一种杆菌自动扫描筛选系统及方法
【技术领域】
[0001]本发明涉及显微扫描技术，尤其涉及一种杆菌自动扫描筛选系统及方法。
【背景技术】
[0002]数字切片病理扫描仪是用于将传统的玻璃病理切片通过全自动显微镜或光学放大系统扫描采集以获得高分辨率数字图像。数字切片病理扫描仪主要应用在医疗，制药等领域。在医疗中以扫描结核杆菌的痰涂片为例:实际诊断时需要在40倍物镜下观察50个视野，再统计在这50个视野中所看到的杆菌数量，最终给出诊断结果。结核杆菌的痰涂片由于要求暗场观察，随机取50个视野进行数字化扫描，容易出现遗漏；而且40倍物镜景深较小，用40倍物镜制作焦平面时误差较大，扫描图像不清晰，为了扫描图像能够清晰不影响杆菌筛选识别，通常采用增加扫描层数的手段提高清晰度，但扫描速度慢，诊断效率低。
【发明内容】
[0003]针对现有的数字切片病理扫描仪在扫描杆菌时存在的上述问题，现提供一种旨在实现扫描精度高，速度快的杆菌自动扫描筛选系统及方法。
[0004]具体技术方案如下:
[0005]—种杆菌自动扫描筛选系统，包括:
[0006]一第一扫描单元，用于在暗场环境下采用扫描镜头以第一放大倍数扫描待扫描切片，获取第一扫描图像；
[0007]—第一获取单元，连接所述第一扫描单元，用以根据所述第一扫描图像的清晰度获取一焦平面；
[0008]—筛选单元，连接所述第一扫描单元，用以根据第一预设规则筛选出所述第一扫描图像中有杆菌的区域；
[0009]—第二扫描单元，分别连接所述第一获取单元和所述筛选单元，所述第二扫描单元用于在暗场环境下以所述焦平面为基准采用扫描镜头以第二放大倍数扫描所述第一扫描图像中有杆菌的区域，以获取第二扫描图像；
[0010]一识别单元，连接所述第二扫描单元，用以根据第二预设规则识别所述第二扫描图像的扫描结果。
[0011]优选的，所述第一放大倍数为20倍。
[0012]优选的，所述第二放大倍数为40倍。
[0013]优选的，所述第一预设规则为判断所述第一扫描图像是否有符合预设的第一亮度指标及第一形状识别参数的杆菌图像，所述第一形状识别参数包括杆菌的面积、长度、宽度、周长和纵横比。
[0014]优选的，所述第二预设规则为根据预设的第二亮度指标和第二形状识别参数识别所述第二扫描图像的扫描结果，所述第二形状识别参数包括杆菌的面积、长度、宽度、周长和纵横比。
[0015]—种杆菌自动扫描筛选方法，应用如上述的杆菌自动扫描筛选系统，包括下述步骤:
[0016]S1.在暗场环境下采用扫描镜头以第一放大倍数扫描待扫描切片，获取第一扫描图像；
[0017]S2.根据所述第一扫描图像的清晰度获取一焦平面；
[0018]S3.根据第一预设规则筛选出所述第一扫描图像中有杆菌的区域；
[0019]S4.在暗场环境下以所述焦平面为基准采用扫描镜头以第二放大倍数扫描所述第一扫描图像中有杆菌的区域，以获取第二扫描图像；
[0020]S5.根据第二预设规则识别所述第二扫描图像的扫描结果。
[0021 ]优选的，所述第一放大倍数为20倍。
[0022]优选的，所述第二放大倍数为40倍。
[0023]优选的，所述第一预设规则为判断所述第一扫描图像是否有符合预设的第一亮度指标及第一形状识别参数的杆菌图像，所述第一形状识别参数包括杆菌的面积、长度、宽度、周长和纵横比。
[0024]优选的，所述第二预设规则为根据预设的第二亮度指标和第二形状识别参数识别所述第二扫描图像的扫描结果，所述第二形状识别参数包括杆菌的面积、长度、宽度、周长和纵横比。
[0025]上述技术方案的有益效果:
[0026]I)杆菌自动扫描筛选系统采用第一扫描单元进行粗扫描，并获取焦平面，通过第二扫描单元在第一扫描单元获取的扫描图像的基础上根据焦平面进行高精度扫描，以获取扫描结果，无需增加扫描层数，针对性强，扫描时间短，准确性高；
[0027]2)杆菌自动扫描筛选方法先进行粗扫描，再根据粗扫描获取的扫描图像及焦平面进行二次高精度扫描，避免了扫描过程中遗漏视野的情况，用时短且效率高。
【附图说明】
[0028]图1为本发明所述的杆菌自动扫描筛选系统的一种实施例的模块图；
[0029]图2为本发明所述的杆菌自动扫描筛选方法的一种实施例的方法流程图。
【具体实施方式】
[0030]下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
[0031]需要说明的是，在不冲突的情况下，本发明中的实施例及实施例中的特征可以相互组合。
[0032]下面结合附图和具体实施例对本发明作进一步说明，但不作为本发明的限定。
[0033]如图1所示，一种杆菌自动扫描筛选系统，包括:
[0034]一第一扫描单元I，用于在暗场环境下采用扫描镜头以第一放大倍数扫描待扫描切片，获取第一扫描图像；
[0035]—第一获取单元2，连接第一扫描单元I，用以根据第一扫描图像的清晰度获取一焦平面；
[0036]—筛选单元3，连接第一扫描单元I，用以根据第一预设规则筛选出第一扫描图像中有杆菌的区域；
[0037]—第二扫描单元4，分别连接第一获取单元2和筛选单元3，第二扫描单元4用于在暗场环境下以焦平面为基准采用扫描镜头以第二放大倍数扫描第一扫描图像中有杆菌的区域，以获取第二扫描图像；
[0038]—识别单元5，连接第二扫描单元4，用以根据第二预设规则识别第二扫描图像的扫描结果。
[0039]进一步地，第一放大倍数为20倍，第二放大倍数为40倍。
[0040]本实施例主要应用于结核杆菌的荧光扫描中。杆菌自动扫描筛选系统采用第一扫描单元I进行粗扫描，放大倍数为20倍的物镜景深比放大倍数为40倍的物镜大，对焦容易，获取的焦平面较准确，还可以快速筛选掉一些没有用的区域，保留可能有杆菌的区域记录相应的点坐标，相比随机取视野，本实施例更有针对性，以避免遗漏情况的发生;通过第二扫描单元4在第一扫描单元I获取的扫描图像的基础上根据焦平面进行高精度扫描，以获取扫描结果，无需增加扫描层数，针对性强，扫描时间短，准确性高。
[0041]在优选的实施例中，第一预设规则为判断第一扫描图像是否有符合预设的第一亮度指标及第一形状识别参数的杆菌图像，第一形状识别参数包括杆菌的面积、长度、宽度、周长和纵横比。
[0042]进一步地，第一扫描单元I是在一预设的虚拟焦平面上对待扫描切片进行扫描的。
[0043]在本实施例中，第一亮度指标即为第一扫描图像的整体平均亮度值，当第一扫描图像中的杆菌的亮度超过第一亮度指标且杆菌的尺寸符合第一形状