用于鉴定小麦株高的分子标记以及特异引物的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种用于鉴定小麦株高的分子标记以及特异引物。本发明提供的引物组，由特异引物对甲和特异引物对乙组成；特异引物对甲由两条引物组成，引物F1为序列1所示，引物R1为序列2所示；所述特异引物对乙由两条引物组成，引物F2为序列3所示；引物R2为序列4所示。将本发明中的分子标记或引物组运用于分子标记辅助选择，能快速筛选出具有高株高或低株高表型的小麦品种(材料)，从而加速小麦新品种的育成步伐，具有重要的理论意义和经济价值。
【专利说明】
用于鉴定小麦株高的分子标记以及特异引物
技术领域
[0001] 本发明涉及一种用于鉴定小麦株高的分子标记以及特异引物。
【背景技术】
[0002] 小麦是最重要的粮食作物之一，其高产和稳产是世界粮食安全的重要保障。随着 人口增长、耕地减少和全球气候恶化，小麦高产和稳产显得更为重要。
[0003] 株高是影响小麦产量的一个重要因素。植株过高不仅容易引起倒伏，而且还会与 籽粒的发育竞争光合产物。矮杆种质资源的应用引发了的"绿色革命"，大大促进了小麦增 产和稳产。因此，株高控制基因的研究具有重要意义。
[0004] 李兴茂等利用矮抗58和京冬8号的重组自交系群体(Recombinant inbred line, RIL)在8个环境下检测到染色体4D和6A上两个稳定表达的主效QTL，其中QPH.caas-6A是一 个控制株高的新位点，可解释表型变异11.0%，因此具有重要的研究价值。开发与 QPH.caas-6A紧密连锁的分子标记不仅为辅助选择育种提供良好工具，而且为图位克隆该 位点的株高控制基因创造条件。
【发明内容】
[0005] 本发明的目的是提供一种用于鉴定小麦株高的分子标记以及特异引物。
[0006] 本发明首先保护一个引物组，由特异引物对甲和特异引物对乙组成；
[0007] 所述特异引物对甲由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子甲，所述特异DNA分 子甲中包括小麦的基因组中引物F1和引物R1的靶序列；
[0008] 引物F1为如下(al)或(a2):
[0009] (al)序列表的序列1所示的单链DNA分子；
[0010] (a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有 相同功能的DNA分子；
[0011]引物R1为如下(a3)或(a4):
[0012] (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
[0013] (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有 相同功能的DNA分子；
[0014]所述特异引物对乙由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子乙，所述特异DNA分 子乙中包括小麦的基因组中引物F2和引物R2的靶序列；
[0015]引物F2为如下(al)或(a2):
[0016] (al)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
[0017] (a2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有 相同功能的DNA分子；
[0018] 引物R2为如下(a3)或(a4):
[0019 ](a3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；
[0020] (a4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有 相同功能的DNA分子。
[0021] 所述特异引物对甲具体可由引物F1和引物R1组成。
[0022] 所述特异引物对乙具体可由引物F2和引物R2组成。
[0023] 所述特异DNA分子甲具体可为下述分子标记AP2。
[0024] 所述特异DNA分子乙具体可为下述分子标记FAR。
[0025]所述引物组的用途为如下（1)或（2)或（3)或（4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高； (2)辅助筛选具有低株高的小麦品种；（3)辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不 同待测小麦品种的株尚。
[0026]本发明还保护一种试剂盒，包括以上任一所述引物组、限制性内切酶Msel和限制 性内切酶Nlalll。所述试剂盒中还可包括其他常规用于PCR扩增的试剂和/或其他常规用于 基因组提取的试剂和/或其他常规用于聚丙烯酰胺凝胶电泳的试剂。
[0027]本发明还保护以上任一所述特异引物对甲。所述特异引物对甲的用途为如下（1) 或(2)或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅助筛选具有低株高的小麦品种；（3) 辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不同待测小麦品种的株高。
[0028]本发明还保护组合物甲，由以上任一所述特异引物对甲和限制性内切酶Msel组 成。所述组合物甲的用途为如下（1)或(2)或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅 助筛选具有低株高的小麦品种；（3)辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不同待 测小麦品种的株尚。
