专利名称：水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记及其应用的制作方法
技术领域：
本发明属于分子遗传学领域，涉及水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记，本发 明还涉及该分子标记在选育水稻抗褐飞虱品种中的应用。
背景技术：
水稻是我国主要的粮食作物之一，但近几十年来水稻受到大面积的病虫为害，使 水稻生产受到严重威胁。褐飞虱是一种水稻单食性害虫，其成虫和若虫以口针刺吸水稻汁 液，引起黄叶或枯死，导致减产或绝收。据中国农业年鉴记载，1966、1969、1973、1977、1983 和2003年全国性大发生，1987、1991、2005、2006和2007年全国性特大发生，褐飞虱危害面 积达到水稻总面积的50%以上，给我国水稻生产造成了严重的损失。由于褐飞虱的危害多 发生在水稻成熟灌浆期，此时大量使用杀虫剂，对环境和稻谷的污染也是非常严重的问题。 利用抗褐飞虱基因培育抗虫水稻品种是褐飞虱综合防治中最为经济有效的方法。水稻抗褐飞虱基因的研究始于上世纪70年代初，至今已命名了 21个主效抗虫 基因(Rahman et al. 2009 High-resolution mapping of two rice brown planthopper resistance genes，Bph20(t) and Bph21(t)，originating from Oryza minuta. Theor Appl Genet 119(7) :1237_1246.)。这些抗虫基因分别来自不同的野生稻种和栽培稻农家品种资 源。除了 Bph5、Bph6、Bph7和Bph8外，其余抗褐飞虱基因均已经应用分子标记定位到水稻 染色体上。一些早期研究的抗褐飞虱基因如Bphl、bph2和Bph3已培育成抗虫品种并在一 些水稻种植区推广种植。然而，由于褐飞虱新生物型的产生，抗褐飞虱品种逐渐丧失抗性或 面临抗性丧失的危险。例如，带有Bphl的抗虫品种，经过几年推广种植后很快就失去抗性， 而携带Bphl和bph2两个基因的品种抗性表现更强并更持久。因此，水稻生产中迫切需要 携带新的和多个抗性基因的抗虫品种。由于抗虫性鉴定的复杂性，利用常规育种手段往往难以有效地导入和聚合不同的 抗虫基因。本发明是在找到与抗虫基因紧密连锁或共分离的分子标记的基础上，借助分子 标记辅助选择(Marker-assisted selection,MAS)技术则可以有目的地进行抗虫基因的导 入和聚合，选育持久抗性品种，延缓抗虫品种的退化年限和防止褐飞虱新生物型的发生。
发明内容
本发明的目的是提供一种水稻抗褐飞虱主效基因位点Bph6的分子标记，通过检 测与这些抗褐飞虱主效基因位点连锁的分子标记，可以预测水稻植株的褐飞虱抗性，加快 抗褐飞虱水稻品种的选择进度。水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记由下述之一的引物对经PCR扩增获得1)标记引物 RM16994，左端引物序列，TGGCAGTACACACTACAGTACATGC右端引物序列，AGAGGGAGGAGAGAAAGGAAGG；2)标记引物Y19，
左端引物序列，GTACGTGTGCGCCATCT右端引物序列，GAGGAGGAGGTCGTGTTGT；3)标记引物Y9，左端引物序列，TAATAAGCACCATGAAAGACAAAA右端引物序列，GCTAGTTCTCACCAAAATCAAAAT；4)标记引物 RMl 19，左端引物序列，CATCCCCCTGCTGCTGCTGCTG右端引物序列，CGCCGGATGTGTGGGACTAGCG；5)标记引物 RM5757，左端引物序列，CCTGAGACCATATGCTGCTG
