大豆耐盐基因GmCIPK2及其应用_2

文档序号:8407622阅读:来源:国知局
r>[0051] 2μ1 第一链 cDNA
[0052] 70 μ 1 蒸馏水
[0053] 10 μ I 10Χ Advantage? 2PCR 缓冲液
[0054] 2μ1 50 X dNTP混合物
[0055] 2 μ 1 5' PCR 引物(5' -TTCCACCCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTGG-3' SEQ ID No. 5)
[0056] 2 μ 1 3'PCR 引物(5,-GTATCGATGCCCACCCTCTAGAGGCCGAGGCGGCCGACA-3' SEQ ID No. 6)
[0057] 10 μ 1 10 X溶解液(试剂盒自带成分)
[0058] 2 μ I 50 X Advantage 2 聚合酶混合物
[0059] 100 μ 1 总体积;
[0060] (3)扩增程序:95°C 30sec,36Cycles ;95°C IOsec ;68°C 6minb,68°C 5min ;扩增程 序每过一个循环时延伸时间增加5sec ;
[0061] (4)琼脂糖电泳分析(如图1);
[0062] (5)柱纯化后,将ds cDNA保存于-20°C待用。
[0063] 1.4 操作纯化 ds cDNA
[0064] (1)准备:LD-PCR 扩增 ds cDNA
[0065] 醋酸钠(3M)
[0066] 冰乙醇(95 - 100% );
[0067] (2)每 93ul 的 cDNA 样品使用一个 CHROMA SPIN TE-400 纯化柱
[0068] 颠倒纯化柱数次,重悬胶基质,直至均匀,
[0069] 移除顶端帽子,
[0070] 辦断柱底部的break away (分离板),
[0071] 将柱放置在2ml的收集管;
[0072] (3)700rpm,5min离心,丢弃收集管和平衡液,之后让matrix (基质)半干;
[0073] (4)将离心柱放在另第二个收集管中,然后,向胶基质平坦的表面上方加入93ul 的样本;
[0074] (5) 700rpm,5min 离心;
[0075] (6)将两次的纯化样本收集到一个离心管中,并用乙醇进行沉淀ds cDNA :
[0076] 加入1/10体积的3M醋酸钠;
[0077] 加入2. 5倍体积的冰乙醇(95 - 100% );
[0078] - 20 °C,Ihr 放置沉淀;
[0079] 14, OOOrpm,室温离心 20min ;
[0080] 弃上清;
[0081] 14,000rpm瞬时离心,去除残留的上清液;
[0082] 空气干燥IOmin ;
[0083] (7) 20 μ 1 去离子水重悬 ds cDNA。
[0084] 1. 5制备酵母感受态细胞
[0085] (1)试剂
[0086] IM LiCl(用去离子蒸馏水配制,滤膜过滤除菌;必要时用消毒去离子水稀 释)50% PEG3350(Sigma P3640用去离子蒸馏水配制,滤膜过滤除菌,用较紧的盖子的瓶子 分装)
[0087] 2mg/ml salmon sperm DNA/TE (IOmM Tris-Cl,ρΗ8· 0,1. OmM EDTA)-20°C保存;
[0088] (2)感受态毕氏酵母的制备
[0089] 接种酵母菌种到50ml YH)培养基中,30°C摇菌过夜(约24~28h)培养到OD值 为 0· 8 ~L 0 (约 108Cells/ml);
[0090] 收获细胞,用25ml无菌水洗涤一次,室温下1500g离心10min ;
[0091] 重悬细胞于Iml IOOmM LiCl溶液中,将悬液转入I. 5ml离心管;
[0092] 离心机最大速度离心15秒沉淀菌体,重悬菌体于400ul IOOmM LiCl溶液中;
[0093] 按50ul/管分装,立即进行转化;
[0094] 注:不要将感受态酵母菌冰浴。
[0095] 1. 6酵母的转化
[0096] (1)煮沸Iml鲑鱼精DNA 5min,迅速冰浴以制备单链担体DNA ;
[0097] (2)将感受态酵母菌离心,以Tips去除残余的LiCl溶液;
[0098] (3)对于每一个转化,按以下顺序加入:
[0099] 50% PEG3350 240ul IM LiCl 36ul 2mg/ml 单链 Salmon SperniDNA 25ul 5 ~10ug/50ul H2O 醉丨li:质粒 DN A 50ul
