸剂，例如：柠檬酸、酒石酸、柔和酸(amalic)、富马酸、己二酸以及琥珀酸。碳酸盐源包括干固体碳酸盐和碳酸氢盐，诸如碳酸氢钠、碳酸钠、碳酸氢钾和碳酸钾、碳酸镁等等。还包括放出氧气或其他气体并且对人食用来说安全的反应物。在一个实施例中，使用柠檬酸和碳酸氢钠。在另一个方面，剂型可以呈糖果形式(例如，基质)，诸如棒棒糖或锭剂。在一个实施例中，将有效量的聚糖聚合物分散在糖果基质中。在一个实施例中，糖果基质包括一种或多种糖(诸如右旋糖或蔗糖)。在另一个实施例中，糖果基质是无糖基质。特定糖果基质的选择取决于宽变量。可以使用常规甜味剂(例如，蔗糖)、适合糖尿病患者使用的糖醇(例如，山梨糖醇或甘露糖醇)或其他甜味剂(例如，本文所述的甜味剂)。糖果基可以很软且快速溶解，或可以是硬的且较缓慢溶解。各种形式在不同情形下将各有优点。包含有效量的聚糖聚合物的糖果块组合物可以口服给予至有需要的受试者，使得糖果块溶解时将有效量的聚糖聚合物释放到受试者口中并被咽下。有需要的受试者包括成人或儿童。本文所述的剂型也可以表现为通过多种方法制造的药物颗粒的形式，包括但不限于高压均化、湿法或干法球磨或小颗粒沉淀(例如，nGimat的纳米喷雾(NanoSpray))。可用于制备合适的粉末配制品的其他方法是制备活性成分和赋形剂的溶液，然后沉淀、过滤和粉碎，或然后通过冷冻干燥去除溶剂，然后将粉末粉碎成期望粒度。在一个实施例中，药物颗粒具有3-1000微米，诸如至多3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000微米的最终尺寸。在另一个实施例中，药物颗粒具有10-500微米的最终尺寸。在另一个实施例中，药物颗粒具有50-600微米的最终尺寸。在另一个实施例中，药物颗粒具有100-800微米的最终尺寸。在另一方面，本披露提供了一种制备本文所述的单位剂型的方法，该方法包括提供聚糖聚合物(例如，本文所述的聚糖聚合物)；将聚糖聚合物配制成单位剂型(例如，本文所述的单位剂型)，包装单位剂型，标记包装的单位剂型，和/或出售或供应以销售经包装且经标记的单位剂型。还可以加工本文所述的单位剂型。在一个实施例中，加工包括以下中的一个或多个：将剂型加工成药物组合物，例如与第二组分(例如，赋形剂或缓冲剂)一起配制、合并；分成较小或较大的等分试样；放到容器，例如，气密性或液密性容器中；包装；与标记相关联；运送或移动到不同位置。在一个实施例中，加工包括以下中的一个或多个：分类、选择、接受或丢弃、释放或保留、加工成药物组合物、运送、移动到不同位置、配制、标记、包装、投入商业中或出售或供应以销售，这取决于是否满足预定阈值。在一些实施例中，加工的剂型包含本文所述的聚糖聚合物。在一些实施例中，加工包括以下中的一个或多个：将剂型加工成药物组合物，例如与第二组分(例如，赋形剂或缓冲剂)一起配制、合并；分成较小或较大的等分试样；放到容器，例如，气密性或液密性容器中；包装；与标记相关联；运送或移动到不同位置。在一个实施例中，加工包括以下中的一个或多个：分类、选择、接受或丢弃、释放或保留、加工成药物组合物、运送、移动到不同位置、配制、标记、包装、投入商业中或出售或供应以销售，这取决于决定。在另一个实施例中，提供了一种包含聚糖聚合物制剂的口服剂型，其中口服剂型是糖浆。糖浆可以包含约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、或85％的固体。糖浆可以包含约15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、或50％的液体，例如，水。固体可以包括聚糖聚合物制剂。固体可以是例如约1％至96％、10％至96％、20％至96％、30％至96％、40％至96％、50％至96％、60％至96％、70％至96％、80％至96％、或90％至96％的聚糖聚合物制剂。在另一个实施例中，将聚糖聚合物制剂配制为粘性流体。在一个实施例中，组合物包含发泡组分、中和组分或不溶于水的膳食纤维。发泡组分可以是至少一种选自下组的成员，该组由以下组成：碳酸氢钠、碳酸钠和碳酸钙。在一个实施例中，中和组分可以是至少一种选自下组的成员，该组由以下组成：柠檬酸、L-酒石酸、富马酸、L-抗坏血酸、DL-苹果酸、乙酸、乳酸、以及无水柠檬酸。在一个实施例中，不溶于水的膳食纤维可以是至少一种选自下组的成员，该组由以下组成：结晶纤维素、麦麸、燕麦麸、锥纤维、大豆纤维以及甜菜纤维。配制品可以含有蔗糖脂肪酸酯、糖粉、果汁粉和/或调味材料。在一些实施例中，将剂型配制成用于将包含聚糖聚合物制剂的药物组合物释放在胃肠道的一个或多个特定区域，诸如小肠或大肠中。在一些实施例中，将剂型配制成用于将包含聚糖聚合物制剂的药物组合物释放在胃肠道的一个或多个特定区域，诸如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和/或直肠中。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是酶反应性递送系统。例如，可以使用通过由胰蛋白酶降解的肽交联的水凝胶制备胰蛋白酶反应性聚合物。胰蛋白酶在小肠中具有活性。胰蛋白酶反应性递送系统可以用于将聚糖聚合物制剂靶向递送至小肠。在另一个实例中，由与白蛋白交联的聚(乙烯基吡咯烷酮)组成的酶可消化的水凝胶在胃蛋白酶的存在下降解。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是能够长期滞留在胃肠道的特定部位的递送装置。例如，胃滞留递送系统能够长期释放聚糖聚合物制剂到胃中。胃滞留递送可用于调节胃中或小肠上部中的细菌的聚糖聚合物制剂。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是粘附到胃的粘膜表面的粘膜粘附性递送系统。它们典型地由具有许多氢键合基团的聚合物构成，例如，交联聚丙烯酸、羧甲基纤维素钠、海藻酸钠、卡拉胶、卡波姆934P或硫醇化聚卡波非。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是膨胀递送系统，该膨胀递送系统在胃中尺寸快速增大，这使得它通过幽门变慢。此类系统包括在胃中展开的系统。例如，可以将诸如四面体、环、圆盘等几何形状包装到明胶胶囊中。当胶囊溶解时，形状展开。系统可以由一种或多种可侵蚀聚合物(例如，羟丙基纤维素)、一种或多种不可侵蚀聚合物(例如，聚烯烃、聚酰胺、聚氨酯)构成。接着可将聚糖聚合物分散在聚合物基质内。滞留时间可以通过聚合物共混物细调。替代性地，可以使用由弹性聚合物制成的装置，这些弹性聚合物在胃的酸性pH下稳定但沿着胃肠道深入在中性/碱性条件下溶解。此类聚合物配制品可以防止装置离开胃时阻塞肠道。还可以使用由羧基基团之间的氢键交联的超分子聚合物凝胶，例如由聚(丙烯酰基6-氨基己酸)(PA6ACA)和聚(甲基丙烯酸-共-丙烯酸乙酯)(EUDRAGITL100-55)构成。其他系统包括可溶胀的赋形剂，诸如胶原蛋白海绵。例如，水凝胶基质(例如可溶胀的核心：聚乙烯吡咯烷酮XL、卡波姆934P、碳酸钙)在胃中溶胀2至50倍。超多孔水凝胶复合物在几分钟内溶胀到其初始体积的数百倍。一些系统利用气体生成来实现膨胀，例如由亲水性膜包围的生成二氧化碳的可膨胀系统。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是密度控制的递送系统。这些系统被设计成漂浮或沉没在胃液中，这延迟了从胃中排空这些系统。例如，高密度系统能够使装置下沉到胃底部、幽门以下，并由此避免胃排空。其他系统是低密度/漂浮系统。此类装置可例如在空心室中包含截留的空气并可并入低密度材料，如脂肪、油或发泡粉。低密度可通过溶胀实现，例如含有水解胶体的胶囊在接触胃液时溶解并且水解胶体溶胀形成粘性体。替代性聚合物包括：壳聚糖、海藻酸钠和单油酸甘油酯基质。可以通过气体生成实现低密度。例如，负载有碳酸盐和任选地柠檬酸的片剂在接触酸性水性介质后生成二氧化碳。生成的二氧化碳被截留在胶凝水解胶体内，从而引起系统漂浮。水解胶体包括羟丙基甲基纤维素和卡波姆934P。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型采用将装置滞留在小肠或大肠中的设计。通过特定触发方法(例如pH、酶等)提供装置的位置特异性。这些包括被设计用于粘膜粘附的系统以及微针丸剂。微针丸剂包含钉有微针的药物储集器，它被封装在pH反应性包衣中。当丸剂到达胃肠道中的期望位置并且包衣溶解时，微针能够使丸剂粘住胃肠道的内层。在其他实施例中，微针丸剂包括由分别填充有柠檬酸和碳酸氢钠的两个化学隔室组成的胶囊。当丸剂在消化系统中溶解时，两种物质之间的屏障侵蚀，使得这两种物质混合并发生化学反应，该化学反应推动糖的微针穿过胶囊外层到小肠内层中。糖针可以填充有药物，这些药物在糖被吸收时递送到邻近血管中。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型采用pH敏感性聚合物包衣。例如，pH依赖性聚合物(两相或三相)可以在低pH水平(例如胃中抗酸性，pH1-2)下不溶，并且随着pH上升，例如上升到十二指肠中约5.5-6.2、升结肠中约pH5.7、盲肠中约pH6.4、横结肠中约pH6.6、降结肠中约pH7.0、回肠中约7.2至7.5或远端小肠中约pH7.5，变得逐渐可溶。在一个实例中，可以将TARGITTM技术用于聚糖聚合物制剂在胃肠(GI)道中的部位特异性递送。系统在注射成型的淀粉胶囊上采用pH敏感性包衣，以靶向末端回肠和结肠。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是延迟释放系统或时间控制释放系统。此类系统通常采用肠溶包衣，肠溶包衣可与pH敏感性和时间释放功能组合。例如，可使用ETP(包覆肠溶包衣、时间释放、压制包衣)片剂，这些片剂由三种组分构成：含聚糖聚合物的核心片剂(快速释放功能)、压制包衣可溶胀疏水性聚合物层(例如羟丙基纤维素层(HPC))和时间释放功能。停滞期的持续时间可以通过聚合物层和肠溶包衣层(抗酸性功能)的重量或组成来控制。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型采用片剂和胶囊的肠溶包衣。其他合适的合成聚合物包括：紫胶、乙基纤维素、邻苯二甲酸乙酸纤维素、羟丙基甲基纤维素、聚乙酸乙烯酯邻苯二甲酸酯以及聚谷氨酸包衣，诸如聚-γ-谷氨酸(γ-PGA)。这些包衣将粘膜粘附策略和pH依赖性释放策略相组合。为了增强结肠靶向递送，是具有不同的侧基组成的甲基丙烯酸共聚物，这些侧基改变了共聚物溶解时的pH。例如，对于包覆的系统，在胃(例如pH1.4)和小肠(例如pH6.3)中未发生显著的药物释放，而在回盲肠区域中在pH7.8下可以看到显著的药物释放。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是微生物触发系统，诸如基于多糖的递送系统。基于多糖的递送系统含有生物可降解且粘膜粘附的聚合物包衣，包括壳聚糖和果胶的包衣。其他合适的天然聚合物包括例如瓜尔胶、菊粉、环糊精、右旋糖酐、淀粉酶、硫酸软骨素以及刺槐豆胶。这些递送系统可以用于将聚糖聚合物靶向小肠。具有如瓜尔胶、黄原胶、壳聚糖、海藻酸盐等天然存在的多糖的包衣由结肠微生物群降解，例如酶，诸如木糖苷酶、阿拉伯糖苷酶、半乳糖苷酶等。例如，可以使用CODESTM技术递送聚糖聚合物制剂。该系统将多糖包衣与pH敏感性包衣相组合。在一些实施例中，系统由包覆有三层聚合物包衣的核心片剂组成：外包衣由EudragitL构成。此包衣在十二指肠中溶解并暴露出下一个包衣。下一个包衣由EudragitE构成。此层允许存在于内核心中的乳果糖的释放。乳果糖代谢成短链脂肪酸，短链脂肪酸降低了周围的pH，EudragitE层在该pH下溶解。EudragitE的溶解导致聚糖聚合物的暴露。结肠中存在的细菌负责从核心片剂释放的多糖的降解。多糖的降解可引起有机酸的形成，这降低了片剂周围的内含物的pH。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是压力控制的递送系统。系统利用如下事实：结肠中遇到的压力比小肠中高。例如，对于不可溶于水的乙基纤维素系统来说，在不溶于水的聚合物胶囊崩解之后，由于结肠内腔中的压力，开始释放聚糖聚合物。释放曲线可通过改变乙基纤维素的厚度、胶囊尺寸和/或胶囊密度来调整。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是靶向结肠的脉冲式递送系统。例如，该系统可以是脉冲塞囊系统(pulsincapsystem)。所采用的胶囊包含放在胶囊中的塞子，该塞子控制聚糖聚合物的释放。可溶胀的水凝胶(例如羟丙基甲基纤维素(HPMC)、聚甲基丙烯酸甲酯或聚乙酸乙烯酯)密封药物内含物。当胶囊接触流体时，塞子被推离胶囊并且释放出聚糖聚合物。释放曲线可以通过改变塞子的长度和/或塞子与胶囊主体的相交点来控制。另一个系统是端口系统。将胶囊主体封闭在半渗透膜中。由渗透活性剂和聚糖聚合物组成不溶性塞子。当胶囊接触流体时，半渗透膜允许流体流入，增加胶囊主体中的压力。这导致塞子脱开并释放聚糖聚合物。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是渗透控制的靶向结肠的递送系统。示范性系统OROS-CT由封装在硬明胶胶囊中的渗透单元(最多至5个或6个推拉单元(pushpullunit))组成。推拉单元是双层的，具有外部肠不可渗透的膜和内部半渗透膜。推拉的内部中心部分由药物层和推动层组成。聚糖聚合物穿过半渗透膜释放。封闭推拉单元的胶囊主体在给予后立即溶解。在胃肠道中，肠不可渗透的膜防止吸水。肠溶包衣溶解于小肠(较高pH，>7)中，水穿过半渗透膜进入单元，引起推动层溶胀并将聚糖聚合物推出。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是“聪明丸剂(smartpill)”，它可以用于在即将到达回盲瓣时释放聚糖聚合物。在一些实施例中，用于本文所述的聚糖聚合物制剂的剂型是经直肠给予的配制品。例如，灌肠剂将液体配制品中的聚糖聚合物制剂引入到直肠中。给予的体积通常小于10mL。栓剂将聚糖聚合物制剂引入到直肠中。栓剂是固体剂型，它在插入到直肠中时融化或溶解，从而释放聚糖聚合物。用于栓剂配制品的典型赋形剂包括可可油、聚乙二醇和琼脂。套盒还设想了套盒。例如，套盒可以包括聚糖聚合物制剂的单位剂型和包含聚糖聚合物治疗胃肠障碍或病症的使用说明书的包装插页。套盒包括在合适包装中的聚糖聚合物制剂，以供有需要的受试者(例如人受试者)使用。本文所述的任何组合物都可以以套盒形式包装。套盒可以包含足够整个治疗过程或治疗过程的一部分的量的聚糖聚合物制剂(任选地另外包含益生元物质、益生菌和/或第二治疗剂)。聚糖聚合物制剂的剂量可以单独包装，或聚糖聚合物制剂可以按散装形式提供，或其组合。因此，在一个实施例中，套盒以合适包装提供对应于治疗方案中给药点的聚糖聚合物制剂的个别剂量，其中这些剂量包装在一个或多个小包中。在一个实施例中，聚糖聚合物制剂可以散装提供在单个容器、或在两个、三个、四个、五个或多于五个容器中。例如，每个容器可包含足够进行一个月的治疗计划的特定一周使用的聚糖聚合物制剂。如果提供超过一个散装容器，这些散装容器可以适当地包装在一起，以提供足够所有或部分治疗期使用的聚糖聚合物制剂。该容器或这些容器可以用指示对有需要的受试者或对执行治疗方案(例如给药时间表)的医师有用的信息的标记进行标记。可以将聚糖聚合物制剂与其他合适的物质(诸如如本文所述的益生菌、益生元物质或其他物质)一起包装。其他一种或多种物质可以与聚糖聚合物制剂分开包装，或与聚糖聚合物制剂混合，或其组合。因此，在一个实施例中，套盒包括这样的剂型，它包含旨在在治疗过程中或治疗过程的一部分中使用的所有成分，例如聚糖聚合物制剂和任选地缓冲剂、赋形剂等、益生菌、益生元或聚合物试剂。在一个实施例中，将聚糖聚合物制剂包装在一个包装件或一组包装件中，并且将另外组分(诸如益生菌、益生元和治疗剂)与聚糖聚合物制剂分开包装。套盒还可以包括书面材料，诸如说明书、预期结果、证明书、解释、警告、临床数据、健康专业人士的信息等。在一个实施例中，套盒包含指示该套盒只能在健康专业人士指导下使用的标记或其他信息。容器还可以包括匙、注射器、瓶、杯、涂药器或其他测量或服务装置。细菌成分的鉴定在一些实施例中，将本文所述的聚糖聚合物制剂给予至受试者(例如，人受试者)以增加有益细菌的生长、减少病原体的生长和/或调节胃肠道中的(微生物)代谢物(例如像，SCFA、氨、TMA/TMAO、胆汁酸、LPS)。在一些实施例中，通过聚糖聚合物使微生物群落向健康状态转变。可以利用本领域已知和本文所述的任何数量的方法分析胃肠道中发生的微生物变化。作为一种用于测定聚糖聚合物制剂是否导致胃肠道中细菌群体转变的定量方法，可以进行定量PCR(qPCR)。可以用可商购获得的试剂盒(诸如MoBio-htp96孔土壤DNA分离试剂盒(莫生物实验室(MoBioLaboratories)，加利福尼亚州卡尔斯巴德(Carlsbad,CA))、MoBioDNA分离试剂盒(莫生物实验室，加利福尼亚州卡尔斯巴德)、或QIAampDNA粪便迷你试剂盒(凯杰公司(QIAGEN)，加利福尼亚州瓦巴伦西亚(Valencia)))根据制造商的说明书，或通过本领域技术人员已知的其他标准方法从样品中提取基因组DNA。在一些实施例中，可以用HotMasterMix(5PRIME，马里兰州盖瑟斯堡(Gaithersburg,MD))和对某些(例如有益或期望)细菌有特异性的引物进行qPCR，并且可以在具有条形码的FastOptical96孔反应板(0.1mL)(生命技术公司(LifeTechnologies)，纽约州格兰德岛(GrandIsland,NY))上进行，以及在配备有CFX96TM实时系统和FAM和ROX通道荧光读数的BioRadC1000TM热循环仪(伯乐公司(BioRad)，加利福尼亚州赫拉克勒斯(Hercules))上进行。FAM通道上每个孔的Cq值是通过CFXManagerTM软件2.1版测定。每个实验样品的log10(cfu/ml)是通过将给定样品的Cq值输入到由标准曲线生成的线性回归模型中，比较标准曲线孔的Cq值与那些样品的已知log10(cfu/ml)来计算。技术人员可以采用替代性qPCR模型。在一些实施例中，通过表征微生物16S小亚基核糖体RNA基因(16SrRNA基因)的DNA序列鉴定微生物成分。16SrRNA基因的长度约为1,500个核苷酸，并且通常在有机体间是高度保守的，但是含有特定的可变区和超变区(V1-V9)，它们具有足以区分大多数生物体的物种水平和菌株水平分类群的核苷酸多样性。细菌中的这些区分别由核苷酸69-99、137-242、433-497、576-682、822-879、986-1043、1117-1173、1243-1294和1435-1465定义，使用基于大肠杆菌系统的命名法编号。(参见例如，Brosius等人,Completenucleotidesequenceofa16SribosomalRNAgenefromEscherichiacoli[来自大肠杆菌的16S核糖体RNA基因的完整核苷酸序列]，PNAS75(10):4801-4805(1978))。微生物群落的组成可以通过给完整16SrRNA基因、或该基因的V1、V2、V3、V4、V5、V6、V7、V8和V9区中的至少一个测序，或者通过给来自该基因的可变区的任何组合(例如V1-3或V3-5)测序来推导。在一个实施例中，使用V1、V2和V3区表征微生物群。在另一个实施例中，使用V3、V4和V5区表征微生物群。在另一个实施例中，使用V4区表征微生物群。将彼此间至少97％相同的序列归入操作分类单元(OTU)。含有具有97％相似性的序列的OTU大概对应物种水平分类群。选择来自每个OTU的至少一个代表性序列，并通过与高度管理的16SrRNA基因序列的参考数据库(诸如Greengenes或SILVA数据库)比较来用于获得OTU的分类分配。微生物群落中的OTU之间的关系可以通过从每个OTU的代表性序列构建系统发育树来推断。使用已知技术，为了确定完整16S序列或16S序列的任何可变区的序列，从细菌样品中提取基因组DNA，使用聚合酶链反应(PCR)扩增16SrRNA(完整区或特定可变区)，清洁PCR产物，并绘制核苷酸序列以确定16SrRNA基因或该基因的可变区的遗传组成。如果进行完整16S测序，则使用的测序方法可以是但不限于Sanger测序。如果使用一个或多个可变区(诸如V4区)，则测序可以是但不限于使用Sanger方法或使用诸如Illumina方法等的下一代测序方法来进行。被设计成与16SrRNA基因的保守区退火的引物(例如用于扩增V4区的515F和805R引物)可以含有独特的条形码序列，以允许同时表征多个微生物群落。作为另一种鉴定微生物组成的方法是表征核苷酸标记物或基因，特别是高度保守的基因(例如，“管家”基因)或其组合或全基因组鸟枪序列(WGS)。使用确定的方法，从细菌样品中提取的DNA将具有使用PCR扩增的特定基因组区，并经测序以确定扩增产物的核苷酸序列。在WGS方法中，提取的DNA将被片段化成不同长度的碎片(从300到约40,000个核苷酸)并直接测序而不用扩增。可以使用任何测序技术生成序列数据，包括但不限于Sanger、Illumina、454LifeSciences、IonTorrent、ABI、PacificBiosciences和/或OxfordNanopore。除了16SrRNA基因之外，分析已知为给定物种或分类群的标记基因的一组选定基因以评估微生物群落的组成。使用基于PCR的筛选策略可替代地测定这些基因。例如，使用编码以下的基因来区分各种致病性大肠杆菌的菌株：热不稳定性(LTI、LTIIa和LTIIb)和热稳定性(STI和STII)毒素、1型、2型和2e型维罗毒素(分别为VT1、VT2型和VT2e)、细胞毒性坏死因子(CNF1和CNF2)、附着和抹平机制(eaeA)、肠集聚机制(Eagg)和肠侵袭机制(Einv)。基于序列的分类鉴定领域中的普通技术人员熟悉用于通过使用标记基因来确定微生物群落的分类组成的最佳基因。用于微生物全基因组测序(WGS)的测序文库可以从细菌基因组DNA制备。对于从人或实验室动物样品分离的基因组DNA，可以任选地使用可商购获得的试剂盒(例如NEBNext微生物组DNA富集试剂盒(新英格兰生物实验室(NewEnglandBiolabs)，麻省伊普斯威奇(Ipswich,MA))或其他浓缩试剂盒)富集细菌DNA的DNA。测序文库也可以使用可商购获得的试剂盒(诸如NexteraMate-Pair样品制备试剂盒、TruSeqDNAPCR-Free或TruSeq纳米DNA或NexteraXT样品制备试剂盒(依诺米那公司(Illumina)，加利福尼亚州圣地亚哥(SanDiego)))根据制造商的说明书从基因组DNA制备。可替代地，可以使用与Illumina测序平台兼容的其他试剂盒(如NEBNextDNA文库构建试剂盒(新英格兰生物实验室，麻省伊普斯威奇)制备文库。然后可以使用标准测序技术对文库进行测序，包括但不限于MiSeq、HiSeq或NextSeq测序仪(依诺米那公司，加利福尼亚州圣地亚哥)。可替代地，使用本领域的标准方法制备全基因组鸟枪法片段文库。例如，可以使用GSFLXTitanium快速文库制备试剂盒(454生命科学公司(LifeSciences)，康涅狄格州布兰福德(Branford,CT))构建鸟枪法片段文库，用GSFLXTitaniumemPCR试剂盒(454生命科学公司，康涅狄格州布兰福德)扩增，并在454测序仪(454生命科学公司，康涅狄格州布兰福德)上按照标准454焦磷酸测序方案测序。细菌RNA可以通过可商购获得的试剂盒诸如RiboPure细菌RNA纯化试剂盒(生命技术公司，加利福尼亚州卡尔斯巴德)从含有细菌的微生物培养物或样品中分离。另一种用于分离细菌RNA的方法可以涉及通过去除tRNA富集细菌RNA的纯化样品中的mRNA。可替代地，可以使用标准方法诸如NexteraXT样品制备试剂盒(依诺米那公司，加利福尼亚州圣地亚哥)将RNA转化成cDNA，将该cDNA用于产生测序文库。使用序列相似性和系统发生放置法或两种策略的组合分析核酸序列以界定分类分配。使用类似的方法注释蛋白质名称、蛋白质功能、转录因子名称以及核酸序列的任何其他分类纲要。基于序列相似性的方法包括BLAST、BLASTx、tBLASTn、tBLASTx、RDP分类器、DNAclust、RapSearch2、DIAMOND、USEARCH以及这些算法的各种具体实施，诸如QIIME或Mothur。这些方法将序列读数映射到参考数据库并选择最佳匹配。常用数据库包括KEGG、MetaCyc、NCBI非冗余数据库、Greengenes、RDP和Silva用于分类分配。对于功能分配，将读数映射到各种功能数据库，诸如COG、KEGG、BioCyc、MetaCyc和碳水化合物活性酶(CAZy)数据库。使用包括MetaPhlAn的软件分配微生物进化枝。微生物群体的蛋白质组学分析可以基于增加与健康状态相关的微生物蛋白质的表达或减少与疾病症态相关的微生物蛋白质的表达的能力来选择聚糖聚合物的制剂。微生物群体的蛋白质组学分析可以按照本领域技术人员已知的方案进行(例如，Cordwell,Exploringandexploitingbacterialproteomes[探索和开发细菌蛋白质组],MethodsinMolecularBiology[分子生物学方法],2004,266:115)。为了鉴定差异表达的蛋白质(例如，为了鉴定用聚糖聚合物处理微生物群体后蛋白质表达的变化)，蛋白质组学分析可以如例如Juste等人(BacterialproteinsignalsareassociatedwithCrohn’sdisease[细菌蛋白质信号与克罗恩病有关],Gut[肠道],2014,63:1566)中所述进行。例如，从两个样品(例如，未处理的微生物群体和已经用聚糖聚合物处理的群体)的微生物裂解物中分离蛋白质。给每个蛋白质样品进行标记(例如用荧光染料，例如Cy3或Cy5CyDyeDIGEFluor最小染料，通用电气医疗集团(GEHealthcare))，并通过二维差异凝胶电泳(2D-DIGE)进行分析。将凝胶染色，并且将两个样品之间鉴定为显着不同的蛋白质点切除、消化，并通过液相色谱串联质谱法(LC-MS/MS)进行分析。X！TandemPipeline(http://pappso.inra.fr/bioinfo/xtandempipeline/)可用于鉴定差异表达的蛋白质。还可以基于对微生物产物的存在的影响选择给予至人受试者的聚糖聚合物的制剂。例如，可以针对诱导或促进产生短链脂肪酸诸如丙酸盐(丙酸)、乙酸盐和/或丁酸盐(丁酸)的细菌生长的能力来选择聚糖聚合物的制剂。类似地，可以针对诱导或促进产生乳酸的细菌生长的能力来选择聚糖聚合物的制剂，乳酸可以通过产生酸性环境来调节其他细菌的生长并且也被产丁酸盐分类群利用。这种分析也可以用于将益生菌与聚糖聚合物配对，使得聚糖聚合物是用于生产期望发酵产物的底物。在一些实施例中，还可以基于对不产生不希望的代谢物(例如像，氨、尿毒症溶质、TMA等)的细菌分类群的影响来选择聚糖聚合物用于给予至人受试者。在一些实施例中，聚糖聚合物增加不产生不希望的代谢物的细菌分类群的生长，从而竞争超过(例如对于空间和营养物)产生不希望的代谢物的细菌分类群。通过将非产生者与产生者的平衡偏移以有利于非产生者，可以降低不希望的代谢物的总体水平。在一些实施例中，将SCFA产生者与非产生者分类群的平衡向SCFA产生者偏移以增加SCFA产生(例如丁酸盐、乙酸盐、丙酸盐)的水平。在一些实施例中，将氨产生者与非产生者分类群的平衡向非产生者(例如脲酶阴性细菌分类群)偏移以降低氨产生水平。在一些实施例中，将TMA产生者与非产生者分类群的平衡向非产生者偏移以降低TMA产生的水平。存在于新鲜或用过的培养基或从人收集的生物样品中的代谢物可以使用本文所述的方法测定。可以用于确定样品中代谢物的相对浓度的无偏方法是本领域技术人员已知的，诸如气相色谱或液相色谱法与质谱或1H-NMR组合。这些测量可以通过运行代谢物标准品由相同的分析系统进行验证。在气相色谱-质谱(GC-MS)或液相色谱-质谱(LC-MS)分析的情况下，极性代谢物和脂肪酸可以使用有机溶剂和水性样品的单相或双相系统进行提取并衍生化(Fendt等人,Reductiveglutaminemetabolismisafunctionoftheα-ketoglutaratetocitrateratioincells[还原性谷氨酰胺代谢是细胞中α-酮戊二酸与柠檬酸比率的函数],NatCommun[自然通讯],2013,4:2236；Fendt等人,Metformindecreasesglucoseoxidationandincreasesthedependencyofprostatecancercellsonreductiveglutaminemetabolism[甲福明减少葡萄糖氧化并增加前列腺癌细胞对还原性谷氨酰胺代谢的依赖性],CancerRes[癌症研究],2013,73:4429)；Metallo等人,ReductiveglutaminemetabolismbyIDH1mediateslipogenesisunderhypoxia[IDH1对还原性谷氨酰胺的代谢在低氧下介导脂肪生成],Nature[自然],2011,481:380)。用于极性代谢物的衍生化的示例性方案涉及通过用2％甲氧胺盐酸盐在吡啶中孵育代谢物，随后加入N-叔丁基二甲基甲硅烷基-N-甲基三氟乙酰胺(MTBSTFA)与1％叔丁基二甲基氯硅烷(t-BDMCS)来形成甲氧肟-tBDMS衍生物。可以将非极性级分(包括三酰甘油酯和磷脂)皂化成游离脂肪酸，并且例如通过用甲醇中的2％H2SO4孵育或通过使用甲基-8试剂(赛墨科技公司(ThermoScientific))进行酯化以形成脂肪酸甲酯。然后可以使用标准LC-MS方法通过GC-MS分析衍生化样品，例如安装在与质谱仪(MS)接合的气相色谱仪(GC)上的DB-35MS柱(30m×0.25mmi.d.×0.25μm，安捷伦J&W科学公司(AgilentJ&WScientific))。可以通过整合代谢物离子片段来确定质量同位素分布，并且使用诸如改编自Fernandez等人(Fernandez等人,Correctionof13Cmassisotopomerdistributionsfornaturalstableisotopeabundance[针对自然稳定的同位素丰度校正13C质量同位素分布],JMassSpectrom[质谱测定法杂志],1996,31:255)的那些的标准算法对天然丰度进行校正。在液相色谱-质谱(LC-MS)的情况下，极性代谢物可以使用配备有柱(诸如SeQuantZIC-pHILICPolymeric柱(2.1×150mm；EMD密理博公司(EMDMillipore))的标准台式LC-MS/MS进行分析。用于分离的示例性流动相可以包括调整至特定pH值的缓冲液和有机溶剂。组合地或替代地，可以通过1H-核磁共振(1H-NMR)分析提取的样品。样品可以任选地在缓冲溶液(例如，在D2O中的Na2HPO4、NaH2PO4，pH7.4)存在下与同位素富集的溶剂(如D2O)合并。样品还可以补充有校准和化学位移测定用的参考标准品(例如5mM2,2-二甲基-2-硅杂戊烷-5-磺酸钠盐(DSS-d6，Isotec公司，美国))。在分析之前，可以将溶液过滤或离心以去除任何沉积物或沉淀物，然后转移到合适的NMR管或容器中用于分析(例如，5mmNMR管)。可以在配备有5mmQXI-ZC/N/P探针头的标准NMR光谱仪(诸如AvanceII+500Bruker光谱仪(500mHz)(布鲁克公司(Bruker)，德国))上获得1H-NMR光谱并用光谱积分软件(诸如ChenomxNMRSuite7.1；Chenomx公司，艾伯塔省埃德蒙顿(Edmonton,AB))进行分析。(Duarte等人,1H-NMRprotocolforexometabolomeanalysisofculturedmammaliancells[用于培养的哺乳动物细胞的胞外代谢物组分析的1H-NMR方案],MethodsMolBiol[分子生物学方法],2014:237-47)。可替代地，1H-NMR可以根据本领域已知的其他公开的方案进行(Chassaing等人,Lackofsolublefiberdrivesdiet-inducedadiposityinmice[可溶性纤维的缺乏驱动小鼠体内的食源性肥胖],AmJPhysiolGastrointestLiverPhysiol[美国生理学杂志—胃肠道和肝脏生理学],2015；Bai等人,ComparisonofStorageConditionsforHumanVaginalMicrobiomeStudies[对人阴道微生物组研究的贮藏条件进行比较],PLoSONE[公共科学图书馆·综合],2012:e36934)。给予在一些实施例中，通过肠内给予将聚糖聚合物给予至有需要的受试者(例如，人受试者)。在一些实施例中，通过口服、鼻腔、胃部或直肠给予将聚糖聚合物给予至有需要的受试者。在一些实施例中，通过管饲将聚糖聚合物给予至有需要的受试者。在一些实施例中，在一种或多种药物治疗结束后立即(例如抗生素治疗结束后1小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周或4周)将聚糖聚合物给予至有需要的受试者。在药物治疗过程中，聚糖聚合物制剂可以在药物治疗开始之前(例如，前1、2、3、4、5、6、7天)提供；在开始药物治疗的当天提供；或者在抗生素治疗不久后，例如治疗1、2、3、4、5、6、7或更多天后提供，并且可以任选地仅在最初(例如持续短时段)或在整个药物治疗期间提供，并且甚至可以在药物治疗期结束后继续所期望的时段(例如此后继续1-7天、1-14天或1-21天)。在一些实施例中，当发生和/或诊断出一种或多种不利影响(例如消化异常或病原体生长)时，开始或继续与药物治疗联合给予聚糖聚合物制剂。在一些实施例中，引起菌群失调的治疗剂不是药物，而是放射治疗或手术，并且也可以如本文所述那样给予聚糖聚合物制剂。在一些实施例中，治疗期的总数和持续时间基于受试者对治疗的应答。例如，在用聚糖聚合物制剂治疗1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天后，个体可能经历症状的减轻。在另一个实例中，在用聚糖聚合物制剂治疗1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个月后，个体可能经历症状的减轻。因此，治疗的持续时间通过个体受试者对聚糖聚合物制剂的应答和一种或多种症状的缓解开始决定。因此，受试者可能在给定剂量的聚糖聚合物制剂下经历症状，并且可能要求受试者保持该剂量或较低剂量，直到症状消退。因此，在一个实施例中，治疗的持续时间不是在开始时确定，而是继续直到每天实现聚糖聚合物制剂的最大剂量，或直到实现所期望的症状减轻水平。在一个实施例中，治疗是连续的。在一个实施例中，受试者(例如，人受试者)可以在治疗方案期间给予持续第一治疗期的一个剂量并且在第二治疗期期间给予第二剂量。例如，可以向受试者给予一个剂量的聚糖聚合物制剂持续一周时段并且给予第二剂量持续随后的一周时段。受试者可以自我给予聚糖聚合物制剂，并且聚糖聚合物制剂由健康专业人员(例如，医师或其他合格的健康专业人员)供应或推荐(或开处方)，并且任选地由健康专业人员监测测试结果(例如，针对来自取自受试者的样品的生物标记物获得的)和/或健康变化和治疗终点。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂由健康专业人员给予。在一个实施例中，有需要的受试者可以经历用聚糖聚合物制剂进行的重复治疗过程。当症状再次出现或增加到不期望的水平时，可以重复治疗过程。可替代地，可以以规则或预定的间隔重复治疗过程。因此，治疗可在约一个月、两个月、三个月、四个月、六个月、八个月、十个月、一年、18个月、两年、三年、四年、五年或超过五年后进行重复、或以其任何组合进行重复(例如，治疗可以在一年后重复，然后此后每两到五年重复一次)。可以以与第一次治疗中使用的相同形式(例如，持续时间、剂量、剂量时间、附加物质等)重复治疗，或者可以对它进行修改。例如，可以缩短或延长治疗持续时间，可以增加或减少剂量。在一些实施例中，药物组合物每天给予一次、两次或三次。在一些实施例中，药物组合物每天给予两次。在一些实施例中，每天给予药物组合物，持续预定天数(治疗期)。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、21、28、35、42、49、56、63、70、100、200、300或365天。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12年，或终生。在一个实施例中，对于胃肠疾病、障碍或病症的治疗期的总持续时间可以是从约1天至10年、1天至1年、1天至6个月、1天至3个月、1天至1个月、一天至一周、一天至五天、一天至十天、一周至约十二周、或约四周至约十周、或约四周至约八周，或约六周。受试者(例如，人受试者)可以经历合适数量的治疗期，诸如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或超过10个的治疗期。在治疗期间，受试者服用本文所述的聚糖聚合物制剂，任选地同时摄入含有益生元和/或益生菌的食物产品。在一个实施例中，聚糖聚合物制剂还可以与如本文所述的另一种物质(诸如益生菌或共生有益细菌、益生元物质或治疗剂)组合给予。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂还可以与破坏正常胃肠微生物群生长的抗生素组合。典型地，抗生素治疗的持续时间为1-14天、或2-10天、或5-7天。在一些实施例中，在一种或多种抗生素治疗结束后立即(例如抗生素治疗结束后1小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周或4周)将聚糖聚合物给予至有需要的受试者。在抗生素治疗过程中，聚糖聚合物制剂可以在开始抗生素治疗时提供；在抗生素治疗不久后，例如治疗1、2、3、4、5、6、7或更多天后提供；或者可以在诊断出非期望病原体生长时给予。治疗方法本文提供了用于治疗患有疾病或障碍的受试者(例如，人受试者)的方法。在一些实施例中，该疾病或障碍与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质、脂多糖(LPS)或胆汁酸)的水平(例如不希望的水平)相关。在一些实施例中，这些方法包括以有效治疗疾病或障碍的量向人受试者给予聚糖聚合物制剂。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂(例如，本文所述的)有益于治疗各种疾病、障碍或病症。此类疾病、障碍或障碍可能与微生物群的菌群失调相关。有益微生物群的紊乱可能由于多种因素(例如遗传或环境因素)而发生，这些因素包括但不限于使用抗生素、化学治疗剂和其他诱导菌群失调的药物或治疗(例如放射治疗)、病原体感染、致病有机体活动、偏离校准的热量摄入(例如，高脂肪，高糖)、偏离校准(不可消化)的纤维摄入量(例如低纤维或零纤维)、宿主因素(例如宿主遗传改变)等。在一些实施例中，疾病、障碍或病症与胃肠微生物群的菌群失调相关。在一些实施例中，通过治疗菌群失调，疾病、障碍或障碍得以治疗。可能与胃肠微生物群的菌群失调和/或胃肠疾病、障碍或病症相关的症状包括但不限于肠气、胃灼热、胃部不适、腹胀、胃肠胀气、腹泻、腹痛、痉挛、恶心、和呕吐。与胃肠道有关的轻微消化问题还包括偶尔腹胀、腹泻、便秘、肠气或胃部不适。与代谢物相关的适应症在一些实施例中，疾病或障碍与代谢物的水平(例如不希望的水平)相关。代谢物，诸如短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)，尿毒症溶质、脂多糖或胆汁酸，以及产生它们的细菌已经与一系列疾病相关。例如，据报道克罗恩病中产丁酸盐细菌水平降低(Takahashi等人,(2016))，并且据报道，克罗恩病患者的粪便样本中丁酸盐和丙酸盐的水平降低，并且乙酸盐增加(Galecka等人,(2013))。据报道，丁酸盐降低促炎细胞因子的表达，这可能在炎症性肠病(包括克罗恩病)中起重要作用(RussoI.等人PLoSOne[公共科学图书馆·综合]2012)。与相对于健康患者群体丁酸盐水平降低相关的其他疾病包括溃疡性结肠炎(Kumari等人,2013)、2型糖尿病(Qin等人,2012)、特应性皮炎(Song等人,2016)、结肠直肠癌(Wang等人,2012)和帕金森病(Keshavarzian等人,2015)。向个体给予支持与丁酸盐产生直接或间接地正相关的微生物群的生长的聚糖可以增加体内丁酸盐水平并且改善或预防克罗恩病的症状。