与膳食重量减轻关联的单核苷酸多态性的制作方法

专利名称：与膳食重量减轻关联的单核苷酸多态性的制作方法
技术领域：
本发明是肥胖领域中的。更具体地，本发明涉及遗传多态性及其对膳食重量减轻干预项目的作用。此外，本发明涉及使用多态性的遗传测试和方法，特别是预测肥胖个体成功完成膳食重量减轻干预项目的可能性的方法。
背景技术：
肥胖是在所有年龄组中发现的世界范围的流行病。尤其在工业化国家中，在过去的二十中以快的速度增加并且现在是世界范围内的主要公众健康问题。例如，1996年，26%的美国成人超重并且10%严重超重，目前超过65%超重，有接近31%符合肥胖的标准。由于肥胖预示着相关慢性疾病(例如2-型糖尿病、高血压和心血管事件)的流行病，患有肥胖的人特别是患有过度肥胖的人处于许多健康问题的风险中。在美国仅可归因于肥胖的经济花费已估计高达$1000亿每年,不仅包括直接的健康保健花费还包括在受影响个体中损失的生产力成本。虽然膳食和生活方式促成肥胖，减少体育活动并增加热量摄取对最近肥胖增长很可能负有主要责任，但是理解遗传学在其中发挥了关键作用是重要的。每个个体的遗传背景留有肥胖易感性的重要决定因素。例如半数人群在体重指数(BMI)(肥胖的常用量度)中的改变由遗传因素决定。许多研究已报道，普通遗传变异，通常是单核苷酸多态性(SNP)与肥胖的增加的风险相关。迄今为止，已使用两种途径来发现这些变异，连锁分析和关联研究。尽管以连锁研究为基础，已反复暗示一些区域在肥胖中发挥作用，但在这些已被发现促成疾病的区域中没有找到基因。通过使用关联研究，已报道了在肥胖或肥胖有关的性状和普通遗传变异之间的若干关联。不幸地，许多报道的关联不能一致性地重现。改变膳食习惯是超重和肥胖患者的重量减轻干预项目的基础。由于使用一个标准方案使所有超重或肥胖的个体都能减轻重量是不太可能的，所以膳食指导应个别进行，以允许个人化的方法和建议并增加在这些项目中的成功几率。尽管对与肥胖和肥胖相关的性状关联的基因座和基因的认识逐渐增加，还没有发现有用的遗传变异可作为针对超重或肥胖的个体而设计膳食重量减轻干预项目的基础。最近的研究甚至得出结论，在一组肥胖相关的候选基因中的普通SNP在调控由某些膳食诱导的重量改变中，即使发挥作用的话，也仅发挥较小的作用(见S0rensenet al.，2006)。考虑到没有关于对膳食响应的预测性遗传信息可被得到，并且如果关于对膳食的遗传响应的预测性遗传信息可被得到则肥胖的膳食治疗可引人注目地改进，本领域中有鉴定如下遗传变异的明确需求，所述遗传变异预测超重或肥胖的个体对膳食重量减轻干预项目的响应，所述遗传变异例如能预测超重或肥胖的个体成功完成此类项目的可能性的SNP。本发明满足了这些需求。

发明内容
根据本发明已发现，存在与重量减轻关联的标记物(marker)。这种标记物可用来、预测个体，例如超重或肥胖的个体在膳食重量减轻干预项目中成功的可能性。在该方面中“成功”尤其表示个体成功完成膳食重量减轻干预项目，例如个体减轻目标量的重量和/或脂肪量。减轻目标量的重量和/或脂肪量可通过下述来实现，例如低热量膳食。因此，成功完成可以是膳食选择的结果。个体可从较之另一膳食的一种膳食中更多地受益(例如较之低脂/高碳水化合物低热量膳食的高脂/低碳水化合物低热量膳食或反之亦然)。本文中提供的标记物还可用来测定针对个体的最佳膳食。与遗传特征(例如标记物、等位基因变异、单倍型或多态性)和性状之间的关系的相关的术语“与…关联”表示基于通常接受的关于关联性的统计学测量在它们之间有统计学显著水平的关系。本领域技术人员熟悉针对特定的实验情况或数据设定选择适当的统计学测量。合适的统计学方法的例子在本文中描述。因此，本发明涉及这样的方法，所述方法利用在预测对重量减轻和重量管理可能响应、优选地可能成功的响应中的遗传特征。本发明还提供了用于在本发明的方法和用途中的试剂盒，例如基于遗传标记物(例如SNP)的分析，测定个体是否可能成功完成具体膳食的试剂盒。标记物可例如在与超重、肥胖或肥胖相关的代谢性状关联的基因中找到。基于他们、用某类型的膳食取得成功的遗传趋向，得到的信息可用来对个体例如超重或肥胖的个体归类。这会帮助重量管理领域的专业人员就他们重量管理用适当的(营养)建议改进作为目标的这些个体。结果，膳食重量减轻干预项目的成功率会增加。发明详沭本发明基于这样的发现选自如表I和2中阐明的SNP标记物组的单核苷酸多态性(SNP)与重量减轻相关联。它们可用来预测在膳食重量减轻干预项目中个体，优选地超重或肥胖的个体成功的可能性。如果选自如表I中阐明的SNP标记物组的SNP被鉴定出，在膳食重量减轻干预项目中个体，优选地超重或肥胖的个体成功的可能性高于SNP未被鉴定出时的成功的可能性。优选地，项目包括施予低热量膳食。如果个体具有选自如表I中阐明的SNP标记物组的SNP，在膳食重量减轻干预项目期间个体会比不具有选自如表I中阐明的SNP标记物的组的SNP的个体减轻更多的重量。表I的SNP可因而用来测定在膳食重量减轻干预项目中，例如包括施予低热量膳食的膳食重量减轻干预项目中，哪个个体可能减轻更多的重量和哪个个体可能减轻更少的重量(并因而需要例如更多的训练)。此外，本发明提供了用来测定个体，优选地超重或肥胖的个体最可能成功完成的膳食类型的SNP。这些SNP在表2中示出。表2中的SNP可用来测定个体是否会更多地从高脂/低碳水化合物膳食或从低脂/高碳水化合物膳食中受益(SNP因而还可用来测定个体是否会从包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目或从包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目中更多地受益)。表2中的SNP可用来测定哪个个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量和哪个个体在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。换句话说，表2中的SNP可用来测定个体是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量或个体是否在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。具有如在表3中所示的SNP的个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量，而具有如在表4中所示的SNP的个体在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。具有如在表3中所示的SNP的个体较之低脂/高碳水化合物膳食，更可能成功完成高脂/低碳水化合物膳食，而具有如在表4中所示的SNP的个体较之高脂/低碳水化合物膳食，更可能成功完成低脂/高碳水化合物膳食。再者，膳食可以是膳食重量减轻干预项目的一部分。以在本发明中鉴定出的SNP为基础，个体可被归类为下述个体较之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，具有成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的更高趋向的个体；较之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，具有成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的更高趋向的个体。本发明提供了可用于预测重量减轻干预项目，特别是具有膳食干预(例如膳食)组成的项目的成果的多态性。本发明涉及基于遗传多态性能预测对重量减轻和重量管理的可能响应，优选地可能成功响应的方法；和评估个体对重量管理项目响应的可能性的方法，其通过将如对重量管理项目(例如包括膳食干预的重量管理项目)可能敏感或可能有抗性的个体遗传归类来实现。在本文中发现的结果表明，携带某些多态性的个体对管理他们的重量有更大的困难，并且还显示了该多态性可预测基于膳食干预(例如膳食)的体重降低策略的成果。因此，鉴定多态性可帮助重量管理专业人员设计针对这些个体的备选重量管理项目。多态性的一种或多种可以是单倍型的一部分，所述单倍型可与个体成功或未成功完成某一膳食重量减轻干预项目的可能性有关联。如本文中使用的，“单倍型”是指在单条染色体上的连锁多态位点上发现的一组等位基因。连锁位点可包括基因的一部分、整个基因、若干基因或没有基因的区域(但其可能含有调节附近基因的功能的DNA序列)。单倍型保存关于多态性核苷酸状态的信息，即，其变异组遗传自一个亲本(因而是在一条染色体上)和遗传自另一亲本。在优选的实施方式中，项目包括单独的膳食干预或作为主要组成的膳食干预。除了合适的膳食(即，基于个体的遗传特征的个性化膳食)，重量减轻干预项目还可包括其他部分，例如药物治疗、外科治疗(例如抽脂)、行为治疗、增加体育活动和膳食补充治疗。以根据本发明的遗传标记物，特别是如表2中所示的遗传标记物为基础，较之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，具有成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的增加的可能性的个体(例如超重或肥胖的个体)可被鉴定出，反之亦然。