2-甲基丁酰基肉碱（C5)、苯基乙酰基 谷氨酰胺、N2，N5-二乙酰基鸟氨酸、肌酸酐。例如，一种生物标记、两种或更多种生物标记、 三种或更多种生物标记、四种或更多种生物标记、五种或更多种生物标记、六种或更多种生 物标记、七种或更多种生物标记、八种或更多种生物标记、九种或更多种生物标记、十种或 更多种生物标记等（包括所有所列出的生物标记的组合）的水平。
[0064] 测定这些生物标记的组合的水平在描述的方法中可以允许更大的灵敏性和特异 性。例如，成对分析两个生物标记或生物样品中的某些生物标记（和非生物标记化合物）的 水平比率在评价肾功能和辅助评价肾功能中可以允许更大的灵敏性和特异性。例如，肌醇 与甘油磷酰胆碱（GPC)、色氨酸与犬尿氨酸、色氨酸与3-吲哚酚硫酸酯和/或色氨酸与吲哚 乙酸酯的比率可以用于评价受试者的肾功能。在另外的实例中，测定两种或更多种、三种或 更多种、四种或更多种和/或五种或更多种生物标记的组合的水平在本文描述的方法中可 以允许更大的灵敏性和特异性。在一个实例中，假尿苷、C-糖基色氨酸、N-乙酰基苏氨酸及 肌酸酐的水平可以用于评价受试者的肾功能。在另一个实例中，假尿苷、N-乙酰基苏氨酸、 肌醇及肌酸酐的水平可以用于评价受试者的肾功能。在另一个实例中，N-乙酰基苏氨酸、肌 醇、C-糖基色氨酸及肌酸酐的水平可以用于评价受试者的肾功能。在另一个实例中，N-乙 酰基苏氨酸、肌醇、犬尿氨酸及肌酸酐的水平可以用于评价受试者的肾功能。在另一个实例 中，假尿苷、C-糖基色氨酸、N-乙酰基苏氨酸及肌醇的水平可以用于评价受试者的肾功能。 [0065]可以使用多种技术（包括简单比较（例如，手动比较）将该一种或多种生物标记 的水平与肾功能参考水平进行比较。还可以使用一种或多种统计分析（例如，t_检验、韦 尔奇T检验、威尔科克逊秩和检验、相关性分析、随机森林（Random Forest)、T-评分、Z-评 分）或使用数学模型（例如，算法、统计模型）将生物样品中的该一种或多种生物标记的水 平与参考水平进行比较。例如，包含单个算法或多个算法的数学模型可以用于评价受试者 的肾功能。
[0066] 该方法的结果可以与在评价受试者的肾功能中有用的其他方法和测量（或其结 果）一起使用。例如，临床参数，如BUN、SCr和/或尿白蛋白测量；肾功能标记，如0 -2微 球蛋白、0-TRACE、2-吡喃甘露糖基色氨酸（2-MPT);以及患者信息，如例如CKD家族史或其 他风险因素可以与这些生物标记一起使用。
[0067]在一个实例中，鉴定肾功能的生物标记允许评价（或辅助评价）正在经历使用造 影剂进行成像测试的患者的肾功能，其中这些造影剂可能是有毒的并且因此可能引起肾脏 损伤。例如，在肾功能降低（例如，阶段2CKD或阶段3或阶段3A CKD)的患者中，准确测量 肾功能将帮助患者和临床医生评价成像测试的风险收益比并且将允许做出更明智的决策。 [0068] 在另一个实例中，鉴定肾功能的生物标记允许在使用用于测定肾功能的当前标准 (例如，SCr、eGFR、胱抑素C、尿白蛋白和/或BUN测量）可以诊断CKD之前评价（或辅助评 价）肾功能以检测初期CKD。临床测量对于检测肾功能的早期变化而言可能不够灵敏或在 某些受试者中可能不准确，这是由于例如慢性疾患、肥胖、高龄、素食和/或普遍减少的肌 肉质量。例如，在患有2型糖尿病的受试者中，在本文描述的生物标记可以用于诊断或辅助 诊断CKD。准确且早期诊断CKD可以允许更早的治疗性干预，这可以延迟或阻止进一步肾脏 损害和更严重的CKD的发展。
[0069] 在另一个实例中，准确评价作为潜在的供肾者的受试者的肾功能将在确定该潜在 的供体是否适于捐献肾脏中辅助内科医生。
[0070] 在另一个实例中，提供的生物标记允许一种评价正在被组合物治疗的受试者的肾 功能的方法。该组合物可以是向受试者给予以治疗任何疾病或病症的任何组合物、药物或 治疗剂。该组合物另外可以是向患有疾病或病症的患者给予的任何组合物，例如造影剂。例 如，鉴定肾功能的生物标记还允许评价受试者对改变肾功能的组合物的响应以及评价患者 对两种或更多种改变肾功能的组合物的相对响应。可以使用此类评价例如为某些受试者选 择用于治疗癌症的组合物，或为疗程或纳入临床试验选择受试者。此类评价还可以用于在 药物开发过程之前、过程中和/或之后（即，上市后）监测响应于组合物的肾功能。
