免疫抑制性多肽与核酸的制作方法

专利名称：免疫抑制性多肽与核酸的制作方法
技术领域：
本发明总体上涉及结合⑶80和/或⑶86的新颖多肽类，编码此类多肽的核酸，以及制备并使用此类多肽及核酸的方法。本发明的背景T细胞在免疫应答的起始及调控中发挥重要作用。为了产生T细胞的完全活化，要求至少两个不同的信号传导事件。一个第一信号是通过表达于T细胞表面上的T细胞受体与(TCR)与在表达于抗原呈递细胞(APC)上的主要组织相容性复合物(MHC)分子的环境中存在的特定抗原(Ag)之间的 相互作用而产生。一个第二 (共刺激)信号是由表达于APC上的共刺激性配体与它们的表达于T细胞上的对应受之体间的相互作用而产生。一种优势共刺激通路涉及在表达于APC上的⑶80 (B7-1或B7.1)以及⑶86 (B7-2或B7.2)配体与主要表达于T细胞上的⑶28以及CTLA-4 (也称为⑶152)之间的相互作用。CTLA-4 (细胞毒性T淋巴细胞抗原4)以及⑶28充当这些⑶80以及⑶86配体的受体。正向信号传导是通过⑶28受体介导的。这种或这些⑶80和/或⑶86配体与CD28的结合通过促进免疫突触的形成而降低了 T细胞活化的阈值(Viola A.etal., Science283:680-682 (1999))。此外，CD28的共刺激活化或增强了对于T细胞的增殖以及存活具有重要性的因子的形成，如，白介素-2 (IL-2)、NF-K B,以及Bcl-XL(Norton S.D.et at., J.1mmunol.149: 1556-1561 ( 1992 ) ; Vel la A.T.et al., J.1mmunol.158:4714-4720 (1997))。在体内，⑶28-缺陷的小鼠是严重免疫妥协的，并且显示了不良的抗原特异的 T 细胞应答(Green, J.M.et al., Immunityl: 501-508 (1994))。当T细胞在这种共刺激性信号的缺失下被活化时，可造成T细胞的无反应性或耐受。负向信号传导是通过CTLA-4受体介导的。这些⑶80以及⑶86配体各自以高亲和力结合到CTLA-4上，并且衍生自⑶28信号传导的平衡免疫增生性反应。CTLA-4信号传导的潜在机制包括竞争性结合共刺激性分子⑶80/⑶86 (Masteller, Ε.M.et al.，J.1mmunol.164:5319 (2000))、通过将磷酸酶诱导至免疫突触上而抑制TCR信号传导(LeeK.M.et al.，Science282:2263 (1998))、以及破坏这种免疫突触(Pentcheva-Hoang T.etal., Immunity21:401 (2004) ;Chikuma S.et al., J.Exp.Medl97:129 (2003) ;SchneiderH.et al., Science313:1972 (2006))。在体内，CTLA-4缺陷的小鼠显示了深度的自身免疫表型，其特征为大量的组织浸润以及器官破坏(Waterhouse P.et al.，Science270:985(1995))。设计成拮抗这种⑶80/⑶86共刺激通路的治疗剂(如，可溶性人类CTLA-4-1g)具有用于治疗自身免疫疾病以及紊乱的可能。本发明提供了具有改进的能力以调整或阻抑经由这种⑶80/⑶86共刺激通路的信号传导的的有利分子，以及将此类分子用于所选择且不同的T细胞应答的操纵的方法。此类分子在如以下详细讨论的不同应用中具有有益的用途。本发明的概述在第一个方面，本 发明提供了一种分离或重组的CTLA-4多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有达到15个氨基酸残基差异，其中该分离或重组的CTLA-4多肽具有结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。根据本发明第一方面的一种多肽可与SEQ ID NO:36的多肽序列具有至少90%的序列一致性，或至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。根据本发明第一方面的一种多肽可包括SEQ ID N0:36的多肽序列。根据本发明第一方面的一种多肽可与SEQ ID NO:50的多肽序列具有至少90%的序列一致性，或至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。根据本发明第一方面的一种多肽可包括SEQ ID N0:50的多肽序列。根据本发明第一方面的一种多肽可具有结合人类⑶80或人类⑶86或二者之一的一个细胞外结构域的能力。根据本发明第一方面的一种多肽可包括长度为124个氨基酸残基的一个多肽序列。根据本发明第一方面的一种多肽可包括一个氨基酸取代，该取代在选自下组的一个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多个氨基酸位置根据本发明第一方面的一种多肽可包括二、三、或四个氨基酸取代，这些取代在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸位置。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置70上的一个氨基酸取代，如取代S70F。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置104上的一个氨基酸取代，如取代L104E。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置30上的氨基酸取代，如取代T30N/D/A或取代T30N。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置64上的一个氨基酸取代，如取代S64P。
本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置50上的一个氨基酸取代，如取代A50M。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的一个氨基酸取代，如取代M54K/V或取代M54K。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置65上的一个氨基酸取代，如取代I65S。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置56上的一个氨基酸取代，如取代N56D。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的一个氨基酸取代，如取代G55E。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置85上的一个氨基酸取代，如取代M85A。本发明第一方面的一种多肽可包括在相对SEQ ID NO: 159的位置24上的一个氨基酸取代，如取代A24E/S或取代A24E。本发明第一方面的一种多肽可具有对于⑶86或它的一根细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于CD86或CD86细胞外结构域的结合亲和力。本发明第一方面 的一种多肽可具有对于⑶80或它的一个细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于CD80或CD80细胞外结构域的结合亲和力。本发明第一方面的一种多肽可具有阻抑一种免疫应答的能力。本发明第一方面的一种多肽可具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的能力。在第二方面中，本发明提供了一种分离或重组的多肽多聚体，该多肽多聚体包括本发明第一方面的至少两个多肽。在第三方面中，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白，该融合蛋白包括(a)根据本发明第一方面的一种多肽，以及(b) —种第二多肽，其中该第二多肽是一种Ig Fe多肽，并且其中该融合蛋白具有结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或调整或调节一种免疫应答的能力。在第四方面中，本发明提供了一种分离或重组的二聚体融合蛋白，该二聚体融合蛋白包括根据本发明第三方面的两个单体融合蛋白。在第五方面中，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列编码了本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、或本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白。在第六方面中,本发明提供了一种载体，该载体包括本发明第五方面的一种核酸。在第七方面中，本发明提供了一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞包括本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白、本发明第五方面的一种核酸、和/或本发明第六方面的一种载体。在第八方面中，本发明提供了一种药物组合物，该药物组合物包括一种药学上可接受的赋形剂、药学上可接受的载体、或药学上可接受的稀释剂，以及以下的一项或多项:本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白、本发明第五方面的一种核酸、本发明第六方面的一种载体、和/或本发明第七方面的一种宿主细胞。在第九方面中，本发明提供了阻抑一种免疫应答的方法，所述方法包括将一种B7-阳性细胞与一个有效量的以下的至少一项进行接触:本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白、本发明第五方面的一种核酸、本发明第六方面的一种载体、和/或本发明第七方面的一种宿主细胞，以阻抑一种免疫应答，其中一种免疫应答由此受到阻抑。在第十方面中，本发明提供了本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白、本发明第五方面的一种核酸、本发明第六方面的一种载体、和/或本发明第七方面的一种宿主细胞，用于阻抑一种免疫应答。在第十一方面中，本发明提供了本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白、本发明第五方面的一种核酸、本发明第六方面的一种载体、和/或本发明第七方面的一种宿主细胞，在制造用于阻抑一种免疫应答的一种药物的用途。在第十二方面中，本发明提供了一种偶联物，该偶联物包括本发明第一方面的一种多肽、本发明第二方面的一种多聚体、本发明第三方面的一种融合蛋白、或本发明第四方面的一种二聚体融合蛋白，以及共价连附于这种多肽、多聚体、融合蛋白、或二聚体融合蛋白上的一个非多肽部分，其中所述偶联物具有阻抑一种免疫应答的能力。本发明的其他方面如以下说明。

在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域(ECD)，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽具有对于一个人类⑶86细胞外结构域或人类CD80细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力对应地是大约等于或大于一个人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD86细胞外结构域或人类CD80细胞外结构域的结合亲和力，并且其中该多肽可任选地具有阻抑一种免疫应答的能力。一些此类多肽具有对于该人类CD86细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD86细胞外结构域的结合亲和力。一些此类多肽具有对于该人类CD80细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD80细胞外结构域的结合亲和力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该取代在对应于相对SEQ IDNO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸位置上，其中该突变CTLA-4多肽具有结合CD80或CD86或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽包括(i)与SEQ ID NOSil至73所构成的组中选出的一个多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一个苯丙胺酸残基，该苯丙胺酸残基在对应于由SEQ ID NOSil至73所构成的组中选出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中该多肽具有结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该突变CTLA-4多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或可阻抑一种免疫应答，其中所述多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID N0:159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域多肽的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，其中所述至少一个氨基酸取代包括S70F，其中根据SEQ ID NO: 159对多个氨基酸残基位置进行编号。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该突变CTLA-4多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID N0:159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过11、10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、或11个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该取代在对应于相对 SEQ ID NO: 159 的位置 24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或 85 的一个氨基酸残基位置上，其中该突变CTLA-4多肽具有结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID N0:31所示的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ ID NO: 31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中根据SEQ ID N0:31对多个氨基酸残基位置进行编号，并且该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个ECDjP /或抑制一种免疫应答。
在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体融合蛋白，该二硫键在每个单体突变融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成，其中每个单体融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —种Ig Fe多肽，其中该融合蛋白具有结合CD80和/或CD86、和/或CD80-1g和/或CD86_Ig的能力，和/或具有抑制或阻抑一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，每个这种单体融合蛋白包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或它的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，或它们的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，其中每个单体融合蛋白包括:(I) 一种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与选自下组的一个多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，该组的构成为:SEQ IDNOS:1至73，并且其中在该多肽序列中在位置41、50、54、55、56、64、65、70或85上的氨基酸残基是与在所述所选择的多肽序列的对应位置上的氨基酸残基相同的，以及(2) —种IgFe多肽，其中该融合蛋白二聚体结合CD80和/或CD86，和/或抑制一种免疫应答。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，其中每个单体融合蛋白包括:(I) 一种突变CTLA-4细胞外结构域多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(i)与在SEQ ID勵:159的人类(:1'1^-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10、9、8、7或6个氨基酸残基(如，不超过1、2、3、4、5、6、
7、8、9或10个氨基酸残基)的差异，并且(ii)包括至少一个氨基酸取代，该取代是在对应于相对SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70或85的氨基酸位置；以及(2) —种Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体结合CD80和/或CD86，和/或阻抑或抑制一种免疫应答。一些此类融合蛋白二聚体在相对SEQ ID NO: 159的多个氨基酸位置上包括一个或多个取代，这个或这些取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ；以及⑵一种Ig Fe多肽，该Ig Fe多肽可任选地是IgG2Fc多肽，其中该突变CTLA-4-1g二聚体结合h⑶80或h⑶86，和/或阻抑或抑制一种免疫应答。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NO: 26,SEQ ID NO: 36,SEQ ID NO: 38,SEQ ID NO: 50、以及 SEQID NO:56，其中该多肽(i)结合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或(ii)阻抑一种免疫应答。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该多肽(i)结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，(ii)结合一种⑶80-1 g融合蛋白和/或⑶86-1 g融合蛋白，和/或(iii)阻抑一种免疫应答。还提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体融合蛋白，该二硫键在每个单体突变 融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成，其中每个单体融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NO: 79,SEQ ID NO: 197,SEQ ID NO: 198,SEQ ID NO: 199、以及 SEQ ID NO: 200，以及(b) 一种 Ig Fe多肽，其中该融合蛋白具有(i)结合CD80和/或CD86、和/或CD80和/或CD86的一个细胞外结构域的能力，( )结合⑶80-1g和/或⑶86-1g的能力，和/或(iii)具有抑制或阻抑一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一种多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID勵5:1至79、197至200、205至214，以及219至222，其中该多肽结合0)80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一种多肽序列的一种融合蛋白，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或它的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括:(a) 一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列具有与选自下组的至少一个多核苷酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成:SEQ ID NOS:80至158,201至204、223、以及224 ； (b) (a)的一个互补的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一个片段，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，(a)该多肽序列与选自下组的一个多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，并且(b)其中在该多肽序列中在位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85位置上的氨基酸残基是与在选自下组的所述多肽序列的对应位置上的氨基酸残基相同的，该组的构成为=SEQ ID N0S:1至73，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一者的或二者的细胞外结构域，和/或抑制一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列(a)与在SEQ IDNO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该取代在对应于相对SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸位 置上，其中所述多肽具有结合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。
在另一个方面,本发明提供了一种分离或重组的核酸,该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有(i)与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，以及(ii) 一个苯丙氨酸残基，该苯丙氨酸残基在对应于所述选自下组的多肽序列的位置70的一个氨基酸位置上，该组的构成为:SEQ ID NO:1至73，其中该多肽结合hCD80和/或hCD86、或它的一个ECD，和/或抑制一种免疫应答，其中该氨基酸取代可任选地包括S70F,或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括两个多肽的一种重组多肽二聚体，其中每个这种多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID勵3:1至73，其中该二聚体结合110)80和/或110)86，和/或抑制一种免疫应答，或其它的一根互补的多核苷酸序列。在另一个 方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了一种融合蛋白，该融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —种Ig多肽，其中该融合蛋白结合CD80和/或CD86，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列(a)与在SEQ IDN0:31中所示的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、
5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ IDNO: 31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQID NO:31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID N0:31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中SEQ ID NO:31对多个氨基酸残基位置进行编号，并且该多肽结合CD80和/或CD86，和/或抑制一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。在另一个方面，本发明提供了一种表达载体，该表达载体包括:(i) 一个第一多核苷酸序列，该第一多核苷酸序列编码了一种第一多肽，该第一多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽结合人类⑶86和/或人类⑶80、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，以及(ii) 一个第二多核苷酸序列，该第二多核苷酸序列编码了一种第二多肽，该第二多肽包括一种免疫球蛋白(Ig)多肽的一个铰链区、一个CH2结构域、以及一个CH3结构域，该Ig多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞用编码了一种融合蛋白的一种核酸进行转染，该核酸包括:(i) 一个第一核苷酸序列，该第一核苷酸序列编码了包括一种多肽序列的一种第一多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽具有结合人类CD86和/或人类CDSOJP /或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力；以及(ii) 一个第二核苷酸序列，该第二核苷酸序列编码了一种第二多肽，该第二多肽包括一种免疫球蛋白(Ig)多肽的一个铰链区、一个CH2结构域、以及一个CH3结构域，该Ig多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽，其中该宿主细胞可表达该融合蛋白。在另一个方面，本发明提供了阻抑一种免疫应答的方法，所述方法包括将一种B7-阳性细胞与一个有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞进行接触以阻抑一种免疫应答，其中一种免疫应答由此受到阻抑。在另一个方面，本发明提供了调整表达了⑶28和/或CTLA-4的多个T细胞与多个B7-阳性细胞的相互作用的方法，该方法包括将B7-阳性细胞与一个有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞继续拧接触以调整多个B7-阳性细胞与多个⑶28-阳性T细胞和/或多个CTLA-4-阳性T细胞的相互作用，其中该多个B7-阳性细胞与多个⑶28-阳性T细胞和/或多个CTLA-4-阳性T细胞的相互作用受到调整。在另一个方面，本发明提供了抑制多个⑶28-阳性T细胞和/或多个CTLA-4-阳性T细胞与多个B7-阳性细胞的相互作用的方法，该方法包括将多个B7-阳性细胞与一个有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞进行接触，其中该多个CD28-阳性T细胞和/或多个CTLA-4-阳性T细胞与多个B7-阳性细胞的相互作用受到抑制。

在另一个方面，本发明提供了在一位受试者体内抑制多个CD28-阳性T细胞与多个B7-阳性细胞的相互作用的方法，该方法包括对一位受试者给予一个有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞，其中在该受试者体内的多个内源性CD28-阳性T细胞与多个内源性B7-阳性细胞的相互作用受到阻抑。在另一个方面，本发明提供了治疗患有一种免疫系统疾病或紊乱的一位受试者的方法，该疾病或紊乱通过多个内源性T细胞与表达CD80和/或CD86的多个内源性细胞的相互作用调整的，所述方法包括对需要这种治疗的一位受试者给予一个治疗有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞，其中这种或这些在多个内源性T细胞与表达所述CD80和/或所述CD86的多个内源性细胞之间的相互作用受到抑制，由此治疗在该受试者体内的免疫系统疾病或紊乱。在另一个方面，本发明提供了抑制一位受方受试者对于来自一个供方的一个组织或器官移植体的排斥的方法，该方法包括对需要该方法的受方受试者给予一个治疗有效量的本发明的至少一种多肽、偶联物、核酸、载体、或细胞，由此阻抑受方受试者对于该组织或器官移植体的排斥。在另一个方面，本发明提供了制备一种融合蛋白的方法，该方法包括:(1)在一种培养基中培养用一种核酸转化的一种宿主细胞，其中该核酸包括:(i) 一个第一核苷酸序列，该第一核苷酸序列编码了一种多肽，该多肽具有与SEQ ID N0S:1至73中任何一个的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，该多肽结合CD86和/或CD80、和/或⑶86或⑶80之一的一个细胞外结构域，以及(ii) 一个第二核苷酸序列，该第二核苷酸序列编码了一种Ig多肽，该Ig多肽包括一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域，由此表达了该核酸并且产生了一种融合蛋白；并且(2)回收该融合蛋白。还提供了生产一种多肽的方法，该方法包括将本发明的一种核酸引入到多个细胞的一个群体之中，其中该核酸被可操作地连接到有效生产由该核酸所编码的多肽的一个调节序列上；在一种培养基中培养这些细胞以生产该多肽；并且将该多肽从这些细胞或培养基中分离。还提供了多种组合物，这些组合物包括本发明的一种分子(例如，突变CTLA-4分子)以及一种赋形剂、载体、或稀释剂。还包括了多种药物组合物，这些诶药物组合物包括本发明的一种分子以及一种药学上可接受的赋形剂、载体、或稀释剂。本发明涉及下述各项。1.一种分离或重组的CTLA-4多肽，该多肽包括与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有达到15个氨基酸残基差异的一个多肽序列，其中该分离或重组的CTLA-4多肽具有结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。2.根据项I所述的一种分离或重组的多肽，该多肽具有与SEQ ID NO: 36的多肽序列至少90%的序列一致性。3.根据项2所述的一种分离或重组的多肽，该多肽具有与SEQ ID NO: 36的多肽序列至少95%的序列一致性。4.根据项3所述的一种分离或重组的多肽，该多肽包括SEQ ID NO:36的多肽序列。5.根据项I所述的一种分离或重组的多肽，该多肽具有与SEQ ID N0:50的多肽序列至少90%的序列一致 性。6.根据项5所述的一种分离或重组的多肽，该多肽具有与SEQ ID NO: 50的多肽序列至少95%的序列一致性。7.根据项6所述的一种分离或重组的多肽，该多肽包括SEQ ID NO:50的多肽序列。8.如以上项中任一项所述的多肽，其中⑶80是人类⑶80并且⑶86是人类⑶86。9.如以上项中任一项所述的多肽，其中该多肽包括长度为124个氨基酸残基的一个多肽序列。10.如以上项中任一项所述的多肽，该多肽包括一个氨基酸取代，该取代在选自下组的一个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多个氨基酸位置。11.如以上项中任一项所述的多肽，该多肽包括两个氨基酸取代，这些取代在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多个氨基酸位置。12.如以上项中任一项所述的多肽，该多肽包括三个氨基酸取代，这些取代在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多个氨基酸位置。13.如以上项中任一项所述的多肽，该多肽包括四个氨基酸取代，这些取代在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID NO: 159的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的多个氨基酸位置。14.如项10至13中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代。15.根据如项14所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代是S70F。16.如项10至15中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置104上的氨基酸取代。17.如项16所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置104上的氨基酸取代是L104E。 18.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置30上的氨基酸取代。19.如项18所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N/D/A。20.如项19所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N。21.如项10至20中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代。22.如项21所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代是 S64P。23.如项10至22中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代。24.如项23所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代是A50M。25.如项10至24中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代。26.根据如项25所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是M54K/V。27.如项26所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K。28.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代。29.如项28所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代是 I65S。30.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID N0:159的位置56上的氨基酸取代。31.如项30所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代是 N56D。32.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代。
33.如项32所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 G55E。34.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置85上的氨基酸取代。35.如项34所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 M85A。36.如项10至17中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置24上的氨基酸取代。37.如项36所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E/S。38.如项37所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E。39.如以上项中任一项所述的多肽，其中该多肽具有对于CD86或它的一个细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于CD86或CD86细胞外结构域的结合亲和力。40.如以上项中任一项所述的多肽，其中该多肽具有对于⑶80或它的一个细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于⑶80或⑶80细胞外结构域的结合亲和力。41.如以上项中任一项所述的多肽，其中该多肽具有阻抑一种免疫应答的能力。42.如以上项中任一项所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的能力。43.一种分离或重组的多肽多聚体，该多肽多聚体包括至少两个如以上项中任一项所述的多肽。44.一种分离或重组的融合蛋白，该融合蛋白包括(a)如项I至42中任一项所述的一种多肽，以及(b) —种第二多肽，其中该第二多肽是一种IgFc多肽，并且其中该融合蛋白具有结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或调整或调节一种免疫应答的能力。45.一种分离或重组的二聚体融合蛋白，该二聚体融合蛋白包括两个根据项44所述的单体融合蛋白。46.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列编码了如项I至42中任一项所述的一种多肽、项43所述的一种多聚体、项44所述的一种融合蛋白、或项45所述的一种二聚体融合蛋白。47.一种载体，该载体包括如项46所述的一种核酸。48.一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞包括:(a)如项I至42中任一项所述的一种多肽；(b)如项43所述的一种多聚体；(c)如项44所述的一种融合蛋白；(d)如项45所述的一种二聚体融合蛋白；(e)如项46所述的一种核酸； 和/或。
(f)如项47所述的一种载体。49.一种药物组合物，该药物组合物包括一种药学上可接受的赋形剂或药学上可接受的载体、以及以下的一项或多项:(a)如项I至42中任一项所述的一种多肽；(b)如项43所述的一种多聚体；(c)如项44所述的一种融合蛋白；(d)如项45所述的一种二聚体融合蛋白；(e)如项46所述的一种核酸；(f)如项47所述的一种载体；和/或。(g)如项48所述的一种宿主细胞。50.用于阻抑一种免疫应答的一种方法，所述方法包括将一种B7-阳性细胞与一个有效量的以下的至少一项进行接触:(a)如项I至42中任一项所述的一种多肽；(b)如项43所述的一种多聚体；(c)如项44所述的一种融合蛋白；(d)如项45所述的 一种二聚体融合蛋白；(e)如项46所述的一种核酸；(f)如项47所述的一种载体；和/或。(g)如项48所述的一种宿主细胞以阻抑一种免疫应答，其中一种免疫应答由此受到阻抑。51.如项I至42中任一项所述的一种多肽、项43所述的一种多聚体、项44所述的一种融合蛋白、项45所述的一种二聚体融合蛋白、项46所述的一种核酸、项47所述的一种载体、和/或项48所述的一种宿主细胞,用于阻抑一种免疫应答。52.如项I至42中任一项所述的一种多肽、项43所述的一种多聚体、项44所述的一种融合蛋白、项45所述的一种二聚体融合蛋白、项46所述的一种核酸、项47所述的一种载体、和/或项48所述的一种宿主细胞，在制造用于阻抑一种免疫应答的药物中的用途。53.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽结合CD80或CD86或二者之一的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。54.如项53所述的多肽，其中⑶80是人类⑶80并且⑶86是人类⑶86。55.如项53至54中任一项所述的多肽，其中该多肽具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。56.如项53至55中任一项所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞活化的能力。57.如项53至55中任一项所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞增殖的能力。58.如项53至57中任一项所述的多肽，其中该多肽与CTLA-4相比具有阻抑或抑制一种免疫应答的更大的能力。59.如项53所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的一种能力，该能力大于人类CTLA-4抑制T细胞活化或T细胞增殖的能力。
60.如项53所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的能力，该能力大于人类CTLA-4的一种细胞外结构域对T细胞活化或T细胞增殖进行抑制的能力。61.如项53至57中任一项所述的多肽，其中该多肽具有抑制一种免疫应答的一种能力，该能力大于包括了在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列的一种LEA29Y多肽抑制一种免疫应答的能力。62.如项53至61中任一项所述的多肽,其中该多肽包括一个多肽序列,该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少96%、97%、98%、或99%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1 至 73。63.如项53至62中任一项所述的多肽，其中该多肽包括选自下组的一个多肽序列，该组的构成为:SE Q ID N0S:1至73。64.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽结合一个单体人类CD80或单体人类CD86或二者之一的一个细胞外结构域。65.如项64所述的多肽，其中该多肽具有对于单体人类CD86的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于单体人类CTLA-4对于单体人类CD86的结合亲和力。66.如项64所述的多肽，其中该多肽具有对于单体人类CD86的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于单体人类CTLA-4对于单体人类CD86的结合亲和力。67.如项65所述的多肽，其中该多肽具有对于单体人类CD86的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于单体人类CTLA-4对于单体人类CD86的结合亲和力。68.如项64至67中任一项所述的多肽，其中该多肽与单体人类CTLA-4相比具有阻抑一种免疫应答的更大的能力、抑制T细胞活化的更大的能力、和/或抑制T细胞增殖的更大的能力。69.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽具有对于一个人类CD86细胞外结构域或人类CD80细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力对应地是大约等于或大于一种人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD86细胞外结构域或人类CD80细胞外结构域的结合亲和力，并且其中该多肽可任选地具有阻抑一种免疫应答的能力。70.如项69所述的多肽，其中该多肽具有对于该人类CD86细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD86细胞外结构域的结合亲和力。71.如项70所述的多肽，其中该多肽具有对于该人类CD80细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该人类CTLA-4细胞外结构域对于该人类CD80细胞外结构域的结合亲和力。72.如项69至71中任一项所述的多肽，其中该多肽与该人类CTLA-4细胞外结构域相比具有阻抑一种免疫应答的更大的能力、抑制T细胞活化的更大的能力、和/或抑制T细胞增殖的更大的能力。73.如项53所述的多肽，其中该突变多肽包括长度为124个氨基酸残基的一个多肽序列。
74.一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过11个、不超过10个、不超过9个、不超过8个、不超过7个、或不超过6个氨基酸残基的
差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该取代是在对应于相对SEQ ID NO: 159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸残基位置上，其中该突变CTLA-4多肽具有结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。75.如项74所述的多肽，其中⑶80是人类⑶80并且⑶86是人类⑶86。76.如项74所述的多肽，其中该突变多肽包括长度为124个氨基酸残基的一个多肽序列。77.如项74所述的多肽，该多肽包括两个氨基酸取代，这些取代是在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多个氨基酸位置。78.如项74所述的多肽，该多肽包括三个氨基酸取代，这些取代是在选自下组的多个氨基酸位置上，该组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多个氨基酸位置。79.如项74所述的多肽，该多肽包括四个氨基酸取代，这些取代是在选自下组的多个氨基酸位置上，该 组的构成为:对应于相对SEQ ID N0:159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、85、或104的多个氨基酸位置。80.如项74所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置70上的氨