与具体膳食类型关联的个体中的SNP的鉴定可帮助重量管理专业人员设计针对这些个体的合适的膳食重量减轻干预项目。在一个方面中，本发明涉及如在表I和2中所阐明的选自由rsl900075、rsl 1854719> rs560514、rs 1402694> rsl402696> rs 1402695> rs486708、rs943795、 rsl574781、rsl99939、rs6429280、rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、 rs2043448、rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、 rsll687186、 rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、rs823504、rsl0512926、rs7701465、rsl3179555、rs6887093、rs2358531、rsl00254U rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl048850U rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、 rs2991769、 rs2104992、 rsl2766539、rs2991770、 rs708134 9、 rsll016125、 rs6482668、 rsll016240、 rsl761534、 rs2255615、rs2791754、 rs928571、 rs731644、 rsl0899257、 rsl0793186、 rs9568494、 rs7337462、rs6561608> rsl6945369、rs6496772> rs6496774> rsll865234、rs909910> rs8047814>rslll49808、rsl2443712、rs7230580, rs7359820、rsl433840、rs226313、rs2123473、rs8088748、rsl050278U rs9946713、rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、 rsl35570、 rsl35549、 rsl2125019、 rsl7494681、 rs6743846、 rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391 和rs2829843组成的SNP标记物组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)的用途，用于预测在包括使个体经受低热量膳食的膳食重量减轻干预项目中个体成功的可能性。个体可以是超重的或肥胖的。本发明还涉及选自如表2中阐明的SNP标记物组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)的用途，用于测定个体最可能成功完成的膳食。膳食可以是高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食。膳食可以是低热量膳食。在一个方面中，本发明涉及选自如表I和2中阐明的标记物组的至少一种遗传标记物，例如多态性(例如SNP)的用途，用于预测在包括使个体经受低热量膳食的膳食重量减轻干预项目中个体成功的可能性。换句话说，本文中提供的数据显示了在膳食重量减轻干预项目中具体的标记物和成功的可能性之间的相关性、关联、联系或其他关系可被建立。在另外方面中，本发明涉及选自如表2中阐明的标记物组的至少一种遗传标记物例如多态性(例如SNP)的用途，用于测定个体最可能从膳食重量减轻干预项目中受益的膳食。膳食重量减轻干预项目包括用膳食(例如低热量膳食)治疗个体。被设计来治疗个体的用在膳食重量减轻干预项目中使用的膳食对技术人员而言是公知的。这些包括但不限于，低能量/低热量膳食。按照本发明优选的膳食包括但不限于，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食。高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食可以是低能量膳食(低热量膳食)。在一种实施方式中，个体是超重的或肥胖的。“个体”在本发明中使用时是指人。“超重的个体”，如本文中使用的，是指在诊断时满足如通过医学知识所定义的超重个体的通常定义的个体。定义个体如超重个体的有用的标准包括但不限于，25-29. 9的体重指数(BMI)、男性个体具有大于40英寸(102cm)的腰围，女性个体具有大于35英寸(88cm)的腰围和所有个体I. O或更高的腰臀比。“肥胖个体”，如本文中使用的，是指在诊断时满足如通过医学知识所定义的肥胖个体的通常定义的个体。用于定义个体如肥胖个体的有用的标准包括但不限于，30或更高的体重指数(BMI)。对超重或肥胖的定义在儿童或成人中可发生变化。所述定义是按照当前医学知识对个体观察时的定义。所述定义可因而发生改变
如本文中使用的“低能量(低热量)膳食”表示每日能量摄取小于每日能量需求的膳食，例如具有至少 100、200、300、400、600、800、1000、1200、1500 或 2000kcal/ 天的能量缺乏的膳食。如本文中使用的，“高脂”膳食表示具有至少30%，优选地至少40%，更优选地40至45%的能量来自脂肪的膳食。如本文中使用的，“低脂”表示具有少于30%，优选地少于25%,更优选地20至25%的能量来自脂肪的膳食。如本文中使用的，“低碳水化合物”膳食表示具有少于50 %，优选地少于45 %，更优选地40至45 %的能量来自碳水化合物的膳食。如本文中使用的，“高碳水化合物”膳食表示具有至少50 %，优选地至少60 %，更优选地60至65%的能量来自碳水化合物的膳食。膳食还可包含其他组分例如蛋白。膳食可具有例如来自蛋白的15%的能量。优选地，进行膳食干预项目的个体不会消耗酒精。如果排除酒精是不可能的，其摄取应当是最小量的，其上限为总共两杯(2X 150ml)。来自酒精的能量应从总能量摄取中减去并且此后大量营养素(macronutrient)摄取应基于剩下的能量计算。可能的情况下，应在膳食中避免粘性可溶纤维(例如燕麦和瓜尔胶)，因为它们被认为对葡萄糖和脂类代谢具有最大的影响。此外，可尝试使膳食中的可溶性纤维的其他来源(例如水果和蔬菜，特别是豆类)标准化。在膳食干预项目中参与的个体可被鼓励消耗等量的多不饱和、单不饱和和饱和脂 肪，这通过确保将橄榄油(或等同物)和葵花籽油(或等同物)掺进每日的选择物(除了主要来自肉和奶制品的饱和脂肪之外)中实现。他们可避免使用包括专门的人造奶油的食物制品(其含有添加的植物留醇、ε -3脂肪酸或豆类化合物)和基于豆类的制品。此外，他们可被鼓励在膳食的脂肪限制范围之内一星期至少消耗一次含油鱼，且他们可尝试保持简单糖与复合碳水化合物的可比较的比率。在开始膳食干预项目之前，已摄入维生素和矿物质补充的个体在整个项目过程中可继续摄入相同的剂量并且该摄取可被包括在摄取分析中。在本发明的一种实施方式中，标记物在与肥胖相关的表型关联的基因座，基因或基因簇中存在。如本文中使用的，“表型”是指个体的任何可观察的或以其他方式可测量的生理学、形态学、生物学、生物化学或临床特征。在本发明的优选的实施方式中，SNP标记物选自由rs928571、rs8047814、rs884948、rs203133、rsl900075、rs4890647、rs7242055、rs836230、rs3758348、rs2991770、rs6434276和rsl376877组成的组(来自表I的优选的SNP)。较之来自表I的其他SNP，这些SNP在统计学分析中具有低P值。更优选的SNP选自由rs928571、rs8047814、rs884948、rs203133和rsl900075组成的组。这些SNP具有低p值并且还具有高的最小等位基因频率(MAF)，即MAF范围在21. 9%和34. 5%之间。最优选的SNP是rsl900075。该SNP除了具有低P值和高的最小等位基因频率外还具有与膳食类型的显著的相互作用(即该SNP的存在表示个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量)。其位于EYAl基因的内部。由该基因编码的蛋白可在发育肾、腮弓、眼和耳中发挥作用。该基因的突变已与腮-耳-肾发育异常综合征、腮-耳综合征以及先天性白内障和眼前节异常的散发病例关联。类似蛋白在小鼠中可作为转录激活因子。之前没有证据表明该基因涉及重量减轻和/或重量管理。本发明的另一优选的实施方式中，SNP标记物选自由rs7238810、rsl 1687797、rsl559361、rsll854719、rsl2125019、rs2672847、rs7036324、rs9956391 和 rs7914808 组成的组(来自表2的优选的SNP)。较之来自表2的其他SNP，这些SNP就膳食-基因相互作用统计学分析而言具有低P值。