在一些实施例中，给予减少一种或多种短链脂肪酸产生以治疗一些疾病的聚糖也可能是有益的。据报道，相对于健康个体，肥胖患者中产丁酸盐细菌增加(Ross等人,2015)，并且发现相对于健康患者，肥胖患者的粪便中丁酸盐和丙酸盐增加(Payne等人,2011)；同样，乙酸盐水平的增加与肥胖症相关(Gao等人,2014)。给予选择性地降低与丁酸盐、丙酸盐和/或乙酸盐增加直接或间接相关的微生物群的聚糖因此可用于治疗或预防肥胖症。与相对高水平的乙酸盐相关的其他疾病包括吸收不良综合征(Bala等人,2006)、结肠直肠癌(Weir等人,(2013)和克罗恩病(Galecka等人,2013)。向个体给予聚糖以选择性地减少与乙酸盐增加直接或间接相关的微生物群可用于治疗或预防与增加的乙酸盐水平相关的疾病，诸如肥胖症、吸收不良综合征、结肠直肠癌和克罗恩病。在一些实施例中，疾病或障碍与例如短链脂肪酸的水平(例如不希望的水平)相关，并且选自急性囊袋炎、过敏性疾病、AIDS、动脉粥样硬化、哮喘、特应性皮炎、自闭症谱系障碍、慢性功能性便秘、乳糜泻、慢性萎缩性胃炎、慢性囊袋炎、艰难梭菌相关性疾病(CDAD)、乳糜泻、结肠直肠腺瘤、结肠直肠癌、克罗恩病、囊性纤维化、抑郁症、糖尿病(I型)、糖尿病(II型)、腹泻、湿疹、肠造口术、家族性地中海热、食物超敏反应、移植物抗宿主病(GvHD)、肝性脑病、高血压、炎症性肠病、肠易激综合症、肠易激综合征-便秘(IBS-C)、肺癌、显微镜性结肠炎、多发性硬化症、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、肥胖相关性哮喘、帕金森病(PD)、放射诱导的急性肠道症状、志贺氏菌病(Shigellosis)、短肠综合征、脊髓损伤相关性肠功能障碍、系统性炎症应答综合征、系统性红斑狼疮和溃疡性结肠炎。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节SCFA的水平以治疗疾病或障碍。在一些实施例中，疾病或障碍与短链脂肪酸(例如丁酸盐)的水平(例如不希望的水平)相关，是腹泻。在一些实施例中，疾病或障碍与短链脂肪酸(例如丁酸盐)的水平(例如不希望的水平)相关，是毒性，例如药物毒性。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节SCFA(例如丁酸盐)的水平，以治疗疾病或障碍，诸如腹泻相关性症状，例如像由药物毒性引起的。在一些实施例中，疾病或障碍与例如三甲胺或三甲胺N-氧化物的水平(例如不希望的水平)相关，并且选自动脉粥样硬化、心血管疾病、HIV的心血管风险、颈动脉粥样硬化、慢性心脏病、慢性心力衰竭、慢性肾脏病(CKD)、慢性血管疾病、结肠直肠癌、冠心病、冠状动脉疾病(CAD)、糖尿病(II型)、终末期肾病、HIV、炎症性肠病、缺血性发作、代谢综合征、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肥胖症、放射诱导的急性肠道症状(RIAIS)和中风。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节TMA或TMAO的水平以治疗疾病或障碍。在一些实施例中，疾病或障碍与例如氨的水平(例如不希望的水平)相关，并且选自慢性肾脏病、幽门螺杆菌(Helicobacterpylori)感染、肝性脑病和肝硬化伴有轻微肝性脑病(MHE)。在一个实施例中，与氨的水平(例如不希望的水平)相关的疾病或障碍是肝性脑病(HE)。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节氨的水平以治疗疾病或障碍。在一些实施例中，疾病或障碍与例如胆汁酸的水平(例如不希望的水平)相关，并且选自酒精性肝硬化、动脉粥样硬化、慢性囊袋炎、硬化症、结肠直肠腺瘤、结肠直肠癌、结肠直肠癌(胆囊切除术后患者)、冠状动脉疾病、克罗恩病、囊性纤维化、炎症性肠病、糖尿病(II型)、肠衰竭相关性肝病、肠易激综合症、肠易激综合征-便秘(IBS-C)、吸收不良综合征、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、肥胖症、肥胖症相关性哮喘、胆囊切除术后、原发性胆汁性肝硬化、原发性硬化性胆管炎(PSC)、进行性家族性肝内胆汁淤积、反流性食管炎、短肠综合征、史蒂文斯-约翰逊综合征(StevenJohnsonsyndrome)、溃疡性结肠炎和无并发症的憩室病。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节胆汁酸的水平以治疗疾病或障碍。在一些实施例中，疾病或障碍与例如脂多糖的水平(例如不希望的水平)相关，并且选自过敏性疾病、动脉粥样硬化、自闭症谱系障碍、自身免疫性肝炎、慢性疲劳综合征(CFS)、慢性肾脏病、慢性血管疾病、常见变异性免疫缺陷(CVID)、克罗恩病、抑郁症、糖尿病(II型)、肝性脑病、乙型肝炎、丙型肝炎、HIV、HIV精英控制者、肠道衰竭相关性肝病、肠易激综合症、代谢综合征、新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)、肥胖症、帕金森病(PD)和溃疡性结肠炎。在一些实施例中，提供了治疗方法，这些方法包括调节LPS的水平以治疗疾病或障碍。药物毒性/消化异常(包括腹泻)本文提供了通过给予聚糖聚合物制剂(例如，如本文所述的)减少人受试者中药物或治疗诱导的症状的方法。在一个实施例中，这些方法包括调节SCFA(包括丁酸盐)的水平。药物或治疗诱导的症状包括任何消化异常。示例性消化异常包括但不限于体重增加、便秘、胃灼热、胃部不适、肠气、腹胀、胃肠胀气、腹泻、腹痛、痉挛、恶心和呕吐。在一些实施例中，消化异常是腹泻。该方法包括以有效减轻由药物或治疗诱导的一种或多种症状的量向人受试者给予包含聚糖聚合物制剂的药物组合物。在一个实施例中，治疗是放射治疗。在一个实施例中，治疗是化学治疗剂的治疗。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者(例如，人受试者)已经患有或怀疑患有药物诱导的腹泻、药物诱导的便秘、药物诱导的毒性、药物诱导的不耐受性(例如对二甲双胍、化学疗法，例如像伊立替康(camptosar)和/或5-氟尿嘧啶)、药物诱导的微生物组损伤、药物诱导的微生物组疾病、药物诱导的胃肠疾病、药物诱导的肠炎或结肠炎或类似的药物诱导的疾病或病症。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物在给予药物(或放射治疗)(其给予诱导症状)之前、同时或之后给予。通常与药物或治疗诱导的症状相关的示例性药物包括但不限于抗癌药物、抗糖尿病药物、免疫抑制药物、抗微生物药物、化学治疗剂、抗精神病药物、质子泵抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂(TKI，例如达沙替尼(Sprycel)、厄洛替尼(Erlotinib)(Tarceva)、吉非替尼(Iressa)、伊马替尼(Gleevec)、拉帕替尼(Tykerb)、尼罗替尼(Tasigna)、索拉非尼(Nexavar)、舒尼替尼(Sutent)、阿法替尼(Afatinib)(Gilotrif)、阿来替尼(Alectinib)(Alecensa)、阿西替尼(Inlyta)、硼替佐米(Velcade)、柏舒替尼(Bosutinib)(Bosulif)、卡博替尼(Cometriq、Cabometyx)、卡非佐米(Carfilzomib)(Kyprolis)、色瑞替尼(Ceritinib)(Zykadia)、考比替尼(Cobimetinib)(Cotellic)、克唑替尼(Xalkori)、达拉菲尼(Tafinlar)、达沙替尼(Sprycel)、厄洛替尼(Tarceva)、吉非替尼(Iressa)、依鲁替尼(Imbruvica)、艾拉利司(Idelalisib)(Zydelig)、伊马替尼(Gleevec)、伊沙佐米(Ixazomib)(Ninlaro)、拉帕替尼(Tykerb)、乐伐替尼(Lenvima)、尼罗替尼(Tasigna)、尼雷帕利(Niraparib)(Zejula)、奥拉帕尼(Lynparza)、奥斯替尼(Tagrisso)、帕博西尼(Palbociclib)(Ibrance)、帕唑帕尼(Votrient)、哌加他尼(Pegaptanib)(Macugen)、帕纳替尼(Iclusig)、瑞戈非尼(Stivarga)、瑞博西尼(Ribociclib)(Kisqali)、卢卡帕尼(Rucaparib)(Rubraca)、鲁索替尼(Jakafi)、索尼德吉(Sonidegib)(Odomzo)、索拉非尼(Nexavar)、舒尼替尼(Sutent)、托法替尼(Xeljanz)、曲美替尼(Mekinist)、凡德他尼(Vandetanib)(Caprelsa)、维莫非尼(Zelboraf)、维莫德吉(Vismodegib)(Erivedge))和非类固醇抗炎药(NSAID)。这些药物的给予通常与例如在治疗方案期间可能发生的菌群失调相关。在一些实施例中，菌群失调引起或放大药物或治疗诱导的症状，诸如消化异常，诸如腹泻。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂的给予调节微生物组，使得药物或治疗诱导的症状减轻(例如通过调节SCFA(诸如丁酸盐)的水平)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂促进共生菌的生长和/或支持有益微生物群落的生长，这些共生菌或有益微生物群落将响应于药物治疗而受到负面影响或损失，或者可补充已经响应于药物治疗受到负面影响或损失的共生菌。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂促进产SCFA细菌分类群，例如像产醋酸盐、丙酸盐或丁酸盐的分类群的生长。与可通过给予聚糖聚合物制剂减轻其症状的消化异常相关的药物的具体实例包括但不限于环丙沙星、克林霉素、阿莫西林-克拉维酸、头孢克肟、头孢菌素(ephalosporins)、氟喹诺酮、阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、四环素、阿奇霉素、伊立替康(camptosar)、5-氟尿嘧啶、甲酰四氢叶酸、奥沙利铂、硼替佐米、伊马替尼、来那度胺、imbruvica、伊匹单抗、帕妥珠单抗、卡培他滨、多西他赛、拉帕替尼、厄洛替尼、卡莫司汀、依托泊苷、aracytine、美法仑、阿糖胞苷、柔红霉素、安吖啶、米托蒽醌、奥氮平、雷尼替丁、法莫替丁、西咪替丁(cimetidine)、奥美拉唑、硫糖铝、埃索美拉唑、萘普生、双氯芬酸、吲哚美辛、布洛芬、酮洛芬、吡罗昔康、塞来昔布、尼美舒利、阿司匹林、二甲双胍、帕罗西汀、丙戊酸或氯氮平。在一些实施例中，消化异常与用化学治疗剂治疗受试者(例如人受试者)相关。在一个实施例中，消化异常是腹泻。在具体的实施例中，化学治疗剂是伊立替康、5-氟尿嘧啶、甲酰四氢叶酸或其组合。在具体的实施例中，化学治疗剂是奥沙利铂、甲酰四氢叶酸、5-氟尿嘧啶或其组合(例如，FOLFIRI方案)。在具体的实施例中，化学治疗剂是硼替佐米、伊马替尼、来那度胺、imbruvica、伊匹单抗、帕妥珠单抗、卡培他滨、多西他赛、拉帕替尼、厄洛替尼或其组合。在一些实施例中，化学治疗剂是卡莫司汀、依托泊苷、aracytine、美法仑或其组合。在具体的实施例中，化学治疗剂是阿糖胞苷、柔红霉素、依托泊苷或其组合。在具体的实施例中，化学治疗剂是安吖啶、阿糖胞苷、依托泊苷或其组合。在具体的实施例中，化学治疗剂是米托蒽醌、阿糖胞苷或其组合。在一些实施例中，消化异常与用抗生素治疗受试者相关。在一个实施例中，消化异常是腹泻。在具体的实施例中，抗生素是环丙沙星、克林霉素、阿莫西林-克拉维酸、头孢克肟、头孢菌素、氟喹诺酮、阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、四环素或阿奇霉素。在一些实施例中，消化异常与用抗精神病药物治疗受试者相关。在一个实施例中，消化异常是体重增加。在一个实施例中，药物是奥氮平。在一些实施例中，消化异常与用质子泵抑制剂药物治疗受试者相关。在一个实施例中，消化异常是腹泻。在具体的实施例中，药物是雷尼替丁、法莫替丁、西咪替丁、奥美拉唑、硫糖铝或埃索美拉唑。在一些实施例中，消化异常与用非甾体抗炎药(NSAID)治疗受试者相关。在一个实施例中，消化异常是腹泻。在具体的实施例中，药物是萘普生、双氯芬酸、吲哚美辛、布洛芬、酮洛芬、吡罗昔康、塞来昔布、尼美舒利或阿司匹林。在一些实施例中，消化异常与用二甲双胍、帕罗西汀、丙戊酸或氯氮平治疗受试者相关。在一个实施例中，减轻一种或多种症状增加了受试者对治疗方案的依从性。在一个实施例中，减轻一种或多种症状使得医师能够开出更高剂量的待给予药物。在此类实施例中，对潜在疾病的治疗更有效(例如症状的减轻度增加、实现无疾病或无症状状态的时间更短、或无疾病或无症状状态的维持时间更长等)。慢性肾脏病(CKD)在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有慢性肾脏病(CKD)的受试者。患有CKD的受试者可能呈现出疲劳、注意力不集中、食欲不振、睡眠困难、夜间肌肉痉挛、脚和脚踝肿胀、皮疹/瘙痒、恶心、呕吐、口腔金属味、呼吸短促和/或增加排尿。对肾脏病(包括CKD)的诊断是通过测试肾小球滤过率(GFR)、尿素和肌酸酐的血液水平、白蛋白的尿液水平、肾脏活检、超声和/或CT扫描来进行。患者群体包括患有糖尿病性肾病引起的CKD的受试者；患有高血压引起CKD的受试者；患有多囊性肾脏病、肾盂肾炎或肾小球肾炎的受试者；由于长期使用肾脏损伤药物而患有肾脏受损的受试者；以及由于存在糖尿病、高血压或肾脏病家族史等危险因素而有发展CKD风险的受试者。肝性脑病(HE)在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有肝性脑病(HE)的受试者。肝性脑病包括多种不良神经学症状，当肝脏无法从血液中去除有毒物质诸如氨时会发生这些神经学症状。患有HE的受试者可能呈现出混乱、健忘、焦虑或兴奋、性格或行为突然变化、睡眠模式改变、定向障碍、发出芳香或霉味气息、言语不清、和/或控制运动功能困难。对HE的诊断是通过测试肝脏功能、血清氨水平、EEG和其他血液和神经学测试来进行。患者群体包括具有轻度HE、重度HE、明显HE的受试者、先前经历过一次或多次HE发作的受试者以及由于存在诸如肝脏损伤的风险因素而具有HE风险的患者。炎症性肠病(IBD)/克罗恩病(CD)/溃疡性结肠炎(UC)患有炎症性肠病(IBD)的受试者可能呈现出腹部痉挛和疼痛、可能是血性的腹泻、排便紧急、便秘、恶心、呕吐、发烧、体重减轻、食欲不振和/或由于失血导致的缺铁性贫血。IBD的症状可能以突发形式发生，症状性疾病期和无症状性疾病期交替出现。IBD可以通过测试的组合诊断出，这些测试包括粪便检查(以消除腹泻感染性病因的可能性、检查粪便中痕量血液、并且定量与IBD相关的生物标记物，诸如粪便钙卫蛋白)、用于评估炎症水平的全血细胞计数、用于评估生物标记物(包括C反应蛋白(CRP)和核周抗中性粒细胞胞质抗体(pANCA))的血液测试、钡X射线、乙状结肠镜检查、结肠镜检查和内窥镜检查。患者群体包括患有溃疡性结肠炎(UC；限于结肠或大肠)的受试者、患有克罗恩病(CD；影响胃肠道的任何部分)的受试者、以及具有不同疾病严重程度(轻度、中度、重度)的受试者。2型糖尿病/NASH/NAFLD在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有2型糖尿病的受试者。患有2型糖尿病的受试者可能呈现出视力模糊、周围神经病变、排尿增加、口渴增加、疲劳、饥饿增加、体重减轻或酵母菌感染、膀胱感染、肾脏感染、皮肤感染或其他感染。2型糖尿病是通过美国糖尿病协会(ADA)描述的标准诊断，这些标准包括以下：空腹血浆葡萄糖(FPG)为126mg/dL(7mM)或更高，或在75g口服葡萄糖耐量试验(OGTT)期间2小时血浆葡萄糖水平为200mg/dL(11.1mM)或更高，具有高血糖或高血糖危象的典型症状的患者中的随机血浆葡萄糖为200mg/dL(11.1mM)或更高，或血红蛋白A1c(HbA1c)水平为6.5％或更高。患者群体包括患有2型糖尿病的成人和儿童、有发展2型糖尿病风险的受试者(例如，患有前驱糖尿病的受试者或超重的受试者)、以及患有2型糖尿病连同包括以下的代谢综合征病症的受试者：肥胖症、血压升高、血清甘油三酯升高和高密度脂蛋白(HDL)水平低。在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗表现出非酒精性脂肪肝病(NAFLD)和/或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的受试者。非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的特征在于肝脏中脂肪的异常积聚。NAFLD可以进展为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)，其特征为肝脏炎症、纤维化和肝硬化。患有NAFLD的受试者可能是无症状的。患有NAFLD或NASH的受试者可能呈现出肝脏大小增加(在体检中注明)、疲劳、体重减轻、全身无力和/或腹部右上角疼痛。对NAFLD/NASH的诊断包括丙氨酸氨基转移酶(ALT)或天冬氨酸氨基转移酶(AST)的血液水平升高、肝脏和特定组织病理学标记物扩大(例如通过肝活检、腹部超声、CT扫描或MRI扫描)。患者群体包括患有NAFLD的受试者、患有NASH的受试者、有发展NAFLD/NASH风险的受试者(例如，超重或具有升高的胆固醇水平的受试者)、以及患有NAFLD/NASH连同包括以下的代谢综合征病症的受试者：肥胖症、空腹血糖升高、血压升高、血清甘油三酯升高和高密度脂蛋白(HDL)水平低。肥胖症在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗肥胖受试者。肥胖症是一个重要的健康问题，并且可能会对健康产生负面影响。例如，肥胖症可能导致预期寿命降低和/或健康问题，诸如糖尿病、高血压、心脏病、中风、高胆固醇、睡眠呼吸暂停和关节炎增加。肥胖受试者呈现出大于30kg/m2的体重指数(BMI)。可替代地，可以基于体脂百分比(男性大于25％或女性大于33％)对肥胖受试者进行分类。诊断还可以包括评价空腹血脂水平(胆固醇、甘油三酯)、肝脏功能、葡萄糖水平、胰岛素水平、糖基化血红蛋白(HbA1c)和/或葡萄糖耐量。患者群体包括患有以下的受试者：儿童肥胖症、中度肥胖症、病态/重度肥胖症、肥胖症的遗传病因(包括普拉德-威利综合征(Prader-Willisyndrome)、巴德-毕德氏综合征(Bardet-Biedlsyndrome)、寇因综合征(Cohensyndrome)和MOMO综合征)、以及肥胖症连同其他代谢综合征病症(血压升高、空腹血糖升高、血清甘油三酯升高、高密度脂蛋白(HDL)水平低)。艰难梭菌感染(CDI)诱导的结肠炎在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有艰难梭菌感染(CDI)诱导的结肠炎的受试者。患有CDI诱导的结肠炎的受试者可能呈现出水样腹泻、痉挛、腹痛、厌食、心神不安、发烧、脱水、下腹部压痛和/或反跳痛。通过以下方式可以测试患者粪便中艰难梭菌的存在：粪便培养物、谷氨酸脱氢酶免疫测定、PCR测定以检测艰难梭菌毒素的基因、粪便细胞毒素测定或对艰难梭菌毒素A和B的酶免疫测定。患者群体包括患有原发性CDI的受试者、患有复发性CDI的受试者、患有不同严重程度(轻度、中度、重度)的CDI相关性腹泻的受试者、以及由于存在诸如以下的风险因素而具有CDI风险的受试者：抗生素治疗、广谱抗生素治疗、在医院或长期护理机构居住、胃肠道手术、结肠疾病、免疫系统减弱、化学疗法、高龄、肾脏病或使用质子泵抑制剂。针对CDI的标准护理治疗包括抗生素，诸如甲硝唑、非达霉素或万古霉素。治疗还可以包括益生菌、粪便移植和防止脱水的流体。通过减轻腹泻(例如，24小时期间不存在超过三次的未成形粪便)和上述其他症状的消退来测量疾病的消退。可以通过不存在对艰难梭菌的阳性粪便测试来证实感染的清除。在一个实施例中，提供了预防、治疗、改善病原体的症状和/或防止病原体的初始定植或定植复发的方法。在一些实施例中，复发发生在一线或标准护理治疗方案期间或之后。在一些情况下，病原体负荷可能最初在标准护理治疗时减轻，但随后负荷开始再次增加，这可能引发疾病的复发。在一些实施例中，可以给予聚糖聚合物制剂(例如在初始治疗方案开始时、期间或之后)以预防复发或治疗一种或多种复发症状。在一些实施例中，疾病相关性细菌、致病有机体或病原体选自下组，该组由以下物种组成：沃氏嗜胆菌(Bilophilawadsworthia)、空肠弯曲菌(Campylobacterjejuni)、法氏柠檬酸杆菌(Citrobacterfarmer)、艰难梭菌、产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)、破伤风梭菌(Clostridiumtetani)、产气柯林斯菌(Collinsellaaerofaciens)、霍氏肠杆菌(Enterobacterhormaechei)、粪肠球菌(Enterococcusfaecalis)、屎肠球菌(Enterococcusfaecium)、大肠杆菌、可变梭杆菌(Fusobacteriumvarium)、具核梭杆菌(Fusobacteriumnucleatum)、副流感嗜血杆菌(Haemophilusparainfluenzae)、肺炎克雷白氏杆菌(Klebsiellapneumonia)、胃消化链球菌(Peptostreptococcusstomatis)、不解糖卟啉单胞菌(Porphyromonasasaccharolytica)、铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)、邦戈沙门氏菌(Salmonellabongori)、肠道沙门氏菌(Salmonellaenteric)、鲍氏志贺氏菌(Shigellaboydii)、痢疾志贺氏菌(Shigelladysenteriae)、福氏志贺氏菌(Shigellaflexneri)、宋内氏志贺氏菌(Shigellasonnei)、金黄色酿脓葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、婴儿链球菌(Streptococcusinfantarius)、霍乱弧菌(Vibriocholera)、和小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersiniaenterocolitica)。在一些实施例中，疾病相关性细菌、致病有机体或病原体包括以下属：嗜胆菌属、弯曲菌属、候选种、柠檬酸杆菌属、梭菌属、柯林斯菌属、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、肠杆菌属、肠球菌属、埃希氏菌属、梭杆菌属、嗜血杆菌属、克雷白氏杆菌属、毛螺菌科、消化链球菌属、卟啉单胞菌属、Portiera、普罗威登斯菌属(Providencia)、假单胞菌属、沙门氏菌属、志贺氏菌属、葡萄球菌属、链球菌属、弧菌属和耶尔森氏菌属。耐万谷霉素肠球菌(VRE)-定植在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗表现出耐万谷霉素肠球菌(VRE)定植和感染的受试者。肠球菌属细菌是肠道微生物群的常见成员。该属的耐万古霉素成员(通常是粪肠球菌和屎肠球菌)可引起耐万古霉素肠球菌(VRE)定植和感染。VRE定植的受试者可以呈现出VRE阳性粪便样品、直肠拭子、直肠周拭子或来自另一身体部位的样品。万古霉素抗性可以通过细菌培养或通过检测万古霉素抗性(Van)基因操纵子的基于PCR的测定来评估。尽管经定植的受试者可能是无症状的，但该群体感染VRE的风险增加。患VRE感染的受试者可能呈现出腹泻、发烧、发冷、尿路感染(UTI)、菌血症、心内膜炎、腹腔内和盆腔感染、呼吸道感染或其他身体部位的感染。患者群体包括VRE定植的受试者、罹患VRE感染的受试者、和由于存在诸如以下的风险因素而存在VRE定植或感染风险的受试者：住院治疗、在长期护理机构居住、长期抗生素使用、免疫抑制、手术、开放性伤口、留置装置(例如，静脉内线或导尿管)，或作为卫生保健工作者就业。特应性皮炎(AD)在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有特应性皮炎(AD)的受试者。患有特应性皮炎(AD)的受试者可能呈现出干燥、发痒和/或发炎的皮肤。AD的诊断和严重程度可以通过使用SCORAD指数(Oranje,A.P.等人BritishJournalofDermatology[英国皮肤病学杂志]157.4(2007):645-648)或湿疹面积和严重程度指数(EASI)评分(Hanifin等人,ExperimentalDermatology[实验皮肤病学],2001,10:11)来确定。AD可能以突发形式发生，症状性疾病期和无症状性疾病期交替出现。金黄色葡萄球菌通常存在于具有AD的皮肤部位，并且包括IgE和炎性或Th2细胞因子以及趋化因子的生物标记物也可以在患病皮肤中或全身性地升高。患者群体包括患有早发性AD的婴儿、患有儿科AD的儿童、患有晚发性AD的成人、患有AD突发(“妊娠期特应性爆发”)风险的孕妇、患有轻度、中度或重度AD突发的受试者，或有发展AD风险的受试者。哮喘在一些实施例中，可以根据本文提供的方法治疗患有哮喘的受试者。患有哮喘的受试者可能呈现出哮鸣、咳嗽、呼吸短促和/或胸闷或疼痛。这些症状通常是间歇性的，并且可能由诸如运动或接触过敏原等的因素引发。另外，患有哮喘的儿童可能呈现出复发性支气管炎、细支气管炎或肺炎或伴有感冒的持续性咳嗽的病史。在存在和不存在支气管扩张剂治疗的情况下，通过肺功能测试以肺活量测定法来确立哮喘的诊断。患者群体包括患有哮喘的婴儿；患有儿童哮喘；成人发病的哮喘；间歇性、轻度持续性、中度持续性或重度持续性哮喘；运动诱导的哮喘；过敏性哮喘；咳嗽变异性哮喘；职业性哮喘；夜间哮喘的受试者；以及例如由于特应性家族史而有发展哮喘风险的受试者。炎症性疾病在一些实施例中，给予聚糖聚合物制剂减少炎症。在一些实施例中，如果受试者患有或怀疑患有包括以下的疾病、障碍或病症，则将受试者鉴定为适合用于治疗：胃肠炎症性疾病，包括炎症性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩病(CD)、小肠特发性炎症、不确定性结肠炎、囊袋炎；肠易激综合征(IBS)、结肠癌和肝癌、坏死性小肠结肠炎(NEC)、肠道炎症、便秘、显微镜性结肠炎、腹泻；移植物抗宿主病(GVHD)；(食物)过敏；伪膜性结肠炎；消化不良或非溃疡性消化不良；憩室病或憩室炎、缺血性结肠炎；放射性结肠炎或肠炎；胶原性结肠炎；胃肠炎；和息肉。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有炎症性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩病(CD)、肠炎、显微镜性结肠炎或与肠炎症相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有小肠特发性炎症、不确定性结肠炎、囊袋炎、伪膜性结肠炎、缺血性结肠炎、放射性结肠炎(肠炎)、胶原性结肠炎或与肠道炎症相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有胃肠炎、移植物抗宿主病(GVHD)或(食物)过敏。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有肠易激综合征(IBS)、便秘、腹泻、消化不良、非溃疡性消化不良或与肠道转运改变相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有结肠癌、肝癌、坏死性小肠结肠炎(NEC)；憩室病或憩室炎；息肉或与肠结构改变相关的类似疾病、障碍或病症。代谢性疾病在一些实施例中，如果受试者患有或怀疑患有包括以下的疾病、障碍或病症，则将受试者鉴定为适合用于治疗：肥胖症、前驱糖尿病、II型糖尿病、高血胆固醇、高LDL、高血压、高空腹血糖、高甘油三酯水平、低HDL非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)；代谢综合征；高氨血症、必需营养素缺乏、血色素沉着症、乳糖不耐症、麸质不耐受；和肠病性肢端皮炎。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有肥胖症、(胰岛素抵抗)前驱糖尿病、II型糖尿病、高空腹血糖(高血糖症)、代谢综合征或与代谢疾障碍状相关的疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有高血胆固醇、高LDL、血压过高(高血压)、高甘油三酯水平、低HDL或类似的心血管危险因素。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、高氨血症或肝脏的类似的疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有乳糖不耐症、谷蛋白不耐症或与食物不耐受相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有必需营养素缺乏、血色素沉着症、肠病性肢端皮炎或与营养素管理不当相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，提供了通过以下方式治疗有需要的人的代谢性障碍的方法：向人给予聚糖聚合物制剂组合物以治疗代谢性障碍。在一个实施例中，代谢性障碍选自肥胖症、肥胖倾向、胰岛素抵抗、糖尿病和脂肪肝综合征。代谢性障碍可以包括由以下引起或特征在于以下的障碍、疾病和病症：体重增加异常；能量使用或消耗；对营养素、能量源、激素或其他信号分子的应答改变；或对碳水化合物、脂质、蛋白质或核酸的代谢改变；或其组合。代谢性障碍的实例包括胰岛素抵抗、胰岛素敏感性、脂肪肝综合征、肥胖、肥胖倾向和糖尿病(例如，1型糖尿病、2型糖尿病)。在一个变型中，本文提供的方法治疗肥胖症。本文提供了使用聚糖聚合物制剂组合物治疗有需要的受试者的肥胖症的方法，该聚糖聚合物制剂组合物可以以导致受试者体重减轻和/或体脂减少的方式改变受试者的肠道微生物群。在一个实施例中，提供了通过以下方式减轻有需要的受试者的肥胖倾向的方法：以有效减轻肥胖倾向的量向人给予聚糖聚合物制剂组合物。肥胖倾向可以使用本领域已知的任何适当方法确定，该适当方法包括例如腰围、腰臀比、皮褶厚度、生物电阻抗、水下称重、空气置换体积描记法或液体比重测定法。在一个实施例中，提供了通过以下方式改善有需要的受试者的葡萄糖代谢的方法：以有效改善葡萄糖代谢的量向受试者给予聚糖聚合物制剂组合物。葡萄糖代谢可以通过本领域已知的任何适当方法确定，该适当方法包括例如空腹血糖水平、空腹胰岛素水平、餐后血糖测试、餐后胰岛素测试、口服葡萄糖耐量测试、静脉内葡萄糖耐量测试、糖化血红蛋白水平、或随机血糖测试。在一个实施例中，提供了通过以下方式增加人体内胰岛素敏感性的方法：以有效增加胰岛素敏感性的量向受试者给予聚糖聚合物制剂组合物，其中人在给予聚糖聚合物制剂之前具有胰岛素敏感性并且在给予聚糖聚合物制剂之后具有胰岛素敏感性，并且给予聚糖聚合物制剂之后人的胰岛素敏感性高于给予聚糖聚合物制剂之前人的胰岛素敏感性。胰岛素敏感性可以通过本领域已知的任何适当方法确定，该适当方法包括例如空腹血糖水平、空腹胰岛素水平、餐后血糖测试、餐后胰岛素测试、口服葡萄糖耐量测试、静脉内葡萄糖耐量测试、糖化血红蛋白水平、或随机血糖测试。感染性疾病在一些实施例中，给予聚糖聚合物制剂减少感染。在一些实施例中，如果受试者患有或怀疑患有包括以下的疾病、障碍或病症，则将受试者鉴定为适合用于治疗：胃肠感染性疾病，包括艰难梭菌感染(CDI)；耐万古霉素肠球菌(VRE)感染、感染性结肠炎和艰难梭菌结肠炎；真菌病，例如像白色念珠菌感染、空肠弯曲菌感染、幽门螺杆菌感染；腹泻，例如像艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)、抗生素相关性腹泻(AAD)、抗生素诱导的腹泻、旅行者腹泻(TD)、小儿腹泻、(急性)感染性腹泻、结肠癌和肝癌、阿米巴瘤；坏死性小肠结肠炎(NEC)和小肠细菌过度生长(SIBO)；消化不良或非溃疡性消化不良；肛裂、肛周脓肿和肛瘘；憩室病或憩室炎；胃溃疡；和胃肠炎。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有艰难梭菌感染(CDI)；耐万古霉素肠球菌(VRE)感染、感染性结肠炎或艰难梭菌结肠炎。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有真菌病，例如像白色念珠菌感染、空肠弯曲菌感染或幽门螺杆菌感染。在一些实施例中，胃肠道感染是细菌或病毒感染，诸如例如VRE、艰难梭菌、大肠杆菌、沙门氏菌属、志贺氏菌属、弯曲菌属、霍乱弧菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌(Bacilluscereus)、副溶血性弧菌(Vibrioparahemolyticus)、小肠结肠炎耶尔森氏菌、幽门螺杆菌、轮状病毒或诺罗病毒(norovirus)的感染。在一些实施例中，胃肠道感染是真菌感染，诸如例如念珠菌属、曲霉属、毛霉菌属、隐球菌属、组织胞浆菌属或球孢子菌属的感染。在一些实施例中，胃肠道感染是原生动物感染，诸如例如溶组织内阿米巴(Entamoebahistolytica)、兰伯氏贾第虫(Giardialamblia)、小球隐孢子虫(Cryptosporidiumparvum)的感染。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有腹泻，例如像艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)、抗生素相关性腹泻(AAD)、抗生素诱导的腹泻、旅行者腹泻(TD)、小儿腹泻或(急性)感染性腹泻。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有坏死性小肠结肠炎(NEC)；胃肠炎；小肠细菌过度生长(SIBO)或与胃肠道感染相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有结肠癌、肝癌、阿米巴瘤；消化不良或非溃疡性消化不良；肛裂、肛周脓肿和肛瘘；憩室病或憩室炎；消化性溃疡或与胃肠道结构改变相关的类似疾病、障碍或病症。其他疾病在一些实施例中，如果受试者患有或怀疑患有包括以下的疾病、障碍或病症，则将受试者鉴定为适合用于治疗：自身免疫性关节炎、I型糖尿病、特应性皮炎、自闭症、哮喘、心血管疾病、慢性肾脏病、多发性硬化症、心脏病、牛皮癣、高氨血症、肝性脑病、恶病质、痛风、药物不耐症(例如，对二甲双胍)、药物口服生物利用度低、大便失禁、希什斯普隆氏病(Hirschsprung'sdisease)、肛门痉挛、腹绞痛、肠梗阻、痔疮和肠套叠。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有自身免疫性关节炎、I型糖尿病、多发性硬化、牛皮癣或类似的自身免疫疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者怀疑患有哮喘、特应性皮炎或类似的环境驱动性过敏症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有慢性肾脏病、心脏病、心血管疾病或与器官衰竭相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有自闭症、高氨血症、肝性脑病或与神经学症状相关的类似疾病、障碍或病症。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有恶病质、痛风或类似的营养障碍。在一个实施例中，被鉴定为适合用聚糖聚合物制剂治疗的受试者患有或怀疑患有希什斯普隆氏病、肠梗阻、肛门痉挛、肠套叠、大便失禁、痔疮或类似的胃肠障碍。治疗效果在一些实施例中，受试者在治疗后经历疾病或障碍的至少一种症状的减轻。在一些实施例中，可以测定(例如通过测量已知生物标记物)治疗后症状严重程度的减轻，并且该减轻大约是约3％、5％、7％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、或约100％。在一些实施例中，当与给予聚糖聚合物制剂之前的症状相比时，如本文所述测量的症状平均减轻约10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、或约100％。在一些实施例中，治疗后，症状严重程度的减轻持续至少约一天、两天、三天、四天、五天、一周、两周、三周、一个月、3个月、6个月、9个月、一年、两年、五年、十年或永久减轻。在一个实施例中，终止治疗后，受试者中本文所述的疾病、障碍或病症的症状保持部分地、基本上地或完全地消除或严重程度减轻至少约1天、1周、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、9个月、一年、18个月、两年、三年、四年、五年、十年或超过十年。在另一个实施例中，终止治疗后，受试者中本文所述的疾病、障碍或病症的症状的严重程度永久消除或减轻。在一些实施例中，给予聚糖聚合物制剂例如通过调节(例如增加或减少)生态位中微生物群落的一个或多个成员(诸如驻留共生菌和/或获得的病原体或致病有机体)的生长或丰度改善宿主的整体健康和/或特定生态位(诸如胃肠道)的健康。聚糖聚合物制剂当以有效量给予至受试者时可以调节一种或多种宿主路径。聚糖聚合物制剂治疗可导致一种或多种生物标记物增加或减少，该增加或减少可以通过本领域已知的方法测定。研究人员可以容易地判定在治疗期间的哪个或哪些点应该测量一种或多种生物标记物，例如在治疗之前、在治疗期间的不同间隔和/或在治疗之后。任何合适的样品，例如胃肠特异性样品，例如像组织样品或活检、拭子、胃肠分泌物(诸如粪便(feces)/粪便(stool)样品)等可以从受试者抽取，并且可以分析样品。在一些实施例中，可以检测生物标记物的大幅增加或减少。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂被肠道微生物群(例如梭菌)消化，例如导致释放可以以免疫调节能力(例如抗炎)起作用的短链脂肪酸(诸如丁酸盐、乙酸盐和丙酸盐)，和可以对宿主给予有益健康影响的其他代谢物(例如胆汁酸和乳酸)。为了评价给予的聚糖聚合物制剂组合物对肠道中SCFA产生的影响，可以收集粪便样品。可以对SCFA水平，特别是乙酸盐、丙酸盐和丁酸盐进行定量。SCFA、肌酸和羟基-SCFA可以通过以下方式来定量：碱化粪便样品，使用例如1D1HNMR光谱仪获得样品的代谢组成的指纹，并且使用监督的多变量统计方法进行分析。菊粉可以充当阳性对照。在一些实施例中，使用患者样品或来自受试者样品的微生物培养物的微生物代谢图谱鉴定发展胃肠感染性和/或炎症性疾病、障碍或病症的风险因素。出于诊断、预后风险评估或治疗评估目的的示例性代谢物包括表5中列出的那些。在一些实施例中，在受试者疾病和治疗期间的不同时间点取微生物代谢物图谱，以更好地评价受试者疾病症态，包括恢复或复发事件。这种监测对于降低受试者发展新的胃肠疾病、障碍或病症的风险也是重要的。在一些实施例中，代谢物图谱明确了后续治疗。另外，如果被治疗医师或其他健康护理提供者判断为有用，本文所述的聚糖聚合物制剂组合物可以与各种其他标准护理治疗组合给予。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂和标准护理治疗剂的给予组合具有累加或协同治疗效果。聚糖聚合物制剂可以在标准护理治疗之前、同时或之后给予。在一些实例中，治疗破坏了胃肠道正常微生物群的组成和健康(例如，使用抗细菌剂、抗病毒剂或抗真菌剂)，这可导致有害细菌或病原体的非期望增殖，这可引起本文所述症状中的一种或多种。在一些实施例中，本文所述的聚糖聚合物制剂的给予可用于缓解那些症状并且改善胃肠微生物群落的组成。组合另外的物质可以与聚糖聚合物制剂联合给予。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂还可以与另一种药剂(例如治疗剂、微量营养素、益生元、益生菌或合生元)组合。