右端引物序列，GAGGGAGCATCATTAGCTGG ；6)标记引物 RM16999，左端引物序列，GCTGATGCGGAACAAGGAGACC右端引物序列，GATCAGATCACCACCCGAATGAGC；7)标记引物 RM17004，左端引物序列，GTTATGCCTGGTCCCGTCTGACC右端引物序列，TCTTGACGTACACGCTGATGATGC；或，8)标记引物 RM17008，左端引物序列，TTACCTTCGATTAGCTGCTGTTGC右端引物序列，ATTCCTTGCATTACAGACGGTAGC。本发明还提供水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记方法，其是用上述之一的 引物对扩增待检水稻基因组DNA，如果用引物RM16994能够扩展出238bp的扩增片段，或者 用引物Y19能够扩增出221bp的扩增片段，或者用引物Y9能够扩增出227bp的扩增片段， 或者用引物RM119能够扩增出166bp的扩增片段，或者用引物RM5757能够扩增出170bp的 扩增片段，或者用引物RM16999能够扩增出ISObp的扩增片段，或者用引物RM17004能够扩 增出261bp的扩增片段，或者用引物RM17008能够扩增出173bp的扩增片段，均标志着水稻 Swarnalata抗褐飞虱主效基因位点Bph6的存在。该基因位点位于水稻基因组第4染色体 长臂的分子标记RM6997和RM5742之间的区域内。本发明用RM6997和RM5742筛选了 4500 株BC2F2和BC3F2的单株，得到了在这两个分子标记间有重组的单株。根据这些重组单株的 基因型和相应家系的抗虫级别，分子标记Y19和Y9与抗褐飞虱主效基因Bph6最靠近，同时 分子标记 RM16994、RM119、RM5757、RM16999、RM17004 和 RM17008 均能用于筛选含 Bph6 基 因的抗褐飞虱水稻品种。筛选上述标记引物的过程如下(1)在1988年，Kabir&Khush首先利用经典的遗传分析方法鉴定了水稻品 种Swarnalata抗褐飞虱Bangladesh群体(生物型4)，并将该抗褐飞虱基因命名为 Bph6 (Kabir & Khush. 1988Genetic analysis of resistance to brown planthopper in rice, Oryza sativa L. Plant Breeding 100，54_58)。但至Ij 目前为止，Bph6 在水稻染色体 上的具体位置仍不清楚，这给该抗虫基因在水稻分子辅助育种中的应用带来很大的困难。 同时，从Bph6的鉴定到现在已经过去二十多年了，世界不同水稻种植地区的褐飞虱群体遗
5传结构可能发生了一些变化。因此，评价水稻品种Swarnalata对我国主要褐飞虱群体的抗 性级别并且利用SSR分子标记精细定位该抗虫基因是非常必要的，为该基因在我国的水稻 育种应用提供技术支持。因此，本发明筛选并开发了基于PCR技术的SSR分子标记。一方 面，根据gramene网站(http://www. gramene.org/)公布的标记按照比较均勻的遗传距离 选择一定数目分子标记。另一方面，基于该基因最后的定位区段，比较水稻品种9311及日 本晴相应的基因组序列，利用SSR搜索工具SSRIT (http://www. gramene. org/db/markers/ ssrtool)来寻找SSR基序，并根据其侧翼序列设计引物，为备选标记。其中，SSRIT设置参 数为最大基序长度为4聚体，最小重复数为5，搜索所有的SSR基序。选择所有大于15个 碱基(基序长度X重复数)的SSR基序。(2)以感褐飞虱籼稻品种9311为母本，抗褐飞虱品种Swarnalata为父本，配制杂 种，构建了 9311/Swarnalata F2分离群体，用于分子标记分析；每个F2单株通过自交获得相 应的F2:3家系，用于抗虫鉴定。(3) M CTAB 法(Murray & Thompson， 1980 Rapid isolation of high-molecular-weight plant DNA. Nucleic Acids Res 8:4321-4325)提取亲本 Swarnalata和9311及F2群体各株系的DNA。