抗-PDGFR-β抗体及其使用
【专利说明】抗-PDGFR-β抗体及其使用 发明领域
[0001] 本发明涉及对人roGFR-β具有特异性的抗体及其抗原结合片段，以及其使用方 法。 背景
[0002] 血小板源生长因子（PDGF)是强有力的促细胞分裂原并作为由4种同种型亚基： A、B、C和D组成的五种不同的二聚体构型存在。TOGF的五种二聚体形式是AA、BB、AB、CC 和DD，其通过对应的单独TOGF单体的二硫键形成。TOGF配体通过其与TOGF受体（PDGFR) 的相互作用发挥其生物学效应。TOGFR是单次跨膜酪氨酸激酶受体，由alpha(a)受体链 (roGFR-α )和/或beta(β )受体链（H)GFR-β )的异源二聚或同源二聚缔合形成。因此， 活性I3DGFR可以由α α、β β或α β受体链配对组成。TOGFR共享共同的结构域结构，包 括五个胞外免疫球蛋白（Ig)环，跨膜结构域，和裂开的细胞内酪氨酸激酶（TK)结构域。二 聚的I 3DGF配体和TOGFR之间的相互作用导致受体链二聚化，受体自磷酸化和细胞内信号转 导。已经显示在体外β β受体由I3DGF-BB和-DD激活，而α β受体由TOGF-BB、-CC、-DD 和-AB激活，并且α α受体由TOGF-AA、-BB、-CC和-AB激活（参见Andrae等人（2008) Genes Dev 22 (10):1276-1312)。
[0003] TOGF信号传递已经在多种人类疾病中涉及，包括与病理学新血管形成相关的疾 病、血管和纤维化疾病、肿瘤生长和眼病。因此，已经提出TOGF信号传递的抑制剂用于多 种治疗环境。例如，已经提议将TOGFR-β的抑制剂用于治疗多种疾病和病症。（Andrae 等人（2008)Genes Dev 22(10) :1276-1312)。TOGFR-β抑制剂包括非特异性小分子酪氨 酸激酶抑制剂诸如甲磺酸伊马替尼、苹果酸舒尼替尼和CP-673451，以及抗TOGFR-β抗 体（参见，例如美国专利号7, 060, 271 ;5, 882, 644 ;7, 740, 850 ;和美国专利申请公开号 2011/0177074)。也已经提出将抗配体适配体（例如，抗TOGF-B)用于治疗应用。然而，本 领域存在对新的、高特异性和强有力的TOGF信号传递的抑制剂的需求。 发明概述
[0004] 本发明提供了与人血小板源生长因子受体β ("roGFR-β "）结合的抗体。除其他 用途之外，本发明的抗体还可用于抑制roGFR-β介导的信号传递以及治疗由roGFR-β活 性和/或信号传递所引起的或与其相关的疾病和病症。本发明的抗体也可用于在细胞中诱 导细胞死亡，所述细胞在其表面表达高水平的PDGFR-β。
[0005] 本发明的抗体可以是全长的（例如，IgGl或IgG4抗体），或可仅包含抗原结合部 分（例如Fab、F(ab'） 2或scFv片段），并可加以修饰以实现其功能，例如消除残余的效应 子功能（Reddy 等人，2000, J. Immunol. 164:1925-1933) 〇
[0006] 本发明提供了包含重链可变区（HCVR)的抗体或其抗原结合片段，该重链可变区 含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID N0:2、18、34、50、66、82、98、114、130、146、 162、178、194、210、226、242、258、274、290、306、322，或具有至少90%、至少95%、至少98% 或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0007] 本发明还提供了包含轻链可变区（LCVR)的抗体或其抗原结合片段，该轻链可变 区含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID NO :10、26、42、58、74、90、106、122、138、 154、170、186、202、218、234、250、266、282、298、314、330,或具有至少 90%、至少 95%、至少 98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0008] 本发明还提供了抗体或其抗原结合片段，其包含选自由下列组成的组的HCVR和 LCVR(HCVR/LCVR)序列对SEQ ID N0:2/10、18/26、34/42、50/58、66/74、82/90、98/106、 114/122、130/138、146/154、162/170、178/186、194/202、210/218、226/234、242/250、 258/266、274/282、290/298、306/314、和 322/330。
[0009] 本发明还提供了抗体或抗体的抗原结合片段，其包含重链⑶R3(HCDR3)结构域， 该结构域含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID NO :8、24、40、56、72、88、104、120、 136、152、168、184、200、216、232、248、264、280、296、312、和 328,或其基本上相似且具有至 少90%、至少95%、至少98%或至少99%序列同一性的序列；以及轻链⑶R3 0XDR3)结构 域，该结构域含有选自由下列组成的组的氨基酸序列：16、32、48、64、80、96、112、128、144、 160、176、192、208、224、240、256、272、288、304、320、和 336，或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0010] 在某些实施方案中，抗体或抗体的抗原结合片段包含选自由下列组成的组的 HCDR3/LCDR3 氨基酸序列对 SEQ ID NO :8/16、24/32、40/48、56/64、72/80、88/96、104/112、 120/128、136/144、152/160、168/176、184/192、200/208、216/224、232/240、248/256、 264/272、280/288、296/304、312/320、和 328/336。
