专利名称：用于治疗癌症的抗-ctla4抗体和吲哚酮组合治疗的制作方法
用于治疗癌症的抗-CTLA4抗体和W咮酮组合治疗发明背景癌症目前是在美国造成死亡的主要原因。目前，癌症是通过一种 或三种类型的治疗方法的组合治疗的手术，放射和化学疗法。化学 疗法涉及破坏细胞复制或细胞代谢。用于肿瘤性疾病的治疗的系统性 化学疗法的负面作用可能是威胁生命的，并且成为了癌症患者临床管 理的主要任务。定向治疗的发展集中在对肺瘤细胞的特异性靶定，同时不伤害正 常组织，以便减轻副作用方面。定向治疗集中在血管发生方面，因为 随着肿瘤细胞生长，它们需要营养来源。由肿瘤细胞特别产生的生长 因子(例如，VEGF和PDGF)能刺激血管发生，以便形成新的血管提供 重要的养分，并且提供肿瘤细胞转移的手段(Klagsburn and D'Amore， 1996, Cytokine & Growth Factor Reviews 7: 259-270)。另夕卜， 由于它们在血管发生中的作用，治疗方法还集中在受体型酪氨酸激酶 (RTK)和它的抑制剂(RTKIs)方面。细胞培养和基因剔除实验表明，每一个受体影响血管发生的不同 的方面。另外，业已表明肿瘤生长容易受到VEGF受体拮抗剂的抗血管 生成作用的影响(例如，参见，Kimet al. , 1993， Nature 362: 841-844; Weidner et al. , 1991， N. Engl. J. Med. 324: 1-8 )。另外，PDGF 在血管发生中起着重要作用，它能支持正常血管发育所必需的周皮细 胞的生长和存活。因此，实体肿瘤可以通过酪氨酸激酶抑制剂治疗，因为所述肿瘤 依赖于血管发生，以便形成支持它们生长所需要的血管。所述实体肿 瘤包括组织细胞性淋巴瘤，脑，泌尿生殖道，淋巴系统，胃，咽喉和 肺的癌症，包括肺腺癌和小细胞肺癌，结肠直肠，乳腺和胰腺癌，以 及神经内分泌肿瘤(NET)。其他例子包括出现Raf-激活的癌基因(例
如，K-ras, erb-B)的超量表达或激活的癌症。所述癌症包括胰腺和 乳腺癌。因此，所述酪氨酸激酶的抑制剂可用于预防和治疗依赖于所 述酶的增殖性疾病。因此，需要开发用于抑制，调节和/或控制酪氨酸 激酶信号转导的治疗方法。癌症治疗的替代和/或补充方法是靶定免疫系统("免疫疗法") 而不是和/或作为靶定肿瘤本身的补充。 一种癌症免疫疗法靶定细胞毒 性T淋巴细胞-相关的抗原4 (CTLA4; CD152)，它是在激活的T细胞 上表达的细胞表面受体。CTLA4与它的天然配体，B7. 1(CD80)和B7. 2 (CD86)的结合向T细胞发送负调控信号，并且阻断该负信号会导致 在动物模型内产生增强的T细胞免疫功能和抗胂瘤活性(Thompson and Al 1 ison/層w/7/0^7: 445-450 ( 1997 ); McCoy and LeGros /層w"o/.》 77: 1-10 ( 1999 ))。若干研究业已证实使用抗体的CTLA4 阻断能显著增强T细胞介导的肿瘤杀伤作用，并且可以诱导抗肿瘤免 疫(Leach et al. ， 5We腳271: 1734-1736 ( 1996 ) ; Kwon et al. 尸roc. ScA94: 8099-8103 ( 1997 ) ; Kwon et al.，JcaJ. i"c/. ^S^ 96: 15074-15079 ( 1999 ))。尽管使用抗-CTLA4抗体诱导抗肿瘤反应给癌症治疗带来了很大 希望，但长时间内仍然需要开发使用所述抗体治疗肿瘤，特别是实体 肿瘤的新型疗法。类似地，尽管现有的抗癌治疗方法取得了成功，但 对所述治疗的完全反应很少发生，并且患者群体对这些治疗方法的抵 触仍然较大。因此，有必要开发新的治疗方案，特别是能够增强或加 强其他抗肺瘤制剂，优选RTKIs的抗肿瘤活性，同时减轻现有化学疗 法的细胞毒性副作用的方法。本发明满足了上述要求。发明概述本发明包括用于治疗需要这种治疗的患者的癌症的方法。该方法 包括给患者组合施用治疗有效量的抗-CTLA4抗体或它的抗原结合部 分，和治疗有效量的吲哚酮受体酪氨酸激酶抑制剂(RTKI)。一方面，所述吲味酮RTKI是选自下列一组的至少一种化合物 N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ (Z) - ( 5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H--引咮-3-亚基)甲基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨曱酰，N-[2-(乙氨基)乙 基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)曱基]-2， 4-二甲基-1H-吡咯-3-氨曱酰，和5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢 -3H-吲哚-3-亚基)甲基]-N-[ (2S) -2-羟基-3-吗啉-4-基丙基]-2, 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨曱酰，或其可以药用的盐。另一方面，所述RTKI是N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-。引咮-3-亚基)曱基]-2， 4-二曱基-111-吡咯-3-氨曱酰.另一方面，所述N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧-l, 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨甲酰的治 疗有效量为大约25 mg-87. 5 mg/天，而所述N-[2-二乙氨基]乙 基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨曱酰是口服的。另一方面，所述治疗有效量的N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ (Z)-(5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)曱基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨甲酰的施用量为大约37.5 mg-50 mg/天。另一方面，所述N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[(Z)-(5-氟-2-氧-l， 2-二氩-3H-p引味-3-亚基)甲基]-2， 4-二甲基-lH-吡咯-3-氨曱酰是按照选自下列一组的给药方案施用的每天施用；每天施用，持续大约 4周；每天施用，持续大约4周，然后停药大约2周；每天施用，持 续大约3周，然后停药大约l周；和每天施用，持续大约2周，然后 停药大约1周。另一方面，所述治疗是选自下列一组的治疗方法新辅助治疗， 辅助治疗，第一线治疗和第二线治疗。另一方面，所述人抗-CTLA4抗体的治疗有效量为大约0.1 mg/kg-50 mg/kg。 另一方面，所述人抗-CTLA4抗体的治疗有效量为大约0.3 mg/kg-20 mg/kg。另一方面，所述治疗有效量的人抗-CTLA4抗体选自下列一组 至少1 mg/kg，至少3 mg/kg，至少6 mg/kg，至少10 mg/kg，和至 少15 mg/kg。另一方面，所述抗体是按照选自下列一组的给药方案施用的每 28天施用大约6 mg/kg，每三个月施用大约6 mg/kg，每28天施用大 约10mg/kg,每三个月施用大约10mg/kg,每28天施用大约15 mg/kg， 和每三个月施用大约15 mg/kg。一方面，所述N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-丐l咮-3-亚基)甲基]-2， 4-二甲基-lH-吡咯-3-氨甲酰是以 大约37. 5 mg/天的用量施用的，而所述抗-CTLA4抗体是按照选自下列 一组的给药方案施用的每三个月施用大约10mg/kg和每三个月施用 大约15 mg/kg。另一方面，所述癌症选自下列一组乳腺癌，前列腺癌，卵巢 癌，胰腺癌，肺癌，急性髓细胞性白血病，结肠直肠癌，肾细胞癌， 胃肠道基质癌，和肉瘤。另一方面，所述抗-CTLA4抗体或它的抗原结合部分，是选自下列 一组的至少一种抗体(a)对CTLA4的结合亲和力为大约10_8或以上的人抗体，并且它 抑制在CTLA4和B7-l之间的结合，和抑制在CTLA4和B7-2之间的结合；(b) 具有以下氨基酸序列的人抗体，包括至少一个人CDR序 列，它相当于选自下列一组的抗体的CDR序列4. 1. 1， 4. 8. 1， 4. 10. 2, 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1， ticilimumab (也称作抗体11.2.1或 CP-675, 206 )， 11. 6. 1， 11. 7. 1. ， 12. 3. 1. 1, 12. 9. 1. 1，和ipilim蘭b;(c) 具有选自下列一组的抗体的重和轻链的氨基酸序列的人抗 体4.1.1, 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1， ticilim觀b， 11.6.1， 11.7.1.， 12.3.1.1， 12.9.1,1，和ipili瞧ab; (d)抗体或它的抗原结合部分，它与CTLA4竟争结合具有选自 下列一组的抗体的重和轻链的氨基酸序列的至少一种抗体4. 1. 1, 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1, ticilim画b， 11.6.1， 11.7.1., 12.3.1.1， 12.9.1.1，和ipilim腿b;和(e)抗体或它的抗原结合部分，它与CTLA4交叉竟争结合具有 选自下列一组的抗体的重和轻链的氨基酸序列的至少一种抗体 4. 1. 1, 4. 8. 1， 4. 10. 2， 4. 13. 1， 4. 14. 3, 6. 1. 1, ticilim腿b, 11. 6. 1， 11.7.1.， 12.3.1.1， 12.9.1.1，和ipilim醒b。一方面，所述抗体是具有选自下列一组的抗体的重和轻链的氨基 酸序歹'J的人抗体4.1.1， 4.13.1， ticilimumab和ipilimumab。更优选的是，所述抗体是ticilim画b。另一方面，所述抗体或它的抗原结合部分，包括重链和轻链， 其中，所述重链的重链可变结构域和所述轻链的轻链可变结构域的氨 基酸序列选自下列一组(a) SEQ ID NO: 3的氨基酸序列和SEQ ID NO: 9的氨基酸序列；(b) SEQ ID NO: 15的氨基酸序列和SEQ ID NO: 21的氨基酸序列；(c) SEQ ID NO: 27的氨基酸序列和SEQ ID NO: 33的氨基酸序列；(d) 由核酸序列SEQ ID NO: 1编码的氨基酸序列和由核酸序 列SEQ ID NO: 7编码的氨基酸序列；(e) 由核酸序列SEQ ID NO: 13编码的氨基酸序列和由核酸序 列SEQ ID NO: 19编码的氨基酸序列；(f) 由核酸序列SEQ ID NO: 25编码的氨基酸序列和由核酸序 列SEQ ID NO: 31编码的氨基酸序列；和(g) ipilimumab的重和轻链的氨基酸序列。另一方面，所述抗体或它的抗原结合部分是选自下列一组的抗体 (a) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 4， SEQ ID NO: 5， SEQ ID NO: 6， SEQ ID NO: 10， SEQ ID NO: 11和 SEQ ID NO: 12;(b) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 16， SEQ ID NO: 17， SEQ ID NO: 18， SEQ ID NO: 22， SEQ ID NO: 23和 SEQ ID NO: 24;和(c) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 28， SEQ ID NO: 29， SEQ ID NO: 30， SEQ ID NO: 34， SEQ ID NO: 35和 SEQ ID NO: 36.另一方面，所述抗体或它的抗原结合部分，包括具有SEQIDNO: 27所示氨基酸序列的重链可变区和具有SEQ ID NO: 33所示氨基酸序 列的轻链可变区。另一方面，所述抗体选自下列一组(a) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 2和 SEQ ID NO: 8;(b) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 14 和SEQ ID NO: 20;和(c) 包括以下序列所示的氨基酸序列的抗体SEQ ID NO: 26 和SEQ ID NO: 32。另一方面，所述抗体是施用p引咮酮RTKI结束之后施用的，最优 选的是，其中，所述患者的免疫反应水平大于所述患者在吲哚酮RTKI 施用期间或之后不久的免疫反应水平。一方面，所述抗体是在施用吲哚酮RTKI之后大约1-100天施用的。本发明包括用于治疗癌症的药用组合物。所述组合物包括治疗有 效量的抗-CTLA4抗体或它的抗原结合部分，和治疗有效量的吲哚酮 RTKI，和可以药用的载体。一方面，所述吲哚酮RTKI是选自下列一组的至少一种化合物 N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ (Z) -(5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-吲哚-3- 亚基)甲基]-2, 4-二甲基-lH-吡咯-3-氨曱酰，N-[2-(乙氨基)乙 基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-1, 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨曱酰，和5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-1, 2-二氢 -3H-吲哚-3-亚基)曱基〗-N-[ (2S) -2-羟基-3-吗啉-4-基丙基]-2, 4-二甲基-lH-吡咯-3-氨甲酰，或其可以药用的盐。附图的简要说明通过结合附图阅读能够更好地理解本发明的以上概述和以下详 细说明。为了说明本发明，在附图中示出了目前优选的实施方案。不 过，应当理解的是，本发明并不局限于所示出的确切的结构和手段。在附图中图l，包括