这些物质可以通过例如促进例如肠道中缓解疾病、障碍(例如，本文所述)的症状的细菌的生长来增强聚糖聚合物剂量的作用，从而增加益生菌或有益共生菌在生态位或肠道中的粘附。这些物质可以在用聚糖聚合物制剂治疗之前、在用聚糖聚合物制剂治疗期间或在用聚糖聚合物制剂治疗之后给予，或其任何组合。如果在聚糖聚合物制剂治疗期间给予，它们可以随所给予的聚糖聚合物制剂的剂量给予，或在聚糖聚合物制剂的剂量之前或之后给予，或其任何组合。在一个实施例中，与聚糖聚合物制剂联合使用的物质包括一种或多种益生微生物、益生元、治疗剂或缓冲剂/载剂/赋形剂。这些物质中的一种或多种可以在治疗之前、期间、之后或其某种组合的任何合适时间与聚糖聚合物制剂组合使用。在一些实施例中，另外的药剂是治疗剂，例如引起菌群失调的药物，例如，破坏正常胃肠微生物群生长的药物，例如化学治疗药物、抗糖尿病药物、免疫抑制药物、抗微生物药物、抗精神病药物、质子泵抑制剂药物或非类固醇抗炎药物(NSAID)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂减轻人受试者中的药物或治疗诱导的症状。症状包括消化异常，例如像体重增加、便秘、胃灼热、胃部不适、肠气、腹胀、胃肠胀气、腹泻、腹痛、痉挛、恶心和呕吐。在一些实施例中，另外的药剂是微量营养素。在一些实施例中，微量营养素选自下组，该组由以下组成：微量矿物质、胆碱、维生素和多酚。在一些实施例中，微量营养素是微量金属。适合作为微量营养素的微量矿物质包括但不限于硼、钴、铬、钙、铜、氟、碘、铁、镁、锰、钼、硒和锌。在一些实施例中，微量营养素是维生素。适合作为微量营养素的维生素包括但不限于维生素B复合物、维生素B1(硫胺素)、维生素B2(核黄素)、维生素B3(烟酸)、维生素B5(泛酸)、B6族维生素组(吡哆醇、吡哆醛、吡哆胺)、维生素B7(生物素)、维生素B8(一磷酸腺苷(ergadenylicacid))、维生素B9(叶酸)、维生素B12(氰钴胺)、胆碱、维生素A(视黄醇)、维生素C(抗坏血酸)、维生素D、维生素E(生育酚)、维生素K、类胡萝卜素(α胡萝卜素、β胡萝卜素、隐黄质、叶黄素、番茄红素)和玉米黄质。在一些实施例中，微量营养素是多酚。多酚是特征为具有至少一个有一个或多个羟基基团的芳族环的化学化合物或分子。在一些实施例中，多酚是合成多酚或天然存在的多酚。在一些实施例中，多酚是天然存在的多酚且源自植物来源材料。在一些实施例中，多酚是类黄酮或儿茶素。在一些实施例中，类黄酮或儿茶素选自花青素、查耳酮、二氢查耳酮、二氢黄酮醇、黄烷醇、黄烷酮、黄酮、黄酮醇和异黄酮。在一些实施例中，多酚是木脂素。在一些实施例中，多酚选自烷基甲氧基酚、烷基酚、姜黄素、呋喃香豆素、羟基苯甲醛、羟基苯并酮、羟基肉桂醛、羟基香豆素、羟基苯基丙烯、甲氧基苯酚、萘醌、酚萜和酪醇。在一些实施例中，多酚是单宁或单宁酸。在一些实施例中，多酚选自羟基苯甲酸、羟基肉桂酸、羟基苯基乙酸、羟基苯基丙酸和羟基苯基戊酸。在一些实施例中，多酚是芪。在一些实施例中，包含本文所述的聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂进一步包含益生元物质或其制剂。在一些实施例中，可以将益生元给予至接受包含本文所述的聚糖聚合物制剂的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂的受试者。益生元是不可消化的物质，当食用时，这些益生元可通过选择性地刺激肠道中有限数量的固有细菌的有利生长或活性而对宿主产生有益的生理作用(GibsonGR,RoberfroidMB.JNutr.[营养学杂志]1995年6月；125(6):1401-12.)。益生元诸如膳食纤维或益生元寡糖(例如结晶纤维素、麦麸、燕麦麸、玉米纤维、大豆纤维、甜菜纤维等)可以通过向细菌提供可发酵剂量的碳水化合物而进一步促进肠道中益生菌和/或共生菌的生长并提高胃肠道中那些微生物群体(例如乳杆菌和双歧杆菌)的水平。益生元包括但不限于各种基于半乳聚糖和碳水化合物的树胶，诸如欧车前、瓜尔胶、卡拉胶、结冷胶、乳果糖和魔芋。在一些实施例中，益生元是以下中的一种或多种：半乳寡糖(GOS)、乳果糖、棉子糖、水苏糖、乳蔗糖、果寡糖(FOS，例如低聚果糖或寡果聚糖)、菊粉、异麦芽寡糖、木寡糖(XOS)、帕拉金糖寡糖、异麦芽糖寡糖(IMOS)、反式半乳糖苷化寡糖(例如反式半乳寡糖)、反式半乳糖苷化二糖、大豆寡糖(例如大豆寡糖)、壳聚糖寡糖(chioses)、龙胆寡糖、大豆和果胶寡糖、葡寡糖、果胶寡糖、帕拉金糖缩聚物、二果糖酐III、山梨糖醇、麦芽糖醇、乳糖醇、多元醇、聚右旋糖、线性和支化右旋糖酐、普鲁兰、半纤维素、还原帕拉金糖、纤维素、β-葡萄糖、β-半乳糖、β-果糖、毛蕊花糖、甜菜苷、木聚糖、菊粉、壳聚糖、β-葡聚糖、瓜尔胶、阿拉伯胶、果胶、高海藻酸钠、以及λ卡拉胶或其混合物。益生元可存在于某些食物中，例如菊苣根、菊芋(Jerusalemartichoke)、蒲公英嫩叶(Dandeliongreens)、大蒜、韭菜、洋葱、芦笋、麦麸、小麦粉、香蕉、牛奶、酸奶、高粱、牛蒡、花椰菜、球芽甘蓝(Brusselssprouts)、卷心菜、花椰菜、芥蓝菜(collardgreens)、羽衣甘蓝(kale)、萝卜和芜菁甘蓝以及味噌。在一些实施例中，将本文所述的聚糖聚合物与包括富含益生元的食物的饮食联合给予至受试者。可溶性纤维和不溶性纤维的合适来源是可商购获得的。在一些实施例中，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂进一步包含源自例如公认安全(GRAS)的细菌培养物的益生菌或其制剂或已知共生或益生微生物。在一些实施例中，为使内生共生微生物或外源给予的益生微生物的有益效果最大化，给予包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂以刺激胃肠道中有利细菌的生长和/或活性。合适的益生菌的实例包括但不限于分类为以下属的生物体：拟杆菌属、劳特氏菌属、梭菌属、梭杆菌属、真杆菌属、瘤胃球菌属、消化球菌属、消化链球菌属、阿克曼氏菌属、粪杆菌属、罗斯氏菌属、普氏菌属、双歧杆菌属、乳杆菌属、芽孢杆菌属、肠球菌属、埃希氏菌属、链球菌属、酵母属、链霉菌属、以及克氏菌科。可用于本文所述的方法和组合物中的益生菌的非排他实例包括嗜酸乳杆菌，乳杆菌属物种，诸如卷曲乳杆菌、干酪乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、孢子乳杆菌和保加利亚乳杆菌，以及双歧杆菌属物种，诸如乳双歧杆菌、动物双歧杆菌、两歧双歧杆菌、长双歧杆菌、青春双歧杆菌和婴儿双岐杆菌。酵母，诸如布拉氏酵母菌也适合作为益生菌用于给予至肠道，例如经由口服剂型或食物。例如，酸乳是已经含有细菌物种，诸如保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌的产品。用于调节胃肠微生物群的有益细菌可包括产生有机酸(乳酸和乙酸)或产生细胞毒性剂或细胞抑制剂(以抑制致病性生长)(例如像过氧化氢(H2O2)和细菌素)的细菌。细菌素是小的抗微生物肽，这些肽可杀死密切相关的细菌，或表现出更广谱的活性(例如乳酸链球菌肽)。有益细菌可以包括以下属中的一种或多种：阿克曼氏菌属、厌氧细杆菌属、拟杆菌属、布劳特氏菌属、双歧杆菌属、丁酸弧菌属、梭菌属、粪球菌属、小类杆菌属、多尔氏菌属、梭杆菌属、真杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、乳杆菌属、考拉杆菌属、消化球菌属、消化链球菌属、普氏菌属、罗斯氏菌属、瘤胃球菌属和链球菌属，和/或以下物种中的一种或多种：嗜粘蛋白阿克曼氏菌、小克里斯滕森氏菌、球形梭菌、柔嫩梭菌、闪烁梭菌、隐蔽小杆菌、直肠真杆菌、挑剔真杆菌、普拉粪杆菌、唾液链球菌和嗜热链球菌。在一些实施例中，提供了包含选自表19、20或21的第1列的细菌分类群和本文所述的聚糖制剂的组合。在一些实施例中，组合制剂包含选自表19、20或21的第1列的微生物的微生物制剂和选自第3-10列(表19)或第2-9列(表20和21)的聚糖制剂。在一些实施例中，提供了适用于给予至有需要的人受试者(例如口服或直肠给予)的合生元组合。在一些实施例中，选择用于组合的细菌分类群是形成孢子的细菌分类群。在一些实施例中，选择用于组合的聚糖制剂是形成孢子的细菌分类群的(例如糖苷酶的)(可发酵)底物。此外，如果需要，包含聚糖聚合物制剂的药物组合物和医疗食物以及膳食补充剂可以包含治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌。可替代地或除此之外，治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌可以分开给予(例如，在给予聚糖聚合物之前、同时或之后)，并且不作为聚糖聚合物的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂的一部分(例如作为共配制品)。在一些实施例中，包含聚糖聚合物的制剂的药物组合物或医疗食物或膳食补充剂与推荐或处方饮食(例如富含含益生菌和/或益生元的食物的饮食，诸如它可以通过医师或其他健康专业人士判定)组合给予。可以给予治疗活性剂、益生元物质和/或益生菌以调节受试者的肠道微生物组。在一些实施例中，组合效应(例如对微生物、基因组或功能性转变的数量或强度)是累加的。在其他实施例中，组合效应(例如对微生物、基因组或功能性转变的数量或强度)是协同的。聚糖聚合物制剂的给予对于本文所述方法(例如，表5中列出的疾病、障碍或病症的治疗方法)中使用的任何聚糖聚合物制剂组合物，可以最初从本领域技术人员已知的实验室动物模型估计治疗有效剂量。该信息可用于更精确地确定在人中有用的剂量。也可以从体外或体内数据估计初始剂量。还可以通过比较本文所述方法中使用的化合物在模型测定中的有效性与已知化合物的有效性来配制初始剂量。例如，可以通过比较聚糖聚合物制备制剂在模型测定中的有效性与已经显示出治疗本发明病症的功效的其他化合物的有效性来配制初始剂量。在该方法中，通过将在本文所述方法中使用的聚糖聚合物制备制剂和对照化合物在模型试验中获得的有效浓度的比率乘以对照化合物的有效剂量，可以获得初始剂量。例如，如果可用于本发明方法的制剂在模型测定中的效力是已知化合物的两倍(例如，在相同的测定中，聚糖聚合物制备制剂的有效浓度(EC50)等于已知化合物的EC50的一半)，则聚糖聚合物制备制剂的初始有效剂量将是已知化合物的已知剂量的一半。使用这些初始指导，可以由普通技术人员确定受试者(诸如人)中的有效剂量。可以个别地调整剂量和间隔，以提供足够维持治疗效果的聚糖聚合物制备制剂的水平。无需过度的实验，本领域技术人员能够最优化治疗有效的局部剂量。根据有待治疗的障碍和受试者以及给药途径，可以以变化的剂量给予组合物。在一个实施例中，使用最小有效量或剂量的聚糖聚合物制剂。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂以从约0.01mg/kg至约10,000mg/kg、从约0.1mg/kg至约1,000mg/kg、从约1mg/kg至约100mg/kg、0.05mg/kg至约5,000mg/kg、从约0.5mg/kg至约5,000mg/kg、从约5mg/kg至约500mg/kg的剂量给予。该剂量可以以mg/kg/天给予，并且可以作为初始剂量给予，或者可以随时间(例如，天数或数周数)增加或减少以达到最终剂量。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂以下述的总日剂量/受试者给予：从约1mg/天至约100克/天、从约10mg/天至约10克/天、从约100mg/天至约10克/天、从约1克/天至约10克/天、从约2克/天至约20克/天、从约5克/天至约50克/天、从约10克/天至约100克/天、从约10克/天至约50克/天、从约10克/天至约75克/天、从约20克/天至约100克/天、从约20克/天至约50克/天、从约20克/天至约75克/天、从约20克/天至约100克/天、从约50克/天至约150克/天、或从约50克/天至约200克/天。在一些实施例中，通过向受试者给予递增、递减或恒定量(或剂量)的聚糖聚合物制剂组合物一段时间(例如治疗期)来减少或消除表现出症状的受试者的胃肠疾病、障碍或病症的症状。在一个实施例中，组合物含有有益、共生和/或益生细菌菌株，其量是从1×107至1×1013CFU/剂量和细菌菌株、或从1×109至1×1011CFU/剂量和细菌菌株。在一些实施例中，药物组合物每天给予一次、两次或三次。在一些实施例中，药物组合物每天给予两次。在一些实施例中，每天给予药物组合物，持续预定天数(治疗期)。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、21、28、35、42、49、56、63、70、100、200、300或365天。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个月。在一些实施例中，治疗期是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12年，或终生。在一个实施例中，对于胃肠疾病、障碍或病症的治疗期的总持续时间可以是从约1天至10年、1天至1年、1天至6个月、1天至3个月、1天至1个月、一天至一周、一天至五天、一天至十天、一周至约十二周、或约四周至约十周、或约四周至约八周，或约六周。受试者可以经历合适数量的治疗期，诸如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或超过10个的治疗期。在治疗期间，受试者服用本文所述的聚糖聚合物制剂组合物，任选地同时摄入含有益生元和/或益生菌的食物产品。在一个实施例中，聚糖聚合物制剂组合物还可以与如本文所述的另一种物质(诸如益生菌或共生有益细菌、益生元物质或治疗剂)组合给予。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂组合物还可以与破坏正常胃肠微生物群生长的抗生素组合。典型地，抗生素治疗的持续时间为1-14天、或2-10天、或5-7天。在一些实施例中，在一种或多种抗生素治疗结束后立即(例如抗生素治疗结束后1小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周或4周)将聚糖聚合物制剂给予至有需要的受试者。在抗生素治疗过程中，聚糖聚合物制剂组合物可以在开始抗生素治疗时提供；在抗生素治疗不久后，例如治疗1、2、3、4、5、6、7或更多天后提供；或者可以在诊断出非期望病原体生长时给予。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂组合物还可以与引起菌群失调的药物组合，该引起菌群失调的药物例如破坏正常胃肠微生物群生长的药物，例如化学治疗药物、抗糖尿病药物、免疫抑制药物、抗微生物药物、抗精神病药物、质子泵抑制剂药物或非类固醇抗炎药物(NSAID)。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂组合物减轻人受试者中的药物或治疗诱导的症状。症状包括消化异常，例如像体重增加、便秘、胃灼热、胃部不适、肠气、腹胀、胃肠胀气、腹泻、腹痛、痉挛、恶心和呕吐。在一些实施例中，在一种或多种药物治疗结束后立即(例如抗生素治疗结束后1小时、6小时、12小时、24小时、36小时、48小时、3天、4天、5天、6天、7天、2周、3周或4周)将聚糖聚合物制剂给予至有需要的受试者。在药物治疗过程中，聚糖聚合物制剂组合物可以在药物治疗开始之前(例如，前1、2、3、4、5、6、7天)提供；在开始药物治疗的当天提供；或者在抗生素治疗不久后，例如治疗1、2、3、4、5、6、7或更多天后提供，并且可以任选地仅在最初(例如持续短时段)或在整个药物治疗期间提供，并且甚至可以在药物治疗期结束后继续所期望的时段(例如此后继续1-7天、1-14天或1-21天)。在一些实施例中，当发生和/或诊断出一种或多种不利影响(例如消化异常或病原体生长)时，开始或继续与药物治疗联合给予聚糖聚合物制剂组合物。在一些实施例中，引起菌群失调的治疗剂不是药物，而是放射治疗或手术，并且也可以如本文所述那样给予聚糖聚合物制剂组合物。在一些实施例中，治疗期的总数和持续时间基于受试者对治疗的应答。例如，在用聚糖聚合物制剂组合物治疗1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天后，个体可能经历症状的减轻。在另一个实例中，在用聚糖聚合物制剂组合物治疗1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12个月后，个体可能经历症状的减轻。因此，治疗的持续时间通过个体受试者对聚糖聚合物制剂组合物的应答和一种或多种症状的缓解开始决定。因此，受试者可能在给定剂量的聚糖聚合物制剂组合物下经历症状，并且可能要求受试者保持该剂量或较低剂量，直到症状消退。因此，在一个实施例中，治疗的持续时间不是在开始时确定，而是继续直到每天实现聚糖聚合物制剂组合物的最大剂量，或直到实现所期望的症状减轻水平。在一个实施例中，治疗是连续的。在一个实施例中，受试者可以在治疗方案期间给予持续第一治疗期的一个剂量并且在第二治疗期期间给予第二剂量。例如，可以向受试者给予一剂量的聚糖聚合物制剂组合物持续一周时段并且给予第二剂量持续随后的一周时段。受试者可以自我给予聚糖聚合物制剂组合物，并且聚糖聚合物制剂组合物由健康专业人员(例如，医师或其他合格的健康专业人员)供应或推荐(或开处方)，并且任选地由健康专业人员监测测试结果(例如，针对来自取自受试者的样品的生物标记物获得的)和/或健康变化和治疗终点。在一些实施例中，聚糖聚合物制剂组合物由健康专业人员给予。在一个实施例中，有需要的受试者可以经历用聚糖聚合物制剂组合物进行的重复治疗过程。当症状再次出现或增加到不期望的水平时，可以重复治疗过程。可替代地，可以以规则或预定的间隔重复治疗过程。因此，治疗可在约一个月、两个月、三个月、四个月、六个月、八个月、十个月、一年、18个月、两年、三年、四年、五年或超过五年后进行重复、或以其任何组合进行重复(例如，治疗可以在一年后重复，然后此后每两到五年重复一次)。可以以与第一次治疗中使用的相同形式(例如，持续时间、剂量、剂量时间、附加物质等)重复治疗，或者可以对它进行修改。例如，可以缩短或延长治疗持续时间，可以增加或减少剂量。任选地，用聚糖聚合物制剂的治疗可以与不同数量或组成的药剂组合发生，例如，除聚糖聚合物制剂之外还含有或多或少的其他物质、或更少或更多的物质(例如像，益生元物质、益生菌或治疗剂)。另外的物质可以与聚糖聚合物制剂组合物联合给予。这些物质可以通过例如促进例如胃肠道中缓解胃肠疾病、障碍或病症的症状的细菌的生长来增强聚糖聚合物制剂剂量的作用，从而增加益生菌或有益共生菌在生态位或肠道中的粘附。这些物质可以在用聚糖聚合物制剂治疗之前、在用聚糖聚合物制剂治疗期间或在用聚糖聚合物制剂治疗之后给予，或其任何组合。如果在聚糖聚合物制剂治疗期间给予，它们可以随所给予的聚糖聚合物制剂的剂量给予，或在聚糖聚合物制剂的剂量之前或之后给予，或其任何组合。在一个实施例中，与聚糖聚合物制剂组合物联合使用的物质包括一种或多种益生微生物、益生元、治疗剂或缓冲剂/载剂/赋形剂。这些物质中的一种或多种可以在治疗之前、期间、之后或其某种组合的任何合适时间与聚糖聚合物制剂组合物组合使用。表1：示例性聚糖聚合物特征。表2：胃肠道的属级微生物成分。表3：与示例性代谢物相关的门和菌株关键参数：“1”是指细菌物种与代谢物之间的正相关。“0”是指细菌物种与代谢物之间没有相关性。表4：CAZy糖苷水解酶(GH)和糖基转移酶(GT)家族活性预测。表5：代谢物和相关适应症表19.表19(续)表20.表20(续)表21.表21(续)编号的实施例1.一种治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)(例如丙酸盐或丁酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、脂多糖(LPS)或胆汁酸(例如次级胆汁酸))的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的方法，该方法包括：任选地，基于以下选择聚糖聚合物制剂：该聚糖聚合物制剂调节该代谢物的产生或水平，并且给予一定量的该聚糖聚合物制剂以有效地引起该代谢物水平的调节，从而治疗该疾病或障碍。2.一种治疗患有与代谢物(例如，短链脂肪酸(SCFA)(例如丙酸盐或丁酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、脂多糖(LPS)或胆汁酸(例如次级胆汁酸))的不希望水平相关的疾病或障碍的受试者的方法，该方法包括：任选地，获取聚糖聚合物制剂调节该代谢物的产生或水平的知识，并且给予一定量的该聚糖聚合物制剂以有效地引起该代谢物水平的调节，从而治疗该疾病或障碍。3.如段落1或2所述的方法，其中响应于该聚糖聚合物制剂调节该代谢物的产生或水平的基础或知识，给予该聚糖聚合物制剂。3.如段落1-3中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂的这些聚糖聚合物，或这些聚糖聚合物的至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％(按重量或数量计)具有表1中列出的特性中的一种或多种(例如，两种、三种、四种、五种或六种)，任选地选自：a.包含葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，b.包含葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，c.包含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，d.包含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，e.包含葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，或f.包含葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物。4.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，并且进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间、或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-gal-man制剂)。5.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-gal-man制剂)。6.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man-glu制剂)。7.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-glu-man制剂)。8.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-gal-glu制剂)。9.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-gal-glu制剂)。10.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc-man制剂)。11.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc-man制剂)。12.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含岩藻糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal-man制剂)。13.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含岩藻糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-1之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal-man制剂)。14.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-gal-fuc制剂)。15.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-gal-fuc制剂)。16.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖、木糖和阿拉伯糖中的一种、两种或三种、和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有葡萄糖的聚糖聚合物；v.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及vi.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。17.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖、木糖和阿拉伯糖中的一种、两种或三种、和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有葡萄糖的聚糖聚合物；v.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及vi.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。18.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如glu-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖、阿拉伯糖和木糖中的两种或三种的聚糖聚合物。19.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖、阿拉伯糖和木糖中的两种或三种的聚糖聚合物。20.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和阿拉伯糖中的一种或两种、和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及v.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。21.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含阿拉伯糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如ara-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如ara-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和木糖的聚糖聚合物(例如ara-gal-xyl制剂)。22.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖和木糖的聚糖聚合物(例如gal-ara-xyl制剂)。23.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如xyl-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara-gal制剂)。24.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；以及iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖、半乳糖或木糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。25.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖、甘露糖、阿拉伯糖或唾液酸中的一种、两种、三种或四种的聚糖聚合物。26.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。27.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。28.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。29.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个β-糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。30.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如glu-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。31.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如xyl-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。32.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含阿拉伯糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如ara-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如ara-glu制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如ara-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、葡萄糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。33.如段落1-3中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、阿拉伯糖或葡萄糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。34.如段落1-33中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂的这些聚糖聚合物，或这些聚糖聚合物的至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％(按重量或数量计)是糖苷酶的底物。35.如段落34所述的方法，其中该糖苷酶存在于人肠道微生物中。36.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群1类的含but和/或buk基因的细菌分类群的成员。37.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群2类的cutC基因阴性细菌分类群的成员。38.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群3类的脲酶基因阴性细菌分类群的成员。39.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群4类的不包含选自以下的一种或多种(例如，不包含选自以下的一种、两种、三种、四种、或更多种(例如全部))丙酸盐产生相关酶的细菌分类群的成员：丙酸激酶、丙酸辅酶A转移酶、丙酸辅酶A连接酶、丙酰辅酶A羧化酶、甲基丙二酰辅酶A羧基转移酶、(S)-甲基丙二酰辅酶A脱羧酶、甲基丙二酸-半醛脱氢酶和丙醛脱氢酶(例如，对应于酶学委员会(EC)编号6.4.1.3、2.1.3.1、4.1.1.41、1.2.1.27、2.3.3.5、1.2.1.87、1.3.1.95、1.3.8.7、2.3.1.54、2.3.1.168、2.3.1.8和2.3.1.222的酶))。40.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群5类的包含选自以下的一种或多种(例如，包含选自以下的一种、两种、三种、四种、或更多种(例如全部))胆汁酸产生(例如次级胆汁酸产生)相关酶的细菌分类群的成员：7α-羟基类固醇脱氢酶、12α-羟基类固醇脱氢酶、7β-羟基类固醇脱氢酶(NADP+)、2β-羟基类固醇脱氢酶、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NAD+)、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NADP+)、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NADP+)、3α-羟基胆汁酸辅酶A酯3-脱氢酶、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NAD+)、胆汁酸辅酶A转移酶、胆汁酸7α-脱水酶和胆汁酸辅酶A连接酶(例如，对应于酶学委员会(EC)编号1.1.1.159、1.1.1.176、1.1.1.201、.1.1.238、1.1.1.391、1.1.392、1.1.393、1.1.395、1.1.1.52、2.8.3.25、4.2.1.106和6.2.1.7的酶)。41.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群6类的不包含选自以下的一种或多种(例如，不包含选自以下的一种、两种、三种、四种、或更多种(例如全部))吲哚产生相关酶的细菌分类群的成员：色氨酸酶(例如对应于酶学委员会(EC)编号4.1.99.1的酶)。42.如段落35所述的方法，其中该人肠道微生物是糖分类群7类的不包含选自以下的一种或多种(例如，不包含选自以下的一种或两种)对甲酚产生相关酶的细菌分类群的成员：4-羟基苯乙酸脱羧酶和醛铁氧还蛋白氧化还原酶(例如对应于酶学委员会(EC)编号4.1.1.83、2.6.1.-、4.1.1.-和1.2.7.5的酶)。43.如段落34、35或36所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族。44.如段落34、35或36所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13、GH13亚家族9、GH13亚家族31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族。45.如段落34、35或37所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族。46.如段落34、35或37所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。47.如段落34、35或38所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8或GH13CAZy家族。48.如段落34、35或38所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、GH28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88或GH24CAZy家族。49.如段落34、35或39所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH30亚家族2、GH30亚家族5、GH43亚家族22、GH43亚家族8或GH84CAZy家族。50.如段落34、35或39所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。51.如段落34、35或40所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族。52.如段落34、35或40所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH23、GH24或GH33CAZy家族。53.如段落34、35或41所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族。54.如段落34、35或41所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。55.如段落34、35或42所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族。56.如段落34、35或42所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。57.如段落1所述的方法，其中选择聚糖聚合物包括基于它具有段落43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55或56中任一项所述的底物特异性进行选择。58.如段落1-57中任一项所述的方法，其中该代谢物是以下之一：短链脂肪酸(SCFA)(例如丁酸盐和/或丙酸盐)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)、或胆汁酸(例如次级胆汁酸)。59.如段落58所述的方法，其中该代谢物是短链脂肪酸(SCFA)。60.如段落59所述的方法，其中该SCFA是乙酸盐、丁酸盐和/或丙酸盐。61.如段落58中任一项所述的方法，其中该代谢物是TMA和/或TMAO。62.如段落58中任一项所述的方法，其中该代谢物是氨。63.如段落58中任一项所述的方法，其中该代谢物是胆汁酸。64.如段落58中任一项所述的方法，其中该代谢物是尿毒症溶质，例如对甲酚。65.如段落58中任一项所述的方法，其中该代谢物是尿毒症溶质，例如吲哚。66.如段落59或60所述的方法，其中该疾病或障碍是腹泻(例如，药物毒性诱导的腹泻，例如，由包括给予酪氨酸激酶抑制剂或化学治疗剂的治疗方案(例如，FOLFIRI方案)诱导的)；或放射诱导的腹泻和放射诱导的急性肠症状)，任选地，其中该SCFA是丁酸盐，并且进一步任选地，其中丁酸盐的水平是增加的(例如，相对于经历相同治疗但未给予聚糖聚合物制剂的受试者或相对于给予该聚糖聚合物制剂之前的受试者中的水平)。67.如段落59或60所述的方法，其中该疾病或障碍选自克罗恩病、炎症性肠病、肠易激综合征、肠易激综合征-便秘(IBS-C)、或溃疡性结肠炎，并且任选地其中该SCFA是丁酸盐。68.如段落59或60所述的方法，其中该疾病或障碍选自非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)，任选地其中该SCFA是丁酸盐。69.如段落59或60所述的方法，其中该疾病或障碍是肝性脑病，并且任选地，其中该SCFA是丁酸盐。70.如段落61所述的方法，其中该疾病或障碍是三甲基胺尿症(例如次级三甲基胺尿症)。71.如段落61所述的方法，其中该疾病或障碍是慢性疾病(例如慢性肾脏病或终末期肾病)。72.如段落61所述的方法，其中该疾病或障碍是慢性疾病(例如慢性心脏病、慢性心力衰竭、慢性血管疾病)。73.如段落61所述的方法，其中该疾病或障碍是非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)之一。74.如段落62所述的方法，其中该疾病或障碍是慢性肾脏病。75.如段落62所述的方法，其中该疾病或障碍是肝硬化，任选地伴有轻微肝性脑病(MHE)。76.如段落62所述的方法，其中该疾病或障碍是肝性脑病。77.如段落62所述的方法，其中该疾病或障碍是尿素循环障碍。78.如段落59或60所述的方法，其中该疾病或障碍是丙酸血症。79.如段落63所述的方法，其中该疾病或障碍选自硬化症、酒精性肝硬化、原发性胆汁性肝硬化、或肠衰竭相关性肝病。80.如段落63所述的方法，其中该疾病或障碍选自克罗恩病、炎症性肠病、肠易激综合征、肠易激综合征-便秘(IBS-C)、或溃疡性结肠炎。