用内切葡聚糖酶处理纺织品的方法_3

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A,将载体材料用于DNA印迹中。
[0082] 出于本发明的目的,杂交表明多核苷酸在非常低到非常高严谨度条件下与一种被 标记的核酸探针杂交,该探针对应于(i) SEQ ID NO: l;(ii) SEQ ID NO: 1的成熟多肽编码序 列;(iii)其全长互补体;或(iv)其子序列。可以使用例如X-射线胶片或本领域已知的任 何其他检测手段来检测在这些条件下该核酸探针所杂交的分子。
[0083] 在一个方面中,该核酸探针是以下多核苷酸,该多核苷酸编码SEQ ID N0:2的多 肽;其成熟多肽;或其片段。在另一个方面,该核酸探针是SEQ ID NO: 1。
[0084] 在另一个实施例中,本发明的具有内切葡聚糖酶活性的分离的多肽是由与SEQ ID NO: 1的成熟多肽编码序列具有至少80 %、至少85 %、至少90 %、至少91 %、至少92 %、至少 93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%、或100%序列一致 性的多核苷酸所编码。
[0085] 在另一个实施例中,SEQ ID NO: 2的成熟多肽的变体在一个或多个(例如若干个) 位置处包括取代、缺失、和/或插入。在一个实施例中,引入进SEQ ID N0:2的成熟多肽中的 氨基酸取代、缺失和/或插入的数目多达10个,例如1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、 8个、9个、或10个。这些氨基酸变化可以具有微小性质,S卩,不会显著地影响蛋白质的折叠 和/或活性的保守氨基酸取代或插入;典型地1-30个氨基酸的较小缺失;较小的氨基-或 羧基-末端延伸,如氨基末端的甲硫氨酸残基;多达20-25个残基的小接头肽;或便于通过 改变净电荷或另一种功能来纯化的较小延伸,如聚组氨酸段(tract)、抗原表位或结合结构 域。
[0086] 保守取代的实例是在下组的范围内:碱性氨基酸(精氨酸、赖氨酸及组氨酸)、酸 性氨基酸(谷氨酸和天冬氨酸)、极性氨基酸(谷氨酰胺和天冬酰胺)、疏水性氨基酸(亮 氨酸、异亮氨酸及缬氨酸)、芳香族氨基酸(苯丙氨酸、色氨酸及酪氨酸)及小氨基酸(甘氨 酸、丙氨酸、丝氨酸、苏氨酸及甲硫氨酸)。一般不会改变比活性的氨基酸取代是本领域已知 的并且例如在H.诺伊拉特(Neurath)和R. L.希尔(Hill),1979在蛋白质(The Proteins), 学术出版社(Academic Press),纽约中描述的。常见取代是Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、 Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Tyr/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/ Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu、和 Asp/Gly〇
[0087] 可替代地,氨基酸改变具有这样一种性质:改变多肽的物理化学特性。例如,氨基 酸改变可以提高多肽的热稳定性、改变底物特异性、改变最适PH,等等。
[0088] 可以根据本领域中已知的程序,如定点诱变或丙氨酸扫描诱变(坎宁汉 (Cunningham)和威尔斯(Wells),1989,科学(Science) 244:1081-1085)来鉴定多肽中的必 需氨基酸。在后一项技术中,在该分子中的每个残基处引入单个丙氨酸突变,并且对所得突 变体分子的内切葡聚糖酶活性进行测试以鉴别对于该分子的活性至关重要的氨基酸残基。 还参见,希尔顿(Hilton)等人,1996,生物化学杂志271:4699-4708。也可结合假定接触位 点氨基酸的突变,如通过以下技术例如核磁共振、结晶学、电子衍射、或光亲和标记进行确 定的对结构进行物理学分析,从而确定酶的活性位点或其他生物学相互作用。参见,例如, 德弗斯(de Vos)等人,1992,科学255:306-312 ;史密斯(Smith)等人,1992,分子生物学杂 志224:899-904;乌乐达维尔(Wlodaver)等人,1992, FEBS快报309:59-64。还可以从与相 关多肽的比对来推断鉴别必需氨基酸。