图1A-1D,表示抗-CTLA4抗体4. 1. l的核苷酸和氨基酸 序列。图1A表示4.1.1重链的完整长度的核苷酸序列(SEQ ID NO: 1)。图1B表示4.1.1重链的完整长度的氨基酸序列(SEQ IDN0: 2)， 而4.1.1重链可变区的氨基酸序列(SEQ ID NO: 3)在括号"[]" 之间示出。在每一个4. 1.1重链CDR的氨基酸序列下面划线。所述CDR 序列如下CDR1: GFTFSSHGMH( SEQ ID NO: 4 ); CDR2: VIWYDGRNKYYADSV (SEQ ID NO: 5);和CDR3:GGHFGPFDY (SEQ ID NO: 6)。图IC表 示4. 1.1轻链的核苷酸序列(SEQ ID NO: 7)。图ID表示完整长度的 4.1.1轻链的氨基酸序列(SEQ IDN0: 8)，而所述可变区在括号"[]" 之间示出(SEQ ID NO: 9)。每一个CDR的氨基酸序列如下CDR1: RASQSISSSFLA (SEQ IDN0: 10); CDR2: GASSRAT ( SEQ ID NO: 11); 和CDR3:QQYGTSPWT (SEQ ID NO: 12)。图2，包括图2A-2D，表示抗-CTLA4抗体4. 13. l的核苷酸和氨基酸 序列。图2A表示完整长度的4. 13. 1重链的核苷酸序列(SEQ ID NO:13) 。图2B表示完整长度的4. 13. 1重链的氨基酸序列(SEQ ID NO:14) ，而4. 13. 1重链可变区的氨基酸序列(SEQ ID NO: 15)在括号 "[]"之间示出。在每一个4. 13. 1重链CDR的氨基酸序列下面划线。所述CDR序列如下CDR1: GFTFSSHGIH (SEQ ID NO: 16) ; CDR2: VIWYDGRNKDYADSV ( SEQ ID NO: 12);和CDR3:VAPLGPLDY ( SEQ ID NO: 18)。图2C表示4. 13. 1轻链的核苷酸序列(SEQ ID NO: 19)。 图2D表示完整长度的4. 13. 1轻链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 20)， 而所述可变区在括号"[]"之间示出(SEQ ID NO: 21)。每一个CDR 的氨基酸序列如下 CDR1: RASQSVSSYLA ( SEQ ID NO: 22); CDR2: GASSRAT (SEQ IDNO: 23);和CDR3:QQYGRSPFT ( SEQ ID NO: 24)。 图3，包括图3A-3D，表示抗-CTLA4抗体ticilimumab的核苷酸和 氨基酸序列。图3A表示完整长度的ticilimumab重链的核苷酸序列(SEQ ID NO: 25)。图3B表示完整长度的t ici 1 imumab重链的氨基 酸序列(SEQ ID NO: 26)，而tici 1 imumab重链可变区的氨基酸序列(SEQ IDNO: 27 )在括号"[]，，之间示出。在每个t ici 1 imumab重链 CDR的氨基酸序列下面划线。所述CDR序列如下CDR1: GFTFSSYGMH(SEQ ID NO: 28) ; CDR2:VIWYDGSNKYYADSV (SEQ ID NO: 29); 和CDR3: DPRGATLYYYYYGMDV( SEQ IDNO: 30)。图3C表示tici 1 imumab 轻链的核苷酸序列(SEQ IDNO: 31)。图3D表示完整长度的tici 1 imumab 轻链的氨基酸序列(SEQ ID NO: 32),而所述可变区在括号"[]" 之间示出(SEQ ID NO: 33)。每一个CDR的氨基酸序列如下CDR1: RASQSINSYLD (SEQ IDNO: 34); CDR2:AASSLQS ( SEQ ID NO: 35); 和CDR3:QQYYSTPFT (SEQ ID NO: 36)。发明的详细说明本发明涉及将抗-CTLA4抗体与至少一种吲哚酮(例如，化合物1， 化合物2和化合物3等)组合用于治疗需要所述治疗的患者的癌症。 化合物1或它的L-苹果酸盐又被称为SU11248, SU011248, sunitinib 苹果酸盐(USAN/WHO名称)或SUTENTTM ( L-苹果酸盐)。本发明还 涉及通过组合抗体-吲哚酮的组合与至少 一种其他制剂治疗癌症。可用于本发明的抗体和用于生产它们的方法披露于以下文献中 国际申请号PCT/US99/30895，
公开日为2000年6月29日，公开号为 WO 00/37504(例如，ticilim謹b，又被称作11. 2. 1和CP-675, 206 )，欧洲专利申请号EP 1262193 Al，
公开日为2002年4月12日，美国 专利申请号09/472, 087，目前已被授权为美国专利号6， 682， 736， 美国专利申请号09/948, 939，目前公开为美国专利申请公开号 2002/0086014(例如，ipi 1 imumab,又被称作10D1和MDX-010，Medarex， Princeton, NJ )，以上每一份文献都被收作本文参考。尽管本文提供 了与所述抗体相关的氨基酸和核酸序列的信息，但其他信息可以参见 美国专利号6, 682, 736，以及公开号W0 00/37504， EP 1262193， 和US2002/0086014;在所述申请中提供的序列被收作本文参考。所述抗体用于治疗各种癌症的某些用途披露于美国专利申请号 10/153, 382，目前公开为美国专利申请公开号2003/0086930中，它 被以全文形式收作本文参考。除非在本文中另有说明，本发明所使用的科技术语应当具有本领 域普通技术人员普遍了解的含义。另外，除非本文另有需要，单数名 词应当包括复数形式，并且复数形式应当包括单数形式。 一般，本文 所披露的用于与细胞和组织培养，分子生物学，免疫学，微生物学，知的和常用的。本发明的方法和技术一般是按照本领域众所周知的方法操作的， 并且在各种一般性和更专业的参考文献中公开，这些文献是本说明书 中引用和讨论的，除非另有说明。所述文献包括，例如，Sambrookand Russell, #o7ecw7<2r C7oo//7g, J Za6orato/y^PProacA, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY ( 2001 ) ， Ausubel et al.， Cwrre/7f r"oco/s // #o/ecw7ar W/o/o《7， John Wiley & Sons, NY ( 2002 )，以及Harlow and Lane爿Z由r"or/ Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY (1990 ),以上文献被收做本文参考。酶促反应和纯化技术是按照生 产商的说明进行的，正如本领域所常用的或本文所披露的。用于本文 所披露的分析化学，合成有机化学以及医学和药物化学相关的名词和 实验室方法和技术是本领域众所周知的和常用的。将标准技术用于化
学合成，化学分析，药物制备，配制和输送，以及用于化学治疗。 定义在本文中，下面每一个术语具有与在该部分相关的含义。冠词"一"和"一个"在本文中用于表示一个或一个以上(即，至少一个)所述冠词的语法宾语。举例来说，"一个因子"表示一种因子或一种以上因子。在本文中，二十种常用氨基酸和它们的缩写遵循常规用法。参见/卿W3o7og7一~^外/^力e51/.51( 2nd Edi t ion， E. S. GolubandD. R. Gren， Eds. ， Sinauer Associates, Sunderland, Mass. (1991))， 以上 文献被收做本文参考。"保守性氨基酸取代"是这样的取代，其中， 一个氨基酸残基被具 有类似化学性质(例如，电荷或疏水性的)側链R基团的另一个氨基 酸残基取代。 一般，保守性氨基酸取代大体上不会改变蛋白的功能特 性。当两种或两种以上氨基酸序列彼此之间的差别是保守性取代时， 百分序列相同性或相似程度可以上调，以便校正所述取代的保守性质。 实现这种调整的方法为本领域技术人员所熟知。例如，参见，Pearson, "/o厶243: 307-31 ( 1994 )。具有类似化学性质的侧链的氨基酸基因的例子包括1)脂肪族侧 链甘氨酸，丙氨酸，缬氨酸，亮氨酸，和异亮氨酸；2)脂肪族-羟基侧链丝氨酸和苏氨酸；3)含酰胺的侧链天冬酰胺和谷氦酰 胺；4)芳香族侧链苯丙氨酸，酪氨酸，和色氨酸；5)碱性侧链 赖氨酸，精氨酸，和组氨酸；6)酸性侧链天冬氨酸和谷氨酸；和 7)含硫的侧链半胱氨酸和曱硫氨酸。优选的保守性氨基酸取代基 团是缬氨酸-亮氨酸-异亮氨酸，苯丙氨酸-酪氨酸，赖氨酸-精氨酸， 丙氨酸-缬氨酸，谷氨酸-天冬氨酸，和天冬酰胺-谷氨酰胺。另外，保守性取代是在PAM25G log-相似形矩阵中具有正值的任 何变化，参见Gonnet et al. ， Sc/e/2ce 256: 1443-45 ( 1992 )，,皮 收做本文参考。"适当保守性"取代是在PAM250 log-相似形矩阵中具
有非负值的任何变化。优选的氨基酸取代是以下取代(1 )降低对蛋白水解的敏感性， (2)降低对氧化作用的敏感性，(3)改变形成蛋白复合物的结合亲 和力，和(4)产生或改变所述类似物的其他物理化学或功能特性。包列的各种突变型蛋白。例如，可以在天然存在的序列(优选在形成分 子间接触的结构域以外的多肽部分)上形成一个或多个氨基酸取代(优 选保守性氨基酸取代)。保守性氨基酸取代应当不会显著改变亲本序 列的结构特征(例如，氨基酸置换应当不会破坏在亲本序列上出现的 螺旋，或破坏亲本序列所特有的其他类型的二级结构)。本领域公认 的多肽的二级和三级结构的例子可以参见户rote/"s, i7rwct"res a/2d #o7eci//<2_r尸r/z c/p7es( Creighton, Ed. ， W. H. Freeman and Company ， New York ( 1984 ) ); //zfrof/z;cf 2'0/7 f<9 ^Profe//3 57rwcti/re( C. Branden and J. Tooze， eds. ， Garland Publishing, New York, N. Y. ( 1991 )); 和Thornton et al. , 354: 105 ( 1991 )，以上文献分别-陂收做本文参考。多肽的序列相似形，又被称为序列相同性，通常是使用序列分析 软件测定的。蛋白分析软件使用指定给各种取代，缺失和其他修饰， 包括保守性氨基酸取代的相似性参数比较相似序列。例如，GCG包括 诸如"Gap"和"Bestfit"的程序，它可以与缺省参数一起用于测定密切 相关的多肽之间的序列同源性或序列相同性，如来自不同生物物种的 同源多肽或野生型蛋白和它的突变型蛋白之间的比较。例如，参见， GCG Version 6.1。还可以使用FASTA利用缺省或推荐的参数比较多肽 序列，GCG Version 6.1. FASTA中的程序(例如,FASTA2和FASTA3 )提供了查询序列和检索序列之间最佳重叠部分的比对和百分序列相同 性(Pearson, #"Ao& 183: 63-98 ( 1990 ) ; Pearson,#eMocr;y "/o厶132: 185-219 ( 2000 ))。比较本发明的序列和包括来自不同生物的大量序列的数据库的另 一种优选算法是计算机 程序BLAST,特别是blastp或tblastn，使用缺省参数。例如，参见，Altschul et al.， /. 