dimentionalelectrophoretic separationofrestrictionenzymefragmentsofDNA(二维电泳分离DNA的限制酶片 段、.MethodsEnzymol. Furnari，F.B. ,T.Fenton,R.M.Bachoo，A.Mukasa，J.M.Stommel,A.Stegh，ff.C.Hahn,K.L.Ligon，D.N.Louis,C.Brennan,L.Chin,R.A.DePinho，和 ff.K.Cavenee. 2007.Malignantastrocyticglioma:genetics,biology,andp athstotreatment(恶性星形细胞胶质瘤：遗传学，生物学和治疗途径）./teK 21:2683-710? Gormally,E. ,E.Caboux,P.vineis,和P.Hainaut. 2007.Circulatingfree DNAinplasmaorserumasbiomarkerofcarcinogenesis:practicalaspectsand biologicalsignificance(在血楽或血清中循环游离DNA作为致癌的生物标志物：实践方 面和生物学意义）.635:105-17. Guatelli，J.C. ,K.M.Whitfield,D.Y.Kwoh,K.J.Barringer,D.D.Richman， 和T.R.Gingeras. 1990.Isothermal,invitroamplificationofnucleicacids byamultienzymereactionmodeledafterretroviralreplication(在逆车专录病毒复 制后，通过模拟的多酶反应所致的核酸的等温体外扩增）.//SA 87:1874-8. Hahn，P.J. 1993.Molecularbiologyofdouble-minutechromosomes(双微体染色 体的分子生物学）.15:477-84. Johnson,S. ,D.Evans,S.Laurenson，D.Paul,A.G.Davies,P.K.Ferrigno， 和C.ffalti. 2008.Surface-immobilizedpeptideaptamersasprobemolecules forproteindetection(表面固定化的肽适配体作为探针分子用于蛋白质检测）. Chem.80:978-83. Keller,S. ,C.Rupp,A.Stoeck，S.Runz，M.Fogel，S.Lugert，H.D.Hager,M.S.Abdel-Bakky，P.Gutwein，和P.Altevogt. 2007.CD24isamarkerofexosomes secretedintourineandamnioticfluid(Q)24是分泌到尿和羊水中的外来体的标志 物）? 72:1095-102. Kwoh,D.Y. ,G.R.Davis,K.M.Whitfield,H.L.Chappelle,L.J.DiMichele, 和T.R.Gingeras. 1989.Transcription-basedamplificationsystemanddetection ofamplifiedhumanimmunodeficiencyvirustype1withabead-basedsandwich hybridizationformat(基于转录的扩增系统和用基于珠的夹心杂交模式检测扩增的人免 疫缺陷病毒 1 型）.86:1173-7. Landegren，IL，R.Kaiser,J.Sanders,和L.Hood. 1988.Aligase-mediated genedetectiontechnique(连接酶介导的基因检测技术）? 241:1077-80. Li,J. ,L.Wang，H.Mamon，M.H.Kulke，R.Berbeco，和G.M.Makrigiorgos. 2008.ReplacingPCRwithCOLD-PCRenrichesvariantDNAsequencesandredefines thesensitivityofgenetictesting(用COLD-PCR替代PCR，富集变体DNA序列和重新 定义遗传测试的灵敏性）.舱fifed14:579-84. Miele，E.A. ,D.R.Mills，和F.R.Kramer. 1983.Autocatalyticreplicationof arecombinantRNA(重组RNA的自动催化复制）? 171:281-95. Myers,R.M. ,Z.Larin,和T.Maniatis. 1985.Detectionofsinglebase substitutionsbyribonucleasecleavageatmismatchesinRNA:DNAduplexes(通 过在RNA:DNA双链体的错配处的核糖核酸酶切割，对单碱基取代的检测）. 230:1242-6. Nagrath，S. ,L.V.Sequist，S.Maheswaran,D.ff.Bell,D.Irimia，L.Ulkus，M.R.Smith,E.L.Kwak,S.Digumarthy,A.Muzikansky,P.Ryan,U.J.Balis，R.G. Tompkins,D.A.Haber，和M.Toner. 2007.Isolationofrarecirculatingtumour cellsincancerpatientsbymicrochiptechnology(通过微芯片技术在癌症患者中分 离稀有循环肿瘤细胞）.450:1235-9. Nakazawa,H.D.English,P.L.randell，K.Nakazawa,N.Martel,B.K.Armstrong，和H.Yamasaki. 