[0029]本发明还保护以上任一所述特异引物对乙。所述特异引物对乙的用途为如下（1) 或(2)或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅助筛选具有低株高的小麦品种；（3) 辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不同待测小麦品种的株高。
[0030] 本发明还保护组合物乙，由以上任一所述特异引物对乙和限制性内切酶Nlalll组 成。所述引物组乙的用途为如下（1)或(2)或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅 助筛选具有低株高的小麦品种；（3)辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不同待 测小麦品种的株尚。
[0031] 本发明还保护以上任一所述引物组或试剂盒的应用，为如下（1)或（2)或（3)或 (4) :(1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅助筛选具有低株高的小麦品种；（3)辅助筛选具有 尚株尚的小麦品种；（4)辅助比$父不同待测小麦品种的株尚。
[0032] 所述应用中，鉴定待测小麦的株高的方法如下：
[0033]①以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩 增，然后采用限制性内切酶Msel进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有 104bp的条带、待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-a基因型，如果显示具有104bp的条带、待 测小麦为基于分子标记AP2的AP 2-b基因型；
[0034]②以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2和引物R2组成的引物对进行PCR扩 增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有 278bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因型，如果显示不具有278bp的条带、 待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型；
[0035] 如果待测小麦为基于分子标记AP2的AP2_a基因型且基于分子标记FAR的FAR-a基因 型，待测小麦为候选的低株高小麦;如果待测小麦为基于分子标记AP2的AP2-b基因型且基于 分子标记FAR的FAR-b基因型，待测小麦为候选的高株高小麦。
[0036]步骤①和步骤②无先后顺序。
[0037]所述步骤②还可替换为如下步骤③：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2 和引物R2组成的引物对进行PCR扩增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚 丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基 因型，如果显示具有250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型。
[0038]所述步骤②还可替换为如下步骤④：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2 和引物R2组成的引物对进行PCR扩增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚 丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有278bp的条带且不具有250bp的条带、待测小麦为基于分 子标记FAR的FAR-a基因型，如果显示具有250bp的条带且不具有278bp的条带、待测小麦为 基于分子标记FAR的FAR-b基因型。
[0039] 所述应用中，辅助筛选具有低株高的小麦品种的方法如下:采用上述方法鉴定待 测小麦的株尚，筛选具有低株尚的小麦品种。
[0040] 所述应用中，辅助筛选具有高株高的小麦品种的方法如下:采用上述方法鉴定待 测小麦的株尚，筛选具有尚株尚的小麦品种。
[0041] 所述应用中，比较不同待测小麦品种的株高的方法如下：
[0042]①以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F1和引物R1组成的引物对进行PCR扩 增，然后采用限制性内切酶Msel进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有 104bp的条带、待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-a基因型，如果显示具有104bp的条带、待 测小麦为基于分子标记AP2的AP 2-b基因型；
[0043]②以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2和引物R2组成的引物对进行PCR扩 增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有 278bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因型，如果显示不具有278bp的条带、 待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型；
