基因及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明设及生物技术领域，特别设及基因及其应用。
【背景技术】
[0002] 我国蜜蜂饲养历史悠久，蜜蜂种质资源丰富，但是长久W来，我国境内仅发现存在 东方蜜蜂，并无原生的西方蜜蜂。东方蜜蜂采集能力稍次于西方蜜蜂，伴随着西方蜜蜂的引 进，我国养蜂者越累越多的开始饲养西方蜜蜂，我国原生蜂种质资源受到威胁。引进的资源 对我国本地群体造成了威胁；同时引进资源也存在一定程度的不适应本地环境的问题。如 果能够在我国境内找到原生的西方蜜蜂对我国蜜蜂种质资源有着重要意义。中国蜜蜂种质 资源委员会主任石巍老师与新疆自治区蜂业管理站工作人员一直从事加强对新疆原有伊 準黑蜂保护的工作，经过多年的努力，首次在中国新疆伊準境内发现欧洲黑蜂自然种群，并 且与目前国际上已知的西方蜜蜂亚种至少存在9万年的分化，证明中国也是西方蜜蜂的原 产地，结束了我国没有西方蜜蜂自然种群分布的历史，运在畜禽资源研究方面具有很大的 突破性意义。中国的西域黑蜂个体较大、越冬性能好、抗逆性强、抗病能力十分突出，而且蜂 王产卵力强，能维持强群和蜂群极大的采集能力，既可作为推广普及的新品种，也可W作为 育种素材，作进一步的深入育种研究，具有很好的发展前景。
[0003] 中国发现原生的西方蜜蜂，在国内外产生了较大的影响，为了更加深入的保护西 域黑蜂，有效的利用西域黑蜂为我国蜜蜂育种工作服务，在"蜂产业技术体系""物种资源保 护"等课题的资助下，我们对西域黑蜂的研究工作取得突破性进展，利用全基因组重测序技 术鉴定了西域黑蜂特有的一百万个W上的SNP位点，鉴定出了一些西域黑蜂特有的基因序 列。
[0004] 全基因组测序，即对一种生物的基因组中的全部基因进行测序，测定其DNA的碱基 序列。全基因组测序覆盖面广，能检测个体基因组中的全部遗传信息，准确性高。每个个体 从受精卵开始就继承了父母的DNA遗传信息，并且携带一生，不易改变。全基因组测序就是 通过运用新一代高通量DNA测序仪，进行10-20倍覆盖率的个体全基因组测序，然后与该物 种基因组精确图谱比较，得到完整的个体全基因组序列，破译个体全部的遗传信息的过程。 全基因组重测序的个体，通过序列比对，可W找到特定物种（品种)特有的大量的单核巧酸 多态性(SNP)位点。
[000引目前尚没有对西域黑蜂特有基因的探索。
【发明内容】
[0006]有鉴于此，本发明提供了西域黑蜂的基因及其应用。本发明采用全基因组测序对 中国黑蜂大量个体进行全基因组重测序，获得了西域黑蜂特有的SNP位点和基因。
[0007 ]为了实现上述发明目的，本发明提供W下技术方案：
[000引本发明提供了基因，具有：
[0009] (I)如SEQ ID No.UFill基因）或SEQ ID No.2(Ds基因）所示的核巧酸序列；或
[0010] (π)如沈Q ID No. 1或沈Q ID No.2所示的核巧酸序列的互补序列;或
[0011] (m)与（I)或（Π )的核巧酸序列编码相同蛋白质，但因遗传密码的简并性而与（I) 或（Π )的核巧酸序列不同的序列;或
[0012] (IV)具有SEQ ID NO: 1或SEQ ID No.2所示的核巧酸序列经取代、缺失或添加一个 或多个核巧酸序列获得的核巧酸序列，且与SEQ ID NO: 1或SEQ ID No.2所示的核巧酸序列 功能相同或相似的核巧酸序列
[0013] 在本发明的一些具体实施方案中，所述多个核巧酸序列为2个、3个、4个、5个、6个、 7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个、20个、21个或22 个。
[0014] 本发明还提供了一种含有所述基因(Fill基因或化基因）的重组DNA。
[0015] 本发明还提供了一种表达载体，插入所述重组DNA，并W微生物、动物细胞或植物 细胞作为宿主细胞。
[0016 ]本发明还提供了一种由所述表达载体转化的转化子。
[0017] 本发明还提供了所述基因（Fill基因或化基因）在物种鉴定中的应用;所述物种包 括西域黑蜂。
