专利名称：用于诊断和治疗抗间变性淋巴瘤激酶(alk)激酶抑制剂的癌症的方法和组合物的制作方法
技术领域：
本发明通常涉及抗间变性淋巴瘤激酶(ALK)激酶抑制剂的癌症的检测和治疗。
背景技术：
间变性淋巴瘤激酶(ALK)是在间变性大细胞淋巴瘤中最初鉴定的呈其组成型活化的致癌融合形式之一-核磷酸蛋白(NPM)-ALK的胰岛素受体超家族中的受体酪氨酸激酶(RTK)(Morris 等(1994)Science263:1281-1284 ；Morris 等(1997)Oncogene14:2175-2188)。随后的研究已鉴定了弥漫性大B细胞淋巴瘤、恶性组织细胞增生症、炎性肌纤维母细胞瘤肉瘤、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌和非小细胞肺癌亚类中的ALK融合(查阅 Webb 等(2009)Expert Rev Anticancer Ther9:331-356)。最近，已经证明 ALK的基因组DNA扩增和蛋白质过表达 以及激活点突变引起成神经细胞瘤(Webb等(2009)Expert RevAnticancer Ther 9:331-356 ;George 等(2008) Nature 455:975-979)。除证实ALK活性异常对其有决定性作用的这些癌症外，更多间接联系通过牵涉具有报道的ALK配体、多效生长因子和中期因子的自分泌和/或旁分泌生长环的受体活化机制使ALK牵连于其它恶性肿瘤(例如成胶质细胞瘤)的发生中(Webb等(2009) Expert Rev AnticancerTher9:331-356)。在这广泛的癌症中牵涉ALK的组成型活化形式突变体已经引起制药和生物科技公司对研究类似于分别靶向Abelson(ABL)激酶和表皮生长因子受体(EGFR)激酶的小分子激酶抑制剂伊马替尼(Gleevec, Novartis)和埃罗替尼(Tarceva, Genentech/OSI)的ALK抑制剂相当大的兴趣。自2001年以来，美国已经批准将8种ATP竞争性小分子激酶抑制剂(包括伊马替尼和埃罗替尼)用于各种癌症适应证中(查阅Webb等(2009)Expert RevAnticancer Ther 9:331-356)。虽然这些药物已经证实作为抗癌剂极其有价值一也许最好的例子就是在慢性骨髓性白血病(CML)和胃肠道间质瘤(GIST)患者中在施用甲磺酸伊马替尼(Gleevec, Novartis)后实现的疗效,但是这些抑制剂在临床上的使用已经导致抗药性肿瘤的发生(O，Hare 等(2007) Blood 110:2242-2249 ；EngeIman 和 Settleman (2008)Curr Opin Genet Dev 18:1-7 ;Bikker 等(2009) JMed Chem 52:1493-1509)。已将这种抗性归因于许多机制，包括编码致癌激酶的基因扩增以及替代性信号通路的激活；然而，最常见的介导ATP竞争性激酶抑制剂抗性的机制是在激酶靶的激酶催化结构域内或附近发生个别或成群的突变(O’Hare 等(2007)Bloodll0:2242_2249 ;Engelman 和 Settleman(2008)Curr Opin Genet Devl8:1-7 ;Bikker 等(2009) J Med Chem 52:1493-1509)。这些突变阻止抑制剂与其激酶靶的高亲和力相互作用，然而使其催化结构域结合的ATP完整。对激酶抑制剂临床抗性的发生和鉴定赋予此类抗性的激酶结构域突变已引起设计和研究后续药物以治疗肿瘤不再对用第一代试剂治疗反应的患者。对于临床应用而言需要检测ALK激酶结构域中抗性突变的存在的有力诊断测定以确认变得对用ALK激酶抑制剂治疗有抗性的癌症患者的抗性机制，并且允许医师知情选择第二代抑制剂以管理有第一代抑制剂抗性肿瘤的患者。目前不存在检测ALK抑制剂抗性的测定。这些肿瘤的鉴定还将用于指导知情设计和合成发展为抑制抗第一代抑制剂的ALK的这些突变形式的ALK第二代和新一代抑制剂。发明概述提供了用于鉴定、预后、诊断和治疗抗ALK激酶抑制剂或从遗传学角度易于抗ALK激酶抑制剂的癌症的组合物和方法。本发明基于在ALK中发现赋予对ALK激酶抑制剂，例如PF-0234166的抗性的新型突变。提供了包含ALK抑制剂抗性突变的多肽和编码所述多肽的多核苷酸并且发现作为生物标记物用于检测抗性突变和诊断那些抗ALK激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法中的用途。本文还提供了特异性结合包含公开的抗性突变的ALK多肽的抗体，包含所述抗体的试剂盒和包含能够特异性检测或特异性扩增编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK的多核苷酸的多核苷酸的试剂盒用于检测生物样品中的抗性突变。进一步提供了鉴定特异性结合包含抗性突变的ALK或ALK致癌融合蛋白和/或抑制其活性的方法。本发明涵盖以下实施方案:
1.一种分离的多核苷酸，所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID NO: 5、7、9、11、13、15、17、19、21、25、27、29、31、98、100 或 102 中所示的核
苷酸序列；b)编码 SEQ ID NO: 6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101 或 103 中所
示氨基酸序列的核苷酸序列；c)与SEQ ID NO: 5具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；d)与SEQ ID NO: 7具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；e)与SEQ ID NO:9具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在其与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；
f)与SEQ ID N0:11具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；g)与SEQ ID N0:13具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；h)与SEQ ID N0:15具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；i)与SEQ ID NO: 17具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；j)与SEQ ID NO: 19具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；k)与SEQ ID N0:21具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的 氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；I)与SEQ ID N0:25具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；m)与SEQ ID N0:27具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；η)与SEQ ID Ν0:29具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；ο)与SEQ ID Ν0:31具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO:32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；P)与SEQ ID N0:98具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；q)与SEQ ID NO: 100具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和r)与SEQ ID NO: 102具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。2.根据实施方案I所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a)与SEQ ID NO: 5具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；b)与SEQ ID NO: 7具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；c)与SEQ ID NO:9具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在其与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；d)与SEQ ID NO: 11具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；e)与SEQ ID NO: 13具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；
f)与SEQ ID NO: 15具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 16具有至少95%序列同一'丨生的氨基酸序列的核苷酸序列,其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；
g)与SEQ ID NO: 17具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；h)与SEQ ID N0:19具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；i)与SEQ ID N0:21具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO:22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；j)与SEQ ID N0:25具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO:26具有至少95%序列同一'丨生的氨基酸序列的核苷酸序列,其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；k)与SEQ ID N0:27具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；I)与SEQ ID N0:29具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；m)与SEQ ID N0:31具有至少95%序列同一性 的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；η)与SEQ ID Ν0:98具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；ο)与SEQ ID NO: 100具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和，P)与SEQ ID NO: 102具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ IDNO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。3.根据实施方案I所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID NO: 33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 中所示的
核苷酸序列；b)编码 SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中
所示氨基酸序列的核苷酸序列；c)与 SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 具有
至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和d)编码具有与 SEQ ID NO:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或