更优选的SNP选自由rs7914808、rsll854719、rsl559361和rsl2125019组成的组。这些SNP，还具有非常高的相互作用值(表2中的β值)，表示这些SNP的存在与两种膳食的重量减轻的最大差值相关。最优选的SNP是rsll854719。除了低P值和高相互作用值之外，该SNP具有相对高的MAF，即34%。该SNP位于SV2B基因内部。由该基因编码的蛋白已显示涉及调节的胰岛素分泌，主要在类突触小囊泡上存在。当然，标记物的组合可用在本发明的方法、试剂盒、用途等等中。优选地，标记物选自如表I和/或2中阐明的SNP标记物。优选地，标记物选自上文优选的SNP标记物。标记物可在编码区(外显子)中存在但也可在非编码区(内含子和基因间隔区)中存在。他们可在不同的基因中存在，例如一个标记物在第一个基因中和另一标记物在第二个基因中。如果使用超过一个标记物，标记物可与另一个标记物是连锁不平衡，优选地非紧密连锁不平衡。“连锁不平衡”或“等位基因关联”表示，某等位基因或遗传标记物与特异性等位基因或遗传标记物在邻近染色体位置上的优先关联，其频率比群体中的任何特定等位基因的随机期望频率更频繁。连锁不平衡可由等位基因的某些组合的自然选择而产生或因为等位、基因太新近被引进种群中而不能在连锁的等位基因之间达到平衡(随机关联)。尽管标记物不会引起表型，具有疾病先兆的变异的连锁不平衡中的标记物可在检测疾病易感性(与亚临床表型关联)中特别有用。测定连锁不平衡的方法对技术人员而言是熟知的。本发明因而还涉及下述方和用途，其包括在体外测定从个体取得的DNA中的于表I和/或2中列出的SNPJP /或至少一种其他SNP，例如表I和/或2中列出的另一种SNP的基因型。这些其他SNP可与第一 SNP连锁不平衡。肥胖相关的表型包括但不限于，体重、BMI、百分比脂肪量以及血清甘油三酯、胆固醇和葡萄糖，仅举几例。与这些表型关联的基因已被发现(见Obesity :Genomics andpostgenomics, Eds Clement and Sorensen,Informa Healthcase,first edition,2007)。在优选的实施方式中，标记物(例如SNP)在表I和/或2中示出。应当理解，与在表I和/或2中所示的SNP的任一个连锁不平衡的任何标记物也可用在本发明的多个方面和实施方式中。这些标记物不是必然地必须和表I和/或2中所示的标记物在相同的基因座、基因或基因簇中存在。他们可以是其他更远距离的基因的一部分。但是，他们应该是连锁的。“连锁”描述了由于基因、等位基因，基因座或遗传标记物由于它们在相同的染色体上的位置而将被一起遗传的趋向，并且可通过在相同的染色体上自然连锁的两个基因、等位基因、基因座或遗传标记物之间的百分比的重组来测量。连锁不平衡可按照r2 (其是相关性系数)和/或d(其是遗传距离)来测定。它们中的至少一个应高于O. 8。一些连锁的标记物可在相同的基因或基因簇内出现。在另外方面中，本发明涉及如在表2中所示的至少一种标记物的用途，用于测定个体最可能成功完成的膳食。换句话说，标记物可用于选择针对个体的最佳膳食。“最佳的”表示，其中，个体应在膳食上保持并成功完成所述膳食，例如应在较之非-最佳膳食的最佳膳食上减轻更多的重量。基于在遗传标记物和在具体膳食上保持并成功完成的可能性之间的相关性、关联、联系或其他关系，可对个体告知、预定、建议和/或推荐合适的膳食和/或所述膳食可被添加至个体的食物或膳食。优选地，标记物是遗传标记物，例如多态性(例如SNP)。标记物可从本文中所示的遗传标记物中选择，所述标记物的存在表示较之高脂/低碳水化合物膳食，个体成功完成低脂/高碳水化合物膳食的增加的可能性(见表4)，并且标记物可从本文中所示的遗传标记物中选择，所述标记物的存在表示较之低脂/高碳水化合物膳食，个体成功完成高脂/低碳水化合物膳食的增加的可能性(见表3)。本发明因而还涉及用于测定针对个体的最佳膳食的方法，所述方法下述步骤a)获得包含个体的核酸的生物样品和b)针对选自表3和4中所示的SNP组的至少一种SNP，将核酸基因分型，其中来自表3中所示的SNP的组的至少一种SNP的存在表示高脂/低碳水化合物膳食是个体的最佳膳食，和其中来自表4中所示的SNP组的至少一种SNP的存在表示低脂/高碳水化合物膳食是个体的最佳膳食。如本文中使用的“多态性”是指典型地具有超过I %的种群频率的在个体的细胞基因组中的DNA序列变异。多态性标记物或位点是在其上出现遗传变异的基因座。优选的标记物具有至少两个等位基因，每个等位基因以经选择的种群的大于I %和更优选地大于10%或20%的频率出现。多态性基因座可以和一个碱基对一样小。多态性标记物包括限制性片段长度多态性、可变数目串联重复、高变区、小卫星、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四
核苷酸重复、简单序列重复和和插入元件(例如Alu)。第一个鉴定出的等位基因形式被随意命名为参照形式并且其他等位基因形式被命名为备选或变异等位基因。在选择的种群中最频繁出现的等位基因形式有时被称为野生型。二倍体生物就等位基因形式而言可以是纯合的或杂合的。SNP在被单核苷酸占据的多态性位点上出现。由于在多态性位点上一个核苷酸替代另一个核苷酸，SNP经常发生，但其也可起因于相对于参照等位基因的核苷酸的插入或缺失。本发明还涉及用于预测在膳食重量减轻干预项目中个体成功的可能性，所述方法包括步骤获得包含个体的核酸的生物样品，并针对选自如表I和2中阐明的由rsl900075> rsll854719、rs560514、rsl402694> rsl402696> rsl402695> rs486708、rs943795、rsl574781、rsl99939、rs6429280、rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、 rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、 rsl002541、rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs7822041、rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、 rsll79037、 rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、 rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494> rs7337462> rs6561608> rsl6945369、rs6496772> rs6496774> rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl050278U rs9946713、 rs7504768、 rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、 rs4233800、 rs7036324、 rs7914808、 rsl2599288、 rsl559361、 rs7238810、rs4630636、rs9956391和rs2829843组成的SNP标记物组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)，将核酸基因分型，其中如表I和2中阐明的至少一种SNP标记物的存在表示在膳食重量减轻干预项目中个体成功的增加的可能性。个体可以是超重或肥胖的。膳食重量减轻干预项可包括使个体经受低热量膳食。在个体具有选自如表4中阐明的SNP标记物组的SNP的情况下，个体经受包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目是优选的。在个体具有选自如表3中阐明的SNP标记物组的SNP的情况下，个体经受包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目是优选的。本发明另外提供了测定个体是否具有成功完成具体膳食的增加的可能性的方法，所述方法包括步骤a)获得包含个体的核酸的生物样品，并b)针对选自如表2中阐明的SNP标记物组的至少一种单核苷酸多态性(SNP)，将核酸基因分型。表4中的SNP与个体成功完成低脂/高碳水化合物膳食的增加的可能性关联，而表3中的SNP与个体成功完成高脂/低碳水化合物膳食的增加的可能性关联。SNP可被用在测定个体是否具有成功完成高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食的增加的倾向性的方法中。用在本发明的方法和用途中的膳食优选地是低能量的。个体可以是超重或肥胖的。本发明还涉及用于预测个体是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量的方法，所述方法包括步骤a)获得包含个体的核酸的生物样品并b)针对选自表3 中所示的由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843组成的SNP的组的至少一种SNP，将核酸基因分型，其中存在来自表3中所示的SNP的组的至少一种SNP表示个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。