[0071] 在另一个实施例中，本发明允许一种代谢物生物标记测试，以提供具有临界正常 eGFR值的患者的肾功能的准确测定，因此使得临床医生可以选择某种治疗或修改患者的治 疗以降低进一步肾脏损害的风险。这样一种生物标记测试克服了当前肾功能测试的局限， 当前肾功能测试不可以准确评价所有患者群体（经常导致假阳性或假阴性诊断）并且不可 以检测早期肾功能损伤（早期肾功能损伤可以指示AKI或初期CKD)。例如，图1中图解的 是为筛选、诊断评估、治疗及管理临床症状描绘了最佳实践以诊断CKD的示例性临床实践 算法（流程图）。在这个流程图中整合的是一种肾功能生物标记测试，其基于分析选自所列 出的生物标记中的一组肾功能生物标记的水平：假尿苷、N-乙酰基苏氨酸、C-糖基色氨酸、 N-乙酰基丝氨酸、N-乙酰基丙氨酸、N6-氨甲酰基苏氨酰基腺苷、4-乙酰胺基丁酸酯、赤藓 糖醇、肌醇、苏糖酸酯、尿素、阿糖醇、N2, N2-二甲基鸟苷、N1-甲基腺苷、3-甲基戊二酰基肉 碱（C6)、S-腺苷基高半胱氨酸（SAH)、N-乙酰基甲硫氨酸、N6-乙酰基赖氨酸、犬尿氨酸、阿 糖酸酯、琥珀酰基肉碱、核糖、木糖酸酯、N-甲酰基甲硫氨酸、0-甲基儿茶酚硫酸酯、2-甲基 丁酰基肉碱（C5)、苯基乙酰基谷氨酰胺、N2，N5-二乙酰基鸟氨酸以及肌酸酐。在这个实例 中，没有CKD症状的患者最初可能已经通过测量SCr和eGFR和/或尿白蛋白而评价了肾功 能，如由当前临床实践指南所建议的。如通过eGFR所测量的CKD阶段G2-G3a和/或如通 过尿白蛋白所测量的CKD阶段A1通常导致假阳性或假阴性诊断；建议进行确认性测试。具 有这些评分的患者应接受新颖的代谢物生物标记测试以辅助诊断CKD (虚线框）。正常的肾 功能生物标记水平指示患者具有正常的肾功能。应对使用代谢物生物标记测试被诊断为正 常的患者进行周期性监测，以评价肾功能。基线处的代谢物生物标记水平显著高于或低于 正常范围的结果指示患者患有CKD。通过使用代谢物生物标记测试被诊断为患有CKD的患 者应接受适当的治疗。
[0072] 在一个方面中，在本文提供的生物标记可以用于数学或统计模型或公式中，以为 内科医生提供数字评分（"肾功能评分"），该评分指示肾功能的水平和/或受试者具有削 弱的肾功能的可能性，该削弱的肾功能指示AKI或CKD。该评分是基于生物标记和/或生 物标记的组合的临床上显著变化的一个或多个参考水平。该参考水平可以衍生自算法或由 受损GFR指数计算而来。用于确定受试者的肾功能评分的方法可以包括将该样品中的该一 种或多种肾功能生物标记的水平与该一种或多种生物标记的肾功能参考水平进行比较，以 便确定该受试者的肾功能评分。该方法可以利用任何数量的选自以下列表的标记：假尿苷、 N-乙酰基苏氨酸、C-糖基色氨酸、N-乙酰基丝氨酸、N-乙酰基丙氨酸、N6-氨甲酰基苏氨酰 基腺苷、4-乙酰胺基丁酸酯、赤藓糖醇、肌醇、苏糖酸酯、尿素、阿糖醇、N2，N2-二甲基鸟苷、 N1-甲基腺苷、3-甲基戊二酰基肉碱（C6)、S-腺苷基高半胱氨酸（SAH)、N-乙酰基甲硫氨 酸、N6-乙酰基赖氨酸、犬尿氨酸、阿糖酸酯、琥珀酰基肉碱、核糖、木糖酸酯、N-甲酰基甲硫 氨酸、0-甲基儿茶酚硫酸酯、2-甲基丁酰基肉碱（C5)、苯基乙酰基谷氨酰胺、N2,N5-二乙酰 基鸟氨酸以及肌酸酐。可以通过任何方法（包括统计方法，如回归分析）将多种生物标记 与肾功能相关联。
[0073] 肾功能评分可以用于将受试者放置于从正常（即没有肾功能损伤）到轻度降低、 中度降低、严重降低或终末期肾衰竭的肾功能范围内。肾功能评分的非限制性示例性用途 包括：评价肾功能；肾功能分类；患上CKD的易感性；患上AKI的易感性；诊断并为CKD分阶 段；通过定期测定和监测肾功能评分而监测CKD进展；监测肾脏移植受体的肾功能状态；确 定对治疗性干预的响应；评估药物效力；以及确定治疗剂和/或造影剂的耐受性。