105具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。4.根据实施方案3所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸进一步包含编码ALK致癌融合蛋白伴侣的核苷酸序列，并且其中所述多核苷酸编码ALK致癌融合蛋白。5.根据实施方案4所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣选自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶/MP环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17 (AL017)上的环指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣。6.根据实施方案5所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣具有SEQ ID N0:97中所示的氨基酸序列。7.根据实施方案I所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a) SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 中所示的
核苷酸序列；b)编码 SEQ ID NO:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中
所示氨基酸序列的核苷酸序列；c)与 SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 具有
至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和d)编码具有与 SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或
107具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。8.根据实施方案1-7中任一项所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、 吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
9.根据实施方案8所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066。10.一种表达盒，所述表达盒包含根据实施方案1-9中任一项所述与启动子可操作地连接的分离的多核苷酸。11.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含根据实施方案10所述的表达盒。12.一种分离的多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101、103 中所示的氨
基酸序列；b)与SEQ ID N0:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性；c)与SEQ ID N0:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；d)与SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；e)与SEQ ID NO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；f)与SEQ ID NO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；g)与SEQ ID NO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；h)与SEQ ID NO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；i)与SEQ ID NO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；j)与SEQ ID NO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；k)与SEQ ID NO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；1)与SEQ ID NO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；m)与SEQ ID NO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；η)与SEQ ID NO: 32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；ο)与SEQ ID Ν0:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；P)与SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；和，q)与SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。13.根据实施方案12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)与SEQ ID N0:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性；b)与SEQ ID N0:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；c)与SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；d)与SEQ ID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；e)与SEQ ID NO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；f)与SEQ ID NO: 16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；g)与SEQ ID NO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；h)与SEQ ID NO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；i)与SEQ ID NO: 22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；j)与SEQ ID NO: 26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；k)与SEQ ID NO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；I)与SEQ ID NO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；m)与SEQ ID NO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；η)与SEQ ID Ν0:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；ο)与SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID Ν0:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；和P)与SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。14.根据实施方案12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64或 105 中所示的
氨基酸序列；和b)与 SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 具有
至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。15.根据实施 方案14所述的分离的多肽，其中所述多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而形成ALK致癌基因融合蛋白。16.根据实施方案15所述的分离的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣选自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶ΛΜΡ环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(ΤΡΜ4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17 (AL017)上的环指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣。17.根据实施方案16所述的分离的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣具有SEQID N0:97中所示的氨基酸序列。18.根据实施·方案12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨
基酸序列；和b)与 SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 具有
至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。19.根据实施方案12-18中任一项所述的分离的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。20.根据实施方案19所述的分离的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066。21.一种已被改变为表达抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽的非人转基因动物，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基:a)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基；b)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基；c)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；d)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基；e)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基；f)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基；g)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基；h)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基；i)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基；j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基；k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基；I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基；m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基；η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。22.一种特异性结合抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽的抗体，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体
