赋予植物提高的氮利用效率特性的核苷酸序列和相应的多肽的制作方法

专利名称：赋予植物提高的氮利用效率特性的核苷酸序列和相应的多肽的制作方法
技术领域：
本发明涉及与植物对有限的外源氮源的耐受相关的方法和材料。例如，本文件提 供了具有提高的低氮耐受水平的植物以及用于制备具有提高的低氮耐受水平的植物和植 物产品的材料和方法。
背景技术：
氮通常是植物生长中的限速元素，并且所有农田作物具有对外源氮源的基本依赖 性。根据公开于Field Crops Research (第 100 卷，第 2-3 期，2007 年 2 月 1 日，第 210-217页)的近期研究，通常以硝酸铵、硝酸钾或尿素提供的氮肥一般占密集农业作物 (例如玉米和小麦)相关成本的40%。提高农作物植物氮利用效率是针对减少投入成本和减少密集氮肥对环境的环境 后果的重要目标。提高的植物利用氮的效率应该能够在现有肥料投入下产生更高的产率， 和/或能够以更低的肥料投入实现现有的农作物产率或者在劣质土壤上实现较好的产率。 而且，也能以更加成本有效的方式在农作物中产生更高量的蛋白。植物有许多方式来应对营养缺陷，例如差的氮有效性。一个重要的机制是感应 土壤中的氮有效性并通过调节基因来相应地响应，而第二种机制是在氮丰富时扣押或储 存氮以备以后使用。氮感应机制依靠调节的基因表达，并能够通过响应变化的环境条 件来调节氮摄取、还原、分配、再活化和转运，实现对土壤中无机氮供应改变的快速的生 理和代谢响应。硝酸盐用作引发许多响应的信号，所述响应重新安排植物代谢、生理和 发育(Redinbaugh 等· (1991)Physiol. Plant. 82,640-650. ；Forde (2002)AnnualReview of Plant Biology 53, 203-224) 0已经一定程度上详细地表征了许多基因的氮诱导基 因表达。这些包括硝酸还原酶、亚硝酸还原酶、6-磷酸葡萄糖酸(phosphoglucante)脱 氢酶，以及硝酸盐和铵转运蛋白(Redinbaugh 等· (1991)Physiol. Plant. 82，640-650 ； Huber 等.(1994)Plant Physiol 106，1667-1674 ;Hwang 等.(1997)Plant Physiol. 113, 853-862 ；Redinbaugh 等· (1998)Plant Science 134,129-140 ；Gazzarrini 等· (1999) Plant Cell 11,937-948 ；Glass 等· (2002) J. Exp. Bot. 53，855-864 ；Okamoto 等· (2003) PlantCell Physiol. 44，304-317)。在农业和林业领域，一直进行努力产生具有提高的生长势的植物，以为不断增长 的世界人口提供食物并保证可再生原料的供应。需要提高植物的氮利用效率的方法，这产生更好的生长势和更多的生物量。这传统上是通过植物育种来进行的。然而，育种方法是 耗时费力的。而且，适合的育种程序必须针对各相关的植物物种进行。此外，尽管已经在氮 利用和涉及氮利用效率的组成部分(例如氮摄取、氮同化和氮分配或再活化)方面取得了 重大进展，但是对这些复杂的相互作用依然有许多是未知的。因此，对促进森林或农业植 物生长以适应根据具体环境条件的特定需求的普遍适用方法有持续的需要。例如，赋予对 以低氮供应生长耐受的基因是用于操控植物氮利用效率的有价值的产品原型(Good等.， 2004)。实现这种期望性状的一个策略包括通过引入赋予植物提高的氮利用效率的外源核 酸而基因操控植物特性，这转而能够以现有的肥料投入产生更高的产率和/或以更低的肥 料投入获得现有的农作物产率，或在劣质土壤上实现较好的产率。这种方法的优点是通常不限于一种植物物种，而是可在植物物种中转移。本发明 涉及提高生长势和/或提高植物氮利用效率水平的方法，特征是稳定整合入植物基因组的 重组DNA分子的表达。

发明内容
本发明提供与具有经调解的低氮耐受水平的植物相关的方法和材料。例如，本发 明提供了具有提高的低氮耐受水平的转基因植物和植物细胞，用于产生具有提高的低氮耐 受水平的转基因植物和植物细胞的核酸(即，分离的多核苷酸)、由其编码的多肽，以及用 于制备具有提高的低氮耐受水平的植物和植物细胞。此类植物和植物细胞可以在有限的外 源氮下生长而无矮化的生长和降低的产率。具有提高的低氮耐受水平的植物可用于产生可 转化为液体燃料或其他化学物质的生物质，和/或用于产生目前贫瘠生产的陆上食物和饲 料，导致耕地的总体扩增。本文提供了产生植物组织的方法。一方面，该方法包括培养含有外源核酸的植物 细胞。所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的氨 基酸序列的隐马尔可夫模型(HMM) 二进制值大于约20，其使用

图1-57之一所列的氨基酸序 列产生的HMM。所述组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物组织相应水平相 比具有差异。另一方面，方法包括培养含有外源核酸的植物细胞。所述外源核酸含有与编码多 肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与以下所示氨基酸序列具有80%或更高 的序列同一性SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :49、SEQ ID NO :77、SEQ ID NO :97、SEQ ID NO 100,SEQ ID NO 152,SEQID NO 166,SEQ ID NO 186,SEQ ID NO 208,SEQ ID NO :218、SEQ IDNO :234、SEQ ID NO :246、SEQ ID NO :300、SEQ ID NO :332、SEQ IDNO :368、SEQ ID NO 510,SEQ ID NO 533,SEQ ID NO 556,SEQ IDNO 558,SEQ ID NO 593,SEQ ID NO :613、SEQ ID NO :646、SEQ IDNO :687、SEQ ID NO :730、SEQ ID NO :746、SEQ ID NO :769、SEQ IDNO 792,SEQ ID NO 824,SEQ ID NO :828、SEQ ID NO :853,SEQ IDNO :855、SEQ ID NO :89USEQ ID N0:917、SEQ ID NO :944、SEQ IDNO :976、SEQ ID NO :982、SEQ ID NO 1054,SEQ ID NO: 1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ ID NO :1157、SEQ ID NO :1159、SEQ IDNO 1166、SEQ ID NO:1185、SEQ ID NO : 1194、SEQ ID NO : 1210、SEQIDN0:1274、SEQ ID NO: 1302、SEQ ID NO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ IDNO :1409、SEQ ID NO :1428、SEQ ID NO 1437、SEQ ID NO :1463、SEQ IDNO :1491、SEQ ID NO :1510、SEQ ID NO :1525、SEQ ID NO 1537,SEQ IDN0:1554或SEQ ID NO :1577。由所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的 低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，方法包括培养含有外源核酸的植物细胞。所述外源核酸含有与核苷酸 序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与以下所示核苷酸序列或其片段具有80%或 更高的序列同一性SEQ ID N0:1、SEQ IDNO 48、SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO: 99,SEQ ID N0:151、SEQ ID NO 165、SEQ IDNO 175、SEQ ID NO 185、SEQ ID NO :207、SEQID N0:217、SEQ ID NO :233、SEQ ID NO :245、SEQ ID NO :299、SEQ IDNO :331、SEQ ID NO :367、 SEQ ID NO: 509、SEQ ID NO: 532、SEQ IDNO : 555、SEQ ID NO: 557、SEQ ID NO: 592、SEQ ID N0:612、SEQ IDNO :645、SEQ ID NO 686,SEQ ID NO 729,SEQ ID NO 745,SEQ IDNO :768、 SEQ ID N0:791、SEQ ID N0:823、SEQ ID N0:827、SEQ IDNO :852、SEQ ID NO :854、SEQ ID NO 890,SEQ ID NO :916、SEQ IDNO :943、SEQ ID NO :975、SEQ ID NO :981、SEQ ID N0:1053、 SEQ IDNO 1098,SEQ ID NO :1111、SEQ ID N0:1115、SEQ ID NO : 1156、SEQ IDNO 1158,SEQ ID NO 1165,SEQ ID NO : 1184、SEQ ID NO 1193,SEQ IDNO : 1209、SEQ ID NO 1273,SEQ ID NO :1301、SEQ ID NO :1341、SEQ IDNO :1384、SEQ ID NO :1408、SEQ ID NO :1427、SEQ ID NO 1462,SEQ IDNO : 1490、SEQ ID NO 1509,SEQ ID NO : 1524、SEQ ID NO 1536,SEQID NO: 1553或SEQ ID N0:1576。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不 含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，本发明提供了产生植物的方法，所述方法包括培养包含外源核酸的植 物细胞，所述外源核酸有效下调所述植物细胞的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并 且其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的 氨基酸序列。本文提供了调解植物低氮耐受水平的方法。一方面，方法包括向植物细胞引入外 源核酸，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的 氨基酸序列的HMM 二进制值大于约20，其使用图1-57之一所示的氨基酸序列产生的HMM。 由所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照 植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。在某些实施方案，所述多肽的氨基酸序列的HMM 二进制值大于约40，其使用图 1-57之一所示的氨基酸序列产生的HMM，其中所述多肽含有与序列表中任一多肽的Pfam结 构域具有70%或更高的序列同一性的Pfam结构域。另一方面，方法包括通过向植物细胞引入外源核酸来调解植物的低氮耐受水平， 所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与以下所示 氨基酸序列或其片段具有80%或更高的序列同一性SEQ ID N0:3、SEQ ID NO 49,SEQ ID NO -JrJ、SEQ ID NO :97、SEQID NO :100、SEQ ID NO :152、SEQ ID NO :166、SEQ ID NO :186、 SEQIDN0 :208、SEQ ID NO :218、SEQ ID NO : 234、SEQ ID NO : 246、SEQ IDNO : 300、SEQ ID NO: 332,SEQ ID NO 368,SEQ ID NO :510、SEQ IDNO 533,SEQ ID NO 556,SEQ ID NO 558,SEQ ID NO :593、SEQ IDNO :613、SEQ ID NO :646、SEQ ID NO :687、SEQ ID NO :730、SEQ IDNO 746,SEQ ID NO :769、SEQ ID NO :792、SEQ ID NO :824、SEQ IDNO :828、SEQ ID NO :853、SEQ ID N0:855、SEQ ID N0:891、SEQ IDNO :917、SEQ ID NO :944、SEQ ID NO 976, SEQ ID NO: 982、SEQ ID NO :1054、SEQ ID NO :1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ ID NO 1157、SEQ ID NO :1159、SEQ ID NO :1166、SEQ ID NO :1185、SEQ IDNO :1194、SEQ ID NO 1210、SEQ ID NO :1274、SEQ ID NO :1302、SEQ IDNO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ ID NO 1409、SEQ ID NO :1428、SEQ IDNO :1437、SEQ ID NO :1463、SEQ ID NO :1491、SEQ ID NO 1510、SEQ IDNO :1525、SEQ ID NO :1537、SEQ ID NO 1554 或 SEQ ID NO :1577。由所述植 物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应 的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，方法包括通过向植物细胞引入外源核酸来调解植物的低氮耐受水平， 所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与以下所示核苷 酸序列或其片段具有80%或更高的序列同一性SEQ ID NO =USEQ ID NO 48, SEQ ID NO: 76、SEQ ID NO :96、SEQID NO :99、SEQ ID NO :151、SEQ ID NO :165、SEQ ID NO :175、SEQ IDNO :185、SEQ ID NO :207、SEQ ID NO :217、SEQ ID NO :233、SEQ IDNO :245、SEQ ID NO 299,SEQ ID NO :33USEQ ID NO 367,SEQ IDNO 509,SEQ ID NO 532,SEQ ID NO :555,SEQ ID NO :557、SEQ IDNO :592、SEQ ID NO :612、SEQ ID NO :645、SEQ ID NO :686、SEQ IDNO 729,SEQ ID NO 745,SEQ ID NO 768,SEQ ID NO :79USEQ IDNO :823、SEQ ID NO :827、SEQ ID N0:852、SEQ ID NO :854、SEQ IDNO 890, SEQ ID NO :916、SEQ ID NO 943, SEQ ID NO: 975,SEQ IDNO :981、SEQ ID NO 1053,SEQ ID NO : 1098、SEQ ID NO :1111、SEQIDN0 :1115、 SEQ ID NO :1156、SEQ ID NO :1158、SEQ ID NO :1165、SEQ IDNO :1184、SEQ ID NO :1193、 SEQ ID NO 1209,SEQ ID NO : 1273、SEQ IDNO : 1301、SEQ ID N0:1341、SEQ ID NO : 1384、SEQ IDNO :1408、SEQ IDNO :1427、SEQ ID NO :1462、SEQ ID NO :1490、SEQ ID NO :1509、SEQID NO 1524, SEQ ID NO =1536, SEQ ID N0:1553 或 SEQ ID N0:1576。所述植物细胞产生的植 物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平 相比具有差异。本文提供了含有外源核酸的植物细胞。一方面，所述外源核酸含有与编码多肽的 核苷酸序列可操作地连接的调节区。所述多肽的氨基酸序列的HMM 二进制值大于约20，其 使用基于图1-57所示氨基酸序列的HMM。所述植物的低氮耐受水平与不含所述外源核酸 的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一方面，所述外源核酸含有与编码多肽 的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有 80%或更高的序列同一性 SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :49、SEQIDN0 :77、SEQ ID NO :97、SEQ ID NO 100,SEQ ID NO 152,SEQ ID NO 166,SEQ ID NO 186,SEQ ID NO 208,SEQ ID N0: 218、SEQ ID NO :234、SEQ ID NO :246、SEQ ID NO :300、SEQ ID NO :332、SEQ ID NO :368、 SEQID NO 510、SEQ ID NO :533、SEQ ID NO :556、SEQ ID NO :558、SEQ IDNO :593、SEQ ID N0:613、SEQ ID NO :646、SEQ ID NO 687、SEQ IDNO 730、SEQ ID NO 746、SEQ ID NO 769、 SEQ ID NO 792,SEQ IDNO :824、SEQ ID NO :828、SEQ ID NO :853、SEQ ID NO :855、SEQ IDNO 891、SEQ ID NO :917、SEQ ID NO :944、SEQ ID NO :976、SEQ IDNO :982、SEQ ID NO :1054、 SEQ ID NO :1099、SEQ ID NO :1112、SEQ IDNO :1116、SEQ ID NO :1157、SEQ ID NO :1159、 SEQ ID NO :1166、SEQ IDNO :1185、SEQ ID NO :1194、SEQ ID NO :1210、SEQ ID NO :1274、 SEQ IDNO 1302,SEQ ID NO 1342,SEQ ID NO : 1385、SEQ ID NO 1409,SEQID NO : 1428、SEQ ID NO 1437,SEQ ID NO 1463,SEQ ID NO : 1491、SEQID N0:1510、SEQ ID NO : 1525、SEQ ID NO :1537、SEQ IDNO 1554和SEQ ID NO :1577。所述植物细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。另一 方面，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由 以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80%或更高的序列同一性SEQ ID NO=USEQ ID NO 48,SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO 99、SEQ ID NO :151、SEQ ID NO 165,SEQ ID NO :175、SEQID NO :185、SEQ ID NO :207、SEQ ID NO :217、SEQ ID NO :233、SEQ IDNO 245,SEQ ID NO 299,SEQ ID NO :33USEQ ID NO 367,SEQ IDNO 509,SEQ ID NO 532,SEQ ID N0:555、SEQ ID NO 557, SEQ IDNO 592, SEQ ID N0:612、SEQ ID NO 645, SEQ ID NO: 686、SEQ IDNO 729,SEQ ID NO 745,SEQ ID NO 768,SEQ ID N0:791、SEQ IDNO :823、SEQ ID N0:827、SEQ ID N0:852、SEQ ID NO 854、SEQ IDNO 890, SEQ ID N0:916、SEQ ID NO: 943,SEQ ID NO :975、SEQ IDNO 98USEQ ID NO 1053,SEQ ID NO 1098,SEQ ID NO :1111、 SEQ IDNO :1115、SEQ ID NO : 1156、SEQ ID NO 1158,SEQ ID NO : 1165、SEQ IDNO 1184,SEQ ID NO 1193,SEQ ID NO 1209,SEQ ID NO 1273,SEQ IDNO 130USEQ ID NO 1341,SEQ ID NO 1384,SEQ ID NO 1408,SEQ IDNO 1427,SEQ ID NO : 1462、SEQ ID NO 1490,SEQ ID NO: 1509、SEQ IDNO :1524、SEQ ID NO :1536、SEQ ID NO 1553 和 SEQ ID NO :1576。所述植物 细胞产生的植物和/或植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的 低氮耐受水平相比具有差异。还提供了含有这种植物细胞的转基因植物。
还提供了分离的核酸。一方面，分离的核酸含有与以下所示核苷酸序列具有80% 或更高的序列同一性的核苷酸序列:SEQ ID NO :1、SEQ IDNO :48、SEQ ID NO :76、SEQ ID NO 96, SEQ ID NO 99, SEQ ID N0:151、SEQ ID NO: 165、SEQ ID NO: 175、SEQ ID NO: 185、 SEQ ID NO : 207、SEQIDN0 :217、SEQ ID NO : 233、SEQ ID NO : 245、SEQ ID NO :299、SEQ IDNO 33USEQ ID NO 367,SEQ ID NO 509,SEQ ID NO 532,SEQ IDNO 555,SEQ ID NO :557,SEQ ID NO592,SEQ ID N0:612、SEQ IDNO645,SEQ ID NO 686,SEQ ID NO 729,SEQ ID NO: 745、SEQ IDNO 768, SEQ ID N0:791、SEQ ID N0:823、SEQ ID N0:827、SEQ IDNO :852、SEQ ID N0:854、SEQ ID NO 890, SEQ ID NO :916、SEQ IDNO 943, SEQ ID NO :975、SEQ ID NO: 98USEQ ID NO 1053,SEQ IDNO : 1098、SEQ ID NO :1111、SEQ ID NO :1115、SEQ ID NO :1156、 SEQ IDNO 1158,SEQ ID NO 1165,SEQ ID NO : 1184、SEQ ID NO 1193,SEQ IDNO : 1209、SEQ ID NO 1273,SEQ ID NO 1301,SEQ ID NO : 1341、SEQ IDNO 1384,SEQ ID NO : 1408、SEQ ID NO :1427、SEQ ID NO :1462、SEQ IDNO :1490、SEQ ID NO :1509、SEQ ID NO :1524、SEQ ID NO 1536,SEQID NO: 1553或SEQ ID NO: 1576。另一方面，分离的核酸含有编码与以下所示 氨基酸序列具有80%或更高的序列同一性的多肽的核苷酸序列SEQID NO :3、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO :77、SEQ ID NO :97、SEQ ID NO :100、SEQ ID NO :152、SEQ ID NO :166、SEQ ID NO186,SEQ ID NO 208,SEQID N0:218、SEQ ID NO 234,SEQ ID NO 246,SEQ ID N0: 300、SEQ IDNO :332、SEQ ID NO 368,SEQ ID N0:510、SEQ ID NO 533,SEQ IDNO :556、SEQ ID NO558,SEQ ID NO 593,SEQ ID N0:613、SEQ IDNO 646,SEQ ID NO 687,SEQ ID N0: 730,SEQ ID NO 746,SEQ IDNO 769、SEQ ID NO 792、SEQ ID NO 824、SEQ ID NO :828、SEQ IDNO :853、SEQ ID NO :855、SEQ ID NO :891、SEQ ID NO :917、SEQ IDNO :944、SEQ ID NO 976,SEQ ID NO 982、SEQ ID NO 1054、SEQ ID NO 1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、 SEQ ID N0:1157、SEQ ID N0:1159、SEQ ID N0:1166、SEQ ID N0:1185、SEQ ID NO : 1194、 SEQ IDNO :1210、SEQ ID NO 1274,SEQ ID NO : 1302、SEQ ID NO 1342,SEQ IDNO : 1385、SEQ
12ID NO 1409,SEQ ID NO 1428,SEQ ID NO 1437,SEQ IDNO 1463,SEQ ID NO 1491,SEQ ID NO: 1510、SEQ ID NO: 1525、SEQ IDNO 1537、SEQ ID NO: 1554 或 SEQ ID NO: 1577。另一方面，提供了鉴定与低氮耐受水平变化相关的遗传多态性的方法。所述方法 包括提供一个植物群体，并确定所述群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57 所示多肽、SEQ ID N0:556、SEQ ID NO :853、SEQ ID NO :1157组成的组的多肽及其功能同 系物(例如，序列表中的那些)的基因座遗传相关。测量了所述群体植物组织中低氮耐受 水平变化与所述群体植物中一种或多种遗传多态性的存在之间的相关性，从而允许鉴定所 述一种或多种遗传多态性是否与这种变化相关。另一方面，本发明提供了制备植物系的方法，所述方法包括a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示多肽、 SEQ ID NO 556, SEQ ID NO :853和SEQ ID NO :1157组成的组的多肽及其功能同系物的基 因座有关；b)鉴定所述群体中的一种或多种植物，其中所述一种或多种遗传多态性的至少一 个等位基因的存在与性状变化有关；c)使每种所述的一种或多种鉴定的植物自杂交或与不同植物杂交以产生种子；d)使从所述种子培养的至少一种子代植物自杂交或与不同植物杂交；并且e)重复步骤C)和d)额外0-5代，以制备所述植物系，其中所述至少一个等位基因 存在于所述植物系中。除非另外定义，否则本文使用的所有技术和科学术语与本发明所属领域普通技术 人员普遍理解的含义相同。虽然与本文描述的那些相似或等同的方法和材料可用于实施本 发明，但下面描述了适合的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参 考文献通过引用整体并入本文。如有冲突，以本说明书(包括定义)为准。此外，材料、方 法和实例仅是示例说明性的，并不是限制性的。本发明的一种或多种实施方案的细节在附图和下面的说明书中提出。根据说明书 和附图以及权利要求书，本发明的其他特征、目的和优点将是明显的。附图描述图 1 是 Ceres SEEDLINE No. ME00919 (SEQ ID NO 3)与同源和 / 或直系同源氨基 酸序列 GI No. 5921925 (SEQ ID NO :4)、CeresClone 1929222 (SEQID NO :6)、CeresAnnot 1471370 (SEQ ID N0:10)、GI No. 84380741 (SEQ IDNO :21)、GI No. 5921926 (SEQ ID NO: 22)、GI No.84514161(SEQ ID NO :25)、CeresClone :779234(SEQ ID NO :27)、CeresClone : 1600726 (SEQ ID NO :29)、GI No. 78183420(SEQ ID NO :36)、CeresClone : 1877346 (SEQ ID N0:38)、GI No. 125562440 (SEQ ID NO :39)、GI No. 115477665 (SEQ ID NO :40)、 GINo. 1173624 (SEQ ID NO 46)和 GI No. 84468276 (SEQ ID NO 47)的比对。本文所示的所 有比对图中，比对序列的短横线代表空位，即在该位置氨基酸缺失。通过框鉴定比对序列 中相同的氨基酸或保守氨基酸取代。图1和本文提供的其他比对图使用程序MUSCLE版本 3. 52产生。图2是ME01312(SEQ ID NO 49)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone 1869410 (SEQ ID NO :51)、CeresAnnot 1540549 (SEQ IDNO :53)、CeresClone :978708 (SEQ ID NO :58)、CeresClone 1623097 (SEQ IDNO :60)、GI No. 92873064 (SEQ ID NO :63)、GI
13No. 37051131 (SEQ IDNO :64)、GI No. 3341468 (SEQ ID NO :65)、CeresClone :937560 (SEQ IDNO :67)、CeresClone :456844(SEQ ID NO :69)、GI No. 125564100(SEQIDN0 :70)、 GI No. 52077334(SEQ ID NO :71)、GI No. 113205234(SEQ ID NO 73)和 CeresAnnot: 6100272 (SEQ ID NO 75)的比对。图3是ME01463(SEQ ID NO 77)与同源和/或直系同源氨基酸序列 GINo. 2811029 (SEQ ID NO :78)、CeresClone 1853284 (SEQ ID NO :80)、CeresAnnot 1476446 (SEQ ID NO :82)、CeresClone :527024(SEQ ID NO :87)、GI No. 27527063(SEQ ID NO :88)、CeresClone :913632 (SEQ ID NO :90)、CeresClone 1386710 (SEQ ID NO :92)、GI No. 115461885 (SEQ ID NO 93)和 CeresAnnot :6054519(SEQ ID NO 95)的比对。图4是ME01910 (SEQ ID NO 100)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.585238 (SEQ ID N0:101)、GI No. 90704789(SEQ ID NO 102),CeresClone 1895729 (SEQ ID NO 104)、CeresAnnot 1442808 (SEQ ID NO : 108)、CeresClone : 1104700 (SEQ ID N0:113)、GI No. 32966575 (SEQ ID N0:116)、GI No. 4996567 (SEQ ID N0:117)、GI No. 62286644 (SEQ ID N0:118)、GI No. 2623960 (SEQ ID N0:119)、GI No. 585241 (SEQ ID N0:120)、GI No. 790929 (SEQ ID NO : 122)、CeresClone :579112 (SEQ ID NO: 125)、 CeresClone =244199 (SEQ ID NO : 137)、CeresClone : 1725848 (SEQ ID N0:144)、GI No. 6474950 (SEQ ID N0:145)、GI No. 125546057 (SEQ ID N0:146)、GI No. 115455945 (SEQ ID N0:147)、GI No. 2641211 (SEQ ID NO: 149)和 GI No. 30024108 (SEQ ID NO : 150)的比 对。图5是ME02538(SEQ ID NO 152)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone 1843642(SEQ ID NO 154)、CeresAnnot 1459112 (SEQ ID NO 158)、CeresClone 953633 (SEQ ID NO 162)和 CeresClone :587957 (SEQ IDNO 164)的比对。图6是ME02603 (SEQ ID NO 166)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone 1857256(SEQ ID NO 168)、CeresAnnot 1442042 (SEQ ID NO 170),GI No. 89257469(SEQ ID NO 174)、CeresClone :389818(SEQ IDNO :177)、CeresClone :2019147(SEQ ID N0:181)、GI No.125537720(SEQ IDNO 182)、GI No.115443697(SEQ ID NO: 183)禾口 GI No.20340241(SEQ IDNO 184)的比对。图7是ME02613(SEQ ID NO 186)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresAnnot 1490274 (SEQ ID NO 188)、CeresClone :873093 (SEQ ID N0:193)、GI No. 6635384 (SEQ ID NO 194)、CeresClone :663726 (SEQ IDN0:196)、GI No. 92881411 (SEQ ID N0:197)、 CeresClone =686525(SEQ IDNO 199),CeresClone 1524364(SEQ ID NO 201),CeresClone 1742159 (SEQ ID NO :203)和 GI No. 125543535 (SEQ ID NO :204)的比对。图8是ME02801(SEQ ID NO 208)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone 981621 (SEQ ID NO 214)和 CeresClone :564714 (SEQ ID NO 216)的比对。图9是ME03123(SEQ ID NO 218)与同源和/或直系同源氨基酸序列CeresClone 1899168 (SEQ ID NO 220)、CeresAnnot 1494669 (SEQ IDNO :222)、CeresClone 1017441 (SEQ ID NO :225)、CeresClone 1065937(SEQ ID NO :227)、CeresClone 1822919 (SEQ ID NO :229)、GI No. 125553329(SEQ ID NO :230)、GI No. 115439053(SEQ ID NO 231)和 CeresAnnot :6040744(SEQ ID NO 1052)的比对。
图10是ME04204(SEQ ID NO 234)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot :1519952 (SEQ ID NO :236)、CeresClone :234768(SEQ IDNO 241), GI No. 108707052 (SEQ ID NO 242)和 GI No. 55978030 (SEQ IDNO 244)的比对。图11是ME04477 (SEQ ID NO 246)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1620215 (SEQ ID NO :248)、GI No. 38016527 (SEQ ID NO :249)、CeresClone 1798756 (SEQ ID NO 251), CeresAnnot 1460527 (SEQ IDNO :255)、GI No. 119720772 (SEQ ID NO 260)、CeresClone 708446 (SEQ IDNO 262)、GI No. 92896423 (SEQ ID NO 265)、 GI No. 113196593 (SEQ IDNO :267)、GI No. 75133829 (SEQ ID NO :268)、CeresClone 1030374 (SEQ IDNO :270)、CeresClone 1387149 (SEQ ID NO :274)、GI No. 5031281 (SEQ IDNO :277)、CeresClone 1775820 (SEQ ID NO :279)、GI No. 35187687 (SEQ IDNO :286)、 GI No.115468934(SEQ ID NO :290)、GI No. 118424243(SEQ IDNO 296)和 CeresAnnot 6063957 (SEQ ID NO 298)的比对。图12是ME04507 (SEQ ID NO 300)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1513514(SEQ ID NO 302),CeresClone :923483(SEQ IDNO 310),CeresClone 304357(SEQ ID NO 312),CeresClone 1902716 (SEQID NO :316)、GI No.116309713(SEQ ID NO 319)、GI No. 38345408 (SEQ IDNO 321)和 CeresAnnot :6017635(SEQ ID NO 325)的比对。图13是ME04587(SEQ ID NO :332)与同源和/或直系同源氨基酸序列Ceres ANNOT ID no. 1474882(SEQ ID NO :334)、Ceres ANNOT IDno.553243(SEQ ID N0:338)、公 用 GI ID no. 5514645 (SEQ ID NO :339)、Ceres CLONE ID no. 464376 (SEQ ID NO :341)、 公用 GI ID no.1345643(SEQID NO :346)、公用 GI ID no. 5832707(SEQ ID NO :347)、 公用 GIDno. 81157968 (SEQ ID N0:348)、公用 GI ID no. 6118407 (SEQ ID NO : 349)、公 用 GI ID no. 5081817 (SEQ ID N0:351)、公用 GI ID no. 125556057 (SEQ IDNO :353)、公 用 GI ID no. 115468946 (SEQ ID N0:354)、公用 GI IDno. 5915860 (SEQ ID NO :356)、公 用 GI ID no. 6979544 (SEQ ID N0:358)、公用 GI ID no. 5832709 (SEQ ID N0:359)、公用 GI ID no. 6979542 (SEQ IDNO :360)、公用 GI ID no. 14278923 (SEQ ID N0:364)、公用 GI IDno. 81157970 (SEQ ID N0:365)、公用 GI IDno. 81157972 (SEQ ID N0:366)、公用 GI ID no. 169793907 (SEQ ID NO :2541)、公用 GI IDno. 84514153 (SEQID NO :2543)、公用 GI ID no. 184202209 (SEQ ID NO :2544)、Ceres ANNOTID no. 8459850 (SEQ ID NO :2546)、Ceres ANNOT ID no. 8743452 (SEQ IDNO :2548)、公用 GI ID no. 157327290 (SEQ ID N0:2549)、公 用 GI IDno. 148839039 (SEQ ID NO :2550)、公用 GI ID no. 197209782 (SEQ IDN0:2551)、公 用 GI ID no. 171906244(SEQ ID NO 2553)的比对。图14是ME04753 (SEQ ID NO 368)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 21388658 (SEQ ID N0:369)、GI No. 4704605 (SEQ ID NO 371), GINo. 90704785 (SEQ ID N0:372)、GI No. 115529229 (SEQ ID NO 373), GINo. 20152613 (SEQ ID NO :374)、 CeresClone :1916226 (SEQ ID NO :376)、CeresAnnot : 1460836 (SEQ ID NO :392)、GI No.83032218(SEQ ID NO :420)、GI No. 1346180(SEQ ID NO 422),CeresClone 621487 (SEQ ID N0:425)、GI No. 6273331 (SEQ ID NO :433)、GI No. 92874469 (SEQ ID NO :434)、 GINo. 1778374 (SEQ ID NO :436)、GI No. 18076086 (SEQ ID NO 437), GINo. 2674201 (SEQID N0:438)、GI No. 2267567 (SEQ ID NO :440)、GINo. 544426 (SEQ ID NO :441)、GI No. 6911144(SEQ ID NO :444)、GINo. 469071 (SEQ ID NO :447)、GI No. 1934994 (SEQ ID NO :450)、GINo. 82623423 (SEQ ID N0:451)、GI No. 90265701 (SEQ ID NO :454)、 GINo. 544423 (SEQ ID NO :455)、CeresClone : 1320097 (SEQ ID NO :458)、CeresClone : 1469740(SEQ ID NO :465)、CeresClone : 1740834(SEQ IDNO :473)、GI No.2226370(SEQ ID N0:474)、GI No. 27527723 (SEQ IDNO :475)、CeresClone : 1762613 (SEQ ID NO :477)、GI No.125545195(SEQ IDNO :488)、GI No. 108710322(SEQ ID NO :494)、GI No. 34851124(SEQ IDN0:504)、GI No. 111162637 (SEQ ID NO :505)、GI No. 7024451 (SEQ IDNO :506)和 GI No. 1229138 (SEQ ID NO 507)的比对。图15是ME04772 (SEQ ID NO :510)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 38016521 (SEQ ID NO :511)、CeresClone 1895044 (SEQ ID NO :513)、CeresAnnot 1512198(SEQ ID NO :517)、CeresClone :682503(SEQ IDNO :521)、CeresClone :685324(SEQ ID NO :523)、CeresClone 1384414 (SEQID NO :525)、CeresClone 1739919 (SEQ ID NO: 527)、CeresClone :2002832(SEQ ID NO :529)、GI No. 125531563(SEQ ID NO 530)和 GI No. 115478344(SEQ ID NO 531)的比对。图16是ME04909 (SEQ ID NO 533)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1839156 (SEQ ID NO 535)、GI No. 56605378 (SEQ ID NO 536)、CeresAnnot 1467946 (SEQ ID NO :538)、GI No. 110931704(SEQ IDNO :539)、GI No. 92869601 (SEQ ID N0:542)、GI No. 12005328 (SEQ IDNO :543)、GI No. 119331596 (SEQ ID NO 546)、GI No.7705206(SEQ IDNO :547)、GI No.18874263(SEQ ID NO :548)、CeresClone :753605(SEQ IDNO :550)、CeresClone :291733 (SEQ ID NO 552)和 GI No. 21902114 (SEQ IDNO 553)的 比对。图17是ME05194 (SEQ ID NO 558)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.400972(SEQ ID NO :559)、GI No. 81158002(SEQ ID NO 560),CeresClone 1834135 (SEQ ID NO :569)、CeresAnnot :1467218(SEQ IDNO :571)、CeresClone :1104143(SEQ ID N0:575)、GI No. 87240745 (SEQ IDNO :576)、GI No. 13161397 (SEQ ID NO :577)、GI No.18652400(SEQ IDNO :578)、GI No. 18652398(SEQ ID NO 579),CeresClone 778892 (SEQ IDNO 581)、CeresClone =222523 (SEQ ID NO 583)、GI No. 82492267 (SEQ IDNO 584)、GI No.41393750 (SEQ ID NO :585)、GI No. 4335857(SEQ IDNO 586),CeresClone 1776394 (SEQ ID N0:588)、GI No. 125555681 (SEQ IDNO :589)、GI No. 115468460 (SEQ ID NO : 590)和 GI No. 51980210 (SEQ IDNO 591)的比对。图18是ME05267 (SEQ ID NO 593)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1511954 (SEQ ID NO595)、CeresClone 560687 (SEQ IDNO 599)、CeresClone 579724 (SEQ ID NO :603)、CeresClone :286197(SEQ IDNO :605)禾口GI No.115489090(SEQ ID NO 610)的比对。图19是ME05300 (SEQ ID NO :613)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot :6431448(SEQ ID NO :615)、CeresClone 969084(SEQIDN0 :620)、CeresClone 471052 (SEQ ID NO :622)、CeresClone :733048 (SEQ IDNO :624)、CeresClone 1062332 (SEQ ID NO :626)、CeresClone 1743166 (SEQID NO :634)、CeresClone 1778589 (SEQ ID NO:638) ,GI No. 125548354 (SEQID NO 643)和 GI No. 115458464 (SEQ ID NO 644)的比对。图20是ME05341 (SEQ ID NO 646)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1808421 (SEQ ID NO :648)、CeresAnnot 1452653 (SEQ IDNO :656)、 CeresClone :1660955(SEQ ID NO :660)、CeresClone 1287179 (SEQ ID NO :668)、 CeresClone 1770929 (SEQ ID NO :676)、GI No. 125542421 (SEQ ID NO :679)、GI No. 115450741 (SEQ ID NO 681)和 CeresAnnot :6063505(SEQ ID NO 685)的比对。图21是ME05392 (SEQ ID NO 687)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1841531 (SEQ ID NO :689)、CeresAnnot 1507382 (SEQ IDNO :691)、 CeresClone 978410 (SEQ ID NO :699)、CeresClone :527314 (SEQ IDNO :703)、GI No. 92893019 (SEQ ID NO :706)、CeresClone :638935 (SEQ IDNO :708)、CeresClone 1437744 (SEQ IDNO :712)、CeresClone :1728293 (SEQ ID NO :718)、GI No. 125526460 (SEQ ID NO :721)、GINo. 115463325 (SEQ ID NO 724)和 GI No. 40642817 (SEQ ID NO 728)的比 对。图22是ME05429 (SEQ ID NO 730)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1539629 (SEQ ID NO 732),CeresClone :682471(SEQ IDNO 735),CeresClone 729869 (SEQ ID NO :737)、GI No. 115459766 (SEQIDN0 :738)和 CeresAnnot :6026765(SEQ ID NO 742)的比对。图23是ME05493 (SEQ ID NO 746)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1455092 (SEQ ID NO :748)、GI No. 15229284 (SEQ ID NO :751)、CeresClone 961796(SEQ ID NO 753), CeresClone :706956(SEQ IDNO :755)、GI No. 87162911(SEQ ID NO :758)、CeresClone 1061446(SEQ IDNO :760)、GI No. 125540686(SEQ ID NO :761)、 GI No. 115447931 (SEQ IDNO :762)、GI No. 20152976(SEQ ID NO 763)和 CeresAnnot: 6007280 (SEQID NO 765)的比对。图24是ME05885 (SEQ ID NO 769)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1808741 (SEQ ID NO 771)、CeresAnnot 1437729 (SEQ IDNO :773)、 CeresClone :952789(SEQ ID NO :777)、CeresClone :724313(SEQ IDNO :779)、CeresClone 791239 (SEQ ID NO 783), CeresClone 208975 (SEQ IDNO 785), CeresClone 1727075 (SEQ ID NO 789)和 GI No. 115475611 (SEQID NO 790)的比对。图25是ME07344(SEQ ID NO 792)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1843695 (SEQ ID NO 794)、GI No. 56605376 (SEQ ID NO 799)、CeresAnnot 1508502 (SEQ ID NO 801),CeresClone 1239229(SEQ IDNO :805)、GI No.92893962(SEQ ID NO :808)、CeresClone :327364(SEQ IDNO :810)、CeresClone 1820378(SEQ ID N0:816)、GI No. 125524748 (SEQ IDNO 819)和 GI No. 115435036 (SEQ ID NO 821)的比对。图 26 是 ME07859 (SEQ ID NO 824)与直系同源氨基酸序列 CeresANNOT ID no. 6007357 (SEQ ID NO 826))的片段、Ceres CLONEIDno. 771707 (SEQ ID NO 1708))的片 段和 Ceres CLONE IDno. 1790436 (SEQID NO 1713)的片段的比对。图27是ME08464(SEQ ID NO 828)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 CeresAnnot 1499777 (SEQ ID NO :832)、GI No.22328730 (SEQ ID NO :837)、GI No. 92886131 (SEQ ID NO :839)、GI No. 559921 (SEQ ID NO 840), CeresClone 910787 (SEQID NO :842)、CeresClone 1797432 (SEQ IDNO :844)、GI No. 116310135 (SEQ ID NO :845)、 GI No. 38345464 (SEQ IDNO 847)和 GI No. 90657544 (SEQ ID NO 850)的比对。图28是ME11735 (SEQ ID NO 855)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 35187445 (SEQ ID NO :856)、CeresClone 1798230 (SEQ ID NO :858)、CeresAnnot 1500963(SEQ ID NO :862)、CeresClone :567542(SEQ IDNO :868)、CeresClone :702251 (SEQ ID NO 870), CeresClone 1606777 (SEQID NO :876)、CeresClone 1789146 (SEQ ID NO: 878) ,GI No. 116309500 (SEQID NO 885)和 GI No. 115446281 (SEQ ID NO 886)的比对。图29是ME12910 (SEQ ID NO :891)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot :1466353 (SEQ ID NO :893)、CeresClone :519143(SEQ IDNO :898)、GI No. 2501497(SEQ ID NO :901)、GI No. 119394507(SEQ IDNO :904)、GI No. 62857206(SEQ ID NO 905)、CeresClone :766529(SEQ IDNO 907)、GI No. 62857204 (SEQ ID NO 908)、GI No. 125534279 (SEQ IDN0:911)、GI No. 115485437 (SEQ ID NO :912)、GI No. 23955910 (SEQ IDNO 913)和 GI No. 22759895 (SEQ ID NO 915)的比对。图30是ME12927 (SEQ ID NO :917)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1503548(SEQ ID NO :919)、CeresClone :37778(SEQ IDNO :921)、CeresClone 681297(SEQ ID NO :923)、CeresClone :575835(SEQ IDNO :925)、CeresClone 1714750(SEQ ID NO 935),CeresClone 1721907 (SEQ ID N0:937)禾口 GI No.115451923(SEQ ID NO 940) 的比对。图31是ME 12929 (SEQ ID NO 944)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1447562 (SEQ ID NO 946)、GI No. 98962139 (SEQ ID NO 947)、CeresClone 641607 (SEQ ID NO 950),CeresClone 1715150 (SEQ IDNO 962),CeresClone 1873767 (SEQ ID NO 964)、GI No. 115468306(SEQ IDNO 967)和 CeresAnnot :6059980(SEQ ID NO 972) 的比对。图32是ME12954(SEQ ID NO 976)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :957229 (SEQ ID NO 978)和 CeresAnnot 1496202 (SEQ IDNO 980)的比对。图33是ME12970(SEQ ID NO 982)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 CeresClone :1935438 (SEQ ID NO :984)、GI No. 117573664(SEQ IDNO :985)、 GI No. 68349002(SEQ ID NO :991)、GI No. 68348998(SEQ IDNO :992)、CeresAnnot 1497170 (SEQ ID NO :995)、GI No. 15221718 (SEQ IDNO :996)、GI No.3860331 (SEQ ID NO :1001)、CeresClone :1075911 (SEQ IDNO 1003)、GI No. 2920839 (SEQ ID N0: 1008)、CeresClone :698452(SEQ IDNO 1011)、CeresClone :2019456(SEQ ID NO: 1023)、GI No. 90399071 (SEQID NO: 1026)、GI No. 115459588(SEQ ID NO : 1028)和 GI No. 68349016 (SEQID NO : 1032)的比对。图34是ME13021 (SEQ ID NO 1054)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 GI No.2493647 (SEQ ID NO 1055)、CeresClone 1924252 (SEQ ID N0:1057)、 GI No.461736 (SEQ ID NO 1058)、CeresAnnot 1542060 (SEQ IDNO 1061)、GI No. 15226314 (SEQ ID N0:1068)、GI No. 464727 (SEQ ID NO : 1072)、CeresClone : 480644 (SEQ ID N0:1074)、GI No. 124301264 (SEQ IDNO : 1075)、GI No. 1710807 (SEQ ID N0:1076)、GI No. 110349923 (SEQ IDNO : 1077)、GI No. 1762130 (SEQ ID NO: 1078)、
