专利名称：一组恶性肿瘤中突变PTPα基因及其应用的制作方法
一组恶性肿瘤中突变PTPa基因及其应用
技术领域：
本发明涉及一组恶性肿瘤中突变PTP α基因。背景技术：
蛋白质酪氨酸磷酸激酶(PTKs)和蛋白质酪氨酸磷酸酶(PTPs)分别为两大酶家 族，双方通过磷酸化和去磷酸化的正负调节来维持正常细胞的生命活动，如使生长、发育、 分化和凋亡有条不紊的进行。恶性肿瘤的发生往往是由于这种正常平衡调节的失控所致， 比如两大酶家族中某一个或几个关键酶基因突变或者酶活性被任何因素激活是诱导引发 恶性肿瘤的根本原因。PTPa (称Protein Tyrosine Phosphatase a )属蛋白质酷氛酸憐酸大家族中 一员，由793个氨基酸组成，分子量为130KDa，能特异催化酪氨酸残基上修饰的磷酸去磷酸 化。通过对原癌基因Src家族酪氨酸磷酸激酶催化底物去磷酸化来调控Src酪氨酸磷酸激 酶为主导的信号传导，达到维持细胞生长和有丝分裂的正常进行。PTP α又为受体型的跨膜 蛋白质酪氨酸磷酸酶，它不仅参与生长激素受体(EGFR)、胰岛素受体(IR)的信号通路而且 还参与细胞迁移的调控并具有抑制肿瘤细胞凋亡的功能。自1990年PTP α基因被克隆以来，国内外尚未报道恶性肿瘤中有关PTP α突变基 因，还没发明检测PTPa基因的突变体的高效技术。
发明内容本发明所要解决的技术问题是，提供恶性肿瘤中一种突变PTP α基因。本发明所要解决的第二个技术问题是，提供突变PTP α基因在诊断恶性肿瘤中的 应用及在恶性肿瘤靶向治疗中的应用。为了解决上述第一个问题，本发明提供了如下三种突变PTP α基因ΔΡΤΡαΜ5、 Δ PTP a 652、Δ PTP a 445。恶性肿瘤中一种突变PTP α基因Δ PTP α对5，野生型PTP α基因长度为2379bp， 共 20 个编码外显子，分别是exon 1 :l_73bp ;exon 2 :74_415bp ;exon 3 :416_500bp ; exon 4 :501_574bp ；exon 5 :575_711bp ；exon 6 :712_802bp ；exon 7 :803_879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ；exonll :1035-1301bp ；exon 12: 1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14 :1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，突变PTP α基因突变位置第711位核甘酸后插入95 个新核甘酸片段；基因改变引起部分第6至20编码外显子缺失；蛋白质改变蛋白质含 245个氨基酸其中融合8个新的氨基酸位于C-末端。所述95个新核甘酸序列如SEQ ID NO 1所示。所述8个新的氨基酸序列如下-VFLWNLTS-。野生型PTP α基因外显子如
图1所示，E代表外显子(exon)。
Δ PTP α 245基因外显子如图2所示。恶性肿瘤中一种突变PTP α基因Δ PTP α 652，野生型PTP α基因长度为2379bp， 共 20 个编码外显子，分别是exon 1 :l_73bp ;exon 2 :74_415bp ;exon 3 :416_500bp ; exon 4 :501_574bp ；exon 5 :575_711bp ；exon 6 :712_802bp ；exon 7 :803_879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ；exonll :1035-1301bp ；exon 12: 1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14 :1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，基因突变位置第1015-1437核甘酸缺失；基因改 变引起第10，11，12编码外显子缺失；蛋白质改变蛋白质含652个氨基酸。野生型PTP α基因外显子如图1所示，E代表外显子(exon)。Δ PTP α 652基因外显子如图3所示，第10、11、12外显子缺失，423个核苷酸缺失。恶性肿瘤中一种突变PTP α基因Δ PTP α 445，野生型PTP α基因长度为2379bp， 共 20 个编码外显子，分别是exon 1 :l-73bp ；exon 2 :74-415bp ；exon 3 :416_500bp ； exon 4 :501_574bp ；exon 5 :575_711bp ；exon 6 :712_802bp ；exon 7 :803_879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ；exonll :1035-1301bp ；exon 12: 1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14 :1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，基因突变位置第1015-1437核甘酸缺失，伴有第 1681编码外显子后插入340个核甘酸，并融合沈个新的氨基酸位于C-末端；基因改变引 起第15-20编码外显子缺失；蛋白质改变蛋白质含445个氨基酸。所述340个核甘酸为完整第14内含子序列，其序列如SEQ ID NO 2所示。所述26 个新的氨基酸序列如下-CKTLPPUlSLIAPSLNSLHPFHFSGC-。野生型PTP α基因外显子如图1所示，E代表外显子(exon)。ΔΡΤΡ α 445基因外显子如图4所示。为了解决上述第二个问题，通过对38例各种肿瘤组织标本PTP α基因测序分析， 发现部分PTP α基因有突变，见表1和表2。表 权利要求