残基:a)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基；b)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基；c)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；d)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基；e)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基；f)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基；g)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基；h)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基；i)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基；j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基；k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基；l)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基；m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基；η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和，P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。23.根据实施方案22所述的抗体，其中所述ALK抗性突变体多肽包含根据实施方案12-20中任一项所述的分离的多肽。24.一种用于检测生物样品中ALK抑制剂抗性突变的试剂盒，所述试剂盒包含根据实施方案22或23所述的抗体。25.根据实施方案24所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于检测与ALK结合的抗体的化学药品。26.一种用于检测生物样品中ALK抑制剂抗性突变的试剂盒，所述试剂盒包含含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基:a)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基；b)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基；c)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；d)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基；e)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基；f)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基；g)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基；h)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基；i)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基；j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基；
k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基；I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基；m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基；η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和，P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。27.根据实施方案26所述的试剂盒，其中所述至少一种可特异性检测或特异性扩增ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据实施方案1-9中任一项所述的多核苷酸。28.根据实施方案26所述的试剂盒，其中所述试剂包含一对扩增包含所述ALK抑制剂抗性突变的扩增子的引物。29.根据实施方案26所述的试剂盒，其中所述试剂包含至少一种探针，所述探针包含在严格条件下与所述ALK抗性突变体多核苷酸杂交并从而检测ALK抑制剂抗性突变的多核苷酸序列。30.一种测定生物样品的ALK抑制剂抗性突变的方法，所述方法包括使所述生物样品与根据实施方案22所述的抗体接触并 检测所述抗体与具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK的结合。31.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与根据实施方案22所述的抗体接触，并检测所述抗体与具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK的结合，其中具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK的存在表明所述患者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。32.一种测定生物样品的ALK抑制剂抗性突变的方法，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基:a)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基；b)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基；c)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；d)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基；e)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基；f)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基；g)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基；h)在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基；i)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基；j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基；k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基；
I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基；m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基；η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和，P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。33.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基:a)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基；b)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基；c)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；
d)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基；e)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基；f)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基；g)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基；h)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基；i)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基；j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基；k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基；I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基；m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基；η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和，P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基；并检测所述生物样品中所述ALK抑制剂抗性突变的存在或不存在，其中所述ALK抑制剂抗性突变的存在表明所述患者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。34.根据实施方案32或33所述的方法，其中所述至少一种可特异性检测或特异性扩增ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据实施方案1-9中任一项所述的多核苷酸。35.一种诊断受试者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括使所述生物样品与特异性结合根据实施方案15-17中任一项所述的多肽的抗体接触；并检测所述抗体与具有ALK抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的结合；其中具有ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受试者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。36.一种诊断受试者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述至少一种多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据实施方案4-6中任一项所述的多核苷酸；并检测所述生物样品中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受试者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。37.根据实施方案30-36中任一项所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。38.根据实施方案37所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066ο39.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与特异性结合抗PF-02341066的ALK抗性突变体多肽结合的抗体接触，其中所述ALK抗性突变体多肽在与SEQ ID N0:2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基；并检测所述抗体与具有所述ALK抗性突变的ALK的结合，其中具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。40.根据实施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的
氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；41.根据实施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。42.根据实施方案41所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而包含ALK致癌融合蛋白。43.根据实施方案39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的氨基酸序列:
a) SEQ ID N0:84中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。44.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括:a)使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗PF-02341066的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基；以及，b)检测所述生物样品中所述ALK抑制剂抗性突变的存在或不存在，其中所述ALK抑制剂抗性突变的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。45.根据实施方案44所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸包含选自以下的多核苷酸:a)具有SEQ ID N0:23、51或83中所示核苷酸序列的多核苷酸；b)编码SEQ ID NO:24、52或84中所示氨基酸序列的多核苷酸；c)与SEQ ID NO: 23、51或83具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或编码与SEQID N0:24、52或84具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽。46.一种诊断受试者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括 :a)使所述生物样品与特异性结合包含选自以下的多肽的ALK致癌融合蛋白的抗体接触:i)SEQ ID NO:52中所示的氨基酸序列；和ii)与SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；以及，b)检测所述抗体与具有ALK抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的结合；其中具有ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受试者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。47.一种诊断受试者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括:a)使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中编码ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸包含选自以下的多核苷酸:i)具有SEQ ID NO:51中所示核苷酸序列的多核苷酸；ii)编码SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的多核苷酸；iii)与SEQ ID NO: 51具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或编码与SEQ IDNO:52具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸编码在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽；以及，b)检测所述生物样品中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受试者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。48.根据实施方案46或47所述的方法，其中所述ALK致癌融合蛋白包含选自以下的ALK致癌融合蛋白伴侣:核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑_4_甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶ΛΜΡ环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4(EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17(AL017)上的环指蛋白213(RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣。49.根据实施方案48所述的方法，其中所述致癌融合蛋白伴侣具有SEQ ID NO:97中所示的氨基酸序列。50.根据实施方案32_34、36、44、45和47中任一项所述的方法，其中检测所述多核苷酸包括核酸测序技术、核 酸扩增法或核酸杂交技术。51.根据实施方案31、33、35、36和39-49中任一项所述的方法，其中所述癌症选自大B细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、恶性组织细胞增生症、炎性肌纤维母细胞瘤肉瘤、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、成神经细胞瘤、膀胱癌、肾癌和成胶质细胞瘤。52.根据实施方案31、33、35、36和39-49中任一项所述的方法，所述方法进一步包含为所述患者选择疗法。53.一种特异性减少抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体的表达的方法，所述方法包括将靶向编码所述ALK抗性突变体的基因的沉默元件引入表达所述ALK抗性突变体的细胞中，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为根据实施方案12-20中任一项所述的多肽。54.一种治疗抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK活性异常相关癌症的方法，所述方法包括施用有效量的靶向编码抗所述至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为根据实施方案12-20中任一项所述的多肽。55.一种治疗抗PF-02341066的ALK活性异常相关癌症的方法，所述方法包括施用有效量的靶向编码抗PF-02341066的ALK抗性突变体的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为包含选自以下的氨基酸序列的多肽:a) SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。56.根据实施方案55所述的方法，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。57.根据实施方案56所述的方法，其中所述多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而包含ALK致癌融合蛋白。58.根据实施方案55所述的方法，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a) SEQ ID N0:84中所示的氨基酸序列；和b)与SEQ ID NO: 84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。59.根据实施方案54-58中任一项所述的方法,其中所述癌症选自大B细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、恶性组织细胞增生症、炎性肌纤维母细胞瘤肉瘤、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、成神经细胞瘤、膀胱癌、肾癌和成胶质细胞瘤。
60.一种鉴定能够抑制ALK抗性突变体或ALK融合蛋白的激酶活性的试剂的方法，所述方法包括:a)使候选试剂与根据实施方案12-20中任一项所述的多肽接触；以及b)确定所述候选试剂是否抑制所述多肽的激酶活性。61.根据实施方案60所述的方法，其中所述多肽在真核细胞中表达；其中所述多肽为根据实施方案15-17中任一项所述的多肽；并且其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述细胞在选自以下的细胞活性上的至少一种变化:a)抑制细胞生长；b)刺激细胞死亡；c)抑制锚定非依赖生长；和，d)抑制细胞迁移或侵袭；其中鉴定诱导细胞活性的所述变化的至少一种的试剂为ALK抗性突变体的抑制剂。62.根据实施方案60所述的方法，其中非人动物已被改变为表达所述多肽或其中已经将表达所述多肽的真核细胞引入非人动物体内；其中所述多肽为根据实施方案15-17中任一项所述的多肽；其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述非人动物的肿瘤生长；并且其中肿瘤生长的减缓表明试剂抑制所述多肽的激酶活性。63.根据实施方案60所述的方法，其中所述多肽在真核细胞中表达；其中所述多肽为根据实施方案12或18所述的分离的多肽；其中所述多肽的激酶活性被激活；并且其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述细胞在选自以下的细胞活性上的至少一种变化:a)抑制细胞生长；b)刺激细胞死亡；c)抑制锚定非依赖生长；和，
d)抑制细胞迁移或侵袭；其中鉴定诱导细胞活性的所述变化的至少一种的试剂为ALK抗性突变体的抑制剂。64.一种鉴定能够特异性结合根据实施方案12-20中任一项所述的多肽的试剂的方法，所述方法包括步骤:a)使候选试剂与根据实施方案13-21中任一项所述的多肽接触；以及，b)确定所述候选试剂是否特异性结合所述多肽。65.根据实施方案64所述的方法，其中所述多肽呈活性或非活性状态。在以下给出的本发明的描述中更详细地公开了本发明的这些和其它方面。附图简述
图1 示出了如先前所述(Lagisetti 等(2009)J Med Chem52:6979-6990)对表达天然NPM-ALK( “NPM-ALK/BaF3”)或工程化为激酶结构域中含有3种抑制剂抗性突变(L1196M、G1202R或D1203N)的其中一种的NPM-ALK的BaF3细胞克隆进行72小时XTT测定，对PF-02341066反应的死亡曲线结果。还作为正常、非ALK依赖性细胞对照试验了亲本BaF3细胞(“BaF3”)。PF-02341066对每种细胞克隆的IC50值可在表3中找到。发明详述本发明的组合物包括ALK多肽、编码ALK多肽的多核苷酸及其抗ALK小分子激酶抑制剂的变异体和片段。也称为群名称CD246的ALK或间变性淋巴瘤激酶是受体酪氨酸激酶的胰岛素受体超 家族的成员。ALK多肽为包含细胞外配体结合区、跨膜结构域和细胞质激酶催化区的单链跨膜蛋白。ALK由人体内的染色体带2p23 (Morris等(1994) Science263:1281-1284 ;Shiota 等(1994) 0ncogene9:1567-1574)和远端鼠染色体 17 (Mathew ^(1995)Cytogenet.Cell.Genet.70:143-144)上找到的基因座编码。在本领域中已知各种物种的ALK多核苷酸和多肽。Genbank登记号NC_000002.11中示出了人ALK的基因组序列。可在Genbank登记号U62540中找到人ALK的编码序列并示于SEQ ID NO:1中并且编码的人ALK多肽示于SEQ ID N0:2中。小鼠和果蝇ALK cDNA的Genbank登记号分别为D83002和AAF36990。人ALK为1620-氨基酸(aa)多肽，然而小鼠ALK长度为1621个aa并且果蝇ALK多肽为1701个aa。人ALK cDNA编码177-kDa的多肽，但是具有翻译后修饰，例如N-糖基化，成熟ALK为大约200-220kDa。ALK多肽包含各种保守结构域。人ALK的1030个氨基酸长的细胞外结构域含有几个基序，包括26个氨基酸的氨基端信号肽序列和内源配体多效生长因子和中期因子的结合位点(位于残基391-401处)。28个氨基酸跨膜结构域(位于SEQ ID NO: 2的残基1031-1058处)的后面为包含与IR底物_1进行磷酸酪氨酸依赖的相互作用的结合位点(位于残基1093-1096)的64个氨基酸的细胞质近膜片段。最小的激酶结构域(残基1116-1383)在其活化环中包括含3个酪氨酸的基序(酪氨酸1278、1282和1283)。这些酪氨酸残基是调控活化环构象的自体磷酸化位点，阻止ATP进入呈非磷酸化态的ATP结合囊中并向外摆动远离结合囊以使在磷酸化三联酪氨酸后的激酶活化过程中ATP的进入不受阻碍(Tartari 等(2008) J Biol Chem 283:3743-3750)。虽然 ALK 的残基 1116-1383 涵盖了最小的激酶结构域，但是对于最佳活性而言需要残基E1406和E1408并且被视为扩大的激酶结构域的一部分。244个氨基酸的ALK羧基端含有用于含Src同源2结构域(SHC)的底物蛋白的磷酸酪氨酸依赖性结合位点(残基1504-1507)和用于磷脂酶C-Y的磷酸酪氨酸依赖性结合的相互作用位点(残基1603-1606)。ALK的神经系统主导表达谱表明激酶在神经系统的发育或作用中起作用；然而，ALK敲除小鼠可存活并不表现出易于显见的异常(Iwahara等(1997) Oncogene14:439-449 ；Morris 等(1997) OncogeneH: 2175-2188 ;Loren 等(2001)Genes Cells6:531-544 ;Pulford 等(1997)Blood 89:1394-1404)。