用方法(1)获得的备选标记对两亲本进行多 态性筛选，PCR反应在PTC-100扩增仪上进行，扩增产物在6%的聚丙烯酰胺凝胶上进行电 泳分析，记录并选择在亲本间具有多态性的SSR标记用于后续分析。(4)采用苗期接虫进行抗虫性鉴定，褐飞虱为生物型1和生物型2混合群体。两 叶一心期按8头/苗的比例接种2-3龄褐飞虱若虫，当对照感虫品种Tm全部死亡时， 参照Huang等的方法对每个单株进行0、1、3、5、7、9级的抗性评价(Huang Z et al,2001 Identification and mapping of two brown planthopper resistance genes in rice. Theor Appl Genet 102，929-934)，对亲本材料和群体中的每个家系通过加权平均计算该 家系的抗性级别。(5)根据F2单株的抗虫级别，分别选择10个极端抗虫单株和10个极端感虫单株的 DNA混合构建抗感池。同时，利用在亲本间有多态性的引物分别筛选抗感池并获得在抗感池 之间有多态性的分子标记，该类多态性标记表明与抗性性状是连锁的。然后，根据连锁标记 所在的染色体，选择该染色体上在亲本间有多态性的引物筛选F2分离群体的各个单株，PCR 程序同上，获得群体基因型资料。根据连锁交换规律，利用软件JoinMap 3. O将群体基因型 资料构建水稻的部分遗传图谱并获得各分子标记的遗传距离。最后，结合F2群体各个单株 的分子标记基因型资料和相应的褐飞虱抗性鉴定的抗虫级别，利用MapQTL 5. O软件复合 区间作图法，对目标染色体进行QTL位点扫描。(6)根据初次QTL鉴定的结果，本发明用RM6997和RM5742筛选了 4500株BC2F2和 BC3F2群体的单株，DNA提取及SSR的PCR电泳分析同(2)，得到了 41株在分子标记RM6997 和RM5742之间有重组的单株。结合41个重组单株的基因型和相应家系的抗虫级别，得到 与抗褐飞虱主效基因Bph6共分离的分子标记。本发明的有益效果1.通过本发明首次用SSR标记精细定位了水稻品种Swarnalata中的抗褐飞虱主 效基因Bph6。2.通过本发明分子标记定位的主效基因位点位置明确，鉴定方便。通过检测与该基因位点连锁的分子标记，即可以预测水稻植株的褐飞虱抗性，用于水稻品种或品系的基 因型检测，以判断该品种或品系是否具有褐飞虱抗性，进而快速筛选抗虫品种或品系用于 水稻育种。其检测方便快速，不受环境影响。3.辅助育种选择目标明确，节约成本。在传统育种方法中，首先要收集具有抗虫基 因的亲本与栽培品种进行一系列杂交，而且要对水稻品种进行抗褐飞虱性状的鉴定并进行 选择，操作非常复杂，同时还受环境的影响。此外，在进行抗虫鉴定之前，首先要获得虫源并 饲养繁殖褐飞虱群体，同时还要求接种虫源与水稻秧苗苗龄较同步，这同样给育种工作带 来麻烦，若不能有效地处理好虫源、秧苗以及环境之间的关系，抗褐飞虱的表型鉴定结果可 靠性就很低。因此，抗虫育种不仅费时，而且难度大，成本高。然而，通过检测抗褐飞虱主效 基因位点，可以在苗期就鉴定出高抗褐飞虱的单株，淘汰其他植株，不仅节约生产成本而且 大大提高抗褐飞虱水稻的选择效率，极大地缩短水稻品种的育种周期。
图1.水稻品种Swarnalata抗褐飞虱主效基因Bph6在第4染色体的定位。A，Bph6 初步定位。水平线表示水稻第四染色体，垂直短线表示染色体上的分子标记，括号内的数值 表示标记间的遗传距离(cM)，η为群体的单株数目；B，RM6997和RM5742筛选BC2F2和BC3F2 重组单株的结果，结合表现型和基因型结果，Bph6定位于Y19和Y9之间25kb的区域。η表 示筛选的BC2F2和BC3F2单株总数。
