禽类的糖基化的制作方法_3

文档序号:9333661阅读:来源:国知局
酶mRNA。核苷酸 290. ? 1339 显示了 CDS。
[0076] 图20B(SEQ ID N0:21)显示了鸡a -2. 3-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0077] 图21A(SEQ ID N0:22)显示了鸡3型a -2. 3唾液酸转移酶mRNA。核苷酸1. ? 1179 显示了 CDS。
[0078] 图21B(SEQ ID N0:23)显示了鸡a -2. 3-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0079] 图21C(SEQ ID N0:24)显示了具有一个氨基酸片段缺失的候选亚型,即在图21a 所示核苷酸序列中缺失了对应的核苷酸序列片段。
[0080] 图22A (SEQ ID N0:25)显示了鸡4型a -2. 3唾液酸转移酶mRNA。核苷酸 325. ? 1332 显示了 CDS。
[0081] 图22B(SEQ ID NO:26)显示了鸡4型a -2. 3-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0082] 图23A (SEQ ID N0:27)显示了鸡5型a -2. 3唾液酸转移酶mRNA。核苷酸 128. ? 1234 显示了 CDS。
[0083] 图23B(SEQ ID NO:28)显示了鸡a -2. 3-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0084] 图24A (SEQ ID N0:29)显示了鸡6型a -2. 3唾液酸转移酶mRNA。核苷酸 740. ? 1798 显示了 CDS。
[0085] 图24B(SEQ ID NO:30)显示了鸡6型a -2. 3-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0086] 图25A(SEQ ID N0:31)显示了鸡1型a -2. 6唾液酸转移酶mRNA。核苷酸 359. ? 1600 显示了 CDS。
[0087] 图25B(SEQ ID NO:32)显示了鸡1型a -2. 6-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0088] 图26A(SEQ ID N0:33)显示了鸡2型a -2. 6唾液酸转移酶mRNA。核苷酸1. . 1590 显示了 CDS。
[0089] 图26B(SEQ ID NO:34)显示了鸡a -2. 6-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0090] 图27A (SEQ ID N0:35)显示了鸡4型a -2. 6唾液酸转移酶mRNA。核苷酸 202. ? 1323 显示了 CDS。核苷酸 62. ? 931 显示了 CDS。
[0091] 图27B(SEQ ID NO:36)显示了鸡4型a -2. 6-唾液酸转移酶的氨基酸序列。
[0092] 图28A(SEQ ID N0:37)显示了鸡5型a -2. 6唾液酸转移酶mRNA。核苷酸51. . 1100 显示了 CDS。
[0093] 图28B(SEQ ID NO:38)显示了鸡5型a -2. 6-唾液酸转移酶的氨基酸序列。 【【具体实施方式】】
[0094] 本文所用定义和缩写如下:aa,氨基酸;bp,碱基对;⑶S,编码序列;cDNA,与RNA 互补的DNA ;GalNac,N-乙酰基半乳糖胺;Gal,半乳糖;GlcNac,IRES,内部核糖体进入位点; N-乙酰葡糖胺nt,核苷酸;kb,1000碱基对;y g,微克;ml,毫升;ng,纳克;nt,核苷酸。
[0095] 本文提出下面的定义用于阐述和明确描述本发明所用的各种术语的含义和范围。
[0096] 本文所用术语"禽类"指鸟纲分类的任何种、亚种或品系,例如但不限于诸如鸡、 火鸡、鸭、鹅、鹌鹑、雉、鹦鹉、雀、鹰、乌鸦和平胸鸟,包括鸵鸟、鸸鹋和食火鸡等生物。该术 语包括原鸡(Gallus gallus)或鸡的各种已知品系(例如,白来杭鸡、褐来杭鸡、斑纹石鸡 (Barred-Rock)、苏赛克斯鸡(Sussex)、新罕布什尔鸡、罗德岛鸡、澳洲黑鸡、米诺卡鸡、阿木 鸡(Amrox)、加利福尼亚州灰鸡、意大利山鹑色鸡),以及通常以商业规模饲养的火鸡、雉、 鹌鹑、鸭、鸵鸟和其它家禽的品系。