215: 403—410 ( 1990 ) ; Altschulet al. ， #"c/e2'c Jc/^ 25: 3389-402 ( 1997 );,皮收j故本文参考。完整的"抗体"包括至少两个通过二硫键连接的至少两个重(H) 链和两个轻(L)链。 一般参见，/^//2t/3/z7e/2rs/ /yzw7i//70/0《/, Ch. 7(Paul, W. ， ed. ， 2nd ed. Raven Press, N. Y. ( 1989 ))(在各方面都以它 的全文形式收作本文参考)。每一个重链由重链可变区(HCVR或Vh) 和重链恒定区(Ch)組成。所述重链恒定区由三个结构域，CHl， CH2和 CH3组成。每一个轻链由轻链可变区(LCVR或Vl)和轻链恒定区组成。 所述轻链恒定区由一个结构域Cj且成。所述Vh和Vl区还可以进一步 细分成超变区，被称为互补性决定区(CDR)，在它们之间分布有更保 守的被称为框架区(FR)的区域。每一个Vh和Vl由三个CDRs和四个 FRs组成，从氨基末端到羧基末端按以下顺序排列FRl， CDR1, FR2， CDR2， FR3， CDR3， FR4。每一个结构域的氨基酸排列符合以下定义Institutes of Health, Bethesda, MD ( 1987 and 1991 ))，或Chothia & Lesk， /. "/o/. 196: 901-917 ( 1987) ; Chothia et al.,m"re 342: 878-883 ( 19890 。重和轻链的可变区包括与抗原相互作用的结合结构域。所迷抗体 的恒定区可以介导免疫球蛋白与宿主组织或因子的结合，包括免疫系 统的各种细胞(例如，效应细胞)，和典型补体系统的第一种成分(Clq )。术语"抗体"可以包括完整抗体的抗原结合部分，它保留了专一 性结合完整抗体的抗原，例如，CTLA4的能力。抗原结合部分可以通 过重组DNA技术或通过完整抗体的酶促或化学裂解生产。抗原结合部分的例子包括(i)Fab片段，由VL， VH， CL和CH144 结构域组成的一价片段；(ii) F (ab') 2片段，包括两个通过二硫键 在铰链区连接的Fab片段的二价片段；(iii)由VH和CHl结构域组 成的Fd片段；(iv)由抗体的一个臂的VL和VH结构域组成的Fv片 段，(v)单一结构域抗体("dAb")，它由VH结构域组成，参见Ward etal.， vVa/^re 341: 544-546 ( 1989 );和(vi)独立的互补 决定区(CDR)。另外，尽管Fv片段的两个结构域Vh和Vl是由独立的 基因编码的，但可以通过重组方法，用合成接头将它们连接在一起， 使它们成为一个蛋白链，其中，Vh和Vl区配对，以便形成一价分子(被 称作单链Fv( scFv);例如，参见，Birdetal. Sc/e/ ce 242: 423-426(1988 );和Huston et al.尸roc. yVa〃. Jcad. Sc人^S^ 85: 5879-5883(1988 ))。所述单链抗体属于术语"抗体"的范围。"双特异性抗体"具有两种不同的结合专一性，例如，参见，美 国专利号5, 922， 845和美国专利号5， 837, 243; Zeilder /. /迈迈w o入 163: 1246-1252 ( 1999 ); Somasundaram 肠.J/7〃6岭9: 47-54(1999 ) ; Keler Ca/ cer 57: 4008-4014 ( 1997 )。例如，本发明提供了具有细胞表面抗原例如人CTLA4的一个结合位点，和效应 细胞表面上的Fc受体的第二个结合位点的双特异性抗体。本发明还提 供了多特异性抗体，它具有至少三个结合位点。术语"双特异性抗体"还包括"双抗体"。双抗体是二价的， 双特异性抗体，其中，Vh和1结构域是在一个多肽链上表达的。不过， 使用太短的接头可以在同一条链的两个结构域之间实现配对，以便强 制所述结构域与另一条链上的互补结构域配对，并且形成两个抗原结 合4立点(例々口，参见，Holliger et al.，户roc. ^a〃. Sc/. 90: 6444-6448 ( 1993 ) ; Poljak et al. , 5Y藩&re 2: 1121-1123(1994 ))。术语"人抗体"或"人序列抗体"在本文中可以交换使用，它包括 具有来自人种系免疫球蛋白序列的可变和恒定区(如果有的话)的抗的氨基酸残基(例如，通:体外随:或位点专二诱变或通过体内体细 胞诱变引入的突变)。不过，在本文中，术语"人抗体"并不包括"嵌 合"抗体，其中，来自诸如小鼠的其他哺乳动物物种或种系的CDR 序列业已嫁接到人类框架序列上(即，"人源化"或PRIMATIZED 抗体)。
在本文中，术语"嵌合抗体"表示包括来自两个或两个以上不同抗体的区域的抗体。在一种实施方案中，来自一个或一个以上CDRs 来自人抗-CTLA4抗体。在另一种实施方案中，所有CDRs来自人抗 -CTLA4抗体。在另一种实施方案中， 一个以上人抗-CTLA4抗体的CDRs 可以组合成嵌合人抗体。例如，嵌合抗体可以包括来自第一人抗-CD40 抗体轻链的CDR1，来自第二人抗-CTLA4抗体轻链的CDR2，以及CDR3 和来自第三种人抗-CTLA4抗体轻链的CDR3，而来自重链的CDRs可以 来自一种或一种以上其他抗-CD40抗体。另外，所述框架区可以来自 一种相同的抗-CTLA4抗体或一种或多种不同的人类抗体。另外，正如上文所讨论的，嵌合抗体包括含有来自一个以上物种 的种系序列的一部分的抗体。在本文中，术语"有效量"，或"治疗有效量"表示在给哺乳动 物，优选人类施用时，与在缺少该化合物时检测到的反应相比能介导 可检测的治疗反应。治疗反应，例如，但不局限于抑制和/或减弱肿瘤 生长，肿瘤大小，和转移等，可以通过本领域公知的多种方法，例如， 包括本文所披露的方法方便地评估。技术人员可以理解的是，本文所使用的化合物或组合物的有效量 可以改变，并且可以才艮据多种因素方便地确定，如要治疗的疾病或症 状，疾病阶段，接受治疗的哺乳动物的年龄，健康和体能状态，疾病 的严重性，和所施用的特定化合物等。"治疗有效量"，或"有效量"是指用于将一种或多种肿瘤疾病症 状减轻到某种程度所需要的药物数量，包括但不局限于l)癌细胞数 量的减少；2)肺瘤尺寸的缩小；3)抑制(即某种程度的延緩，优选 阻止)癌细胞渗入外周器官；3)抑制(即，某种程度延緩，优选阻止) 肿瘤转移；4)在某种程度上抑制肿瘤生长；5)在某种程度上緩解或 减轻与疾病相关的一种或多种症状；和/或6)緩解或减轻与施用抗癌 药物相关的副作用。在本文中，术语"竟争"在针对抗体时，表示第一抗体，或其抗 原结合部分，与第二抗体，或抗原结合部分竟争结合，其中，与在缺
少第二抗体时第一抗体的结合相比，在存在第二抗体时，第一抗体与 它的同源表位的结合可检测地减弱。另外，在存在第一抗体时，第二 抗体与它的表位的结合也可能，但不一定可检测地减弱。就是说，第 一抗体可以抑制第二抗体与它的表位结合，而第二抗体没有抑制第一 抗体与它的相应的表位的结合。不过，每一种抗体都可检测地抑制其 他抗体与它的同源表位或配体结合，无论是以相同，更大或更小的程度，所述抗体被称为彼此"交叉竟争"结合它们的相应的表位。例如，交叉竟争抗体可以与本发明的抗体(例如，3.1.1， 4.1.1， 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1, 4.14.3， 6.1.1， ticilimumab， 11.6.1， 11.7.1， 12.3.1.1，和12. 9. 1. 1 )结合的所述表位或表位部分结合。本发明包括竟争和交叉竟争抗体。无论发生所述竟争或交叉竟争的机制如何(例 如，空间位阻，构象变化，或与共同表位或它的部分结合等)，本领 域技术人员可以理解的是，根据本文所披露的内容，所述竟争和/或交 叉竟争抗体属于本发明的范围，包括并且可用于本文所披露的方法。术语"表位"包括能够专一性结合免疫球蛋白或T-细胞受体的任 何蛋白决定子。表位决定子通常由诸如氨基酸或糖侧链分子的化学活 性表面基团组成，并且通常具有特殊的三维结构特征，以及特殊的电 荷特征。构象和非构象表位的差别在于在存在变性溶剂情况下，与前 者的结合会消失，而与后者的结合则不会消失。在本文中，术语"引咮酮"或"p引味酮受体酪氨酸激酶抑制剂"， 表示具有包括2-吲哚酮核心的结构的任何化合物，例如，化合物l， 它的任何代谢物，包括但不局限于下面所示出的化合物2，和化合物3。<formula>formula see original document page 21</formula><formula>formula see original document page 22</formula>化合物2所述化合物4皮露于以下文献中国际乂>开号W0 2003/016305 (US 2003/0069298 )，WO 2005/033098(US 2005/0118255 )和WO 2004/024127 (US 2004/229229 )，以及美国专利号6， 573， 293和6, 653， 308， 上述每一份文献都以它们的全文形式收作本文参考，并且，其中所述 化合物包括针对至少一种受体酪氨酸激酶，以及它们的任何可以药用 的盐的任何活性的可检测的抑制活性。更优选的是，所述化合物可检 测地抑制KIT, FLT3, VEGFR，和/或PDGFR. 更优选的是，所述化合 物可检测地抑制KIT, FLT3， VEGFR和PDGFR，更优选的是，所述化 合物是化合物1以及它的活性代谢物化合物2，和化合物3。在本文中，术语"说明材料"包括出版物，录音，图表，或任何 其他表达介质，可将它用于传达有关化合物，组合和/或本发明的组合 物在用于影响，緩解或治疗本文所引用的各种疾病或失调的试剂盒中 的用途。选择性地或可替代地是，所述说明材料可以描述緩解细胞， 组织或哺乳动物的疾病或失调的一种或多种方法，正如在本文的其他 部分所披露的。
例如，所述试剂盒的说明材料可以贴在容纳本发明的化合物和/ 或组合物的容器上或与容納所述化合物和/或组合物的容器一起运送。 另外，所述说明材料可以与容器分开运送，以便受体合作性地使用所 述说明材料和化合物。除非另有说明，术语"患者"或"对象"可以交换使用，并且表示诸 如人类患者和非人灵长类的哺乳动物，以及兽医对象，如兔子，大鼠 和小鼠，以及其他动物。优选的是患者表示人类。在本文中，短语"可以药用的盐，，包括酸或碱基团的盐，它可 以存在于化合物中。碱性化合物能够与各种无机和有机酸形成多种盐。 可用于制备可以药用的所述碱性化合物的酸加成盐的酸是能够形成无 毒的酸加成盐的酸，即，含有可以药用的阴离子的盐，如乙酸盐、苯 磺酸盐、苯甲酸盐、碳酸氢盐、硫酸氢盐、二曱苯磺酸盐、酒石酸氢 盐、硼酸盐、溴化物、乙二胺四乙酸钩、右旋樟脑磺酸、碳酸盐、氯化物、克拉维酸、柠檬酸盐、二氢氯化物、乙二胺四乙酸盐、edislyate、 丙酸酯月桂硫酸酯、乙磺酸盐、乙基琥珀酸盐、延胡索酸盐、红霉素、 葡糖酸盐、谷氨酸、甘铋胂、己基间苯二酚酸盐、海巴青霉素、氢溴 化物、氢氯化物、碘化物、异硫代疏酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂 酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、硫酸二曱酯、粘 液酸盐、萘磺酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、双羟萘酸盐(embonate)、 棕榈酸盐、泛酸盐、磷酸盐/二磷酸盐、多聚半乳糖酪酸盐、水杨酸盐、 硬脂酸盐、碱式乙酸盐、琥珀酸盐、丹宁酸盐、酒石酸盐、氯茶碱盐、 甲苯磺酸盐、thiethiodode、和戊酸盐。化合物1-3的优选的盐披露 于PCT公开号2003/016305，美国专利申请号10/956， 420中，申请 曰为2004年9月30日，和PCT申请号PCT/IB2004/003070，申请日 为2004年9月20日，以上文献内容4皮以它们的全文形式收作本文参 考。化合物1的特别优选的盐包括苹果酸盐，最优选的是L-苹果酸盐。 化合物3的特别优选的盐是马来酸盐。在本文中，描述多肽序列的常用符号如下多肽序列的左端是氨 基末端；多肽序列的右端是羧基末端。在本文中，短语"特异性结合"表示化合物，例如，蛋白，核 酸和抗体等能识别并且结合特定分子，但基本上不能识别或结合样品中的其他分子。例如，抗体或肽抑制剂能识别并且结合样品中的同源配体(例如，抗-CTLA4抗体能与它的同源抗原CTLA4结合)，但是基 本上不能识别或结合样品中的其他分子。因此，在指定的分析条件下， 特定的结合部分(例如，抗体或抗原结合部分)能优选结合特定目标 分子，但是不能大量结合存在于测试样品中的其他成分。多种分析方 法可用于选择能专一性地结合感兴趣的分子的抗体。例如，固相ELISA 免疫测定，免疫沉淀反应，BIAcore和Western印迹分析;故用于鉴定 能与CTLA4专一性起反应的抗体。 一般，专一性或选择性反应至少是 背景信号或噪音的两倍，更常用的是，是背景的10倍以上，更具体地 讲，当平衡离解常数(KJ < 1 ^M，优选< 100 nM，最优选《10nM 时，抗体就被称为"专一性地结合"抗原。术语"K。"表示特定抗体-抗原相互作用的平衡离解常数。 在本文中，"大体上纯的"表示目标物质是所存在的占优势的物质(即，根据摩尔数计算，它比该组合物中的任何其他一种物质的含量 更丰富)，优选的是，大体上纯化的部分是组合物，其中，目标物质(例如，抗-CTLA4抗体)至少占存在的所有大分子类型的大约50%(以 摩尔数计算)。 一般，大体上纯的组合物占该组合物中所存在的所有 大分子物质的大约80%以上，更优选85%， 90%， 95%，和99°/。以上。最 优选的是，所述目标物质被纯化到大体上同质(通过常规检测方法不 能检测到组合物中的污染物质)，其中，所述组合物大体上包括单一 的大分子物质。在本文中，"治疗"表示减少患者出现发病症状的频率(即，肿 瘤生长和/或转移，或由免疫细胞的数量和/或活性介导的其他作用 等)。该术语包括施用本发明的化合物或制剂，以便预防或延緩一定 的症状，并发症，或生物化学现象的出现(例如，PSA水平的升高)， 緩解所述症状或控制或抑制疾病，症状，或失调的进一步发展。治疗 可以是预防性(预防或推迟疾病发作，或预防临床或亚临床症状的出
