一种检测试剂盒的制作方法

文档序号:14937697发布日期:2018-07-13 19:43阅读:236来源:国知局

本发明涉及辅助疾病检测领域,具体地涉及一种检测试剂盒。



背景技术:

头颈部肿瘤是指自颅底到锁骨上,颈椎以前这样一个解剖范围的肿瘤,以恶性肿瘤为主。颈部肿瘤在综合性医院属于普通外科,比较常见的就是甲状腺肿瘤;耳鼻喉科肿瘤常见的有喉癌、副鼻窦癌等;口腔颌面部肿瘤常见的为各种口腔癌,如舌癌、牙龈癌、颊癌等。因此,头颈部所发生的肿瘤,其原发部位和病理类型之多,居全身肿瘤之首。

头颈部恶性肿瘤因其发病部位很多,因此其发病率在不同的国家、地区以及人种间都不相同。在美国华人中,男性发病率较高的是鼻咽癌,其次是甲状腺癌、口腔癌;女性发病率较高的是甲状腺癌,其次是鼻咽癌和涎腺肿瘤。在日本,男性发病率较高的是喉癌,其次是口腔癌;女性发病率较高的是甲状腺癌,其次是口腔癌。在我国,北京男性头颈部肿瘤发病率以喉癌占首位,其次为鼻咽癌和口腔癌;女性头颈部肿瘤发病率以甲状腺癌占首位,其次为口腔癌。而上海市统计资料显示,男性头颈部肿瘤发病率首位是鼻咽癌,其次为喉癌。女性头颈部肿瘤发病率首位是甲状腺癌,其次是鼻咽癌,头颈部肿瘤因其解剖复杂,组织病理类型繁多,一般常见鳞状上皮细胞癌,其次为各类腺癌、肉瘤少见。

癌症细胞的早期发现对于癌症的治疗及预防有十分重要的作用,本发明提供一种通过血清检测即可预测癌症的试剂盒,具有取样方便、检测方法简易、检测结果特异性高等特点,适用于日常体检、临床治疗等多种场景。



技术实现要素:

为了解决上述技术问题,本发明提供提供一种检测试剂盒。

本发明是以如下技术方案实现的:

本发明提供一种检测试剂盒,所述试剂盒可用于定量检测hsa-mirna-21,hsa-mirna-27a,hsa-mirna-25a,hsa-mirna-93,hsa-mirna-34a,hsa-mirna-223a,hsa-mirna-181a,hsa-mirna-121,hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c、hsa-mir-30d、hsa-mir-7、hsa-mir-181a、hsa-mir-181b、hsa-mir-203、hsa-mir-210的表达量。

进一步地,所述试剂盒包括试剂盒本体,外源性参照瓶、茎环逆转录试剂瓶、实时荧光定量pcr试剂瓶;外源性参照瓶内装有外源性参照,茎环逆转录试剂瓶内装有茎环逆转录试剂,实时荧光定量pcr试剂瓶内装有实时荧光定量pcr试剂;所述外源性参照可采用u6序列,其工作浓度为5nmol,其作用在于监测从mirna提取到后续实时荧光定量pcr全过程的反应效率;所述茎环逆转录试剂包括以下组份:200单位/μl的mmlv酶、10mmoldntp混合液、5×rt缓冲液、40单位/μl的rna酶抑制剂、10mmol的mgcl2、1μmol的特异的mirna的逆转录引物、mirna标准品,所述mirna标准品是指人工合成的mirna,浓度为100nmol,所述试剂盒包括下述mirna,所述mirna的cut-off值为hsa-mirna-97,cut-off值50%、hsa-mir-107,cut-off值30%、hsa-mir-192,cut-off值45%、hsa-mir-196a,cut-off值20%、hsa-mir-197,cut-off值65%、hsa-mir-148a,cut-off值20%、hsa-mir-30c,cut-off值40%、hsa-mir-30d,cut-off值50%,检测过程中上述mirna达到上述cut-off值时,即可判定阳性;所述实时荧光定量pcr试剂包括以下组份:10×taq缓冲液、10mmol的mgcl2、5单位/μl的taq聚合酶、10mmoldntp混合液、100ml无核酶水、10μmol特异正向引物、10μmol通用反向引物和荧光探针,用于牙龈癌预测的mirna试剂盒的制备工艺和操作流程是基于定量pcr技术的,试剂盒包括常用的taq酶等,本试剂盒的价值在于能够提供精简的探针库以便检测血清样本中mirna的变化趋势,探针库包括实施例2中筛选出的mirna的反向互补序列,所述引物包括:

hsa-mirna-97-f:ttaagagacccctaactttaa(seqidno.1)

hsa-mirna-97-r:gaaagagagcctttggcga(seqidno.2)