具体实施例方式以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离 本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明 的范围。实施例1( -)9311/Swarnalata F2群体构建及表型鉴定(1) 1988年Kabir & Khush首先利用经典的遗传分析方法鉴定了水稻品种 Swarnalata抗褐飞虱Bangladesh群体，并由一对显性基因控制，于是将该抗褐飞虱基因命 名为Bph6 (Kabir & Khush. 1988 Genetic analysis of resistance to brown ρlanthopper in rice, Oryza sativa L. Plant Breeding 100，54_58)。水稻品种来源于中国农业科学 院种质资源库，Swarnalata来源于国际水稻研究所水稻种质资源库。抗虫鉴定实验表明， Swarnalata对我国的褐飞虱群体具有高抗特性。为了寻找简单有效且与Bph6紧密连锁的 分子标记，本发明以感虫品种9311为母本，以抗褐飞虱品种Swarnalata为父本杂交，得到 的F1再自交，从而构建了 F2分离群体；每个F2单株通过自交获得相应的F2:3家系。(2)采用苗期接种对亲本、F2:3家系进行抗虫性鉴定。为确保亲本和F2:3群体中的 每个家系生长一致，所有供试材料在播种前分别浸种催芽。每个家系(品种)各60粒种 子播种于一个长58cm、宽38cm、高9cm，且盛有7cm厚营养土的面包盒中。每盒每个材料播 种3个重复，其中随机播种亲本和TNl (感性对照)各3个重复。播种7天后间苗，淘汰病 弱苗。待苗长到两叶一心期时，按8头/苗的比例接种2-3龄褐飞虱若虫，最后罩上尼龙纱 网。当感虫品种Tm全部死亡时，参照Huang等(Huang Z et al, 2001Identification andmapping of two brown ρlanthopper resistance genes in rice. Theor Appl Genet 102, 929-934)的方法对每个单株进行0、1、3、5、7或9级的抗性评价(表1)，对亲本材料和群体 的每个家系通过加权平均计算该家系的抗性级别，并根据抗性级别推测此单株基因型。表1 水稻抗褐飞虱性能鉴定的分级标准 (二)9311/Swarnalata F2群体的分子标记分析(1) M CTAB 法(Murray & Thomp son， 1980 Rapid isolation οfhigh-mo 1 ecu 1 ar-weight plant DNA. Nucleic Acids Res 8 4321-4325)F2 群体各单株的基因组DNA。(2)根据gramene网站(http://www. gramene. org/)公布的标记按照较均勻的 遗传距离选择一定数目分子标记。另外，基于该基因最后的定位区段，比较水稻品种9311 及日本晴相应的基因组序列，利用SSR搜索工具SSRIT (http //www. gramene. org/db/ markers/ssrtool)来寻找SSR基序，并根据其侧翼序列设计引物，为备选标记。其中，SSRIT 设置参数为最大基序长度为4聚体，最小重复数为5，搜索所有的SSR基序。选择所有大 于15个碱基(基序长度X重复数)的SSR基序。(3) SSR 标记的分析参照 Temnykh 的方法(Temnykh S et al, 2000. Mapping and genome organization of microsatellite sequences in rice. Theor Appl Genet 100 697-712)。10μ 1 反应体系包括10mM Tris-HCl pH8. 3,50mMKCl, 1. 5mM MgCl2, 50 μ M dNTPs，0. 2μΜ 引物，0. 5U Taq polymerase 和 20ng DNA 模板。扩增反应在 PTC-100 PCR 仪 上进行94°C 2min ;94°C 15sec，55°C 30sec,72°C 1. 5min，35 个循环；72°C 5min。