81.如段落63所述的方法，其中该疾病或障碍选自非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。82.如段落65所述的方法，其中该疾病或障碍是慢性肾脏病。83.如段落65所述的方法，其中该疾病或障碍是肝性脑病。84.如段落65所述的方法，其中该疾病或障碍是肝性苯酮尿症。85.如段落64所述的方法，其中该疾病或障碍是慢性肾脏病。86.如段落64所述的方法，其中该疾病或障碍是肝性脑病。87.如段落66-86中任一项所述的方法，其中该代谢物水平在该受试者中或在来自患有该疾病或障碍的该受试者的合适样品中是增加的，例如相比于参考，例如预定的参考值，即治疗前的该受试者、或健康对照中的水平是增加的。88.如段落66-86中任一项所述的方法，其中该代谢物水平在该受试者或来自患有该疾病或障碍的该受试者的合适样品中是降低的，例如相比于参考，例如预定的参考值，即治疗前的该受试者、或健康对照中的水平是降低的。89.如段落1-88中任一项所述的方法，该方法进一步包括评价该代谢物的水平、或该代谢物的不希望水平的症状，例如通过任选地在治疗该受试者之前(例如作为基线)、在该治疗过程中(例如以监测治疗的成败)、和/或在治疗后(例如以评估该疾病或障碍的复发)获取该代谢物的水平。90.如段落4-9、36、43、44、59、60、66-69或87中任一项所述的方法，其中丁酸盐的水平(例如，全身性水平，例如血液或粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是增加的(例如，例如由胃肠微生物进行的丁酸盐产生的速率或水平是增加的)。91.如段落10-17、36、43、44、59、60、70或88中任一项所述的方法，其中TMA的水平(例如，全身性水平，例如血液或粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是降低的(例如，例如由胃肠微生物进行的胆碱转化至TMA的速率或水平是降低的)。92.如段落18-20、37、45、46、61、70-73或88中任一项所述的方法，其中氨的水平(例如，全身性水平，例如血液或粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是降低的(例如，例如由胃肠微生物进行的尿素转化至氨的速率或水平是降低的)。93.如段落21-24、39、49、50、59、60、78或88中任一项所述的方法，其中丙酸的水平(例如，全身性水平，例如血液或粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是降低的(例如，例如由胃肠微生物进行的丙酸产生的速率或水平是降低的)。94.如段落25、40、51、52、63、79-81或87中任一项所述的方法，其中次级胆汁酸的水平(例如，全身性水平，例如肠道或粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是增加的(例如，例如由胃肠微生物进行的胆汁酸转化至次级胆汁酸的速率或水平是增加的)。95.如段落26-29、41、53、54、65、82-84或88中任一项所述的方法，其中吲哚的水平(例如，全身性水平，例如粪便水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是降低的(例如，例如由胃肠微生物进行的吲哚产生的速率或水平是降低的)。96.如段落30-33、42、55、56、64、85、86或88中任一项所述的方法，其中对甲酚的水平(例如，全身性水平)例如相对于未用该聚糖聚合物制剂治疗的受试者是降低的(例如，例如由胃肠微生物进行的酪氨酸转化至对甲酚的速率或水平是降低的)。97.如段落1-96中任一项所述的方法，该方法进一步包括基于或响应于获取以下中任何一个或多个的知识来选择用于治疗的受试者：a)该受试者具有代谢物的不希望水平(例如，如段落58-65中任一项所述的代谢物的不希望水平)，b)该受试者患有疾病或障碍(例如，如段落66-86中任一项所述的疾病或障碍)，c)该受试者患有肠道微生物群的菌群失调(例如，如段落36-42中任一项所述的1类、2类、3类、4类、5类、6类或7类细菌分类群的水平/相对丰度偏离校准)，d)该受试者对用聚糖聚合物(例如，如段落3-33中任一项所述的聚糖聚合物)的先前治疗有应答，e)该受试者在治疗前经历过导致菌群失调的疗法或其他环境，例如抗生素治疗或胃外科手术，任选地包括获取合适的值以确定该选择标准。98.如段落97所述的方法，其中基于或响应于获取(a)至(e)中任何两个或更多个的知识来选择该用于治疗的受试者。99.如段落97所述的方法，其中基于或响应于获取(a)至(e)中任何三个或更多个的知识来选择该用于治疗的受试者。100.如段落97所述的方法，其中基于或响应于获取(a)至(e)中任何四个或更多个的知识来选择该用于治疗的受试者。101.如段落97所述的方法，其中基于或响应于获取(a)至(e)中全部的知识来选择该用于治疗的受试者。102.如段落97-101中任一项所述的方法，其中合适的值可以通过分析来自该受试者的合适生物样品来获取。103.如段落102所述的方法，其中该样品是血液、粪便、尿液、唾液、或器官组织样品。104.如段落1-103中任一项所述的方法，其中该代谢物的不希望水平在治疗期之后被调节，例如降低(例如在该受试者中或在获自该经治疗受试者的合适样品中)3％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％或50％(例如当相比于参考，例如预定的参考值，即治疗前的该受试者、或健康对照中的水平时)。105.如段落1-104中任一项所述的方法，其中该代谢物的不希望水平在治疗期之后增加(例如在获自该经治疗受试者的合适样品中)3％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％或50％(例如当相比于参考，例如预定的参考值，即治疗前的该受试者、或健康对照中的水平时)。106.如段落1-105中任一项所述的方法，其中该治疗进一步包括给予第二治疗剂(例如用于治疗该疾病或障碍和/或用于调节该代谢物的水平的除了该聚糖聚合物之外的治疗剂)。107.如段落1-106中任一项所述的方法，其中该治疗进一步包括给予肠道微生物(例如人肠道微生物)的制剂。108.如段落107所述的方法，其中该肠道微生物(例如人肠道微生物)是：i.1类细菌分类群(例如，含but和/或buk基因的细菌分类群)，ii.2类细菌分类群(例如，cutC基因阴性细菌分类群)，iii.3类细菌分类群(例如，脲酶基因阴性细菌分类群)，iv.4类细菌分类群(例如缺乏选自以下的一种或多种丙酸盐产生相关酶的细菌分类群：丙酸激酶、丙酸辅酶A转移酶、丙酸辅酶A连接酶、丙酰辅酶A羧化酶、甲基丙二酰辅酶A羧基转移酶、(S)-甲基丙二酰辅酶A脱羧酶、甲基丙二酸-半醛脱氢酶和丙醛脱氢酶(例如，对应于酶学委员会(EC)编号6.4.1.3、2.1.3.1、4.1.1.41、1.2.1.27、2.3.3.5、1.2.1.87、1.3.1.95、1.3.8.7、2.3.1.54、2.3.1.168、2.3.1.8和2.3.1.222的酶))，v.5类细菌分类群(例如包含选自以下的一种或多种胆汁酸产生相关酶的细菌分类群：7α-羟基类固醇脱氢酶、12α-羟基类固醇脱氢酶、7β-羟基类固醇脱氢酶(NADP+)、2β-羟基类固醇脱氢酶、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NAD+)、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NADP+)、3β-羟基胆烷酸3-脱氢酶(NADP+)、3α-羟基胆汁酸辅酶A酯3-脱氢酶、3α-羟基胆烷酸脱氢酶(NAD+)、胆汁酸辅酶A转移酶、胆汁酸7α-脱水酶和胆汁酸辅酶A连接酶(例如，对应于酶学委员会(EC)编号1.1.1.159、1.1.1.176、1.1.1.201、.1.1.238、1.1.1.391、1.1.392、1.1.393、1.1.395、1.1.1.52、2.8.3.25、4.2.1.106和6.2.1.7的酶))，vi.6类细菌分类群(例如缺乏选自以下的一种或多种吲哚产生相关酶的细菌分类群：色氨酸酶(例如对应于酶学委员会(EC)编号4.1.99.1的酶))，或vii.7类细菌分类群(例如缺乏选自以下的一种或多种对甲酚产生相关酶的细菌分类群：4-羟基苯乙酸脱羧酶和醛铁氧还蛋白氧化还原酶(例如对应于酶学委员会(EC)编号4.1.1.83、2.6.1.-、4.1.1.-和1.2.7.5的酶))。109.如段落108所述的方法，其中该肠道微生物是基于其与该代谢物的相关性(例如基于其与该代谢物的正相关性、负相关性或没有相关性)进行选择的。110.如段落109所述的方法，其中该肠道微生物的选择包括基于肠道微生物与该代谢物的相关性(例如基于其与该代谢物的正相关性、负相关性或没有相关性)来从表3中选择该肠道微生物。111.如段落107-110中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是该肠道微生物(例如人肠道微生物)的底物。112.如段落1-111中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是肠道微生物糖苷酶的底物并且促进该肠道微生物的生长。113.如段落1-112中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂每日给予。114.如段落1-113中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂给予单个治疗期。115.如段落1-113中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂给予多于一个治疗期，例如，其中治疗间隔期长于这些相邻治疗期中的一者或两者或者其中治疗间隔期短于这些相邻治疗期中的一者或两者。116.如段落1-115中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是结肠或肠的微生物成分的底物。117.如段落1-116中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂口服或直肠给予。118.一种调节受试者的体内(例如，肠道(结肠、肠)、血液、尿液、器官(例如肝、肾)、脑中)的产物(例如短链脂肪酸(SCFA)、氨、三甲胺(TMA)、三甲胺N-氧化物(TMAO)、尿毒症溶质或胆汁酸)的产生或水平的方法，该方法包括：向该受试者给予(例如口服或直肠地)足以调节产物的产生或水平的有效量的聚糖聚合物制剂，任选地，其中该聚糖聚合物是结肠或肠的微生物成分的底物。119.如段落118所述的方法，其中该微生物成分：a)产生该产物，例如从而增加该产物的水平或产生，b)产生由产生者分类群转化为该产物的前体或替代性产物，例如从而增加该产物的水平或产生，c)不产生该产物但与该产物的产生者分类群竞争或对抗该产物的产生者分类群(例如，竞争空间和/或营养素或产生对于该产生分类群有毒的抗微生物物质)，例如从而降低该产生者分类群的相对丰度并且降低该产物的水平或产生。120.如段落119所述的方法，其中该微生物成分选自来自表2的成分。121.如段落119所述的方法，其中该微生物成分选自来自表3的菌株。122.如段落119所述的方法，其中该微生物成分选自包含来自表4的糖苷酶家族的糖苷酶的成分。123.如段落119所述的方法，其中该微生物成分选自包含来自如段落43-55中任一项所述的糖苷酶家族的糖苷酶的成分。124.如段落119或121所述的方法，其中该产物选自表3的代谢物。125.如段落119所述的方法，其中该产物是SCFA，并且该受试者患有选自表5的SCFA行的病症。126.如段落119所述的方法，其中该产物是氨，并且该受试者患有选自表5的氨行的病症。127.如段落119所述的方法，其中该产物是TMA，并且该受试者患有选自表5的TMA行的病症。128.如段落119所述的方法，其中该产物是胆汁酸，并且该受试者患有选自表5的胆汁酸行的病症。129.如段落119所述的方法，其中该产物是尿毒症溶质(例如对甲酚或吲哚)，并且该受试者患有选自表5的对甲酚或吲哚行的病症。130.如段落118或119所述的方法，该方法进一步包括获取调节例如产生该产物的微生物(例如，细菌分类群)的身份。131.如段落118-130中任一项所述的方法，该方法进一步包括基于调节该微生物成分的能力选择该聚糖制剂。132.如段落118-130中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂是该微生物成分的糖苷酶的底物，例如，其中该微生物成分和该产物来自表3的相同行。133.如段落1-132中任一项所述的方法，其中该受试者是人，例如人患者。134.一种聚糖聚合物制剂，例如本文所述的，用于在如段落1-133中任一项所述的方法中使用。135.一种选择聚糖聚合物制剂用作预选的人肠道微生物(例如由于其糖苷酶谱而选择)的糖苷酶(例如CAZy家族)的底物的方法，该方法包括：a)获取针对微生物的该糖苷酶(例如CAZy家族)谱的值，b)基于该糖苷酶(例如CAZy家族)谱鉴定、设计或选择能够是该微生物的底物的聚糖聚合物，c)任选地，i.聚集一组人肠道微生物(例如，包含感兴趣的微生物的单一菌株、设计的菌株群落、或离体群落，例如来自粪便样品)ii.使该组微生物与测试的聚糖制剂接触，iii.评估该(感兴趣的)人肠道微生物的生长d)选择该聚糖聚合物制剂。136.如段落135所述的方法，其中(a)包括查找针对表4中的该糖苷酶(例如CAZy家族)谱的该值。137.如段落135所述的方法，其中(b)包括鉴定、设计或选择表4中出现的聚糖聚合物。138.如段落135所述的方法，其中(a)包括查找针对表4中的该糖苷酶(例如CAZy家族)谱的该值，并且其中(b)包括鉴定、设计或选择表4中出现的在相同行中，例如是具有该(a)的糖苷酶谱(例如CAZy家族)的糖苷酶的底物的聚糖聚合物。139.一种聚糖制剂，该聚糖制剂通过如段落135-138中任一项所述的方法制备或选择。140.一种聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，例如，其中该制剂包含至少.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖、甘露糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族，ii)GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13、GH13亚家族9、GH13亚家族31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族，iii)GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族，或iv)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。141.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少约0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族，或ii)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。142.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族，或ii)GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族。143.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：阿拉伯糖、半乳糖、木糖或葡萄糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH30亚家族2、GH30亚家族5、GH43亚家族22、GH43亚家族8或GH84CAZy家族，或ii)GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。144.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：葡萄糖和至少一个α糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族，或ii)GH23、GH24或GH33CAZy家族。145.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：i)葡萄糖或木糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或ii)葡萄糖或木糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族，或ii)GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。146.一种聚糖聚合物制剂，例如，其中该制剂包含至少0.5、1、2、5、10、50或100kg，并且例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：葡萄糖、木糖、阿拉伯糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是选自以下的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种人肠道微生物糖苷酶的底物：i)GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族，或ii)GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。147.如段落140-146中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制为药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分、或治疗性营养产品，例如其中配制包括将该制剂分为多个剂型或部分。148.如段落140-147中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制用于作为液体口服给予。149.如段落148所述的聚糖制剂，其中该液体是饮料、糖浆、水性溶液、或水性悬浮液。150.如段落140-147中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制用于作为固体口服给予。151.如段落150所述的聚糖制剂，其中该固体是片剂、丸剂、胶囊、锭剂、糖果、或粉末剂。152.如段落150所述的聚糖制剂，其中该固体是固体食物产品。153.如段落151所述的聚糖制剂，其中该粉末剂被配制用于在口服给予之前在水性溶液中重构。154.如段落140-147中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制用于作为固体或液体直肠给予。155.如段落154所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制为灌肠剂或栓剂。156.如段落140-155中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂被配制为延迟释放系统或时间控制系统。157.如段落140-156中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂进一步包含药学上可接受的载剂或赋形剂。158.如段落140-156中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂进一步包含食物可接受的载剂或赋形剂。159.如段落140-158中任一项所述的聚糖制剂，该聚糖制剂进一步包含食品可接受的载剂或赋形剂。160.如段落140-159中任一项所述的聚糖制剂，其中该聚糖制剂进一步包含给肠道微生物(例如人肠道微生物)的制剂。161.如段落160所述的聚糖制剂，其中该聚糖聚合物是该肠道微生物的底物。162.如段落161所述的聚糖制剂，其中该聚糖聚合物是肠道微生物糖苷酶的底物并且促进该肠道微生物的生长。163.一种单位剂型，该单位剂型包含如段落140-162中任一项所述的聚糖制剂。164.如段落163所述的单位剂型，该单位剂型被配制用于肠内给予、鼻腔、口服或直肠给予，或用于管饲。165.如段落163或164所述的单位剂型，其中该单位剂型，例如该单位剂型的该聚糖聚合物制剂组分具有约0.01kcal至约1kcal、0.1kcal至5kcal、0.01kcal至10kcal、或0.1kcal至10kcal的热量值。166.如段落163-165中任一项所述的单位剂型，该单位剂型被配制用于在结肠或大肠中定时和/或靶向释放。167.一种药物组合物，该药物组合物包含如段落140-162中任一项所述的聚糖制剂。168.一组药物组合物，每种药物组合物包含如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。169.一种医疗食物，该医疗食物包含如段落140-162中任一项所述的聚糖制剂。170.一组医疗食物部分，每个医疗食物部分包含如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。171.一种膳食补充剂，该膳食补充剂包含如段落140-162中任一项所述的聚糖制剂。172.一组膳食补充剂部分，每个该膳食补充剂包含如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。173.一种食物成分，该食物成分包含如段落140-162中任一项所述的聚糖制剂。174.一组食物成分部分，每个食物成分部分包含如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物制剂或其部分，其中总体地，该组包含至少0.1、0.5、1、2、5、10或100千克的该制剂。175.一种制备共制剂的方法，该方法包括：提供人肠道微生物的制剂，提供如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物制剂，其中该聚糖聚合物是该人肠道微生物的底物，并且将该人肠道微生物与该聚糖聚合物合并。176.如段落175所述的方法，其中该人肠道微生物选自表2中列出的微生物。177.如段落175所述的方法，其中该人肠道微生物选自表3中列出的微生物。178.如段落175-177中任一项所述的方法，该方法进一步包括鉴定该人肠道微生物的该CAZy家族谱并且基于该鉴定的该人肠道微生物的CAZy家族谱选择是底物的聚糖聚合物制剂。179.如段落175-178中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制用于口服、鼻腔或直肠递送或管饲。180.如段落175-179中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制为定时释放配制品。181.如段落180所述的方法，其中该制剂的释放在结肠或大肠中发生。182.如段落175-181中任一项所述的方法，其中在经过胃之后(例如当到达结肠或大肠时)，该制剂的这些微生物的大于约50％、60％、70％、80％、90％、95％或大于98％是有生活力的。183.如段落175-182中任一项所述的方法，其中在结肠或大肠中释放之后，该制剂的这些微生物的大于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％、60％或大于75％植入。184.如段落175-183中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂通过糖苷酶指导的合成法制备，该合成法根据该鉴定的CAZy家族谱选择一种或多种糖苷酶用于这些聚糖聚合物的合成。185.如段落175-183中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂基于该鉴定的CAZy家族谱、使用非酶聚合催化剂进行合成和设计。186.如段落175-185中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制成药物组合物。187.一种合生元共制剂，该合生元共制剂包含人肠道微生物的制剂和如段落140-162中任一项所述的聚糖聚合物的制剂。188.如段落187所述的合生元共制剂，该合生元共制剂进一步包含药学上可接受的赋形剂或载剂。189.如段落187或188所述的合生元共制剂，该合生元共制剂被配制为用于鼻腔、口服、胃部或直肠递送的单位剂型。190.如段落187-189中任一项所述的合生元共制剂，该合生元共制剂被配制以保护该制剂的这些人肠道微生物免受胃酸失活。191.一种将人肠道微生物移植在有需要的人受试者的结肠或大肠中的方法，该方法包括：以有效地移植该人肠道微生物的量和时间向该受试者给予如段落187-190中任一项所述的合生元共制剂。192.如段落191所述的方法，其中该人受试者患有肠道的微生物群的菌群失调，并且例如经历过引起这种菌群失调的治疗或暴露，并且例如，已将该人受试者鉴定为经历过该治疗或暴露。193.如段落191或192所述的方法，其中该人受试者经历过抗生素治疗。194.如段落191或192所述的方法，其中该人受试者未经历过抗生素治疗。195.如段落191-194中任一项所述的方法，其中肠道(例如，结肠或大肠)的微生物群是稳定的(例如不存在分类群的相对丰度的显著变化)。196.如段落191-194中任一项所述的方法，其中肠道(例如，结肠或大肠)的微生物群是不稳定的(例如存在分类群的相对丰度的显著变化)。197.如段落191-196中任一项所述的方法，其中移植的程度通过在给予该合生元共制剂之前和之后的分析来确定，该分析例如通过16S、定量培养、或qPCR进行。198.如段落191-197中任一项所述的方法，其中移植的程度通过将该合生元共制剂中给予至受试者的生物体数量与从该受试者的肠道可回收的生物体数量进行比较来确定，该比较例如通过定量培养或qPCR进行。199.如段落191-198中任一项所述的方法，其中该人受试者患有表5中列出的疾病或障碍，例如急性囊袋炎、过敏性疾病、AIDS、动脉粥样硬化、哮喘、特应性皮炎、自闭症谱系障碍、慢性功能性便秘、乳糜泻、慢性萎缩性胃炎、慢性囊袋炎、艰难梭菌相关性疾病(CDAD)、乳糜泻、结肠直肠腺瘤、结肠直肠癌、克罗恩病、囊性纤维化、抑郁症、糖尿病(I型)、糖尿病(II型)、腹泻、湿疹、肠造口术、家族性地中海热、食物超敏反应、移植物抗宿主病(GvHD)、肝性脑病、高血压、炎症性肠病、肠易激综合症、肠易激综合征-便秘(IBS-C)、肺癌、显微镜性结肠炎、多发性硬化症、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、肥胖相关性哮喘、帕金森病(PD)、放射诱导的急性肠道症状、志贺氏菌病、短肠综合征、脊髓损伤相关性肠功能障碍、系统性炎症应答综合征、系统性红斑狼疮、或溃疡性结肠炎。200.如段落191-198中任一项所述的方法，其中该人受试者患有表5中列出的疾病或障碍，例如动脉粥样硬化、心血管疾病、HIV的心血管风险、颈动脉粥样硬化、慢性心脏病、慢性心力衰竭、慢性肾脏病、慢性血管疾病、结肠直肠癌、冠心病、冠状动脉疾病(CAD)、糖尿病(II型)、终末期肾病、HIV、炎症性肠病、缺血性发作、代谢综合征、非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肥胖症、放射诱导的急性肠道症状(RIAIS)、或中风。201.如段落191-198中任一项所述的方法，其中该人受试者患有表5中列出的疾病或障碍，例如慢性肾脏病、幽门螺杆菌感染、肝性脑病、或肝硬化伴有轻微肝性脑病(MHE)。202.一种治疗患有菌群失调的受试者的方法，该方法包括：以有效地治疗该菌群失调的量给予包含本文所述的聚糖聚合物制剂和微生物的制剂的组合物。203.如段落202所述的方法，其中该微生物是形成孢子的微生物。204.如段落202或203所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含：木糖、阿拉伯糖、葡萄糖、半乳糖或其组合。205.如段落202-204中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂的这些聚糖聚合物，或这些聚糖聚合物的至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％(按重量或数量计)具有表1中列出的特性中的一种或多种(例如，两种、三种、四种、五种或六种)，任选地选自：a.包含木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，b.包含木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，c.包含半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，d.包含半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，e.包含葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，f.包含葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，g.包含木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，h.包含木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，或者其组合和至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物。206.如段落202-205中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂的这些聚糖聚合物，或这些聚糖聚合物的至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％(按重量或数量计)是糖苷酶的底物。207.如段落202-206中任一项所述的方法，其中该糖苷酶存在于形成孢子的人肠道微生物中。208.如段落202-207中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是以下之一的糖苷酶的底物：GT5、GT35、GT3、GH97、GH95、GH92、GH89、GH88、GH78、GH77、GH57、GH51、GH43亚家族34、GH43亚家族24、GH43亚家族10、GH42、GH36、GH35、GH33、GH32、GH31、GH3、GH29、GH28、GH27、GH24、GH20、GH2、GH16、GH133、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族38、GH13亚家族14、GH13、GH123、GH115、GH109或GH105CAZy家族。209.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种。210.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种。211.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种。212.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表19第3列、表19第4列、表19第5列、表19第6列、表19第7列、表19第8列、表19第9列、或表19第10列。213.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表20第2列、表20第3列、表20第4列、表20第5列、表20第6列、表20第7列、表20第8列、或表20第9列。214.如段落202-208中任一项所述的方法，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表21第2列、表21第3列、表21第4列、表21第5列、表21第6列、表21第7列、表21第8列、或表21第9列中的任一种。215.一种本文所述的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物是形成孢子的微生物(例如形成孢子的细菌分类群)的人肠道微生物糖苷酶的底物。216.一种聚糖聚合物制剂，任选地，例如，其中该制剂包含至少约0.5、1、2、5、10、50或100kg，和/或，进一步任选地，例如是至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％或99％纯的，该聚糖聚合物制剂包含聚糖聚合物，这些聚糖聚合物包含：a.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，b.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，c.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，d.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，e.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，f.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，g.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，h.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，或者其组合和至少一个β-糖苷键，并且这些聚糖聚合物是以下之一的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT5、GT35、GT3、GH97、GH95、GH92、GH89、GH88、GH78、GH77、GH57、GH51、GH43亚家族34、GH43亚家族24、GH43亚家族10、GH42、GH36、GH35、GH33、GH32、GH31、GH3、GH29、GH28、GH27、GH24、GH20、GH2、GH16、GH133、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族38、GH13亚家族14、GH13、GH123、GH115、GH109或GH105CAZy家族。217.如段落215或216所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种。218.如段落215或216所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种。219.如段落215或216所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种。220.如段落215-219中任一项所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表19第3列、表19第4列、表19第5列、表19第6列、表19第7列、表19第8列、表19第9列、或表19第10列中的任一种。221.如段落215-219中任一项所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表20第2列、表20第3列、表20第4列、表20第5列、表20第6列、表20第7列、表20第8列、或表20第9列中的任一种。222.如段落215-219中任一项所述的聚糖聚合物制剂，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表21第2列、表21第3列、表21第4列、表21第5列、表21第6列、表21第7列、表21第8列、或表21第9列中的任一种。223.一种制备共制剂的方法，该方法包括：提供形成孢子的微生物(例如形成孢子的人肠道微生物)的制剂，提供(本文所述的)聚糖聚合物制剂，其中该聚糖聚合物是该形成孢子的微生物的底物，并且将该形成孢子的微生物的制剂与该聚糖聚合物制剂合并。224.如段落223所述的方法，其中这些聚糖聚合物包含以下之一：a.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，b.木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，c.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，d.半乳糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，e.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，f.葡萄糖、木糖或阿拉伯糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，g.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键，或h.木糖、阿拉伯糖、葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键，或者其组合和至少一个β-糖苷键。225.如段落223或224所述的方法，其中该聚糖聚合物是以下之一的糖苷酶的底物：GT5、GT35、GT3、GH97、GH95、GH92、GH89、GH88、GH78、GH77、GH57、GH51、GH43亚家族34、GH43亚家族24、GH43亚家族10、GH42、GH36、GH35、GH33、GH32、GH31、GH3、GH29、GH28、GH27、GH24、GH20、GH2、GH16、GH133、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族38、GH13亚家族14、GH13、GH123、GH115、GH109或GH105CAZy家族。226.如段落223-225中任一项所述的方法，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种。227.如段落223-225中任一项所述的方法，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种。228.如段落223-225中任一项所述的方法，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种。229.如段落223-228中任一项所述的方法，其中该微生物是表19第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表19第3列、表19第4列、表19第5列、表19第6列、表19第7列、表19第8列、表19第9列、或表19第10列中的任一种。230.如段落223-228中任一项所述的方法，其中该微生物是表20第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表20第2列、表20第3列、表20第4列、表20第5列、表20第6列、表20第7列、表20第8列、或表20第9列中的任一种。231.如段落223-228中任一项所述的方法，其中该微生物是表21第1列的那些中的任一种并且该聚糖制剂是表21第2列、表21第3列、表21第4列、表21第5列、表21第6列、表21第7列、表21第8列、或表21第9列中的任一种。232.如段落223-231中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制用于口服、鼻腔或直肠递送或管饲。