[0044] 基于分子标记AP2为AP2_a基因型且基于分子标记FAR为FAR-a基因型的待测小麦的 株高低于基于分子标记AP2为AP2-b基因型且基于分子标记FAR为FAR-b基因型的待测小麦。
[0045] 步骤①和步骤②无先后顺序。
[0046] 所述步骤②还可替换为如下步骤③：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2 和引物R2组成的引物对进行PCR扩增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚 丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基 因型，如果显示具有250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型。
[0047]所述步骤②还可替换为如下步骤④：以待测小麦的基因组DNA为模板，采用引物F2 和引物R2组成的引物对进行PCR扩增，然后采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚 丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有278bp的条带且不具有250bp的条带、待测小麦为基于分 子标记FAR的FAR-a基因型，如果显示具有250bp的条带且不具有278bp的条带、待测小麦为 基于分子标记FAR的FAR-b基因型。
[0048]本发明还保护以上任一所述特异引物对甲或组合物甲或特异引物对乙或组合物 乙的应用，为如下（1)或(2)或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅助筛选具有低 株高的小麦品种；（3)辅助筛选具有高株高的小麦品种；（4)辅助比较不同待测小麦品种的 株尚。
[0049] 本发明还保护分子标记AP2,一种多态形式为(bl)或(b2)，另一种多态形式为(b3) 或(b4);
[0050] (bl)序列表的序列5所示的DNA分子；
[00511 (b2)序列表的序列5自5'末端第47-305位核苷酸所示的DNA分子；
[0052] (b3)序列表的序列6所示的DNA分子；
[0053] (b4)序列表的序列6自5'末端第47-305位核苷酸所示的DNA分子。
[0054] (bl)或(b2)为低株高标记。(b3)或(b4)为高株高标记。
[0055] 本发明还保护分子标记FAR，一种多态形式为(cl)或(c2)或(c3)，另一种多态形式 为(c4)或(c5)或(c6);
[0056] (cl)序列表的序列7所示的DNA分子；
[0057] (c2)序列表的序列7自5'末端第1-548位核苷酸所示的DNA分子；
[0058] (c3)序列表的序列7自5'末端第271-548位核苷酸所示的DNA分子；
[0059] (c4)序列表的序列8所示的DNA分子；
[0060] (c5)序列表的序列8自5 '末端第1 -548位核苷酸所示的DNA分子；
[00611 (c6)序列表的序列8自5'末端第271-548位核苷酸所示的DNA分子。
[0062] (cl)或(C2)或(c3)为低株高标记。（c4)或(c5)或(c6)为高株高标记。
[0063] 本发明还保护所述分子标记AP2和/或所述分子标记FAR的应用，为如下（1)或（2) 或(3)或(4): (1)辅助鉴定待测小麦的株高；（2)辅助筛选具有低株高的小麦品种；（3)辅助 筛选具有尚株尚的小麦品种；（4)辅助比$父不同待测小麦品种的株尚。
[0064] 所述应用中，鉴定待测小麦的株高的方法如下：
[0065]①如果待测小麦携带(bl)或(b2)、待测小麦为基于分子标记AP2的AP2_a基因型，如 果待测小麦携带(b3)或(b4)、待测小麦为基于分子标记AP2的AP2-b基因型；
[0066]②如果待测小麦携带(c 1)或(c2)或(c3)、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基 因型，如果待测小麦携带(c4)或(c5)或(c6)、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型； [0067] 如果待测小麦为基于分子标记AP2的AP2_a基因型且基于分子标记FAR的FAR-a基因 型，待测小麦为候选的低株高小麦;如果待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-b基因型且基于 分子标记FAR的FAR-b基因型，待测小麦为候选的高株高小麦。
[0068]步骤①和步骤②无先后顺序。
[0069] 所述应用中，辅助筛选具有低株高的小麦品种的方法如下:采用上述方法鉴定待 测小麦的株尚，筛选具有低株尚的小麦品种。
[0070] 所述应用中，辅助筛选具有高株高的小麦品种的方法如下:采用上述方法鉴定待 测小麦的株尚，筛选具有尚株尚的小麦品种。
[0071] 所述应用中，比较不同待测小麦品种的株高的方法如下：
[0072]①如果待测小麦携带(bl)或(b2)、待测小麦为基于分子标记AP2的AP2_a基因型，如 果待测小麦携带(b3)或(b4)、待测小麦为基于分子标记AP2的AP2-b基因型；
[0073]②如果待测小麦携带(c 1)或(c2)或(c3)、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基 因型，如果待测小麦携带(c4)或(c5)或(c6)、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型；