18CeresClone 706098 (SEQ IDNO 1080)、GI No. 3790441 (SEQ ID NO 1083)、CeresClone 1795282 (SEQID N0:1085)、GI No. 125546535 (SEQ ID N0:1086)、GI No. 115488160 (SEQID N0:1088)、GI No. 84468456 (SEQ ID N0:1092)、GI No. 116060917 (SEQID NO : 1095)和 CeresAnnot :6039555 (SEQ ID NO 1097)的比对。图35是ME13064(SEQ ID NO 1099)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 CeresAnnot :1528508 (SEQ ID NO 1101)、CeresClone :9248 (SEQ IDNO 1103), GI No. 87240560 (SEQ ID N0:1105)、GI No. 19453 (SEQ ID NO 1106)、CeresClone 1795329 (SEQ ID NO 1108)和 GI No. 108862979 (SEQID NO 1109)的比对。图36是ME13071 (SEQ ID NO 1112)与同源和/或直系同源氨基酸序列 GINo. 125541485 (SEQ ID NO 1113)和 GI No. 115449245 (SEQ ID NO 1114)的比对。图37是ME13087(SEQ ID NO 1116)与同源和/或直系同源氮基酸序列 CeresClone 100062822 (SEQ ID NO 1118)、CeresAnnot 1440025 (SEQ IDNO 1120)、GI No. 15238538 (SEQ ID N0:1123)、GI No. 69111473 (SEQ IDNO :1129)、GI No. 92873711 (SEQ ID N0:1132)、GI No. 55734106 (SEQ IDNO : 1133)、GI No. 2346974 (SEQ ID N0:1134)、 CeresClone =569852 (SEQ IDNO : 1136)、CeresClone :1715326 (SEQ ID N0:1138)、 CeresClone :1608104(SEQ ID N0:1140)、GI No. 115456237 (SEQ ID N0:1141)、GI No. 68655289 (SEQ ID N0:1143)、GI No. 81022807 (SEQ ID N0:1144)、GI No. 75706704 (SEQ ID NO 1145)和 CeresAnnot :6016055 (SEQ ID NO 1147)的比对。图38是ME13107(SEQ ID NO 1159)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 CeresClone :1371824(SEQ ID N0:1161)、GI No. 22585 (SEQ ID N0:1162)、GI No. 22208482 (SEQ ID NO 1163)和 GI No. 16073 (SEQ ID NO : 1164)的比对。图39是ME13108(SEQ ID NO 1166)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 99109436 (SEQ ID NO 1167)、CeresClone 1627939 (SEQIDN0 1169)、CeresClone 1840433 (SEQ ID NO 1171)、CeresAnnot 1524198 (SEQ ID NO 1173)、CeresClone 1650 (SEQ ID NO 1175)、CeresClone :691979 (SEQ ID N0:1177)、GI No. 92876897 (SEQID NO 1180)、CeresClone 1774130 (SEQ ID NO 1182)和 GI No. 115450018(SEQ IDNO 1183) 的比对。图40是ME13110(SEQ ID NO 1185)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :737317 (SEQ ID NO 1187)、CeresClone 1880853 (SEQ IDNO 1189)、GI No. 125558381 (SEQ ID N0:1190)、和 GI No. 115472157 (SEQID NO 1191)的比对。图41是ME13125(SEQ ID NO 1194)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :1938817(SEQ ID NO 1196)、CeresAnnot 1457245(SEQ ID N0:1200)、 CeresClone :577910 (SEQ ID NO :1202)、公用 PUBLICCLONE IDno. 100736184 (SEQ ID NO: 1203) ,GI No. 125553355 (SEQ ID NO : 1204)和 GI No. 5091600 (SEQ ID NO 1205)的比对。图42是ME13149(SEQ ID NO 1210)与同源和/或直系同源氨基酸序 列 GI No. 1703374(SEQ ID NO 1211)、CeresClone 1846330 (SEQ IDN0:1213)、 GI No. 29124979 (SEQ ID NO 1216)、CeresAnnot 1531725 (SEQID N0:1218)、 GI No. 3334321 (SEQ ID NO : 1229)、CeresClone :571410 (SEQID N0:1232)、GI No. 39653273 (SEQ ID N0:1233)、GI No. 92875403 (SEQID N0:1234)、GI No. 11131026 (SEQID N0:1235)、GI No. 77812440 (SEQ IDNO 1236)、GI No. 89475524 (SEQ ID NO: 1238)、 GI No. 3182919 (SEQ IDNO 1239)、GI No. 7643794 (SEQ ID N0:1240)、GI No. 1710851 (SEQ IDNO :1241)、GI No. 115501471 (SEQ ID N0:1242)、GI No. 77999251 (SEQ IDNO 1243)、GI No.3450893(SEQ ID NO : 1249)、CeresClone :704589 (SEQ IDN0:1251)、 CeresClone 1384151 (SEQ ID NO 1253), CeresClone 1713894 (SEQ ID N0:1259)、GI No. 125560752 (SEQ ID N0:1264)、GI No. 115475543 (SEQ ID N0:1265)、GI No. 3182922 (SEQ ID N0:1267)、GI No. 145353078 (SEQ ID N0:1268)、GI No. 11131023 (SEQ ID NO 1269) ,GI No. 47026845 (SEQ ID NO 1270)和 GI No. 38353642 (SEQ ID NO : 1272)的比对。图43是ME13151 (SEQ ID NO 1274)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1884601 (SEQ ID NO 1276)、CeresAnnot 1445717(SEQ ID N0:1280)、 CeresClone :527903(SEQ ID N0:1284)、GI No. 92891722 (SEQ IDNO : 1285)、CeresClone : 790881 (SEQ ID NO : 1287)、CeresClone :299417 (SEQID NO : 1289)、CeresClone : 1993894 (SEQ ID N0:1291)、GI No. 125539547 (SEQ ID N0:1294)、GI No. 48716424 (SEQ ID N0:1295)、GI No. 84468278 (SEQ ID NO : 1297)和 CeresAnnot :6036303 (SEQ ID NO : 1300) 的比对。图44是ME13153(SEQ ID NO 1302)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 70609690 (SEQ ID NO 1303)、CeresClone 1927524 (SEQ IDNO 1305)、CeresAnnot 1467310 (SEQ ID N0:1311)、GI No. 45935270 (SEQID NO 1313)、CeresClone :718446 (SEQ ID N0:1317)、GI No. 92875133 (SEQID N0:1318)、GI No. 1706318 (SEQ ID N0:1319)、GI No. 3252856 (SEQIDNO : 1320)、GI No. 1169238 (SEQ ID N0:1326)、GI No. 31296711 (SEQ IDNO 1327) , CeresClone =1468893 (SEQ ID N0:1330)、GI No. 51587340 (SEQID NO: 1331)、CeresClone :1796201 (SEQ ID N0:1333)、GI No. 125543034 (SEQ ID NO: 1334)、GI No. 115476804 (SEQ ID N0:1336)、GI No. 75268060 (SEQ ID NO : 1339)和 GI No. 75268007 (SEQ ID NO 1340)的比对。图45是ME13177(SEQ ID NO 1342)与同源和/或直系同源氨基酸序 ^lJ CeresAnnot 1443786 (SEQ ID N0:1346)、GI No. 15239172 (SEQ IDN0:1355)、 GI No. 562190 (SEQ ID N0:1363)、GI No. 83032266 (SEQ ID NO : 1364)、CeresClone : 602910 (SEQ ID N0:1366)、GI No. 7242793 (SEQ ID N0:1370)、GI No. 116167 (SEQ ID N0:1371)、GI No. 2190259 (SEQ ID N0:1372)、GI No. 5420278 (SEQ ID N0:1373)、GI No. 1064931 (SEQ IDNO : 1374)、GI No. 6093215 (SEQ ID N0:1377)、GI No. 461726 (SEQ ID N0:1378)、GI No. 89111295 (SEQ ID N0:1379)、GI No. 82949283 (SEQ IDNO 1380)、GI No. 125537180 (SEQ ID N0:1381)、GI No. 115489300 (SEQ IDNO : 1382)和 GI No. 55978000 (SEQ ID NO : 1383)的比对。图46是ME13200 (SEQ ID NO 1385)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1503394 (SEQ ID NO 1387)、GI No. 4914437 (SEQ IDNO 1390)、CeresClone 638126 (SEQ ID N0:1393)、GI No. 124360540 (SEQID N0:1394)、GI No. 7981380 (SEQ ID N0:1395)、GI No. 118137433 (SEQ IDNO : 1396)、CeresClone : 1723374 (SEQ ID NO: 1398)、CeresClone : 1785379 (SEQ ID N0:1400)、GI No. 125553354 (SEQ ID N0:1401)、GI No. 115471859 (SEQ ID NO 1404)和 CeresAnnot :6040771(SEQ ID NO : 1407)的比对。
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图47是ME13204 (SEQ ID NO 1409)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :1939206(SEQ ID NO 1413)、CeresAnnot 1453316(SEQ IDNO 1415), GI No. 79319075 (SEQ ID N0:1418)、GI No. 124359953 (SEQ IDNO 1419)、CeresClone 891431(SEQ ID N0:1421)、GI No.125536578(SEQID NO 1424)和 GI No. 20270065(SEQ ID NO 1425)的比对。图48是ME14649 (SEQ ID NO 1428)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :1978733 (SEQ ID NO 1430)、CeresAnnot 1476165 (SEQ IDNO 1432), CeresClone :871529 (SEQ ID NO 1436)、CeresClone 1043344(SEQ ID N0:1439)、 CeresClone 786542 (SEQ ID NO 1442)、CeresClone :346115 (SEQ ID N0:1444)、 CeresClone :1821683(SEQ IDNO 1452)、GI No. 125533171 (SEQ ID NO 1453)禾口 GI No. 77553492 (SEQIDN0 1457)的比对。图49是ME16546 (SEQ ID NO 1463)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1444102 (SEQ ID NO 1465)、CeresClone :582439 (SEQ IDNO 1471), CeresClone :579953 (SEQ ID N0:1473)、GI No. 125539335 (SEQID NO 1474)禾口 GI No. 115445987 (SEQ ID NO 1476)的比对。图50是ME17567(SEQ ID NO 1491)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone 1895876(SEQ ID NO 1493)、CeresAnnot 1464522(SEQ ID N0:1495)、 CeresClone 968434 (SEQ ID NO 1499)、CeresClone :686479 (SEQ IDNO 1501), CeresClone 1564962 (SEQ ID N0:1503)、GI No. 125549699 (SEQ ID N0:1504)、GI No. 125591612 (SEQ ID NO 1505)和 CeresAnnot :6006969(SEQ ID NO 1508)的比对。图51是ME17932(SEQ ID NO 1510)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresClone :1842178 (SEQ ID NO 1512)、CeresAnnot 1475265 (SEQ IDNO 1516)禾口 CeresClone 1044646 (SEQ ID NO: 1520)的比对。图52是ME17936 (SEQ ID NO 1525)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1454324 (SEQ ID NO 1527)、CeresClone 1652842 (SEQ ID NO 1534)和 GI No. 75214620 (SEQ ID NO 1535)的比对。图53是ME18275 (SEQ ID NO 1537)与同源和/或直系同源氨基酸序列 CeresAnnot 1514086(SEQ ID NO 1539)、CeresClone 1087909(SEQ ID N0:1543)、 CeresClone 1359070(SEQ ID N0:1545)、GI No.92880913(SEQ IDNO :1548)、CeresClone 932449 (SEQ ID NO 1550)和 CeresClone 1788695 (SEQ ID NO 1552)的比对。图54是ME18924 (SEQ ID NO 1554)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 82469976 (SEQ ID NO 1555)、CeresAnnot 1533704 (SEQ ID NO 1563)、CeresClone 524404 (SEQ ID NO 1565)、CeresClone :846541 (SEQ IDNO 1567)、CeresClone 1769321 (SEQ ID N0:1571)、GI No. 125528559 (SEQID N0:1572)、GI No. 125572823 (SEQ ID NO 1574)和 GI No. 84453208 (SEQID NO : 1575)的比对。图55是ME19182(SEQ ID NO 1577)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No. 4033417 (SEQ ID N0:1040)、GI No. 5669924 (SEQ ID NO 1041)、GlNo. 40642617 (SEQ ID NO: 1440)、GI No. 90399018 (SEQ ID NO : 1485)、GINo. 115464117 (SEQ ID NO: 1487)、GI No. 75164812 (SEQ ID NO : 1578)、CeresClone : 1794223 (SEQ ID NO : 1580)、CeresAnnot :1471422 (SEQ ID NO 1590)、CeresClone :968096 (SEQ ID N0:1607)、GI No. 6752884 (SEQ ID N0:1608)、GI No. 47775656 (SEQ ID NO 1609)、CeresClone 1020799 (SEQ IDNO 1611),GI No. 87240865(SEQ ID N0:1622)、GI No. 2500047(SEQ IDNO : 1623)、CeresClone : 705340 (SEQ ID NO : 1627)、CeresClone 1430456(SEQ ID NO: 1637)、GI No.84619270(SEQ ID NO 1648)和 CeresClone : 1821143 (SEQ ID NO 1651)的比对。图56是ME20628 (SEQ ID NO 1437)与同源和/或直系同源氨基酸序列GI No.113367236 (SEQ ID NO 173),GI No. 115477615(SEQ ID NO :212)、GI No. 125542223(SEQ ID N0:361)、GI No. 1838976 (SEQ ID NO :421)、CeresClone : 1547185 (SEQ ID NO :443)、 CeresAnnot 1450452 (SEQ IDNO :740)和 GI No. 92870675 (SEQID NO 1461)的比对。图57是ME01821 (SEQ ID NO 97)与同源和/或直系同源氨基酸序列公用GI ID no. 167480754 (SEQ ID NO 2013)和公用 GI ID no. 83830869 (SEQID NO 2015)的比对。
具体实施例方式本发明提供了与调解植物的低氮耐受水平相关的方法和材料。在一些实施方案 中，所述植物也可以具有经调解的低氮耐受水平。所述方法可以包括用编码低氮耐受调节 多肽的核酸转化植物细胞，其中所述多肽的表达产生经调解的低氮耐受水平。使用这种方 法产生的植物细胞可以被培养以产生对有限的外源氮源条件具有提高的耐受的植物。这种 植物可用于以现有的肥料投入产生更高的产率和生物量，和/或能够以更低的肥料投入获 得现有的农作物产率和生物量，或在劣质土壤上实现较好的产率和生物量。I.定义“氨基酸”指二十种生物中出现的氨基酸之一，还指合成的氨基酸，包括D/L旋光异 构体。“细胞类型优先的启动子”或“组织优先的启动子”分别指优先驱动在靶细胞类型 或组织中表达，但是也可以引起在其他细胞类型或组织中一些转录的启动子。“对照植物”指不含有感兴趣的转基因植物中存在的外源核酸，但是另外具有与所 述转基因植物相同或类似的遗传背景的植物。适合的对照植物可以是非转基因的野生型植 物(一种来自转化实验的非转基因分离子)或者含有与感兴趣的外源核酸不同的外源核酸 的转基因植物。“结构域”是多肽中基本上连续的氨基酸群组，可用于表征蛋白质家族和/或蛋白 质类别。这种结构域具有“指纹”或“签名”，可包括保守的一级序列、二级序列和/或三维 构象。一般而言，结构域与特定的体内和/或体外活性有关。结构域长度可以是10个氨基 酸至400个氨基酸，例如10至50个氨基酸，或25至100个氨基酸，或35至65个氨基酸， 或35至55个氨基酸，或45至60个氨基酸，或200至300个氨基酸，或300至400个氨基 酸。“下调”指相对于基础或天生状态减少表达产物(mRNA、多肽或两者)的产生。就核酸而言，“外源”是表示该核酸是重组核酸构建体的一部分，或者不存在于其 天然环境中。例如，外源核酸可以是来自一个物种的、被引入另一物种的序列，即异源核酸。 通常，这样的外源核酸通过重组核酸构建体被引入其他物种。外源核酸还可以是生物体天 生的并且已经被再次引入该生物体细胞的序列。通过存在与所述外源核酸关联的非天然序列，例如重组核酸构建体中天生序列侧翼的非天生调节序列，包括天生序列在内的外源核 酸通常可与天然存在的序列区别。此外，稳定转化的外源核酸通常的整合位置不同于天生 序列存在的位置。应理解，外源核酸可能已经被引入祖细胞而不是被引入所考虑的细胞。例 如，含有外源核酸的转基因植物可以是稳定转化的植物与非转基因植物之间杂交的子代。 这样的子代被认为含有所述外源核酸。“表达”指将多核苷酸的遗传信息通过酶(RNA聚合酶)催化的转录而转化成RNA 并通过mRNA在核糖体上翻译而转化成蛋白质的过程。本文使用的“异源多肽”指不是植物细胞中天然存在的多肽的多肽，例如使用来自 玉蜀黍(Zea mays)植物的氮转运多肽的编码序列转化并表达来自玉蜀黍植物的氮转运多 肽的编码序列的转基因柳枝稷(Panicumvirgatum)植物。本文使用的“分离的核酸”包括天然存在的核酸，条件是在其天然存在的基因组中 在该核酸两侧直接连接的序列的一个或两个都被去除或不存在。因此，分离的核酸包括但 不限于以纯化的分子或被掺入载体或病毒的核酸分子而存在的核酸。认为在例如cDNA文 库、基因组文库或含有基因组DNA限制性消化产物的凝胶片中的数百至数百万其他核酸中 存在的核酸不是分离的核酸。本文使用的“低氮条件”指导致缺氮症状的氮浓度，所述缺氮症状例如苍绿色的叶 片颜色、褪绿以及减少的生长和活力。通常，低氮条件导致生长和/或活力减少至少20%、 25%、30%、35%、40%、45%、50%、60%、70%、80% 或 90%。低氮耐受水平的“调节”指由于植物细胞中外源核酸表达或转录而观察到的植物 对有限的外源氮源耐受水平的变化。低氮耐受水平的变化的测量是通过相对于对照植物在 有限的氮供应环境中的相应水平，植物尺寸和绿度的变化以及光合作用效率的提高。“核酸”和“多核苷酸”在本文可互换使用，并且指RNA和DNA两者，包括cDNA、基 因组DNA、合成DNA以及含有DNA或RNA的核酸类似物。多核苷酸可以具有任何三维结构。 核酸可以是双链或单链(即，有义链或反义链)。多核苷酸的非限制性实例包括基因、基因 片段、外显子、内含子、信使RNA(mRNA)、转移RNA、核糖体RNA、siRNA、微小RNA、核酶、cDNA、 重组多核苷酸、分支多核苷酸、核酸探针和核酸引物。多核苷酸可以含有非常规的或修饰的 核苷酸。“可操作地连接”指安置核酸中的调节区与待转录序列，使得所述调节区有效调节 所述序列的转录或翻译。例如，为了将编码序列和调节区可操作地连接，所述编码序列的翻 译阅读框的翻译起始位点通常位于所述调节区下游1至约50个核苷酸之间。然而，调节区 可以位于翻译起始位点上游多达约5，000个核苷酸，或者位于转录起始位点上游约2，000 个核苷酸。本文使用的“多肽”指两个或更多个亚基氨基酸、氨基酸类似物或其他肽模拟物的 化合物，而忽视翻译后修饰，例如磷酸化或糖基化。所述亚基可以通过肽键或其它键(例如 酯键或醚键)连接。该定义包括全长多肽、截短的多肽、点突变体、插入突变体、剪接变体、 嵌合蛋白及其片段。“子代”包括特定植物或植物系的后代。本文植物的子代包括在F” F2、F3、F4、F5、 F6和后代植物上生成的种子，或者在BCp BC2, BC3和后代植物上生成的种子，或者在F1BCp F1BC2^F1BC3和后代植物上生成的种子。名称F1指遗传上不同的两种植物之间杂交的子代。
23名称F2、F3、F4、F5和F6指F1植物自体授粉或同胞授粉子代的后代。“调节区”指具有核苷酸序列影响转录或翻译起始和速率以及转录或翻译产物的 稳定性和/或移动性的核酸。调节区包括但不限于启动子序列、增强子序列、应答元件、蛋 白识别位点、可诱导元件、蛋白结合序列、5'和3'未翻译区(UTR)、转录起始位点、终止序 列、聚腺苷酸化序列、内含子及其组合。调节区通常包括至少一个核心(基本)启动子。调 节区还可以包括至少一个控制元件，例如增强子序列、上游元件或上游活化区(UAR)。例如， 适合的增强子是来自章鱼碱合酶(ocs)基因上游区的顺式调节元件(-212至-154)。Fromm 等· (1989)The Plant Cell, 1 :977_984·“上调”指相对于基础或天生状态增加表达产物(mRNA、多肽或两者)水平的调节。“载体”指另一DNA区段可以插入其中以实现复制所插入区段的复制子，例如质粒、 噬菌体或黏粒。一般而言，载体能够在与适当的控制元件结合时复制。术语“载体”包括克 隆载体和表达载体以及病毒载体和整合载体。“表达载体”是包含调节区的载体。II.多肽本文描述的多肽包括低氮耐受调节多肽。低氮耐受调节多肽在植物或植物细胞中 表达时可有效调节低氮耐受水平。这种多肽通常含有指示低氮耐受调节多肽的至少一个结 构域，如下文更详细描述。低氮耐受调节多肽通常具有大于20的HMM 二进制值，如下文更 详细描述。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽与下列序列具有超过80%的同一性SEQ IDN0:3、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 77、SEQ ID NO :97、SEQ ID NO : 100、SEQ ID NO 152,SEQ ID NO 166,SEQ ID NO186,SEQ ID NO :208、SEQID N0:218、SEQ ID NO 234,SEQ ID NO: 246,SEQ ID NO 300,SEQ IDNO :332、SEQ ID NO 368,SEQ ID NO :510、SEQ ID NO 533,SEQ IDNO :556、SEQ ID NO :558、SEQ ID NO :593、SEQ ID NO :613、SEQ IDNO :646、SEQ ID NO 687,SEQ ID NO :730、SEQ ID NO :746、SEQ IDNO :769、SEQ ID NO :792、SEQ ID NO :824、SEQ ID NO :828、SEQ IDNO :853、SEQ ID NO :855、SEQ ID NO :891、SEQ ID NO :917、SEQ IDNO 944,SEQ ID NO :976、SEQ ID NO :982、SEQ ID NO : 1054、SEQ ID NO 1099,SEQ ID NO :1112、 SEQ ID N0:1116、SEQ ID N0:1157、SEQ ID N0:1159、SEQ ID N0:1166、SEQ ID NO :1185、 SEQ ID NO :1194、SEQ IDNO :1210、SEQ ID NO :1274、SEQ ID NO :1302、SEQ ID NO :1342、 SEQ IDNO 1385,SEQ ID NO : 1409、SEQ ID NO 1428,SEQ ID NO : 1437、SEQID NO 1463,SEQ ID NO :149U SEQ ID N0:1510、SEQ ID NO :1525、SEQID N0:1537、SEQ ID N0:1554 或 SEQ ID NO :1577，如下文更详细描述。A.指示低氮耐受调节多肽的结构域低氮耐受调节多肽可以含有Ρ450结构域，Ρ450结构域是属于细胞色素Ρ450超家 族的多肽的特征。细胞色素Ρ450是参与多种化合物氧化降解的血红素-硫醇盐蛋白。它 们因其在降解环境毒素和诱变剂中的作用而特别有名。植物中，这些蛋白对于几种化合物 (例如激素、防御化合物和脂肪酸)的生物合成是重要的。该家族中的序列保守性相对低 (仅有3个绝对保守的残基)，但是它们总体的拓扑学和结构折叠是高度保守的。保守核心 包括称为“回曲”的卷曲、四螺旋束、螺旋J和K以及两组β折叠。这些构成了血红素结 合环、质子转移槽和螺旋K中保守的EXXR基序。尽管原核Ρ450是可溶性蛋白，但大部分 真核Ρ450与微粒体膜结合。它们一般的酶促功能是在生理温度下催化非活化烃的区位特 异性氧化和立体特异性氧化。SEQ ID NO :3和SEQ ID NO :332列出了在本文分别标识为ME00919(SEQ ID NO 3)和 ME04587 (SEQ ID NO 332)的拟南芥(Arabidopsis)克隆的氨基 酸序列，预测其编码含有细胞色素P450结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有zf-Dof结构域，zf-Dof结构域在高等植物的几种DNA 结合蛋白中是保守的。Dof结构域是显示出与Cys2锌指相似性的锌指DNA结合结构域，但 是其具有更长的推定环，其中额外的Cys残基通常是保守的。该基序还可以存在于SEQ ID N0:49中，SEQ ID NO :49列出了在本文标识为Ceres MEO1312 (SEQ ID NO 49)的拟南芥克 隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-Dof结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Amin0tran_3结构域，该结构域是属于氨基转移酶 III类家族的多肽的特征。氨基转移酶与其他吡哆醛磷酸依赖性酶共有某些机械特征，例如 吡哆醛磷酸基团与赖氨酸残基的共价结合。III类氨基转移酶包括乙酰基鸟氨酸氨基转 移酶，催化氨基从乙酰基鸟氨酸转移至α-酮戊二酸，产生N-乙酰基-谷氨酸-5-半醛和谷 氨酸；鸟氨酸氨基转移酶，催化氨基从鸟氨酸转移至α “酮戊二酸，产生谷氨酸-5-半醛和 谷氨酸；ω -氨基酸-丙酮酸氨基转移酶，催化多种ω -氨基酸、单胺和二胺以及丙酮酸之 间的氨基转移；4-氨基丁酸氨基转移酶；GABA转氨酶，催化氨基从GABA转移至α -酮戊二 酸，产生琥珀酸半醛和谷氨酸；DAPA氨基转移酶，一种细菌酶(bioA)，催化生物素生物合成 的中间步骤，7-酮-8-氨基壬酸转氨基生成7，8- 二氨基壬酸；2，2- 二烷基甘氨酸脱羧酶， 一种洋葱布克氏菌(洋葱假单胞菌)酶(dgdA)，催化2，2-二烷基甘氨酸和丙酮酸脱羧氨 基转移至二烷基酮、丙氨酸和二氧化碳；谷氨酸-1 一半醛氨基转移酶(GSA)；枯草芽孢杆菌 (Bacillus subtilis)氨基转移酶yhxA和yodT ；流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae) 氨基转移酶HI0949 ；和秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)氨基转移酶。基于序列相 似性，这些不同的酶可以分组成亚家族。Aminotran_3结构域还存在于SEQ ID N0:77中， SEQID NO :77列出了本文标识为Ceres MEO1463 (SEQ ID NO 77)的拟南芥克隆的氨基酸序 列，预测其编码含有Amin0tran_3结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有接头组蛋白结构域，该结构域是属于接头组蛋白Hl 和H5家族的多肽的特征。接头组蛋白Hl是染色质结构的必要组分。Hl将核小体连接成高 级结构。组蛋白H5发挥与组蛋白Hl相同的功能并在某些细胞中替代HI。接头组蛋白H5 折叠的球形结构域GH5的结构类似于分解代谢物基因活化蛋白(CAP)的DNA结合结构域， 从而提供GH5与DNA结合的可能模型。该结构域还存在于SEQ ID NO 100中，SEQ ID NO 100列出了本文标识为Ceres MEO1910 (SEQ ID NO 100)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测 其编码含有接头组蛋白结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有zf_C3HC4结构域，预测该结构域是属于C3HC4型锌指 (环指)蛋白家族的蛋白的特征。C3HC4型锌指(环指)是大约40至60个残基的富含半胱 氨酸的结构域，配位两个锌离子，并且可能参与介导蛋白质_蛋白质相互作用。C3HC4型锌 指(环指)蛋白家族的成员含有不严格保守的序列C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)-H-X(2-3) C-X2-C-X(4-48)-C-X2-C，其中X是任何氨基酸。该结构域还存在于SEQ ID NO: 166、 SEQ IDNO :746、SEQ ID NO 976、SEQ ID NO :1428中，这些序列列出了本文分别标识为 Ceres ME02603 (SEQ ID NO 166)、ME05493 (SEQ ID NO :746)、ME12954 (SEQ ID NO :976)、 ME14649(SEQ ID NO 1428)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf_C3HC4结构域 的多肽。
低氮耐受调节多肽可以含有Gal_凝集素结构域，该结构域是半乳糖结合凝集素 结构域蛋白的特征。SEQ ID NO :208列出了本文标识为CeresME02801(SEQ ID NO 208)的 拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有半乳糖结合凝集素结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有TRP_1结构域，该结构域是三十四肽重复序列 (tetratricopeptide repeat, TPR)结构域蛋白的特征。三十四肽重复序列是范围从细菌至 人类的各种不同生物体中鉴定的多种蛋白中存在的结构基序。它介导蛋白质-蛋白质相互 作用和多蛋白复合体的装配。IPR结构域的序列比对揭示了由一组小氨基酸和大氨基酸确 定的共有序列。含有TPR的蛋白质参与多种生物过程，例如细胞周期调解、转录控制、线粒 体和过氧化物酶体蛋白转运、神经发生和蛋白折叠。来自蛋白磷酸酶5的含有三个IPR的 结构域的X射线结构揭示，IPR采用螺旋转角螺旋(helixturnhelix)排列，相邻的IPR基序 以平行方式包装，得到重复的反平行的α-螺旋的螺旋。两个螺旋被称为螺旋A和螺旋B。 螺旋A和螺旋B之间的包装角(packing angle)在单个IPR内是-24°，并且产生右手超螺 旋形状。螺旋A与螺旋B相互作用并且与下一个TPR的螺旋A'相互作用。产生两个蛋白 表面凹形内表面主要由螺旋A上的残基形成，而另一表面提供螺旋A和B两者的残基。低氮耐受调节多肽可以含有TRP_2三十四肽重复序列结构域，预测该结构域是多 蛋白复合体中支架蛋白的特征。TPR_2结构域由不严格一致的大约34个氨基酸基序组成， 通常作为多串联重复序列存在于具有多种细胞功能的蛋白质中，所述细胞功能包括有丝分 裂、转录、蛋白转运和发育。TPR-2结构域的结构分析证明，它形成由转角分开的两个α-螺 旋区，以便并存的大侧链和小侧链形成“钮和孔”的结构。一般而言，该结构的疏水表面介 导含有TPR的蛋白质和不含TPR的蛋白质之间的蛋白质-蛋白质相互作用。SEQ ID NO :234 列出 了本文标识为 Ceres ΜΕ04204 (SEQ ID NO 234)的拟南芥克 隆的氨基酸序列，预测其编码含有TRP_1三十四肽重复序列结构域和TRP_2三十四肽重复 序列结构域的多肽。SEQ ID NO :1510列出了本文标识为Ceres ME17932(SEQ ID NO 1510) 的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有TRP_2三十四肽重复序列结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Zf-Am结构域，该结构域是属于Am样锌指结构域蛋 白家族的多肽的特征。Am样锌指结构域首先被鉴定为在非洲爪蛙(Xenopus laevis)泛素 样蛋白Anl的C末端锌指。以下形式描述了锌指C-X2-C-X(9-12)-C-X(1-2)-C-X4-C-X2-H-X5-H-X-C，其中X可以是任何氨基酸，并且括号内的数字指示残基数目。低氮耐受调节多肽可以含有zf_A20结构域，该结构域是A20( —种细胞死亡抑制 剂)样锌指的特征。动物中，认为A20样锌指介导A20的自结合。这些指还介导IL-I诱导 的 NF-κ B 激活。SEQ ID NO :246 列出 了本文标识为 Ceres ME04477 (SEQ ID NO 246)的拟 南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有ANl样锌指结构域和zf_A20结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Aa-trans结构域或跨膜氨基酸转运结构域，预测该 结构域是氨基酸转运蛋白和氨基酸通透酶的特征。该结构域还存在于SEQ ID N0:300中， SEQ ID NO :300列出了本文标识为CeresME04507(SEQ ID NO 300)的拟南芥克隆的氨基酸 序列，预测其编码含有跨膜氨基酸转运结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有RNA识别基序(还称为RRM_1、RRM, RBD或RNP结构 域)，其是属于单链RNA结合蛋白超家族的多肽的特征。RRM蛋白具有许多RNA结合优先 和功能，并且包括核不均一核糖核蛋白(hnRNP)、牵涉调节可变剪接的蛋白、核内小核糖
26核蛋白的蛋白组分以及调节RNA稳定性和翻译的蛋白。异二聚体剪接因子U2snRNP辅助 因子(U2AF)中的RRM显示出具有两个RRM样结构域，具有蛋白质识别的专门特征。该基 序还出现在几个单链DNA结合蛋白中。典型的RRM由四个反平行β链和两个α螺旋以 β-α-β-β-α-β折叠排列组成，侧链用RNA碱基堆积。RNA结合特异性通过与周围氨基 酸的多重接触来决定。在一些情况下，第三螺旋出现在RNA结合期间。该基序也存在于SEQ ID NO 368 和 SEQ ID NO 1274 中，SEQ ID NO 368 和 SEQ ID NO 1274 列出 了在本文分别 标识为 Ceres ΜΕ04753 (SEQ ID NO :368)和ΜΕ13151 (SEQ IDNO :1274)的拟南芥克隆的氨基 酸序列，预测其编码含有RNA识别基序的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有NTF2结构域，该结构域是核转运因子2 (NTF2)多肽的 特征。NTF2是大约14kDa亚基的同二聚体，刺激有效的货物蛋白(cargo protein)的核输 入。NTF2结合Ran⑶P和含有FxTO重复序列的核孔蛋白。NTF2充分结合Ran⑶P，主要使 复合物在经核孔复合物(NPC)转运过程中保持完整，但是NTF2与Fxre核孔蛋白的相互作 用更加短暂，使得NTF2能够通过从一个重复序列跳跃至另一个重复序列而移动穿过NPC。 NTF2折叠成具有深的疏水腔的锥形体，其开口由几个带负电荷的残基围绕。RanGDP与NTF2 的结合是通过将保守的苯丙氨酸残基插入NTF2的疏水袋中，并与围绕所述腔的保守的带 负电荷的残基进行静电相互作用。结构类似的结构域出现在其他核输入蛋白中。SEQ ID NO 1274列出了在本文标识为Ceres ME13151(SEQ ID NO 1274)的拟南芥克隆的氨基酸序 列，预测其编码含有NTF2结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有DUF1218结构域。SEQ ID NO :1274列出了在本文标识 为Ceres ME04772 (SEQ ID NO 510)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF1218 结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Myb样DNA结合结构域，该结构域是属于其成员含有 来自Myb蛋白的DNA结合结构域以及SANT结构域家族的蛋白家族的多肽的特征。SEQ ID NO :533列出了在本文标识为CeresME04909(SEQ ID NO 533)的拟南芥克隆的氨基酸序列， 预测其编码含有Myb样DNA结合结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有FAD结合4结构域。预测该结构域是属于利用FAD (黄 素腺嘌呤二核苷酸)作为辅因子的酶家族的多肽的特征，所述酶的大多数类似于含有共价 结合的FAD基团的氧氧化还原酶，所述FAD基团通过8- α - (Ν3-组氨酰)-核黄素键合连接
至组氨酸。低氮耐受调节多肽可以含有BBE结构域，预测其是小檗碱桥和小檗碱桥样酶的特 征。BBE酶通常参与许多异喹啉生物碱的生物合成。它们催化(S)-网状番荔枝碱的N-甲 基转化成(S)-金黄紫堇碱的C-8小檗碱桥碳。SEQID NO 558列出了在本文标识为Ceres ME05194(SEQ ID NO 558)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有FAD结合4结构域 和BBE结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有前折叠素(prefoldin，PFD)结构域，该结构域是属于 前折叠素亚基家族的多肽的特征。前折叠素(PFD)是通常与II型伴侣蛋白相互作用的伴 侣分子，存在于真核细胞(含有伴侣蛋白的T复合物多肽-I(CCT))和古细菌中的缺少专性 辅伴侣蛋白的异寡聚物。真核PFD通常可以共翻译地结合肌动蛋白和微管蛋白。然后伴侣 分子可以递送靶蛋白至CCT，通过卷曲的螺旋末端与伴侣蛋白相互作用。SEQ ID N0:593列出了在本文标识为Ceres ME05267 (SEQ ID NO :593)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编 码含有前折叠素结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有HR-损伤结构域(HR-lesion domain)，该结构域是属 于可以与抵御植物病原体的过敏反应(HR)途径关联的植物蛋白家族的多肽的特征。该结 构域还存在于SEQ ID N0:646中，SEQ ID NO :646列出了在本文标识为Ceres ME05341 (SEQ ID NO 646)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有HR-损伤结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有DUF538结构域。SEQ ID NO :687列出了在本文标识 为Ceres ME05392 (SEQ ID NO 687)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF538 结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有锌指C-X8-C-X5-C-X3-H型结构域(zf-CCCH)，该结构 域是属于锌指蛋白超家族的多肽的特征。认为锌指结构域蛋白的成员参与DNA结合，并且 以不同的类型存在。含有C-X8-C-X5-C-X3-H型锌指结构域的蛋白包括来自真核生物，参与 细胞周期或生长期相关的调节的锌指蛋白。已经显示，不同的CCCH锌指蛋白与多种mRNA的 3'未翻译区相互作用。SEQ ID NO :792列出了在本文标识为Ceres ME07344 (SEQ ID NO: 792)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf-CCCH结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有DUF246结构域。SEQ ID NO :828列出了在本文标识 为Ceres ME08464 (SEQ ID NO 828)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF246 结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有C2结构域。C2结构域是参与信号转导或膜运输的许 多细胞蛋白中发现的Ca2+依赖性膜靶向模块。C2结构域在膜靶向结构域中是独特的，因为 它们通常对细胞膜主要成分(包括磷脂酰丝氨酸和磷脂酰胆碱)显示出宽范围的脂质选择 性。SEQ ID NO :982列出了在本文标识为Ceres ME12970(SEQ ID NO 982)的拟南芥克隆 的氨基酸序列，预测其编码含有C2结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Cpn60TCPl结构域，该结构域是属于TCP-l/cpn60伴 侣蛋白家族的多肽的特征。该家族包括来自HSP60伴侣分子家族和TCP-1(T-复合蛋白) 家族的成员。伴侣蛋白是分子伴侣的亚家族，通常是多肽正确折叠和组装成寡聚体结构所 必需的。伴侣蛋白通常大量存在于原核生物、叶绿体和线粒体中。它们通常是正常细胞生 长所需要的，并且是应激诱导的，作用以在热激条件下稳定或保护分解的多肽。SEQ IDNO 1054列出了在本文标识为Ceres ME 13021 (SEQ ID NO 1054)的拟南芥克隆的氨基酸序列， 预测其编码含有Cpn60_TCPl结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有zf_C2H2结构域，该结构域是C2H2锌指结构域多肽的 特征。锌指结构域是包含25至30个氨基酸残基的核酸结合蛋白结构，在C-2-C-12-H-3-H 型基序中包括2个保守的Cys和2个保守的His残基。使第二个Cys和第一个His分开的 12个残基主要是极性和碱性的，使该区域特别参与核酸结合。它们具有结合RNA和DNA的 能力，并且已经表明，锌指可以因此代表原始的核酸结合蛋白。还已经表明，Zn中心结构域 可以用于蛋白质相互作用，例如在蛋白激酶C中。锌指的许多类别根据参与锌原子配位的 组氨酸和半胱氨酸残基的数目和位置来表征。在C2H2锌指类别中，第一对锌配位残基是半 胱氨酸，而第二对是组氨酸。该基序还存在于SEQ ID NO: 1116中，SEQ ID NO: 1116列出了 在本文标识为Ceres ME13087(SEQ ID NO 1116)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有zf_C2H2结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有玉米醇溶蛋白结构域，该结构域是属于种子贮存 蛋白的玉米醇溶蛋白家族的多肽的特征。SEQ ID NO :1159列出了在本文标识为Ceres ME13107(SEQ ID NO :1159)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有玉米醇溶蛋白结 构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有snf7结构域，该结构域是属于酵母SNF7相关真核蛋 白家族的多肽的特征。SEQ ID NO 1185列出了在本文标识为Ceres ME13110(SEQ ID NO: 1185)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有snfT结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有HhH-GPD结构域，该结构域是属于HhH-GPD碱基切 除DNA修复蛋白超家族的多肽的特征。HhH-GPD碱基切除DNA修复蛋白超家族成员含有螺 旋-发夹-螺旋和Gly/Pro富集环，随后是保守的天冬氨酸。该结构域存在于多种结构相 关DNA的修复蛋白中。该结构域还存在于SEQ ID NO: 1194中，SEQ ID NO: 1194列出了在 本文标识为Ceres ME13125(SEQ ID NO 1194)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含 有HbH-GPD结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有Arf结构域，该结构域是属于ADP核糖基化因子家族 的多肽的特征。小ADP核糖基化因子(Arf)GTP结合蛋白是细胞内运输中小囊泡生物合成 的主要调节剂。它们是增长的家族中已经发现的成员，包括Arl (Arf样)、Arp (Arf相关蛋 白)和远相关的Sar (分泌物相关的和Ras相关的)蛋白。Arf蛋白在无活性GDP结合形式 和活性GTP结合形式之间循环，活性GTP结合形式选择性地结合效应子。经典结构⑶P/GTP 开关特征为在所谓开关1和开关2区域的构象变化，其紧密结合GTP的γ -磷酸，但是根本 不结合⑶P核苷酸。Arfl和Arf6的结构研究显示，尽管这些蛋白特征为开关1和2构象 变化，但是它们不同于其他小的GTP结合蛋白，因为它们利用其它独特的开关以使结构信 息从蛋白一侧传送到另一侧。人类Arfl和Arf6的GDP/GTP结构循环特征为独特的构象变 化，该构象变化影响连接开关1和开关2的β 2 β 3链(开关间)，还影响两亲螺旋N末端。 SEQ ID NO :1210列出了在本文标识为Ceres ME13149 (SEQ ID NO 1210)的拟南芥克隆的 氨基酸序列，预测其编码含有Arf结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有吡哆醛_deC结构域，该结构域是吡哆醛依赖性脱羧 酶多肽的特征。吡哆醛依赖性脱羧酶通常共有序列相似性的区域，特别是在保守赖氨酸残 基附近，其提供了吡哆醛磷酸(PLP)基团的连接位点。磷酸吡哆醛是维生素B6(吡哆素或 吡哆醛)的活性形式。PLP是通用催化剂，用作众多反应中的辅酶，所述反应包括脱羧、脱氨 和转氨。PLP依赖性酶包括吡哆醛依赖性脱羧酶，PLP依赖性酶参与氨基酸和氨基酸衍生代 谢物的生物合成，但是它们还存在于氨基糖的生物合成途径和生物递质的合成或分解代谢 中。SEQ ID NO :1302列出了在本文标识为CeresME13153(SEQ ID NO 1302)的拟南芥克隆 的氨基酸序列，预测其编码含有吡哆醛_deC结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有细胞周期蛋白_C结构域，该结构域是属于细胞周期 蛋白家族的多肽的C末端结构域的特征。细胞周期蛋白是在控制核细胞分裂周期中起积极 作用并调解细胞周期蛋白依赖性激酶(CDK)的真核蛋白。细胞周期蛋白与p34(cdc2)或 cdk2激酶一起形成促成熟因子(MPF)。存在两个主要的细胞周期蛋白组，G1/S细胞周期蛋 白和G2/M细胞周期蛋白，G1/S细胞周期蛋白在G1/S(开始)转变时在控制细胞周期中起作用，而G2/M细胞周期蛋白在G2/M(有丝分裂)转变时在控制细胞周期中起作用。G2/M细 胞周期蛋白在G2期间稳定聚集，并且在细胞退出有丝分裂时(M期末)突然被破坏。细胞 周期蛋白通常含有两个类似的全α折叠的结构域，该家族的这两个结构域与C末端结构域 对应。低氮耐受调节多肽可以含有细胞周期蛋白_Ν结构域，该结构域确定了属于细 胞周期蛋白家族的多肽的N末端结构域。SEQ ID NO :1342列出了在本文标识为Ceres ME13177(SEQ ID NO 1342)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有细胞周期蛋白_N 结构域和细胞周期蛋白_N结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有DUF 1442结构域。SEQ ID NO 1463列出了在本文标 识为Ceres ME16546 (SEQ ID NO 1463)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有DUF 1442结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有HLH结构域，该结构域是属于螺旋-环-螺旋DNA结 合结构域超家族的多肽的特征。基本的螺旋-环-螺旋蛋白(bHLH)是一组真核转录因子， 可以在多种发育途径中发挥决定性影响。这些转录因子特征为介导特异性二聚化的保守的 bHLH结构域。它们可以促进无活性单体在适当的发育阶段转化为反式激活二聚体。该超家 族的成员可以根据二聚化、DNA结合和表达特征而被分成不同类别。SEQ ID N0:1537列出 在本文标识为Ceres ME18275(SEQQ ID NO :1537)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码 含有HLH结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有CRAL_TRI0结构域，该结构域是视醛/视黄醛结合蛋 白家族C末端的特征。动物中，视醛/视黄醛结合蛋白可以是视觉周期的功能组分。细胞 的视醛结合蛋白(CRALBP)可以作用为基质载体蛋白，调解这些类视黄醇与视觉周期酶的 相互作用。多结构域蛋白Trio可以结合LAR跨膜酪氨酸磷酸酶，含有蛋白激酶结构域，并 且具有分开的rac-特异性和rho-特异性鸟嘌呤核苷酸交换因子结构域。Trio是可以整 合并扩增涉及协调肌动蛋白重塑信号的多功能蛋白，肌动蛋白重塑是细胞迁移和生长所必 需的。该家族的其他成员是转移蛋白，包括可以作用为RACl效应子的鸟嘌呤核苷酸交换因 子、从高尔基复合体转运分泌蛋白所需要的磷脂酰肌醇/磷脂酰胆碱转移蛋白、以及增强 分离膜之间配体转移的α-生育酚转移蛋白。低氮耐受调节多肽可以含有CRAL_TRI0_N，其确定了视醛/视黄醛结合蛋白家族 的N末端。低氮耐受调节多肽可以含有EMP24_GP25L结构域，该结构域是属于emp24/gp25L/ p24家族/GOLD基因家族的多肽的特征。该家族成员牵涉将货物从ER提前并通过其胞质 结构域结合包衣蛋白。该结构域紧密对应于富含β的GOLD结构域。经常发现GOLD结构 域与脂质或膜结合结构域结合。P24蛋白是COPI-和COPII-包衣囊泡的主要膜成分，并且 牵涉ER至高尔基体运输的货物选择性。p24家族的多个成员存在于从酵母到哺乳动物的 所有真核生物中。P24家族成员是I型膜蛋白，具有在氮基末端的信号肽、腔卷曲螺旋(胞 质外)结构域、具有保守氨基酸的单一跨膜结构域和短胞质尾。可以基于一级序列将它们 分成至少三个亚家族。一个亚家族包括酵母Emp24p和哺乳动物p24A。另一个亚家族包括 酵母Erv25p和哺乳动物Tmp21，并且第三个亚家族包括哺乳动物gp25L蛋白。SEQ ID NO 1554列出了在本文标识为Ceres ME18924(SEQ ID NO 1554)的拟南芥克隆的氨基酸序列，