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hsa-mir-30c-r:cctctaaatcctaaagttgggt(seqidno.14)。

进一步地,所述试剂盒用于检测hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c的表达水平,当hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c均达到cut-off值时,可以认为该样品来源有高罹患牙龈癌风险,需进行进一步排查,所述mirna的cut-off值为hsa-mirna-97,cut-off值50%、hsa-mir-107,cut-off值30%、hsa-mir-192,cut-off值45%、hsa-mir-196a,cut-off值20%、hsa-mir-197,cut-off值65%、hsa-mir-148a,cut-off值20%、hsa-mir-30c,cut-off值40%。

进一步地,所述试剂盒可用于辅助诊断甲状腺癌、口腔癌、喉癌、腭癌、牙龈癌、舌癌、唇癌,诊断样本为血清样本。

本发明的有益效果是:

本发明提供一种检测试剂盒,mirna是细胞的基因调控系统中的重要组成,mirna作为癌症标记物是一种非侵入性取样,可以在无创条件下通过单独的mirna或mirna组合物的表达谱来辅助诊断被试者是否罹患癌症,提高诊断的准确率。

具体实施方式

为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将对本发明作进一步地详细描述。

实施例1:牙龈癌相关mirna的筛选

头颈癌样品来自南京医科大学收集的283个样本,样本类型为血清,血清以新鲜采集分离为好,采血6小时内分离、收集血清,并将血清转移至一次性使用无rna酶的无菌微量离心管中。

获得了如下样本:甲状腺癌82例、口腔癌23例、喉癌31例、腭癌25例、牙龈癌59例、舌癌33例、唇癌30例。来自正常样品的rna由6个样品来源的rna混合(各来自6个正常的牙龈组织)组成,血清样本于2℃-8℃可稳定保存7天。

使用rna提取试剂盒(qiagenmirneasyminikit试剂盒)提取样品总rna,遵守厂商说明进行操作。然后在mirna微阵列芯片上进行rna标记和杂交。具体步骤如下:用5μg生物素标记来自各样品的rna,该芯片包含323个探针,包含245个人和小鼠mirna基因。使用perkin-elmerscanarrayxl5k对链霉素-alexa647缀合物进行基于生物素结合的杂交信号进行检测;用quantarray软件(perkinelmer)定量扫描图像,微阵列数据的统计学和生物信息学分析使用软件silicongenetics对原始数据进行标准化和分析。

将表达数据以中位数集中,用anova(方差分析)进行统计比较。使用pam软件(predictionanalysisofmicroarrays,获得自http://www.stat.stanford.edu/tibs/pam/index.html)(tibshirani,r.,等人proc.natl.acad.sci.u.s.a.99:6567-6572(2002))和supportvectormachine(furey,t.s.,等人bioinformatics16:906-914(2000))软件确定用于预测牙龈癌的mirna,两种算法都用交叉验证和test-set检测。

根据微阵列分析获得与癌症进程有一定相关性的mirna共计156种,筛选出在牙龈癌中上调表达的mirna,具体地,如下所述hsa-mirna-21,hsa-mirna-27a,hsa-mirna-25a,hsa-mirna-93,hsa-mirna-34a,hsa-mirna-223a,hsa-mirna-181a,hsa-mirna-121,hsa-mirna-97,hsa-mir-107,hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c、hsa-mir-30d、hsa-mir-7、hsa-mir-181a、hsa-mir-181b、hsa-mir-203、hsa-mir-210。

实施例2:牙龈癌相关mirna的验证

1、牙龈癌样品来源如实施例1中所示,取trizolreagent(invitrogen,carlsbad,ca)提取各样品血清总rna,提取步骤如下:

步骤101、取6-8ml的血清,加入等体积的trizolreagent;

步骤102、相分离室温放置12min,然后按0.3ml氯仿/1.5mltrizolreagent的体积比加入氯仿,剧烈震荡25s,室温静置10min,于12000g,4℃离心10min;

步骤103、将水相转移到新的50ml离心管,苯酚/氯仿除去蛋白相二次;

步骤104、将水相转移到新的离心管中,按0.6ml异丙醇/1mltrizolreagent体积加入异丙醇,-20℃保存50min,于12000g,4℃离心60min;

步骤105、用2mltrizol重悬沉淀,将悬液转移到新的1.5ml的离心管中;

步骤106、重复2,4步(第四步离心改为15min);

步骤107、rna洗涤去掉上清,加入75%乙醇,于12000g,4℃离心5min;

步骤108、测量获得的rna浓度,通常能得到浓度为8μgrna/100ml血清的血清总rna。

2、针对上述rna样品进行solexa测序,具体步骤如下:

步骤201、总rna进行page电泳回收16-29ntrna分子;

步骤202、将adaptorprime酶联在小rna分子的3’与5’端;

步骤203、进行rt-pcr反应后并进行测序;

步骤204、常规方法进行数据分析与处理。

3、real-timepcr方法具体操作步骤如下:

步骤301、取血清总rna,通过rna逆转录反应得到cdna样品;或者取血清样本,以血清样本作为缓冲液进行逆转录反应来制备cdna样品;

步骤302、用hsa-mirna-21,hsa-mirna-27a,hsa-mirna-25a,hsa-mirna-93,hsa-mirna-34a,hsa-mirna-223a,hsa-mirna-181a,hsa-mirna-121,hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c、hsa-mir-30d、hsa-mir-7、hsa-mir-181a、hsa-mir-181b、hsa-mir-203、hsa-mir-210设计引物;

步骤303、加入荧光探针进行pcr反应;

步骤304、检测并比较正常人或牙龈癌患者样本中微小核糖核酸的量的变化,检测结果表明牙龈癌患者的血清中hsa-mirna-21,hsa-mirna-27a,hsa-mirna-25a,hsa-mirna-93,hsa-mirna-34a,hsa-mirna-223a,hsa-mirna-181a,hsa-mirna-121,hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c、hsa-mir-30d、hsa-mir-7、hsa-mir-181a、hsa-mir-181b、hsa-mir-203、hsa-mir-210等mirna均有不同程度的过表达,从中筛选出7中显著过表达的mirna作为生物标志物进行癌症预测。

实施例3:用于辅助诊断牙龈癌的试剂盒的制备

本发明提供一种试剂盒,包括试剂盒本体,外源性参照瓶、茎环逆转录试剂瓶、实时荧光定量pcr试剂瓶;外源性参照瓶内装有外源性参照,茎环逆转录试剂瓶内装有茎环逆转录试剂,实时荧光定量pcr试剂瓶内装有实时荧光定量pcr试剂。

所述外源性参照可采用u6序列(rnu6-1rna,u6smallnuclear1[homosapiens]geneid:26827),其工作浓度为5nmol,其作用在于监测从mirna提取到后续实时荧光定量pcr全过程的反应效率;

茎环逆转录试剂包括以下组份:200单位/μl的mmlv酶、10mmoldntp混合液、5×rt缓冲液(5×rt缓冲液由250mmoltris-hcl,375mmolkcl,15mmolmgcl2,50mmoldtt组成)、40单位/μl的rna酶抑制剂、10mmol的mgcl2、1μmol的特异的mirna的逆转录引物、mirna标准品(这里的mirna标准品是指人工合成的mirna,浓度为100nmol,本试剂盒包括下述mirna,所述mirna的cut-off值为hsa-mirna-97,cut-off值50%、hsa-mir-107,cut-off值30%、hsa-mir-192,cut-off值45%、hsa-mir-196a,cut-off值20%、hsa-mir-197,cut-off值65%、hsa-mir-148a,cut-off值20%、hsa-mir-30c,cut-off值40%、hsa-mir-30d,cut-off值50%),检测过程中上述mirna达到上述cut-off值时,即可判定阳性;

实时荧光定量pcr试剂包括以下组份:10×taq缓冲液(10×taq缓冲液包括100mmoltris-hcl,500mmolkcl)、10mmol的mgcl2、5单位/μl的taq聚合酶、10mmoldntp混合液、100ml无核酶水、10μmol特异正向引物、10μmol通用反向引物和荧光探针。用于牙龈癌预测的mirna试剂盒的制备工艺和操作流程是基于定量pcr技术的,试剂盒包括常用的taq酶等,本试剂盒的价值在于能够提供精简的探针库以便检测血清样本中mirna的变化趋势,探针库包括实施例2中筛选出的mirna的反向互补序列。

所述引物包括:

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本试剂盒用于检测hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c的表达水平,当hsa-mirna-97,hsa-mir-107、hsa-mir-192、hsa-mir-196a、hsa-mir-197、hsa-mir-148a、hsa-mir-30c均达到cut-off值时,所述mirna的cut-off值为hsa-mirna-97,cut-off值50%、hsa-mir-107,cut-off值30%、hsa-mir-192,cut-off值45%、hsa-mir-196a,cut-off值20%、hsa-mir-197,cut-off值65%、hsa-mir-148a,cut-off值20%、hsa-mir-30c,cut-off值40%,可以认为该样品来源有高罹患牙龈癌风险,需进行进一步排查。

以上所揭露的仅为本发明较佳实施例而已,当然不能以此来限定本发明之权利范围,因此依本发明权利要求所作的等同变化,仍属本发明所涵盖的范围。

序列表

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