[0097] 词组"基于"或"来自"通常指整体或部分获自。例如,基于或来自于特定逆转录 病毒或基于特地工嫩逆转录病毒的核苷酸序列指逆转录病毒载体的基因组包含特定逆转 录病毒基因组核苷酸序列的大部分。所述大部分可以是特定的基因或核苷酸序列,如编码 gag、pol和或包膜蛋白质的核苷酸序列,或病毒基因组的其它结构或功能性核苷酸序列, 如编码LTR的序列,或大部分完整的逆转录病毒基因组,例如大多数(如多于60%或多于 70%或多于80%或多于90% )或全部逆转录病毒基因组,根据本说明书和本领域熟练技 术人员的知识来说是显而易见的。基于或来自你逆转录病毒的逆转录病毒载体的例子是 NL逆转录病毒载体(如NLB),该载体基于Cosset等,Journal of Virology (1991) 65卷, 3388-3394中公开ALV逆转录病毒。
[0098] 本文所用"编码序列"和"编码区"指核苷酸序列和核酸序列,包括编码合成RNA、 蛋白质或RNA或蛋白质的任何部分的遗传信息的RNA和DNA。
[0099] 将不是特定有机体基因组的天然部分或在有机体基因组非天然位点引入的核苷 酸序列称作"外来"核苷酸序列、"异源"核苷酸序列、"重组"核苷酸序列或"外源"核苷酸序 列。此外,不认为分离后重新引入相同类型(如同种)有机体的核苷酸序列是特定有机体 基因组的天然产生部分,因此认为是外源的或异源的。"异源蛋白质"或"外源蛋白质"可以 是外来、异源或外源性核苷酸序列编码的蛋白质,因此通常不在有机体的细胞中天然表达。
[0100] 如本文所用形容核酸如DNA和RNA的术语"外源"、"异源"和"外来"可以互换使 用,指在其出现的染色体、基因组或细胞中不天然产生的核酸,或出现的位置和/或数量不 同于天然发生的位置和/或数量。可以是基因组、染色体或细胞的非内源性核酸,或者外源 性引入基因组、染色体或细胞的核酸。异源性DNA的例子包括但不限于:编码基因产物或例 如感兴趣的用于产生编码蛋白的基因产物的DNA。异源性DNA的例子包括但不限于:编码可 追踪的标记物蛋白的DNA,编码治疗性蛋白质的DNA。术语"异源"或"外源"指在某种细胞、 组织或有机体产生的物质中通常没有的生物分子,如核酸或蛋白质,或在某种细胞、组织或 有机体产生的物质中没有与天然产生的量或位置相同的生物分子。例如,卵异源性或外源 性的蛋白质指在卵中通常没有的蛋白质。
[0101] 本文中术语"构建物"指线性或环状核苷酸序列如DNA,其中所述核苷酸序列组装 自不止一种分离自天然来源或化学合成或其组合的核苷酸序列的片段。
[0102] 本文所用术语"互补的"指两种能形成特异性相互作用的核算分子。在特异性相 互作用中,当两条核酸链极性相反时,一条核酸链中的腺嘌呤碱基与第二条核酸链中的胸 腺嘧啶形成两个氢键。同样,在特异性相互作用中,当两条核酸链极性相反时,一条核酸链 中的鸟嘌呤碱基与第二条核酸链中的胞嘧啶形成两个氢键。本文中互补核酸还可包括修饰 的碱基,其中修饰的腺嘌呤可与胸腺嘧啶或修饰的胸腺嘧啶形成氢键,修饰的胞嘧啶可与 鸟嘌呤或修饰的鸟嘌呤形成氢键。
[0103] 本文所用术语"细胞因子"指影响细胞功能的任意的分泌氨基酸序列,是调节免 疫、炎症和造血反应中细胞相互作用的分子。细胞因子包括但不限于单核因子和淋巴因 子,不管由哪种细胞产生。例如,单核因子通常指由单个核细胞如巨嗜细胞和/或单核细 胞产生或分泌的因子。然而一些其它细胞也产生单核因子,如自然杀伤细胞、成纤维细胞、 嗜碱性粒细胞、嗜中性粒细胞、内皮细胞、脑星状细胞、骨髓基质细胞、表皮角质形成细胞和 B-淋巴细胞。淋巴因子通常指淋巴细胞产生的因子。细胞因子的例子包括但不限于:干扰 素、红细胞生成素、G-CSF、白介素-1 (IL-1)、白介素-6 (IL-6)、白介素-8 (IL-8)、肿瘤坏死 因子-a (TNF-c〇和肿瘤坏死因子0 (TNF-0)。
[0104] 本文所用术语"表达的"或"表达"指编码序列转录产生RNA核酸分子,所述RNA核 酸分子至少与编码序列的两条核酸链中的一条的区域部分互补。本文所用术语"表达的"或 "表达"也指翻译RNA产生蛋白质或肽。
[0105] 本文所用术语"表达载体"指含有基因表达控制区的核酸载体,所述控制区如可操 作的连接于至少一条多肽的编码核苷酸序列的启动子或启动子组件。
