试剂盒及确定待测dna样本预定snp位点的基因型的方法_4

文档序号:9231132阅读:来源:国知局
物,其中所述第十三核酸分子为上游引物,所述第十四核酸分子为下游引物, 所述第十三探针和第十四探针均为针对该位点的Taqman探针;所述第十五核酸分子和所 述第十六核酸分子为用于扩增rs4680位点的一对引物,其中所述第十五核酸分子为上游 引物,所述第十六核酸分子为下游引物,所述第十五探针和第十六探针均为针对该位点的 Taqman 探针。
[0077] 根据本发明的实施例,进行荧光定量PCR的仪器不受特别限制。根据本发明一些 具体示例,利用ABI Stepone荧光定量PCR仪进行所述荧光定量PCR。由此,荧光定量PCR 结果准确,有利于后续的分析,进而有利于预定SNP位点基因型的确定。
[0078] 根据本发明的实施例,荧光定量PCR的反应体系不受特别限制。根据本发明的 一些具体示例,所述突光定量PCR的反应体系为:5重量份的Taqman Genotyping Master Mix (ABI公司,货号:4371355) ;3. 5重量份的超纯水;0. 5重量份的组合物;以及1重量份 的待测DNA样本,其中,针对rs2032583位点,所述组合物由所述第一核酸分子、第二核酸 分子、第一探针和第二探针组成;针对rsl800532位点,所述组合物由所述第三核酸分子、 第四核酸分子、第三探针和第四探针组成;针对rs6265位点,所述组合物由所述第五核 酸分子、第六核酸分子、第五探针和第六探针组成;针对rs6311位点,所述组合物由所述 第七核酸分子、第八核酸分子、第七探针和第八探针组成;针对rsl065852位点,所述组合 物由所述第九核酸分子、第十核酸分子、第九探针和第十探针组成;针对rs4244285位点, 所述组合物由所述第十一核酸分子、第十二核酸分子、第十一探针和第十二探针组成;针 对rs4986893位点,所述组合物由所述第十三核酸分子、第十四核酸分子、第十三探针和第 十四探针组成;针对rs4680位点,所述组合物由所述第十五核酸分子、第十六核酸分子、第 十五探针和第十六探针组成。由此,荧光定量PCR效果好,结果准确,有利于后续的分析,进 而有利于预定SNP位点基因型的确定。
[0079] 其中,待测DNA样本的浓度不受特别限制,只要能够有效完成荧光定量PCR即可。 根据本发明的一些具体示例,所述待测DNA样本的浓度为20ng/μ 1。由此,荧光定量PCR效 果好,结果准确,有利于后续预定SNP位点基因型的确定。
[0080] 根据本发明的实施例,所述待测DNA样本的来源不受特别限制。根据本发明的一 些具体实施例,所述待测DNA样本来源于人唾液或外周血。
[0081] 根据本发明的实施例,所述组合物中每种核酸分子的浓度均为18 μ mol/L,每种探 针的浓度均为5 μ mol/L。由此,荧光定量PCR效果好,结果准确,有利于预定SNP位点基因 型的确定。
[0082] 根据本发明的实施例,所述荧光定量PCR的反应程序为:第一步:60°C下保持30 秒;第二步:95°C下保持10分钟;第三步:92°C下保持15秒;第四步:60°C下保持90秒;第 五步:循环第三步第四步50次;以及第六步:60°C下保持30秒。由此,荧光定量PCR效果 好,结果准确,有利于后续预定SNP位点基因型的确定。
[0083] 然后,对荧光定量PCR结果进行分析,以便确定待测样本预定SNP位点的基因型。 其中,对所述荧光定量PCR结果进行分析的方法不受特别限制。根据本发明的实施例,利用 Stepone software V2.1对所述荧光定量PCR结果进行分析。由此,对荧光定量PCR结果的 分析更准确,有利于后续预定SNP位点基因型的确定。
[0084] 根据本发明的一些具体示例,发明人首先对多个测试样本进行测序得到其基因 型,然后采用本发明的引物及探针对上述多个测试样本进行taqman荧光定量PCR基因分 型,经验证,证明利用本发明的方法进行基因分型的结果准确可靠。然后,通过统计将测序 确定的特定的基因型与taqman荧光定量曲线图相关联。从而,在之后利用本发明的方法 对待测样本进行taqman基因分型时,基于待测样本的taqman荧光定量曲线图,根据特定的 基因型与taqman荧光定量曲线图的关联结果,确定待测样本的基因型。例如,参照图1-图 22,针对某一种基因型,其荧光信号曲线位于基线(即背景荧光的信号)以上,一般表明存 在对应的基因型。
[0085] 发明人惊奇地发现,利用本发明的方法能够有效地确定待测DNA样本rs2032583、 rsl800532、rs6265、rs6311、rsl065852、rs4244285、rs4986893 和 rs4680 位点的基因型, 并且该方法成本低、特异性强、灵敏度高、准确度高、可重复性好,且在一次PCR反应中即可 完成对单个SNP位点的基因型判定,操作方便、快速。
[0086] 下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解,下面的 实施例仅用于说明本发明,而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条 件的,按照本领域内的文献所描述的技术或条件(例如参考J.萨姆布鲁克等著,黄培堂等 译的《分子克隆实验指南》,第三版,科学出版社)或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪 器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
[0087] 实施例1 :
[0088] 根据本发明的确定待测DNA样本预定SNP位点的基因型的方法,确定48例待测 DNA 样本(人外周血 DNA 样本)的 rs2〇32583、rsl8〇〇532、rs 6265、rs63ll、rsl〇65852、 rs4244285、rs4986893和rs4680位点的基因型,具体步骤如下:
[0089] 1、设计并合成以下引物和探针:
[0090] (1)针对 rs2032583 位点:
[0091] F 引物:5' -ACTAGAAGGTTCTGGGAA-3'(SEQ ID NO :1);
[0092] R 引物:5' -TGAAAAAGATTGCTTTGA-3'(SEQ ID NO :2);
[0093] FAM 探针:FAM-AGGGAGTAACAAAATAACACTGATTGGAATACTTTACTCTACTTAATTA-MGB ;
[0094] VIC 探针:VIC-AGGGAGTAACAAAATAACACTGATTAGAATACTTTACTCTACTTAATTA-MGB。
[0095] (2)针对 rsl800532 位点:
[0096] F 引物:5, -GGTACCTGGCATGAAATA-3'(SEQ ID NO :5);
[0097] R 引物:5' -AGCTTTATGCAGGCAGAA-3'(SEQ ID NO :6);
[0098] FAM 探针:FAM-CCCTATGCTCAGAATAGCAGCTATCACCTAATAGGTTGTCAATTAATAA-MGB ;和
[0099] VIC 探针:VIC-CCCTATGCTCAGAATAGCAGCTAGCACCTAATAGGTTGTCAATTAATAA-MGB。
[0100] (3)针对 rs6265 位点:
[0101] F 引物:5' -GAAAGAGAAGAGGAGGCT-3'(SEQ ID NO :9);
[0102] R 引物:5, -TTGGCTGACACTTTCGAA-3'(SEQ ID NO :10);
[0103] FAM 探针:FAM-CATTGGCTGACACTTTCGAACACATGATAGAAGAGCTGTTGGATGAGGA-MGB ;
[0104] VIC 探针:VIC-CATTGGCTGACACTTTCGAACACGTGATAGAAGAGCTGTTGGATGAGGA-MGB。
[0105] (4)针对 rs6311 位点:
[0106] F 引物:5, -AAGTGGCACTGTGGTAAT-3,(SEQ ID NO :13);
[0107] R 引物:5' -CCAATGTCAGTAATTCCA-3'(SEQ ID NO :14);
[0108] FAM 探针:FAM-ACTGTTGGCTTTGGATGGAAGTGCCAGACACTCACAGCACTCCG AGGAC-MGB ;
[0109] VIC 探针:VIC-ACTGTTGGCTTTGGATGGAAGTGCCGGACACTCACAGCACTCCGAGGAC-MGB。
[0110] (5)针对 rsl065852 位点:
[0111] F 引物:5, -TGGCCGTGATAGTGGCCA-3'(SEQ ID NO :17);
[0112] R 引物:5' -TCGAAGCAGTATGGTGTG-3'(SEQ ID NO :18);
[0113] FAM 探针:FAM-CCGGGCATGGCAGGGGCCTGGTGAGTAGCGTGCAGCCCAGCGTTGGCGC-MGB ;
[0114] VIC 探针:VIC-CCGGGCATGGCAGGGGCCTGGTGGGTAGCGTGCAGCCCAGCGTTGGCGC-MGB。
[0115] (6)针对 rs4244285 位点:
[0116] F 引物:5, -TTTATTAAATGCTTTTAA-3'(SEQ ID NO :21);
[0117] R 引物:5, -TCTTTTACTTTCTCCAAA-3'(SEQ ID NO :22);
[0118] FAM 探针:FAM-TTTTAAGTAATTTGTTATGGGTTCCTGGGAAATAATCAATGATAGTGGG-MGB ;
[0119] VIC 探针:VIC-TTTTAAGTAATTTGTTATGGGTTCCCGGGAAATAATCAATGATAGTGGG-MGB。
[0120] (7)针对 rs4986893 位点:
[0121] F 引物:5' -AAAGATCAGCAATTTCTT-3'(SEQ ID NO :25);
[0122] R 引物:5' -GTCAATATAGAATTTTGG-3'(SEQ ID NO :26);
[0123] FAM 探针:FAM-GCAAAAAACTTGGCCTTACCTGGATTCAGGGGGTGCTTACAATCCTGAT-MGB ;
[0124] VIC 探针:VIC-GCAAAAAACTTGGCCTTACCTGGATCCAGGGGGTGCTTACAATCCTGAT-MGB。
[0125] (8)针对 rs4680 位点:
[0126] F 引物:5, -ATCACCATCGAGATCAAC-3,(SEQ ID NO :29);
[0127] R 引物:5, -AGGACAAAGTGCGCATGC-3,(SEQ ID NO :30);
[0128] FAM 探针:FAM-TCAGGCATGCACACCTTGTCCTTCACGCCAGCGAAATCCACCATCCGCT-MGB ;
[0129] VIC 探针:VIC-TCAGGCATGCACACCTTGTCCTTCATGCCAGCGAAATCCACCATCCGCT-MGB。
[0130] 2、荧光定量PCR :
[0131] 利用ABI St印one荧光定量PCR仪(Applied Biosystems,美国应用生物技术有限 公司),分别对各DNA样本进行荧光定量PCR,其中每个DNA样本的每个位点的检测都分别 进行。
[0132] 其中,突光定量PCR的反应体系的总体积为10 μ I :Taqman Genotyping Master Mix (ABI公司,货号:4371355) 5 μ 1、ddH20 3. 5 μ 1、针对特定位点的探针和引物的混合液
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