233.如段落223-232中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制为定时释放配制品。234.如段落233所述的方法，其中该制剂的释放在结肠或大肠中发生。235.如段落223-234中任一项所述的方法，其中在经过胃之后(例如当到达结肠或大肠时)，该制剂的这些微生物的大于约50％、60％、70％、80％、90％、95％或大于98％是有生活力的。236.如段落223-235中任一项所述的方法，其中在结肠或大肠中释放之后，该制剂的这些微生物的大于约1％、5％、10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％、60％或大于75％植入。237.如段落223-236中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂通过糖苷酶指导的合成法制备，该合成法根据该鉴定的CAZy家族谱选择一种或多种糖苷酶用于这些聚糖聚合物的合成。238.如段落223-237中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂基于该鉴定的CAZy家族谱、使用非酶聚合催化剂进行合成和设计。239.如段落223-238中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该共制剂配制成药物组合物。240.一种合生元共制剂，该合生元共制剂包含人肠道微生物的制剂和如段落223-239中任一项所述的聚糖聚合物的制剂。241.如段落240所述的合生元共制剂，该合生元共制剂进一步包含药学上可接受的赋形剂或载剂。242.如段落240或241所述的合生元共制剂，该合生元共制剂被配制为用于鼻腔、口服、胃部或直肠递送的单位剂型。243.如段落240-242中任一项所述的合生元共制剂，该合生元共制剂被配制以保护该制剂的这些人肠道微生物免受胃酸失活。244.一种将人肠道微生物移植在有需要的人受试者的结肠或大肠中的方法，该方法包括：以有效地移植该人肠道微生物的量和时间向该受试者给予如段落240-243中任一项所述的合生元共制剂。245.如段落244所述的方法，其中该人受试者患有肠道的微生物群的菌群失调，并且例如经历过引起这种菌群失调的治疗(例如，抗微生物治疗、癌症治疗等)或暴露(例如，对病原体，诸如细菌病原体，例如艰难梭菌的暴露)，并且任选地，例如，已将该人受试者鉴定为经历过该治疗或暴露。246.如段落244或245所述的方法，其中该人受试者经历过抗生素治疗。247.如段落244或245所述的方法，其中该人受试者未经历过抗生素治疗。248.如段落244-247中任一项所述的方法，其中肠道(例如，结肠或大肠)的微生物群是稳定的(例如不存在分类群的相对丰度的显著变化)。249.如段落244-247中任一项所述的方法，其中肠道(例如，结肠或大肠)的微生物群是不稳定的(例如存在分类群的相对丰度的显著变化)。250.如段落244-249中任一项所述的方法，其中移植的程度通过在给予该合生元共制剂之前和之后的分析来确定，该分析例如通过16S、定量培养、或qPCR进行。251.如段落244-250中任一项所述的方法，其中移植的程度通过将该合生元共制剂中给予至受试者的生物体数量与从该受试者的肠道可回收的生物体数量进行比较来确定，该比较例如通过定量培养或qPCR进行。252.一种本文所述的任何实施例的方法。253.一种本文所述的任何实施例的组合物。254.一种制备聚糖聚合物，例如是人肠道微生物中存在的糖苷酶的底物的聚糖聚合物的制剂的方法，该方法包括：提供适用于生产该聚糖聚合物的多个聚糖亚基，例如糖单体或糖二聚体；并且使该多个聚糖亚基中的这些聚糖亚基与例如衍生自人肠道微生物的糖苷酶分子在使得例如通过缩合反应将这些聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件下接触，从而制备是人肠道微生物的底物的聚糖聚合物制剂，任选地其中：i)该聚糖聚合物制剂包含至少约0.25、0.5、1、5、10、20、50、100、200、300、400或500千克的聚糖聚合物，和/或ii)该聚糖聚合物制剂以至少约15％、30％、45％、60％或约75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的百分比所确定)的产率生产。255.如段落254所述的方法，其中衍生该糖苷酶分子的该人肠道微生物是与该聚糖聚合物是其底物的该人肠道微生物属于相同的分类群，例如相同的门、目、科、属或物种。256.如段落254所述的方法，其中衍生该糖苷酶分子的该人肠道微生物是属于第一分类群，例如第一门、目、科、属或物种并且该聚糖聚合物是其底物的该人肠道微生物是属于第二分类群，例如第二门、目、科、属或物种。257.如段落254-256中任一项所述的方法，该方法仅有包括将该聚糖聚合物制剂配制成药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分、或治疗性营养产品。258.如段落254-257中任一项所述的方法，该方法进一步包括将该制剂分为多个部分，例如单位剂型或配制品，例如用于肠内给予，诸如口服或直肠给予，或用于管饲，诸如鼻腔、口腔或胃部管饲，例如将该制剂分为至少10、100或1,000个部分。259.如段落258所述的方法，其中该多个部分根据存在这些部分中的聚糖聚合物的量按重量计相差不超过0.5％、1％、2％、5％、10％或20％。260.如段落254-259中任一项所述的方法，该方法包括将该制剂与赋形剂或载剂合并。261.如段落260所述的方法，其中该赋形剂或载剂是药学上可接受的赋形剂或载剂。262.如段落260所述的方法，其中该赋形剂或载剂是食料。263.如段落254-262中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和该糖苷酶分子独立地选自表4(第2列)、23(第A列)、24(第A列)、或22(第1列)。264.如段落254-263中任一项所述的方法，其中编码该糖苷酶的氨基酸序列与由SEQIDNo1-124中任一种编码的氨基酸共享至少95％、97％或99％序列同一性。265.如段落254-264中任一项所述的方法，其中编码该糖苷酶的氨基酸序列与由表23或24的SEQIDNo12、18、31、38、39、48、56、57、64、68、72、83、84、92、93、99、104、110和117中任一种编码的氨基酸共享至少95％、97％或99％序列同一性。266.如段落254-265中任一项所述的方法，其中编码该糖苷酶分子的氨基酸序列与由SEQIDNo1-124中任一种编码的氨基酸共享至少95％、97％或99％序列同一性。267.如段落254-266中任一项所述的方法，其中编码该糖苷酶分子的氨基酸序列与由表23或24的SEQIDNo12、18、31、38、39、48、56、57、64、68、72、83、84、92、93、99、104、110和117中任一种编码的氨基酸共享至少95％、97％或99％序列同一性。268.如段落262至267中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是来自双岐杆菌属。269.如段落262至267中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是来自乳杆菌属。270.如段落254-269中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和该糖苷酶分子是属于相同人肠道微生物来源的。271.如段落270所述的方法，其中该糖苷酶和该糖苷酶分子选自表4(第2列)、表23(A列)、表24(A列)、或表22(第1列)。272.如段落254-271中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和该糖苷酶分子的氨基酸序列共享至少95％、97％或99％序列同一性。273.如段落272所述的方法，其中编码该氨基酸序列的核酸序列是SEQIDNo1-124之一。274.如段落272所述的方法，其中编码该氨基酸序列的核酸序列是表23或24的SEQIDNo12、18、31、38、39、48、56、57、64、68、72、83、84、92、93、99、104、110和117之一。275.如段落272所述的方法，其中该糖苷酶和该糖苷酶分子选自表4(第2列)、表23(A列)、表24(A列)、或表22(第1列)。276.如段落272至275中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是来自双岐杆菌属。277.如段落272至275中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是来自乳杆菌属。278.如段落254-277中任一项所述的方法，其中该糖酶和该糖苷酶分子两者属于相同的CAZy家族(例如，相同的GH家族(例如GH1至GH135中的一者或多者)和/或GT家族(例如GT1至GT101中的一者或多者)，例如表4(第1列)、表23(C列)、表24(C列)、或表22(第1列)中列出的那些。279.如段落254-278中任一项所述的方法，该方法包括获取该人肠道微生物的身份(例如分类学的，16s)和任选的其糖苷酶谱(例如CAZy家族谱)。280.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表2中列出的门(第1列)、纲(第2列)或属(第3列)的微生物分类群。281.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表3中列出的菌株(第1列)或门(第2列)的微生物分类群。282.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表4第3列中列出的属的微生物分类群。283.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表22第1列中列出的微生物。284.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表19第1列和第2列中列出的微生物分类群(产孢菌)。285.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表20第1列中列出的微生物分类群(产孢菌)。286.如段落254-279中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物选自表21第1列中列出的微生物(产孢菌)。287.如段落254-286中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物不是双歧杆菌属。288.如段落254-287中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物不是乳杆菌属。289.如段落279所述的方法，该方法包括，响应于该人肠道微生物的身份和/或其糖苷酶基因谱，选择糖苷酶分子和聚糖亚基中的一者或两者。290.如段落254-289中任一项所述的方法，其中该糖苷酶分子(例如分离的糖苷酶分子或包含糖苷酶分子的细胞提取物)设置在，例如共价或非共价地偶联至结合基底(例如，固体表面，诸如固体颗粒的固体表面、或基质材料，诸如高MW含碳分子，例如琼脂糖、纤维素)上。291.如段落290所述的方法，其中该结合基底不是细菌细胞。292.如段落254-291中任一项所述的方法，其中接触包括无细胞过程。293.如段落254-292中任一项所述的方法，其中该人肠道微生物是细胞。294.如段落254-293中任一项所述的方法，该方法进一步包括获取针对与该制剂相关的参数的值或与生物特性相关的参数的值，所述与该制剂相关的参数例如物理参数，例如分子量，例如平均分子量或分子量分布、聚糖亚基组成或纯度，所述与生物特性相关的参数例如，例如在离体测定中调节该人肠道微生物的能力、调节由微生物产生的微生物代谢物的能力、或例如在人受试者中调节生物标记物例如炎性或免疫生物标记物、毒性或废物化合物、细菌化合物的能力。295.如段落294所述的方法，该方法包括执行测定以获取该值。296.如段落294所述的方法，该方法包括从另一方获取该值。297.如段落294-296中任一项所述的方法，其中将该值与参考值进行比较以例如针对对于用途例如治疗性用途的适用性评价该聚糖制剂。298.如段落254-297中任一项所述的方法，其中该糖苷酶由选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列编码。299.如段落254-298中任一项所述的方法，其中该糖苷酶由选自SEQIDNo12、18、31、38、39、48、56、57、64、68、72、83、84、92、93、99、104、110和117中的一种或多种的核酸序列编码。300.如段落254-299中任一项所述的方法，其中该糖苷酶分子由与选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列编码。301.如段落254-300中任一项所述的方法，其中该糖苷酶分子由与选自SEQIDNO12、18、31、38、39、48、56、57、64、68、72、83、84、92、93、99、104、110和117中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列编码。302.如段落254-301中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子衍生自非双岐杆菌属的人肠道微生物。303.如段落254-302中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子衍生自非乳杆菌属的人肠道微生物。304.如段落254-303中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是α-半乳糖苷酶。305.如段落254-304中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是β-半乳糖苷酶。306.如段落254-305中任一项所述的方法，其中该糖苷酶和/或该糖苷酶分子不是：i)α-半乳糖苷酶、ii)β-半乳糖苷酶、iii)α-葡糖苷酶、iv)β-葡糖苷酶、v)α-木糖苷酶、vi)β-木糖苷酶、vii)α-甘露糖苷酶、viii)β-甘露糖苷酶、ix)α-呋喃果糖苷酶、和/或x)β-呋喃果糖苷酶、或不是i)、ii)、iii)、iv)、v)、vi)、vii)、viii)、ix)和x)中的任何组合(例如，任何两种、三种、四种、五种、六种、七种或八种)。307.如段落254-306中任一项所述的方法，其中该聚糖亚基是选自以下的糖单体：葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、岩藻糖、鼠李糖、木糖、和阿拉伯糖。308.如段落254-307中任一项所述的方法，其中聚糖单元是选自以下的糖二聚体：蔗糖、麦芽糖、龙胆二糖、乳果糖、乳糖、棉子糖、蜜二糖、木二糖、阿拉伯二糖、果二糖、松二糖、纤维二糖、甘露二糖、半乳二糖、槐糖、昆布二糖、和壳二糖。309.如段落254-308中任一项所述的方法，其中聚糖单元是选自以下的糖二聚体：蔗糖、异麦芽糖、麦芽糖、松三糖、龙胆二糖、纤维二糖、蜜二糖、棉子糖、乳糖、乳果糖和帕拉金糖(例如，表23E栏和表24E栏中列出的那些)。310.如段落254-309中任一项所述的方法，其中聚糖单元是非乳糖的糖二聚体。311.如段落254-310中任一项所述的方法，其中聚糖单元是非乳果糖的糖二聚体。312.如段落254-311中任一项所述的方法，其中这些使得聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件适用于将单体合并成该聚糖聚合物的缩合反应。313.如段落254-312中任一项所述的方法，其中这些使得聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件适用于涉及从二聚体起始材料将单体合并成该聚糖聚合物的转糖基化反应(例如，转半乳糖基化、转葡糖基化、转果糖基化)。314.如段落254-313中任一项所述的方法，其中这些使得聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件适用于水解反应。315.如段落254-314中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂的平均聚合度(DP)是至少约DP2、至少约DP3、至少约DP4、或至少约DP5。316.如段落254-315中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂的平均聚合度(DP)在约DP2与DP4之间、DP2与DP5之间、DP2与DP6之间、DP3与DP5之间或DP3与DP6之间。317.如段落254-316中任一项所述的方法，其中该聚糖制剂的平均聚合度(DP)在约DP2与DP8之间、在约DP2与DP10之间、在约DP3与DP8之间、或在约DP3与DP10之间。318.如段落254-317中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的至少50％、60％、70％、80％、90％、95％、或至少99％具有2或更大的DP。319.如段落254-318中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的至少50％、60％、70％、80％、90％、或至少95％具有3或更大的DP。320.如段落254-319中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的至少50％、60％、70％、80％、90％、或至少95％具有在约DP2-4之间、DP2-5之间、DP2-6之间、DP2-8之间、DP2-10之间、DP3-5之间、DP3-6之间、DP3-8之间、或在约DP3-10之间的DP。321.如段落254-320中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物具有0的支化度(DB)。322.如段落254-321中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的至少50％、60％、70％、80％、90％、或至少95％是支化的。323.如段落254-322中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的不超过1％、5％、10％、20％、30％、40％或不超过50％是支化的。324.如段落322或323所述的方法，其中该制剂的这些支化聚糖聚合物包含一个或多个(例如，一个、两个、三个、四个或五个)分支点。325.如段落254-324中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物包含α-糖苷键，例如该制剂的这些聚糖聚合物的这些糖苷键的至少约90％、95％、98％、99％、或100％是α-糖苷键。326.如段落254-325中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物包含β-糖苷键，例如该制剂的这些聚糖聚合物的这些糖苷键的至少约90％、95％、98％、99％、或100％是β-糖苷键。327.如段落254-326中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物包含α-糖苷键和β-糖苷键。328.如段落327所述的方法，其中该α-糖苷键与β-糖苷键比率是1:1、1:2、1:3、1:4或1:5。329.如段落327所述的方法，其中该β-糖苷键与α-糖苷键比率是1:1、1:2、1:3、1:4或1:5。330.如段落327所述的方法，其中该β-糖苷键与α-糖苷键比率是1:4。331.如段落254-330中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的该α-糖苷键与β-糖苷键比率是0或在约0.1:1至1:5、1:1至1:5或1:1至1:4之间。332.如段落254-331中任一项所述的方法，其中该制剂的这些聚糖聚合物的该β-糖苷键与α-糖苷键比率是0或在约0.1:1至1:5、1:1至1:5或1:1至1:4之间。333.如段落254-332中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物包含以下中的一种或多种聚糖单元：葡萄糖、半乳糖、甘露糖、果糖、岩藻糖、鼠李糖、木糖、和/或阿拉伯糖。334.如段落254-333中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物包含选自以下的一种或多种糖苷键：1,2糖苷键、1,3糖苷键、1,4糖苷键、1,5糖苷键或1,6糖苷键。335.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少20％、30％、40％、50％或至少60％(mol％)的1,4糖苷键。336.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少80％、90％、至少95％、或100％(mol％)的1,4糖苷键。337.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少20％、30％、40％、50％或至少60％(mol％)的1,6糖苷键。338.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少80％、90％、至少95％、或100％(mol％)的1,6糖苷键。339.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,2糖苷键。340.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,3糖苷键。341.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,4糖苷键。342.如段落334所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,6糖苷键。343.如段落254-342中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物不是半乳寡糖(GOS)。344.如段落333所述的方法，其中该聚糖聚合物不是半乳糖均聚物。345.如段落333所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂是小于99％、95％、90％、80％、70％、60％、50％的半乳糖均聚物。346.如段落333所述的方法，其中该制剂中的第一丰度最高聚糖聚合物和第二丰度最高聚糖聚合物不是i)半乳糖均聚物和/或ii)具有末端葡萄糖的半乳糖聚合物。347.如段落254-346中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物不是：i)果寡糖(FOS)、ii)半乳寡糖(GOS)、iii)木寡糖(XOS)、iv)异麦芽寡糖(IMOS)、和v)葡寡糖(GLOS)、或i)、ii)、iii)、iv)和v)中的任何组合(一种、两种、三种或四种或全部)。348.如段落254-347中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物不是：i)乳蔗糖、ii)半乳蔗糖、iii)2-α-葡糖基-乳糖、iv)龙胆寡糖、v)果胶寡糖、和vi)麦芽糖基-果糖苷、或i)、ii)、iii)、iv)、v)和vi)中的任何组合(一种、两种、三种或四种、五种或全部)。349.如段落254-348中任一项所述的方法，其中该多个聚糖亚基包括第一聚糖亚基和第二聚糖亚基，其中该第一聚糖亚基和该第二聚糖亚基具有不同结构。350.如段落254-349中任一项所述的方法，其中该多个聚糖亚基包括第一聚糖亚基和第二聚糖亚基，其中该第一聚糖亚基和该第二聚糖亚基具有相同结构。351.如段落254-350中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含葡萄糖、甘露糖、或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键。352.如段落254-351中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含葡萄糖、甘露糖、或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键。353.如段落254-352中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键。354.如段落254-353中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖或鼠李糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键。355.如段落254-354中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个α-糖苷键。356.如段落254-355中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物包含葡萄糖或半乳糖亚基、或其组合和至少一个β-糖苷键。357.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，并且进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间、或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-gal-man制剂)。358.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如glu-gal-man制剂)。359.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man-glu制剂)。360如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-glu-man制剂)。361.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地，其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-gal-glu制剂)。362.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键或其组合；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和葡萄糖的聚糖聚合物(例如man-gal-glu制剂)。363.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc-man制剂)。364.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如gal-fuc-man制剂)。365.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含岩藻糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal-man制剂)。366.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含岩藻糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-1之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-man制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和甘露糖的聚糖聚合物(例如fuc-gal-man制剂)。367.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-gal-fuc制剂)。368.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含甘露糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-fuc制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如man-gal制剂)；以及vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和岩藻糖的聚糖聚合物(例如man-gal-fuc制剂)。369.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖、木糖和阿拉伯糖中的一种、两种或三种、和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键、β-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有葡萄糖的聚糖聚合物；v.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及vi.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。370.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖、木糖和阿拉伯糖中的一种、两种或三种、和至少一个β-糖苷键，任选地其中该β-糖苷键是β-1,3糖苷键、β-1,4糖苷键或其组合，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有β-1,6糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键或其组合；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有葡萄糖的聚糖聚合物；v.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及vi.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。371.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如glu-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖、阿拉伯糖和木糖中的两种或三种的聚糖聚合物。372.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖、阿拉伯糖和木糖中的两种或三种的聚糖聚合物。373.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和阿拉伯糖中的一种或两种、和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂包含含有木糖的聚糖聚合物；以及v.该聚糖聚合物制剂包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物。374.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含阿拉伯糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如ara-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如ara-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和木糖的聚糖聚合物(例如ara-gal-xyl制剂)。375.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖和木糖的聚糖聚合物(例如gal-ara-xyl制剂)。376.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如xyl-gal制剂)；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖和阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara-gal制剂)。377.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地，其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地，其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；以及iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖、半乳糖或木糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。378.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,3糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖、甘露糖、阿拉伯糖或唾液酸中的一种、两种、三种或四种的聚糖聚合物。379.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。380.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个β-糖苷键，任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。381.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；以及iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。382.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个β-糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个α-糖苷键的聚糖聚合物，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；以及v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有甘露糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。383.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含葡萄糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如glu-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如glu-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如glu-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。384.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含木糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如xyl-glu制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如xyl-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如xyl-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖、阿拉伯糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。385.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.这些聚糖聚合物包含阿拉伯糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如ara-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如ara-glu制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有半乳糖的聚糖聚合物(例如ara-gal制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、葡萄糖或半乳糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。386.如段落254-306中任一项所述的方法，其中这些聚糖聚合物和/或该聚糖聚合物制剂包含以下特征中的一种、两种、三种或更多种，例如全部：i.聚糖聚合物包含半乳糖和至少一个α-糖苷键，任选地其中该α-糖苷键是α-1,3糖苷键，进一步任选地其中该制剂的平均聚合度(DP)在DP2-4之间、DP2-6之间、DP3-10之间或在DP3-15之间；ii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有α-1,2糖苷键、α-1,4糖苷键、α-1,6糖苷键、或其组合的聚糖聚合物；iii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有至少一个β-糖苷键的聚糖聚合物；iv.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖的聚糖聚合物(例如gal-xyl制剂)；v.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有阿拉伯糖的聚糖聚合物(例如gal-ara制剂)；vi.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有葡萄糖的聚糖聚合物(例如gal-glu制剂)；以及vii.该聚糖聚合物制剂进一步包含含有木糖、阿拉伯糖或葡萄糖中的一种、两种或三种的聚糖聚合物。387.如段落351、352或357-362中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族。388.如段落351、352或357-362中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13、GH13亚家族9、GH13亚家族31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族。389.如段落353、354或363-370中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8或GH13亚家族14CAZy家族。390.如段落353、354或363-370中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10或GH77CAZy家族。391.