1.恶性肿瘤中一种突变PTPa基因，野生型PTPa基因长度为2379bp，共20个 编码外显子，分别是exon 1 :l-73bp ；exon 2 :74_415bp ;exon 3 :416_500bp ;exon 4 501-574bp ；exon 5 :575-711bp ；exon 6 :712-802bp ；exon 7 :803-879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ；exon 11 :1035-1301bp ；exon 12 :1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14:1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，其特征在于，突变PTP α基因第711位核甘酸后插入 95个新核甘酸片段，引起部分第6至20编码外显子缺失，蛋白质含245个氨基酸其中融合 8个新的氨基酸位于C-末端。
2.根据权利要求1所述的突变PTPα基因，其特征在于，所述95个新核甘酸序列如SEQ ID NO 1 所示。
3.根据权利要求1所述的突变PTPα基因，其特征在于，所述8个新的氨基酸序列如 下-VFLffNLTS-ο
4.恶性肿瘤中一种突变PTPa基因，野生型PTPa基因长度为2379bp，共20个 编码外显子，分别是exon 1 :l-73bp ；exon 2 :74-415bp ；exon 3 :416-500bp ；exon 4 501-574bp ；exon 5 :575_711bp ；exon 6 :712_802bp ；exon 7 :803_879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ;exon 11 :1035-1301bp ；exon 12 :1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14 :1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，其特征在于，突变 PTP α 基因第 1015-1437 核甘酸缺 失，引起第10，11，12编码外显子缺失，蛋白质含652个氨基酸。
5.恶性肿瘤中一种突变PTPa基因，野生型PTPa基因长度为2379bp，共20个 编码外显子，分别是exon 1 :l-73bp ；exon 2 :74-415bp ；exon 3 :416-500bp ；exon 4 501-574bp ；exon 5 :575-71Ibp ;exon 6 :712-802bp ；exon 7 :803-879bp ；exon 8 880-916bp ；exon 9 :917-1014bp ；exon 10 :1015-1134bp ；exon 11 :1035-1301bp ；exon 12 :1302-1437bp ；exon 13 :1438-1587bp ；exon 14 :1588-1681bp ；exon 15 :1682_1758bp ; exon 16 :1759-1893bp ;exon 17 :1894-2019bp ；exon 18 :2020-2171bp ；exon 19: 2172-2307bp ；exon 20 :2308_2379bp，其特征在于，突变 PTP α 基因第 1015-1437 核甘酸缺 失，伴有第1681编码外显子后插入340个核甘酸，并融合沈个新的氨基酸位于C-末端，引 起第15-20编码外显子缺失，蛋白质含445个氨基酸。
6.根据权利要求5所述的突变PTPα基因，其特征在于，所述340个核甘酸为完整第 14内含子序列，其序列如SEQ ID NO 2所示。
7.根据权利要求5所述的突变PTPα基因，其特征在于，所述沈个新的氨基酸序列如 下-CKTLPPLQSLIAPSLNSLHPFHFSGC-。
8.权利要求1-7任一所述的突变PTPα基因在诊断恶性肿瘤中的应用。
9.权利要求1-7任一所述的突变PTPα基因在恶性肿瘤靶向治疗中的应用。
全文摘要
本发明公开了恶性肿瘤中一组突变PTPα基因，分别为ΔPTPα245、ΔPTPα652、ΔPTPα445，其突变位置分别为第711位核甘酸后插入95个新核甘酸片段，第1015-1437核甘酸缺失，和第1015-1437核甘酸缺失，伴有第1681编码外显子后插入340核甘酸，并融合26个新的氨基酸位于C-末端。本发明所公开的几种不同类型的恶性肿瘤中一组突变的PTPα基因，迄今未见国内外有相同报道，应用PTPα突变基因的检测方法可以从分子病理水平对恶性肿瘤的精确诊断、开发抗肿瘤新药及靶向性治疗有直接指导意义。
文档编号C12N15/55GK102108365SQ20091024743
公开日2011年6月29日 申请日期2009年12月29日 优先权日2009年12月29日
发明者不公告发明人 申请人:上海新号源生物科技有限公司