[0074] 在一些实施例中，该方法可以用于随时间评价肾功能，从而使得可以监测肾功能。 该一种或多种生物标记的水平随时间（即，与在第二时间点获得自受试者的第二样品相 比，在第一时间点来自该受试者的第一样品中）的变化（如果有的话）可以指示患者的肾 功能随时间变化。为了随时间表征受试者的肾功能，可以将该第一样品中的该一种或多种 生物标记的水平、该第二样品中的该一种或多种生物标记的水平和/或该第一和第二样品 中的这些生物标记的水平的比较结果与该一种或多种生物标记的参考水平进行比较。如果 这些比较指示该一种或多种生物标记的水平正在随时间（例如，当与该第一样品相比时， 在该第二样品中）升高或降低变得更类似于低肾功能参考水平（或更不类似于高肾功能参 考水平），则结果指示衰退的肾功能。如果这些比较指示该一种或多种生物标记的水平正在 随时间升高或降低变得更类似于高肾功能参考水平（或更不类似于低肾功能参考水平）， 则这些结果指示正常的肾功能。例如，受试者在第一时间点可以具有正常的肾功能（例如， 一种或多种生物标记类似于高肾功能参考水平或不类似于低肾功能参考水平）并且在第 二时间点保持在正常范围内（例如，保持类似于一个或多个高肾功能参考水平或不类似于 一个或多个肾功能参考水平），指示肾功能没有变化。在另一种情况下，肾功能在第一时间 点可以是正常的（例如，一种或多种生物标记类似于一个或多个高肾功能参考水平或不类 似于一个或多个低肾功能参考水平），然后在第二时间点下降仍保持在肾功能的正常范围 内，指示尽管仍处于正常范围内，但是肾功能下降。在另一个图解中，基于该一种或多种生 物标记在第二时间点的、指示该受试者的肾功能在恶化的水平可以将在第一时间点具有临 界正常肾功能的受试者诊断为患有CKD。
[0075] 生物标记与参考水平的相对量之间的差异也可以用于随时间评价肾功能。例如， 如果这些比较指示在该一种或多种生物标记的水平与高肾功能参考水平之间随时间存在 较大差异（或在该一种或多种生物标记的水平与低肾功能参考水平之间存在较小差异）， 则这些结果指示患者发展为衰退的肾功能。
[0076] 在获得该第一样品之后，可以在稍后的时间点从该受试者获得一个或多个另外的 样品。在一个方面中，该一个或多个另外的样品是在该第一样品之后1、2、3、4、5、6或更多 天获得的。在另一个方面中，该一个或多个样品是在该第一样品之后或在开始用该组合物 治疗之后1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个周获得的。在另一个方面中，该一个或多个另 外的样品可以是在该第一样品之后或在开始用该组合物治疗之后1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、 11、12或更多个月获得的。
[0077] 在另一个实施例中，这些方法可以用于监测患有CKD的受试者或被怀疑倾向患上 CKD的受试者（例如，由于CKD家族史、药物治疗、慢性疾患等处于风险的受试者）的肾功 能。在一个实例中，在本文披露的生物标记可以用于监测未患CKD的受试者的肾功能。例 如，在被怀疑倾向患上CKD的受试者中，在本文描述的生物标记可以用于监测CKD的发展。
[0078] 在另一个实例中，在本文披露的生物标记可以用于监测肾脏移植受体的肾功能。
[0079] 在另一个实施例中，生物标记算法可以用于监测患者的肾功能。与当前肾功能测 试结果（例如，3&、&?1?、81^、尿白蛋白、胱抑素〇组合使用生物标记算法的结果，临床医 生可以评价患者的药物治疗的风险收益比。另外，临床医生可以使用生物标记算法治疗处 于发展为丧失肾功能风险的任何患者（例如，糖尿病患者、高血压患者、老年人、家族史、吸 烟者、慢性病患者、肾脏移植受体等）。该药物治疗可以是用于治疗任何疾病或病症的任何 药剂。
[0080] 图2中图解的是生物标记算法的实例（流程图）。在基线处正常并且在治疗过程 中仍在正常范围内的肾功能生物标记水平指示患者具有正常的肾功能。
[0081] 在基线处的代谢物生物标记的水平或在治疗过程中这些水平的变化在正常范围 之外但是并不过度的结果应指示患者具有轻度至中度肾功能丧失。这些患者代表其结果通 过当前肾功能测试处于临界的那些患者。基于代谢物生物标记测试的结果，治疗临床医生 可以选择重新评价患者的当前治疗方案（例如，治疗剂、剂量）的风险收益并改变对患者的 管理。
[0082] 在基线处的代谢物生物标记的水平或在治疗过程中这些水平的变化明显且过度 地在正常范围之外的结果应指示患者具有严重的肾功能丧失。强烈建议改变对患者的管理 (例如，停止用特定药物进行治疗，转为另一种药剂）。
[0083] B.使用生物标记诊断慢性肾病
[0084]鉴定肾功能生物标记还允许诊断（或辅助诊断）受试者的CKD。应当理解的是，这 些鉴定的生物标记可以用于诊断或辅助诊断任何受试者的CKD，包括无症状受试者、那些表 现出一种或多种与CKD的存在符合的症状的受试者和/或那些CKD是可能的（例