扩增 产物用6%的非变性PAGE胶分离，通过银染显色(Zhu et al，2004 Identification and characterization of a new blast resistance gene located on rice chromosome lthrough linkage and differential analyses. Phytipathology 94:515—519)。扩JH白勺 DNA条带利用装有荧光灯的灯箱进行观察。记录结果，亲本间有多态的引物在F2群体中进 行分析，获取群体基因型资料。(4)根据F2单株的抗虫级别，分别选择10个极端抗虫单株和10个极端感虫单株 的DNA混合构建抗感池。同时，利用在亲本间有多态性的引物分别筛选抗感池并获得在抗 感池之间有多态性的分子标记，该类多态性标记表明与抗性是连锁的。然后，根据连锁标记 所在的染色体，选择该染色体上在亲本间有多态性的引物筛选F2分离群体的各个单株，PCR 程序同上，获得群体基因型资料。根据连锁交换规律，利用软件JoinMap 3. O将群体基因型 资料构建水稻的部分遗传图谱并获得各分子标记的遗传距离。最后，结合F2群体各个单株
8的分子标记基因型资料和相应的褐飞虱抗性鉴定的抗虫级别，利用MapQTL 5. 0软件复合 区间作图法，对目标染色体进行QTL位点扫描。(三)利用分子标记筛选9311/SwarnalataBC2F2和BC3F2群体精细定位Bph6基 因根据QTL的定位结果，用两侧的SSR标记RM6997和RM5742筛选了 BC2F2和BC3F2 单株，获得两个标记间发生重组的单株。结合检测各单株的基因型和表型，考察标记与抗性 表型共分离的情况。(四)结果与分析苗期集团接种鉴定显示Swarnalata和9311的抗虫级别分别为2. 9和8. 8，这表明 Swarnalata抗褐飞虱而9311感褐飞虱。140个F2:3家系对褐飞虱的抗虫级别频率分布呈 连续分布，最小为1.4，最大为9.0。根据对褐飞虱的抗虫级别将F2:3家系分为抗虫、抗感分 离和感虫三种表型，而相应的F2单株的基因型则分别记为RR(纯合抗虫)、Rr(杂合抗虫) 和rr (纯合感虫)三种。F2群体对褐飞虱的抗感分离符合1 2 1的比例(χ2 = 2. 91， X20.05 = 5 . 99)(表 2)根据gramene网站(http://www. gramene. org/)公布的标记按照比较均勻的遗 传距离选择合成一定数目的分子标记。另外，基于该基因最后的定位区段，比较水稻品种 9311及日本晴相应的基因组序列，利用SSR搜索工具SSRIT (http://www. gramene. org/db/ markers/ssrtool)来寻找SSR基序，并根据其侧翼序列设计引物，为备选标记。用亲本间有多态性的SSR标记分析F2单株的基因型，同时结合各单株的抗性值进 行QTL扫描(表3)。结果表明第4染色体长臂RM6997和RM5742间存在一个QTL位点，LOD 值为43. 8，贡献率为77. 5%，该QTL所在的分子标记RM6997和RM5742相距2. 5cM(图1)。 RM6997和RM5742的选择正确率可以达到98% -99%。由于RM6997和RM5742之间距离较大，在测序的粳稻品种日本晴上相距约287kb， 为了寻找与Bph6连锁更紧密的标记，本发明用RM6997和RM5742筛选了 4500株F2群体。 结果显示，共有41个单株在标记RM6997和RM5742之间存在重组(表4)。于是，用这两个 标记之间的其他的SSR标记检测重组单株的基因型，并结合重组单株的抗虫鉴定结果，最 后将Bph6定位于Y19和Y9之间。在测序的日本晴品种中，Y19和Y9之间的物理距离仅有 25kb，因此，利用上述分子标记来鉴定Bph6抗性基因的存在具有非常高的效率，这样也大 大提高我国水稻抗褐飞虱品种的育种进度。表2 9311/Swarnalata F2分离群体140个单株对褐飞虱抗感分离比 aRR,纯合抗虫；Rr杂合抗虫；rr，纯合感虫；blRR:2Rr Irr适合性检测值χ2 = 2. 