基酸取代。81.如项80所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置70上的氨基酸取代是 S70F。82.如项74至81中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置104上的氨基酸取代。83.如项82所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置104上的氨基酸取代是L104E。84.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置30上的氨基酸取代。85.如项84所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N/D/A。86.如项85所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置30上的取代是T30N。87.如项74至86中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代。88.如项87所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置64上的氨基酸取代是 S64P。89.如项74至88中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代。90.如项89所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置50上的氨基酸取代是A50M。91.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代。92.如项91所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K/V。93.如项92所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置54上的氨基酸取代是 M54K。94.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代。95.如项94所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置65上的氨基酸取代是 I65S。
96.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代。97.如项96所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置56上的氨基酸取代是 N56D。98.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代。99.如项98所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是 G55E。100.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽包括一个在相对SEQ ID NO: 159的位置85上的氨基酸取代。101.如项100所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置55上的氨基酸取代是M85A。102.如项74至83中任一项所述的多肽，该多肽进一步包括一个在相对SEQ IDNO: 159的位置24上的氨基酸取代。103.如项102所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是 A24E/S。104.如项103所述的多肽，其中该在相对SEQ ID NO: 159的位置24上的氨基酸取代是A24E。105.如项74至104中任一项所述的多肽，其中该多肽具有对于⑶86或它的一个细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于CD86或CD86细胞外结构域的结合亲和力。106.如项74至105中任一项所述的多肽，其中该多肽具有对于⑶80或它的一个细胞外结构域的一种结合亲和力，该结合亲和力大于一种单体人类CTLA-4细胞外结构域对于⑶80或⑶80细胞外结构域的结合亲和力。107.如项74至106中任一项所述的多肽，其中该多肽具有阻抑一种免疫应答的能力。
108.如项74至107中任一项所述的多肽，其中该多肽具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的能力。109.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括:(i)与由SEQ ID N0S:1至73所构成的组中选出的一个多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii)一个苯丙胺酸残基，该苯丙胺酸残基在对应于由SEQ ID N0S:1至73所构成的组中选出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中该多肽具有结合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。110.如项109所述的多肽，其中该多肽包括以下的一项或多项:在对应于位置24的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基；在对应于对应位置30的一个氨基酸位置上的一个天冬酰胺残基；在对应于位置32的一个氨基酸位置上的一个异亮氨酸残基；在对应于位置50的一个氨基酸位置上的一个甲硫氨酸残基；在对应于位置54的一个氨基酸位置上的一个赖氨酸残基；在对应于位置55的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基；

在对应于位置56的一个氨基酸位置上的一个天冬氨酸残基；在对应于位置64的一个氨基酸位置上的一个脯氨酸残基；在对应于位置65的一个氨基酸位置上的一个丝氨酸残基；以及在对应于位置104的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基；111.一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该多肽结合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或可阻抑一种免疫应答，所述多肽包括一个多肽序列，该多肽序列:(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域多肽的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，其中所述至少一个氨基酸取代包括S70F，其中根据SEQ ID NO: 159对多个氨基酸残基位置进行编号。112.如项111所述的多肽，该多肽进一步包括至少一个氨基酸取代，该氨基酸取代选自下组，其构成为:A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及 I106F。113.一种分离或重组的多肽，该多肽包括选自下组的一个多肽序列，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至79，或任何所述多肽序列的一个片段，其中所述片段结合⑶80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。114.如项113所述的多肽，其中该片段结合人类CD80以及人类CD86和/或它们对应的细胞外结构域。115.如项53至114中任一项所述的多肽，其中该多肽是一种可溶性多肽。116.一种分离或重组的蛋白，该蛋白包括:(a)如项53至115中任一项所述的一种多肽，以及(b)协助该多肽的分泌的一种肽。
117.如项116所述的蛋白，其中该肽是一种信号肽。118.如项117所述的蛋白，其中该信号肽包括一种氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO:216的氨基酸序列至少95%的序列一致性。119.如项118所述的蛋白，其中该信号肽包括SEQ ID N0:182或SEQ ID N0:216
的氨基酸序列。120.一种分离或重组的蛋白，该蛋白包括如项53至115中任一项所述的一种多肽，以及一个跨膜结构域。121.如项120所述的蛋白，其中该跨膜结构域包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列与包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基162至182的一个氨基酸序列具有至少95%的一致性。122.如项121所述的蛋白，其中该跨膜结构域包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基162 至 182。123.如项120所述的蛋白，该蛋白进一步包括一个胞质域。124.如项122所述的蛋白，其中该胞质域包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列与包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基183至223的一个氨基酸序列具有至少95%的一致性。125.如项124所述的蛋白，其中该胞质域包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基183至223。126.如项120至125中任一项所述的蛋白，该蛋白进一步包括一种信号肽。127.如项53至115中任一项所述的多肽或如项116至126中任一项所述的蛋白，其中该多肽的氨基酸残基中的一个或多个被糖基化。128.如项53至115或127中任一项所述的多肽或如项116至127中任一项所述
的蛋白，其中该多肽的氨基酸残基中的一个或多个被聚乙二醇化。129.一种分离或重组的多肽多聚体，该多肽多聚体包括至少两个如项53至115中任一项所述的多肽或至少两个项116至128中任一项所述的蛋白。130.如项129所述的多聚体，其中该至少两个多肽中的所有都是相同的。131.如项129所述的多聚体，其中该多聚体是可阻抑或抑制一种免疫应答的。132.如项129所述的多聚体，其中该多聚体是可抑制T细胞活化或T细胞增殖的。133.如项129所述的多聚体，其中该多聚体包括四个多肽。134.一种分离或重组的多肽二聚体，该二聚体包括两个如项53至115中任一项所述的多肽。135.如项134所述的二聚体，其中该二聚体是一种同型二聚体。136.如项 134所述的二聚体，其中该二聚体是一种异型二聚体。137.如项134所述的二聚体，其中该二聚体是可阻抑或抑制一种免疫应答的。138.如项134所述的二聚体，其中该二聚体是可抑制T细胞活化或T细胞增殖的。139.一种分离或重组的多肽二聚体，该多肽二聚体包括两个如项53至115中任一项所述的多肽，其中该二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的结合亲合力。140.一种分离或重组的多肽二聚体，该多肽二聚体包括两个如项53至115中任一项所述的多肽，其中该二聚体具有对于人类CD80或它的一个细胞外结构域的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体对于人类CD80或它的一个细胞外结构域的结合亲合力。141.如项139所述的二聚体，其中该二聚体具有对于人类⑶80或它的一个细胞外结构域的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体对于人类CD80或它的一个细胞外结构域的结合亲合力。142.如项140所述的二聚体，其中该二聚体具有对于人类⑶86或它的一个细胞外结构域的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的结合亲合力，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。143.如项140所述的二聚体，其中该二聚体以一个速率从结合的人类⑶86或它的一个细胞外结构域中解离，该速率对应地是小于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域中解离的速率。144.如项140所述的二聚体，其中该二聚体以一个速率从结合的人类⑶86或它的一个细胞外结构域中解离，该速率对应地是小于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域中解离的速率，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQID NO: 168中所示的多肽序列。145.如项140所述的二聚体，其中该二聚体以一个速率与人类⑶86或它的一个细胞外结构域相结合，该速率对应地是大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体与人类CD86或它的一个细胞 外结构域相结合的速率。146.如项140所述的二聚体，其中该二聚体以一个速率与人类⑶86或它的一个细胞外结构域相结合，该速率对应地是大于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体与人类CD86或它的一个细胞外结构域相结合的速率，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID N0:168中所示的多肽序列。147.一种分离或重组的多肽二聚体，该多肽二聚体包括两个如项53至115中任一项所述的多肽，其中包括两个人类CTLA-4细胞外结构域或两个LEA29Y多肽的一个二聚体相比该二聚体具有阻抑一种免疫应答的更大的能力。148.如项147所述的二聚体，其中该二聚体与包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体相比具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的更大的能力。149.一种分离或重组的多肽二聚体，该二聚体包括两个如项53至115中任一项所述的多肽，其中该二聚体具有一个CD86平衡解离常数(KD)，该CD86平衡解离常数小于包括了两个人类CTLA-4细胞外结构域或两个LEA29Y多肽的一种二聚体的CD86平衡解离常数(Kd)0150.一种分离或合成的偶联物，该偶联物包括:(a)如项I至115中任一项所述的一种多肽，以及(b)共价地附连至该多肽上的一个非多肽部分。151.如项150所述的偶联物，其中该偶联物结合了⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域。152.如项151所述的偶联物，其中⑶80是人类⑶80并且⑶86是人类⑶86。
153.如项150所述的偶联物，该偶联物包括至少两个非多肽部分。154.如项153所述的偶联物，其中该非多肽部分是一个糖分子。155.如项154所述的偶联物，其中该糖分子是附连于一个N-糖基化位点上的。156.如项150所述的偶联物，其中该非多肽部分是一种聚合物。157.如项156所述的偶联物，其中该聚合物是一个聚乙二醇部分。158.如项157所述的偶联物，其中该聚乙二醇部分是共价地附连于该多肽的一个半胱氨酸残基上的。159.如项157所述的偶联物，该偶联物包括共价地附连于该多肽的一个赖氨酸残基上的一个聚乙二醇部分。160.如项159所述的偶联物，该偶联物包括共价地附连于该多肽的N-端氨基基团上的一个聚乙二醇部分。161.一种分离或重组的融合蛋白，该融合蛋白包括(a) —个第一多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，以及(b) —个第二多肽，其中该第二多肽是一个Ig Fe多肽，其中该融合蛋白具有结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的一种能力，和/或调整或调节一种免疫应答的能力。162.如项161所述的融合蛋白，其中该融合蛋白调整或调节了 T细胞的活化或增殖或细胞因子的产生。

163.如项161或162所述的融合蛋白，其中该第二多肽是直接地与该第一多肽进行融合的。164.如项161或162所述的融合蛋白，其中该第二多肽是与一个连接物氨基酸序列进行融合的，该氨基酸序列是与该第一多肽进行融合的。165.如项161所述的融合蛋白，其中该第二多肽是与该第一多肽的C-端进行融合的。166.如项161所述的融合蛋白，其中该第二多肽包括一个Ig重链恒定区的一个或多个结构域。167.如项161所述的融合蛋白，其中该第二多肽包括一种Ig多肽的一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。168.如项161所述的融合蛋白，其中该Ig Fe多肽是一种野生型人类IgFc多肽或一种突变Ig Fe多肽。169.如项161所述的融合蛋白，其中该第二多肽包括一种人类Ig多肽的一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。170.如项169所述的融合蛋白，其中该人类Ig多肽是一种人类IgG多肽，该人类IgG2多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽。171.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体融合蛋白，该二硫键在每个单体突变融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成，其中每个单体融合蛋白包括(a) —个多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ IDNOS:1至73，以及(b) —个Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体具有结合⑶80和/或⑶86、和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g的能力，和/或具有抑制或阻抑一种免疫应答的能力。172.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，其中每个这种单体融合蛋白包括:(1) 一个多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与选自下组的一种多肽序列具有不超过10、9、8、7或6个氨基酸残基的差异，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且其中在该多肽序列中在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、或85上的氨基酸残基是与在所述所选择的多肽序列的对应位置上的氨基酸残基相同的，以及⑵一个Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体结合CD80和/或CD86，和/或抑制一种免疫应答。173.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，其中每个单体融合蛋白包括:(I)一个突变CTLA-4细胞外结构域多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(i)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基的差异，并且(ii)包括至少一个氨基酸取代，该取代是在对应于 相对SEQ ID NO: 159的位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸位置上；以及⑵一个Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体结合CD80和/或CD86、和/或阻抑或抑制一种免疫应答。174.一种分离或重组的突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个突变CTLA-4-1g融合蛋白单体，其中每个突变CTLA-4-1g融合单体包括:(I) 一个突变CTLA-4-E⑶多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括在相对于SEQ ID NO: 159的多个氨基酸位置上的一个或多个取代，这种或这些取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ;以及(2) —个Ig Fe多肽，该Ig Fe多肽可任选地是IgG2Fc多肽，其中该突变CTLA-4-1g 二聚体结合了h⑶80或h⑶86，和/或阻抑或抑制一种免疫应答。175.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个如项161至171以及314至316中任一项所述的单体融合蛋白，其中这两个单体融合蛋白是经由以下各项连接的:(i)在两个半胱氨酸残基之间形成的至少一个二硫键，其中每个半胱氨酸残基是存在于这两个第一多肽之一中的，和/或(ii)在两个半胱氨酸残基之间形成的至少一个二硫键，其中每个半胱氨酸残基是存在于这两个第二多肽之一中的。176.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于一种融合蛋白二聚体对于人类⑶86或它的一种细胞外结构域或h⑶86-1g的结合亲合力，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，各自包括与一种Ig多肽进行融合的一种野生型人类CTLA-4细胞外结构域。177.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于一种CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体对于人类⑶86或它的一种细胞外结构域或h⑶86-1g的结合亲合力，其中该CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体包括两个单体CTLA-4-1gG2融合蛋白，每个CTLA-4-1gG2融合蛋白包括SEQ ID NO: 162的多肽序列。178.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少等于或大于一种人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体对于人类⑶86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的结合亲合力，其中该人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白单体，每个这种单体包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。179.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少等于或大于一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体对于人类⑶86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g的结合亲合力，其中该LEA29Y-1g融合蛋白二聚体包括两个单体LEA29Y-1g融合蛋白，各自包括SEQ ID N0:166的多肽序列。180.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一种能力来阻抑一种免疫应答、抑制T细胞活化、或抑制T细胞增殖，该能力是至少等于或大于一种融合蛋白的能力，该融合蛋白包括两个单体融合蛋白，这两个单体融合蛋白各自包括与一种Ig多肽进行融合的一个野生型人类CTLA-4细胞外结构域。181.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一种能力来阻抑一种免疫应答、抑制T细胞活化、或抑制T细胞增殖，该能力是至少等于或大于一种CTLA-4-1gG2融合蛋白 二聚体阻抑一种免疫应答、抑制T细胞活化、或抑制T细胞增殖的能力，该CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，这两个单体融合蛋白各自具有SEQ ID NO: 162的多肽序列。182.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一种能力来阻抑一种免疫应答、抑制T细胞活化、或抑制T细胞增殖，该能力是至少等于或大于一种人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体阻抑一种免疫应答、抑制T细胞活化、或抑制T细胞增殖的能力，其中该人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白单体，每个这种单体包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。183.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离，该速率是对应地小于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一种融合蛋白二聚体从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离的速率。184.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离，该速率是对应地小于一种CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体从结合的人类⑶86或它的一个细胞外结构域或h⑶86-1g中解离的速率。185.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体是以一个速率从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离，该速率是对应地小于一种人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体从结合的人类⑶86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离的速率，其中该人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白单体,每个这种单体包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。186.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g中解离，该速率是对应地小于一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域或h⑶86-1g中解离的速率，其中该LEA29Y-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白，这两个融合蛋白各自具有SEQ ID NO:166的序列。187.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率与人类CD86或它的一个细胞外结构域或hCD86-1g相结合，该速率是对应地至少等于或大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个融合蛋白二聚体与人类CD86或它的一个细胞外结构域或h⑶86-1g相结合的速率。188.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率与人类CD86或它的一种细胞外结构域或hCD86-1g相结合，该速率是对应地至少等于或大于一种CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体与人类⑶86或它的一个细胞外结构域(或hCD86-1g)相结合的速率。189.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率与人类CD86或它的一种细胞外结构域或hCD86-1g相结合，该速率是对应地至少等于或大于一种人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体与人类⑶86或它的一种细胞外结构域或h⑶86-1g相结合的速率，其中该人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白单体，每个这种单体包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。190.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体以一个速率与人类CD86或它的一种细胞外结构域或hCD86-1g相结合，该速率是对应地至少等于或大于一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体与人类CD86或它的一种细胞外结构域或h⑶86-1 g相结合的速率。191.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于包括了两个人类CTLA-4细胞外结构域的一种融合蛋白二聚体的CD86平衡解离常数(KD)。192.如项171、1 72、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于一种CTLA-4-1gG2融合蛋白二聚体的⑶86平衡解离常数(Kd)。193.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于一种人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体的⑶86平衡解离常数(KD)，其中该人类CTLA-4-1g融合蛋白二聚体包括两个融合蛋白单体，每个这种单体包括SEQ ID NO: 164的多肽序列。194.如项171、172、173、或174所述的融合蛋白二聚体，其中该融合蛋白二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体的⑶86平衡解离常数(Kd)。195.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了如项53至115中任一项所述的一种多肽、项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白、或项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体、或它的一个互补的多核苷酸序列。196.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至79、197至200,205至214、以及219至222，其中该多肽具有结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。197.如项196所述的核酸，其中该核酸编码了一种多肽，与一种人类CTLA-4单体或它的一个细胞外结构域相比，该多肽具有对应地对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的更大的结合亲和力。 198.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种融合蛋白，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性，该组的构成为:SEQ IDNOS: 74至79、197至200,205至214、以及219至222，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或它的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。199.一种分离或重组的核酸，该核酸包括:(a) —个多核苷酸序列，该多核苷酸序列具有与选自下组的至少一个多核苷酸序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ IDN0S:80至158、201至204、223、以及224 ;(b) (a)的一个互补的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一个片段，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。200.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了一种多肽，该多肽包括一个多肽序列，(a)该多肽序列与选自下组的一个多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基的差异，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)其中在该多肽序列中在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、或85上的氨基酸残基是与在所述选自下组的多肽序列的对应位置上的氨基酸残基相同的，该组的构成为:SEQID NOS:1至73，其中该多肽结合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或抑制一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。201.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列(a)与在SEQ ID N0:159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该氨基酸取代是在对应于相对SEQ ID N0:159的位置30、32、50、54、55、56、64,65,70或85上的一个氨基酸位置，其中所述多肽具有结合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。202.如项201所述的核酸，其中所述核酸包括至少一个相对SEQ ID NO: 159的氨基酸取代，该氨基酸取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F，并且可任选地进一步包括至少一个相对SEQ ID NO: 159的氨基酸取代，该氨基酸取代选自下组，其构成为:L104E/D、T30N/D/A、以及V32I。203.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有(i)至少95%—致性的一个多肽序列，该多肽序列选自下组，其构成为:SEQ ID N0S:1至73，以及(ii) 一个苯丙氨酸残基，该苯丙氨酸残基在对应于所述选自下组的多肽序列的位置70的一个氨基酸位置上，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽结合h⑶80和/或h⑶86或它的一个E⑶，和/或抑制一种免疫应答，其中所述氨基酸取代可任选地包括S70F，或它的一个互补的多核苷酸序列。204.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了一种重组多肽二聚体，该重组多肽二聚体包括两个多肽，其中每个这种多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQID NOS:1至73，其中该二聚体结合h⑶80和/或h⑶86、和/或抑制一种免疫应答，或它的一种互补的多核苷酸序列。205.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该核苷酸序列编码了一种融合蛋白，该融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，以及(b) —种Ig多肽，其中该融合蛋白结合CD80和/或CD86、和/或具有阻抑一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。206.如项205所述的核酸，其中所述核酸编码了一种融合蛋白二聚体。207.如项196所述的核酸，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽与一种人类CTLA-4单体或它的一个细胞外结构域相比具有阻抑一种免疫应答的更大的能力。208.如项207所述的核酸，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽与一种人类CTLA-4单体或它的一个细胞外结构域相比具有抑制T细胞活化或T细胞增殖的更大的能力。209.如项196所述的核酸，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽以一个速率从结合的人类CD86或它的一个细胞外结构域中解离，该速率是小于一种人类CTLA-4单体或它的一种细胞外结构域从结合的人类CD86或它的一种细胞外结构域中解离的速率。210.一种分离或重组的核酸，该核酸包括:(a) 一种多核苷酸序列,该多核苷酸序列具有与一种RNA多核苷酸序列至少95%的序列一致性，其中该RNA多核苷酸序列包括选自下组的一种DNA序列，该组的构成为:SEQID NOS:80至158、201至204、223、以及224，其中在该DNA序列中所有的胸腺嘧啶核苷酸残基被尿嘧啶核苷酸残基替换；(b) (a)的一个互补的多核苷酸序列；或(c) (a)或(b)的任何多核苷酸序列的一个片段，其中该核酸编码了一种多肽，该多肽(i)结合⑶80和/或⑶86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或(ii)具有阻抑一种免疫应答的能力，该免疫应答可任选地包括T细胞活化和/或T细胞增殖。211.如项195至210中任一项所述的核酸，该核酸进一步包括编码了一种信号肽的一个核苷酸序列。212.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽 序列(a)与在SEQ ID N0:31中所示的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ ID N0:31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQ IDNO:31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中根据SEQ ID NO:31对多个氨基酸残基位置进行编号，并且其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个ECDJP /或抑制一种免疫应答，或它的一个互补的多核苷酸序列。213.一种载体,该载体包括如项143至160中任一项所述的一种核酸、编码了如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽的一种核酸、编码了如项129至133中任一项所述的一种多肽多聚体的一种核酸、编码了如项134至149中任一项所述的一种多肽二聚体的一种核酸、编码了如项150至160中任一项所述的一种偶联物的一种核酸、编码了如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白的一种核酸、或编码了如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体的一种核酸。214.如项213所 述的载体，其中该载体是一种DNA载体。215.如项213所述的载体，其中该载体是一种RNA载体。216.如项213所述的载体，其中该核酸是可操作地连接至一个启动子上的。217.如项213所述的载体，其中该载体是一种表达载体。218.如项217所述的载体,其中该表达载体包括在

图1C中所示的质粒表达载体。219.如项213所述的载体，其中该载体是一种病毒载体、酵母载体、植物载体、细菌载体、或昆虫载体。220.如项所述219的载体,其中该病毒载体是一种腺病毒载体。221.如项213所述的载体，其中该载体是一种质粒载体。222.如项213至221中任一项所述的载体，其中该载体进一步包括一种选择性标记。223.一种表达载体,该载体包括:(i) 一个第一多核苷酸序列，该第一多核苷酸序列编码了一种第一多肽，该第一多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽结合人类CD86和/或人类CD80、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，以及(ii) 一个第二多核苷酸序列，该第二多核苷酸序列编码了一种第二多肽，该第二多肽包括一种免疫球蛋白(Ig)多肽的一个铰链区、一个CH2结构域、以及一个CH3结构域，该Ig多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽。224.一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞包括:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；和/或(h)如项213至223中任一项所述的一种载体。225.一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞用如项143至160中任一项所述的一种核酸进行转染或转化。
226.一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞用编码了一种融合蛋白的一种核酸进行转染，该核酸包括:(i) 一个第一核苷酸序列，该第一核苷酸序列编码了包括一种多肽序列的一种第一多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中所述第一多肽具有结合人类⑶86和/或人类⑶80、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力；以及(ii) 一个第二核苷酸序列，该第二核苷酸序列编码了一种第二多肽，该第二多肽包括一种免疫球蛋白(Ig)多肽的一个铰链区、一个CH2结构域、以及一个CH3结构域，该Ig多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽，其中该宿主细胞是可表达该融合蛋白的。227.一种分离或重组分离的宿主细胞，该宿主细胞包括如项213至223中任一项所述的一种载体。228.一种分离的宿主细胞，该宿主细胞用根据项213至223中任一项所述的一种载体进行转染或转化。229.如项224至228中任一项所述的宿主细胞，其中该宿主细胞是一种真核细胞。230.如项229所述的宿主细胞，其中该宿主细胞是一种中国仓鼠卵巢(CHO)细胞或COS细胞。231.一种无限增殖化的细胞系，该细胞系包括:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞。232.一种组合物，该组合物包括一种赋形剂或载体、以及以下的一项或多项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体。(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；和/或(j)如项231所述的一种细胞系。233.一种药物组合物，该药物组合物包括一种药学上可接受的赋形剂或药学上可接受的载体、以及以下的一项或多项:
(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体。(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；和/或(j)如项231所述的一种细胞系。234.阻抑一种免疫应答的一种方法，所述方法包括将一种B7-阳性细胞与一个有效量的以下的至少一项进行接触:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至 149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；以阻抑一种免疫应答，其中一种免疫应答由此受到阻抑。235.如项234所述的方法，其中该受到阻抑的免疫应答是一种T细胞应答。236.如项234所述的方法，其中该方法包括将一种B7-阳性细胞与所述多肽进行接触，其中所述多肽结合在多个B7-阳性细胞上表达的B7-1、和/或结合了在多个B7-阳性细胞上表达的B7-2。237.调整了表达⑶28和/或CTLA-4的T细胞与B7-阳性细胞的相互作用的一种方法，该方法包括将B7-阳性细胞与一个有效量的以下的至少一项进行接触:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；以调整B7-阳性细胞与⑶28-阳性T细胞和/或CTLA-4-阳性T细胞的相互作用，其中该B7-阳性细胞与⑶28-阳性T细胞和/或CTLA-4-阳性T细胞的相互作用受到了调节。238.抑制该⑶28-阳性T细胞和/或CTLA-4-阳性T细胞与B7-阳性细胞的相互作用的一种方法，该方法包括将B7-阳性细胞与一个有效量的以下的至少一项进行接触:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；其中该⑶28-阳性T细胞和/或CTLA-4-阳性T细胞与B7-阳性细胞的相互作用受到抑制。 239.如项238所述的方法，其中T细胞的活化或增殖受到抑制。240.如项238所述的方法，其中这些B7-阳性细胞是抗原呈递细胞。241.在一位受试者体内抑制该⑶28-阳性T细胞与B7-阳性细胞的相互作用的一种方法，所述方法包括对一个受试者给予一个有效量的以下的至少一项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；其中在该受试者体内的该内源性⑶28-阳性T细胞与内源性B7-阳性细胞的相互作用受到抑制。242.如项241所述的方法，其中内源性⑶28-阳性T细胞与表达B7_2 (⑶86)或B7-1 (⑶80)的内源性B7-阳性细胞的相互作用受到抑制。243.如项241所述的方法，其中这些表达B7-2 (⑶86)和/或B7-1 (⑶80)的B7-阳性细胞以及B7-2 (CD86)和/或B7-1 (CD80)与CD28-阳性T细胞的相互作用受到抑制。244.如项243所述的方法，其中B7-2 (CD86)以及B7-1 (CD80)与CD28-阳性T细胞的相互作用受到抑制。245.在一位受试者体内阻抑一种免疫应答的一种方法,该方法包括对需要该方法的一位受试者给予一个治疗有效量的以下的一项或多项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；