对 ALK 敲除小鼠的进一步研究显示小鼠表现出“抗抑郁性质”，表明ALK可能牵涉于认知和/或情绪性病症的病理生理学(Bilsland 等(2008)Neuropsychopharmacology 33:684-700)。虽然已经证明ALK的基因组DNA扩增和蛋白质过表达以及激活点突变引起成神经细胞瘤(Webb 等(2009) Expert Rev AnticancerTher 9:331-356 ;George 等(2008) Nature455:975-979)并且全长ALK已牵连于其它恶性肿瘤(例如成胶质细胞瘤)的发生中(Webb等(2009) Expert Rev Anticancer Ther 9:331-356),但是 ALK 活性异常相关的多数癌症是由于形成表现出组成型激酶活性的致癌ALK融合蛋白。因此，用于检测目前公开的抗性突变的方法中，用于诊断那些抗ALK激酶抑制剂或可能发展对其的抗性的癌症和用于鉴定特异性结合包含抗性突变的ALK或ALK致癌融合蛋白和/或抑制其活性的试剂的方法中的ALK多核苷酸和多肽包括那些包含激酶结构域的ALK多核苷酸和多肽、全长ALK或ALK致癌融合蛋白。“ALK致癌融合”或“ALK致癌融合蛋白”是包含氨基端融合伴侣和羧基端的ALK多肽片段的多肽。两种蛋白质的融合导致通过氨基端融合伴侣中寡聚化结构域介导的寡聚化组成型活化ALK的激酶活性并且随后组成型传输促生长细胞信号。ALK活化引起细胞增殖和细胞凋亡增加，至少部分由于蛋白激酶C(PKC)、有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷酸肌醇3激酶(PI3K)途径的活化。另外，ALK的活化增强了细胞迁移和侵袭并促进细胞的锚定非依赖生长。在一些实施方案中，氨基端伴侣蛋白是在正常细胞中广泛表达的一种蛋白并且其启动子是造成编码的融合蛋白异常表达的原因。自然存在的ALK致癌融合是染色体易位的结果。如本文所使用，“ALK致癌融合伴侣”或“ALK致癌融合蛋白伴侣”指包含寡聚化结构域的ALK致癌融合的氨基端片段。
自然存在的致癌融合伴侣在本领域中已知并且包括但不限于核磷酸蛋白(NPM)、、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶ΛΜΡ环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17(AL017)上的环指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣(见Webb等(2009)Expert Rev Anticancer Ther9:331_356,其通过引用整体并入本文以供查阅)。表I提供了每种ALK致癌融合伴侣的基因组和编码序列的登记号，连同对与ALK融合的片段的编码序列的参考。表1.ALK致癌融合伴侣
权利要求
1.一种分离的多核苷酸,所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列: a)SEQ ID N0:5、7、9、ll、13、15、17、19、21、25、27、29、31、98、100或 102 中所示的核苷酸序列； b)编码SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101 或 103 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)与SEQID NO: 5具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； d)与SEQID NO:7具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； e)与SEQID NO: 9具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在其与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； f)与SEQID NO: 11具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； g)与SEQID NO: 13具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； h)与SEQID NO: 15具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； i)与SEQID NO: 17具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； j)与SEQ ID NO: 19具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； k)与SEQ ID NO: 21具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； I)与SEQ ID NO: 25具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； m)与SEQ ID NO: 27具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； η)与SEQ ID NO: 29具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； ο)与SEQ ID NO: 31具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK 小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； P)与SEQ ID NO: 98具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； q)与SEQ ID NO: 100具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和， r)与SEQ ID NO: 102具有至少90%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。
2.根据权利要求1所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列: a)与SEQID NO:5具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； b)与SEQID NO:7具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； c)与SEQID NO: 9具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在其与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； d)与SEQID NO: 11具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； e)与SEQID NO: 13具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； f)与SEQID NO: 15具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； g)与SEQID NO: 17具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； h)与SEQID NO: 19具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO:2的氨基酸残基位置1174相对`应的位置具有异亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； i)与SEQID NO: 21具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； j)与SEQ ID NO: 25具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； k)与SEQ ID NO: 27具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； I)与SEQ ID NO: 29具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； m)与SEQ ID NO: 31具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； η)与SEQ ID NO: 98具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽； ο)与SEQ ID NO: 100具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和， P)与SEQ ID NO: 102具有至少95%序列同一性的核苷酸序列或编码与SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性 的氨基酸序列的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。
3.根据权利要求1所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a)SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 中所示的核苷酸序列； b)编码SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)与SEQ ID NO:33、35、37、39、41、43、45、47、49、53、55、57、59、61、63 或 104 具有至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和 d)编码具有与SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。
4.根据权利要求3所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸进一步包含编码ALK致癌融合蛋白伴侣的核苷酸序列，并且其中所述多核苷酸编码ALK致癌融合蛋白。
5.根据权利要求4所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣选自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶/MP环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17 (AL017)上的环指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣。
6.根据权利要求5所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣具有SEQID N0:97中所示的氨基酸序列。
7.根据权利要求1所述的分离的多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自以下的核苷酸序列:a)SEQ ID N0:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 中所示的核苷酸序列； b)编码SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨基酸序列的核苷酸序列； c)与SEQ ID NO:65、67、69、71、73、75、77、79、81、85、87、89、91、93、95 或 106 具有至少90%序列同一性的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽；和 d)编码具有与SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107具有至少90%序列同一性的氨基酸序列的多肽的核苷酸序列，其中所述多核苷酸编码具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性的多肽。
8.根据权利 要求1-7中任一项所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
9.根据权利要求8所述的分离的多核苷酸，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066。
10.一种表达盒，所述表达盒包含根据权利要求1-9中任一项所述与启动子可操作地连接的分离的多核苷酸。
11.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含根据权利要求10所述的表达盒。