[0106] 本文所用术语"片段"可指,例如,核酸中至少约10、20、50、75、100、150、200、 250、300、500、1000、2000、5000、6, 000、8, 000、10, 000、20, 000、30, 000、40, 000、50, 000 或 60, 000核苷酸长的部分,所述核酸通过人工构建(如通过化学合成),或使用限制性核酸 内切酶或机械剪切将天然产物切割为多个片段,或酶法构建如PCR或其它任何本领域所知 聚合技术,或使用本领域技术人员所知重组核酸在宿主细胞中表达。本文所用术语"片段" 也指,例如氨基酸序列中至少约 5、10、20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、400、500、 1000、2000、5000、6, 000、8, 000或10, 000个氨基酸的部分,其中所述部分来自至少一种蛋 白酶对天然产生的氨基酸序列切割,或使用化学合成或本领域技术人员所知重组DNA技术 (如表达自天然产生的氨基酸序列的编码核苷酸序列的一部分)所产生的氨基酸序列。"片 段"也可指特定核苷酸序列或氨基酸序列的一部分,例如,约5%、约10%、约20%、约30%、 约 40%、约 50%、约 60%、约 70%、约 80%、约 90%、约 95%或约 99%。
[0107] "功能性部分"和"功能性片段"可互换使用,在本文中指能够完全或部分执行完整 功能的全部的部分或片段。例如,分子的生物学功能性部分指执行整个或完整分子的生物 学功能的分子的一部分。功能性部分可以是任何有用大小。例如,功能性片段的大小范围可 以从长为20个碱基到等于特定序列全长减一个核苷酸。在另一实施例中,功能性片段的大 小范围可以从长为50个碱基到等于特定序列全长减一个核苷酸。在另一实施例中,功能性 片段的大小范围从长约50个碱基到约20kb。在另一实施例中,功能性片段的大小范围从长 约500个碱基到约20kb。在另一实施例中,功能性片段的大小范围从长约lkb到约20kb。 在另一实施例中,功能性片段的大小范围从长约〇. lkb到约10kb。在另一实施例中,功能性 片段的大小范围从长约20碱基kb到约10kb。
[0108] 术语"完全转基因"指在其全部体细胞中包含至少一个转基因拷贝的动物,如鸟。
[0109] 本文所用术语"基因表达控制区"与编码序列连接的、全部或部分调节编码序列表 达的核苷酸序列,例如,全部或部分调节编码序列的转录。可从天然产生的资源分离基因表 达控制区域,或化学合成,并掺入核酸载体从而在合适的细胞中调节转录。"基因表达控制 区"可位于被转录为mRNA的编码序列的5'末端区域之前,但不仅限于在其之前。
[0110] 本文所用术语"分离的核酸"包括例如,(a)具有天然产生的基因组分子部分序 列的DNA,但不与至少一条天然产生物种基因组中分子部分侧接的序列侧接;(b)以某种 方式掺入载体或原核或真核基因组DNA的核酸,使所得载体或基因组DNA与核酸来源的天 然产生的DNA不同;(c)分离的分子,如cDNA,基因组片段,聚合酶链反应(PCR)、连接酶反 应(LCR)或化学合成所产生的片段,或限制性片段;(d)作为杂合基因即编码融合蛋白的基 因的部分的重组核苷酸序列;以及(e)作为非天然产生的杂合序列的部分的重组核苷酸序 列。本发明的分离的核酸分子包括,例如,天然等位基因变体,以及通过核苷酸缺失、插入、 倒位或替换修饰的核酸分子。
[0111] 如本文所用术语"核酸"指任何核苷酸和核苷的线性或顺序阵列,例如cDNA、基因 组DNA、mRNA、tRNA、寡核苷酸、寡核苷及其衍生物。为了便于讨论,本文将非天然产生的核 酸称为构建物。核酸可包括细菌质粒载体,包括表达、克隆、粘粒和转化载体,如动物病毒载 体,例如但不限于修饰的腺病毒、流感病毒、脊髓灰质炎病毒、痘病毒、逆转录病毒,如禽白 血病病毒(ALV)逆转录病毒载体,鼠白血病病毒(MLV)逆转录病毒载体和慢病毒载体等及 其片段。此外,核酸可以是禽白血病病毒(ALV)逆转录病毒载体、鼠白血病病毒(MLV)逆转 录病毒载体或慢病毒载体及其片段的LTR。核酸还可包括NL载体,如NLB、NLD、NLA及其片 段,以及合成寡核苷酸如化学合成的DNA或RNA。核酸可包括修饰的或衍生化的核苷酸和核 苷,例如但不限于卤化核苷酸例如但不仅是5-溴尿嘧啶,以及衍生化的核苷酸,如生物素 标记的核苷酸。
[0112] 本文所用术语"载体"和"核酸载体"指天然的或合成的单链或双链质粒或病毒核 酸分子,所述分子可以通过转染或转化进入细胞,并不依赖于宿主细胞基因组复制或在宿 主细胞基因组内复制。基于载体的核苷酸序列,用合适的限制性酶可将环状双链载体线性 化。如本领域所知,通过用限制性酶切割载体,将期望片段连接在一起,可将核酸插入载体。