此外，本发明提供了用于预测个体是否在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量的方法，所述方法包括步骤a)获得包含个体的核酸的生物样品，并b)针对选自如表4中所示的由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、 rs7036324、 rs7914808、 rsl2599288、 rs7238810、 rs4630636、 rs2829850 和rs2829875组成的SNP的组的至少一种SNP，将核酸基因分型，其中存在来自表4中所示的SNP的组的至少一种SNP表示个体在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。在本发明的方法和用途中，可通过下述方法来评估SNP的特异性等位基因形式(例如A等位基因形式)的存在将得自个体基因组的核酸与第一寡核苷酸接触，所述寡核苷酸与多态性的特异性等位基因形式(例如A等位基因形式)比与多态性的另一等位基因形式(例如T等位基因形式)用更高严格条件来退火，并评估第一寡核苷酸和核酸的退火，由此第一寡核苷酸和核酸的退火表示个体的基因组包含多态性的该特异性等位基因形式(例如A等位基因形式)。所述方法可通过下述被扩展通过使核酸与第二寡核苷酸接触、并评估第二寡核苷酸和核酸的退火来评估多态性的其他等位基因形式(例如T等位基因形式)的存在，所述第二寡核苷酸与多态性的其他等位基因形式(例如T等位基因形式)比与多态性的特异性等位基因形式(例如A等位基因形式)用更高严格条件退火，由此第二寡核苷酸和核酸的退火表示个体基因组中的各个基因的至少一个等位基因不包含多态性的特异性等位基因形式(例如A等位基因形式)。第一和第二寡核苷酸可被附着在支持物上。支持物就两种寡核苷酸而言可以是相同的。如 本发明中使用的“生物样品”包括多种样品类型，其可用做用于分离核酸的源材料。他们包括但不限于，固体材料(例如，组织、组织培养物或得自其的细胞和其后代、毛囊样品、活检标本、由棉签提供的颊黏膜细胞、皮肤和鼻样品)和生物液体(例如尿、排泄物材料、血液、精液、羊水、眼泪、唾液、痰、汗水、漱口水)。来自人个体的任何生物样品，甚至包括包含核酸的一个细胞，都可用在本发明的方法中。所述术语还包括在它们获得后以任何方式已被操作的样品，所述方式例如通过对某些组分(例如蛋白或多核苷酸)用试剂处理、溶解或富集。本发明的方法和用途优选地在先前已从个体中去除的样品上进行并且优选地不包括在人体上实施的诊断。如本文中使用的核酸分子是指核苷酸的聚合形式并包括RNA、cDNA、基因组DNA和合成形式和上述聚合物的混合物的正义链和反义链二者，基因组DNA是优选的。核苷酸是指核糖核苷酸、脱氧(核糖)核苷酸或任一类型核苷酸的修饰形式。该术语还包括DNA的单链和双链形式。另外，多核苷酸可包括通过天然存在的和/或非天然存在的核苷酸连接键而连接在一起的天然存在的核苷酸和修饰的核苷酸的任一或二者。如被本领域技术人员容易意识到的，核酸分子可以被化学或生物化学修饰或可含有非天然或衍生核苷酸碱基。还包括能通过氢键结合和其他化学相互作用与指定序列结合而模拟多核苷酸的合成的分子。此类分子在本领域中是已知的并包括例如，其中在分子骨架中肽连接键替换磷酸连接键的那些分子。除非另外指出，提及核酸序列包括其互补体。因而，提及具有特定序列的核酸分子应理解为包括具有其互补序列的其互补链。互补链还用于，例如反义疗法、杂交探针和PCR引物。可使用本领域熟知的许多程序中的任何一个从特定的生物样品中分离核酸，选择的特定的分离程序适于特定的生物样品。如上文描述的分离并分析核酸变异的方法对本领域技术人员而言是熟知的并可在例如Molecular Cloning A Laboratory Manual, 3rdEd. , Sambrook and Russel, Cold Spring Harbor Laboratory Press,2001 and CurrentProtocols in Molecular Biology Volumes I-111,4th edition, Ausubel et al. , JohnWiley and Sons, 1995中找到。许多方法需要从祀样品中扩增核酸。这可通过多种技术，仅举几例，例如PCR、连接酶链反应、基于核酸的序列扩展扩增、自持序列复制和转录扩增来实现。可使用多种技术，包括DNA杂交方法(例如Southern印迹，FISH)，用放射性、酶促、发光或荧光标记引物直接测序(人工或自动的)，限制性片段长度多态性(RFLP)分析，异源双链分析，单链构象多态性(SSCP)分析，变性梯度凝胶电泳(DGGE)，温度梯度凝胶电泳(TGGE)，使用连锁遗传标记物，质谱Uf^BMALDI-TOF)和化学切割分析，从经分离的核酸检测遗传标记物例如SNP。当然，还可使用适于检测遗传标记物(例如SNP)的DNA微阵列技术° 所有方法在例如，Molecular Cloning A Laboratory Manual, 3rd Ed. , Sambrook andRussel, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001 中被详细解释。
使用的引物可以是与一个等位基因特异性杂交的寡核苷酸。它们被称为等位基因特异性寡核苷酸。在等位基因-特异性PCR方法中，仅当靶DNA与特异性PCR扩增引物的
-末端完全互补时，靶DNA被优先扩增。设计引物的Y -末端，以便终止在靶DNA内已知突变位点的一个或两个核苷酸处或之内，它具有与所述靶DNA互补的序列。在适当的反应条件下，如果在引物的3'-末端上一个单核苷酸错配(例如，由突变引起的一个核苷酸替换)或小的缺失或插入，靶DNA不被扩增。因此，等位基因特异性PCR可用来检测引物序列(与预选择的靶序列互补)和样品内的核酸之间的存在或不存在(至少)一个单核苷酸错配。靶序列的扩增表示甚至连一个错配的核苷酸都不存在。优选地使用易于自动化的方法，分析本发明中的标记物。可使用对本领域技术人员而言已知的任何方法，进行引物延伸分析。寡核苷酸、探针和/或引物可以是天然存在的或合成的，但典型地是通过合成手段 制备的。他们可被固定在固体支持物上。例如，如本文中描述的寡核苷酸、探针和/或引物可被用作DNA芯片。芯片可含有对应于标记物的一个单等位基因形式的引物，但也可含有对应于标记物的两种等位基因形式的引物。其甚至包含针对不同标记物的引物。寡核苷酸、探针和/或引物的适当长度取决于其期望的用途但典型地范围从10至75个，优选地从15至40个核苷酸。短引物分子通常需要更冷的温度，以形成与模板的充分稳定的杂交复合体。引物不需要反映模板的准确序列但必须充分互补以与模板杂交。适于杂交的条件是本领域普遍已知的并对技术人员而言是显而易见的。严格杂交条件的非限制性例子是在约45°C下在6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中杂交，随后在50至65°C下在O. 2XSSC，0. 1% SDS中洗涤一次或多次。严格条件可例如在Molecular Cloning A Laboratory Manual,3rd Ed.，Sambrook and Russel，Cold SpringHarbor Laboratory Press，2001 and Current Protocols in Molecular Biology, JohnWiley & Sons，N.Y. (1989)，6. 3. 1-6. 3. 6中找到。术语“引物位点”表示靶DNA的与引物杂交的区域。术语“引物对”表示包括与将被扩增的DNA序列的5'-端杂交的5'-上游引物和与将被扩增的序列的V -端的互补体杂交的:V -下游引物的一组引物。如本文中使用的，“基因型”是指个体的遗传构成。更具体地，如本文中使用的“基因分型”是指对获得自受试者的样品中的DNA进行分析，以测定影响性状的基因组的特异性区域中的DNA序列,例如基因座。其可指在Iv或多个多态位点上对DNA序列进彳丁测定和/或对个体的等位基因模式进行测定。可使用在例如实验室或医院中的微阵列或多孔平板进行基因分型。其可因而包括使用基因/DNA芯片或包含一个或多个核酸分子的条带或固体表面。本发明的其他方面涉及诊断在膳食重量减轻干预项目中可能成功的个体的方法，所述方法包括针对选自如表I和2中阐明的SNP标记物组的至少一种SNP，将个体的核酸基因分型的步骤。此外，本发明涉及诊断在膳食重量减轻干预项目中可能成功的个体的方法，其中个体用具体类型的膳食，例如低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食治疗，所述方法包括步骤针对选自如表2中阐明的SNP标记物组的至少一种SNP，将个体的核酸基因分型。如果检测到如表4中阐明的至少一种SNP标记物，个体可被诊断为在膳食重量减轻干预项目中可能成功，其中个体用低脂/高碳水化合物膳食治疗。