30预测其编码含有CRAL_TRI0结构域、CRAL_TRI0_N结构域和EMP24_GP25L结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有焦磷酸酶结构域，预期该结构域是无机焦磷酸酶(PP 酶)的特征。PP酶是负责水解焦磷酸酯(PPi)的酶，焦磷酸酯主要作为利用ATP的许多生 物合成反应的产物而生成。PP酶可能需要二价金属阳离子的存在，并且镁提供最高的活性。 其他残基中，认为赖氨酸是活性位点的部分或靠近活性位点。PP酶的序列共有某些相似区 域，其中包括含有参与阳离子结合的三个保守天冬氨酸的区域。SEQ ID N0:1577列出在本 文标识为Ceres ME19182(SEQ ID NO 1577)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有 焦磷酸酶结构域的多肽。低氮耐受调节多肽可以含有bZIP_l结构域，该结构域是属于基本ZIP转录因子 超家族的多肽的特征。真核bZIP转录因子超家族成员含有介导序列特异性DNA结合的 基本区，随后是二聚化所需的亮氨酸拉链区。SEQID NO :1437列出在本文标识为Ceres ME20628 (SEQ ID NO 1437)的拟南芥克隆的氨基酸序列，预测其编码含有bZIP 1结构域的 多肽。B交互BLAST鉴定的功能同系物在一些实施方案中，由上文所示Pfam描述的一个或多个限定的参考低氮耐受调 节多肽的一种或多种功能同系物适合用作低氮耐受调节多肽。功能同系物是与参考多肽具 有序列相似性并且执行参考序列的一种或多种生化或生理功能的多肽。功能同系物和参考 多肽可以是天然存在的多肽，而序列相似性可能是由于趋同或趋异的进化事件。因此，功能 同系物有时在文献中指定为同系物或直系同源物或旁系同源物。天然存在的功能同系物的 变体，例如野生型编码序列的突变体编码的多肽，自身可以是功能同系物。功能同系物的产 生还可以通过低氮耐受调节多肽的编码序列的定点突变，或者通过组合来自不同的天然存 在的低氮耐受调节多肽的编码序列的结构域(“结构域交换”)。术语“功能同系物”有时 应用于编码功能同源多肽的核酸。功能同系物可以通过分析核苷酸和多肽序列比对来鉴定。例如，对核苷酸或多肽 序列数据库进行查询可以鉴定低氮耐受调节多肽的同系物。序列分析可以包括非冗余数据 库的BLAST、交互BLAST或PSI-BLAST分析，其使用低氮耐受调节多肽氨基酸序列作为参考 序列。在一些情况下，氨基酸序列从核苷酸序列推导。数据库中具有超过20%序列同一性 的那些多肽是进一步评估作为低氮耐受调节多肽适合性的候选物。氨基酸序列相似性允许 保守的氨基酸取代，例如一个疏水残基取代另一个疏水残基，或者一个极性残基取代另一 个极性残基。如果需要，可以进行这种候选物的人工检验以缩减进一步评估的候选物数目。 可以通过选择显示出具有低氮耐受调节多肽中存在的结构域(例如，保守的功能结构域) 的那些候选物进行人工检验。保守区可以通过将区定位于低氮耐受调节多肽的一级氨基酸序列中来鉴定，所述 序列是重复的序列，形成某种二级结构(例如，螺旋和β折叠)，建立带正电荷或带负电 荷的结构域，或者代表蛋白基序或结构域。参见，例如万维网上描述多种蛋白基序和结构 ^ W^Wii ^lJ W Pfam 网立占 Sanger, ac. uk/Software/Pfam/ 禾口 pfam· janeIia. org/。 Pfam 数据库包括的信息描述被描述于Sonnhammer等.(1998) Nucl. Acids Res. ,26 320-322 ； Sonnhammer 等.(1997) Proteins, 28 :405_420 ；禾口 Bateman 等.(1999) Nucl. Acids Res.， 27 :260-262。保守区还可以通过比对来自密切相关物种的相同或相关多肽的序列来确定。密切相关物种优选来自相同的科。在一些实施方案中，来自两个不同物种的序列比对是足 够的。通常，表现出至少约40%氨基酸序列同一性的多肽用于鉴定保守区。相关多肽的 保守区表现出至少20 %的氨基酸序列同一性(例如，至少50 %、至少60 %、至少70 %、至 少80%或至少90%的氨基酸序列同一性)。在一些实施方案中，保守区表现出至少92%、 94 %、96 %、98 %或99 %的氨基酸序列同一性。图1和序列表中提供了 SEQ ID NO :3列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实 例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:4、SEQ ID NO :6、SEQ IDNO :8、SEQ ID NO 10,SEQ ID N0:12、SEQ ID N0:14、SEQ ID N0:16、SEQ ID N0:17、SEQ ID NO : 19、SEQ ID NO : 20、SEQ ID N0:21、SEQ IDNO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :3USEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :36、SEQ IDNO :38、SEQ ID NO :39、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :41、SEQ ID NO :42、SEQ ID NO :43、SEQ ID NO :44、SEQ ID NO :45、 SEQ ID NO 46和SEQ IDNO :47。在一些情况下，SEQ ID NO 3的功能同系物的氨基酸序列 与SEQID NO :3所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%, 61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图2和序列表中提供了 SEQ ID NO 49列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:51、SEQ ID NO 53、SEQ ID NO 55、SEQ ID NO :56、 SEQ ID NO 58,SEQ ID NO 60、SEQ IDNO 62、SEQ ID NO :63、SEQ ID NO 64、SEQ ID NO :65、 SEQ ID NO 67,SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70、SEQ ID NO :71、SEQ ID NO 72、SEQ IDNO 73 和SEQ ID NO :75。在一些情况下，SEQ ID NO :49的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0: 49所列氨基酸序列具有至少20 %的序列同一性，例如50 %、52 %、56 %、59 %、61 %、65 %、 70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99% 的序列同一性。图3和序列表中提供了 SEQ ID NO 77列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 78,SEQ ID NO 80、SEQ ID NO 82、SEQ ID NO :84、 SEQ ID NO :85、SEQ ID NO :87、SEQ IDNO :88、SEQ ID NO :90、SEQ ID NO :92、SEQ ID NO 93、SEQ ID NO 95 和 CeresAnnot :839064(SEQ ID NO 1479)。在一些情况下，SEQ ID NO 77的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :77所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或99%的序列同一性。图4和序列表中提供了 SEQ ID NO :100列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =IOUSEQ ID NO 102,SEQ ID NO 104,SEQ ID N0: 106,SEQ ID NO 108,SEQ ID NO 110、SEQID NOrllUSEQ ID NO 113,SEQ ID NO 115,SEQ ID NO :116、SEQ IDNO :117、SEQ ID NO :118、SEQ ID NO :119、SEQ ID NO :120、SEQ IDNO 12USEQ ID NO 122,SEQ ID NO 123,SEQ ID NO 125,SEQ IDNO 126,SEQ ID NO 128,SEQ ID N0:129、SEQ ID NO: 130、SEQ IDNO 131、SEQ ID NO: 132、SEQ ID NO: 133、SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO :135、SEQ ID NO :137、SEQ ID NO :139、SEQ ID NO :141、SEQ ID NO :142、 SEQ ID NO 144, SEQ ID NO 145, SEQ ID NO 146, SEQ ID NO 147, SEQID NO 148, SEQ ID N0:149和SEQ ID NO : 150。在一些情况下，SEQ IDNO :100的功能同系物的氨基酸序列与 SEQ ID NO 100所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50% ,52% ,56% ,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图5和序列表中提供了 SEQ ID NO :152列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:154、SEQ ID N0:156、SEQ ID N0:158、SEQ ID NO 160,SEQ ID N0:162 和 SEQ ID NO : 164。在一些情况下，SEQ ID N0:152 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 152所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图6和序列表中提供了 SEQ ID NO :166列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 168, SEQ ID NO 170, SEQ ID NO 172, SEQ ID NO: 174、SEQ ID N0:177、SEQ ID NO :179、SEQID N0:181、SEQ ID N0:182、SEQ ID N0:183 禾口 SEQ ID NO : 184。在一些情况下，SEQ ID NO :166的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO: 166所列氨基酸序列具有至少20 %的序列同一性，例如50 %、52 %、56 %、59 %、61 %、65 %、 70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图7和序列表中提供了 SEQ ID NO :186列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 188,SEQ ID NO 190,SEQ ID NO 191、SEQ ID N0: 193,SEQ ID NO 194,SEQ ID NO 196、SEQID NO 197、SEQ ID NO 199,SEQ ID NO :201、SEQ ID NO 203,SEQ IDNO 204、SEQ ID N0:205 禾口 SEQ ID NO 206。在一些情况下，SEQ ID N0: 186的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 186所列氨基酸序列具有至少20%的序列 同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、 98%或99%的序列同一性。图8和序列表中提供了 SEQ ID NO :208列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 209,SEQ ID N0:210、SEQ ID NO :214 和 SEQ ID NO :216。在一些情况下，SEQ ID NO 208的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 208所 列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61 %、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图9和序列表中提供了 SEQ ID NO :218列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 220, SEQ ID NO 222, SEQ ID NO :223、SEQ ID NO: 225,SEQ ID NO 227、SEQ ID NO :229、SEQID NO 230、SEQ ID NO :231、SEQ ID NO :232、SEQ ID NO :1039、SEQ IDNO 1049 和 SEQ ID NO :1052。在一些情况下，SEQ ID NO 218 的功能 同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :218所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的 序列同一性。图10和序列表中提供了 SEQ ID NO 234列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:236、SEQ ID NO 238、SEQ ID NO 239、SEQ ID N0:241、SEQ ID NO 242、SEQ ID NO 243 ^P SEQID NO 244。在一些情况下，SEQ ID NO 234 的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :234所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或99%的序列同一性。图11和序列表中提供了 SEQ ID NO 246列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 248, SEQ ID NO 249、SEQ ID NO :251、SEQ ID NO: 253,SEQ ID NO 255,SEQ ID NO 257,SEQID NO 259,SEQ ID NO 260,SEQ ID NO 262,SEQ ID NO :264、SEQ IDNO :265、SEQ ID NO :267、SEQ ID NO :268、SEQ ID NO :270、SEQ IDNO 272,SEQ ID NO :274、SEQ ID NO :276、SEQ ID NO :277、SEQ IDNO :279、SEQ ID NO :281、SEQ ID NO: 283、SEQ ID NO: 285、SEQ IDNO : 286、SEQ ID NO: 287、SEQ ID NO: 288、SEQ ID NO: 290,SEQ IDNO 29USEQ ID NO :292、SEQ ID NO :293、SEQ ID N0:296 禾口 SEQ IDNO :298。在 一些情况下，SEQ ID NO :246的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :246所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图12和序列表中提供了 SEQ ID NO 300列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 302,SEQ ID NO 304、SEQ ID NO 306、SEQ ID N0: 308,SEQ ID N0:310、SEQ ID NO :312、SEQID NO :314、SEQ ID NO :316、SEQ ID NO :318、SEQ ID NO : 319、SEQ IDNO :320、SEQ ID NO : 321、SEQ ID NO :322、SEQ ID NO :323、SEQ IDNO 325,SEQ ID N0:327和SEQ ID NO :329。在一些情况下，SEQ ID NO :300的功能同系物的氨 基酸序列与SEQ ID NO :300所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列同一 性。图13和序列表中提供了 SEQ ID NO 332列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:332、SEQ ID NO 334、SEQ ID NO :335、SEQ ID NO: 336,SEQ ID NO 338、SEQ ID NO :339、SEQID NO :341、SEQ ID NO :342、SEQ ID NO :343、SEQ ID NO :344、SEQ IDNO :345、SEQ ID NO :346、SEQ ID NO :347、SEQ ID NO :348、SEQ IDNO 349,SEQ ID NO :35USEQ ID NO :352、SEQ ID NO 353,SEQ IDNO :354、SEQ ID NO :355、SEQ ID NO356,SEQ ID NO :357,SEQ IDNO358,SEQ ID NO : 359、SEQ ID NO360,SEQ ID NO: 362,SEQ IDNO 363,SEQ ID NO :364、SEQ ID NO :365、SEQ ID NO :366、SEQ IDNO :2541、SEQ ID NO :2542、SEQ ID NO :2543、SEQ ID NO :2544、SEQ IDNO :2546、SEQ ID NO :2548、SEQ ID NO :2549、SEQ ID NO :2550、SEQ IDNO :2551、SEQ ID NO 2552 和 SEQ ID NO :2553。在 一些情况下，SEQ ID NO :332的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :332所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图14和序列表中提供了 SEQ ID NO 368列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 369, SEQ ID NO 370、SEQ ID NO :371、SEQ ID NO: 372,SEQ ID NO :373、SEQ ID NO :374、SEQID NO :376、SEQ ID NO :378、SEQ ID NO :380、SEQ ID NO :382、SEQ IDNO :384、SEQ ID NO :386、SEQ ID NO :388、SEQ ID NO :390、SEQ IDNO 392,SEQ ID NO 394,SEQ ID NO 396,SEQ ID NO 398,SEQ IDNO 399,SEQ ID NO :401、SEQ ID NO :403、SEQ ID NO :404、SEQ IDNO :406、SEQ ID NO :408、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO 412、SEQ IDNO :414、SEQ ID N0:416、SEQ ID N0:418、SEQ ID N0:419、SEQ IDNO 420, SEQ ID NO422,SEQ ID NO 423,SEQ ID NO425,SEQ IDNO :427、SEQ ID NO 428,SEQ ID NO: 430,SEQ ID NO 432,SEQ IDNO :433、SEQ ID NO :434、SEQ ID NO :435、SEQ ID NO :436、SEQ IDNO :437、SEQ ID NO :438、SEQ ID NO :439、SEQ ID NO :440、SEQ IDNO :441、SEQ ID NO 444,SEQ ID NO 445、SEQ ID NO 446、SEQ IDNO 447、SEQ ID NO 448、SEQ ID NO 449、SEQ ID NO :450、SEQ IDNO :451、SEQ ID NO :452、SEQ ID NO :453、SEQ ID NO :454、SEQ IDNO 455,SEQ ID NO 456,SEQ ID NO :458、SEQ ID NO 459,SEQ IDNO 46USEQ ID NO 463,SEQ ID NO 465, SEQ ID NO :467、SEQ IDNO 469, SEQ ID N0:471、SEQ ID NO 473, SEQ ID NO: 474、SEQ IDNO :475、SEQ ID NO 477,SEQ ID NO 479,SEQ ID N0:481、SEQ IDNO 483,SEQ ID NO485,SEQ ID NO 487,SEQ ID NO 488,SEQ IDNO 489,SEQ ID NO490,SEQ ID NO: 49USEQ ID NO 492,SEQ IDNO :494、SEQ ID NO 495、SEQ ID NO 496、SEQ ID NO 497、SEQ IDNO :498、SEQ ID NO :499、SEQ ID NO :500、SEQ ID NO :501、SEQ IDNO :502、SEQ ID NO 504、SEQ ID NO 505, SEQ ID NO 506, SEQ ID NO 507 和 SEQ ID NO 508。在一些情况下， SEQ ID NO :368的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :368所列氨基酸序列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%, 95%、97%、98%或99%的序列同一性。图15和序列表中提供了 SEQ ID NO 510列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 511, SEQ ID NO :513、SEQ ID NO :515、SEQ ID N0:517、SEQ ID NO :521、SEQ ID NO :523、SEQID NO :525、SEQ ID NO :527、SEQ ID NO :529、 SEQ ID N0:530和SEQ IDNO :531。在一些情况下，SEQ ID NO :510的功能同系物的氨基酸序 列与SEQ ID NO 510所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图16和序列表中提供了 SEQ ID NO 533列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:535、SEQ ID NO 536、SEQ ID NO 538、SEQ ID NO 539,SEQ ID NO :541、SEQ ID NO :542、SEQID NO 543、SEQ ID NO 544、SEQ ID NO 545、 SEQ ID NO 546, SEQ IDNO :547、SEQ ID NO 548, SEQ ID NO :550、SEQ ID NO 552, SEQ ID NO 553和SEQ ID NO :554。在一些情况下，SEQ ID NO 533的功能同系物的氨基酸序列与 SEQ ID NO 533所列氨基酸序列具有至少20 %的序列同一性，例如50 %、52 %、56 %、59 %、 61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99% 的序列同一性。图17和序列表中提供了 SEQ ID NO 558列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 559, SEQ ID NO 560、SEQ ID NO :561、SEQ ID NO: 562,SEQ ID NO 563、SEQ ID NO :564、SEQID NO 565、SEQ ID NO :566、SEQ ID NO :567、SEQ ID NO :569、SEQ IDNO :571、SEQ ID NO :572、SEQ ID NO :573、SEQ ID NO :575、SEQ IDNO 576、SEQ ID NO :577、SEQ ID NO :578、SEQ ID NO :579、SEQ IDNO :581、SEQ ID NO :583、 SEQ ID N0:584、SEQ ID NO 585,SEQ IDNO :586、SEQ ID NO588,SEQ ID NO :589、SEQ ID N0:590和SEQ IDNO :591。在一些情况下，SEQ ID NO :558的功能同系物的氨基酸序列与 SEQ ID NO 558所列氨基酸序列具有至少20 %的序列同一性，例如50 %、52 %、56 %、59 %、 61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图18和序列表中提供了 SEQ ID NO 593列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:595、SEQ ID NO 597、SEQ ID NO 599、SEQ ID N0:601、SEQ ID NO 603,SEQ ID NO :605、SEQID NO 607,SEQ ID NO 609,SEQ ID NO 610 和SEQ ID N0:611。在一些情况下，SEQ ID NO :593的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :593所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图19和序列表中提供了 SEQ ID NO 613列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:615、SEQ ID NO :617、SEQ ID NO :618、SEQ ID NO: 620,SEQ ID N0:622、SEQ ID NO :624、SEQID NO :626、SEQ ID NO :628、SEQ ID NO :630、SEQ ID NO :632、SEQ IDNO :634、SEQ ID NO :636、SEQ ID NO :638、SEQ ID NO :640、SEQ IDNO 642,SEQ ID NO :643和SEQ ID NO :644。在一些情况下，SEQ ID NO :613的功能同系物的氨 基酸序列与SEQ ID NO :613所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列同一 性。图20和序列表中提供了 SEQ ID NO 646列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 648, SEQ ID NO :650、SEQ ID NO :652、SEQ ID NO: 654,SEQ ID NO :656、SEQ ID NO :658、SEQID NO :660、SEQ ID NO :662、SEQ ID NO :664、SEQ ID NO :666、SEQ IDNO :668、SEQ ID NO :670、SEQ ID NO :672、SEQ ID NO :674、SEQ IDNO 676,SEQ ID NO 678,SEQ ID NO 679,SEQ ID NO 680,SEQ IDNO 68USEQ ID NO 682,SEQ ID N0:683和SEQ ID NO :685。在一些情况下，SEQ ID NO :646的功能同系物的氨基酸序 列与SEQ ID NO 646所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图21和序列表中提供了 SEQ ID NO 687列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 689,SEQ ID NO :691、SEQ ID NO 693、SEQ ID N0: 694,SEQ ID NO :696、SEQ ID NO :697、SEQID NO 699、SEQ ID NO :701、SEQ ID NO :703、SEQ ID NO :705、SEQ IDNO :706、SEQ ID NO :708、SEQ ID NO :710、SEQ ID NO :712、SEQ IDNO 714,SEQ ID N0:716、SEQ ID NO :718、SEQ ID NO :720、SEQ IDNO :721、SEQ ID NO :722、SEQ ID NO :723、SEQ ID NO :724、SEQ IDNO :725、SEQ ID NO :726、SEQ ID NO 727 和 SEQ ID NO :728。在一些情况下，SEQ ID NO 687的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 687所 列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%, 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图22和序列表中提供了 SEQ ID NO 730列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:732、SEQ ID NO 733、SEQ ID NO 735、SEQ ID NO 737,SEQ ID NO 738 和 SEQ ID NO 742。在一些情况下，SEQ ID NO :730 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 730所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图23和序列表中提供了 SEQ ID NO 746列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:748、SEQ ID NO 750、SEQ ID NO :751、SEQ ID NO 753,SEQ ID NO 755、SEQ ID NO :757、SEQID NO 758、SEQ ID NO 760、SEQ ID NO :761、 SEQ ID N0:762、SEQ IDNO :763、SEQ ID NO 765 禾口 SEQ ID NO 767。在一些情况下，SEQ ID NO :746的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :746所列氨基酸序列具有至少20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%, 97 %、98 %或99 %的序列同一性。
图24和序列表中提供了 SEQ ID NO 769列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 771, SEQ ID NO 773、SEQ ID NO 775、SEQ ID NO 777,SEQ ID NO 779、SEQ ID NO :781、SEQID NO 783、SEQ ID NO 785、SEQ ID NO 787、 SEQ ID N0:789和SEQ IDNO 790。在一些情况下，SEQ ID NO :769的功能同系物的氨基酸序 列与SEQ ID NO 769所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图25和序列表中提供了 SEQ ID NO 792列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 794, SEQ ID NO 796、SEQ ID NO 798、SEQ ID NO: 799,SEQ ID NO :80USEQ ID NO 803,SEQID NO 805,SEQ ID NO 807,SEQ ID NO :808,SEQ ID NO :810、SEQ IDNO :812、SEQ ID NO :814、SEQ ID NO :816、SEQ ID NO :818、SEQ IDNO 819、SEQ ID NO :820、SEQ ID NO 821 和 SEQ ID NO :822。在一些情况下，SEQ ID NO 792 的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :792所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或99%的序列同一性。图26和序列表中提供了 SEQ ID NO 824列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括但不限于SEQ ID NO 826,SEQ IDNO 1696、SEQ ID NO :1698、 SEQ ID NO :1700、SEQ ID NO :1702、SEQID NO :1704、SEQ ID NO :1706、SEQ ID NO :1708、 SEQ ID NO 1710,SEQID NO 171U SEQ ID N0:1713、SEQ ID NO 1714,SEQ ID N0:1715 禾口 SEQID NO 1716。在一些情况下，SEQ ID NO :824的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0: 824所列氨基酸序列具有至少20 %的序列同一性，例如50 %、52 %、56 %、59 %、61 %、65 %、 70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图27和序列表中提供了 SEQ ID NO 828列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 830, SEQ ID NO :832、SEQ ID NO :834、SEQ ID NO: 836,SEQ ID NO :837、SEQ ID NO :838、SEQID NO :839、SEQ ID NO :840、SEQ ID NO :842、SEQ ID N0:844、SEQ IIDNO 845,SEQ ID NO 846,SEQ ID NO 847,SEQ ID NO 848,SEQ IDNO 849,SEQ ID NO :850和SEQ ID NO :851。在一些情况下，SEQ ID NO :828的功能同系物的氨 基酸序列与SEQ ID NO :828所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列同一 性。图28和序列表中提供了 SEQ ID NO 855列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 856,SEQ ID NO :858、SEQ ID NO 860、SEQ ID N0: 862,SEQ ID NO :864、SEQ ID NO :866、SEQID NO 868、SEQ ID NO 870、SEQ ID NO :872、SEQ ID NO :874、SEQ IDNO :876、SEQ ID NO :878、SEQ ID NO :880、SEQ ID NO :882、SEQ IDNO 884,SEQ ID NO :885、SEQ ID NO :886、SEQ ID NO :887、SEQ ID NO :888 禾口 SEQ ID NO :889。 在一些情况下，SEQ ID NO :855的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :855所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图29和序列表中提供了 SEQ ID NO 891列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 893,SEQ ID NO :894、SEQ ID NO 895、SEQ ID N0:
37896,SEQ ID NO 898,SEQ ID NO 900,SEQID NO :90USEQ ID NO 902,SEQ ID NO 903,SEQ ID NO :904、SEQ IDNO :905、SEQ ID NO :907、SEQ ID NO :908、SEQ ID NO :909、SEQ IDNO 910,SEQ ID N0:911、SEQ ID NO :912、SEQ ID N0:913、SEQ ID N0:914 禾口 SEQ ID NO :915。 在一些情况下，SEQ ID NO :891的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0:891所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图30和序列表中提供了 SEQ ID NO 917列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:919、SEQ ID NO :921、SEQ ID NO :923、SEQ ID N0:925、SEQ ID NO :927、SEQ ID NO :929、SEQID NO :931、SEQ ID NO :933、SEQ ID NO :935、 SEQ ID N0:937、SEQ IDNO :939 和 SEQ ID NO :940。在一些情况下，SEQ ID NO :917 的功能 同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :917所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的 序列同一性。图31和序列表中提供了 SEQ ID NO 944列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 946,SEQ ID NO :947、SEQ ID NO 948、SEQ ID N0: 950,SEQ ID N0:952、SEQ ID NO :954、SEQID NO :956、SEQ ID NO :958、SEQ ID NO :960、SEQ ID NO :962、SEQ IDNO :964、SEQ ID NO :966、SEQ ID NO :967、SEQ ID NO :968、SEQ IDNO 969、SEQ ID NO :970、SEQ ID NO 972 和 SEQ ID NO :974。在一些情况下，SEQ ID NO 944 的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :944所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一 性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或99%的序列同一性。图32和序列表中提供了 SEQ ID NO 976列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括但不限于SEQ ID N0:978和SEQID NO 980。在一些情况下， SEQ ID NO :976的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :976所列氨基酸序列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%, 95%、97%、98%或99%的序列同一性。图33和序列表中提供了 SEQ ID NO 982列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:984、SEQ ID NO :985、SEQ ID NO 986、SEQ ID NO: 987,SEQ ID NO :988、SEQ ID NO :989,SEQID NO 990,SEQ ID NO :99USEQ ID NO :992,SEQ ID NO 993, SEQ IDNO :995、SEQ ID NO 996, SEQ ID NO 998, SEQ ID NO 1000, SEQ IDNO 1001、SEQ ID NO :1003、SEQ ID NO :1005、SEQ ID NO :1007、SEQ IDNO :1008、SEQ ID NO 1009、SEQ ID NO :1011、SEQ ID NO :1013、SEQ IDNO :1015、SEQ ID NO :1016、SEQ ID NO 1018、SEQ ID NO :1019、SEQ IDNO :1021、SEQ ID NO :1023、SEQ ID NO :1025、SEQ ID NO 1026、SEQ IDNO :1027、SEQ ID NO :1028、SEQ ID NO :1029、SEQ ID NO :1030、SEQID NO 1031、SEQ ID N0:1032 和 SEQ ID NO :1033。在一些情况下，SEQID NO :982 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 982所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图34和序列表中提供了 SEQ ID NO :1054列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1055,SEQ ID NO =1057,SEQ ID NO 1058、SEQ ID NO 1059,SEQ ID NO 1061,SEQ IDNO 1063,SEQ ID NO 1065,SEQ ID NO 1067,SEQ ID NO 1068,SEQ IDNO 1070、SEQ ID NO 1071,SEQ ID NO 1072、SEQ ID NO 1074,SEQ IDNO 1075、SEQ ID NO :1076、SEQ ID NO :1077、SEQ ID NO :1078、SEQID NO :1080、SEQ ID NO 1082、SEQ ID N0:1083、SEQ ID N0:1085、SEQ ID N0:1086、SEQ ID N0:1087、SEQ ID NO: 1088、SEQ ID N0:1089、SEQ ID N0:1090、SEQ ID N0:1091、SEQ ID N0:1092、SEQ ID NO: 1093、SEQ ID NO 1094, SEQ ID N0:1095 和 SEQ ID N0:1097。在一些情况下，SEQ ID NO: 1054的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1054所列氨基酸序列具有至少20%的序列 同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、 98%或99%的序列同一性。图35和序列表中提供了 SEQ ID NO :1099列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO :110USEQ ID NO 1103,SEQ ID NO 1104,SEQ ID N0:1105、SEQ ID NO 1106、SEQ ID NO 1108、SEQ ID N0:1109 和 SEQ ID NO 11100 在一 些情况下，SEQ ID N0:1099的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1099所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图36和序列表中提供了 SEQ ID NO :1112列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID N0:1113和SEQ ID NO :1114。在一些情况下，SEQ ID NO 1112的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO 1112所列氨基酸序列具有至少20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%, 97 %、98 %或99 %的序列同一性。图37和序列表中提供了 SEQ ID NO :1116列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:1118、SEQ ID NO 1120、SEQ ID NO =1122,SEQ ID NO :1123、SEQ ID NO :1125、SEQ ID NO :1126、SEQ ID NO :1128、SEQ ID NO :1129、SEQ ID NO 1131, SEQ IDNO 1132, SEQ ID NO 1133、SEQ ID N0:1134、SEQ ID NO 1136、SEQ IDNO 1138、SEQ ID N0:1140、SEQ ID NO: 1141、SEQ ID NO: 1142、SEQ IDNO 1143、SEQ ID NO :1144、SEQ ID NO :1145、SEQ ID NO :1147、SEQID NO :1149、SEQ ID NO :1151、SEQ ID N0:1153和SEQ ID NO :1155。在一些情况下，SEQ ID NO :1116的功能同系物的氨基酸序 列与SEQ ID NO :1116所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、56%、 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图38和序列表中提供了 SEQ ID NO :1159列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO :116USEQ IDNO 1162、SEQ ID N0:1163和SEQ ID NO :1164。在一些情况下，SEQ IDNO :1159的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0:1159所 列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50 %、52%、56 %、59%、61 %、65%、70 %、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99% 的序列同一性。图39和序列表中提供了 SEQ ID NO :1166列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID N0:1167、SEQ IDNO =1169, SEQ ID NO 1171、SEQ ID NO 1173,SEQ ID NO 1175,SEQ IDNO 1177、SEQ ID NO 1179,SEQ ID NO 1180、SEQ ID NO 1182和SEQ IDNO :1183。在一些情况下，SEQ ID NO 1166的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1166所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99% 的序列同一性。图40和序列表中提供了 SEQ ID NO :1185列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 1187,SEQ IDNO 1189,SEQ ID NO 1190、SEQ ID N0:1191和SEQ ID NO :1192。在一些情况下，SEQ ID NO :1185的功能同系物的氨基酸序 列与SEQ ID NO :1185所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、56%、 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图41和序列表中提供了 SEQ ID NO :1194列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO 1196,SEQ ID NO 1198,SEQ ID NO =1200,SEQ ID NO :1202、SEQ ID NO :1203、SEQ ID NO :1204、SEQ ID NO :1205、SEQ ID NO :1206、SEQ ID N0:1207和SEQ ID NO 1208。在一些情况下，SEQ ID NO :1194的功能同系物的氨基酸序 列与SEQID NO :1194所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图42和序列表中提供了 SEQ ID NO :1210列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 1211, SEQ IDNO =1213, SEQ ID NO =1215, SEQ ID N0:1216、SEQ ID NO :1218、SEQ IDNO 1220,SEQ ID NO : 1222、SEQ ID NO 1224,SEQ ID NO 1226,SEQ IDNO : 1228、SEQ ID NO 1229,SEQ ID NO : 1230、SEQ ID NO :1232、SEQID NO:
1233、SEQIDNO:1234、SEQIDNO 1235、SEQIDNO:1236、SEQIDNO:1237、SEQIDNO1238、SEQIDNO:1239、SEQIDNO 1240、SEQIDNO:1241、SEQIDNO:1242、SEQIDNO1243、SEQIDNO:1244、SEQIDNO 1245、SEQIDNO:1246、SEQIDNO:1247、SEQIDNO1248、SEQIDNO:1249、SEQIDNO 1251、SEQIDNO:1253、SEQIDNO:1255、SEQIDNO1257、SEQIDNO:1259、SEQIDNO 1261、SEQIDNO:1263、SEQIDNO:1264、SEQIDNO1265、SEQIDNO:1266、SEQIDNO 1267、SEQIDNO:1268、SEQIDNO:1269、SEQIDNO1270、SEQIDNO1271和 SEQ ID NO1272。在一些情况下，SEQ ID NO 1210的功能同系物
的氨基酸序列与SEQ ID NO : 1210所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列