现)或治疗性抑制或緩解发病之后的症状。"组合治疗"包括施用蛋白激酶抑制剂，优选化合物l，化合物2， 和化合物3，更优选的是，化合物l，和化合物2，最优选的是，化合 物1,和CTLA4抗体作为特定治疗方案的一部分，以便通过上述治疗 制剂的协同作用提供有益效果。所述组合的有益效果包括但不局限于 来自所述治疗剂组合的药物动力学或药效协同作用。组合施用所述治 疗剂通常是在特定时间内进行的(根据所选择的组合，通常以分钟， 小时，天或周计算)。 一般，"组合治疗"不包括施用两种或两种以上 所述治疗剂作为独立的单一疗法的部分，所述方案能偶尔和任意地导 致本发明的组合。"组合治疗"包括按顺序施用所述治疗剂，就是说， 其中，每一种治疗剂是在不同的时间施用的，并且大体上同时施用所 述治疗剂或至少两种所述治疗剂。例如，大体上同时施用可以通过给 对象施用具有固定比例的每一种治疗剂的单一的胶嚢或每一种治疗剂 的多个单一胶嚢的组合。依次或大体上同时施用每一种治疗剂可以通过任何合适的途径实现，包括但不局限于口服途径，静脉内途径，肌 内途径，通过黏膜组织直接吸收。所述治疗剂可以通过相同的途径或 不同的途径施用。例如，特定组合的第一种治疗剂可以通过静脉注射 施用，而所述组合的其他治疗剂可以口服。另外，例如，两种治疗剂 都可以口服或两种治疗剂都可以通过静脉注射施用。施用所述治疗剂 的顺序不受狭隘的限制。"组合治疗"还包括施用进一步与其他生物活 性成分(如，但不局限于第二种和不同的抗肿瘤药)和非药物治疗(如， 但不局限于手术或放射治疗)组合的上述治疗剂的施用。其中，所述 组合治疗还包括放射治疗，所述放射治疗可以在任何合适的时间进行， 只要可以获得所述治疗剂和放射治疗的协同作用的有益效果就行。例 如，在适当场合下，当施用治疗剂时临时取消放射治疗几天或几周时， 仍然能获得所述有益效果。说明本发明涉及新的治疗方法，包括给需要治疗的患者同时-组合施
用抗-CTLA4抗体和p引咮酮，优选化合物1,化合物2或化合物3用于 治疗癌症，例如，肾细胞癌，乳腺癌，前列腺癌，胃肠基质癌，结肠 直肠癌，肺癌，非-何杰金氏淋巴瘤，曱状腺癌，脑瘤，卵巢癌，膀胱 癌，肝细胞癌，子宫颈癌，头颈癌，急性和慢性白血病，骨髓和淋巴 性白血病，胰腺癌，何杰金氏病，黑素瘤，皮肤扁平细胞癌，卡波济 氏肉瘤，其他类型的肉瘤(例如，脂肉瘤，骨肉瘤)等。
在一种实施方案中，所述方法包括与抗体组合施用p引味酮RTKI。 一方面，所述方法提供了癌症的新辅助，辅助，第一线，和笫二线治 疗。在另一种实施方案中，所述抗体-巧l味酮RTKI组合与至少一种其 他治疗剂一起施用，例如，但不局限于不针对CTLA4的其他单克隆抗 体(例如，AVASTIN (贝伐单抗)，MYELOTARG (吉妥单抗)，BEXXAR (托西莫单抗),RIT狙N(rituximab)，腿CEPTIN( trastuz画b))， 包括能增强免疫反应的抗体(例如，抗-CD40刺激剂抗体)，或具有 类似作用的蛋白配体，能激活抗原呈递细胞(树突细胞，巨嗟细胞，B 细胞，单核细胞)的制剂，包括1型干扰素(例如，干扰素oc和P); 干扰素Y; BCG;能以任何和所有形式提供肿瘤抗原的制剂，包括蛋 白抗原，肽抗原，全细胞裂解物及其衍生物，遗传编码的抗原(例如， 腺病毒编码的抗原)；免疫系统的细胞组分，它在体内或体外进行过 改变，以便增强它们的免疫特性(例如，自体树突细胞，淋巴细胞， 热休克蛋白等)；化学治疗剂，例如，但不局限于，环磷酰胺，曱氨 蝶呤，依托泊苷，阿霉素，紫杉烷，氟尿嘧啶，阿糖胞苷(AraC), 以及含铂制剂等。
I.抗-CTLA4抗体
正如本文上面所指出的，优选的抗-CTLA4抗体是能专一性结合人 CTLA4的人抗体。典型的人抗-CTLA4抗体详细披露于以下文献中国 际申请号PCT/US99/30895，
公开日为2000年6月29日，公开号为W0 00/37504，欧洲专利申请号EP 1262193 Al，
公开日为2002年4月 12日，和美国专利申请号09/472, 087，现在已授权给Hanson等，
美国专利号6， 682， 736，以及美国专利申请号09/948， 939，公开号 为US2002/0086014，以上文献的完整内容被收作本文参考。所述抗体 包括但不局限于，3.1.1， 4.1.1， 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1, ticilim腿b， 11.6.1， 11.7.1， 12.3.1.1，和12. 9. 1.1,以 及ipilimumab。人抗体提供了本发明治疗方法的显著优点，因为，预反应。
本发明的有用的人抗-CTLA4抗体的特征在以下文献中有充分的 介绍W0 00/37504， EP 1262193，和美国专利号6， 682， 736,以及 美国专利申请公开号US2002/0086014和US2003/0086930，以及上述 文献中所提供的氨基酸和核酸序列，以它们的全文形式收作本文参考。 简单地讲，本发明的抗体包括具有抗体的重和轻链的氨基酸序列的抗 体，例如，但不局限于，抗体3. 1. 1， 4. 1. 1， 4. 8. 1, 4. 10. 2， 4. 13. 1， 4. 14. 3， 6. 1. 1， ticilimumab, 11. 6. 1, 11. 7. 1, 12. 3. 1. 1， 12. 9. 1. 1， 和ipilimumab。本发明还涉及具有所述抗体的重和轻链的CDRs的氨 基酸序列的抗体，以及在CDR区具有变化的抗体，参见上述申请和专 利。本发明还涉及具有所述抗体的重和轻链的可变区的抗体。在另一 种实施方案中，所述抗体选自具有以下抗体的重和轻链的完整长度， 可变区，或CDR，氨基酸序列的抗体3. 1. 1， 4. 1. 1， 4. 8. 1， 4. 10. 2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1, ticilimumab， 11.6.1， 11.7.1, 12.3.1.1， 和12. 9.1. 1, 和ipilimumab。
在一种实施方案中，本发明包括抗体-治疗剂组合，包括在以下 文献中披露的人抗-CTLA4抗体美国专利申请号09/948, "9,公开 号为美国专利申请/>开号2002/0086014和2003/0086930，以及所述 文献所引用的参考文献，包括但不局限于，MAb 10D1 (ipilimumab, Medarex, Princeton, NJ )。更优选的是，抗-CTLA4抗体是ipilim醒b。
在另一种实施方案中，vh的氨基酸序列包括SEQ ID N0s: 3， l5 和27所示氨基酸序列。在另一种实施方案中，所述Vl包括SEQ IDN0s: 9， 21和33所示氨基酸序列。更优选的是，Vh和Vl包括SEQ ID NO:
3(VH 4. 1.1)和SEQ ID NO: 9 ( VL 4. 1. 1 )分别所示的氨基酸序列； SEQ ID NO: 15 (VH 4.13. 1)和SEQ ID NO: 21 ( VL 4.13.1)分别 所示的氨基酸序列；以及EQIDNO: 27 (VH 11. 2. 1 )和SEQ ID NO: 33 (VL11.2. 1)分别所示的氨基酸序列。
在另一种实施方案中，所述重链的氨基酸序列包括由包括SEQ ID NOs: 1， 13，和25所示核酸序列的核酸编码的氨基酸序列。在另一种 实施方案中，所述轻链包括SEQ IDNOs: 7， 19和31所示核酸序列的 核酸编码的氨基酸序列。更优选的是，所述重和轻链包括由SEQ ID NO: 1 (重链 4. 1. 1)和SEQ ID NO: 7 (轻链4.1.1)分别所示核酸序列 的核酸编码的氨基酸序列；由SEQ ID NO: 13(重链 4. 13. l)和SEQ ID NO: 19(轻链 4. 13. 1 )分别示出的核酸序列编码的氨基酸序列； 以及由SEQ ID NO: 25 (重链11. 2. 1 )和SEQ ID NO: 31 (轻链11. 2. 1 ) 分别示出的核酸序列编码的氨基酸序列。
另外，所述抗体可以包括重链氨基酸序列，包括来自VH 3-30或 3-33基因的人CDR氨基酸序列，或其中的保守性取代或体细胞突变。 所述抗体还可以在它的轻链上包括来自A27或012基因的CDR区，即， 少于五个，或少于十个所述突变。所述抗体还可以包括来自所述基因 的框架区，包括由少于五个，或少于十个氨基酸差异的框架区。所述 抗体还包括本文所披露的框架区，它被突变成能体现原始种系序列。
在本发明的其他实施方案中，所述抗体能抑制CTLA4和B7-1, B7-2，或这两者之间的结合。优选的是，所述抗体可以抑制与ICs。为 大约100 nM或以下，更优选的是，大约10nM或以下，例如，大约5 nM或以下，或更优选的是，大约2 nM或以下，更优选的是，例如， 大约1 nM或以下的B7-l结合。同样，所述抗体可以抑制与ICs。为大 约100 nM或以下，更优选的是，10 nM或以下，例如，更优选的是， 大约5 nM或以下，更优选的是，大约2 nM或以下，或更优选的是， 大约1 nM或以下的B7-2结合。
另外，在另一种实施方案中，抗-CTLA4抗体对CTLA4的结合亲和 力为大约l(T或以上的亲和力，更优选的是，大约10—9或以上的亲和
力，更优选的是，大约10_1°或以上的亲和力，更优选的是，大约1011
或以上的亲和力。
所述抗-CTLA4抗体可以与具有选自下列一组的抗体的重和轻链 氨基酸序列的抗体竟争结合4.1.1, 6.1.1, ticilimumab, 4.13.1 和4.14.3。另外，所述抗-CTIjU抗体可以与ipilimumab抗体竟争结 合。
在另一种实施方案中，所述抗体优选与具有抗体4. 1. 1， 4.13.1， 4.14.3, 6. 1. l.或ticilimumab的重和轻链序列，可变重和可变轻链 序列，和/或重和轻CDR序列的抗体交叉竟争。例如，所述抗体可以 与特定表位结合，具有选自下列一组的抗体的重和轻链氨基酸序列， 可变序列和/或CDR序列的抗体可以结合所述表位4.1.1， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1，或ticilimumab。在另一种实施方案中，所述抗体能 够与具有MDX-D010重和轻链序列，或抗原结合序列的抗体交叉竟争。
在另一种实施方案中，本发明是使用抗-CTLA4抗体实施的，它包 括含有抗体的CDR-l, CDR-2，和CDR-3的氨基酸序列的重链，和含有 抗体的CDR-l, CDR-2，和CDR-3的氨基酸序列的轻链，所述抗体选自 下列一组3.1.1， 4.1.1, 4.8.1, 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1， ticilimumab, 11.6.1, 11.7.1, 12.3.1.1，和12.9.1.1，或具有选 自下列一组的变化的CDR序列保守性变化，其中，所述保守性变化 选自下列一组非极性残基被其他非极性残基取代，极性带电荷的残 基被其他极性不带电荷的残基取代，极性带电荷的残基被其他极性带 电荷的残基取代，以及结构相似残基的取代；非-保守性取代，其中， 所述非-保守性取代选自下列 一组极性不带电荷的残基取代极性带电 荷的残基，以及极性残基取代非极性残基，添加和缺失。
在本发明的其他实施方案中，所述抗体包括相对所述种系序列在 框架或CDR区包括少于10, 7， 5，或3个氨基酸变化。在另一种实施 方案中，所述抗体在框架区包括少于5个氨基酸变化和在所述CDR区 包括少于IO个氨基酸变化。在一种优选实施方案中，所述抗体在框架 区包括少于3个氨基酸变化，在CDR区包括少于7个氨基酸变化。在一种优选实施方案中，所述框架区的变化是保守性的，而CDR区的变 化是体细胞突变。