12.—种分离的多肽，所述多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID N0:6、8、10、12、14、16、18、20、22、26、28、30、32、99、101、103 中所示的氨基酸序列； b)与SEQID NO:6具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性； c)与SEQID NO:8具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； d)与SEQID N0:10具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； e)与SEQID NO:12具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； f)与SEQID N0:14具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； g)与SEQID N0:16具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； h)与SEQID NO:18具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； i)与SEQID N0:20具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； j)与SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； k)与SEQ ID NO:26具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位 置1202相对应的位置具有精氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； I)与SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； m)与SEQ ID N0:30具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； η)与SEQ ID ΝΟ:32具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； ο)与SEQ ID ΝΟ:99具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； P)与SEQ ID NO: 101具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；和， q)与SEQ ID NO: 103具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。
13.根据权利要求12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)与SEQID NO:6具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丝氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)小分子激酶抑制剂的激酶活性； b)与SEQID NO:8具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； c)与SEQID NO: 10具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； d)与SEQID NO: 12具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； e)与SEQID N0:14具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； f)与SEQID NO:16具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置具有酪氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； g)与SEQID NO:18具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有半胱氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；` h)与SEQID N0:20具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有异亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； i)与SEQID NO:22具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有缬氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； j)与SEQ ID NO:26具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置具有精氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； k)与SEQ ID NO:28具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置具有天冬酰胺残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； I)与SEQ ID N0:30具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； m)与SEQ ID NO:32具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置具有丙氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； η)与SEQ ID ΝΟ:99具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性； ο)与SEQ ID NO: 101具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置具有赖氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性；和， P)与SEQ ID NO: 103具有至少95%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO: 2的氨基酸残基位置1174相对应的位置具有亮氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。
14.根据权利要求12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a)SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQ ID N0:34、36、38、40、42、44、46、48、50、54、56、58、60、62、64 或 105 具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。
15.根据权利要求14所述的分离的多肽，其中所述多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而形成ALK致癌基因融合蛋白。
16.根据权利要求15所述的分离的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣选自核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5-氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶/MP环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4 (EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9 (MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17 (AL017)上的环指蛋白213 (RNF213)/ALK淋巴瘤寡聚伴侣。
17.根据权利要求16所述的分离的多肽，其中所述ALK致癌融合蛋白伴侣具有SEQIDNO:97中所示的氨基酸序列。
18.根据权利要求12所述的分离的多肽，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列:a)SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 中所示氨基酸序列；和 b)与SEQ ID N0:66、68、70、72、74、76、78、80、82、86、88、90、92、94、96 或 107 具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的激酶活性。
19.根据权利要求12-18中任一项所述的分离的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自 PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
20.根据权利要求19所述的分离的多肽，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066。
21.一种已被改变为表达抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽的非人转基因动物，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基: a)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基； b)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基； c)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基；d)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基； e)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基； f)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基； g)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基； h)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基； i)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基； j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基； k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基； I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基； m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基； η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基； ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和， P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。