91，X2a05 = 5.99 ；。抗虫级别值:RS, Resistance Score (抗虫级别)表3分子标记筛选的F2重组单株的基因型及表现型 a9311和Swarnalata是两个亲本材料；b从表中，可以看到分子标记RMl 19和 RM17004与抗虫表型是共分离的。表4分子标记筛选的BC2F2，BC3F2部分重组单株的基因型及表现型 3表中所列单株是部分重组单株，通过分析重组单株基因型和抗虫级别，最终将 Bph6基因定位于Y19和Y9之间。实施例2分子标记的验证1、材料和方法1. 1 材料阴性品种10份，感虫品种9311、日本晴、台中本地1号、931 IXSwarnalata育种组 合中的不抗虫材料7份。阳性品种高抗品种Swarnalata和9311 X Swarnalata育种组合中的不抗虫材料 9份。分子标记引物冊16994、Y19、Y9、RM119、RM5757、RM16999、RM17004、RM17008。
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1. 2 方法CTAB抽提法提取水稻样品基因组DNA(方法同实施例1)。分别用引物RM16994、 Y19、Y9、RM119、RM5757、RM16999、RM17004、RM17008 扩增样品 DNA。反应体系中包括 0. 10 μ M 的引物、250μΜ (1^1\1\ 0 反应缓冲液(501111 KClUOmM Tris-HCl pH8.3、1.5mM MgCl2)、 IOOng的DNA模板、IUTaq酶。反应程序为94°C预变性5min，循环(94°C lmin、51_61°C lmin、72°C lmin)41次，最后72°C延伸lOmin。根据引物的特性，对退火温度作相应的修改 (退火温度分别为55°C (RM16994)、58°C (Y19)、55°C (Y9)、62°C (RM119)、50°C (RM5757)、 55°C (RM16999)、52°C (RM17004)、55°C (RM17008))。PCR扩增产物在 6%的变性(或中性) 聚丙烯胺凝胶电泳分离。电泳后用硝酸银银染法染色后读图分析。2、结果用上述方法，分别对水稻品种Swarnalata等二十份不同样本进行扩增。结果表 明，在阳性样本中均能分别扩增出相应的238bp片段、221bp片段、227bp片段、166bp片段、 170bp片段、ISObp片段、261bp片段和173bp片段，而在阴性样本中均不能扩增出这些片段。由此说明，本发明提供的分子标记方法能够准确筛选出含有抗褐飞虱的主效基 因，从而大大提高育种效率。
权利要求
水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记，其由下述之一的引物对经PCR扩增获得1)标记引物RM16994，左端引物序列，TGGCAGTACACACTACAGTACATGC右端引物序列，AGAGGGAGGAGAGAAAGGAAGG；2)标记引物Y19，左端引物序列，GTACGTGTGCGCCATCT右端引物序列，GAGGAGGAGGTCGTGTTGT；3)标记引物Y9，左端引物序列，TAATAAGCACCATGAAAGACAAAA右端引物序列，GCTAGTTCTCACCAAAATCAAAAT；4)标记引物RM119，左端引物序列，CATCCCCCTGCTGCTGCTGCTG右端引物序列，CGCCGGATGTGTGGGACTAGCG；5)标记引物RM5757，左端引物序列，CCTGAGACCATATGCTGCTG右端引物序列，GAGGGAGCATCATTAGCTGG；6)标记引物RM16999，左端引物序列，GCTGATGCGGAACAAGGAGACC右端引物序列，GATCAGATCACCACCCGAATGAGC；7)标记引物RM17004，左端引物序列，GTTATGCCTGGTCCCGTCTGACC右端引物序列，TCTTGACGTACACGCTGATGATGC；或，8)标记引物RM17008，左端引物序列，TTACCTTCGATTAGCTGCTGTTGC右端引物序列，ATTCCTTGCATTACAGACGGTAGC。