在另一种实施方案中，所述抗体与抗体3.1.1， 4.1.1， 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1， ticilimumab， 11.6.1， 11.7.1， 12. 3. 1. l,和12. 9. 1. 1的CDR序列在重和轻链CDR-l，CDR-2和CDR-3 序列上具有至少80°/。，更优选至少85%，更优选至少90%,更优选至少 95%,更优选至少99%的序列相同性。更优选的是，所述抗体与抗体 3. 1. 1， 4. 1. 1， 4. 8. 1， 4. 10. 2， 4. 13. 1， 4. 14. 3， 6. 1. 1， ticili隱ab， 11.6.1， 11.7.1， 12.3.1.1，和12. 9. 1. 1的序列在重和轻链CDR-1， CDR-2和CDR-3部分拥有100%的序列相同性。
在另一种实施方案中，所述抗体与抗体3.1.1， 4.1.1, 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1， 4.14.3, 6.1.1， ticilimumab， 11.6.1， 11.7.1， 12. 3. 1. l，和12. 9. 1. 1的可变区序列上与重和轻链可变区序列具有至 少80%,更优选至少85%，更优选至少90%，更优选至少95%,更优选 至少99%的序列相同性。更优选的是，所述抗体与抗体3. 1. 1, 4. 1. 1， 4.8.1， 4.10.2, 4.13.1， 4.14.3， 6.1.1， ticilim腿b, 11.6.1， 11.7.1， 12.3.1.1，和12.9.1.1的序列的重和轻链可变区序列拥有 100%的序列相同性。
尽管上文所讨论的抗-CTLA4抗体可能是优选的，但技术人员根据 本文所提供的说明可以理解的是，本发明涉及多种抗-CTLA4抗体，并 且不局限于上述特定抗体。更具体地讲，尽管人抗体是优选的，本发 明绝非要局限于人抗体；相反，本发明涉及有用的抗体，无论它的物 种起源是什么，并且包括嵌合人源化和/或灵长类化抗体。另外，尽管 本文所披露的抗体是使用转基因哺乳动物，例如，包括人免疫所有组 成成分的小鼠的转基因哺乳动物，但技术人员根据本文所披露的内容 可以理解的是，本发明不局限于通过这种或任何其他特定方法生产的 抗体。相反，本发明包括通过任何方法生产的抗-CTLA4抗体，包括但 不局限于本领域公知的方法(例如，篩选噬菌体展示文库等)或在未 来开发，以便生产本发明的抗-CTLA4抗体的方法。根据本文所提供的
充分说明，以及在下文披露的说明例如，授予Hanson等的美国专利 号6， 682, 736,和美国专利申请公开号2002/0088014，本领域技术 人员可以使用本文所披露的新方法方便地生产和鉴定可用于与治疗剂 组合治疗乳腺癌的抗体。
本发明涉及使用转基因非人哺乳动物，即，XenoMouse (Abgenix, Inc., Fre麵t， CA)生产的人抗体，参见授予Ha謂n 等的U. S. 6， 682， 736。
用于生产"人"抗体的其他转基因小鼠系统被称作 "HuMAb-Mouse " (Medarex， Princeton, NJ)，它包括人免疫球蛋白 基因小基因座，它编码未重组的人重(jLI和Y )和K轻链免疫球蛋白 序列，同时具有使内源H和K链基因座失活的定向突变(Lonberg et al. 368: 856—859 ( 1994 ),和美国专利号5， 770, 429 )。
不过，本发明利用使用任何转基因哺乳动物生产的人抗-CTLA4抗 体，例如，但不局限于，Kirin TC Mouse (Kirin Beer Kabushiki Kaisha, Tokyo, Japan)， 例如,参见Tomizuka等，^Va 〃 icsc/ Sc/KS^ 97: 722 ( 2000 ); Kuroiwa等，#a f wre ^/0fec力/207 18: 1086 (2000 ); Mikay謹et al.的美国专利申请公开号2004/0120948; 和HuMAb-Mouse ( Medarex,Princeton,NJ )和XenoMouse (Abgenix， Inc. ， Fremont, CA )，同上。因此，本发明涉及使用利用转基因或其 他非人动物生产的抗-CTLA4抗体。
另外，尽管生产人抗-CTLA-4抗体的优选方法包括使用含有人类 免疫所有组成部分的非人转基因哺乳动物制备所述抗体，但本发明绝 非要局限于这种方法，相反，正如了解了本文所提供的知识的本领域 技术人员可以理解的，本发明涉及用于生产对按照本领域任何公知方 法生产的对CTLA4专一的人或任何其他抗体的任何方法或未来开发生
产能专一性结合感兴趣的抗原的抗体的方法。
可以通过一些方法，包括但不局限于使用噬菌体展示抗体文库。 使用所述技术开发人抗体，可以在CTLA4表达细胞中产生抗体，CTLA4 本身，各种形式的CTLA4，它的表位或肽，以及它的表达文库(例如，参见美国专利5， 703， 057 )，随后可以筛选它的上述理想的活性。
在另一种实施方案中，在本发明的方法中使用的抗体不完全是人 的，而是"人源化的"。具体地讲，鼠抗体或来自其他物种的抗体可 以使用本领域众所周知的技术"人源化，，或"灵长类化"。例如，参 见，Winter和Harris /咖,人 7Wa/ 14: 43-46 ( 1993 ) ， Wright et al. i/ /卿謹/. 12: 125-168 ( 1992 )，和Cabilly
et al的美国专利号4, 816， 567，以及Mage和Lamoyi 卓义謦 爿/^/6of/y尸roducf2'o/ rec力/2/。wes a/ d爿； /772'cat/o/7s pp. 79—97 ， Marcel Dekker， Inc. ， New York, NY (1987)。
正如根据本文所提供的说明可以理解的，用于本发明的抗体可以 从转基因非人哺乳动物，以及由它产生的杂交瘤获得，不过，还可以 在除了杂交瘤以外的细胞系中表达。
可用作表达宿主的哺乳动物细胞系为本领域所熟知，并且可以包 括可以从美国模式培养物保藏所(ATCC)获得的任何永生化细胞系， 包括但不局限于中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，NSO (又被称为NSO)， HeLa细胞，幼仓鼠肾(BHK)细胞，猴肾细胞(COS),和人肝细胞癌 细月包(例如，Hep G2)。还可以使用非哺乳动物原核和真核细胞，包 括细菌，酵母，昆虫和植物细胞。
正如本领域所乂/^知，可以使用各种表达系统，例如，但不局限于 在以下文献中所才皮露的系统，例如，Sambrook和ussell， #o7ec"/ sr C7ao7/7《,^ Za6orafor/爿; ;7roac力，Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY ( 2001 )，和Ausubel et al. ， C"rre/7f户rofoco/s #o/ec"/ar 5/。70《/， John Wiley & Sons, NY ( 2002 )。所述表 达系统包括二氢叶酸还原酶(DHFR )-型系统等。谷氨酰胺合成酶表达 系统在欧洲专利号EP 216 846， EP 256 055，和EP 323 997和欧洲 专利公开号89303964中作了全面或部分讨论。在一种实施方案中，所 使用的抗体是在NSO细胞中利用谷氨酰胺合成酶系统(GS-NSO)制备 的。在另一种实施方案中，所述抗体是在CHO细胞中利用DHFR系统制 备的。这两种系统都是本领域乂>知的，并且披露于Barnes et al.
A/Wec力》"2'oe"g2'/ eer//^ 73: 261-270 ( 2001 )中，以及它所引用 的文献。对抗体CH2结构域进行位点定向诱变以消除糖基化是优选的，以 便防止免疫原性，药物动力学和/或效应子功能因为非人糖基化而发生 改变。另外，可以通过酶促方法(例如，参见，Thotakura et al. ^7z//z7o/. 138: 350 ( 1987 ))和/或化学方法(例如，参见，Hakimuddin et al.，5/oc力e迈.259: 52 ( 1987 ))对抗体进^f亍 去糖基化。另外，本发明涉及使用包括改变了的糖基化形式的抗-CTLA4抗 体。技术人员可以理解的是，根据本文所提供的方案，可以将抗-CTLA4 抗体修饰成包括与天然存在的抗体相比具有额外的，少数的，或不同 的糖基化位点。例如，所述修饰披露于以下文献中美国专利申请公 开号2003/0207336，和2003/0157108，以及国际专利7>开号W0 01/81405和00/24893。另外，本发明包括使用抗-CTLA4抗体，无论抗体上存在的(如果 有的话)糖基化形式如何。另外，充分重新改造糖蛋白上的糖基形式 的方法为本领域所熟知，并且包括，例如，参见国际专利公开号W0 03/031464， W0 98/58964，和W0 99/22764，和授予Umafia等的美国 专利申请号 2004/0063911， 2004/0132640 , 2004/0142856， 2004/0072290，和美国专利号6， 602， 684。另外，本发明涉及使用具有任何本领域公知的共价和非共价修饰 的抗-CTLA4抗体，所述抗体包括但不局限于将多肽连接在多种非蛋白 类聚合物中的一种上，例如，聚乙二醇，聚丙二醇，或聚氧化烯，通 过下文所披露的方式连接，例如，美国专利申请公开号2003/0207346 和2004/0132640，以及美国专利号4， 640， 835; 4， 496， 689; 4， 301， 144; 4， 670， 417; 4， 791， 192; 4， 179， 337。另外，本发明涉及使用抗-CTLA4抗体或它的抗原结合部分，嵌合 蛋白质，它包括，例如，人血清白蛋白多肽，或它的片段。无论所述 嵌合蛋白是使用重组方法生产的，例如，克隆编码所述嵌合蛋白的嵌
合核酸，或通过两种肽部分的化学连接生产的，技术人员一旦了解了 本文所披露的内容就可以理解，所述嵌合蛋白质是本领域所熟知的， 并且可以产生理想的生物学特性，例如，但不局限于提高本发明的抗 体的稳定性和血清半衰期，并且，因此本发明包括所述分子。为了用于本发明而制备的抗体最初不需要具有特别需要的同种 型。相反，所制备的抗体可以具有任何同种型，并且可以在随后使用 常规技术进行同种型切换。其中，包括定向重组技术(例如，参见美国专利4， 816， 397 ),以及细胞-细胞融合技术(例如，参见美国专 利号5， 916， 771 )。本发明的抗体的效应子功能为了各种治疗用途可以通过同种型 切换而切换成IgGl， IgG2， IgG3， IgG4， IgD， IgA， IgE，或IgM而 改变。另外，根据补体，通过使用例如，双特异性、免疫毒素或放射 性标记可以避免细胞杀伤。因此，尽管用于本发明的优选抗体是通过具有3.1.1, 4.1.1， 4.8.1， 4.10.2， 4.13.1, 4.14.3， 6.1.1， ticilim腿b， 11.6丄 11.7.1， 12.3.1.1， 12.9.1.1，和ipilimumab的氨基酸序列，或， 例如，它的V区或CDRs的序列的抗体进行说明的，但本发明绝非要以 任何方式局限于使用上述，或任何其他特定抗体。本发明涉及组合施 用本发明的任何抗-CTLA4抗体和吲哚酮RTKI。优选的是，所述抗体 是4.1.1， 4.13.1，ticilimumab， 和/或 ipilimumab。 不过，在本 文其他部分所披露的，或本领域公知的或未来开发的任何抗-CTLA4抗 体或它的抗原结合部分可用于本发明的方法中。更具体地讲，来自任 何物种的人源化嵌合抗体，抗-CTLA4抗体(包括从骆驼体内获得的单 链抗体，例如，参见授予Casterman和Hamers的美国专利号5， "759， 808和6， 765， 087 )，以及任何人抗体可以与治疗剂组合实施本文 所披露的新方法。本发明还涉及在文献中公开的抗体，特别是参见国际专利公开号 W0 00/37504 (
公开日为2000年6月29日)；WO 01/14424 (公开 日为2001年3月1日)；W0 93/00431 (
公开日为1993年1月7日)；
和WO 00/32231 (
公开日为2000年6月8日)等。尽管所述抗体4.1.1， 4. 13, 1和ticilimumab是IgG2抗体，在 本文中(图1-3),以及在本文所引用和收作参考的专利申请和专利 中提供了所述抗体的可变区的序列，但可以理解的是，本发明涉及所 述抗体的完整长度的序列，以及包括SEQ IDN0s: 1-36所示序列的>(壬 何抗体的用途，并且还包括任何恒定区，无论同种型是否在本文的其 他部分作了更全面的讨论。同样，包括ipilimumab的完整长度序列， 或它的任何部分的4壬何抗体，包括编码ipilimumab的抗原结合部分的 序列，它可以与吲哚酮RTKI，例如，sunitinib苹果酸盐组合施用， 以^更治疗癌症。因此，技术人员一旦具备了本文所提供的知识，就能够方便地理 解，本发明的抗-CTLA4抗体-治疗剂的组合可以包括多种抗-CTLA4抗 体。在一种实施方案中，本发明的方法使用ticilimumab。在本发明 的另一种实施方案中，所述方法使用以下文献描述的抗-CTLA4抗体， 例如参见以下申请和专利美国专利申请号09/472, 087，现在已授 权为美国专利号6， 682, 736;国际申请号PCT/US99/30895 (
公开日
为2000年6月29日，公开号为WO00/37504 );美国专利申请号10/612， 497 (