[0113] 术语〃操作性连接〃指配置所述组件以便行使其普通功能的元件安排。操作性连 接于编码序列的基因表达控制区或启动子(如启动子组件)能够对编码序列进行表达。控 制序列可不必与编码序列毗连,只要它们可发挥功能指导编码序列的表达。因此,例如,间 插非翻译的转录序列存在于启动子序列和编码序列之间时,仍可认为该启动子序列与该编 码序列"操作性连接"。
[0114] 术语"输卵管"或"输卵管组织"指产生N-连接寡糖的禽输卵管的组织,如膨大部 组织,如管状腺细胞,其中所述N-连接寡糖与禽类其它组织如肝脏或肾脏组织相比,Gal和 /或唾液酸含量显著降低。
[0115] 本文所用术语"输卵管特异性启动子"指功能性启动子和启动子组件,即使编码序 列的转录在很大程度上,例如,主要(即多于50%的转录产物在动物中通过输卵管细胞中 产生的特定启动子类型产生)或仅在鸟类的输卵管细胞中产生。输卵管特异性启动子的例 子包括,卵清蛋白启动子、卵类粘蛋白启动子、卵抑制剂启动子、溶菌酶启动子和卵传铁蛋 白启动子,以及这些启动子的功能性部分,如启动子组件。糖基化酶如GalT(如GalTl)和 SialT(如SialT3)通常定位于ER/高尔基细胞器,并参与N-聚糖合成通路。通过使用输卵 管特异性启动子将这些酶的表达限制于膨大部组织中,从而尽量减小这些酶在其它组织中 表达对鸟类造成的有害生理效应。
[0116] "序列相同性百分数"、"相同性百分数"、" %相同性"、"序列同源性百分数"、"同源 性百分数"、" %同源性"和"序列相似性百分数"均指两条核苷酸序列或两条氨基酸序列间 序列匹配程度。使用 Karlin&Attschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. 87:2264-2268, Karlin& Attschul (1993)Proc. Natl. Acad. Sci. 90:5873-5877 修饰的算法可确定序列匹配。将这类 算法结合到 Altschul 等,1990, J. Mol. Biol.,215:403-410 的 NBLAST 和 XBLAST 程序中。可 利用NBLAST程序进行BLAST核苷酸搜索,评分=100,字长=12,以获得与本发明核酸分子 同源的核苷酸序列。利用XBLAST程序进行BLAST蛋白质搜索(评分=50,字长=3),以获 得与参比氨基酸序列同源的氨基酸序列。为了进行缺口比对(出于比较目的),如Altschul 等(1997),Nucleic Acids Res.,25 :3389-3402 所述利用缺口 BLAST。利用 BLAST 和缺口 BLAST程序时,可使用各程序(如XBLAST和NBLAST)的默认参数。其它算法、程序和默认 设置也可能适用,例如但不限于,英国人类基因组作图计划资源中心(U.K. Human Genome Mapping Project Resource Centre)的GCG-序列分析软件包,其包括核苷酸或氨基酸序列 比较程序。
[0117] 术语"家禽衍生的"指由家禽产生或获得的组合物或物质。"家禽"指可作为家畜 饲养的禽类,包括但不限于:鸡、鸭、火鸡、鹌鹑和平胸鸟。例如,"家禽衍生的"可指鸡衍生 的、火鸡衍生的和/或鹌鹑衍生的。术语"禽类衍生的"指由禽类产生或获得的组合物或物 质。
[0118] 术语"多核苷酸"、"寡核苷酸"、"核苷酸序列"和"核酸序列"在本文中可互换使用, 包括但不限于:编码序列,即在体外或体内置于合适的调节或控制序列之下转录并翻译为 多肽的多核苷酸或核酸序列;控制序列,如翻译起始和终止密码子,启动子序列,核糖体结 合位点,聚腺苷酸化信号,转录因子结合位点,转录终止序列,上游和下游调节结构域,增强 子,沉默子,转录因子结合并改变基因启动子活性的DNA序列,这种改变可以是正向(诱导) 或负向(抑制),等等。本文所述术语对于长度或合成起始不作限制。
[0119] 如本文所用术语"多肽"和"蛋白质指氨基酸聚合物,例如三个或多个氨基酸通过 肽键以顺序阵列方式连接。术语"多肽"包括蛋白质、蛋白质片段、蛋白质类似物、寡肽等。 术语"多肽"包括上文所述由核酸编码,通过重组技术产生(如从转基因鸟中分离)或合成 的多肽。术语"多肽"还涵盖上文所述包含化学修饰的氨基酸或与标记配体共价或非共价 连接的氨基酸的多肽。
[0120] 本文所用术语"启动子"指在禽类细胞中用于起始RNA聚合酶转录的DNA
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