或者，如果检测到如表3中阐明的至少一种SNP标记物，个体可被诊断为在膳食重量减轻干预项目中可能成功，其中个体用高脂/低碳水化合物膳食治疗。与成功完成某些类型的膳食关联的SNP可从本文中所示的结果中评估。本发明还涉及对用具体类型的膳食例如低热量膳食、低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食治疗的个体的需求进行评估的方法。在另外方面中，本发明提供了对个体应该使用包含具体类型的膳食(例如低热量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的膳食重量减轻干预项目的合理性进行评估的方法。本发明还提供了对用具体类型的膳食(例如低热量膳食，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)补充个体的食物的合理性进行评估的方法。本发明还涉及测定个体是否是包含具体类型的膳食(例如低热量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的膳食重量减轻干预项目的合适的候选者的方法。在另一方面中，本发明涉及对个体应该使用具体类型的膳食例如低热量膳食、高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食方法的合理性进行评估的方法。可通过鉴定个体的核酸中的标记物来进行上述方法，所述标记物表示个体成功完成包含具体膳食类型的膳食重量减轻干预项目的增加的倾向性。标记物可以是选自如表2中所示的标记物组的 标记物。上述方法因而测定个体(例如超重或肥胖的个体)是否是包含具体膳食组成的重量管理项目的合适的候选者。在本发明的方法中，高脂/低碳水化合物或低脂/高碳水化合物膳食可以是低能量膳食。此外，通过使用在本发明中发现的标记物，用膳食，例如低能量膳食减轻重量的机会可被标明。一些人会比另一些人更容易减轻重量并且他们的遗传特性可以说明这些。基于这些，可由健康保健专业人员进行具有合适的目标设置和期望管理的营养和生活方式建议,这会导致个体成功的机会增加。本发明的另一方面涉及试剂盒的用途，所述试剂盒包括用于将选自如表I和2 中所示的由rsl900075、rsll854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、 rs943795、 rsl574781、 rsl99939、 rs6429280、 rs632172、 rs850678、 rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、 rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301、rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、rs3796160、rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、rsl002541, rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、rs3758348、rs4623810、rsl0886489、rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494、rs7337462、rs6561608、rsl6945369、rs6496772、rs6496774、rsll865234、 rs909910、 rs8047814、 rslll49808、 rsl2443712、 rs7230580、 rs7359820、rsl433840、 rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl0502781、 rs9946713、 rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs703632 4、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391 和 rs2829843 组成的 SNP 组的 SNP 基因分型的至少一个引物对；和操作说明，其解释了在根据本发明的方法中此类SNP标记物存在的检测表示在膳食重量减轻干预项目中个体成功的增加的可能性。本发明因而还提供了基于遗传多态性分析，测定个体是否对重量减轻有抗性的试剂盒。所述信息可用来监测个体(例如超重或肥胖的个体)，并基于他们对减轻重量的遗传趋向或对减轻重量的抗性将他们归类。如本文中发现的多态性被用于预测人重量管理策略的成果，特别是仅包括膳食干预以膳食干预作为主要部分的策略。试剂盒包含适于测定(或关联)个体(例如超重或肥胖的个体)成功完成或未成功完成膳食重量减轻干预项目 (更具体地其膳食组成部分，例如膳食)的可能性的至少一种引物或引物对。在一种实施方式中，本发明涉及用在根据本发明的方法或用途中的试剂盒，所述试剂盒包含用于将与肥胖或肥胖-关联表型关联的基因或基因座中的标记物基因分型的至少一种引物或引物对。优选地，标记物是选自如表I和2中所示的SNP的SNP。引物可适于核酸序列扩增。通常试剂盒含有与多态性的不同形式杂交的一种或多种引物或引物对，例如能与SNP的第一等位基因形式(例如A等位基因形式)杂交的引物或引物对和能与SNP的第二等位基因形式(例如T等位基因形式)杂交的引物或引物对。此外，根据本发明的试剂盒可包含操作说明，其解释了基因型与成功完成具体类型的膳食(例如低热量膳食，高脂/低碳水化合物膳食或低脂/高碳水化合物膳食)的增加的可能性的相关性。此外，试剂盒可包含操作说明，其解释了某些SNP (例如选自如在表2中所示的SNP的组的SNP)的存在或不存在的检测表示个体成功完成包含具体类型的膳食(例如低脂/高碳水化合物膳食或高脂/低碳水化合物膳食)的膳食重量减轻干预项目的增加的倾向性。基于用试剂盒获得的结果，下述可被检测到较之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，个体是否具有成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的增加的可能性，反之亦然。在一种实施方式中，本发明提供了用在根据本发明的方法中的试剂盒，所述试剂盒包含用于对选自如表I和2中所示的SNP的组的SNP进行基因分型的至少一种引物对；和操作说明，其解释了此类SNP标记物的存在的检测表示在膳食重量减轻干预项目中个体成功的增加的可能性。在其他实施方式中，本发明提供了试剂盒的用途，所述试剂盒包含用于将选自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl210567U rsl55936U rs995639U rs4816260、rsll087969、rs2829843、 rsl7494681、 rs6743846、 rs2672847、 rsl992902、 rs7036324、 rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850, and rs2829875,(如表 3 和 4 中列出的)组成的SNP组的SNP基因分型的至少一种引物对；和操作说明，其解释了在本发明的方法中选自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843 (如表3中列出的)组成的列表的SNP标记物的存在的检测表示个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物上可能减轻更多的重量并且选自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 (如表 4 中列出的)组成的列表的 SNP 标记物的存在的检测表示个体在高脂/低碳水化 合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。试剂盒的任选的额外的组件包括，例如，限制性酶、逆转录酶或聚合酶、阳性对照、隐性对照、适于检测(其他)标记物的至少一种另外的引物对、用于逆转录的适当的缓冲液、PCR和/或杂交反应、用来标记的手段和用于PCR反应的核苷酸混合物。本发明的试剂盒因而还可包含适于检测与如表I和/或2中所示的SNP连锁不平衡的标记物(例如SNP)的一种或多种引物、引物对、探针和/或寡核苷酸。其还可含有适于检测如表I和/或2中所示的另一 SNP的一种或多种引物、引物对、探针和/或寡核苷酸。 此外，根据本发明的试剂盒可含有进行所述方法以及对考虑到本发明的肥胖-关联等位基因和相关的单倍型的列表的操作说明。试剂盒的组件可以是在管或瓶中的干燥形式或可以溶解在适当的缓冲液中。除非另外指出，本发明利用了本领域技术人员技术水平范围内的适当的分子生物学、免疫学、微生物学、生物化学和细胞生物学的常规(重组)技术。用于任何目的，本申请中参考的所有出版物和参考文献通过引用被整体并入本文。