(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；由此在该受试者体内阻抑一种免疫应答。246.如项245所述的方法，其中一种可溶性融合蛋白二聚体是以一个治疗有效量给予该受试者的，该治疗有效量包括从大约0.001毫克每千克(mg/kg)该受试者体重至大约100毫克每千克(mg/kg)该受试者体重。247.如项246所述的方法，其中该可溶性融合蛋白二聚体的治疗有效量包括从大约 0.0Olmg/kg 该受试者体重到至少约 0.005,0.01,0.025,0.05,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5、0.6,0.7,0.8,0.9、1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、或 50mg/kg 该受试者体重。248.如项245所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是在一种药学上可接受的赋形剂或载体中给予该受试者的。249.如项245所述的方法，其中经胃肠外、皮下、或静脉内给予该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞。250.如项245所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是每个月一、二、三或四次经皮下给予的。251.如项245至250中任一项所述的方法，其中一种可溶性融合蛋白二聚体是在一种药学上可接受的赋形剂或载体中以一种浓度给予该受试者的，该浓度是从大约0.0 lmg/ml至大约200mg/ml、大约0.lmg/ml至大约200mg/ml、大约I至大约200mg/ml、大约I至大约100mg/ml、大约5至大约75mg/ml、大约10至大约50mg/ml、大约25至大约50mg/ml、或大约 50mg/ml 至大约 100mg/ml。252如项245所述的方法，其中该多肽是一种可溶性多肽，该融合蛋白是一种可溶性融合蛋白，该二聚体是一种可溶性二聚体，该多聚体是一种可溶性多聚体，并且该融合蛋白二聚体是一种可溶性融合蛋白二聚体。253.在一位受试者体内阻抑一种免疫应答的一种方法，该方法包括对一位需要该方法的受试者给予一个治疗有效量的一个第一免疫抑制剂或化合物，所述第一免疫抑制剂包括:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；

(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；
(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；由此在该受试者体内阻抑一种免疫应答。254.如项253所述的方法，该方法进一步包括给予一个有效量的至少一种额加的免疫抑制剂或治疗剂。255.如项254所述的方法，其中该至少一种额加的免疫抑制剂或治疗剂是选自下组，其构成为:一种缓解疾病的抗风湿药(DMARD )、留体化合物、非留体化合物、水杨酸钠或镁、布洛芬、乙酰水杨酸、扑热息痛、抗体、阻断一种抗炎细胞因子产生的生物剂、依法珠单抗、抗炎剂或化合物、以及非留体抗炎药物(NSAID)。256.如项25 4或255所述的方法，其中该至少一种额加的免疫抑制剂或治疗剂是在一种药学上可接受的赋形剂或载体中给予该受试者的。257.如项253至256中任一项所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是每天至少一次、每周至少一次、每双周至少一次、或每月至少一次进行给予的。258.如项253至257中任一项所述的方法，其中该至少一种额加的免疫抑制剂或药剂是(i)与给予该第一免疫抑制剂或化合物的同时；(ii)在给予该第一免疫抑制剂或化合物之后；或(iii)在给予该第一免疫抑制剂或化合物之前给予的。259.治疗患有一种免疫系统疾病或紊乱的一位受试者的一种方法,该疾病或紊乱是通过内源性T细胞与表达⑶80和/或⑶86的内源性细胞的相互作用调整的，所述方法包括对需要这种治疗的一位受试者给予一个治疗有效量的以下各项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；其中在内源性T细胞与表达所述⑶80和/或所述⑶86的内源性细胞之间的一种或多种相互作用受到抑制，由此治疗该受试者体内的免疫系统疾病或紊乱。260.如项259所述的方法，其中⑶80是人类⑶80并且⑶86是人类⑶86。261.如项259所述的方法，其中是表达⑶28的内源性T细胞与表达⑶86的内源性细胞和/或表达CD80的内源性细胞之间的相互作用受到抑制。262.如项所述261的方法，其中⑶80是人类⑶80，⑶86是人类⑶86，并且⑶28是人类⑶28。263.如项259至262中任一项所述的方法，其中该免疫系统疾病或紊乱是一种自身免疫疾病或紊乱。264.如项263所述的方法，其中该免疫系统疾病或紊乱是选自下组，其构成为:关节炎、类风湿性关节炎、幼年型特发性关节炎(JIA)、系统性红斑狼疮(SLE)、银屑病、银屑病性关节炎、糖尿病、幼年型糖尿病、I型糖尿病、多发性硬化症、克罗恩病、系统性硬皮病、溃疡性结肠炎、炎症性肠病(IBD)、韦格纳氏肉芽肿病病、阿狄森氏病、格雷夫斯氏病、肌风湿病、风湿性疾病、强直性脊柱炎、重症肌无力、以及ANCA-相关性脉管炎。265.如项259至264中任一项所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、偶联物、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是在一种药学上可接受的赋形剂或载体中给予该受试者的。266.如项259中任一项所述的方法，其中一种可溶性融合蛋白二聚体是以一个治疗有效量给予的，该治疗有效量包括从大约0.001mg/kg该受试者体重至约大100mg/kg该患者体重。267.如项266所述的方法，其中该可溶性融合蛋白二聚体的治疗有效量包括至少约 0.001、0.005、0.0U0.025、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、2、3、4、5、
6、7、8、9、10、25、50、75、或 100mg/kg 该受试者体重。268.如项266所述 的方法，其中该可溶性融合蛋白二聚体的治疗有效量包括从大约 0.0Olmg/kg 该受试者体重到至少约 0.005,0.01,0.025,0.05,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5、
0.6,0.7,0.8,0.9、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、25、50、75、或 100mg/kg 该受试者体重。269.如项259至268中任一项所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、偶联物、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是每天至少一次、每周至少一次、每双周至少一次、或每月至少一次进行给予。270.制备一种多肽的一种方法，该方法包括在一种培养基中培养如项224至230中任一项所述的一种宿主细胞，并且回收由该细胞所表达的多肽。271.制备一种多肽的一种方法，该方法包括:(a)将如项195至212中任一项所述的一种核酸引入到多个细胞的一个群体之中，其中该核酸被可操作地连接到有效生产由该核酸所编码的多肽的一个调节序列上；(b)在一种培养基中培养这些细胞以生产该多肽；并且(c)将该多肽从这些细胞或培养基中分离。272.一种经培养的细胞，其中已引入如项213至223中任一项所述的一种载体。273.一种经培养的细胞，其中已引入如项161至171中任一项所述的一种表达载体。274.制备一种融合蛋白的一种方法，该方法包括:(I)在一种培养基中培养用一种核酸转化的一种宿主细胞，其中该核酸包括:(i)一种第一核苷酸序列，该第一核苷酸序列编码了一种多肽，该多肽具有与选自下组的一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，该多肽结合⑶86和/或⑶80、和/或⑶86或⑶80之一的一个细胞外结构域，以及(ii) 一个第二核苷酸序列，该第二核苷酸序列编码了一种Ig多肽，该Ig多肽包括一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域，该Ig多肽可任选地是人类IgG2Fc，由此表达了该核酸并且产生了一种融合蛋白；并且(2)回收该融合蛋白。275.如项274所述的方法，其中该核酸进一步包括一个第三核苷酸序列，该第三核苷酸序列编码了可操作地连接至该融合蛋白上的一种分泌肽或信号肽，并且该融合蛋白是作为包括相同的第一以及第二融合蛋白的一种二硫键合的融合蛋白二聚体而从该宿主细胞中分泌的，并且该二硫键合的融合蛋白二聚体是从该培养基中回收的。276.如项275所述的方法，其中该二硫键合的融合蛋白二聚体是经由在该第一融合蛋白的一个半胱氨酸残基与该第二融合蛋白的一个半胱氨酸残基之间的一个共价二硫键而形成的。277.如项274所述的方法，其中该融合蛋白是从该培养基、宿主细胞、或宿主细胞周质中回收的。278.一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列编码了(i) 一个第一多肽，该第一多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该第一多肽结合CD86和/或CD80、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，以及(ii) 一个第二多肽，该第二多肽包括一种IgG多肽的一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。279.如项278所述的核酸分子，其中该第二多肽包括SEQ ID NO: 184的多肽序列。280.一种表达载体，该载体包括如项278或279所述的核酸。281.如项280所述的表达载体,该表达载体进一步包括一个第三核苷酸序列，该第三核苷酸序列协助该第一多肽以及该第二多肽的表达。282.如项280所述的表达载体，该表达载体进一步包括一个第四核苷酸序列，该第四核苷酸序列协助该第二多肽的表达，其中该第三以及第四核苷酸序列是相同或不同的。283.一种宿主 细胞，该宿主细胞包括如项280、281、或282所述的表达载体。284.制备一种融合蛋白二聚体的一种方法，该方法包括培养如项283所述的宿主细胞。285.如项284所述的方法，其中该融合蛋白二聚体是从该宿主细胞培养基中回收的。286.如项285所述的方法，其中该二聚体是从该宿主细胞中回收的。287.如项285所述的方法，其中该二聚体是从该宿主细胞周质中回收的。288.抑制由一位受方受试者对于来自一个供方的一个组织、细胞、移植物、或器官的移植体的排斥的一种方法，该方法包括对其有需要的受方受试者给予一个治疗有效量的以下各项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；由此抑制该受方受试者对于该组织、细胞、移植物、或器官的移植体的排斥。
289.如项288所述的方法，其中将该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、偶联物、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是在组织、细胞、移植物、或器官的移植之前、同时、或之后给予该受方受试者的。290.如项288所述的方法，其中该供方以及该受方受试者是相同的物种。291.如项288所述的方法，其中该供方以及该受方受试者是不同的物种。292.如项290所述的方法，其中该供方以及该受方受试者均是人类。293.如项288所述的方法，其中该有效量包括从大约0.001mg/kg该受试者体重至大约200mg/kg该受试者体重。294.如项293所述的方法，其中该有效量包括从大约0.001毫克每千克(mg/kg)该受试者体重到至少约 0.005,0.01,0.05,0.1,0.2,0.25,0.3,0.4,0.5,0.6,0.7,0.8,0.9、
1、2、3、4、5、10、15、25、50、75、100、125、150、或 175 毫克每千克(mg/kg)该受试者体重。295.如项294所述的方法，其中该有效量包括从大约0.001毫克每千克(mg/kg)该受试者体重到至少约0.005,0.01,0.05,0.1,0.2,0.25,0.5、1、2、3、4、或5毫克每千克(mg/kg)该受试者体重。296.如项288所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、偶联物、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是在组织、细胞、移植物、或器官的移植之后的那天并且在移植之后每周至少一次或每月至少一次，当需要时，达到12、24、或36或更多个月而进行给予。297.如项288所述的方法，其中该器官移植体是一种肾移植体、肝移植体、肺移植体、或心脏移植体。298.在一位受试者体内治疗组织、细胞、移植物、或器官的移植体的排斥的一种方法，该方法包括对需要这种治疗的一位受试者给予一个治疗有效量的以下各项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体；(g)如项195至212中任一项所述的一种核酸；(h)如项213至223中任一项所述的一种载体；和/或(i)如项224至230中任一项所述的一种细胞；由此减少或缓解由该受试者对该组织、细胞、移植物、或器官的移植体的排斥。299.如项298所述的方法，其中该多肽、融合蛋白、二聚体、多聚体、偶联物、融合蛋白二聚体、核酸、载体、和/或细胞是在组织、细胞、移植物、或器官的移植之前、同时、或之后给予该受试者的。300.根据项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽、项129至133中任一项所述的一种多肽、项134至149中任一项所述的一种二聚体、项150至160中任一项所述的一种偶联物、项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白、项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体、项195至212中任一项所述的一种核酸、项213至223中任一项所述的一种载体、 或项224至230中任一项所述的一种细胞，在制造用于在一个哺乳动物体内抑制或阻抑一种免疫应答的药物中的用途。301.根据项300所述的用途，其中该免疫应答是一种T细胞应答。302.根据项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽、项129至133中任一项所述的一种多肽、项134至149中任一项所述的一种二聚体、项150至160中任一项所述的一种偶联物、项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白、项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体、项195至212中任一项所述的一种核酸、项213至223中任一项所述的一种载体、或项224至230中任一项所述的一种细胞，在制造用于治疗一种免疫系统疾病或紊乱的药物中的用途。303.根据项302所述的用途，其中该免疫系统疾病或紊乱是通过在一个哺乳动物体内的T细胞与CD80-阳性细胞和/或CD86-阳性细胞的相互作用而介导的。304.根据项303所述的用途，其中该免疫系统疾病或紊乱是一种自身免疫疾病或自身免疫紊乱。

305.根据项302所述的用途，其中该免疫系统疾病或紊乱是选自下组，其构成为:关节炎、类风湿性关节炎、幼年型特发性关节炎(JIA)、系统性红斑狼疮(SLE)、银屑病、银屑病性关节炎、糖尿病、幼年型糖尿病、I型糖尿病、多发性硬化症、克罗恩病、系统性硬皮病、溃疡性结肠炎、炎症性肠病(IBD)、韦格纳氏肉芽肿病病、阿狄森氏病、格雷夫斯氏病、肌风湿病、风湿性疾病、强直性脊柱炎、重症肌无力、以及ANCA-相关性脉管炎。306.根据项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽、项129至133中任一项所述的一种多肽、项134至149中任一项所述的一种二聚体、项150至160中任一项所述的一种偶联物、项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白、项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体、项195至212中任一项所述的一种核酸、项213至223中任一项所述的一种载体、或项224至230中任一项所述的一种细胞，在制造用于在一个哺乳动物体内治疗一种组织或器官移植排斥的药物的用途。307.根据项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽、项129至133中任一项所述的一种多肽、项134至149中任一项所述的一种二聚体、项150至160中任一项所述的一种偶联物、项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白、项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体、项195至212中任一项所述的一种核酸、项213至223中任一项所述的一种载体、或项224至230中任一项所述的一种细胞，在制造用于抑制CD80-阳性细胞和/或CD86-阳性细胞与CD28-阳性细胞和/或CTLA-4-阳性T细胞的相互作用的药物的用途。308.如项172所述的多肽，其中在氨基酸位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70,85,104以及106上的这些氨基酸残基是与在所述所选择的多肽序列中的多个对应位置上的氨基酸残基相同。309.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白，每个这种单体融合蛋白包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或它的一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答。310.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQID NO:31中所示的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ ID NO:31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQID NO:31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中根据SEQ ID NO:31对多个氨基酸残基位置进行编号，并且该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个E⑶，和/或抑制一种免疫应答。311.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括⑴与由SEQ ID N0S: 36至46以及55所构成的组中选出的一个多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一个谷氨酸残基，该谷氨酸残基在所述选出的多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中该多肽(i)结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或(ii)阻抑一种免疫应答。312.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:36、SEQ ID NO: 38,SEQ ID NO: 50、以及 SEQ ID NO: 56，其中该多肽(i)结合 CD80 和 / 或 CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或(ii)阻抑一种免疫应答。313.一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该多肽(i)结合⑶80和/或⑶86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，( )结合一种⑶80-1g融合蛋白和/或一种⑶86-1g融合蛋白，和/或(i i i )阻抑一种免疫应答。314.如项161所述的分离或重组的融合蛋白，所述融合蛋白包括(a) —个第一多肽，该多肽包括一个多肽序列， 该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NO:26,SEQ ID NO:36,SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:50、以及SEQ ID N0:56，以及(b) —个第二多肽，其中该第二多肽是一种Ig Fe多肽，其中该融合蛋白具有结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域的能力，和/或调整或调节一种免疫应答的能力。315.如项314所述的融合蛋白，其中该Ig Fe多肽是一种野生型人类IgFc多肽或一种突变Ig Fe多肽。316.如项314所述的融合蛋白，其中该Ig Fe多肽是一种人类IgG Fe多肽，该人类IgG2Fc多肽可任选地是人类IgG2Fc多肽。317.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体融合蛋白，该二硫键在每个单体突变融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成，其中每个单体融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序具有与选自下组的至少一个多肽序列至少95%的一致性，该组的构成为:SEQ IDNO: 79、SEQ ID NO: 197、SEQ ID NO: 198、SEQ ID NO: 199、以及 SEQ ID NO: 200，以及(b) 一种Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体具有(i)结合CD80和/或CD86、和/或CD80和/或CD86的一个细胞外结构域的能力，(ii)结合CD80-1g和/或CD86_Ig的能力，和/或(iii )具有抑制或阻抑一种免疫应答的能力。318.如项263所述的方法，其中该免疫系统疾病或紊乱是选自下组，其构成为:阿狄森氏病、过敏、斑秃、阿耳兹海默氏病、抗嗜中性细胞胞质抗体(ANCA)-相关性脉管炎、强直性脊柱炎、抗磷脂综合征(休斯综合征)、关节炎、哮喘、动脉硬化、动脉硬化斑块、自身免疫疾病(例如，狼疮、RA、MS、格雷夫斯氏病、等等)、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病、自身免疫性淋巴增生综合征、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性睾丸炎、无精子症、贝切特氏病、贝切特氏综合征、贝格尔氏病、大疱性类天疱疮、心肌症、心血管疾病、口炎性腹泻/乳糜泻、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性自发性多发神经炎、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经疾病(CIPD)、慢性复发性多发性神经病变(格-巴二氏综合征)、丘-施二氏血管炎(CSS)、瘢痕性类天疱疮、冷凝集素病(CAD)、COPD、CREST综合征、克罗恩病、疱疹样皮炎、皮肌炎、糖尿病、盘状狼疮、湿疹、后天性大疱性表皮松解症、原发性混合型冷凝球蛋白血症、伊凡斯氏综合征、眼球突出症、纤维肌痛、古德帕斯彻氏综合征、移植物相关性疾病或紊乱、格雷夫斯氏病、GVHD、桥本甲状腺炎、特发性肺纤维化、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA肾病、免疫增生性疾病或紊乱(例如，银屑病)、炎症性肠病(IBD)、胰岛素依赖型糖尿病(IDDM)、间质性肺病、幼年型糖尿病、幼年型关节炎、幼年型特发性关节炎(JIA)、川崎氏病、朗-伊二氏肌无力综合征、扁平苔藓、狼疮、狼疮肾炎、淋巴细胞性垂体炎、美尼尔氏病、米勒费雪综合征/急性播散性脑脊髓脊神经根病、混合性结缔组织病、多发性硬化症症(MS)、肌风湿病、肌痛性脑脊髓炎(ME)、重症肌无力、眼部炎症、落叶型天疱疮、寻常型天疱疮、恶性贫血、结节性多动脉炎、多软骨炎、多腺体综合征(怀塔克综合征)、风湿性多肌痛、多发性肌炎、原发性无丙种球蛋白血症、原发性胆汁性肝硬化/自身免疫性胆道疾病、银屑病、银屑病性关节炎、雷诺氏现象、莱特尔氏综合征/反应性关节炎、再狭窄、风湿热、风湿性疾病、类风湿性关节炎、肉样瘤病、施密特氏综合征、硬皮病、斯耶格伦氏综合症、实体器官移植体排斥(肾、心脏、肝、肺、等等)、僵人综合征、系统性红斑狼疮(SLE)、系统性硬皮病、高安氏动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、甲状腺炎、I型糖尿病、II型糖尿病、溃疡性结肠炎、眼色素层炎、脉管炎、白癜风、韦格纳氏肉芽肿病，以及预防或阻抑与由一位受方受试者对于一种供方的组织、细胞、移植物、或器官移植体的排斥相 关联的一种免疫应答。319.如项232或233所述的组合物，该组合物包括一个有效量的以下各项:(a)如项53至128以及312至313中任一项所述的一种多肽；(b)如项129至133中任一项所述的一种多聚体；(c)如项134至149中任一项所述的一种二聚体；(d)如项150至160中任一项所述的一种偶联物；(e)如项161至171以及314至316中任一项所述的一种融合蛋白；或(f)如项172至194以及317中任一项所述的一种融合蛋白二聚体。320.如项232、233、或319所述的组合物，该组合物包括可将该组合物的pH维持在大约PH3至大约pHIO范围内的一种缓冲剂、水、可任选的一种非离子型洗涤剂、可任选的一种盐、以及可任选的一种糖醇、单糖、二糖、或多糖。321.如项319至320中任一项所述的组合物，其中该组合物是在生理的pH下。322.如项319至321中任一项所述的组合物，其中该组合物具有从大约4至大约7.5 的 pH。323.如项319至322中任一项所述的组合物，其中该组合物具有从大约5.0至大约7.5的pH。324.如项319至323中任一项所述的组合物，其中该组合物具有大约6.4的pH。325.如项319至323中任一项所述的组合物，其中该组合物具有大约7.4或7.5的pH。326.如项319至325中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是以从大约ImM至大约IOOmM或ImM至大约50mM的浓度而存在。327.如项319至326中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是以大约5mM至大约35mM的浓度而存在。328.如项319至327中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是以大约IOmM至大约25mM的浓度而存在。329.如项319至328中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是以大约20mM的浓度而存在。330.如项319至329中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是选自下组，其构成为:一种HEPES缓冲剂、柠檬酸盐缓冲剂、琥珀酸盐缓冲剂、乙酸盐缓冲剂、柠檬酸盐缓冲齐U、马来酸盐缓冲剂、磷酸缓冲剂、以及Tris缓冲剂。331.如项319至33 0中任一项所述的组合物，其中该缓冲剂是选自下组，其构成为:一种HEPES缓冲剂、柠檬酸钠缓冲剂、以及琥珀酸钠缓冲剂。332.如项319至331中任一项所述的组合物，其中该pH是大约6.0至大约6.7，并且该缓冲剂是琥珀酸钠或柠檬酸钠。333.如项319至332中任一项所述的组合物，其中该pH是大约7.0至大约7.7，并且该缓冲剂是HEPES。334.如项319至333中任一项所述的组合物，其中该组合物包括一种糖醇或糖类，其中该糖类是一种单糖、二糖、或多糖。335.如项319至334中任一项所述的组合物，其中该二糖是蔗糖或海藻糖。336.如项319至335中任一项所述的组合物，其中该组合物包括以大约ImM至大约50mM的浓度而存在的一种盐。337.如项319至336中任一项所述的组合物，其中该组合物包括以大约20mM的浓
度而存在的一种盐。338.如项319至337中任一项所述的组合物，其中该组合物包括一种非离子型洗涤剂。339.如项319至338中任一项所述的组合物，其中该组合物包括一种非离子性清洁剂，该非离子型洗漆剂选自下组，其构成为:'i'ween -B0、Tween :-60、i'ween -20>
或普流尼克F-68。340.如项319至339中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体是以在大约lmg/ml (重量/体积)至大约200mg/ml (重量/体积)的范围内的浓度而存在。341.如项319至340中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体是以在大约25mg/ml (重量/体积)至大约100mg/ml (重量/体积)的范围内的浓度而存在。342.如项319至341中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体是以一个浓度而存在，该浓度是在大约50mg/ml (重量/体积)至大约300mg/ml (重量/体积)的范围内的浓度而存在，任选地大约在大约50mg/ml (重量/体积)至大约100mg/ml (重量/体积)的范围内。343.如项319至342中任一项所述的组合物，其中该组合物的多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体的有效量是从大约0.lmg/kg至大约15mg/kg,并且其中将该组合物给予一个哺乳动物。344.如项319至343中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体的有效量是从大约0.5mg/kg至大约10mg/kg,并且该组合物是经经胃肠外给予的。345.如项319至344中任 一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体的有效量是从大约0.5mg/kg至大约5mg/kg,并且可任选的是大约0.5mg/kg,并且该组合物是经皮下给予的。346.如项319至345中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体的有效量是从大约10mg/kg至大约5mg/kg,并且任选地的是大约0.5mg/kg,并且该组合物是经静脉内给予的。347.如项319至346中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO:36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。348.如项319至346中任一项所述的组合物，其中该多肽、多聚体、二聚体、偶联物、融合蛋白、或融合蛋白二聚体包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO:50的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性。349.如项319至348中任一项所述的组合物，其中该组合物是无菌的。350.如项319至348中任一项所述的组合物，其中该组合物是对血液等渗的。351.如项319至350中任一项所述的组合物，其中该组合物是一种液体组合物。352.如项319至351中任一项所述的组合物，其中该组合物是一种液体或一种经干燥的形式，其中该经干燥的形式是选自下组，其构成为:一种冻干形式、一种风干形式、以及一种经喷雾干燥的形式。353.如项319至352中任一项所述的组合物，其中该组合物是处于冻干形式。354.一种药物组合物，该组合物包括:(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列选自下组，其构成为=SEQ ID N0S:36以及50，以在大约I至大约200mg/ml (重量/体积)的浓度范围而存在；(b) —种缓冲剂，该缓冲剂以大约5mM至大约50mM的浓度具有在大约PH5.0与大约pH8.0之间的缓冲能力；(c)将该组合物达到一个指定体积的一种药学上可接受的稀释剂；(d) —种糖，其浓度为按重量计大约0.5%至大约10% ； (e) 一种盐，其浓度为大约ImM至大约200mM ； (f)该pH是在大约pH5.0至大约pH8.0的范围内；以及(g)可任选的一种洗涤剂。355.如项354所述的组合物，其中(a)该多肽包括SEQ ID NO: 36的多肽序列，该多肽序列以从大约50mg/ml至大约100mg/ml的浓度而存在；(b)该缓冲剂是HEPES缓冲剂，以大约20mM的浓度存在；(c)该药学上可接受的稀释剂是水；(d)该糖是蔗糖或海藻糖，其浓度为按重量计2%; (e)该盐是氯化钠，其浓度为大约IOOmM:(f)该pH是大约7.4;并且(g)可任选地，该洗涤剂是存在的，其中该洗涤剂是选自下组，其构成为:Tween -80,Tween -60、Tween -20、或普流尼克F-68，浓度为小于或等于约0.lmg/ml。356.如项354所述的组合物，其中(a)该多肽包括SEQ ID NO:50的多肽序列，以在从大约50mg/ml至大约100mg/ml的浓度范围而存在；(b)该缓冲剂是朽1檬酸钠缓冲剂，以大约20mM的浓度存在；(c)该药学上可接受的稀释剂是水；(d)该糖是蔗糖或海藻糖，其浓度为按重量计2%; (e)该盐是氯化钠，其浓度为大约IOOmM ;(f)该pH是大约6.5;并且(g)可任选的一种洗涤剂，该洗涤剂选自下组，其构成为:Tween +-80、Tween -60、Tween⑩-20或普流尼克F-68,其浓度为小于或等于约0.lmg/ml。357.一种药物组合物，该组合物包括:(a) 一种多肽，该多肽包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) HEPES缓冲剂。358.一种药物组合物，该组合物包括:(a) 一种多肽，该多肽包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 36的氨基酸序列至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) —种药学上可接受的赋形剂或一种药学上可接受的载体，其中该组合物具有从大约7至大约8的pH。359.根据项358所述的一种药物组合物，其中该组合物具有大约7.4的pH。360.根据项358或359所述的一种药物组合物，该组合物包括HEPES缓冲剂。361.一种药物组合物，该组合物包括:(a) 一种多肽，该多肽包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 50的氨基酸序列至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b)柠檬酸 钠缓冲剂。362.一种药物组合物，该组合物包括:(a) 一种多肽，该多肽包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 50的氨基酸序列至少97%、至少98%、或至少99%的序列一致性；以及(b) —种药学上可接受的赋形剂或一种药学上可接受的载体，其中该组合物具有从大约6至大约7的pH。363.根据项362所述的一种药物组合物，其中该组合物具有大约6.5的pH。364.根据项362或363所述的一种药物组合物，该组合物包括柠檬酸钠缓冲剂。365.根据项所述302的用途，其中该免疫系统疾病或病症是选自下组，其构成为:该免疫系统疾病或紊乱是选自下组，其构成为:阿狄森氏病、过敏、斑秃、阿耳兹海默氏病、抗嗜中性细胞胞质抗体(ANCA)-相关性脉管炎、强直性脊柱炎、抗磷脂综合征(休斯综合征)、关节炎、哮喘、动脉硬化、动脉硬化斑块、自身免疫疾病(例如，狼疮、RA、MS、格雷夫斯氏病、等等)、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性肝炎、自身免疫性内耳病、自身免疫性淋巴增生综合征、自身免疫性心肌炎、自身免疫性卵巢炎、自身免疫性睾丸炎、无精子症、贝切特氏病、贝切特氏综合征、贝格尔氏病、大疱性类天疱疮、心肌症、心血管疾病、口炎性腹泻/乳糜泻、慢性疲劳免疫功能障碍综合征(CFIDS)、慢性自发性多发神经炎、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经疾病(CIPD)、慢性复发性多发性神经病变(格-巴二氏综合征)、丘-施二氏血管炎(CSS)、瘢痕性类天疱疮、冷凝集素病(CAD)、COPD, CREST综合征、克罗恩病、疱疹样皮炎、皮肌炎、糖尿病、盘状狼疮、湿疹、后天性大疱性表皮松解症、原发性混合型冷凝球蛋白血症、伊凡斯氏综合征、眼球突出症、纤维肌痛、古德帕斯彻氏综合征、移植物相关性疾病或紊乱、格雷夫斯氏病、GVHD、桥本甲状腺炎、特发性肺纤维化、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、IgA肾病、免疫增生性疾病或紊乱(例如，银屑病)、炎症性肠病(IBD)、胰岛素依赖型糖尿病(IDDM)、间质性肺病、幼年型糖尿病、幼年型关节炎、幼年型特发性关节炎(JIA)、川崎氏病、朗-伊二氏肌无力综合征、扁平苔藓、狼疮、狼疮肾炎、淋巴细胞性垂体炎、美尼尔氏病、米勒费雪综合征/急性播散性脑脊髓脊神经根病、混合性结缔组织病、多发性硬化症症(MS)、肌风湿病、肌痛性脑脊髓炎(ME)、重症肌无力、眼部炎症、落叶型天疱疮、寻常型天疱疮、恶性贫血、结节性多动脉炎、多软骨炎、多腺体综合征(怀塔克综合征)、风湿性多肌痛、多发性肌炎、原发性无丙种球蛋白血症、原发性胆汁性肝硬化/自身免疫性胆道疾病、银屑病、银屑病性关节炎、雷诺氏现象、莱特尔氏综合征/反应性关节炎、再狭窄、风湿热、风湿性疾病、类风湿性关节炎、肉样瘤病、施密特氏综合征、硬皮病、斯耶格伦氏综合症、实体器官移植体排斥(肾、心脏、肝、肺、等等)、僵人综合征、系统性红斑狼疮(SLE)、系统性硬皮病、高安氏动脉炎、颞动脉炎/巨细胞动脉炎、甲状腺炎、I型糖尿病、II型糖尿病、溃疡性结肠炎、眼色素层炎、脉管炎、白癜风、韦格纳氏肉芽肿病，以及预防或阻抑与由一位受方受试者对于一种供方的组织、细胞、移植物、或器官移植体的排斥相关联的一种免疫应答。以下对本发明的其他方面进行说明。图式的简单说明图1是质粒表达载体P⑶NA突变CTLA-4-1g的示意图，它包括编码了突变CTLA-4-1g融合蛋白的核苷酸序列。在图1中，每个突变CTLA-4-1g融合蛋白包括本发明的一个突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽在其C-端与人类IgG2 (hIgG2) Fe多肽的N-端进行融 图 2A-2D 对应地是示例性 hCD80_Ig、hCD86_Ig、LEA29Y_Ig。以及 hCTLA-4_IgG2融合蛋白的示意图。示意性地显示了每个融合蛋白的信号肽、细胞外结构域(ECD)、连接物(如有任何存在)、以及Ig Fe结构域。还显示了存在于该信号肽、ECD、连接物(如有任何存在)、与Ig Fe之间的多个接合处的氨基酸残基。每个融合蛋白的信号肽典型地在加工过程中受到切割，并且因此该分泌(成熟)的融合蛋白典型地并不含有该信号肽序列。图2D展示了人类CTLA-4-1gG2 (“hCTLA-4-1gG2”)融合蛋白的示意图，该融合蛋白包括一个人类CTLA-4细胞外结构域(“hCTLA-4E⑶”)，该人类CTLA-4细胞外结构域在其C-端与人类IgG2多肽的N-端进行共价融合。这种hCTLA-4-1gG2融合蛋白的预测多肽序列示于SEQ IDNO: 161，并且包括以下片段:hCTLA-4信号肽(氨基酸残基1_37)、hCTLA_4E⑶多肽(氨基酸残基38-161 )、以及人类IgG2Fc多肽(氨基酸残基162-389)。在该hCTLA_4ECD多肽的C-端与该人IgG2Fc的N-端之间不包括连接物(例如，无氨基酸残基)。该人类IgG2Fc多肽包括人类IgG2的铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。在图2D中，显示了在这些不同片段之间的接合处上的氨基酸残基。具体言之，显示了该信号肽的后四个氨基酸残基、该hCTLA-4ECD多肽的前五个以及后五个氨基酸残基、以及该人类IgG2Fc多肽的前五个以及后五个氨基酸残基。该信号肽典型地在加工过程中受到切割，并且因此该hCTLA-4_IgG2的分泌融合蛋白(成熟融合蛋白)典型地并不含有该信号肽序列。这种hCTLA-4-1gG2融合蛋白的成熟或分泌形式的多肽序列示于SEQ ID ΝΟ:162Αστυν-4ΕΟ)多肽的序列包括SEQ ID NO: 162的氨基酸残基1-124，并且人类IgG2Fc多肽的序列包括SEQ ID NO: 162的氨基酸残基125-352。在另一个方面，这种成熟hCTLA-4Ig并不包括C-端赖氨酸(K)残基，并且因此包括SEQ IDNO: 162的氨基酸残基1-351。这种成熟hCTLA-4_IgG2融合蛋白(它具有总共352个氨基酸)包括在SEQ IDNO: 160中所示的全长WT hCTLA-4蛋白的多肽序列的氨基酸残基38-389，并且以下氨基酸残基序列起始:甲硫氨酸-组氨酸-缬氨酸-丙氨酸。若需要，该成熟形式的氨基酸能够以Met-His-Val-Ala序列的Met起始来编号，将Met指定为第一残基(例如，该E⑶包括编号为1-124的氨基酸残基)，如在SEQ ID NO: 162中。成熟hCTLA_4IgG2是典型地在以下所说明的实例的测定中使用的融合蛋白形式，除非另有指明。编码了这种hCTLA-4-1gG2融合蛋白(它包括与hIgG2Fc多肽相融合的hCTLA-4ECD)的DNA序列示于SEQ ID NO: 163。图3表示以下蛋白的SDS/PAGE分析:不同质量的分子量标记物(千道尔顿(kDa))(第I道);基于克隆D3的本发明的示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白(B卩，D3_IgG2)(第2道)；基于克隆D4的一个示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白(即，D4-1gG2)(第3道);以及OrenciaS:(Abatacept)融合蛋白(第 4 道)(Bristol-Myers Squibb C0., Princeton, NJ)。图4表示本发明的一种示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白(即，D3_IgG2)由SEC分析获得的洗脱图，证明本发明的突变CTLA-4-1g融合蛋白在从瞬时转染的COS细胞中纯化时在尺寸上是同质的。图5显示了以下融合蛋白与h⑶86-1g的结合的典型Biacore 分析:Orencia 融合蛋白、LEA29Y-lg、以及D3-lgG2。该分析的解离相以由箭头标记的时间开始。Orenda 融合蛋白(它是由融合了突变IgGlFc结构域多肽的野生型人类CTLA-4ECD多肽构成)有效地充当一种野生型人类CTLA-4-1g对照物。本发明的一种突变CTLA-4-1g融合蛋白(如，D3-1gG2，它与Orcncia, 融合蛋白相比具有与CD86_Ig相结合的更高的亲和力)与Orencia 融合蛋白相比具有更慢的从⑶86-lg中解离的速率。

图6是涉及本发明的示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白(D3-04_IgG2、D3_ll_IgG2、D3-12-1gG2、D3-14-1gG2)的PBMC增殖抑制测定(使用抗-⑶3抗体刺激)结果的图示。这些测定显示，与Orencia 以及LEA29Y-1g相比，本发明的突变CTLA-4-1g融合蛋白在体外抑制T细胞增殖方面是显著地更加有效的。图7是涉及本发明的多个突变CTLA-4-1g融合蛋白的示例性组的⑶4+T细胞增殖抑制测定(使用抗-CD3刺激以及hB7.2-依赖的共刺激)的图示。将Orencia 以及LEA29Y-1g融合蛋白包括为对照物用于进行比较。图8是涉及本发明的多个突变CTLA-4-1g融合蛋白的示例性组的PBMC增殖抑制分析(使用Pro抗原刺激)的图示。将Orencia 以及LEA29Y-lg融合蛋白包括为对照物用于进行比较。图9是涉及本发明的一个示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白D3_IgG2的单向混合淋巴细胞反应(MLR)增殖抑制测定的图示。将Orenda 及LEA29Y-1g融合蛋白包括为对照物用于进行比较。图10是显示本发明的一个示例性突变CTLA-4-1g融合蛋白的结构的示意图。示意性地显示了两个相同的单体突变CTLA-4-1g融合蛋白，各自包括一个成熟突变CTLA-4E⑶，该E⑶在其C-端与人类IgG2Fc多肽的N-端进行融合。每个人类IgG2多肽包括一个IgG2铰链区、CH2结构域。以及CH3结构域。还显示了存在于该E⑶与Ig Fe多肽之间的多个接合处的示例性氨基酸残基。在这些成分之间的接合处上的氨基酸残基可以不同，这取决于该突变CTLA-4E⑶多肽序列和/或Ig多肽序列。这种二聚体融合蛋白是由至少一个二硫键的形成而产生，该二硫键在这两个单体中类似位置上的半胱氨酸残基之间形成。潜在性地涉及在这两个单体之间形成二硫键的半胱氨酸(C)残基以星号进行标记。每个单体融合蛋白的信号肽典型地在加工过程中受到切割，并且因此该分泌(成熟)融合蛋白典型地并不包括该信号肽序列。图11是涉及hCTLA-4-1gG2、Orenda 以及LEA29Y-1g融合蛋白的CD4+T细胞增殖抑分析(使用抗-CD3刺激以及hB7.2-依赖性共刺激)的图示。图12A-12F表示野生型人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列(在该图中称为“hCTLA4E⑶”)、该LEA29Y多肽的多肽序列(在该图中称为“LEA29YE⑶”)、与本发明的示例性突变CTLA-4E⑶多肽的多肽序列的比对。本发明的这些突变CTLA-4E⑶多肽的克隆名称示于左侧。与在野生型人类CTLA-4ECD多肽中的氨基酸序列相同的氨基酸残基以句点(.)指明。图13表示一个BL0SUM62矩阵。图14(A-D)显示 针对两个氨基酸序列的示例性比对以及通过手动计算所确定所确定的比对得分。图15A-15B显示在大鼠体内以lmg/kg作为一个单一(A)静脉(IV)团药或(B)皮下(SC)注射所给予的OrenciaS:融合蛋白、人类CTLA-4-1gG2、以及本发明的代表性突变CTLA-4-1gG2融合蛋白的药物动力学(PK)曲线。本发明的详细说明定义还应当理解的是，本文中所用的术语仅是处于说明聚体的实施方案的目的并且并不旨在进行限制。除非另外定义，本文中所用的所有技术及科学术语具有与本发明所涉及的领域内的普通技术人员所通常理解的意义相同的意义。术语“核酸”以及“多核苷酸”是可互换使用的以便是指处于单或双股形式的多个核酸残基(例如，脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸)的聚合物。除非明确限定，这些术语涵盖了含有天然核苷酸的已知类似物的核酸，这些核酸与参比核酸具有类似的结合特性，并且可以按照与天然发生的核苷酸相类似的方式进行代谢。除非另有指明，一种具体的核酸序列还暗示性地涵盖它的多个保守性修饰的变体(例如，简并密码子的取代)以及互补的核苷酸序列，连同明确指明的序列。确切地，简并密码子的取代可通过产生多个序列而达到，在这些序列中一个或多个所选择(或全部)的密码子的第三位置被混合的碱基和/或脱氧肌苷残基取代(Batzer et al., Nucleic Acid Res.19:5081 (1991) ；0htsuka et al., J.Biol.Chem.260:26052608 (1985);及 Cassol et al.(1992) ；Rossolini et al., Mol.Cell.Probes8:9198 (1994))。术语核酸或多核苷酸是与cDNA或由一个基因所编码的mRNA互换使用的。