1994.UVandskincancer:specificp53genemutation innormalskinasabiologicallyrelevantexposuremeasurement(紫外线和皮月夫癌： 在正常皮肤中的特定p53基因突变作为生物相关暴露测量仍乂 91:360-4. Orita，M. ,H.Iwahana,H.Kanazawa,K.Hayashi,和T.Sekiya. 1989.DetectionofpolymorphismsofhumanDNAbygelelectrophoresisassingle-strand conformationpolymorphisms(通过凝胶电泳检测人DNA的多态性作为单链构象多态性）. ProcNatlAcadSciUSA.86:2766-70. Raposo，G.,H.ff.Nijman，ff.Stoorvogel,R.Liejendekker，C.V.Harding,C.J.Melief，和H.J.Geuze. 1996.Blymphocytessecreteantigen-presentingvesicles (B淋巴细胞分泌抗原呈递囊泡）.183:1161-72. Skog，J. ,T.ffurdinger,S.vanRijn,D.H.Meijer，L.Gainche，M.Sena-Esteves,ff.T.Curry,Jr. ,B.S.Carter,A.M.Krichevsky,和X. 0? Breakefield. 2008.GlioblastomamicrovesiclestransportRNAandproteinsthat promotetumourgrowthandprovidediagnosticbiomarkers(成胶质细胞瘤微泡转运 RNA和蛋白质，其促进肿瘤生长并提供诊断的生物标志物）.yV以仏以10:1470-6. Steemers，F.J. ,ff.Chang,G.Lee,D.L.Barker,R.Shen，和K.L.Gunderson. 2006.Whole-genomegenotypingwiththesingle-baseextensionassay(用单喊基延 伸测定法进行全基因组基因分型）.3:31-3. Taylor，D.D?，和C.Gercel-Taylor. 2008.MicroRNAsignaturesof tumor-derivedexosomesasdiagnosticbiomarkersofovariancancer(月中瘤f行生的 外来体的微RNA标记作为卵巢癌的途断的生物标志物）.110:13-21. VanDijk，E.L. ,G.Schilders，和G.J.Pruijn. 2007.Humancellgrowth requiresafunctionalcytoplasmicexosome,whichisinvolvedinvariousmRNA decaypathways(人体细胞生长需要功能性胞质外来体，其参与多个mRNA衰退途径）. RNA.13:1027-35. Went，P.T.，A.Lugli，S.Meier，M.Bundi，M.Mirlacher，G.Sauter，和S.Dirnhofer. 2004.FrequentEpCamproteinexpressioninhumancarcinomas(在人类 癌症中的频繁EpCam蛋白表达）.所您35:122-8.
【主权项】
1. 在受试者中诊断疾病或其它医学病况的方法，包括： a) 自所述受试者的生物样品中分离微泡部分； b) 自微泡中提取DNA和/或RNA ;和 c) 在提取的DNA和/或RNA中检测BRAF突变的存在或不存在， 其中在提取的DNA和/或RNA中的BRAF突变的存在指示所述受试者中的疾病或其它 医学病况的存在或所述受试者发展疾病或其它医学病况的更高倾向。2. 确定用于治疗患有疾病或其它医学病况的受试者的治疗方案的方法，包括： a) 自所述受试者的生物样品中分离微泡部分； b) 自微泡中提取DNA和/或RNA ;和 c) 在提取的DNA和/或RNA中检测BRAF突变的存在或不存在， 其中在提取的DNA和/或RNA中的BRAF突变的存在指示使用包含至少一种激酶抑制 剂的治疗方案。3. 权利要求1或2的方法，其中所述疾病或其它医学病况是癌症。4. 权利要求3的方法，其中所述癌症是黑素瘤、甲状腺癌、结直肠癌、卵巢癌、乳癌、肺 癌、脑癌、胰腺癌、淋巴瘤或白血病。5. 权利要求1或2的方法，其中所述BRAF突变是活化突变。6. 权利要求1或2的方法，其中所述BRAF突变编码突变的BRAF多肽，其中所述突变的 BRAF 多肽是 V600E。7. 权利要求1或2的方法，其中所述BRAF突变是T1799A。8. 权利要求2的方法，其中所述激酶抑制剂是RAF抑制剂或MEK抑制剂。9. 权利要求8的方法，其中所述RAF抑制剂是BRAF-特异性抑制剂。10. 权利要求1或2的方法，其中所述生物样品是体液样品。11. 权利要求10的方法，其中所述体液样品是血浆、血清、脑脊液、腹水液、支气管肺泡 灌洗液和囊肿液。12. 权利要求10的方法，其中所述体液样品在2-20 ml范围内。13. 权利要求2的方法，其中所述治疗方案包含威罗菲尼或达拉非尼。
【专利摘要】本发明公开了用于在受试者中诊断或预测疾病或医学病况的方法，即通过在自生物样品的微泡中提取的核酸中检测BRAF突变核酸的存在或不存在。本发明也公开了评价反应性或确定用于有需要的受试者的治疗方案的方法，即通过在自生物样品的微泡中提取的核酸中检测BRAF突变核酸的存在或不存在。也描述了用于分离微泡和自微泡中提取DNA和/或RNA的方法。
【IPC分类】A61K9/00, A61M5/00, C12Q1/68
【公开号】CN105025878
【申请号】CN201380063209
【发明人】W.坎珀, A.拉马钱德兰, H.颜, L.M.卢梭, J.K.O.斯科格
【申请人】外来体诊断公司
【公开日】2015年11月4日
【申请日】2013年10月3日
【公告号】CA2887058A1, EP2903597A1, US20150252428, WO2014055775A1