1.一种植物等位基因不平衡表达的检测方法,包括以下步骤:
1)比较候选基因序列,筛选出标记等位基因的SNPs位点;
2)根据所述步骤1)筛选到的SNPs位点设计qPCR特异引物和简并引物,所述qPCR特异引物包括正向引物和反向引物,对正向引物或反向引物3'末端与SNP位点3'末端互补的核苷酸进行LNA修饰;
3)用所述qPCR特异引物和简并引物分别对待测样本的cDNA进行PCR扩增,获得扩增产物;在PCR扩增过程中监测扩增曲线,在PCR扩增结束后检测扩增产物的熔解曲线;
4)若扩增产物的熔解曲线为单峰,根据PCR扩增的Ct值计算得到待测样本等位基因不平衡表达特异性。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤3)中所述待测样本为林木树种。
3.根据权利要求2所述的方法,其特征在于,所述待测样本为毛果杨或巨桉。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,当待测样品为毛果杨时,所述SNP位点位于热激转录因子基因2上。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述qPCR特异引物包括正向引物SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和反向引物SEQ ID NO.4;所述SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2的3'末端上的倒数第二个核苷酸进行LNA修饰;
所述简并引物包括正向简并引物SEQ ID NO.3和反向引物SEQ ID NO.4。
6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,当待测样品为巨桉时,所述SNP位点位于MYB转录因子基因上。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,所述qPCR特异引物包括正向引物SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6和反向引物SEQ ID NO.8;所述SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6的3'末端上的倒数第二个核苷酸进行LNA修饰;
所述简并引物包括正向简并引物SEQ ID NO.7和反向引物SEQ ID NO.8。
8.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述待测样本cDNA的PCR扩增程序为:预变性94℃3min;变性94℃10s,退火62℃30s,延伸72℃40s;40个循环。
9.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述待测样本cDNA的PCR扩增体系包括:20ng/μL的待测样品cDNA,1μL;SYBR Premix Ex TaqTM(2×),10μL;10μM的正向引物0.5μL;10μM的反向引物0.5μL;双蒸水8μL。
10.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述待测样本等位基因不平衡表达特异性计算的公式为2-ΔCt,ΔCt=候选等位基因基因型R的Ct值-候选等位基因基因型R’的Ct值;所述基因型R为A、T、C和G中的一种,所述基因型R’为A、T、C和G中除R以外的三种中的一种。