术语“基因”广泛地是指与一种生物功能相关联的任何核酸片段(例如，DNA)。一个基因可包括它们的表达所要求的一个编码序列和/或调节序列。一个基因还可包括一个或多个未经表达的DNA核酸片段，这个或这些片段(例如)形成了其他的一种或多种蛋白的识别序列(例如，启动子、增强子、或其他调节区域)。一个基因可获自不同的来源，包括从所感兴趣的来源中克隆或从已知的或预测的序列信息而合成，并且可包括一个或多个经设计以具有所希望的参数的序列。术语“多肽”、“肽”、以及“蛋白”是互换使用的以便是指多个氨基酸残基的聚合物。这些术语应用至多个氨基酸聚合物上，在这些氨基酸聚合物中一个或多个氨基酸残基是一种对应的自然发生氨基酸的一个人工化学模拟物，连同自然发生的氨基酸聚合物以及非自然发生的氨基酸聚合物。如在本文中所使用的，这些术语涵盖了任何长度的氨基酸链，包括全长蛋白(即，抗原)，其中这些氨基酸残基是由共价肽键连接的。一种给定的氨基酸聚合物或核酸聚合物的编号“对应于”或是“相对”一种所选择的氨基酸聚合物或核酸聚合物的编号，当任何给定的聚合物组分(例如，氨基酸、核苷酸，也通称为“残基”)的位置是参比所选择的氨基酸或核酸聚合物的一个相同或等效位置而指定，而并非由在该给定聚合物中该组分的实际编号位置而指定。因此，例如，一个给定氨基酸位置在一个给定多肽序列中的编号对应于在用作一个参比序列的一个所选多肽序列中的相同或等效的氨基酸位置。在本文中，一个“等效位置”(例如，一个“等效氨基酸位置”或“等效核酸位置”或“等效残基位置”)被定义为一种试验多肽(或试验多核苷酸)序列的一个位置(如，一个氨基酸位置或核酸位置或残基位置)，该位置当使用在本文中所说明的比对算法进行比对(优选的是最佳比对)时与参比多肽(或参比多核苷酸)序列的一个对应位置金进行比对。该试验多肽序列的等效氨基酸位置并不需要具有与该试验多肽的对应位置相同的数字位置号。同样，该试验多核苷酸序列的等效核酸位置并不需要具有与该试验多核苷酸的对应位置相同的数字位置号。 一种“突变”多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与一种亲本或参比多肽的多肽序列(例如，一种野生型(WT)多肽序列)具有一个或多个氨基酸残基差异。在一个方面，一种突变多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与一种亲本或参比多肽的多肽序列具有该亲本或参比多肽序列残基总数的从大约 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、20%、30%、40%、50%、或更多的差异。在另一个方面，一种突变多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与一种亲本或参比多肽的多肽序列至少约50%、60%、70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或 99% 的序列一致性。在另一个方面，一种突变多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与一种亲本或参比多肽的多肽序列具有从I至 100个或更多的氨基酸残基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个、或更多的氨基酸残基)差异。一种突变多肽可包括一个多肽序列，该多肽序列与一种亲本或参比多肽的多肽序列具有通过(例如)该亲本或参比多肽的一个或多个氨基酸残基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个、或更多的氨基酸残基)的缺失、添加、或取代、或这种或这些缺失、插入、和/或取代的任何组合所造成的差异。该参比或亲本多肽其本身可以是一种突变多肽。一种“突变”核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列与一种亲本或参比核酸(如，一种WT核酸)的核苷酸序列具有一个或多个核酸残基差异。在一个方面，一种突变核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列与一种亲本或参比核酸的核苷酸序列具有该亲本或参比核苷酸序列残基总数的从大约 1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、20%、30%、40%、50%、或更多的差异。在另一个方面，一种突变核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列具有与一种亲本或参比核酸的核苷酸序列至少约50%、60%、70%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、或 99% 的序列一致性。在另一个方面，一种突变核酸包括一个核苷酸序列，该核苷酸序列与一种亲本或参比核酸的核苷酸序列具有从I至100个或更多的核苷酸残基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个、或更多的核苷酸残基)差异。一种突变核酸可包括一个多肽序列，该多肽序列与一种亲本或参比多肽的多肽序列具有通过(例如)该亲本或参比多肽的一个或多个氨基酸残基(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个、或更多的氨基酸残基)的缺失、添加、或取代、或这种或这些缺失、插入、和/或取代的任何组合所造成的差异。在一种核酸中的一个突变还可以产生于一个可替代的切割或核苷酸的平截或在核苷酸的加工或切割中的错误。该参比或亲本核酸其本身可以是一种突变核酸。“自然发生”当应用至受试者时意味着该受试者在自然中被发现而不同于由人类人工生产的。“非自然发生”当应用至受试者时意味该受试者不是自然发生的(即，该受试者不可能在自然中被发现)。例如，一种非自然发生的多肽是指由人制备的一种多肽，例如，通过体外合成或人工制备。所感兴趣的一个序列的一个“亚序列”或“片段”是该完整序列的任何部分，达到但不包括所感兴趣的完整序列。一种核酸、蛋白或其他组分当它部分地或彻底地与和它正常结合的多个组分(其他蛋白、核酸、细胞、合成试剂、等等)分开时是“分离的”。在摩尔基础上，在一个组合物中一种分离的种类比其他种类更为大量的。例如，该分离的种类可包括存在的所有大分子种类的至少约 50%、70%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100%(在摩尔基础上)。优选地，所感兴趣的种类被纯化达到实质的均质性(即，在该组合物中污染物种类不能通过常规的检测方法检测到)。纯度和均质性可使用本领域中所熟知的多种技术确定，如，蛋白或核酸样本的琼脂糖或聚丙烯酰胺凝胶电泳，之后跟对染色、然后立即显像。若希望，可使用一种高分辨率的技术，如高效液相层析(HPLC)或一种类似手段用于材料的纯化。术语“纯化的”当应用至核酸或多肽上时总体上代表一种核酸或多肽，该核酸或多肽基本上不含其他组分，如通过本领域所熟知的分析技术所确定(例如，一种纯化的多肽或多核苷酸在电泳胶、色谱洗脱液、和/或经受密度梯度离心的媒质中形成一个离散的条带)。例如，在凝胶电泳中产生基本上一个条带的核酸或多肽是“纯化的”。一种纯化的核酸或多肽是至少约50%纯度，通常是至少约75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%,99.6%,99.7%,99.8%、或更加纯的(例如，在摩尔基础上按重量计的百分比)。在一个相关的意义上，本发明提供了使组合物富含一种或多种本发明的分子的方法，如本发明的一种或多种多肽或多核苷酸。当在应用一种纯化或富集技术之后一种分子的浓度存在着一种实质的增加时，一种组合物即富含该分子。一种实质上纯的多肽或多核苷酸将典型地包括按重量计(在摩尔基础上)在一个具体组合物中所有大分子种类的至少约 55%、60%、70%、80%、85%、90% 、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98、99%、99.5% 或更多。一种核酸或多肽当它是人工或工程处理的，或衍生自一种人工或工程处理的蛋白或核酸时是“重组”的。术语“重组”当针对一种细胞使用时，典型地是指该细胞复制了一种异源核酸或表达了一种由异源核酸编码的多肽。重组细胞可包括不会在天然(非重组)形式的细胞中发现的基因。重组细胞还包括以下细胞，这些细胞包括在天然形式的细胞中发现的基因，但这些基因被修饰或通过人工手段重新引入该细胞中。该术语还涵盖了以下细胞，这些细胞包括对于该细胞为内源性的一种核酸，该核酸已经得到修饰，未将该核酸从该细胞中去除；此类修饰包括通过基因置换、位点特异性突变、以及本领域中的普通技术人员已知的相关技术所获得的那些。重组DNA技术包括用于在体外生产重组DNA，并将该重组DNA转移至它可表达或扩增的细胞中、由此产生一种重组多肽的技术。一个“重组表达盒”或简称为“表达基因盒”是一种重组地或合成地产生的核酸构建体，具有可以在与此 类序列兼容的宿主中影响一个结构基因表达的多个核酸元件。表达基因盒包括至少启动子以及可任选地的转录终止信号。典型地，该重组表达盒包括一种有待转录的核酸(例如，编码一种所希望的蛋白的核酸)以及一个启动子。在影响表达方面所需或有帮助的额外的因子也可如本文所说明进行使用。例如，一个表达基因盒也可包括多个核苷酸序列，这些核苷酸序列编码了指导一种表达的蛋白从宿主细胞中分泌的信号序列。转录终止信号、增强子、以及影响基因表达的其他核酸序列也可包括于一个表达基因盒中。如在本文中所使用的，一个“外源核酸”、“外源DNA片段”、“异源序列”、或“异源核酸”是源自于对该具体的宿主细胞而言为外来的来源的，或者若来自相同的来源，则是从其起始形式修饰的。因此，在一个宿主细胞中的异源基因包括对于该具体的宿主细胞为内源性的、但已经过修饰的基因。在本文所说明的应用中一个异源序列的修饰典型地是通过使用定向分子进化法而发生的。因此，该术语是指一个DNA片段，该DNA片段对于该细胞是外来的或外源的，或对于该细胞是同源的，但在该宿主细胞核酸中的位置是原始无法发现该元件的。将外源核酸或外源DNA表达以产生外源多肽。一个“载体”可以是能够在宿主细胞中递送或维持一种核酸的任何试剂，例如但不限于:质粒(例如，DNA质粒)、裸核酸、病毒载体、病毒、与一种或多种多肽或其他分子络合的核酸、连同固定在固相颗粒上的核酸。载体在以下进行详细说明。一个载体可用作一种试剂用于在宿主细胞中递送或维持一个外源基因和/或蛋白。一个载体能够转导、转染、或转化一种细胞，由此造成该细胞复制或表达核酸和/或蛋白(处理对于该细胞而言并非天然的那些)，或以该细胞而言非属天然的方式复制或表达核酸和/或蛋白。一个载体可包括协助一种核酸进入该细胞的材料，如，一种病毒颗粒、脂质体、蛋白涂层、或类似物。可使用将一种核酸递送至该细胞中的任何方法；除非另有指明，术语载体并不是指将一种核酸递送至一个细胞中的任何具体方法，或者并不是指任何具体的细胞类型是转导的受试者。本发明并不限于用于递送或维持本发明的任何核酸的任何特定载体，该核酸包括(例如)编码了本发明的一种突变CTLA-4多肽或它的一个片段(例如，突变CTLA-4E⑶)的一种核酸，该核酸结合⑶80和/或⑶86或它的一个片段(例如，一个⑶80E⑶或⑶86E⑶)的。术语“表达载体”典型地是指重组地或合成地产生的一个核酸构建体或序列，具有一系列的特定核酸元件，它允许将一种特定核酸转录至宿主细胞中。该表达载体典型地包括有待转录的、可操作地连接到一个启动子上的一种核酸。术语“表达”包括涉及生产这种多肽的任何步骤，包括但不限于:转录、转录后修饰、翻译、翻译后修饰、和/或分泌。一种“信号肽”是一个肽(或氨基酸)序列，该序列典型地是在所感兴趣的一种多肽之前，并且与该多肽共同进行翻译，并且指导或协助该多肽进入分泌系统。一种信号肽典型地是与所感兴趣的多肽的氨基端共价地附连或融合的，并且协助所感兴趣的多肽从宿主细胞中的分泌。该信号肽典型地在翻译之后从所感兴趣的多肽中切割。术语“编码”是指一种核苷酸对一个或多个氨基酸进行编码的能力。该术语并不需要一个起始或终止密码子。一个氨基酸序列可以在一个多核苷酸序列及其互补体所提供的六个不同读框中的任何一个进行编码。术语“对照序列”在本文中进行定义以便包括对于表达本发明的一种多肽而言是必需的或有利的所有组分。每个对照序列可以是对于编码该多肽的核苷酸序列而言是天然或外来的。此类对照序列包括但不限于:一个引导子(leader)、多腺苷酸序列、前肽序列、启动子、信号肽序列、以及转录终止子。在最小限度，一个对照序列包括一个启动子，以及转录的和翻译的终止信号。这些对照序列可以与多个连接物一起提供，这是出于引入特异的限制性位点的目的，这些位点协助了这些对照序列与编码了一种多肽的核苷酸序列的编码区域的连接作用。术语“编码序列”是指一种核苷酸序列，该核苷酸序列直接指定了其蛋白产物的氨基酸序列。这个编码序列的边界总体上是由一个开放读框(ORF)确定的，它可起始于ATG起始密码子。一种核酸当它被放置在与另一种核酸序列的功能性关系中时是与另一种核酸序列“可操作地连接”的。例如，一个启动子或增强子是可操作地连接到一个编码序列上，若它指导了该编码序列的转录。可操作地连接意 思是所连接的这些DNA序列典型地是邻近的，并且在必需结合两个蛋白编码区域时是邻近的并且在阅读框中。然而，因为增强子总体上在距离该启动子几千个碱基时发挥作用并且内含子序列可具有可变化的长度，一些多核苷酸元件可以是可操作地连接的但并非邻近的。一种“宿主细胞”是任何易于用一种核酸转化的细胞。“一个多核苷酸序列的基本上全长”或“一个多肽序列的基本上全长”对应地是指一个多核苷酸序列或多肽序列长度的至少约50%、60%、70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5% 或更多。一种“抗原”是指一种物质，它与由特异性免疫原所刺激的免疫应答的这种或这些
广物进7TT反应。见，如，Julius Cruse et al.，Atlas of Immunology60 (1999)
,Richard Coicci et al., Immunology.-^
Shoet Couese27-30 (5th ed.2003)。一种免疫应答可包括一种体液应答和/或一种细胞介导的免疫应答(例如，细胞毒性T淋巴细胞(CTL))。免疫应答的产物可包括抗体和/或CTL。抗原典型地是大分子(例如，多肽、核酸、碳水化合物络合物、磷脂、多糖类)，这些大分子对于该宿主而言是外来的；被称为抗原决定簇的抗原的部分与该免疫应答的这种或这些产物进(如一种抗体或在T淋巴细胞上的特异性T细胞受体)行反应(例如，与它或它们结合)。一种抗原可以(但非必需)诱发一种免疫应答并且与该免疫应答的这种或这些产物进行反应。“抗原性”是指具有抗原性的状态或特性一即，具有一种抗原的特性。一种抗原的特异性可以显示在一种抗原与它的抗体(反之亦然)的关系中；一种抗原典型地以高度特异的方式与其对应的抗体进行反应，并且并不会以相同程度的特异性与由该免疫原所诱发的其他抗体进行反应。一个“抗原量”是一种抗原的量，该抗原与由一种特异性免疫原所激发的免疫应答的这种或这些产物进行可检测地反应。一种“免疫原”是指一种物质，它可诱发一种免疫应答而非免疫耐受。见，如，JuuusCeuse et al.，以上说明文献于60-61 ；R
ICHAED C0ICOj
以上说明文献于27-30。免疫原还与所诱发的免疫应答的这种或这些产物进行反应(例如，结合)，这种或这些产物已经特异地诱对抗这些抗原。因此，所有的免疫原都是抗原。“免疫原性”是指具有免疫原性的状态或特性-即，具有一种免疫原的特性。一个“免疫原量”是有效诱发一种可检测的免疫应答的一种免疫原的量。一种免疫原可在受试者体内弓I起一种强免疫应答,如对于至少一种病原的至少部分或完整的保护性免疫力。一种“免疫调节剂”或“免疫调节性”分子(如，一种免疫调节性多肽或核酸)调整了免疫应答。提及“调整”一种免疫应答或对其“进行调整”是指该免疫应答被改变。例如，在一位受试者体内“调整”一种免疫应答或对其“进行调整”总体上是指在该受试者体内激发、诱发、抑制、降低、阻抑、增加、增强、或以其他方式改变一种免疫应答。一种免疫应答的这种调整可以通过本领域中的普通技术人员已知的方法进行评估，包括以下所说明的那些。一种“免疫抑制药”或“免疫抑制剂”是一种分子，如多肽或核酸，它阻抑一种免疫应答。如在本文中所使用的，一种“抗体”(缩写为“Ab”)是指一种免疫球蛋白(缩写为“Ig”)，不论是天然的或全部或部分地合成产生的。该术语包括它的所有衍生物，这些衍生物维持了针对一种抗原的特异性结合能力。该术语还涵盖具有一个结合结构域的任何蛋白，该结合结构域与一种免疫球蛋白结合结构域是同源的或大致是同源的。此类蛋白可衍生于天然来源，或部分地或全部合成产生。一种抗体可以是单克隆的或多克隆的。一种抗体可以是任何免疫球蛋白类别的一个成员，包括以下五个人类类别中的任何一个=IgA (它包括亚型IgAl以及IgA2) 、IgD、IgE、IgG (它包括亚型IgGU IgG2、IgG3、以及IgG4)以及IgM。抗体包括成对的重以及轻多肽链，并且每个这种链是由单个的免疫球结构域构成的。每条链包括一个恒定(C)区以及一个可变(V)区。一种典型的抗体结构单元包括一个四聚体。每个四聚体是由两组相同的多肽链对构成的，每个对具有一条“轻”链(大约25kDa)以及一条“重”链(大约50_70kDa)。重链以五种主要类型(Υ、μ、δ、α、以及ε)存在，这取决于该抗体的类型，并且含有大约450至600个氨基酸残基。轻链具有两种主要类型(λ和K )，并且含有大约230个氨基酸残基。作为一种例子，一种IgG抗体是一个四聚蛋白，该四聚蛋白包括两条重链以及两条轻链。每条IgG重链含有按照以下顺序从N-端至C-端所连接的四个免疫球结构域:Vh-Ch1-Ch2-Ch3 (有时也缩写为VH-CH1-CH2-CH3)。这些缩写对应地是指重链可变结构域、重链恒定结构域1、重链恒定结构域2、以及重链恒定结构域3。一条重链也可以指抗体类型，如，Cy 1，它代表IgG抗体的伽玛(Y )重链的第一恒定结构域。每条IgG轻链包括按照以下顺序从N-端至C-端所连接的两个免疫球结构域:Vh-Q，其中Vh和Q对应地是指轻链可变结构域以及轻链恒定结构域。一种抗体的可变区(它在每条多肽链的N-端典型地包括大约100至110个或更多的氨基酸)包括抗原结合决定簇，并且因此主要负责抗原识和及特异性。多个抗体之间的最大程度的氨基酸序列变异在该可变区中见到。大部分的序列变异发生在位于该可变区中的互补决定区(⑶R)。存在着总计六个⑶R，三个⑶R在各条重链中，而三个⑶R在各条轻链中，它们共同形成了抗原结合位点。重链⑶R被命名为Vh⑶R1、Vh⑶R2、以及VhCDR3，而轻链⑶R被命名为Vl⑶R1、Vl⑶R2、以及Vl⑶R3。位于⑶R之外的区域称为框架(FR)区。不同抗体的框架区可在氨基酸残基方面发生变化，但氨基酸变异的程度并未与不同抗体的可变区之间变异的程度近似一样多。在多个情形下，这些框架区提供了一个稳定的或恒定的支架用于由CDRs所提出的氨基酸多样性。术语“抗体片段”是指小于全长的一种抗体的任何衍生物。抗体片段的实例包括但不限于:含有Vh-ChI和Vh-Q的抗原结合片段(Fab)、含有Vh和\的可变片段(Fv)、含有一起连接在一条链中的Vh和\的单链可变片段(scFv)、连同其他V区片段，如Fab’、F(ab)2) F(ab，)2、dsFv 双抗体(diabody)、Fc、以及 Fd 多肽片段。见 Cqncise Encyclopedia:Biochemistey細 Molecular ^iology (de Gruyter, 3d ed.1997)，以及 Watson, J.D.et al.，Recombinant DNA (2ded.1992)(以下称为 “Watson”)。一个抗体片段可以通过本领域中已知的任何手段产生。例如,该抗体片段可通过将一个完整的抗体断裂而酶促或化学产生，或它可从一个编码了该部分的抗体序列的基因中重组地产生。例如，抗体的片段可通过用一种肽酶进行消化而产生。例如，胃蛋白酶在铰链区中在这些二硫键以下消化了一种抗体以产生F(ab’)2，一种Fab片段的二聚体，该Fab片段其本身是由一个二硫键结合Vh-ChI的一条轻链。该F(ab’)2可以在温和的条件下被还原以破坏铰链区中的二硫化物连接体，由此将该(Fab’ ) 2 二聚体转化成为一个Fab’单体。该Fab’单体实质上是一个具有部分的铰链区的Fab片段。对于抗体和抗体片段的更为详细的说明，见，Funmmental Immunology..E.Paul, ed., Raven Press, N.Y.(1993)。尽管就一种完整抗体的消化而言定义了不同的抗体片段，本领域中的普通技术人员应当理解此类Fab’片段可以从头化学地合成或通过使用重组DNA方法学来合成。因此，该术语还包括通过整个抗体的修饰而产生的或使用重组DNA方法学从头合成的抗体片段。可替代地，该抗体片段可以是整个地或部分地合成产生的。该抗体片段可以可任选地是一个单链抗体片段。可替代地，该片段可包括连接在一起的多个链，例如通过二硫化物连接体。该片段也可以可任选地是一种多分子络合物。一种功能性的抗体片段将典型地包括至少约50个氨基酸，并 且将更典型地包括至少约200个氨基酸。一个免疫球蛋白或抗体分子的Fe区域或结构域(也被称为Ig Fe多肽或Fe多肽)大致对应于该免疫球蛋白重链的恒定区，并且负责不同的功能，包括抗体的一种或多种效应子功能。例如，IgG分子的Ig Fe区域包括免疫球结构域CH2和CH3以及导向进入CH2的N-端铰链区。铰链区是在Fe与CHl之间的重链的一部分，含有重链间的二硫键，并给予该抗体分子柔性。Fe区域的恒定结构域与免疫系统的细胞相互作用。Fe受体是结合了抗体的Fe区域的蛋白。对于这种IgG抗体类别的一个重要的Fe受体家族包括Fe伽玛受体(FcyR)。在细胞上抗体对Fe受体的结合介导了多中抗体功能。不同的IgG亚类对于Fe伽玛受体展示了不同的亲和力。大体上，与IgG2和IgG4相比，IgGl和IgG3以更大的亲和力结合这些受体。Fc受体表达在不同的细胞上,包括例如B细胞、单核细胞、树状细胞、嗜中性细胞、以及某些淋巴细胞。一个Ig Fe与它的受体的结合将这些效应子细胞带至所结合的抗原的位点上，最后造成信号传导以及免疫应答，包括B细胞活化、炎症应答、细胞毒性应答、以及吞噬细胞的应答。一种Ig Fe融合体是一种分子，该分子包括可操作地连接至一种免疫球蛋白或抗体的Fe区域上的一个或多个多肽(或一个或多个小分子)。见，如，Chamow etal., 1996, Trends Biotechnol.14:52-60。因此,一种 Ig Fe 融合蛋白是一种分子，该分子包括可操作地连接至一个Ig Fe区域上的一种或多种多肽。一种Ig Fe融合蛋白可包括例如，一种抗体的Fe区域(它协助了效应子的功能和药物代谢动力学)，以及一种受体蛋白或配体蛋白或其他蛋白或其片段的结合区域或结合结构域。该结合区域或结合结构域介导了该靶受体或配体的识别(与一种抗体的抗体可变区对一种抗原的识别是可比的)。一个IgFe区域可间接或直接连接到一个或多个多肽或小分子(融合配偶体)上。可以将本领域中所已知的并且如以下详细说明的多个连接体用将一个IgFc连接到一个融合配偶体上以产生一种Ig Fe融合体。一种Ig Fe融合蛋白典型地包括直接或间接共价连接到至少一个多肽上的Ig Fe区域，该多肽典型地结合一种靶配体或受体。单克隆的或多克隆的抗体可以用本领域中已知的任何技术进行制备(见，如，Kohler&Milstein, Nature256:495497 (1975) ；Kozbor et al., Immunology Today4:72(1983)；Cole et al.，pp.7796 于 Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy (1985))。可以将产生单链抗体的技术(美国专利号4，946，778)进行适应以产生针对本发明多肽的抗体。此外，可将转基因小鼠或其他生物体(包括哺乳动物)用来表达人源化的抗体。可以使用噬菌体展示技术来鉴定特异性地结合到所选择的抗原上的抗体以及杂聚性 Fab 片段(见，如，McCafferty et al., Nature348:552554 (1990) ;Marks et al.，BiotechnologylO:779783 (1992))。术语“表位”是指特异性结合到一种抗体的部分上的一个抗原决定簇。表位通常是由多个分子的化学活性表面群集所构成，如氨基酸或糖侧链，并且通常具有特异的三维结构特征，连同特异的电荷特征。对构象和非构象进行区分，这是因为与前者的结合在变性溶剂的存在下丧失而后者不会。两个分子(例如，一个配体和一个受体)之间的一种“特异性结合亲和力”意思指一个分子对另一个分子的偏好结合。多 个分子的结合被典型地认为是特异的，若该平衡结合常数(例如，KA)是大约IxIO2IT1至大约IxlO13Ir1或更多，包括大约IO4至IO13M'大约IO6至IO12M'大约IO8IT1至IO11ITi或大约IO8至IOkiM'在一个抗原与一个抗体之间的结合相互作用的Ka值典型地在从大约IO5M4至大约IO1I1的范围内，通常是大约IOl1至大约KAf1，并且经常是大约IO8M4至大约IOkiM' Ka (M—1)是通过计算匕/\而确定的，其中ka是结合速率常数而kd是解离速率常数。匕和匕的单位对应地是^^^和^。平衡解离常数Kd是Ka的倒数。KD=kd/ka。对于反应A+B〈=>AB(代表结合到一个所感兴趣的单一蛋白(例如，受体)上的一个单一配体)，Kd等于([A] [B])/[AB]。用于测量结合亲和力和/或分子亲合力的熟知技术的非限制性实例包括例如，Biacore 技术(GE Healthcare)，如在本文其他地方所讨论，等温滴定微量热法(isothermal titration microcalorimetry)(MicroCalLLC, Northampton, MA USA)、ELISA、以及荧光激活的细胞分选(FACS)法。例如，可使用FACS或其他分选法来选择分子群(例如，展示细胞表面的配体)，这些分子群特异地结合到相关联的结合对成员(如，受体，例如一种可溶性受体)上。配体-受体络合物可(例如)通过荧光进行检测并分选(例如，通过将该络合物与识别该络合物的一种荧光抗体进行反应)。将结合一种相关联的结合对成员(例如，受体)的所感兴趣的分子汇集并且在较低的受体浓度的存在下再次进行分选。通过在降低的受体浓度(一个示例性浓度范围，在KT6M降至KT13M的数量级上，S卩，由I微摩尔浓度(μ Μ)降至I纳摩尔浓度(ηΜ)、或更小(例如，1(ΓηΜ或I(T12M)的存在下进行多轮分选，根据该配体-受体相互作用的本质，可分离出对于该受体展示出特异的结合亲和力的所感兴趣的分子群。当提及一种蛋白时，短语“特异地(或选择性地)结合” 一种抗体或“特异地(或选择性地)进行免疫应答”是指一种结合反应，该结合反应是该蛋白在一个异质性蛋白群体以及其他生物制品学中存在的确定物。因此，在指定的免疫分析条件下，所限定的抗体以背景值的至少两倍结合到一种具体的蛋白上，并且不会以一个显著的量基本上结合到在该样本中存在的其他蛋白上。在此类条件下特异性结合到一种抗体上可能要求一种抗体，该抗体是针对它对一种具体蛋白的特异性选择的。可使用多种免疫分析形式来选择可与一种具体蛋白进行特异性免疫应答的抗体。例如，例行使用固相ELISA免疫测定来选择与一种蛋白进行特性地免疫应答的抗体(见，如，Harlow&Lane, Antibodies, A Laboratory Manual(1988)，用来确定特异性免疫反应性的免疫分析形式以及条件的说明)。通常而言，一种特异性或选择性的反应应当是至少两倍的背景信号或噪声并且更典型地是从10至100倍中背景值的。术语“细胞因子”包括例如但不限于:白介素、干扰素(IFN)、趋化因子、造血生长因子、肿瘤坏死因子(TNF)、以及转化生长因子。大体上，此类细胞因子是小分子量的蛋白，这些蛋白调控了免疫系统细胞的成熟、活化、增殖、以及分化。术语“筛选”总体上说明了一个过程，该过程识别了本发明的最佳分子，例如包括本发明的多肽，以及包括其的相关融合蛋白，以及编码所有此类分子的核酸。可以在选择和筛选中使用对应分子的几种 特性，例如，一种对应分子在试验系统或在体外、离体、或体内的应用中诱发或改变一种所希望的免疫应答的能力。“选择”是一种筛选形式，其中通过一个选择性标记的表达同时达到了识别和物理分离，它在一些遗传学情形下在其他细胞死亡时允许表达该标记的细胞存活(或反之亦然)。筛选标记包括例如，荧光素酶、半乳糖苷酶、以及绿色荧光蛋白、反应底物、以及类似物。选择性标记包括药物和毒素耐受基因、以及类似物。另一种选择模式涉及基于一个可检测事件的物理分选，如，一个配体与一个受体的结合、一种底物与一种酶的反应、或任何其他能够直接地(例如，通过使用一种生色的底物或配体)或间接地(例如，通过与一种生色的第二抗体进行反应)产生一种可检测信号的物理过程。通过物理分选进行的选择可以通过不同的方法完成，这些方法包括但不限于，例如，在全细胞或微滴形式中的y FACS。由于在体外研究初级免疫应答的限制，体内试验是特别有用的筛选方法。在一些此类研究中，首先将本发明的一种多核苷酸或多肽引入试验受试者(例如，一种哺乳动物，如，一种动物)体内，并且随后研究了一种经诱发的免疫应答，这是通过分析在经免疫动物体内的免疫应答类型(例如，经免疫动物血清中的抗体生产，T细胞的增殖)，或通过研究在该经免疫动物体内该经诱发免疫应答的质量或强度(例如，经诱发的抗体效价水平)而进行的。如在本文中所使用的，术语“受试者”包括但不限于:一种生物或动物，包括哺乳动物和非哺乳动物。一种哺乳动物包括例如但不限于:人类、非人类灵长类(例如，狒狒、红毛猩猩、猴、大猩猩)、小鼠、狗、猪、牛、山羊、猫、兔、大鼠、豚鼠、仓鼠、马、绵羊、或其他非人类哺乳动物。一种非哺乳动物包括例如但不限于:一种非哺乳动物无脊椎动物以及非哺乳动物脊椎动物，如，一种鸟(例如,一种鸡或鸭)或一种鱼。
术语“药物组合物”是指适合于在受试者(包括一种动物或人类)体内的药物用途的组合物。一种药物组合物典型地包括一个有效量的一种活性剂以及一种载体、赋形剂、或稀释剂。该载体、赋形剂、或稀释剂典型地对应地是一种药学上可接受的载体、赋形剂或稀释剂。术语“有效量”是指一种物质的一个剂量或量，该剂量或量足以产生一个所希望的结果。所希望的结果可包括在该剂量或量的受方体内的一个客观或主观改进。例如，所希望的结果可包括在一位受试者体内的一种免疫应答的可测量、可检测或可测试性的诱发、促进、增强、或调整，对该受试者已经给予了一个剂量或量的一种具体抗原或免疫原(或其组合物)。可将足以产生这种结果的一种免疫原的一个剂量或量说明为一个“免疫原性”剂量(药量)或量。一种“预防性治疗”是给予一位受试者的一种治疗，该受试者未显示一种疾病、病理学、或紊乱的迹象或症状，或仅显示了其早期迹象或症状的，这样使得出于防止或降低了发展该疾病、病理学、或紊乱的风险的目的而给予治疗。一种预防性治疗作为对抗一种疾病、病理学、或紊乱的防止性治疗，或作为抑制或降低一种疾病、病理学、或紊乱进一步发展或增强的治疗而发挥 作用。一种“预防活性”是一种试剂的一种活性，该试剂当给予一位受试者(该受试者未显示一种病理学、疾病、或紊乱的迹象或症状，或仅显示其早期迹象或症状)时防止或降低了发展该病理学、疾病、或紊乱的风险。一种“预防上有用”的试剂(例如，核酸或多肽)是指一种试剂，该试剂在防止一种疾病、病理学、或紊乱的发展方面是有用的，或在抑制或降低一种疾病、病理学、或紊乱进一步发展或增强方面是有用的。一种“治疗性治疗”是给予一位受试者的一种治疗，该受试者显示了病理学、疾病、或紊乱的症状或迹象，其中出于减少或消除这些迹象或症状而将治疗给予该受试者。一种“治疗活性”是一种试剂的一种活性，该试剂当给予一位患有病理学、疾病、或紊乱的迹象或症状的受试者时消除或减少了这些迹象或症状。一种“治疗上有用的”试剂是指该试剂用于减少、治疗、或消除一种疾病、病理学、或紊乱的迹象或症状。总体上，在本文中使用的命名法以及在以下说明的细胞培养、分子遗传学、分子生物学、核酸化学、以及蛋白质化学中的实验室操作是本领域中的普通技术人员所熟知的并且经常使用的。标准技术，如在 Sambrook et al., Molecular Cloning □ A LaboratoryManual (2nd Ed.), Vols.1-3, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NewYork, 1989 (以下称为 “Sambrook”)以及 CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, F.M.Ausubel et al., eds., Current Protocols, Greene Publishing Associates, Inc.与John ffiley&Sons, Inc.的合资企业(1994,增刊至1999)(以下称为“Ausubel”)中所说明，用于重组核酸方法、核酸合成、细胞培养方法、以及转基因的掺入，例如，电穿孔、注射、基因枪、经由皮肤印记、以及脂质转染(lipofection)。总体上,寡核苷酸合成以及纯化步骤是根据说明书而进行的。这些技术和操作典型地是根据本领域内的常规方法以及子本文件中通篇提供的不同概述性参考文献而进行的。其中的操作据信是本领域中的普通技术人员所熟知的，并且是为了读者方便而进行提供。在本文中对不同的额外术语是进行定义或以其他方式进行表征。本发明的分子及方法_本发明提供了用于治疗免疫系统的疾病、紊乱、以及病况的分子和方法，包括例如，其中调整免疫系统(例如，T细胞依赖的免疫应答)是希望的那些。本发明的分子(例如，本发明的多肽、本发明的偶联物、本发明的可溶性融合蛋白、编码此类多肽或融合蛋白的核酸)用于治疗其中希望免疫抑制的免疫系统疾病、紊乱、以及病况，包括例如但不限于:自身免疫疾病、紊乱、以及病况、免疫增生性疾病、移植物相关紊乱的治疗，以及涉及由从一个供方到一个受方的组织、细胞、器官、或移植物的移植的治疗方法，其中阻抑该受方体内对抗该供方的组织、细胞、器官、或移植物的免疫应答是希望的。在一个方面，本发明提供了新颖的突变CTLA-4分子，它们与一个CTLA-4分子(例如，结合⑶80和/或⑶86的野生型人类CTLA-4多肽(“hCTLA_4”)或它的一个片段，如人类CTLA-4的细胞外结构域(“hCTLA-4E⑶”))相比具有改进的特性。如以下更为详细的讨论，使用不同的诱变和筛选策略来制得并识别了结合CD80和/或CD86的新颖突变CTLA-4分子。特别地，使用此类策略来制得并识别对于⑶80 (B7-1)和/或⑶86 (B7-2)具有改进的结合亲合力的CTLA-4突变分子(当与人类CTLA-4 (“hCTLA_4”)相比)，和/或对于⑶80和/或⑶86具有改进的结合亲合力的CTLA-4突变分子(当与hCTLA-4E⑶相比)。结合表达于抗原呈递细胞上的内源性⑶80和/或⑶86配体的本发明的突变CTLA-4分子有效地抑制或阻断这些配体与内源性⑶28受体(该受体表达于T细胞表面上)的相互作用。作为结果，由T细胞表面受体⑶28与B7分子(B卩，⑶80和⑶86)的相互作用所提供的对T细胞活化重要的共刺激信号受到抑制或阻断。此类T细胞并未受到最适活化，并且具有降低的增殖能力。在其中一个⑶80或⑶86配体与一个⑶28受体之间的信号传导受到阻断的情形下，T细胞并未受到最适刺激而成为活性的，并且因此并未受到最适诱发而进行增殖。类似地，在其中一个⑶80或⑶86配体与一个⑶28受体之间的信号传导受到阻抑的情形下，T细胞的活化及增殖受到阻抑。在一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，它们作为CTLA-4信号传导的拮抗剂而发挥作用。在另一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，它们作为CD28信号传导的拮抗剂而发挥作用，由此阻抑或阻断T细胞依赖的免疫应答；此类分子作为免疫抑制剂而发挥作用。在又一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，它们结合CD80和⑶86，但它们针对⑶86具有比针对⑶80的更高的结合亲合力，并且因此可抑制⑶86依赖的共刺激作用的程度大于CD80依赖的共刺激作用。本发明的所有此类突变CTLA-4分子预期用于治疗其中希望免疫抑制或免疫抑制可能具有益处的疾病、紊乱、或病况。
—种人类CTLA-4-1g融合蛋白以及一种特异的突变CTLA-4_Ig融合蛋白(两者皆由Bristol-Myers Squibb C0.(Princeton, NJ)研发)已经显示有效治疗某些免疫相关性疾病或病况。Orcndn.K.融合蛋白(也称为阿巴西普(“ABA”))(Bristol-Myers SquibbC0.(Princeton, NJ))是一种可溶性重组二聚体融合蛋白，它是由通过一个二硫键共价连接在一起的两个相同的单体免疫球蛋白(Ig)融合蛋白构成，该二硫键在每个单体融合蛋白中存在的半胱氨酸残基之间形成。ORENCIA是Bristol-Myers Squibb Company的注册商标。Orerwia⑩二聚体的每个单体Ig融合蛋白是由人类CTLA-4的细胞外结构域(SEQ ID N0:159)构成，该细胞外结构域在其C-端与一种特异的突变IgGlFc多肽(SEQ IDNO: 186)的N-端进行融合。每个这种单体融合蛋白的完整多肽序列示于SEQ ID NO: 164。OrencialV:聚体是在一个哺乳动物表达系统中生产的，并且具有92kDa的表观分子量。据信Orencia 二聚体的两个单体Ig融合蛋白是通过一个单一的二硫键共价连接在一起的，该二硫键在位于每个hCTLA-4-突变IgGl单体的位置120上的半胱氨酸残基之间形成，并且在这两个突变IgGlFc多肽之间没有形成二硫键。Orencia 二聚体是一种选择性共刺激调节剂，它通过结合⑶80和⑶86并且因此阻断了与CD28的相互作用而抑制了 T细胞活化。Orencia .二聚体目前已被批准用于治疗患有中度至严重的类风湿性关节炎(RA)的人类成人。额外的有关Orencia 二聚体及其临床适应症以及有效性的信息以orencia.com和bms.com提供在万维网上。如以上所指出，Orencia 二聚体的每个融合蛋白单体含有一个人类CTLA-4细胞外结构域。人类CTLA-4是一种膜蛋白，该膜蛋白瞬时表达于T细胞上。WT全长hCTLA-4的全长蛋白序列示于SEQ ID NO: 160，并且一个编码了 WT全长hCTLA-4的核酸序列示于SEQID NO: 194。人类CTLA-4包括一种信号肽(SP)、细胞外结构域(ECD)、跨膜结构域(TD)、以及细胞质结构域(⑶)，以该顺序共价连接在一起(例如，SP的C-端共价连接到E⑶的N-端上，E⑶的C-端共价连接到TD的N-端上，而TD的C-端共价连接到⑶的N-端上)。WThCTLA-4ECD多肽典型地包括全长hCTLA-4蛋白序列(SEQ ID NO: 160)的残基38-161，并且典型地长度为124个氨基酸残基。这个hCTLA-4E⑶多肽序列示于SEQ ID NO: 159。该全长hCTLA-4蛋白的信号肽(SP)(典型地包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基1-35或1-37)在加工过程中被切割。见，如，Harper et al., J.1mmunol.147 (3): 1037-1044 (1991)。包括hCTLA-4蛋白的氨基酸残基1-35或1-37的人类CTLA-4信号肽序列对应地示于SEQ IDNO: 182或SEQ ID NO: 216。不论该信号肽序列是示于SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 216的那个，当该信号肽被切割时，该成熟hCTLA-4蛋白典型地以在SEQ ID N0:160中所示的全长hCTLA-4蛋白序列的氨基酸位置38上的甲硫氨酸残基起始。因此，即使该hCTLA-4信号肽序列是SEQ ID NO: 182的那个(它包括hCTLA-4蛋白的氨基酸残基1-35)，得到的成熟分泌的hCTLA-4蛋白仍以在全长hCTLA-4蛋白的位置38上的甲硫氨酸起始。对应地在全长hCTLA-4蛋白的位置36和37上的赖氨酸(K)和丙氨酸(A)并不存在于成熟hCTLA-4蛋白中，并且据信它们在加工过程中从该成熟hCTLA-4蛋白中切割。因此，成熟hCTLA-4蛋白序列的氨基酸残基典型地以在全长hCTLA-4蛋白的位置38上存在的甲硫氨酸残基作为第一氨基酸(即，占据位置I)起始进 行编号；因此，组氨酸残基占据了成熟hCTLA-4蛋白中的氨基酸位置2，等等。Orcnc:1a_1i'_二聚体的每个单体包括在SEQ ID NO: 159中所示的hCTLA_4ECD多肽序列。在全长WT hCTLA-4蛋白中，该信号肽包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基1_37，该细胞外结构域(E⑶)包括氨基酸残基38-161，该跨膜结构域(TD)包括氨基酸残基162-182，并且该细胞质结构域(⑶)包括氨基酸残基183-223。该hCTLA-4蛋白的成熟结构域(MD)典型地包括SEQID NO: 160的氨基酸残基36-223，或在一些情形下包括氨基酸残基37-223或 38-223。SEQ ID N0:194的核酸包括一个编码了信号肽序列的核酸序列(核苷酸残基1-111)、一个编码了 hCTLA-4E⑶的核酸序列(核苷酸残基112-483)、一个编码了 hCTLA-4跨膜以及细胞质结构域的核酸序列(核苷酸残基484-669);最后3个C-端核苷酸是TGA终止密码子。贝拉西普(也被称为“LEA29Y-1g”、“LEA-1g”、或“A29YL104E-1g”)(Bristol-MyersSquibb C0.(Princeton, NJ))是一种可溶性重组二聚体蛋白，它是由通过一个二硫键共价连接在一起的两个相同的Ig融合蛋白构成，该二硫键在每个单体融合蛋白中的半胱氨酸残基之间形成。每个单体融合蛋白是由一个突变CTLA-4细胞外结构域多肽构成，该结构域多肽在其C-端与一种特异的突变IgGl多肽的N-端进行融合。该突变CTLA-4E⑶的多肽序列与WT人类CTLA-4ECD具有两个突变的差异，确切地是将一个酪氨酸取代在位置29上的丙氨酸(缩写为取代A29Y)以及将一个谷氨酰胺取代在位置104上的亮氨酸(缩写为取代L104E)，其中在该人CTLA-4E⑶中的氨基酸残基用在N-端上的甲硫氨酸(表示在位置I上的氨基酸)进行编号。贝拉西普的每个单体包括在SEQ ID NO: 186中所示的突变IgGlFc多肽序列；这种突变IgGlFc多肽是与包括于Orencia 融合蛋白中的突变IgGlFc多肽相同的。因此，贝拉西普单体融合蛋白与每个Orencia 单体融合蛋白具有两个氨基酸的差异。贝拉西普中每个单体融合蛋白的多肽序列示于SEQ ID NO: 166。因此，名称“LEA29Y_Ig”反映了以下事实:贝拉西普二聚体的每个单体融合蛋白是由一个突变CTLA-4ECD构成的，它与该人类CTLA-4ECD多肽序列具有L104E和A29Y这两个突变的差异。与Orencia 二聚体相比，贝拉西普已经显示高出大约4倍亲合性地结合⑶86，并且以高出大约2倍亲合性地结合 CD80 (Larson et al.,Amer.J.Transplant.5:443-453, 444 (2005)。与Oretlcia.U,二聚体相比，在体外抑制T细 胞活化方面贝拉西普已经显示可以达到高出大约10倍的强度，并且与Omia背蛋白相比具有改进的体内免疫抑制强度，如通过其抑制T细胞依赖的抗体反应的增加的能力以及在涉及非人类灵长类的临床试验中它的改进的肾同种移植存活延长所显示。相同文献。额外的有关贝拉西普及其临床适应症以及有效性的信息以bms.com提供在万维网上。在一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，包括在本文中所说明的新颖可溶性重组突变CTLA-4-lg融合蛋白，它对⑶86的结合亲合力大于Orencia 二聚体(二聚体hCTLA-4-1g)对⑶86的结合亲合力。本发明还提供了突变CTLA-4分子，包括新颖的可溶性重组二聚体突变CTLA-4-1g融合蛋白，它对⑶80具有一种结合亲合力，该结合亲合力是大约等于或大于Orencia 二聚体对CD80的结合亲合力。在又另一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，包括新颖的可溶性重组突变CTLA-4-1g融合蛋白，它比Orencia (阿巴西普)具有阻抑一种或多种免疫应答(例如，T细胞依赖的免疫应答)的更大的能力。与Orenem.私二聚体相比，具有一种或多种改进特性的本发明的突变CTLA-4分子预期更为强效，并且因此在治疗其中希望免疫抑制的疾病、紊乱、或病况中比Orencia 二聚体更加有效、有用、并且有利，这些疾病、紊乱、或病况包括Orenda 二聚体已批准和/或已经显示提供了临床益处的那些疾病、紊乱、或病况，如免疫疾病(包括，类风湿性关节炎及牛皮癣)。在又另一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，包括在本文中所说明的新颖可溶性重组突变CTLA-4-1g融合蛋白，它对⑶86具有一种结合亲合力，该结合亲合力大于贝拉西普(LEA29Y-1g)对⑶86的结合亲合力。本发明还提供了突变CTLA-4分子，包括在本文中所说明的新颖可溶性重组突变CTLA-4-1g融合蛋白，它对⑶86具有一种结合亲合力，该结合亲合力大于贝拉西普对CD86的结合亲合力。在另一个方面，本发明提供了突变CTLA-4分子，包括在本文中所说明的新颖可溶性重组突变CTLA-4-1g融合蛋白，它比贝拉西普具有阻抑一种或多种免疫应答(例如，T细胞依赖的免疫应答)的更大的能力。