评估生物样品质量的工具和方法_4

文档序号:9400165阅读:来源:国知局
维电缆和其它用于高通量数 据传输的电缆),使各工具相互连接。尽管如此,本发明还考虑工具之间的无线数据传递,例 如经由LAN(无线LAN,W-LAN)。优选系统包括用于测定生物标记的工具。本文中使用的测 定生物标记的工具包括用于分离生物标记的工具(例如色谱装置)和用于代谢物测定的工 具(例如质谱装置)。适宜的装置已在上文进行详细描述。用在本发明系统中的用于化合物 分离的优选工具包括色谱装置,更优选进行液相色谱法、HPLC和/或气相色谱法的装置。用 于化合物测定的优选装置包括质谱装置,更优选GC-MS、LC-MS、直接注入质谱、FT-ICR-MS、 CE-MS、HPLC-MS、四极杆质谱、串联质谱(包括MS-MS 或 MS-MS-MS)、ICP-MS、Py-MS 或 T0F。分 离工具和测定工具优选彼此偶联。最优选,如在本说明书的其他部分详细描述的,将LC-MS 和/或GC-MS用于本发明的系统中。进一步包括的可以是用于比较和/或分析从生物标记 测定工具所获得的结果的工具。用于比较和/或分析结果的工具可包括至少一个数据库和 用于执行结果比较的计算机程序。上述系统和装置的优选实施方案也在下面进行了详细描 述。
[0107] 此外,本发明涉及包含至少一种生物标记的特征值的数据集合,其中所述特征值 指示生物材料样品具有足够的质量或具有欠缺的质量。
[0108] 术语"数据集合"指,可以在物理和/或逻辑上将其归在一起的数据的集合。因此, 数据集合可以落实到单一的数据存储介质中,或彼此有效连接的物理分离的数据存储介质 中。优选地,数据集合由数据库实现。因此,本文所用的数据库包括在适当的存储介质中的 数据集合。而且,数据库优选进一步包含数据库管理系统。数据库管理系统优选为基于网 络的、分层级的或面向对象的数据库管理系统。而且,数据库可以为联邦数据库(federal database)或集成数据库(integrated database)。更优选地,数据库作为分布式(联邦) 系统(distributed (federal) system)(例如作为客户机-服务器-系统)执行。更优选地, 建立数据库的结构以允许检索算法对试验数据集和数据集合所包含的数据集进行比较。具 体地,通过使用该算法,可以搜索数据库检索指示上述样品质量的相似或相同数据集(例 如查询搜索)。因此,如果在数据集合中鉴定到相同或相似数据集,那么所述试验数据集与 所述质量相关联。因此,可以将从数据集合获得信息用作例如,上述本发明方法的参照。更 优选地,数据集合包括上述任一组中包含的所有生物标记的特征值。
[0109] 鉴于上述,本发明涵盖包含前述数据集合的数据存储介质。
[0110] 本文所用的术语"数据存储介质"包括基于单个物理实体的数据存储介质,例如 ⑶、⑶-R0M、硬盘、光存储介质或软盘。而且,该术语进一步包括由物理分离的实体组成的数 据存储介质,所述的物理分离实体以提供前述的数据集合的方式(优选地,以适于查询检 索的方式)有效地彼此连接。
[0111] 本发明还涉及一种系统,包括:
[0112] (a)用于比较样品的至少一种生物标记的特征值的工具;与其有效连接到的
[0113] (b)上述数据存储介质。
[0114] 本文所用的术语"系统"涉及有效地彼此连接的不同工具。所述的工具可以应用 在单一的装置中或可以是彼此有效地连接的物理分离的装置。用于比较生物标记的特征值 的工具优选基于上述的比较算法来运行。数据存储介质优选包括上述数据集合或数据库, 其中每个存储的数据集都指示上面提及的样品质量。因此,本发明的系统能够鉴别试验数 据集是否被存储在数据存储介质中的数据集合所包含。因此,本发明的方法可通过本发明 的系统来实施。
[0115] 在系统的优选实施方案中,包括用于测定样品的生物标记的特征值的工具。术语 "用于测定生物标记的特征值的工具"优选涉及用于代谢物测定的上述装置,例如质谱装 置、NMR装置或用于进行生物标记的化学或生物学测定的装置。
[0116] 一般,本发明考虑将来自表1,广,2,2<,3,3<,4,5,5<,6,7,和/或8,优选 表1,2, 3, 4, 5, 6, 7和/或8的至少一种生物标记、或其检测试剂用于评估样品质量。
