0· 5 μ 1 (上下游引物的浓度均为18 μ mol/L，VIC探针和FAM探针的浓度均为5 μ mol/L)， 浓度为20ng/ μ 1的待测DNA样本1 μ 1。
[0133] 荧光定量PCR的扩增程序为：第一步：60°C下保持30秒；第二步：95°C下保持10 分钟；第三步：92°C下保持15秒；第四步：60°C下保持90秒；第五步：循环第三步第四步50 次；以及第六步：60°C下保持30秒。
[0134] 4、实验结果：
[0135] PCR反应结束后，应用 Stepone software V2. I (Applied Biosystems，美国应用生 物技术有限公司）进行分析，结果在48例样本中共分辨出22种基因型：SNP rs2032583两 种基因型：A/A基因型有45例，A/G基因型有3例；SNP rsl800532三种基因型：C/C基因 型为30例，A/C基因型有16例，A/A基因型有2例；SNP rs6265三种基因型：A/A基因型8 例，A/G基因型24例，G/G基因型16例；SNP rs6311三种基因型：C/C基因型为12例，T/C 基因型有20例，T/T基因型有16例；SNP rsl065852三种基因型：T/T基因型有18例，T/ C基因型有18例，C/C基因型12例；SNP rs4244285三种基因型：A/A基因型8例，A/G基 因型24例，G/G基因型16例；SNP rs4986893两种基因型：G/G基因型45例，A/G基因型3 例；SNP rs6265三种基因型：A/A基因型4例，A/G基因型2例，G/G基因型28例。其中，图 1-图22分别显示了 8个SNP位点的抗抑郁症药物用药相关的22种基因型的代表性Stepone software V2. 1 分析图。
[0136] 5、结果验证
[0137] 利用Illumina HiSeq2000测序仪，根据其建库和测序方法，将上述48例待测 DNA样本进行建库并测序，然后，基于测序结果，确定48例待测DNA样本的rs2032583、 rsl800532、rs6265、rs6311、rsl065852、rs4244285、rs4986893 和 rs4680 位点的基因型。 结果显示，通过测序确定的该48例待测DNA样本的rs2032583、rsl800532、rs6265、rs6311、 rsl065852、rs4244285、rs4986893和rs4680位点的基因型与步骤4中根据本发明的方法 确定的基因型结果完全一致。
[0138] 其中，图23-图24显示了 8个SNP位点的与抗抑郁症药物用药相关的22种基因 型的代表性测序峰图。
[0139] 在本说明书的描述中，参考术语"一个实施例"、"一些实施例"、"示例"、"具体示 例"、或"一些示例"等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特 点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不 一定指的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何 的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
[0140] 尽管已经示出和描述了本发明的实施例，本领域的普通技术人员可以理解：在不 脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本 发明的范围由权利要求及其等同物限定。
【主权项】
1. 一种试剂盒，其特征在于，包括： 第一核酸分子，所述第一核酸分子具有SEQ ID NO :1所示的核苷酸序列； 第二核酸分子，所述第二核酸分子具有SEQ ID NO :2所示的核苷酸序列； 第一探针，所述第一探针具有SEQ ID NO :3所示的核苷酸序列； 第二探针，所述第二探针具有SEQ ID NO :4所示的核苷酸序列； 第三核酸分子，所述第三核酸分子具有SEQ ID NO :5所不的核苷酸序列； 第四核酸分子，所述第四核酸分子具有SEQ ID NO :6所示的核苷酸序列； 第三探针，所述第三探针具有SEQ ID NO :7所示的核苷酸序列； 第四探针，所述第四探针具有SEQ ID NO :8所示的核苷酸序列； 第五核酸分子，所述第五核酸分子具有SEQ ID NO :9所示的核苷酸序列； 第六核酸分子，所述第六核酸分子具有SEQ ID NO : 10所不的核苷酸序列； 第五探针，所述第五探针具有SEQ ID NO :11所示的核苷酸序列； 第六探针，所述第六探针具有SEQ ID NO : 12所示的核苷酸序列； 第七核酸分子，所述第七核酸分子具有SEQ ID NO : 13所不的核苷酸序列； 第八核酸分子，所述第八核酸分子具有SEQ ID NO: 14所不的核苷酸序列； 第七探针，所述第七探针具有SEQ ID NO : 15所示的核苷酸序列； 第八探针，所述第八探针具有SEQ ID NO : 16所示的核苷酸序列； 第九核酸分子，所述第九核酸分子具有SEQ ID NO :17所示的核苷酸序列； 第十核酸分子，所述第十核酸分子具有SEQ ID NO :18所示的核苷酸序列； 第九探针，所述第九探针具有SEQ ID NO : 19所示的核苷酸序列； 第十探针，所述第十探针具有SEQ ID NO :20所示的核苷酸序列； 第十一核酸分子，所述第十一核酸分子具有SEQ ID NO :21所示的核苷酸序列； 第十二核酸分子，所述第十二核酸分子具有SEQ ID NO :22所示的核苷酸序列； 第十一探针，所述第十一探针具有SEQ ID NO :23所示的核苷酸序列； 第十二探针，所述第十二探针具有SEQ ID NO :24所示的核苷酸序列； 第十三核酸分子，所述第十三核酸分子具有SEQ ID NO :25所示的核苷酸序列； 第十四核酸分子，所述第十四核酸分子具有SEQ ID NO :26所示的核苷酸序列； 第十三探针，所述第十三探针具有SEQ ID NO :27所示的核苷酸序列； 第十四探针，所述第十四探针具有SEQ ID NO :28所示的核苷酸序列； 第十五核酸分子，所述第十五核酸分子具有SEQ ID NO :29所示的核苷酸序列； 第十六核酸分子，所述第十六核酸分子具有SEQ ID NO :30所示的核苷酸序列； 第十五探针，所述第十五探针具有SEQ ID NO :31所示的核苷酸序列； 第十六探针，所述第十六探针具有SEQ ID NO :32所示的核苷酸序列， 其中， 所述探针的5'端标记有荧光报告基团，3'端标记有荧光淬灭基团， 所述第一探针与所述第二探针的荧光报告基团不同， 所述第三探针与所述第四探针的荧光报告基团不同， 所述第五探针与所述第六探针的荧光报告基团不同， 所述第七探针与所述第八探针的荧光报告基团不同， 所述第九探针与所述第十探针的荧光报告基团不同， 所述第十一探针与所述第十二探针的荧光报告基团不同， 所述第十三探针与所述第十四探针的荧光报告基团不同， 所述第十五探针与所述第十六探针的荧光报告基团不同。