公开日为2004年11月18日，公开号为US2004/0228858 );美 国专利申请号10/776， 649 (
公开日为2004年11月18日，公开号为 US2004/0228861 );国际申请号PCT/US00/23356 (
公开日为2001年 3月1日，公开号为WO01/14424 X例如，抗体IODI，又被称作MDX-010， 和ipilimumab，Medarex，Princeton,NJ );国际申请号PCT/US99/28739 (
公开日为2000年6月8日，公开号为WO00/32231 );授予Linsley 等的美国专利号5， 811， 097， 5， 855, 887， 6， 051， 227，和6, 207, 156;美国专利号5， 844， 095;国际申请号PCT/US92/05202 (
公开日
为1993年1月7日，公开号为WO93/00431 );美国专利申请号10/153， 382 (
公开日为2003年5月8日，公开号为US2003/0086930 );美国 专利申请号10/673， 738 (
公开日为2005年2月24日，公开号为 US2005/0042223 );美国专利申请号11/085， 368 (
公开日为2005 年10月13日，公开号为US2005/0226875 );美国专利申请号60/624， 856 (申请日为2004年11月4日)；美国专利申请号60/664， 364 (申 请日为2005年3月23日)；美国专利申请号60/664， 653 (申请日 为2005年3月23日)；美国专利申请号60/697, 082 (申请日为2005 年7月7日)；美国专利申请号60/711， 707 (申请日为2005年8月 26曰)。另外，本领域技术人员根据本文披露的方案可以理解的是，本发 明并不局限于仅施用一种抗体；相反，本发明涉及施用至少一种抗 -CTLA4抗体，例如，4.1.1， 4.13.1， ticilim画b，和ipilimumab， 与治疗剂组合施用。另外，本发明涉及组合施用任何已知的抗-CTLA4 抗体，包括但不局限于组合施用治疗剂和，例如，4.1.1， 4.13.1, ticilimumab和ipilimumab。因此，抗-CTLA4抗体的任意组合可以 与至少 一种治疗剂组合，并且本发明涉及任何这样的组合和它们的置 换形式。II. 抗体-"l咮酮组合治疗 A.丐l咮酮RTKI可用于本发明的组合和方法中的典型的吲哚酮RTKIs特别是披 露于以下文献中国际公开号WO 2003/016305 ，
公开日为"03年2 月27日，(US 2003/0069298，
公开日为2003年4月10日)，W0 2005/033098, 7〉开日为2005年4月14日，(US 2005/0118255, 乂〉 开日为2005年6月2日)和WO 2004/024127，
公开日为2004年3月 25日，(US 2004/0229930，
公开日为2004年11月18日)，和美国 专利号6， 573， 293和6, 653, 308,以上文献的内容^L以它们的全 文形式收作本文参考。因此，正如掌握了本文所披露的方法的技术人 员所能理解的，尽管在一种实施方案中，本文所披露的化合物l是优 选的巧l味酮，但本发明并不局限于这种化合物，或任何其他特定的吲 咮酮RTKI。在一种实施方案中，用于本发明的吲哚酮在抑制至少一种受体酪 氨酸激酶，包括但不局限于，KIT， FLT3， VEGFR，和PDGFR。更优选 的是，所述P引哚酮可检测地抑制KIT， FLT3， VEGFR,和PDGFR方面具 有可检测的活性。与抗-CTLA4抗体组合使用的吲哚酮RTKI包括化合 物l和它的任意代谢物(例如，化合物2)，或化合物3。优选的是， 吲哚酮RTKI是化合物1和化合物2。更优选的是，所述丐l咮酮RTKI 是化合物l。本发明的抗体--引咮酮RTKI包括所述化合物的任何可以 药用的盐。优选的是，化合物1的盐是苹果酸盐，更优选L-苹果酸盐。 化合物3的盐优选是马来酸盐。用于本发明的典型的吲哚酮RTKIs披露于以下文献中国际公开 号W0 2003/01630
公开日为2003年2月27日，国际乂>开号WO 2004/02412
公开日为2004年3月25日，国际公开号WO 2004/045523，
公开日为2004年6月3日，美国专利号6, 573， 293， 和6， 653， 308，以及美国专利申请号10/991， 244 (公开号为 US2005/0182122,
公开日2005年8月18日)，上述每一份文献都以 它们的全文形式收作本文参考。上述化合物的用途披露于前面所提到 的文献中，还可以参见国际公开号WO 2003/015608，
公开日为2003 年2月27日(US 2003/0216410,
公开日为2003年11月20日)和国 际公开号WO 2004/04552
公开日为2004年6月3日，(US 2004/0152759
公开日为2004年8月5日)，美国专利申请公开号US 2005/0182122 (
公开日为2005年8月18日)，和美国临时申请号 60/719， 119 (申请日为2005年9月20日)，60/680， 837 (申请日 为2005年5月12日)和60/753， 797(申请曰为2005年12月23日)，上述所有文献都以它们的全文形式收作本文参考。在一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI是化合物l,被称作N-[2-二乙氨基]乙基]-5-[ ( Z ) - ( 5-氟-2-氧-l ， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基) 甲基]-2， 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨甲酰，并且由上文所示出的结构式 1表示(以前被称作sunitinib苹果酸盐，SU11248, SU011248和 SUTENT)。本发明涉及化合物1的活性代谢物(以前被称作SU12662， 其代谢物被称作N-[2-(乙氨基)乙基]-5-[ (Z) - (5-氟-2-氧-l， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-2, 4-二曱基-lH-吡咯-3-氨曱酰，并 且由上文所示出的结构式2表示。在另一种实施方案中，所使用的p引 哚酮RTKI是化合物3，被称作5-[(Z)-(5-氟-2-氧-1， 2-二氢-3H-吲哚-3-亚基)甲基]-N-[ (2S) -2-羟基-3-吗啉-4-基丙基]-2, 4-二 甲基-lH-吡咯-3-氨甲酰，并且由结构式3表示。正如技术人员根据本 文所提供的方法所能理解的，可以使用吲味酮RTKI的任何可以药用 的盐。用于本发明的吲哚酮化合物是蛋白激酶(PKs)的泛抑制剂，并 且因此可用于治疗癌症，因为已知PKs能介导和/或在癌形成中发挥作 用。用于本发明的它的催化活性通过所述吲哚酮调节的PKs包括蛋白 酪氨酸激酶，如受体酪氨酸激酶(RTKs ),细胞酪氨酸激酶(CTKs )， 和丝氨酸-苏氨酸激酶(STKs ) 。 RTK-介导的信号转导是通过与特殊 生长因子(配体)的细胞外相互作用启动的，然后进行受体二聚体化， 瞬时刺激内在性蛋白酪氨酸激酶活性和磷酸化。因此，产生了细胞内 信号转导分子的结合位点，并且导致与多种细胞质信号传导分子形成 复合物，这有利于适当的细胞反应(例如，细胞分裂，对细胞外微环 境的代谢影响等，例如，参见Schlessinger和Ullrich, 1992， Neuron 9: 303-391。业已证实生长因子受体上的酪氨酸磷酸化位点起着信号传导分子的SH2 ( src同源性)结构域的高亲和力结合位点的作用。Fantl etal.， 1992, Cell 69: 413-423， Songyang et al. ， 1994， Mol.Cell.Biol. 14: 2777—2785 )， Songyang et al. ， 1993， Cell 72: 767-778，和Koch et al. ， 1991， Science 252: 668-678。业已鉴定了与RTKs相关的若干细胞内底物蛋白，并且受体和它们的底物的SH2结构域之间相互作用的专一性是由磷酸化的酪氨酸残基周围的氨基酸残基决定的(Songyang et al. ， 1993， Cell 72: 767-778 ) 。 SH2结构域和环绕特定受体上的磷酸酪氨酸残基的氨基酸序列之间的结合亲和力的 差异与观察到的它们的底物磷酸化特征方面的差异吻合。以上发现表明，每一种RTK的作用不仅是由它的表达形式和配体的可利用性
决定的，而且还由一系列下游信号转导途径决定，这些途径是通过特 殊受体激活的。因此，磷酸化提供了重要的调控步骤，该步骤决定了 通过特殊生长因子受体，以及分化因子受体恢复的信号传导途径的选 择性。PK信号转导导致了细胞增殖，分化，生长和代谢等其他反应。 异常的细胞增殖可能导致多种疾病和失调，包括肿瘤形成，如癌，肉 瘤，成胶质细胞瘤和血管瘤，疾病，如白血病，牛皮痺，动脉硬化， 关节炎和糖尿病视网膜病以及与不受控制的血管发生和/或脉管生成 相关的其他疾病。对用于本发明的吲哚酮化合物作用机制的了解并不是实现本发 明所必需的。不过，并不希望受任何特殊理论的制约，用于本发明的 吲咮酮化合物可以与PKs的催化区域的氨基酸相互作用。就是说，PKs 通常具有二裂片结构，其中，ATP似乎结合在一个区域的两个裂片之 间的裂缝上，其中，所述氨基酸在PKs之间是保守的。PKs抑制剂， 如p引哚酮RTKI被认为通过非共价相互作用，如氢键，范德华力和/或 离子相互作用在相同的总体区域结合，其中，ATP还与PKs结合。更 具体地讲，用于本发明的化合物的2-吲哚酮成分被认为结合通常情况 下由ATP的腺噤呤环占据的总的空间。特定PK的特定分子的专一性可 能因为2-吲哚酮核心上的各种取代基和对特定PKs专一的氨基酸结构 域之间的额外相互作用而产生。因此，不同的吲哚酮取代基可能造成 与特定PKs的优势结合。选择对不同ATP (或其他核苷酸)结合位点 起作用的化合物的能力使得本发明的吲哚酮化合物特别适用于靶定具 有所述位点的任何蛋白。因此，用于本发明的化合物可用于通过与PKs 的相互作用在体内介导治疗作用。用于本发明的吲哚酮化合物与抗-CTLA4抗体组合，提供了治疗多 种实体肿瘤的有效的治疗方法，所述肿瘤包括但不局限于癌，肉瘤， 包括Kaposi's肉瘤，成红细胞瘤，成胶质细胞瘤，脑膜瘤，星形细胞 瘤，黑素瘤和成肌细胞瘤。本发明还涉及治疗或预防非实体肿瘤癌症， 如白血病。其代表可以包括但不局限于脑癌，膀胱癌，卵巢癌，胃癌，
胰腺癌，结肠癌，肾癌，肠癌，乳腺癌，前列腺癌，血癌，肺癌和骨 癌。另外，但不局限于与不适当的PK活性相关的疾病的类型是当用 于本发明的吲哚酮化合物与抗-CTLA4抗体组合时，可用于预防，治疗 和研究的细胞增殖疾病，纤维化疾病和代谢疾病。另外，可以通过本 发明预防治疗或进一步研究的细胞增殖疾病包括癌症，血管增殖性疾 病和膜细胞增殖性疾病。B.巧l咮酮RTKI和抗-CTLA4抗体组合本发明涉及组合治疗，包括同时施用吲哚酮PK抑制剂，优选p引 咮酮RTKI,更优选的是，所述p引咮酮RTKI是化合物l,化合物2, 或化合物3，和抗-CTLA4抗体，优选包括抗体4.1.1， 4.13.1,和 ticilimumab, ipilimumab等的抗原结合部分的抗体。对于本发明来 说，所提到的吲味酮RTKIs，包括化合物l，化合物2，或化合物3, 包括它们的可以药用的盐，例如，但不局限于本文所披露的优选的盐。在一种实施方案中，抗-CTLA卩抗体和吲哚酮PK抑制剂的组合是 同时给患者施用的，以便治疗癌症，其中，所述吲哚酮是化合物1。 化合物1可用于治疗的疾病包括前列腺癌，卵巢癌，曱状腺癌，黑素 瘤，肉瘤，乳腺癌，GIST (伊马替尼-抗性或非抗性)，NSCLC,胰腺 癌，结肠直肠癌，和肾细胞癌等。因此，抗-CTLA4抗体和吲哚酮RTKI 的组合可用于治疗所述癌症。更具体地讲，很多潜在的治疗选项包括 p引哚酮RTKI和抗-CTLA4组合治疗可用于治疗伊马替尼-抗性GIST， 转移性肾细胞癌，转移性乳腺癌，结肠直肠癌，卵巢癌，非-小细胞肺 癌，转移性乳腺癌，和神经内分泌癌(例如，胰岛细胞癌)等。尽管 所述癌症是优选的，本发明涉及治疗多种恶性细胞增殖疾病，包括但 不局限于间皮瘤，肝胆(肝和胆管)，原发性和继发性CNS肿瘤，原 发性和继发性脑瘤，肺癌(NSCLC和SCLC)，骨癌，皮肤癌，头颈癌， 皮肤或眼内黑素瘤，肛门区癌症，胃癌，胃肠(胃，结肠直肠，和十 二指肠)癌，乳腺癌，子宫癌，输卵管癌，子宫内膜癌，子宫颈癌，