[0074] 基于分子标记AP2为AP2_a基因型且基于分子标记FAR为FAR-a基因型的待测小麦的 株高低于基于分子标记AP 2为AP2-b基因型且基于分子标记FAR为FAR-b基因型的待测小麦。 [0075]步骤①和步骤②无先后顺序。
[0076]以上任一所述待测小麦具体可为小麦栽培种。
[0077]以上任一所述低株高指的是株高小于82cm。
[0078] 以上任一所述尚株尚指的是株尚大于82cm。
[0079] 将本发明中的分子标记或引物组运用于分子标记辅助选择，能快速筛选出具有高 株高或低株高表型的小麦品种(材料），从而加速小麦新品种的育成步伐，具有重要的理论 意义和经济价值。
【附图说明】
[0080] 图1小麦株高主效位点QPH. caas-6A在6A染色体上的作图区间。
[0081] 图2采用实施例2的方法检测基于分子标记AP2的基因型，部分实验材料的结果。
[0082] 图3采用实施例2的方法检测基于分子标记FAR的基因型，部分实验材料的结果。
【具体实施方式】
[0083] 以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验 方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自 常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平 均值。
[0084] 实施例1、分子标记以及引物对的发现
[0085]进行大量序列分析、比对以及预实验，发现了小麦株高主效位点QPH.caas-6A的两 个分子标记(分子标记AP2和分子标记FAR)，以及用于鉴定分子标记的引物对。
[0086]分子标记AP2的两种多态形式分别如序列表的序列5和序列表的序列6所示。分子 标记FAR的两种多态形式分别如序列表的序列7和序列表的序列8所示。
[0087]小麦株高主效位点QPH. caas_6A在6A染色体上的作图区间见图1。右侧是分子标记 的名称，左侧数字是标记之间的遗传距离，单位是cM。黑色三角显示QPH.caas-6A的位置。分 子标记AP2和分子标记FAR将目标QTL定位在1.8cM区间内。
[0088]用于鉴定分子标记AP2的引物对如下：
[0089] F1 (序列表的序列 1): 5' -GGTTAGAACATTATATTATTAATTACTGGTTGATTTCTTATATTG-3，；
[0090] Rl(序列表的序列2) :5'-CTCGTATGAACAAGTAAITCAAITCAAITATAAATAAGTC-3'。
[0091] F1和R1的靶序列为分子标记AP2。
[0092] 分子标记AP2的靶序列如
[0093]用于鉴定分子标记FAR的引物对如下：
[0094] F2(序列表的序列3) :5'-CCCATACTACTCTGGAACTTGCCCATCTC-3' ；
[0095] R2(序列表的序列4) :5'-ATAITTACCAACTCCTGGGATGTCCCAApV-3'。
[0096] F2和R2的靶序列为分子标记FAR的第1至548位核苷酸。
[0097]实施例2、方法的建立
[0098] 1、提取待测小麦的基因组DNA，得到DNA浓度为1 OOng/yl的模板溶液。
[0099] 2、以步骤1提取的基因组DNA为模板，采用F1和R1组成的引物对进行PCR扩增，得到 PCR扩增产物。
[0100] 3、取步骤2得到的PCR扩增产物，采用限制性内切酶Msel进行酶切，然后进行聚丙 烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有259bp的条带、待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-a基因型 (矮杆基因型），如果显示具有l〇4bp和155bp的条带、待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-b基 因型(高杆基因型）。以上判断标准是基于酶切完全的情况，但在实际操作中，经常发生酶切 不完全的现象，AP 2-b基因型的待测小麦也可能显示具有259bp的条带，因此不建议通过 259bp的条带进行基因型判断。实际操作中，由于单双链DNA泳动速度不同，155bp条带附近 存在干扰条带，因此不建议通过155bp的条带进行基因型判断。
[0101] 因此，实际应用中建议通过以下标准进行判断:取步骤2得到的PCR扩增产物，采用 限制性内切酶Msel进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有104bp的条 带、待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-a基因型(矮杆基因型），如果显示具有104bp的条带、 待测小麦为基于分子标记AP 2的AP2-b基因型(高杆基因型）。
[0102] PCR扩增的反应体系：2XTaq PCR Mix 7.5沿，卩1(1〇1111)1沿，1?1(1〇1111)叫1，模板溶 液Uyl，无菌H2O 4ul。
[0103] PCR扩增的反应程序:94°C预变性3min;94°C变性15s、56°C退火20s、72°C延伸30s， 35个循环;最后72°C延伸5min。
[0104] 酶切体系（20yl):限制性内切酶0 ? 5yl，PCR扩增产物10yl，10 XNEB buffer2yl， ddH207.5yl。
[0105] 酶切条件:37°C，3h。