[0011] 本发明还提供了抗体或其片段，其还包含重链⑶Rl (HCDRl)结构域，该结构域含 有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID NO :4、20、36、52、68、84、100、116、132、148、 164、180、196、212、228、244、260、276、292、308、和 324，或具有至少90%、至少95%、至少 98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列；重链⑶R2(HCDR2)结构域，该结构 域含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID NO :6、22、38、54、70、86、102、118、134、 150、166、182、198、214、230、246、262、278、294、310、和 326，或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列；轻链CDRl (LCDRl)结构域，该结构 域含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID NO :12、28、44、60、76、92、108、124、140、 156、172、188、204、220、236、252、268、284、300、316、和 332，或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列；以及轻链CDR2(LCDR2)结构域，该 结构域含有选自由下列组成的组的氨基酸序列SEQ ID N0:14、30、46、62、78、94、110、126、 142、158、174、190、206、222、238、254、270、286、302、318、和 334,或具有至少 90 %、至少 95%、至少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0012] 本发明的某些非限制性、示例性的抗体和抗原结合片段分别包含HCDRl-HC DR2-HCDR3-IXDR1-IXDR2-IXDR3结构域，其含有选自由下列组成的组的氨基酸序列 SEQ ID NO :4-6-8-12-14-16(例如 H1M3299N) ;20-22-24-28-30-32(例如 H1M3305N); 36-38-40-44-46-48(例如 H1M3310N) ;52-54-56-60-62-64(例如 H1M3361N); 68-70-72-76-78-80(例如 H2M3363N) ;84-86-88-92-94-96(例如 H2M3365N); 100-102-104-108-110-112 (例如 H2M3368N) ; 116-118-120-124-126-128(例如 H2M3373N); 132-134-136-140-142-144 (例如 H2M3374N) ; 148-150-152-156-158-160 (例如 H4H3094P); 164-166-168-172-174-176 (例如 H4H3095S) ; 180-182-184-188-190-192 (例如 H4H3096S); 196-198-200-204-206-208 (例如 H4H3097S) ;212-214-216-220-222-224 (例如 H4H3098S); 228-230-232-236-238-240 (例如 H4H3099S) ;244-246-248-252-254-256 (例如 H4H3102S); 26〇-262-264-268_ 27〇-272 (例如 MH3IO3S) ;276-278_28〇-284- 286-288 (例如 H4H3104S); 292-294-296-300-302-304 (例如 H4H3105S) ;308-310-312-316-318-320 (例如 H4H3106S); 和 324-326-328-332-334-336(例如 H4H3107S)。
[0013] 在相关的实施方案中，本发明包括与roGFR-β特异性结合的抗体或抗体的抗原 结合片段，其中该抗体或抗体片段包含重链和轻链CDR结构域，该重链和轻链CDR结构域 包含于选自由下列组成的组的重链和轻链可变区（HCVR/LCVR)序列内SEQ ID N0:2/10、 18/26、34/42、50/58、66/74、82/90、98/106、114/122、130/138、146/154、162/170、178/186、 194/202、210/218、226/234、242/250、258/266、274/282、290/298、306/314、和 322/330。 鉴定HCVR/LCVR氨基酸序列内CDR的方法和技术是本领域内众所周知的，并可用于鉴定 本文所公开的指明的HCVR和/或LCVR氨基酸序列内的CDR区。可用于鉴定CDR的边 界的典型的规则包括例如Kabat定义、Chothia定义以及AbM定义。总的来说，Kabat定 义是基于序列可变性，Chothia定义是基于结构环区的位置，而AbM定义则是Kabat与 Chothia 方法之间的折衷。参阅例如 Kabat, "Sequences of Proteins of Immunological Interest"，National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991) ;Al_Lazikani 等 人，J.Mol. Biol. 273:927-948 (1997);以及 Martin 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:9268-9272 (1989)。公共数据库也可供利用，以鉴定抗体内的CDR序列。