同一性。图43和序列表中提供了 SEQ ID NO :1274列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1276,SEQ ID NO 1278、SEQ ID NO =1280,SEQ ID NO 1281,SEQ ID NO 1282,SEQ IDNO 1284,SEQ ID NO 1285,SEQ ID NO 1287,SEQ ID NO 1289,SEQ IDNO 129USEQ ID NO 1293、SEQ ID NO 1294,SEQ ID NO 1295、SEQ IDNO 1296、SEQ ID NO 1297, SEQ ID N0:1298 和 SEQ ID NO 1300。在一些情况下，SEQ ID N0: 1274的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :1274所列氨基酸序列具有至少20%的序列 同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、 98%或99%的序列同一性。图44和序列表中提供了 SEQ ID NO 1302列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1303,SEQ ID NO 1305、SEQ ID NO 1307,SEQ ID NO 1309,SEQ ID NO 131USEQ IDNO :1312、SEQ ID N0:1313、SEQ ID NO :1314、SEQ ID N0:1315、SEQ IDNO :1317、SEQ ID NO :1318、SEQ ID N0:1319、SEQ ID NO : 1320、SEQ IDNO 1321、SEQ ID NO :1322、SEQ ID NO :1323、SEQ ID NO :1324、SEQ IDNO :1325、SEQ ID NO 1326、SEQ ID NO :1327、SEQ ID NO :1328、SEQID NO :1330、SEQ ID NO :1331、SEQ ID NO 1333、SEQ ID NO :1334、SEQID NO :1335、SEQ ID NO :1336、SEQ ID NO :1337、SEQ ID NO 1338, SEQID N0:1339 和 SEQ ID NO 1340。在一些情况下，SEQ ID NO :1302 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 1302所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图45和序列表中提供了 SEQ ID NO :1342列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括SEQ ID NO =1344,SEQ ID NO =1346,SEQ ID NO =1348,SEQ ID NO :1350、SEQ ID NO :1352、SEQ ID NO :1354、SEQ ID NO :1355、SEQ ID NO :1357、SEQ ID NO 1358,SEQ IDNO 1360,SEQ ID NO 1361,SEQ ID NO 1362,SEQ ID NO 1363,SEQ IDNO 1364、SEQ ID NO :1366、SEQ ID NO :1367、SEQ ID NO :1369、SEQ IDNO :1370、SEQ ID NO 1371、SEQ ID NO :1372、SEQ ID NO :1373、SEQ IDNO :1374、SEQ ID NO :1375、SEQ ID NO 1376、SEQ ID NO :1377、SEQ IDNO :1378、SEQ ID NO :1379、SEQ ID NO :1380、SEQ ID NO 138USEQ IDNO :1382 和 SEQ ID NO :1383。在一些情况下，SEQ ID NO :1342 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 1342所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图46和序列表中提供了 SEQ ID NO :1385列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 1387,SEQ ID NO 1389、SEQ ID NO =1390,SEQ ID NO 1391,SEQ ID NO 1393,SEQ IDNO 1394,SEQ ID NO 1395,SEQ ID NO 1396,SEQ ID NO 1398,SEQ IDNO 1400、SEQ ID NO 1401,SEQ ID NO 1402、SEQ ID NO 1403,SEQ IDNO 1404, SEQ ID N0:1405 和 SEQ ID NO 1407。在一些情况下，SEQ IDNO :1385 的功能同系物 的氨基酸序列与SEQ ID NO 1385所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的序列 同一性。图47和序列表中提供了 SEQ ID NO :1409列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 1411, SEQ IDNO 1413、SEQ ID NO =1415, SEQ ID N0:1417、SEQ ID NO :1418、SEQ IDNO 1419,SEQ ID NO 1421、SEQ ID NO 1423,SEQ ID NO :1424、SEQ IDNO 1425 和 SEQ ID NO :1426。在一些情况下，SEQ ID NO 1409 的功能同 系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1409所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的 序列同一性。图48和序列表中提供了 SEQ ID NO :1428列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1430,SEQ ID NO 1432、SEQ ID NO =1434,SEQ ID NO :1436、SEQ ID NO :1439、SEQ ID NO :1442、SEQ ID NO :1444、SEQ ID NO :1446、SEQ ID NO :1448、SEQ ID NO :1450、SEQ ID NO :1452、SEQ ID NO :1453、SEQ ID NO :1454、SEQ ID NO 1455,SEQ ID NO 1456、SEQ ID NO 1457、SEQ ID N0:1458 和 SEQ ID N0:1459。在 一些情况下，SEQ ID NO: 1428的功能同系物的氨基酸序列与SEQID NO 1428所列氨基酸序列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%, 85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图49和序列表中提供了 SEQ ID NO :1463列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1465,SEQ ID NO 1467、SEQ ID NO =1469,SEQ ID NO 1471, SEQ ID N0:1473、SEQ ID N0:1474、SEQ ID NO : 1475、SEQ ID N0:1476 和 SEQ ID NO 1477ο在一些情况下，SEQ ID NO 1463的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1463所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%, 65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图50和序列表中提供了 SEQ ID NO :1491列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1493,SEQ ID NO 1495、SEQ ID NO =1497,SEQ ID NO 1499,SEQ ID NO 1501,SEQ IDNO 1503、SEQ ID NO 1504,SEQ ID NO 1505、SEQ ID NO 1506和SEQ IDNO :1508。在一些情况下，SEQ ID NO 1491的功能同系物的氨基酸序列 与SEQ ID NO 1491所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%, 59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%,97%,98%^； 99%的序列同一性。图51和序列表中提供了 SEQ ID NO :1510列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1512, SEQ IDNO 1514、SEQ ID NO 1516、SEQ ID N0:1518、SEQ ID N0:1520、SEQ IDNO 1522 和 SEQ ID NO :1523。在一些情况下，SEQ ID NO :1510的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO :1510所列氨基酸序列具有至少20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%,90%,95%, 97 %、98 %或99 %的序列同一性。图52和序列表中提供了 SEQ ID NO :1525列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1527,SEQ ID NO 1529、SEQ ID NO =1530,SEQ ID NO 1532,SEQ ID N0:1534 和 SEQ ID NO :1535。在一些情况下，SEQ ID N0:1525 的功能 同系物的氨基酸序列与SEQID NO 1525所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 的 序列同一性。图53和序列表中提供了 SEQ ID NO :1537列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列 的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1539,SEQ IDNO 1540、SEQ ID NO 1541、SEQ ID NO 1543,SEQ ID NO 1545,SEQ IDNO 1547,SEQ ID NO 1548、SEQ ID NO 1550,SEQ ID NO: 1552、SEQID NO :2386、SEQ ID NO :2388、SEQ ID NO :2390、SEQ ID NO 2391 和 SEQID NO 2392。在一些情况下，SEQ ID NO 1537的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0:1537所 列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%、52%、56%、59%、61 %、65%、70%、 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图54和序列表中提供了 SEQ ID NO :1554列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1555,SEQ ID NO :1557、SEQ ID NO =1559,SEQ ID NO 1561,SEQ ID NO 1563,SEQ IDNO 1565,SEQ ID NO 1567,SEQ ID NO 1569,SEQ ID NO 1571, SEQ IDNO 1572、SEQ ID NO 1573、SEQ ID N0:1574 和 SEQ ID N0:1575。在一 些情况下，SEQ ID NO :1554的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1554所列氨基酸序 列具有至少 20% 的序列同一性，例如 50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%,80%,85%、90%、95%、97%、98%或 99% 的序列同一性。 图55和序列表中提供了 SEQ ID NO :1577列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =1035,SEQ ID NO 1036、SEQ ID NO 1037,SEQ ID NO :1040、SEQ ID NO :1041、SEQ ID NO :1043、SEQ ID NO :1044、SEQ ID NO :1046、SEQ ID NO :1047、SEQ ID NO :1048、SEQ ID NO :1050、SEQ ID NO :1440、SEQ ID NO :1480、SEQ
IDNO 1481、SEQID NO 1482、SEQID NO 1483, SEQ ID NO 1484, SEQ IDNO 1485、SEQ IDNO 1486、SEQIDNO 1487、SEQIDNO 1488、SEQID NO1578、SEQIDNO1580、SEQIDNO1582、SEQIDNO:1584、SEQIDNO:1586、SEQIDNO1588、SEQIDNO1590、SEQIDNO1592、SEQIDNO:1594、SEQIDNO:1596、SEQIDNO1598、SEQIDNO1599、SEQIDNO1601、SEQIDNO:1602、SEQIDNO:1605、SEQIDNO1607、SEQIDNO1608、SEQIDNO1609、SEQIDNO:1611、SEQIDNO:1613、SEQIDNO1615、SEQIDNO1617、SEQIDNO1619、SEQIDNO:1621、SEQIDNO:1622、SEQIDNO1623、SEQIDNO1624、SEQIDNO1625、SEQIDNO:1627、SEQIDNO:1629、SEQIDNO1631、SEQIDNO1633、SEQIDNO1635、SEQIDNO:1637、SEQIDNO:1639、SEQIDNO1643、SEQIDNO1645、SEQIDNO1648、SEQIDNO1649, SEQIDNO:1651 和 SEQ ID N0:1653。在一些情况下，SEQIDNO
1577的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID NO 1577所列氨基酸序列具有至少20%的序列 同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、 98%或99%的序列同一性。图56和序列表中提供了 SEQ ID NO :1437列出的多肽的功能同系物的氨基酸序 列的实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO 173,SEQ ID N0:212、SEQ ID N0:361、SEQ ID NO 421、SEQ ID NO :443、SEQ ID NO :740、SEQID NO :744、SEQ ID NO 942 和 SEQ ID NO 1461。在一些情况下，SEQ IDNO 1437的功能同系物的氨基酸序列与SEQ ID N0:1437所 列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%,61%,65%,70%, 75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%的序列同一性。图57和序列表中提供了 SEQ ID NO :97列出的多肽的功能同系物的氨基酸序列的 实例。这种功能同系物包括 SEQ ID NO =2010, SEQ ID NO :2011、SEQ ID NO :2013、SEQ ID NO =2015, SEQ ID NO :2017。在一些情况下，SEQ ID NO :97的功能同系物的氨基酸序列与 SEQ ID NO :97所列氨基酸序列具有至少20%的序列同一性，例如50%,52%,56%,59%, 61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99% 的序列同一性。低氮耐受调节多肽中保守区的鉴定促进低氮耐受调节多肽变体的产生。低氮耐受 调节多肽的变体通常在一级氨基酸序列中具有10个或更少的保守氨基酸取代，例如7个或 更少的保守氨基酸取代，5个或更少的保守氨基酸取代，或者1至5个保守取代。可基于图 1-57所列比对之一和/或序列表中鉴定的同系物构建有用的变体多肽。这种多肽包括保守 区，以图中所示顺序从氨基末端到羧基末端排列。这种多肽还可以在短划线标记的位置包 括0、1或多于1个的氨基酸。当短划线标记位置不存在氨基酸时，这种多肽的长度是所有 保守区中的氨基酸残基的总和。当短划线标记的所有位置存在氨基酸时，这种多肽的长度 是所有保守区和所有短划线处的氨基酸残基的总和。C. HMMER鉴定的功能同系物在一些实施方案中，有用的低氮耐受调节多肽包括拟合基于图1-57任一个所列多肽的隐马尔可夫模型的那些。隐马尔可夫模型(HMM)是一组功能同系物的共有序 列的统计模型。参见 Durbin 等.(1998)BiologicalSequence Analysis probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids (生物序列分析蛋白质和核酸的可能模型)， Cambridge University Press，Cambridge，UK。HMM 通过具有默认程序参数的程序 HMMER 2. 3. 2产生，使用功能同系物组的序列作为输入。多序列比对通过ProbCons (Do等.(2005) Genome Res. ,15(2) :330_40)版本 1. 11 产生，使用一组默认参数-c、— 一致性 REPS 为 2 ；-ir、—迭代改进 REPS 为 100 ；-pre、一预培训 REPS 为 O。ProbConss 是 Stanford University提供的共用软件程序。构建HMM(hmmbuild)的默认参数如下MAP组织构造使用的默认“优先组 织” (archpri)是0. 85，且用于确定有效序列号的默认截止阈值(idlevel)是0.62。HMMER 2. 3. 2根据GNU通用公共许可在2003年10月3日发布，并且可获自万维网上多种来源，例 如 hmmer. janelia. org ；hmmer. wustl. edu ；禾口 fr. com/hmmer232/。Hmmbuild 输出文本文件 的模型。一组功能同系物的HMM可用于确定如下可能性候选低氮耐受调节多肽序列与拟 合使用结构或功能上不相关的一组序列产生的无效HMM相比，更好地拟合该特定HMM。候选 多肽序列比拟合无效HMM更好地拟合一种HMM的可能性由HMM 二进制值表明，HMM 二进制 值是候选序列使用HMMER hmmsearch程序拟合HMM概况时产生的数值。当运行hmmsearch 时使用下述默认参数默认的截止E值(E)是10. 0，默认的截止二进制值(T)是负无穷，默 认的数据库序列数(Z)是数据库中实际序列数，每个域分级匹配列表(per-domairmmked hit list)的默认截止E值(domE)是无穷大，且每个域分级匹配列表的默认截止二进制值 (domT)是负无穷。高HMM 二进制值表明下述更大的可能性候选多肽实施用来产生HMM的 多肽的生化或生理功能的一种或多种。高HMM 二进制值是至少20，并且通常更高。特定序列 的HMM 二进制值的略微变化可能由于诸如下述因素而发生序列通过多序列比对算法(例 如ProbCons程序)进行比对的顺序。然而，这种HMM 二进制值变化很小。下文讨论的低氮耐受调节多肽以大于20 (例如，大于30、40、50、60、70、80、90、 100、200、300、400或500)的HMM 二进制值拟合所示HMM。在一些实施方案中，下文讨论的 低氮耐受调节多肽的HMM二进制值是本申请序列表提供的功能同系物的HMM二进制值的约 50 %、60 %、70 %、80 %、90 %或95 %。在一些实施方案中，下文讨论的低氮耐受调节多肽以 大于20的HMM 二进制值拟合所示HMM，并且具有指示低氮耐受调节多肽的结构域。在一些 实施方案中，下文讨论的低氮耐受调节多肽以大于20的HMM二进制值拟合所示HMM，并且与 图1-57任一个所示氨基酸序列具有70%或更高序列同一性(例如75%、80%、85%、90%、 95%或100%序列同一性)。序列表中显示拟合图1所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过800的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:3、SEQ ID NO :4、SEQ ID N0:6、SEQ ID N0:8、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO 17,SEQ IDNO 19,SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO 25,SEQ ID NO :27、SEQ ID NO :29、SEQ ID NO :31、SEQ IDNO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO :39、SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :41、SEQ ID NO :42、SEQ ID NO :43、SEQ IDNO :44、SEQ ID NO :45、SEQ ID NO 46 和 SEQ ID NO :47。
序列表中显示拟合图2所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过150的多 肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 49, SEQ ID N0:51、SEQ ID NO :53、SEQ ID NO :55、SEQ ID NO :56、SEQ ID NO :58、SEQ ID NO :60、SEQ ID NO :62、SEQ ID NO 63,SEQ IDNO 64、SEQ ID NO :65、SEQ ID NO 67、SEQ ID NO 69、SEQ ID NO 70、SEQ ID N0:71、SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 73 禾口 SEQ ID NO :75。序列表中显示拟合图3所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过540的多 肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 77, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO :80、SEQ ID NO :82、SEQ ID NO :84、SEQ ID NO :85、SEQ ID NO :87、SEQ ID NO :88、SEQ ID NO90,SEQ IDNO 92,SEQ ID NO93,SEQ ID NO 95 禾口 SEQ ID N0:1479。序列表中显示拟合图4所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过210的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:100、SEQ ID NO =IOU SEQ ID NO: 102、SEQ ID NO: 104、SEQ IDNO 106、SEQ ID NO: 108、SEQ ID NO: 110、SEQ ID NOrlll.SEQ ID NO 113,SEQ ID NO : 115、SEQ ID NO 116,SEQ IDNO : 117、SEQ ID N0:118、 SEQID NO :119、SEQ ID NO :120、SEQ ID NO :121、SEQ ID NO :122、SEQ IDNO :123、SEQ ID NO 125,SEQ ID NO :126、SEQ ID NO 128,SEQ IDNO 129,SEQ ID NO 130,SEQ ID N0:131、 SEQ ID NO 132,SEQ ID NO 133,SEQ ID NO 134,SEQ ID NO 135,SEQ ID NO 137,SEQ ID NO 139,SEQ ID NO 141,SEQ ID NO : 142、SEQ ID NO : 144、SEQ ID NO 145,SEQID N0:146、 SEQ ID NO: 147、SEQ ID NO: 148、SEQ ID NO: 149 禾口 SEQ IDNO : 150。序列表中显示拟合图5所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过90的多 肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:152、SEQ ID N0:154、SEQ ID NO: 156、SEQ ID NO: 158、SEQ IDNO : 160、SEQ ID NO: 162 禾口 SEQ ID NO: 164。序列表中显示拟合图6所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过230的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 166,SEQ ID NO 168、SEQ ID N0:170、SEQ ID NO: 172、SEQ IDNO 174、SEQ ID NO: 177、SEQ ID NO: 179、SEQ ID NO: 181、SEQ ID NO: 182、SEQ ID NO: 183、和 SEQ ID NO: 184。序列表中显示拟合图7所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过90的多 肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:186、SEQ ID NO 188、SEQ ID NO 190,SEQ ID NO 191、SEQ ID NO 193,SEQ ID NO 194、SEQ ID NO 196,SEQ ID N0: 197,SEQ ID NO 199,SEQ ID N0:201、SEQ ID NO 203,SEQ ID NO 204,SEQ ID NO 205 禾口 SEQID NO :206。序列表中显示拟合图8所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过380的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 208,SEQ ID NO 209、SEQ ID N0:210、SEQ ID N0:214 禾口 SEQ IDNO 216。序列表中显示拟合图9所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过110的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:218、SEQ ID NO 220、SEQ ID N0:222、SEQ ID NO: 223、SEQ IDNO 225、SEQ ID NO: 227、SEQ ID NO: 229、SEQ ID NO: 230,SEQ IDNO 23USEQ ID NO :232、SEQ ID NO 1039,SEQ ID N0:1049和 SEQ IDN0:1052。序列表中显示拟合图10所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过220的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 234,SEQ ID NO 236、SEQID NO 238,SEQ ID NO 239、SEQ IDNO 241、SEQ ID NO 242、SEQ ID N0:243和SEQ ID NO: 244。序列表中显示拟合图11所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过150的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 246,SEQ ID NO 248、SEQ ID NO: 249、SEQ ID NO: 251、SEQ IDNO 253、SEQ ID NO: 255、SEQ ID NO: 257、SEQ ID NO: 259、SEQ IDNO 260, SEQ ID NO 262, SEQ ID NO :264、SEQ ID NO 265, SEQ IDNO :267、SEQ ID N0:268、SEQ ID NO 270, SEQ ID NO :272、SEQ IDNO :274、SEQ ID NO 276, SEQ ID NO: 277,SEQ ID NO 279,SEQ IDNO 28USEQ ID NO 283,SEQ ID NO 285,SEQ ID NO 286,SEQ IDNO :287、SEQ ID NO :288、SEQ ID NO :290、SEQ ID NO :291、SEQ IDNO :292、SEQ ID NO 293、SEQ ID NO 296 和 SEQ ID NO :298。序列表中显示拟合图12所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过950的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 300,SEQ ID NO 302、SEQ ID NO 304, SEQ ID NO 306, SEQ IDNO 308, SEQ ID N0:310、SEQ ID N0:312、SEQ ID NO: 314、SEQ IDNO316,SEQ ID N0:318、SEQ ID N0:319、SEQ ID NO 320,SEQ IDNO 32U SEQ ID NO 322, SEQ ID NO 323, SEQ ID NO :325、SEQ ID NO :327 禾口 SEQ ID NO :329。序列表中显示拟合图13所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过460的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 332,SEQ ID NO 334、SEQ ID NO 335, SEQ ID NO 336, SEQ IDNO 338, SEQ ID NO 339, SEQ ID NO :34USEQ ID NO: 342、SEQ IDNO 343, SEQ ID NO 344, SEQ ID NO 345, SEQ ID NO 346, SEQ IDNO 347, SEQ ID N0:348、SEQ ID NO 349, SEQ ID N0:351、SEQ IDNO 352, SEQ ID NO 353, SEQ ID N0: 354、SEQ ID NO :355、SEQ IDNO :356、SEQ ID NO :357、SEQ ID NO :358、SEQ ID NO :359、 SEQ IDNO :360、SEQ ID NO :362、SEQ ID NO :363、SEQ ID NO :364、SEQ IDNO :365、SEQ ID NO 366,SEQ ID NO 2541、SEQ ID NO 2542、SEQ IDNO 2543、SEQ ID NO 2544、SEQ ID N0: 2546、SEQ ID NO :2548、SEQ IDNO :2549、SEQ ID NO :2550、SEQ ID NO :2551、SEQ ID NO 2552 和 SEQ IDN0:2553。序列表中显示拟合图14所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过150的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 368,SEQ ID NO 369、SEQ ID NO370,SEQ ID N0:371、SEQ IDNO372,SEQ ID NO 373,SEQ ID NO 374,SEQ ID N0: 376、SEQ IDNO :378、SEQ ID NO 380, SEQ ID NO 382, SEQ ID NO 384, SEQ IDNO 386, SEQ ID NO 388,SEQ ID NO390,SEQ ID NO 392,SEQ IDNO :394、SEQ ID NO 396,SEQ ID N0: 398,SEQ ID NO 399,SEQ IDNO 40USEQ ID NO 403,SEQ ID NO 404,SEQ ID NO :406、SEQ IDNO :408、SEQ ID NO :410、SEQ ID NO :412、SEQ ID NO :414、SEQ IDNO :416、SEQ ID NO 418,SEQ ID N0:419、SEQ ID NO :420、SEQ IDNO :422、SEQ ID NO 423,SEQ ID NO 425,SEQ ID NO :427、SEQ IDNO :428、SEQ ID NO :430、SEQ ID NO :432、SEQ ID NO :433、SEQ IDNO 434,SEQ ID NO 435、SEQ ID NO :436、SEQ ID NO 437、SEQ IDNO 438、SEQ ID NO 439、SEQ ID NO :440、SEQ ID NO :441、SEQ IDNO :444、SEQ ID NO :445、SEQ ID NO :446、SEQ ID NO 447、SEQ IDNO448,SEQ ID NO 449,SEQ ID NO 450,SEQ ID N0:451、SEQ IDNO :452、SEQ ID NO 453,SEQ ID NO 454、SEQ ID NO 455,SEQ IDNO 456,SEQ ID NO 458,SEQ ID N0: 459,SEQ ID NO :46USEQ IDNO :463、SEQ ID NO 465,SEQ ID NO 467,SEQ ID NO :469、SEQIDNO :471、SEQ ID NO :473、SEQ ID NO :474、SEQ ID NO :475、SEQ IDNO :477、SEQ ID NO 479,SEQ ID NO :48USEQ ID NO :483、SEQ IDNO 485,SEQ ID NO 487,SEQ ID NO 488,SEQ ID NO :489、SEQ IDNO :490、SEQ ID NO :491、SEQ ID NO :492、SEQ ID NO :494、SEQ IDNO 495,SEQ ID NO 496、SEQ ID NO :497、SEQ ID NO 498、SEQ IDNO 499、SEQ ID NO 500、SEQ ID NO :50USEQ ID NO 502、SEQ IDNO 504, SEQ ID NO 505、SEQ ID NO 506, SEQ ID NO: 507 和 SEQ IDNO 508。序列表中显示拟合图15所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过410的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:510、SEQ ID NO :511、SEQ ID N0:513、SEQ ID N0:515、SEQ IDNO :517、SEQ ID N0:521、SEQ ID NO 523, SEQ ID NO: 525、SEQ IDNO:527、SEQ ID NO529,SEQ ID NO :530 禾口 SEQ ID N0:531。序列表中显示拟合图16所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过520的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 533,SEQ ID NO :535、SEQ ID NO536,SEQ ID NO 538,SEQ IDNO539,SEQ ID N0:541、SEQ ID NO 542,SEQ ID N0: 543、SEQ IDNO 544, SEQ ID NO 545, SEQ ID NO 546, SEQ ID NO 547, SEQ IDNO 548, SEQ ID NO :550、SEQ ID NO :552、SEQ ID NO 553 和 SEQ IDNO :554。序列表中显示拟合图17所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过1150 的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQ ID NO 558,SEQ ID NO :559、 SEQ ID NO 560, SEQ ID NO 56U SEQID NO 562, SEQ ID NO 563, SEQ ID NO 564, SEQ ID NO 565,SEQ IDNO 566,SEQ ID NO 567,SEQ ID NO 569,SEQ ID N0:571、SEQ IDNO :572、 SEQ ID N0:573、SEQ ID NO: 575、SEQ ID NO: 576、SEQ IDNO 577、SEQ ID NO: 578、SEQ ID NO 579,SEQ ID NO :581、SEQ IDNO :583、SEQ ID NO :584、SEQ ID NO :585、SEQ ID NO :586、 SEQ IDNO :588、SEQ ID NO :589、SEQ ID NO 590 和 SEQ ID NO :591。序列表中显示拟合图18所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过340的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 593,SEQ ID NO 595、SEQ ID NO 597,SEQ ID NO 599,SEQ IDNO 60U SEQ ID NO 603,SEQ ID NO 605,SEQ ID N0: 607、SEQ IDNO :609、SEQ ID NO :610 禾口 SEQ ID NO :611。序列表中显示拟合图19所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过140的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:613、SEQ ID NO :615、SEQ ID N0:617、SEQ ID N0:618、SEQ IDNO :620、SEQ ID N0:622、SEQ ID NO : 624、SEQ ID NO: 626、SEQ IDNO :628、SEQ ID NO 630,SEQ ID N0:632、SEQ ID NO 634,SEQ IDNO :636、SEQ ID N0:638、SEQ ID NO 640, SEQ ID NO 642, SEQ ID NO :643 禾口 SEQ ID NO -Mi0序列表中显示拟合图20所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过250的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 646,SEQ ID NO 648、SEQ ID NO650,SEQ ID N0:652、SEQ IDNO:654、SEQ ID NO 656,SEQ ID NO 658,SEQ ID N0: 660、SEQ IDNO :662、SEQ ID NO 664, SEQ ID NO 666, SEQ ID NO 668, SEQ IDNO :670、SEQ ID N0:672、SEQ ID NO 674、SEQ ID NO 676,SEQ IDNO :678、SEQ ID NO 679,SEQ ID N0: 680、SEQ ID N0:681、SEQ IDNO :682、SEQ ID NO 683 禾口 SEQ ID NO :685。序列表中显示拟合图21所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过170的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 687,SEQ ID NO 689、SEQID N0:691、SEQ ID NO 693,SEQ IDNO694、SEQ ID NO 696,SEQ ID NO 697,SEQ ID NO: 699、SEQ IDNO 70U SEQ ID NO: 703、SEQ ID NO: 705、SEQ ID NO: 706、SEQ IDNO 708、SEQ ID NO :710,SEQ ID NO :712,SEQ ID NO :714,SEQ IDNO 716, SEQ ID N0:718、SEQ ID NO: 720,SEQ ID N0:721、SEQ IDNO :722、SEQ ID NO :723、SEQ ID NO :724、SEQ ID NO :725、SEQ IDNO :726、SEQ ID NO 727 和 SEQ ID NO :728。序列表中显示拟合图22所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过210的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 730,SEQ ID NO :732、SEQ ID NO 733, SEQ ID NO 735, SEQ IDNO :737、SEQ ID NO 738 和 SEQ ID NO 742。序列表中显示拟合图23所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过230的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 746,SEQ ID NO 748、SEQ ID NO750,SEQ ID N0:751、SEQ IDNO753,SEQ ID NO 755,SEQ ID NO 757,SEQ ID N0: 758、SEQ IDNO :760、SEQ ID NO 761、SEQ ID NO :762、SEQ ID NO :763、SEQ ID NO 765 和 SEQ ID NO :767ο序列表中显示拟合图24所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过180的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 769,SEQ ID NO :771、SEQ ID NO773,SEQ ID NO 775,SEQ IDNO777,SEQ ID NO 779,SEQ ID N0:781、SEQ ID NO: 783、SEQ IDNO :785、SEQ ID NO 787, SEQ ID NO 789 禾口 SEQ ID NO 790。序列表中显示拟合图25所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过300的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 792,SEQ ID NO 794、SEQ ID NO796,SEQ ID NO 798,SEQ IDNO799,SEQ ID N0:801、SEQ ID NO 803,SEQ ID N0: 805、SEQ IDNO :807、SEQ ID NO 808,SEQ ID N0:810、SEQ ID N0:812、SEQ IDNO :814、SEQ ID N0:816、SEQ ID NO :818、SEQ ID NO :819、SEQ IDNO : 820、SEQ ID N0:821 禾口 SEQ ID NO: 822。序列表中显示拟合图26所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过190的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 824,SEQ ID NO :826、SEQ ID NO 1696,SEQ ID NO 1698,SEQ IDNO 1700,SEQ ID NO 1702,SEQ ID NO 1704,SEQ ID NO 1706,SEQID NO 1708、SEQ ID N0:1710、SEQ ID NO 1711、SEQ ID NO :1713、SEQID NO: 1714、SEQ ID N0:1715 和 SEQ ID NO :1716。序列表中显示拟合图27所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过630的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 828,SEQ ID NO :830、SEQ ID N0:832、SEQ ID NO 834、SEQ IDNO :836、SEQ ID N0:837、SEQ ID NO 838, SEQ ID NO: 839、SEQ IDNO :840、SEQ ID NO 842, SEQ ID NO :844、SEQ ID NO 845, SEQ IDNO :846、SEQ ID N0:847、SEQ ID NO 848, SEQ ID NO 849, SEQ ID NO :850 禾口 SEQ ID N0:851。序列表中显示拟合图28所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过95的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:855、SEQ ID NO :856、SEQ ID NO 858,SEQ ID NO 860,SEQ IDNO :862、SEQ ID NO : 864、SEQ ID NO 866,SEQ ID NO: 868、SEQ IDNO :870、SEQ ID N0:872、SEQ ID N0:874、SEQ ID N0:876、SEQ IDNO :878、SEQ ID NO 880,SEQ ID NO 882,SEQ ID NO : 884、SEQ IDNO :885、SEQ ID NO 886,SEQ ID NO: 887、SEQ ID NO 888 和 SEQ IDNO :889。
序列表中显示拟合图29所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过850的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO :89USEQ ID NO :893、SEQ ID N0:894、SEQ ID NO 895,SEQ IDNO896,SEQ ID NO 898,SEQ ID NO 900,SEQ ID NO: 901、SEQ IDNO :902、SEQ ID NO 903,SEQ ID NO :904,SEQ ID NO 905,SEQ IDNO :907,SEQ ID N0:908、SEQ ID NO 909, SEQ ID NO :910、SEQ IDNO :911、SEQ ID N0:912、SEQ ID NO: 913、SEQ ID N0:914 禾口 SEQ IDNO :915。序列表中显示拟合图30所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过300的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:917、SEQ ID NO :919、SEQ ID NO :92USEQ ID N0:923、SEQ IDNO :925、SEQ ID N0:927、SEQ ID NO 929, SEQ ID NO: 931、SEQ IDNO :933、SEQ ID N0:935、SEQ ID N0:937、SEQ ID NO :939 禾口 SEQ IDNO :940。序列表中显示拟合图31所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过60的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 944,SEQ ID NO :946、SEQ ID NO :947、SEQ IDNO :948、SEQ IDNO :950、SEQ ID NO :952、SEQ ID NO :954、SEQ ID NO 956、SEQ IDNO :958、SEQ ID NO 960, SEQ ID NO 962, SEQ ID NO 964, SEQ IDNO 966, SEQ ID NO 967,SEQ ID NO 968,SEQ ID NO :969、SEQ IDNO 970,SEQ ID N0:972和 SEQ ID N0: 974。序列表中显示拟合图32所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过340的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:976、SEQ ID NO :978和 SEQ ID NO :980ο序列表中显示拟合图33所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过180的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 982,SEQ ID NO :984、SEQ ID NO985,SEQ ID NO 986,SEQ IDNO :987、SEQ ID NO 988,SEQ ID NO989,SEQ ID N0: 990、SEQ IDNO99U SEQ ID NO 992,SEQ ID NO 993,SEQ ID NO 995,SEQ IDNO 996,SEQ ID NO 998, SEQ ID NO 1000, SEQ ID NO :100USEQ IDNO 1003、SEQ ID NO 1005, SEQ ID N0:1007、SEQ ID NO 1008、SEQ IDNO 1009、SEQ ID N0:1011、SEQ ID NO 1013、SEQ ID NO :1015,SEQ IDNO :1016,SEQ ID NO :1018,SEQ ID NO :1019,SEQ ID NO 1021,SEQ IDNO 1023、SEQ ID NO :1025、SEQ ID NO :1026、SEQ ID NO :1027、SEQID NO :1028、SEQ ID NO 1029、SEQ ID N0:1030、SEQ ID NO 103 U SEQ ID N0:1032 和 SEQ ID N0:1033。序列表中显示拟合图34所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM二进制值超过1060的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQ ID NO =1054,SEQ ID NO =1055,
SEQIDNO:1057、SEQIDNO:1058、SEQIDNO:1059、SEQIDNO:1061、SEQIDNO:1063、SEQIDNO:1065、SEQIDNO:1065、SEQIDNO:1067、SEQIDNO:1068、SEQIDNO:1070、SEQIDNO:1071、SEQIDNO:1072、SEQIDNO:1074、SEQIDNO:1075、SEQIDNO:1076、SEQIDNO:1077、SEQIDNO:1078、SEQIDNO:1080、SEQIDNO:1082、SEQIDNO:1083、SEQIDNO:1085、SEQIDNO:1086、SEQIDNO:1087、SEQIDNO:1088、SEQIDNO:1089、SEQIDNO:1089、SEQIDNO:1090、SEQIDNO:1091、SEQIDNO:1092、SEQIDNO:1093、SEQIDNO:1094、SEQIDNO1095 和 SEQ ID NO :1097。 序列表中显示拟合图35所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过260的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1099, SEQ ID NO =IlOU
49SEQ ID N0:1103、SEQ ID N0:1104、SEQ ID N0:1105、SEQ ID N0:1106、SEQ ID NO :1108、 SEQ ID N0:1109 和 SEQ ID NO :1110o序列表中显示拟合图36所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过150的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:1112、SEQ ID N0:1113和 SEQ ID NO :1114ο序列表中显示拟合图37所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过40的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID N0:1116、SEQ ID NO :1118、
SEQIDNO1120、SEQIDNO:1122、 SEQIDNO1123、SEQ ID NO1125、SEQIDNO:1126、SEQIDNO1128、SEQIDNO1129、SEQIDNO:1131、SEQ ID NO:1132、SEQIDNO:1133、SEQIDNO1134、SEQIDNO1136、SEQIDNO:1138、SEQ ID NO:1140、SEQIDNO:1141、SEQIDNO1142、SEQIDNO1143、SEQIDNO:1144、SEQ ID NO:1145、SEQIDNO:1147、SEQIDNO1149、SEQIDNO1151、SEQIDNO1153 和 SEQ ID NO :1155。
序列表中显示拟合图38所列氨基丨酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过450的
多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1159, SEQ ID NO :1161、 SEQ ID NO: 1162、SEQ ID NO 1163和 SEQID NO: 1164。序列表中显示拟合图39所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过160的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1166, SEQ ID NO :1167、 SEQ ID NO :1169、SEQ ID NO :1171、SEQID NO :1173、SEQ ID NO :1175、SEQ ID NO :1177、 SEQ ID NO :1179、SEQID NO1180,SEQ ID N0:1182和 SEQ ID N0:1183。序列表中显示拟合图40所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过180的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1185, SEQ ID NO :1187、 SEQ ID NO1189,SEQ ID NO1190,SEQ ID NO 1191 禾口 SEQ ID NO :1192。序列表中显示拟合图41所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过670的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1194, SEQ ID NO :1196、 SEQ ID N0:1198、SEQ ID N0:1200、SEQ ID N0:1202、SEQ ID N0:1203、SEQ ID NO :1204、 SEQ ID N0:1205、SEQ ID NO 1206, SEQ ID N0:1207 和 SEQ ID N0:1208。序列表中显示拟合图42所列氨基丨酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过280的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQIDNO:1210、SEQIDNO:1211、SEQIDNO:1213、SEQIDNO:1215、 SEQIDNO :1216、SEQIDNO:1218、SEQIDNO:1220、SEQIDNO:1222、SEQIDNO 1224、SEQIDNO :1226、SEQIDNO:1228、SEQIDNO:1229、SEQIDNO:1230、SEQIDNO:1232、SEQIDNO:1233、SEQIDNO:1234、SEQIDNO:1235、SEQIDNO:1236、SEQIDNO:1237、SEQIDNO:1238、SEQIDNO:1239、SEQIDNO:1240、SEQIDNO:1241、SEQIDNO:1242、SEQIDNO:1243、SEQIDNO:1244、SEQIDNO:1245、SEQIDNO:1246、SEQIDNO:1247、SEQIDNO:1248、SEQIDNO:1249、SEQIDNO:1251、SEQIDNO:1253、SEQIDNO:1255、SEQIDNO:1257、SEQIDNO:1259、SEQIDNO:1261、SEQIDNO:1263、SEQIDNO:1264、SEQIDNO:1265、SEQIDNO:1266、SEQIDNO:1267、SEQIDNO:1268、SEQIDNO 1269,SEQIDNO 1270,SEQ ID NO 1271 和 SEQIDNO:1272ο 序列表中显示拟合图43所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过700的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1274, SEQ ID NO :1276、SEQ ID NO 1278,SEQ ID NO 1280、SEQID NO 1281,SEQ ID NO 1282,SEQ ID NO 1284、SEQ ID NO 1285, SEQID NO 1287, SEQ ID NO 1289, SEQ ID NO 1291, SEQ ID NO :1293、SEQID N0:1294、SEQ ID N0:1295、SEQ ID N0:1296、SEQ ID NO :1297、SEQID N0:1298 和 SEQ ID NO :1300o序列表中显示拟合图44所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过920的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1302, SEQ ID NO :1303、 SEQ ID NO :1305、SEQ ID NO :1307、SEQID NO :1309、SEQ ID NO :1311、SEQ ID NO :1312、 SEQ ID NO :1313、SEQID NO :1314、SEQ ID NO :1315、SEQ ID NO :1317、SEQ ID NO :1318、 SEQID N0:1319、SEQ ID NO 1320、SEQ ID NO 1321,SEQ ID NO :1322、SEQID NO 1323,SEQ ID NO 1324,SEQ ID NO 1325、SEQ ID NO 1326,SEQID NO 1327、SEQ ID NO 1328,SEQ ID NO 1330,SEQ ID NO :1331、SEQID NO 1333,SEQ ID NO 1334、SEQ ID NO 1335、SEQ ID NO: 1336、SEQID NO 1337, SEQ ID N0:1338、SEQ ID N0:1339 和 SEQ ID NO 1340。序列表中显示拟合图45所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过510的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1342, SEQ ID NO 1344、 SEQ ID NO :1346、SEQ ID NO :1348、SEQID NO :1350、SEQ ID NO :1352、SEQ ID NO :1354、 SEQ ID NO :1355、SEQID NO :1357、SEQ ID NO :1358、SEQ ID NO :1360、SEQ ID NO :1361、 SEQID NO 1362,SEQ ID NO 1363,SEQ ID NO 1364、SEQ ID NO 1366,SEQID NO 1367、SEQ ID NO 1369,SEQ ID NO 1370,SEQ ID NO 1371、SEQID NO 1372,SEQ ID NO 1373、SEQ ID NO 1374,SEQ ID NO 1375,SEQID NO 1376,SEQ ID NO :1377、SEQ ID NO 1378,SEQ ID NO: 1379、SEQID NO 1380,SEQ ID NO 1381,SEQ ID N0:1382 和 SEQ ID N0:1383。序列表中显示拟合图46所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过140的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1385, SEQ ID NO :1387、 SEQ ID NO 1389,SEQ ID NO :1390、SEQID NO 1391、SEQ ID NO 1393,SEQ ID NO 1394、SEQ ID NO :1395、SEQID NO 1396,SEQ ID N0:1398、SEQ ID NO 1400,SEQ ID NO :1401、SEQID NO 1402, SEQ ID NO 1403, SEQ ID N0:1404、SEQ ID N0:1405 和 SEQ ID N0:1407。序列表中显示拟合图47所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过150的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1409, SEQ ID NO :1411、 SEQ ID NO :1413、SEQ ID NO :1415、SEQID NO :1417、SEQ ID NO :1418、SEQ ID NO :1419、 SEQ ID NO :1421、SEQID NO 1423, SEQ ID NO 1424, SEQ ID NO 1425, SEQ ID NO 1426。序列表中显示拟合图48所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过190的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQIDNO1428、SEQIDNO:1430、SEQ IDNO:1432、SEQ ID NO :1434、SEQID NO :1436、SEQ IDNO1439、SEQIDNO:1442、SEQ IDNO:1444、SEQID NO :1446、SEQ ID NO :1448、SEQ IDNO1450、SEQIDNO:1452、SEQ IDNO:1453、SEQ ID N0:1454、SEQ ID N0:1455、SEQ IDNO1456、SEQIDNO:1457、SEQ IDNO1458 和 SEQ ID NO :1459。
