1.一种MOSFET器件的制作方法，其特征在于，包括：
在基底上形成掩膜层；
以所述掩膜层为掩膜，对所述基底进行刻蚀，同时形成所述第一沟槽和所述第二沟槽；
在所述第一沟槽中形成第一填充层，且在所述第一填充层上形成遮挡层；
以所述遮挡层和所述掩膜层为掩膜，对所述第二沟槽进行刻蚀，以使所述第二沟槽的深度增大到预设深度，形成第三沟槽；
在所述第三沟槽中形成第二填充层。
2.根据权利要求1所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，所述基底包括自下而上依次形成的第一导电类型的衬底、第一导电类型的第一层结构、第二导电类型的第二层结构以及第一导电类型的第三层结构，所述第一沟槽和所述第二沟槽的深度大于所述第二层结构和所述第三层结构的厚度之和。
3.根据权利要求1所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，所述在所述第一沟槽中形成第一填充层包括：
在所述第一沟槽中形成第一栅氧化层；
在所述第一沟槽中形成第一多晶硅层。
4.根据权利要求3所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，
所述在所述第一沟槽中形成第一栅氧化层的同时，还包括：在所述第二沟槽中形成第二栅氧化层；
所述在所述第一沟槽中形成第一多晶硅层的同时，还包括：在所述第二沟槽中形成第二多晶硅层。
5.根据权利要求4所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，所述对所述第二沟槽进行刻蚀还包括：
对所述第二沟槽中的所述第二栅氧化层和所述第二多晶硅进行刻蚀，以去除所述第二栅氧化层和所述第二多晶硅。
6.根据权利要求2所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，在所述形成第三沟槽之后，且在所述第三沟槽中形成第二填充层之前，还包括：
去除所述掩膜层。
7.根据权利要求6所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，在所述去除所述掩膜层之后，且在所述第三沟槽中形成第二填充层之前，还包括：
对所述第三层结构进行第二导电类型的离子注入操作，形成第二导电类型的第三层结构。
8.根据权利要求7所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，在所述形成第一导电类型的第三层结构之后，还包括：
去除所述遮挡层。
9.根据权利要求8所述的MOSFET器件的制作方法，其特征在于，在所述第三沟槽中形成第二填充层包括：
在所述第三沟槽中和所述第一填充层的上方同时形成具有第二导电类型的第四外延层；
去除高出所述第二导电类型的第三层结构的第四外延层。