此外，本发明涉及低脂/高碳水化合物膳食在用于治疗和/或预防个体(例如超重或肥胖的个体)肥胖的药剂的制造中的用途，所述个体已被鉴定为具有至少一种SNP，所述SNP表示较之包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，个体成功完成包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的增加的可能性。此类SNP可在表4中找到。此外，本发明涉及高脂/低碳水化合物膳食在用于治疗和/或预防个体(例如超重或肥胖的个体)肥胖的药剂的制造中的用途，所述个体已被鉴定为具有至少一种SNP，所述SNP表示较之包含低脂/高碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目，个体成功完成包含高脂/低碳水化合物膳食的膳食重量减轻干预项目的增加的可能性。此类SNP可在表3中找到。此外，本发明涉及低热量膳食在用于治疗和/或预防个体(例如超重或肥胖的个体)肥胖的药剂的制造中的用途，所述个体已被鉴定为具有如在表I和/或2中列出的至少一种SNP。本发明还涉及计算机系统和用于存储根据本发明的数据的计算机可读介质。计算机可读介质表示可被阅读并通过计算机直接得到的介质，包括但不限于磁存储介质，例如软盘、硬盘存储介质和磁带；光存储介质(例如CD-ROM);点存储介质(例如RAM和ROM)；和这些类型的混合，例如磁/光存储介质。数据可被存储在一个或多个数据库中并包括与如表I和/或2中所示的标记物(例如SNP)相关的信息,所述标记物适于测定个体成功或未成功完成具体的膳食重量减轻干预项目的可能性。数据库还可包括关于标记物的性质(例如在参照等位基因以及非参照等位基因中的占据多态性位置的碱基)、标记物的位置(例如通过参考，例如染色体或染色体内到已知标记物的距离)、标记物与肥胖的关联水平、种群或亚群中的标记物的频率、标记物与其他标记物的关联的信息以及关于其他标记物的所有相关信息。其还可包括包含多态性位置的10-100个相邻碱基的序列或它们的互补体。数据库还可含有源自采访、问卷或调查的个体的个人信息以及源自医生、医师、饮食学家、营养学家或遗传顾问的有关的医学信息。此外，数据库可包含关于所有类型的膳食、膳食组成和膳食重量减轻干预项目(包括组合、价格、剂量等等)的信息。其甚至可包含下述信息，所述信息关于基于个体的遗传特性的适于和/或不适于个体的膳食、膳食组成和膳食重量减轻干预项目。数据库可包含来自一个个体的信息但也包含来自个体组(例如具体种群或亚群)的信息。数据库可用在本发明的方法和用途中。典型地，通过电子手段，例如通过使用计算机，将来自个体的遗传数据引进计算机系统。接着，将遗传数据与在包含与遗传标记物相关的信息的数据库中的数据比较。基于比较，个体成功完成膳食重量减轻干预项目的可能性可被测定并且，任选地可建议合适的个人化的膳食。、本发明还提供了包含程序代码手段(program code means)的计算机程序,用于当所述程序在计算机上运行时进行所有上述步骤。还提供了包含存储在计算接可读介质上的程序代码手段的计算机程序产品，用于当所述程序在计算机上运行时进行本发明的方法和用途。另外提供了在载波上的包含程序代码手段的计算机程序产品，当在计算机系统上执行时，其指导计算机系统进行上述步骤。此外，本发明提供了被配置来进行上述步骤的装置。所述装置典型地包含计算机系统，例如PC。在一种实施方式中，计算机系统包含用于接收来自个体的遗传数据的手段、用于将数据与包含与遗传标记物相关的信息的数据库比较的模块，和基于所述比较测定个体会成功完成或未能成功完成膳食重量减轻干预项目的可能性的手段，和任选地甚至测定针对个体的合适的膳食、膳食组成或膳食重量减轻干预项目的手段。访问数据库可以电子方式实现，例如通过计算机(PC或便携式电脑)、移动电话、个人数字辅助设备、因特网、手持式仪器(handheld)，但数据库中的信息也可以纸质形式提供。访问数据库的人可以是个体自己、医师、营养学家、医生、饮食学家和甚至是餐馆和超级市场。访问可以是完全的或受限于仅仅某些数据。上述系统、介质、程序和装置还可包括使用除了表型数据之外的遗传输入，例如起始重量、种族、出生日期、性别来计算有益概率的算法。
实施例为阐明本发明，提供了下述实施。这些实施例不意图限制本发明的范围。实施例I :全基因组关联分析目标进行了 10-周膳食重量减轻干预研究，以测验遗传因素与肥胖相关表型之间的相互作用。为实现该目标，进行全基因组关联研究以鉴定涉及重量减轻/增加的并就营养摄取的协变量而言或更通常地就膳食而言的数量性状关联的基因。因而，已经用IlluminHumanHap 300-DU0 SNP芯片，对771个肥胖个体的318237个SNP进行基因分型。群组描述
在10-周内，欧洲，多中心膳食干预研究，771个重量稳定的、肥胖的(BMI ^ 30kg/m2)、但其他方面健康的男人和女人被随机选择低脂/高碳水化合物(20至25%能量来自脂肪；60至65%来自碳水化合物)或高脂/低碳水化合物(40至45%能量来自脂肪；40至45%来自碳水化合物)的低能量膳食(eOOkcal/天的能量缺乏)。选择患者从2001年五月直到2002年九月招募肥胖受试者。纳入标准有BMI彡30且年龄20至50。排除标准有在研究开始之前持续3个月内重量改变> 3kg，通过药物治疗的高血压、糖尿病或高脂血，未治疗的甲状腺疾病，外科或药物治疗的肥胖，妊娠，和参与其他试验以及酒精或药物滥用。在研究参与之前获得书面知情同意书并由伦理委员会(EthicalCommittee)对各个参与中心批准研究。这种研究已在别处详细描述过(见Petersen etal. (2006) and S0rensen et al. (2006))。表型分析
在校准的秤上测量体重。对仅穿非限制性内衣裤的参与者测量腰围。用校准的的测距仪测量身高。针对每个变量，记录三次测量的平均值。通过多频生物电阻抗(Bodystat ；QuadScan 4000, Isle of Man, British Isles)评估脂肪质量和无脂肪质量。通过在每个中心常规使用的通风罩(ventilated hood)系统测量静止代谢速率，并且标准化验证程序被用来帮助将来自不同中心的结果合并。隔夜禁食12小时后抽取静脉血，随后3天受试者被教导避免过度体育活动或酒精消耗。在程序开始之前，受试者以仰卧位静止15分钟。通SHOMA.统计建模测量胰岛素分泌和胰岛素抗性。针对在重量减轻、空腹血糖改变、空腹胰岛素改变、胰岛素分泌改变和胰岛素抗性改变上的作用，分别单独进行线性回归建模。协变量针对干预开始时的基础重量(如在Sorensen et al. (2006)中所描述)、性另ll、年龄、中心和膳食组，调整统计学分析。制备样品使用常规方法从血液样品中分离高分子量基因组和线粒体DNA。使用Syber GreenII定量方法测量每个样品中纯化的DNA的浓度。对于使用Illumina平台形式的基因分型，具有50ng/ μ I浓度的750ng最小量的基因组DNA是必需的，因此每个DNA样品被相应地稀释。来自肥胖个体的771个样品中，751个符合这些标准。使用Illumin HumanHap 300-DU0芯片的全基因组扫描使用Illumin HumanHap 300-DU0 SNP珠状芯片和Infinium II基因分型检验进行DNA样品的全基因组基因分型。HumanHap 300-DU0珠状芯片含有超过317000个SNP标记物，其中大部分是源自国际人类基因组单体型图计划(International HapMap Project)的标签SNP标记物。标签SNP是可用作许多其他SNP的代理(proxies)的基因座。标签SNP的使用大大改进了关联研究的能力，因为只有基因座的一个亚组需要被基因分型同时保持相同的信息和能力，就好像许多SNP已经被基因分型。根据在Illumina (San Diego, CA, USA)提供的 “ Inf inium II Assay SystemManual”中详细描述的“Single-Sample BeadChip Manual process”,用HumanHap300DU0珠状芯片进行Infinium II基因分型。简而言之，来自样品的750ng基因组DNA经受全基因组扩增。扩增的DNA被片段化、沉淀并在杂交缓冲液中再悬浮。再悬浮的样品被加热变性并接着应用至一个HumanHap300DU0珠状芯片。过夜杂交后，错杂交的和未杂交的DNA从珠状芯片上洗涤掉，并使用标记的脱氧核糖核苷酸和捕获的DNA作为模板，在珠状芯片上进行寡核苷酸的等位基因特异性单碱基延伸。延伸的DNA染色后，冲洗珠状芯片并用BeadArray读取仪(Illumina)扫描并且使用BeadStudio软件(Illumina)分析来自样品的基因型。符合Illumina平台质量要求的所有751个DNA样品被基因分型。Nugenob研究的GWS数据的统计分析首先，完成质量控制测量。使用R genetics包，针对哈代温伯格平衡(HardyWeinberg equilibrium)测试所有基因分型的SNP。从哈代温伯格平衡中显示偏差的SNP被标记以调查任何可能的基因分型错误。