[0018] 此外，本发明还提供了所述基因(Fill基因或化基因）在物种资源遗传多样性中的 应用。
[0019] 本发明还提供了所述基因(Fill基因或化基因）在抗逆中的应用。
[0020] 本发明还提供了一种鉴定西域黑蜂的引物组，包括能够扩增所述基因（Fill基因 或化基因）的引物。
[0021] 本发明还提供了一种鉴定西域黑蜂的试剂盒，包括所述引物组。
[0022] 本发明还提供了一种鉴定西域黑蜂的方法，包括如下步骤：
[0023] 步骤1:获得待测物种的DNA;
[0024] 步骤2:通过基因比对，如果含有所述基因（Fill基因或化基因），则所述待测物种 为西域黑蜂;反之，如果不含有所述基因（Fill基因或化基因），则所述待测物种不为西域黑 蜂。
[0025] 本发明提供了西域黑蜂特有的基因序列。全基因组测序，即对一种生物的基因组 中的全部基因进行测序，测定其DNA的碱基序列。全基因组测序覆盖面广，能检测个体基因 组中的全部遗传信息，准确性高。每个个体从受精卵开始就继承了父母的DNA遗传信息，并 且携带一生，不易改变。全基因组测序就是通过运用新一代高通量DNA测序仪，进行10-20倍 覆盖率的个体全基因组测序，然后与该物种基因组精确图谱比较，得到完整的个体全基因 组序列，破译个体全部的遗传信息的过程。全基因组重测序的个体，通过序列比对，可W找 到特定物种（品种)特有的大量的单核巧酸多态性(SNP)位点。本发明首次鉴定出了西域适 应寒冷气候的关键基因。包括2个基因：FilI、化。运些基因在西域黑蜂与其它地区蜜蜂的分 化及西域对本地环境的适应性进化具有重要作用。
[0026] 本发明提供的Fill基因或化基因能够用于鉴定西域黑蜂与其他物种;也能够用于 研究蜂的物种资源遗传多样性;还能够用于研究抗逆基因。运将填补我国科研人员在西域 黑蜂领域的研究空白。
【附图说明】
[0027] 为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现 有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。
[0028] 图1示基因组DNA提取结果图；所有样品均获得高质量的大片段DNA，所有样品中未 出现明显降解；图中"标"为标准品上样加 l(l〇ng/ul);M-l为化ans 2k plus DNA分子量标 准，上样化l;M-2为Trans 15k plus DM分子量标准，上样化1;其余为样品DM;
[0029] 图2示本发明提供的两个基因具有特殊的DM序列；基因区的SNP位点与其它亚种 相比有明显基因型差异；
[0030] 图3(A)示利用FsT、化jima's D和目JI个统计量对Fill基因进行扫描，检测出明显 的受选择信号，表示该基因在西域黑蜂中受到了特定的自然选择；图3(B)示Ds基因在西域 黑蜂(A.m. sinisxinyuan)和其它代表性群体包括欧洲黑蜂(A.m.mellifera)和非洲蜜蜂 (A.m.scutellata)中的基因树，基因树中所有西域黑蜂的化基因单独聚成一簇，显示其在 西域黑蜂中具有特殊的序列；图3(C)示Fill基因在西域黑蜂(A.m.sinisxinyuan)和其它代 表性群体包括欧洲黑蜂(A.m.mellifera)和非洲蜜蜂(A.m.scutellata)中的基因树，FilI 基因在西域黑蜂中，与环境条件不同的非洲群体相比(A.m.scutellata)，存在明显的分化， 具有独特的亚型。
【具体实施方式】
[0031] 本发明公开了西域黑蜂的基因及其应用，本领域技术人员可W借鉴本文内容，适 当改进工艺参数实现。特别需要指出的是，所有类似的替换和改动对本领域技术人员来说 是显而易见的，它们都被视为包括在本发明。本发明的方法及应用已经通过较佳实施例进 行了描述，相关人员明显能在不脱离本
【发明内容】
、精神和范围内对本文所述的方法和应用 进行改动或适当变更与组合，来实现和应用本发明技术。
[0032] 1.样品采集。采集活体蜜蜂样品，并尽快放入90%酒精中保存。
[0033] 2.提取样品高质量DNA(脱氧核糖核酸）。
[0034] 3.