[0014] 在另一方面，本发明提供了编码抗roGFR-β抗体或其抗原结合片段的核酸分子。 本发明还包括载有本发明之核酸的重组表达载体以及引入这类载体的宿主细胞，并包括通 过在允许生产抗体的条件下培养宿主细胞生产抗体的方法，以及回收所生产的抗体的方 法。
[0015] 在一个实施方案中，本发明提供了抗体或其片段，其包含由选自由下列组成的组 的核酸序列编码的 HCVR SEQ ID N0:l、17、33、49、65、81、97、113、129、145、161、177、193、 209、225、241、257、273、289、305、和321，或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99% 同源性的其基本上相同的序列。
[0016] 本发明还提供了抗体或其片段，其包含由选自由下列组成的组的核酸序列编码的 LCVR SEQ ID N0:9、25、41、57、73、89、105、121、137、153、169、185、201、217、233、249、265、 281、297、313、和329，或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上 相同的序列。
[0017] 本发明还提供了抗体或抗体的抗原结合片段，其包含由选自由下列组成的组的 核苷酸序列编码的 HCDR3 结构域 SEQ ID NO :7、23、39、55、71、87、103、119、135、151、167、 183、199、215、231、247、263、279、295、311、和 327,或具有至少 90%、至少 95%、至少 98% 或 至少99%同源性的其基本上相同的序列；以及由选自由下列组成的组的核苷酸序列编码 的 LCDR3 结构域：15、31、47、63、79、95、111、127、143、159、175、191、207、223、239、255、271、 287、303、319、和335，或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上 相同的序列。
[0018] 本发明还提供了抗体或其片段，其还包含由选自由下列组成的组的核苷酸序列 编码的 HCDRl 结构域 SEQ ID NO :3、19、35、51、67、83、99、115、131、147、163、179、195、211、 227、243、259、275、291、307、和323，或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源 性的其基本上相同的序列；由选自由下列组成的组的核苷酸序列编码的HCDR2结构域SEQ ID NO :5、21、37、53、69、85、101、117、133、149、165、181、197、213、229、245、261、277、293、 309、和325，或具有至少90 %、至少95 %、至少98 %或至少99 %同源性的其基本上相同的序 列；以及由选自由下列组成的组的核苷酸序列编码的IXDRl结构域SEQ ID NO :11、27、43、 59、75、91、107、123、139、155、171、187、203、219、235、251、267、283、299、315、和 331，或具 有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上相同的序列；以及由选自 由下列组成的组的核苷酸序列编码的LCDR2结构域SEQ ID NO :13、29、45、61、77、93、109、 125、141、157、173、189、205、221、237、253、269、285、301、317、和 333，或具有至少90%、至 少95%、至少98 %或至少99 %同源性的其基本上相同的序列。
[0019] 依照某些实施方案，抗体或其片段包含由如下核酸序列编码的重链和轻链 CDR 序列：SEQ ID NO: 1 和 9 (例如 H1M3299N)，17 和 25 (例如 H1M3305N)，33 和 41 (例 如 H1M3310N)，49 和 57(例如 H1M3361N)，65 和 73(例如 H2M3363N)，81 和 89(例如 H2M3365N)，97 和 105(例如 H2M3368N), 113 和 121(例如 H2M3373N), 129 和 137(例如 H2M3374N), 145 和 153(例如 H4H3094P), 161 和 169(例如 H4H3095S), 177 和 185(例如 H4H3096S), 193 和 201 (例如 H4H3097S), 209 和 217 (例如 H4H3098S), 225 和 233 (例如 H4H3099S), 241 和 249 (例如 H4H3102S), 257 和 265 (例如 H4H3103S), 273 和 281 (例如 H4H3104S), 289 和 297 (例如 H4H3105S), 305 和 313 (例如 H4H3106S),或 321 和 329 (例如 H4H3107S).