22.—种特异性结合抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽的抗体，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基: a)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基； b)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基； c)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基； d)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基； e)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基； f)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基； g)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基； h)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基； i)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基； j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基； k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基； I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基； m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基； η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基； ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和， P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。
23.根据权利要求22所述的抗体，其中所述ALK抗性突变体多肽包含根据权利要求12-20中任一项所述的分离的多肽。
24.一种用于检测生物样品中ALK抑制剂抗性突变的试剂盒，所述试剂盒包含根据权利要求22或23所述的抗体。
25.根据权利要求24所述的试剂盒，所述试剂盒进一步包含用于检测与ALK结合的抗体的化学药品。
26.一种用于检测生物样品中ALK抑制剂抗性突变的试剂盒，所述试剂盒包含含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基: a)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基； b)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基； c)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基； d)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基； e)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基； f)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基； g)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基； h)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基； i)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基； j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基； k)在与SEQ ID NO:2的 氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基； I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基； m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基； η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基； ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和， P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。
27.根据权利要求26所述的试剂盒，其中所述至少一种可特异性检测或特异性扩增ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸。
28.根据权利要求26所述的试剂盒，其中所述试剂包含一对扩增包含所述ALK抑制剂抗性突变的扩增子的引物。
29.根据权利要求26所述的试剂盒，其中所述试剂包含至少一种探针，所述探针包含在严格条件下与所述ALK抗性突变体多核苷酸杂交并从而检测ALK抑制剂抗性突变的多核苷酸序列。
30.一种测定生物样品的ALK抑制剂抗性突变的方法，所述方法包括使所述生物样品与根据权利要求22所述的抗体接触并检测所述抗体与具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK的结合。
31.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与根据权利要求22所述的抗体接触，并检测所述抗体与具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK的结合，其中具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK的存在表明所述患者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。
32.一种测定生物样品的ALK抑制剂抗性突变的方法，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基: a)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基； b)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基； c)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基； d)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基； e)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基； f)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基； g)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基； h)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基； i)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基； j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基； k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基； I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基； m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基； η)在与SEQ ID NO:2的氨基 酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基； ο)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和， P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基。
33.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽具有至少一个选自以下的ALK激酶抑制剂抗性突变体残基: a)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丝氨酸残基； b)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1123相对应的位置的丙氨酸残基； c)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1129相对应的位置的缬氨酸残基； d)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1132相对应的位置的赖氨酸残基； e)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1151相对应的位置的蛋氨酸残基； f)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1156相对应的位置的酪氨酸残基； g)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的半胱氨酸残基； h)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的异亮氨酸残基； i)在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的缬氨酸残基； j)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1174相对应的位置的亮氨酸残基； k)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1202相对应的位置的精氨酸残基； I)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1203相对应的位置的天冬酰胺残基； m)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1210相对应的位置的赖氨酸残基； η)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1269相对应的位置的丙氨酸残基；O)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1406相对应的位置的赖氨酸残基；和， P)在与SEQ ID NO:2的氨基酸残基位置1408相对应的位置的赖氨酸残基； 并检测所述生物样品中所述ALK抑制剂抗性突变的存在或不存在，其中所述ALK抑制剂抗性突变的存在表明所述患者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。
34.根据权利要求32或33所述的方法，其中所述至少一种可特异性检测或特异性扩增ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据权利要求1-9中任一项所述的多核苷酸。
35.一种诊断受试者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括使所述生物样品与特异性结合根据权利要求15-17中任一项所述的多肽的抗体接触；并检测所述抗体与具有ALK抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的结合；其中具有ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受试者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。
36.一种诊断受试者中抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述至少一种多核苷酸能够特异性检测或特异性扩增根据权利要求4-6中任一项所述的多核苷酸；并检测所述生物样品中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受试者患有抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂或很可能发展对其的抗性的癌症。
37.根据权利要求30-36中任一项所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制剂选自PF-0234166、NVP-TAE684、星孢菌素、7-羟基星孢菌素、CEP-14083、CEP-14513、CEP-28122、吡啶酮 14、吡啶酮 15、CRL151104A 和 WZ-5-126。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述ALK小分子激酶抑制剂为PF-02341066。