如段落355、356或371-373中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8或GH13CAZy家族。392.如段落355、356或371-373中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88或GH24CAZy家族。393.如段落349、350或374-377中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH30亚家族2、GH30亚家族5、GH43亚家族22、GH43亚家族8或GH84CAZy家族。394.如段落349、350或374-377中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的糖苷酶的底物：GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。395.如段落349、350或378中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族。396.如段落349、350或378中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH23、GH24或GH33CAZy家族。397.如段落349、350或379-382中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族。398.如段落349、350或379-382中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。399.如段落349、350或383-386中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族。400.如段落349、350或383-386中任一项所述的方法，其中该聚糖聚合物是选自以下中的一种或多种，例如，两种、三种、四种或更多种的人肠道微生物糖苷酶的底物：GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。401.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触；这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT5、GH94、GH13亚家族9、GH13亚家族39、GH13亚家族36、GH113或GH112CAZy家族。402.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13.0、GH13.9、GH13.31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77或GH94CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GT5、GT35、GT51、GH1、GH2、GH3、GH4、GH13.0、GH13.9、GH13.31、GH18、GH23、GH25、GH28、GH31、GH32、GH36、GH51、GH73、GH77、GH94CAZy家族。403.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、半乳糖和/或葡萄糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13家族3、GH13家族30、GH30家族2、GH30家族5、GH43家族22、GH43家族8或GH84CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13家族3、GH13家族30、GH30家族2、GH30家族5、GH43家族22、GH43家族8或GH84CAZy家族。404.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、半乳糖和/或葡萄糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH3、GH106、GH105、GH2、GH20、GH28、GH76、GH97或GH92CAZy家族。405.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或唾液酸的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族19、GH13亚家族21、GH23、GH33、GH37或GH104CAZy家族。406.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或唾液酸的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH23、GH24或GH33CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH23、GH24或GH33CAZ家族。407.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、甘露糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族20、GH13亚家族31、GH13亚家族39、GH39、GH43亚家族11、GH5亚家族44或GH94CAZy家族。408.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、甘露糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH2、GH31、GH23、GH13或GH24CAZy家族。409.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH13亚家族3、GH13亚家族30、GH121、GH15、GH43亚家族27、GH43亚家族34或GH43亚家族8CAZy家族。410.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GH92、GH97、GH76、GH28、GH20、GH105、GH2、GH50、GH3或GH106CAZy家族。411.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族。412.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖、甘露糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族。413.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖和/或鼠李糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT11、GT10、GH92、GH51、GH35、GH29、GH28、GH20、GH130、GH13亚家族8、GH13亚家族14CAZy家族。414.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供表23的E列的底物的多个聚糖亚基，例如单体或二聚体；使该底物的多个聚糖亚基与与该底物相同的行的A列的糖苷酶在如下条件下接触；这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，例如与该底物和糖苷酶相同的行的F、G、H、I、J、K和/或L列的条件。415.如段落414所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂具有在约2与4之间或在约2与5之间的平均DP。416.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少20％、30％、40％、50％或至少60％(mol％)的1,4糖苷键。417.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少80％、90％、至少95％、或100％(mol％)的1,4糖苷键。418.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少20％、30％、40％、50％或至少60％(mol％)的1,6糖苷键。419.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含至少80％、90％、至少95％、或100％(mol％)的1,6糖苷键。420.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,2糖苷键。421.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,3糖苷键。422.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,4糖苷键。423.如段落414或415所述的方法，其中该聚糖聚合物制剂包含不超过10％、5％、不超过1％或0％的1,6糖苷键。424.如段落414或415所述的方法，其中该糖苷键分布(mol％)是以下之一：a)α-1,2少于10％、α1,3少于10％、α1,4至少30％、α1,6至少30％、β1,2少于5％、β1,3少于5％、β1,4/1,6少于5％，b)α-1,2少于5％、α1,3少于5％、α1,4至少5％、α1,6少于5％、β1,2至少1％、β1,3至少1％、β1,4/1,6至少85％，c)α-1,2少于5％、α1,3少于5％、α1,4少于5％、α1,6至少85％、β1,2少于5％、β1,3少于5％、β1,4/1,6少于5％，d)α-1,2少于10％、α1,3少于5％、α1,4至少15％、α1,6至少50％、β1,2少于5％、β1,3少于5％、β1,4/1,6少于5％，e)α-1,2少于5％、α1,3少于5％、α1,4少于15％、α1,6至少85％、β1,2少于5％、β1,3少于5％、β1,4/1,6少于5％，f)α-1,2少于5％、α1,3少于5％、α1,4少于5％、α1,6少于5％、β1,2少于5％、β1,3少于5％、β1,4/1,6至少85％，g)α-1,2少于5％、α1,3少于5％、α1,4至少50％、α1,6至少5％、β1,2少于10％、β1,3少于5％、β1,4/1,6至少10％。425.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含木糖、阿拉伯糖、岩藻糖和/或鼠李糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77CAZy家族。426.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT3、GH97、GH43亚家族24、GH27、GH133、GH13亚家族8、GH13CAZy家族。427.一种制备聚糖聚合物制剂的方法，该方法包括：提供多个含葡萄糖和/或半乳糖的聚糖亚基(例如，单体或二聚体)；使该多个聚糖亚基与选自GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族之一的糖苷酶在如下条件下接触，这些条件使得制成聚糖聚合物制剂，其中该制剂的聚糖聚合物是包含以下糖苷酶的人肠道微生物的底物：GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT8、GT51、GT9、GH1、GH92、GH73、GH31、GH20、GH28、GT25、GT28、GT35、GH18、GT0、GH13、GH36、GH97、GH105、GH25、GH4、GH32、GH78、GH29、GH0、GH51、GT10、GH77、GT2、GT4、GH2、GH23、GH3、GT51、GH1、GT8、GH92、GT9、GH73、GH31、GH20、Gh28、GT35、GT28、GH18、GH13、GH97、GH25、GH36、GH4、GH105、GH32、GH78、GH29、GH0、GT25、GH51、GH77、GH88、GH24CAZy家族。428.如段落401-413或425-427中任一项所述的方法，其中该糖苷酶或该糖苷酶分子不是以下中的一者或多者：GH1、GH2、GH3、GH35、GH42和GH50。429.如段落401-413或425-427中任一项所述的方法，其中该糖苷酶或该糖苷酶分子不是以下中的一者或多者：GH32、GH68、GH100。430.如段落401-413或425-427中任一项所述的方法，其中该糖苷酶或该糖苷酶分子不是以下中的一者或多者：GH1、GH2、GH3、GH4、GH5、GH8、GH9、GH10、GH11、GH12、GH13、GH14、GH16、GH26、GH28、GH30、GH31、GH32、GH35、GH42、GH43、GH44、GH50、GH51、GH57、GH62、GH63、GH68、GH70、GH97、GH100、GH116、GH119、GH122。431.一种聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂通过本文披露的方法，例如通过如段落254-430中任一项所述的方法制备、可生产、或可制备。432.一种聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂通过本文披露的方法，例如通过如段落254-430中任一项所述的方法选择、或可选择。433.如段落431所述的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂被配制为药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分、或治疗性营养产品。434.如段落431所述的聚糖聚合物制剂，该聚糖聚合物制剂进一步包含赋形剂或载剂。435.一种单位剂型，该单位剂型包含如段落431-434中任一项所述的聚糖制剂。436.如段落435所述的单位剂型，该单位剂型被配制用于肠内给予、口服、口服或直肠给予，或用于管饲。437.如段落435或436所述的单位剂型，该单位剂型被配制为粉末剂或糖浆。438.如段落435-437中任一项所述的单位剂型，该单位剂型被配制用于在结肠或大肠中定时和/或靶向释放。439.一种药物组合物，该药物组合物包含如段落431-434中任一项所述的聚糖聚合物制剂。440.一种医疗食物，该医疗食物包含如段落431-434中任一项所述的聚糖聚合物制剂。441.一种膳食补充剂，该膳食补充剂包含如段落431-434中任一项所述的聚糖聚合物制剂。442.一种食物成分，该食物成分包含如段落431-434中任一项所述的聚糖聚合物制剂。443.一种治疗性营养产品，该治疗性营养产品包含如段落431-434中任一项所述的聚糖聚合物制剂。444.一种本文所述的反应混合物，该反应混合物例如通过如段落254-430所述的方法中的任一种产生，该反应混合物以一定量和/或一定条件包含：适用于生产该聚糖聚合物的多个聚糖亚基，例如糖单体或糖二聚体；以及糖苷酶分子(例如表4(第2列)、表23(A列)、表24(A列)或表22(第1列)；或一种或多种与糖分类群1类、2类、3类、4类、5类、6类或7类相关联的糖苷酶)，所述量适于生产包含至少0.25、0.5、1、5、10、20、50、100、200、300、400或500千克聚糖聚合物的聚糖聚合物制剂和/或所述条件适于获得至少约15％、30％、45％、60％或约75％(如基于重量/重量以占输入聚糖亚基的％计所确定)的产率。445.如段落444所述的反应混合物，该反应混合物适用于实践本文所述的方法，例如如段落254-430中任一项所述的方法。446.一种制备药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分或治疗性营养产品的方法，该方法包括将如段落431所述的制剂配制成药物组合物、医疗食物、膳食补充剂、食物成分或治疗性营养产品。447.如段落446所述的方法，该方法包括将该制剂分为多个部分，例如单位剂型或配制品，例如至少10,100或至少1,000个部分。448.如段落446所述的方法，该方法包括将该制剂与赋形剂合并。449.一种如段落431所述的聚糖聚合物制剂、或其部分。450.一种如段落431所述的聚糖聚合物制剂的级分，例如分子量级分。451.如段落450所述的分子量级分，其中该级分包含不同于该聚糖制剂的平均DP的平均DP，例如约3、4、或5的平均DP。452.一种制备、评价、选择、分类、或提供通过如段落254-430中任一项所述的方法制备或可制备的聚糖聚合物的制剂的方法，该方法包括获取候选制剂；例如通过执行测定获取针对与该制剂相关的参数的值或与生物特性相关的参数的值，所述与该制剂相关的参数例如物理参数，例如分子量，例如平均分子量或分子量分布、聚糖亚基组成或纯度，所述与生物特性相关的参数例如，例如在离体测定中调节人肠道微生物的能力、调节由微生物产生的微生物代谢物的能力、或例如在人受试者中调节生物标记物例如炎性或免疫生物标记物、毒性或废物化合物、细菌化合物的能力；以及将该值与参考值进行比较；从而制备、评价、选择、分类、或提供聚糖聚合物的制剂。453.如段落452所述的方法，该方法包括执行测定以获取该值。454.如段落452所述的方法，该方法包括从另一方获取该值。455.如段落452-454中任一项所述的方法，其中将该值与参考值进行比较以例如针对用于例如作为聚糖聚合物的制剂使用，或用于配制成产品或剂型，例如本文所述的产品或剂型的适用性评价该候选物。456.一种制备调节目标人肠道微生物的药物组合物的方法，该方法包括提供多个聚糖亚基；使该多个聚糖亚基中的这些聚糖亚基与具有存在于该目标肠道微生物中的糖苷酶活性的糖苷酶组合物在使得将这些聚糖亚基合并成聚糖聚合物的条件下接触，任选地纯化该聚糖聚合物，并且将该聚糖聚合物配制为用于给予至肠道并调节该肠道微生物的药物组合物，从而制备调节该目标人肠道微生物的药物组合物。457.一种糖苷酶分子的纯化制剂，该纯化制剂包含由与选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列编码的糖苷酶，其中该糖苷酶存在于人肠道微生物中。458.一种载体，该载体包含与选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的核酸序列，其中该核酸编码存在于人肠道微生物中的糖苷酶，并且其中该载体能够用于表达该糖苷酶。459.一种反应混合物，该反应混合物包含：由选自SEQIDNO:1-124中的一种或多种的核酸序列编码的糖苷酶，和该糖苷酶的底物，例如聚糖亚基，例如单体或二聚体，其中该底物以足以例如通过缩合形成聚糖聚合物的量存在。实例通过以下实例进一步说明本发明。提供这些实例仅是出于说明的目的，并且不得以任何方式解释为限制本发明的范围或内容。除非另有说明，否则本发明的实施将使用本领域常规的蛋白质化学、生物化学、重组DNA技术和药学方法。此类技术在文献中有充分说明。参见例如，T.E.Creighton,Proteins:StructuresandMolecularProperties[蛋白质：结构和分子特性](W.H.FreemanandCompany[W.H.弗里曼公司],1993)；Green和Sambrook等人,MolecularCloning:ALaboratoryManual[分子克隆：实验室手册],第4版(ColdSpringHarborLaboratoryPress[冷泉港实验室出版社],2012)；Colowick和Kaplan,MethodsInEnzymology[酶学方法](AcademicPress[学术出版社])；Remington:TheScienceandPracticeofPharmacy[雷明顿：药学科学与实践],第22版(PharmaceuticalPress[医药出版社],2012)；Sundberg和Carey,AdvancedOrganicChemistry:PartsAandB[高等有机化学：部分A和B],第5版(Springer[施普林格出版社],2007)。实例1.用于使用纯化的糖苷酶生产聚糖聚合物的方法聚糖可以通过本文，例如表4、22、23和24所述并且例如由SEQIDNo1-124编码的一种或多种部分或完全纯化的水解酶或转移酶催化的糖苷键的逆水解来产生。所选择的一种或多种酶可以是已知水解糖苷键的任何酶，包括糖基水解酶、糖基转移酶和多糖裂解酶，包括那些使用未活化的糖供体或活化的糖供体的酶，这些活化的糖供体包括但不限于糖核苷酸和磷酰糖。理想地，所选择的酶从对宿主微生物组的结构或健康(例如，代谢物，例如SCFA(例如丁酸盐、丙酸盐)、TMA/TMAO、氨、尿毒症溶质(例如吲哚、对甲酚)、LPS或胆汁酸(例如，次级胆汁酸)的调节)具有正面影响的分类群(例如，1类、2类、3类、4类、5类、6类或7类)分离或与来自这些分类群的糖基水解酶相关。糖基供体可以由以下组成：未活化的单体糖苷(例如葡萄糖、半乳糖、葡糖醛酸等)、活化的单体糖苷(例如磷酸葡萄糖、乳糖、麦芽二糖、UDP-葡萄糖、1-氟葡萄糖、三氯乙酰胺化葡萄糖、对硝基苯基葡萄糖、己烯糖醛酸)、或寡聚物或聚合物糖苷(例如麦芽糖、半乳寡糖)。糖基受体可以由与糖基水解酶或转移酶相容的任何底物组成，该底物包括单糖(例如葡萄糖、半乳糖、葡糖醛酸)、寡聚物(例如乳糖、麦芽二糖、半乳寡糖)，或据报道与其他糖苷相容的非糖底物(例如山梨糖醇、甘油)。在一些实施例中，糖基受体和糖基供体可以是相同的物质，例如，麦芽二糖可以是供体和受体两者。可以将感兴趣的酶在生物相容性溶剂中溶解或悬浮至1-50U/mL的浓度，该生物相容性溶剂包括水；水和可混溶溶剂，诸如丙酮、乙醇、异丙醇、聚乙二醇、叔丁醇或其他报道的溶剂的混合物；或纯有机溶剂。将糖基供体和受体以按重量计在5％与50％之间的浓度加入至介质中。使用生物相容性缓冲液(例如，乙酸钠缓冲液、柠檬酸/磷酸氢二钠缓冲液、磷酸盐缓冲液等)将介质的pH调整至2.5与8.0之间的范围。然后在与所选择的糖苷酶分子相容的温度，典型地为35℃至90℃下，将反应物轻轻搅拌2-48小时。使用以最小的结构变化分离自宿主或从重组系统表达的糖苷酶分子进行合成的条件可以更接近地反映天然生理学，即pH在5与7.5之间并且温度在35℃与60℃之间。理想地，使用经修饰以改善其稳定性的糖苷酶分子进行合成的条件可以进一步偏离生理条件，例如pH在3.5与8之间并且温度在35℃与70℃之间。蛋白质稳定性的变化可用于增加所期望的特性，包括合成产率、转化率、再循环能力或蛋白质产量。理想地，使用经高度修饰或分离自进行进化以抵抗温度或pH的极端条件的极端微生物细菌的糖苷酶分子进行合成的条件可以广泛地偏离生理条件，例如pH值在2.0与8之间并且温度高达90℃。在一个实施例中，将所选择的底物(表23，E列)置于20ml闪烁小瓶中。将指定pH的McIlvaine缓冲液(表23，J列)加入至小瓶中，并且通过用热风枪短暂加热使粉末溶解。将缓冲的底物溶液冷却至室温后，加入所选择的酶(表23，H列)，将溶液轻轻涡旋混合，并且将加盖的小瓶置于指定温度下的水浴中(表23，栏K)，未搅拌。一旦经过规定的时间(表23，L列)，将小瓶在沸水浴中加热20min以使酶失活。然后将样品转移到50ml锥形离心管中并稀释至约200mg/ml。然后通过实例18中描述的方法纯化稀释的产物。如实例11-15中所述表征分离的材料，并且将数据呈现于表23(SEC)和表24(HSQC-NMR)中。实例2.经由β-半乳糖苷酶和乳糖产生β-半乳寡糖向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入乳糖至浓度为400mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将β-半乳糖苷酶(麦格酶公司(Megazyme)，目录号E-BGLAN)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/ml。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持26小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度(表23，第31行)。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述和图5中所示。分离的寡糖具有>20％DP≥3的分子量、>50％β-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和>50％D-半乳糖的组成。实例3.经由α-半乳糖苷酶和蜜二糖产生α-半乳寡糖向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入蜜二糖至浓度为1000mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将α-半乳糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-AGLAN)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/mL。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持22小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度(表23，第29行)。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述(图8)。分离的寡糖具有>20％DP≥3的分子量、>50％α-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和>50％D-半乳糖的组成。实例4.经由β-葡糖苷酶和纤维二糖产生β-葡寡糖向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入纤维二糖至浓度为200mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将β-葡糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-BGOSPC)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/mL。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持26小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度(表23，第10行)。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述(图6)。分离的寡糖具有>10％DP≥3的分子量、>50％β-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和>90％D-葡萄糖的组成(表24，第10行)。实例5.经由α-葡糖苷酶和麦芽糖产生α-葡寡糖向在55℃下的0.05M，pH6.5马来酸钠缓冲液中加入麦芽糖至浓度为1000mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将α-葡糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-TSAGL)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/mL。在有盖的水浴中将反应物在55℃下保持24小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度(表23，第27行)。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述(图7A、B)。分离的寡糖具有>15％DP≥3的分子量、>50％α-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和>90％D-葡萄糖的组成(表24，第11行)。实例6.通过用选择性糖苷酶处理底物混合物来选择性地产生寡糖通过用在实例1中描述的条件下对一种或多种底物具有选择性的糖苷酶处理底物混合物来产生具有混合组成(包括立体化学、区域化学和单体组成的混合物)的寡糖。在该实例中，将对糖苷酶敏感的底物充当糖苷键供体，并且将对糖苷酶不敏感的底物仅充当糖苷键受体。通过将不同组合的底物与不同选择性糖苷酶混合，可以产生不同组合的寡糖(图12)。在一个实施例中，向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入纤维二糖和乳糖的1:2w/w混合物至终浓度为600mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将β-葡糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-BGOSPC)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/mL。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持26小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述(图14)。分离的寡糖具有>10％DP≥3的分子量、>50％β-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和>50％D-葡萄糖和<50％D-半乳糖的组成。在第二实施例中，向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入纤维二糖和乳糖的1:2w/w混合物至终浓度为600mg/mL。轻轻搅拌反应物直至底物溶解。然后将β-半乳糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-BGLAN)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/ml。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持26小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例11-18中所述(图13)。分离的寡糖具有>20％DP≥3的分子量、>50％β-糖苷的糖苷立体化学、>10％1,4-糖苷键的区域化学、和<50％D-葡萄糖和>50％D-半乳糖的组成。在其他实施例中，所选择的底物混合物的区别可以在于组成单体(例如麦芽糖和蜜二糖或L-阿拉伯二糖和D-阿拉伯二糖)、糖苷立体化学(例如麦芽糖和纤维二糖)、区域化学(例如乳糖和别位乳糖)、活化策略(例如1-(对硝基苯基)-D-葡萄糖和乳糖)、或这些因素或区分糖苷酶底物的其他因素的任何组合。所选择的糖苷酶的区别可以在于对底物的选择性(例如葡糖苷酶相对于半乳糖苷酶)、糖苷立体化学(例如α-葡糖苷酶相对于β-葡糖苷酶)、区域化学(例如1,6-葡糖苷酶相对于1,3-葡糖苷酶)、链位置(例如内切糖苷酶相对于外切糖苷酶；还原末端选择性相对于非还原末端选择性)、或这些因素或区分糖苷酶的其他因素的任何组合。实例7.使用混合的有机/水性溶剂体系由单体糖产生寡糖实例1中描述的聚糖可以经由热力学逆水解事件由单体糖产生。糖水解酶建立热力学平衡，其中单体糖与高级寡糖不断交换，其中主要的反应方向由环境的水活度支配。在生理条件下发现的与底物相关的高浓度水导致这些酶主要在水解作用。在某些实验室条件下，可以改变反应的主要方向以有利于糖苷键的形成，从而允许由单体成分形成寡糖。将葡萄糖以10％(w/w)浓度溶解到的0.1M，pH5.2的乙酸钠缓冲液中。在底物溶解后，将四体积的下列有机溶剂之一加入至水性部分中：叔丁醇、二乙二醇二甲醚(DEGD)、四乙二醇二甲醚(TEGD)或磷酸三甲酯(TMP)。将β-葡糖苷酶储备溶液加入至反应物中至浓度为10U/ml。将反应物在带盖的水浴中加热至50℃并且在10天的时段内进行监测。在认为反应完成后，将反应物在100℃加热10min以使酶失活。然后将反应物在台式离心机上离心以收集沉淀的聚糖，并且通过倾析去除上清液。然后对产物进行表征和纯化，如实例11-18中所述。证明存在DP>1聚糖的荧光团辅助的碳水化合物电泳实验示于图9中。实例8.通过加入反应调节剂来转变产物分布。可以将其他调节剂加入至反应物中以控制反应速率、总物质产率、转化效率、或所得聚糖的结构分布。在一个实施例中，将单体D-半乳糖加入至实例12中所述的反应物中。比较24小时内的产物分布显示，半乳糖既降低了寡糖形成的速度，又使产物分布向更高比例的寡糖转变(图10)。向在60℃下的0.05M，pH5乙酸钠缓冲液中加入乳糖至浓度为400mg/mL。轻轻搅拌乳糖直至溶解。然后将D-半乳糖加入至反应物中至终浓度为115mg/mL并且轻轻搅拌直至溶解。然后将β-半乳糖苷酶(麦格酶公司，目录号E-BGLAN)的储备溶液加入至反应物中至终浓度为10U/ml。在有盖的水浴中将反应物在60℃下保持24小时。当认为反应完成时，将该反应物加热至100℃，持续10min以使酶失活，然后用水稀释至2％总碳水化合物浓度。然后对产物进行表征、分离和纯化，如实例6-8中所述。实例9.用于通过细菌培养分离物经由逆水解生产聚糖的方法例如在实例1中描述的聚糖可以通过由分离的细菌制剂催化的糖苷键的逆水解产生，该分离的细菌制剂包括来自活的完整细胞、非活的完整细胞、部分细胞或细胞组分、细胞培养物上清液、或含有糖苷水解酶的细菌培养基的其他部分的类别的一种或多种。在该实验中，首先在合适的条件下在合适的培养基中培养细菌菌株、菌株组合或完整细菌群落。然后使用标准技术收获培养物，并且然后使分离的培养物经受实例1中所述的逆水解条件，以产生针对该菌株、组合或群落定制的聚糖。可以使用例如在以下中所述的熟知手段中的任一种培养菌株、菌株的组合或群落：Martens,E.C.等人CellHost&Microbe[细胞宿主与微生物],2008,4,447.；Romano,K.A.等人mBio,2015,6,e02481-14.；Atlas,R.M.,HandbookofMicrobiologicalMedia[微生物培养基手册],第4版,2010.；或选择针对感兴趣的一种或多种菌株优化的培养条件的其他公开文献。一旦培养物达到合适的密度，通过任何合适的方法从培养基中收获培养物，该合适方法包括过滤、离心或冻干。如果需要，在通过珠击打、冻干或其他技术收集后裂解分离的细胞，以得到含有天然表达的细胞内或膜结合的糖基水解酶的非活细胞物质的混合物。如果需要，将培养物上清液分离并冻干而与细胞物质无关，以得到天然表达的细胞外糖基水解酶的混合物。如果需要，将合并的细胞和培养物上清液一起裂解并冻干，以得到所有表达的糖基水解酶的混合物。然后将如所述分离的糖基水解酶用于产生聚糖，例如如实例1中所述，使用分离的糖基水解酶代替纯化的酶。通过加入细胞透化剂(包括DMSO或甲苯)以增加表达的酶的可及性可以进一步修改实例1中描述的条件。可以使用任何合适的技术测量分离的固体的活性，例如Goulas等人InternationalDairyJournal[国际乳品杂志]17(2007)648-656中所述。当应用于使用该方法产生的聚糖时，可以通过任何熟知的方法(包括离心、无菌过滤和凝胶过滤色谱法)改变实例16-18中描述的纯化以去除残留的细胞物质。然后可以将聚糖用于增加例如肠道中特定菌株、菌株的组合或群落的生长，例如，在向人受试者给予有效量时。在另一个实施例中，将在含有葡萄糖作为唯一碳水化合物源的培养基中生长的含有约400mg长双歧杆菌(BLO.16)的生物质团块用1ml0.01XPBS洗涤六次以去除任何残留的培养基。对于每次洗涤，将团块通过涡旋重悬，并且然后通过以10,000g离心3min收集。洗涤完成后，将生物质以约100mg/ml重悬于水中，并且在室温下用16ml0.01XPBS和40μl甲苯稀释1小时以增加细胞膜通透性。通过10,000g离心10min收集细胞团块，并且弃去上清液。然后以相同的方式用20ml0.01XPBS洗涤团块四次。之后，将生物质重悬于4ml水中并且冻干用于酶促合成目的。在制备生物质后，将250mg麦芽糖称入到1.5ml微量离心管中，并且溶解于250μl0.05M，pH5乙酸盐缓冲液中，并在40℃水浴中短暂加热。将冻干的生物质加入至麦芽糖溶液中。将反应物在40℃下保持3天，并且监测寡聚物的产生。在每个时间间隔，将20μl部分样品在沸水浴中加热10min以使酶失活。然后将该部分用水稀释至约20mg/ml并且进行0.2μm过滤以通过SEC或TLC检查反应进程。实例10.用于通过用限定的聚糖预处理细菌培养物诱导水解酶表达的方法通过在培养物生长步骤中诱导特定糖基水解酶的表达以转变酶表达水平，可以进一步修改实例3中描述的用于通过分离的细菌制剂生产聚糖的方法。在该实例中，通过加入聚糖(例如来自先前的合成)、糖苷(例如α-1,6-甘露二糖)、寡糖(例如乳糖、GOS)或纤维(例如纤维素、菊粉、果胶)代替其他碳源，以诱导培养物表达对作为底物的聚糖、糖苷、寡糖或纤维的代谢特异的糖基水解酶，可以修改实例8中描述的细菌培养液条件。以这种方式，可以调整和增强分离的细菌制剂的酶活性，以改善所期望聚糖的产生。例如，通过在主要含有α-1,6-葡萄糖键的寡糖诸如异麦芽糖上培养所期望菌株，产生有利于产生α-1,6-葡萄糖键的细胞分离物。用异麦芽糖作为唯一碳源建立培养物，直至菌株实现表明能够消化异麦芽糖的酶的上调的生长速率。来自该培养物的分离物富含对α-1,6-葡萄糖水解具有选择性的糖苷酶。然后将该富集的分离物用于通过逆水解产生聚糖。可以将聚糖给予至受试者，例如肠道，以选择性地促进富含α-1,6-葡糖苷酶的细菌分类群的生长。在第二实施例中，将实例9中描述的生物质在含有蜜二糖(半乳糖-α-1,6-葡萄糖)代替葡萄糖作为碳水化合物的唯一来源的培养基中生长，从而产生具有下调的葡糖基水解酶和上调的半乳糖水解酶的生物质。然后通过用100mg蜜二糖替换麦芽糖溶解到pH5.5，250μl柠檬酸/磷酸盐缓冲液中来修改实例9中描述的程序。然后如实例9中所述同样地遵循程序，以产生α-半乳糖而不是α-葡萄糖的寡聚物。实例11.聚糖制剂向配备有顶置式搅拌器和夹套式短路冷凝器的圆底烧瓶中加入一种或多种单糖或二糖以及按干重计3％-20％的一种或多种例如像在美国专利号9,079,171和WO2016/007778(将这些专利通过引用以其全文并入本文)中描述的催化剂，例如含酸、离子、离子/酸的催化剂。将水或其他相容性溶剂(零或10当量)加入至干混合物中，并且使用大小匹配尽可能接近所选圆底烧瓶的轮廓的桨，将浆料以大约100rpm合并。然后将混合物加热至80℃-185℃。固体一旦实现熔融状态，就将容器置于10-1000毫巴真空压力下。将反应物搅拌30分钟至8小时，持续从反应物中去除水。通过HPLC监测反应进程。当发生足够的寡聚反应时，关闭搅拌器，将反应物冷却至室温并排气至大气压力，并将作为固体或糖浆的产物溶解于足以产生大约50Brix(克糖/100g溶液)的溶液的体积的水中。溶解完成后，通过过滤去除固体催化剂，并通过旋转蒸发将寡聚物溶液浓缩至大约50-75Brix。在使用有机溶剂的情况下，可以通过双相萃取去除与水不混溶的溶剂，并且可以在浓缩步骤的同时通过旋转蒸发去除水混溶性溶剂。其中，以多个批次制备以下聚糖，并且将这些聚糖在本文所述的各种测定中进行测试：单一聚糖单元(均聚糖)：ara100、fru100、gal100、galA100、glcNac100、glu100、gluA100、Lglu100、man100、rha100、xyl100。