序列表中显示拟合图49所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过450的多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQIDNO1463、SEQIDNO:1465、SEQ IDNO:1467、SEQ ID N0:1469、SEQ ID N0:1471、SEQ IDNO1473、SEQIDNO:1474、
SEQ ID NO 1475, SEQ ID N0:1476 和 SEQ ID N0:1477。
序列表中显示拟合图50所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过580的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 1491, SEQ ID NO :1493、 SEQ ID NO :1495、SEQ ID NO :1497、SEQID NO :1499、SEQ ID NO :1501、SEQ ID NO :1503、 SEQ ID NO :1504、SEQID NO 1505,SEQ ID N0:1506 和 SEQ ID N0:1508。序列表中显示拟合图51所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过100的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1510, SEQ ID NO :1512、 SEQ ID NO: 1514、SEQ ID NO 1516、SEQID NO: 1518、SEQ ID NO: 1520、SEQ ID NO: 1522 和 SEQ ID NO :1523。序列表中显示拟合图52所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过800的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1525, SEQ ID NO :1527、 SEQ ID NO 1529,SEQ ID NO 1530,SEQ ID NO 1532,SEQ ID N0:1534和SEQ ID N0:1535。序列表中显示拟合图53所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过490的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1537, SEQ ID NO :1539、 SEQ ID NO 1540,SEQ ID NO :1541、SEQID NO 1543、SEQ ID NO 1545,SEQ ID NO 1547、SEQ ID NO 1548, SEQID NO 1550, SEQ ID NO 1552, SEQ ID NO 2386, SEQ ID NO :2388、SEQID NO :2390、SEQ ID NO 2391 和 SEQ ID NO :2392。序列表中显示拟合图54所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过690的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1554, SEQ ID NO :1555、 SEQ ID NO 1557,SEQ ID NO :1559、SEQID NO 1561、SEQ ID NO 1563,SEQ ID NO 1565、SEQ ID NO :1567、SEQID NO 1569,SEQ ID N0:1571、SEQ ID NO 1572,SEQ ID NO :1573、SEQID NO 1574 和 SEQ ID NO :1575。序列表中显示拟合图55所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过380的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO =1035, SEQ ID NO :1036、
SEQIDNO:1037、SEQIDNO:1040、SEQIDNO:1041、SEQIDNO1043、SEQIDNO:1044、SEQIDNO:1046、SEQIDNO:1047、SEQIDNO:1048、SEQIDNO1050、SEQIDNO:1440、SEQIDNO:1480、SEQIDNO:1481、SEQIDNO:1482、SEQIDNO1483、SEQIDNO:1484、SEQIDNO:1485、SEQIDNO:1486、SEQIDNO:1487、SEQIDNO1488、SEQIDNO:1577、SEQIDNO:1578、SEQIDNO:1580、SEQIDNO:1582、SEQIDNO1584、SEQIDNO:1586、SEQIDNO:1588、SEQIDNO:1590、SEQIDNO:1592、SEQIDNO1594、SEQIDNO:1596、SEQIDNO:1598、SEQIDNO:1599、SEQIDNO:1601、SEQIDNO1602、SEQIDNO:1605、SEQIDNO:1607、SEQIDNO:1608、SEQIDNO:1609、SEQIDNO1611、SEQIDNO:1613、SEQIDNO:1615、SEQIDNO:1617、SEQIDNO:1619、SEQIDNO1621、SEQIDNO:1622、SEQIDNO:1623、SEQIDNO:1624、SEQIDNO:1625、SEQIDNO1627、SEQIDNO:1629、SEQIDNO:1631、SEQIDNO:1633、SEQIDNO:1635、SEQIDNO1637、SEQIDNO:1639、SEQIDNO:1643、SEQIDNO :1645、:SEQIDNO 1648,SEQ [D NO 1649、SEQ ID NO L651 和SEQIDNO:1653ο
序列表中显示拟合图56所列氨基E骏序列产生的HMM时,HMM 二-进制值超过870的
多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 173,SEQ ID NO :212、SEQ ID NO :361、SEQID NO :421、SEQ IDNO :443、SEQ ID NO :740、SEQ ID NO :744、SEQ ID NO
52942、SEQ ID NO: 1437 和 SEQ ID NO 1461。序列表中显示拟合图57所列氨基酸序列产生的HMM时，HMM 二进制值超过140的 多肽的实例，在本申请的序列表中标识。此类多肽包括SEQID NO 97,SEQ ID NO =2010,SEQ ID NO :201USEQ ID N0:2013、SEQ IDNO :2015 和 SEQ ID NO :2017。P.百分比同一件在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽与以下所列氨基酸序列之一具有至少20 % 序列同一性，例如至少 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、 95%、97%、98%或 99%的序列同一性SEQ ID NO :3、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 77、SEQ ID NO :97、SEQ IDNO :100、SEQ ID NO :152、SEQ ID NO :166、SEQ ID NO :186、SEQ IDNO 208,SEQ ID N0:218、SEQ ID NO 234、SEQ ID NO 246、SEQ IDNO 300、SEQ ID NO :332、SEQ ID NO368,SEQ ID N0:510、SEQ IDNO533,SEQ ID NO 556,SEQ ID NO 558,SEQ ID NO: 593、SEQ IDNO :613、SEQ ID NO 646,SEQ ID N0:687、SEQ ID NO 730,SEQ IDNO 746,SEQ ID NO769,SEQ ID NO 792,SEQ ID NO 824、SEQ IDNO :828、SEQ ID N0:853、SEQ ID NO: 855,SEQ ID NO :89USEQ IDNO :917、SEQ ID NO 944,SEQ ID NO 976,SEQ ID NO 982,SEQ ID NO :1054、SEQ ID NO :1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ ID NO :1157、SEQ ID NO 1159,SEQ ID NO : 1166、SEQ ID NO 1185,SEQ IDNO : 1194、SEQ ID N0:1210、SEQ ID NO :1274、SEQ ID NO :1302、SEQ IDNO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ ID NO :1409、SEQ ID NO 1428,SEQID NO : 1437、SEQ ID NO 1463,SEQ ID NO : 1491、SEQ ID NO :1510、SEQID NO: 1525,SEQ ID NO 1537,SEQ ID N0:1554和 SEQ ID NO :1577。如上所述，具有这种百分比序 列同一性的多肽通常具有指示低氮耐受调节多肽的结构域和/或具有大于20的HMM 二进 制值。与 SEQ ID NO 3, SEQID NO 49, SEQ ID NO 77, SEQ ID NO 97, SEQ ID NO 100, SEQ ID NO 152,SEQ ID NO 166,SEQ ID NO 186、SEQ ID NO 208、SEQ ID NO :218、SEQ ID NO: 234,SEQ ID NO 246、SEQ ID NO 300、SEQ ID NO :332、SEQID NO :368、SEQ ID NO :510、SEQ ID N0:533、SEQ ID NO 556, SEQ IDNO :558、SEQ ID NO 593, SEQ ID N0:613、SEQ ID NO: 646、SEQ IDNO :687、SEQ ID NO 730, SEQ ID NO 746, SEQ ID NO 769, SEQ IDNO :792、SEQ ID N0:824、SEQ ID NO 828, SEQ ID N0:853、SEQ IDNO :855、SEQ ID N0:891、SEQ ID NO: 917、SEQ ID N0:944、SEQ IDNO :976、SEQ ID NO982,SEQ ID NO 1054,SEQ ID N0:1099、 SEQ IDNO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ ID NO 1157,SEQ ID NO : 1159、SEQ IDNO 1166,SEQ ID NO 1185,SEQ ID NO : 1194、SEQ ID N0:1210、SEQ IDNO : 1274、SEQ ID NO 1302,SEQ ID NO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQID NO :1409、SEQ ID NO :1428、SEQ ID NO :1437、SEQ ID NO 1463,SEQID NO : 1491、SEQ ID N0:1510、SEQ ID NO : 1525、SEQ ID NO :1537、SEQID NO: 1554和SEQ ID NO :1577所列氨基酸序列之一具有至少20%序列同一性的低氮耐受调节多 肽的氨基酸序列提供于图1-57和序列表中。“百分比序列同一性”指任何给定参考序列(例如SEQ ID NO 3)与候选低氮耐受 调节序列之间的序列同一性程度。候选序列的长度通常是参考序列长度的80%至200%， 例如是参考序列长度的 82%,85%,87%,89%,90%,93%,95%,97%,99%,100%,105%, 110% ,115% ,120% ,130% ,140% ,150%, 160 % ,170% ,180%, 190 % 或 200 %。任何候 选核酸或多肽相对于参考核酸或多肽的百分比同一性可以如下测定。使用计算机程序 ClustalW(版本1.83，默认参数)将参考序列(例如，核酸序列或氨基酸序列)与一种或多种候选序列进行比对，计算机程序ClustalW(版本1.83、默认参数)允许核酸或多肽序 列进行完整长度的比对(总体比对)。Chenna等·(2003)Nucleic Acids Res. ,31(13) 3497-500。ClustalW计算参考序列与一种或多种候选序列之间的最佳匹配，并将它们比对， 以确定同一性、相似性和差异。一个或多个残基的缺口可以插入参考序列、候选序列或两 者，以最大化序列比对。对于核酸序列快速配对比对，使用下述默认参数字长2 ；窗口大 小4 ；评分方法百分比；顶端对角线(top diagonal)数目4 ；和缺口罚分5。对于核苷 酸序列的多重比对，使用下述参数缺口开放罚分10. 0 ；缺口延伸罚分5. 0 ；和权重转换 是。对于蛋白质序列的快速配对比对，使用下述参数字长1 ；窗口大小5 ；评分方法百 分比；顶端对角线数目5 ；和缺口罚分3。对于蛋白质序列的多重比对，使用下述参数权 重矩阵bloSum ；缺口开放罚分10. 0 ；缺口延伸罚分0. 05 ；疏水缺口 开；亲水残基Gly、 Pro、Ser、Asn、Asp、Gin、Glu、Arg和Lys ；残基特异性缺口罚分开。ClustalW输出是反 映序列间关系的序列比对。ClustalW可以在例如Baylor College ofMedicine Search Launcher (贝勒医学院搜索启动)网站(searchlauncher. bcm. tmc. edu/multi-align/ multi-align, html)禾口 EuropeanBioinformatics Institute (欧洲生物信息学学会)的万 维网网站(ebi.ac.uk/clustalw)上运行。为了测定候选核酸或核苷酸序列与参考序列的百分比同一性，使用ClustalW进 行序列比对，比对中相同匹配数除以参考序列长度，结果乘以100。应注意，百分比同一性值 可以四舍五入到十分位。例如，78. 11,78. 12,78. 13和78. 14可以下舍入至78. 1，而8. 15、 78. 16,78. 17,78. 18 和 78. 19 可以上舍入至 78. 2。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :3所列氨基酸序 列具有序列相似性，优选与SEQ ID NO :3所列氨基酸序列具有至少20%序列同一性，例如 50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序 列同一性。与SEQ ID NO :3所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图1和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:4、SEQ ID N0:6、SEQ ID N0:8、SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO : 14、SEQ ID NO 16,SEQ IDNO 17,SEQ ID NO : 19、SEQ ID NO :20、SEQ ID NO :21、SEQ ID NO :22、SEQ ID NO :24、SEQ ID NO :25、SEQ ID NO :27、SEQ ID NO 29,SEQ IDNO :31、SEQ ID NO :33、SEQ ID NO :35、SEQ ID NO :36、SEQ ID NO :38、SEQ ID NO 39,SEQ ID NO :40、SEQ ID NO :41、SEQ ID NO :42、SEQ IDNO :43、SEQ ID NO :44、SEQ ID NO :45、SEQ ID NO 46 和 SEQ ID NO :47。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :49所列氨基酸序列 具有序列相似性，优选与SEQ ID NO 49所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%,52%, 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。 与SEQ ID NO :49所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图2和序 列表中。此类多肽的实例包括 SEQ ID NO 51, SEQ ID NO 53、SEQ ID NO 55、SEQ ID N0: 56、SEQ ID NO :58、SEQ ID NO :60、SEQ ID NO :62、SEQ IDNO :63、SEQ ID NO :64、SEQ ID NO :65、SEQ ID NO :67、SEQ ID NO :69、SEQ ID NO :70、SEQ ID NO :71、SEQ ID NO :72、SEQ ID NO 73 和 SEQ IDNO :75。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :77所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO :77所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。 与SEQ ID NO :77所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图3和序 列表中。此类多肽的实例包括 SEQ ID NO :78、SEQ ID NO :80、SEQ ID NO :82、SEQ ID NO 84,SEQ ID NO 85,SEQ ID NO 87、SEQ ID NO :88、SEQIDN0 :90、SEQ ID NO 92、SEQ ID NO: 93、SEQ ID NO95,SEQ ID NO : 1479。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 100所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 100所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :100所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图4和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =IOUSEQ ID NO 102,SEQ ID N0:104、 SEQ ID NO 106,SEQ ID NO 108、SEQ ID NO 110,SEQ ID NOrllUSEQ ID NO 113、SEQ ID N0:115、SEQ ID N0:116、SEQ ID NO :117、SEQID NO :118、SEQ ID N0:119、SEQ ID N0:120、 SEQ ID NO: 121、SEQ IDNO : 122、SEQ ID NO: 123、SEQ ID NO: 125、SEQ ID NO: 126、SEQ ID NO :128、SEQ ID NO :129、SEQ ID NO :130、SEQ ID NO :131、SEQ ID NO :132、SEQ ID NO 133,SEQ ID NO 134,SEQ ID NO : 135、SEQ ID NO 137,SEQID NO 139,SEQ ID NO : 141、SEQ ID NO 142,SEQ ID NO : 144、SEQ ID NO 145,SEQ ID NO : 146、SEQ ID NO 147,SEQ ID NO: 148、SEQ ID NO: 149 禾口 SEQ ID NO: 150。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 152所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 152所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :152所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图5和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 154,SEQ ID NO 156,SEQ ID N0:158、 SEQ ID NO: 160、SEQ ID NO: 162 禾口 SEQ ID NO: 164。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 166所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 166所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :166所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图6和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:166、SEQ ID NO: 168、SEQ ID NO 170、 SEQ ID NO 172,SEQ ID NO : 174、SEQ ID NO 177,SEQ ID NO : 179、SEQ ID NO 181,SEQ ID NO: 182、SEQ ID NO: 183、SEQ ID NO: 184。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 186所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 186所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :186所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图7和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:188、SEQ ID N0:190、SEQ IDNO :191、 SEQ ID NO 193, SEQ ID NO 194, SEQ ID NO 196, SEQ IDNO 197, SEQ ID NO 199, SEQ ID N0:201、SEQ ID NO 203,SEQ IDNO 204,SEQ ID NO 205 禾口 SEQ ID NO 206。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 208所列氨基酸序列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 208所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :208所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图8和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 209,SEQ ID NO :210、SEQ IDN0:214和 SEQ ID NO :216ο在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 218所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 218所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :218所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 9和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:218、SEQ ID NO 220, SEQ IDNO 222, SEQ ID NO 223,SEQ ID NO 225,SEQ ID NO 227,SEQ IDNO229,SEQ ID NO 230,SEQ ID NO: 231、SEQ ID NO 232,SEQ IDNO 1039、SEQ ID N0:1049 禾口 SEQ ID NO :1052。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 234所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 234所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :234所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 10和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 236,SEQ ID NO 238、SEQ IDNO 239、SEQ ID NO 241、SEQ ID NO :242、SEQ ID NO 243 和 SEQ IDNO :244。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ IDNO 246所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 246所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :246所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 11和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 248,SEQ ID NO 249、SEQ IDNO 251、SEQ ID NO 253,SEQ ID NO 255,SEQ ID NO 257,SEQ IDNO 259,SEQ ID NO 260,SEQ ID NO: 262,SEQ ID NO 264、SEQ IDNO :265、SEQ ID NO 267、SEQ ID NO 268、SEQ ID NO 270、SEQ IDNO :272、SEQ ID NO :274、SEQ ID NO :276、SEQ ID NO :277、SEQ IDNO :279、SEQ ID NO 28USEQ ID NO 283,SEQ ID NO 285,SEQ IDNO 286,SEQ ID NO 287,SEQ ID NO 288,SEQ ID NO 290,SEQ IDNO 291、SEQ ID NO 292、SEQ ID NO 293、SEQ ID NO 296 禾口 SEQ IDNO 298。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 300所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 300所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%,56%,59%,61%,65%,70%,75%, 80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :300所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 12和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 302,SEQ ID NO 304、SEQ IDNO 306、SEQ ID NO 308, SEQ ID N0:310、SEQ ID N0:312、SEQ IDNO :314、SEQ ID N0:316、SEQ ID NO: 318,SEQ ID NO :319,SEQ IDNO 320,SEQ ID NO :32USEQ ID NO 322,SEQ ID NO 323,SEQ IDNO :325、SEQ ID NO 327 和 SEQ ID NO :329。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 332所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 332所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :332所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图 13和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 332,SEQ ID NO 334、SEQ IDNO :335、SEQ ID NO336,SEQ ID NO 338,SEQ ID NO 339,SEQ IDNO 34U SEQ ID NO 342,SEQ ID NO: 343,SEQ ID NO 344、SEQ IDNO 345、SEQ ID NO 346、SEQ ID NO 347、SEQ ID NO 348、SEQ IDNO :349、SEQ ID NO :351、SEQ ID NO :352、SEQ ID NO :353、SEQ IDNO :354、SEQ ID NO 355,SEQ ID NO 356、SEQ ID NO :357、SEQ IDNO 358、SEQ ID NO 359、SEQ ID NO 360、SEQ ID NO :362、SEQ IDNO :363、SEQ ID NO :364、SEQ ID NO :365、SEQ ID NO :366、SEQ IDNO 2541、SEQ ID NO :2542、SEQ ID NO :2543、SEQ ID NO :2544、SEQ IDNO :2546、SEQ ID NO 2548,SEQ ID NO 2549,SEQ ID N0:2550、SEQ IDNO 255U SEQ ID NO 2552 和 SEQ ID NO: 2553。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ IDNO 368所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 368所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NQ :368所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 14和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 369,SEQ ID NO 370、SEQ IDNO 371、SEQ ID NO372,SEQ ID NO :373、SEQ ID NO374,SEQ IDNO :376、SEQ ID NO 378,SEQ ID NO: 380,SEQ ID NO 382,SEQ IDNO 384、SEQ ID NO 386、SEQ ID NO 388、SEQ ID NO 390、SEQ IDNO :392、SEQ ID NO :394、SEQ ID NO :396、SEQ ID NO :398、SEQ IDNO :399、SEQ ID NO 40USEQ ID NO 403,SEQ ID NO :404,SEQ IDNO 406,SEQ ID NO 408,SEQ ID NO :410,SEQ ID NO :412、SEQ IDNO :414、SEQ ID NO :416、SEQ ID NO :418、SEQ ID NO :419、SEQ IDNO 420,SEQ ID NO 422,SEQ ID NO :423、SEQ ID NO 425、SEQ IDNO :427、SEQ ID NO 428、SEQ ID NO :430、SEQ ID NO :432、SEQ IDNO :433、SEQ ID NO :434、SEQ ID NO :435、SEQ ID NO 436、SEQ IDNO :437、SEQ ID NO 438, SEQ ID NO 439, SEQ ID NO 440, SEQ IDNO 44U SEQ ID N0:444、SEQ ID NO 445,SEQ ID NO 446,SEQ IDNO 447,SEQ ID NO 448,SEQ ID NO: 449,SEQ ID NO 450,SEQ IDNO :451、SEQ ID NO 452,SEQ ID NO 453,SEQ ID NO 454、SEQ IDNO :455、SEQ ID NO :456、SEQ ID NO :458、SEQ ID NO :459、SEQ IDNO :461、SEQ ID NO 463,SEQ ID NO 465,SEQ ID NO :467、SEQ IDNO 469,SEQ ID NO :47USEQ ID NO 473,SEQ ID NO :474、SEQ IDNO :475、SEQ ID NO :477、SEQ ID NO :479、SEQ ID NO :481、SEQ IDNO 483,SEQ ID NO 485,SEQ ID NO 487,SEQ ID NO 488,SEQ IDNO 489,SEQ ID NO 490、SEQ ID N0:491、SEQ ID NO 492, SEQ IDNO 494、SEQ ID N0:495、SEQ ID NO 496, SEQ ID NO: 497、SEQ IDNO 498,SEQ ID NO 499,SEQ ID NO 500,SEQ ID N0:501、SEQ IDNO502,SEQ ID NO 504, SEQ ID NO 505, SEQ ID NO 506、SEQ ID NO 507 禾口 SEQ ID NO 508。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 510所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 510所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :510所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 15和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:511、SEQ ID NO :513、SEQ IDNO :515、SEQ ID N0:517、SEQ ID N0:521、SEQ ID NO 523, SEQ IDNO 525, SEQ ID NO 527, SEQ ID NO:529、SEQ ID NO 530 和 SEQ IDNO :531。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 533所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 533所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :533所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 16和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:535、SEQ ID NO 536、SEQ IDNO 538、SEQ ID NO539,SEQ ID N0:541、SEQ ID NO 542,SEQ IDNO 543、SEQ ID NO 544,SEQ ID NO: 545,SEQ ID NO 546、SEQ IDNO 547、SEQ ID NO 548、SEQ ID NO 550、SEQ ID NO 552、SEQ ID NO 553 和 SEQ ID NO :554。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 558所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 558所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :558所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图17和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 559,SEQ ID NO 560,SEQ IDNO 561、 SEQ ID NO562,SEQ ID N0:563、SEQ ID NO 564,SEQ IDNO :565、SEQ ID NO566,SEQ ID NO 567,SEQ ID NO 569、SEQ IDNO :571、SEQ ID NO 572、SEQ ID NO 573、SEQ ID NO :575、 SEQ IDNO :576、SEQ ID NO :577、SEQ ID NO :578、SEQ ID NO :579、SEQ IDNO :581、SEQ ID NO 583,SEQ ID NO 584、SEQ ID NO 585、SEQ IDNO 586、SEQ ID NO 588、SEQ ID NO 589、 SEQ ID NO 590 和 SEQ IDNO :591。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 593所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 593所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :593所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图18和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:595、SEQ ID NO 597,SEQ IDNO 599、 SEQ ID N0:601、SEQ ID N0:603、SEQ ID NO 605, SEQ IDNO :607、SEQ ID NO 609, SEQ ID NO 610 和 SEQ ID NO :611。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 613所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 613所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :613所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图19和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:615、SEQ ID N0:617、SEQ IDNO :618、 SEQ ID NO 620,SEQ ID N0:622、SEQ ID NO 624、SEQ IDNO :626、SEQ ID NO 628,SEQ ID NO 630,SEQ ID NO :632、SEQ IDNO :634、SEQ ID NO :636、SEQ ID NO 638、SEQ ID NO 640、 SEQ IDNO :642、SEQ ID NO 643 和 SEQ ID NO :644。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 646所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 646所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :646所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图20和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 648,SEQ ID NO 650,SEQ IDNO :652、SEQ ID N0:654、SEQ ID NO 656,SEQ ID NO 658,SEQ IDNO 660,SEQ ID NO662,SEQ ID NO 664,SEQ ID NO 666、SEQ IDNO :668、SEQ ID NO 670、SEQ ID NO :672、SEQ ID NO :674、 SEQ IDNO :676、SEQ ID NO :678、SEQ ID NO :679、SEQ ID NO :680、SEQ IDNO :681、SEQ ID NO :682、SEQ ID NO 683 和 SEQ ID NO :685。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 687所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 687所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQID NO :687所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图 21和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 689,SEQ ID NO :691、SEQ IDNO :693、SEQ ID N0:694、SEQ ID NO 696, SEQ ID NO 697, SEQ IDNO 699, SEQ ID N0:701、SEQ ID NO: 703,SEQ ID NO 705,SEQ IDNO 706,SEQ ID NO 708,SEQ ID NO :710、SEQ ID NO :712、SEQ IDNO :714、SEQ ID NO :716、SEQ ID NO :718、SEQ ID NO :720、SEQ IDNO :721、SEQ ID NO 722、SEQ ID NO : 723、SEQ ID NO : 724、SEQ IDNO : 725、SEQ ID NO : 726、SEQ ID NO : 727 禾口 SEQ ID NO :728o在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 730所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 730所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :730所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图22和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 732, SEQ ID NO 733, SEQ IDNO :735、 SEQ ID NO :737、SEQ ID NO 738 和 SEQ ID NO :742。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 746所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 746所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :746所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 23和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 748,SEQ ID NO 750、SEQ IDNO 751、SEQ ID NO753,SEQ ID NO 755,SEQ ID NO757,SEQ IDNO 758,SEQ ID NO 760,SEQ ID N0: 761、SEQ ID N0:762、SEQ IDNO 763,SEQ ID NO 765 禾口 SEQ ID NO 767。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 769所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 769所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :769所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 24和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:771、SEQ ID NO 773、SEQ IDNO 775、SEQ ID NO 777, SEQ ID NO 779、SEQ ID NO :78USEQ IDNO :783、SEQ ID NO 785, SEQ ID N0: 787、SEQ ID NO 789 和 SEQ IDNO :790。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 792所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 792所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :792所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 25和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 794,SEQ ID NO 796、SEQ IDNO 798、SEQID NO 799, SEQ ID NO :80USEQ ID NO 803, SEQ IDNO :805、SEQ ID NO 807, SEQ ID NO: 808,SEQ ID N0:810、SEQ IDNO :812、SEQ ID NO :814、SEQ ID NO :816、SEQ ID NO :818、SEQ IDNO :819、SEQ ID NO :820、SEQ ID NO 821 和 SEQ ID NO :822。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 824所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 824所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :824所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图 26和序列表中。此类多肽的实例包括但不限于SEQ ID N0:826、SEQ ID NO =1696, SEQ ID NO :1698、SEQ ID NO :1700、SEQ ID NO :1702、SEQ ID NO :1704、SEQ ID NO :1706、SEQ ID NO :1708、SEQ ID NO :1710、SEQ ID NO :1711、SEQ ID NO :1713、SEQ ID NO :1714、SEQ ID NO 1715 和 SEQ ID NO :1716。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 828所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 828所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :828所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图27和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:830、SEQ ID N0:832、SEQ IDNO :834、 SEQ ID NO 836,SEQ ID N0:837、SEQ ID NO 838,SEQ IDNO :839、SEQ ID NO 840,SEQ ID NO 842,SEQ ID NO 844、SEQ IDNO 845、SEQ ID NO :846、SEQ ID NO 847、SEQ ID NO 848、 SEQ IDNO :849、SEQ ID NO 850 和 SEQ ID NO :851。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 855所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 855所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :855所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图28和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 856,SEQ ID NO 858,SEQ IDNO :860、 SEQ ID NO 862, SEQ ID NO :864、SEQ ID NO 866, SEQ IDNO :868、SEQ ID NO 870, SEQ ID N0:872、SEQ ID NO 874、SEQ IDNO :876、SEQ ID NO 878、SEQ ID NO 880、SEQ ID NO :882、 SEQ IDNO :884、SEQ ID NO :885、SEQ ID NO :886、SEQ ID NO :887、SEQ ID NO 888 和 SEQ ID NO :889。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 891所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 891所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :891所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 29和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:893、SEQ ID NO 894、SEQ IDNO :895、SEQ ID NO896,SEQ ID NO :898、SEQ ID NO 900,SEQ IDNO 901,SEQ ID NO902,SEQ ID N0: 903,SEQ ID NO 904,SEQ IDNO :905、SEQ ID NO 907、SEQ ID NO 908、SEQ ID NO :909、SEQ IDN0:910、SEQ ID NO :911、SEQ ID NO :912、SEQ ID NO :913、SEQ ID N0:914禾口SEQ ID NO: 915。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 917所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 917所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :917所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图30和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:919、SEQ ID N0:921、SEQ IDNO :923、 SEQ ID N0:925、SEQ ID NO :927、SEQ ID NO 929, SEQ IDNO :931、SEQ ID N0:933、SEQ ID N0:935、SEQ ID NO :937、SEQ ID NO :939 禾口 SEQ ID NO :940。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 944所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 944所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :944所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图31和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 946,SEQ ID NO 947,SEQ IDNO 948、 SEQ ID NO 950, SEQ ID NO :952、SEQ ID NO 954、SEQ IDNO :956、SEQ ID NO 958, SEQ ID NO 960,SEQ ID NO 962、SEQ IDNO :964、SEQ ID NO 966、SEQ ID NO 967、SEQ ID NO 968、 SEQ IDNO 969, SEQ ID NO :970、SEQ ID NO 972 禾口 SEQ ID NO :974。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 976所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 976所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :976所列多肽具有超过45%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图32和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:978和SEQ ID NO 980。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 982所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 982所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :982所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图 33和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 984,SEQ ID NO 985、SEQ IDNO :986、SEQ ID NO 987, SEQ ID NO 988, SEQ ID NO 989, SEQ IDNO 990, SEQ ID NO :99USEQ ID NO: 992、SEQ ID NO :993、SEQ IDNO :995、SEQ ID NO :996、SEQ ID NO :998、SEQ ID NO :1000、 SEQ ID NO:100U SEQ ID NO :1003,SEQ ID NO:1005,SEQ ID NO :1007,SEQ ID NO :1008、 SEQ ID NO 1009,SEQ ID NO 101USEQ IDNO :1013,SEQ IDNO :1015,SEQ ID NO :1016,SEQ ID NO :1018,SEQ ID NO :1019、SEQ IDNO 1021,SEQ ID NO 1023,SEQ ID NO 1025,SEQ ID NO 1026,SEQID NO : 1027、SEQ ID NO 1028,SEQ ID NO : 1029、SEQ ID NO 1030,SEQID NO: 1031、SEQ ID N0:1032 和 SEQ ID NO :1033。