2. 根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述荧光报告基团为FAM或VIC，所述 淬灭基团为MGB。3. -种确定待测DNA样本预定SNP位点的基因型的方法，所述预定SNP位点为 选自 rs2032583、rsl800532、rs6265、rs6311、rsl065852、rs4244285、rs4986893 和 rs4680Rs2032583、rsl800532、rs6265、rs6311、rsl065852、rs4244285、rs4986893 和 rs4680位点的至少一种，其特征在于，包括： 根据Taqman探针杂交法，利用权利要求1或2所述的试剂盒，将所述待测DNA样本进 行荧光定量PCR ;以及 对荧光定量PCR结果进行分析，以便确定待测样本预定SNP位点的基因型， 其中， 针对rs2032583位点，采用所述第一核酸分子、第二核酸分子、第一探针和第二探针； 针对rsl800532位点，采用所述第三核酸分子、第四核酸分子、第三探针和第四探针；针对 rs6265位点，采用所述第五核酸分子、第六核酸分子、第五探针和第六探针；针对rs6311位 点，采用所述第七核酸分子、第八核酸分子、第七探针和第八探针；针对rsl065852位点，采 用所述第九核酸分子、第十核酸分子、第九探针和第十探针；针对rs4244285位点，采用所 述第i 核酸分子、第十二核酸分子、第i 探针和第十二探针；针对rs4986893位点，采 用所述第十三核酸分子、第十四核酸分子、第十三探针和第十四探针；针对rs4680位点，采 用所述第十五核酸分子、第十六核酸分子、第十五探针和第十六探针。4. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，利用荧光定量PCR仪，优选ABI Stepone 荧光定量PCR仪进行所述荧光定量PCR。5. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述荧光定量PCR的反应体系为： 5 重量份的 Taqman Genotyping Master Mix ; 3. 5重量份的超纯水； 0.5重量份的组合物；以及 1重量份的待测DNA样本， 其中，针对rs2032583位点，所述组合物由所述第一核酸分子、第二核酸分子、第一探 针和第二探针组成；针对rsl800532位点，所述组合物由所述第三核酸分子、第四核酸分 子、第三探针和第四探针组成；针对rs6265位点，所述组合物由所述第五核酸分子、第六核 酸分子、第五探针和第六探针组成；针对rs6311位点，所述组合物由所述第七核酸分子、第 八核酸分子、第七探针和第八探针组成；针对rsl065852位点，所述组合物由所述第九核酸 分子、第十核酸分子、第九探针和第十探针组成；针对rs4244285位点，所述组合物由所述 第十一核酸分子、第十二核酸分子、第十一探针和第十二探针组成；针对rs4986893位点， 所述组合物由所述第十三核酸分子、第十四核酸分子、第十三探针和第十四探针组成；针对 rs4680位点，所述组合物由所述第十五核酸分子、第十六核酸分子、第十五探针和第十六探 针组成。6. 根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述待测DNA样本的浓度为20ng/iU。7. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述待测DNA样本来源于人唾液或外周 血。8. 根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述组合物中每种核酸分子的浓度均为 18 y mol/L，每种探针的浓度均为5 y mol/L。9. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述荧光定量PCR的反应程序为： 第一步：60°C下保持30秒； 第二步：95°C下保持10分钟； 第三步：92°C下保持15秒； 第四步：60°C下保持90秒； 第五步：循环第三步第四步50次；以及 第六步：60°C下保持30秒。10. 根据权利要求3所述的方法，其特征在于，利用Stepone software V2.1对所述突 光定量PCR结果进行分析。
【专利摘要】本发明公开了试剂盒及确定待测DNA样本预定SNP位点的基因型的方法，其中该试剂盒包括：第一核酸分子、第二核酸分子、第一探针、第二探针、第三核酸分子、第四核酸分子、第三探针、第四探针、第五核酸分子、第六核酸分子、第五探针、第六探针、第七核酸分子、第八核酸分子、第七探针、第八探针、第九核酸分子、第十核酸分子、第九探针、第十探针、第十一核酸分子、第十二核酸分子、第十一探针、第十二探针、第十三核酸分子、第十四核酸分子、第十三探针、第十四探针、第十五核酸分子、第十六核酸分子、第十五探针和第十六探针。该试剂盒能够用于Rs2032583、rs1800532、rs6265、rs6311、rs1065852、rs4244285、rs4986893和rs4680位点的检测和基因型分型。
【IPC分类】C12Q1/68
【公开号】CN104946735
【申请号】CN201410350086
【发明人】徐谋胜, 黄淑君, 袁雅燕, 曹旸, 余亚军, 王珊
【申请人】湖北维达健基因技术有限公司
【公开日】2015年9月30日
【申请日】2014年7月22日