[0089] 可以做出单个或多个氨基酸取代、缺失和/或插入并且使用诱变、重组和/或改组 的已知方法进行测试,随后进行相关筛选程序,如由里德哈尔-奥尔森(Reidhaar-Olson) 和萨奥尔(Sauer),1988,科学(Science) 241:53_57 ;博维(Bowie)和萨奥尔,1989,美国国 家科学院院刊(Proc. Natl. Acad. Sci. USA)86:2152-2156;W0 95/17413;或 WO 95/22625 披露的那些。其他可以使用的方法包括易错PCR、噬菌体展示(例如洛曼(Lowman)等人, 1991,生物化学(Biochemistry) 30:10832-10837 ;美国专利号 5, 223, 409 ;W0 92/06204)以 及区域定向诱变(德比什尔(Derbyshire)等人,1986,基因(Gene)46:145 ;内尔(Ner)等 人,1988, DNA 7:127)。
[0090] 可以结合诱变/改组方法与高通量自动化筛选方法来检测由宿主细胞表 达的克隆的、诱变的多肽的活性(内斯(Ness)等人,1999,自然生物技术(Nature Biotechnology) 17:893-896)。编码活性多肽的诱变的DNA分子可以回收自宿主细胞,并且 使用本领域的标准方法对其进行迅速测序。这些方法允许迅速确定多肽中单个氨基酸残基 的重要性。
[0091] 该多肽可以是一种杂合多肽,其中一种多肽的一个区域在另一种多肽的一个区域 的N-末端或C-末端处融合。
[0092] 该多肽可以是融合多肽或可切割的融合多肽,其中另一种多肽在本发明多肽的 N-末端或C-末端处融合。通过将编码另一多肽的多核苷酸融合到本发明的多核苷酸而 产生融合多肽。用于产生融合多肽的技术在本领域是已知的,并包括连接编码多肽的编 码序列,这样使得它们在框内并且使得融合多肽的表达处于相同的一个或多个启动子和 终止子的控制下。融合多肽还可以使用内蛋白技术来构建,其中融合多肽在翻译后产生 (库珀(Cooper)等人,1993, EMBO 杂志 12:2575-2583 ;道森(Dawson)等人,1994,科学 266:776-779)〇
[0093] 融合多肽可以在两个多肽之间进一步包括一个切割位点。在融合蛋白分泌 之时,该位点被切割,从而释放出这两个多肽。裂解位点的实例包括但不限于在以下 各项中披露的位点:马丁(Martin)等人,2003,工业微生物与生物技术杂志(J. Ind. Microbiol. Biotechnol.) 3:568-576 ;斯韦蒂纳(Svetina)等人,2000,生物技术杂志 (J. Biotechnol.) 76:245-251 ;拉斯马森-威尔逊(Rasmussen-Wilson)等人,1997,应用 与环境微生物学(Appl. Environ. Microbiol. )63:3488-3493;沃德(Ward)等人,1995,生 物技术(Biotechnology) 13:498-503 ;以及孔特雷拉斯(Contreras)等人,1991,生物技术 9:378-381 ;伊顿(Eaton)等人,1986,生物化学(Biochemistry) 25:505-512 ;柯林斯-瑞思 (Collins-Racie)等人,1995,生物技术 13:982-987 ;卡特(Carter)等人,1989,蛋白质:结 构、功能与遗传(Proteins: Structure, Function, and Genetics) 6:240-248 ;以及史蒂文斯 (Stevens),2003,药物发现的世界(Drug Discovery World) 4:35-48。
[0094] 本发明的多肽的来源
[0095] 本发明的具有内切葡聚糖酶活性的多肽可以从任何属的微生物获得。为了本发明 的目标,结合给定来源,如在此使用,术语"获得自"应指由该来源或由其中已经插入来自该 来源的多核苷酸的菌株产生的多核苷酸编码的多肽。在一方面,获得自给定来源的多肽被 分泌到细胞外。
