Ikzf1基因突变检测特异性引物和液相芯片的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一种IKZF1基因突变检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有：每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为：针对T136G位点的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8，针对G75C位点的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10，和/或针对T107C位点的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，能实现多个突变位点的野生型和突变型单独和并行检测。
【专利说明】IKZF1基因突变检测特异性引物和液相芯片
【技术领域】
[0001]本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种IKZFl基因突变检测特异性引物和液相芯片。
【背景技术】 [0002]KZFl基因称Ikaros家族锋指蛋白I,英文名称为karos family zinc fingerl,位于7号染色体7pl2.2的短臂上，具体位置位于7号染色体50344377到50367357碱基对之间。IKZFl属于锌指蛋白家族成员，是编码淋巴转录因子IKAROS的基因，而且是一种极为重要的造血转录调节因子，尤其在淋系造血方面发挥着关键性调节作用。IKZFl基因在信号途径中的改变与急性淋巴细胞白血病的高危因素息息相关，IKZFl基因获得性改变会导致急性淋巴细胞白血病复发率升高，新的依据表明该基因的遗传学变异会使急性淋巴细胞白血病发病率升高。IKZFl在正常淋巴细胞或者白细胞发育中具有重要作用，如果发生遗传学改变，可能会影响这些基因的功能，从而使正常淋巴细胞发育途径受阻，转变成癌症细胞。另有研究发现，IKZFl基因多态性与系统性红斑狼疮易感性显著相关。
[0003]目前，IKZFl基因突变检测方法主要有=Illumina光纤微珠芯片技术和 Affymetrix SNP6.0芯片技术，虽然Illumina光纤微珠芯片技术是高灵敏度和精确性的高通量检测系统，但是自动化程度低，手工操作比较多，难以满足实际应用的需要。虽然高通量使Affymetrix SNP6.0芯片技术比较成熟，然而该芯片技术对于中低密度的临床诊断型芯片并不合适，很难在同一个反应体系中扩展检测众多生物学性状相关的SNP或标签SNP， 另外，Affymetrix SNP6.0芯片主要在表达谱芯片上比较强，物种较多，在SNP芯片上相对较弱，而且检测价格昂贵，并不能满足实际需要。
[0004]本发明目标检测的IKZFl基因突变位点，如表所示:
[0005]
【权利要求】
1.一种IKZFl基因突变检测液相芯片，其特征是，包括有(A).针对IKZFl基因不同突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物对:每条 ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对T136G位点的SEQ IDN0.7及SEQ IDN0.8，针对G75C位点的SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或针对 T107C 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID N0.1 ~SEQ ID N0.6 ；(B).有ant1-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述ant1-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述ant1-tag序列选自SEQ ID N0.13~SEQ ID N0.18，且所述ant1-tag序列能应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应突变位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的IKZFl基因突变检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 T136G 位点的 SEQ ID N0.19 及 SEQ ID N0.20，针对 G75C 位点的 SEQ ID N0.21 及 SEQ ID N0.22，和 / 或针对 T107C 位点的 SEQ ID N0.23 及 SEQ ID N0.24。
3.根据权利要求1或2所述的IKZFl基因突变检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为:针对T136G位点的由SEQ ID N0.1和SEQ ID N0.7组成的序列及由SEQ ID N0.2和 SEQ ID N0.8组成的序列，针对G75C位点的由SEQ ID N0.3和SEQ ID N0.9组成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID N0.10组成的序列，和/或针对T107C位点的由SEQ ID N0.5和 SEQ ID N0.11组成的序列及由SEQ ID N0.6和SEQ ID N0.12组成的序列。
4.根据权利要求1或2所述的IKZFl基因突变检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5— 10 个 T。
5.用于IKZFl基因突变检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物为针对T136G位点的 SEQ ID N0.7 及 SEQ ID N0.8，针对 G75C 位点的 SEQ ID N0.9 及 SEQ ID N0.10，和 / 或针对 T107C 位点的 SEQ ID N0.11 及 SEQ ID N0.12。
【文档编号】C12N15/11GK103571924SQ201210250295
【公开日】2014年2月12日 申请日期:2012年7月18日 优先权日:2012年7月18日
【发明者】许嘉森, 刘志明 申请人:益善生物技术股份有限公司