与贝拉西普相t匕，具有一种或多种改进特性的本发明的突变CTLA-4分子预期比贝拉西普更加强效，并且因此在治疗其中希望免疫抑制的疾病、紊乱、或病况中比贝拉西普更加有效、有用、并且有利，这些疾病、紊乱、或病况包括贝拉西普融合蛋白已经显示提供临床益处的那些疾病、紊舌L、或病况，如非人类灵长类的肾同种移植存活。使用与在涉及类似受试者的Orencia 临床试验中所采用的方法学可比的那些可以确定本发明的一个分子在一位受试者体内的安全性、耐受性、药物代谢动力学、免疫原性、以及临床功效，该分子例如本发明的一个突变CTLA-4分子(例如，以下详细说明的突变CTLA-4E⑶多肽或可溶性突变CTLA-4-1g融合蛋白)，该受试者患有一种免疫疾病或紊乱(例如，类风湿性关节炎、多发性硬化症、牛皮癣、等等)，以一种特定方式(例如，胃肠外、静脉内、或皮下给药)对该受试者给予一个特定剂量的该分子。见，如，以bms.com和orencia.com为地址的万维网网站。例如,使用与在涉及RA患者的Orencia 临床试验中所采用的方法学相类似的那些可以评估本发明的一个突变CTLA-4分子(例如，可溶性突变CTLA-4-1g)在降低患有类风湿性关节炎(RA)的受试者体内的关节损伤的进展、在减轻RA的迹象和症状(包括疼痛减轻)方面的有效程度。使用与在涉及类似受试者的贝拉西普临床试验中所采用的方法学可比的那些可以确定本发明的一个分子(例如，以下详细说明的突变CTLA-4ECD多肽或可溶性突变CTLA-4-1g融合蛋白)在一位受试者体内的安全性、耐受性、药物代谢动力学、免疫原性、以及临床功效，在该受试者体内免疫抑制是希望的(例如，一位受试者，他经受了来自一个供方的组织、细胞、器官、或移植物的移植)并且以一种特定方式(例如，胃肠外、静脉内、或皮下给药)对该受试者给予一个特定剂量的该分子。见，如，以bms.com和orencia.com为地址的万维网网站。例如，使用与在涉及经历肾或肾脏移植的受方患者的贝拉西普临床试验中所采用的方法学相类似的那些可以评估本发明的一个突变CTLA-4分子(例如，可溶性突变CTLA-4-1g)在经历肾或肾脏移植的患者体内的肾或肾脏移植体的排斥方面的有效程度。本发明的分子和方法以及本发明的其他方面在以下进行额外的详细讨论。本发明的多肽本发明提供了新颖的多肽，集合称为“本发明的多肽”。术语“本发明多肽”旨在包括在本文中披露的这些多肽序列的变体和/或衍生物。本发明的多肽包括重组非自然发生或突变CTLA-4多肽，该CTLA-4多肽结合⑶80和/或⑶86和/或抑制或阻抑一种免疫应答。本发明的多肽包括重组融合蛋白，这些重组融合蛋白包括本发明的一种突变CTLA-4多肽，并且包括此类融合蛋白的单体和二聚体形式。本发明的多肽包括多聚体，这些多聚体包括本发明的一个或多个突变CTLA-4多肽。本发明还包括偶联物，这些偶联物包括本发明的一个或多个突变CTLA-4多肽。本发明的一些多肽是可溶性多肽。例如，如以下更为详细说明的，本发明包括可溶性的融合蛋白，这些融合蛋白包括与一种不同的多肽(例如，一种免疫球蛋白多肽，例如，一种Ig Fe多肽)连接的一种突变CTLA-4ECD多肽，该不同的多肽增强了该突变CTLA-4E⑶多肽的溶解度。如以下更为详细讨论的，在本发明的一个方面，使用不同的诱变和筛选策略来制得并识别了结合CD80和/或CD86的新颖多肽。特别地，使用此类策略来制得并识别具有结合CD80和/或CD86的改进能力的新颖多肽，包括具有对于CD80和/或CD86的改进的结合亲和力或亲合力的 新颖突变CTLA-4多肽。结合了在抗原呈递细胞上表达的CD80和/或⑶86配体的本发明的多肽干扰或阻断了这些配体与在T细胞表面上表达的⑶28受体的相互作用。作为结果，由T细胞表面受体⑶28与B7分子(B卩，⑶80和⑶86)的相互作用所提供的T细胞共刺激信号受到抑制或阻断。此类多肽据信用于多种疾病、紊乱、以及病况的预防性以及治疗性治疗，在这些治疗中免疫系统(例如，T细胞应答)的调控具有益处。突变CTLA-4多肽在一个方面，本发明提供了分离或重组的多肽，该多肽各自包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、90.5%,91%,91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%,94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%、98%,98.5%、99%、99.5%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73 (例如，SEQ ID NO: K SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO:4、SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO:6、SEQID NO:7,SEQ ID NO:8,SEQ ID NO:9,SEQ ID NO: 10,SEQ ID NO:1USEQ ID NO: 12,SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ IDNO:19,SEQ ID NO:20,SEQ ID N0:21、SEQ ID NO:22,SEQ ID NO:23,SEQ ID NO:24,SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30,SEQ IDN0:31、SEQ ID NO:32,SEQ ID NO:33,SEQ ID NO:34,SEQ ID NO:35,SEQ ID NO:36,SEQ IDNO:37,SEQ ID NO:38,SEQ ID NO:39,SEQ ID NO:40,SEQ ID NO:41,SEQ ID NO:42,SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ IDNO:49,SEQ ID NO:50,SEQ ID N0:51、SEQ ID NO:52,SEQ ID NO:53,SEQ ID NO:54,SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:56、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60,SEQ IDN0:61、SEQ ID NO:62,SEQ ID NO:63,SEQ ID NO:64,SEQ ID NO:65,SEQ ID NO:66,SEQ IDNO:67,SEQ ID NO:68,SEQ ID NO:69,SEQ ID NO:70,SEQ ID N0:71、SEQ ID N0:72、以及SEQID NO: 73)，其中该多肽结合⑶80和/或⑶86、或⑶80和/或⑶86的一个多肽片段(或二者之一的或两者的一个E⑶)，和/或调整或调节一种免疫应答。一些此类多肽(如在SEQ IDN0S:1至73中给出的那些中的每一个)被说明为分泌或成熟突变CTLA-4E⑶多肽。在SEQID N0S:1至73中的每个所给出的突变CTLA-4E⑶多肽并不包括一个信号肽；它已经在加工过程中被切割，由此产生该成熟或分泌多肽。⑶80的一个多肽片段可包括例如，一种⑶80多肽的一个细胞外结构域多肽，该⑶80多肽例如人类⑶80E⑶多肽(“h⑶80E⑶”)。⑶86的一个多肽片段可包括例如，一种CD86多肽的一个细胞外结构域多肽，该CD86多肽人类⑶86E⑶多肽(“h⑶86 E⑶”)。一些此类多肽结合一种哺乳动物⑶80和/或⑶86或它的一个多肽片段，例如一个哺乳动物⑶80或⑶86E⑶。一些此类多肽结合WT人类⑶80(“h⑶80”)和/或WT人类⑶86 (“h⑶86”)或它的一个多肽片段，例如，h⑶80E⑶或h⑶86E⑶。在一些此类方法中，至少一种免疫应答受到阻抑或抑制。一些此类多肽具有对于h⑶80或它的一个片段(例如，h⑶80E⑶)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是至少大约等于或大于该hCTLA-4ECD多肽对于hCD80或它的一个片段的结合亲和力或亲合力。预测的全长hCD80多肽序列在SEQID NO: 195中给出，它包括一个信号肽、ECD、跨膜结构域、以及细胞质结构域，以该顺序共价连接在一起。该信号肽包括SEQ ID NO: 195的氨基酸残基1-34，该E⑶包括氨基酸残基35-242，该跨膜结构域包括氨基酸残基243-263，并且该细胞质结构域包括氨基酸残基264-288。该hCD80ECD的多肽序列示于SEQ ID NO: 174。在SEQ ID NO: 173中所示的核酸序列编码了该WT人类⑶80信号肽(在N-端)以及人类⑶80E⑶。一些此类多肽具有对于h⑶86或它的一个片段(例如，h⑶86E⑶)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大约等于或大于hCTLA-4ECD多肽对于hCD86或它的一个片段(例如如，ECD)的结合亲和力或亲和力。预测的全长hCD86多肽序列在SEQID NO: 175中给出，它包括一个信号肽、ECD、跨膜结构域、以及细胞质结构域，以该顺序共价连接在一起，而编码了该预测全长h⑶86多肽序列的一种示例性核酸示于SEQ ID NO: 176。该h⑶86E⑶的多肽序列示于SEQ ID NO: 180。一些此类多肽具有对于h⑶86的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力是至少大约等于或大于具有在SEQ ID NO: 168中所示的序列的LEA29YECD多肽对于hCD86的结合亲和力或亲合力。具有对于hCD86或hCD86ECD的结合亲和力或结合亲合力的本发明的示例性多肽(这种结合亲和力或结合亲合力是对应地至少等于或大于hCTLA-4E⑶以及LEA29Y E⑶(也被称为“A29YL104E”或“L104EA29Y”E⑶)对于h⑶86或h⑶86E⑶的那些)包括例如但不限于:包括一个多肽序列的那些，该多肽序列具有与SEQ ID NOS:4,10至12、15、17、24、26、28、35、以及61中任何一个的序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性。见，如，实例4中的表5。在表5中所给出的数据反映了一种代表性CTLA-4-1g与单体⑶86E⑶之间的单体相互作用。若未另有指明，术语 LEA29Y (或 A29YL104E 或 L104EA29Y)是指 LEA29Y ECD (或 A29YL104E或 L104EA29Y ECD)。—些此类多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与该人类CTLA-4细胞外结构域的氨基酸长度大约为相等的氨基酸长度。此类多肽可被说明为突变CTLA-4ECD多肽。一些此类突变CTLA-4ECD多肽包括一个多肽序列，该多肽序列长度是大约110个氨基酸至大约138个氨基酸残基、大约112至大约136个氨基酸残基、大约114至大约134个氨基酸残基、大约116至大约132个氨基酸残基、大约118至大约130个氨基酸残基、大约119至大约129个氨基酸残基、大约120至大约128个氨基酸残基、大约121至大约127个氨基酸残基、大约122至大约126个氨基酸残基、大约123至大约125个氨基酸残基。一些此类突变CTLA-4ECD多肽包括一个序列，该序列长度为124个氨基酸残基。示例性的多肽包括例如但不限于:包括一 个多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，其中这种多肽结合⑶80和/或⑶86(或二者之一的或两者的一个ECD )。一些以上说明的此类多肽具有调整或调节一种免疫应答的能力，这些多肽包括例如，那些分离或重组的多肽，这些多肽每个包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且它们结合⑶80和/或⑶86和/或它的一个E⑶。多种免疫应答中的一种或多种可通过本发明的此类多肽进行调整或调节，包括但不限于:例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-α、IFN- Y , IL-2、等的产生)、不同活化标记的诱导(例如，⑶25、IL-2受体、等)、炎症分子的合成或产生、炎症、关节肿胀、关节触痛、疼痛、僵硬、C-反应性蛋白的血清水平、抗胶原抗体的产生、和/或T细胞依赖的抗体反应。在一些情形下，与hCTLA-4或hCTLA-4E⑶相比，这种多肽具有阻抑或抑制至少一种此类免疫应答的更大的能力。例如，一些此类多肽在体外测定中可以抑制T细胞活化或T细胞增殖。例如，以下给出的实例4至9证明了本发明的代表性融合蛋白在体外抑制T细胞增殖的能力，这些融合蛋白包括一种代表性突变CTLA-4ECD多肽序列，如在本文中所说明的那些。一些此类多肽可以在体内抑制或阻抑受试者体内的一种免疫应答，如通过将一个治疗或预防有效量的至少一种此类多肽给予需要免疫抑制疗法的受试者。一些此类多肽预期用于不同的应用中，包括例如但不限于:用于治疗其中希望免疫调节的疾病、紊乱、以及病况的预防和/或治疗方法，如以下更为详细地讨论。此类多肽预期用于用来在受试者体内阻抑或抑制一种免疫应答的预防和/或治疗方法(例如，哺乳动物(例如，人类)的免疫系统疾病或紊乱的体内治疗，其中免疫抑制或免疫调节是希望的)、用于抑制由一个受方(例如，由一种哺乳动物，例如人类)对于来自供方的一个组织或器官的移植体排斥的方法、以及在本文的其他地方说明的其他方法。额外地或可替代地，一些此类多肽具有阻抑或抑制一种免疫应答的一种能力，该能力是至少大约等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4E⑶阻抑或抑制一种或多种类型的免疫应答的能力。例如，一些此类多肽在体外和/或体内测定和/或应用(如以上说明的并且以下进行更为详细地说明的那些)中具有抑制T细胞活化或增殖的一种能力，该能力是至少大约等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4E⑶在此类应用中抑制T细胞活化或增殖的能力。额外地，一些此类多肽具有阻抑或抑制一种免疫应答的一种能力(例如，T细胞活化或增殖、细胞因子的产生、T细胞依赖的抗体反应)，该能力大于一种LEA29Y多肽(一种特异的突变CTLA-4E⑶，包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列)阻抑或抑制一种免疫应答的能力。例如，以下给出的实例4至9将本发明的示例性融合蛋白(包括本发明的一个突变CTLA-4E⑶多肽序列)在体外抑制T细胞增殖的能力相对于一种融合蛋白(包括hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽)在体外抑制T细胞增殖的能力进行了比较。此类分子预期在不同的治疗性应用中具有有益的用途，包括自身免疫疾病和紊乱的治疗，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的排斥的预防和治疗的方法。—些此类多肽彼此之间可具有例如，一种氨基酸缺失、添加和/或取代的差异。一个氨基酸取代可以是一个保守性或非保守性取代。见，如，标题为“序列变异”的部分。在另一个方面，本发明还提供了分离或重组的多肽，这些多肽各组包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽结合一个单体h⑶80或单体h⑶86或二者之一的或两者的一个E⑶。一些此类多肽具有(I)对于单体h⑶86的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于单体hCTLA-4或一种LEA29Y多肽对于单体hCD86或它的一个ECD的结合亲和力，以及(2)对于单体hCD80的一种结合亲和力，该结合亲和力是大约等于或大于单体hCTLA-4对于单体h⑶80的结合亲和力。该LEA29Y多肽包括SEQ ID NO: 168的多肽序列。此外，一些此类多肽与单体hCTLA-4、单体hCTLA_4E⑶、或LEA29Y多肽相比具有阻抑在本文中说明的一种或多种免疫应答的更高的能力(例如，T细胞的活化/增殖、细胞因子的合成/产生、活化标记的诱导、炎症分子的产生、炎症、抗胶原Ab的产生、T细胞依赖的Ab应答)。本发明还提供了分离或重组的多 肽，这些多肽各自包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽具有对于一个h⑶86E⑶或h⑶80E⑶的一种结合亲和力，该结合亲和力对应地是大约等于或大于一个hCTLA-4ECD对于该h⑶86E⑶或h⑶80E⑶的结合亲和力。一些此类多肽具有对于该h⑶86E⑶的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该 hCTLA-4ECD (SEQ ID N0:159)或该LEA29Y多肽(SEQ ID NO: 168)对于该h⑶86E⑶的结合亲和力。一些此类多肽具有对于该h⑶80E⑶的一种结合亲和力，该结合亲和力大于该hCTLA-4E⑶对于该h⑶80E⑶的结合亲和力。一些此类多肽具有阻抑一种免疫应答的能力，在一些情形下是与该hCTLA-4E⑶或该LEA29Y多肽相比阻抑一种或多种免疫应答(包括以上说明的以及全文中说明的)的更大的能力。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的CTLA-4多肽变体，该多肽变体包括一个多肽序列，该多肽序列(a)它与在SEQ ID N0:159中所示的一个人类CTLA-4E⑶的多肽序列具有不超过15个氨基酸残基、不超过14个氨基酸残基、不超过13个氨基酸残基、不超过12个氨基酸残基、不超过11个氨基酸残基、不超过10个氨基酸残基、不超过9个氨基酸残基、不超过8个氨基酸残基、不超过7个氨基酸残基、不超过6个氨基酸残基、不超过5个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、或14个氨基酸残基)的差异，并且(b)其中在该hCTLA-4ECD多肽序列(SEQ ID NO: 159)的位置24、30、32、39、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104或106上的氨基酸残基，在该CTLA-4多肽变体序列中被一个不同的氨基酸残基取代，其中根据SEQ ID NO: 159对该CTLA-4多肽变体的氨基酸残基位置进行编号，并且其中该CTLA-4多肽变体具有结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域或片段的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。一些此类变体具有选自下组的一个或多个(如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个)氨基酸取代，该组的构成为:A24E、A24S、S25A、G27H、K28N、T30N、T30D、T30A、V321、Q39K、Q39E、D41G、D41N、D41S、A50M、A50G、M54K、M54E、M54V、G55E、G55K、N56D、D63K、S64P、I65S、I65F、I65T、S70F、M85A、M85V、M85A、L104E、L104D、以及 1106M、1106F、以及 1106L。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过12个氨基酸残基(例如，不超过2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括选自下组的2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12个氨基酸取代，该组的构成为:对应于SEQ ID N0:159的氨基酸位置24、30、32、50、54、55、56、64、65、70、以及104的氨基酸残基位置，其中根据SEQ ID NO: 159对该突变CTLA-4多肽的氨基酸位置进行编号，并且其中该突变CTLA-4多肽具有结合CD80或CD86或二者之一的一个细胞外结构域或片段的能力，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在这些位置中的示例性氨基酸取代包括但不限于:在WT hCTLA-4ECD中存在的氨基酸残基的保守性氨基酸取代和/或 A24S/E (即，A 24S 或 A24E)、T30N/D/A (即，T30N 或 T30D 或 T30A)、V32I/L/M/V、A50M/G、M54E/V/K、G55E/K/R、N56D/A、S64P/M/C、I65S/T/F/V、S70F/Y/W、L104E/M、或它们的任何取代组合。在另一个方面，本发明提供了分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4E⑶多肽)，这些多肽各自包括多一个肽序列，该多肽序列(a)与选自下组的多肽序列具有不超过14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2或I个氨基酸残基的差异，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)其中在该多肽序列中在氨基酸位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸残基是与在所述所选择的多肽序列(例如，选自SEQ ID N0S:1至73的多肽)的对应位置上的氨基酸残基相同，其中该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或抑制一种或多种免疫应答。在一些情形下，该多肽与所选择的多肽(例如，选自SEQ ID勵3:1至73)具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，但占据氨基酸残基位置41、50、54、55、56、64、65、70、以及85中一个或多个的氨基酸是与在所选择的多肽序列(例如，选自SEQ NOS:1至73中的一个)中的位置上所包括的氨基酸残基相同，并且未缺失或被另一个氨基酸取代。一些此类多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与所选择的多肽序列具有不超过10、9、8、7、或6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且它在氨基酸残基位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104以及106中的一个或多个上包括多个氨基酸残基，这些氨基酸残基与在所选择的多肽序列中在对应位置上的氨基酸残基相同。此类多肽可以在一个或多个位置上与所选择的多肽序列具有一个或多个氨基酸缺失、一个或多个添加、和/或一个或多个氨基酸取代的差异，这个或这些位置并未限定为具有与所选择序列的氨基酸相同的氨基酸。包括了具有对于hCD86或它的一个片段(例如，hCD86ECD)的一种结合亲和力或亲合力的此类多肽，该结合亲和力或亲合力对应地是至少大约等于或大于该hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽对于h⑶86或它一个片段(例如，E⑶)的结合亲和力或亲合力。一些此类多肽具有对于h⑶80或它的一个片段(例如，h⑶80E⑶)的一种结合亲和力，该结合亲和力对应地是至少大约等于或大于该hCTLA-4E⑶多肽对于h⑶80或它的一个片段的结合亲和力或亲合力。一些此类多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有大约等于该hCTLA-4E⑶的氨基酸长度的长度，例如，长度为118至130、119至129、120至128、121至127、122至126、123至125、或124个氨基酸残基。一些此类多肽可阻抑不同免疫应答中的一种或多种，包括例如，T细胞活化、T细胞增殖、细胞因子的合成 或产生(例如，TNF-α、IFN-Y、IL-2的产生)、活化标记的诱导(例如，⑶25、IL-2受体)、炎症、炎症分子的产生、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答。与hCTLA-4、hCTLA-4E⑶多肽、或LEA29Y多肽相比，一些此类多肽具有阻抑一种或多种此类免疫应答的更大的能力。例如，一些此类多肽可在体外测定中阻抑T细胞活化或T细胞增殖。例如，实例4至9将本发明的代表性融合蛋白(本发明的一个突变CTLA-4ECD多肽序列)在体外抑制T细胞增殖的能力相对于一种融合蛋白(包括该hCTLA-4E⑶或LEA29Y多肽)这样做的能力进行了比较。一些此类多肽可在体内抑制或阻抑受试者体内的一种免疫应答，如，通过将一个治疗或预防有效量的至少一种此类多肽给予需要免疫抑制疗法的受试者。此类多肽预期用于不同的应用中，包括例如但不限于:用于治疗其中希望阻抑一种免疫应答的免疫系统疾病、紊乱、以及病况的预防和/或治疗方法，包括例如，用于治疗自身免疫疾病以及紊乱的预防和/或治疗方法，用于抑制由一个受方(例如，由一种哺乳动物，例如人类)对于来自供方的一个组织或器官移植的排斥的方法、以及在本文的地方所说明的其他方法。

在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4E⑶多肽)，该多肽各自包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过10个氨基酸残基、不超过9个氨基酸残基、不超过8个氨基酸残基、不超过7个氨基酸残基、不超过6个氨基酸残基、不超过5个氨基酸残基、不超过4个氨基酸残基、不超过3个氨基酸残基、不超过2个氨基酸残基、或不超过I个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，该取代是在对应于相对SEQ ID勵:159的多肽序列的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸残基位置上，其中该多肽结合h⑶80和/或h⑶86、和/或二者之一的或两者的一个ECDjP /或抑制一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的产生)、活化标记的诱导(例如，⑶25、IL_2受体)、炎症、炎症分子的产生、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答)，如，在以下更为详细说明的体外或体内方法和/或测定中。一些此类多肽包括一个多肽序列，该多肽序列长度是124个氨基酸残基。一些此类多肽包括2、3、4、5或6个氨基酸取代，这些取代是在相对在SEQ ID NO:159中给出的多肽序列、选自下组的位置上，该组的构成为:氨基酸残基位置50、54、55、56、64、65、70或85。一些此类多肽进一步包括一个氨基酸取代，该氨基酸取代是在对应于相对SEQ ID NO: 159的位置104和/或30的氨基酸残基位置上。一些此类多肽包括至少一个氨基酸取代，该氨基酸取代是在相对SEQ ID NO: 159在位置70 (可任选地S70F)、位置64 (可任选地S64P)、位置50 (可任选地A50M/G，例如A50M、A50G)、位置54 (可任选地M54K/V，例如M54K)、位置65 (可任选地I65S)、位置56 (可任选地为N56D)、位置55 (可任选地G55E/K，例如G55E、G55K)、位置85 (可任选地M85A)、和/或位置24 (可任选地A24E/S，例如A24E)上。任何此类多肽可进一步包括一个氨基酸取代，该氨基酸取代是相对SEQ ID NO: 159在位置104 (可任选地L104E/D，例如L104E)、位置30 (可任选地T30N/D/A，例如T30N、T30D或T30A)、和/或位置32 (可任选地V32I)。在一些情形下，该多肽包括在相对SEQ ID NO: 159的氨基酸位置上的一个或多个氨基酸取代，这些氨基酸取代选自下组的，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、W&S70F。一些此类多肽展示了对于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86E⑶(例如，h⑶86E⑶)一种的结合亲和力，该结合亲和力对应地是大约等于或大于一个单体hCTLA-4E⑶对于⑶86或⑶86E⑶的结合亲和力。一些此类多肽展示了对于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80E⑶(例如，h⑶80E⑶)的一种结合亲和力，该结合亲和力对应地是大于一种单体hCTLA-4E⑶对⑶80或⑶80E⑶的结合亲和力。一些此类多肽具有阻抑或抑制一种或多种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、等)，如，在体外和/或在体内。一些此类多肽与hCTLA-4、hCTLA-4ECD、或LEA29Y多肽相比以一种更大的程度来抑制一种或多种此类免疫应答。此类多肽预期在不同的治疗应用中具有有益的用途，包括用于治疗自身免疫疾病以及紊乱的预防和/或治疗性方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的排斥的预防和/或治疗方法。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4E⑶多肽)，这些多肽每个包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID N0:159中所示的人类CTLA-4细胞外结构域的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、或6个氨基酸残基)的差异，并且(b)包括在相对SEQ ID NO: 159的氨基酸位置上的一个或多个取代，该取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F，其中该多肽结合hCD80和/或hCD86、或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或在体外测定和/或体内方法中阻抑一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生、活化标记的诱导、炎症分子的产生、炎症、关节肿胀或触痛、疼痛、僵硬、C-反应性蛋白的血清水品、抗胶原Ab的产生和/或T细胞依赖的Ab应答、等)。此类多肽预期用于治疗患有其中免疫抑制疗法会具有益处的疾病、紊乱、以及病况的受试者，包括例如，用于治疗自身免疫疾病和紊乱的治疗及预防方法， 以及用于阻抑器官、细胞、或组织移植体的移植的预防及治疗方法。本发明还提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括⑴与SEQ ID N0S:24的多肽序列至少95%的序列一致性，以及(ii) 一个苯丙胺酸残基，该苯丙胺酸残基在对应于由SEQ ID N0S:1至73所构成的组中选出的所述多肽序列的位置70的氨基酸位置上，其中该多肽结合h⑶80和/或h⑶86、或二者之一的一个细胞外结构域，和/或在体外测定和/或体内方法中抑制一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生、活化标记的诱导、炎症分子的产生、炎症、关节或触痛、疼痛、僵硬、C-反应性蛋白的血清水平、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答、等)。一些此类多肽包括相对于所选择序列的以下中的一个或多个:在对应于位置24的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基、在对应于位置30的一个氨基酸位置上的一个天冬酰胺残基、在对应于位置32的一个氨基酸位置上的一个异亮氨酸残基、在对应于位置50的一个氨基酸位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于位置54的一个氨基酸位置上的一个赖氨酸残基、在对应于位置55的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基、在对应于位置56的一个氨基酸位置上的一个天冬氨酸残基、在对应于位置64的一个氨基酸位置上的一个脯氨酸残基、在对应于位置65的一个氨基酸位置上的一个丝氨酸残基、以及在对应于位置104的氨基酸位置的谷氨酸残基。此类多肽预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗自身免疫疾病和紊乱的方法，以及用来抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。例如，在一个非限制性的方面，本发明包括一种分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4E⑶)，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括⑴与SEQ ID N0S: 24的多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列一致性，以及(ii) 一个苯丙胺酸残基，该苯丙氨酸残基在对应于SEQ ID NO:24的多肽序列的位置70的一个氨基酸位置上，其中该多肽结合hCD80和/或hCD86、和/或二者之一的或两者的一个ECD，和/或在体外和/或体内阻抑一种免疫应答。该多肽可包括相对SEQ ID N0:24的以下中的至少 一项:在位置24上的一个谷氨酸残基、在位置30上的一个天冬酰胺残基、在位置32上的一个异亮氨酸残基、在位置50上的一个甲硫氨酸残基、在位置54上的一个赖氨酸残基、在位置55上的一个谷氨酸残基、在位置56上的一个天冬氨酸残基、在位置64上的一个脯氨酸残基、在位置65上的一个丝氨酸残基、以及在位置104上的一个谷氨酸残基。本发明还包括一种分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4E⑶多肽)，该多肽结合h⑶80和/或h⑶86 (和/或二者之一的或两者的一个E⑶)，和/或抑制一种免疫应答(如以上所说明)，例如，在体外和/或体内，其中该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159中所示的人类CTLA-4ECD多肽的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，其中所述至少一个氨基酸取代包括S70F，其中根据SEQ ID NO: 159对氨基酸残基位置进行编号。该多肽可进一步包括至少一个氨基酸取代，这些氨基酸取代选自下组，其构成为 A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及I106F。此类多肽据信用于不同的应用中，包括用于治疗自身免疫疾病及紊乱的方法，以及用于阻抑器官、细胞、组织、或移植体移植的方法。本发明还包括一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 31中所示的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，额(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ ID NO: 31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID N0:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID N0:31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中根据SEQ ID NO:31对氨基酸残基位置进行编号，并且该多肽结合CD80和/或CD86、和/或二者之一的或两者的一个ECDjP /或在体外和/或体内阻抑如以上所说明的一种免疫应答。该多肽可包括在对应于SEQ ID NO:31的位置104的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应的位置30的一个位置上的一个天冬酰胺残基、和/或在对应的位置32的一个位置上的一个异亮氨酸残基。此类多肽据信用于不同的应用中，包括用于治疗自身免疫疾病及紊乱的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括⑴与SEQ ID N0S:36至46以及55所构成的组中选出的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、或99%的序列一致性，以及(ii) 一个谷氨酸残基，该谷氨酸残基在所述所选择的多肽序列的氨基酸位置55上，其中该多肽结合CD80和/或CD86、或二者之一的或两者的一个ECDjP /或阻抑一种免疫应答。可受到阻抑的免疫应答包括例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的产生)、活化标记的诱导(例如，⑶25、IL-2受体)、炎症、炎症分子的产生、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答。这种多肽序列可进一步包括一个在氨基酸位置70上的苯丙氨酸残基。这种多肽序列可进一步包括一个在位置64上的脯氨酸残基和/或一个在位置30上的天冬酰胺残基。这种多肽序列可进一步包括一个在位置50上的甲硫氨酸残基和/或一个在位置54上的赖氨酸残基。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括Q)与SEQ ID勵5:28、30、36至46、55至57、以及65至73所构成的组中选出的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、或99%的序列一致性，以及(ii) 一个谷氨酸残基，该谷氨酸残在所述所选择的多肽序列的氨基酸位置55上，其中该多肽结合CD80和/或CD86或二者之一的或两者的 一个细胞外结构域，和/或阻抑一种免疫应答，如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的产生)、活化标记的诱导(例如，⑶25、IL-2受体)、炎症、炎症分子的产生、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答。这种多肽序列可进一步包括一个在氨基酸位置70上的苯丙氨酸残基。这种多肽序列可进一步包括一个在位置64上的脯氨酸残基和/或一个在位置30上的天冬酰胺残基。这种多肽序列可进一步包括一个在位置50上的甲硫氨酸残基和/或一个在位置54上的赖氨酸残基。以上说明的本发明的任何多肽可进一步包括一种肽，这种肽协助所述多肽的分泌。因此，在一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括(a)如以上所说明的任何多肽(例如，以上说明的一个突变CTLA-4E⑶)，以及(b) —种肽，这种肽协助了经表达的多肽从宿主细胞中的分泌。这种肽可任选地是一种信号肽。该信号肽的C-端典型地共价连结到该多肽的N-端上。该信号肽可包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQIDN0:182 或 SEQ ID N0:216 的氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性。该信号肽可包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基I至35、I至36、或I至37的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的序列一致性。以上说明的本发明的任何多肽可进一步包括一个跨膜结构域和/或细胞质结构域。因此，在一个方面，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括(a)以上说明的本发明的任何多肽(例如，以上说明的一个突变CTLA-4E⑶)，以及(b) —个跨膜结构域。这种蛋白可以可任选地进一步包括以上说明的一种信号肽，其中该信号肽的C-端共价连接到本发明的多肽的N-端上。该信号肽的C-端典型地共价连接到该跨膜结构域的N-端上。该跨膜结构域的C-端典型地共价连接到该细胞质结构域的N-端上。在一些情形下，该跨膜结构域包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基162至 182 的一个氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。在一些情形下，该细胞质结构域包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与包括SEQID NO: 160的氨基酸残基183至223的一个氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性。以上说明的多肽中的任何一个可包括一个或多个经糖基化或聚乙二醇化的氨基酸残基。本发明还包括一种分离或重组的多肽多聚体，该多肽多聚体包括二个或多个多肽，其中这些多聚体的多肽中 的至少一个是如在本文所说明的本发明的一种突变CTLA-4多肽(例如，一个突变CTLA-4E⑶或突变CTLA-4-1g)。这种多聚体包括本发明的至少一个多肽，并且可进一步包括并不需要为本发明的一种多肽的至少一个额外的多肽。例如，该多聚体可包括本发明的至少一个多肽，以及至少一个其他多肽，它们可以是例如，一种野生型多肽(例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g)，和/或至少一种其他的突变多肽(如，非本发明的一种多肽的突变多肽)。该多聚体(或多聚体多肽)中的一些或所有的多肽可以是彼此相同的，或者在一些情况下，该多聚体中的所有多肽可以是彼此不同的。在一些情况下，该多肽多聚体是一个二聚体，该二聚体包括本发明的两个多肽，它们可以可任选地是相同的多肽(即，同型二聚体)或不同的多肽(即，异型二聚体)。在一些情况下，该多肽多聚体是一个四聚体，该四聚体包括本发明的四个多肽。该四聚体可包括四个相同的多肽(即，同型四聚体)，或本发明的四个多肽的任何组合，这样使得至少一个多肽是与其他三个多肽不相同的(即，异型四聚体)。本发明还包括一个四聚体，该四聚体包括四个相同的WT CTLA-4E⑶多肽(例如，hCTLA-4ECD)或四个相同的WT CTLA-4-1g (例如，hCTLA-4-1g)的四聚体。在一些情况下，该多聚体可结合CD80和/或CD86 (和/或二者之一的或两者的一个ECD)、和/或可在体外和/或体内方法中阻抑或抑制一种免疫应答(例如，T细胞的增殖或活化、细胞因子的产生、等)。与 hCTLA-4 或 hCTLA-4-1g (例如，hCTLA_4_IgG2 或Orencia 蛋白)相比，一些此类多聚体在体外和/或体内具有阻抑或抑制一种免疫应答的更大的能力。这些多聚体的多肽可以连接在一起，如，通过共价连接体，如经由在一个或多个多肽中的一个或多个半胱氨酸之间的二硫键。本发明的一些此类四聚体包括一种结构，该结构与一种抗体的结构示意上类似，但其中该抗体的可变结构域各自被在此说明的本发明的任何突变CTLA-4ECD多肽替换。一种抗体的重链包括一个重链可变结构域(VH)，该重链可变结构域融合到一个免疫球蛋白(Ig)CHl结构域(例如，IgG2CHl)上，它又融合到一条铰链上。该铰链融合到一个Ig CH2结构域(例如，IgG2CH2)上，其又融合到一个Ig CH3结构域(例如，IgG2CH3)上。一个抗体的轻链包括一条轻链可变结构域(')，该轻链可变结构域融合到Ig CK (Ck)或CA (Ca)结构域上。这两条重链和两条轻链通过经由在这些重链及轻链中的半胱氨酸残基所形成的一个或多个二硫键而共价连接在一起。本发明包括一个突变CTLA-4四聚体，其中这些重链及轻链的可变结构域中的每个被本发明的一种突变CTLA-4ECD多肽替换。因此，这种四聚体包括两条轻链和两条重链。每条轻链包括一个突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽融合到一个Ig CK*CA结构域上。每条重链包括一个突变CTLA-4E⑶，该E⑶融合到一个Ig CHl结构域(例如，IgG2CHl)，它又融合到一个铰链上。该铰链融合到一个Ig CH2结构域(例如，IgG2CH2)上，它又融合到一个Ig CH3结构域(例如，IgG2CH3)上。这两条重链和两条轻链通过经由在这些重链及轻链中的半胱氨酸残基所形成的一个或多个二硫键而共价连接在一起。这种四聚体可被说明为一个CTLA-4-1g四聚体。构建这种CTLA-4-1g四聚体的方法是已知的，并且是本领域中的普通技术人员会理解的。一个四聚体⑶4-1g构建体(它包括一种CD4多肽，并且它中和了原代HIVl型分离物)说明于Allaway，G.P.et al.，AIDS Res.Hum.Retrovirusesll (5):533-9 (1995)中。该四聚体可包括四个相同的突变CTLA-4ECD多肽，或本发明的四个突变CTLA-4E⑶多肽的任何组合，这样使得至少一个突变CTLA-4E⑶是与其他三个突变CTLA-4E⑶多肽不相同的。一些此类四聚体与hCTLA-4(或hCTLA_4_Ig)相比可以具有更高的结合亲合力来结合⑶80和⑶86。一些此类四聚体可阻抑或抑制一种免疫应答；在一些情形下，这种 四聚体与hCTLA-4或hCTLA-4-1g (例如，hCTLA_4_IgG2或OrenciaS)相比在体外测定或体内应用中具有阻抑或抑制一种免疫应答(例如，T细胞的增殖或活化、细胞因子的产生、等)的更大的能力。本发明的多聚体预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗自身免疫疾病及紊乱的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。本发明还包括一种分离或重组的偶联物多聚体，该多聚体包括二个或多个偶联物，其中该偶联物中的至少一个是本发明的一种偶联物，该偶联物包括本发明的一种突变CTLA-4多肽(例如，一个突变CTLA-4E⑶或突变CTLA_4_Ig)。在该多聚体中的一些或所有的偶联物可以是彼此相的，或者该多聚体中的所有偶联物可以是彼此不同的。在一些情况下，该偶联物多聚体是一个二聚体，该二聚体包括两个偶联物，或是一个四聚体，该四聚体包括四个偶联物。一些此类偶联物多聚体可结合⑶80及/⑶86(或二者之一的或两者的一个ECD)、和/或在体外和/或体内阻抑或抑制一种免疫应答。在该多聚体中的偶联物分子可以连接在一起，如通过共价连接体，如经由在一个或多个偶联物中的一个或多个半胱氨酸之间的二硫键。本发明包括一种分离或重组的多肽二聚体，该多肽二聚体包括以上所说明的本发明的任何两个多肽(例如，以上说明的突变CTLA-4ECD)，其中该二聚体具有对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个人类CTLA-4细胞外结构域的一个二聚体对于人类CD86或它的一个细胞外结构域的结合亲合力。