阴道癌，外阴癌，何杰金氏病，食管癌，小肠癌，内分泌系统癌，曱 状腺癌，副曱状腺癌，肾上腺癌，软组织肉瘤，尿道癌，阴茎癌，睾 丸癌，慢性或急性髓细胞性白血病，慢性或急性淋巴细胞性白血病，淋巴细胞性淋巴瘤，皮肤T细胞淋巴瘤，膀胱癌，肾或输尿管癌，肾 细胞癌，肾盂癌，中枢神经系统(CNS)肿瘤，原发性CNS淋巴瘤， 非何杰金氏淋巴瘤，脊柱肿瘤，脑干神经胶质瘤，垂体腺瘤，肾上腺 皮质癌，胆嚢癌，多发性骨髓瘤，胆管上皮癌，纤维肉瘤，成神经细 胞瘤，视网膜神经胶质瘤，或上述一种或多种癌症的组合。在所述抗 体-巧l咮酮RTKI组合的另一种实施方案中，所述组合可用于治疗任何 异常细胞生长，包括良性增殖性疾病，例如，但不局限于牛皮癣，良 性前列腺肥大和再狭窄。另外，本发明涉及将抗-CTLA4抗体与吲哚酮RTKI组合用于癌症 的新辅助，辅助，笫一线治疗，第二线和/或第三线治疗(例如，乳腺 癌的辅助治疗，转移性肺癌的第一线治疗，胚细胞肿瘤的第三线治疗 等)。就是说，在一种实施方案中，所述抗体-吲哚酮RTKI的组合可 以作为新辅助治疗同时施用，例如，在手术切除肿瘤(例如，前列腺 癌)之前。在另一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI-抗体组合可以作 为新辅助治疗施用(即，在手术之前)，并且还可以在手术之后作为 辅助治疗。在另一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI-抗体组合可以同 时施用，用于治疗细胞因子-耐受患者的转移性肾细胞癌。另外，所述 组合可以用作第一线治疗取代其他制剂(例如，干扰素-ot )。本领域 技术人员根据本文所提供的说明可以方便地理解其他组合和治疗方 案，包括但不局限于同时施用吲哚酮RTKI-抗-CTLA4抗体组合，以便 治疗转移性肾细胞癌，作为细胞因子-耐受患者的第二线治疗，作为伊 马替尼-抗性GIST患者的第二线治疗等。本发明还涉及所述治疗的组 合，其中吲哚酮RTKI-抗-CTLA4组合是同时施用的，例如，但不局限 于将所述组合用于新辅助，辅助，第一线，和第二线治疗，或它们的 任意组合。在一种实施方案中，本发明的组合进一步与护理治疗的标准进一步组合之后使用，用于治疗上述癌症之一。在另一种实施方案中，所 述组合被用于对护理治疗标准没有反应的患者。一旦掌握了本文所披露的方法，技术人员可以理解的是，本发明涉及吲哚酮RTKI治疗与使用抗-CTLA4抗体的免疫疗法组合，与手术， 放射疗法，或这两种方法同时或依次(之前或之后)治疗癌症。就是 说，各种治疗可以与sunitib-抗-CTLA4组合治疗组合，正如掌握了 本文所提供的方法的本领域技术人员所能理解的。在另一种实施方案中，将吲哚酮-RTKI，优选化合物l，化合物2 和化合物3，和抗-CLTA-4抗体组合同时使用，以便增强，延长，或同 时增强和延长对肺瘤的免疫反应。这是因为在吲咮酮RTKI和本发明的 抗-CTLA4抗体的抗-肿瘤效果之间存在相互作用，这种相互作用能导致 以任何制剂单独更有效的抗-肿瘤效果。因此，不希望受任何特定理论 的约束，吲咮酮RTKI和抗-CTLA4抗体的组合可以在肿瘤内诱导比预期 的更有效的免疫反应。不希望受任何特定理论的约束，由RTKI，例如， 巧l咮酮RTKI的抗-肿瘤效果介导的肿瘤抗原的释;^可以增强针对所述 抗原的抗-CTLA4的免疫治疗效果。业已证实，这有可能是因为使用抗 体的CTLA4阻断，能破坏对肿瘤抗原的耐受性(例如，恢复或预防无反 应性或对肿瘤抗原的耐受性)，从而使得肿瘤细胞更容易受到免疫攻 击。因此，巧l咮酮RTKI与抗-CLTA-4抗体的组合可以提供有效的协同 效应，从而提供对癌症的重要的新的治疗方法。在一种实施方案中，本发明提供了使用抗-CTLA4抗体-吲哚酮 RTKI组合产生或加强抗-肿瘤反应的组合物和方法。其中，所述吲哚 酮RTKI通过一定数量的抗体增强抗-肿瘤反应，而所述数量的抗体在 单独使用时不是诱导相同水平的抗-肿瘤反应的最佳用量。在某些实施 方案中，当所述吲哚酮RTKI不是与诱导抗-肿瘤反应的抗体组合使用 时，单独施用吲哚酮RTKI不能产生或增强所述抗-肿瘤反应。在其他 实施方案中，所述吲哚酮RTKI和所述抗-CTLA4抗体能够单独和/或在 组合施用时诱导抗-肿瘤反应。在某些实施方案中，所述吲哚酮RTKI能够以叠加方式增强所述抗-CTLA4抗体的效果。在一种优选实施方案中，所述-引咪酮RTKI能 够以协同方式增强所述抗-CTLA4抗体的效果。在另一种实施方案中， 所述抗-CTLA4抗体能够以叠加方式增强吲咮酮RTKI的效果。优选的 是，所述效果是以协同方式增强的。因此，在某些实施方案中，本发 明涉及疾病治疗或预防方法，它能提供比单独施用p引咮酮RTKI和/或 单独施用抗-CTLA4抗体更好的治疗效果。本发明涉及具有叠加效力或叠加治疗效果的组合治疗方法，同时 减轻或避免了有害的或不良影响。本发明还涉及协同组合，其中，治 疗效果比叠加效果更好，同时减轻或避免了有害的或不良影响。在某 些实施方案中，本发明的方法可以治疗或预防疾病和失调，其中，通 过使用较低和/或较少次数的抗-CTLA4抗体和/或吲咮酮RTKIs的剂 量增强了抗-紳瘤反应，以便降低由单独施用抗-CTLA4抗体和/或吲哚 酮RTKIs所导致的有害的或不良影响的出现频率，同时保持或增强了 治疗效果，优选增强了患者的顺从性，改善了治疗和/或减轻了有害的 或不良影响而改善了治疗。本发明的方法和组合物不仅可用于未治疗过的患者，而且还可用 于治疗对单独施用吲哚酮RTKIs或单独施用抗-CTLA4抗体部分或完全没有反应的患者。在各种实施方案中，本发明提供了可用于治疗患 者的疾病或失调的方法和组合物，所述患者业已被证实对包括单独或 同时施用抗-CTLA4抗体和/或吲哚酮RTKIs有耐受性或无反应的患 者，其中，通过增强免疫反应改善了治疗。在一种实施方案中，该方 法包括组合吲哚酮RTKI (优选化合物1 )和抗-CTLA4抗体(优选抗体 4.1.1，抗体4.13.1， ticilimumab， ipilim画b，或它们的任意组 合)。丐l咮酮RTKI可以按照本领域众所周知的标准给药方案施用，例 如，但不局限于在以下文献中披露的方法美国专利申请号10/991, 244 (公开号US2005/0182122，
公开日为2005年8月18日)。简单 地讲，在本发明的一种实施方案中，吲哚酮RTKI，更优选的是化合物 1是每天一次连续施用的。在另一种实施方案中，吲哚酮RTKI每天 连续每天施用持续大约4周，并且不施用额外的p引咮酮RTKI。在本发 明的一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI连续施用超过4周时间。在本发明的一种实施方案中，吲哚酮RTKI是按照间歇给药方案 施用的，包括至少一个服药周期(或"治疗")周期，随后是"停药" 期，此期不施用所述p引味酮RTKI。在另一种实施方案中，p引咮酮RTKI 施用大约4周，然后停药大约2周，此时不施用药物，并且，随后再 进行至少一个周期的服药/停药周期。在另一种实施方案中，巧l咮酮 RTKI施用大约2周，然后停药大约l周，此期不施用药物，然后进行 至少一个额外的服药/停药周期。在另一种实施方案中，吲哚酮RTKI 施用大约3周，然后停药大约l周，此期不施用药物，随后进行至少 一个额外的服药/停药周期。然后可以重复所述服药和停药周期至少一 次，优选重复服药/停药周期两次。在另一种实施方案中，所述服药/ 停药周期进行调整，以便釆用服药/停药周期的任意组合。例如，所述 丐l咮酮RTKI是按照4/2给药方案施用的(即，服药4周，然后停药 两周)，然后采用3/1周期。因此，本发明涉及间歇给药方案的任意 组合，正如为患者所提供的方案。在一种实施方案中，吲哚酮RTKI 的施用，无论是按照连续或间歇给药方案施用，都持续到直到疾病发 展停止，例如，治疗可以持续至少两年时间。化合物l的优选给药方 案可以详细参见美国专利申请号10/991, 244，申请日为2004年11 月17日，(公开号为US2005/0182122，2005年8月18日)，以上文献的完整内容被收做本文参考。在一种实施方案中，吲哚酮RTKI是每天一次施用的，施用数量 为大约25mg-87.5mg。更优选的是，吲咮酮RTKI (例如，化合物1) 是每天一次施用的，施用量为大约37.5 mg-50 mg。在本文中，吲哚 酮RTKIs包括化合物l， 2和3的用量表示游离碱等效质量。在一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI (例如，化合物1， 2，和 3)和所述抗体是同时施用的，其中，吲哚酮是每天施用的，持续4 周，随后停药2周，并且重复该循环，其中，所述抗体是在适当的停 药期之后施用的。更优选的是，吲哚酮是口服的，施用量为大约50mg,
而所述抗体是通过静脉输液施用的，施用量为大约0.1 mg/kg-50 mg/kg，更优选的是，大约0. 3mg/kg-20mg/kg，更优选的是，大约1 mg/kg-15 mg/kg，更优选的是，大约3 mg/kg-15 mg/kg，更优选的是， 大约6 mg/kg-15 mg/kg。在另一种实施方案中，所述抗体的施用剂量为至少0.3mg/kg， 优选至少1 mg/kg，更优选至少3 mg/kg,更优选至少5 mg/kg，优选 至少6 mg/kg，更优选至少10 mg/kg，更优选至少15 mg/kg，更优选 至少20 mg/kg。在本发明的一种实施方案中，所述抗体是以每28天大约6mg/kg 的用量施用的。在另一种实施方案中，所述抗体是以每三个月大约6 mg/kg的用量施用的。在本发明的一种实施方案中，所述抗体是以每 28天大约10 mg/kg的用量施用的。在另一种实施方案中，所述抗体 是以每三个月大约10rag/kg的用量施用的。在另一种实施方案中，所 述抗体是以每28天大约15 mg/kg的用量施用的。在另一种实施方案 中，所述抗体是以每三个月大约15 rag/kg的用量施用的。在一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI (例如，化合物1, 2，和 3)和所述抗体是同时施用的，其中，吲咮酮是每天施用的持续4周时 间，然后停药2周，并且重复该循环，并且所述抗体是在施用所述吲 咮酮的第一天施用的，然后每隔28天再次施用抗体至少一个周期，其 中，所述抗体的施用量为10mg/kg。在另一种实施方案中，所述吲哚 酮RTKI是按照4/2的间歇给药方案施用的，而所述抗体是以每三个 月10 mg/kg的用量施用的。在另一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI 是按照4/2的间歇给药方案施用的，并且所述抗体是每28天施用 一次 的，施用量为15mg/kg。在本发明的一种实施方案中，所述吲哚酮RTKI 是按照4/2的间歇给药方案施用的，而所述抗体是每三个月施用一次 的,施用量为15mg/kg。在本发明的另一种实施方案中，吲哚酮RTKI (例如，化合物1)是以大约37.5 mg的用量每天连续施用的，而所 述抗体是每三个月施用一次的，施用量为大约10mg/kg。在本发明的 另一种实施方案中，吲哚酮RTKI(例如，化合物l)是以大约5mg的用量每天连续施用的，而所述抗体是每三个月一次施用的，施用量为大约l5 mg/kg。在本发明的另一种实施方案中，丐|咪酮RTKI (例 如，化合物1)是以37.5 mg的用量每天连续施用的，而所述抗体是 每三个月一次施用的，施用量为大约10 mg/kg和/或15 mg/kg。就是 说，抗体的剂量是变化的，并且可以包括每三个月10或15 mg/kg， 正如所指出的。不希望受任何特定理论的约束，吲咮酮RTKI能够在患者体内有 效导致可检测的免疫抑制作用，其中，在施用。引哚酮RTKI时可能出 现暂时淋巴细胞减少症。因此，在本发明的一种实施方案中，所述抗 体能够在施用最后一剂的-引咮酮RTKI后大约一至大约一百天施用。 就是说， 一旦用吲咪酮RTKI(例如，化合物l, 2，和3)进行的治疗 结束，就可以评估患者的免疫反应性(例如，可以测定淋巴细胞减少 水平，如果有的话，包括很多其他测定)。所述免疫反应如果减弱， 可以进行评估，并且一旦所述免疫反应与施用吲哚酮RTKI期间和/ 或之后不久的反应相比出现了可检测的增强，就可以施用抗-CTLA4抗 体。免疫反应水平能够，但不一定恢复到给患者施用吲哚酮RTKI之 前的水平。在一种实施方案中，给需要的患者施用吲哚酮RTKI，优选化合 物1，在施用过程结束时，允许一段合适的停药时间，然后施用抗 -CTLA4。合适的停药时间包括任何时间，其中，通过本领域/>知的方 法评估的免疫反应水平与患者在施用吲哚酮RTKI期间或之后不久的 免疫反应水平相比可检测地增强了 。典型的间歇给药方案包括治疗和 停药时间，参见美国专利申请号10/991， 244 (公开号为 US2005/0182122，
公开日为2005年8月18日)，该文献4皮以它的全 文形式收作本文参考。尽管可以使用任何合适的停药时间以便在施用吲哚酮RTKI之后 增强免疫反应，但本发明在施用所述吲哚酮RTKI和所述抗体之间不 需要任何停药时间，因此，所述抗体和吲哚酮RTKI可以大体上同时 施用。施用吲咮酮RTKI的时间和施用所述抗体的时间属于相关领域