[0117] 优选,表1和/或1'的至少一种生物标记可以用于评估长时间的血浆加工。优 选,表2和/或2'的至少一种生物标记可以用于评估长时间的血液加工。优选,表3和/ 或3'的至少一种生物标记可以用于评估溶血。优选,表4和/或4'的至少一种生物标记 可以用于评估微凝血。优选,表5和/或5'的至少一种生物标记可以用于评估血细胞污 染。优选,表6的至少一种生物标记可以用于评估不恰当的储存。优选,表7的至少一种生 物标记可以用于评估不恰当的冷冻。优选,表8的至少一种生物标记可以用于评估长时间 的血液凝结时间。
[0118] 更优选,表1的至少一种生物标记可以用于评估长时间的血浆加工更优选,表2的 至少一种生物标记可以用于评估长时间的血液加工更优选,表3的至少一种生物标记可以 用于评估溶血。更优选,表5的至少一种生物标记可以用于评估血细胞污染。
[0119] 如何基于至少一种生物标记制造检测试剂是本领域技术人员熟知的。例如,可以 生产特异地与该至少一种生物标记结合的抗体或适体(aptamer)。类似地,生物标记自身可 以用作该组合物,例如,在复合物中或以修饰的或衍生化的形式,例如当通过GCMS分析时。
[0120] 本发明还提供评估生物样品质量的试剂盒,包含来自表 1,1',2,2' ,3,3',4,5,5' ,6,7,和/或8,优选表 1,2,3,4,5,6,7和/或8 的至少一 种生物标记的检测试剂和,优选地用于所述至少一种生物标记的参照。
[0121] 术语"试剂盒"在本文中指,上述成分的集合,优选地所述组合分开地或在单一一 个容器中提供。容器也可以包含用于实施本发明方法的说明书。这些说明书可以是手册的 形式,或可以通过计算机程序代码提供,所述计算机程序代码当在计算机或数据处理装置 上执行时能够实施本发明方法中所述的比较和建立样品的质量评估。计算机代码可以在数 据存储介质或装置例如光存储介质(例如光盘)上提供,或直接在计算机或数据处理装置 上提供。此外,试剂盒可以包含至少一个上述参照的标准品,即,具有预定量的至少一种生 物标记的溶液,其中所述预定量代表参考量。此标准品可以代表,例如来自具有足够质量或 不足质量的一个样品或多数个样品的该至少一个生物标记的量。
[0122] 优选,本发明试剂盒包含来自表1,1',2,2',3,3',4,5,5',6,7,和/或8, 优选表1,2, 3, 4, 5, 6, 7和/或8之每一个的至少一种生物标记的检测试剂和,优选地用于 所述至少一种生物标记之每一个的参照,以允许评估样品是否具有与以下任一相关的质量 欠缺:长时间的血浆加工、长时间的血液加工、溶血、微凝血、血细胞污染、不恰当的储存和 不恰当的冷冻。
[0123] 在一些实施方案中,试剂盒可以包含其它成分,例如缓冲剂、试剂(例如缀合物和 /或底物)等等,见本文公开。
[0124] 可以理解,本发明还涉及将本发明试剂盒用于评估样品具有足够质量或不足质量 的上述目的。
[0125] 优选,包含表1和/或1'的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估长时间的血 浆加工优选,包含表2和/或2'的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估长时间的血液 加工优选,包含表3和/或3'的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估溶血。优选,包 含表4的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估微凝血。优选,包含表5和/或5'的至 少一种生物标记的试剂盒可以用于评估血细胞污染。优选,包含表6的至少一种生物标记 的试剂盒可以用于评估不恰当的储存。优选,包含表7的至少一种生物标记的试剂盒可以 用于评估不恰当的冷冻。优选,包含表8的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估长时 间的血液凝结时间。
[0126] 更优选,包含表1的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估长时间的血浆加工 更优选,包含表2的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估长时间的血液加工。更优选, 包含表3的至少一种生物标记的试剂盒可以用于评估溶血。更优选,包含表5的至少一种 生物标记的试剂盒可以用于评估血细胞污染。