为了研究种群结构，选择覆盖所有常染色体的27974个SNP的随机组并接着基于配对状态等同距离(pair wise identity-by-state distance),使用plink软件进行分析，所述plink软件使用完全连锁凝聚式聚类算法(complete linkage agglomerativeclustering)。另外，选择欧洲种群的602个祖先信息标记，使用plink和STRUCTURE软件来检测群体分层(population stratification)。所有分析的结论是在该研究群组中没有显著群体分层。对于超过99%的SNP，检出频率(每个SPN递送的基因型的数目)彡98%。对于超过98%的个体，检出率(每个个体基因分型的SNP的数目)彡95%，二者都与制造商的说明书一致，表明该基因分型是精确可靠的。接着，完成统计学分析。关于重量减轻和遗传组分之间的关联，如在例如Sorensen et al. (2006)中描述的,利用 HelixTree (GoldenHelix Inc.)，使用性别、年龄、中心、膳食组和干预开始时的重量作为协变量和使用本领域技术人员熟知的若干模型(加性、显性和隐性)，使用用R统计学软件控制性别、年龄、中心、膳食组和干预开始时的重量；控制或没有控制膳食和遗传组分之间的相互作用的多元线性回归，应用了多元线性回归分析。全基因组扫描——使用欧洲、多中心膳食干预研究对象和IlluminHumanHap-300DU0珠状芯片进行重量减轻的全基因组关联分析。在统计学分析中使用的最终数据组包括750个受试者。在该研究中发现了新的关联重量减轻的SNP标记物，其中若干个是基因内的。实施例2 :综合分析针对之前已与膳食重量减轻或脂肪氧化能力关联的基因，仔细发掘科技文献。基于InWeb蛋白-蛋白相互作用数据库(见Lage et al. , 2007),在蛋白-蛋白相互作用网中，该数据库中的所有蛋白根据它们与这些候选者蛋白的接近度而被分级。结下来，根据它们持有的SNP的显著性，通过将所有的基因产物分级，构建基于GffAS的重量减轻证据层(layers)(有和没有膳食相互作用)和基于GWAS的脂肪氧化证据层。每个基于GWAS的证据层与蛋白-蛋白相互作用分级折叠(collapse)，以产生3个荟萃分级(meta-ranks)。根据它们与先前报道的重量减轻基因或脂肪氧化基因的相互作用程度以及它们在GWAS中的显著性，每个荟萃分级反映所有蛋白的分级。实施例3 :精细定位对于包括从全基因组关联分析(实施例I)和/或综合分析(实施例2)中具有最低P值的基因，选择这些基因内的所有SNP用于精细定位(mapping)。另外，对于不位于基因内的从全基因组关联分析(实施例I)和/或综合分析(实施例2)中具有最低P值的SNP，选择在它们邻近的其他SNP用于精细定位。这导致1536个SNP (见表6)。根据制造商的说明，使用定制的Illumina GoldenGate基因分型检验查询这些1536个SNP的基因型。简而言之，活化250ng的DNA并且将检验寡核苷酸、杂交缓冲液和顺磁性颗粒与活化的DNA结合。杂交和数次冲洗步骤之后，等位基因特异性寡核苷酸被延伸并与基因座特异性寡核苷酸连接。所得产物接着使用PCR扩增并标记，与阵列矩阵(array matrix)杂交并使用Illumina Bead Array读取仪可视化。这样导致新的与重量减轻关联的SNP标记物。该新的SNP标记物在表I和2中示出。在表I中，显示了没有考虑膳食-基因相互作用的与重量减轻关联的SNP。在表2中，显示了考虑了低脂/高碳水化合物膳食-基因相互作用或高脂/低碳水化合物膳食-基因相互作用的与重量减轻关联的SNP标记物。通过在回归式子中引入膳食-基因相互作用关系，计算表2的SNP的β-值。β_值的方向和大小显示膳食-基因相互作用的方向和大小，例如如果个体具有负β值的SNP，个体会在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳 水化合物膳食上减轻更多的重量，且如果个体具有正β值的SNP，个体会在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上减轻更多的重量。表3中显示了考虑高脂/低碳水化合物膳食-基因相互作用的关联重量减轻的SNP标记物，而表4中显示了考虑低脂/高碳水化合物膳食-基因相互作用的关联重量减轻的SNP标记物。表5中显示了包括它们的核苷酸序列的表I和表2的SNP标记物。参考文献Lage K, Karlberg Ε0, Sterling ZM, Olason PI, Pedersen AG, Rigina O,Hinsby AM, Tiimer Z, Pociot F, Tommerup N, Moreau Y and Brunak S (2007), A humanphenome-interactome network of protein complexes implicated in geneticdisorders. Nat. Biotech-nol. 25 :309-316.Petersen M,Taylor MA,Saris WHM,Verdich C,Toubro S，Macdonald I,RossnerS，Stich V，Guy-Brand B，Langin D，Martinez JA, Pedersen 0，Holst C,S0rensen TI A,As-trup A and The Nugenob Consortium(2006)，Randomized，multi-center trial of twohypo-energetic diets in obese subjects :high_versus low-fat content. Int. J. Obes.(Lond.). 30 :552-60.Sorensen TIA, Boutin P,Tayloer MA,Larsen LH,Verdich C,Petersen L，HolstC，Echwald SM，Dina C，Tourbo S，Petersen M，Polak J，Clement K，Martinez JA，LanginD,Oppert J—M，Stch V，Macdonald I，Arner P，Saris WHM,Pedersen 0，Astrup A,FroguelP and The Nugenob Consortium(2006)， Genetic polymorphisms and weight loss inobesity a randomized trial of hypo-energetic high-versus low-fat diets. PLoSClinical Trials 1(2) e 12.表I :没有考虑膳食-基因相互作用的与重量减轻关联的SNP的列表
权利要求
1.针对由rsl900075、rsll854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、 rs943795、 rsl574781、 rsl99939、 rs6429280、 rs632172、 rs850678、 rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256、rs6734108、rs6735232、rs4848123、 rsl0173252、 rsl3382915、 rs6434276、 rsl2693496、 rsl2105671、 rs4274570、rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、 rs2250522、 rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、 rs468330U rsll38518、 rs7652849、 rs9855938、 rs9825199、 rs3796160、rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、 rs6887093、 rs2358531、rsl002541、rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031 177、rs8181006、rs782204U rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、 rs2051680、 rsll79037、 rs3739892、 rs3758348、 rs4623810、 rsl0886489、rs2991769、 rs2104992、 rsl2766539、 rs2991770、 rs7081349、 rsll016125、 rs6482668、 rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494> rs7337462> rs6561608> rsl6945369> rs6496772> rs6496774>rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、 rs226313、 rs2123473、 rs8088748、 rsl0502781、 rs9946713、 rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、rsl7494681、rs6743846、rsl0495589、rs266065、rs2672847、rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs 7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7238810、rs4630636、rs9956391和rs2829843组成的单核苷酸多态性(SNP)标记物的组选择的至少一种SNP的用途，用于预测个体在包括使个体经受低热量膳食的膳食重量减轻干预项目中成功的可能性。