[0020] 本发明包括具有经修饰的糖基化模式的抗I3DGFR- β抗体。在某些应用中，为除去 不合乎需要的糖基化位点所进行的修饰，或寡糖链上缺乏存在岩藻糖部分的抗体，也许是 有益的，例如用于，增加抗体依赖性细胞毒性（ADCC)功能（参见Shield等人.（2002) JBC 277:26733)。在其他应用中，可以进行糖基化修饰以修饰补体依赖性细胞毒性（CDC)。
[0021] 在另一方面，本发明提供了包含与roGFR-β特异性结合的重组人抗体或其片段 以及可药用载体的药物组合物。在相关的方面，本发明之特点是组合物，所述组合物是抗 TOGFR-β抗体和第二种治疗剂的组合。在一个实施方案中，第二种治疗剂是可有利地与抗 TOGFR-β抗体组合的任何活性剂。可与抗TOGFR-β抗体有利地组合的示例性的活性剂包 括，但不限于，抑制TOGFR-β活性的其他活性剂（包括其他抗体或其抗原结合片段、肽抑制 剂、小分子拮抗剂等）和/或不直接与I 3DGFR-β结合但干扰、阻断或减弱TOGFR-β介导的 信号传递的活性剂。本文别处也公开了涉及本发明的抗TOGFR-β抗体的额外的联合疗法 和共同制剂。
[0022] 在另一个方面，本发明提供了使用本发明之抗TOGFR-β抗体或抗体的抗原结合 部分抑制I 3DGFR-β活性的治疗方法，其中该治疗方法包括施用治疗有效量的含有本发 明之抗体或抗体的抗原结合片段的药物组合物。所治疗的病症是通过除去、抑制或降低 TOGFR-β活性或信号传递而得到改善、减轻、抑制或预防的任何疾病或病况。本发明之抗 TOGFR-β抗体或抗体片段可以发挥阻断TOGFR-β和TOGFR-β结合伙伴之间的相互作用， 或抑制TOGFR-β的信号传递活性的功能。
[0023] 本发明还包括本发明的抗I3DGFR- β抗体或抗体的抗原结合部分用于制造药物的 用途，所述药物用于治疗患者中与I3DGFR-β活性相关或由其引起的疾病或病症。
[0024] 在审阅随后的详细说明的过程中，其它实施方案将变得明显。 附图简述
[0025] 图1是显示TOGF配体阻断测定法的结果的直方图，其中在用本发明的多种抗 TOGFR-β抗体或对照抗体处理后，TOGFR-β在生物传感器表面捕获并且将TOGF配体 (BB，DD或AB)应用到表面上。结果显示为RU。
[0026] 图2是显示抗体交叉竞争测定法的结果的矩阵，其中将第一抗TOGFR-β抗体 (mAb#l)应用到TOGFR-β包被的传感器尖端上，随后用第二抗TOGFR-β抗体（mAb#2)处 理。描绘了测试的每个抗体组合的结合响应（数值-0. 01至0. 36)。具有黑色字体的浅灰 色框代表了自我竞争的结合响应。在具有白色字体的黑色框中突出了在两个方向上均竞争 的抗体，独立于抗原结合的顺序。提示不同结合区的无竞争表示为具有黑色字体的白框。 发明详述
[0027] 在说明本发明之前先要声明，应该理解，本发明并不局限于所说明的具体方法和 实验条件，因为这些方法和条件是可以改变的。还应理解，本文所用的术语仅出于说明具体 实施方案之目的，并非意在限制本发明，因为本发明之范围仅受所附权利要求书的限制。
[0028] 除非另有定义，本文所用的所有技术和科学术语均将具有与本发明所属领域专业 人士通常理解的相同含义。本文所用的术语"大约"，当用于列出的某一具体数值时，意为该 数值可能在与所列数值相差不大于1%的范围内变化。例如，本文所用的措词"大约1〇〇"， 包括99和101以及这两者之间的所有数值（例如99. 1、99. 2、99. 3、99. 4等）。.
[0029] 尽管与本文所述之方法和材料类似或相当的任何方法和材料都可用于本发明之 实施或试验，但现在描述的是首选的方法和材料。 定义
[0030] 表达法"血小板源生长因子受体β "、〃PDGFRβ，〃、〃PDGFR- β，〃、〃PDGFRb〃等，如 本文所用，指具有SEQ ID NO:341的氨基酸序列的人TOGFR-β蛋白（也参见UniProt登录 号P09619)。本文提及的蛋白质、多肽和蛋白片段全部旨在指各个蛋白、多肽或蛋白片段的 人类版本，除非明确指明来自非人物种（例如"小