2.权利要求1所述分子标记在选育抗褐飞虱水稻中的应用。
3.水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记方法，其通过下述之一的引物对扩增待检 水稻基因组DNA，并检测扩增产物1)标记引物RM16994,左端引物序列，TGGCAGTACACACTACAGTACATGC 右端引物序列，AGAGGGAGGAGAGAAAGGAAGG ；2)标记引物Y19，左端引物序列，GTACGTGTGCGCCATCT 右端引物序列，GAGGAGGAGGTCGTGTTGT ；3)标记引物Y9，左端引物序列，TAATAAGCACCATGAAAGACAAAA 右端引物序列，GCTAGTTCTCACCAAAATCAAAAT ；4)标记引物RMl19，左端引物序列，CATCCCCCTGCTGCTGCTGCTG右端引物序列，CGCCGGATGTGTGGGACTAGCG ；5)标记引物RM5757，左端引物序列，CCTGAGACCATATGCTGCTG右端引物序列，GAGGGAGCATCATTAGCTGG ；6)标记引物RM16999，左端引物序列，GCTGATGCGGAACAAGGAGACC右端引物序列，GATCAGATCACCACCCGAATGAGC ；7)标记引物RMl7004，左端引物序列，GTTATGCCTGGTCCCGTCTGACC右端引物序列，TCTTGACGTACACGCTGATGATGC ；或，8)标记引物RMl7008，左端引物序列，TTACCTTCGATTAGCTGCTGTTGC右端引物序列，ATTCCTTGCATTACAGACGGTAGC如果用引物RM16994能够扩展出238bp的扩增片段，或者用引物Y19能够扩增出221bp 的扩增片段，或者用引物Y9能够扩增出227bp的扩增片段，或者用引物RM119能够扩增出 166bp的扩增片段，或者用引物RM5757能够扩增出170bp的扩增片段，或者用引物RM16999 能够扩增出ISObp的扩增片段，或者用引物RM17004能够扩增出261bp的扩增片段，或者用 引物RM17008能够扩增出173bp的扩增片段，则标志着该待检水稻存在抗褐飞虱主效基因 Bph6。
4. 一种筛选抗褐飞虱水稻的方法，其用权利要求1中所述的引物对之一扩增待检水稻 基因组DNA，如果用引物RM16994能够扩展出238bp的扩增片段，或者用引物Y19能够扩增 出221bp的扩增片段，或者用引物Y9能够扩增出227bp的扩增片段，或者用引物RM119能 够扩增出166bp的扩增片段，或者用引物RM5757能够扩增出170bp的扩增片段，或者用引 物RM16999能够扩增出180bp的扩增片段，或者用引物RM17004能够扩增出261bp的扩增 片段，或者用引物RM17008能够扩增出173bp的扩增片段，则标志着该待检水稻存在抗褐飞 虱主效基因Bph6的抗褐飞虱水稻。
全文摘要
本发明提供了水稻抗褐飞虱主效基因Bph6的分子标记及其应用，本发明通过将水稻抗虫品种Swarnalata与9311(♀)杂交获得的F2各单株的基因型，同时结合F2:3各家系的抗褐飞虱的抗性级别进行遗传连锁分析，获得抗虫品种Swarnalata抗性基因Bph6并定位于分子标记Y19和Y9之间。与该基因连锁的分子标记是RM16994、Y19、Y9、RM119、RM5757、RM16999、RM17004、RM17008之一。本发明分子标记可以有效检测抗虫品种Swarnalata及其衍生品种(系)中是否含有该主效基因位点，大大提高抗褐飞虱水稻的选择效率，获得含有Bph6基因的抗褐飞虱水稻品种。
文档编号C12N15/11GK101914531SQ201010260010
公开日2010年12月15日 申请日期2010年8月19日 优先权日2010年8月19日
发明者何光存, 邱永福, 郭建平 申请人:武汉大学