[0100] (4)剧烈旋涡混匀直至沉淀菌体完全分布均匀(约lmin);
[0101] (5)30°〇水浴孵育3〇11^11;
[0102] (6) 42 °C 水浴热休克 20 ~25min ;
[0103] (7) 6000~8000rpm离心收集酵母菌体;
[0104] (8)重悬酵母于Iml YH)培养基,30°C摇床孵育;
[0105] (9) 1~4h后,取25~IOOul菌液铺选择性培养基平板,于30°C培养2~3天鉴 定;
[0106] L 7 建立 Mate&Plate 文库
[0107] (1)制备Y187酵母感受态细胞;
[0108] (2)按照转化操作1. 6转化酵母细胞
[0109] 20 μ I ds cDNA-2-5yg
[0110] 6 μ I pGADT7-Rec (0· 5 μ g/ μ I))
[0111] (3)将转化后的酵母细胞重悬于15ml 0. 9 % (w/v) NaCl中;
[0112] (4)将100 μ 1的1/10、1/100稀释液分别铺板于SD/ - Leu IOOmm固体培养基上, 30°C,孵育3d - 4d ;确定文库的库容,
[0113] 独立克隆数=No. of cfu/ml on SD/- Leu X 重悬液体积(15ml)
[0114] 这个值标示转化效率;
[0115] (5)将剩下的悬浮液铺板于150mm SD/- Leu选择培养基上
[0116] 每板150 μ 1悬浮液,约使用100板
[0117] 30°C 孵育 3d-4d;
[0118] (6)收获转化子:
[0119] (7)4°C,3 - 4hr冷却培养板,加入5ml的冻存液,使用无菌的玻璃珠将板中的菌落 分离下来。
[0120] (8)将所有的液体收集于无菌的单管中,用血球计数板来计算细胞密度。若细胞密 度小于<2xl0 7/ml,离心来减少悬浮液的体积。
[0121] 1. 8酵母cDNA文库进行双杂交
[0122] (1)参考 Clontch 的 Matchmaker Gold Yeast Two-Hybird System 的说明,以步 骤I. 4中的DNA为模板,利用下述引物SEQ ID No. 7-8通过高保真DNA聚合酶的PCR反应 给GmCBL3加上接头,扩增出带接头的目的基因全长片段;
[0123] Pl (上游引物):5' -CATGGAGGCCGAATTCATGGGAACTCAAGGATATGCAGCA-3'(SEQ ID No. 7)
[0124] P2(下游引物):5'-GCAGGTCGACGGATCCTTATGGGAATGCAGTAGGAGTATGA-3'(SEQ ID No. 8);
[0125] (2)取200 μ I PCR产物,利用天根公司的凝胶回收试剂盒,回收PCR产物;
[0126] (3)将回收的PCR产物和pGBKT7载体,分别用Takara公司的限制性内切酶BamHI 和EcoRI进行双酶切;
[0127] (4)将双酶切的PCR产物和pGBKT7载体按照5:1的体积比加入到新的离心管中, 然后用Takara公司的DNA连接试剂盒进行连接,构建pGBKT7-GmCBL3诱饵蛋白重组载体;
[0128] (5)取(4)中的反应液1 μ 1,进行大肠杆菌转化,并验证阳性;
[0129] (6)培养阳性克隆,提取并纯化其质粒;
[0130] (7)将(6)中的质粒加入步骤1. 5所述的酵母感受态中,通过步骤1. 6的方法进行 酵母转化,并获得阳性酵母菌株;
[0131] (8)将获得阳性酵母菌株与步骤1.7中所获得的酵母文库进行共培养,参考 Clontch 的 Matchmaker Gold Yeast Two-Hybird System 的说明对上述酵母 cDNA 文库进行 双杂交,并获得GmCBL3的互作蛋白阳性单菌落。
[0132] 1.9DNA 测序
[0133] 挑取含有重组质粒的阳性单菌落用含有Amp (氨苄西林,50mg/L)的液体LB培养基 摇菌过夜,然后送深圳华大基因有限公司测序,得到测序结果:基因 cDNA序列如序列表SEQ ID No. 1 所示,全长 627bp。
[0134] 经过NCBIblast分析,上述cDNA序列与大豆蛋白激
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