[0096] 该多肽可以是一种真菌多肽。例如,该多肽可以是粪壳菌属多肽。
[0097] 在另一个方面,该多肽是一种粪生粪壳菌例如粪生粪壳菌ATCC 52644、人粪 壳、大抱奠壳(Sordaria macrospora)例如大抱奠壳ATCC 60255、短颈奠壳(Sordaria brevicollis)或帕派里古洛奠壳(Sordaria papyricola)多肽。
[0098] 将理解的是,对于以上提到的物种而言,本发明涵盖完全状态和不完全状态 (perfect and imperfect states)二者、以及其他分类学等效物,例如无性型,而不管它们 已知的物种名称是什么。本领域的普通技术人员将容易地识别适当等效物的身份。
[0099] 这些物种的菌株可以容易地在许多培养物保藏中心为公众所获得,如美国 典型培养物保藏中心(ATCC)、德国微生物菌种保藏中心(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH,DSMZ)、荷兰菌种保藏中心(Centraalbureau Voor Schimmelcultures,CBS)、以及美国农业研宄菌种保藏中心北方地区研宄中心 (NRRL)〇
[0100] 可以使用以上提到的探针从其他来源,包括从自然界(例如,土壤、堆肥、水等等) 分离的微生物或直接从自然材料(例如,土壤、堆肥、水等等)获得的DNA样品鉴定和获得 该多肽。用于从自然生活环境中直接分离微生物和DNA的技术是本领域熟知的。然后可以 通过类似地筛选另一微生物的基因组DNA或cDNA文库或混合的DNA样品来获得编码该多 肽的多核苷酸。一旦用一种或多种探针检测到编码多肽的多核苷酸,就可以通过使用本领 域普通技术人员已知的技术分离或克隆该多核苷酸(参见例如,Sambrook (萨姆布鲁克)等 人,1989,同上)。
[0101] 其他组分
[0102] 在本发明的一些实施例中,包含具有内切葡聚糖酶活性的多肽的本体溶液进一步 包括其他组分,包括而不限于其他酶连同表面活性剂、漂白剂、消泡剂、助洗剂系统等等中 的一种或多种,这些组分增强生物抛光和/或生物磨砂工艺和/或提供与例如可染性和/ 或可湿性相关的优越效果。该水性溶液还可包含染料。
[0103] 其他适合用于本发明中的酶包括而不限于过氧化氢酶、蛋白酶、脂肪酶、角质酶、 淀粉酶、半纤维素酶、果胶酶、纤维素酶和过氧化物酶/氧化酶。
[0104] 过氧化氢酶
[0105] 在一个优选实施例中,在本发明中使用过氧化氢酶。术语"过氧化氢酶"此处被定 义为一种过氧化氢:过氧化氢氧化还原酶(EC 1. 11. 1. 6),其催化2!1202向O 2+2H20的转化。 出于本发明的目的,根据美国专利号5, 646, 025确定过氧化氢酶活性。
[0106] 适合的过氧化氢酶的非限制实例披露于WO 92/17571、CN 1563373、US 2003100112、EP 1336659、US 2003074697、US 6201167、US 6022721、EP 931831、JP 11046760、W0 9317721、WO 9309219、JP 1086879和/或 JP 63003788 中。优选的可商购过氧 化氢酶包括 Terminox Ultra,Terminox Supereme (诺维信 A/S) ;T 100 ;Oxy_Gone 400 (杰 能科国际公司(Genencor International Inc. )) ;Fermcolase 1000, Thermocatalase CTL 200 或 JH CT 1800(三菱瓦斯化学(Mitsubishi Gas Chemical))。
[0107] 蛋白酶
[0108] 适合的蛋白酶包括动物、植物或微生物来源的那些。优选是微生物来源。包括化 学修饰的或蛋白工程化的突变体。蛋白酶可以是丝氨酸蛋白酶和金属蛋白酶,特别是碱性 微生物蛋白酶或胰蛋白酶样蛋白酶。碱性蛋白酶的实例为枯草杆菌蛋白酶,特别是源自芽 孢杆菌属的那些,例如枯草杆菌蛋白酶Novo、枯草杆菌
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