本发明包括分离或重组的多肽二聚体，这些多肽二聚体包括以上说明的本发明的两个多肽(例如，以上说明的突变CTLA-4ECD)，其中该二聚体具有对于hCD80或它的一个E⑶的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个hCTLA-4E⑶多肽(SEQ ID NO: 159)的一个二聚体对于hCD80或它的一个E⑶的结合亲合力。例如，在一个非限制性的方面中，该二聚体可包括两个多肽，其中每个多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，并且每个多肽结合h⑶80和/或h⑶86，和/或抑制一种免疫应答。在另一个非限制性的方面中，该二聚体可包括两个多肽，其中每个多肽与该hCTLA-4ECD的多肽序列(SEQ ID NO: 159)具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且包括至少一个氨基酸取代，这些氨基酸取代是在相对SEQ ID NO: 159的一个氨基酸位置上，这些氨基酸取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F ;并且该多肽可任选地进一步包括取代L104E，并且每个多肽结合h⑶80和/或h⑶86，和/或抑制一种免疫应答。在一些情形下，该二聚体具有对于h⑶80或它的一个E⑶的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于包括两个hCTLA-4E⑶多肽的一个二聚体对于h⑶80或它的一个ECD的结合亲合力。在一些情形下，该二聚体具有对于hCD86或它的一 ECD的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体对于hCD86或它的一个E⑶的结合亲合力，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，该二聚体以一种速率从结合的hCD86或它的一个ECD中解离，该速率对应地是小于包括两个hCTLA-4E⑶多肽的一个二聚体从结合的h⑶86或它的一个E⑶中解离的速率。在一些情形下，该二聚体以一种速率从结合的h⑶86或它的一个E⑶中解离，该速率对应地是小于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体从结合的h⑶86或它的一个E⑶中解离的速率，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，该二聚体以一种速率与h⑶86或它的一个E⑶相结合，该速率对应地是大于包括两个hCTLA-4E⑶多肽的一个二聚体与h⑶86或它的一个E⑶相结合的速率。在一些情形下，该二聚体以一种速率与h⑶86或它的一个E⑶相结合，该速率对应地是大于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体与hCD86或它的一个ECD相结合的速率，其中每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。在一些情形下，这种包括一个突变CTLA-4E⑶，该E⑶与包括两个人类CTLA-4细胞外结构域或两个LEA29Y多肽的一个二聚体相比具有阻抑一种免疫应答(例如，T细胞的增殖或活化、细胞因子的产生 、等)的更大的能力。—些此类二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于包括两个hCTLA-4E⑶多肽或两个LEA29Y多肽的一个二聚体的⑶86平衡解离常数(KD)。一些此类二聚体具有一个⑶86平衡解离常数(KD)，该⑶86平衡解离常数小于包括两个LEA29Y多肽的一个二聚体的⑶86平衡解离常数(KD)，每个LEA29Y多肽包括在SEQ ID NO: 168中所示的多肽序列。与一个相同化合价的全长hCTLA-4的多聚体(即，一个包括相同数目的全长CTLA-4多肽的多聚体)相比，包括本发明的至少两个多肽的一些此类多聚体(例如，包括本发明的两个突变CTLA-4ECD多肽的一个二聚体)具有阻抑一种免疫应答的增强的能力。与一个相同化合价的hCTLA-4E(XD的多聚体(即，一个包括相同数目的hCTLA-4E⑶多肽的多聚体)，包括本发明的至少两个多肽的一些此类多聚体具有阻抑一种免疫应答的增强的能力。以上说明的本发明的任何多肽可进一步包括一个额外的增强溶解度的多肽序列，如，一种免疫球蛋白(Ig)多肽序列，由此形成例如，一种可溶性融合蛋白，如以下更为详细地讨论。一个多肽多聚体的每个多肽可进一步包括一个额外的增强溶解度的多肽序列，如，一个Ig多肽序列，由此形成例如，一种可溶性融合蛋白。因此，例如，如以上所说明包括本发明的二个或多个多肽的一个二聚体的每个多肽可进一步包括一个额外的增强溶解度的多肽序列,如,一个Ig多肽序列，由此形成例如,一种可溶性融合蛋白。本发明的此类多肽和二聚体预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗自身免疫疾病及紊乱的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。如之前所讨论的，该成熟hCTLA-4蛋白序列典型地以在SEQ ID NO: 160中所示的全长hCTLA-4蛋白序列的氨基酸位置38上的甲硫氨酸残基起始，并且该成熟hCTLA-4蛋白序列的氨基酸残基典型地以这个甲硫氨酸残基作为该第一氨基酸(即，占据位置I)起始来进行编号。本发明的一些突变CTLA-4多肽(包括单体以及二聚体融合蛋白以及多聚性多肽)包括在一个氨基酸位置上的至少一个氨基酸取代，该氨基酸位置对应于经典的hCTLA-4/hB7_2 结合界面(见，如，Schwartz et al.，Nature410:604-608(2001))之外的成熟hCTLA-4蛋白序列中的一个氨基酸位置，包括但不限于例如，氨基酸位置24、41、54、55、56、64、65、70及85中的任何一个。大体上，本领域中的普通技术人员不会预期，在以上提及的位置(24、41、54、55、56、64、65、70、和/或85)上的一个氨基酸取代，或选自下组的一个或多个取代的任何组合，该组的构成为:位置24、41、54、55、56、64、65、70、以及85，会具有增强hCTLA-4对于hB7-2的结合亲和力或亲合力的能力，会具有抑制CD28-阳性细胞与B7-2-阳性细胞的相互作用的增强的能力，或会提供与例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g相比阻抑或抑制一种免疫应答的更大的能力(例如,T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生、活化标记的诱导、炎症分子的合成或 产生、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应、以及类似物)。此夕卜，本领域中的普通技术人员将不会预期，在以上说明的位置(24、41、54、55、56、64、65、70、和/或85)中的任何一个上或此类位置的任何组合上在本文中所说明的一个或多个具体的氨基酸取代或多个具体的氨基酸取代的组合，会具有增进hCTLA-4对于hB7-2的结合亲和力或亲合力的能力，具有抑制CD28-阳性细胞与B7-2-阳性细胞的相互作用的增强的能力，或提供与例如，hCTLA-4E⑶或hCTLA-4-1g相比阻抑或抑制一种免疫应答的更大的能力。突变CTLA-4融合蛋白本发明还提供了新颖的分离或重组融合蛋白，该融合蛋白包括一个第一多肽(它是以上说明的并且全文说明的本发明的这些多肽中的至少一个(如，本发明的一种突变CTLA-4多肽，例如，一种突变CTLA-4E⑶多肽))，该第一多肽连接或融合到一个第二多肽上，由此形成一种融合蛋白。该第二多肽典型地协助了该第一多肽的分泌或表达。示例性的突变CTLA-4E⑶多肽包括了包括识别为SEQ ID N0S:1至73的序列的那些。本发明包括融合蛋白，这些融合蛋白包括免疫球蛋白(Ig)结构域(如，Ig Fe结构域)，这些结构域融合到或附连到本发明的生物活性分子部分(如，本发明的突变CTLA-4多肽)上。本发明的融合蛋白据信用作预防和/或治疗剂，因为在免疫抑制和/或免疫调节中不同的免疫系统疾病以及紊乱以及病况的预防和/或治疗性治疗在诊断测定中是有益的、以及用于制备具有免疫调节和/或免疫抑制活性或特性的药物或试剂，如在本文的其他地方更为详细地讨论。包括一种突变CTLA-4多肽以及一种Ig多肽(例如，Ig Fe)的本发明的融合蛋白被典型地称为CTLA-4-1g融合蛋白。本发明的这些融合蛋白中的任何一个(包括以下以及实例中更为详细说明的本发明的单体以及二聚体融合蛋白)可包括(作为一种Ig多肽)例如，一种Ig Fe多肽，如在本文中以及以上和以下的其他地方所说明。该第二多肽可直接连结到该第一多肽上。例如，该第二多肽(例如，一种Ig多肽，如，一种Ig Fe多肽)的N-端可直接共价融合到本发明的第一多肽(例如，突变CTLA-4ECD多肽)的C-端。可替代地，该第二多肽可间接地连接到该第一多肽上，如，其中在该第一以及第二多肽之间包括了一个连接物氨基酸序列，该连接物氨基酸序列包括1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个或更多的氨基酸残基。在其中包括了一个连接物的情形下，该氨基酸连接物序列的N-端典型地共价融合到该第一多肽(例如，突变CTLA-4E⑶)的C-端上，而该第二多肽(例如，Ig多肽，如，一种Ig Fe)的N-端典型地共价融合到该氨基酸连接物序列的C-端上。在一些情形下，该第二多肽包括一种Ig多肽的至少一部份，例如，一个Ig重链恒定区的一个或多个结构域。该第二多肽可包括一种Ig多肽的一个铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。在一些情形下，该第二多肽包括一种WT Ig多肽的一个Fe结构域(B卩，WTIg Fe多肽)，例如，一种WT人类Ig多肽的一个Fe结构域(B卩，WT人类Ig Fe多肽)。如其他地方所讨论，该Ig多肽可以来自不通过的物种，包括例如，哺乳动物，例如，人类、小鼠、非人类灵长类(例如，猴、大猩猩)、猫、狗、马、等，并且可以来自不同类别(例如，IgG、IgM、IgE、等)以及亚型(例如，对IgG而言包括IgGl、IgG2、IgG4、等)，并且可包括任何这种Ig多肽的一个Fe结构域或部分。此类不同物种的Ig多肽的氨基酸以及核酸序列在本领域内是已知的。在一个方面，本发明提供了新颖的分离或重组融合蛋白，这些融合蛋白各自包括以上说明的本发明的一种分离或重组的突变CTLA-4多肽(例如，突变CTLA-4E⑶)，该突变CTLA-4多肽在其C-端直接地或间接地(经由一个氨基酸连接物序列)共价连接或融合到一种Ig Fe多肽(B卩，一种Ig多肽的Fe结构域)的N-端上。本发明的这些融合蛋白中的任何(包括以下以及实例中更为详细说明的本发明的单体以及二聚体突变CTLA-4-1g融合蛋白)可包括一种Ig Fe多肽，如在本文中以及以上和以下的其他地方所说明的。一种Ig Fe多肽典型地包括该Ig多肽的铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。该Ig Fe多肽可衍生自不同的物种，包括例如，人类、小鼠、灵长类、等，并且可包括一种野生型Ig Fe多肽(例如，WT IgGl、IgG2或IgG4) 。示例性的人类IgG Fe多肽包括例如但不限于:人类IgGl、人类IgG2、人类IgG4、等。示例性人类IgGlFc的多肽序列在SEQ ID NO: 185中给出。示例性的人类IgG2Fc多肽的多肽序列对应地在SEQ ID NO: 184及以218中给出。可替代地，该IgFe多肽可包括一种突变Ig多肽。例如，可以在一种突变CTLA-4-1g融合蛋白中包括一种突变IgGlFc，其中一个或多个半胱氨酸残基已经被另一个氨基酸(例如，一个丝氨酸残基)取代，由此消除了在两个Ig链之间形成的一个或多个二硫键，或者其中一个或多个脯氨酸残基被另一个氨基酸(例如，脯氨酸残基)取代，以降低效应子功能(降低的Fe受体结合)。一种示例性的突变IgGlFc多肽的多肽序列示于SEQ ID NO: 186。本发明包括一种分离或重组的融合蛋白，如，一种突变CTLA-4-1g 二聚体或突变CTLA-4-1g单体，该融合蛋白包括以上说明的至少一种重组突变CTLA-4多肽，该重组突变CTLA-4多肽在其C-端连结到一种重组Ig Fe多肽的N-端上，该重组的Ig Fe多肽包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与选自下组的一个氨基酸序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S: 184 (人类 IgG2Fc 多肽)、185 (人类 IgGlFc 多肽)、186 (突变 IgGlFc 多肽)、以及218 (无C-端赖氨酸(K)残基的人类IgG2Fc多肽)。
在一个方面，本发明的一种突变CTLA-4-1g融合蛋白的预测多肽序列包括以下片段:一个信号肽序列，它协助了该融合蛋白的分泌(例如，hCTLA-4信号肽(SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO: 216)); —种突变CTLA-4E⑶多肽，该突变CTLA-4E⑶多肽典型地但非必须包括从大约118至130个氨基酸残基的长度，并且通常是大约124个氨基酸残基；以及一种IgFe多肽。示例性的突变CTLA-4E⑶多肽包括以上和以下所说明的那些。在一些情形下，在该突变CTLA-4ECD多肽的C-端与该人类Ig Fe多肽的N-端之间并不包括氨基酸连接物序列；即，在该突变CTLA-4-1g融合蛋白中，一种突变CTLA-4E⑶多肽的C-端被直接地共价融合到该Ig Fe多肽的N-端上。然而，若希望，一种突变CTLA-4-1g可以在该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端与该人类Ig Fe多肽的N-端之间包括一个连接物(例如，一个或多个氨基酸残基)。本发明的预测性单体突变CTLA-4-1g融合蛋白的信号肽典型地在加工过程中从该突变CTLA-4-1g融合蛋白的N-端被切割，并且因此本发明的一种突变CTLA-4-1g融合蛋白的成熟或分泌形式通常并不包括一个信号肽序列。包括两个这种单体突变CTLA-4-1g融合蛋白的一种融合蛋白二聚体典型地是在细胞加工过程中通过产生共价二硫键而形成，这些二硫键是在(I) 一个这种单体融合蛋白的突变CTLA-4ECD以及IgG2Fc中的半胱氨酸残基与(2)该第二(典型地但并非必须相同)单体融合蛋白的突变CTLA-4E⑶以及IgG2Fc中的半胱氨酸残基之间。本发明包括二聚体融合蛋白(也被称为融合蛋白二聚体)，这些二聚体融合蛋白每个包括本发明的两个单体融合蛋白。该二聚体可包括两个相同或不同的单体融合蛋白。该二聚体融合蛋白是通过在这两个单体融合蛋白之间的一个或多个连接体而形成的。包括两个这种单体融合蛋白的一种二聚体融合蛋白典型地是在细胞加工过程中通过产生共价二硫键而形成，这些二硫键是在一个单体融合蛋白中的半胱氨酸残基与在该第二单体融合蛋白中的半胱氨酸残基之间。因此，在一些情形下，本发明的一种突变CTLA-4-1g融合蛋白被表达为包括本发明的两个单体融合蛋白的一个二聚体。在一个方面，本发明提供了包括两个单体融合蛋白的一种分离或重组二聚体突变CTLA-4-1g融合蛋白，其中每个单体融合蛋白包括本发明的一种突变CTLA-4E⑶多肽，如以上以及以下进一步地详细说明，该突变CTLA-4E⑶多肽在其C-端融合到一种Ig Fe多肽上。该二聚体是在细胞加工过程中通过产生共价二硫键而形成，这些二硫键是在一个单体融合蛋白的突变CTLA-4ECD以及Ig Fe中的半胱氨酸残基与该第二单体融合蛋白的突变CTLA-4E⑶以及Ig Fe中的半胱氨酸残基之间。这两个单体融合蛋白典型地但并非必须地包括相同的序列。分泌或成熟形式的突变CTLA-4-1g融合蛋白并不包括一种信号肽，因为该信号肽典型地在加工过程中从该蛋白的N-端上切割。该预测的突变CTLA-4-1g融合蛋白包括一种信号肽，该信号肽的C-端被典型地共价连接到该突变CTLA-4-1g蛋白的N-端上。一种成熟突变CTLA-4-1g融合蛋白的每个单体的N-端典型地包括一个甲硫氨酸(M)。作为一种非限 制性的实例，本发明提供了包括两个单体CTLA-4-1g融合蛋白的二聚体融合蛋白，其中每个单体突变CTLA-4-1g融合蛋白包括一种突变CTLA-4E⑶多肽，该突变CTLA-4E⑶多肽在其C-端连接到一种Ig Fe多肽的N-端上，其中该突变CTLA-4E⑶多肽包括一个多肽序列，该序列选自SEQ ID N0S:1至73中的任何一个。在一些此类二聚体融合蛋白中，这两个单体融合蛋白是通过一个共价二硫键共价地连接在一起的，该二硫键是在细胞加工过程中在每个CTLA-4突变ECD多肽序列中的位置120上的一个半胱氨酸残基之间形成的。可替代地，或此外，这两个单体融合蛋白是通过一个共价二硫键共价地连接在一起的，该二硫键是在该第一单体融合蛋白的Ig Fe多肽中的一个或多个半胱氨酸残基与该第二单体融合蛋白的Ig Fe多肽中的一个或多个半胱氨酸残基之间产生的。这些单体融合蛋白可由多个二硫键(例如，一、二、三、四、或多个二硫键)连接在一起，该二硫键是在细胞加工过程中在它们对应的Ig Fe多肽中存在的半胱氨酸残基之间形成的。在一些情形下，每个单体融合蛋白是由相同的Ig Fe多肽构成(例如，人类IgG2Fc，如例如在SEQ IDNO: 184或218中所示)，并且一个或多个共价二硫键可以在细胞加工过程中在每个Ig Fe多肽中的等效位置上的半胱氨酸残基之间产生。一种示例性的突变CTLA-4E⑶多肽是D3-12突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽包括SEQ ID NOill的多肽序列。本发明的一种示例性的突变CTLA-4-1g融合蛋白是D3-12突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽在其C-端直接地(无连接物)共价连接到或融合到在SEQ ID NO: 218中所示的人类IgG2Fc多肽的N-端上，由此形成在SEQ ID NO: 205中所示的D3_12_IgG2融合蛋白，或者在其C-端直接地(无连接物)共价连接到或融合到在SEQ ID NO: 184中所示的人类IgG2Fc多肽的N-端上，由此形成在SEQ ID NO: 74中所示的D3_12_IgG2融合蛋白。SEQ ID NO: 74的序列与SEQ ID NO: 205的序列具有一个残基的差异一S卩，在SEQ ID NO: 74的C-端存在着一个额外的赖氨酸残基。我们在通过液相色谱质谱分析(LCMS )、或类似分析实验性地发现，在CHO细胞中通过转染一个表达载体(包括编码了一个突变CTLA-4E⑶的一个核苷酸序列(例如，在SEQ ID NO: 11中所示的D3-12E⑶多肽序列))而得到的一种突变CTLA-4融合蛋白、以及在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc多肽典型地并不包括该预期的C-端赖氨酸(K)残基，如基于在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc序列而会预期的。例如，SEQ ID NO: 153的核苷酸序列编码了该hCTLA-4信号肽以及D3_12_IgG2融合蛋白，并且在其C-端包括终止密码子TAA。密码子AAA (它编码了一个赖氨酸残基)直接在SEQ ID NO: 153的序列中位于该终止密码子TAA之前。通过将包括了 SEQ ID NO: 153的核苷酸序列的一个表达载体转染到CHO细胞中而产生的一种成熟D3-12-1gG2融合蛋白的预测多肽序列示于SEQ ID N0:74。该信号肽不存在于成熟形式的D3_12_IgG2融合蛋白中，因为它在加工过程中已经从该成熟的融合蛋白中北切割。然而，基于LCMS分析，我们发现，在这种情形下该成 熟D3-12-1gG2典型地并不包括该预测的C-端赖氨酸，如基于SEQ IDNO: 153的核苷酸序列而可预期的。相反地，通过这种方法所产生的得到的成熟D3-12-1gG2多肽序列是在SEQ ID NO: 205中所示的那个。据信该IgG2Fc多肽的C-端赖氨酸是在加工过程或在分泌之前被切割。据信使用另一个哺乳动物细胞系，通过将这种包括SEQ ID N0:153的核苷酸序列的载体转染到这种哺乳细胞(例如，COS细胞或类似细胞)中而进行的D3-12-1gG2蛋白制备，会因为类似的加工或分泌机制而产生缺乏预测C-端赖氨酸残基的一种类似D3-12-1gG2融合蛋白。该二聚体D3-12_IgG2融合蛋白包括两个这种D3_12_IgG2单体，这两个单体通过一个或多个二硫键连接在一起，这些二硫键是在细胞加工过程中通过在多个半胱氨酸残基之间产生共价二硫键而形成的。D3-12-1gG2以及本发明的其他融合蛋白可例如，通过使用在实例3中给出的方法而制得。例如，可将编码了一种D3-12多肽的核酸序列(例如，SEQ IDN0:90)克隆到该IgG2Fc融合载体中，可以用该载体转染哺乳动物细胞，并且将得到的融合蛋白表达(典型地是二聚体形式)，纯化，并进行评估，如实例3中所说明。另一个示例性的突变CTLA-4E⑶多肽是D3-54突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽包括SEQ ID N0:36的多肽序列，而一种示例性的突变CTLA-4-1g融合蛋白包括D3-54突变CTLA-4ECD多肽，该多肽在其C-端直接地(无连接物)共价连接到或融合到在SEQ IDNO:218中所示的hIgG2Fc多肽的N-端(无C-端赖氨酸)上，由此形成在SEQ ID NO:211中所示的D3-54-1gG2融合蛋白，或者在其C-端直接地(无连接物)共价连接到或融合到在SEQ ID NO: 184中所示的hIgG2Fc多肽的N-端(无C-端赖氨酸)上，由此形成在SEQ IDNO: 197中所示的D3-54-1gG2融合蛋白。如以上所讨论，实验性分析指出在CHO细胞中制得的成熟D3-54-1gG2融合蛋白典型地并不包括该预期的C-端赖氨酸残基。据信该hIgG2Fc的C-端赖氨酸是在加工过程或在分泌之前被切割，这造成了在SEQ ID N0:211中所示的D3-54-1gG2融合蛋白序列。此外，如以上所指出，D3-29-1gG2可使用实例3的方法制得。二聚体D3-54-1gG2融合蛋白包括两个D3-54-1gG2单体，这两个单体通过一个或多个二硫键连接在一起，这些二硫键是在细胞加工过程中通过在多个半胱氨酸残基之间产生共价二硫键而形成。在SEQ ID N0:201中所示的核酸序列编码了在SEQ ID N0S: 197以及211中所示的融合蛋白。 本发明的其他融合蛋白可类似地包括一种突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽连接到或融合到hIgG2 (SEQ ID N0:218或84)上。本发明的示例性成熟突变CTLA-4_IgG2融合蛋白包括例如，SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中每个的多肽序列。SEQ ID N0S:74至79、197至200、220、以及222的多肽序列中的每个包括一个C-端赖氨酸残基；这个C-端赖氨酸残基典型地是在加工过程或在分泌之前受到切割，这对应地造成在SEQ ID勵5:205至210、211至214、219、以及221中所示的无(:-端赖氨酸的多肽序列。图10是一个示意图，显示了本发明的一个示例性突变CTLA-4_IgG2融合蛋白的一个示例性构型或结构。示意性地显示了两个相同的单体突变CTLA-4-1gG2融合蛋白，每个包括一个成熟突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽在其C-端共价连接到一种人类IgG2Fc多肽的N-端上。每个人类IgG2Fc多肽包括一个人类IgG2的铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域。还显示了存在于该ECD与Ig Fe多肽之间的接合处的示例性氨基酸残基。在此类组分之间的接合处的氨基酸残基可有差异，这取决于该突变CTLA-4ECD多肽序列和/或Ig多肽序列。这种二聚体突变CTLA-4-1gG2融合蛋白是由至少一个二硫键的形成而产生，这些二硫键是在这两个突变CTLA-4-1gG2融合蛋白单体中的类似位置上的半胱氨酸残基之间。这些潜在地涉及这两个单体之间形成二硫键的半胱氨酸(C)残基用星号标记。每个单体融合蛋白的信号肽典型地是在加工过程中受到切割，并且因此该分泌(成熟)融合蛋白典型地并不包括该信号肽序列。该人类IgG2多肽的多肽序列(它包括人类IgG2的铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域)示于SEQ ID NO: 184。在另一个方面，该人类IgG2多肽的多肽序列(它包括人类IgG2的铰链区、CH2结构域、以及CH3结构域)示于SEQ ID NO:218 ;在此情形下，该IgG2多肽当与SEQ ID NO: 184的序列相比并不包括C-端赖氨酸(K)残基。可以将本发明的突变CTLA-4-1g融合蛋白的特性(在其他地方进行详细说明)与一种或多种参比Ig融合蛋白的特性(例如，hCTLA-4-1gGl、hCTLA-4-1gG2、Orenda*融合蛋白、以及LEA29Y-1g)进行比较。可进行比较的特性包括例如，结合⑶80和/或⑶86(和/或CD80-1g和/或CD86-1g)的能力、和/或阻抑或抑制一种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、等)。该成熟hCTLA-4-1gGl融合蛋白在溶液中典型地是作为一个hCTLA-4-1gGl融合蛋白二聚体而存在的，该二聚体包括两个相同的单体hCTLA-4-1gGl蛋白，每个单体hCTLA-4-1gGl融合蛋白包括连接到一种IgGlFc多肽上的hCTLA_4E⑶多肽(SEQ ID NO: 159)。该成熟hCTLA_4_IgG2融合蛋白在溶液中典型地作为一种hCTLA_4_IgG2融合蛋白二聚体而存在，该二聚体包括两个相同的单体hCTLA-4-1gG2蛋白，每个单体hCTLA-4-1gG2融合蛋白(SEQ ID NO: 162)包括连接到一种IgG2Fc多肽上的hCTLA_4ECD多肽(SEQ ID NO: 159)。该成熟Orendat:融合蛋白是一种融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个相同的单体Orenda1*融合蛋白，每个单体融合蛋白(SEQ ID NO: 164)包括连接到一种特异的突变 IgGlFc 多肽(SEQ ID NO: 186)上的 hCTLA_4ECD 多肽(SEQ ID N0:159)。该成熟LEA29Y-1g融合蛋白在溶液中典型地作为一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体而存在，该二聚体包括两个相同的单体LEA29Y-1g融合蛋白，每个单体LEA29Y-1g融合蛋白(SEQ IDNO: 166)包括连接到 一个特异的突变IgGl多肽(SEQ ID NO: 186)上的特异突变CTLA-4ECD多肽(SEQ ID NO: 168)。据信Orenua"二聚体的两个融合蛋白单体是由一个单一的二硫键共价连接在一起的，该二硫键是在每个hCTLA-4-突变IgGl单体的位置120上的半胱氨酸残基之间形成，并且在这两个突变IgGlFc多肽之间并未形成任何二硫键。一些突变CTLA-4融合蛋白结合⑶80 (例如，h⑶80)和/或⑶86 (例如，h⑶86)。一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白结合一种⑶80-1g融合蛋白和/或一种⑶86-1g融合蛋白。示例性的CD80-1g融合蛋白包括该hCD80-mIg融合蛋白(SEQ ID N0:225)，它包括连接到一种鼠Ig Fe多肽的人类CD80ECD;以及该hCD80-hIgGl融合蛋白(SEQ ID NO: 171)，它包括连接到人类IgGlFc多肽上的h⑶80E⑶的序列。示例性的⑶86-1g融合蛋白包括该hCD86-mIg融合蛋白(SEQ ID NO: 226)，它包括连接到一种鼠Ig Fe多肽上的hCD86ECD(SEQID N0:180);以及该成熟hCD86-hIgGl融合蛋白(SEQ ID NO: 178)，它包括连结到该人类IgGlFc 多肽(SEQ ID NO: 185)上的 hCD86ECD (SEQ ID N0:180)的序列。编码了 hCD86_mIg以及hCD80-mIg的示例性核酸序列对应地示于SEQ ID N0S: 227以及228。在一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白，该融合蛋白包括(a) —种多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，以及(b) 一种Ig Fe多肽(例如，hIgG2Fc)，其中该融合蛋白结合CD80和/或CD86，和/或CD80-1g和/或CD86_Ig融合蛋白，和/或展示了阻抑或抑制一种免疫应答的能力。该Ig Fe多肽可包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少 95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性，该组为 SEQ ID NO: 184、185、186、以及218。在一些情形下，该多肽(a)的C-端共价连接到(b)的Ig Fe多肽的N-端上。一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白结合一种哺乳动物⑶80和/或⑶86 (例如，h⑶80和/或h⑶86)，和/或⑶80-1 g和/或⑶86-1 g融合蛋白。一种⑶80-1 g可包括例如，连接到一种Ig Fe上的人类⑶80E⑶(例如，h⑶80-1g)。在一个实施方案中，一种h⑶80-1g是连接到一种人类Ig Fe上的人类⑶80E⑶(例如，h⑶80-hIg);在另一个实施方案中，一种h⑶80-1g是连结到一种鼠Ig Fe上的人类⑶80E⑶(h⑶80-mIg)。在一个实施方案中，一种h⑶86-1g是连接到一种人类Ig Fe上的人类⑶86E⑶(h⑶86_hlg);在另一个实施方案中，一种h⑶86-1g是连接到一种鼠Ig Fe上的人类⑶86E⑶(h⑶86_mlg)。一些此类融合蛋白在体外和/或体内的测定和/或方法中具有抑制或阻抑不同免疫应答种的一个或多个的能力，例如，T细胞活化、T细胞增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF- a、IFN- y、IL_2的产生)、活化标记(例如，CD25、IL-2受体)或炎症分子的诱导、炎症、抗胶原Ab的产生和/或T细胞依赖的Ab应答。此类融合蛋白预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗免疫系统疾病及紊乱(例如，自身免疫疾病)的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法，如以下所讨论。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体突变CTLA-4-1g融合蛋白，这些二硫键是在每个单体突变CTLA-4-1g融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成。每个突变CTLA-4-1g融合蛋白单体包括:(a) 一种突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1 至 73，以及(b) 一种Ig Fe多肽(例如，hIgG2Fc)，其中该融合蛋白二聚体结合⑶80和/或⑶86，和/或CD80-1g和/或CD86-1g融合蛋白，和/或展示了阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在一些情形下，(a)的多肽的C-端共价连接到或融合到(b)的Ig Fe多肽的N-端上。该IgFe多肽可包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NO: 184至186以及218。在一些情形下，该融合蛋白二聚体通过一个共价二硫键而形成，该二硫键是在每个突变CTLA-4E⑶多肽序列的氨基酸位置120上的半胱氨酸残基之 间，或在对应于相对在SEQ ID NO: 159中所示的hCTLA-4E⑶多肽序列的每个突变CTLA-4E⑶多肽序列中的位置120的一个氨基酸位置上。一些此类融合蛋白在体外和/或体内的测定和/或方法中具有抑制或阻抑不同免疫应答中的一个或多个的能力，例如，T细胞活化、T细胞增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-a、IFN-Y、IL-2的产生)、活化标记(例如，⑶25、IL-2受体)或炎症分子的诱到、炎症、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答。此类融合蛋白二聚体预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗免疫系统疾病及紊乱(例如，自身免疫疾病)的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法，如以下所讨论。一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白单体具有对于h⑶86或h⑶86E⑶的结合亲和力，这些结合亲和力对应地是至少等于或大于hCTLA-4E⑶以及LEA29对于h⑶86或h⑶86E⑶的那些。见，如，实例4中的表5。在一些此类二聚体以及单体融合蛋白中存在的突变CTLA-4E⑶多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有大约等于该hCTLA-4E⑶氨基酸长度的氨基酸长度。例如，一些此类突变CTLA-4ECD多肽包括一个多肽序列，该多肽序列长度为大约 110 至 138、112 至 136、114 至 134、116 至 132、118 至 130、119 至 129、120 至 128、121至127、122至126、或123至125个氨基酸残基。一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括一个具有124个氨基酸残基的序列。示例性的突变CTLA-4E⑶多肽包括例如但不限于，包括一种多肽序列的那些，该多肽序列具有与选自下组的至少一种多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中这种突变CTLA-4ECD多肽结合⑶80和/或⑶86 (或二者之一的或两者的一个E⑶)、和/或具有抑制一种免疫应答的能力。
一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体具有对于h⑶86和/或h⑶86_Ig的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少大约等于或大于一种hCTLA-4-1g融合蛋白二聚体(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚体XOendai二聚体、和 I 或 LEA29Y_Ig对于h⑶86和/或h⑶86-1g的结合亲合力。一些此类融合蛋白二聚体具有对于h⑶86和/或hCD86-mIg的一种结合亲合力，该结合亲合力与Orencia 二聚体对于hCD86和/或hCD86-mIg 的亲和力相比高出 2-10 倍(2χ-10χ)、5_10 倍(5χ_10χ)、10-20 倍(10χ_20χ)、20-40倍(20χ-40χ)、或超过40倍(>40χ)。见，如，以下表3中的本发明的示例性二聚体融合蛋白。可替代地或额外地，一些此类融合蛋白二聚体具有对于h⑶80和/或h⑶80-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少大约等于或大于一种hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA-4-1gG2 或hCTLA-4-1gGl 二聚体)、(.)reiU；ur 二聚体、和 /或LEA29Y-1g对于hCD80和/或h⑶80-1g的结合亲合力。一些此类融合蛋白二聚体具有对于h⑶80和/或h⑶80-mIg的一种结合亲合力，该结合亲合力与Orencia*二聚体对于h⑶86和/或h⑶86-mIg的结合亲合力相比高出0.5-2倍 (0.5x-2x)、2-4倍(2χ-4χ)、或超过2倍(>2χ)。见，如，以下表4中的本发明的示例性二聚体融合蛋白。一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体以一种速率从结合的h⑶86和/或hCD86-1g中解离，该速率对应地是小于一种hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA_4_IgG2或 hCTLA-4-1gGl 二聚体)、Orencias 二聚体、和 / 或 LEA29Y_Ig 从结合的 hCD86 和 / 或h⑶86-1g中解离的速率。一些此类融合蛋白以一种速率与h⑶86和/或h⑶86-1g相结合，该速率对应地是至少等于或大于一种hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA-4-1gG2或hCTLA-4-1gGl 二聚体)、Orencia"二聚体、和 I 或 LEA29Y_Ig 与 hCD86 和 / 或 hCD86_Ig 相结合的速率。对于一些此类融合蛋白二聚体，针对在⑶86 (或⑶86-1g)与本发明的融合蛋白二聚体之间的结合反应的平衡解离常数(Kd)小于针对在⑶86 (或⑶86-1g)与一种hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚体)、()renUa:; 二聚体、和 /或LEA29Y-1g 二聚体之间的结合反应的平衡解离常数(KD)。见，如，表3中的本发明的示例性融合蛋白二聚体。对于一些此类融合蛋白二聚体，针对在⑶80 (或⑶80-1g)与本发明的融合蛋白二聚体之间的结合反应的平衡解离常数(Kd)是大约等于或小于针对在CD80(或 CD80-1g)与一种 hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA-4_IgG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚体)、
二聚体、或LEA29Y-1g 二聚体之间的结合反应的平衡解离常数(KD)。见，如，表4中的本发明的示例性融合蛋白二聚体。一些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体具有阻抑或抑制一种免疫应答的一种能力(例如，抑制T细胞的活化或增殖、抑制细胞因子的产生、等)，该能力对应地是大约等于或大于一种 hCTLA-4-1g 二聚体(例如，hCTLA-4-1gG2 或 hCTLA-4-1gGl 二聚体)、0renciak.二聚体、和/或LEA29Y-1g 二聚体抑制或阻抑所述免疫应答的能力。例如，一些此类融合蛋白二聚体可在体外测定中抑制T细胞活化或T细胞增殖。例如，以下所示的实例4至9证明了本发明的代表性融合蛋白二聚体(包括一种代表性突变CTLA-4ECD多肽序列)在体外抑制T细胞增殖的能力。一些此类二聚体可以在体内抑制或阻抑受试者体内的一种免疫应答，如，通过将一个治疗或预防有效量的至少一种这种二聚体给予需要免疫抑制疗法的受试者。一些此类融合蛋白二聚体预期用于不同的应用，包括例如但不限于，用于在患有其中希望免疫抑制的免疫系统疾病或紊乱(例如，自身免疫疾病)的受试者体内阻抑或抑制一种免疫应答的预防和/或治疗方法，以及用于通过一个受方对于来自供方的一个组织、细胞、或器官移植体的排斥的方法。一些此类二聚体具有调整或阻抑通过⑶28的信号传导的经变化的能力，因为他们具有对于⑶80和⑶86的不同的比较性结合亲合力。此类二聚体用于其中希望T细胞应答的差异操纵的应用，包括用于治疗免疫系统疾病及紊乱的治疗及预防方法，例如，免疫缺陷疾病及紊乱(例如，RA、MS、牛皮癣、等)。包括本发明多肽的示例性二聚体融合蛋白(具有以上说明的差异CD80/CD86结合亲合力以及免疫抑制特性)示于实例4。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体具有阻抑或抑制一种免疫应答的一种能力，该能力对应地是大约等于或大于hCTLA-4蛋白或hCTLA-4-1g 二聚体阻抑或抑制一种或多种类型免疫应答的能力。例如，一些此类二聚体在体外和/或活体内的测定和/或应用(如以上和以下所说明的那些)中具有抑制T细胞的活化或增殖的一种能力，该能力是至少大约等于或大于该 hCTLA-4 蛋白或一种 hCTLA-4-1g 二聚体(例如，(_)renei;:rf.hCTLA-4_IgG2 二聚体、或hCTLA-4-1gGl 二聚体)在此类应用中抑制T细胞的活化或增殖的能力。额外地，一些此类二聚体具有抑制或阻抑一种免疫应答的一种能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、T细胞依赖的抗体反应)，该能力大于一个LEA29Y-1g 二聚体抑制或阻抑一种免疫应答的能力。例如，实例4至9将本发明的代表性二聚体融合蛋白(包括本发明的一个突变CTLA-4E⑶多肽序列)在体外抑制T细胞增殖的能力相对于二聚体hCTLA-4-1gG2、Orencia 、以及LEAY29-1g在体外阻抑T细胞增殖的能力进行了比较。见，如，以下表6至9。一些此类二聚体具有结合h⑶80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86_Ig)的能力，以及在体外和/或体内的测定和/或应用(如以上以及以下更为详细说明的那些)中抑制或阻抑一种免疫应答的能力(例如，一种体内方法，其中给予了一个治疗或预防有效量的至少一种此类二聚体)。一 些此类二聚体具有对于h⑶80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少大约等于或大于hCTLA-4蛋白、一种二聚体 hCTLA-4-1g (例如，hCTLAHgGZOencia")或二聚体 LEA29Y_Ig 对于 hCD80和/或h⑶86 (或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)的结合亲合力，以及阻抑一种免疫应答的能力，该能力是至少等于或大于hCTLA-4蛋白、一种二聚体hCTLA-4-1g(例如，hCTLA-4-1gG2、Orencia")或二聚体LEA29Y-1g抑制一种免疫应答的能力。此类突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体预期用于不同的应用，包括例如，用于治疗免疫系统疾病、紊乱、及病况的预防和/或治疗方法，如以下更为详细地讨论。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该融合蛋白二聚体包括两个相同的单体融合蛋白(例如，两个单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少90%、90.5%、91%、91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%、94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%,98%,98.5%,99%,99.5%、或 100% 的一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该二聚体结合CD80和/或CD86 (和/或一种CD80-1g和/或CD86_Ig，对应地如hCD80_mIg和/或h⑶86-mIg)，和/或具有抑制一种免疫应答的能力，包括以上所说明并且以下进一步说明的那些。在SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中给出的多肽序列中的每个是一个成熟突变CTLA-4E⑶，该E⑶在其C-端融合到一种IgG2Fc多肽的N-端上，并且每个这种序列可被称为一种突变CTLA-4-1g融合蛋白。SEQ ID NOS:74至79、197至200、220、以及222中每个的多肽序列是与SEQ ID N0S:205至214、219、以及221相同的，除了 SEQ ID N0S: 74至79、197至200、220、以及222中的每个在其C-端包括一个赖氨酸之外。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白单体，该融合蛋白单体包括一个多肽序列，该多肽序列具有与包括SEQ ID勵3:74至79、197至200、205至214、以及219至222中任何一个的氨基酸残基I至351的一个多肽序列至少90%、90.5%、91%、91.5%,92%,92.5%,93%,93.5%,94%,94.5%,95%,95.5%,96%,96.5%,97%,97.5%,98%,98.5%、99%,99.5%、或100%的一致性，其中该融合蛋白结合⑶80和/或⑶86(和/或一种⑶80_Ig和/或⑶86-1g，对应地如h⑶80-mIg和/或h⑶86_mlg)、和/或具有抑制一种免疫应答的能力，包括以上所说明并且以下进一步说明的那些。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个相同的单体融合蛋白，其中每个这种单体融合蛋白包括一个多肽序列，该多肽序列具有与包括SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219至222中任何一个的氨基酸残基1-351的多肽序列具有至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，其中该融合蛋白结合⑶80和/或⑶86(和/或⑶80-1g和/或⑶86_Ig，对应地如h⑶80-mIg和/或h⑶86-mIg)，和/或具有抑制一种免疫应答的能力，包括以上所说明并且以下进一步说明的那些。还提供了一种突变单体CTLA-4-1g融合蛋白，该融合蛋白包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS: 74至79、197至200、205至214、以及219至222，其中所述单体融合蛋白结合CD80和/或CD86 (和/或CD80_Ig和/或CD86_Ig，对应地如h⑶80-mIg和/或h⑶86-mIg)、和/或具有抑制一种免疫应答的能力。一些此类融合蛋白单体以及二聚体在体外和/或体内的测定和/或方法中具有抑制或阻抑一种或多种免疫应答的能力，包括例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-α、IFN-y ,IL-2的产生)、活化标记的诱导(例如，⑶25、IL-2受体)、炎症、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答(例如，在患有一种疾病、紊乱、或病况的一位受试者体内，其中免疫抑制疗法会具有益处，并且对该受试者给予一个治疗有效量的这种二聚体融合蛋白的受试者体内，如以下更为详细地讨论)。此类融合蛋白单体以及二聚体预期用于不同的应用，包括用于治疗免疫系统疾病的治疗和/或预防方法，包括以下所讨论的那些。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白(例如，单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括:⑴一种多肽(例如，突变CTLA-4细胞外结构域多肽)，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与选自下组的一个多肽序列具有不超过6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、或6个氨基酸残基)的差异，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且其中在该多肽序列中在氨基酸位置41、50、54、55、56、64、65、70、或85的氨基酸残基是与在所述所选择的多肽序列(例如，选自SEQ ID N0S:1至73的一种多肽)的对应位置上的氨基酸残基相同，以 及(2) —种Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc)，其中该融合蛋白二聚体结合CD80和/或CD86 (和/或CD80-1g和/或CD86_Ig)、和/或在体外和/或体内的测定和/或方法中抑制一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记或炎症分子的诱导、抗胶原Ab的产生、和/或T细胞依赖的Ab应答、等)，如以下所详细讨论。本发明还包括如以上所说明的一种分离或重组的单体融合蛋白，它结合CD80和/或CD86 (和/或CD80-1g和/或CD86_Ig)，和/或在体外或体内诱导一种免疫应答。在该融合蛋白二聚体中，这两个单体融合蛋白(例如，突变CTLA-4-1g单体)可任选地通过经由在每个单体中的半胱氨酸残基的一个或多个二硫键而共价连接在一起，并且这两个单体典型地是彼此相同的。在一些情形下，在这种融合蛋白二聚体或单体中的突变CTLA-4E⑶多肽与所选择的多肽(例如，选自SEQ ID NOS:1至73)具有不超过6个氨基酸残基的差异，但占据位置41、50、54、55、56、64、65、70、及85中的氨基酸是与在所选择的多肽序列中的位置上的氨基酸残基相同；即，在这种位置上的氨基酸残基不能缺失或取代。在这种融合蛋白中的一些此类CTLA-4ECD多肽包括一个多肽序列，该多肽序列与所选择的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且它包括了在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104、以及106上的氨基酸残基，这些氨基酸残基与在所选择的多肽序列中的对应位置上的氨基酸残基相同。此类CTLA-4ECD多肽可以与所选择的多肽序列具有一种或多种氨基酸缺失、一种或多种氨基酸添加、和/或一种或多种氨基酸取代的差异。一个氨基酸取代可以是一个保守性或非保守性取代。见，如，“序列变异”章节。一些此类二聚体融合蛋白具有对于hCD86或hCD86-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少大约等于或大于 hCTLA-4、二聚体 hCTLA-4-1g、二聚体 LEA29Y_Ig、或Orcncia.A.蛋白对于 hCD86 或h⑶86-1g的结合亲合力。一些此类单体融合蛋白具有对于h⑶86、h⑶86-1g、或h⑶86E⑶的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是至少大约等于或大于该单体hCTLA-4、单体 hCTLA-4-1g、或单体 LEA29Y_Ig 对于 hCD86、hCD86_Ig 或 hCD86ECD 的结合亲和力或亲合力。可替代地或额外地，一些此类二聚体融合蛋白具有对于h⑶80或h⑶80-1g的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是至少大约等于或大于hCTLA-4或hCTLA-4-1g对于h⑶80的亲合力。可替代地或额外地，一些此类单体融合蛋白具有对于h⑶80、h⑶80-1g、或hCD80ECD的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是至少大约等于或大于单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g对于hCD80、hCD80_Ig、或hCD80ECD的一种结合亲和力或亲合力。在一些情形下，在这种融合蛋白二聚体或单体中的突变CTLA-4E⑶多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有大约等于该hCTLA-4ECD氨基酸长度的长度，例如从大约118 至 130,119 至 129,120 至 128,121 至 127,122 至 126,123 至 125、或 124 个氨基酸残基的长度。该Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或一种降低效应子功能或Fe受体结合的一种突变IgG Fe)的N-端可直接地或间接地(经由包括例如从I至10个氨基酸残基的一个连接物)共价地连接到或融合到该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端上。该Ig Fe多肽可包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS: 184至186以及218，例如SEQ IDNO: 184、185、186 以及 218 的任何一个。