技术人员根据本文所披露的方法的技能范围。因此，技术人员根据本文所提供的方法可以理解的是，剂量和给 药方案可以按照治疗领域众所周知的方法调整。就是说，可以方便地 确定最大耐受剂量，并且，还可以测定给患者提供可检测的治疗效果 的有效量，例如，可能临时需要施用每一种制剂，以便给患者提供可 检测的治疗效果。因此，尽管本文披露了某些剂量和服药方案，但这 些例子并非要以任何方式限定可以给本发明治疗方案的患者提供的剂 量和施用方案。另外，本领域技术人员根据本文所披露的方法可以理 解的是，治疗效果，例如但不局限于肿瘤尺寸和/或转移的可检测的减少，前列腺癌PSA水平的降低，以及复发时间的延长和很多其他参数 可以通过本领域所公知的多种方法评估，以便评估治疗癌症的效果， 并且，上述方法以及将来开发的方法都属于本发明的范围。尽管本发明以涉及辅助，第 一线和/或第二线治疗的方法为例进 行了说明，该方法包括同时施用吲哚酮RTKI，例如，化合物l,和抗 -CTLA4抗体的组合，但掌握了本文提供的方法的技术人员可以理解的 是，本发明并不局限于任何特定治疗方法。相反，包括组合的吲哚酮 RTKI和抗-CTLA4抗体治疗的方法涉及将所述组合用于整个疾病和治疗 过程。更具体地讲，本文所披露的新方法可以在转移之前和之后，以 及在患者对化学治疗剂产生耐受性之后提供治疗效果，其中，所述抗 体可以增强免疫反应，包括由治疗引起的任何反应和由吲哚酮RTKI 介导的任何反应。因此，本发明不局限于将本发明的组合仅用于新辅助治疗；相反， 本发明包括所有治疗方案，包括但不局限于癌症的辅助，第一线，和/ 或第二线治疗。这是因为本文披露的数据表明，包括抗-CLTA-4抗体的 免疫疗法可以单独或与至少 一 种其他制剂组合在治疗期间的任何时间 点提供治疗效果。就是说，通过施用本发明的抗-CTLA4抗体可以增强 治疗方法的效果，该方法能介导肿瘤特异性抗原的释放，如细胞毒性 治疗(例如，辐射，化学治疗，和PKs的抑制作用等)，其中，所述抗 原要接触免疫系统。实际上，本文披露的数据还表明，通过组合施用 用于治疗癌症，更具体地讲，用于治疗前列腺癌，乳腺癌，CRC，黑 素瘤，胰腺癌，肺癌，GIST, RCC等的所述抗体和RTKI疗法，可以介导 协同效果。因此，本发明提供了用于治疗癌症的重要新型治疗剂，以 便增强患者的免疫系统，提供抗肺瘤效果。III. 其他组合治疗根据本文披露的说明，包括给患者施用抗-CTLA4抗体的免疫增强 作用，以及同时施用所述抗体与吲咮酮RTKI (优选化合物1)的组合 的组合的叠加或协同作用，技术人员可以理解的是，本发明涉及多种 组合治疗，其中，所述抗体-吲咮酮RTKI是与至少一种其他治疗剂组 合之后给患者施用的，以便提供治疗效果。尽管本领域技术人员在掌 握本发明的方法之后可以方便地了解很多这样的组合，但下面还是要 讨论若干种组合。不过，本发明并非要局限于这些组合，提供这些组 合仅仅是为了说明目的。同时施用抗体--引咮酮和其他治疗剂(组合治疗)包括同时施用 所述抗-CTLA4抗体，-引咮酮，和一种或多种其他治疗剂，并且还包括 同时施用两种或两种以上独立的药用组合物， 一种组合物包括所述抗 -CTLA4抗体，而其他组合物包括所述吲哚酮，以及包括至少一种其他 治疗剂的其他组合物。另外，尽管同时施用或组合(结合)治疗一般 表示所述抗体，吲咮酮，和其他治疗剂彼此同时施用的，但它还包括 同时，依次或分别施用所述治疗的每一种成分。另外，当抗体通过静 脉内途径施用，而所述抗癌制剂(例如，吲哚酮RTKI等)是口服的， 或通过皮下或肌内注射时，可以理解的是，所述组合优选以两个，三 个，或三个以上独立的药用组合物形式施用。在对哺乳动物进行额外的化学疗法时，本领域众所周知的化学治 疗剂可以与抗-CTLA 4组合使用。另外，还可以使用生长因子抑制剂， 生物反应修饰剂，烷化剂，插入抗生素，长春花属生物碱，免疫调节 剂，紫杉烷，选择性雌激素受体调节剂(SERMs)，例如，但不局限于， 拉索昔芬，血管发生抑制剂，和很多治疗剂，下面就讨论其中的某些 治疗剂。血管发生抑制剂本文前面业已讨论了血管发生抑制剂与抗-CTLA4抗体组合使用。 另外，血管发生抑制剂包括但不局限于，贝伐单抗(AVASTIN; Genentech)， 针对VEGF的人源化抗体。它可以与5FU组合使用，并 且被证实是患有结肠或直肠转移性癌症的患者的第一线治疗。直接针 对血管发生因子或它们的受体的制剂通过阻断自分泌受体信号传导提 供了受体-感受性血液学恶性肿瘤的更大的治疗活性。贝伐单抗能产生 持续的对循环VEGF的中和作用，并且可用于治疗骨髓发育异常综合征(MDS)，淋巴瘤，急性髓细胞性白血病(AML),和实体肿瘤。除了 p引咮酮之外，本发明还涉及血管发生受体信号传导的其他RTKI小分子 抑制剂，用于血液学恶性肿瘤临床试验的第一种受体拮抗剂是SU5416(Sugen)，它能破坏VEGFR-1和VEGFR-2受体和c-Kit的配体诱导 的自体磷酸化。SU5416能在白血病细胞系中抑制VEGF-诱导的克隆源 性反应，并且促进来自AML患者的成髓细胞的细胞凋亡。评估了其他 RTKIs ，包4舌 PTK787/ZK222584 ( Novartis )， 和 AG-13736(Agouron/Pf izer )治疗AML和其他受体-感受态血液学恶性肿瘤的作 用。本发明还包括癌症，例如，肾癌，和胃肠道基质癌等的治疗，使 用抗-CTLA4抗体和丐l咮酮RTKI，例如，化合物1，化合物2，和化合 物3，以及至少一种其他血管发生抑制剂，例如，AG-13736, AG-26， 798等，以及本领域众所周知的或将来开发的其他血管发生抑制剂的 组合。因此，抗-血管发生剂，如匪P-2 (基质-金属蛋白酶2)抑制剂， 匪P-9 (基质-金属蛋白酶9)抑制剂，和COX-II (环加氧酶II)抑 制剂可以与本发明的抗体-吲哚酮RTKI组合使用。有用的COX-II抑 制剂的例子包括CELEBREX (celecoxib)，伐地考昔，罗非昔布，帕 瑞考昔，德拉昔布，SD-8381 ， ABT-963 ，依托考昔，罗美昔布， BMS-347070, NS-398， RS 57067，美洛昔康。有用的基质金属蛋白酶 抑制剂的例子可以参见国际专利公开号W0 96/331"; W0 96/27583;WO 98/07697， WO 98/03516, WO 98/34918， WO 98/34915, WO 98/33768， WO 98/30566， WO 90/05719, WO 99/52910， WO 99/52889， WO 99/29667， 欧洲专利申请号780386(
公开日为1997年6月25日，)，97304971. 1 (申请曰为1997年7月8日，)，99308617. 2 (申请日为1999年10 月29日，)，606046 (
公开日为1994年7月13日，)，931788 (公 开日为1999年7月28日，)，99302232. 1 (申请日为1999年3月 25日，)国际申请PCT/IB98/01113 (申请日为1998年7月21日)， 英国专利申请号9912961. 1 (申请日为1999年6月3日)，美国临时 专利申请号60/148, 464 (申请日为1999年8月12日)，和美国专 利号5， 863， 949，和5， 861, 510。优选的MMP-2和醒P-9抑制剂是少有或没有抑制MMP-1活性的抑 制剂。更优选的是相对其他基质-金属蛋白酶(即MMP-l，MMP-3，MMP-4， MMP-5， MMP-6， MMP-7， MMP-8， MMP-IO， MMP-ll, MMP-12,和MMP-13) 而言能选择性地抑制MMP-2和/或MMP-9的抑制剂。信号转导抑制剂本文所披露的治疗方法还可以与除了吲哚酮RTKI (例如，化合 物1)之外的其他信号转导抑制剂一起使用，如能够抑制EGFR (上皮 生长因子受体)反应，如EGFR抗体，EGF抗体，和作为EGFR抑制剂 的分子；VEGF (血管内皮生长因子)抑制剂，如VEGF受体和能够抑 制VEGF的分子；和erbB2受体抑制剂，如能够结合erbB2受体的有 机分子或抗体，例如，HERCEPTIN ( Genentech， Inc. ， San Francisco， CA)。例如，EGFR抑制剂可以参见国际专利公开号W0 95/19970， W0 98/14451， W0 98/02434，和美国专利号5， 747, 498，并且，正如本 文所披露的，所述物质可用于本发明。EGFR-抑制剂包括但不局限于单 克隆抗体C225 (ERBITUX),抗-EGFR 22Mab ( ImClone Systems Inc., New York, NY )，和ABX-EGF ( panitumumab， Abgenix Inc. ， Fremont, CA )，化合物ZD-1839 ( AstraZeneca ) , BIBX-1382 ( BoehringerIngelheim) ， MDX-447 (Medarex， Inc. ， A画油le, NJ )，和0LX-103 (Merck & Co. ， Whitehouse Station, NJ ) ， VRCTC-310 ( Ventech Research )和EGF融合毒素(Seragen Inc. ， Hopkinton， MA )。 上 述和其他EGFR-抑制剂可用于本发明。导致抑制上皮生长因子受体(EGFR)酪氨酸激酶(TK)的化合物 代表了可用于本发明的方法的抗肿瘤药物的相对较新的类型。很多人 类癌症在细胞表面上表达多种EGFR家族。当配体与EGFR结合时，它 会启动一系列细胞反应，导致增强了的细胞分裂并且影响癌症发生和 发展的其他方面，包括血管发生，转移性扩散，和对细胞凋亡的抑制 作用。EGFR-TK抑制剂能选择性地靶定EGFR家族的成员之一(EGFR(又 被称作HER1或ErbB-1) ， HER2/neu (又被称作ErbB-2 ) ， HER3 (又 被称作ErbB-3)，或HER4 (又被称作ErbB-4 )),或可以耙定它们 中的两个或两个以上。适用于本发明的EGFR-TK抑制剂包括易瑞沙 (IRESSA)，埃罗替尼(TARCEVA) ， CI-1033 (Pfizer) ， GW2016 (GlaxoSmithKline) ， EKB—569 (Wyeth) , PKI—166 (Novartis)， CP-724, 714 (Pfizer)，和BIBX-1382 ( Boeringer-Ingelheim)。 其他EGFR-TK抑制剂披露于申请日为2001年6月18日的美国专利申 请号09/883， 752中。除了p引咮酮RTKI之外，VEGF抑制剂，例如SU-5416和SU-6668 (Sugen Inc., San Francisco, CA)也可用于与抗体和吲咮酮RTKI 的组合组合使用。VEGF抑制剂披露于，例如以下文献中国际专利/> 开号PCT/IB99/00797 (申请日为1999年5月3日，)，国际专利^> 开号WO 99/24440; WO 95/21613; WO 99/61422; WO 98/50356; WO 99/10349; WO 97/32856; WO 97/22596; WO 98/54093; WO 98/02438; WO 99/16755; WO 98/02437;美国专利号5， 834， 504; 5， 883， 113; 5, 886， 020;和5， 792， 783。可用于本发明的某些特定VEGF抑制 剂的其他例子包括IM862 ( Cytran Inc. ， Kirkland， WA ) ; Genentech， Inc., San Francisco, CA的IMC-lCll Imclone抗体，抗-VEGF单克 隆抗体；和angiozyme,从Ribozyme ( Boulder， CO )和Chiron
(Emeryville, CA )购买的合成核糖酶。ErbB2受体抑制剂，如GW-282974 (Glaxo Wellcome pic)，和 单克隆抗体AR-209 ( A醒ex Pharmaceuticals Inc., Woodlands, TX)和2B-1 (Chiron)也可以与抗体-丐l咮酮RTKI的组合组合使用， 例如，可以参见国际专利公开号W0 98/02434; W0 99/35146; W0 99/35132; W0 98/02437; W0 97/13760; W0 95/19970;美国专利号5， 587， 458，和5， 877， 305。可用于本发明的ErbB2受体抑制剂还拔: 露于EP1029853 (
公开日为2000年8月23日)和国际专利公开号WO 00/44728 (
公开日为2000年8月3日)中。erbB2受体抑制剂化合 物和披露于上述PCT申请，美国专利和美国临时申请中的物质，以及 能抑制erbB2受体的其他化合物和物质可以与本发明的抗体组合使 用。本发明的治疗还可与用于治疗异常细胞生长或癌的其他制剂一 起使用，包括但不局限于能够增强抗肿瘤免疫反应的其他制剂，如其 他的，不同的CTLA4抗体，并且其他制剂还能够阻断CTLA4;和抗-增 生制剂，如法呢基蛋白转移酶抑制剂(例如，BMS 214662 )，和ot v P3抑制剂，如ctvP 3抗体VITAXIN，ctvP5抑制剂，和p53抑制剂等。当本发明的抗体与其他免疫调节剂组合施用时，所述免疫调节剂 可以从，例如下列一组中选择树突细胞激活剂，如CD40配体和抗 -CD40刺激剂抗体，以及抗原呈递增强剂，T-细胞向性增强剂，肿瘤-相关的免疫抑制因子抑制剂，如TGF-P (转化生长因子p )，和IL-10。 优选的抗-CD4Q刺激剂抗体包括披露于以下文献中的抗体国际专利
发明者C·M·鲍姆, J·格梅斯-纳瓦罗 申请人:辉瑞产品公司