σ α 2为加性遗传方差），Ζα为基因型效应，e为残差。现有群体中两个基因的组合基因型 与传统育种主选性状的相关性。通过此步骤的正、负相关性分析，可以判断优势等位基因组 合基因型是否与现场实践选育的性状表现一致：
[0037] a、若是与日增重、瘦肉率、父系指数、母系指数、体型外貌评分等性状正相关或无 相关性，与料肉比、背膘厚负相关或者无相关性，则说明两个基因分子育种选择与现场选育 目标一致，可以在选留时将优势等位基因型作为选择的必要条件；
[0038] b、若是与上述情况不同，与有些选育性状相矛盾，则需要平衡育种，综合考虑育种 场饲养管理情况、市场发展需要等，采取先以现场测定性状的选育为第一参考，抗腹泻基因 型为第二参考，选留时同等性能表现的种猪，优先选留优势组合基因型个体，不做必要条件 进行选留，通过此种方法，长期坚持选择，可逐步完成抗腹泻基因的优化。
[0039] 以上两种不同情况的方法，实现了猪分子育种与现场传统育种有机结合，适合种 猪企业应用，可快速提高育种效率且兼顾企业效益，另一方面，通过此环节的分析，可以判 断哪种组合基因型与现场选育目标一致。
[0040] 4)制定适应的分子标记辅助方法
[0041] 通过步骤1)-3)的分析，结合现有核心群体规模（群体规模越大，选择空间越大， 分子标记和现场表型测定性状结合选择的准确性更高）以及现场选配与选种环节，制定适 应的分子标记辅助方法。例如若核心群规模较小，选择空间不大，则可采用先注重公猪的选 择，母猪在现场选育表型同等条件下，优先选择优势等位基因型。
[0042] 实施例2杜洛克群体及皮特兰群体的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方 法
[0043] 本实施例的一种MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法的建立流程包括如 下步骤：
[0044] 1)粘蛋白13 (mucin 13, MUC13)基因、al-岩藻糖转移酶基因（FUTl)在现有群体 中的基因频率分析
[0045] 利用plink软件对604头杜洛克群体及315头皮特兰群体的两个抗腹泻基因的基 因型进行检测，分析基因变异程度：
[0046] MUC13基因变异分析：
[0047]
[0048] FUTl基因变异分析：
[0049]
[0050] 以上两个群体的两个基因 MAF均大于0. 05,说明两个基因在两个群体均存在变 异，可进行分子标记辅助选择育种。
[0051] 2)对现有群体的两个基因组合分布情况进行分析，包括各组合基因型个体数量及 频率
[0052] 两个群体的两个基因型组合分布情况分别如图2和图3所示，结果表明：杜洛克群 体有5种组合类型，其中MUC13与FUTl基因均为优势基因型组合GG/AA的个体数为222头， 占群体总量的36. 75% (222/604)，仅要求在公猪选留时选择优势组合基因型个体；皮特兰 群体有8种组合类型，仅有11头是优势基因型组合个体，占群体总量的3. 49% (11/315)， 则仅要求选留时测定表型同等表现下，优先选留优势组合基因型个体。
[0053] 3)通过R软件分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相 关性，分析结果如下表1、表2所不：
[0054]
[0055]
[0056] 通过分析两个抗腹泻基因组合基因型分布情况发现：
[0057] 在杜洛克群体中，GG/AA型组合（222头）所占群体比例达36. 75%。各种组合基 因型与各生产性状的相关分析显示，GG/GA组合型个体的综合生产性能表现最好，其次为 GG/AA型个体，基因型的选择与主选性状的选择基本一致，可判定GG/GA和GG/AA两种组合 型均为优势组合型，两种基因型在群体中所占比例共为78. 8%。鉴于此，在杜洛克群体中， 可以在选留时将两个优势等位基因型作为选择的必要条件，由于群体规模大（604头核心 群体），可采用在公猪及母猪中同时进行优化。
[0058] 在皮特兰群体中，优势等位基因组合型与体高、头型评分、肢蹄评分等体型外貌性 状呈极显著负相关，仅与IOOkg瘦肉率以及背膘厚生产性状呈相对正相关。且有利组合基 因型频率在群体中较低，仅3. 49%。根据现在市场需求分析制定的皮特兰选育方案中，体型 外貌为重点选育方向。因此，综合考虑群体优势等位基因组合基因型频率低及与体型外貌 的负相关，群体规模小（315头核心群体）等因素，皮特兰群体暂不适宜进行抗腹泻基因的 分子标记辅助选择。