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1054所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1054所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1054所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 34和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1055,SEQ ID NO =1057,SEQ IDNO =1058, SEQ ID NO :1059、SEQ ID NO :1061、SEQ ID NO :1063、SEQ IDNO :1065、SEQ ID NO :1065、 SEQ ID NO :1067、SEQ ID NO :1068、SEQID NO :1070、SEQ ID NO :1071、SEQ ID NO :1072、 SEQ ID N0:1074、SEQ ID N0:1075、SEQ ID N0:1076、SEQ ID N0:1077、SEQ ID NO :1078、 SEQ ID N0:1080、SEQ ID N0:1082、SEQ ID N0:1083、SEQ ID N0:1085、SEQ ID NO : 1086、SEQ ID N0:1087、SEQ ID N0:1088、SEQ ID N0:1089、SEQ ID N0:1089、SEQ ID NO :1090、 SEQ ID NO 109USEQ ID NO : 1092、SEQ ID NO : 1093、SEQ ID NO 1094,SEQ ID N0:1095和 SEQ IDNO 1097 ο在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1099所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1099所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1099所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图35和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ IDNO :110USEQ ID NO 1103,SEQ IDNO 1104、 SEQ ID NO 1105,SEQ ID NO 1106、SEQ ID NO 1108、SEQID N0:1109 和 SEQ ID NO 11100在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1112所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1112所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1112所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图36和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:1113和SEQ ID N0:1114。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1116所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1116所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1116所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 37和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:1118、SEQ ID NO 1120、SEQ IDN0:1122、 SEQ ID NO :1123、SEQ ID NO :1125、SEQ ID NO :1126、SEQID NO :1128、SEQ ID NO :1129、 SEQ ID NO :1131、SEQ ID NO :1132、SEQID NO :1133、SEQ ID NO :1134、SEQ ID NO :1136、 SEQ ID N0:1138、SEQ ID N0:1140、SEQ ID N0:1141、SEQ ID N0:1142、SEQ ID NO :1143、 SEQ ID N0:1144、SEQ ID N0:1145、SEQ ID N0:1147、SEQ ID N0:1149、SEQ ID NO :1151、 SEQ ID N0:1153 和 SEQ ID NO :1155。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1159所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1159所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1159所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 38和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:1161、SEQ ID NO: 1162、SEQ IDNO 1163 和 SEQ ID NO :1164ο在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1116所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1116所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ IDNO :1116所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 39和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 1167,SEQ ID NO 1169、SEQ IDN0:1171、 SEQ ID NO :1173、SEQ ID NO :1175、SEQ ID NO :1177、SEQ IDNO :1179、SEQ ID NO :1180、 SEQ ID N0:1182 和 SEQ ID N0:1183。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1185所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1185所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1185所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图40和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 1187, SEQ ID NO 1189, SEQ IDNO 1190、SEQ ID N0:1191 禾口 SEQ ID N0:1192。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1194所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1194所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1194所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图41和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 1196, SEQ ID NO 1198, SEQ IDNO 1200、SEQ ID NO :1202、SEQ ID NO :1203、SEQ ID NO :1204、SEQID NO :1205、SEQ ID NO 1206、SEQ ID N0:1207 和 SEQ ID NO 1208。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1210所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1210所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1210所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图42和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 121U SEQ ID N0:1213、SEQ IDNO
1215、 SEQIDNO:1216、SEQIDNO:1218、 SEQIDNO:1220、 SEQIDNO :1222、 SEQIDNO1224、SEQIDNO:1226、SEQIDNO:1228、 SEQIDNO 1229、SEQIDNO :1230、 SEQIDNO1232、SEQIDNO:1233、SEQIDNO :1234、SEQIDNO :1235、SEQIDNO:1236、SEQIDNO1237、SEQIDNO:1238、SEQIDNO :1239、SEQIDNO :1240、SEQIDNO:1241、SEQIDNO1242、SEQIDNO:1243、SEQIDNO :1244、SEQIDNO :1245、SEQIDNO:1246、SEQIDNO1247、SEQIDNO:1248、SEQIDNO :1249、SEQIDNO :1251、SEQIDNO:1253、SEQIDNO1255、SEQIDNO:1257、SEQIDNO :1259、SEQIDNO :1261、SEQIDNO:1263、SEQIDNO1264、SEQIDNO:1265、SEQIDNO :1266、SEQIDNO :1267、SEQIDNO:1268、SEQIDNO
1269、SEQ ID N0:1270、SEQ ID N0:1271 禾口 SEQ ID NO :1272。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1274所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1274所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1274所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图43和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1276, SEQ ID NO =1278, SEQ IDNO 1280、SEQ ID NO :1281、SEQ ID NO :1282、SEQ ID NO :1284、SEQID NO :1285、SEQ ID NO 1287、SEQ ID NO :1289、SEQ ID NO :1291、SEQID NO :1293、SEQ ID NO :1294、SEQ ID NO 1295、SEQ ID N0:1296、SEQ ID NO 1297, SEQ ID N0:1298 和 SEQ ID N0:1300。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1302所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1302所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1302所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图44和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1303, SEQ ID NO =1305, SEQ IDNO 1307、SEQ ID NO :1309、SEQ ID NO :1311、SEQ ID NO :1312、SEQ IDNO :1313、SEQ ID NO 1314、SEQ ID NO :1315、SEQ ID NO :1317、SEQ IDNO :1318、SEQ ID NO :1319、SEQ ID NO 1320、SEQ ID NO :1321、SEQ IDNO :1322、SEQ ID NO :1323、SEQ ID NO :1324、SEQ ID NO 1325、SEQ IDNO :1326、SEQ ID NO :1327、SEQ ID NO :1328、SEQ ID NO :1330、SEQ IDNO 1331、SEQ ID NO :1333、SEQ ID NO :1334、SEQ ID NO :1335、SEQ IDNO :1336、SEQ ID NO 1337、SEQ ID N0:1338、SEQ ID NO 1339 和 SEQID N0:1340。 在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1342所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1342所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1342所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图45和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1344, SEQ ID NO =1346, SEQ IDNO
1348、SEQ ID NO :1350、SEQ ID NO :1352、SEQ ID NO :1354、SEQID NO
1357、SEQID NO
1363、SEQID NO
1370、SEQID NO
1375、SEQID NO
1380、SEQID NO
:1358、SEQ ID NO :1364、SEQ ID NO :1371、SEQ ID NO :1376、SEQ ID NO :1381、SEQ ID NO
:1360、SEQ ID NO :1366、SEQ ID NO :1372、SEQ ID NO :1377、SEQ ID NO
:1361、SEQ ID NO :1367、SEQ ID NO :1373、SEQ ID NO :1378、SEQ ID NO
:1355、SEQIDNO
:1362、SEQIDNO
:1369、SEQIDNO
:1374、SEQIDNO
:1379、SEQIDNO1382 和 SEQ ID NO :1383。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1385所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1385所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1385所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图46和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO :1387、SEQ ID NO :1389、SEQ IDNO 1390、SEQ ID NO :1391、SEQ ID NO :1393、SEQ ID NO :1394、SEQ IDNO :1395、SEQ ID NO 1396、SEQ ID NO :1398、SEQ ID NO :1400、SEQID NO :1401、SEQ ID NO :1402、SEQ ID NO 1403、SEQ ID N0:1404、SEQ ID N0:1405 和 SEQ ID NO 1407。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1409所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1409所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1409所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图47和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO 141U SEQ ID N0:1413、SEQ IDNO 1415、SEQ ID NO :1417、SEQ ID NO :1418、SEQ ID NO :1419、SEQ IDNO :1421、SEQ ID NO 1423、SEQ ID NO 1424,SEQ ID N0:1425 和 SEQ IDNO 1426。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1428所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1428所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1428所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图48和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1430, SEQ ID NO =1432, SEQ IDNO 1434、SEQ ID NO :1436、SEQ ID NO :1439、SEQ ID NO :1442、SEQID NO :1444、SEQ ID NO 1446、SEQ ID N0:1448、SEQ ID N0:1450、SEQ ID N0:1452、SEQ ID N0:1453、SEQ ID NO: 1454,SEQ ID NO 1455,SEQ ID NO : 1456、SEQ ID NO : 1457、SEQ ID N0:1458 和 SEQ ID NO:1459。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1463所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1463所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1463所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 49和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1465,SEQ ID NO =1467,SEQ IDNO =1469, SEQ ID NO: 1471、SEQ ID NO: 1473、SEQ ID NO 1474、SEQID NO: 1475、SEQ ID NO: 1476 和 SEQ ID NO :1477o在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1491所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1491所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1491所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图50和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1493, SEQ ID NO =1495, SEQ IDNO 1497、SEQ ID NO :1499、SEQ ID NO :1501、SEQ ID NO :1503、SEQ IDNO :1504、SEQ ID NO 1505、SEQ ID N0:1506 和 SEQ ID NO 1508。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1510所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1510所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1510所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氮基酸序列提供于图 51和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID N0:1512、SEQ ID N0:1514、SEQ IDNO 1516、 SEQ ID N0:1518、SEQ ID NO 1520, SEQ ID N0:1522 和 SEQ IDN0:1523。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1525所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1525所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同 一性。与SEQ ID NO :1525所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 52和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1527,SEQ ID NO =1529,SEQ IDNO :1530、 SEQ ID N0:1532、SEQ ID NO: 1534 和 SEQ ID NO: 1535。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1537所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1537所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1537所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供 于图53和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1539, SEQ ID NO =1540, SEQ IDNO 1541、SEQ ID NO :1543、SEQ ID NO :1545、SEQ ID NO :1547、SEQ IDNO :1548、SEQ ID NO 1550、SEQ ID NO :1552、SEQ ID NO :2386、SEQ IDNO :2388、SEQ ID NO :2390、SEQ ID NO 2391 和 SEQ ID NO :2392。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :1554所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1554所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1554所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图54和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1555, SEQ ID NO 1557, SEQ IDNO 1559、SEQ ID NO :1561、SEQ ID NO :1563、SEQ ID NO :1565、SEQ IDNO :1567、SEQ ID NO 1569、SEQ ID NO: 1571、SEQ ID NO: 1572、SEQ IDNO 1573、SEQ ID NO: 1574 和 SEQ ID NO: 1575。 在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO 1577所列氨基酸序 列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1577所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1577所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽氨基酸序列提供于图 55和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO =1035,SEQ ID NO =1036,SEQ IDNO :1037、
SEQIDNO :1040、SEQIDNO:1041、SEQIDNO:1043、SEQIDNO :1044、SEQIDNO:1046、SEQIDNO 1047、SEQIDNO:1048、SEQIDNO ；:1050、SEQIDNO:1440、SEQIDNO:1480、SEQIDNO 1481、SEQIDNO:1482、SEQIDNO ；:1483、SEQIDNO:1484、SEQIDNO:1485、SEQIDNO 1486、SEQIDNO:1487、SEQIDNO ；:1488、SEQIDNO:1578、SEQIDNO:1580、SEQIDNO 1582、SEQIDNO:1584、SEQIDNO :1586、SEQIDNO:1588、SEQIDNO:1590、SEQIDNO 1592、SEQIDNO:1594、SEQIDNO :1596、SEQIDNO:1598、SEQIDNO:1599、SEQIDNO 1601、SEQIDNO:1602、SEQIDNO :1605、SEQIDNO:1607、SEQIDNO:1608、SEQIDNO 1609、SEQIDNO:1611、SEQIDNO ；:1613、SEQIDNO:1615、SEQIDNO:1617、SEQIDNO 1619、SEQIDNO:1621、SEQIDNO ；:1622、SEQIDNO:1623、SEQIDNO:1624、SEQIDNO 1625、SEQIDNO:1627、SEQIDNO ；:1629、SEQIDNO:1631、SEQIDNO:1633、SEQIDNO 1635、SEQIDNO:1637、SEQIDNO :1639、SEQIDNO:1643、SEQIDNO:1645、SEQIDNO 1648、SEQIDNO :1649、SEQIDNO 1651、SEQIDNO :1653ο
在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID N0:1437所列氨基酸序
列具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO 1437所列氨基酸序列具有至少20%，例如50%、 52%、56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98% 或 99%序列同 一性。与SEQ ID NO :1437所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于 图56和序列表中。此类多肽的实例包括SEQ ID NO: 173、SEQ ID N0:212、SEQ IDNO 361、 SEQ ID N0:421、SEQ ID NO 443,SEQ ID NO 740,SEQ IDNO 744,SEQ ID NO942,SEQ ID NO :1461o在一些情况下，低氮耐受调节多肽的氨基酸序列与SEQ ID NO :97所列氨基酸序列 具有序列相似性，并优选与SEQ ID NO :97所列氮基酸序列具有至少20%，例如50%、52%、 56%、59%、61%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。 与SEQ IDNO 1437所列多肽具有超过20%序列同一性的多肽的氨基酸序列提供于图57和 序列表中。此类多肽的实例包括 SEQ ID NO =2010, SEQ ID NO :2011、SEQ IDNO :2013、SEQ ID NO 2015 和 SEQ ID NO :2017。E.其他序列应理解，低氮耐受调节多肽可包括不参与低氮耐受调节的其他氨基酸，因此，此类 多肽可能比其他情况更长。例如，低氮耐受调节多肽可包括纯化标签、叶绿体转运肽、线粒 体转运肽、造粉体肽或添加至氨基或羧基末端的前导序列。在一些实施方案中，低氮耐受调 节多肽包括起报道分子(例如绿色荧光蛋白或黄色荧光蛋白)作用的氨基酸序列。
III.核酸本文所述核酸包括在植物或植物细胞中转录时，有效调节低氮耐受水平的核酸。 此类核酸包括但不限于编码低氮耐受调节多肽的那些核酸以及可用于通过基于核酸的方 法抑制低氮耐受调节多肽表达的那些核酸。A.编码低氮耐警调节多肽的核酸编码低氮耐受调节多肽的核酸在本文公开。此类核酸的实例包括SEQID NO =USEQ ID NO 48,SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO 99、SEQ ID N0:151、SEQ ID NO :165、 SEQ ID NO 175,SEQ ID NO 185,SEQID NO 207,SEQ ID N0:217、SEQ ID NO 233,SEQ ID NO245,SEQ IDNO 299,SEQ ID N0:331、SEQ ID NO 367,SEQ ID NO509,SEQ IDNO :532、 SEQ ID NO 555, SEQ ID NO 557, SEQ ID NO 592, SEQ IDNO :612、SEQ ID NO 645, SEQ ID NO 686,SEQ ID NO 729、SEQ IDNO :745、SEQ ID NO 768、SEQ ID NO :791、SEQ ID NO :823、 SEQ IDNO :827,SEQ ID NO 852、SEQ ID NO :854、SEQ ID NO 890、SEQ IDNO :916、SEQ ID NO: 943,SEQ ID NO :975、SEQ ID NO :98USEQ IDNO 1053,SEQ ID NO 1098,SEQ ID NO :1111、 SEQ ID NO :1115、SEQ IDNO :1156、SEQ ID NO :1158、SEQ ID NO :1165、SEQ ID NO :1184、 SEQ IDNO 1193,SEQ ID NO 1209,SEQ ID NO 1273,SEQ ID NO 1301,SEQ IDNO 1341,SEQ ID NO 1384, SEQ ID NO 1408, SEQ IDNO : 1427、SEQ IDNO : 1462、SEQ ID NO 1490, SEQ ID NO: 1509、SEQ ID NO : 1524、SEQID NO: 1536、SEQ ID NO: 1553 和 SEQ ID NO: 1576，如在下 文更详细描述。核酸还可以是为以下所列全长核酸长度至少40% (例如，至少45%、50%、 55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99% )的片段SEQ ID NO =USEQ ID NO 48,SEQ ID NO 76,SEQ ID N0:96、SEQID N0:99、SEQ ID NO 151,SEQ ID NO 165,SEQ ID NO :175、SEQIDN0 :185、SEQ ID NO :207、SEQ ID NO :217、SEQ ID NO :233、SEQ IDNO 245,SEQ ID NO 299,SEQ ID NO :33USEQ ID NO 367,SEQ IDNO 509,SEQ ID NO :532,SEQ ID NO555,SEQ ID NO 557,SEQ IDNO592,SEQ ID N0:612、SEQ ID NO 645,SEQ ID NO: 686、SEQ IDNO :729、SEQ ID NO 745,SEQ ID NO 768,SEQ ID N0:791、SEQ IDNO :823、SEQ ID N0:827、SEQ ID N0:852、SEQ ID NO : 854、SEQ IDNO 890, SEQ ID N0:916、SEQ ID NO: 943,SEQ ID NO :975、SEQ IDNO 98USEQ ID NO 1053,SEQ ID NO 1098,SEQ ID N0:1111、 SEQ ID NO :1115、SEQ ID NO :1156、SEQ ID NO :1158、SEQ ID NO :1165、SEQ IDNO :1184、 SEQ ID NO :1193、SEQ ID NO :1209、SEQ ID NO :1273、SEQ IDNO :1301、SEQ ID NO :1341、 SEQ ID NO :1384、SEQ ID NO :1408、SEQ IDNO :1427、SEQ ID NO :1462、SEQ ID NO :1490、 SEQ ID NO 1509,SEQ IDNO : 1524、SEQ ID NO 1536,SEQ ID N0:1553 和 SEQ ID NO :1576。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :1所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调 节核酸可以是具有SEQ ID NO :2所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸 的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 2所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :48所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调 节核酸可以是具有SEQ ID NO :48所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸 的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :48所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :76所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO :76所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸 的核苷酸序列可以与SEQID NO 76所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98% 或 99% 序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 96列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节 核酸可以是具有SEQ ID NO :96所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸的 核苷酸序列可以与SEQ ID NO :96所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :99所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调 节核酸可以是具有SEQ ID NO :99所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节核酸 的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :99所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、 85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 151所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :151所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :151所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 165所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :165所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :165所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 175所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :175所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :175所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 185所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :185所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :185所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :207所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :207所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :207所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :217所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :217所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :217所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :233所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :233所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :233所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。
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低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :245所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :245所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :245所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :299所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :299所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :299所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :331所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :331所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :331所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :367所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :367所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :367所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :509所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :509所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :509所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :532所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :532所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :532所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :555所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :555所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :555所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :557所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :557所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :557所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :592所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :592所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :592所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :612所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :612所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :612所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :645所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :645所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :645所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :686所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :686所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :686所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :729所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :729所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :729所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :745所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :745所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :745所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :768所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :768所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :768所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :791所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :791所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :791所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :823所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :823所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :823所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :827所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :827所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :827所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :852所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :852所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :852所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :854所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :854所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节
70核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :854所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :890所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :890所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :890所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :916所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :916所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :916所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :943所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :943所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :943所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :975所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :975所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :975所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :981所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :981所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :981所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1034所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1034所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :1034所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1053所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1053所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1053所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1098所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1098所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1098所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1111所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID N0:1111所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO=Illl所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1115所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1115所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1115所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1156所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1156所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1156所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1158所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1158所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1158所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1165所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1165所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1165所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO :1184所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1184所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :1184所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1193所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1193所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1193所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1209所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1209所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ IDNO 1209所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%,85%,90%,95% 97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1273所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1273所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1273所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1301所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1301所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1301所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1341所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1341所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1341所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。