—些此类突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体或单体可阻抑不同免疫应答中的一个或多个，包括例如，T细胞活化、T细胞增殖、细胞因子的合成或产生(例如，TNF-α、IFN- Y、IL-2的生成)、活化标记(例如，⑶25、IL-2受体)或炎症分子的诱导、炎症、抗胶原Ab的产生、和/或一种或多种T细胞依赖的Ab应答。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体与hCTLA-4、二聚体hCTLA-4-1g、或二聚体LEA29Y-1g相比具有阻抑一种或多种此类免疫应答的更大的能力。例如，实例4至9提供了以下数据，这些数据将本发明的代表性二聚体融合蛋白(包括本发明的一种突变CTLA-4ECD多肽)在体外抑制T细胞增殖的能力相对于一种二聚体hCTLA-4-1g或二聚体LEA29Y-1g这样做的能力进行了比较。一些此类突变CTLA_4_Ig单体与单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g、或单体LEA29Y_Ig相比具有阻抑一种或多种此类免疫应答的更大的能力。一些此类单体及二聚体可以在受试者体内阻抑或抑制一种免疫应答，如通过将一个治疗或预防有效量的至少一种此类多肽给予需要免疫抑制疗法的受试者。此类融合蛋白预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗一种疾病、紊乱、或病况的方法，其中免疫抑制会具有益处，如，用于治疗自身免疫疾病及紊乱的预防和/或治疗方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白(例如，两个单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括:(I) 一种突变CTLA-4细胞外结构域(ECD)多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与选自下组的一个多肽序列具有不超过6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5或6个氨基酸残基)的差异，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，并且(b)包括在对应于相对SEQ ID NO: 159多肽序列的位置50、54、55、56、64、65、70、或85的一个氨基酸位置上的至少一个氨基酸取代；以及(2) —种Ig Fe多肽，其中该融合蛋白二聚体结合⑶80和/或⑶86 (和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g)、和/或在体外和/或体内的测定和/或方法中抑制一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应、等)，如以下更为详细地说明。本发明还包括一种分离或重组的单体融合蛋白，如以上所说明，它结合⑶80和/或⑶86(和/或⑶80-1g和/或⑶86-1g)、和/或在体外或体内诱导一种免疫应答。在一些情形下，⑶80是h⑶80，并且⑶86是h⑶86。在该融合蛋白二聚体中，这两个单体融合蛋白(例如，突变CTLA-4-1g单体)是可任选地通过经由在每个单体中的半胱氨酸残基的一个或多个二硫键而共价连接在一起，并且这两个单体典型地是彼此相同的。该Ig Fe多肽(例如，IgG2Fc、 IgGlFc, IgG4Fc、或降低效应子功能或Fe受体结合的一种突变IgG Fe)的N-端可直接地或间接地(经由包括例如从I至10个氨基酸残基的一个连接物)共价连接到或融合到该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端上。该Ig Fe多肽可包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S: 184至186以及218。一些此类融合蛋白二聚体或单体包括一种突变CTLA-4E⑶多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有大约等于该hCTLA-4E⑶氨基酸长度的长度，例如118至130、119至129、120至128、121至127、122至126、或123至125个氨基酸残基的长度。在这种融合蛋白二聚体或单体中的一些此类突变CTLA-4ECD多肽包括一个多肽序列，该多肽序列长度是124个氨基酸残基。一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括2、3、4、5、或6个氨基酸取代，这些氨基酸取代是在相对在SEQ ID NO: 159中所示的序列的、选自下组的位置上，该组的构成为:位置50、54、55、56、64、65、70、以及85。一些此类突变CTLA-4ECD多肽进一步包括一个氨基酸取代，该氨基酸取代是在对应于相对SEQ ID NO: 159的位置104和/或30的一个位置上。一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括相对SEQ ID NO: 159的至少一个氨基酸取代，这些氨基酸取代是在位置70 (可任选地S70F)、位置64 (可任选地S64P)、位置50 (可任选地A50M)、位置54 (可任选地M54K/V，例如M54K)、位置65 (可任选地I65S)、位置56 (可任选地N56D)、位置55 (可任选地G55E)、位置85 (可任选地M85A)、和/或位置24 (可任选地A24E/S，例如A24E)上。任何此类突变CTLA-4ECD多肽可进一步包括相对SEQ ID NO: 159的一个氨基酸取代，该氨基酸取代是在位置104 (可任选地L104E/D，例如L104E)、位置30(可任选地T30N/D/A，例如T30N、T30D、或T30A)、和/或位置32 (可任选地V32I)。一些此类突变CTLA-4ECD多肽包括至少一个氨基酸取代，这些氨基酸取代是在相对SEQ ID NO: 159的一个氨基酸位置上，这些氨基酸取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及S70F。一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括2、3、4、5、或6个氨基酸取代，这些氨基酸取代是在相对SEQ ID NO: 159的多个氨基酸位置上，这些氨基酸取代选自下组，其构成为:A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、以及 S70F。
一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体展示了对于⑶86(例如，h⑶86)或二聚体⑶86_Ig(例如，h⑶86-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于hCTLA-4蛋白、二聚体 hCTLA-4-1g (例如，hCTLA-4-1gGl 或 hCTLA-4-1gG2)、Orenciaw蛋白、或二聚体LEA29Y-1g对于⑶86或二聚体⑶86_Ig的结合亲合力。一些此类二聚体具有对于⑶80(例如，h⑶80)或二聚体⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地大于hCTLA-4蛋白、一种二聚体hCTLA-4-1g,OrenciaR蛋白、和/或二聚体LEAY29_Ig对于⑶80或二聚体⑶80-1g的结合亲合力。一些此类突变CTLA-4-1g单体展示了对于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86_Ig (例如，hCD86-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大约等于或大于单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g、或单体LEA29Y_Ig对于CD86或二聚体CD86_Ig的结合亲和力或亲合力。一些此类单体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大于单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g (例如，单体 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4_IgG2)对于 CD80 或二聚体 CD80_Ig 的结合亲和力或亲合力。—些此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体在体外和/或体内的测定和/或方法中(例如，在患有一种疾病、紊乱、或病况的一位受试者体内，其中免疫抑制疗法会具有益处，并且对该受试者给予一个治疗有效量的至少一种此类突变CTLA-4-1g 二聚体)阻抑或抑制一种或多种免疫应答的能力，包括以上以及全文中所说明的(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应)。一些此类突变 CTLA-4-1g 二聚体与 hCTLA-4、一种二聚体 hCTLA-4-1g (例如，二聚体 CTLA-4-1gGl或CTLA-4-1gG2)、Orem;iaK蛋白、和/或二聚体LEAY29-1g相比以更大的程度来抑制一种或多种此类免疫应答。一些此类突变CTLA-4-1g单体与hCTLA-4、单体hCTLA_4_Ig、和/或单体LEAY29-1g相比以更大的程度来阻抑一种或多种此类免疫应答。此类突变CTLA-4-1g二聚体以及单体预期在不同的应用中具有有益的用途，包括用于治疗自身免疫疾病及紊乱的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植的方法。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白(例如，单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括:(I) 一种多肽(例如，突变CTLA-4细胞外结构域)，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(i)具有与选自下组的任何多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，并且(ii)包括一个苯丙氨酸残基，该苯丙氨酸残基在对应于所述多肽序列的位置70的一个氨基酸位置上，该多肽序列选自下组，其构成为:SEQ ID N0:1至73，以及(2) —种IgFe多肽(例如，IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或降低效应子功能或Fe受体结合的一种突变IgGFe)，其中该融合蛋白二聚体结合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80-1g，例如hDC80-1g、和/或CD86_Ig，例如hCD86_Ig)、和/或在体外和/或体内诱导一种免疫应答的能力。本发明还包括如以上所说明的一种分离或重组的单体融合蛋白，该单体融合蛋白结合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80_Ig，例如hDC80-1g、和/或⑶86-1g，例如h⑶86-1g)、和/或在体外或体内诱导一种免疫应答。在一些情形下，该Ig Fe多肽包括一个序列，该序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S: 184至186以及218。该Ig Fe多肽的N-端可直接地或间接地(经由包括例如从I至10个氨基酸残基的一个连接物)共价连接到或融合到该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端上。在一些此类突变CTL-4-1g 二聚体及单体中，该突变CTLA-4E⑶多肽包括以下的相对所述所选择的多肽序列中的一个或多个:在对应于位置24的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基；在对应于位置30的一个氨基酸位置上的一个天冬酰胺残基；在对应于位置32的一个氨基酸位置上的一个异亮氨酸残基；在对应于位置50的一个氨基酸位置上的一个甲硫氨酸残基；在对应于位置54的一个氨基酸位置上的一个赖氨酸残基；在对应于位置55的一个氨基酸位置上的一个谷氨酸残基；在对应于位置56的一个氨基酸位置上的一个天冬氨酸残基；在对应于位置64的一个氨基酸位置上的一个脯氨酸残基；在对应于位置65的氨基酸位置上的一个丝氨酸残基；以及在对应于位置104的氨基酸位置上的一个谷氨酸残基。例如，在此类突变CTLA-4-1g 二聚体或单体中，一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括一个多肽序列，该多肽序列包括(i)与SEQ ID N0:2的多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性 ，以及(ii) 一个苯丙氨酸残基，该苯丙氨酸残基在对应于SEQ IDNO: 24的多肽序列的位置70的一个氨基酸位置上，其中该多肽结合h⑶80和/或h⑶86(和/或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)、和/或在体外和/或体内的测定和/或方法中抑制一种免疫应答。在此类突变CTLA-4-1g 二聚体或单体中，一些此类突变CTLA-4E⑶多肽包括以下的相对SEQ ID N0:24中的一个或多个:在位置24上的一个谷氨酸残基、在位置30上的一个天冬酰胺残基、在位置32上的一个异亮氨酸残基、在位置50上的一个甲硫氨酸残基、在位置54上的一个赖氨酸残基、在位置55上的一个谷氨酸残基、在位置56上的一个天冬氨酸残基、在位置64上的一个脯氨酸残基、在位置65上的一个丝氨酸残基、以及在位置104上的一个谷氨酸残基。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体具有对于⑶86 (例如，h⑶86)或二聚体⑶86_Ig(例如，h⑶86-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于hCTLA-4、二聚体hCTLA-4-1g、Orenda#蛋白、或二聚体LEA29Y-1g对于CD86或二聚体CD86-1g的结合亲合力。一些此类二聚体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚体⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于hCTLA-4、一种二聚体hCTLA-4-1g、或Orenciai^白对于CD80或二聚体CD80-1g的结合亲合力。一些此类突变CTLA-4-1g单体展示了对于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86_Ig (例如，hCD86-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大约等于或大于单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g、和/或单体LEA29Y_Ig对于CD86或CD86_Ig的结合亲和力或亲合力。一些此类单体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大于单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g对于⑶80或二聚体⑶80-1g的结合亲和力或亲合力。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体具有在体外和/或体内的测定和/或方法中(例如，在患有一种疾病、紊乱、或病况的一位受试者体内，其中免疫抑制疗法将会具有益处，并且对该受试者给予一个治疗有效量的至少一种此类突变CTLA-4-1g 二聚体)阻抑或抑制一种或多种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原Ab的产成、T细胞依赖的Ab应答)。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体与 hCTLA-4、一种二聚体 hCTLA-4-1g (例如，二聚体 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4_IgG2)、Orencia"蛋白、和/或二聚体LEA29Y-1g相比以更大的程度来阻抑或抑制一种或多种此类免疫应答的能力。一些此类突变CTLA-4-1g单体与单体hCTLA-4、单体hCTLA_4_Ig、和/或单体LEAY29-1g相比以更大的程度来阻抑或抑 制一种或多种此类免疫应答的能力。此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体预期在不同的治疗和/或预防方法中具有有益的用途，这些方法用于治疗其中免疫抑制治疗将具有益处的疾病或紊乱，包括例如，用于治疗自身免疫疾病的方法，以及用于抑制器官、细胞、或组织移植体的移植物的排斥的方法。在又另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白(例如，单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括:(1) 一种多肽(例如，突变CTLA-4细胞外结构域)，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与在SEQ ID NO: 159所述的人类CTLA-4细胞外结构域多肽的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括至少一个氨基酸取代，其中所述至少一个氨基酸取代包括S70F，其中根据SEQ ID NO: 159对氨基酸残基位置是进行编号；以及(2) —种IgG Fe多肽(例如，IgG2FC、IgGlFc、IgG4Fc。或降低效应子功能或Fe受体结合的一种突变IgG Fe)，其中所述二聚体结合hCD80和/或h⑶86(和/或h⑶86-1g和/或h⑶86-1g)、和/或在体外和/或体内的测定和/或方法中抑制一种免疫应答(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应、等)，如以下详细地讨论。本发明还包括如以上所说明的一种分离或重组的单体融合蛋白，该单体融合蛋白结合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和 / 或 CD80_Ig，例如 hCD80_Ig、和 / 或 CD86_Ig，例如 hCD86_Ig)、和/或在体外或体内诱导一种免疫应答。该Ig Fe多肽可包括一个序列，该序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的序列一致性，该组的构成为:SEQID NOS: 184至186以及218。该Ig Fe多肽的N-端可直接地或间接地(经由包括例如从I至10个氨基酸残基的一个连接物)共价连接到或融合到该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端所。在一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体或单体中，该突变CTLA-4E⑶多肽进一步包括选自下组的至少一个氨基酸取代，该组的构成为:A24E、T30N、V321、D41G、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、I65S、M85A、L104E、以及I106F。在一些此类突变CTLA_4_Ig 二聚体或单体中，该突变CTLA-4E⑶多肽进一步包括取代L104E，和/或二、三、或四个额外的取代，这些取代选自下组，其构成为:T30N、V321、A50M、M54K、G55E、N56D、S64P、以及 I65S。一些此类二聚体具有对于CD86 (例如，hCD86)或二聚体CD86_Ig (例如，hCD86_Ig)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于hCTLA-4、二聚体hCTLA-4-1g、和/或Orencia 蛋白对于CD86或二聚体CD86-1g的结合亲合力。一些此类二聚体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚体⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于hCTLA-4、二聚体hCTLA-4-1g、和/或(Jrenuia'‘蛋白对于⑶80或二聚体⑶80-1g的结合亲合力。一些此类单体具有对于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86-1g (例如，hCD86-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大约等于或大于单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g或单体LEA29Y_Ig对于⑶86或⑶86_Ig的结合亲和力或亲合力。一些此类单体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲合力或亲合力对应地是大于单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g对于⑶80或二聚体⑶80-1g的结合亲和力或亲合力。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体在体外和/或体内的测定和/或方法中(例如，在患有一种疾病、紊乱、或病况的一个受试者体内，其中免疫抑制疗法将具有益处，并且对该受试者给予一个治疗有效量的至少一种此类突变CTLA-4-1g 二聚体)阻抑或抑制一种或多种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应)。一些此类二聚体与hCTLA-4、一种二聚体 hCTLA-4-1g(例如，二聚体 CTLA-4-1gGl 或 CTLA-4-1gG2)、Orenciaκ 蛋白、和 I 或二聚体LEAY29-1g相比具有以更大的程度来阻抑或抑制一种或多种此类免疫应答的能力。一些此类单体与单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g、和/或单体LEAY29_Ig相比具有以更大的程度来阻抑或抑制一种或多种此类免疫应答的能力。此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体预期在不同的治疗和/或预防方法中具有有益的用途，这些方法用于治疗其中免疫抑制治疗将具有益处的疾病或紊乱，包括例如，用于治疗自身免疫疾病的方法，以及用于抑制器官或组织移植体的移植的方法 。在另一个方面，本发明提供了一种分离或重组的融合蛋白二聚体(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体)，该融合蛋白二聚体包括两个单体融合蛋白(例如，单体突变CTLA-4-1g融合蛋白)，其中每个这种单体融合蛋白包括:⑴一种多肽(例如，突变CTLA-4细胞外结构域)，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与SEQ ID NO: 31的多肽序列具有不超过6个氨基酸残基的差异，并且(b)包括以下的至少一项:在对应于SEQ ID N0:31的位置50的一个位置上的一个甲硫氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置54的一个位置上的一个赖氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置55的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于SEQ ID NO:31的位置64的一个位置上的一个脯氨酸残基、在对应于SEQ IDNO: 31的位置65的一个位置上的一个丝氨酸残基、在对应于SEQ ID NO: 31的位置70的一个位置上的一个苯丙氨酸残基，其中根据SEQ ID NO: 31对氨基酸残基位置进行编号；以及(2) 一种Ig Fe多肽，其中所述二聚体结合hCD80和/或hCD86 (和/或hCD86_Ig和/或h⑶86-1g)、和/或抑制一种免疫应答。本发明还包括如以上所说明的一种分离或重组的单体融合蛋白，它结合CD80 (例如，hCD80)和/或CD86 (例如，hCD86)(和/或CD80_Ig，例如h⑶80-1g、和/或⑶86-1g，例如h⑶86-1g)、和/或在体外或体内诱导一种免疫应答。该IgFe多肽可包括一种IgG2Fc、IgGlFc, IgG4Fc、或降低效应子功能或Fe受体结合的一种突变IgG Fe。该Ig Fe多肽可包括一个序列，该序列具有与选自下组的一个多肽序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%的一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS: 184至186以及218。该Ig Fe多肽的N-端可直接地或间接地(经由包括例如从I至10个氨基酸残基的一个连接物)共价连接到或融合到该突变CTLA-4E⑶多肽的C-端上。在一些此类二聚体或单体中，该突变CTLA-4E⑶多肽包括在对应于SEQ ID NO:31的位置104的一个位置上的一个谷氨酸残基、在对应于位置30的一个位置上的一个天冬酰胺残基、和/或在对应于位置32的一个位置上的一个异亮氨酸残基。一些此类二聚体具有对于⑶86 (例如，h⑶86 )或二聚体⑶86-1 g (例如，h⑶86-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大约等于或大于hCTLA-4蛋白、二聚体 hCTLA-4-1g、Oren(；ia:1 蛋白、和 I 或二聚体 LEAY29_Ig 对于 CD86 或二聚体 CD86_Ig的结合亲合力。一些此类二聚体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或二聚体⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲合力，该结合亲合力对应地是大于hCTLA-4、二聚体hCTLA-4-1g、和/或GVenda蛋白对于⑶80或二聚体⑶80-1g的结合亲合力。一些此类单体展示了对于⑶86 (例如，h⑶86)或⑶86-1g (例如，h⑶86-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大约等于或大于单体hCTLA-4、单体hCTLA-4-1g、或单体LEA29Y_Ig对于⑶86或⑶86-1 g的结合亲和力或亲合力。一些此类单体具有对于⑶80 (例如，h⑶80)或⑶80-1g (例如，h⑶80-1g)的一种结合亲和力或亲合力，该结合亲和力或亲合力对应地是大于单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g对于⑶80或二聚体⑶80_Ig的结合亲和力或亲合力。一些此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体在体外和/或体内具有阻抑或抑制一种或多种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的产生、活化标记的诱导、炎症、抗胶原抗体的产生、T细胞依赖的抗体反应)，如以下详细讨论。一些此类二聚体与hCTLA-4、一种二聚体hCTLA-4-1g、Orenda8蛋白、和I或二聚体LEAY29_Ig相比具有以更大的程度来阻抑一种或多种此类免疫应答的能力。一些此类单体与单体hCTLA-4或单体hCTLA-4-1g相比具有以更大的程度来阻抑或抑制一种或多种此类免疫应答的能力。此类突变CTLA-4-1g 二聚体以及单体预期在不同的治疗和/或预防方法中具有有益的用途，这些方法用于治疗其中免疫抑制治疗将具有益处的疾病或紊乱，(例如，自身免疫疾病及紊乱，以及用于抑制器官或组织移植体的移植的方法)。以上所说明的任何这种二聚体以及单体突变CTLA-4-1g融合蛋白二聚体或单体可进一步包括一种肽，这种肽协助该融合蛋白从宿主细胞中分泌。这种肽可任选地是一种信号肽。该信号肽的C-端典型地共价连接到一种融合蛋白的N-端上。该信号肽可包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与SEQ ID NO: 182或SEQ ID NO:216的氨基酸序列至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。该信号肽可包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列具有与包括SEQ ID NO: 160的氨基酸残基I至35、I至36、或I至37 的一个氨基酸序列至少 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的一致性。此外，如以下所讨论，以上所说明的任何这种二聚体及单体突变CTLA-4-1g融合蛋白可包括一个或多个经糖基 化或聚乙二醇化的氨基酸残基。本发明还提供了一种成熟/分泌的突变CTLA-4_IgG2融合蛋白，其长度是352个氨基酸，并且包括一种突变CTLA-4E⑶多肽(包括124个氨基酸残基)，以及一种人类IgG2Fc多肽，它包括228个氨基酸残基。示例性的突变CTLA-4ECD多肽包括那些多肽，这些多肽包括通过SEQ ID NOS:1至73中的任何一个所识别的序列。示例性的突变CTLA-4_IgG2融合蛋白包括那些，它们包括通过SEQ ID N0S: 74至79、197至200、205至214、以及219中222中任何一个所识别的一个多肽序列。若需要，一种成熟突变CTLA-4-1gG2融合蛋白的氨基酸能够以该突变CTLA-4-1gG2的第一个氨基酸残基(即，该突变CTLA-4E⑶多肽的第一个残基)起始进行编号。在一些方面，该突变CTLA-4-1gG2融合蛋白(或突变CTLA-4E⑶)的第一个残基是甲硫氨酸，并且因此该突变CTLA-4-1gG2融合蛋白(或突变CTLA-4E⑶)的氨基酸编号将会由甲硫氨酸起始(被指定为氨基酸残基I)。本发明还包括一种分离或重组的多聚体融合蛋白，该多聚体融合蛋白包括二个或多个以上说明的突变CTLA-4-1g融合蛋白。在一些情形下，该多聚体是一个融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括两个突变CTLA-4-1g融合蛋白，它们可以是相同的融合蛋白(即，同型二聚体)或不同的融合蛋白(即，异型二聚体)。在一些情形下，该多聚体是一种四聚体融合蛋白，它包括四个本发明的突变CTLA-4-ECD多肽。该四聚体可包括四个相同的突变CTLA-4E⑶多肽(即，同型四聚体)、或本发明的四个突变CTLA-4E⑶多肽的任何组合，这样使得所有四个突变CTLA-4E⑶多肽都不相同(即，异四聚体)。一些此类多聚体结合⑶80和/⑶86 (和/或h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)、和/或阻抑或抑制一种免疫应答。本发明包括以上说明的可溶形式的多肽、融合蛋白、以及多聚体中的任何一种。还包括了以下说明的可溶形式的本发明的偶联物。本发明的可溶性分子如，本发明的可溶性的多肽、二聚体融合蛋白、单体融合蛋白、多聚体、以及偶联物-并未连接或结合或结合到细胞上。一些此类可溶性分子可以在溶液中或可以进行循环，例如，在一种液体中(例如，在受试者的体内)。可以典型地使用一种信号肽来协助这种分子的分泌，但该信号肽在该分子从宿主细胞中分泌的过程中被切割。因此，在大部分的情形下，一种可溶性的分子，如，一种可溶性的多肽、二聚体融合蛋白、单体融合蛋白、或多聚体，并不包括一种信号肽。如以上所讨论，本发明的一个突变CTLA-4细胞外结构域多肽可以连接到一种Ig分子上，该分子包括例如，一种Ig多肽的一 部份，例如，一种Ig Fe多肽，它造成一种可溶性的融合蛋白。因此，在一个方面，本发明包括可溶性的突变CTLA-4-1g融合蛋白，该融合蛋白包括如在本文中所说明的本发明的任何突变CTLA-4ECD多肽，该多肽融合到或连接到一种Ig多肽的至少一个部分上，例如，一种野生型Ig Fe (例如，人类IgG2Fc)或突变Ig Fe多肽。此类可溶性的突变CTLA-4-1g融合蛋白可以是单体或二聚体的融合蛋白，并且包括以上以及其他地方(包括在以下实例中)详细说明的的那些突变CTLA-4-1g融合蛋白单体以及二聚体。如以上以及本文中的其他地方所详细说明，一些此类可溶性的单体或二聚体融合蛋白可具有结合CD80和/或CD86的能力、和/或在体外和/或体内的应用中阻抑或抑制一种免疫应答的能力(例如，T细胞的活化或增殖)。本发明的此类可溶性分子预期在不同的应用中具有具体的益处，包括例如，用于治疗免疫系统疾病及紊乱(例如，自身免疫疾病)的治疗及预防方法，以及用于抑制细胞、器官或组织移植体的移植的预防及治疗方法。本发明的可溶性分子一例如，本发明的可溶性重组突变CTLA-4E⑶多肽、单体以及二聚体的突变CTLA-4-1g融合蛋白、突变CTLA-4E⑶偶联物、突变CTLA-4-1g偶联物、包括突变CTLA-4E⑶多肽或突变CTLA-4-1g的多聚体、包括突变CTLA-4偶联物或突变CTLA-4-1g偶联物的多聚体-它们结合⑶80和/或⑶86，在以一个治疗或预防有效量给予一个受试者时，抑制了内源性CD80和/或CD86与内源性CD28之间的相互作用，由此在该受试者体内阻抑一种免疫系统反应或对该受试者的健康的身体组织、器官、和/或细胞的免疫系统进行攻击。在其中一个受试者是来自一个供方的健康的身体组织、器官、和/或细胞的受方情形下(例如，当该受试者受方已接受了一个供方的组织移植体或细胞或器官移植物时)，此类可溶性的分子抑制了内源性CD80和/或CD86与内源性CD28之间的相互作用，由此抑制该受试者的免疫系统对由该供方捐献到该受试者的健康的身体组织、器官、和/或细胞的有害应答或攻击。经由阻抑一种免疫系统应答或对健康的身体组织的攻击，降低了该受试者体内与这种免疫系统应答或对健康的身体组织、器官、或细胞的攻击相关联的副作用(例如，疼痛、关节炎症、等)，并延迟或防止由这种响应或攻击所造成的损伤。用于测量以上说明的本发明的多肽(包括例如，突变CTLA-4E⑶多肽、二聚体以及单体的突变CTLA-4 -1g融合蛋白、以及多聚体)的结合亲和力以及亲合力的方法对于本领域中的普通技术人员而言将是已知的，并且包括例如但不限于:BiaC0re 技术(GEHealthcare)、等温滴定微量热法(MicroCal LLC, Northampton, MA)、ELISA、结合亲合力曬菌体展示法、以及FACS法。Biacore法在以下实例4中详细说明。FACS或其他分选方法在以上以及本文的其他地方进行更为详细地说明。通过噬菌体ELISA来测量本发明的多肽对hCD80和/或hCD86的结合亲合力的方法说明于以下实例2中。用于检测并测量由本发明的分子(包括例如，本发明的突变CTLA-4ECD多肽、二聚体以及单体的突变CTLA-4-1g融合蛋白、以及多聚体)所诱导的T细胞应答的方法是本领域的普通技术人员所熟知的。T细胞活化常见地特征在于生理学事件，包括例如，T细胞相关的细胞因子合成(例如，IFN-Y的产生)以及活化标记(例如，⑶25、IL-2受体)的诱导。CD4+T细胞在MHC II型分子的背景中识别它们的免疫原肽，而CD8+T细胞则在MHC I型分子的背景中识别它们的免疫原肽。用于评估并测量以上说明的本发明的分子抑制或阻抑T细胞活化和/或T细胞增殖或阻断通过CD86和/或CD80的信号传导的能力的示例性方法说明于实例5至8以及本文的其他地方。本发明的多肽、单体以及二聚体的融合蛋白、以及多聚体(包括以上所讨论的那些)可任选地进一步包括一种额外的氨基酸(例如，甲硫氨酸)，将该氨基酸加到至N-端和/或一种肽标签上用于进行纯化或识别。本发明的多肽(包括以上所讨论的那些)可任选地进一步包括一个多肽纯化亚序列，例如，选自一种表位标签、一种FLAG标签、一种聚组氨酸序列、以及一种GST融合物的亚序列。此外，如以下更为详细地讨论，本发明包括分离的、重组的、或合成的核酸，这些核酸编码了以上说明的以及以下额外详细说明的本发明的所有多肽、融合蛋白、以及多聚体。序列一致性_如以上所讨论，在一个方面，本发明包括一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个多肽序列至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1至73，其中该多肽结合⑶80或⑶86或二者之一的一个细胞外结构域，和/或具有阻抑或抑制一种免疫应答的能力。在另一个方面，如以下详细说明，本发明提供了一种分离或重组的核酸，该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了包括一个多肽序列的一种多肽，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5% 或 100% 的序列一致性，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至73，其中该多肽具有结合⑶80和/或⑶86、和/或它的一个ECD的能力，和/或具有阻抑一种免疫应答的能力，或它的一个互补的多核苷酸序列。一个序列(多肽或核酸)与另一个的相似程度提供了对于这两个序列的类似结构以及功能特性的指示。因此，在本发明的背景中，具有与任何给定的示例性序列的一个相似序列的序列是本发明的一个特征。具有如以下所定义的序列一致性百分比的序列是本发明的一个特征。可使用确定序列关系的不同方法，包括手动比对以及计算机辅助性序列比对以及分析。用于进行序列比对的不同的计算机程序是可获得的，或能够由技术人员产生。如以上所指出，在本发明中所采用的核酸以及多肽的序列不需要对应地与本发明的一种核酸或本发明的多肽的对应序列相同，但可以是实质上相同的。例如，可使本发明的多肽经受不同的变化，如一个或多个氨基酸的插入、缺失、和/或取代(保守性或非保守性的)，包括例如，在此类变 化可对其用途提供某些优势的情形下，如，在其治疗及预防的用途中，或其给药或诊断的应用中。也可使本发明的核酸经受不同的变化，如一个或多个氨基酸在一个或多个密码子中的一个或多个取代，这样使得一个特定的密码子编码了相同或不同的氨基酸，造成沉默变化(例如，在一个核苷酸序列中的突变造成该氨基酸序列的沉默突变，例如，当经编码的氨基酸并未被该核酸突变而改变时)或非沉默变化，该序列中一个或多个核酸(或密码子)的一个或多个缺失，该序列中一个或多个核酸(或密码子)的一个或多个添加或插入，该序列中一个或多个核酸(或密码子)的切割或一个或多个截段。还可对这些核酸进行修饰以包括一个或多个密码子，这种或这些密码子在一个表达系统(例如，细菌或哺乳动物)中提供最佳表达，同时，若希望，所述一个或多个密码子仍编码了这种或这些相同的氨基酸。此类核酸变化可对其治疗及预防性用途，或其给药或诊断性应用提供某些优势。这些核酸以及多肽能够以多种方式进行修饰，只要它们包括与本发明的一个对应核酸或多肽中的一个序列实质上相同(如以下所定义)的序列。在二个或多个核酸或多肽序列的背景中，术语“相同的”或“一致性”是指二个或多个序列，当为了最大相似性而进行比较并且比对时，这些序列是相同的或具有一个限定百分比的相同的氨基酸残基或核苷酸，如使用以下说明的序列比较算法或通过目视检验所确定。一个受试序列与一个参比(即，查询)序列的“序列一致性百分比(“％ —致性”)”意思是该受试序列在一个比较长度中与该查询序列相同所达到的一个限定百分比(即，对于一个多肽序列而言在一个又一个氨基酸的基础上，或对于一个多核苷酸序列而言在一个又一个核苷酸的基础上)。一个受试序列与一个查询序列的序列一致性百分比(“％序列一致性”或“％ —致性”)可计算如下。首先，使用一种具有特定比对参数的序列比较算法来确定这两个序列的最适比对。这种最适比对的确定可使用计算机进行，或可以进行手动计算，如以下所说明。接着，在该比较长度中对这两个经最适比对的序列进行比较，并确定在该最适比对中在这两序列中发生的相同残基的位置数目，它提供了匹配位置的数目。接着将该匹配位置数目除以该比较长度的总位置数目(除非另有限定，它是该查询序列的长度)，并接着再将该结果乘以100，以便得到该受试序列与该查询序列的序列一致性百分比。