两种聚糖单元(杂聚糖)：Ara60Xyl40、Ara80Xyl20、Gal20Ara80、Gal20Xyl80、Gal40Ara60、Gal40Man60、Gal40Xyl60、Gal57Glu43、Gal60Ara40、Gal60Man40、Gal60Xyl40、Gal80Ara20、Gal80Man20、Gal80Xyl20、Glu20Ara80、Glu20Xyl80、Glu40Ara60、Glu40Gal60、Glu40Xyl60、Glu50Gal50、Glu50Lglu50、Glu60Ara40、Glu60Gal20Man20、Glu60Gal40、Glu60Man40、Glu60Xyl40、Glu66Fru33、Glu75Gala25、Glu75GluA25、Glu75GluN25、Glu80Ara20、Glu80Gal20、Glu80Lglu20、Glu80Man20、Glu80Xyl20、Glu90LGlu10、Man20Ara80、Man20Xyl80、Man40Ara60、Man40Xyl60、Man60Ara40、Man60Glu40、Man60Xyl40、Man75Gal25、Man80Ara20、Man80Gal20、Man80Glu21、Man80Xyl20、Xyl60Ara40、Xyl75Ara25、Xyl80Ara20、以及杂合聚糖glu90sor10和glu90gly10。三种聚糖单元(杂聚糖)：Gal5Xyl5Ara90、Gal5Xyl90Ara5、Gal10Xyl10Ara80、Gal10Xyl45Ara45、Gal10Xyl80Ara10、Gal20Xyl20Ara60、Gal20Xyl40Ara40、Gal20Xyl60Ara20、Gal30Xyl30Ara40、Gal30Xyl40Ara30、Gal33Man33Ara33、Gal33Man33Xyl33、Gal33Xyl33Ara33、Gal45Xyl10Ara45、Gal45Xyl45Ara10、Gal50Glu25Fru25、Gal40Xyl20Ara40、Gal40Xyl30Ara30、Gal40Xyl40Ara20、Gal60Xyl20Ara20、Gal80Xyl10Ara10、Gal90Xyl5Ara5、Glu5Gal5Man90、Glu5Gal90Man5、Glu5Xyl5Ara90、Glu5Xyl90Ara5、Glu10Gal10Man80、Glu10Gal45Man45、Glu10Gal80Man10、Glu10Xyl10Ara80、Glu10Xyl45Ara45、Glu10Xyl80Ara10、Glu20Gal20Man60、Glu20Gal40Man40、Glu20Gal60Man20、Glu20Gal80、Glu20Xyl20Ara60、Glu20Xyl40Ara40、Glu20Xyl60Ara20、Glu30Gal30Man40、Glu30Gal40Man30、Glu30Xyl30Ara40、Glu30Xyl40Ara30、Glu33Gal33Ara33、Glu33Gal33Fuc33、Glu33Gal33Man33、Glu33Gal33Xyl33、Glu33Man33Ara33、Glu33Man33Xyl33、Glu33Xyl33Ara33、Glu40Gal20Man40、Glu40Gal30Man30、Glu40Gal40Man20、Glu40Xyl20Ara40、Glu40Xyl30Ara30、Glu40Xyl40Ara20、Glu45Gal10Man45、Glu45Gal45Man10、Glu45Xyl10Ara45、Glu45Xyl45Ara10、Glu60Xyl20Ara20、Glu75GluNAc25、Glu80Gal10Man10、Glu80Xyl10Ara10、Glu90Gal5Man5、Glu90Xyl5Ara5、Man33Xyl33Ara33、Man52Glu29Gal19。四种聚糖(杂聚糖)：Gal25Man25Xyl25Ara25、Glu25Gal25Man25Ara25、Glu25Gal25Man25Xyl25、Glu25Gal25Xyl25Ara25、Glu25Man25Xyl25Ara25。五种聚糖单元(杂聚糖)：Glu20Gal20Man20Xyl20Ara20。聚糖通过代表单体糖组分的三至六字母代码随后是反映单体构成的材料的百分比的百分数来描述。因此，‘glu100’归于由100％D-葡萄糖(聚糖单元)输入产生的聚糖，并且‘glu50gal50’归于由50％D-葡萄糖和50％D-半乳糖(聚糖单元)输入或可替代地乳糖二聚体(聚糖单元)输入产生的聚糖。如本文所用：xyl＝D-木糖；ara＝L-阿拉伯糖；gal＝D-半乳糖；glu＝D-葡萄糖；rha＝L-鼠李糖；fuc＝L-岩藻糖；man＝D-甘露糖；sor＝D-山梨糖醇；gly＝D-甘油；neu＝NAc-神经氨酸；Lglu＝L-葡萄糖；gluA＝D-葡糖醛酸；gluN＝D-葡糖胺；gluNAc＝N-乙酰-D-葡糖胺；galA＝D-半乳糖醛酸。3-Bn＝苄基；3-Obn＝3-苄氧基；6-TBDPS＝6-叔丁基二苯基甲硅烷基；galnac＝N-乙酰半乳糖胺；rib＝D-核糖；Sor＝山梨糖醇。实例12.纯化将寡糖和多糖溶解于去离子水中至终浓度为25-50Brix。然后将该物质暴露于至少2质量当量的DowexMonosphere88离子交换树脂。暴露可以通过在120-170rpm的烧瓶中涡旋或通过穿过湿浆料填充柱过滤来进行，只要停留时间足以使溶液实现3至5的最终pH。通过过滤(如在涡旋反应的情况下)或洗脱(如在柱过滤的情况下)分离寡聚物溶液，并且以类似方式用DowexMonosphere77离子交换树脂重复该过程，直至溶液pH高于5.5。最后，使溶液暴露于DowexOptiporeSD-2吸附剂脱色树脂，直至溶液充分澄清并通过0.2微米过滤器过滤以去除残留的树脂和树脂细粒。然后通过旋转蒸发将最终溶液浓缩至50-85Brix，或通过冻干法浓缩成固体。实例13.小规模的高通量制备将寡聚物和聚合物以平行方式在24孔、48孔或96孔板中或在容纳于铝加热块中的1打兰小瓶的类似尺寸阵列中合成。在该实例中，所有液体转移由可编程机器人操作或使用校准的移液管手动操作。向每个小瓶或孔中加入按干重计20％-100％的一种或多种例如像美国专利号9,079,171和WO2016/007778中描述的催化剂，例如，含酸、离子、离子/酸的催化剂。将板或加热块无遮盖地放置在真空烘箱中，在10-800毫巴的真空下加热至50℃-150℃。烘箱真空泵由两级冷凝器保护，该两级冷凝器由循环冷却剂捕集器，然后是干冰/丙酮捕集器组成。将板或块在升高的温度和减压下加热30分钟至6小时，无需搅拌。在预先设定的一段时间后，将烘箱放空至大气压，将板或块冷却至室温，并且用去离子水将每个孔或小瓶稀释至大约50Brix。实例12中描述的固相萃取步骤通过依序湿法填充柱进行洗脱来进行，其中使用蠕动泵或其他合适的小型泵使来自每个柱的洗脱液以2至6个床体积/小时的速率立即流动到下一个柱的顶部中。然后用去离子水冲洗柱堆，并且通过冻干法浓缩合并的流出物，以分离具有按质量计1％-10％的残留水含量的固体粉末。实例14.低分子量种类的去除改性寡聚物或聚合物以去除低分子量种类。在一个实施例中，通过渗透分离来实现分离。将来自光谱实验室(SpectrumLabs)的大约45cm的1.0kDMWCOBiotechCE透析管(31mm平宽)置于去离子水中并浸泡10分钟，然后用透析管夹将一端密封。将8克干寡糖的25Brix溶液无菌过滤，并用第二夹连同几毫升空气密封入管中以使管漂浮。然后将填充管置于3加仑的去离子水槽中，用足够的力量搅拌以引起密封管缓慢涡旋。8小时后，更换槽中的水并允许将管再搅拌16小时。一旦透析完成并且材料具有大于95％的DP2+产率以及大于90％之间的DP3+产率，将稀溶液无菌过滤并真空浓缩至终浓度为大约65Brix或冻干成固体，残留水分在1％与10％之间。在第二实施例中，通过切向流过滤(TFF)来实现分离。在这种情况下，将100mL溶解在去离子水中并经过无菌过滤的25Brix聚糖样品置于根据制造商的建议制备的SpectrumLabsKrosFloResearchIIiTFF系统的进料瓶中。然后在25psig的跨膜压力下将样品渗滤通过1kDmPESMidiKros中空纤维过滤器。使用每0.5个渗滤体积取的原料的HPLC样品来确定何时该材料具有大于95％的DP2+产率以及大于90％的DP3+产率，此时将溶液无菌过滤并真空浓缩至65Brix糖浆或冻干成固体，残留水分含量按质量计为1％-10％。在第三实施例中，通过乙醇沉淀实现分离。在这种情况下，将100mL的25Brix聚糖样品以不高于10mL/分钟的速率倒入含有900mL纯USP级乙醇的剧烈搅拌的烧杯中。一旦加入完成，将沉淀的固体在室温或略低于室温下再搅拌15分钟。通过在氮气氛下以防止水合和生胶、通过细玻璃料烧结的玻璃漏斗过滤来分离沉淀的固体。将固体用乙醇冲洗一次，然后溶解于水中至终浓度为25Brix并再浓缩至>65Brix。然后将糖浆稀释回至25Brix并且再浓缩一次以确保去除残留的乙醇。实例15.用于分析制剂的方法通过液体折射测定来测量浓度设计该实验以定量任何给定水性溶液中聚糖的量。使用高纯度反渗透去离子水对Mettler-ToledoRefracto30GS便携式糖折射仪进行校准。将几滴聚糖溶液通过0.2微米针筒式滤器直接过滤到折射仪的透镜上。在室温下进行测量，并报告为Brix。将聚糖常规浓缩至50、60、70或75Brix，在23℃下无明显固化或结晶。假设水的比密度等于1.0g/mL，则可以将Brix转化为溶解度。因此，75Brix(由75克聚糖和25克水组成的100克溶液)等于3.0g/mL的水溶解度。作为比较，据报道西格玛奥德里奇公司(Sigma-Aldrich)的D-葡萄糖在25℃下的水溶解度为0.909g/mL(48Brix)。通过水解和GC-MS得到的单体组成设计该实验以定量给定寡糖中单体含量的比率。如先前由Santander等人(2013)Microbiology[微生物学]159:1471所述的，通过对通过酸性甲醇分解从样品产生的单糖甲基糖苷的全O-三甲基甲硅烷基(TMS)衍生物的组合气相色谱/质谱(GC/MS)法进行糖基组成分析。将100与200μg之间的样品冻干到合适的测试管中。将肌醇(20μg)作为内标加入至样品中，然后将样品在1MHCl/甲醇中加热至80℃，持续18小时。然后将所得的单糖使用吡啶和乙酸酐的MeOH溶液再乙酰化，并且用Tri-Sil(皮尔斯公司(Pierce))在80℃下全O-三甲基甲基硅烷化30分钟。在接合到5975CMSD的安捷伦7890AGC上，使用SupelcoEquity-1熔融二氧化硅毛细管柱(30m×0.25mmID)进行对TMS甲基糖苷的GC/MS分析。基于与已知标准品的比较将每个峰指派给组分糖，并且各峰的整合允许清楚计算示例聚糖内单体的相对百分比。在所有列举的聚糖中，可以常规鉴定条件，其中给定寡糖的单体组成在实验误差内与输入比匹配，并且输出组合物在测量精度内与输入组合物匹配。通过尺寸排阻色谱法(SEC)得到的分子量分布设计该实验以定量给定寡糖内分子量的分布。使用美国药典专论[MonographofUnitedStatesPharmacopeia],38(6)In-ProcessRevision:HeparinSodium[过程内修订：肝素钠](USP37-NF32)中描述的方法通过HPLC进行测量。在安捷伦1200HPLC系统上经由GEsuperpose12柱进行分离，使用50mM乙酸铵作为洗脱液(流速1.0mL/min)和ELSD检测器。柱温设定为30℃，并且使用右旋糖酐(1kD、5kD、10kD重量)来绘制标准曲线。制备样品的2mg/ml溶液并且将该溶液通过0.45μm旋转过滤器，随后40μl注射到HPLC中。基于所列标准品的对数分子量和洗脱体积构建三阶多项式曲线。通过与标准曲线进行比较来计算样品的重均分子量(Mw)、数均分子量(Mn)和多分散指数(PDI)。图1示出了glu100样品SEC评估期间产生的曲线，其中确定平均分子量为1212g/mol或大约DP7。如由在曲线前部的10％最大吸收时曲线上的点定义的材料的分子量的上限被确定为4559g/mol或大约DP28。如由曲线后部的10％最大吸收定义的材料的分子量的下限被确定为200g/mol或大约DP1。对glu50gal50样品的类似分析显示MW、高质量和低质量分别为1195g/mol(约DP7)、4331g/mol(约DP27)和221g/mol(约DP1)。通过离子亲和色谱法(IAC)得到的分子量分布可以通过离子亲和色谱法测定DP大于或等于2(DP2+)和3(DP3+)的聚糖的比例。将聚糖的样品稀释至50-100mg/mL，并且将10μL此溶液注射到配备有7.8×300mmBioRadAminexHPX-42A柱和RI检测器的安捷伦1260BioPureHPLC上。使用纯HPLC级水作为洗脱液，将样品以0.6mL/min通过80℃柱和保持在50℃的RI检测器进行洗脱。通过与参考标准品进行比较来分配代表DP1-6的峰，并使用安捷伦ChemStation软件进行整合。典型地将峰整合为DP1、DP2、DP3、DP4-7和DP8+。通过实例11中描述的反应可实现的DP在单体与单体之间变化，但如果遵循该程序则在各批次之间是一致的。例如，在17批glu100中，DP2+值范围为77％-93％并且DP3+值范围为80％-90％。相反，在6批ara100中，DP2+值范围为63％-78％并且DP3+值范围为48％-71％。单体的混合物表现为单个组分的平均值。通过2DNMR得到的α-/β-分布设计该实验以通过二维NMR定量给定样品内的α糖苷键和β糖苷键的比率。将大约150mg的65Brix寡糖溶液在45℃-95℃、400毫巴压力下在真空烘箱中干燥至稳定的质量。将样品在D2O中进行两轮溶解并干燥以去除残留的H2O。干燥后，将样品溶解于具有0.1％丙酮的750μLD2O中，置于3mmNMR管中，并在配备有在21.1℃运行的BrukerBBFO探头的在500.13MHz1H(125.77MHz13C)下运行的BrukerAvance-III中分析。使用标准Bruker脉冲序列，使用杂原子单量子相干脉冲序列(HSQC)分析样品。如Roslund等人(2008)CarbohydrateRes.[碳水化合物研究]343:101-112中报道的，通过类比葡萄糖分配4-6ppm(1H)和80-120ppm(13C)之间的异头质子。光谱参考内部丙酮信号：1H-2.22ppm；13C-30.8ppm。使用来自梅斯特实验室研究公司(MestrelabResearch)(圣地亚哥-德孔波斯特拉(SantiagodeCompostela)，西班牙)的MNova软件包，通过整合它们各自的峰来定量异构体。图2示出了代表性光谱的异头区。以这种方式测定了300多个样品并且表29列出了单体组合样品中的分布，显示出α/β比率如在rha100的情况下高至4:1，并且如在glu50gal50的情况下低至1:1。表29：跨聚糖的批次和类型的α键和β键的分布通过NMR鉴定组成设计该实验以通过2D-NMR鉴定组成单体来鉴定聚糖的组成。将大约150mg的65Brix寡糖溶液在45℃-95℃、400毫巴压力下在真空烘箱中干燥至稳定的质量。将样品在D2O中进行两轮溶解并干燥以去除残留的H2O。干燥后，将样品溶解于具有0.1％丙酮的750μLD2O中，置于3mmNMR管中，并在配备有在70℃运行的BrukerBBFO探头的在500.13MHz1H(125.77MHz13C)下运行的BrukerAvance-III中分析。使用标准Bruker脉冲序列，使用杂原子单量子相干脉冲序列(HSQC)分析样品。然后检查衍生自单糖单体的每个聚糖光谱的异头区的代表该单体特征性的特定糖苷键的峰。对于任何给定的聚糖，HSQC光谱允许鉴定特定区域化学键和立体化学键排列所特有的峰。例如，图5示出了glu100制剂的光谱的部分分配，展示了这些峰可以如何用于鉴定特定的糖苷区域化学和立体化学。由于多糖内单个碳水化合物环的旋转分离性质，预测具有多于一个单体的聚糖的HSQC光谱由其每种组成糖的HSQC峰的总和表示。因此，每种组成单体具有独特的HSQC峰，这些独特的HSQC峰将出现在含有该单体的任何聚糖中，而与其他组成单体无关，并且此外，用于合成聚糖的单体可以通过鉴定每种组成单体所特有的指纹峰来确定。例如，图3B显示glu50gal50的HSQC光谱是glu100(图3A)和gal100(图3C)的光谱的杂合体。表30列出了所选择的聚糖单元的指纹峰。表30：针对每种组分糖的诊断性HSQC峰。对于用作合成含有3种或更少种不同聚糖单元的聚糖的起始材料每种聚糖单元出现至少5个峰。含有4种或更多种不同聚糖单元的聚糖的HSQC光谱对于每种组成聚糖单元具有至少4个峰。图6A和6B分别示出了针对man100和xyl100的HSQC光谱。糖苷键分析设计该实验以定量给定寡糖内糖苷区域异构体(分支)的分布。对于糖基键分析，将样品进行全甲基化、解聚、还原和乙酰化；并且通过气相色谱-质谱法(GC-MS)分析所得部分甲基化糖醇乙酸酯(PMAA)，如Heiss等人(2009)Carbohydr.Res.[碳水化合物研究]344:915中所述。将样品悬浮于200μl二甲基亚砜中并搅拌1天。通过用氢氧化钠(15min)和甲基碘(45min)处理两轮实现全甲基化。通过加入2M三氟乙酸并加热至121℃持续2小时将水溶液水解。将固体真空分离并在乙酸/三氟乙酸中乙酰化。在接合到5975CMSD(质量选择检测器，电子碰撞电离模式)的安捷伦7890AGC上分析所得PMAA；在30mSupelcoSP-2331键合相熔融石英毛细管柱上进行分离。图4示出了来自该分析的三个代表性GC光谱。这些分析显示，聚糖具有至少0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、5％、10％或更多的1,2-糖苷键类型，例如ara100＝3.8％，gal100＝7.2％；至少0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、5％、10％或更多的1,3-糖苷键类型，例如3-bn-glu100＝1.7％，glu50gal50＝10.4％；至少0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、5％、10％或更多的1,4-糖苷键类型，例如glu50gal50＝5.9％，gal33man33ara33＝10.1％；以及至少0.1％、0.2％、0.5％、1％、2％、5％、10％、15％、20％、25％或更多的1,6-糖苷键类型，例如gal33man33ara33＝13.4％，glu100＝25.4％。该材料还含有至少5％、10％、15％、20％、25％、30％、40％、50％或更多的支链键类型(包括但不限于1,3,6-；1,4,6-；或1,2,4-糖苷，例如表31)，支化度(DB)为至少0.05。支化度定义为支化单体相对于单体单元的总数的平均数。例如，其中20％的葡萄糖单体单元含有与三个或更多个其他葡萄糖单体的糖苷键的glu100聚糖聚合物的DB为0.20。聚糖还具有约3％-12％的呋喃糖形式的单体单元。源自单一单体的聚糖由至少12种不同的非末端取代模式组成。源自两种单体的聚糖由至少18种不同的非末端取代模式组成，例如，glu-1,2-glu；glu-1,2-gal；gal-1,2-glu；gal-1,2-gal；glu-1,2(glu),6-glu；glu-1,3-glu；glu-1,3-gal；等等。源自三种或更多种单体的聚糖由至少24种不同的非末端取代模式组成。表31.支化度(DB)测量的样品；选自54种特征如本文所述的不同制剂的样品。荧光辅助的碳水化合物电泳(FACE)设计该实验以在背景信号(例如来自细菌培养物、残留酶、缓冲液等的材料)干扰传统SEC技术的情况下定量给定寡糖内聚糖的分子量。将所选择的聚糖用聚阴离子染料诸如8-氨基芘-1,3,6-三磺酸(APTS)或8-氨基萘-1,3,6-三磺酸(ANTS)标记，并且通过凝胶电泳分离。将所选择的聚糖在水中稀释至100mg/mL，并且将5μL该溶液稀释至1.00mL，以获得0.5μg/μL的最终溶液浓度。向10nmol的真空干燥3h的聚糖中加入2μl0.1MAPTS或ANTS、2μl1MNaCNBH3的THF溶液和2μL1.7M柠檬酸，并且将混合物在70℃下保持2h。将标记的溶液用94μl水稀释，并且随后将4μL该标记的聚糖溶液与1μl40％甘油的水溶液混合，并且加载到20％聚丙烯酰胺预制凝胶(生命技术公司(Life-Technologies))上。在4℃下将电泳在100V下运行5min，然后在400V下运行40min。以相同方式处理麦芽糖糊精和普鲁兰多糖12,000并且将它们用作每种凝胶上的标准品。使用伯乐公司(Bio-Rad)ImageLab3.0软件包用伯乐公司GelDocEZ成像仪可视化凝胶。将使用伯乐公司软件捕获的图像使用GEImageQuantTL8.1软件处理。可以如本文所述调整反应条件以实现所期望的平均聚合度、支化度和糖苷键的分布，以产生聚糖制剂，这些聚糖制剂在给予至例如受试者的肠道时有效调节代谢物的产生或水平，并且是糖苷酶(例如，存在于人肠道微生物中的糖苷酶)的底物，并且如果需要，人肠道微生物是选自如本文所述的1类、2类、3类、4类、5类、6类或7类的糖分类群之一。实例16.通过离子交换色谱法纯化聚糖聚合物制剂如果需要，通过离子交换色谱法纯化如本文所述产生的任何聚糖。将寡糖和多糖合成并且溶解于去离子水中至终浓度为25-50Brix。然后将该物质暴露于至少2质量当量的DowexMonosphere88离子交换树脂。暴露可以通过在120-170rpm的烧瓶中涡旋或通过穿过湿浆料填充柱过滤来进行，其中停留时间足以使溶液实现3至5的最终pH。通过过滤(如在涡旋反应的情况下)或洗脱(如在柱过滤的情况下)分离寡聚物溶液，并且以类似方式用DowexMonosphere77离子交换树脂重复该过程，直至溶液pH高于5.5。最后，使溶液暴露于DowexOptiporeSD-2吸附剂脱色树脂，直至溶液充分澄清并通过无菌0.2微米过滤器过滤以去除残留的固体和潜在的微生物污染物。从细胞物质反应物中分离的聚糖可以通过离心、凝胶色谱法、超滤或透析、沉淀或其他用于去除残留细胞物质的熟知方法另外纯化。实例17.通过活性炭色谱法分级分离聚糖聚合物制剂如果需要，通过活性炭色谱法分级分离如本文所述产生的任何聚糖。将寡糖和多糖合成并且通过活性炭色谱法分级分离成不同分子量的库。将500mg的40-60Brix聚糖水性溶液和6g活性炭(聚糖:炭＝1:12，w/w)搅拌到100mL1％v/v乙醇/水溶液中。将混合物在250mL烧杯中在室温下以300rpm搅拌3h，并且通过预加载有6g硅藻土545(阿克罗斯有机物公司(AcrosOrganics))的粗玻璃料真空过滤。将炭和硅藻土精细混合并且加载到空的20mL拜泰齐(Biotage)Samplet筒中。将筒的出口连接到预加载有8g活性炭/硅藻土混合物(1:1，w/w)的第二20mL拜泰齐Samplet筒的入口。然后使用Masterflex蠕动泵使100mL浓度递增的乙醇/水洗脱液(0％、1％、3％、5％、7％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％，v/v)以3.7mL/min的流速通过筒柱以解吸聚糖级分。对于每个级分收集100mL洗脱液并且真空干燥。在一个实施例中，该过程用于仅从聚糖中去除单糖。在该实施例中，用1％乙醇水溶液洗涤炭，直至单体不再从柱上洗脱出来。然后用50％乙醇水溶液洗涤炭以去除所有残留的聚糖，如图11所示。在第二实施例中，该过程用于将聚糖分成多个平均分子量递增的库。在该实施例中，用乙醇比例递增(例如1％、2％、5％、10％、20％、50％)的洗脱液依次洗涤炭。随着洗脱液中乙醇分数增加，收集分子量递增的级分。实例18.通过酵母发酵去除单体和二聚体物质如果需要，如本文所述产生的任何聚糖都通过酵母发酵去除其单体和二聚体物质。将寡糖和多糖合成并且通过用酵母培养物发酵纯化除去单体种类和一些二聚体种类。该程序主要旨在去除宿主代谢可消化的物质，以富集专门用于细菌发酵的丰富聚糖。将面包酵母(2g，Fleischmann's酵母，密苏里州芬顿(Fenton,MO))在10ml去离子水中在4℃下溶胀1-16h。通过在保持在约80℃的热搅拌板上以约300rpm搅拌1h，将海藻酸钠(2.5g)溶解于100ml热的去离子水中。用去离子水将最终体积的海藻酸钠溶液调整至100ml。在海藻酸盐溶液温度冷却至约30℃后，将酵母悬浮液与海藻酸盐溶液以约100rpm混合10min。将混合物转移到配备有21号针头的15ml注射器中，并且缓慢滴加到200ml爱伦美氏烧瓶中未搅拌的4％氯化钙(西格玛公司(Sigma))溶液中，以形成酵母固定化的海藻酸盐珠粒。然后将珠粒在4℃下保持1h以固化，并且用水洗涤至少5次以去除氯化钙。将该酵母珠粒原液在4℃下保持在水中不超过1周。将酵母珠粒在37℃下以约6ml珠粒/25ml聚糖溶液的比率加入至20Brix聚糖溶液中，持续24h。用新鲜珠粒替代用过的珠粒，并且再孵育39h。通过SEC-HPLC监测单糖去除的进展。对需要进一步去除单糖的样品施加第二次珠粒补充。酵母处理后，将聚糖溶液通过0.2μm无菌过滤器过滤并且通过离子交换柱，如实例16所述。收集滤液并真空浓缩。使用该方法从聚糖中去除所有单体半乳糖和葡萄糖。可以使用该方法去除一些二聚体物质(例如麦芽糖、乳糖)，但一些二聚体对发酵具有抗性(例如蜜二糖、别位乳糖)。图7A-7B示出了酵母发酵之前和之后的麦芽糖衍生的聚糖。选择面包酵母(Fleischmann's酵母，密苏里州芬顿)用于纯化由麦芽糖、蔗糖、帕拉金糖、纤维二糖、松三糖和蜜二糖制成的聚糖。选择马克斯克鲁维酵母(ATCC46537)用于纯化由棉子糖、龙胆二糖、乳糖和乳果糖制成的聚糖。以类似方式制备马克斯克鲁维酵母珠，不同的是通过将10g新鲜培养的酵母与2.5ml水混合来制备酵母悬浮液。实例19.用于评估低DP聚糖的影响的单菌株生长测定进行体外测定以评估各种细菌菌株(包括胃肠道的共生体和病原体)利用酶促合成的聚糖(即聚糖聚合物)和衍生这些聚糖的糖作为生长底物的能力。设计该测定以确定酶促合成的聚糖是否与衍生这些聚糖的糖在它们支持人微生物组的潜在有益或有害细菌成员的生长方面有所不同。在特征在于钯催化剂的厌氧室(AS-580，厌氧菌系统公司(AnaerobeSystem))中在所有步骤中处理细菌菌株。最初通过用5％氢气、5％二氧化碳和90％氮气的厌氧气体混合物进行吹扫来使该室厌氧化，并且随后使用这种相同的厌氧气体混合物来保持厌氧状态。每天使用在氧气存在下改变颜色的Oxoid厌氧指示剂条来确认该室的厌氧性。在与细菌接触之前，将所有培养基、测定板、其他试剂和塑料消耗品在厌氧室中预先还原至少24-48小时。将酶促合成的聚糖乳寡糖、蜜二寡糖、麦芽寡糖、蔗寡糖、棉子寡糖和乳果寡糖以及衍生它们的糖，即乳糖、蜜二糖、麦芽糖、蔗糖、棉子糖和乳果糖进行过滤灭菌、在无菌水中以5％w/v制备，并且加入至Costar3370测定板中以在测定中最终浓度为0.5％w/v，每种聚糖在三个非相邻孔中测定，并且将右旋糖和水供应为阳性对照和阴性对照。从美国典型培养物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection)(ATCC)和莱布尼茨研究所DSMZ-德国微生物和细胞培养研究所(LeibnizInstituteDSMZ-GermanInstituteofMicroorganismsandCellCultures)(DSMZ)获得细菌分离株。使以下的培养物在碎肉葡萄糖肉汤(CMG，厌氧菌系统公司)中在37℃下厌氧生长18-48小时：拟杆菌门多形拟杆菌ATCC29741“BTH.8”和吉氏副拟杆菌(Parabacteroidesdistasonis)ATCC8503“PDI.6”；梭菌目闪烁梭菌ATCC35704“CSC.32”、长链多尔氏菌ATCC27755“DFO.36”、longicatena多尔氏菌DSM13814“DLO.76”以及汉逊布劳特氏菌ATCC27752“BHA.20”，碎肉葡萄糖肉汤是一种预还原的加富培养基，包含瘦牛肉糜、酪蛋白的酶促消化物、酵母提取物、磷酸钾、右旋糖、半胱氨酸、氯化血红素以及维生素K1。根据制造商的方案，通过在Costar3370聚苯乙烯96孔平底测定板中使用BiotekSynergy2读板器以Gen52.0一体化微板读取器软件测定每种培养物在600nM的光密度(OD600)，并在没有糖的情况下制备的限定和半限定培养基中将细胞稀释至最终为OD6000.01，来制备接种物。在补充有0％-10％(v/v)CMG的900mg/L氯化钠、26mg/L二水合氯化钙、20mg/L六水合氯化镁、10mg/L四水合氯化锰、40mg/L硫酸铵、4mg/L七水合硫酸铁、1mg/L六水合氯化钴、300mg/L磷酸氢二钾、1.5g/L磷酸氢二钠、5g/L碳酸氢钠、0.125mg/L生物素、1mg/L吡哆醇、1m/L泛酸盐、75mg/L组氨酸、75mg/L甘氨酸、75mg/L色氨酸、150mg/L精氨酸、150mg/L甲硫氨酸、150mg/L苏氨酸、225mg/L缬氨酸、225mg/L异亮氨酸、300mg/L亮氨酸、400mg/L半胱氨酸和450mg/L脯氨酸中测试长链多尔氏菌、吉氏副拟杆菌、汉逊布劳特氏菌和longicatena多尔氏菌分离物(TheriotCM等人NatCommun.[自然通讯]2014；5:3114)。在100mM磷酸钾缓冲液(pH7.2)、15mM氯化钠、8.5mM硫酸铵、4mML-半胱氨酸、1.9μM血红素、200μML-组氨酸、100μM氯化镁、1.4μM七水合硫酸铁、50μM氯化钙、1μg/mL维生素K3和5ng/mL维生素B12(MartensEC等人.CellHost&Microbe[细胞宿主与微生物]2008；4,447-457)中测试多形拟杆菌。在10g/L胰蛋白胨、5g/L酵母提取物、0.5g/LL-半胱氨酸盐酸盐、0.1M磷酸钾缓冲液pH7.2、1μg/mL维生素K3、0.08％w/v氯化钙、0.4μg/mL七水合硫酸铁、1μg/mL刃天青、1.2μg/mL血色素、0.2mM组氨酸、0.05％吐温80、0.5％肉膏(西格玛公司)、1％痕量矿物质补充物(ATCC)、1％维生素补充物(ATCC)、0.017％v/v乙酸、0.001％v/v异戊酸、0.2％v/v丙酸和0.2％v/vN-丁酸(RomanoKA等人mBio2015；6(2):e02481-14)中测试闪烁梭菌。在96孔微板(每孔200μL终体积)中，在37℃下将细菌厌氧暴露于终浓度0.5％w/v的酶促合成的聚糖乳寡糖、蜜二寡糖、麦芽寡糖、蔗寡糖、棉子寡糖和乳果寡糖以及糖乳糖、蜜二糖、麦芽糖、蔗糖、棉子糖和乳果糖18-48小时。根据制造商的说明使用BiotekSynergy2读取器以Gen52.0软件获得孵育期结束时每种分离物的OD600测量值。通过减去在不存在聚糖或糖的情况下菌株的平均OD600值来空白化每种菌株的测量值。表8和以下三段汇总了所得结果。表8.肠道共生体在糖和酶促合成的聚糖上的生长一些酶促合成的聚糖与衍生它们的糖相比在测定中支持肠道共生菌的不同水平生长。如表8中所见，棉子寡糖在测定中与棉子糖相比支持厚壁菌门长链多尔氏菌、闪烁梭菌、longicatena多尔氏菌和汉逊布劳特氏菌以及拟杆菌门多形拟杆菌的更高生长。乳果寡糖在测定中与乳果糖相比支持长链多尔氏菌、闪烁梭菌、吉氏副拟杆菌、多形拟杆菌和longicatena多尔氏菌的更高生长，而汉逊布劳特氏菌在测定中在乳果寡糖上比在乳果糖上生长不太好。在测定中，蔗寡糖与蔗糖相比支持长链多尔氏菌、吉氏副拟杆菌和汉逊布劳特氏菌的更高生长并且与蔗糖相比支持多形拟杆菌和longicatena多尔氏菌的较少生长。酶促合成的聚糖还在它们在测定中跨细菌菌株支持多少生长方面有所不同。在测定中，棉子寡糖支持吉氏副拟杆菌、多形拟杆菌和汉逊布劳特氏菌的高水平生长，OD600值大于0.7；支持长链多尔氏菌的中等水平生长，OD600值在0.3与0.7之间；并且支持闪烁梭菌和longicatena多尔氏菌的较低水平生长，OD600值在0.1与0.3之间。在测定中，一些酶促合成的聚糖与衍生它们的糖相比还支持肠道病原体的不同水平生长。蔗寡糖在测定中与蔗糖相比支持肠道沙门氏菌、粪肠球菌和艰难梭菌的少于一半的生长，而棉子寡糖与棉子糖相比支持这些病原体的更多生长。乳果寡糖和乳果糖在测定中支持这些病原体的类似生长水平。一些酶促合成的聚糖在测定中支持与衍生它们的糖类似的细菌生长水平。在测定中，细菌共生体长链多尔氏菌、longicatena多尔氏菌、汉逊布劳特氏菌、闪烁梭菌、吉氏副拟杆菌和多形拟杆菌在乳寡糖和乳糖、蜜二寡糖和蜜二糖、以及麦芽寡糖和麦芽糖上生长至类似水平，其中光密度相差20％或更少。肠道病原体肠道沙门氏菌、粪肠球菌和艰难梭菌也在测定中在蜜二寡糖和蜜二糖、麦芽寡糖和麦芽糖、以及乳寡糖和乳糖上生长至大约类似水平，除了艰难梭菌在乳寡糖和乳糖上的生长，其生长存在30％差异。在测定中观察到的酶促合成的聚糖与衍生它们的糖关于它们支持的细菌菌株和它们支持各种细菌菌株的生长水平之间的差异表明可以给予酶促合成的聚糖以差异地支持体内一种或多种有益微生物以实现治疗益处。例如，闪烁梭菌与抗艰难梭菌相关性腹泻的保护相关(Buffie等人,Nature[自然]2015)。给予选择性促进闪烁梭菌生长的酶促合成的聚糖可以促进体内闪烁梭菌的生长，并且从而有益于预防或治疗艰难梭菌相关性腹泻。实例20.所选择的代谢物产生者的糖苷酶谱和糖利用将由肠道细菌编码的代谢功能与碳水化合物利用基因联系起来具有对用于特定代谢物相关的人疾病的聚糖聚合物制剂的计算机模拟筛选的可能。然而，已经证明许多代谢功能是多源的并且因此，16SrRNA基因测序不是合适的分析方法(Vital等人,2014；MartinezdelCampo等人,2015)。为了克服这一挑战，可以利用基因组学和宏基因组学分析来直接测定参与代谢物合成的基因，并且通过测序的基因组将这些基因与碳水化合物利用联系起来。碳水化合物活性酶数据库(CAZy；http://www.cazy.org/)描述了酶家族，这些酶家族具有针对降解、修饰或产生糖苷键的酶的催化模块或碳水化合物结合模块。糖苷水解酶(GH)和糖基转移酶(GT)是对肠道微生物组中的碳水化合物的利用重要的酶。CAZy家族在系统发育上广泛分布(Kaoutari等人,2013)。在该分析中利用了作为人微生物组项目的一部分的总共439个从胃肠道分离的测序基因组(http://hmpdacc.org/reference_genomes/reference_genomes.php)。使用碳水化合物活性酶数据库(CAZy；http://www.cazy.org/)使用USEARCHv8和-usearch_global选项对所有基因组进行注释，要求与靶蛋白具有90％的全局同一性。此外，所有基因组都针对它们在1)丁酸盐产生，2)通过TMA-裂解酶将胆碱转化为TMA，和3)尿素酶将尿素转化至氨中的预测参与进行了注释。对于丁酸盐产生，注释集中于乙酰辅酶A途径，该途径是在肠道微生物组中编码的丰度最高的途径(Vital等人,2014)。为了预测丁酸盐产生，使用了途径中的末端基因(but和buk)，要求与Vital等人的基因组分析中鉴定的靶蛋白具有90％的全局同一性。为了预测TMA-裂解酶可能性，对MartinezdelCampo等人中描述的cutC基因进行BLASTP，要求靶蛋白和查询蛋白两者的超过40％的>60％同一性。在注释代谢物产生和CAZy含量两者之后，使用具有FDR校正的Wilcox测试进行代谢物产生者(丁酸盐)或非代谢物产生者(TMA)中碳水化合物利用基因的富集。对于脲酶、吲哚、对甲酚、丙酸和次级胆汁酸转化，使用KEGG数据库注释所有HMP基因组，使用-usearch_global选项具有大于70％的全局同一性。对于脲酶产生，将EC编号3.5.1.5用作脲酶的标记以鉴定脲酶阳性基因组。对于吲哚产生，将EC编号4.1.99.1用作色氨酸酶的标记以鉴定吲哚阳性基因组。对于对甲酚产生，将EC编号4.1.1.83、2.6.1.-、4.1.1.-、1.2.7.5用于鉴定通过4-苯基羟基乙酸酯从酪氨酸到对甲酚的途径。对于丙酸盐，将EC编号6.4.1.3,2.1.3.1、4.1.1.41、1.2.1.27、2.3.3.5、1.2.1.87、1.3.1.95、1.3.8.7、2.3.1.54、2.3.1.168、2.3.1.8、2.3.1.222用于鉴定丙酸盐产生的所有途径。对于次级胆汁酸转化，使用以下EC编号来鉴定胆汁酸转化物：1.1.1.159、1.1.1.176、1.1.1.201、.1.1.238、1.1.1.391、1.1.392、1.1.393、1.1.395、1.1.1.52、2.8.3.25、4.2.1.106、6.2.1.7。将跨从健康人肠道微生物组分离的一批共生菌物种的总计439测序基因组作为人微生物组计划的一部分预测它们产生丁酸盐、通过脲酶将尿素转化为氨，以及将胆碱转化为TMA的能力(图15)。这三种重要的细菌功能中的每一种都广泛但不连续地分布在系统发育中，这证明了表征微生物组的代谢潜力的功能方法的重要性。例如，虽然预测丁酸盐产生在粪杆菌属和罗斯氏菌属物种中是普遍的，但真杆菌属和毛螺菌科(Lacnospiraceae)物种在产生丁酸盐的能力方面似乎更易变。此外，这三种代谢功能的产生似乎在物种之间总体上不重叠，这提供了选择性产生有益代谢物且同时抑制毒性代谢物的潜力。在预测的丁酸盐产生者与非丁酸盐产生者之间鉴定出总共七个CAZy家族和亚家族丰度不同(图16A-16B；P<0.001，具有FDR校正的Wilcox秩和)。在这些家族中，两种几乎完全不存在于非丁酸盐产生者(GH13.36和GH113)中，已知它们分别靶向含葡萄糖和甘露糖的聚糖(图16A-16B；下表9)。总体而言，富含在丁酸盐产生者中的酶靶向构成聚糖的葡萄糖、甘露糖和半乳糖，其中葡萄糖是最常见的靶标组成(表9)。该发现在实验上得到支持，该实验使用离体粪便群落和在各种聚糖组合物中生长的限定的体外群落并且测定SCFA产生。为了鉴定最有助于增加SCFA产生(包括丁酸盐)的单体组成和相互作用，使用LASSO线性回归模型(R中的glmnet，对于限定的群落使用来自交叉验证的最小λ，并且对于离体使用最小λ的一个标准误差内的最大λ)，以单体组成的百分比作为输入，允许所有二阶相互作用项。所有正模型系数示于图22A-22B中。在此，葡萄糖是用于限定群落的所有SCFA(包括丁酸盐)的产生的重要预测因子(图22B)，并且葡萄糖、半乳糖和甘露糖的组合增加离体粪便群落中丁酸盐的产生，而预测单独的葡萄糖增加乙酸盐产生(图22A)。进一步支持使用单体靶标组成作为代谢潜力的预示，使用LASSO线性回归模型(使用单体组成百分比作为输入)预测单一细菌菌株生长，我们显示单体组成是细菌生长的高度预示。虽然这些发现支持丁酸盐产生者与非丁酸盐产生者之间差异最大的聚糖靶基因，但这些基因是丁酸盐产生者中编码的丰度最高的糖基水解酶的非详尽型的(图17)。表9.针对丁酸盐产生者中相对于非丁酸盐产生者中富含的CAZy家族的聚糖靶标组成。该方法可以进一步应用于靶向针对用于有害且期望降低的代谢物(包括TMA和氨)的聚糖。例如，鉴定了11个CAZy家族和亚家族，这些家族和亚家族在不编码cutC基因的分类群中是排他性的和过代表的(图18A-18B；P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)，该cutC基因已显示出是负责用于在肠道中将胆碱转化为TMA(MartinezdelCampo等人)。此外，这些家族中的至少一个在几乎50％的也不编码cutC基因的细菌物种中编码。这些家族靶向更广泛的聚糖组成(图18A-18B，表10)，然而，半乳糖和葡萄糖是丰度最高的靶标单体组成。这些CAZy家族和亚家族是在cutC阳性基因组与阴性基因组之间丰度差异最大的，然而，可以发现另一组基因是cutC阴性基因组中丰度最高的并且也是用于TMA减少的理想靶标(图19)。表10.针对缺乏TMA裂解酶的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。CAZy家族聚糖靶标组成CAZy家族聚糖靶标组成GT11.0半乳糖/岩藻糖，α-1,2，α-1,3GH29.0岩藻糖，α-糖苷GT10.0半乳糖，α-1,3GH28.0半乳糖，α-1,4GH92.0甘露糖，α-1,2，α-1,3，α-1,4，α-1,6GH130.0甘露糖，β-1,2，β-1,4GH51.0葡萄糖/木糖/阿拉伯糖，β-1,4GH13.8葡萄糖，α-糖苷GH35.0半乳糖β-1,3，β-1,4，β-1,6GH13.14葡萄糖，α-糖苷将该应用扩展到通过脲酶裂解尿素的氨产生，鉴定了在脲酶阳性基因组与脲酶阴性基因组之间差异编码的7个CAZy家族和亚家族(图20A-20B；P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。此外，这些酶是脲酶阴性基因组专有的，并且是含葡萄糖和半乳糖的聚糖的排他性靶标(图20A-20B，表11)。这些CAZy家族和亚家族是在脲酶阳性基因组与阴性基因组之间丰度差异最大的，然而，可以发现另一组基因是脲酶阴性基因组中丰度最高的并且因此也是用于氨减少的理想靶标(图21)。表11.针对缺乏脲酶的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。