39.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述患者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括使所述生物样品与特异性结合抗PF-02341066的ALK抗性突变体多肽结合的抗体接触，其中所述ALK抗性突变体多肽在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基；并检测所述抗体与具有所述ALK抗性突变的ALK的结合，其中具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。
40.根据权利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQID NO:24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；
41.根据权利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQID N0:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
42.根据权利要求41所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而包含ALK致癌融合蛋白。
43.根据权利要求39所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 84中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQID N0:84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
44.一种诊断患有ALK活性异常相关癌症的患者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中ALK抑制剂抗性突变的存在，所述方法包括: a)使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK抗性突变体多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸编码抗PF-02341066的ALK抗性突变体多肽，其中所述ALK抗性突变体多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基；以及 b)检测所述生物样品中所述ALK抑制剂抗性突变的存在或不存在；其中所述ALK抑制剂抗性突变的存在表明所述患者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。
45.根据权利要求44所述的方法，其中所述ALK抗性突变体多核苷酸包含选自以下的多核苷酸: a)具有SEQID NO:23、51或83中所示核苷酸序列的多核苷酸； b)编码SEQID NO:24、52或84中所示氨基酸序列的多核苷酸； c)与SEQID NO:23、51或83具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或编码与SEQ IDNO: 24、52或84具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸编码在与SEQ ID NO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽。
46.一种诊断受试者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的存在，所述方法包括: a)使所述生物样品与特异性结合包含选自以下的多肽的ALK致癌融合蛋白的抗体接触: i)SEQID NO:52中所示的氨基酸序列；和 ii)与SEQID NO:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性；以及， b)检测所述抗体与具有ALK抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的结合；其中具有ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的存在表明所述受试者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。
47.一种诊断受试者中抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症的方法，所述方法包括测定来自所述受试者的生物样品中编码具有ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的存在，所述方法包括: a)使所述生物样品与包含至少一种可特异性检测或特异性扩增编码ALK致癌融合蛋白的多核苷酸的多核苷酸的试剂接触，其中编码ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸包含选自以下的多核苷酸: i)具有SEQ ID N0:51中所示核苷酸序列的多核苷酸； )编码SEQ ID NO:52中所示氨基酸序列的多核苷酸； iii)与SEQ ID NO: 51具有至少90%序列同一性的多核苷酸，或编码与SEQ ID NO: 52具有至少90%序列同一'丨生的氨基酸序列的多核苷酸,其中所述多核苷酸编码在与SEQ IDNO: 2的氨基酸残基位置1123相对应的位置具有蛋氨酸残基的多肽，并且其中所述多核苷酸编码具有抗PF-02341066的激酶活性的多肽；以及， b)检测所述生物样品中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在或不存在；其中编码具有所述ALK抑制剂抗性突变的所述ALK致癌融合蛋白的所述多核苷酸的存在表明所述受试者患有抗PF-02341066或很可能发展对其的抗性的癌症。
48.根据权利要求46或47所述的方法，其中所述ALK致癌融合蛋白包含选自以下的ALK致癌融合蛋白伴侣:核磷酸蛋白(NPM)、非肌肉原肌球蛋白3(TPM3)、5_氨基咪唑-4-甲酰胺核糖核苷酸甲酰转移酶ΛΜΡ环水解酶(ATIC)、网格蛋白重链(CLTC)、TRK融合基因(TFG)、非肌肉原肌球蛋白4(TPM4)、膜突蛋白(MSN)、Ran结合蛋白2 (RanBP2)、棘皮动物微管相关蛋白样4(EML4)、半胱氨酰-tRNA合成酶(CARS)、驱动蛋白家族成员5B(KIF5B)、非肌肉肌球蛋白重链9(MYH9)、SEC31同系物A(SEC31L1)和染色体17(AL017)上的环指蛋白213 (RNF213) /ALK淋巴瘤寡聚伴侣。
49.根据权利要求48所述的方法，其中所述致癌融合蛋白伴侣具有SEQID NO:97中所示的氨基酸序列。
50.根据权利要求32-34、36、44、45和47中任一项所述的方法，其中检测所述多核苷酸包括核酸测序技术、核酸扩增法或核酸杂交技术。
51.根据权利要求31、33、35、36和39-49中任一项所述的方法，其中所述癌症选自大B细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、恶性组织细胞增生症、炎性肌纤维母细胞瘤肉瘤、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、成神经细胞瘤、膀胱癌、肾癌和成胶质细胞瘤。
52.根据权利要求31、33、35、36和39-49中任一项所述的方法，所述方法进一步包含为所述患者选择疗法。
53.一种特异性减少抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体的表达的方法，所述方法包括将靶向编码所述ALK抗性突变体的基因的沉默元件引入表达所述ALK抗性突变体的细胞中，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为根据权利要求12-20中任一项所述的多肽。
54.一种治疗抗至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK活性异常相关癌症的方法，所述方法包括施用有效量的靶向编码抗所述至少一种ALK小分子激酶抑制剂的ALK抗性突变体的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为根据权利要求12-20中任一项所述的多肽。
55.一种治疗抗PF-02341066的ALK活性异常相关癌症的方法，所述方法包括施用有效量的靶向编码抗PF-02341066的ALK抗性突变体的基因的沉默元件，其中所述沉默元件的引入或表达特异性减少所述ALK抗性突变体的表达，其中所述ALK抗性突变体为包含选自以下的氨基酸序列的多肽: a)SEQ ID NO: 24中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQID NO:24具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽在与SEQID NO:2的氨基酸残基位置1196相对应的位置具有蛋氨酸残基，并且其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
56.根据权利要求55所述的方法，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID NO: 52中所示的氨基酸序列；和 b)与SEQID NO:52具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
57.根据权利要求56所述的方法，其中所述多肽进一步包含ALK致癌融合蛋白伴侣，从而包含ALK致癌融合蛋白。
58.根据权利要求55所述的方法，其中所述多肽包含选自以下的氨基酸序列: a)SEQ ID N0:84中所示的氨` b)与SEQID N0:84具有至少90%序列同一性的氨基酸序列，其中所述多肽具有抗PF-02341066的激酶活性。
59.根据权利要求54-58中任一项所述的方法,其中所述癌症选自大B细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)、恶性组织细胞增生症、炎性肌纤维母细胞瘤肉瘤、食管鳞状细胞癌、乳腺癌、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、成神经细胞瘤、膀胱癌、肾癌和成胶质细胞瘤。
60.一种鉴定能够抑制ALK抗性突变体或ALK融合蛋白的激酶活性的试剂的方法，所述方法包括: a)使候选试剂与根据权利要求12-20中任一项所述的多肽接触；以及 b)确定所述候选试剂是否抑制所述多肽的激酶活性。
61.根据权利要求60所述的方法，其中所述多肽在真核细胞中表达；其中所述多肽为根据权利要求15-17中任一项所述的多肽；并且其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述细胞在选自以下的细胞活性上的至少一种变化: a)抑制细胞生长； b)刺激细胞死亡； c)抑制锚定非依赖生长；和， d)抑制细胞迁移或侵袭； 其中鉴定诱导细胞活性的所述变化的至少一种的试剂为ALK抗性突变体的抑制剂。
62.根据权利要求60所述的方法，其中非人动物已被改变为表达所述多肽或其中已经将表达所述多肽的真核细胞引入非人动物体内；其中所述多肽为根据权利要求15-17中任一项所述的多肽；其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述非人动物的肿瘤生长；并且其中肿瘤生长的减缓表明试剂抑制所述多肽的激酶活性。
63.根据权利要求60所述的方法，其中所述多肽在真核细胞中表达；其中所述多肽为根据权利要求12或18所述的分离的多肽；其中所述多肽的激酶活性被激活；并且其中确定所述试剂是否抑制所述多肽的激酶活性包括监测所述细胞在选自以下的细胞活性上的至少一种变化: a)抑制细胞生长； b)刺激细胞死亡； c)抑制锚定非依赖生长；和， d)抑制细胞迁移或侵袭； 其中鉴定诱导细胞活性的所述变化的至少一种的试剂为ALK抗性突变体的抑制剂。
64.一种鉴定能够特异性结合根据权利要求12-20中任一项所述的多肽的试剂的方法，所述方法包括步骤: a)使候选试剂与根据权利要求13-21中任一项所述的多肽接触；以及， b)确定所述候选试剂是否特异性结合所述多肽。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述多肽呈活性或非活性状态。
全文摘要
本文提供了用于诊断和治疗抗至少一种间变性淋巴瘤激酶(ALK)激酶抑制剂的癌症的组合物和方法。本发明基于发现ALK中赋予对至少一种ALK激酶抑制剂的抗性的突变。提供了具有至少一个ALK抑制剂抗性突变的多核苷酸和多肽并且发现在用于诊断、预后和/或治疗ALK活性异常相关疾病，尤其是，抗至少一种ALK激酶抑制剂的疾病的方法和组合物中的用途。还提供了用于鉴定可抑制激酶活性和/或降低ALK抗性突变体的表达水平的试剂的方法和组合物。
文档编号C12N1/21GK103201286SQ201180023776
公开日2013年7月10日 申请日期2011年4月13日 优先权日2010年4月15日
发明者斯蒂芬·W·莫里斯, 江琴, 崔晓丽, 薛立全 申请人:圣祖德儿童研究医院