低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1384所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1384所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO :1384所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1408所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1408所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1408所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1427所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1427所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1427所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1462所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1462所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1462所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1490所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1490所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1490所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%、或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1509所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1509所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1509所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1524所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1524所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ IDNO 1524所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1536所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1536所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1536所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1553所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1553所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1553所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例 如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。低氮耐受调节核酸可以包含SEQ ID NO 1576所列核苷酸序列。可选地，低氮耐受 调节核酸可以是具有SEQ ID NO :1576所列核苷酸序列的核酸的变体。例如，低氮耐受调节 核酸的核苷酸序列可以与SEQ ID NO 1576所列核苷酸序列具有至少80%序列同一性，例如 81%、85%、90%、95%、97%、98%或 99%序列同一性。分离的核酸分子可以通过标准技术产生。例如，聚合酶链式反应(PCR)技术可以 用于获得含有本文所述核苷酸序列的分离的核酸。PCR可用于从DNA和RNA扩增特定序 列，包括来自总基因组DNA或总细胞RNA的序列。各种PRC方法描述于例如PCR Primer =A Laboratory Manual (PCR 引物实验室手册)，Dieffenbach和 Dveksler编辑.，Cold Spring HarborLaboratory Press, 1995。一般而言，来自或超出感兴趣区末端的序列信息用于设计 寡核苷酸引物，其序列与待扩增的模板的相反链相同或相似。各种PCR策略也是可用的，可 以通过将这些策略将位点特异性核苷酸序列修饰引入模板核酸。分离的核酸也可以被化学 合成为单核酸分子(例如，使用3'到5'方向的自动DNA合成，使用亚磷酰胺技术)，或者 合成为一系列寡核苷酸。例如，可以合成一对或多对含有所需序列的长寡核苷酸(例如> 100个核苷酸)，每对含有互补的短区段(例如，约15个核苷酸)，以便寡核苷酸对退火时形 成双链体。使用DNA聚合酶延伸寡核苷酸，每寡核苷酸对产生单、双链核酸分子，然后连接 入载体。本发明分离的核酸还可以通过例如天然存在的DNA的诱变而获得。B.核酸调节多肽表汰的用涂i.低氮耐受调节多肽的表达编码本文描述的低氮耐受调节多肽之一的核酸可用于在感兴趣的植物物种中表 达所述多肽，通常通过用具有所述多肽编码序列的核酸转化植物细胞，所述编码序列以有 义方向与一个或多个调节区可操作地连接。还要理解，因为遗传密码的简并性，许多核酸可 以编码特定的低氮耐受调节多肽；即，对于多种氨基酸而言，有超过一种核苷酸三联体用作 该氨基酸的密码子。因此，使用适合该物种的密码子偏倚表，可以修饰给定的低氮耐受调节 多肽的编码序列中的密码子，以便获得在特定植物物种中的最佳表达。在一些情况下，低氮耐受调节多肽的表达抑制内源多肽的一种或多种功能。例如， 编码负显性多肽的核酸可用于抑制蛋白质功能。负显性多肽相对于内源野生型多肽而言通 常是突变的或截短的，其在细胞中的出现抑制该细胞中野生型多肽的一种或多种功能，即， 负显性多肽是遗传上显性的并带来功能缺失。负显性多肽带来这种表型的机制可能不同， 但通常涉及蛋白质-蛋白质相互作用或蛋白质-DNA相互作用。例如，负显性多肽可以是 相对于天生野生型酶而言被截短的酶，以致于该截短的多肽保留参与结合第一蛋白的结构 域，但缺乏参与结合第二蛋白的结构域。因此，截短的多肽不能正确调节第二蛋白的活性。 参见例如US 2007/0056058。作为另一个实例，导致催化结构域中非保守氨基酸取代的点 突变可以产生负显性多肽。参见例如US 2005/032221。作为另一实例，负显性多肽可以是 相对于天然野生型转录因子而言被截短的转录因子，以致于截短的多肽保留DNA结合结构 域，但失去激活结构域。这种截短的多肽可以抑制野生型转录因子结合DNA，从而抑制转录 激活。ii.低氮耐受调节多肽的表达的抑制本文所述多核苷酸和重组构建体可以用于抑制低氮耐受调节多肽在感兴趣 的植物物种中的表达。参见例如Matzke禾口 Birchler，Nature ReviewsGenetics 6 24-35(2005) ；Akashi等·，Nature Reviews Mol. Cell Biology6 :413_422(2005) ；Mittal, Nature Reviews Genetics 5:355-365(2004) ；Dorsett 禾口 Tuschl, Nature Reviews Drug Discovety3 318-329(2004)；禾口 NatureReviews RNA interference collection，2005 年
7410月，nature, com/reviews/focus/mai。已知许多基于核酸的方法(包括反义RNA、核酶指 导的RNA切割、例如RNA干扰(RNAi)的转录后基因沉默(PTGS)和转录基因沉默(TGS))抑 制植物中的基因表达。适合多核苷酸包括编码低氮耐受调节多肽的全长核酸或这种全长核 酸的片段。在一些实施方案中，可以使用全长核酸的补体或其片段。通常，片段是至少10 个核苷酸，例如至少 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、30、35、40、50、 80、100、200、500个核苷酸或更多。一般而言，较高的同源性可用于弥补较短序列的使用。反义技术是一种公知方法。该方法中，将被抑制的基因的核酸被克隆并可操作地 连接到调节区和转录终止序列，以使RNA的反义链被转录。然后如本文所述，将重组构建体 转化到植物中，并产生RNA的反义链。核酸不需要是将被抑制的的基因的完整序列，但通常 与将被抑制的的基因的有义链的至少一部分基本上互补。另一种方法中，核酸可以被转录成核酶或催化RNA，其影响mRNA的表达。参见美国 专利号6，423，885。核酶可以被设计为与实际上任何靶RNA特异性配对，并切割特定位置的 磷酸二酯骨架，从而使靶RNA功能上失活。异源核酸可以编码设计用于切割特定mRNA转录 物的核酶，因此防止多肽表达。锤头核酶用于破坏特定mRNA，尽管可以使用在位点特异性识 别序列切割mRNA的各种核酶。锤头核酶在与靶mRNA形成互补碱基对的侧翼区指定的位置 切割mRNA。唯一的要求是靶RNA含有5' UG-3'核苷酸序列。锤头核酶的构建和产生是 本领域已知的。参见例如美国专利号5，254，678和WO 02/46449和其中引用的参考文献。 锤头核酶序列可以嵌入稳定的RNA(例如转移RNA(tRNA))以增加体内切割效率。Perriman 等· (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92 (13) :6175_6179 ;de Feyter 和 Gaudron，Methods in Molecular Biology (分子生物学方法)，第 74 卷，第 43 章,“Expressing Ribozymes in Plants (在植物中表达核酶)，，，Turner, P. C.编辑，Humana Press Inc.，Totowa, NJ0 已经 描述的RNA内切核糖核酸酶，例如嗜热四膜虫(Tetrahymena thermophila)中天然存在的 RNA内切核糖核酸酶可能是有用的。参见例如美国专利号4，987，071和6，423，885。PTGS，例如RNAi，也可用于抑制基因表达。例如，可以制备包括被转录成可以自我 退火的RNA的序列的构建体，所述RNA例如具有茎环结构的双链RNA。在一些实施方案中， 双链RNA的茎部分的一条链包含与低氮耐受调节多肽的有义编码序列或其片段相似或相 同的序列，该序列长度为约10个核苷酸至约2，500个核苷酸。与有义编码序列相似或相同 的序列的长度可以是10个核苷酸至500个核苷酸、15个核苷酸至300个核苷酸、20个核苷 酸至100个核苷酸或25个核苷酸至100个核苷酸。双链RNA的茎部分的另一条链包含与 低氮耐受调节多肽编码序列的反义链或其片段相似或相同的序列，该序列长度可以比有义 序列的相应长度更短、相同或更长。在一些情况下，双链RNA的茎部分的一条链包含与编码 低氮耐受调节多肽的mRNA的3'或5'未翻译区或其片段相似或相同的序列，并且双链RNA 的茎部分的另一条链包含分别与编码低氮耐受调节多肽的mRNA的3'或5'未翻译区或其 片段互补的序列相似或相同的序列。在其他实施方案中，双链RNA的茎部分的一条链包含 与编码低氮耐受调节多肽的前mRNA中内含子序列或其片段相似或相同的序列，并且茎部 分的另一条链包含与前mRNA中内含子序列或其片段互补的序列相似或相同的序列。双链RNA的环部分可以是3个核苷酸至5，000个核苷酸，例如3个核苷酸至25个 核苷酸、15个核苷酸至1，000个核苷酸、20个核苷酸至500个核苷酸或25个核苷酸至200 个核苷酸。RNA的环部分可以包括内含子或其片段。双链RNA可以具有0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多的茎-环结构。如本文所述，包含与调节区和转录终止序列可操作地连接的并且被转录成可 形成双链RNA的RNA的序列的构建体被转化进入植物。使用RNAi抑制基因表达的方 法是本领域技术人员已知的。参见例如美国专利5，034，323 ；6, 326, 527 ；6, 452, 067 ； 6，573，099 ;6，753，139 ；和 6，777，588。还参见 WO 97/01952 ；WO 98/53083 ；WO 99/32619 ； WO 98/36083 ；和美国专利公布 20030175965,20030175783,20040214330 和 20030180945。含有以有义方向与核酸分子可操作地连接的调节区的构建体也可用于抑制基因 表达。转录产物可以与低氮耐受调节多肽的有义编码序列或其片段相似或相同。转录产 物还可以是未多聚腺苷酸化的，缺少5'帽子结构，或者含有不可剪接的内含子。使用全 长cDNA以及部分cDNA序列抑制基因表达的方法是本领域已知的。参见例如美国专利号 5，231，020。在一些实施方案中，含有具有至少一条链的核酸的构建体被用于抑制基因表达， 所述链是彼此互补的有义序列和反义序列的模板。有义序列和反义序列可以是较大核酸分 子的部分，或者可以是具有不互补的序列的分开的核酸分子的部分。有义或反义序列可以 是与编码低氮耐受调节多肽的mRNA、mRNA的3 ‘或5 ‘未翻译区或前mRNA中内含子的序列 或此类序列的片段相同或互补的序列。在一些实施方案中，有义或反义序列与驱动编码低 氮耐受调节多肽的基因转录的调节区的序列相同或互补。在每种情况下，有义序列是与反 义序列互补的序列。有义序列和反义序列可以是大于约10个核苷酸的任何长度(例如，12、13、14、15、 16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30 或更多核苷酸)。例如，反义序列长度 可以是21或22个核苷酸。通常，有义序列和反义序列长度范围从约15个核苷酸至约30 个核苷酸，例如约18个核苷酸至约28个核苷酸或约21个核苷酸至约25个核苷酸。在一些实施方案中，反义序列是与编码本文所述的低氮耐受调节多肽的mRNA序 列或其片段互补的序列。与反义序列互补的有义序列可以是低氮耐受调节多肽的mRNA中 存在的序列。通常，有义序列和反义序列被设计为对应靶mRNA的15-30个核苷酸，以减少 靶mRNA的水平。在一些实施方案中，含有具有至少一条链的核酸的构建体可用于抑制基因表达， 所述至少一条链是超过一种有义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多有义序列)的模 板。同样，含有具有至少一条链的核酸的构建体可用于抑制基因表达，所述至少一条链是超 过一种反义序列(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多反义序列)的模板。例如，构建体可以 含有具有至少一条链的核酸，所述至少一条链是两个有义序列和两个反义序列的模板。多 个有义序列可以相同或不同，多个反义序列可以相同或不同。例如，构建体可以含有具有一 条链的核酸，所述一条链是两个相同有义序列和与所述两个相同有义序列互补的两个相同 反义序列的模板。可选地，分离的核酸可以具有是下述的模板的一条链(1)长度为20个 核苷酸的两个相同的有义序列，(2)与所述长度为20个核苷酸的两个相同的有义序列互补 的一个反义序列，(3)长度为30个核苷酸的有义序列，和(4)与所述长度为30个核苷酸的 有义序列互补的三个相同的反义序列。本文提供的构建体可以被设计为具有有义序列和反 义序列的任何排列。例如，两个相同的有义序列可以在两个相同的反义序列之前，或者可以 介于两个相同的反义序列之间。
具有至少一条链的核酸可以与驱动含有有义和/或反义序列的RNA分子转录的调 节区可操作地连接，所述至少一条链是一个或多个有义和/或反义序列的模板。此外，这种 核酸可以与转录终止子序列(例如胭脂氨酸合成酶(nos)基因)可操作地连接。在一些 情况下，两个调节区可以指导两个转录物的转录一个来自顶链，一个来自底链。参见例如 Yan等.，PlantPhysiol.，141 :1508-1518 (2006)。两个调节区可以相同或不同。两个转录 物可以形成诱导靶RNA降解的双链RNA分子。在一些情况下，核酸可以位于T-DNA或植物 衍生的转移DNA (P-DNA)中，以便左和右T-DNA边界序列或P-DNA的左和右边界样序列在核 酸侧翼或在核酸的任一侧。参见US 2006/0265788。两个调节区之间的核酸序列可以是长 度约15至约300个核苷酸。在一些实施方案中，两个调节区之间的核酸序列可以是长度约 15至约200个核苷酸、长度约15至约100个核苷酸、长度约15至约50个核苷酸、长度约 18至约50个核苷酸、长度约18至约40个核苷酸、长度约18至约30个核苷酸或长度约18 至约25个核苷酸。在一些基于核酸的抑制植物中基因表达的方法中，适合的核酸可以是核酸类似 物。核酸类似物可以在碱基部分、糖部分或磷酸骨架被修饰以提高核酸的例如稳定性、杂 交作用或溶解度。碱基部分的修饰包括脱氧尿苷替代脱氧胸苷，5-甲基-2'-脱氧胞苷 和5-溴-2'-脱氧胞苷替代脱氧胞苷。糖部分的修饰包括核糖的2'羟基的修饰以形成 2' -0-甲基或2' -0-烯丙基糖。脱氧核糖磷酸骨架可以被修饰以产生吗啉代核酸(其中 每个碱基部分与六元吗啉代环连接)或肽核酸(其中脱氧磷酸骨架被拟肽骨架替代并保留 四个碱基)。参见例如，Summerton 禾口 Weller (1997) Antisense Nucleic AcidDrug Dev., 7 187-195 ；Hyrup 等.(1996)Bioorgan. Med. Chem.，4 :5_23。此外，脱氧磷酸骨架可以用例 如硫代磷酸或二硫代磷酸骨架、亚磷酰胺或烷基磷酸三酯骨架替代。C.构建体/载体本文提供的重组构建体可用于转化植物或植物细胞，以调节低氮耐受水平。重组 核酸构建体可以包含与适合在植物或细胞中表达低氮耐受调节多肽的调节区可操作地连 接的编码本文描述的低氮耐受调节多肽的核酸。因此，核酸可包含编码以下所列低氮耐受 调节多肽的任何一个的编码序列 SEQ ID N0:3、SEQ ID NO 49、SEQ ID NO 77、SEQ ID NO: 97、SEQ IDNO :100、SEQ ID NO :152、SEQ ID NO :166、SEQ ID NO :186、SEQ IDNO :208、SEQ ID N0:218、SEQ ID NO 234, SEQ ID NO 246, SEQ IDNO 300, SEQ ID NO 332, SEQ ID NO: 368,SEQ ID NO :510、SEQ IDNO :533、SEQ ID NO 556,SEQ ID NO 558,SEQ ID NO 593,SEQ IDNO :613、SEQ ID NO :646、SEQ ID NO :687、SEQ ID NO :730、SEQ IDNO :746、SEQ ID NO 769,SEQ ID NO 792、SEQ ID NO :824、SEQ IDNO :828、SEQ ID NO :853、SEQ ID NO :855、SEQ ID N0:891、SEQ IDNO :917、SEQ ID NO 944、SEQ ID NO :976、SEQ ID NO 982, SEQ ID NO: 1054、SEQ ID N0:1099、SEQ ID N0:1112、SEQ ID N0:1116、SEQ ID N0:1157、SEQ ID NO: 1159、SEQ ID NO :1166、SEQ ID NO :1185、SEQ IDNO :1194、SEQ ID NO :1210、SEQ ID NO 1274、SEQ ID NO :1302、SEQ IDNO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ ID NO :1409、SEQ ID NO 1428、SEQID NO :1437、SEQ ID NO :1463、SEQ ID NO :1491、SEQ ID NO :1510、SEQID NO 1525、SEQ ID NO : 1537、SEQ ID N0:1554、和 SEQ ID N0:1577。编码低氮耐受调节多肽的 核酸的实例列于 SEQ ID N0:1、SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96, SEQ ID N0: 99、SEQ ID NO:151、SEQ IDNO 165、SEQ ID NO: 175、SEQ ID NO: 185、SEQ ID NO 207,SEQ
77IDNO :217、SEQ ID NO :233、SEQ ID NO :245、SEQ ID NO :299、SEQ IDNO :331、SEQ ID NO 367,SEQ ID NO 509、SEQ ID NO :532、SEQ IDNO 555、SEQ ID NO 557、SEQ ID NO 592、SEQ ID NO :612、SEQ IDNO :645、SEQ ID NO :686、SEQ ID NO :729、SEQ ID NO :745、SEQ IDNO 768、SEQ ID NO :791、SEQ ID NO :823、SEQ ID NO :827、SEQ IDNO :852、SEQ ID NO :854、 SEQ ID NO 890, SEQ ID N0:916、SEQ IDNO 943, SEQ ID N0:975、SEQ ID N0:981、SEQ ID NO 1053,SEQ IDNO 1098、SEQ ID N0:1111、SEQ ID NO :1115、SEQ ID NO 1156,SEQ IDNO 1158、SEQ ID NO :1165、SEQ ID NO :1184、SEQ ID NO :1193、SEQ IDNO :1209、SEQ ID NO 1273、SEQ ID NO :1301、SEQ ID NO :1341、SEQ IDNO :1384、SEQ ID NO :1408、SEQ ID NO 1427、SEQ ID NO :1462、SEQ IDNO :1490、SEQ ID NO :1509、SEQ ID NO :1524、SEQ ID NO 1536,SEQID N0:1553和SEQ ID N0:1576。重组核酸编码的低氮耐受调节多肽可以是天生 的低氮耐受调节多肽，或者可以是细胞异源的。在一些情况下，重组构建体含有抑制低氮耐 受调节多肽的表达的与调节区可操作地连接的核酸。适合的调节区的实例描述于标题为 “调节区”的章节。还提供了含有重组核酸构建体(例如本文所述的那些)的载体。适合的载体骨架 包括例如本领域常规使用的那些，例如质粒、病毒、人工染色体、BAC、YAC或PAC。适合的表 达载体包括但不限于衍生自例如细菌噬菌体、杆状病毒和逆转录病毒的质粒和病毒载体。 许多载体和表达系统可商业获自诸如Novagen (Madison，WI)、Clontech (Palo Alto, CA)、 Stratagene (La Jolla, CA)禾口 Invitrogen/Life Technologies (Carlsbad, CA)等公司。本文提供的载体还可以包括例如复制起点、支架附着区(SAR)和/或标志物。标 志物基因可以赋予植物细胞选择性表型。例如，标志物可以赋予杀生物剂抗性，例如对抗生 素(例如，卡那霉素、G418、博莱霉素或潮霉素)或除草剂(例如，草甘磷、氯磺隆或草胺膦) 的抗性。此外，表达载体可以包括设计以促进被表达的多肽的操控或检测(例如，纯化或定 位)的标签序列。标签序列，例如荧光素酶、β-葡萄糖醛酸酶(⑶S)、绿色荧光蛋白(GFP)、 谷胱甘肽S-转移酶(GST)、多组氨酸、c-myc、血凝素或Flag 标签(Kodak，New Haven, CT) 序列，通常表达为与编码序列的融合体。此类标签可以插入多肽中任何位置，包括在羧基或 氨基末端。P.调节区重组构建体中包含的调节区的选择根据几个因素，包括但不限于效率、选择性、诱 导性、所需表达水平以及细胞或组织优先表达。对于本领域技术人员而言，通过选择和定位 调节区相对于编码序列的位置来调节编码序列的表达是常规操作。核酸转录可以类似方式 调节。一些适合的调节区仅仅或主要在某些细胞类型中启动转录。鉴定和表征植物 基因组DNA中调节区的方法是已知的，包括例如下述参考文献中描述的那些Jordano 等· (1989)Plant Cell,1 855-866 ；Bustos 等· (1989)PlantCell,1 839-854 ；Green 等· (1988)EMBO J.，7 4035-4044 ；Meier 等· (1991)Plant Cell,3 :309_316 ；和 Zhang 等· (1996) Plant Physiology，110 :1069_1079。各类调节区的实例描述如下。下述调节区的一些以及其他调节区更详细地描述 于美国专利申请序号 60/505，689 ；60/518，075 ；60/544，771 ；60/558，869 ；60/583，691 ； 60/619，181 ；60/637，140 ；60/757，544 ；60/776，307 ；10/957，569 ；11/058，689 ；11/172，703 ； 11/208，308 ； 11/274，890 ；60/583，609 ；60/612, 891 ；11/097，589 ； 11/233，726 ；11/408，791 ；11/414，142 ；10/950，321 ；11/360，017 ；PCT/US05/011105 ； PCT/US05/23639 ；PCT/US05/034308 ；PCT/US05/034343 ；以及 PCT/US06/038236 ；PCT/ US06/040572 ；和 PCT/US07/62762。例如，调节区p326、YPO144, YPO190, pl3879、YP0050、p32449、21876、YPO158, YP0214、YP0380、PT0848、PT0633、YPO128、YP0275、PT0660、PT0683、PT0758、PT0613、PT0672、 PT0688、PT0837、YP0092、PT0676、PT0708、YP0396、YP0007、YPO111、YPO103、YP0028、YPO121、 YP0008、YP0039、YP0115、YP0119、YP0120、YP0374、YP0101、YP0102、YP0110、YP0117、YP0137、 ΥΡ0285、ΥΡ0212、ΥΡ0097、YPO107、ΥΡ0088、YPO143、YPO156、ΡΤ0650、ΡΤ0695、ΡΤ0723、ΡΤ0838、 ΡΤ0879、PTO740、PTO535、PTO668、PTO886、PTO585、ΥΡ0381、ΥΡ0337、PTO710、ΥΡ0356、ΥΡ0385、 YP0384、YP0286、YP0377、PD1367、PT0863、PTO829、PTO665、PTO678、YP0086、YP0188、YP0263、 ΡΤ0743和YP0096的序列列于PCT/US06/040572的序列表中；调节区PT0625的序列列于 PCT/US05/034343 的序列表中；调节区 PT0623、YP0388、YP0087、YP0093、YP0108、YP0022 和 ΥΡ0080的序列列于美国专利申请序号11/172，703的序列表中；调节区PR0924的序列列于 PCT/US07/62762 的序列表中；而调节区 p530cl0、p0sFIE2_2、p0sMEA、p0sYpl02 和 p0sYp285 的序列列于PCT/US06/038236的序列表中。应理解，调节区可以符合基于其在一种植物物种中活性的一种分类的标准，还满 足基于其在另一种植物物种中活性的不同分类的标准。i.广泛表达的启动子促进许多但不必是全部植物组织中转录的启动子可以称为“广泛表达的”。例如， 广泛表达的启动子可以在芽、芽尖(叶尖)和叶的一种或多种中促进可操作地连接的序列 的转录，但是在诸如根或茎的组织中较弱地促进或根本不促进可操作地连接序列的转录。 作为另一实例，广泛表达的启动子可以在茎、芽、芽尖(叶尖)和叶的一种或多种中促进可 操作地连接的序列的转录，但在诸如花和发育种子的生殖组织的组织中较弱地促进或根本 不促进转录。可包括在本文提供的核酸构建体中的广泛表达的启动子的非限制性实例包括 p326、YPO144, YPO190, pl3879、YP0050、p32449、21876、YP0158、YP0214、YP0380、PT0848 和 PT0633启动子。其他实例包括花椰菜花叶病毒(CaMV) 35S启动子、甘露氨酸合酶(MAS)启 动子、衍生自根瘤农杆菌的T-DNAWl'或2'启动子、玄参花叶病毒34S启动子、肌动蛋白 启动子(例如水稻肌动蛋白启动子)和泛素启动子(例如玉米泛素-1启动子)。在一些情 况下，将CaMV 35S启动子排除在广泛表达的启动子类别之外。ii.根启动子根活性启动子在根组织中赋予转录，所述根组织例如根内皮层、根表皮层或根维 管组织。在一些实施方案中，根活性启动子是根优先启动子，即，仅仅或主要在根组织中赋 予转录。根优先启动子包括YP0128、YP0275、PT0625、PT0660、PT0683和ΡΤ0758启动子。其 他根优先启动子包括ΡΤ0613、ΡΤ0672、ΡΤ0688和ΡΤ0837启动子，其驱动主要在根组织中和 一定程度上在胚珠和/或种子中的转录。根优先启动子的其他实例包括CaMV 35S启动子 的根特异性亚结构域(Lam 等· (1989)Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86 :7890_7894)，Conkling 等· (1990)Plant Physiol,93 :1203_1211报导的根细胞特异性启动子，和烟草RD2启动子。iii.成熟的胚乳启动子
在一些实施方案中，驱动成熟胚乳中转录的启动子可能是有用的。从成熟胚乳启 动子转录通常在受精之后开始，并首先在种子发育期间在胚乳组织中发生，并通常在细胞 化阶段达到高峰。主要在成熟胚乳中有活性的启动子是最适合的，但有时可以使用在其他 组织中也有活性的启动子。可包括在本文提供的核酸构建体中的成熟胚乳启动子的非限制 性实例包括油菜籽蛋白启动子、表壳蛋白-5启动子、菜豆球蛋白启动子(Bustos等.(1989) Plant Cell, 1(9) :839_853)、大豆胰蛋白酶抑制剂启动子(Riggs 等.(1989)PlantCell， 1(6) :609-621)、ACP 启动子(Baerson 等.(1993)Plant Mol. Biol, 22 (2) :255_267)、硬酯 酰-ACP 脱氢酶启动子(Slocombe 等(1994)PlantPhysiol，104(4) 167-176)、β -伴大豆 球蛋白启动子的大豆 α ‘亚基(Chen等(1986)Proc. Natl. Acad. Sci. USA,83 :8560_8564)、 油质蛋白启动子(Hong等(1997)Plant Mol. Biol，34 (3) =549-555)和玉米醇溶蛋白启动 子，例如15kD玉米醇溶蛋白启动子、16kD玉米醇溶蛋白启动子、19kD玉米醇溶蛋白启动子、 22kD玉米醇溶蛋白启动子和27kD玉米醇溶蛋白启动子。来自水稻谷蛋白-1基因的Osgt-I 启动子(Zheng等(1993)Mol Cell Biol, 13 =5829-5842), β -淀粉酶启动子和大麦醇溶蛋 白启动子也是适合的。其他成熟胚乳启动子包括ΥΡ0092、ΡΤ0676和ΡΤ0708启动子。iv.卵巢组织启动子在卵巢组织(例如胚珠壁和中皮层)中有活性的启动子也可能是有用的，例如聚 半乳糖醛酸酶(polygalacturonidase)启动子、香蕉TRX启动子、甜瓜肌动蛋白启动子、 YP0396和PT0623。主要在胚珠中有活性的启动子的实例包括YP0007、YPOllU YP0092、 YPO103、YP0028、YPO121、YP0008、YP0039、YPO115、YPO119、YPO120 和 YP0374。v.胚胎Sac/早期胚乳启动子为了实现在胚胎Sac/早期胚乳中表达，可使用在极核和/或中央细胞中有活性的 调节区，或在极核前体中有活性但在卵细胞或卵细胞前体中无活性的调节区。仅仅或主要 在极核或其前体和/或中央细胞中驱动表达的启动子是最适合的。在胚胎Sac/早期胚乳 优先启动子中也存在从极核扩展至胚乳发育早期的转录模式，但是转录通常在胚乳发育晚 期细胞化阶段期间和之后显著降低。胚胎Sac/早期胚乳启动子通常不存在合子或发育胚 胎中的表达。可能适合的启动子包括衍生自下述基因的启动子拟南芥viviparous-Ι (参 见，GenBank 号 U93215)；拟南芥 atmycl (参见，Urao (1996)Plant Mol. Biol, 32 571-57 ； Conceicao (1994) Plant, 5 493-505)；拟南芥 FIE (GenBank 号 AF129516)；拟南芥 MEA ； 拟南芥FIS2 (GenBank号AF096096) JPFIE 1. 1 (美国专利号6，906，244)。其他可能适 合的启动子包括衍生自下述基因的启动子玉米MAC1(参见，Sheridan(1996)Genetics, 142 1009-1020)；玉米 Cat3 (参见，GenBank 号 L05934 ；Abler (1993)Plant Mol. Biol, 22 10131-1038)。其他启动子包括下述拟南芥启动子:YP0039、YPOlOU ΥΡ0102、YPOl 10, YP0117、YP0119、YP0137、DME、YP0285和YP0212。其他可用的启动子包括下述水稻启动子 p530cl0、p0sFIE2-2、pOsMEA、p0sYpl02和 p0sYp285。vi.胚胎启动子受精后优先驱动合子细胞转录的调节区可以提供胚胎优先的表达。心期之前 优先驱动早期胚胎中转录的启动子是最适合的，但是晚期和成熟胚胎中的表达也是适合 的。胚胎优先启动子包括大麦脂质转移蛋白(Ltpl)启动子(Plant Cell Rep (2001) 20 647-654)、YP0097、YPO107, YP0088、YPO143, YPO156, PT0650、PT0695、PT0723、PT0838、 PT0879 和 PT0740。vii.光合组织启动子光合组织中有活性的启动子赋予在绿色组织(例如叶和茎)中的转录。仅仅或主 要在此类组织中驱动表达的启动子是最适合的。此类启动子的实例包括核酮糖-1，5-二磷 酸羧化酶(RbcS)启动子，例如来自东部落叶松(美洲落叶松)的RbcS启动子、松树cab6 启动子(Yamamoto 等.(1994)Plant CellPhysiol, 35 :773_778)、来自小麦的 Cab-I 启动子 (Fejes 等(1990)Plant Mol. Biol，15 :921_932)、来自菠菜的 CAB-1 启动子(Lubberstedt 等(1994)PlantPhysiol，104 :997-1006)、来自水稻的 cablR 启动子(Luan 等(1992)Plant Cell，4 :971-981)、来自玉米的丙酮酸正磷酸二激酶(PPDK)启动子(Matsuoka等(1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 :9586_9590)、烟草 Lhcbl*2 启动子(Cerdan 等.(1997)Plant Mol. Biol. ,33 :245_255)、鼠耳芥(Arabidopsisthaliana) SUC2 蔗糖-H+ 共运输体启动子 (Truernit等· (1995)Planta，196 :564_570)和来自菠菜的类囊体膜蛋白启动子(psaD、 psaF、psaE、PC、FNR、atpC、atpD、cab、rbcS)。其他光合组织启动子包括 PT0535、PT0668、 PT0886、YPO144, YP0380 和 PT0585。viii.维管组织启动子在维管束中具有高或优先活性的启动子的实例包括YP0087、YP0093、YPO108, YP0022和YP0080。其他维管组织优先启动子包括甘氨酸富集的细胞壁蛋白GRP 1. 8启 动子(Keller 和 Baumgartner (1991)Plant Cell,3(10) :1051_1061)、鸭跖草黄斑驳病毒 (CoYMV)启动子(Medberry 等· (1992)Plant Cell,4(2) :185_192)和水稻东格鲁杆状病毒 (RTBV)启动子(Dai 等.(2004)Proc. Natl. Acad. Sci. USA，101 (2) :687_692)。ix.可诱导的启动子可诱导的启动子赋予响应于外部刺激(例如化学试剂)或环境刺激的转录。例如， 可诱导的启动子可以赋予响应于激素(例如赤酶酸(giberellicacid)或乙烯)或响应于 光或干旱的转录。干旱诱导的启动子的实例包括YP0380、PT0848、YP0381、YP0337、PT0633、 YP0374、PT0710、YP0356、YP0385、YP0396、YP0388、YP0384、PT0688、YP0286、YP0377、PD1367 和PD0901。氮诱导的启动子实例包括PT0863、PT0829、PT0665和ΡΤ0886。遮光诱导的启动 子的实例包括PR0924和ΡΤ0678。盐诱导的启动子实例是rd29A (Kasuga等.(1999) Nature Biotech 17:287-291)。χ.基本启动子基本启动子是转录起始所需的转录复合物组装所必需的最小序列。基本启动子常 常包括“TATA盒”元件，其可以位于转录起始位点上游约15至约35个核苷酸之间。基本启 动子还可以包括“CCAAT盒”元件(通常是序列CCAAT)和/或GGGCG序列，其可以位于转录 起始位点上游约40至约200个核苷酸之间，通常约60至约120个核苷酸之间。xi.茎启动子茎启动子可以对一种或多种茎组织具有特异性，或者对茎或其他植物部分具有特 异性。茎启动子可以在例如表皮和皮层、维管形成层、原形成层或木质部具有高或优先活 性。茎启动子的实例包括US20060015970公开的YP0018以及CryIA(b)和CryIA(c) (Braga 等.2003，Journal of NewSeeds 5 :209_221)。
xii.其他启动子其他类别的启动子包括但不限于芽优先、愈伤组织优先、毛状体细胞优先、保卫 细胞优先(例如PT0678)、块茎优先、薄壁组织细胞优先和衰老优先的启动子。如上文引用 的专利申请中所述的命名为 YP0086、YPO188, YP0263、PT0758、PT0743、PT0829、YPOl 19 和 YP0096的启动子也可能是有用的。xiii.其他调节区5'未翻译区(UTR)可包括在本文描述的核酸构建体中。5' UTR是转录但未翻译 的，并且位于转录物起始位点和翻译起始密码子之间，可以包括+1核苷酸。3' UTR可以位 于翻译终止密码子和转录物末端之间。UTR可以具有特定功能，例如增加mRNA稳定性或减 弱翻译。3' UTR的实例包括但不限于多聚腺苷酸化信号和转录终止序列，例如胭脂氨酸合 酶终止序列。应理解，重组多核苷酸中可存在超过一种调节区，例如内含子、增强子、上游激活 区、转录终止子和可诱导元件。因此，例如超过一种调节区可以可操作地连接至编码低氮耐 受调节多肽的多核苷酸序列。调节区，例如内源基因的启动子，可以通过化学合成或通过从包含所述调节区的 基因组DNA亚克隆来获得。包含所述调节区的核酸还可包括含有促进后续操作的限制酶位 点的侧翼序列。IV.转基因植物和植物细胞A.转化本发明的特征还为包含本文所述的至少一种重组核酸构建体的转基因植物细胞 和植物。植物或植物细胞可通过将构建体整合入其基因组来转化，即，可以被稳定转化。稳 定转化的细胞通常每次细胞分裂都保留所引入的核酸。植物或植物细胞还可以瞬时转化， 以致构建体不被整合入其基因组。瞬时转化的细胞通常在每次细胞分裂时失去所引入核酸 构建体的全部或一部分，使得所引入核酸不能在足够次数的细胞分裂后在子细胞中被检测 到。瞬时转化和稳定转化的转基因植物和植物细胞可用于本文描述的方法中。用于本文描述的方法的转基因植物细胞可构成完整植物的部分或全部。此类植物 可以适合所考虑的物种的方式在生长箱、温室或田地中生长。转基因植物可以为特定目的 所需而繁殖，例如以将重组核酸引入其他系，以将重组核酸转移至其他物种，或者进一步选 择其他想要的性状。可选地，转基因植物可以对适应此类技术的物种进行无性繁殖。如本 文使用，转基因植物还指最初转基因植物的后代，条件是后代遗传了转基因。转基因植物产 生的种子可以经培养后自交(或异型杂交和自交)以获得核酸构建体纯合的种子。转基因植物可以在悬浮培养物或组织或器官培养物中生长。为本发明目的，可以 使用固体和/或液体组织培养技术。当使用固体培养基时，转基因植物细胞可以直接放在 培养基上，或者可以放在滤纸上，然后将滤纸与培养基接触。当使用液体培养基时，转基因 植物细胞可以放入与液体培养基接触的浮选设备，例如多孔膜。固体培养基可以是例如含 有琼脂和适当浓度的植物生长素(例如2，4-二氯苯氧基乙酸(2，4-D))和适当浓度细胞的 细胞分裂素(例如激动素)的Murashige和Skoog(MS)培养基。当使用瞬时转化的植物细胞时，编码具有报道活性的报道多肽的报道序列可以包 括在转化程序中，报道分子活性或表达的测定可以在转化后适当时间进行。进行测定的适当时间是转化后约1-21天，例如约1-14天、约1-7天或约1-3天。瞬时测定的使用对于快 速测定不同物种或确认之前未在特定受体细胞中确认其表达的异源低氮耐受调节多肽表 达而言是特别方便的。将核酸引入单子叶植物和双子叶植物的技术是本领域已知的，并且包括但不限于 农杆菌介导的转化、病毒载体介导的转化、电穿孔和粒子枪转化，例如美国专利5，538, 880 ； 5，204，253 ；6, 329，571和6，013，863。如果细胞或培养的组织用作转化的受体组织，则如果 需要，植物可以通过本领域技术人员已知的技术从转化的培养物产生。B.筛诜/诜择可以从具有转基因表达赋予的性状或表型的那些群成员筛选和/或选择转基因 植物群。例如，可以从单转化事件的后代群筛选具有所需水平的低氮耐受调节多肽或核 酸的那些植物。可以使用物理和生化方法确定表达水平。这些包括用于检测多核苷酸的 Southern分析或PCR扩增；用于检测RNA转录物的RNA印迹、SlRNA酶保护、引物延伸或 RT-PCR扩增；用于检测多肽和多核苷酸的酶或核酶活性的酶促测定；以及检测多肽的蛋白 质凝胶电泳、蛋白质印迹、免疫沉淀和酶联免疫分析。诸如原位杂交、酶染色和免疫染色的 其他技术也可用于检测多肽和/或多核苷酸的存在或表达。用于进行所有参考技术的方法 是已知的。作为替代，可以从包含独立转化事件的植物群筛选具有所需性状(例如调节的 低氮耐受水平)的那些植物。可以针对一代或更多代和/或超过一个地理位置进行选择和 /或筛选。在一些情况下，转基因植物可以在诱导所需表型或者在转基因植物中产生所需表 型所必需的条件下生长和选择。此外，选择和/或筛选可以在其中预期表型由植物表现的 特定发育阶段应用。选择和/或筛选可以进行以选择低氮耐受水平与缺少转基因的对照植 物相比具有统计学显著地差异的那些转基因植物。选择或筛选的转基因植物与相应对照植 物相比，具有改变的表型，如在本文“转基因植物表型”章节中描述。C.植物物种本文描述的多核苷酸和载体可以用于转化许多单子叶植物和双子叶植物和植 物细胞系统，包括来自下述科之一的物种爵床科(Acanthaceae)、葱科(Alliaceae)、百 合水仙禾斗(Alstroemeriaceae)、石蒜禾斗(Amaryllidaceae)、夹竹桃禾斗(Apocynaceae)、棕 榈禾斗(Arecaceae)、菊禾斗(Asteraceae)、小檗禾斗(Berberidaceae)、红木禾斗(Bixaceae)、 十字花禾斗(Brassicaceae)、凤梨禾斗(Bromeliaceae)、大麻禾斗(Cannabaceae)、石竹 禾4" (Caryophyllaceae) > | ■禾4" (Cephalotaxaceae) > 藥禾4" (Chenopodiaceae) > ^li /K 仙禾斗(Colchicaceae)、葫声禾斗(Cucurbitaceae)、薯裁禾斗(Dioscoreaceae)、麻黄 禾斗(Ephedraceae)、！ M 禾4" (Erythroxylaceae) >(Euphorbiaceae) ^ M JB ^ 禾斗(Fabaceae)、唇形禾斗(Lamiaceae)、亚麻禾斗(Linaceae)、石松禾斗(Lycopodiaceae)、 锦葵科(Malvaceae)、黑药花科(Melanthiaceae)、芭蕉科(Musaceae)、桃金娘科 (Myrtaceae)、珙王同禾斗(Nyssaceae)、S粟禾斗(Papaveraceae)、松禾斗(Pinaceae)、车前草禾斗 (Plantaginaceae)、禾本禾斗(Poaceae)、蔷薇禾斗(Rosaceae)、菌草禾斗(Rubiaceae)、杨柳禾斗 (Salicaceae)、无患子禾斗(Sapindaceae)、爺禾斗(Solanaceae)、红丑杉禾斗(Taxaceae)、山茶 禾斗(Theaceae)或葡萄禾斗(Vitaceae)。适合的物种可以包括下述属的成员秋葵属(Abelmoschus)、冷杉属(Abies)、 械属(Acer)、剪股颖属(Agrostis)、葱属(Allium)、六出花属(Alstroemeria)、凤梨属(Ananas)、穿心莲属(Andrographis)、须芒草属(Andropogon)、蒿属(Artemisia) > ^tt 属(Arundo)、颠茄属(Atropa)、小檗属(Berberis)、甜菜属(Beta)、红木属(Bixa)、芸苔 属(Brassica)、金盖花属(Calendula)、山茶属(Camellia)、喜树属(Camptotheca) 属(Cannabis)(Capsicum)(Carthamus)(Catharanthus) >| |1
属(Cephalotaxus)、菊花属(Chrysanthemum)、金鸡纳属(Cinchona)、西瓜属(Citrullus)、 咖啡属(Coffea)、秋水仙属(Colchicum)、鞘蕊花属(Coleus)、黄瓜属(Cucumis)、南瓜 属(Cucurbita)、狗牙根属(Cynodon)、曼陀罗属(Datura)、石竹属(Dianthus)、毛地 黄属(Digitalis)、薯蓣属(Dioscorea)、油棕属(Elaeis)、麻黄属(Ephedra)、蔗茅属 (Erianthus)、古柯属(Erythroxylum)、按树属(Eucalyptus)、羊茅属(Festuca)、草莓 属(Fragaria)、雪花属(Galanthus)、大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向曰葵属 (Helianthus)、橡胶树属(Hevea)、大麦属(Hordeum)、直菪属(Hyoscyamus)、麻风树属 (Jatropha)、莴苣属(Lactuca)、亚麻属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、 番爺属(Lycopersicon)、石松属(Lycopodium)、木薯属(Manihot)、苜猜属(Medicago)、薄 荷属(Mentha)、芒草属(Miscanthus)、芭蕉属(Musa)、烟草属(Nicotiana)、稻属(Oryza)、 黍属(Panicum)、罂粟属(Papaver)、银胶菊属(Parthenium)、狼尾草属(Pennisetum)、 矮牵牛属(Petunia)、草属(Phalaris)、梯牧草属(Phleum)、松属(Pinus)、早熟禾属 (Poa)、大戟属(Poinsettia)、杨属(Populus)、萝芙木属(Rauwolfia)、蓖麻属(Ricinus)、 玫瑰属(Rosa)、蔗属(Saccharum)、柳属(Salix)、血根草属(Sanguinaria)、东莨菪属 (Scopolia)、黑麦属(Secale)、爺属(Solanum)、高粱属(Sorghum)、米草属(Spartina)、菠 菜属(Spinacea)、艾菊属(Tanacetum)、紫杉属(TaMis)、可可属(Theobroma)、小黑麦属 (Triticosecale)、小麦属(Triticum)、牧场草属(Uniola)、藜芦属(Veratrum)、蔓长春花 属(Vinca)、葡萄属(Vitis)和玉蜀黍属(Zea)。适合的物种包括黍或其杂合体、高粱或其杂合体、苏丹草、芒草或其杂合体、甘蔗 或其杂合体、蔗茅、杨、须芒草(Andropogon gerardii)(大须芒草)、紫狼尾草(Permisetum purpureum)(象草))或其杂合体(例如，紫狼尾草χ香蒲状狼尾草(Permisetum typhoidum))、胃(Phalarisarundinacea) ()、^]3"卞艮(Cynodon dactylon) ( H 慕大草)、華叶羊茅(Festuca arundinacea)(高羊茅)、互花米草王兆(Spartina pectinata) (草原线草)、紫苜蓿(Medicago sativa)(苜蓿)、芦竹(Arimdo donax)(巨人芦苇)或其 杂合体、黑麦(Secale cereale)(裸麦)、柳(柳树)、桉树(桉树)、小黑麦(小麦-小麦X 裸麦)、TripSicum dactyloides (东部加马草)、灰色赖草(流域羊草)、峡谷王子赖草(巨 人羊草)和竹子。在一些实施方案中，适合的物种可以是野生的、杂草多的或栽培的高粱 物禾中，例如高梁 Sorghum almum、高梁 Sorghum amplum、高梁 Sorghumangusturn、 高梁Sorghum arundinaceum、双色高梁(Sorghum bicolo)(例如双色族、几内亚 族、顶尖族、卡弗尔族和都拉族)、高粱Sorghumbrachypodum、球茎高粱(Sorghum bulbosum)、高梁 Sorghum burmahicum、高梁 Sorghum controversum、高梁 Sorghum drummondii、 M 梁 Sorghumecarinatum、 M 梁 Sorghum exstans、 M 梁 Sorghum grande、 高梁 Sorghumhalepenseλ 高梁 Sorghum interjectum、高梁 Sorghum intrans、高 梁 Sorghumlaxiflorum、高梁 Sorghum leiocladum、高梁 Sorghum macrospermum、高^ Sorghum matarankense、 M ^ Sorghum miliaceum、 M ^ Sorghum nigrum、光 M 梁(Sorghum nitidum)、习习高梁(Sorghumplumosum)、高梁 Sorghumpropinquum、高梁 Sorghum purpureosericeum、高梁 Sorghum stipoideum、高梁 Sorghum sudanensese、高梁 Sorghum timorense、高梁 Sorghumtrichocladum、高梁 Sorghum versicolor、高梁 Sorghum virgatum、高粱Sorghum vulgare或杂种，例如高粱χ almum、高粱χ苏丹草或高粱χ待宵 草。适合的物种还包括一年生向日葵(helimthus mnuus)(向日葵)、 iL Carthamus tinctorius ()、 M M W Jatropha curcas ( 0 M W ) ^ M 麻 Ricinuscommunis (蓖麻)、油掠(Elaeis guineensis)(掠榈)、亚麻 Linum usitaiissimum(亚麻)禾口芥菜(Brassicajuncea)0适合的物种包括普通甜菜(甜菜)和木薯Manihot esculenta (木薯)。适合的物种还包括番茄Lycopersicon esculentum(西红柿)、莴苣 Lactucasativa (莴苣)、色蕉 Musa paradisiaca (香蕉)、马铃薯 Solanum tuberosum (马铃 薯)、甘蓝Brassica oleracea (花莲甘蓝、菜花、抱子甘蓝)、荼树Camelliasinensis (荼)、 草莓 Fragaria ananassa(草莓)、可可 Theobroma cacao (可可)、咖啡树 Coffea arabica(咖啡)、葡萄 Vitis vinifera(葡萄)、菠萝 Ananascomosus (菠萝)、一年生辣椒 (热辣椒&甜辣椒)、洋葱Allium c印a (洋葱)、甜瓜Cucumis melo (甜瓜)、黄瓜Cucumis sativus (黄瓜)、舆瓜 Cucurbitamaxima(南瓜)、南瓜 Cucurbita moschata(西葫戸)、 菠菜 Spinacea oleracea(菠菜)、西瓜 Citrullus Ianatus (西瓜)、秋葵 Abelmoschus esculentus (羊角豆)、禾口前子 Solanum melongena(前子)。适合的物种还包括罂粟Papaver somniferum(罂粟)、东方罂粟 (Papaverorientale) λ ^L ^ (Taxus baccata) λ ^ OfS (Taxus brevifolia)、冑 蒿(Artemisia annua)、大麻 Cannabis sativa、长尖喜树(Camptothecaacuminate)、长 春花(Catharanthus roseus)、攻瑰红长春花(Vinca rosea)、正金鸡纳丰对(Cinchona officinalis)、秋水仙(CoIchicum autumnale)、力口州薬戸(Veratrum californica)、毛花 洋地黄(Digitalis lanata)、紫花洋地黄(Digitalis purpurea)、薯蔬(Dioscoreaspp.)、 穿心莲 Andrographispaniculata、真页前 Atropa belladonna、曼陀罗 Datura stomonium、 小檗(Berberis spp.)、三尖衫(Cephalotaxus spp.)、草黄麻(Ephedra sinica)、黄 麻(Ephedra spp.)、古柯 Erythroxylum coca、雪花莲 Galanthus wornorii、东莫菪 (Scopolia spp.)、蛇足石松 Lycopodium serratum(=蛇足草 Huperziaserrata)、石松 (Lycopodium spp·)、萝芙减(Rauwolfia serpentina)、萝芙木(Rauwolfia spp·)、血根草 (Samguinaria canadensis)、莫菪(Hyoscyamusspp·)、金盖花(Calendula officinalis)、 小白菊(Chrysanthemum parthenium)、毛喉鞘蓝花(Coleus frskohlii)禾口艾菊 Tanacetum parthenium。适合的物种还包括银胶菊(Lycopersicon esculentum)(银胶菊)、橡胶树Hevea spp.(橡胶)、留香兰 Mentha spicata (薄荷)、洋薄荷 Mentha piperita (薄荷)、红木 Bixa orellana 禾口六出花(Alstroemeria spp.) 0适合的物种还包括玫瑰Rosa spp.(玫瑰)、石竹Dimthus caryophyllus (康乃 馨)、矮牵牛花Petunia spp.(矮牵牛花)和一品红Poinsettia pulcherrima (圣诞红)。
适合的物种还包括烟草Nicotiana tabacum (烟草)、白羽扇豆Lupinusalbus (羽 扇豆)、穿心莲Uniola paniculata(燕麦)、常绿草(剪股颖Agrostisspp.)、杨山杨(白 杨)、松 Pinu spp.(松树)、冷杉 Abies spp.(冷杉)、械 Acerspp.(槭树)、大麦 Hordeum vulgare (大麦)、牧场草Poa pratensis (蓝草)、黑麦草Lolium spp.(黑麦草)和猫尾草 Phleum pratense (梯牧草)。因此，方法和组合物可用于多种植物物种，包括选自下述的物种双子叶甘蓝、 红花、大豆、棉、向日葵、麻风树、银胶菊、杨和蓖麻；和单子叶植物属油棕、羊茅、大麦、黑 麦、稻、黍、狼尾草、梯牧草、早熟禾、甘蔗、黑麦、高粱、小黑麦、小麦和玉蜀黍。在一些实施 方案中，植物是下述物种的成员柳枝稷(风倾草)、双色高粱(高粱、苏丹草)、巨芒草 (Miscanthus giganteus)(芒草)、甘蔗(Saccharum sp.)(能源甘蔗)、香脂白杨(Populus balsamifera)(白杨)、玉蜀黍(玉米)、秣食豆(Glycine max)(大豆)、甘蓝型油菜 (Brassica napus) d胃)、胃ffl/j、胃(^iS/J^ ) ( ) > Piift^ (Gossypium hirsutum) (棉花)、籼稻(Oryza satiw)(水稻)、一年生向日葵(向日葵)、紫苜蓿(Medicago sativa) (苜蓿)、普通甜菜(Betavulgaris)(甜菜)或灰绿狼尾草(Pennisetum glaucum)(珍珠 黍)。在某些实施方案中，本文描述的多核苷酸和载体可用于转化多种单子叶和多子叶 植物和植物细胞系统，其中此类植物是不同物种或多种特定物种的杂合体(例如，甘蔗X芒 草、柳枝稷X黍Panicum amarum、柳枝稷χ黍Panicum amarulum和紫狼尾草χ香蒲状狼尾 草)。D转基因植物表型在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的幼苗可以具有 提高的光合效率水平。例如，本文描述的低氮耐受调节多肽可以在转基因植物中表达，导 致在低氮源生长条件下光合效率水平提高。与不表达转基因的相应对照植物的光合效率 水平相比，光合效率水平可以提高至少0. 25%，例如0. 25%U%>2%,3%,4%,5%,6%, 7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%, 35%、40%、45%、50%、55%、60%或超过60%。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表 达得到调节的植物可以具有降低的光合效率水平。与不表达转基因的相应对照植物的光合 效率水平相比，光合效率水平可以降低至少0. 25%，例如0. 25%U%>2%,3%,4%,5%, 10%、15%、20%、25%、30%、35% 或超过 35%。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的一种或多种绿色 组织可以具有提高或降低的光合效率水平，所述绿色组织例如叶、茎、球茎、花、果实、幼年 种子。例如，与不表达转基因的相应对照植物的光合效率水平相比，光合效率水平可以提 高至少 0. 25%，例如 0. 25%,1%>2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9%,10%,11%>12%, 13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18% ,19%,20%,25%,30%,35%,40%,45%,50%,55%, 60%或超过60%。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽的表达得到调节的植物的一种或 多种绿色组织可以具有降低的光合效率水平。与不表达转基因的相应对照植物的光合效率 水平相比，光合效率水平可以降低至少0. 25%，例如0. 25%U %>2%,3%,4%,5%,10%, 15%、20%、25%、30%、35% 或超过 35%。此类植物中低氮生长条件下光合效率的提高可以改善植物在植物摄取氮肥经常不足的地理环境中的生长。此类植物中光合效率下降以及由此对低氮耐受生长条件耐受性 的降低可通过应用至杂草等而用于从环境中除去杂草等。例如，可准备能够诱导光合效率 降低的植物用于土地改良等。通常，转基因植物或细胞与对照植物或细胞之间光合效率水平的差异被认为是用 适当的参数或非参数统计在ρ < 0. 05统计学显著，所述统计例如卡方检验、Studentt检 验、Marm-Whitney检验或F-检验。在一些实施方案中，光合水平的差异是在ρ < 0.01、ρ