脲酶产生：将该应用扩展到丙酸盐产生，鉴定了在丙酸盐产生者与非丙酸盐产生者之间差异编码的7个CAZy家族和亚家族(图30G；P<0.01，Wilcox秩和，FDR校正)。这些酶富含在非丙酸盐产生者中并且是N-乙酰葡糖胺、木糖、阿拉伯糖、葡萄糖、半乳糖和岩藻糖的靶标(图30G，表25)。这些CAZy家族和亚家族是在非丙酸盐产生者与丙酸盐产生者之间丰度差异最大的，然而，可以发现另一组基因是非丙酸盐产生者中丰度最高的并且因此也是用于丙酸盐减少的理想靶标(图30H)。表25.针对缺乏丙酸盐产生途径的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。CAZy家族聚糖靶标组成GH84.0N-乙酰葡糖胺GH43.8木糖，阿拉伯糖，半乳糖，α-1,3GH43.27木糖，阿拉伯糖，半乳糖，α-1,3GH43.22木糖，阿拉伯糖，半乳糖，α-1,3GH30.5木糖GH13.3葡萄糖，α-糖苷GH121.0阿拉伯糖，β-糖苷将该应用扩展到胆汁酸转化，鉴定了在次级胆汁酸转化者与非次级胆汁酸转化者之间差异编码的6个CAZy家族和亚家族(图30A；P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。这些酶富含在次级胆汁酸转化者中并且是海藻糖、唾液酸和葡萄糖的排他性靶标(图30A，表26)。这些CAZy家族和亚家族是在次级胆汁酸转化者与非次级胆汁酸转化者之间丰度差异最大的，然而，可以发现另一组基因是非丙酸盐产生者中丰度最高的并且因此也是用于次级胆汁酸转化的理想靶标(图30B)。表26.针对具有次级胆汁酸合成途径的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。CAZy家族聚糖靶标组成GH37.0葡萄糖，α-糖苷GH33.0唾液酸，葡萄糖，α-糖苷GH23.0GH13.21葡萄糖，α-糖苷GH13.19葡萄糖，α-糖苷GH104.0将该申请扩展到吲哚生产，鉴定了仅在非吲哚产生细菌中编码的7个CAZy家族和亚家族(图30C)。这些酶仅在非吲哚产生细菌中编码，并且富含葡萄糖、木糖、阿拉伯糖和甘露糖的靶标(图30C，表27)。这些CAZy家族和亚家族是仅在非吲哚产生细菌中编码的，然而，可以发现另一组基因是非吲哚产生细菌中丰度最高的并且因此也是用于吲哚减少的理想靶标(图30D)。表27.针对缺乏编码的用于吲哚产生的色氨酸酶的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。将该应用扩展到对甲酚产生，鉴定了在对甲酚产生者与非对甲酚产生者之间差异编码的7个CAZy家族和亚家族(图30E；P<0.01，Wilcox秩和，FDR校正)。这些酶仅富含在非对甲酚产生细菌中，并且富含木糖、阿拉伯糖、半乳糖和葡萄糖的靶标(图30E，表28)。这些CAZy家族和亚家族是仅在非吲哚产生细菌中编码的，然而，可以发现另一组基因是非对甲酚产生细菌中丰度最高的并且因此也是用于对甲酚减少的理想靶标(图30F)。表28.针对缺乏编码的用于对甲酚产生的途径的基因组中的CAZy家族的聚糖靶标组成。CAZy家族聚糖靶标组成GH43.8木糖，阿拉伯糖，半乳糖，α-1,3GH43.27木糖，阿拉伯糖，半乳糖，α-1,3GH15.0葡萄糖，α-1,2，α-1,3，α-1,4，α-1,6GH13.30葡萄糖，α-糖苷GH13.3葡萄糖，α-糖苷GH121.0阿拉伯糖，β-糖苷GH110.0半乳糖，α-1,3对于在合成聚糖上生长良好的所有菌株，单体组成强烈预示着特定聚糖上的菌株生长，如表12中所述。表12.使用LASSO线性回归模型对单体组成计算的R2。菌株R2最大OD600菌株R2最大OD600PDI.60.960.3BHA.200.760.07PCO.720.90.2BTH.80.730.17BCE.850.850.14CSC.320.710.05BPR.220.850.19CDI.230.680.13BCE.710.830.12CNE.310.670.1BLO.160.830.21BLO.830.670.1AMU.730.770.04BVU.100.640.07实例21.使用示例性聚糖聚合物制剂靶向富集微生物。如果微生物群落中存在感兴趣的微生物物种，则在将微生物群落与某些聚糖聚合物制剂接触时可以观察到该物种的表现增加。例如，已知拟杆菌属的物种具有最大数量的碳水化合物活性酶(CAZy酶)。在这些物种中，解纤维素拟杆菌的基因组序列包含该属中所有已知测序基因组中的最大数量的编码专用于碳水化合物降解的酶的基因：总共503种CAZy酶，包括373种GH、28种碳水化合物酯酶和84种糖基转移酶(McNulty等人,PLOSBiology[公共科学图书馆生物学],doi:10.1371/journal.pbio.1001637)。为了显示响应于示例性聚糖聚合物制剂的给予，纤维素拟杆菌可以选择性地增加其表现，聚集了包含15种细菌菌株的复杂细菌群落并且对该群落进行测试。该限定的群落的组成是：1)放线菌门：2个长双歧杆菌菌株；2)厚壁菌门：汉逊布劳特氏菌、系结梭菌、闪烁梭菌、长链多尔氏菌、longicatena多尔氏菌、卵形瘤胃球菌；3)拟杆菌门：粪拟杆菌、解纤维素拟杆菌、多形拟杆菌、普通拟杆菌、人体普氏菌(Prevotellacopri)、吉氏副拟杆菌；4)疣微菌门：嗜粘蛋白阿克曼氏菌。将每种菌株在标准碎肉葡萄糖培养基中分别生长18小时。将每种培养物稀释至最终光密度(OD600)为0.01，并且合并成最终的混合群落。将该群落在供应有以下碳水化合物作为唯一碳源的培养基上生长48小时：葡萄糖、FOS、Glu100(也称为“Glu”)、Glu50Gal50(也称为“GluGal”)、Gal100(也称为“Gal”)和Man52Glu29Gal19(也称为“ManGluGal”)。将水加入至没有任何添加的碳源培养基中以作为对照。将所得群落以及单个菌株加入至96孔板(平底Costar，300uL)中，该96孔板含有不具有聚糖、或具有上面列出的每种聚糖的生长培养基。测定中每种聚糖的终浓度为5％。每种聚糖在每个生长板中呈现3次并且是细菌的唯一碳源。将板在37℃下在厌氧室AS-580中孵育总共48小时。在18和48小时处，测定用聚糖孵育的每个群落的光密度，并且将150uL培养物等分并立即在-80C下冷冻以用于16SrRNA基因的测序以确定群落组成随时间和聚糖的变化。为了确定每种菌株在该限定的群落中的表现，从每个群落中提取基因组DNA并且对16SrRNA基因进行扩增和测序。如图23A-23B中所示，当使由15种菌株组成的限定群落在Glu100聚糖上而不是在其他碳源上生长时，解纤维拟杆菌的相对丰度从平均4％增加至30％。此外，如图23A所示，当使群落在除Glu100之外的碳源存在下生长，然后将Glu100加入至已建立的群落中时，解纤维拟杆菌的相对丰度从平均4％增加到14％，如图23B所示(Gal100、Glu50Gal50、Man52Glu29Gal19)。重要的是，当在稳定期期间将解纤维拟杆菌加入至群落，诸如在葡萄糖或FOS存在下生长的群落中时，没有观察到解纤维拟杆菌的变化，这意味着可能消耗了其他生长限制性营养素，诸如氮源或磷源(图23A-23B)。数据表明使用本文所述的聚糖聚合物在细菌群落中靶向富集特定分类群的可行性。实例22.向已建立的体外限定的群落给予合生元的展示。在某些疾病症态中，天然微生物群可能因摄入抗生素或其他破坏微生物群的药剂而受到干扰。益生菌物种的给予是恢复天然微生物群的常见尝试。然而，大多数FDA批准的益生菌是乳酸菌，乳酸菌在成年人的肠道微生物群中以非常低的丰度存在。此外，这些物种的给予不会使得共生微生物群，诸如拟杆菌属的成员恢复。此外，将益生菌物种植入到已建立的复杂群落中通常是困难的。因此，可能需要同时给予益生菌以及由该益生菌物种选择性消耗的碳源，以保证该物种成功移植到驻留群落中。在此，展示了解纤维拟杆菌向已建立的群落中的成功移植，其中通过同时给予示例性聚糖聚合物制剂(Glu100聚糖)显著改善了群落。将由14种菌株(实例21中列出的所有15种菌株，除解纤维素拟杆菌外)组成的限定群落在6种聚糖或水作为唯一碳源的存在下生长18小时。在第18小时，将OD＝0.1的解纤维拟杆菌培养物加入至每个群落中。为了测试解纤维素拟杆菌的移植是否依赖于其优选的碳源(Glu100)，将20uL的5％Glu100或解纤维拟杆菌和20uL的5％Glu100加入至每个已建立的群落中，如表13中所示。表13.实验设计。在48小时处，测定每个群落的光密度，并且将150uL培养物等分并立即在-80C下冷冻以用于16SrRNA基因的测序以确定群落组成随时间和聚糖的变化。为了确定每种菌株在该限定群落中的表现，使用MoBio微生物组DNA/RNA提取试剂盒(目录号27500-4-EP)从150uL培养物中提取基因组DNA。如CaporasoJG等人,ISME杂志中所述，使用515正向引物和806反相引物扩增16SrRNA基因的V4区。使用依诺米那公司(Illumina)MiSeq仪器对扩增子进行测序，使用配对的末端化学进行250bp长读取。使用97％序列一致性挑选操作分类单元(OTU)。获得了15个匹配16种菌株的OTU。两个长双歧杆菌菌株不能通过16SrRNA基因解析，因此1个OTU代表两个菌株。如图24A中所示，解纤维拟杆菌的相对丰度在Glu100或水上生长的群落中为8％，而对于在其他聚糖上生长的群落仅为2％。然而，当将Glu100与解纤维菌拟杆菌同时给予时，如果群落在聚糖聚合物制剂存在下生长，则该菌株的相对丰度平均从2％增加到10％，如果群落在不存在聚糖聚合物制剂下生长，则为25％(图24B)。重要的是，如果在稳定期期间将解纤维拟杆菌加入至群落，诸如在葡萄糖或FOS存在下生长的群落中，则没有观察到解纤维拟杆菌的变化，这意味着可能消耗了其他生长限制性营养素，诸如氮源或磷源(图24A-24B)。实例23：用于评估聚糖聚合物制剂调节细菌生长和代谢物产生的能力的离体测定进行离体测定以评估人体粪便群落在体外环境中利用不同聚糖的能力。设计离体测定以确定聚糖是否可用于差异调节复杂的细菌群落和短链脂肪酸，包括与保护效应相关的那些。在特征在于钯催化剂的厌氧室(AS-580，厌氧菌系统公司)中处理粪便样品和浆液。将聚糖glu33gal33man33、gal33man33ara33、glu50gal50、glu33gal33ara33、gal100、glu40man60、gal33man33xyl33、glu40gal60、glu20gal80、glu60gal40、glu80ara20、gal40man60、man80xyl20、gal60ara40、glu100、gal80man20、gal40ara60、gal80ara20、gal60man40、glu80gal20、xyl60ara40、glu80xyl20、glu60man40、glu20xyl80、glu20man80、man60ara40、glu80man20、glu60xyl40、gal20man80、gal60xyl40、gal80xyl20、glu40ara60、glu60ara40、xyl20ara80、man52glu29gal19、gal40xyl60、glu40xyl60、man60xyl40、xyl100、glu20ara80、gal20ara80、gal20xyl80、man20ara80、man100、xyl40ara60、ara100、xyl80ara20和可商业获得的对照FOS(NutrafloraFOS；NOWFoods，伊利诺州布卢明代尔(BloomingdaleIL))在水中以5％w/v制备、过滤灭菌并且加入至96孔深孔微板测定板中，以在测定中终浓度为0.5％w/v，其中将水供应为阳性对照和阴性对照。将人粪便样品捐赠物在-80℃下储存。为了制备工作储液，将粪便样品转移到厌氧室中并将其解冻。将粪便样品在pH7.4的磷酸盐缓冲盐水(PBS)(P0261，天惠华公司(TeknovaInc.)，加利福尼亚州霍利斯特(Hollister,CA))、15％甘油中制备成20％w/v，并且在-80℃下储存。将20％w/v粪便浆液+15％甘油以2,000xg离心，去除上清液，并且将团块在900mg/L氯化钠、26mg/L二水合氯化钙、20mg/L六水合氯化镁、10mg/L四水合氯化锰、40mg/L硫酸铵、4mg/L七水合硫酸铁、1mg/L六水合氯化钴、300mg/L磷酸氢二钾、1.5g/L磷酸氢二钠、5g/L碳酸氢钠、0.125mg/L生物素、1mg/L吡哆醇、1m/L泛酸盐、75mg/L组氨酸、75mg/L甘氨酸、75mg/L色氨酸、150mg/L精氨酸、150mg/L甲硫氨酸、150mg/L苏氨酸、225mg/L缬氨酸、225mg/L异亮氨酸、300mg/L亮氨酸、400mg/L半胱氨酸和450mg/L脯氨酸(TheriotCM等人NatCommun.[自然通讯]2014；5:3114)中悬浮至1％w/v粪便浆液。在96孔深孔微板(每孔500μL终体积)中，在37℃下，使所制备的1％w/v粪便浆液厌氧暴露于终浓度0.5％w/v的聚糖glu33gal33man33、gal33man33ara33、glu50gal50、glu33gal33ara33、gal100、glu40man60、gal33man33xyl33、glu40gal60、glu20gal80、glu60gal40、glu80ara20、gal40man60、man80xyl20、gal60ara40、glu100、gal80man20、gal40ara60、gal80ara20、gal60man40、glu80gal20、xyl60ara40、glu80xyl20、glu60man40、glu20xyl80、glu20man80、man60ara40、glu80man20、glu60xyl40、gal20man80、gal60xyl40、gal80xyl20、glu40ara60、glu60ara40、xyl20ara80、man52glu29gal19、gal40xyl60、glu40xyl60、man60xyl40、xyl100、glu20ara80、gal20ara80、gal20xyl80、man20ara80、man100、xyl40ara60、ara100、xyl80ara20和商业FOS45小时。孵育后，将测定样品拆分，其中一部分用于DNA提取和测序，并且另一部分用于短链脂肪酸分析。从用聚糖和对照处理的粪便浆液中提取基因组DNA，并且对16SrRNA基因的可变区4进行扩增和测序(地球微生物组计划协议www.earthmicrobiome.org/emp-standard-protocols/16s/和CaporasoJG等人2012.Ultra-high-throughputmicrobialcommunityanalysisontheIlluminaHiSeqandMiSeqplatforms[依诺米那HiSeq和MiSeq平台上的超高通量微生物群落分析].ISMEJ.[ISME杂志])。通过在97％一致性下比对16SrRNA序列来产生操作分类单元(OTU)。将用聚糖和对照处理的粪便浆液在4℃下以4000xg离心10分钟，并且将上清液转移到新鲜的管中。将样品在-80℃下冷冻直至分析。将样品从冷冻机中取出并解冻。将1mL培养上清液转移到玻璃小瓶中。通过加入100uL50％硫酸将悬浮液的pH调整至2-3。将酸化的样品保持在室温下并且涡旋10分钟。对于挥发性萃取，加入50uL内标(1％2-甲基戊酸溶液)和1000uL无水乙醚。将管上下颠倒混合10分钟，并且然后以2000g离心2分钟。将1uL上层醚层注射到色谱中进行分析。使用具有火焰离子化检测器(FID)的Agilent7890B系统(安捷伦科技公司，加利福尼亚州圣克拉拉市(SantaClara,CA))进行对SCFA浓度的色谱分析。使用涂覆有0.25um膜厚度的30m×0.25mm的高分辨率气相色谱毛细管柱(DB-FFAP)用于挥发性酸(安捷伦科技公司)。将氮气用作载气。烘箱温度为145℃，并且FID和注射口设定为225℃。注射的样品体积为1μL，并且每次分析的运行时间为12分钟。使用OpenLabChemStation软件(安捷伦科技公司)进行色谱图和数据整合。将结果汇总在表14和15中。使用非参数Wilcoxon秩和检验针对物种水平上的微生物组组成的差异将用聚糖处理的粪便浆液样品的OTU的相对丰度与未加入聚糖的组进行比较。为了探索在不同聚糖中种类组成与丁酸盐、乙酸盐和丙酸盐水平之间的关联，我们首先将聚糖处理组中存在的种类的比例标准化为从未加入碳(对照)的组获得的种类的比例。然后使用Spearman等级相关方法将由此针对每种聚糖处理的获得倍数变化值与从聚糖获得的丁酸盐水平相关联[MylesHollander和DouglasA.Wolfe(1973),NonparametricStatisticalMethods[非参数统计方法].纽约:JohnWiley&Sons[约翰·威利父子公司].第185-194页(Kendall和Spearman试验).]。鉴定了种类与发现具有统计显著性的丁酸盐水平制剂的相关性(benjaminihochberg校正的p值<0.05)[Benjamini,Y.和Hochberg,Y.(1995)JournaloftheRoyalStatisticalSocietySeriesB[皇家统计学会杂志：B辑]57,289-300.]，并且表示最强相关性的曲线图示出于图25A-25D、26A-26F和27A-27D中。表14.在离体测定中聚糖相对于平均无聚糖对照差异调节线性短链脂肪酸的产生如表14中所示，在测定中相对于平均未加入聚糖的对照，48种合成聚糖差异调节非支链短链脂肪酸丁酸盐、乙酸盐和丙酸盐的产生。在测定中，观察到丁酸盐和丙酸盐的最大倍数增加，因为1种聚糖使丁酸盐增加至少10倍，4种聚糖使丙酸盐增加至少10倍并且没有一种聚糖使乙酸盐增加至少10倍。在测定中，相对于无聚糖对照的3-10倍转变在丁酸盐方面对于38种聚糖观察到，在乙酸盐方面对于28种聚糖观察到，并且在丙酸盐方面对于27种聚糖观察到。在测定中，相对于无聚糖对照的少于3倍转变在丁酸盐方面对于9种聚糖观察到，在乙酸盐方面对于20种聚糖观察到，并且在丙酸盐方面对于17种聚糖观察到。根据聚糖组成，将丁酸盐在测定中调节至不同程度。在其中3种输入物是甘露糖、半乳糖和葡萄糖各自三分之一的三聚体的情况下，丁酸盐在测定中相对于平均未加入聚糖的对照增加至少10倍。在测定中，在含葡萄糖和半乳糖的聚糖(其中葡萄糖占单体输入物的小于80％)的情况下，和在由三种单体组成的聚糖(其中两种输入物是甘露糖和半乳糖各自至少三分之一)的情况下，丁酸盐增加至少5倍。在四种由阿拉伯糖和木糖组成的聚糖中的两种情况下，和在五种其中输入物为至少80％阿拉伯糖的聚糖中的四种情况下，丁酸盐在测定中增加少于5倍。根据聚糖组成，将乙酸盐在测定中调节至不同程度。除了FOS之外，在测定中乙酸盐增加至少5倍的聚糖包含葡萄糖作为单体输入物。除了man100和gal100之外，在测定中乙酸盐增加少于3倍的聚糖包含阿拉伯糖和/或木糖作为单体输入物。因此，单体组成似乎影响测定中的乙酸盐产生，其中葡萄糖输入物有利于乙酸盐产生，并且阿拉伯糖和木糖输入物趋向于相对较低的乙酸盐。根据聚糖组成，将丙酸盐在测定中调节至不同程度。在测定中丙酸盐增加至少10倍的四种聚糖中有三种包含半乳糖和甘露糖两者作为输入物，并且四种有两种包含木糖和甘露糖作为输入物。在16种包含甘露糖作为单体输入物的聚糖中的14种情况下，丙酸盐在测定中增加至少5倍。在测定中，丙酸盐转变少于3倍的18种聚糖中有16种包含木糖和/或阿拉伯糖作为单体输入物。因此，单体组成似乎影响测定中的丙酸盐产生，其中甘露糖输入物有利于丙酸盐产生，并且阿拉伯糖和木糖输入物趋向于相对较低的丙酸盐。表15.在离体测定中聚糖相对于平均无聚糖对照差异调节支链短链脂肪酸的产生如表15中所观察到的，相对于平均未加入聚糖的对照，聚糖在测定中差异调节支链短链脂肪酸异戊酸盐、异丁酸盐和异己酸盐。在测定中，至少2倍的增加在异丁酸盐方面对于5种聚糖观察到，在异戊酸盐方面关于1种聚糖观察到并且在异己酸盐方面关于3种聚糖观察到。在测定中，少于2倍的转变在异丁酸盐方面对于36种聚糖观察到，在异戊酸盐方面关于38种聚糖观察到并且在异己酸盐方面关于25种聚糖观察到。在测定中至少2倍的降低在异丁酸盐方面对于6种聚糖观察到，在异戊酸盐方面关于9种聚糖观察到并且在异己酸盐方面关于4种聚糖观察到。与低于检测限的水平一致，在测定中对于2种聚糖未检测到异丁酸盐，对于1种聚糖未检测到异戊酸盐，并且对于16种聚糖未检测到异己酸盐。在该测定中，支链短链脂肪酸的调节似乎取决于聚糖组成。在测定中异丁酸盐增加至少2倍的5种聚糖中有4种包含甘露糖与葡萄糖和/或半乳糖的组合。在测定中异丁酸盐减少至少2倍的所有6种聚糖包含半乳糖。聚糖选择性地增加或减少支链短链脂肪酸的能力表明它们可以在体内选择性地调节短链脂肪酸以实现治疗益处。在测定中，短链脂肪酸的聚糖调节与多种分类群的转变相关。如图25A-25D中所示，16SrRNA测序分析表明，在测定中鉴定为梭菌科、苏黎世杆属、罗斯氏菌属和脆弱拟杆菌的细菌与丁酸盐呈正相关。分类群梭菌科和罗斯氏菌属的许多成员基于报道的基因组分析已经被鉴定为丁酸盐产生者，并且在测定中其相对丰度的增加可能与丁酸盐的增加直接相关。苏黎世杆属和脆弱拟杆菌与丁酸盐产生的相关性可能与间接影响有关。据报道，苏黎世杆属产生乳酸盐(BosshardPP等人,IJSEM2002)，并且乳酸盐是丁酸盐合成的前体(BourriaudC等人,JAM2005；BelenguerA等人,AEM2007)。脆弱拟杆菌产生乙酸盐(MacfarlaneS等人,PNS2003)，已显示乙酸盐用于包括罗斯氏菌属的细菌的丁酸盐产生(DuncanSH等人,BJN2004)。苏黎世杆属和脆弱拟杆菌可通过提供由诸如梭菌科和罗斯氏菌属等细菌转化为丁酸盐的前体来间接促进丁酸盐产量的增加。测定中乙酸盐的聚糖调节与一些细菌分类群呈负相关并且与其他细菌分类群呈正相关。如图26A-26F中所示，在测定中包括瘤胃球菌科、Rickenellaceae和颤螺菌属的分类群与乙酸盐产生强烈负相关。在测定中与乙酸盐正相关的分类群包括单形拟杆菌、梭菌科和卵形拟杆菌。如图27A-27D中所示，在测定中卵形拟杆菌和单形拟杆菌也与丙酸盐呈正相关，而不同于与乙酸盐最强烈相关的分类群的与丙酸盐最强烈负相关的分类群包括双歧杆菌属、布氏瘤胃球菌和粪罗斯氏菌。因此，在测定中聚糖对细菌分类群的相对丰度的差异调节似乎与短链脂肪酸的差异调节相关。实例24：聚糖聚合物制剂调节形成孢子的细菌分类群的细菌生长的能力。进行体外测定以评估胃肠道的各种形成细菌孢子的共生体利用不同聚糖作为生长底物的能力。该测定被设计来评估所选择的聚糖促进与一系列有益健康效应相关联的形成孢子的肠道共生体的生长的能力。在特征在于钯催化剂的厌氧室(AS-580，厌氧菌系统公司)中在所有步骤中处理细菌菌株。最初通过用5％氢气、5％二氧化碳和90％氮气的厌氧气体混合物进行吹扫来使该室厌氧化，并且随后使用这种相同的厌氧气体混合物来保持厌氧状态。每天使用在氧气存在下改变颜色的Oxoid厌氧指示剂条来确认该室的厌氧性。在与细菌接触之前，将所有培养基、测定板、其他试剂和塑料消耗品在厌氧室中预先还原24-48小时。将聚糖gal100、glu20gal80、glu40gal60、glu50gal50、glu60gal40、glu80gal20、glu100、glu80man20、glu60man40、glu40man60、glu20man80、man100、xyl100、xyl80ara20、xyl60ara40、xyl40ara60、xyl20ara80、ara100、glu80ara20、glu60ara40、glu40ara60、glu20ara80、glu80xyl20、glu60xyl40、glu40xyl60、glu20xyl80、gal80man20、gal60man40、gal40man60、gal20man80、gal80xyl20、gal60xyl40、gal40xyl60、gal20xyl80、gal80ara20、gal60ara40、gal40ara60、gal20ara80、man80xyl20、man60xyl40、man40xyl60、man20xyl80、man80ara20、man60ara40、man40ara60、man20ara80、glu33gal33ara33、man52glu29gal19、glu33gal33man33、glu33gal33xyl33、gal33man33xyl33、gal33man33ara33和可商购获得的对照FOS(NutrafloraFOS；NOWFoods，伊利诺州布卢明代尔)在水中以5％w/v制备、无菌过滤并且加入至Costar3370测定板中以在测定中最终浓度为0.5％w/v，每种聚糖在两个非相邻孔中测定，并且将右旋糖和水供应为阳性对照和阴性对照。从美国典型培养物保藏中心(ATCC)和莱布尼茨研究所DSMZ-德国微生物和细胞培养研究所(DSMZ)获得细菌分离株。使以下的培养物在碎肉葡萄糖肉汤(CMG，厌氧菌系统公司)中在37℃下厌氧生长18-48小时：闪烁梭菌ATCC35704“CSC.32”、系结梭菌ATCC27757“CNE.31”、延长布劳特氏菌ATCC27340“BPR.22”、longicatena多尔氏菌DSM13814“DLO.76”、卵形瘤胃球菌ATCC29714“ROB.74”和汉逊布劳特氏菌ATCC27752“BHA.20”，碎肉葡萄糖肉汤是一种预还原的加富培养基，包含瘦牛肉糜、酪蛋白的酶促消化物、酵母提取物、磷酸钾、右旋糖、半胱氨酸、氯化血红素以及维生素K1。根据制造商的方案，通过在Costar3370聚苯乙烯96孔平底测定板中使用BiotekSynergy2读板器以Gen52.0一体化微板读取器软件测定每种培养物在600nM(OD600)的光密度，并在没有糖的情况下制备的限定和半限定培养基中将细胞稀释至最终为OD6000.01，来制备接种物。在补充有0％-10％(v/v)CMG的900mg/L氯化钠、26mg/L二水合氯化钙、20mg/L六水合氯化镁、10mg/L四水合氯化锰、40mg/L硫酸铵、4mg/L七水合硫酸铁、1mg/L六水合氯化钴、300mg/L磷酸氢二钾、1.5g/L磷酸氢二钠、5g/L碳酸氢钠、0.125mg/L生物素、1mg/L吡哆醇、1m/L泛酸盐、75mg/L组氨酸、75mg/L甘氨酸、75mg/L色氨酸、150mg/L精氨酸、150mg/L甲硫氨酸、150mg/L苏氨酸、225mg/L缬氨酸、225mg/L异亮氨酸、300mg/L亮氨酸、400mg/L半胱氨酸和450mg/L脯氨酸中测试汉逊布劳特氏菌、延长布劳特氏菌和longicatena多尔氏菌分离物(TheriotCM等人NatCommun.[自然通讯]2014；5:3114)。在10g/L胰蛋白胨、5g/L酵母提取物、0.5g/LL-半胱氨酸盐酸盐、0.1M磷酸钾缓冲液pH7.2、1μg/mL维生素K3、0.08％w/v氯化钙、0.4μg/mL七水合硫酸铁、1μg/mL刃天青、1.2μg/mL血色素、0.2mM组氨酸、0.05％吐温80、0.5％肉膏(西格玛公司)、1％痕量矿物质补充物(ATCC)、1％维生素补充物(ATCC)、0.017％v/v乙酸、0.001％v/v异戊酸、0.2％v/v丙酸和0.2％v/vN-丁酸(RomanoKA等人mBio2015；6(2):e02481-14)中测试闪烁梭菌、系结梭菌和卵形瘤胃球菌。在96孔微板(每孔200μL终体积)中，在37℃下将细菌厌氧暴露于终浓度0.5％w/v的聚糖gal100、glu20gal80、glu40gal60、glu50gal50、glu60gal40、glu80gal20、glu100、glu80man20、glu60man40、glu40man60、glu20man80、man100、xyl100、xyl80ara20、xyl60ara40、xyl40ara60、xyl20ara80、ara100、glu80ara20、glu60ara40、glu40ara60、glu20ara80、glu80xyl20、glu60xyl40、glu40xyl60、glu20xyl80、gal80man20、gal60man40、gal40man60、gal20man80、gal80xyl20、gal60xyl40、gal40xyl60、gal20xyl80、gal80ara20、gal60ara40、gal40ara60、gal20ara80、man80xyl20、man60xyl40、man40xyl60、man20xyl80、man80ara20、man60ara40、man40ara60、man20ara80、glu33gal33ara33、man52glu29gal19、glu33gal33man33、glu33gal33xyl33、gal33man33xyl33、gal33man33ara33、商业FOS和右旋糖18-48小时。根据制造商的说明使用BiotekSynergy2读取器以Gen52.0软件获得孵育期结束时每种分离物的OD600测量值。表16.聚糖支持的共生产孢菌的生长如表16中所见，在测定中，聚糖在不同程度上支持6种形成孢子的肠道共生体的生长。在测定中，gal100、glu20gal80、xyl80ara20、xyl60ara40、glu20xyl80支持所有6种菌株的生长；glu40gal60、glu50gal50、glu60gal40、xyl40ara60、xyl20ara80、glu40xyl60和glu33gal33ara33支持5种菌株的生长；xyl100、gal60ara40、man52glu29gal19和glu33gal33man33支持4株菌的生长；并且和glu20ara80、gal20ara80、man40xyl60、man20xyl80、glu33gal33xyl33和gal33man33ara33支持3种菌株的生长。在测定中形成孢子的共生体的生长调节随聚糖的组成而变化。具有葡萄糖和半乳糖输入物的寡聚物在测定中支持6种菌株中的至少一半，并且在测定中支持生长的菌株的比例通常随着半乳糖的比例增加而增加。在测定中，glu80gal20和glu100支持3种菌株，glu50gal50支持5种菌株，并且gal100和glu20gal80支持6种菌株的生长。在包含glu、gal和另外一种单体作为输入物的4种寡聚物中，3种寡聚物(glu33gal33ara33、man52glu29gal19和glu33gal33man33)在测定中支持4种菌株的生长，并且1种寡聚物(glu33gal33xyl33)在测定中支持3种菌株的生长。在测定中由具有木糖和阿拉伯糖输入物的寡聚物以及由具有葡萄糖和木糖输入物的寡聚物支持的菌株数量随着木糖输入物的比例增加而增加。在测定中，glu80xyl20支持2种菌株，glu60xyl40支持3种菌株，glu40xyl60支持5种菌株，并且glu20xyl80支持6种菌株。在测定中，含有木糖和阿拉伯糖输入物两者的寡聚物支持5种或6种菌株的生长，而xyl100支持4种菌株的生长，并且ara100支持2种菌株。健康人的胃肠道包含各种不同的微生物群落，该群落可包括数百种不同的细菌物种。如美国公开2016/0158294中所述，肠道微生物群在人健康中起重要作用，其益处包括针对病原体的定殖抗性、宿主免疫应答的调节、必需营养素的产生和营养素吸收，以及肠道上皮完整性的维持。在菌群失调病症下，肠道微生物组群体发生改变，并且对宿主的负面影响可能包括免疫应答改变、炎症增加、代谢应答改变以及对病原体的易感性增加。益生菌仅代表正常健康人微生物群中存在的数百种细菌物种中的少数。形成孢子的共生菌在人微生物组中是丰富的，并且包括与各种有益效应相关的物种，这些有益效应包括丁酸盐产生，它与肠道上皮屏障完整性和代谢和免疫应答的调节，以及闪烁梭菌对艰难梭菌感染的保护相关。可以给予聚糖以促进形成孢子的共生菌的生长，以提供一系列健康益处并预防和治疗与微生物菌群失调有关的疾病。实例25：形成孢子的细菌分类群的糖苷酶谱和糖利用基本上如实例20中所述鉴定富含在形成孢子的细菌分类群中的糖苷水解酶(GH)和糖基转移酶(GT)。鉴定了与非形成孢子的细菌相比时富含在来自形成孢子的细菌的基因组中的40种糖苷水解酶和转移酶(CAZy)家族和亚家族的基因(图28，P<0.05，Wilcox秩和，FDR校正)。产孢菌汇总在表：17中。表17：含有形成孢子的细菌的属例如，GH43、GH13和GH28在来自形成孢子的细菌的基因组中高得多地表现(图28)。过度富集通常也对应于在来自形成孢子的细菌的所有基因组中更高的检测普遍性(图29A)。总体而言，被鉴定为富含在形成孢子的细菌的CAZy酶家族存在于与非形成孢子的细菌相比时更大部分的形成孢子的细菌基因组中(图29B)。这些结果表明，特定的碳水化合物活性酶富含在形成孢子的细菌中。表18显示了可能被这些酶家族靶向的聚糖单体。表18.针对形成孢子的细菌中相对于非形成孢子的细菌中富含的CAZy家族的聚糖靶标组成。CAZy家族聚糖靶标组成CAZy家族聚糖靶标组成GT5.0葡萄糖GH31.0葡萄糖/半乳糖/甘露糖GT35.0葡萄糖GH3.0葡萄糖/木糖/阿拉伯糖GH97.0葡萄糖/半乳糖GH29.0果糖GH92.0甘露糖GH28.0半乳糖/鼠李糖GH88.0葡萄糖GH27.0半乳糖/阿拉伯糖GH78.0鼠李糖GH2.0半乳糖/甘露糖/阿拉伯糖GH77.0葡萄糖GH16.0木糖/半乳糖GH57.0葡萄糖/半乳糖GH133.0葡萄糖GH51.0木糖/阿拉伯糖GH130.0甘露糖GH43.34木糖/阿拉伯糖/半乳糖GH13.8葡萄糖/麦芽糖GH43.24木糖/阿拉伯糖/半乳糖GH13.38葡萄糖/麦芽糖GH43.10木糖/阿拉伯糖/半乳糖GH13.14葡萄糖/麦芽糖GH42.0半乳糖/阿拉伯糖GH13.0葡萄糖/麦芽糖GH36.0半乳糖GH123.0半乳糖GH35.0半乳糖GH105.0鼠李糖GH32.0果糖许多靶向含葡萄糖、木糖、半乳糖和阿拉伯糖的底物，这表明具有这些成分的聚糖可用于促进形成孢子的细菌的生长。包含葡萄糖、木糖、半乳糖和/或阿拉伯糖的聚糖在单一菌株生长测定中促进形成孢子的细菌的生长(参见实例24，表16)。实例27：在使用靶标糖苷酶合成的寡糖存在下，对人粪便浆液中编码糖苷酶的特定分类群的富集测试聚糖制品在体外调节来自健康人受试者的粪便浆液中编码特定糖苷酶的目标细菌物种的水平的能力(也称为离体测定)。在特征在于钯催化剂的厌氧室(AS-580，厌氧菌系统公司)中处理粪便样品和浆液。将聚糖在水中以5％w/v制备、过滤灭菌并且加入至96孔深孔微板测定板中，以在测定中最终浓度为0.5％w/v，将水供应为阳性对照和阴性对照。将人粪便样品捐赠物在-80℃下储存。为了制备工作储液，将粪便样品转移到厌氧室中并将其解冻。将粪便样品在pH7.4的磷酸盐缓冲盐水(PBS)(P0261，天惠华公司，加利福尼亚州霍利斯特)、15％甘油中制备成20％w/v，并且在-80℃下储存。将20％w/v粪便浆液+15％甘油以2,000xg离心，去除上清液，并且将团块在补充有750uM尿素和0.1％蛋白胨的900mg/L氯化钠、26mg/L二水合氯化钙、20mg/L六水合氯化镁、10mg/L四水合氯化锰、40mg/L硫酸铵、4mg/L七水合硫酸铁、1mg/L六水合氯化钴、300mg/L磷酸氢二钾、1.5g/L磷酸氢二钠、5g/L碳酸氢钠、0.125mg/L生物素、1mg/L吡哆醇、1m/L泛酸盐、75mg/L组氨酸、75mg/L甘氨酸、75mg/L色氨酸、150mg/L精氨酸、150mg/L甲硫氨酸、150mg/L苏氨酸、225mg/L缬氨酸、225mg/L异亮氨酸、300mg/L亮氨酸、400mg/L半胱氨酸和450mg/L脯氨酸(TheriotCM等人NatCommun.[自然通讯]2014；5:3114)中悬浮至1％w/v粪便浆液。在96孔深孔微板(每孔500μL终体积)中，在37℃下，使所制备的1％w/v粪便浆液厌氧暴露于终浓度0.5％w/v的蜜二糖-1、蜜二糖-酶19-1、蜜二糖-酶20-1、蜜二糖-酶16-1、蜜二糖-酶17-1、棉子糖-1、棉子糖-酶19-1、棉子糖-酶16-1，持续14小时。蜜二糖和棉子糖指示用于用特定酶(酶19、酶20等)产生寡糖的底物；并且破折号后的数字指示与另一种聚糖制剂(例如-3)具有不同特征的聚糖制剂(例如-1)，它们在本文所述的聚糖制剂的范围内彼此不同。孵育后，从用聚糖和对照处理的粪便浆液中提取基因组DNA，并且对16SrRNA基因的可变区4进行扩增和测序(地球微生物组计划协议www.earthmicrobiome.org/emp-standard-protocols/16s/和CaporasoJG等人2012.Ultra-high-throughputmicrobialcommunityanalysisontheIlluminaHiSeqandMiSeqplatforms[依诺米那HiSeq和MiSeq平台上的超高通量微生物群落分析].ISMEJ.[ISME杂志])。将原始序列多路分解，并且使用UNOISE2(Edgar2016)分别处理每个样品。简言之，将成对的末端读取合并并进行质量过滤。然后对独特的读取进行去噪，并且将未过滤的合并序列映射到去噪序列上。使用RDP分类器将分类法分配给去噪序列(Wang2007)。如本文所证明的，当用于合成酶的糖苷酶由肠道微生物物种编码时，所得的寡糖富集这些特定物种。例如，当由毛螺菌科编码的糖苷酶用于产生寡糖时，所得的寡糖比原始母体底物或经由不同物种编码的酶产生的寡糖更加富集毛螺菌科(图31A-31B)。无论用于产生寡糖的底物如何，这都成立(图31A-31B)。这证明了将寡糖靶向至肠道微生物组中的糖苷酶以特异性地富集分类群和感兴趣的功能的机制。通过鉴定共有的糖基水解酶可以进一步靶向不相关的分类群。如本文所证明的，当使用在三个独特属，双岐杆菌属、拟杆菌属和罗斯氏菌属中丰富的糖基水解酶时，所有3个分类群在离体群落中同时富集(图32A-32D)。这证明了靶向跨门物种和进一步靶向功能或糖分类群的能力。等效物和范围本申请引用了不同发布的专利、出版的专利申请、杂志文章和其他出版物，将其全部通过引用并入本文。如果在任一个并入的参考文献和本说明书之间有冲突，以本说明书为准。另外，在现有技术之内的本发明的任何具体的实施例可以从任何一个或多个权利要求中明确排除。因为此类实施例被视为对于本领域的技术人员是已知的，因此它们可以被排除，即使该排除在本文没有被明确陈述。本发明的任何具体的实施例可以因为任何原因从任一权利要求中排除，不管是否与存在的现有技术有关。本领域的普通技术人员只使用常规实验就将认识到或能够确定本文描述的具体实施例的许多等效形式。本文描述的实施例的范围不旨在限制以上说明书、附图或实例，而是如在所附权利要求中所陈述的。本领域的普通技术人员要认识到的是，在不脱离如在以下权利要求中所定义的本发明的精神或范围下，可以对本说明书进行多种改变和修饰。序列表<110>卡莱多生物科技有限公司（KALEIDOBIOSCIENCES,INC.）<120>聚糖聚合物及其相关方法<130>K2047-7018WO<140><141><150>62/446,316<151>2017-01-13<150>62/430,895<151>2016-12-06<150>62/430,849<151>2016-12-06<160>124<170>PatentIn3.5版<210>1<211>2217<212>DNA<213>乳杆菌属物种<220><221>来源<223>/注解="GH36.0-1"<400>1atggcagtaacgttgcagcaaactttaattgacattgatgaagaacaacttgtctttcac60ctgcataacgatcaaatctcgtatattctaggtgtggagacaggcaacgtgttggcccac120ttgtactttggcccacgggttcggggttatcatggcgagcgtcagtatccccggattgat180cgggggttctcaggaaatttaccgaatacgactgatcgaagctattccaaggatgatttg240ccacaggaatacggtggcaataataccggtgattatcggcaacccgccgcgattattcgc300gcggccaatggtgctcgaacagttgattttcgttatcaagactgccggatggaagccggt360aagccggaacttaagggcttgccacaaacttatgtcgaagatgaggatgaagcccaaact420ttgattgtgacgttgcgagatgccacattaggcgtgacactcgaattagcctacacgatt480tatcgggatcggccagttatcacgcgtagcgcccggttgattaatcacagtgagcaagct540gtcgacttagaaaaagtgg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