[0059] 以上所述实施例仅表达了本发明的实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能 因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说， 在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范 围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
【主权项】
1. 一种MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其特征在于，包括以下步骤： 1) 分析MUC13基因和FUTl基因在现有群体中的基因频率； 2) 分析现有群体的两个基因组合基因型个体数量及频率分布情况； 3) 分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相关性； 4) 制定适应的分子标记辅助方法。2. 根据权利要求1所述的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其特征在 于，步骤1)为：利用Plink软件进行MUC13基因和FUTl基因在现有群体中的基因频率分 析，若最小等位基因频率MAF〈0. 05,说明此位点基本纯合，不需进行分子标记辅助选择；若 MAFX). 05,说明群体存在变异，则进行分子标记辅助选择。3. 根据权利要求1所述的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其特征在于， 步骤2)为：对现有群体的两个基因组合基因型个体数量及频率分布情况进行分析，若优势 等位基因组合基因型在现有核心群中频率较高时，则同时在公猪及母猪的选留中选择优势 组合基因型个体；若优势等位基因组合基因型在现有核心群中频率不高不低时，则仅要求 在公猪选留时选择优势组合基因型个体；若优势等位基因组合基因型在现有核心群中频率 较低时，则仅要求选留时测定表型同等表现下，优先选留优势组合基因型个体。4. 根据权利要求3所述的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其特征在于， 所述频率较高为频率大于0. 7,所述频率不高不低为频率为0. 3-0. 7,所述频率较低为频率 小于0. 3。5. 根据权利要求1所述的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其特征在于， 步骤3)为：分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相关性，所述传 统育种主选形状为日增重、料肉比、背膘厚、瘦肉率、父系指数、母系指数、和体型外貌；若两 个基因的组合基因型与日增重、瘦肉率、父系指数、母系指数、体型外貌正相关或无相关性， 与料肉比、背膘厚负相关或者无相关性，则说明两个基因分子育种选择与现场选育目标一 致，在选留时将优势等位基因型作为选择的必要条件； 若是与上述情况不同，与有些选育性状相矛盾，则采取先以现场测定性状的选育为第 一参考，抗腹泻基因型为第二参考，选留时同等性能表现的种猪，优先选留优势组合基因型 个体，不做必要条件进行选留，长期坚持选择，逐步完成抗腹泻基因的优化。6. 根据权利要求1~5任一项所述的MUC13和FUTl基因的分子标记辅助选择方法，其 特征在于，步骤1)-3)中所述现有群体的规模大于500头。
【专利摘要】本发明公开了一种MUC13和FUT1基因的分子标记辅助选择方法，包括以下步骤：分析MUC13基因和FUT1基因在现有群体中的基因频率；分析现有群体的两个基因组合基因型个体数量及频率分布情况；分析现有群体中两个基因的组合基因型与传统育种主选性状的相关性；制定适应的分子标记辅助方法。本发明方法同时针对MUC13基因和FUT1基因两个基因进行分子育种，对仔猪腹泻抗病性的选育比较全面；本发明根据种猪核心群规模、结合选种、选配环节进行两个抗腹泻基因分子标记辅助选择育种，将分析结果与现有群体现场实际情况相结合，建立符合企业需求、可操作性强、全面的抗仔猪腹泻分子育种方法，快速提高育种效率，兼顾企业效益。
【IPC分类】A01K67/027
【公开号】CN104982387
【申请号】CN201510272566
【发明人】吴珍芳, 杨明, 王青来, 蔡更元, 曾海玉, 杨怀古
【申请人】广东温氏食品集团股份有限公司, 广东省农业科学院畜牧研究所
【公开日】2015年10月21日
【申请日】2015年5月25日