一步法实时定量荧光PCR检测香石竹斑驳病毒的方法与流程

文档序号:12413192阅读:来源:国知局

技术特征:

1.一组用于一步法实时定量荧光PCR检测香石竹斑驳病毒的特异性引物和探针,所述特异性引物为香石竹斑驳病毒特异性引物,所述香石竹斑驳病毒特异性引物由香石竹斑驳病毒特异性扩增正向引物和香石竹斑驳病毒特异性扩增反向引物组成,所述香石竹斑驳病毒特异性扩增正向引物的碱基序列如SEQ ID NO:3所示,香石竹斑驳病毒特异性扩增反向引物的碱基序列如SEQ ID NO:4所示,所述探针为香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针,所述香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针的碱基序列如SEQ ID NO:5所示,在所述香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针的5'端标记有FAM报告荧光集团,3'端标记有BHQ淬灭荧光集团。

2.一步法实时定量荧光PCR检测香石竹斑驳病毒的方法,包括以下步骤:

(一)标准品的制备及其标准曲线的建立

(1)提取被香石竹斑驳病毒感染的香石竹组培苗总RNA,将提取的总RNA反转录合成cDNA;

(2)标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因全长的克隆及测序验证

以步骤(一)(1)反转录合成的cDNA为模板,进行PCR扩增,PCR扩增反应体系如下:

10×PCR含20mM的Mg2+缓冲液5.0μl,5U/μL ExTaq DNA聚合酶0.5μl,2.5μM dNTP 1.0μl,20μM扩增香石竹斑驳病毒CP全长基因正向引物1.5μl,20μM扩增香石竹斑驳病毒CP全长基因反向引物1.5μl;cDNA模板4.0μl,ddH2O 36.5μl,总体积50.0μl;所述扩增香石竹斑驳病毒CP全长基因正向引物的碱基序列如SEQ ID:1,扩增香石竹斑驳病毒CP全长基因反向引物的碱基序列如SEQ ID:2;

PCR反应的条件:94℃预变性4min后,进行30个循环扩增,每个循环为94℃变性1min,56℃复性1min,72℃延伸1min;30个循环扩增后72℃灭活反应10min;

PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测,PCR产物的电泳检测鉴定后选择片段大小为1047bp的片段进行切胶回收,回收的片段于4℃过夜连接T-A克隆载体,通过加入氨苄青霉素抗性筛选阳性克隆,对阳性克隆进行测序分析,鉴定出DNA片段正向T-A克隆插入载体的阳性重组质粒;将筛选出的阳性重组质粒重新转化大肠杆菌感受态细胞,挑取单菌落、使用LB液体培养基进行扩繁,离心收集培养的菌体,对菌体进行质粒提取、纯化,对纯化后的阳性重组质粒线性化及脱盐纯化;

纯化后的阳性重组质粒通过SmaI酶切进行线性化处理,具体线性化处理反应步骤如下:

10×buffer 5μL,限制性内切酶SmaI 1μL,阳性重组质粒DNA 2μg,加水至50μl,25℃酶切16h;取1μL反应液电泳,酶切,65℃温育10min中止反应;

将经线性化的阳性重组质粒DNA,进行脱盐纯化,将脱盐纯化的阳性重组质粒DNA用NanoDrop ND-2000核酸蛋白测定仪测定OD260nm/OD 280nm吸光值,测定得到阳性重组质粒DNA浓度;

(3)标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因的体外转录

采用体外转录方法对阳性重组质粒DNA进行体外转录,一个标准的体外转录反应为总体积100μl,在室温下,按如下顺序加样制备下列反应体系:

①T7Transcrition 5×Buffer 20μl;

②25mM ATP,CTP,GTP,UTP各7.5μl;

③线性化的重组质粒DNA 5μg;

④T7Enzyme Mix 10μl;

⑤DEPC水加至100μl混匀后,37℃恒温反应2~4h,得标准品目标基因CP基因的体外转录总RNA;

(4)标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因的体外转录总RNA浓度测定及标准品的制备

用NanoDrop ND-2000核酸蛋白测定仪测定标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因的体外转录总RNA浓度,根据以下公式计算其拷贝数:

拷贝数=标准品RNA质量浓度×阿氏常数/ssRNA分子量,拷贝数单位是copies/μl,标准品RNA质量浓度单位是ng/μl,其中,阿氏常数为6.02×1023,ssRNA分子量=一个碱基对的分子质量×片段长度,一个碱基对分子质量为345道尔顿/碱基;

(5)标准曲线的制作

用EASY dilution对标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因的体外转录总RNA进行梯度稀释,配制拷贝数为2×102-2×106copies阳性ssRNA制作标准曲线。

标准品的一步法实时定量荧光PCR检测反应体系为20μl:其中2×RT-PCR Buffer III 10μl,5U/μl Ex Taq HS 0.4μl,RT Enzyme Mix II 0.4μl,香石竹斑驳病毒特异性扩增正向引物0.4μl,香石竹斑驳病毒特异性扩增反向引物0.4μl,香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针0.8μl,所得标准品稀释后的2×102-2×106copies阳性ssRNA 2μl,用RNase Free dd H2O定容至20μl;

所述香石竹斑驳病毒特异性扩增正向引物的碱基序列如SEQ ID NO:3所示,香石竹斑驳病毒特异性扩增反向引物的碱基序列如SEQ ID NO:4所示,所述香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针的碱基序列如SEQ ID NO:5所示,在所述香石竹斑驳病毒特异性检测Taqman探针的5'端标记有FAM报告荧光集团,3'端标记有BHQ淬灭荧光集团;

所述标准品的一步法实时定量荧光PCR检测的PCR反应程序为:42℃反转录5min后;40个循环扩增,每个循环扩增为95℃变性10s,95℃10s,60℃30s,稀释浓度均能产生荧光信号,Ct值分别为27.41,24.59,21.22,17.77,14.29;由扩增曲线得到的标准曲线斜率为-3.307,标准曲线Y=-3.307X+34.285,R2=0.998;

(二)待测样品的一步法实时定量荧光PCR检测

(1)待测样品为香石竹叶片,提取待测样品总RNA

(2)待测样品总RNA浓度的测定

利用NanoDrop ND-2000核酸蛋白测定仪准确测定样品总RNA浓度;

(3)待测样品的一步法实时定量荧光PCR检测,

所述待测样品的一步法实时定量荧光PCR检测的PCR反应体系除将步骤(一)(5)所述标准品的一步法实时荧光PCR检测PCR反应体系中所述的标准品目标基因香石竹斑驳病毒CP基因的体外转录总RNA 2μl替换为步骤(二)(2)所得的待测样品的总RNA 2μl外,其PCR反应体系中的其余成分及浓度和用量与步骤(一)(5)所述标准品的一步法实时荧光PCR检测的PCR反应体系相同;待测样品的一步法实时定量荧光PCR反应程序与步骤(一)(5)所述标准品的一步法实时荧光PCR检测的PCR反应程序相同,得到待测样品Ct值,根据(一)(5)所得标准曲线进行待测样品拷贝数计算。

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