高血压易感基因SCN7A单核苷酸多态性位点rs7565062的检测试剂盒的制作方法_2

文档序号:9838635阅读:来源:国知局
0A/C)
[0028] 其中,脱氧核糖核酸值NA)序列编号;rs7565062位置基于沈Q ID NO ;1/6。
[0029] 在另一优选例中,所述的试剂盒还含有选自下列的试剂;SCN7A的5'引导序列特 异性引物、与单核巧酸多态性位点rs7565062结合的探针。
[0030] 其中,脱氧核糖核酸值NA)序列编号;引物1基于SEQ ID NO ;2/6 ;引物2基于SEQ ID NO ; 3/6 ;探针1基于SEQ ID NO ;4/6 ;探针2基于SEQ ID NO ;5/6 ;扩增产物基于SEQ ID NO ; 6/6。
[003。 在另一优选例中,所述的SCN7A的5'引导序列单核巧酸多态性位点:
[0032] RS7565062 位于 SCN7A,5,引导序列中(片段重叠群 contig ;NT_005403. 18 位置 71981560A/C)
[0033] 其中,脱氧核糖核酸值NA)序列编号;rs7565062位置基于沈Q ID NO ;1/6。
[0034] 本发明公开了高血压易感基因 SCN7A单核巧酸多态性位点rs7565062的检测试剂 盒及其在用于检测原发性高血压易感性的方法中的用途,有助于判断某个体患原发性高血 压的发病风险是否大于普通人群。
[0035] 在本发明提及的所有文献都在本申请中引用做参考,就如同每一篇文献被单独引 用作为参考郝样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲述内容之后,本领域技术人员可 W对本发明做各种改动或修改,送些形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
【附图说明】
[0036] 图1显示了 SCN7A rs7565062位于SCN7A,5'引导序列中(片段重叠群contig : NT_005403. 18位置71981560A/C)的一种SNP基因型的测序结果。
[0037] 图2是SCN7A基因 rs7565062位点基因型的检测结果。
[0038] 图3是实施例2的测序结果截图。
【具体实施方式】
[0039] 下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,送些实施例仅用于说明本发明 而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条 件如 Sambrook 等人,分子克隆;实验室手册(New York = Cold Spring Harbor L油oratory Press, 1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
[0040] 实施例1英光PCR检测
[0041] 实验材料:
[0042] 7900HT英光定量PCR仪购自美国ABI公司,聚合酶链反应液灯aqMan EXPress Master Mix)由美国应用生物系统公司(ABI)定制合成。
[0043] 引物及探针设计与合成:
[0044] W SCN7A基因5'引导序列的部分序列为模板,使用Primer ExpressTM 2. 0软件 分析化qMan引物和探针位点,并由美国应用生物系统公司(ABI)定制合成。检测用引物:
[0045] SCN7A 基因 rs7565062 上游引物序列;5 ' -TGGAGAAGTTGAAAGGTAGAT-3 '
[0046] SCN7A 基因 rs7565062 下游引物序列;5 ' -ACTGCCTAACCAGGTAAGAT-3 '
[0047] 英光探针:
[0048] SCN7A基因 rs7565062 英光探针 1 ;5 ' -VIC-aaagccaactcctgatttgga-TAMRA-3 ' SCN7A 基因 rs7565062 英光探针 2 ;5 ' -FAM-aaagccaaatcctgatttgga-TAMRA-3 '样本检 测;
[0049] 实验共检613例高血压病例和616例正常对照人群,每例收集血样标本约2ml,用 酪/氯仿抽屉基因组DNA,抽提结果用微量紫外/可见光分光光度计(INFINIGEN公司)检 测。
[0050] 按如下体系进行英光PCR扩增,最后用SDS 2. 3扫描并聚类分析
[0053] 基因组DNA抽提的检测结果显示:所有样本的基因组DNA符合检测要求 (260/280〉1. 8,浓度〉lOng/ul,如图2所示样本54号的检测结果);
[0054] 表1为SNP分型结果。
[00巧]表1
[00则 实施例2
[0059] 用测序法检测原发性高血压易感基因SCN7A基因的rs7565062位点。挑选上述高 血压病例-对照组样本各10例进行测序判断rs75650629的基因型。
[0060] 实验方法;PCR测序引物仍采用上述英光PCR用引物,扩增的产物经纯化后直接测 序。测序的仪器是ABI公司的3130x1遗传分析仪,用sequence analysis5. 2分析软件进 行分析,结果用chromas可W查看;
[0061] 实验结果显示,20例的测序结果与7900英光PCR的基因型分析结果完全一致。
[0062] SCN7A基因rs7565062基因型和高血压易感的关联分析结果显示,SCN7A基因 rs7565062在高血压病人和对照中分布的比较采用RxC X 2检验.用SPSS软件进行统计分 析,检测结果及SPSS软件分析结果如图2所示。
[0063] 表 2
[0064]
【主权项】
1. 一种高血压易感基因 rs7565062位点的检测方法,其特征在于,检测SCN7A基因 rs7565062位点的基因型,其包括步骤: (a) 抽提样品的基因组DNA,扩增获得SCN7A基因包含rs7565062位点的区域,扩增产 物基于 SEQ ID NO :6/6 ; (b) 检测步骤(a)产物中单核苷酸多态性位点rs7565062的基因型。2. 如权利要求1所述的方法,其特征在于,检测的SCN7A基因 rs7565062位点的基 因型;其位点位于SCN7A基因5'引导序列中(片段重叠群contig:NT_005403. 18位置 71981560 A/C),rs7565062 的位置基于 SEQ ID NO : 1/6。3. 如权利要求2所述的检测方法,其特征在于,扩增SCN7A基因5'引导序列(片段重 叠群contig:NT_005403. 18位置71981560 A/C)包含rs7565062位点的区域的引物序列如 SEQ ID NO :2/6 和 SEQ ID NO :3/6 所示。4. 如权利要求3所述的方法,其特征在于,检测rs7565062位点基因型的探针序列如 SEQ ID NO :4/6 和 SEQ ID NO :5/6 所示。5. -种检测高血压易感基因的试剂盒,其特征在于,它含有与位点rs7565062结合的 探针,序列如 SEQ ID。NO :4/6 ;和 SEQ ID NO :5/6 所示。6. 如权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,它还包括特异性扩增SCN7A基因5'引导 序列中包含rs7565062位点的区域的引物,引物的序列如SEQ ID N0:2/6和SEQ ID N0:3/6 所示。
【专利摘要】本发明涉及分子生物学和医学领域,具体涉及人Ⅶ型电压门控钠离子通道α亚基基因(sodium?channel,voltage-gated,typeⅦ,alpha?subunit,SCN7A)的单核苷酸多态性(single?nucleotide?polymorphism,SNP)位点rs7565062及其与原发性高血压相关性的检测。本发明还涉及检测这个SNP位点的方法和试剂盒及其在用于检测原发性高血压易感性的方法中的用途,本发明有助于判断某个体患原发性高血压的发病风险是否大于普通人群。
【IPC分类】C12Q1/68
【公开号】CN105603053
【申请号】CN201410642019
【发明人】温绍君, 刘洁琳, 张蓓, 刘雅, 王佐广, 楼煜清, 李梅, 李闯, 文杰, 顾伟, 孙东东
【申请人】首都医科大学附属北京安贞医院
【公开日】2016年5月25日
【申请日】2014年11月6日
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