[0106] 4、取步骤2得到的PCR扩增产物，采用限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚 丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有278bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因 型(矮杆基因型），如果显示具有28bp和250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b 基因型（高杆基因型）。实际操作中，由于28bp条带太小，不便于电泳后的观察，因此不建议 通过28bp的条带进行基因型判断。
[0107]因此，实际应用中建议通过以下标准进行判断:取步骤2得到的PCR扩增产物，采用 限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有278bp的条 带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因型(矮杆基因型），如果显示不具有278bp的条 带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型(高杆基因型）。
[0108]因此，实际应用中建议通过以下标准进行判断:取步骤2得到的PCR扩增产物，采用 限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示不具有250bp的条 带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因型（矮杆基因型），如果显示具有250bp的条 带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型(高杆基因型）。
[0109]因此，实际应用中建议通过以下标准进行判断:取步骤2得到的PCR扩增产物，采用 限制性内切酶Nlalll进行酶切，然后进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，如果显示具有278bp的条带 且不具有250bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-a基因型(矮杆基因型），如果显 示具有250bp的条带且不具有278bp的条带、待测小麦为基于分子标记FAR的FAR-b基因型 (尚杆基因型）。
[0110] PCR扩增的反应体系：2XTaq PCR Mix 7.5沿，卩2(1〇1111)1沿，1?2(1〇1111)叫1，模板溶 液Uyl，无菌H2O 4ul。
[0111] PCR扩增的反应程序:94°C预变性3min;94°C变性15s，63°C退火20s，72°C延伸30s， 35个循环;最后72°C延伸5min。
[0112] 酶切体系（20yl):限制性内切酶0.5yl，PCR扩增产物 10yl，10XNEB buffer2yl， ddH207.5yl。
[0113] 酶切条件：37°C，3h。
[0114] 实施例3、引物对的应用
[0115] 实验材料为166个小麦品种(均为中国黄淮麦区麦主推品种），具体见表1。
[0116] 1、将各个实验材料分别种置于安阳和濉溪两个地点，每个地点设置三个重复处理 (每个重复处理的试验用地为350平米），常规管理，得到各个试验材料的株高平均值。
[0117] 2、采用实施例2提供的方法检测各个实验材料基于分子标记AP2的基因型和基于 分子标记FAR的基因型。
[0118] 采用实施例2的方法检测基于分子标记AP2的基因型，部分实验材料的结果见图2。 图2中，泳道1至17依次为石家庄15、小偃6号、淮麦18、济麦20、中育9号、兰考2号、高优503、 花培5号、内乡5号、良星99、皖麦29、鲁麦21、洛旱2号、烟农18、陕715、矮抗58、兰考24。
[0119] 采用实施例2的方法检测基于分子标记FAR的基因型，部分实验材料的结果见图3。 图3中，泳道1至14依次为石家庄15、矮丰3号、小偃6号、矮抗58、淮麦18、济麦20、济南17、兰 考2号、良星99、临麦4号、鲁麦23、洛旱2号、内乡188、山农20。
[0120] 结果见表1。166个小麦品种中：138个品种显示为AP2-a基因型且FAR-a基因型，株 高平均值为80.7cm; 20个品种显示为AP2-b基因型且FAR-b基因型，株高平均值为84. lcm; 8 个品种显示为AP2-a基因型且FAR-b基因型或AP2-b基因型且FAR-a基因型，株高平均值为 82.4〇11;统计测验显示0?11.〇338-64的基因效应达到了显著差异(？〈0.05)。将82〇11作为阈 值，如果待测小麦的基于分子标记AP 2的基因型为AP2-a基因型且基于分子标记FAR的基因型 为FAR-a基因型，可以将其判断为候选的具有低株高表型的小麦（即株高小于82cm的小麦）， 准确度为71.3%。将82cm作为阈值，如果待测小麦的基于分子标记AP 2的基因型为AP2-b基因 型且基于分子标记FAR的基因型为FAR-b基因型，可以将其判断为候选的具有高株高表型的 小麦（即株高大于82cm的小麦），准确度为55%。经测序，AP 2-a基因型品种采用F1和R1组成 的引物对时得到的扩增产物均与序列表的序列5中的相应预期靶区域一致，AP 2-b基因型品 种采用F1和R1组成的引物对时得到的扩增产物均与序列表的序列6中的相应预期靶区域一 致。经测序，FAR-a基因型品种采用F2和R2组成的引物对时得到的扩增产物均与序列表的序 列7中的相应预期靶区域一致，FAR-b基因型品种采用F2和R2组成的引物对时得到的扩增产 物均与序列表的序列8中的相应预期靶区域一致。
[0121]表1各个小麦品种的基因型检测结果和株高测量结果
【主权项】