<0.005或？ < 0.001统计学上显著。例如，转基因植物光合效率水平与对照植物细胞的 量相比的统计学显著差异表明，转基因植物中存在的重组核酸导致光合效率水平的改变。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物幼苗可以具有提高的 生长速率。例如，本文描述的低氮耐受调节多肽可以在转基因植物中表达，导致限制氮源的 生长条件下提高的生长速率。与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率提 高至少 2%，例如 2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、 16%、17%、18%、19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60% 或超过 60%。 在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物可以具有降低的生长速率。与 不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率降低至少2%，例如2%、3%、4%、 5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%或超过35%。可以在幼苗植物、发育中的植物或成熟 植物中测定生长速率，持续测量诸如下述的时段约1小时、3小时、6小时、12小时、1天、3 天、5天、10天、1月、3月、6月、12月或植物整个寿命。在一些实施方案中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物的一种或多种营养 和生殖组织可以具有提高或降低的生长速率，所述组织例如叶、茎、花、球茎、果实、年轻种 子。例如，与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率可以提高至少2 %，例如 2%,3%,4%,5%,6%,7%,8%,9% ,10% ,11% >12% ,13% ,14% ,15% ,16% ,17% ,18%, 19%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60% 或超过 60%。在一些实施方案 中，低氮耐受调节多肽表达得到调节的植物的一种或多种营养组织可以具有降低的生长速 率水平。与不表达转基因的相应对照植物生长速率相比，生长速率可以降低至少2%，例如 2%、3%、4%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%或超过 35%。此类植物中低氮生长条件下生长速率的提高可以提供在植物摄取氮肥经常不足 的地理环境中改善的植物生长和初步移植生长。此类植物中生长速率下降以及由此对低氮 耐受生长条件耐受性的降低可通过应用至观赏性植物等而用于设计缓慢生长的植物。例 如，可准备能够诱导生长速率降低的植物用于土地改良等。通常，转基因植物或细胞与对照植物或细胞之间生长速率的差异被认为是用适 当的参数或非参数统计在ρ < 0. 05统计学显著，所述统计例如卡方检验、Student t检 验、Mann-Whitney检验或F-检验。在一些实施方案中，生长速率的差异是在ρ < 0. 01、ρ
<0. 005或？ < 0. 001统计学显著。例如，转基因植物生长速率与对照植物生长速率相比 的统计学显著差异表明，转基因植物中存在的重组核酸导致生长速率改变。相对于对照植物评价转基因植物的表型。当植物表现出少于感兴趣植物所表现 出的多肽或编码该多肽mRNA的量的10 %，例如少于9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、 1%,0.5%,0. 1%、0. 01%或0.001%植物“不表达”所述多肽。表达可使用包括下述的方法 评估例如RT-PCR、RNA印迹、SlRNA酶保护、引物延伸、蛋白质印迹、蛋白质凝胶电泳、免疫
87沉淀、酶联免疫测定、芯片测定和质谱。应该注意，如果多肽在组织优先或广泛表达的启动 子控制下表达，那么表达可以在整个植物或选定组织中评估。类似地，如果多肽在特定时间 表达，例如在发育申的特定时间或诱导时表达，则表达可以在希望的时期选择性地评估。V.植物培育遗传多态性是群体中离散的等位基因序列差异。通常，以或更高存在的等位基 因被认为是遗传多态性。本文公开的多肽可以调节光合效率和/或氮含量的发现在植物培 育中是有用的，因为表现出与此类多肽的基因座一定程度连锁的遗传多态性更可能与低氮 耐受性状的变化相关联。例如，与此类多肽的基因座连锁的遗传多态性更可能用于标志物 辅助的培育程序，以产生具有低氮耐受性状预期调节的系。因此，本发明一方面包括鉴定一种或多种遗传多态性是否与低氮耐受性状的变化 相关联的方法。此类方法包括确定给定群体中的遗传多态性是否表现出与下述多肽之一的 基因座连锁图 1-57 所示多肽、SEQ IDN0:556、SEQ ID NO :853、SEQ ID N0:1157 和 / 或其 功能同系物，例如但不限于本申请的序列表中鉴定的那些。测定群体植物中低氮耐受性状 的变化与群体植物中遗传多态性存在之间的关联，从而鉴定所述遗传多态性是否与所述性 状变化相关。如果特定等位基因的存在与低氮耐受性状的预期调节统计学上显著相关，则 该等位基因与该性状的变化相关并用作该性状的标志物。另一方面，如果特定等位基因的 存在与预期调节不是统计学上显著相关的，则该等位基因与该性状不相关并且不可用作标 志物。此类方法适用于含有天然存在的内源多肽而非编码该多肽的外源核酸的群体， 即，不是外源核酸转基因的群体。但是应理解，适用于所述方法的群体可以含有另一种不同 性状(例如除草剂抗性)的转基因。用于此类方法的遗传多态性包括简单的序列重复(SSR或微卫星)、多态 DNA(RAPD)的快速扩增、单核苷酸多态性(SNP)、扩增的片段长度多态性(AFLP)和限制性 片段长度多态性(RFLP)。SSR多态性可以例如通过制备序列特异性探针并通过PCR从感 兴趣的群体个体扩增模板DNA来鉴定。如果探针在群体SSR的侧翼，则可以产生不同尺 寸的PCR产物。参见，例如美国专利5，766，847。可选地，SSR多态性可以通过使用PCR 产物作为针对DNA印迹的探针从群体中不同个体鉴定。参见U. H. Refseth等.(1997) Electrophoresis 18 :1519。RFLP 的鉴定讨论于例如 Alonso-Blanco 等.(Methods in Molecular Biology，8 第 2 卷，“Arabidopsis Protocols (拟南芥实验设计)”，第 137-146 页，J. M. Martinez-Zapater 禾口 J. Salinas 编辑，c. 1998, Humana Press, Totowa, NJ) ；Burr ( "Mapping Genes with Recombinant Inbreds (贞 ffi i 砠 # 禾中白勺■ @ ffl 谱)”，第 249-254 页，Freeling, M.和 V. Walbot (编)，The Maize Handbook, c. 1994， Springer-Verlag New York, Inc. :New York, NY, USA ；BerIin Germany ;Burr 等· (1998) Genetics 118 :519 ；以及 Gardiner，J.等.(1993) Genetics 134:917)。AFLP 的鉴定讨论 于例如EP 0534858和美国专利5，878，215。 在一些实施方案中，所述方法用于培育植物系。此类方法在标志物辅助培育程序 中使用如上文所述的鉴定的遗传多态性来促进具有低氮耐受性状预期变化的系的发育。适 合的遗传多态性一旦被鉴定为与性状变化相关，则鉴定具有与预期变化相关的多态等位基 因的一种或多种个体植物。然后那些植物用于培育程序以组合多态等位基因和在与预期变化相关的在其他基因座的多个其他等位基因。适用于植物培育程序的技术是本领域已知的 并且包括但不限于回交、混合选择、谱系育种、集团选择、与另一群体杂交和重复选择。这些 技术可以单独使用或者与培育程序中的一种或多种其他技术组合使用。因此，每个鉴定的 植物自交或杂交不同的植物以产生种子，然后种子发芽形成后代植物。然后至少一个此类 后代植物自交或与不同植物杂交以形成随后的后代。培育程序可以视情况重复自交或异型 杂交的步骤0-5代以实现产生的植物系中需要的均勻性和稳定性，所述植物系保留多态等 位基因。在大部分培育程序中，在每一代进行特定多态等位基因的分析，尽管分析可以按需 要隔代进行。在一些情况下，还进行其他有用性状的选择，例如真菌抗性或细菌抗性的选择。此 类其他性状的选择可以在鉴定具有预期多态等位基因的个体植物之前、期间或之后进行。VI.制品本文提供的转基因植物在农业和能源生产工业中具有多种用途。例如，本文描述 的转基因植物可用于制备动物饲料和食品。然而，此类植物经常特别用作能源生产的原料。相对于缺少外源核酸的对照植物，本文描述的转基因植物经常产生更高的每公顷 谷物和/或生物质产量。一些实施方案中，此类转基因植物在减少投入(例如肥料和/或 水)的条件下提供与对照植物相同或甚至提高的每公顷谷物和/或生物质产量。因此，此 类转基因植物可用于以较低投入成本和/或在环境压力条件(例如干旱或有限的氮源)下 提供产量稳定性。在一些实施方案中，本文描述的植物组成允许更有效地加工成游离糖和 随后的乙醇以用于能源生产。在一些实施方案中，此类植物提供了相对于对照植物更高的 每千克植物材料的乙醇、丁醇、二甲醚、其他生物燃料分子和/或糖衍生副产品的产量。认 为这种加工效率源自植物材料的含氮组成。通过以相同或甚至降低的生产成本提供更高的 产量，本文描述的转基因植物提高了农民和加工者的利润率，并降低了消费者的花费。本文描述的转基因植物的种子可以通过本领域已知的工具调整并包装于包装材 料中，以形成制品。诸如纸和布等包装材料是本领域公知的。种子包装可以具有描述其中 种子性质的标记，例如固定于包装材料的标签或标记，印在包装材料上的标记，或者包装内 插入的标记。本发明进一步描述于下述实施例，所述实施例不限制权利要求中描述的本发明的 范围。VII.实施例实施例1-转基因拟南芥植物下列符号用于有关拟南芥转化的实施例=T1 第一代转化子；T2 第二代，自体受精 的T1植物的后代；Τ3 第三代，自体受精的T2植物的后代；Τ4 第三代，自体受精的T3植物的 后代。独立转化称为事件。下述是从拟南芥植物分离的核酸列表CeresClone :29661(SEQ IDNO :1)、 CeresClone :251343(SEQ ID NO :48)、CeresClone 19586 (SEQ IDNO :76)、CeresClone 25136 (SEQ ID NO :96)、CeresClone 1820 (SEQ IDNO :99)、CeresClone 13102 (SEQ ID NO 151)、CeresClone 15457 (SEQ IDNO 165)、Ceres Annot :859276 (SEQ ID NO: 175)、 CeresClone 17883 (SEQ IDNO 185)、CeresClone :251590 (SEQ ID NO :207)、CeresClone 4898 (SEQ IDNO :217)、CeresClone :148977 (SEQ ID NO :233)、CeresClone :24255 (SEQIDNO 245)、CeresClone :38432(SEQ ID NO 299)、Ceres Annot :553243(SEQ IDNO 331)、 CeresClone 1011900 (SEQ ID NO :367)、CeresClone :5232 (SEQ IDNO :509)、CeresClone 29302 (SEQ ID NO 532)、CeresClone 93971 (SEQ IDNO 555)、Ceres Annot 12669619_ cDNA (SEQ ID NO :557)、CeresClone :21608 (SEQ ID NO :592)、CeresClone :2031 (SEQ ID NO :612)、CeresClone :94503 (SEQ ID NO :645)、CeresClone :21740 (SEQ ID NO :686)、 CeresClone :5609(SEQ ID NO :729)、CeresClone :3137 (SEQ ID NO :745)、CeresClone 32430 (SEQ ID NO :768)、CeresClone 101255 (SEQ ID NO :791)、Ceres Annot :573161 (SEQ ID NO:854)、Ceres Annot :552727(SEQ IDNO :890)、CeresClone :732 (SEQ ID NO: 1193)、CeresClone :2267 (SEQ ID NO 1209)、CeresClone :39358 (SEQ ID N0:1273)、 CeresClone 115046 (SEQ IDNO 1301)、Ceres Annot :850581 (SEQ ID NO 1427)、Ceres Annot 862321 (SEQ ID NO 1462)、Ceres Annot =839064 (SEQ ID NO 1478)、CeresAnnot 864666 (SEQ ID NO : 1490)、Ceres Annot :875012 (SEQ ID NO : 1509)、Ceres Annot 874016 (SEQ ID NO : 1524)、Ceres Annot =827304 (SEQ ID NO : 1536)、Ceres Annot 869192 (SEQ ID NO 1553)和 Ceres Annot 876419 (SEQID N0:1576)。命名 Ceres Clone 968180 (SEQ ID NO 1115)的核酸从物种甘蓝型油菜分离。命名Ceres Clone 1017441 (SEQ ID NO 224)的核酸从物种小麦Triticum aesticum分离。下述是从玉蜀黍植物分离 的核酸列表CeresClone 1387146 (SEQ ID NO :981)、CeresClone 1408950 (SEQ IDNO 1098、CeresClone :208453 (SEQ ID NO 1111), CeresClone 208995 (SEQID NO 943), CeresClone :225681 (SEQ ID NO :975)、CeresClone :239806 (SEQID NO :916)、CeresClone 244306(SEQ ID NO 1053)、CeresClone :276809(SEQ ID NO :823)、CeresClone :324216 (SEQ ID NO :852)、CeresClone :339439 (SEQ ID NO 1341)、CeresClone :424522 (SEQ ID NO :827)、CeresClone :896483 (SEQ ID NO 1384)、CeresClone :986438 (SEQ ID NO: 1156)、CeresClone :988083 (SEQ ID NO 1184), CeresClone 995409 (SEQID N0:1408)、 CeresClone :996227(SEQ ID NO : 1158)和 CeresClone :996263 (SEQ IDNO : 1165)。
除了 Ceres Clone =29661 (SEQ ID NO : 1)，上述每种分离的核酸被克隆入Ti质粒 载体CRS338，该载体含有赋予转化植物FINALE 抗性的膦丝菌素乙酰基转移酶基因。使用 CRS338 制备构建体，CRS338 含有 SEQ IDNO 48, SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO: 99,SEQ ID N0:151、SEQ ID NO 165、SEQ ID NO 175、SEQ ID NO 185,SEQ ID NO :207、SEQID N0:217、SEQ ID NO :233、SEQ ID NO :245、SEQ ID NO :299、SEQ IDNO :331、SEQ ID NO :367、 SEQ ID NO 509, SEQ ID N0:532、SEQ IDNO 555, SEQ ID N0:557、SEQ ID NO 592, SEQ ID N0:612、SEQ IDNO 645,SEQ ID N0:686、SEQ ID NO 729,SEQ ID NO745,SEQ IDNO :768、 SEQ ID N0:791、SEQ ID N0:823、SEQ ID N0:827、SEQ IDNO :852、SEQ ID NO :854、SEQ ID NO 890,SEQ ID NO :916、SEQ IDNO :943、SEQ ID NO :975、SEQ ID NO :981、SEQ ID NO :1053、 SEQ IDNO 1098,SEQ ID NO :1111、SEQ ID N0:1115、SEQ ID NO : 1156、SEQ IDNO 1158,SEQ ID NO 1165,SEQ ID NO : 1184、SEQ ID NO 1193,SEQ IDNO : 1209、SEQ ID NO 1273,SEQ ID N0:1301、SEQ ID NO 1341,SEQ IDNO 1384,SEQ ID NO : 1408、SEQ ID NO 1427,SEQ ID NO: 1462,SEQ IDNO 1490,SEQ ID NO : 1509、SEQ ID NO : 1524、SEQ ID NO 1536,SEQID NO : 1553 或 SEQ ID NO :1576，每一个可操作连接至 35S 启动子。CeresClone :29661 (SEQ ID NO 1) 被克隆入Ti质粒载体CRS 311，CRS 311含有赋予转化植物FINALE 抗性的膦丝菌素乙酰基转移酶基因。SEQ ID NO :1可操作连接至使用CRS 331载体制备的构建体中的p32449启 动子。野生型拟南芥生态型Wassilews kija(Ws)植物用每种构建体单独转化。转化基本 按照 Bechtold 等.(1993) C R.Acad. Sci. Paris，316 :1194_1199 所述来进行。含有SEQID NO =USEQ ID NO 48、SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO :99、 SEQ ID NO 151,SEQ ID NO 165,SEQ ID NO 185,SEQID NO 207,SEQ ID N0:217、SEQ ID NO 233,SEQ ID NO 245、SEQ IDNO 299、SEQ ID NO :331、SEQ ID NO 367、SEQ ID NO 509、 SEQ IDNO 532,SEQ ID NO 555,SEQ ID NO 557,SEQ ID NO 592,SEQ IDNO :612、SEQ ID NO: 645,SEQ ID NO 686,SEQ ID NO 729,SEQ IDNO 745,SEQ ID NO 768,SEQ ID NO :79USEQ ID NO :823、SEQ IDNO :827、SEQ ID NO :852、SEQ ID NO :854、SEQ ID NO :890、SEQ IDNO 916、SEQ ID NO :943、SEQ ID NO :975、SEQ ID NO :981、SEQ IDNO :224、SEQ ID NO :1053、 SEQ ID NO :1098、SEQ ID NO :1111、SEQ IDNO :1115、SEQ ID NO :1156、SEQ ID NO :1158、 SEQ ID NO :1165、SEQ IDNO :1184、SEQ ID NO :1193、SEQ ID NO :1209、SEQ ID NO :1273、 SEQ IDNO 130USEQ ID NO 1341、SEQ ID NO 1384,SEQ ID NO 1408、SEQ IDNO 1427,SEQ ID NO 1462,SEQ ID NO 1478、SEQ ID NO 1490,SEQID NO 1509、SEQ ID NO 1524,SEQ ID NO =1536, SEQ ID NO =1553, SEQ ID N0:1576、或 SEQ ID NO :175 的转基因拟南芥系分别命 名为 ME00919、ME01312、ME01463、ME01821、ME01910、ME02538、ME02603、ME02613、ME02801、 ME03123、ME04204、ME04477、ME04507、ME04587、ME04753、ME04772、ME04909、ME05033、 ME05194、ME05267、ME05300、ME05341、ME05392、ME05429、ME05493、ME05885、ME07344、 ME07859、ME08464、ME09939、ME11735、ME12910、ME12927、ME12929、ME12954、ME12970、 ME13006、ME13021、ME13064、ME13071、ME13087、ME13106、ME13107、ME13108、ME13110、 ME13125、ME13149、ME13151、ME13153、ME13177、ME13200、ME13204、ME14649, ME16546、 ME17457、ME17567、ME17932、ME17936、ME18275、ME18924、ME19182 或 ME20628。含有上述核 酸的每个载体在用所述载体转化的各个转基因拟南芥系中的存在通过FINALE 抗性、从绿 叶组织提取物PCR扩增和/或PCR产物测序来证实。作为对照，野生型拟南芥生态型Ws植 物用空载体CRS338或CRS311转化。实施例2-筛选对低氮生长条件耐受的转基因植物针对幼苗进行低氮耐受筛选以鉴定在限制氮条件下显示与内部对照相比提高的 光合效率或幼苗尺寸或绿度的转基因系。用于低氮耐受测定的培养基含有0. 5%蔗糖、0. 5X MS无氮培养基(PhytoTech)、0· 05% MES水合物和0. 8%植物琼脂。此外，对于低硝酸铵 测定，使用240 μ M ΝΗ4Ν03作为氮源。对于低硝酸盐分析，氮源是300 μ M ΚΝ03。使用ION KOH调节培养基ρΗ至ρΗ 5.7。灭菌种子铺板于琼脂板并在4黑暗中层化2天以促进统一 发芽。含有萌发幼苗的琼脂板水平放入CONViRON 生长箱，生长箱设置为22，16 8 光暗循环，70%湿度，以及发射ΙΟΟμΕ光强度的白炽灯和荧光灯的组合。对照板随机放 在组内。在14天开始每天筛选幼苗。该筛选中，选择低氮培养基上相对于内部对照较大或 较绿的幼苗。随着候选幼苗每天被发现，将它们无菌移植到用于回收的标准MS发芽板。该 中间回收步骤是移植到土壤之前所必需的，以使总体候选物死亡率降至最低。候选物的评 分和移植持续到所有剩余植物是小的且因氮应激而发黄。在评分最后一天，每个板经叶绿 素荧光(CF)成像仪扫描光合效率(Fv/Fm)，并作为候选物评分，并移植Fv/Fm分值高端的 任何极端超编值。Fv/Fm比值通常提供暗适应材料内光系统II (PSII)最大效率的估计，其中Fv是变化荧光，即，来自暗适应材料的最小荧光信号(Fo)和最大荧光信号(Fm)之间的 差异。这可以实际通过使用CF图像分析软件观察每个幼苗的假色图像来进行(具有高末 端Fv/Fm分值的植物显示红色)。该步骤通常在发芽后-24天进行。转移到MS回收板后7 天，将候选物移植到土壤(标准阳光蛭石3 2混合物；Osmocote ；Marathon)。移植到 土壤后5天，候选物用FINALE [5mL FINALE /48盎司水]喷洒以从群体除去非转基 因。FINALE 喷洒后两天，收集每种候选物的茎叶组织用于基因组DNA提取、PCR和测序 以确定每种候选物转基因的身份。实施例3-验证板测定该测定被用于验证在限制氮条件下显示相对于内部对照提高的光合作用或 尺寸的转基因系。用于低氮耐受测定的培养基含有0.5%蔗糖、0.5XMS无氮培养基 (PhytoTech) ,0. 05% MES水合物和0. 8%植物琼脂。使用10NK0H调节培养基pH至pH 5. 7。 此外，对于低硝酸铵分析，使用240 μ ΜΝΗ4Ν03作为氮源。对于低硝酸盐分析，氮源是300 μ M ΚΝ03。灭菌种子铺板于琼脂板并在4黑暗中层化2天以促进统一发芽。含有萌发幼苗的琼 脂板水平放入CONVIRON 生长箱，生长箱设置为22，16 8光暗循环，70%湿度，以 及发射100 μ E光强度的白炽灯和荧光灯组合。对照板随机放在组内。使用CF成像仪每隔 一天扫描板(在黑暗适应45分钟之后)，并在所有野生型植物完全发黄后结束。最后一天 扫描板之后，它们用FIN ALE (IOmL FINALE 于48盎司全强度MS液体培养基中)喷 洒。喷洒后两天，每个板在黑暗适应45分钟，并经CF成像仪扫描Fv/Fm，并在每个时间点对 每个植物评分。对于每个单独时间点，收集经历事件的所有T2转基因植物的数据并使用单 尾t检验比较相对于同一板上收集的非转基因的Fv/Fm比和玫瑰花形面积。只要有可能， 则针对T3代植物重复该方法。当两代中2个或多个事件的转基因Fv/Fm比和/或玫瑰花 结面积以P值< 0. 05大于野生型分离子时，证实了低氮耐受候选物。实施例4-验证土壤测定对土壤进行低、中和高氮实验以评估拟南芥生命周期中成熟点的表型特征，与幼 苗筛选相比较。测试的系最初通过对低硝酸盐和低硝酸铵耐受性的超级池筛选来鉴定。这 些系随后在低硝酸盐和低硝酸铵琼脂上作为幼苗被单独分析。对于该测定，MetrOMiX200 土 壤与蛭石和 Marathon (MetroMix200 蛭石 3 2 混合物；Osmocote ;Marathon)混合，使 用前高压灭菌并冷却。实验植物和对照随机分布于平面。播种之前，每个平面加入3L过滤 水。24孔平面填充下述3 2比的MetroMix200与Thermorock蛭石。开始实验时不提供 氮，直到发芽后2周，此时使用补充了 25ppm、250ppm和1500ppm的KNO3的l/4Hoagland从 下方给平面加水。种子在土壤上和4黑暗中层化3天。冷却处理后，将平面转移至生长箱。植 物生长大约5周，或直至完全生长/成熟。然后植物黑暗适应1小时。使用CF成像仪 (Technologica, UK)根据生产商方案采集叶绿体荧光图像，以测量光系统II的性能和效 率1)Fv/Fm，最大光系统II效率2)Fq' /Fm'，操作效率和3)非光化学猝灭(NPQ)。使用补充了多种浓度KNO3的l/ffloagland加水后一周，使用WhinRhizo成像软件 (Reagent Instruments, Canada)进行植物玫瑰花形面积测量。然后将植物收集在马尼拉 信封中，放入125干燥烘箱1-2天并称重。实施例5-ME00919事件的分析
ME00919 含有来自拟南芥的 Ceres Clone 29661 (At3g61880, SEQ IDNO :1)，其编 码534个氨基酸的细胞色素P450蛋白。对T2和T3中ME00919的低氮耐受性的评价在与实 施例2所述相同条件下进行。该研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植 物与相同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-03显示相对于内部对照显 著提高的光合效率(P<0. 05)，使用单尾t检验，假设方差不等。含有低硝酸铵的培养基上 的ME00919幼苗的光合效率概述示于表1。对于T2代中FINALE 抗性，事件-01和-03分 别以15 1和3 1(R S)分离。测试ME00919事件在低硝酸铵培养基上增强的生长。 观察到转基因和对照之间没有显著差异。
表1.在低稍酸铵上生长18天后转基因幼苗和收集的非转基因分离子之间幼苗光合效率 的t检验比较。转基因收集的 非转基因t检验系事件Fv/FmηFv/Fmηρ值ME00919ME00919-01 (T2)0.65641304460.595818112.48x10"ME00919ME00919-01 (T3)0.66348780410.595818111.55x102ME00919ME00919-03 (T2)0.67212195410.634026383.35xl0"JME009I9ME00919-03 (T3)0.69278947190.634026382.39x10°ME00919的事件-01和-03没有表现出统计学相关的负表型。即，发芽速率没有可 检测的降低，转基因植物在所有情况下表现出野生型；在开花天数方面，转基因和对照之间 没有可观察的或统计学的差异；在筛选后7天玫瑰花形面积大小方面，转基因和对照之间 没有可观察的或统计学差异；并且在生育力方面(角果数和种子充实)，转基因和对照之间 没有可观察的或统计学差异。实施例6-ME01312事件的分析ME01312 含有来自拟南芥的 Ceres Clone 251343 (At3g21270, SEQ IDNO :48)，其 编码204个氨基酸Dof锌指蛋白。Ceres Clone :251343与玉米Dof 1基因享有约40 %氨 基酸同一性，所述玉米Dofl基因在拟南芥中过表达时显示赋予接收低氮应激的植物耐受 性(Yanagisawa等.，2004)。对T2和T3中ME01312的低氮耐受性的评价在与实施例2和 3所述相同条件下进行。研究中，幼苗光合效率测量为Fv/Fm，比较事件内转基因植物与相 同板上收集的非转基因分离子。两代中两个事件-01和-011显示第16天和第17天后，在 含有低硝酸盐或低硝酸铵的培养基上相对于内部对照显著提高的光合效率(P ^ 0. 05)，使 用单尾t检验，假设方差不等。对于T3代中低硝酸盐筛选，事件-03的ρ值略高于0. 05，在 P^O. 10显著。含有低硝酸盐或低硝酸铵的培养基上ME01312幼苗的光合效率概述示于表 2。对于T2代中FINALE 抗性，事件-03和-11分别以3 1 (R S)分离。
9权利要求
1.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸 含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM 二进制值大于约20，所述HMM基于图1-57之一所示的氨基酸序列，并且其中所述植物的低 氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
2.—种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸 含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的 氨基酸序列具有80%或更高的序列同一性=SEQ ID NO :3、SEQ ID NO :49、SEQ ID NO :77、 SEQ ID N0:97、SEQID NO 100、SEQ ID NO 152,SEQ ID NO 166,SEQ ID NO 186,SEQ IDNO 208、SEQ ID NO :218、SEQ ID NO :234、SEQ ID NO :246、SEQ IDNO :300、SEQ ID NO :332、 SEQ ID NO 368,SEQ ID N0:510、SEQ IDNO 533,SEQ ID NO 556,SEQ ID NO558,SEQ ID NO 593, SEQ IDNO :613、SEQ ID NO 646, SEQ ID NO 687, SEQ ID NO 730, SEQ IDNO 746、 SEQ ID NO769,SEQ ID NO 792,SEQ ID NO 824、SEQ IDNO :828、SEQ ID N0:853、SEQ ID N0:855、SEQ ID NO :891、SEQ IDNO :917、SEQ ID NO :944、SEQ ID NO :976、SEQ ID NO :982、 SEQ ID NO :1054、SEQ ID NO :1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ IDNO :1157、 SEQ ID N0:1159、SEQ ID NO : 1166、SEQ ID NO 1185,SEQ IDNO 1194,SEQ ID NO :1210、SEQ ID NO 1274,SEQ ID NO 1302,SEQ IDNO 1342,SEQ ID NO 1385,SEQ ID NO 1409,SEQ ID NO 1428,SEQID NO 1437,SEQ ID NO : 1463、SEQ ID NO 1491,SEQ ID NO :1510、SEQID NO: 1525、SEQ ID N0:1537、SEQ ID N0:1554 和 SEQ ID NO :1577，其中由所述植物细胞产生的 植物的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述多肽包含与序列表中任一多肽的Pfam结构 域具有70%或更高序列同一性的Pfam结构域。
4.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸 含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷 酸序列或其片段具有80%或更高的序列同一性SEQ ID NO =USEQ ID NO 48,SEQ ID N0: 76,SEQ ID NO 96,SEQ ID NO 99、SEQ ID NO 151,SEQ ID NO 165,SEQ ID NO 175、SEQID NO 185,SEQ ID NO 207、SEQ ID NO :217、SEQ ID NO 233、SEQ IDNO 245、SEQ ID NO 299、 SEQ ID N0:331、SEQ ID NO 367,SEQ IDNO 509,SEQ ID NO 532,SEQ ID NO 555,SEQ ID NO557,SEQ IDNO 592,SEQ ID N0:612、SEQ ID NO 645,SEQ ID NO 686,SEQ IDNO 729、 SEQ ID NO 745, SEQ ID NO 768, SEQ ID N0:791、SEQ IDNO :823、SEQ ID N0:827、SEQ ID N0:852、SEQ ID NO 854、SEQ IDNO :890、SEQ ID NO :916、SEQ ID NO :943、SEQ ID NO :975、 SEQ IDNO98U SEQ ID NO: 1053、SEQ ID NO: 1098、SEQ ID NO: 1111、SEQ IDNO:1115、SEQ ID NO 1156,SEQ ID NO : 1158、SEQ ID NO 1165,SEQ IDNO : 1184、SEQ ID NO 1193,SEQ ID NO :1209、SEQ ID NO :1273、SEQ IDNO :1301、SEQ ID NO :1341、SEQ ID NO :1384、SEQ ID NO 1408,SEQ IDNO : 1427、SEQ ID NO 1462,SEQ ID NO : 1490、SEQ ID NO 1509,SEQID NO: 1524、SEQ ID NO : 1536、SEQ ID N0:1553 和 SEQ ID NO : 1576，其中由所述植物细胞产生的 植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
5.一种产生植物的方法，所述方法包括培养含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸 有效下调所述植物细胞的内源核酸，其中所述内源核酸编码多肽，并且其中所述多肽的氨 基酸序列的HMM 二进制值大于约20，所述HMM基于图1_57之一所示的氨基酸序列。
6.一种调节植物低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述 外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序 列的HMM 二进制值大于约20，所述HMM基于图1_57之一所示的氨基酸序列，并且其中由所 述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述外源核酸的对照植物相应的低氮 耐受水平相比具有差异。
7.一种调节植物低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所述 外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组 成的组的氨基酸序列具有80%或更高的序列同一性SEQ ID NO:3、SEQ ID NO 49,SEQ ID NO 77,SEQ ID NO97,SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO: 166、SEQ ID NO : 186、 SEQID NO 208,SEQ ID NO :218、SEQ ID NO :234、SEQ ID NO : 246、SEQ IDNO : 300、SEQ ID NO: 332,SEQ ID NO 368,SEQ ID NO :510、SEQ IDNO 533,SEQ ID NO 556,SEQ ID NO :558、SEQ ID NO :593、SEQ IDNO :613、SEQ ID NO :646、SEQ ID NO :687、SEQ ID NO :730、SEQ IDNO 746,SEQ ID NO 769,SEQ ID NO 792,SEQ ID NO 824,SEQ IDNO :828、SEQ ID NO :853、SEQ ID NO :855,SEQ ID NO :89USEQ IDNO :917、SEQ ID NO : 944、SEQ ID NO 976, SEQ ID NO: 982、SEQ ID NO :1054、SEQ ID NO :1099、SEQ ID NO :1112、SEQ ID NO :1116、SEQ ID NO 1157、SEQ ID NO :1159、SEQ ID NO :1166、SEQ ID NO :1185、SEQ IDNO :1194、SEQ ID NO 1210、SEQ ID NO :1274、SEQ ID NO :1302、SEQ IDNO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ ID NO 1409、SEQ ID NO :1428、SEQID NO :1437、SEQ ID NO :1463、SEQ ID NO :1491、SEQ ID NO 1510, SEQID NO 1525, SEQ ID NO 1537, SEQ ID N0:1554 和 SEQ ID NO : 1577，其中由所述 植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水 平相比具有差异。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述多肽选自由以下组成的组SEQID N0:3、SEQ ID NO 49, SEQ ID NO 77, SEQ ID N0:97、SEQ ID NO: 100、SEQ ID NO: 152、SEQ ID NO166,SEQ ID NO 186,SEQID NO208,SEQ ID N0:218、SEQ ID NO 234,SEQ ID NO: 246、SEQ IDNO 300,SEQ ID NO 332,SEQ ID NO 368,SEQ ID N0:510、SEQ IDNO :533、SEQ ID NO556,SEQ ID NO 558,SEQ ID NO 593,SEQ IDNO :613、SEQ ID NO 646,SEQ ID NO: 687,SEQ ID NO 730,SEQ IDNO 746,SEQ ID NO 769,SEQ ID NO 792,SEQ ID NO :824,SEQ IDNO :828、SEQ ID NO :853、SEQ ID NO :855、SEQ ID NO :891、SEQ IDNO :917、SEQ ID NO 944,SEQ ID NO :976、SEQ ID NO :982、SEQ ID NO : 1054、SEQ ID NO 1099,SEQ ID NO :1112、 SEQ ID NO :1116、SEQ IDNO :1157、SEQ ID NO :1159、SEQ ID NO :1166、SEQ ID NO :1185、 SEQ IDNO 1194,SEQ ID N0:1210、SEQ ID NO : 1274、SEQ ID NO 1302,SEQID NO : 1342、SEQ ID NO :1385、SEQ ID NO :1409、SEQ ID NO :1428、SEQ ID NO :1437、SEQ ID NO :1463、SEQ IDNO :1491、SEQ ID N0:1510、SEQ ID N0:1525、SEQ ID N0:1537、SEQ ID N0:1554 和 SEQ ID NO :1577o
9.一种调节植物中低氮耐受水平的方法，所述方法包括向植物细胞引入外源核酸，所 述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成 的组的核苷酸序列或其片段具有80%或更高的序列同一性SEQ ID NO =USEQ ID NO :48、 SEQ ID NO 76,SEQ IDNO 96,SEQ ID NO 99,SEQ ID NO 151,SEQ ID NO 165,SEQ ID N0: 175,SEQ ID NO 185,SEQ ID NO 207、SEQ ID NO :217、SEQ ID NO :233、SEQID NO 245、SEQID NO: 299、SEQ ID NO: 331、SEQ ID NO: 367、SEQ IDNO : 509、SEQ ID NO: 532、SEQ ID NO: 555,SEQ ID NO :557、SEQ IDNO :592、SEQ ID NO :612、SEQ ID NO :645、SEQ ID NO :686、SEQ IDNO :729、SEQ ID NO :745、SEQ ID NO :768、SEQ ID NO :791、SEQ IDNO :823、SEQ ID NO 827、SEQ ID NO :852、SEQ ID NO :854、SEQ IDNO :890、SEQ ID NO :916、SEQ ID NO :943、 SEQ ID N0:975、SEQ IDNO 98 U SEQ ID NO: 1053、SEQ ID NO: 1098、SEQ ID NO: 1111、SEQ IDNO:1115、SEQ ID NO: 1156、SEQ ID NO:1158、SEQ ID NO: 1165、SEQ IDNO : 1184、SEQ ID NO 1193,SEQ ID NO 1209,SEQ ID NO :1273、SEQ IDNO : 1301、SEQ ID NO 1341,SEQ ID NO: 1384、SEQ ID NO :1408、SEQ IDNO :1427、SEQ ID NO :1462、SEQ ID NO :1490、SEQ ID NO 1509、SEQ IDNO : 1524、SEQID NO : 1536、SEQ ID N0:1553 和 SEQ ID NO :1576，其中由所述 植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水 平相比具有差异。
10.一种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操 作地连接的调节区，其中所述多肽的氨基酸序列的HMM二进制值大于约20，所述HMM基于图 1-57之一所示的氨基酸序列，并且其中所述植物细胞的低氮耐受水平与不含所述核酸的对 照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
11.一种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与编码多肽的核苷酸序列可操 作地连接的调节区，所述多肽与选自由以下组成的组的氨基酸序列具有80%或更高的序列 同一性SEQ ID NO :3、SEQ IDNO :49、SEQ ID NO :77、SEQ ID NO :97、SEQ ID NO :100、SEQ ID NO :152、SEQ IDNO :166、SEQ ID NO :186、SEQ ID NO :208、SEQ ID NO :218、SEQ IDNO 234,SEQ ID NO 246、SEQ ID NO 300、SEQ ID NO 332、SEQ IDNO 368、SEQ ID NO :510、SEQ ID NO533,SEQ ID NO 556,SEQ IDNO558,SEQ ID NO 593,SEQ ID N0:613、SEQ ID NO: 646、SEQ IDNO :687、SEQ ID NO 730, SEQ ID NO 746, SEQ ID NO 769, SEQ IDNO 792, SEQ ID N0:824、SEQ ID NO 828, SEQ ID N0:853、SEQ IDNO :855、SEQ ID N0:891、SEQ ID NO: 917、SEQ ID N0:944、SEQ IDNO:976、SEQ ID NO :982、SEQ ID NO 1054,SEQ ID NO :1099、 SEQ ID N0:1112、SEQ ID N0:1116、SEQ ID N0:1157、SEQ ID N0:1159、SEQ ID NO :1166、 SEQ ID NO :1185、SEQ ID NO :1194、SEQ ID NO :1210、SEQ IDNO :1274、SEQ ID NO :1302、 SEQ ID NO :1342、SEQ ID NO :1385、SEQ IDNO :1409、SEQ ID NO :1428、SEQ ID NO :1437、 SEQ ID NO :1463、SEQ IDNO :1491、SEQ ID NO :1510、SEQ ID NO :1525、SEQ ID NO :1537、 SEQ IDNO :1554和SEQ ID NO : 1577，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平 与不含所述核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
12.—种含有外源核酸的植物细胞，所述外源核酸含有与核苷酸序列可操作地连接的 调节区，所述核苷酸序列与选自由以下组成的组的核苷酸序列或其片段具有80%或更高的 序列同一性SEQ ID N0:1、SEQ IDNO 48、SEQ ID NO 76、SEQ ID NO 96、SEQ ID NO 99、SEQ ID N0:151、SEQ ID NO: 165、SEQ ID NO: 175、SEQ ID NO: 185、SEQ ID NO :207、SEQID NO: 217,SEQ ID NO 233,SEQ ID NO 245,SEQ ID NO 299,SEQ IDNO 33USEQ ID NO 367,SEQ ID NO: 509、SEQ ID NO: 532、SEQ IDNO : 555、SEQ ID NO: 557、SEQ ID NO: 592、SEQ ID NO: 612、SEQ IDNO645,SEQ ID NO 686,SEQ ID NO 729,SEQ ID NO 745,SEQ IDNO 768,SEQ ID N0:791、SEQ ID N0:823、SEQ ID N0:827、SEQ IDNO :852、SEQ ID NO : 854、SEQ ID NO: 890、SEQ ID NO :916、SEQ IDNO :943、SEQ ID NO :975、SEQ ID NO :981、SEQ ID NO :1053、SEQ IDNO 1098,SEQ ID NO :1111、SEQ ID N0:1115、SEQ ID NO : 1156、SEQ IDNO 1158,SEQ ID NO: 1165、SEQ ID NO: 1184、SEQ IDNO:1193、SEQ IDNO : 1209、SEQ ID NO: 1273、SEQ ID N0:1301、SEQ ID NO 1341,SEQ IDNO 1384,SEQ ID NO : 1408、SEQ ID NO 1427,SEQ ID NO: 1462、SEQID NO :1490、SEQ ID NO :1509、SEQ ID NO :1524、SEQ ID NO :1536、SEQ ID NO 1553和SEQ ID NO : 1576，其中由所述植物细胞产生的植物组织的低氮耐受水平与不含所述 核酸的对照植物相应的低氮耐受水平相比具有差异。
13.一种包含权利要求10-12任一项所述的植物细胞的转基因植物。
14.如权利要求13所述的转基因植物，其中所述植物是选自由以下组成的组的物种成 员柳枝稷(风倾草)、双色高粱(高粱、苏丹草)、巨芒草(芒草)、甘蔗(能源甘蔗)、香脂 白杨(白杨)、玉蜀黍(玉米)、秣食豆(大豆)、甘蓝型油菜(芸苔)、普通小麦(小麦)、陆 地棉(棉花)、籼稻(水稻)、一年生向日葵(向日葵)、紫苜蓿(苜蓿)、普通甜菜(甜菜) 或灰绿狼尾草(珍珠黍)。
15.如权利要求13所述的转基因植物，其中所述多肽是序列表中任一多肽。
16.一种产品，其包含来自根据权利要求14的转基因植物的植物组织。
17.一种分离的核酸，其包含与 SEQ ID NO :5、7、37、50、52、54、66、79、86、91、103、 105、107、109、112、114、124、127、136、140、143、153、155、157、159、161、163、167、169、171、 175、176、178、187、189、202、215、219、221、226、228、235、237、240、247、250、252、258、261、 269、273、280、301、303、305、307、311、313、315、317、330、331、333、379、387、389、397、429、 431、442、457、462、466、470、472、480、486、512、514、516、518、520、522、524、526、528、534、 537、540、551、557、568、570、574、582、587、594、596、598、600、602、604、606、608、614、616、 621、623、625、627、629、631、633、635、637、639、641、647、649、651、653、655、657、659、661、 663、665、667、669、673、677、688、690、692、698、700、702、704、709、711、713、715、717、719、 731、734、736、739、743、747、749、756、759、780、795、797、811、829、831、835、841、843、852、 854、857、859、861、863、867、869、871、875、879、881、883、890、892、897、899、918、922、924、 930、934、936、938、941、945、949、951、955、959、961、963、965、975、979、981、983、994、1002、 1006、1010、1014、1017、1020、1022、1024、1038、1042、1056、1060、1062、1064、1066、1073、 1079、1100、1107、1117、1119、1121、1127、1130、1137、1160、1165、1168、1170、1172、1176、 1178、1181、1186、1195、1197、1199、1201、1212、1214、1217、1227、1231、1250、1252、1254、 1256、1258、1260、1262、1275、1277、1279、1283、1286、1288、1290、1292、1304、1306、1308、 1310、1332、1343、1353、1386、1388、1408、1410、1412、1414、1416、1420、1422、1427、1429、 1431、1433、1435、1438、1441、1443、1449、1451、1462、1464、1466、1468、1470、1472、1478、 1489、1490、1492、1494、1498、1500、1509、1511、1513、1519、1524、1526、1528、1536、1538、 1542、1544、1546、1549、1553、1556、1558、1560、1562、1564、1568、1570、1576、1579、1581、 1583、1585、1587、1593、1600、1606、1610、1614、1620、1630、1632、1640、1642、1644、1646、 1654所示核苷酸序列具有95%或更高的序列同一性的核苷酸序列。
18.一种分离的核酸，其包含编码多肽的核苷酸序列，所述多肽与SEQID N0:6、8、 38、51、53、55、67、80、87、92、100、104、106、108、110、113、115、125、128、137、141、144、154、 156、158、160、162、164、168、170、172、177、179、188、190、203、216、220、222、227、229、236、 238、241、248、251、253、259、262、270、274、279、281、302、304、306、308、312、314、316、318、`332、334、338、368、380、384、388、390、398、430、432、443、458、463、467、471、473、481、487、 513、515、517、521、523、525、`527、529、535、538、541、552、558、569、571、575、583、588、595、 597、599、601、603、605、607、609、615、617、622、624、626、`628、630、632、634、636、638、640、 642、648、650、652、654、656、658、660、662、664、666、668、670、674、678、687、689、691、`693、 699、701、703、705、710、712、714、716、718、720、732、735、737、740、744、748、750、760、769、 781、796、798、812、830、`832、836、842、844、853、855、858、860、862、864、868、870、876、880、 882、884、891、893、898、900、919、923、925、931、935、`937、939、942、946、950、952、956、960、 962、964、966、976、980、982、984、995、1003、1007、1011、1015、1018、1021、1023、`1025、1039、 1043、1057、1061、1063、1065、1067、1074、1080、1099、1101、1108、1116、1118、1120、1122、 1128、1131、1138、`1161、1166、1169、1171、1173、1175、1177、1179、1182、1187、1196、1198、 1200、1202、1203、1213、1215、1218、1228、1232、1251、`1253、1255、1257、1259、1261、1263、 1276、1278、1280、1287、1289、1291、1293、1305、1307、1309、1311、1333、1344、1354、`1366、 1387、1389、1409、1411、1413、1415、1417、1421、1428、1430、1432、1434、1436、1437、1439、 1442、1450、1452、1463、`1465、1467、1469、1471、1473、1479、1480、1486、1491、1493、1495、 1499、1501、1510、1512、1514、1520、1525、1527、1529、1537、`1539、1543、1545、1547、1550、 1554、1557、1559、1561、1563、1565、1569、1571、1577、1580、1582、1584、1586、1588、1594、 `1601、1607、1611、1615、1621、1627、1631、1633、1635、1643、1645 所示氨基酸序列具有 80% 或更高的序列同一性。
19.一种鉴定多态性是否与性状变化有关的方法，所述方法包括a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示多肽、SEQID N0:556、SEQ ID NO :853和SEQ ID NO :1157组成的组的多肽的基因座及其功能同系物有 关；并且b)测量所述群体植物中所述性状变化与所述群体的植物中所述一种或多种遗传多态 性的存在之间的相关性，从而鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与所述性状变化相关。
20.一种鉴定多态性是否与性状变化相关的方法，所述方法包括a)筛选一个植物群体以确定所述植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图 1-57所示多肽、SEQ ID NO 556,SEQ ID NO :853和SEQID NO :1157组成的组的多肽的基因 座及其功能同系物有关；b)测量所述群体的植物中所述性状变化与所述群体的植物中所述一种或多种遗传多 态性的存在之间的相关性，从而鉴定所述一种或多种遗传多态性是否与所述性状变化相 关；c)从所述植物群体中选择具有与所述性状相关的所述一种或多种遗传多态性的植物 亚群；并且d)杂交所述植物亚群的一种或多种植物。
21.根据权利要求20所述的方法，还包括培育所述植物亚群以产生包含所述多态性的 植物系。
22.—种制备植物系的方法，所述方法包括a)确定一个植物群体中一种或多种遗传多态性是否与选自由图1-57所示的多肽、SEQ ID NO 556, SEQ ID NO :853和SEQ ID NO :1157组成的组的多肽的基因座及其功能同系物有关；b)鉴定所述群体中的一种或多种植物，其中所述一种或多种遗传多态性的至少一个等 位基因的存在与性状变化有关；C)使每种所述的一种或多种鉴定的植物自杂交或与不同植物杂交以产生种子；d)使从所述种子培养的至少一种子代植物自杂交或与不同植物杂交；并且e)重复步骤c)和d)额外0-5代，以制备所述植物系，其中所述至少一个等位基因存在 于所述植物系中。
23.如权利要求19-22任一项所述的方法，其中所述性状是低氮耐受水平。
24.如权利要求19-22任一项所述的方法，其中所述群体是风倾草、高粱、甘蔗或芒草 植物的群体。
全文摘要
公开了调节植物低氮耐受水平的方法和材料。例如，公开了编码低氮耐受调节多肽的核酸以及使用所述核酸转化植物细胞的方法。还公开了具有提高的低氮耐受水平的植物以及由具有提高的低氮耐受水平的植物产生的植物产品。
文档编号C12N5/04GK102007214SQ200980113796
公开日2011年4月6日 申请日期2009年2月20日 优先权日2008年2月20日
发明者D·V-D·丹, G·纳德安, H·S·金, K·A·费尔德曼, R·施尼博格 申请人:塞瑞斯公司