2.根据权利要求I的用途，特征在于所述SNP是rsl900075。
3.根据权利要求I的用途，特征在于所述SNP是rsll854719。
4.根据权利要求I至3的任一项的用途，特征在于所述个体是超重的或肥胖的。
5.用于预测个体在膳食重量减轻干预项目中成功的可能性的方法，所述方法包括 a)获得包含个体的核酸的生物样品， b)针对根据权利要求I至3的至少一种SNP，将所述核酸基因分型，其中来自该SNPs组的至少一种SNP的存在表明个体在膳食重量减轻干预项目中成功的增加的可能性。
6.用于预测个体是否在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多重量的方法，所述方法包括步骤 a)获得包含个体的核酸的生物样品， b)针对选自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969和rs2829843组成的SNPs组的至少一种SNP，将核酸基因分型，其中来自该SNPs组的至少一种SNP的存在表明个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。
7.用于预测个体在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量的方法，所述方法包括步骤 a)获得包含个体的核酸的生物样品， b)针对选自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 组成的 SNPs 组的至少一种SNP，将核酸基因分型，其中来自该SNPs组的至少一种SNP的存在表明个体在低脂/高碳水化合物膳食上比在高脂/低碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。
8.试剂盒的用途，所述试剂盒包括用于将选自由rsl900075、rsl1854719、rs560514、rsl402694、rsl402696、rsl402695、rs486708、rs943795、rsl574781、rsl99939、rs6429280、 rs632172、rs850678、rs659887、rs7582990、rs6432096、rsl974676、rs3755259、rs3755256 、rs6734108、rs6735232、rs4848123、rsl0173252、rsl3382915、rs6434276、rsl2693496、rsl2105671、 rs4274570、 rs6723034、 rs2043448、 rsl2693982、 rsl376877、 rs2469954、rs2250522、rs2246849、rsll687186、rs2246118、rs2469962、rs6436943、rs836230、rs836235、rs6728423、rs6729378、rs4683301, rsll38518、rs7652849、rs9855938、rs9825199、 rs3796160、 rs9870813、 rs823504、 rsl0512926、 rs7701465、 rsl3179555、rs6887093、rs2358531, rsl00254U rsl2153396、rs884948、rs4704296、rs4704297、rs2937723、rs2937719、rs203138、rs203133、rs6965716、rs2685753、rs3889348、rsl230544、rsl0488501、rs3779340、rsl0486838、rsl0486839、rsll763565、rs3807778、rsl0277160、rsll768469、rs3779331、rsl031177、rs8181006、rs7822041、rsl0092844、rs2120995、rs4295694、rsl0104134、rs8176747、rs568203、rs651007、rs579459、rs635634、rs633862、rs558240、rs487820、rs2051680、rsll79037、rs3739892、rs3758348、rs4623810、rsl0886489、rs2991769、rs2104992、rsl2766539、rs2991770、rs7081349、rsll016125、rs6482668、rsll016240、rsl761534、rs2255615、rs2791754、rs928571、rs731644、rsl0899257、rsl0793186、rs9568494、rs7337462、rs6561608、rsl6945369、rs6496772、rs6496774、rsll865234、rs909910、rs8047814、rslll49808、rsl2443712、rs7230580、rs7359820、rsl433840、rs226313、rs2123473、rs8088748、rsl050278U rs9946713、rs7504768、rs8098098、rs7242055、rsl470324、rs4890647、rs9974676、rs974680、rs4816260、rsll087969、rs2829850、rs7283477、rs2829875、rsl35570、rsl35549、rsl2125019、 rsl7494681、 rs6743846、 rsl0495589、 rs266065、 rs2672847、 rsl992902、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rsl559361、rs7 238810、rs4630636、rs9956391 和 rs2829843 组成的 SNPs 组的 SNP 基因分型的至少一种引物对；和操作说明，其解释在权利要求5的方法中的此类SNP标记物的存在检测表明个体在膳食重量减轻干预项目中成功的可能性。
9.试剂盒的用途，其包括用于将选自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、 rs9956391、 rs4816260、 rsll087969、 rs2829843、 rsl7494681、 rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850和rs2829875组成的SNPs组的SNP基因分型的至少一种引物对；和操作说明，其解释在权利要求6或7的方法中的选自由rsl900075、rsll854719、rsl2125019、rsl0495589、rs266065、rsll687797、rsll687248、rs6434274、rs4233800、rsl2105671、rsl559361、rs9956391、rs4816260、rsl 1087969 和 rs2829843 组成的列表的 SNP标记物存在的检测表明个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物上可能减轻更多的重量，以及选自由rsl7494681、rs6743846、rs2672847、rsl992902、rs7036324、rs7914808、rsl2599288、rs7238810、rs4630636、rs2829850 和 rs2829875 组成的列表的 SNP 标记物存在的检测表明个体在高脂/低碳水化合物膳食上比在低脂/高碳水化合物膳食上可能减轻更多的重量。
10.根据权利要求8或9的试剂盒的用途，还包含在权利要求6或7的方法中的选自由限制性酶、逆转录酶或聚合酶、阳性对照、阴性对照、适于检测(其他)标记物的至少一个其他引物对、用于逆转录的适当的缓冲液、PCR和/或杂交反应、用来标记的手段和用于PCR反应的核苷酸混合物组成的组的至少一个组件。
全文摘要
本发明涉及与肥胖和肥胖相关表型有关联的遗传多态性以及它们在预测个体成功完成膳食体重减轻干预项目中的用途。
文档编号C12Q1/68GK102741427SQ201080056389
公开日2012年10月17日 申请日期2010年12月9日 优先权日2009年12月9日
发明者欧古尔·桑凯克 申请人:帝斯曼知识产权资产管理有限公司