就多肽序列而言，典型地将一个序列视为一个“查询序列”(例如，本发明的一个多肽序列)，件该序列与一个或多个其他序列(即，“一个或多个受试序列”，例如，存在于一个序列数据库中的序列)进行比较。这种序列比较算法使用了这些指定的比对参数来确定在该查询序列与这个或这些受试序列之间的最适比对。当将一个查询序列与一个序列数据库(例如,GENBANK 数据库(Genetic Sequence Data Bank;U.S.Department ofHealth and Human Services)或(」」.NLSLQM:数据库(Thomson Derwent ;也可以作为 STN上DGENE 数据库而获得))进行比较时，通常仅将该查询序列与这些比对参数输入计算机；对于达到一个限定数目的受试序列返回了在查询序列与每个受试序列之间的最适比对。1.确定最适比对这两多肽序列当使用指定的参数(即，一种定义的氨基酸替换矩阵(substitutionmatrix)、间隙存在罚分(gap existence penalty)(也被称为间隙开放罚分(gap openpenalty))、以及间隙延伸罚分(gap extension penalty))进行比对以达到该对序列可能的最高相似性评分时，是“最适比对”的。BL0SUM62矩阵(Henikoff and Henikoff (1992)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89 (22):10915-10919)经常用作在多肽序列比对算法(如，BLASTP,以下所说明)中的一个默认评分替换矩阵。针对在这些比对序列之一中引入的一个单一的氨基酸间隙强加间隙存在罚分，并且针对该间隙中的每个残基位置强加间隙延伸罚分。除非另有指明，在本文中所采用的比对参数为:BL0SUM62评分矩阵，间隙存在罚分=11，并且间隙延伸罚分=1。通过比对开始以及结束处(例如，比对窗口)的每个序列的氨基酸位置来定义比对评分，并且可任选地通过将一个间隙或多个间隙插入到一个或这两个序列中，以便达到最高可能的相似性评分。 尽管在二个或多个序列之间的最适比对可以通过手动进行确定(如以下所说明)，通过使用一种计算机执行的比对算法协助T该过程，这种比对算法如，BLAST (National Library of Medicine),例如，针对多肽序列的BLASTP以及针对核酸序列的BLASTN，说明于 Altschul et al.(1997) Nucleic Acids Res.25:3389-3402 中，并且通过不同来源而使公众可以获得，这些来源如，国家生技信息中心(National Center forBiotechnology Information) (NCBI)网站。当使用一个计算机化的BLAST界面时,如果该选项存在使用一个“低复杂性过滤器(low complexity filter)”,应当将这个选项关闭(即，不使用过滤器)。在两个多肽序列之间的最适比对也可以使用以上限定的相同比对参数(矩阵=BL0SUM62，间隙开放罚分=11，以及间隙延伸罚分=1)，通过BLASTP算法的手动计算(S卩，无计算机辅助)来确定。开始时，通过目视对这两个序列进行初始比对。接着，按照以下方法计算了一个初始比对评分:对于该比对的每个位置(即，对于各对经比对的残基配对)，根据BL0SUM62矩阵指定一个数字值(图13)。对该比对中的每对残基所指定的数值之和是比对评分。如果这两个正在进行比对的序列是高度相似的，通常这种初始比对提供了最高可能比对评分。具有最高可能比对评分的比对是基于所采用的比对参数的最适比对。在图14(A至D)中提供了对于两个序列的手动计算比对评分的实例。图14(A)显示了针对一个“查询(query)”序列(在本文中识别为人类CTLA-4E⑶序列(SEQ ID NO: 159)的残基39-53)与一个“受试”序列(在本文中被识别为D3 (SEQ ID NO:61)的残基40-54)的一个任意比对(比对14A)的比对评分计算。通过BL0SUM62矩阵针对每对经比对的氨基酸所指定的数字值显示在该比对中的各个位置之下。图14⑶显示了对于这相同的两个序列的最适比对的比对评分。为了协助可视化，将该比对中的每个相同的氨基酸对用粗体显示。以下图14(B)中的比对(比对14B)造成这两个序列的最高可能比对评分(每个比对位置下所示数值之和)；这两个序列的任何其他比对(具有或没有间隙)会造成一个较低的比对评分。在一些情形下，可通过将一个或多个间隙引入到在该比对中引入而获得一个较高的比对评分。当将一个间隙引入到一个比对中时，指定了一个间隙开放罚分，并且针对该间隙内的每个残基位置额外地评估了一个空隙延伸罚分。因此，使用以上说明的比对参数(包括间隙开放罚分=11并且间隙延伸罚分=1)，在该比对中的一个残基长度的间隙将对应于指定到该间隙上的-(11+ (lxl))=-12数值；两个残基的间隙将对应于指定到该间隙上的-(11+ (2x1)) =-13数值、等等。针对引入到该比对中的每个新间隙来重复这个计算。

以下是一个实例，它证明了将一个间隙引入到一个比对中怎样能够造成一个较高的比对评分，尽管在有间隙罚分的情况下。图14(C)显示了一个“查询”序列(在本文中被识别为该人类CTLA-4ECD序列(SEQ ID NO: 159)的残基39-53)与一个“受试”序列(在本文中被识别为D3 (SEQ ID N0:61)的残基41-55)的比对(比对14C)，但在此情形下氨基酸49-50缺失。比对14C (它是最佳的可能比对，没有引入任何间隙)产生比对评分34。图14⑶中的比对(比对14D)显示了在该下侧序列中引入一个两个残基的间隙对该比对评分的作用。尽管总间隙罚分为13 (间隙开放罚分是11，并且2次I分的间隙延伸罚分)，这两个序列的整体比对评分增加至43。以下的比对D产生了最高可能比对评分，并且因此是这两个序列的最适比对；这两个序列的任何其他比对(具有或没有间隙)会造成一个较低的比对评分。应当理解的是，以上说明的序列比对计算的实例(它使用了相对较短的序列)仅是出于说明性目的而提供。实际上，所才用的比对参数(BL0SUM62矩阵，间隙开放罚分=11，并且间隙延伸罚分=1)总体上旨在用于长度为85个氨基酸或更长的多肽序列。NCBI网站针对其他长度的序列提供了以下比对参数，这些比对参数适用于计算机辅助性连同手动的比对计算，使用如以上所说明的相同过程进行。对于长度为50-85个氨基酸的序列，最适参数是BL0SUM80矩阵(Henikoff and Henikoff,以上说明文献)，间隙开放罚分=10，并且间隙延伸罚分=1。对于长度为35-50个氨基酸的序列，最适参数是PAM70矩阵(Dayhoff, M.0.，Schwartz, R.M.&0rcutt, B.C.(1978) “A model of evolutionarychange in proteins，，in Atlas of Protein Sequence and Structure, vol.5, suppl.3, M.0.Dayhoff (ed.), pp.345-352，Natl.Biomed.Res.Found., Washington, DC.),间隙开放罚分=10，并且间隙延伸罚分=1。对于长度为小于35个氨基酸的序列，最适参数是PAM30矩阵(Dayhoff, M.0.，以上说明文献)，间隙开放罚分=9，并且间隙延伸罚分=1。2.计算一致性百分比一旦对这些序列进行最适比对，即可通过对在该最适比对中含有相同残基对的位置数目进行计数，将其除以在该比较长度(也称为比较窗口)中的残基数目(除非另有限定，它是该查询序列中的残基数目)，再将得到的数目乘以100，来计算该受试序列相对于该查询序列的一致性百分比。返回参照以上的比对，在每个实例中，指定为查询(上侧)序列的序列长度是15个氨基酸。在比对B中，在该查询序列(上侧)与受试序列(下侧)的最适比对中，有12对的比对氨基酸残基(以粗体字显示)是完全相同的。因此，这个特定的受试序列具有与该15个残基的查询序列的完整长度(12/15) X100=80%的一致性；换言之，在比对B中的受试序列具有与该查询序列至少80%的氨基酸序列一致性。在比对D中，在该最适比对中有11对的氨基酸残基(以粗体字显示)是相同的；因此，这个特定的受试序列具有与该15个残基的查询序列的完整长度(11/15) xl00=73.3%的一致性；换言之，在比对D中的受试序列具有与该查询序列至少73%的氨基酸序列一致性。当应用于多肽时，术语“实质的一致性”(或“实质上相同”)典型地意思指当使用BLASTP算法(手动或经由计算机)使用以上说明的适当参数来对两个氨基酸序列(即，一个查询序列以及一个受试序列)进行最适比对时，该受试序列具有与该查询序列至少70%、75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或100%的氨基酸序列一致性。在一些情形下，这种实质的一致性存在于至少100个氨基酸残基的比较长度中，例如，至少 110、115、118、119、120、121、122、123、124、125、130、135、140、145、150、200、250、300、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、375、400、450、或 500 个氨基酸残基。类似地，当应用在两核酸序列的背景中时，术语实质的一致性(或实质上相同)意思指当使用BLASTN算法(手动或经由计算机)使用以上说明的适当参数来对两核酸序列(SP，一个查询序列以及一个受试序列)进行最适比对时，该受试序列具有与该查询序列至少约 70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的核酸序列一致性。用于核酸序列比对的参数为:配对给分(match reward) I,错配罚分(mismatch penalty) -3,间隙存在罚分5,间隙延伸罚分2 (在BLASTN算法中并不使用替换矩阵)。在一些情形下，实质的一致性存在于至少300个核苷酸残基的比较长度中，例如，至少 330、345、354、357、360、363、366、369、362、365、375、390、405、420、435、450、600、750、900、1035、1038、1041、1044、1047、1050、1053、1056、1059、1062、1065、1068、1071、1074、1077、1080、1200、1350、或 1500 个核苷酸残基。可使用本领域所已知的其他序列比对程序。ALIGN程序使用了由Myers andMiller CAB10S4:11-17 (1988)所说明的一种动态规划算法的改进而产生了这两种所选定的蛋白或核酸序列的最适全体(整体)比对。ALIGN程序典型地(但并非必须)与加权末端间隙(weighted end-gap ) 一起使用。如果间隙开放罚分和间隙延伸罚分是可获得的时，对于氨基酸序列比对通常将它们对应地设定在大约-5至-15以及O至-3之间，更优选地对应地是大约-12以及-0.5至-2，并且对于核酸序列比对对应地是大约-10至-20以及-3至-5，更常见地对应地是大约-16以及-LALIGN程序进一步说明于Pearson et al., Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85:2444-48 (1988)，以及 Pearson et al., Meth.Enzymol.18:63-98 (1990)中。可替代地，并且特别针对多重序列分析(B卩，超过三种序列的比较)，可使用CLUSTALW 程序(说明于例如，Thompson et al., Nucl.Acids Res.22:4673-4680 (1994))。CLUSTALW程序是一种适合于多重DNA和氨基酸序列比对的算法(Thompson et al., Nucl.Acids Res.22:4673-4680 (1994))。CLUSTALW在多个序列的组之间进行多重的逐对比较，并基于同源性将它们组合成为一个多重比 对。在一个方面，将间隙开放和间隙延伸罚分对应地设定为10和0.05。可替代地或额外地，CLUSTALW程序是使用“动态”(对比“固定”)设置而运行。典型地，用CLUSTALW进行的核苷酸序列分析是使用BESTFIT矩阵进行的；而氨基酸序列是使用一个不同组的BLOSUM矩阵进行评估的，这取决于这些序列之间的一致性程度(例如，如通过经由圣地亚哥超级计算机中心(San Diego Supercomputer Center(SDSC))获得的CLUSTALW1.6版程序或可从欧洲生物信息中心(European BioinformaticsInstitute, Cambridge, UK)获得的Wl.8版所使用的)。优选地，将CLUSTALW设定成SDSC CLUSTALW系统默认设置(例如，考虑到氨基酸序列分析中的特定疏水性间隙罚分)。CLUSTALW 程序进一步说明于例如，Higgins et al.，CAB10S8 (2): 189-91 (1992)，Thompsonet al., Nucleic Acids Res.22:4673-80 (1994),以及 Jeanmougin et al., TrendsBiochem.Sc1.2:403-07 (1998)。在另一个可替代的形式中，在一个特定的比对氨基酸序列对之间的一致性或一致性百分比是指通过以下步骤所获得的氨基酸序列一致性百分比:通过CLUSTALW分析(如Wl.8版)，对该比对中的相同配对数目进行计数，并且将这个相同配对数目除以⑴这些比对序列的长度与(ii)96中的较大的，并且使用以下的默认ClustalW参数以达成减缓/计算逐对的比对-间隙开放罚分:10 ;间隙延伸罚分:0.10 ;蛋白重量矩阵=Gonnet系列；DNA重量矩阵:IUB ；Toggle慢速/快速逐对比对=SLOW或FULL比对。用于确定一致性百分比或类似性百分比的另一个有用的算法是FASTA算法，该算法说明于Pearson et al., Proc Natl.Acad.Sc1.USA85:2444( 1988)以及Pearson, MethodsEnzymo1.266:227-258 (1996)。将用于DNA序列的FASTA比对中以计算一致性百分比的典型参数最适化，BL50 矩阵 15:-5, k 序列(k-tuple) =2 ;结合罚分(joining penalty) =40,最适化(optimization) =28 ;间隙罚分(gap penalty) =-12,间隙长度罚分(gap lengthpenalty) =-2 ;并且宽度(width) =16。其他适合的算法包括BLAST和BLAST2.0算法，它们协助至少两个氨基酸或核苷酸序列的分析，这是通过将一种所选择的序列与在一个数据库(例如，GenSeq)中的多个序列进行比对，或者，当通过 一种额外的算法(如BL2SEQ)进行修饰时，是在两个选定的序列之间进行。用于进行BLAST分析的软件可通过国家生技信息中心(NCBI)(万维网网址ncb1.nlm.nih.gov)而公开地获得。BLAST算法涉及首先通过在该查询序列中识别长度为W的短字序而识别高分序列对(HSP)，它们在与数据库序列中具有相同长度的字序进行比对时是匹配或符合一些正值阈值的评分T。T是指邻近字序评分阈值(neighborhood word scorethresholdXAltschul et al.,以上说明文献)。此类初始的邻近字序相符结果充当种子用于起始搜寻来发现含有它们的较长HSP。将这些字序相符结果沿着每个序列向两个方向延伸，只要可增加累积比对评分便继续进行。针对核苷酸序列，使用参数M (对一个匹配的残基对给分；总是>0)以及N (错配残基的罚分；总是〈O)来计算累积评分。针对氨基酸序列，使用一个评分矩阵来计算该累积评分。这些字序相符结果在每个方向上的延伸在下列情形下停止:该累积比对评分从其所到达的最大值下滑X的量；该累积评分由于一个或多个负分残基比对的累积而到达O或以下；或到达任一个序列的末端。BLAST算法参数W、T、以及X确定了该比对的灵敏性和速度。BLASTN程序(对于核苷酸序列)可以与字序长度(W) 11、以及期望值(E) 10、M=5、N=-4与两股的比较一起使用。对于氨基酸序列，BLASTP程序(例如，BLASTP2.0.14; Jun-29-2000)可以与字序长度3以及期望值(E)IO —起使用。BL0SUM62评分矩阵(见 Henikoff&Henikoff, (1989) Proc.Natl.Acad.Sc1.USA89:10915)使用了 比对(B) 50、期望值(E) 10、M=5、N=-4、以及两股的比较。同样，如同其他适合的算法，可增加比较的严格性，直到该程序仅识别出与在本文的序列表中的序列更为密切相关的序列(例如，包括一个多肽序列的多肽，该多肽序列具有与选自SEQ ID勵3:1至79、197至200、205至214、以及 219 至 222 的一个多肽序列至少 85、90、91、92、93、49、95、96、97、98、99%、或 100%的一致性，或包括一个核苷酸序列的核酸，该核苷酸序列具有与选自SEQ ID N0S:80至158、201至204、223、以及224中的任何的一个核苷酸序列至少85、90、91、92、93、49、95、96、97、
98、99%、或100%的一致性，或它的一个互补的核苷酸序列。BLAST算法还对两序列之间的相似性或一致性进行统计分析(见，如，Karlin&Altschul, (1993)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:5873-5787)。一种由 BLAST 算法所提供的相似性或一致性的度量是最小总和机率(smallest sum probability) (P (N)),它提供了在两个核苷酸或氨基酸序列至间随机发生一个配对的机率的一个指示。例如，若在该试验核酸与一种参比核酸的比较中，该最小总和机率是小于约0.2(如，小于约0.01或小于约0.001)，则该核酸即被视为与该参比序列相似。BLAST程序分析还可以或可替代地可以由低复杂度过滤程序(如，DUST或SEG程序)进行修饰，它们是优选地整合到该BLAST程序的操作中(见，如，Wootton etal., Comput.Chem.17:149-63 (1993), Altschul et al., Nat.Genet.6:119-29 (1991)，Hancock et al., Comput.Appl.Biosc1.10:67-70 (1991),以及 Wootton et al., Meth.Enzymol.266:554-71 (1996))。在此类方面中，若使用λ比例(lambda ratio),该比例的可用设置是在0.75与0.95之间，包括在0.8与0.9之间。若在此类方面中使用了间隙存在代价(或间隙评分)，则将该间隙存在代价典型地设定在大约-5至-15之间，更典型地是大约-10，并且将每个残基间隙代价典型地设定在大约O至-5之间，如在O与-3至间(例如，-0.5)。适当时，将类似的间隙参数可以与其他程序一起使用。BLAST程序以及其下的原则进一步说明于，例如，Altschul et al.，J.Mol.Biol.215:403-10 (1990), Karlin andAltschul, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA87:2264-68 (199)(如由 Karlin and Altschul, Proc.Natl.Acad.Sc1.USA90:5873-77 (1993)修饰)，以及 Altschul et al., Nucl.AcidsRes.25:3389-3402 (1997)。可使用的算法的另一个实例被纳入到PILEUP软件中。PILEUP程序使用了渐进式的逐对比对，从一组相关的序列中创造出一个多重序列比对，以显示其关系以及序列一致性百分比或序列相似性百分比。PILEUP使用了 Feng&Dool ittle (1987 )J.Mol.Evol.35:351-360的渐进式比对法的简化版本，它类似于Higgins&Sharp (1989)CAB10S5:151-153所说明的方法。该程序可以对高达300个序列进行比对，每个的最大长度为5，000个核苷酸或氨基酸。该多重比对操作始于这两个最相似序列的逐对比对，产生两个经比对序列的群。接着将该群与下一个最为相关的序列或经比对序列的群进行比对。通过两个单个序列的逐对比对的简单延伸而进行来对两个群的序列进行比对。终比对是通过一系列的渐进式逐对比对而完成。该程序是通过指定特定的序列以及它们的氨基酸或核苷酸针对序列比较区域的坐标，并且通过指定这些程序参数而运行。使用PILEUP，使用特定的参数将一个参比序列与其他试验序列进行比较，以确定序列一致性百分比(或序列相似性百分比)关系。PILEUP程序的示例性参数为: 默认间隙权数(3.00)，默认间隙长度权数(0.10)，以及加权的末端间隙。PILEUP是GCG序列分析软件包的一个组件，例如，7.0版(Devereaux et al.(1984) Nucl.Acids Res.12:387-395)。用于进行一致性分析的其他可用算法包括Smith and WatermanC 1981 )Adv.Appl.Math.2:482 的局部同源性算法，Needleman and Wunsch (1970)J.Mol.Biol.48:443 的同源性比对算法，以及 Pearson and Lipman (1988)Proc.Natl.Acad.Sc1.USA85:2444 的相似性搜寻法。这些算法的计算机化实施(例如，GAP、BESTFIT、FASTA及TFASTA)提供于WisconsinGenetics 软件包 7.0 版(Genetics Computer Group, 575Science Dr., Madison, WI ) 序列变异如以上所讨论，本发明提供了一种分离或重组的突变CTLA-4细胞外结构域多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列(a)与选自下组的一个多肽序列具有不超过6个氨基酸残基(例如，不超过1、2、3、4、5、或6个氨基酸残基)的差异，该组的构成为:SEQ IDN0S:1至73，其中该突变CTLA-4E⑶多肽结合⑶80和/或⑶86，和/或二者之一的或两者的一个细胞外结构域，和/或抑制一种免疫应答。这种或这些氨基酸取代包括一种或多种保守性的氨基酸取代。作为一种非限制性的实例，本发明的一种多肽可具有一个多肽序列，该多肽序列与SEQ ID NO:1具有总共达到6个氨基酸的差异(它可以是氨基酸取代、缺失、和/或插入的组合，包括以上所说明的那些)。在一些情形下，这些取代中的无、一些、或所有是根据以下所定义的一个取代组中的取代。根据本发明的氨基酸取代可包括但不限于:一个或多个保守性氨基酸取代。一个保守性的氨基酸残基取代典型地涉及将一种氨基酸残基功能类型中的成员与属于该相同功能类型的一个残基进行交换(相同的氨基酸残基在计算功能同源性百分比时是认为为功能上同源的或保守的)。提供功能类似性氨基酸的保守性取代表是本领域中所熟知。一个实例提供于表I，其中给 出了六种示例性的组，这些组含有彼此可被认为为“保守性取代”的氨基酸。表1.保守的氨基酸残基取代组
1丙氨酸(A) 甘氨酸(G) 丝氨酸(S) 苏氨酸(T)
2天冬氨酸(D)谷氨酸(E)_3 天冬酸■胺(N)谷氨酸>驗(Q)_
4精氨酸(R) 赖氨酸(K) 组氨酸(H)_
5异亮氨酸(I) 亮氨酸(L) 甲破氨酸(M)缬氨酸(V)
—6 苯丙氨酸(F) 齡氨酸(Y) 色氨酸(W)还考虑了氨基酸的其他取代基。例如，可以通过相似的功能或化学结构或组成(例如，酸性的、碱性的、脂肪族的、芳香族的、含硫)对氨基酸进行分组。例如，一个脂肪族的分组可包括:甘氨酸(G)、丙氨酸(A)、缬氨酸(V)、亮氨酸(L)、异亮氨酸(I)。其他含有彼此间被认为是保守性取代的氨基酸的组包括:芳香族的:苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W)；含硫的:甲硫氨酸(M)、半胱氨酸(C);碱性的:精氨酸(R)、赖氨酸(K)、组氨酸(H);酸性的:天冬氨酸(D)、谷氨酸(E);非极性不带电的残基，半胱氨酸(C)、甲硫氨酸(M)、以及脯氨酸(P);亲水性不带电的残基:丝氨酸(S)、苏氨酸(T)、天冬酰胺(N)、以及谷氨酰胺(Q)。对于氨基酸的其他分组，还见 Creighton (1984) Proteins, W.H.Freeman and Company。在本文中的一个多肽序列列表，结合以上的取代基，提供了所有保守取代的多肽序列的表达列表。更多的保守性取代存在于以上说明的氨基酸残基类别中，它还可以或可替代地可以是适当的。更为保守的取代保守组包括:缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸、苯丙氨酸-酪氨酸、赖氨酸-精氨酸、丙氨酸-缬氨酸、以及天冬酰胺-谷氨酰胺。因此，例如，在一个特定方面中，本发明提供了一种分离或重组的多肽，该多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与 SEQ ID NO:1 (或 SEQ ID N0S:1 至 79、197 至 200、205 至 214、以及 219 至 222 中的任何一个)至少 90、91、92、93、94、95、96、97、98、或 99% 的同一性，并且它与 SEQ ID NO:1 的序列具有相当大(例如，至少50%、60%、70%、75%、80%、90%)的差异(如非全部)，这是由此类更为保守的氨基酸取代所造成的。也可以确定适当的额外的氨基酸取代组，这是使用在例如，Creighton (1984)Proteins: Structure and Molecular Properties (2d Ed.1993),ff.H.Freeman andCompany中所说明的的原则进行的。在一些方面,在一个氨基酸序列变体中至少33%、50%、60%、70%、或更多(例如，至少75%、80%、90%、95%、96%、97%或更多)的取代包括对本发明的一个多肽序列中一个或多个氨基酸残基的取代，这些取代是用在与它们所取代的多肽序列的这些氨基酸残基相同的功能同源性类别中的残基(如通过任何适当的分类系统所确定的，如以上所说明的那些系统)进行的。本发明的一个多肽序列的保守性取代变体包括一个小百分比的(典型地小于该多肽序列的氨基酸的10%、9%、8%、7%、或6%，或更典型地小于该多肽序列的氨基酸的5%、4%、3%、2%、或1%)、用该相同保守性取代基中的一种保守选择的氨基酸的取代。本发明包括多肽，这些多肽包括在本文中所说明的本发明的一个多肽序列的氨基酸变体。如以上所讨论的，在一个方面，本发明提供了分离或重组的多肽(例如，突变CTLA-4多肽，例如，突变CTLA-4EC D多肽)，这些多肽每个包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列同一性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1 至 73，其中该多肽结合CD80和/或CD86、或CD80和/或CD86的一个多肽片段(或二者之一的或两者的一个E⑶)，和/或阻抑一种免疫反应。此类多肽可通过一个或多个氨基酸缺失、添力口、或取代的差异(包括一个或多个保守性或非保守性的取代)发生变化，然而，其条件为这些多肽具有所说明的功能特性。在一个特定的方面中，本发明提供了多肽变体，这些多肽变体包括在本文中所说明的任何这种多肽(例如，包括一个多肽序列的多肽，该多肽序列选自下组:SEQ ID N0S:1至73)的保守性修饰变化。还如以上所讨论，在另一个方面，本发明提供了分离或重组的融合蛋白(例如，突变CTLA-4-1g融合蛋白)，这些融合蛋白各自包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的至少一个多肽序列至少 75%、80%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、或 100% 的序列同一性，该组的构成为:SEQ ID N0S: 74 至 79,197至200,205至214、以及219至222，其中该融合蛋白结合CD80和/或CD86(和/或CD80_Ig和/或CD86-1g)，和/或阻抑一种免疫反应。此类融合蛋白可通过一个或多个氨基酸缺失、添加、或取代(包括一个或多个保守性或非保守性的取代，)发生变化，然而，其条件为所述融合蛋白具有所说明的功能特性。在一个特定的方面，本发明提供了多肽变体，这些多肽变体包括在本文中所说明的任何这种融合蛋白(例，包括一个多肽序列的融合蛋白，该多肽序列选自下组:SEQ ID N0S:74至79、197至200、205至214、以及219至222)的保守性修饰
变化。<0}还提供了以上或本文其他地方所说明的本发明的任何分离或重组多肽的多肽变体，其中该多肽变体的氨基酸序列与该参比序列的对应多肽序列具有一个或多个保守性氨基酸残基取代的差异，尽管非保守性的取代有时是允许的或甚至是优选的(此类非保守性取代的实例在本文中进行进一步讨论)。例如，该多肽变体的序列可以与一个突变CTLA-4多肽序列通过将该突变CTLA-4ECD多肽序列中的一个或多个氨基酸残基取代成一个或多个具有类似重量的氨基酸残基(即，一个残基，该残基具有与它替换的对应多肽序列中的残基的重量同源性)而发生变化。一种多肽的氨基酸残基的重量(以及对应的大小)可以显著地影响该多肽的结构。基于重量的保守性或同源性是基于一种非相同的对应氨基酸是否与在本文中所说明的基于重量的矩阵之一(例如，BL0SUM50矩阵；PAM250矩阵)上的一个正评分相关联。<。}与以上说明的功能性氨基酸类别相类似，可以将自然发生的氨基酸残基分为基于重量的保守组(它们被分为“强”和“弱”保守组)。常用的八个基于重量的强保守组是SerThr Ala、Asn Glu Gln Lys> Asn His Gln Lys> Asn Asp Glu Gin、Gln His Arg Lys> MetHe Leu Val、Met He Leu Phe、His Tyr、以及Phe Tyr Trp。基于重量的弱保守性包括CysSer Ala、Ala Thr Val、Ser Ala Gly、Ser Thr Asn Lys> Ser Thr Pro Ala、Ser Gly AsnAsp、Ser Asn Asp Glu Gln Lys> Asn Asp Glu Gln His Lys> Asn Glu Gln His Arg Lys>Phe Val Leu He Met、以及His Phe Tyr。一些版本的CLUSTAL W序列分析程序在比对的输出中提供了基于重量的强保守性以及弱保守性组的分析，由此提供了一种用于确定基于重量的保守性的便利技术(例如，由SDSC所提供的CLUSTAL W，它典型地是与SDSC系统默认设置一起使用的)。在一些方面中，在这种多肽变体中至少33%、50%、60%、70%、80%、或90%的取代包括其中在一个基于重量的保守性中的一个残基替换了在该相同的基于重量的保守性组中的多肽序列的一个氨基酸残基。换言之，就氨基酸残基重量的特征而言，这个百分比的取代是保守性的。 —种多肽变体的序列可以不同于本发明的一种突变CTLA-4多肽之处在于一个或多个氨基酸的取代，其中一个或多个氨基酸残基具有与该突变CTLA-4多肽的经取代(原始)残基相似的一种亲水性分布特性(即，它们展示了相似的亲水性)。一个亲水性分布图可以使用Kyte&Doolittle指数来确定，不同自然发生的氨基酸在该指数中的评分如下:I (+4.5)、V (+4.2)、L (+3.8)、F (+2.8)、C (+2.5)、Μ (+1.9) ；A (+1.8)、G (-0.4)、T (-0.7)、S (-0.8)、W (-0.9)、Y (-1.3)、P (-1.6)、H (-3.2) ；E (-3.5)、Q (-3.5)、D(-3.5)、N (-3.5)、K (-3.9)、以及 R (-4.5)(进一步的讨论见，如，美国专利号 4，554，101以及 Kyte&Doolittle、J.Molec.Biol.157:105-32 (1982))。在该变体多肽序列中的至少75%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的氨基酸残基(这些氨基酸残基不同于在本文中所披露的同一性或功能性同源突变CTLA-4多肽序列(“最相关的同源物”)中的对应残基，该同源物可以是选自SEQ ID N0S:1至73中的任何一个)，相对于在该最相关的同源物中对应位置上的非同一性氨基酸残基，展示了小于+/-2的亲水性变化，包括小于+/-1的亲水性变化以及小于+/-0.5的亲水性变化。该变体多肽相对于它的选自SEQ ID NOS:1至73的组的最相关同源物，可展示了小于约150、小于约100、和/或小于约50 (例如，小于约30,20或10)的总亲水性变化。
保留类似或相同亲水性的典型氨基酸取代的实例包括精氨酸-赖氨酸取代、谷氨酸酯-天冬氨酸酯取代、丝氨酸-苏氨酸取代、谷氨酰胺-天冬酰胺取代、以及缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸取代。算法及软件(如，可通过SDSC获得的GREASE程序)提供了用于快速评估一个氨基酸序列的亲水性分布图的便利方式。由于在一个多肽变体的序列中一个实质比例(例如，至少约33%)(若非大部分)(至少50%)或将近所有(例如，大约65、80、90、95、96、97、98、99%)的氨基酸取代通常将会与它们在该(参比)多肽序列中替换的氨基酸残基具有一个相似的亲水性分数，该多肽变体的序列预期会展示出一个与该多肽序列类似的GREASE程序输出。例如，在一个特定方面中，可预期SEQ ID NO:61的一个多肽变体会有的一个GREASE程序(或类似的程序)输出，该输出与通过输入SEQ ID N0:61的多肽所获得的GREASE输出相似性大于与通过使用一种WT CTLA-4多肽(如，hCTLA-4)所获得的输出，这可通过将该试验变体序列与SEQ ID NO:1经受该程序而提供的图形(例如，图形重迭/比对)和/或数字输出的视觉检查或比较来确定。就功能同源性、重量同源性、以及亲水性特征而言，氨基酸残基的保守性也可应用到由本发明所提供的其他多肽序列变体上，这些变体包括但不限于:例如，一个多肽序列的多肽序列变体，该多肽序列选自下组，其构成为:SEQ ID勵3:1至79、197至200、205至214、以及219至222。在一个特定的方面中，本发明包括至少一个这种多肽变体，该多肽变体包括一个氨基酸序列，该氨基酸序列与选自下组的一个重组多肽序列不同，该组为:SEQ ID N0S:1至79、197至200、205至214、以及219至222，其中该变体的氨基酸序列具有至少一个这种氨基酸残基取代，该氨基酸残基取代是根据以上所讨论的基于重量的保守性或同源性或相似的亲水性分布图而选择的。以上说明的此类多肽变体典型地具有结合CD80和/或CD86的能力，和/或阻抑至少一种类型的免疫反应的能力，如以上以及以下在实例中进一步详细说明。信号肽序列本发明的多肽也可进一步包括任何适当数目以及类型的额外氨基酸序列，如，一个或多个肽片段。在一个实施方案中，本发明的这种多肽进一步包括一种信号肽。总体上，当该重组多肽在动物细胞中表达时，该信号肽指导该重组多肽到达内质网。可以包括指导该多肽(当在细胞中表达时)的至少一部分的细胞器运输和/或分泌的信号肽序列。此类序列典型地存在于该多肽的不成熟(即，未经完全加工)形式中，并且随后通过细胞的蛋白酶去除/降解，以达到该蛋白的成熟形式。例如，本发明的一个突变CTLA-4多肽或融合蛋白可包括任何适当的信号序列或多个信号序列的组合，这些序列指导该多肽到达细胞内的区室中，如指导该多肽被运输(例如，移位)进入内质网或分泌途径(例如，ER、高基氏体、以及其他分泌相关的细胞器和细胞区室)(例如，这样使得该蛋白通过其进行加工或从其中释放)，细胞核，和/或它指导有待从该细胞中分泌的、在细胞膜中移位的、或靶向一个第二细胞(除了分泌该蛋白的细胞)。在此方面中，该多肽可包括一个细胞内靶向序列(或“分选信号”)，它指到该多肽到达一个或多个内涵体和/或溶酶体区室或其他富含MHC II的区室，以促进⑶4+和/或⑶8+T细胞呈递和响应，如，衍生自溶酶体相关膜蛋白I的一种溶酶体/内涵体革巴向的分选信号(例如，LAMP-1-见,如，Wu et al.Proc.Natl.Acad.Sc1.USA92:1161-75 (1995)以及 Ravipraskash et al., Virology290:74-82 (2001))、它的一个部分或同源(见，如，美国专利号5，633，234)、或其他适当的溶酶体、内涵体和/或靶向ER的序列(见，如，美国专利号6，248，565 )。在一些方面中，可能希望该细胞内靶向的序列在接近或邻近在该多肽中的一个或多个经证实/识别的表位序列(它们可通过本领域内已知的技术进行识别)，由此增加了包括这种或这些表位的多肽片段的T细胞呈递的可能性。此类多肽可以从通过一个或多个核苷酸转移载体而递送至宿主细胞中的一个分离的、重组的、或合成的DNA或RNA进行表达，这些载体包括例如，这些基因转移载体中的一个或多个，如在本文中进一步说明。该多肽可包括一种信号序列，当该多肽表达于哺乳动物细胞中时该序列指导该多肽到达内质网(ER)(例如，协助了该多肽的ER移位)。该多肽可包括任何适当的靶向ER的序列。多个靶向ER的序列是本领域所已知。此类信号序列的实例说明于美国专利号5，846，540。经常采用的ER/分泌信号序列包括酵母α因子信号序列，以及哺乳动物病毒信号序列，如，疱疫病毒gD信号序列。大肠杆菌生产的不例性信号肽包括大肠杆菌的STII或Ipp信号序列。信号序列的其他实例说明于例如，美国专利号4，690，898、5, 284, 768,5, 580, 758,5,652, 139、以及5，932，445。适当的信号序列可使用本领域中已知的技术来识别。例如，可使用SignalP程序(说明于,例如，Nielsen et al.(1997)Protein EngineeringlO: 1-6),它可在指定为 cbs.dtu.dk/services/SignalP 的万维网网址通过生物序列分析中心(Center for Biological Sequence Analysis)、或通过可识别信号序列样结构域的类似序列分析软件而公开地获得。在Nielsen et al., ProteinEng.10(1):1-6 (1997)提供了用于识别适当信号肽的相关技术。可以针对常与信号序列相关联的特征来对序列进行手动分析 ，如说明于，例如，欧洲专利申请(Appn)号0621337，Zheng and Nicchitta(1999)J.Biol.Chem.274(51):36623-30,以及 Ng et al.(1996)J.Cell Biol.134(2):269-78。其他方面本发明的任何多肽(包括本发明的任何融合蛋白)可作为一个较大多肽序列的部分而存在，如，在加入一个或多个结构域或序列用于稳定或检测或纯化该多肽时发生。此类结构域或序列可共价融合到本发明的多肽上，如本领域中的普通技术人员将容易理解并可以建构的。一个多肽纯化序列可包括例如，一个表位标签、一个FLAG标签、一个聚组氨酸序列、一个GST融合物、或在本领域内已知的任何其他检测/纯化亚序列或“标签”。这些额外的结构域或亚序列对于本发明的多肽的活性具有极少或没有作用，或者可通过合成后的加工步骤去除，如，通过用一种蛋白酶的处理、一种内含肽的包入、或类似加工。本发明的任何多肽(包括本发明的任何融合蛋白)也可包括一个或多个经修饰的氨基酸。该经修饰的氨基酸可以是例如，一种糖基化的氨基酸、一种聚乙二醇化的氨基酸、一种法尼基化(farnesylated)的氨基酸、一种乙酰基化的氨基酸、一种生物素酰化的氨基酸、一种偶联着脂类部分的氨基酸、和/或偶联着一种有机衍化剂的氨基酸。经修饰氨基酸的存在在以下方面可以是有优势的，例如，(a)增加多肽的血清半衰期和/或功能性体内半衰期，(b)降低多肽的抗原性或免疫原性，(C)增加多肽的贮存稳定性，(d)增加生物利用率，(e)降低效应子功能，和/或(f)在本发明的二个或多个分子之间(如在本发明的二个或多个的融合蛋白二聚体之间)降低或抑制的不希望的自体结合(例如，聚集体形成)。对一种或多种氨基酸进行修饰，例如，在重组产生的过程中与翻译同时进行或在翻译之后进行(例如，在哺乳动物细胞中表达过程中在N-X-S/T基序上的N-连接的糖基化作用)，或通过合成手段进行修饰。在本文中所说明的本发明的多肽(包括本发明的融合蛋白)能够以不同的方式进行进一步修饰，例如，通过翻译后的修饰和/或合成修饰或变化。例如，本发明的多肽或融合蛋白可被适当地糖基化，典型地经由在哺乳动物细胞中的表达。例如，在一个方面，本发明提供了糖基化的多肽，这些多肽可结合CD86和/或CDSOJP /或具有阻抑一种免疫反应的能力(例如，T细胞的增殖或活化)，如在本文的其他地方所说明，其中每个所述糖基化的多肽包括一个多肽序列，该多肽序列具有与选自下组的一个序列至少92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、或 100% 的同一性，该组的构成为:SEQ ID N0S:1 至 79、197 至 200、205 至214、以及 219 至 222。可以使本发明的多肽经受任何数目的额外适当形式的翻译后的和/或合成的修饰或变化。例如，本发明提供了本发明的多肽的蛋白模拟物。肽模拟物说明于例如，美国专利号5，668，110以及其中所引述的参考文献中。在另一个方面，本发明的一种多肽或融合蛋白可通过将保护性基团加至该多肽融合蛋白的一个或多个氨基酸的侧链上而进行修饰。此类保护性基团可促建该多肽或融合蛋白运输通过一个或多个膜(若希望)，或通过某个或某些组织，例如，通过降低该多肽或融合蛋白的亲水性或增加其亲脂性。适当的保护性基团的实例包括酯保护性基团、氨基保护性基团、酰基保护性基团、以及羧酸保护性基团，它们在本领域内是已知的(见，如，美国专利号6，121，236)。本发明的合成融合蛋白可以采用任何适当的形式。例如，该融合蛋白能够由其自然发生的构型经结构修饰而形成一种环肽或其他经结构修饰的肽。本发明的多肽也可连接到一个或多个非蛋白性的聚合物上，典型地是一种亲水性合成聚合物，例如，聚乙二醇(PEG)、聚丙二醇、或聚氧化烯，使用了本领域内所熟知的技术，如，说明于例如，美国专利号 4，179，337,4, 301，144,4, 496，689,4, 640，835,4, 670，417、以及4，791，192中，或一种类似的聚合物，如，聚乙烯醇、或聚乙烯吡咯烷酮(PVP)。本发明包括偶联物，这些偶联物包括本发明的至少一种多肽(例如，突变CTLA-4E⑶多肽、二聚体或单体突变CTLA-4-1g、多聚体突变CTLA-4E⑶多肽、多聚体突变CTLA-4-1g)以及一种非多肽部分。术语“偶联物”(或可交换使用的“偶联的多肽”)旨在是指一种异源(在复合物或嵌合体的意义上)分子，该分子是由一个或多个多肽与一个或多个非多肽部分的共价附连而形成。术语“共价附连”意思指该多肽以及该非多肽部分彼此直接地共价结合，或通过一个或多个干扰部分或(如，一个桥、间隔基、或一个或多个连接体部分)，使用存在于该多肽中的一个附连基团而间接地共价结合。优选地，该偶联物在相关的浓度及条件下是可溶的，即，可溶于生理液体中，如血液。本发明的偶联的多肽的实例包括糖基化和/或聚乙二醇化的多肽。术语“未偶联的多肽”可用于说明该偶联物的多肽部分。这种偶联物典型地结合⑶80 (例如，h⑶80)和/或⑶86 (例如，h⑶86)、和/或二者之一的或两者的一个细胞外结 构域(包括h⑶80-1g和/或h⑶86-1g)，和/或具有抑制一种免疫反应的能力。这种免疫反应可包括但不限于，例如，T细胞的活化或增殖、细胞因子的合成/产生、活化标记的诱导、炎症分子的产生、炎症、抗胶原Ab的产生和/或T细胞依赖的Ab应答。示例性的多肽包括具有与选自下组的一个序列至少95%、96%、97%、98%、99%、或100%同一性的那些，该组的构成为:SEQ ID NOS:1至79、197至200、205至214、以及219至222。术语“非多肽部分”旨在是指一个分子，该分子可与本发明的一个多肽的一个附连基团相偶联。这种分子的优选的实例包括聚合物分子、糖部分、亲脂性化合物、或有机衍化齐U。当用于如在本文中所说明的一种偶联物的背景中时，应当理解的是，该非多肽部分是通过该多肽的一个附连基团而与该偶联物的多肽部分连接的。术语“聚合物分子”是定义为一个分子，它是通过二个或多个单体的共价连接体所形成的，其中这些单体中没有一个是氨基酸残基，除了其中该聚合物是人类白蛋白或另一中大量的血浆蛋白。术语“聚合物”可以与术语“聚合物分子”交换使用。一个N-糖基化位点具有序列N-X-S/T/C，其中X是除脯氨酸之外的任何氨基酸残基，N是天冬酰胺，并且S/T/C是丝氨酸、苏氨酸、或半胱氨酸，优选地是丝氨酸或苏氨酸，并且最优选地是苏氨酸。一个“O-糖基化位点”包括一个丝氨酸或苏氨酸残基的OH-基团。术语“附连基团”旨 在是指该多肽的一个氨基酸残基基团，该基团能够偶合到该相关的非多肽部分(如，一个聚合物分子或一个糖部分)上。以下在表2中提供了有用的附连基团的非限制性实例以及一些对应的非多肽部分。表2.有用的附连基团以及对应非多肽部分的实例
权利要求
1.一种分离或重组的融合蛋白二聚体，该融合蛋白二聚体包括经由至少一个二硫键连接的两个单体融合蛋白，该二硫键在每个单体突变融合蛋白中存在的两个半胱氨酸残基之间形成，其中每个单体融合蛋白包括:(a) —种多肽，该多肽包括一种多肽序列，该多肽序列与SEQ ID N0:50具有不超过6个氨基酸残基的差异且在位置24、30、32、41、50、54、55、56、64、65、70、85、104和106上包括的残基与在SEQ ID NO:50中对应位置上的氨基酸残基相同，以及(b) —种Ig Fe多肽，并且其中该融合蛋白二聚体结合人类CD80或人类CD86或二者之一的细胞外结构域且与一种LEA29Y-1g融合蛋白二聚体相比具有阻抑一种免疫应答的更大的能力，其中该LEA29Y-1g融合蛋白二聚体包括两个单体LEA29Y-1g融合蛋白，各自包括SEQ IDNO:166的多肽序列。
2.如权利要求1所述的融合蛋白二聚体，其中所述IgFe多肽为IgG2Fc多肽。
3.如权利要求1所述的融合蛋白二聚体，其中所述多肽包括在SEQIDN0:50中所示的多肽序列。
4.如权利要求1所述的融合蛋白二聚体，其中每个单体融合蛋白包括在SEQIDNO: 199或213中所示的多肽序列。
5.—种分离或重组的核酸,该核酸包括一个多核苷酸序列，该多核苷酸序列编码了如权利要求1至4中任一项所述 的融合蛋白二聚体的单体融合蛋白。
6.—种载体,该载体包括如权利要求5所述的核酸。
7.一种分离或重组的宿主细胞，该宿主细胞包括如权利要求5所述的核酸和/或如权利要求6所述的载体。
8.—种药物组合物，包括一种药学上可接受的赋形剂或药学上可接受的载体，以及如权利要求1至4中任一项所述的融合蛋白二聚体。
9.如权利要求1至4中任一项所述的融合蛋白二聚体在制造药物中的用途，该药物用于(i)预防性或治疗性治疗从而在一个哺乳动物体内抑制或阻抑一种免疫应答；(ii)治疗一种免疫系统疾病或紊乱；或(iii)在一个哺乳动物体内治疗组织或器官的移植体的排斥。
10.生产如权利要求1至4中任一项所述的融合蛋白二聚体的一种方法，包括在一种培养基中培养如权利要求7所述的宿主细胞并且回收由该细胞所表达的该融合蛋白二聚体。
全文摘要
本发明涉及免疫抑制性多肽与核酸。本发明提供了免疫抑制性多肽以及对此类多肽进行编码的核酸。在一个方面，本发明提供了突变CTLA-4多肽以及对突变CTLA-4多肽进行编码的核酸。还提供了组合物以及使用此类多肽连同核酸的方法。
文档编号C07K19/00GK103172750SQ20131005607
公开日2013年6月26日 申请日期2008年10月15日 优先权日2007年11月1日
发明者埃里克.E.卡勒, 马登.M.佩邓加特, 史蒂文.H.巴斯, 玛格丽特.奈格伯斯, 约哈.庞诺南, 史蒂文.J.查平, 斯里达.维斯瓦纳撒恩, 布伦特.R.拉森 申请人:珀西德治疗有限责任公司