[0127] 在一个优选实施方案中,本发明涉及实施代谢组分析的方法,包括根据本发明方 法评估至少一个生物样品的质量,和实施代谢组分析,优选地仅使用被评估过具有足够质 量的生物样品。
[0128] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及实施代谢组分析的方法,包括订购根据本 发明方法之一进行的至少一个生物样品的质量评估,和实施代谢组分析,优选地仅使用被 评估过具有足够质量的生物样品。
[0129] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及根据质量对生物样品实施分层 (stratifying)的方法,包括根据本发明方法评估至少一个生物样品的质量,和根据质量对 所述至少一个样品进行分层。
[0130] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及根据质量对生物样品实施分层的方法,包 括订购根据本发明方法之一进行的至少一个生物样品的质量评估,和根据质量对所述至少 一个样品进行分层。
[0131] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及从生物样品池中移除不符合质量标准的生 物样品的方法,包括根据本发明方法评估所述池的至少一个生物样品的质量,和从所述池 中移除被评价为质量欠缺的所述样品。
[0132] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及从生物样品池中移除不符合质量标准的生 物样品的方法,包括订购根据本发明方法进行的对所述池的至少一个生物样品的质量评 估,和从所述池中移除被评价为质量欠缺的所述样品。
[0133] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及将生物样品纳入研究,优选临床研究中的 方法,包括根据本发明方法评估至少一个生物样品的质量,和如果评估为质量足够则将所 述生物样品纳入所述研究中。
[0134] 在再一个优选实施方案中,本发明涉及将生物样品纳入研究,优选临床研究中的 方法,包括订购根据本发明方法进行的至少一个生物样品的质量评估,和如果评估为质量 足够则将所述生物样品纳入所述研究中。
[0135] 本文引用的所有文献一般性地就其公开内容或就上面指出的具体公开内容并入 此处作为参考。
[0136] 现在将通过下面的实施例对本发明进行说明,但这些实施例并非对本发明范围的 限制。 实施例
[0137] 实施例1 :实验设计以分析加工时间和加工温度在人血浆上的代谢影响
[0138] 设计本实验以分析在样品的分析前加工过程中短期温育对人血浆代谢组的影响, 从而鉴定用于对血浆生物库样本实现质量控制的生物标记。将EDTA血浆合并物分成lml 的等分试样,在温度4°C,12°C和21°C温育。在0h,0. 5h,2h,5h和16h时间点,将10个等 分试样均冷冻在_80°C,并如实施例4所述分析(在实施例1中没有分析鞘脂)。以随机 化的分析顺序设计,分析血浆样品。将原始峰数据针对每一分析顺序的所有样品的中位 值进行标化,以说明方法变异性(所谓的"比值")。为了允许半定量数据的实验综合性比 对,在本实验中使用12个重复样品分析了 MxPool?,比值进一步相对于这些MxPool?样品 的中值标化,即,来自本研究的比值,与相对于相同MxPool?的其它等分试验标化的来自其 它项目的数据,在相同水平上并因此是可比较的。来自靶方法的总量化数据(二十烷酸类 (eicosanoids),儿茶酸胺类)与其绝对定量数据一起保留。数据进行loglO转化以接近正 态分布。通过具有"时间"和"温度"固定效应的一元线性模型(AN0VA),进行统计学分析。 AN0VA因子"时间"被设定到参照温度"被设定到参照"4°C"。显著性水平设定为5% 的阿尔法误差。通过本方法鉴定的代谢物是与生物库样本的增加加工时间或加工温度相关 的质量减损效应的指示物(表1)。
[0139] 实施例2:实验设计以分析不同血液加工程序在人血浆上的代谢影响
[0140] 设计本实验以分析不同血液样品操作程序对人血浆代谢组的影响,从而鉴定用于 对血浆生物库样本实现质量控制的生物标记。不同的血液
...
当前第4页1 2 3 4 5 6 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1