1. 引物组，由特异引物对甲和特异引物对乙组成； 所述特异引物对甲由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子甲，所述特异DNA分子甲 中包括小麦的基因组中引物F1和引物R1的靶序列； 引物F1为如下(al)或(a2): (al)序列表的序列1所示的单链DNA分子； (a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同 功能的DNA分子； 弓丨物R1为如下(a3)或(a4): (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子； (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同 功能的DNA分子； 所述特异引物对乙由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子乙，所述特异DNA分子乙 中包括小麦的基因组中引物F2和引物R2的靶序列； 引物F2为如下(al)或(a2): (al)序列表的序列3所示的单链DNA分子； (a2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同 功能的DNA分子； 引物R2为如下(a3)或(a4): (a3)序列表的序列4所示的单链DNA分子； (a4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同 功能的DNA分子。2. 如权利要求1所述的引物组，其特征在于：所述特异引物对甲由引物F1和引物R1组 成，所述特异引物对乙由引物F2和引物R2组成。3. -种试剂盒，包括特异引物组、限制性内切酶Msel和限制性内切酶Nlalll;所述特异 引物组为权利要求1或2所述的引物组。4. 特异引物对甲或组合物甲； 所述特异引物对甲由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子甲，所述特异DNA分子甲 中包括小麦的基因组中引物F1和引物R1的靶序列； 引物F1为如下(al)或(a2): (al)序列表的序列1所示的单链DNA分子； (a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同 功能的DNA分子； 弓丨物R1为如下(a3)或(a4): (a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子； (a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同 功能的DNA分子； 所述组合物甲由所述特异引物对甲和限制性内切酶Msel组成。5. 特异引物对乙或组合物乙； 所述特异引物对乙由两条引物组成，其靶序列为特异DNA分子乙，所述特异DNA分子乙 中包括小麦的基因组中引物F2和引物R2的靶序列； 引物F2为如下(al)或(a2): (al)序列表的序列3所示的单链DNA分子； (a2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同 功能的DNA分子； 引物R2为如下(a3)或(a4): (a3)序列表的序列4所示的单链DNA分子； (a4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同 功能的DNA分子； 所述组合物乙由所述特异引物对乙和限制性内切酶Nlalll组成。6. 权利要求1所述特异引物组或权利要求2所述特异引物组或权利要求3所述试剂盒的 应用，为如下（1)或(2)或(3)或(4): (1) 辅助鉴定待测小麦的株高； (2) 辅助筛选具有低株高的小麦品种； (3) 辅助筛选具有尚株尚的小麦品种； (4) 辅助比较不同待测小麦品种的株高。7. 权利要求4所述特异引物对甲或权利要求4所述组合物甲或权利要求5所述特异引物 对乙或权利要求5所述组合物乙的应用，为如下（1)或(2)或(3)或(4): (1) 辅助鉴定待测小麦的株高； (2) 辅助筛选具有低株高的小麦品种； (3) 辅助筛选具有尚株尚的小麦品种； (4) 辅助比较不同待测小麦品种的株高。8. 分子标记AP2,一种多态形式为(bl)或(b2)，另一种多态形式为(b3)或(b4); (bl)序列表的序列5所不的DNA分子； (b2)序列表的序列5自5 '末端第47-305位核苷酸所不的DNA分子； (b3)序列表的序列6所不的DNA分子； (b4)序列表的序列6自5 '末端第47-305位核苷酸所不的DNA分子。9. 分子标记FAR，一种多态形式为(cl)或(c2)或(c3)，另一种多态形式为(c4)或(c5)或 (c6)； (cl)序列表的序列7所示的DNA分子； (c2)序列表的序列7自5 '末端第1-548位核苷酸所不的DNA分子； (c3)序列表的序列7自5 '末端第271-548位核苷酸所示的DNA分子； (c4)序列表的序列8所示的DNA分子； (c5)序列表的序列8自5'末端第1-548位核苷酸所不的DNA分子； (c6)序列表的序列8自5'末端第271-548位核苷酸所不的DNA分子。10. 权利要求8所述分子标记AP2和/或权利要求9所述分子标记FAR的应用，为如下⑴或 (2)或⑶或(4): (1) 辅助鉴定待测小麦的株高； (2) 辅助筛选具有低株高的小麦品种； (3) 辅助筛选具有1?株1?的小麦品种； (4) 辅助比较不同待测小麦品种的株高。
【文档编号】C12Q1/68GK105821038SQ201610347796
【公开日】2016年8月3日
【申请日】2016年5月24日
【发明人】何中虎, 田秀苓, 曹双河
【申请人】中国农业科学院作物科学研究所